Běžící systém &debian-gnu; nesmíte vypínat tlačítkem reset nebo prostým vytažením napájecí šňůry ze zásuvky. Pokud se operační systém nevypne řízeně, mohou se soubory na disku ztratit nebo poškodit. Používáte-li desktopové prostředí, obvykle se v menu vyskytuje položka Odhlásit, která vám umožní systém vypnout (případně restartovat). Na konzoli můžete použít klávesovou kombinaci Ctrl Alt Del nebo na Macintoshích Control Shift Power . Pokud žádná z předchozích možností nefungovala, můžete se přihlásit jako uživatel root a zadat příslušný příkaz ručně. Systém restartujete příkazem reboot, zastavíte příkazem halt (bez vypnutí napájení) a zcela vypnete příkazem poweroff S dřívějším init systémem SysV se příkaz halt choval stejně jako poweroff, ale s init systémem systemd (výchozí od &debian;u 8) se jejich chování změnilo. nebo shutdown -h now. Nový init systém systemd nabízí podobné příkazy se stejnou funkcionalitou, a sice systemctl reboot, systemctl halt a systemctl poweroff.