This class has an EntityResolver that
│ │ │ │ resolves the public ID specifying the
│ │ │ │ @@ -15549,15 +15549,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Find the error handler used by this parser.
│ │ │ │
│ │ │ │
getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.gff3.GFF3Parser
│ │ │ │
│ │ │ │ Find the error handler used by this parser.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
getErrorHandler() - Method in class org.biojava.utils.process.ExternalProcess
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -15660,15 +15660,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Retrieves the feature this location is associated with.
│ │ │ │
│ │ │ │ getFeature() - Method in class org.biojavax.bio.seq.SimpleRichLocation
│ │ │ │
│ │ │ │ Retrieves the feature this location is associated with.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getFeature(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
getFeature(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
getFeature(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
getFeatureDescTerm() - Static method in class org.biojavax.bio.seq.RichSequence.Terms
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -18024,23 +18024,23 @@
│ │ │ │ Returns the namespace of this bioentry.
│ │ │ │
│ │ │ │
getNamespaceId() - Method in class org.biojava.utils.lsid.LifeScienceIdentifier
│ │ │ │
│ │ │ │ Return the namespace id for this identifier
│ │ │ │ within the authority.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getNamespacePrefix() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
getNamespacePrefix() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Describe getNamespacePrefix method here.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getNamespacePrefixes() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
getNamespacePrefixes() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Support SAX2 configuration of namespace support of parser.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getNamespaces() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
getNamespaces() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Support SAX2 configuration of namespace support of parser.
│ │ │ │
│ │ │ │
getNameToSymbol() - Method in class org.biojava.bio.seq.io.NameTokenization
│ │ │ │
│ │ │ │
getNCBITaxID() - Method in interface org.biojavax.bio.taxa.NCBITaxon
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -19076,15 +19076,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Retrieve the value of a property by key.
│ │ │ │
│ │ │ │
getProperty(Object) - Method in class org.biojavax.SimpleRichAnnotation
│ │ │ │
│ │ │ │ Deprecated.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getProperty(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
getProperty(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
getProperty(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
getProperty(Annotation, Object) - Method in class org.biojava.bio.AnnotationType.Abstract
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -21840,15 +21840,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ If the namespace has a URI, this will return it.
│ │ │ │
│ │ │ │
getURI() - Method in class org.biojavax.SimpleNamespace
│ │ │ │
│ │ │ │ If the namespace has a URI, this will return it.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getURIFromPrefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
getURIFromPrefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Gets the URI for a namespace prefix, given that prefix,
│ │ │ │ or null if the prefix is not recognised.
│ │ │ │
│ │ │ │
getURL() - Method in class org.biojava.bio.gui.sequence.ImageMap.HotSpot
│ │ │ │
│ │ │ │ getURL returns the hotspot URL.
│ │ │ │ @@ -24560,15 +24560,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ The issue of the journal.
│ │ │ │
│ │ │ │ issueSupplement - Variable in class org.biojava.bibliography.BiblioJournalArticle
│ │ │ │
│ │ │ │ Suplement.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
iState - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
iState - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
isTaxonHidden() - Method in interface org.biojavax.bio.taxa.NCBITaxon
│ │ │ │
│ │ │ │ used in getNameHierarchy() to determine whether this taxonomy level is displayed
│ │ │ │
│ │ │ │
isTaxonHidden() - Method in class org.biojavax.bio.taxa.SimpleNCBITaxon
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -27710,23 +27710,23 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ OffsetRulerRenderer(int, int) - Constructor for class org.biojava.bio.gui.sequence.OffsetRulerRenderer
│ │ │ │
│ │ │ │
OFFSETS - Static variable in interface org.biojava.bio.chromatogram.Chromatogram
│ │ │ │
│ │ │ │ The sequence label for the trace offsets of the called bases.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
oFullNamespacePrefix - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
oFullNamespacePrefix - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ -
oHandler - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
oHandler - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Omono - Static variable in class org.biojava.bio.proteomics.MassCalc
│ │ │ │
│ │ │ │ Constant value of Oxygen monoisotopic mass
│ │ │ │
│ │ │ │ -
oNamespacePrefix - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
oNamespacePrefix - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
one() - Static method in class org.biojavax.ga.util.GATools
│ │ │ │
│ │ │ │
ONE - Static variable in class org.biojava.bio.CardinalityConstraint
│ │ │ │
│ │ │ │ The property should have exactly one value.
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -29486,21 +29486,21 @@
│ │ │ │
│ │ │ │
parse(Object) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.LineSplitParser
│ │ │ │
│ │ │ │
parse(Object) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.RegexParser
│ │ │ │
│ │ │ │
parse(Object) - Method in interface org.biojava.bio.program.tagvalue.TagValueParser
│ │ │ │
│ │ │ │ -
parse(Readable, ParseListener) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │ +
parse(Readable, ParseListener) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │
parse(Readable, ParseListener) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ Parse the specified readable.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
parse(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
parse(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Full implementation of interface method.
│ │ │ │
│ │ │ │
parse(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
parse(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -30124,15 +30124,15 @@
│ │ │ │
preChange(ChangeEvent) - Method in class org.biojava.utils.ChangeListener.LoggingListener
│ │ │ │
│ │ │ │
preChange(ChangeEvent) - Method in interface org.biojava.utils.ChangeListener
│ │ │ │
│ │ │ │
│ │ │ │ Called before a change takes place.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
prefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
prefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Given an unprefixed element name, returns
│ │ │ │ a new element name with a namespace prefix
│ │ │ │
│ │ │ │
press() - Method in class org.biojava.bio.dp.twohead.AbstractMatrixPairDPCursor
│ │ │ │
│ │ │ │
press() - Method in class org.biojava.bio.dp.twohead.LightPairDPCursor
│ │ │ │ @@ -31237,27 +31237,27 @@
│ │ │ │
│ │ │ │
read(BufferedReader) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.MSFAlignmentFormat
│ │ │ │
│ │ │ │ Reads an MSF Alignment File
│ │ │ │
│ │ │ │
read(BufferedReader, TagValueParser, TagValueListener) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.Parser
│ │ │ │
│ │ │ │ -
read(File) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │ +
read(File) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │
read(File) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified file.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
read(InputStream) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │ +
read(InputStream) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │
read(InputStream) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified input stream.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
read(URL) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │ +
read(URL) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │
read(URL) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified url.
│ │ │ │
│ │ │ │
readableFileNames - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.EMBLFormat
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -35451,15 +35451,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │
setConstraints(Object, PropertyConstraint, Location) - Method in class org.biojava.bio.AnnotationType.Abstract
│ │ │ │
│ │ │ │
setConstraints(Object, PropertyConstraint, Location) - Method in interface org.biojava.bio.AnnotationType
│ │ │ │
│ │ │ │ Set the constraints associated with a property.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setContentHandler(ContentHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
setContentHandler(ContentHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Allow an application to register a content event handler.
│ │ │ │
│ │ │ │
setContentHandler(ContentHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParser
│ │ │ │
│ │ │ │ sets the ContentHandler for this object
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -35929,15 +35929,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │
setDoubleValue(double) - Method in class org.biojava.utils.stax.DoubleElementHandlerBase
│ │ │ │
│ │ │ │
│ │ │ │ Override this method to do something useful with the
│ │ │ │ double we collect.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setDTDHandler(DTDHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
setDTDHandler(DTDHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
setDTDHandler(DTDHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
setElementId(String) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEMatchRegion
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -36018,15 +36018,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Set the string indicating that a record has ended.
│ │ │ │
│ │ │ │
setEndOfRecord(String) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.RegexParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Set the explicit end-of-record string.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setEntityResolver(EntityResolver) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
setEntityResolver(EntityResolver) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
setEntityResolver(EntityResolver) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │ This class has an EntityResolver that
│ │ │ │ resolves the public ID specifying the
│ │ │ │ @@ -36050,15 +36050,15 @@
│ │ │ │
Set the error handler used by this parser.
│ │ │ │
│ │ │ │
setErrorHandler(OutputHandler) - Method in class org.biojava.utils.process.ExternalProcess
│ │ │ │
│ │ │ │ Sets the output error handler which is responsible for the standard error
│ │ │ │ output of the external process.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setErrorHandler(ErrorHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
setErrorHandler(ErrorHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
setErrorHandler(ErrorHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
setEvents(List) - Method in class org.biojavax.bio.seq.io.UniProtCommentParser
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -36087,15 +36087,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Set the feature to feature.
│ │ │ │
│ │ │ │ setFeature(String) - Method in class org.biojava.bio.program.gff.SimpleGFFRecord
│ │ │ │
│ │ │ │ Set the feature type to type.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setFeature(String, boolean) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
setFeature(String, boolean) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Handles support for ReasoningDomain and Namespace-prefixes
│ │ │ │
│ │ │ │
setFeature(String, boolean) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │ by default, we set the parser to non-validating.
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -36938,15 +36938,15 @@
│ │ │ │ the namespace of the record being read.
│ │ │ │
setNamespace(Namespace) - Method in class org.biojavax.bio.seq.io.SimpleRichSequenceBuilder
│ │ │ │
│ │ │ │ Call back method so the event emitter can tell the listener
│ │ │ │ the namespace of the record being read.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setNamespacePrefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
setNamespacePrefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
setNegShape(Shape) - Method in class org.biojava.stats.svm.tools.ClassifierExample.PointClassifier
│ │ │ │
│ │ │ │ Set the Shape to represent the negative points.
│ │ │ │
│ │ │ │
setNestedKernel(SVMKernel) - Method in class org.biojava.stats.svm.CachingKernel
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -37308,15 +37308,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Set the value of a property.
│ │ │ │
│ │ │ │
setProperty(Object, Object) - Method in class org.biojavax.SimpleRichAnnotation
│ │ │ │
│ │ │ │ Deprecated.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setProperty(String, Object) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
setProperty(String, Object) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
setProperty(String, Object) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
setProperty(String, String) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.StAXPropertyHandler
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -40333,15 +40333,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │
startElement(String, String, String, Attributes, DelegationManager) - Method in class org.biojava.utils.stax.StAXContentHandlerBase
│ │ │ │
│ │ │ │
startElement(String, String, String, Attributes, DelegationManager) - Method in class org.biojava.utils.stax.StringElementHandlerBase
│ │ │ │
│ │ │ │
startElement(String, Attributes) - Method in class org.biojava.bio.program.xml.BaseXMLWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ -
startElement(QName, Attributes) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
startElement(QName, Attributes) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Utility method to centralize sending of a SAX
│ │ │ │ startElement message to document handler
│ │ │ │
│ │ │ │
startElementHandler(String, String, String, Attributes) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEBioSeqHandler
│ │ │ │
│ │ │ │
startElementHandler(String, String, String, Attributes) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEBioSequenceHandler
│ │ │ │ @@ -41034,15 +41034,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │
StrandParser - Class in org.biojava.bio.seq
│ │ │ │
│ │ │ │ Process strings and return strand objects.
│ │ │ │
│ │ │ │
StrandParser() - Constructor for class org.biojava.bio.seq.StrandParser
│ │ │ │
│ │ │ │ -
stream(Readable, StreamListener) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │ +
stream(Readable, StreamListener) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │
stream(Readable, StreamListener) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ Stream the specified readable.
│ │ │ │
│ │ │ │
StreamListener - Interface in org.biojava.bio.program.fastq
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -42295,17 +42295,17 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ TITLE_TAG - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.INSDseqFormat
│ │ │ │
│ │ │ │
TITLE_TAG - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.UniProtFormat
│ │ │ │
│ │ │ │
TITLE_TAG - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.UniProtXMLFormat
│ │ │ │
│ │ │ │ -
tNamespacePrefixes - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
tNamespacePrefixes - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ -
tNamespaces - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ +
tNamespaces - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
to - Variable in class org.biojava.bio.dp.TrainerTransition
│ │ │ │
│ │ │ │
to - Variable in class org.biojava.bio.dp.Transition
│ │ │ │
│ │ │ │
TO_A_LEAF - Static variable in class org.biojava.bio.symbol.UkkonenSuffixTree
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -43108,15 +43108,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Takes this position and returns a copy translated by 'distance' bases.
│ │ │ │
│ │ │ │
translate(int) - Method in class org.biojavax.bio.seq.SimpleRichLocation
│ │ │ │
│ │ │ │ Create a location that is a translation of this location.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
translate(Symbol) - Method in class org.biojava.bio.symbol.AbstractManyToOneTranslationTable
│ │ │ │ +
translate(Symbol) - Method in class org.biojava.bio.symbol.SimpleManyToOneTranslationTable
│ │ │ │
│ │ │ │
translate(Symbol) - Method in interface org.biojava.bio.symbol.TranslationTable
│ │ │ │
│ │ │ │ Translate a single symbol from source alphabet to the target alphabet.
│ │ │ │
│ │ │ │
translate(SymbolList) - Static method in class org.biojava.bio.seq.GeneticCodes
│ │ │ │
│ │ │ │ ├── html2text {}
│ │ │ │ │ @@ -1463,15 +1463,15 @@
│ │ │ │ │ add a search pattern to the searches to be conducted by this object.
│ │ │ │ │ addPos(Object) - Method in class org.biojava.stats.svm.DiagonalAddKernel
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ addPosition(AGAVEMapPosition) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEMapLocation
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ addPrefixMapping(String,_String) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Adds a namespace prefix to URI mapping as (key,value) pairs.
│ │ │ │ │ addProp(AGAVEProperty) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVERelatedAnnot
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ addProp(AGAVEProperty) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEXref
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -4480,15 +4480,15 @@
│ │ │ │ │ An implementation that always vetoes everything.
│ │ │ │ │ ChangeListener.ChangeEventRecorder - Class in org.biojava.utils
│ │ │ │ │ A listener that remembers the ChangeEvent of the last change.
│ │ │ │ │ ChangeListener.LoggingListener - Class in org.biojava.utils
│ │ │ │ │ A listener that writes information about the event stream to a
│ │ │ │ │ PrintStream.
│ │ │ │ │ changeState(int) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Centralise chaining of iState field to help with debugging.
│ │ │ │ │ changeSupport() - Method in class org.biojava.utils.ChangeForwarder
│ │ │ │ │ Return the underlying ChangeSupport instance that can be used to fire
│ │ │ │ │ ChangeEvents and mannage listeners.
│ │ │ │ │ ChangeSupport - Class in org.biojava.utils
│ │ │ │ │ A utility class to provide management for informing ChangeListeners of
│ │ │ │ │ ChangeEvents.
│ │ │ │ │ @@ -4572,15 +4572,15 @@
│ │ │ │ │ CHARACTER - Static variable in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.SymbolTokenization
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ characters(char[],_int,_int) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.blast2html.Blast2HTMLHandler
│ │ │ │ │ Describe characters method here.
│ │ │ │ │ characters(char[],_int,_int) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Utility method to centralize the sending of a SAX characters message a
│ │ │ │ │ document handler.
│ │ │ │ │ characters(char[],_int,_int) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.ssbind.SeqSimilarityAdapter
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ characters(char[],_int,_int) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.xml.SimpleXMLEmitter
│ │ │ │ │ @@ -7271,15 +7271,15 @@
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ doRetain() - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.TagDropper
│ │ │ │ │ Find out if known tags are retained or dropped.
│ │ │ │ │ doSortPeptides() - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.gui.sequence.AbstractPeptideDigestRenderer
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ doTranslate(Symbol) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.symbol.AbstractManyToOneTranslationTable
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.symbol.AbstractReversibleTranslationTable
│ │ │ │ │ this method is expected to translate any symbol in the source alphabet.
│ │ │ │ │ doTranslate(Symbol) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.symbol.SimpleManyToOneTranslationTable
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ doTranslate(Symbol) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.symbol.SimpleReversibleTranslationTable
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -8033,15 +8033,15 @@
│ │ │ │ │ endElement(String,_String,_String,_StAXContentHandler) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.stax.StAXContentHandlerBase
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ endElement(String,_String,_String,_StAXContentHandler) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.stax.StringElementHandlerBase
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ endElement(QName) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Utility method to centralize the sending of a SAX endElement message a
│ │ │ │ │ document handler.
│ │ │ │ │ endElementHandler(String,_String,_String,_StAXContentHandler) - Method in
│ │ │ │ │ class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEBioSeqHandler
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ endElementHandler(String,_String,_String,_StAXContentHandler) - Method in
│ │ │ │ │ class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEChromosomeHandler
│ │ │ │ │ @@ -12491,21 +12491,21 @@
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.bytecode.GeneratedCodeMethod
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ getContainsTerm() - Static method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq.SimpleRichFeatureRelationship
│ │ │ │ │ Gets the default CONTAINS term used for defining the relationship between
│ │ │ │ │ features.
│ │ │ │ │ getContentHandler() - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Return the content handler.
│ │ │ │ │ getContentHandler() - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │ │ correct this later
│ │ │ │ │ getContentStream(InputSource) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Create a stream from an an InputSource, picking the correct stream
│ │ │ │ │ according to order of precedance.
│ │ │ │ │ getContext() - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.projection.ProjectedFeatureHolder
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ getContext() - Method in class org.biojava.stats.svm.TrainingEvent
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -13274,15 +13274,15 @@
│ │ │ │ │ getDownstreamEndType returns the double-stranded end type produced by the
│ │ │ │ │ primary (intra-site or downstream) cut.
│ │ │ │ │ getDP() - Method in class org.biojava.bio.dp.AbstractTrainer
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ getDP() - Method in interface org.biojava.bio.dp.TrainingAlgorithm
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ getDTDHandler() - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ getDTDHandler() - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ getE() - Method in class org.biojava.bio.proteomics.StructureTools
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ getEcNumber(Annotation) - Method in class
│ │ │ │ │ @@ -13426,15 +13426,15 @@
│ │ │ │ │ getEndOfRecord() - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue.LineSplitParser
│ │ │ │ │ Get the current string indicating that a record has ended.
│ │ │ │ │ getEndOfRecord() - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue.RegexParser
│ │ │ │ │ Get the explicit end-of-record string.
│ │ │ │ │ getEntityResolver() - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ getEntityResolver() - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │ │ This class has an EntityResolver that resolves the public ID specifying
│ │ │ │ │ the NCBI DTDs to resource files within the BioJava libraries.
│ │ │ │ │ getEntryByName(String) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.candy.CandyVocabulary
│ │ │ │ │ @@ -13457,15 +13457,15 @@
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.phylo.io.nexus.CharactersBlock
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.gff.GFFParser
│ │ │ │ │ Find the error handler used by this parser.
│ │ │ │ │ getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.gff3.GFF3Parser
│ │ │ │ │ Find the error handler used by this parser.
│ │ │ │ │ getErrorHandler() - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ getErrorHandler() - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ getErrorHandler() - Method in class org.biojava.utils.process.ExternalProcess
│ │ │ │ │ Gets the output error handler which is responsible for the standard error
│ │ │ │ │ output of the external process.
│ │ │ │ │ @@ -13542,15 +13542,15 @@
│ │ │ │ │ getFeature() - Method in class org.biojavax.bio.seq.EmptyRichLocation
│ │ │ │ │ Retrieves the feature this location is associated with.
│ │ │ │ │ getFeature() - Method in interface org.biojavax.bio.seq.RichLocation
│ │ │ │ │ Retrieves the feature this location is associated with.
│ │ │ │ │ getFeature() - Method in class org.biojavax.bio.seq.SimpleRichLocation
│ │ │ │ │ Retrieves the feature this location is associated with.
│ │ │ │ │ getFeature(String) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ getFeature(String) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ getFeatureDescTerm() - Static method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq.RichSequence.Terms
│ │ │ │ │ Getter for the FeatureDesc term
│ │ │ │ │ @@ -15526,21 +15526,21 @@
│ │ │ │ │ Getter for property namespace.
│ │ │ │ │ getNamespace() - Method in class org.biojavax.bio.SimpleBioEntry
│ │ │ │ │ Returns the namespace of this bioentry.
│ │ │ │ │ getNamespaceId() - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.lsid.LifeScienceIdentifier
│ │ │ │ │ Return the namespace id for this identifier within the authority.
│ │ │ │ │ getNamespacePrefix() - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Describe getNamespacePrefix method here.
│ │ │ │ │ getNamespacePrefixes() - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Support SAX2 configuration of namespace support of parser.
│ │ │ │ │ getNamespaces() - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Support SAX2 configuration of namespace support of parser.
│ │ │ │ │ getNameToSymbol() - Method in class org.biojava.bio.seq.io.NameTokenization
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ getNCBITaxID() - Method in interface org.biojavax.bio.taxa.NCBITaxon
│ │ │ │ │ Gets the NCBI taxon ID.
│ │ │ │ │ getNCBITaxID() - Method in class org.biojavax.bio.taxa.SimpleNCBITaxon
│ │ │ │ │ Gets the NCBI taxon ID.
│ │ │ │ │ @@ -16357,15 +16357,15 @@
│ │ │ │ │ getProperty(Object) - Method in class org.biojava.bio.OverlayAnnotation
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ getProperty(Object) - Method in class org.biojavax.EmptyRichAnnotation
│ │ │ │ │ Retrieve the value of a property by key.
│ │ │ │ │ getProperty(Object) - Method in class org.biojavax.SimpleRichAnnotation
│ │ │ │ │ Deprecated.
│ │ │ │ │ getProperty(String) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ getProperty(String) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ getProperty(Annotation,_Object) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.AnnotationType.Abstract
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -18655,15 +18655,15 @@
│ │ │ │ │ getURI() - Method in interface org.biojava.bio.seq.FeatureTypes.Type
│ │ │ │ │ Get the URI for this type.
│ │ │ │ │ getURI() - Method in interface org.biojavax.Namespace
│ │ │ │ │ If the namespace has a URI, this will return it.
│ │ │ │ │ getURI() - Method in class org.biojavax.SimpleNamespace
│ │ │ │ │ If the namespace has a URI, this will return it.
│ │ │ │ │ getURIFromPrefix(String) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Gets the URI for a namespace prefix, given that prefix, or null if the
│ │ │ │ │ prefix is not recognised.
│ │ │ │ │ getURL() - Method in class org.biojava.bio.gui.sequence.ImageMap.HotSpot
│ │ │ │ │ getURL returns the hotspot URL.
│ │ │ │ │ getURN() - Method in class org.biojava.bio.seq.impl.DummySequence
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ getURN() - Method in class org.biojava.bio.seq.impl.SimpleGappedSequence
│ │ │ │ │ @@ -21013,15 +21013,15 @@
│ │ │ │ │ Work out if one type is a sub-type of another.
│ │ │ │ │ issue - Variable in class org.biojava.bibliography.BiblioJournalArticle
│ │ │ │ │ The issue of the journal.
│ │ │ │ │ issueSupplement - Variable in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bibliography.BiblioJournalArticle
│ │ │ │ │ Suplement.
│ │ │ │ │ iState - Variable in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ isTaxonHidden() - Method in interface org.biojavax.bio.taxa.NCBITaxon
│ │ │ │ │ used in getNameHierarchy() to determine whether this taxonomy level is
│ │ │ │ │ displayed
│ │ │ │ │ isTaxonHidden() - Method in class org.biojavax.bio.taxa.SimpleNCBITaxon
│ │ │ │ │ Returns the taxonomy hierarchy of this taxon entry in the form: most
│ │ │ │ │ specific; less specific; ...; least specific.
│ │ │ │ │ @@ -23599,23 +23599,23 @@
│ │ │ │ │ OffsetRulerRenderer(int,_int) - Constructor for class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.gui.sequence.OffsetRulerRenderer
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ OFFSETS - Static variable in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.chromatogram.Chromatogram
│ │ │ │ │ The sequence label for the trace offsets of the called bases.
│ │ │ │ │ oFullNamespacePrefix - Variable in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ oHandler - Variable in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ Omono - Static variable in class org.biojava.bio.proteomics.MassCalc
│ │ │ │ │ Constant value of Oxygen monoisotopic mass
│ │ │ │ │ oNamespacePrefix - Variable in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ one() - Static method in class org.biojavax.ga.util.GATools
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ ONE - Static variable in class org.biojava.bio.CardinalityConstraint
│ │ │ │ │ The property should have exactly one value.
│ │ │ │ │ ONE_OR_MORE - Static variable in class org.biojava.bio.CardinalityConstraint
│ │ │ │ │ The property should have one or more values.
│ │ │ │ │ @@ -25060,21 +25060,21 @@
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ parse(Object) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.RegexParser
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ parse(Object) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue.TagValueParser
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ parse(Readable,_ParseListener) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ parse(Readable,_ParseListener) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │ │ Parse the specified readable.
│ │ │ │ │ parse(String) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Full implementation of interface method.
│ │ │ │ │ parse(String) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ parse(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ parse(String) - Method in class org.biojava.naming.ObdaUriParser
│ │ │ │ │ @@ -25623,15 +25623,15 @@
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ preChange(ChangeEvent) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.ChangeListener.LoggingListener
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ preChange(ChangeEvent) - Method in interface org.biojava.utils.ChangeListener
│ │ │ │ │ Called before a change takes place.
│ │ │ │ │ prefix(String) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Given an unprefixed element name, returns a new element name with a
│ │ │ │ │ namespace prefix
│ │ │ │ │ press() - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.dp.twohead.AbstractMatrixPairDPCursor
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ press() - Method in class org.biojava.bio.dp.twohead.LightPairDPCursor
│ │ │ │ │ Returns the minimal context of the DP matrix necessary to compute the
│ │ │ │ │ @@ -26562,26 +26562,27 @@
│ │ │ │ │ Reads an alignment in FASTA format.
│ │ │ │ │ read(BufferedReader) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.MSFAlignmentFormat
│ │ │ │ │ Reads an MSF Alignment File
│ │ │ │ │ read(BufferedReader,_TagValueParser,_TagValueListener) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue.Parser
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ - read(File) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │ │ + read(File) - Method in class
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ read(File) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified file.
│ │ │ │ │ read(InputStream) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ read(InputStream) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified input
│ │ │ │ │ stream.
│ │ │ │ │ - read(URL) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │ │ + read(URL) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ read(URL) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified url.
│ │ │ │ │ readableFileNames - Static variable in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq.io.EMBLFormat
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ readableFiles - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.FastaFormat
│ │ │ │ │ @@ -30140,15 +30141,15 @@
│ │ │ │ │ setConstraints(Object,_PropertyConstraint,_Location) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.AnnotationType.Abstract
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ setConstraints(Object,_PropertyConstraint,_Location) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.AnnotationType
│ │ │ │ │ Set the constraints associated with a property.
│ │ │ │ │ setContentHandler(ContentHandler) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Allow an application to register a content event handler.
│ │ │ │ │ setContentHandler(ContentHandler) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParser
│ │ │ │ │ sets the ContentHandler for this object
│ │ │ │ │ setContentHandler(ContentHandler) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │ │ this sets the ContentHandler that receives SAX events from the internal
│ │ │ │ │ @@ -30576,15 +30577,15 @@
│ │ │ │ │ setDoubleProperty(Symbol,_String) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.symbol.SimpleSymbolPropertyTable
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ setDoubleValue(double) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.stax.DoubleElementHandlerBase
│ │ │ │ │ Override this method to do something useful with the double we collect.
│ │ │ │ │ setDTDHandler(DTDHandler) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ setDTDHandler(DTDHandler) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ setElementId(String) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEMatchRegion
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -30655,15 +30656,15 @@
│ │ │ │ │ setEndOfRecord(String) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue.LineSplitParser
│ │ │ │ │ Set the string indicating that a record has ended.
│ │ │ │ │ setEndOfRecord(String) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue.RegexParser
│ │ │ │ │ Set the explicit end-of-record string.
│ │ │ │ │ setEntityResolver(EntityResolver) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ setEntityResolver(EntityResolver) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │ │ This class has an EntityResolver that resolves the public ID specifying
│ │ │ │ │ the NCBI DTDs to resource files within the BioJava libraries.
│ │ │ │ │ setEnvironmentProperties(String[]) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.process.ExternalProcess
│ │ │ │ │ @@ -30680,15 +30681,15 @@
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.gff3.GFF3Parser
│ │ │ │ │ Set the error handler used by this parser.
│ │ │ │ │ setErrorHandler(OutputHandler) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.process.ExternalProcess
│ │ │ │ │ Sets the output error handler which is responsible for the standard error
│ │ │ │ │ output of the external process.
│ │ │ │ │ setErrorHandler(ErrorHandler) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ setErrorHandler(ErrorHandler) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ setEvents(List) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq.io.UniProtCommentParser
│ │ │ │ │ Setter for property events.
│ │ │ │ │ @@ -30709,15 +30710,15 @@
│ │ │ │ │ setFeature(String) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.gff.GFFRecordFilter.FeatureFilter
│ │ │ │ │ Set the feature to feature.
│ │ │ │ │ setFeature(String) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.gff.SimpleGFFRecord
│ │ │ │ │ Set the feature type to type.
│ │ │ │ │ setFeature(String,_boolean) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Handles support for ReasoningDomain and Namespace-prefixes
│ │ │ │ │ setFeature(String,_boolean) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │ │ by default, we set the parser to non-validating.
│ │ │ │ │ setFeature(RichFeature) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq.CompoundRichLocation
│ │ │ │ │ Sets the feature this location is associated with.
│ │ │ │ │ @@ -31438,15 +31439,15 @@
│ │ │ │ │ Call back method so the event emitter can tell the listener the namespace
│ │ │ │ │ of the record being read.
│ │ │ │ │ setNamespace(Namespace) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq.io.SimpleRichSequenceBuilder
│ │ │ │ │ Call back method so the event emitter can tell the listener the namespace
│ │ │ │ │ of the record being read.
│ │ │ │ │ setNamespacePrefix(String) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ setNegShape(Shape) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.stats.svm.tools.ClassifierExample.PointClassifier
│ │ │ │ │ Set the Shape to represent the negative points.
│ │ │ │ │ setNestedKernel(SVMKernel) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.stats.svm.CachingKernel
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -31742,15 +31743,15 @@
│ │ │ │ │ setProperty(Object,_Object) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.EmptyRichAnnotation
│ │ │ │ │ Set the value of a property.
│ │ │ │ │ setProperty(Object,_Object) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.SimpleRichAnnotation
│ │ │ │ │ Deprecated.
│ │ │ │ │ setProperty(String,_Object) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ setProperty(String,_Object) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ setProperty(String,_String) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave.StAXPropertyHandler
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -34327,15 +34328,15 @@
│ │ │ │ │ startElement(String,_String,_String,_Attributes,_DelegationManager) - Method
│ │ │ │ │ in class org.biojava.utils.stax.StringElementHandlerBase
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ startElement(String,_Attributes) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.xml.BaseXMLWriter
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ startElement(QName,_Attributes) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ Utility method to centralize sending of a SAX startElement message to
│ │ │ │ │ document handler
│ │ │ │ │ startElementHandler(String,_String,_String,_Attributes) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEBioSeqHandler
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ startElementHandler(String,_String,_String,_Attributes) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEBioSequenceHandler
│ │ │ │ │ @@ -35013,15 +35014,15 @@
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.FeatureFilter.StrandFilter
│ │ │ │ │ Build a new filter that matches all features of a given strand.
│ │ │ │ │ StrandParser - Class in org.biojava.bio.seq
│ │ │ │ │ Process strings and return strand objects.
│ │ │ │ │ StrandParser() - Constructor for class org.biojava.bio.seq.StrandParser
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ stream(Readable,_StreamListener) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ stream(Readable,_StreamListener) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │ │ Stream the specified readable.
│ │ │ │ │ StreamListener - Interface in org.biojava.bio.program.fastq
│ │ │ │ │ Event based parser callback.
│ │ │ │ │ streamNext(SeqIOListener) - Method in class
│ │ │ │ │ @@ -36035,18 +36036,18 @@
│ │ │ │ │ TITLE_TAG - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.INSDseqFormat
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ TITLE_TAG - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.UniProtFormat
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ TITLE_TAG - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.UniProtXMLFormat
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ tNamespacePrefixes - Variable in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ tNamespaces - Variable in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.SequenceAlignmentSAXParser
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ to - Variable in class org.biojava.bio.dp.TrainerTransition
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ to - Variable in class org.biojava.bio.dp.Transition
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ TO_A_LEAF - Static variable in class org.biojava.bio.symbol.UkkonenSuffixTree
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -36765,15 +36766,15 @@
│ │ │ │ │ translate(int) - Method in interface org.biojavax.bio.seq.Position
│ │ │ │ │ Takes this position and returns a copy translated by 'distance' bases.
│ │ │ │ │ translate(int) - Method in class org.biojavax.bio.seq.SimplePosition
│ │ │ │ │ Takes this position and returns a copy translated by 'distance' bases.
│ │ │ │ │ translate(int) - Method in class org.biojavax.bio.seq.SimpleRichLocation
│ │ │ │ │ Create a location that is a translation of this location.
│ │ │ │ │ translate(Symbol) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.symbol.AbstractManyToOneTranslationTable
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.symbol.SimpleManyToOneTranslationTable
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ translate(Symbol) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.symbol.TranslationTable
│ │ │ │ │ Translate a single symbol from source alphabet to the target alphabet.
│ │ │ │ │ translate(SymbolList) - Static method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.GeneticCodes
│ │ │ │ │ Translate RNA into protein (with termination symbols).
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/member-search-index.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -2253,15 +2253,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io.agave",
│ │ │ │ │ "c": "AGAVEMapLocation",
│ │ │ │ │ "l": "addPosition(AGAVEMapPosition)",
│ │ │ │ │ "u": "addPosition(org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEMapPosition)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "addPrefixMapping(String, String)",
│ │ │ │ │ "u": "addPrefixMapping(java.lang.String,java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io.agave",
│ │ │ │ │ "c": "AGAVERelatedAnnot",
│ │ │ │ │ "l": "addProp(AGAVEProperty)",
│ │ │ │ │ "u": "addProp(org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEProperty)"
│ │ │ │ │ @@ -6168,15 +6168,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils",
│ │ │ │ │ "c": "ChangeForwarder",
│ │ │ │ │ "l": "ChangeForwarder(Object, ChangeSupport)",
│ │ │ │ │ "u": "%3Cinit%3E(java.lang.Object,org.biojava.utils.ChangeSupport)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "changeState(int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils",
│ │ │ │ │ "c": "ChangeForwarder",
│ │ │ │ │ "l": "changeSupport()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils",
│ │ │ │ │ @@ -6289,15 +6289,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.blast2html",
│ │ │ │ │ "c": "Blast2HTMLHandler",
│ │ │ │ │ "l": "characters(char[], int, int)",
│ │ │ │ │ "u": "characters(char[],int,int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "characters(char[], int, int)",
│ │ │ │ │ "u": "characters(char[],int,int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.ssbind",
│ │ │ │ │ "c": "SeqSimilarityAdapter",
│ │ │ │ │ "l": "characters(char[], int, int)",
│ │ │ │ │ "u": "characters(char[],int,int)"
│ │ │ │ │ @@ -10199,15 +10199,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "doRetain()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.gui.sequence",
│ │ │ │ │ "c": "AbstractPeptideDigestRenderer",
│ │ │ │ │ "l": "doSortPeptides()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.symbol",
│ │ │ │ │ - "c": "AbstractManyToOneTranslationTable",
│ │ │ │ │ + "c": "AbstractReversibleTranslationTable",
│ │ │ │ │ "l": "doTranslate(Symbol)",
│ │ │ │ │ "u": "doTranslate(org.biojava.bio.symbol.Symbol)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.symbol",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleManyToOneTranslationTable",
│ │ │ │ │ "l": "doTranslate(Symbol)",
│ │ │ │ │ "u": "doTranslate(org.biojava.bio.symbol.Symbol)"
│ │ │ │ │ @@ -11030,15 +11030,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "endDocument()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.xml",
│ │ │ │ │ "c": "BaseXMLWriter",
│ │ │ │ │ "l": "endElement()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "endElement(QName)",
│ │ │ │ │ "u": "endElement(org.biojava.bio.program.sax.QName)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.blast2html",
│ │ │ │ │ "c": "Blast2HTMLHandler",
│ │ │ │ │ "l": "endElement(String, String, String)",
│ │ │ │ │ "u": "endElement(java.lang.String,java.lang.String,java.lang.String)"
│ │ │ │ │ @@ -17692,23 +17692,23 @@
│ │ │ │ │ "l": "getContainingClass()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.seq",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleRichFeatureRelationship",
│ │ │ │ │ "l": "getContainsTerm()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getContentHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "getContentHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getContentStream(InputSource)",
│ │ │ │ │ "u": "getContentStream(org.xml.sax.InputSource)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.projection",
│ │ │ │ │ "c": "ProjectedFeatureHolder",
│ │ │ │ │ "l": "getContext()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ @@ -18898,15 +18898,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "getDP()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.dp",
│ │ │ │ │ "c": "TrainingAlgorithm",
│ │ │ │ │ "l": "getDP()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getDTDHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "getDTDHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.proteomics",
│ │ │ │ │ @@ -19128,15 +19128,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "getEndOfRecord()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.tagvalue",
│ │ │ │ │ "c": "RegexParser",
│ │ │ │ │ "l": "getEndOfRecord()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getEntityResolver()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "getEntityResolver()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.candy",
│ │ │ │ │ @@ -19178,15 +19178,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "getErrorHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.gff3",
│ │ │ │ │ "c": "GFF3Parser",
│ │ │ │ │ "l": "getErrorHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getErrorHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "getErrorHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.process",
│ │ │ │ │ @@ -19310,15 +19310,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "getFeature()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.seq",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleRichLocation",
│ │ │ │ │ "l": "getFeature()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getFeature(String)",
│ │ │ │ │ "u": "getFeature(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "getFeature(String)",
│ │ │ │ │ "u": "getFeature(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ @@ -22557,23 +22557,23 @@
│ │ │ │ │ "l": "getNamespace()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.lsid",
│ │ │ │ │ "c": "LifeScienceIdentifier",
│ │ │ │ │ "l": "getNamespaceId()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getNamespacePrefix()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getNamespacePrefixes()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getNamespaces()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io",
│ │ │ │ │ "c": "NameTokenization",
│ │ │ │ │ "l": "getNameToSymbol()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.taxa",
│ │ │ │ │ @@ -23883,15 +23883,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleRichAnnotation",
│ │ │ │ │ "l": "getProperty(Object)",
│ │ │ │ │ "u": "getProperty(java.lang.Object)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getProperty(String)",
│ │ │ │ │ "u": "getProperty(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "getProperty(String)",
│ │ │ │ │ "u": "getProperty(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ @@ -27387,15 +27387,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "getURI()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleNamespace",
│ │ │ │ │ "l": "getURI()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getURIFromPrefix(String)",
│ │ │ │ │ "u": "getURIFromPrefix(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.gui.sequence",
│ │ │ │ │ "c": "ImageMap.HotSpot",
│ │ │ │ │ "l": "getURL()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ @@ -30825,15 +30825,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "issue"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bibliography",
│ │ │ │ │ "c": "BiblioJournalArticle",
│ │ │ │ │ "l": "issueSupplement"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "iState"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.taxa",
│ │ │ │ │ "c": "NCBITaxon",
│ │ │ │ │ "l": "isTaxonHidden()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.taxa",
│ │ │ │ │ @@ -34740,27 +34740,27 @@
│ │ │ │ │ "u": "%3Cinit%3E(int,int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.chromatogram",
│ │ │ │ │ "c": "Chromatogram",
│ │ │ │ │ "l": "OFFSETS"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "oFullNamespacePrefix"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "oHandler"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.proteomics",
│ │ │ │ │ "c": "MassCalc",
│ │ │ │ │ "l": "Omono"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "oNamespacePrefix"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio",
│ │ │ │ │ "c": "CardinalityConstraint",
│ │ │ │ │ "l": "ONE"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio",
│ │ │ │ │ @@ -36584,25 +36584,25 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.phylo.io.phylip",
│ │ │ │ │ "c": "PHYLIPFileFormat",
│ │ │ │ │ "l": "parse(PHYLIPFileListener, BufferedReader)",
│ │ │ │ │ "u": "parse(org.biojavax.bio.phylo.io.phylip.PHYLIPFileListener,java.io.BufferedReader)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SangerFastqReader",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "parse(Readable, ParseListener)",
│ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.Readable,org.biojava.bio.program.fastq.ParseListener)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "parse(Readable, ParseListener)",
│ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.Readable,org.biojava.bio.program.fastq.ParseListener)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "parse(String)",
│ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "parse(String)",
│ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ @@ -37341,15 +37341,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils",
│ │ │ │ │ "c": "ChangeListener",
│ │ │ │ │ "l": "preChange(ChangeEvent)",
│ │ │ │ │ "u": "preChange(org.biojava.utils.ChangeEvent)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "prefix(String)",
│ │ │ │ │ "u": "prefix(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.dp.twohead",
│ │ │ │ │ "c": "AbstractMatrixPairDPCursor",
│ │ │ │ │ "l": "press()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ @@ -38670,35 +38670,35 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.io",
│ │ │ │ │ "c": "RandomAccessReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(char[], int, int)",
│ │ │ │ │ "u": "read(char[],int,int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SangerFastqReader",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(File)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.io.File)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(File)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.io.File)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SangerFastqReader",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(InputStream)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.io.InputStream)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(InputStream)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.io.InputStream)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SangerFastqReader",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(URL)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.net.URL)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(URL)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.net.URL)"
│ │ │ │ │ @@ -43603,15 +43603,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio",
│ │ │ │ │ "c": "AnnotationType",
│ │ │ │ │ "l": "setConstraints(Object, PropertyConstraint, Location)",
│ │ │ │ │ "u": "setConstraints(java.lang.Object,org.biojava.bio.PropertyConstraint,org.biojava.bio.symbol.Location)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "setContentHandler(ContentHandler)",
│ │ │ │ │ "u": "setContentHandler(org.xml.sax.ContentHandler)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParser",
│ │ │ │ │ "l": "setContentHandler(ContentHandler)",
│ │ │ │ │ "u": "setContentHandler(org.xml.sax.ContentHandler)"
│ │ │ │ │ @@ -44285,15 +44285,15 @@
│ │ │ │ │ "u": "setDoubleProperty(org.biojava.bio.symbol.Symbol,java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.stax",
│ │ │ │ │ "c": "DoubleElementHandlerBase",
│ │ │ │ │ "l": "setDoubleValue(double)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "setDTDHandler(DTDHandler)",
│ │ │ │ │ "u": "setDTDHandler(org.xml.sax.DTDHandler)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "setDTDHandler(DTDHandler)",
│ │ │ │ │ "u": "setDTDHandler(org.xml.sax.DTDHandler)"
│ │ │ │ │ @@ -44400,15 +44400,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.tagvalue",
│ │ │ │ │ "c": "RegexParser",
│ │ │ │ │ "l": "setEndOfRecord(String)",
│ │ │ │ │ "u": "setEndOfRecord(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "setEntityResolver(EntityResolver)",
│ │ │ │ │ "u": "setEntityResolver(org.xml.sax.EntityResolver)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "setEntityResolver(EntityResolver)",
│ │ │ │ │ "u": "setEntityResolver(org.xml.sax.EntityResolver)"
│ │ │ │ │ @@ -44423,15 +44423,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "setEpsilon(double)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.stats.svm",
│ │ │ │ │ "c": "SMOTrainer",
│ │ │ │ │ "l": "setEpsilon(double)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "setErrorHandler(ErrorHandler)",
│ │ │ │ │ "u": "setErrorHandler(org.xml.sax.ErrorHandler)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "setErrorHandler(ErrorHandler)",
│ │ │ │ │ "u": "setErrorHandler(org.xml.sax.ErrorHandler)"
│ │ │ │ │ @@ -44502,15 +44502,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.gff",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleGFFRecord",
│ │ │ │ │ "l": "setFeature(String)",
│ │ │ │ │ "u": "setFeature(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "setFeature(String, boolean)",
│ │ │ │ │ "u": "setFeature(java.lang.String,boolean)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "setFeature(String, boolean)",
│ │ │ │ │ "u": "setFeature(java.lang.String,boolean)"
│ │ │ │ │ @@ -45672,15 +45672,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.seq.io",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleRichSequenceBuilder",
│ │ │ │ │ "l": "setNamespace(Namespace)",
│ │ │ │ │ "u": "setNamespace(org.biojavax.Namespace)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "setNamespacePrefix(String)",
│ │ │ │ │ "u": "setNamespacePrefix(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.stats.svm.tools",
│ │ │ │ │ "c": "ClassifierExample.PointClassifier",
│ │ │ │ │ "l": "setNegShape(Shape)",
│ │ │ │ │ "u": "setNegShape(java.awt.Shape)"
│ │ │ │ │ @@ -46172,15 +46172,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleRichAnnotation",
│ │ │ │ │ "l": "setProperty(Object, Object)",
│ │ │ │ │ "u": "setProperty(java.lang.Object,java.lang.Object)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "setProperty(String, Object)",
│ │ │ │ │ "u": "setProperty(java.lang.String,java.lang.Object)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "setProperty(String, Object)",
│ │ │ │ │ "u": "setProperty(java.lang.String,java.lang.Object)"
│ │ │ │ │ @@ -49568,15 +49568,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils",
│ │ │ │ │ "c": "ActivityListener",
│ │ │ │ │ "l": "startedActivity(Object)",
│ │ │ │ │ "u": "startedActivity(java.lang.Object)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "startElement(QName, Attributes)",
│ │ │ │ │ "u": "startElement(org.biojava.bio.program.sax.QName,org.xml.sax.Attributes)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.xml",
│ │ │ │ │ "c": "BaseXMLWriter",
│ │ │ │ │ "l": "startElement(String)",
│ │ │ │ │ "u": "startElement(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ @@ -50748,15 +50748,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq",
│ │ │ │ │ "c": "StrandParser",
│ │ │ │ │ "l": "StrandParser()",
│ │ │ │ │ "u": "%3Cinit%3E()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "SangerFastqReader",
│ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "stream(Readable, StreamListener)",
│ │ │ │ │ "u": "stream(java.lang.Readable,org.biojava.bio.program.fastq.StreamListener)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "stream(Readable, StreamListener)",
│ │ │ │ │ "u": "stream(java.lang.Readable,org.biojava.bio.program.fastq.StreamListener)"
│ │ │ │ │ @@ -52159,19 +52159,19 @@
│ │ │ │ │ "l": "TITLE_TAG"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.seq.io",
│ │ │ │ │ "c": "UniProtXMLFormat",
│ │ │ │ │ "l": "TITLE_TAG"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "tNamespacePrefixes"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "ClustalWAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "SequenceAlignmentSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "tNamespaces"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.dp",
│ │ │ │ │ "c": "TrainerTransition",
│ │ │ │ │ "l": "to"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.dp",
│ │ │ │ │ @@ -53366,15 +53366,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "translate(int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.seq",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleRichLocation",
│ │ │ │ │ "l": "translate(int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.symbol",
│ │ │ │ │ - "c": "AbstractManyToOneTranslationTable",
│ │ │ │ │ + "c": "SimpleManyToOneTranslationTable",
│ │ │ │ │ "l": "translate(Symbol)",
│ │ │ │ │ "u": "translate(org.biojava.bio.symbol.Symbol)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.symbol",
│ │ │ │ │ "c": "TranslationTable",
│ │ │ │ │ "l": "translate(Symbol)",
│ │ │ │ │ "u": "translate(org.biojava.bio.symbol.Symbol)"