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.
ParserExcep │ │ │ │ -0047f2b0: 7469 6f6e 2853 7472 696e 672c 2045 7863 tion(String, Exc │ │ │ │ -0047f2c0: 6570 7469 6f6e 293c 2f61 3e20 2d20 436f eption) - Co │ │ │ │ -0047f2d0: 6e73 7472 7563 746f 7220 666f 7220 6578 nstructor for ex │ │ │ │ -0047f2e0: 6365 7074 696f 6e20 6f72 672e 6269 6f6a ception org.bioj │ │ │ │ -0047f2f0: 6176 612e 6e62 696f 2e63 6f72 652e 6578 ava.nbio.core.ex │ │ │ │ -0047f300: 6365 7074 696f 6e73 2e3c 6120 6872 6566 ceptions.Parse │ │ │ │ -0047f380: 7245 7863 6570 7469 6f6e 3c2f 613e 3c2f rException.
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.
.
Ge │ │ │ │ -0047fa60: 7420 7468 6520 7370 6163 6520 6772 6f75 t the space grou │ │ │ │ -0047fa70: 7020 666f 7220 7468 6520 6769 7665 6e20 p for the given │ │ │ │ -0047fa80: 696e 7465 726e 6174 696f 6e61 6c20 7368 international sh │ │ │ │ -0047fa90: 6f72 7420 6e61 6d65 2c20 7573 696e 670a ort name, using. │ │ │ │ -0047faa0: 2074 6865 2050 4442 2066 6f72 6d61 742c the PDB format, │ │ │ │ -0047fab0: 2065 2e67 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 e.g.
.
.
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. │ │ │ │ -0047fc30: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
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PARSIMON │ │ │ │ -00483170: 595f 4f55 5450 5554 5f47 4c5f 5355 4646 Y_OUTPUT_GL_SUFF │ │ │ │ -00483180: 4958 5f44 4f4c 4c4f 5f44 4f4d 4149 4e53 IX_DOLLO_DOMAINS │ │ │ │ -00483190: 3c2f 613e 202d 2053 7461 7469 6320 7661 - Static va │ │ │ │ -004831a0: 7269 6162 6c65 2069 6e20 636c 6173 7320 riable in class │ │ │ │ -004831b0: 6f72 672e 666f 7265 7374 6572 2e61 7070 org.forester.app │ │ │ │ -004831c0: 6c69 6361 7469 6f6e 2e3c 6120 6872 6566 lication.surfacing
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..< │ │ │ │ -00488590: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>PDBFileReade │ │ │ │ -00488610: 7228 5374 7269 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 r(String) - │ │ │ │ -00488620: 436f 6e73 7472 7563 746f 7220 666f 7220 Constructor for │ │ │ │ -00488630: 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 class org.biojav │ │ │ │ -00488640: 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 a.nbio.structure │ │ │ │ -00488650: 2e69 6f2e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 .io.PD │ │ │ │ -004886c0: 4246 696c 6552 6561 6465 723c 2f61 3e3c BFileReader< │ │ │ │ -004886d0: 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 /dt>.
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. This meth │ │ │ │ -004adc60: 6f64 2074 7269 6573 2074 6f20 7072 6f63 od tries to proc │ │ │ │ -004adc70: 6573 7320 616c 6c20 7468 6520 6176 6169 ess all the avai │ │ │ │ -004adc80: 6c61 626c 6520 6661 7374 6120 7265 636f lable fasta reco │ │ │ │ -004adc90: 7264 730a 2069 6e20 7468 6520 4669 6c65 rds. in the File │ │ │ │ -004adca0: 206f 7220 496e 7075 7453 7472 6561 6d2c or InputStream, │ │ │ │ -004adcb0: 2063 6c6f 7365 7320 7468 6520 756e 6465 closes the unde │ │ │ │ -004adcc0: 726c 7969 6e67 2072 6573 6f75 7263 652c rlying resource, │ │ │ │ -004adcd0: 0a20 616e 6420 7265 7475 726e 2074 6865 . and return the │ │ │ │ -004adce0: 2072 6573 756c 7473 2069 6e20 3c61 2068 results in LinkedHashMa │ │ │ │ -004adda0: 703c 2f63 6f64 653e 3c2f 613e 2e3c 6272 p.
. You don't nee │ │ │ │ -004addc0: 6420 746f 2063 616c 6c20 3c61 2068 7265 d to call < │ │ │ │ -004ade10: 636f 6465 3e46 6173 7461 5265 6164 6572 code>FastaReader │ │ │ │ -004ade20: 2e63 6c6f 7365 2829 3c2f 636f 6465 3e3c .close()< │ │ │ │ -004ade30: 2f61 3e20 6166 7465 7220 6361 6c6c 696e /a> after callin │ │ │ │ -004ade40: 6720 7468 6973 206d 6574 686f 642e 3c2f g this method..
.
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. This met │ │ │ │ -004ae110: 686f 6420 7769 6c6c 2072 6574 7572 6e20 hod will return │ │ │ │ -004ae120: 616c 6c20 7468 6520 6176 6169 6c61 626c all the availabl │ │ │ │ -004ae130: 6520 4765 6e62 616e 6b20 7265 636f 7264 e Genbank record │ │ │ │ -004ae140: 730a 2069 6e20 7468 6520 4669 6c65 206f s. in the File o │ │ │ │ -004ae150: 7220 496e 7075 7453 7472 6561 6d2c 2063 r InputStream, c │ │ │ │ -004ae160: 6c6f 7365 7320 7468 6520 756e 6465 726c loses the underl │ │ │ │ -004ae170: 7969 6e67 2072 6573 6f75 7263 652c 0a20 ying resource,. │ │ │ │ -004ae180: 616e 6420 7265 7475 726e 2074 6865 2072 and return the r │ │ │ │ -004ae190: 6573 756c 7473 2069 6e20 3c61 2068 7265 esults in LinkedHashMap< │ │ │ │ -004ae250: 2f63 6f64 653e 3c2f 613e 2e3c 6272 3e0a /code>.
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. Subseque │ │ │ │ -004aee20: 6e74 2063 616c 6c73 2074 6f20 7468 6520 nt calls to the │ │ │ │ -004aee30: 7361 6d65 206d 6574 686f 6420 636f 6e74 same method cont │ │ │ │ -004aee40: 696e 7565 2070 6172 7369 6e67 2074 6865 inue parsing the │ │ │ │ -004aee50: 2072 6573 7420 6f66 2074 6865 2066 696c rest of the fil │ │ │ │ -004aee60: 652e 3c62 723e 0a20 5468 6973 2069 7320 e.
. This is │ │ │ │ -004aee70: 7061 7274 6963 756c 6172 6c79 2075 7365 particularly use │ │ │ │ -004aee80: 6675 6c20 7768 656e 2064 6561 6c69 6e67 ful when dealing │ │ │ │ -004aee90: 2077 6974 6820 7665 7279 2062 6967 2064 with very big d │ │ │ │ -004aeea0: 6174 6120 6669 6c65 732c 0a20 2865 2e67 ata files,. (e.g │ │ │ │ -004aeeb0: 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 .
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.. Subs │ │ │ │ -004af0a0: 6571 7565 6e74 2063 616c 6c73 2074 6f20 equent calls to │ │ │ │ -004af0b0: 7468 6520 7361 6d65 206d 6574 686f 6420 the same method │ │ │ │ -004af0c0: 636f 6e74 696e 7565 2070 6172 7369 6e67 continue parsing │ │ │ │ -004af0d0: 2074 6865 2072 6573 7420 6f66 2074 6865 the rest of the │ │ │ │ -004af0e0: 2066 696c 652e 3c62 723e 0a20 5468 6973 file.
. This │ │ │ │ -004af0f0: 2069 7320 7061 7274 6963 756c 6172 6c79 is particularly │ │ │ │ -004af100: 2075 7365 6675 6c20 7768 656e 2064 6561 useful when dea │ │ │ │ -004af110: 6c69 6e67 2077 6974 6820 7665 7279 2062 ling with very b │ │ │ │ -004af120: 6967 2064 6174 6120 6669 6c65 732c 0a20 ig data files,. │ │ │ │ -004af130: 2865 2e67 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 (e.g.
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The │ │ │ │ -004af2b0: 2070 6172 7369 6e67 2069 7320 646f 6e65 parsing is done │ │ │ │ -004af2c0: 2069 6e20 7468 6973 206d 6574 686f 642e in this method. │ │ │ │ -004af2d0: 3c62 723e 0a20 5468 6973 206d 6574 686f
. This metho │ │ │ │ -004af2e0: 6420 7472 6965 7320 746f 2070 726f 6365 d tries to proce │ │ │ │ -004af2f0: 7373 2061 6c6c 2074 6865 2045 6d62 6c20 ss all the Embl │ │ │ │ -004af300: 7265 636f 7264 730a 2069 6e20 7468 6520 records. in the │ │ │ │ -004af310: 4669 6c65 202c 2063 6c6f 7365 7320 7468 File , closes th │ │ │ │ -004af320: 6520 756e 6465 726c 7969 6e67 2072 6573 e underlying res │ │ │ │ -004af330: 6f75 7263 652c 0a20 616e 6420 7265 7475 ource,. and retu │ │ │ │ -004af340: 726e 2074 6865 2072 6573 756c 7473 2069 rn the results i │ │ │ │ -004af350: 6e20 6f62 6a65 6374 206f 6620 456d 626c n object of Embl │ │ │ │ -004af360: 5265 636f 7264 2e3c 6272 3e3c 2f64 6976 Record.
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.
A Resid │ │ │ │ -004e5b60: 7565 4772 6f75 7020 6973 2061 2073 6574 ueGroup is a set │ │ │ │ -004e5b70: 206f 6620 7265 7369 6475 6573 2074 6861 of residues tha │ │ │ │ -004e5b80: 7420 6172 6520 7061 7274 206f 6620 6120 t are part of a │ │ │ │ -004e5b90: 6d61 7869 6d61 6c6c 7920 636f 6e6e 6563 maximally connec │ │ │ │ -004e5ba0: 7465 640a 2063 6f6d 706f 6e65 6e74 206f ted. component o │ │ │ │ -004e5bb0: 6620 7468 6520 7365 6c66 2d41 6c69 676e f the self-Align │ │ │ │ -004e5bc0: 6d65 6e74 2047 7261 7068 2069 6e20 7379 ment Graph in sy │ │ │ │ -004e5bd0: 6d6d 6574 7279 2061 6e61 6c79 7369 732e mmetry analysis. │ │ │ │ -004e5be0: 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474
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.
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< │ │ │ │ -004e5de0: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ -004e5df0: 6176 612f 6e62 696f 2f73 7472 7563 7475 ava/nbio/structu │ │ │ │ -004e5e00: 7265 2f48 6574 6174 6f6d 496d 706c 2e68 re/HetatomImpl.h │ │ │ │ -004e5e10: 746d 6c23 7265 7369 6475 654e 756d 6265 tml#residueNumbe │ │ │ │ -004e5e20: 7222 2063 6c61 7373 3d22 6d65 6d62 6572 r" class="member │ │ │ │ -004e5e30: 2d6e 616d 652d 6c69 6e6b 223e 7265 7369 -name-link">resi │ │ │ │ -004e5e40: 6475 654e 756d 6265 723c 2f61 3e20 2d20 dueNumber - │ │ │ │ -004e5e50: 5661 7269 6162 6c65 2069 6e20 636c 6173 Variable in clas │ │ │ │ -004e5e60: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ -004e5e70: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e3c 6120 io.structure.H │ │ │ │ -004e5ee0: 6574 6174 6f6d 496d 706c 3c2f 613e 3c2f etatomImpl.
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..
Everything │ │ │ │ -004e6020: 2074 6861 7420 6973 206e 6565 6465 6420 that is needed │ │ │ │ -004e6030: 746f 2075 6e69 7175 656c 7920 6465 7363 to uniquely desc │ │ │ │ -004e6040: 7269 6265 2061 2072 6573 6964 7565 2070 ribe a residue p │ │ │ │ -004e6050: 6f73 6974 696f 6e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f osition
..
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.
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.
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.
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.
.
A chainName │ │ │ │ -004e65a0: 2c20 6120 7374 6172 7420 7265 7369 6475 , a start residu │ │ │ │ -004e65b0: 652c 2061 6e64 2061 6e20 656e 6420 7265 e, and an end re │ │ │ │ -004e65c0: 7369 6475 652e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 sidue.
..
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.
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.
.
R │ │ │ │ -004e9b70: 4641 4d3c 2f61 3e20 2d20 5374 6174 6963 FAM - Static │ │ │ │ -004e9b80: 2076 6172 6961 626c 6520 696e 2063 6c61 variable in cla │ │ │ │ -004e9b90: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ -004e9ba0: 6269 6f2e 616c 6967 6e6d 656e 742e 696f bio.alignment.io │ │ │ │ -004e9bb0: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 . │ │ │ │ -004e9c20: 5374 6f63 6b68 6f6c 6d53 7472 7563 7475 StockholmStructu │ │ │ │ -004e9c30: 7265 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e re
.
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.
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.
│ │ │ │ -004ecda0: 524e 4143 6f6d 706f 756e 6453 6574 3c2f RNACompoundSet - Class in org.biojava │ │ │ │ -004ece10: 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e73 6571 7565 .nbio.core.seque │ │ │ │ -004ece20: 6e63 652e 636f 6d70 6f75 6e64 3c2f 613e nce.compound │ │ │ │ -004ece30: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e 6273 703b
.
  │ │ │ │ -004ece40: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
RNACompoun │ │ │ │ -004ecec0: 6453 6574 2829 3c2f 613e 202d 2043 6f6e dSet() - Con │ │ │ │ -004eced0: 7374 7275 6374 6f72 2066 6f72 2063 6c61 structor for cla │ │ │ │ -004ecee0: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ -004ecef0: 6269 6f2e 636f 7265 2e73 6571 7565 6e63 bio.core.sequenc │ │ │ │ -004ecf00: 652e 636f 6d70 6f75 6e64 2e3c 6120 6872 e.compound.RNACom │ │ │ │ -004ecf90: 706f 756e 6453 6574 3c2f 613e 3c2f 6474 poundSet
.
 
.
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.
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.
. │ │ │ │ -004ed490: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
RNASequence( │ │ │ │ -004ed510: 5374 7269 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 436f String) - Co │ │ │ │ -004ed520: 6e73 7472 7563 746f 7220 666f 7220 636c nstructor for cl │ │ │ │ -004ed530: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ -004ed540: 6e62 696f 2e63 6f72 652e 7365 7175 656e nbio.core.sequen │ │ │ │ -004ed550: 6365 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f ce.RNA │ │ │ │ -004ed5c0: 5365 7175 656e 6365 3c2f 613e 3c2f 6474 Sequence
.
.
Create │ │ │ │ -004ed5f0: 2061 2052 4e41 2073 6571 7565 6e63 6520 a RNA sequence │ │ │ │ -004ed600: 6672 6f6d 2061 2053 7472 696e 673c 2f64 from a String.
.
RNASequence(St │ │ │ │ -004ed6d0: 7269 6e67 2c20 436f 6d70 6f75 6e64 5365 ring, CompoundSe │ │ │ │ -004ed6e0: 7426 6c74 3b4e 7563 6c65 6f74 6964 6543 t<NucleotideC │ │ │ │ -004ed6f0: 6f6d 706f 756e 6426 6774 3b29 3c2f 613e ompound>) │ │ │ │ -004ed700: 202d 2043 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2066 - Constructor f │ │ │ │ -004ed710: 6f72 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f or class org.bio │ │ │ │ -004ed720: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e73 java.nbio.core.s │ │ │ │ -004ed730: 6571 7565 6e63 652e 3c61 2068 7265 663d equence.RNASequence
.
.
C │ │ │ │ -004ed7d0: 7265 6174 6520 6120 524e 4120 7365 7175 reate a RNA sequ │ │ │ │ -004ed7e0: 656e 6365 2066 726f 6d20 6120 7374 7269 ence from a stri │ │ │ │ -004ed7f0: 6e67 2077 6974 6820 6120 7573 6572 2064 ng with a user d │ │ │ │ -004ed800: 6566 696e 6564 2052 4e41 2063 6f6d 706f efined RNA compo │ │ │ │ -004ed810: 756e 6420 7365 743c 2f64 6976 3e0a 3c2f und set
..
RNASequence(P │ │ │ │ -004ed8d0: 726f 7879 5365 7175 656e 6365 5265 6164 roxySequenceRead │ │ │ │ -004ed8e0: 6572 266c 743b 4e75 636c 656f 7469 6465 er<Nucleotide │ │ │ │ -004ed8f0: 436f 6d70 6f75 6e64 2667 743b 293c 2f61 Compound>) - Constructor │ │ │ │ -004ed910: 666f 7220 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 for class org.bi │ │ │ │ -004ed920: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e63 6f72 652e ojava.nbio.core. │ │ │ │ -004ed930: 7365 7175 656e 6365 2e3c 6120 6872 6566 sequence.RNASequence
.
. │ │ │ │ -004ed9d0: 4372 6561 7465 2061 2052 4e41 2061 6571 Create a RNA aeq │ │ │ │ -004ed9e0: 7565 6e63 6520 6672 6f6d 2061 2070 726f uence from a pro │ │ │ │ -004ed9f0: 7879 2072 6561 6465 723c 2f64 6976 3e0a xy reader. │ │ │ │ -004eda00: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
RNASequ │ │ │ │ -004edae0: 656e 6365 2850 726f 7879 5365 7175 656e ence(ProxySequen │ │ │ │ -004edaf0: 6365 5265 6164 6572 266c 743b 4e75 636c ceReader<Nucl │ │ │ │ -004edb00: 656f 7469 6465 436f 6d70 6f75 6e64 2667 eotideCompound&g │ │ │ │ -004edb10: 743b 2c20 436f 6d70 6f75 6e64 5365 7426 t;, CompoundSet& │ │ │ │ -004edb20: 6c74 3b4e 7563 6c65 6f74 6964 6543 6f6d lt;NucleotideCom │ │ │ │ -004edb30: 706f 756e 6426 6774 3b29 3c2f 613e 202d pound>) - │ │ │ │ -004edb40: 2043 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2066 6f72 Constructor for │ │ │ │ -004edb50: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ -004edb60: 7661 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e73 6571 va.nbio.core.seq │ │ │ │ -004edb70: 7565 6e63 652e 3c61 2068 7265 663d 226f uence. │ │ │ │ -004edbe0: 524e 4153 6571 7565 6e63 653c 2f61 3e3c RNASequence< │ │ │ │ -004edbf0: 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 /dt>.
.
Cre │ │ │ │ -004edc10: 6174 6520 6120 524e 4120 7365 7175 656e ate a RNA sequen │ │ │ │ -004edc20: 6365 2066 726f 6d20 6120 7072 6f78 7920 ce from a proxy │ │ │ │ -004edc30: 7265 6164 6572 2061 6e64 2075 7365 7220 reader and user │ │ │ │ -004edc40: 6465 6669 6e65 6420 524e 4120 636f 6d70 defined RNA comp │ │ │ │ -004edc50: 6f75 6e64 2073 6574 3c2f 6469 763e 0a3c ound set
.< │ │ │ │ -004edc60: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
RNASequen │ │ │ │ -004edd00: 6365 4372 6561 746f 723c 2f61 3e20 2d20 ceCreator - │ │ │ │ -004edd10: 436c 6173 7320 696e 203c 6120 6872 6566 Class in org.bi │ │ │ │ -004edd60: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e63 6f72 652e ojava.nbio.core. │ │ │ │ -004edd70: 7365 7175 656e 6365 2e69 6f3c 2f61 3e3c sequence.io< │ │ │ │ -004edd80: 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 /dt>.
.
Use │ │ │ │ -004edda0: 6420 746f 2063 7265 6174 6520 6120 524e d to create a RN │ │ │ │ -004eddb0: 4120 7365 7175 656e 6365 3c2f 6469 763e A sequence
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.
RNASeque │ │ │ │ -004ede70: 6e63 6543 7265 6174 6f72 2843 6f6d 706f nceCreator(Compo │ │ │ │ -004ede80: 756e 6453 6574 266c 743b 4e75 636c 656f undSet<Nucleo │ │ │ │ -004ede90: 7469 6465 436f 6d70 6f75 6e64 2667 743b tideCompound> │ │ │ │ -004edea0: 293c 2f61 3e20 2d20 436f 6e73 7472 7563 ) - Construc │ │ │ │ -004edeb0: 746f 7220 666f 7220 636c 6173 7320 6f72 tor for class or │ │ │ │ -004edec0: 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e63 g.biojava.nbio.c │ │ │ │ -004eded0: 6f72 652e 7365 7175 656e 6365 2e69 6f2e ore.sequence.io. │ │ │ │ -004edee0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f RNASequen │ │ │ │ -004edf60: 6365 4372 6561 746f 723c 2f61 3e3c 2f64 ceCreator.
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.
.Attempts to do │ │ │ │ -004ee0d0: 6f6e 2074 6865 2066 6c79 2074 7261 6e73 on the fly trans │ │ │ │ -004ee0e0: 6c61 7469 6f6e 206f 6620 524e 4120 6279 lation of RNA by │ │ │ │ -004ee0f0: 206e 6f74 2072 6571 7565 7374 696e 6720 not requesting │ │ │ │ -004ee100: 7468 6520 636f 6d70 6f75 6e64 730a 2075 the compounds. u │ │ │ │ -004ee110: 6e74 696c 2061 736b 6564 2e3c 2f64 6976 ntil asked..
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│ │ │ │ -004efaf0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f rotate(Group │ │ │ │ -004efb80: 2c20 646f 7562 6c65 5b5d 5b5d 293c 2f61 , double[][]) - Static metho │ │ │ │ -004efba0: 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 d in class org.b │ │ │ │ -004efbb0: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ -004efbc0: 6374 7572 652e 3c61 2068 7265 663d 226f cture.Calc
.< │ │ │ │ -004efc30: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
Rotate a │ │ │ │ -004efc50: 4772 6f75 702e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 Group.
..
r │ │ │ │ -004efd00: 6f74 6174 6528 4772 6f75 702c 204d 6174 otate(Group, Mat │ │ │ │ -004efd10: 7269 7829 3c2f 613e 202d 2053 7461 7469 rix) - Stati │ │ │ │ -004efd20: 6320 6d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 c method in clas │ │ │ │ -004efd30: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ -004efd40: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e3c 6120 io.structure.Calc │ │ │ │ -004efdb0: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c 6469 7620
.
.
Ro │ │ │ │ -004efdd0: 7461 7465 2061 2067 726f 7570 206f 626a tate a group obj │ │ │ │ -004efde0: 6563 742e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e ect.
.
│ │ │ │ -004efdf0: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
rot │ │ │ │ -004efe80: 6174 6528 5374 7275 6374 7572 652c 2064 ate(Structure, d │ │ │ │ -004efe90: 6f75 626c 655b 5d5b 5d29 3c2f 613e 202d ouble[][]) - │ │ │ │ -004efea0: 2053 7461 7469 6320 6d65 7468 6f64 2069 Static method i │ │ │ │ -004efeb0: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ -004efec0: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ -004efed0: 7265 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f re.Ca │ │ │ │ -004eff30: 6c63 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e lc
.
│ │ │ │ -004eff40: 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d 2262 6c6f .
Rotate a str │ │ │ │ -004eff60: 7563 7475 7265 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f ucture.
..
rotate(Struc │ │ │ │ -004f0020: 7475 7265 2c20 4d61 7472 6978 293c 2f61 ture, Matrix) - Static metho │ │ │ │ -004f0040: 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 d in class org.b │ │ │ │ -004f0050: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ -004f0060: 6374 7572 652e 3c61 2068 7265 663d 226f cture.Calc
.< │ │ │ │ -004f00d0: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
Rotate a │ │ │ │ -004f00f0: 7374 7275 6374 7572 6520 6f62 6a65 6374 structure object │ │ │ │ -004f0100: 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 .
..r │ │ │ │ -004f0190: 6f74 6174 6548 7565 2843 6f6c 6f72 2c20 otateHue(Color, │ │ │ │ -004f01a0: 666c 6f61 7429 3c2f 613e 202d 2053 7461 float) - Sta │ │ │ │ -004f01b0: 7469 6320 6d65 7468 6f64 2069 6e20 636c tic method in cl │ │ │ │ -004f01c0: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ -004f01d0: 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e67 nbio.structure.g │ │ │ │ -004f01e0: 7569 2e75 7469 6c2e 636f 6c6f 722e 3c61 ui.util.color.Col │ │ │ │ -004f0270: 6f72 5574 696c 733c 2f61 3e3c 2f64 743e orUtils │ │ │ │ -004f0280: 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 .
.
Rotate │ │ │ │ -004f02a0: 6120 636f 6c6f 7220 7468 726f 7567 6820 a color through │ │ │ │ -004f02b0: 4853 4220 7370 6163 653c 2f64 6976 3e0a HSB space
. │ │ │ │ -004f02c0: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
rotateJ │ │ │ │ -004f0360: 6d6f 6c28 4d61 7472 6978 293c 2f61 3e20 mol(Matrix) │ │ │ │ -004f0370: 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 - Method in clas │ │ │ │ -004f0380: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ -004f0390: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e61 6c69 io.structure.ali │ │ │ │ -004f03a0: 676e 2e67 7569 2e6a 6d6f 6c2e 3c61 2068 gn.gui.jmol.JmolPa │ │ │ │ -004f0430: 6e65 6c3c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 nel
.
 
.
Rotation │ │ │ │ -004f04f0: 2d20 436c 6173 7320 696e 203c 6120 6872 - Class in org.biojava.n │ │ │ │ -004f0550: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 7379 bio.structure.sy │ │ │ │ -004f0560: 6d6d 6574 7279 2e63 6f72 653c 2f61 3e3c mmetry.core< │ │ │ │ -004f0570: 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c /dt>.
 < │ │ │ │ -004f0580: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
│ │ │ │ -004f05f0: 526f 7461 7469 6f6e 2829 3c2f 613e 202d Rotation() - │ │ │ │ -004f0600: 2043 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2066 6f72 Constructor for │ │ │ │ -004f0610: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ -004f0620: 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 va.nbio.structur │ │ │ │ -004f0630: 652e 7379 6d6d 6574 7279 2e63 6f72 652e e.symmetry.core. │ │ │ │ -004f0640: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f Rotat │ │ │ │ -004f06c0: 696f 6e3c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 ion
.
 
.
ROTATION │ │ │ │ -004f0760: 202d 2045 6e75 6d20 636f 6e73 7461 6e74 - Enum constant │ │ │ │ -004f0770: 2069 6e20 656e 756d 2063 6c61 7373 206f in enum class o │ │ │ │ -004f0780: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ -004f0790: 7374 7275 6374 7572 652e 7379 6d6d 6574 structure.symmet │ │ │ │ -004f07a0: 7279 2e63 6f72 652e 3c61 2068 7265 663d ry.core.Symmetry │ │ │ │ -004f0840: 5065 7263 6570 7469 6f6e 4d65 7468 6f64 PerceptionMethod │ │ │ │ -004f0850: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e
.
&n │ │ │ │ -004f0860: 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 bsp;
.
Ro │ │ │ │ -004f0900: 7461 7469 6f6e 4178 6973 3c2f 613e 202d tationAxis - │ │ │ │ -004f0910: 2043 6c61 7373 2069 6e20 3c61 2068 7265 Class in o │ │ │ │ -004f0960: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ -004f0970: 7374 7275 6374 7572 652e 616c 6967 6e2e structure.align. │ │ │ │ -004f0980: 7574 696c 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 util
..
Calculates │ │ │ │ -004f09b0: 2074 6865 2072 6f74 6174 696f 6e20 6178 the rotation ax │ │ │ │ -004f09c0: 6973 2066 6f72 2061 6e20 616c 6967 6e6d is for an alignm │ │ │ │ -004f09d0: 656e 743c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a ent
.. │ │ │ │ -004f09e0: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
RotationAxis(M │ │ │ │ -004f0a70: 6174 7269 7834 6429 3c2f 613e 202d 2043 atrix4d) - C │ │ │ │ -004f0a80: 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2066 6f72 2063 onstructor for c │ │ │ │ -004f0a90: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ -004f0aa0: 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e .nbio.structure. │ │ │ │ -004f0ab0: 616c 6967 6e2e 7574 696c 2e3c 6120 6872 align.util.RotationAxis │ │ │ │ -004f0b40: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c
.
.< │ │ │ │ -004f0b50: 6469 7620 636c 6173 733d 2262 6c6f 636b div class="block │ │ │ │ -004f0b60: 223e 4372 6561 7465 2061 2072 6f74 6174 ">Create a rotat │ │ │ │ -004f0b70: 696f 6e20 6178 6973 2066 726f 6d20 6120 ion axis from a │ │ │ │ -004f0b80: 4d61 7472 6978 3464 2063 6f6e 7461 696e Matrix4d contain │ │ │ │ -004f0b90: 696e 6720 6120 726f 7461 7469 6f6e 616c ing a rotational │ │ │ │ -004f0ba0: 0a20 636f 6d70 6f6e 656e 7420 616e 6420 . component and │ │ │ │ -004f0bb0: 6120 7472 616e 736c 6174 696f 6e61 6c20 a translational │ │ │ │ -004f0bc0: 636f 6d70 6f6e 656e 742e 3c2f 6469 763e component. │ │ │ │ -004f0bd0: 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 .
.
RotationAxis(A │ │ │ │ -004f0c80: 4650 4368 6169 6e29 3c2f 613e 202d 2043 FPChain) - C │ │ │ │ -004f0c90: 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2066 6f72 2063 onstructor for c │ │ │ │ -004f0ca0: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ -004f0cb0: 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e .nbio.structure. │ │ │ │ -004f0cc0: 616c 6967 6e2e 7574 696c 2e3c 6120 6872 align.util.RotationAxis │ │ │ │ -004f0d50: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c
.
.< │ │ │ │ -004f0d60: 6469 7620 636c 6173 733d 2262 6c6f 636b div class="block │ │ │ │ -004f0d70: 223e 4361 6c63 756c 6174 6520 7468 6520 ">Calculate the │ │ │ │ -004f0d80: 726f 7461 7469 6f6e 2061 7869 7320 666f rotation axis fo │ │ │ │ -004f0d90: 7220 7468 6520 6669 7273 7420 626c 6f63 r the first bloc │ │ │ │ -004f0da0: 6b20 6f66 2061 6e20 4146 5043 6861 696e k of an AFPChain │ │ │ │ -004f0db0: 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474 .
.
R │ │ │ │ -004f0e70: 6f74 6174 696f 6e41 7869 7328 4174 6f6d otationAxis(Atom │ │ │ │ -004f0e80: 2c20 4174 6f6d 2c20 646f 7562 6c65 293c , Atom, double)< │ │ │ │ -004f0e90: 2f61 3e20 2d20 436f 6e73 7472 7563 746f /a> - Constructo │ │ │ │ -004f0ea0: 7220 666f 7220 636c 6173 7320 6f72 672e r for class org. │ │ │ │ -004f0eb0: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 biojava.nbio.str │ │ │ │ -004f0ec0: 7563 7475 7265 2e61 6c69 676e 2e75 7469 ucture.align.uti │ │ │ │ -004f0ed0: 6c2e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 l.Rotat │ │ │ │ -004f0f50: 696f 6e41 7869 733c 2f61 3e3c 2f64 743e ionAxis
│ │ │ │ -004f0f60: 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 .
.
Create │ │ │ │ -004f0f80: 6120 726f 7461 7469 6f6e 2061 7869 7320 a rotation axis │ │ │ │ -004f0f90: 6672 6f6d 2061 2076 6563 746f 722c 2061 from a vector, a │ │ │ │ -004f0fa0: 2070 6f69 6e74 2c20 616e 6420 616e 2061 point, and an a │ │ │ │ -004f0fb0: 6e67 6c65 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 ngle.
.
.
RotationAxis │ │ │ │ -004f1080: 284d 6174 7269 782c 2041 746f 6d29 3c2f (Matrix, Atom) - Constructor │ │ │ │ -004f10a0: 2066 6f72 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 for class org.b │ │ │ │ -004f10b0: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ -004f10c0: 6374 7572 652e 616c 6967 6e2e 7574 696c cture.align.util │ │ │ │ -004f10d0: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 .Rotati │ │ │ │ -004f1150: 6f6e 4178 6973 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a onAxis
. │ │ │ │ -004f1160: 3c64 643e 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d
.
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..
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S

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Creates a ref │ │ │ │ -00510c10: 696e 6564 2061 6c69 676e 6d65 6e74 2077 ined alignment w │ │ │ │ -00510c20: 6974 6820 7468 6520 4345 2d53 796d 6d20 ith the CE-Symm │ │ │ │ -00510c30: 616c 7465 726e 6174 6976 6520 7365 6c66 alternative self │ │ │ │ -00510c40: 2d61 6c69 676e 6d65 6e74 2e3c 2f64 6976 -alignment.
.
.
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.
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.
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A lo │ │ │ │ -005117b0: 6361 7469 6f6e 2069 6e20 6120 7365 7175 cation in a sequ │ │ │ │ -005117c0: 656e 6365 2074 6861 7420 6b65 6570 7320 ence that keeps │ │ │ │ -005117d0: 6120 7265 6665 7265 6e63 6520 746f 2069 a reference to i │ │ │ │ -005117e0: 7473 2070 6172 656e 7420 7365 7175 656e ts parent sequen │ │ │ │ -005117f0: 6365 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c ce
.
.< │ │ │ │ -00511800: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>Sequen │ │ │ │ -00511880: 6365 4c6f 6361 7469 6f6e 2869 6e74 2c20 ceLocation(int, │ │ │ │ -00511890: 696e 742c 2053 293c 2f61 3e20 2d20 436f int, S) - Co │ │ │ │ -005118a0: 6e73 7472 7563 746f 7220 666f 7220 636c nstructor for cl │ │ │ │ -005118b0: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ -005118c0: 6e62 696f 2e63 6f72 652e 7365 7175 656e nbio.core.sequen │ │ │ │ -005118d0: 6365 2e6c 6f63 6174 696f 6e2e 3c61 2068 ce.location.Seq │ │ │ │ -00511960: 7565 6e63 654c 6f63 6174 696f 6e3c 2f61 uenceLocation.
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.
 
.
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.
&nb │ │ │ │ -00511f40: 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 sp;
.
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.
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.
. │ │ │ │ -00512130: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
S │ │ │ │ -005121a0: 6571 7565 6e63 654d 6978 696e 2829 3c2f equenceMixin() - Constructor │ │ │ │ -005121c0: 2066 6f72 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 for class org.b │ │ │ │ -005121d0: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 iojava.nbio.core │ │ │ │ -005121e0: 2e73 6571 7565 6e63 652e 7465 6d70 6c61 .sequence.templa │ │ │ │ -005121f0: 7465 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f te.SequenceMixin
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.< │ │ │ │ -0051e850: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
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. │ │ │ │ -0053ce30: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265 .
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.
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.
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.
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.
PA │ │ │ │ +00481730: 5253 494d 4f4e 595f 4f55 5450 5554 5f44 RSIMONY_OUTPUT_D │ │ │ │ +00481740: 4f4c 4c4f 5f4c 4f53 5345 535f 4854 4d4c OLLO_LOSSES_HTML │ │ │ │ +00481750: 5f44 3c2f 613e 202d 2053 7461 7469 6320 _D - Static │ │ │ │ +00481760: 7661 7269 6162 6c65 2069 6e20 636c 6173 variable in clas │ │ │ │ +00481770: 7320 6f72 672e 666f 7265 7374 6572 2e61 s org.forester.a │ │ │ │ +00481780: 7070 6c69 6361 7469 6f6e 2e3c 6120 6872 pplication.surfacing │ │ │ │ +004817f0: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e
.
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.
PARSIM │ │ │ │ +00481890: 4f4e 595f 4f55 5450 5554 5f44 4f4c 4c4f ONY_OUTPUT_DOLLO │ │ │ │ +004818a0: 5f4c 4f53 5345 535f 5345 434f 4e44 4152 _LOSSES_SECONDAR │ │ │ │ +004818b0: 595f 4645 4154 5552 4553 3c2f 613e 202d Y_FEATURES - │ │ │ │ +004818c0: 2053 7461 7469 6320 7661 7269 6162 6c65 Static variable │ │ │ │ +004818d0: 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 666f in class org.fo │ │ │ │ +004818e0: 7265 7374 6572 2e61 7070 6c69 6361 7469 rester.applicati │ │ │ │ +004818f0: 6f6e 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f on.s │ │ │ │ +00481950: 7572 6661 6369 6e67 3c2f 613e 3c2f 6474 urfacing
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.
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.
P │ │ │ │ +00481b30: 4152 5349 4d4f 4e59 5f4f 5554 5055 545f ARSIMONY_OUTPUT_ │ │ │ │ +00481b40: 444f 4c4c 4f5f 5052 4553 454e 545f 4854 DOLLO_PRESENT_HT │ │ │ │ +00481b50: 4d4c 5f44 3c2f 613e 202d 2053 7461 7469 ML_D - Stati │ │ │ │ +00481b60: 6320 7661 7269 6162 6c65 2069 6e20 636c c variable in cl │ │ │ │ +00481b70: 6173 7320 6f72 672e 666f 7265 7374 6572 ass org.forester │ │ │ │ +00481b80: 2e61 7070 6c69 6361 7469 6f6e 2e3c 6120 .application.surfaci │ │ │ │ +00481bf0: 6e67 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e ng
.
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.
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.
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.
PARSIMONY │ │ │ │ +00481e00: 5f4f 5554 5055 545f 4649 5443 485f 414c _OUTPUT_FITCH_AL │ │ │ │ +00481e10: 4c5f 474f 4944 5f42 435f 414c 4c5f 4e41 L_GOID_BC_ALL_NA │ │ │ │ +00481e20: 4d45 5350 4143 4553 3c2f 613e 202d 2053 MESPACES - S │ │ │ │ +00481e30: 7461 7469 6320 7661 7269 6162 6c65 2069 tatic variable i │ │ │ │ +00481e40: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 666f 7265 n class org.fore │ │ │ │ +00481e50: 7374 6572 2e61 7070 6c69 6361 7469 6f6e ster.application │ │ │ │ +00481e60: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 666f .sur │ │ │ │ +00481ec0: 6661 6369 6e67 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a facing
. │ │ │ │ +00481ed0: 3c64 643e 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a
 
. │ │ │ │ +00481ee0: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
P │ │ │ │ +00481f50: 4152 5349 4d4f 4e59 5f4f 5554 5055 545f ARSIMONY_OUTPUT_ │ │ │ │ +00481f60: 4649 5443 485f 4741 494e 535f 4243 3c2f FITCH_GAINS_BC - Static vari │ │ │ │ +00481f80: 6162 6c65 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 able in class or │ │ │ │ +00481f90: 672e 666f 7265 7374 6572 2e61 7070 6c69 g.forester.appli │ │ │ │ +00481fa0: 6361 7469 6f6e 2e3c 6120 6872 6566 3d22 cation.surfacing │ │ │ │ +00482010: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e 6273 703b
.
  │ │ │ │ +00482020: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
PARSIM │ │ │ │ +004820a0: 4f4e 595f 4f55 5450 5554 5f46 4954 4348 ONY_OUTPUT_FITCH │ │ │ │ +004820b0: 5f47 4149 4e53 5f48 544d 4c5f 4243 3c2f _GAINS_HTML_BC - Static vari │ │ │ │ +004820d0: 6162 6c65 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 able in class or │ │ │ │ +004820e0: 672e 666f 7265 7374 6572 2e61 7070 6c69 g.forester.appli │ │ │ │ +004820f0: 6361 7469 6f6e 2e3c 6120 6872 6566 3d22 cation.surfacing │ │ │ │ +00482160: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e 6273 703b
.
  │ │ │ │ +00482170: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
PARSIMONY_ │ │ │ │ +004821f0: 4f55 5450 5554 5f46 4954 4348 5f4c 4f53 OUTPUT_FITCH_LOS │ │ │ │ +00482200: 5345 535f 4243 3c2f 613e 202d 2053 7461 SES_BC - Sta │ │ │ │ +00482210: 7469 6320 7661 7269 6162 6c65 2069 6e20 tic variable in │ │ │ │ +00482220: 636c 6173 7320 6f72 672e 666f 7265 7374 class org.forest │ │ │ │ +00482230: 6572 2e61 7070 6c69 6361 7469 6f6e 2e3c er.application.< │ │ │ │ +00482240: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 666f 7265 a href="org/fore │ │ │ │ +00482250: 7374 6572 2f61 7070 6c69 6361 7469 6f6e ster/application │ │ │ │ +00482260: 2f73 7572 6661 6369 6e67 2e68 746d 6c22 /surfacing.html" │ │ │ │ +00482270: 2074 6974 6c65 3d22 636c 6173 7320 696e title="class in │ │ │ │ +00482280: 206f 7267 2e66 6f72 6573 7465 722e 6170 org.forester.ap │ │ │ │ +00482290: 706c 6963 6174 696f 6e22 3e73 7572 6661 plication">surfa │ │ │ │ +004822a0: 6369 6e67 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 cing
. .PARSIMONY_OUT │ │ │ │ +00482340: 5055 545f 4649 5443 485f 4c4f 5353 4553 PUT_FITCH_LOSSES │ │ │ │ +00482350: 5f48 544d 4c5f 4243 3c2f 613e 202d 2053 _HTML_BC - S │ │ │ │ +00482360: 7461 7469 6320 7661 7269 6162 6c65 2069 tatic variable i │ │ │ │ +00482370: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 666f 7265 n class org.fore │ │ │ │ +00482380: 7374 6572 2e61 7070 6c69 6361 7469 6f6e ster.application │ │ │ │ +00482390: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 666f .sur │ │ │ │ +004823f0: 6661 6369 6e67 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a facing. │ │ │ │ +00482400: 3c64 643e 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a
 
. │ │ │ │ +00482410: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
PARSIMONY_OUTPU │ │ │ │ +00482490: 545f 4649 5443 485f 5052 4553 454e 545f T_FITCH_PRESENT_ │ │ │ │ +004824a0: 4243 3c2f 613e 202d 2053 7461 7469 6320 BC - Static │ │ │ │ +004824b0: 7661 7269 6162 6c65 2069 6e20 636c 6173 variable in clas │ │ │ │ +004824c0: 7320 6f72 672e 666f 7265 7374 6572 2e61 s org.forester.a │ │ │ │ +004824d0: 7070 6c69 6361 7469 6f6e 2e3c 6120 6872 pplication.surfacing │ │ │ │ +00482540: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e
.
&n │ │ │ │ +00482550: 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 bsp;
.
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. .PARSIMONY_OU │ │ │ │ +00482770: 5450 5554 5f46 4954 4348 5f50 5245 5345 TPUT_FITCH_PRESE │ │ │ │ +00482780: 4e54 5f48 544d 4c5f 4243 3c2f 613e 202d NT_HTML_BC - │ │ │ │ +00482790: 2053 7461 7469 6320 7661 7269 6162 6c65 Static variable │ │ │ │ +004827a0: 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 666f in class org.fo │ │ │ │ +004827b0: 7265 7374 6572 2e61 7070 6c69 6361 7469 rester.applicati │ │ │ │ +004827c0: 6f6e 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f on.s │ │ │ │ +00482820: 7572 6661 6369 6e67 3c2f 613e 3c2f 6474 urfacing.
 
.
PAR │ │ │ │ +004828d0: 5349 4d4f 4e59 5f4f 5554 5055 545f 474c SIMONY_OUTPUT_GL │ │ │ │ +004828e0: 5f43 4f55 4e54 535f 5355 4646 4958 5f44 _COUNTS_SUFFIX_D │ │ │ │ +004828f0: 4f4c 4c4f 5f42 494e 4152 595f 434f 4d42 OLLO_BINARY_COMB │ │ │ │ +00482900: 494e 4154 494f 4e53 3c2f 613e 202d 2053 INATIONS - S │ │ │ │ +00482910: 7461 7469 6320 7661 7269 6162 6c65 2069 tatic variable i │ │ │ │ +00482920: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 666f 7265 n class org.fore │ │ │ │ +00482930: 7374 6572 2e61 7070 6c69 6361 7469 6f6e ster.application │ │ │ │ +00482940: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 666f .sur │ │ │ │ +004829a0: 6661 6369 6e67 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a facing
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PDBDoma │ │ │ │ +00487b10: 696e 5072 6f76 6964 6572 3c2f 613e 202d inProvider - │ │ │ │ +00487b20: 2043 6c61 7373 2069 6e20 3c61 2068 7265 Class in org.b │ │ │ │ +00487b70: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ +00487b80: 6374 7572 652e 646f 6d61 696e 3c2f 613e cture.domain │ │ │ │ +00487b90: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c 6469 7620
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Cl │ │ │ │ +00487bb0: 6173 7320 746f 2066 6574 6368 2064 6f6d ass to fetch dom │ │ │ │ +00487bc0: 6169 6e73 2074 6872 6f75 6768 2074 6865 ains through the │ │ │ │ +00487bd0: 2052 4353 4227 7320 5245 5354 2041 5049 RCSB's REST API │ │ │ │ +00487be0: 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 .
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.PDBDo │ │ │ │ +00487c60: 6d61 696e 5072 6f76 6964 6572 2829 3c2f mainProvider() - Constructor │ │ │ │ +00487c80: 2066 6f72 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 for class org.b │ │ │ │ +00487c90: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ +00487ca0: 6374 7572 652e 646f 6d61 696e 2e3c 6120 cture.domain.PDBDomainProv │ │ │ │ +00487d30: 6964 6572 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 ider. .P │ │ │ │ +00487dd0: 4442 446f 6d61 696e 5072 6f76 6964 6572 DBDomainProvider │ │ │ │ +00487de0: 2853 7472 696e 672c 2069 6e74 293c 2f61 (String, int) - Constructor │ │ │ │ +00487e00: 666f 7220 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 for class org.bi │ │ │ │ +00487e10: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ +00487e20: 7475 7265 2e64 6f6d 6169 6e2e 3c61 2068 ture.domain.PDBDomainProvi │ │ │ │ +00487eb0: 6465 723c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 der.
 
.
PDBe │ │ │ │ +00487f30: 202d 2045 6e75 6d20 636f 6e73 7461 6e74 - Enum constant │ │ │ │ +00487f40: 2069 6e20 656e 756d 2063 6c61 7373 206f in enum class o │ │ │ │ +00487f50: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ +00487f60: 636f 7265 2e73 6571 7565 6e63 652e 3c61 core.sequence.Data │ │ │ │ +00487fe0: 536f 7572 6365 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a Source
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. │ │ │ │ +00488000: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
PDBFilePars │ │ │ │ +00488090: 6572 3c2f 613e 202d 2043 6c61 7373 2069 er - Class i │ │ │ │ +004880a0: 6e20 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 n o │ │ │ │ +004880e0: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ +004880f0: 7374 7275 6374 7572 652e 696f 3c2f 613e structure.io │ │ │ │ +00488100: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c 6469 7620
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.
Th │ │ │ │ +00488120: 6973 2063 6c61 7373 2069 6d70 6c65 6d65 is class impleme │ │ │ │ +00488130: 6e74 7320 7468 6520 6163 7475 616c 2050 nts the actual P │ │ │ │ +00488140: 4442 2066 696c 6520 7061 7273 696e 672e DB file parsing. │ │ │ │ +00488150: 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474
.
.
PDBFileParser( │ │ │ │ +004881d0: 293c 2f61 3e20 2d20 436f 6e73 7472 7563 ) - Construc │ │ │ │ +004881e0: 746f 7220 666f 7220 636c 6173 7320 6f72 tor for class or │ │ │ │ +004881f0: 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 g.biojava.nbio.s │ │ │ │ +00488200: 7472 7563 7475 7265 2e69 6f2e 3c61 2068 tructure.io.PDBFilePar │ │ │ │ +00488280: 7365 723c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 ser
.
 
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PDBFileReader< │ │ │ │ +00488330: 2f61 3e20 2d20 436c 6173 7320 696e 203c /a> - Class in < │ │ │ │ +00488340: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ +00488350: 6176 612f 6e62 696f 2f73 7472 7563 7475 ava/nbio/structu │ │ │ │ +00488360: 7265 2f69 6f2f 7061 636b 6167 652d 7375 re/io/package-su │ │ │ │ +00488370: 6d6d 6172 792e 6874 6d6c 223e 6f72 672e mmary.html">org. │ │ │ │ +00488380: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 biojava.nbio.str │ │ │ │ +00488390: 7563 7475 7265 2e69 6f3c 2f61 3e3c 2f64 ucture.io.
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. Th │ │ │ │ +004883c0: 6520 7772 6170 7065 7220 636c 6173 7320 e wrapper class │ │ │ │ +004883d0: 666f 7220 7061 7273 696e 6720 6120 5044 for parsing a PD │ │ │ │ +004883e0: 4220 6669 6c65 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f B file.
..
PDBFile │ │ │ │ +00488460: 5265 6164 6572 2829 3c2f 613e 202d 2043 Reader() - C │ │ │ │ +00488470: 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2066 6f72 2063 onstructor for c │ │ │ │ +00488480: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ +00488490: 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e .nbio.structure. │ │ │ │ +004884a0: 696f 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f io.PDB │ │ │ │ +00488510: 4669 6c65 5265 6164 6572 3c2f 613e 3c2f FileReader.
.
Cons │ │ │ │ +00488540: 7472 7563 7473 2061 206e 6577 2050 4442 tructs a new PDB │ │ │ │ +00488550: 4669 6c65 5265 6164 6572 2c20 696e 6974 FileReader, init │ │ │ │ +00488560: 6961 6c69 7a69 6e67 2074 6865 2065 7874 ializing the ext │ │ │ │ +00488570: 656e 7369 6f6e 7320 6d65 6d62 6572 2076 ensions member v │ │ │ │ +00488580: 6172 6961 626c 652e 3c2f 6469 763e 0a3c ariable.
.< │ │ │ │ +00488590: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
PDBFil │ │ │ │ +00488610: 6552 6561 6465 7228 5374 7269 6e67 293c eReader(String)< │ │ │ │ +00488620: 2f61 3e20 2d20 436f 6e73 7472 7563 746f /a> - Constructo │ │ │ │ +00488630: 7220 666f 7220 636c 6173 7320 6f72 672e r for class org. │ │ │ │ +00488640: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 biojava.nbio.str │ │ │ │ +00488650: 7563 7475 7265 2e69 6f2e 3c61 2068 7265 ucture.io.PDBFileReade │ │ │ │ +004886d0: 723c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a r
.
. │ │ │ │ +004886e0: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
Constructs a │ │ │ │ +00488700: 6e65 7720 5044 4246 696c 6552 6561 6465 new PDBFileReade │ │ │ │ +00488710: 722c 2069 6e69 7469 616c 697a 696e 6720 r, initializing │ │ │ │ +00488720: 7468 6520 6578 7465 6e73 696f 6e73 206d the extensions m │ │ │ │ +00488730: 656d 6265 7220 7661 7269 6162 6c65 2e3c ember variable.< │ │ │ │ +00488740: 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e /div>.
.
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..
A class th │ │ │ │ +00488860: 6174 2063 6f6e 7461 696e 7320 5044 4220 at contains PDB │ │ │ │ +00488870: 4865 6164 6572 2069 6e66 6f72 6d61 7469 Header informati │ │ │ │ +00488880: 6f6e 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a on.
.. │ │ │ │ +00488890: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
PD │ │ │ │ +004888f0: 4248 6561 6465 7228 293c 2f61 3e20 2d20 BHeader() - │ │ │ │ +00488900: 436f 6e73 7472 7563 746f 7220 666f 7220 Constructor for │ │ │ │ +00488910: 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 class org.biojav │ │ │ │ +00488920: 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 a.nbio.structure │ │ │ │ +00488930: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 .PDBHeader.
 .
pdbI │ │ │ │ +00488a20: 643c 2f61 3e20 2d20 5661 7269 6162 6c65 d - Variable │ │ │ │ +00488a30: 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 in class org.bi │ │ │ │ +00488a40: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ +00488a50: 7475 7265 2e61 6c69 676e 2e63 6c69 656e ture.align.clien │ │ │ │ +00488a60: 742e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 t. │ │ │ │ +00488ae0: 5374 7275 6374 7572 654e 616d 653c 2f61 StructureName
.
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.
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PdbIdList │ │ │ │ +00488d00: 733c 2f61 3e20 2d20 436c 6173 7320 696e s - Class in │ │ │ │ +00488d10: 203c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 │ │ │ │ +00488d50: 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f org.biojava.nbio │ │ │ │ +00488d60: 2e73 7472 7563 7475 7265 2e72 6373 623c .structure.rcsb< │ │ │ │ +00488d70: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 /a>
.
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.PdbIdLists() - Constructor │ │ │ │ +00488e50: 2066 6f72 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 for class org.b │ │ │ │ +00488e60: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ +00488e70: 6374 7572 652e 7263 7362 2e3c 6120 6872 cture.rcsb.PdbIdLists │ │ │ │ +00488ef0: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e .
&n │ │ │ │ +00488f00: 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 bsp;
.
Pdb │ │ │ │ +00488fa0: 5061 6972 3c2f 613e 202d 2043 6c61 7373 Pair - Class │ │ │ │ +00488fb0: 2069 6e20 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 in org.b │ │ │ │ +00489000: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ +00489010: 6374 7572 652e 616c 6967 6e2e 636c 6965 cture.align.clie │ │ │ │ +00489020: 6e74 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e nt
.
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T │ │ │ │ +0048f6d0: 6869 7320 6973 2061 6e20 6164 6170 746f his is an adapto │ │ │ │ +0048f6e0: 7220 636c 6173 7320 7768 6963 6820 656e r class which en │ │ │ │ +0048f6f0: 6162 6c65 2074 6865 2065 6173 6520 6f66 able the ease of │ │ │ │ +0048f700: 2067 656e 6572 6174 696e 6720 7072 6f74 generating prot │ │ │ │ +0048f710: 6569 6e20 7072 6f70 6572 7469 6573 2e3c ein properties.< │ │ │ │ +0048f720: 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e /div>.
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pl │ │ │ │ +0049c180: 6179 4f72 6965 6e74 6174 696f 6e73 2829 ayOrientations() │ │ │ │ +0049c190: 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f 6420 696e - Method in │ │ │ │ +0049c1a0: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ +0049c1b0: 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 va.nbio.structur │ │ │ │ +0049c1c0: 652e 7379 6d6d 6574 7279 2e6a 6d6f 6c53 e.symmetry.jmolS │ │ │ │ +0049c1d0: 6372 6970 742e 3c61 2068 7265 663d 226f cript. │ │ │ │ +0049c270: 4a6d 6f6c 5379 6d6d 6574 7279 5363 7269 JmolSymmetryScri │ │ │ │ +0049c280: 7074 4765 6e65 7261 746f 723c 2f61 3e3c ptGenerator< │ │ │ │ +0049c290: 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 /dt>.
.
Ret │ │ │ │ +0049c2b0: 7572 6e73 2061 204a 6d6f 6c20 7363 7269 urns a Jmol scri │ │ │ │ +0049c2c0: 7074 2074 6861 7420 6469 7370 6c61 7973 pt that displays │ │ │ │ +0049c2d0: 2061 2073 796d 6d65 7472 7920 706f 6c79 a symmetry poly │ │ │ │ +0049c2e0: 6865 6472 6f6e 2061 6e64 2073 796d 6d65 hedron and symme │ │ │ │ +0049c2f0: 7472 7920 6178 6573 0a20 616e 6420 7468 try axes. and th │ │ │ │ +0049c300: 656e 206c 6f6f 7020 7468 726f 7567 6820 en loop through │ │ │ │ +0049c310: 6469 6666 6572 656e 7420 6f72 6965 6e74 different orient │ │ │ │ +0049c320: 6174 696f 6e73 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 ations
..
pl │ │ │ │ +0049c3c0: 6179 4f72 6965 6e74 6174 696f 6e73 2829 ayOrientations() │ │ │ │ +0049c3d0: 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f 6420 696e - Method in │ │ │ │ +0049c3e0: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ +0049c3f0: 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 va.nbio.structur │ │ │ │ +0049c400: 652e 7379 6d6d 6574 7279 2e6a 6d6f 6c53 e.symmetry.jmolS │ │ │ │ +0049c410: 6372 6970 742e 3c61 2068 7265 663d 226f cript.JmolSymmetryScr │ │ │ │ +0049c4c0: 6970 7447 656e 6572 6174 6f72 483c 2f61 iptGeneratorH
.
.
R │ │ │ │ +0049c4f0: 6574 7572 6e73 2061 204a 6d6f 6c20 7363 eturns a Jmol sc │ │ │ │ +0049c500: 7269 7074 2074 6861 7420 6469 7370 6c61 ript that displa │ │ │ │ +0049c510: 7973 2061 2073 796d 6d65 7472 7920 706f ys a symmetry po │ │ │ │ +0049c520: 6c79 6865 6472 6f6e 2061 6e64 2073 796d lyhedron and sym │ │ │ │ +0049c530: 6d65 7472 7920 6178 6573 0a20 616e 6420 metry axes. and │ │ │ │ +0049c540: 7468 656e 206c 6f6f 7020 7468 726f 7567 then loop throug │ │ │ │ +0049c550: 6820 6469 6666 6572 656e 7420 6f72 6965 h different orie │ │ │ │ +0049c560: 6e74 6174 696f 6e73 3c2f 6469 763e 0a3c ntations
.< │ │ │ │ +0049c570: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
playOri │ │ │ │ +0049c610: 656e 7461 7469 6f6e 7328 293c 2f61 3e20 entations() │ │ │ │ +0049c620: 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 - Method in clas │ │ │ │ +0049c630: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ +0049c640: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e73 796d io.structure.sym │ │ │ │ +0049c650: 6d65 7472 792e 6a6d 6f6c 5363 7269 7074 metry.jmolScript │ │ │ │ +0049c660: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 .JmolSymmetr │ │ │ │ +0049c710: 7953 6372 6970 7447 656e 6572 6174 6f72 yScriptGenerator │ │ │ │ +0049c720: 506f 696e 7447 726f 7570 3c2f 613e 3c2f PointGroup.
 .
plus() - │ │ │ │ +0049c7b0: 204d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 Method in class │ │ │ │ +0049c7c0: 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 org.biojava.nbi │ │ │ │ +0049c7d0: 6f2e 6765 6e6f 6d65 2e70 6172 7365 7273 o.genome.parsers │ │ │ │ +0049c7e0: 2e67 6666 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .gff.Location
.
. │ │ │ │ +0049c880: 5265 7475 726e 206c 6f63 6174 696f 6e20 Return location │ │ │ │ +0049c890: 7468 6174 2069 7320 696e 2073 616d 6520 that is in same │ │ │ │ +0049c8a0: 706f 7369 7469 6f6e 206f 6e20 706c 7573 position on plus │ │ │ │ +0049c8b0: 2073 7472 616e 642e 3c2f 6469 763e 0a3c strand..< │ │ │ │ +0049c8c0: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
plus(Matrix │ │ │ │ +0049c950: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ +0049c960: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ +0049c970: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ +0049c980: 7265 2e6a 616d 612e 3c61 2068 7265 663d re.jama.M │ │ │ │ +0049c9f0: 6174 7269 783c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c atrix
.< │ │ │ │ +0049ca00: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
C = A + B │ │ │ │ +0049ca20: 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474
..
plus(Sparse │ │ │ │ +0049cad0: 5371 7561 7265 4d61 7472 6978 293c 2f61 SquareMatrix) - Method in cl │ │ │ │ +0049caf0: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ +0049cb00: 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e6d nbio.structure.m │ │ │ │ +0049cb10: 6174 682e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 ath.SparseSqu │ │ │ │ +0049cb90: 6172 654d 6174 7269 783c 2f61 3e3c 2f64 areMatrix.
.
retur │ │ │ │ +0049cbc0: 6e20 4320 3d20 4120 2b20 423c 2f64 6976 n C = A + B
.
.
plus(SparseV │ │ │ │ +0049cc70: 6563 746f 7229 3c2f 613e 202d 204d 6574 ector) - Met │ │ │ │ +0049cc80: 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 hod in class org │ │ │ │ +0049cc90: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 .biojava.nbio.st │ │ │ │ +0049cca0: 7275 6374 7572 652e 6d61 7468 2e3c 6120 ructure.math.Sparse │ │ │ │ +0049cd20: 5665 6374 6f72 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a Vector
. │ │ │ │ +0049cd30: 3c64 643e 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d
.
Calcualt │ │ │ │ +0049cd50: 6573 2072 6574 7572 6e20 6120 2b20 623c es return a + b< │ │ │ │ +0049cd60: 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e /div>.
.
│ │ │ │ +0049cd70: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f plus(S │ │ │ │ +0049ce10: 7472 7563 7475 7265 2c20 4d61 7472 6978 tructure, Matrix │ │ │ │ +0049ce20: 293c 2f61 3e20 2d20 5374 6174 6963 206d ) - Static m │ │ │ │ +0049ce30: 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f ethod in class o │ │ │ │ +0049ce40: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ +0049ce50: 7374 7275 6374 7572 652e 3c61 2068 7265 structure.Calc.
.
calcu │ │ │ │ +0049cee0: 6c61 7465 2073 7472 7563 7475 7265 202b late structure + │ │ │ │ +0049cef0: 204d 6174 7269 7820 636f 6f64 696e 6174 Matrix coodinat │ │ │ │ +0049cf00: 6573 202e 2e2e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 es ...
..
PLUS_MINUS │ │ │ │ +0049cf80: 202d 2053 7461 7469 6320 7661 7269 6162 - Static variab │ │ │ │ +0049cf90: 6c65 2069 6e20 696e 7465 7266 6163 6520 le in interface │ │ │ │ +0049cfa0: 6f72 672e 666f 7265 7374 6572 2e75 7469 org.forester.uti │ │ │ │ +0049cfb0: 6c2e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f66 l. │ │ │ │ +0049d010: 4465 7363 7269 7074 6976 6553 7461 7469 DescriptiveStati │ │ │ │ +0049d020: 7374 6963 733c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c stics
.< │ │ │ │ +0049d030: 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c dd> .< │ │ │ │ +0049d040: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>P │ │ │ │ +0049d0b0: 4c55 535f 4d49 4e55 535f 414c 4c5f 474f LUS_MINUS_ALL_GO │ │ │ │ +0049d0c0: 5f49 4453 5f44 4f4d 5f53 5546 4649 583c _IDS_DOM_SUFFIX< │ │ │ │ +0049d0d0: 2f61 3e20 2d20 5374 6174 6963 2076 6172 /a> - Static var │ │ │ │ +0049d0e0: 6961 626c 6520 696e 2063 6c61 7373 206f iable in class o │ │ │ │ +0049d0f0: 7267 2e66 6f72 6573 7465 722e 6170 706c rg.forester.appl │ │ │ │ +0049d100: 6963 6174 696f 6e2e 3c61 2068 7265 663d ication.surfacing.
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.
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 .
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 .
PLU │ │ │ │ +0049d490: 535f 4d49 4e55 535f 414e 414c 5953 4953 S_MINUS_ANALYSIS │ │ │ │ +0049d4a0: 5f4f 5054 494f 4e3c 2f61 3e20 2d20 5374 _OPTION - St │ │ │ │ +0049d4b0: 6174 6963 2076 6172 6961 626c 6520 696e atic variable in │ │ │ │ +0049d4c0: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e66 6f72 6573 class org.fores │ │ │ │ +0049d4d0: 7465 722e 6170 706c 6963 6174 696f 6e2e ter.application. │ │ │ │ +0049d4e0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f66 6f72 surf │ │ │ │ +0049d540: 6163 696e 673c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c acing
.< │ │ │ │ +0049d550: 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c dd> .< │ │ │ │ +0049d560: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>PLUS_MIN │ │ │ │ +0049d5d0: 5553 5f44 435f 5355 4646 4958 5f48 544d US_DC_SUFFIX_HTM │ │ │ │ +0049d5e0: 4c3c 2f61 3e20 2d20 5374 6174 6963 2076 L - Static v │ │ │ │ +0049d5f0: 6172 6961 626c 6520 696e 2063 6c61 7373 ariable in class │ │ │ │ +0049d600: 206f 7267 2e66 6f72 6573 7465 722e 6170 org.forester.ap │ │ │ │ +0049d610: 706c 6963 6174 696f 6e2e 3c61 2068 7265 plication.surfacing< │ │ │ │ +0049d680: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 /a>.
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PL │ │ │ │ +0049d700: 5553 5f4d 494e 5553 5f44 4f4d 5f53 5546 US_MINUS_DOM_SUF │ │ │ │ +0049d710: 4649 583c 2f61 3e20 2d20 5374 6174 6963 FIX - Static │ │ │ │ +0049d720: 2076 6172 6961 626c 6520 696e 2063 6c61 variable in cla │ │ │ │ +0049d730: 7373 206f 7267 2e66 6f72 6573 7465 722e ss org.forester. │ │ │ │ +0049d740: 6170 706c 6963 6174 696f 6e2e 3c61 2068 application.surfacin │ │ │ │ +0049d7b0: 673c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 g
.
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Protein │ │ │ │ +004ba100: 5365 7175 656e 6365 2850 726f 7879 5365 Sequence(ProxySe │ │ │ │ +004ba110: 7175 656e 6365 5265 6164 6572 266c 743b quenceReader< │ │ │ │ +004ba120: 416d 696e 6f41 6369 6443 6f6d 706f 756e AminoAcidCompoun │ │ │ │ +004ba130: 6426 6774 3b29 3c2f 613e 202d 2043 6f6e d>) - Con │ │ │ │ +004ba140: 7374 7275 6374 6f72 2066 6f72 2063 6c61 structor for cla │ │ │ │ +004ba150: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ +004ba160: 6269 6f2e 636f 7265 2e73 6571 7565 6e63 bio.core.sequenc │ │ │ │ +004ba170: 652e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 e. │ │ │ │ +004ba1e0: 5072 6f74 6569 6e53 6571 7565 6e63 653c ProteinSequence< │ │ │ │ +004ba1f0: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 /a>
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.A protein seque │ │ │ │ +004ba220: 6e63 6520 7768 6572 6520 7468 6520 7374 nce where the st │ │ │ │ +004ba230: 6f72 6167 6520 6f66 2074 6865 2073 6571 orage of the seq │ │ │ │ +004ba240: 7565 6e63 6520 6973 2073 6f6d 6577 6865 uence is somewhe │ │ │ │ +004ba250: 7265 2065 6c73 652e 3c2f 6469 763e 0a3c re else.
.< │ │ │ │ +004ba260: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
Prot │ │ │ │ +004ba340: 6569 6e53 6571 7565 6e63 6528 5072 6f78 einSequence(Prox │ │ │ │ +004ba350: 7953 6571 7565 6e63 6552 6561 6465 7226 ySequenceReader& │ │ │ │ +004ba360: 6c74 3b41 6d69 6e6f 4163 6964 436f 6d70 lt;AminoAcidComp │ │ │ │ +004ba370: 6f75 6e64 2667 743b 2c20 436f 6d70 6f75 ound>, Compou │ │ │ │ +004ba380: 6e64 5365 7426 6c74 3b41 6d69 6e6f 4163 ndSet<AminoAc │ │ │ │ +004ba390: 6964 436f 6d70 6f75 6e64 2667 743b 293c idCompound>)< │ │ │ │ +004ba3a0: 2f61 3e20 2d20 436f 6e73 7472 7563 746f /a> - Constructo │ │ │ │ +004ba3b0: 7220 666f 7220 636c 6173 7320 6f72 672e r for class org. │ │ │ │ +004ba3c0: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e63 6f72 biojava.nbio.cor │ │ │ │ +004ba3d0: 652e 7365 7175 656e 6365 2e3c 6120 6872 e.sequence.Protein │ │ │ │ +004ba450: 5365 7175 656e 6365 3c2f 613e 3c2f 6474 Sequence
.
.
A prot │ │ │ │ +004ba480: 6569 6e20 7365 7175 656e 6365 2077 6865 ein sequence whe │ │ │ │ +004ba490: 7265 2074 6865 2073 746f 7261 6765 206f re the storage o │ │ │ │ +004ba4a0: 6620 7468 6520 7365 7175 656e 6365 2069 f the sequence i │ │ │ │ +004ba4b0: 7320 736f 6d65 7768 6572 6520 656c 7365 s somewhere else │ │ │ │ +004ba4c0: 0a20 7769 7468 2075 7365 7220 6465 6669 . with user defi │ │ │ │ +004ba4d0: 6e65 6420 7365 7420 6f66 2061 6d69 6e6f ned set of amino │ │ │ │ +004ba4e0: 2061 6369 6473 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f acids.
..
Protei │ │ │ │ +004ba590: 6e53 6571 7565 6e63 6543 7265 6174 6f72 nSequenceCreator │ │ │ │ +004ba5a0: 3c2f 613e 202d 2043 6c61 7373 2069 6e20 - Class in │ │ │ │ +004ba5b0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f org.biojava.nbi │ │ │ │ +004ba600: 6f2e 636f 7265 2e73 6571 7565 6e63 652e o.core.sequence. │ │ │ │ +004ba610: 696f 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e io
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.
.
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.
p │ │ │ │ +004bae00: 7369 3c2f 613e 202d 2056 6172 6961 626c si - Variabl │ │ │ │ +004bae10: 6520 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 e in class org.b │ │ │ │ +004bae20: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ +004bae30: 6374 7572 652e 7661 6c69 6461 7469 6f6e cture.validation │ │ │ │ +004bae40: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 .Mo │ │ │ │ +004baec0: 6465 6c6c 6564 5375 6267 726f 7570 3c2f delledSubgroup
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.
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.
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.
Pt - │ │ │ │ +004bb0c0: 2045 6e75 6d20 636f 6e73 7461 6e74 2069 Enum constant i │ │ │ │ +004bb0d0: 6e20 656e 756d 2063 6c61 7373 206f 7267 n enum class org │ │ │ │ +004bb0e0: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 .biojava.nbio.st │ │ │ │ +004bb0f0: 7275 6374 7572 652e 3c61 2068 7265 663d ructure.Eleme │ │ │ │ +004bb160: 6e74 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e nt
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.
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PUBMED_TAG │ │ │ │ +004bb310: 2d20 5374 6174 6963 2076 6172 6961 626c - Static variabl │ │ │ │ +004bb320: 6520 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 e in class org.b │ │ │ │ +004bb330: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 iojava.nbio.core │ │ │ │ +004bb340: 2e73 6571 7565 6e63 652e 696f 2e3c 6120 .sequence.io.GenbankSe │ │ │ │ +004bb3d0: 7175 656e 6365 5061 7273 6572 3c2f 613e quenceParser │ │ │ │ +004bb3e0: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e 6273 703b
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..
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.
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.
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Q │ │ │ │ +004bd180: 3c2f 6832 3e0a 3c64 6c20 636c 6173 733d

.
.
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.
 
.
Q - Enum │ │ │ │ +004bd370: 636f 6e73 7461 6e74 2069 6e20 656e 756d constant in enum │ │ │ │ +004bd380: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ +004bd390: 7661 2e6e 6269 6f2e 6161 7072 6f70 6572 va.nbio.aaproper │ │ │ │ +004bd3a0: 7469 6573 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 ties.Pepti │ │ │ │ +004bd430: 6465 5072 6f70 6572 7469 6573 2e53 696e deProperties.Sin │ │ │ │ +004bd440: 676c 654c 6574 7465 7241 4143 6f64 653c gleLetterAACode< │ │ │ │ +004bd450: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 /a>
.
&nb │ │ │ │ +004bd460: 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 sp;
.
Q - Static │ │ │ │ +004bd4d0: 7661 7269 6162 6c65 2069 6e20 636c 6173 variable in clas │ │ │ │ +004bd4e0: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ +004bd4f0: 696f 2e61 6170 726f 7065 7274 6965 732e io.aaproperties. │ │ │ │ +004bd500: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f Constrai │ │ │ │ +004bd570: 6e74 733c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 nts
.
 
.
Q - Static varia │ │ │ │ +004bd600: 626c 6520 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 ble in class org │ │ │ │ +004bd610: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 .biojava.nbio.st │ │ │ │ +004bd620: 7275 6374 7572 652e 7365 6373 7472 7563 ructure.secstruc │ │ │ │ +004bd630: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 .SecStrucCa │ │ │ │ +004bd6b0: 6c63 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e lc
.
│ │ │ │ +004bd6c0: 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d 2262 6c6f .
constant for │ │ │ │ +004bd6e0: 2065 6c65 6374 726f 7374 6174 6963 2065 electrostatic e │ │ │ │ +004bd6f0: 6e65 7267 793c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 nergy
.
.
qr() - Method in c │ │ │ │ +004bd770: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ +004bd780: 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e .nbio.structure. │ │ │ │ +004bd790: 6a61 6d61 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 jama.Matr │ │ │ │ +004bd800: 6978 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e ix
.
│ │ │ │ +004bd810: 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d 2262 6c6f .
QR Decomposi │ │ │ │ +004bd830: 7469 6f6e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e tion
.
│ │ │ │ +004bd840: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
QRDe │ │ │ │ +004bd8d0: 636f 6d70 6f73 6974 696f 6e3c 2f61 3e20 composition │ │ │ │ +004bd8e0: 2d20 436c 6173 7320 696e 203c 6120 6872 - Class in org.bi │ │ │ │ +004bd930: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ +004bd940: 7475 7265 2e6a 616d 613c 2f61 3e3c 2f64 ture.jama.
.
QR De │ │ │ │ +004bd970: 636f 6d70 6f73 6974 696f 6e2e 3c2f 6469 composition..
.
QRDecomp │ │ │ │ +004bda20: 6f73 6974 696f 6e28 4d61 7472 6978 293c osition(Matrix)< │ │ │ │ +004bda30: 2f61 3e20 2d20 436f 6e73 7472 7563 746f /a> - Constructo │ │ │ │ +004bda40: 7220 666f 7220 636c 6173 7320 6f72 672e r for class org. │ │ │ │ +004bda50: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 biojava.nbio.str │ │ │ │ +004bda60: 7563 7475 7265 2e6a 616d 612e 3c61 2068 ucture.jama.QRDe │ │ │ │ +004bdae0: 636f 6d70 6f73 6974 696f 6e3c 2f61 3e3c composition< │ │ │ │ +004bdaf0: 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 /dt>.
.
QR │ │ │ │ +004bdb10: 4465 636f 6d70 6f73 6974 696f 6e2c 2063 Decomposition, c │ │ │ │ +004bdb20: 6f6d 7075 7465 6420 6279 2048 6f75 7365 omputed by House │ │ │ │ +004bdb30: 686f 6c64 6572 2072 6566 6c65 6374 696f holder reflectio │ │ │ │ +004bdb40: 6e73 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a ns.
.
. │ │ │ │ +004bdb50: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
QsAli │ │ │ │ +004bdbf0: 676e 3c2f 613e 202d 2043 6c61 7373 2069 gn - Class i │ │ │ │ +004bdc00: 6e20 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 n org │ │ │ │ +004bdc50: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 .biojava.nbio.st │ │ │ │ +004bdc60: 7275 6374 7572 652e 616c 6967 6e2e 7175 ructure.align.qu │ │ │ │ +004bdc70: 6174 6572 6e61 7279 3c2f 613e 3c2f 6474 aternary
.
.
Quater │ │ │ │ +004bdca0: 6e61 7279 2053 7472 7563 7475 7265 2041 nary Structure A │ │ │ │ +004bdcb0: 6c69 676e 6d65 6e74 2028 5153 2d41 6c69 lignment (QS-Ali │ │ │ │ +004bdcc0: 676e 292e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e gn).
.
│ │ │ │ +004bdcd0: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
Qs │ │ │ │ +004bdd40: 416c 6967 6e28 293c 2f61 3e20 2d20 436f Align() - Co │ │ │ │ +004bdd50: 6e73 7472 7563 746f 7220 666f 7220 636c nstructor for cl │ │ │ │ +004bdd60: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ +004bdd70: 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e61 nbio.structure.a │ │ │ │ +004bdd80: 6c69 676e 2e71 7561 7465 726e 6172 792e lign.quaternary. │ │ │ │ +004bdd90: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f │ │ │ │ +004bde10: 5173 416c 6967 6e3c 2f61 3e3c 2f64 743e QsAlign
│ │ │ │ +004bde20: 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e .
 
│ │ │ │ +004bde30: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
QsAlignPar │ │ │ │ +004bdee0: 616d 6574 6572 733c 2f61 3e20 2d20 436c ameters - Cl │ │ │ │ +004bdef0: 6173 7320 696e 203c 6120 6872 6566 3d22 ass in org.biojava.nb │ │ │ │ +004bdf50: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e61 6c69 io.structure.ali │ │ │ │ +004bdf60: 676e 2e71 7561 7465 726e 6172 793c 2f61 gn.quaternary
.
.
T │ │ │ │ +004bdf90: 6865 2070 6172 616d 6574 6572 2062 6561 he parameter bea │ │ │ │ +004bdfa0: 6e20 666f 7220 7468 6520 3c61 2068 7265 n for the │ │ │ │ +004be030: 5173 416c 6967 6e3c 2f63 6f64 653e 3c2f QsAlign algorithm..
.
QsAlignParamete │ │ │ │ +004be0e0: 7273 2829 3c2f 613e 202d 2043 6f6e 7374 rs() - Const │ │ │ │ +004be0f0: 7275 6374 6f72 2066 6f72 2063 6c61 7373 ructor for class │ │ │ │ +004be100: 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 org.biojava.nbi │ │ │ │ +004be110: 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 616c 6967 o.structure.alig │ │ │ │ +004be120: 6e2e 7175 6174 6572 6e61 7279 2e3c 6120 n.quaternary.QsAlignPa │ │ │ │ +004be1c0: 7261 6d65 7465 7273 3c2f 613e 3c2f 6474 rameters
.
 
.
QsAlignResult │ │ │ │ +004be290: 3c2f 613e 202d 2043 6c61 7373 2069 6e20 - Class in │ │ │ │ +004be2a0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f org.b │ │ │ │ +004be2f0: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ +004be300: 6374 7572 652e 616c 6967 6e2e 7175 6174 cture.align.quat │ │ │ │ +004be310: 6572 6e61 7279 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a ernary
. │ │ │ │ +004be320: 3c64 643e 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d
.
Result o │ │ │ │ +004be340: 6620 6120 5175 6174 6572 6e61 7279 2053 f a Quaternary S │ │ │ │ +004be350: 7472 7563 7475 7265 2041 6c69 676e 6d65 tructure Alignme │ │ │ │ +004be360: 6e74 203c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f nt QsAlign │ │ │ │ +004be3f0: 3c2f 636f 6465 3e3c 2f61 3e2e 3c2f 6469 ..
.
QsAlign │ │ │ │ +004be4a0: 5265 7375 6c74 284c 6973 7426 6c74 3b53 Result(List<S │ │ │ │ +004be4b0: 7562 756e 6974 2667 743b 2c20 4c69 7374 ubunit>, List │ │ │ │ +004be4c0: 266c 743b 5375 6275 6e69 7426 6774 3b29 <Subunit>) │ │ │ │ +004be4d0: 3c2f 613e 202d 2043 6f6e 7374 7275 6374 - Construct │ │ │ │ +004be4e0: 6f72 2066 6f72 2063 6c61 7373 206f 7267 or for class org │ │ │ │ +004be4f0: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 .biojava.nbio.st │ │ │ │ +004be500: 7275 6374 7572 652e 616c 6967 6e2e 7175 ructure.align.qu │ │ │ │ +004be510: 6174 6572 6e61 7279 2e3c 6120 6872 6566 aternary.Q │ │ │ │ +004be5a0: 7341 6c69 676e 5265 7375 6c74 3c2f 613e sAlignResult │ │ │ │ +004be5b0: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c 6469 7620
.
.
Th │ │ │ │ +004be5d0: 6520 436f 6e73 7472 7563 746f 7220 6f66 e Constructor of │ │ │ │ +004be5e0: 2074 6865 2072 6573 756c 7420 7461 6b65 the result take │ │ │ │ +004be5f0: 7320 7468 6520 7361 6d65 2069 6e70 7574 s the same input │ │ │ │ +004be600: 7320 6173 2074 6865 0a20 3c61 2068 7265 s as the. │ │ │ │ +004be690: 5173 416c 6967 6e3c 2f63 6f64 653e 3c2f QsAlign algorithm..
.
QsR │ │ │ │ +004be760: 656c 6174 696f 6e3c 2f61 3e20 2d20 456e elation - En │ │ │ │ +004be770: 756d 2043 6c61 7373 2069 6e20 3c61 2068 um Class in org.bioja │ │ │ │ +004be7d0: 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 va.nbio.structur │ │ │ │ +004be7e0: 652e 616c 6967 6e2e 7175 6174 6572 6e61 e.align.quaterna │ │ │ │ +004be7f0: 7279 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e ry
.
│ │ │ │ +004be800: 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d 2262 6c6f .
The Quaterna │ │ │ │ +004be820: 7279 2053 7472 7563 7475 7265 2052 656c ry Structure Rel │ │ │ │ +004be830: 6174 696f 6e20 6465 7363 7269 6265 7320 ation describes │ │ │ │ +004be840: 7468 6520 7061 6972 7769 7365 2072 656c the pairwise rel │ │ │ │ +004be850: 6174 696f 6e20 6265 7477 6565 6e20 7477 ation between tw │ │ │ │ +004be860: 6f0a 2071 7561 7465 726e 6172 7920 7374 o. quaternary st │ │ │ │ +004be870: 7275 6374 7572 6573 2e3c 2f64 6976 3e0a ructures.
. │ │ │ │ +004be880: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
Quali │ │ │ │ +004be920: 6669 6572 3c2f 613e 202d 2043 6c61 7373 fier - Class │ │ │ │ +004be930: 2069 6e20 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 in org.b │ │ │ │ +004be980: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 iojava.nbio.core │ │ │ │ +004be990: 2e73 6571 7565 6e63 652e 6665 6174 7572 .sequence.featur │ │ │ │ +004be9a0: 6573 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e es
.
│ │ │ │ +004be9b0: 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e  
.
│ │ │ │ +004be9c0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f Qualifie │ │ │ │ +004bea50: 7228 5374 7269 6e67 2c20 5374 7269 6e67 r(String, String │ │ │ │ +004bea60: 293c 2f61 3e20 2d20 436f 6e73 7472 7563 ) - Construc │ │ │ │ +004bea70: 746f 7220 666f 7220 636c 6173 7320 6f72 tor for class or │ │ │ │ +004bea80: 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e63 g.biojava.nbio.c │ │ │ │ +004bea90: 6f72 652e 7365 7175 656e 6365 2e66 6561 ore.sequence.fea │ │ │ │ +004beaa0: 7475 7265 732e 3c61 2068 7265 663d 226f tures. │ │ │ │ +004beb20: 5175 616c 6966 6965 723c 2f61 3e3c 2f64 Qualifier.
 .
Qualifier │ │ │ │ +004bebe0: 2853 7472 696e 672c 2053 7472 696e 672c (String, String, │ │ │ │ +004bebf0: 2062 6f6f 6c65 616e 293c 2f61 3e20 2d20 boolean) - │ │ │ │ +004bec00: 436f 6e73 7472 7563 746f 7220 666f 7220 Constructor for │ │ │ │ +004bec10: 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 class org.biojav │ │ │ │ +004bec20: 612e 6e62 696f 2e63 6f72 652e 7365 7175 a.nbio.core.sequ │ │ │ │ +004bec30: 656e 6365 2e66 6561 7475 7265 732e 3c61 ence.features.Qualifie │ │ │ │ +004becc0: 723c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 r
.
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a util │ │ │ │ +004c69b0: 6974 7920 636c 6173 7320 7468 6174 206c ity class that l │ │ │ │ +004c69c0: 6973 7465 6e73 2074 6f20 5261 6d73 6f6c istens to Ramsol │ │ │ │ +004c69d0: 2073 6372 6970 7420 636f 6d6d 616e 6473 script commands │ │ │ │ +004c69e0: 2069 6e20 7468 6520 406c 696e 6b20 3c61 in the @link Bi │ │ │ │ +004c6a60: 6f6a 6176 614a 6d6f 6c3c 2f63 6f64 653e ojavaJmol │ │ │ │ +004c6a70: 3c2f 613e 2063 6c61 7373 3c2f 6469 763e class
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Rasmol │ │ │ │ +004c6b50: 436f 6d6d 616e 644c 6973 7465 6e65 7228 CommandListener( │ │ │ │ +004c6b60: 4a6d 6f6c 5061 6e65 6c2c 204a 5465 7874 JmolPanel, JText │ │ │ │ +004c6b70: 4669 656c 6429 3c2f 613e 202d 2043 6f6e Field) - Con │ │ │ │ +004c6b80: 7374 7275 6374 6f72 2066 6f72 2063 6c61 structor for cla │ │ │ │ +004c6b90: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ +004c6ba0: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 616c bio.structure.al │ │ │ │ +004c6bb0: 6967 6e2e 6775 692e 6a6d 6f6c 2e3c 6120 ign.gui.jmol.RasmolCom │ │ │ │ +004c6c50: 6d61 6e64 4c69 7374 656e 6572 3c2f 613e mandListener │ │ │ │ +004c6c60: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e 6273 703b
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.Above this rati │ │ │ │ +004c6de0: 6f20 6f66 206d 6973 6d61 7463 6869 6e67 o of mismatching │ │ │ │ +004c6df0: 2072 6573 6964 7565 2074 7970 6573 2066 residue types f │ │ │ │ +004c6e00: 6f72 2073 616d 6520 7265 7369 6475 6520 or same residue │ │ │ │ +004c6e10: 6e75 6d62 6572 7320 7765 0a20 636f 6e73 numbers we. cons │ │ │ │ +004c6e20: 6964 6572 2074 6865 2032 2063 6861 696e ider the 2 chain │ │ │ │ +004c6e30: 7320 746f 2068 6176 6520 6d69 736d 6174 s to have mismat │ │ │ │ +004c6e40: 6368 696e 6720 7265 7369 6475 6520 6e75 ching residue nu │ │ │ │ +004c6e50: 6d62 6572 7320 616e 6420 7761 726e 2061 mbers and warn a │ │ │ │ +004c6e60: 626f 7574 2069 743c 2f64 6976 3e0a 3c2f bout it..
RATIO_RESIDUES │ │ │ │ +004c6ef0: 5f54 4f5f 544f 5441 4c3c 2f61 3e20 2d20 _TO_TOTAL - │ │ │ │ +004c6f00: 5374 6174 6963 2076 6172 6961 626c 6520 Static variable │ │ │ │ +004c6f10: 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f in class org.bio │ │ │ │ +004c6f20: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 java.nbio.struct │ │ │ │ +004c6f30: 7572 652e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 ure.Structu │ │ │ │ +004c6fa0: 7265 546f 6f6c 733c 2f61 3e3c 2f64 743e reTools
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Below t │ │ │ │ +004c6fd0: 6869 7320 7261 7469 6f20 6f66 2061 6d69 his ratio of ami │ │ │ │ +004c6fe0: 6e6f 6163 6964 2f6e 7563 6c65 6f74 6964 noacid/nucleotid │ │ │ │ +004c6ff0: 6520 7265 7369 6475 6573 2074 6f20 7468 e residues to th │ │ │ │ +004c7000: 6520 7365 7175 656e 6365 2074 6f74 616c e sequence total │ │ │ │ +004c7010: 2c0a 2077 6520 7573 6520 7369 6d70 6c65 ,. we use simple │ │ │ │ +004c7020: 206d 616a 6f72 6974 7920 6f66 2061 6d69 majority of ami │ │ │ │ +004c7030: 6e6f 6163 6964 2f6e 7563 6c65 6f74 6964 noacid/nucleotid │ │ │ │ +004c7040: 6520 7265 7369 6475 6573 2074 6f20 6465 e residues to de │ │ │ │ +004c7050: 6369 6465 2074 6865 0a20 6368 6172 6163 cide the. charac │ │ │ │ +004c7060: 7465 7220 6f66 2074 6865 2063 6861 696e ter of the chain │ │ │ │ +004c7070: 2028 7072 6f74 6569 6e2f 6e75 636c 656f (protein/nucleo │ │ │ │ +004c7080: 7469 6465 293c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 tide)
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.
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removeAlignm │ │ │ │ +004d9cf0: 656e 744f 7074 696f 6e28 426c 6173 7441 entOption(BlastA │ │ │ │ +004d9d00: 6c69 676e 6d65 6e74 5061 7261 6d65 7465 lignmentParamete │ │ │ │ +004d9d10: 7245 6e75 6d29 3c2f 613e 202d 204d 6574 rEnum) - Met │ │ │ │ +004d9d20: 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 hod in class org │ │ │ │ +004d9d30: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7773 .biojava.nbio.ws │ │ │ │ +004d9d40: 2e61 6c69 676e 6d65 6e74 2e71 626c 6173 .alignment.qblas │ │ │ │ +004d9d50: 742e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 t.NCBIQB │ │ │ │ +004d9de0: 6c61 7374 416c 6967 6e6d 656e 7450 726f lastAlignmentPro │ │ │ │ +004d9df0: 7065 7274 6965 733c 2f61 3e3c 2f64 743e perties
│ │ │ │ +004d9e00: 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 .
.
Removes │ │ │ │ +004d9e20: 2067 6976 656e 2070 6172 616d 6574 6572 given parameter │ │ │ │ +004d9e30: 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474
.
.
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.
. │ │ │ │ +004d9f90: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
Remove a CDS │ │ │ │ +004d9fb0: 6f72 2063 6f64 696e 6720 7365 7175 656e or coding sequen │ │ │ │ +004d9fc0: 6365 2066 726f 6d20 7468 6520 7472 616e ce from the tran │ │ │ │ +004d9fd0: 7363 7269 7074 2073 6571 7565 6e63 653c script sequence< │ │ │ │ +004d9fe0: 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e /div>.
.
│ │ │ │ +004d9ff0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f66 6f72 removeChildNod │ │ │ │ +004da060: 6528 696e 7429 3c2f 613e 202d 204d 6574 e(int) - Met │ │ │ │ +004da070: 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 hod in class org │ │ │ │ +004da080: 2e66 6f72 6573 7465 722e 7068 796c 6f67 .forester.phylog │ │ │ │ +004da090: 656e 792e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 eny. │ │ │ │ +004da0f0: 5068 796c 6f67 656e 794e 6f64 653c 2f61 PhylogenyNode
.
  │ │ │ │ +004da110: 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 ;
.
re │ │ │ │ +004da1a0: 6d6f 7665 4368 696c 644e 6f64 6528 5068 moveChildNode(Ph │ │ │ │ +004da1b0: 796c 6f67 656e 794e 6f64 6529 3c2f 613e ylogenyNode) │ │ │ │ +004da1c0: 202d 204d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 - Method in cla │ │ │ │ +004da1d0: 7373 206f 7267 2e66 6f72 6573 7465 722e ss org.forester. │ │ │ │ +004da1e0: 7068 796c 6f67 656e 792e 3c61 2068 7265 phylogeny.PhylogenyN │ │ │ │ +004da250: 6f64 653c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 ode
.
 
.
removeConnecti │ │ │ │ +004da2e0: 6f6e 7328 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 ons() - Meth │ │ │ │ +004da2f0: 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e od in class org. │ │ │ │ +004da300: 666f 7265 7374 6572 2e70 6879 6c6f 6765 forester.phyloge │ │ │ │ +004da310: 6e79 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f ny.P │ │ │ │ +004da370: 6879 6c6f 6765 6e79 4e6f 6465 3c2f 613e hylogenyNode │ │ │ │ +004da380: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e 6273 703b
.
  │ │ │ │ +004da390: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
remov │ │ │ │ +004da410: 6545 786f 6e28 5374 7269 6e67 293c 2f61 eExon(String) - Method in cl │ │ │ │ +004da430: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ +004da440: 6e62 696f 2e63 6f72 652e 7365 7175 656e nbio.core.sequen │ │ │ │ +004da450: 6365 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f ce.Ge │ │ │ │ +004da4c0: 6e65 5365 7175 656e 6365 3c2f 613e 3c2f neSequence.
.
Remo │ │ │ │ +004da4f0: 7665 2074 6865 2065 786f 6e20 7365 7175 ve the exon sequ │ │ │ │ +004da500: 656e 6365 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e ence
.
│ │ │ │ +004da510: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
re │ │ │ │ +004da5c0: 6d6f 7665 4665 6174 7572 6528 4665 6174 moveFeature(Feat │ │ │ │ +004da5d0: 7572 6549 6e74 6572 6661 6365 266c 743b ureInterface< │ │ │ │ +004da5e0: 4162 7374 7261 6374 5365 7175 656e 6365 AbstractSequence │ │ │ │ +004da5f0: 266c 743b 4326 6774 3b2c 2043 2667 743b <C>, C> │ │ │ │ +004da600: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ +004da610: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ +004da620: 6176 612e 6e62 696f 2e63 6f72 652e 7365 ava.nbio.core.se │ │ │ │ +004da630: 7175 656e 6365 2e74 656d 706c 6174 652e quence.template. │ │ │ │ +004da640: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f AbstractSequenc │ │ │ │ +004da6d0: 653c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a e
.
. │ │ │ │ +004da6e0: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
Remove a feat │ │ │ │ +004da700: 7572 6520 6672 6f6d 2074 6865 2073 6571 ure from the seq │ │ │ │ +004da710: 7565 6e63 653c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 uence
.
.
│ │ │ │ +004da7c0: 7265 6d6f 7665 4761 7073 2850 726f 7465 removeGaps(Prote │ │ │ │ +004da7d0: 696e 5365 7175 656e 6365 293c 2f61 3e20 inSequence) │ │ │ │ +004da7e0: 2d20 5374 6174 6963 206d 6574 686f 6420 - Static method │ │ │ │ +004da7f0: 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f in class org.bio │ │ │ │ +004da800: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 java.nbio.struct │ │ │ │ +004da810: 7572 652e 696f 2e3c 6120 6872 6566 3d22 ure.io.Stru │ │ │ │ +004da890: 6374 7572 6553 6571 7565 6e63 654d 6174 ctureSequenceMat │ │ │ │ +004da8a0: 6368 6572 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 cher
..
Removes al │ │ │ │ +004da8d0: 6c20 6761 7073 2028 272d 2729 2066 726f l gaps ('-') fro │ │ │ │ +004da8e0: 6d20 6120 7072 6f74 6569 6e20 7365 7175 m a protein sequ │ │ │ │ +004da8f0: 656e 6365 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e ence
. │ │ │ │ +004da900: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
re │ │ │ │ +004da980: 6d6f 7665 4761 7073 2854 5b5d 5b5d 293c moveGaps(T[][])< │ │ │ │ +004da990: 2f61 3e20 2d20 5374 6174 6963 206d 6574 /a> - Static met │ │ │ │ +004da9a0: 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 hod in class org │ │ │ │ +004da9b0: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 .biojava.nbio.st │ │ │ │ +004da9c0: 7275 6374 7572 652e 696f 2e3c 6120 6872 ructure.io. │ │ │ │ +004daa40: 5374 7275 6374 7572 6553 6571 7565 6e63 StructureSequenc │ │ │ │ +004daa50: 654d 6174 6368 6572 3c2f 613e 3c2f 6474 eMatcher
.
.
Create │ │ │ │ +004daa80: 7320 6120 6e65 7720 6c69 7374 2063 6f6e s a new list con │ │ │ │ +004daa90: 7369 7374 696e 6720 6f66 2061 6c6c 2063 sisting of all c │ │ │ │ +004daaa0: 6f6c 756d 6e73 206f 6620 6761 7070 6564 olumns of gapped │ │ │ │ +004daab0: 2077 6865 7265 206e 6f20 726f 770a 2063 where no row. c │ │ │ │ +004daac0: 6f6e 7461 696e 6564 2061 206e 756c 6c20 ontained a null │ │ │ │ +004daad0: 7661 6c75 652e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 value.
..
removeGene │ │ │ │ +004dab70: 5365 7175 656e 6365 2853 7472 696e 6729 Sequence(String) │ │ │ │ +004dab80: 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f 6420 696e - Method in │ │ │ │ +004dab90: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ +004daba0: 7661 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e73 6571 va.nbio.core.seq │ │ │ │ +004dabb0: 7565 6e63 652e 3c61 2068 7265 663d 226f uence.Chromosom │ │ │ │ +004dac30: 6553 6571 7565 6e63 653c 2f61 3e3c 2f64 eSequence.
 .
removeInter │ │ │ │ +004dace0: 6661 6365 7342 656c 6f77 4172 6561 2829 facesBelowArea() │ │ │ │ +004dacf0: 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f 6420 696e - Method in │ │ │ │ +004dad00: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ +004dad10: 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 va.nbio.structur │ │ │ │ +004dad20: 652e 636f 6e74 6163 742e 3c61 2068 7265 e.contact.Structure │ │ │ │ +004dadb0: 496e 7465 7266 6163 654c 6973 743c 2f61 InterfaceList
.
.
R │ │ │ │ +004dade0: 656d 6f76 6573 2066 726f 6d20 7468 6973 emoves from this │ │ │ │ +004dadf0: 2069 6e74 6572 6661 6365 206c 6973 7420 interface list │ │ │ │ +004dae00: 616c 6c20 696e 7465 7266 6163 6573 2077 all interfaces w │ │ │ │ +004dae10: 6974 6820 6172 6561 730a 2062 656c 6f77 ith areas. below │ │ │ │ +004dae20: 2074 6865 2064 6566 6175 6c74 2063 7574 the default cut │ │ │ │ +004dae30: 6f66 6620 6172 6561 2e3c 2f64 6976 3e0a off area.
. │ │ │ │ +004dae40: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
re │ │ │ │ +004daed0: 6d6f 7665 496e 7465 7266 6163 6573 4265 moveInterfacesBe │ │ │ │ +004daee0: 6c6f 7741 7265 6128 646f 7562 6c65 293c lowArea(double)< │ │ │ │ +004daef0: 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 /a> - Method in │ │ │ │ +004daf00: 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 class org.biojav │ │ │ │ +004daf10: 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 a.nbio.structure │ │ │ │ +004daf20: 2e63 6f6e 7461 6374 2e3c 6120 6872 6566 .contact.StructureI │ │ │ │ +004dafb0: 6e74 6572 6661 6365 4c69 7374 3c2f 613e nterfaceList │ │ │ │ +004dafc0: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c 6469 7620
.
.
Re │ │ │ │ +004dafe0: 6d6f 7665 7320 6672 6f6d 2074 6869 7320 moves from this │ │ │ │ +004daff0: 696e 7465 7266 6163 6520 6c69 7374 2061 interface list a │ │ │ │ +004db000: 6c6c 2069 6e74 6572 6661 6365 7320 7769 ll interfaces wi │ │ │ │ +004db010: 7468 2061 7265 6173 0a20 6265 6c6f 7720 th areas. below │ │ │ │ +004db020: 7468 6520 6769 7665 6e20 6375 746f 6666 the given cutoff │ │ │ │ +004db030: 2061 7265 612e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 area.
..
remove │ │ │ │ +004db0c0: 496e 7472 6f6e 2853 7472 696e 6729 3c2f Intron(String) - Method in c │ │ │ │ +004db0e0: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ +004db0f0: 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e73 6571 7565 .nbio.core.seque │ │ │ │ +004db100: 6e63 652e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 nce.G │ │ │ │ +004db170: 656e 6553 6571 7565 6e63 653c 2f61 3e3c eneSequence< │ │ │ │ +004db180: 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 /dt>.
.
Rem │ │ │ │ +004db1a0: 6f76 6520 7468 6520 696e 7472 6f6e 2062 ove the intron b │ │ │ │ +004db1b0: 7920 6163 6365 7373 696f 6e3c 2f64 6976 y accession
.
.
remov │ │ │ │ +004db270: 654d 4d63 6966 436f 6e73 756d 6572 284d eMMcifConsumer(M │ │ │ │ +004db280: 4d63 6966 436f 6e73 756d 6572 293c 2f61 McifConsumer) - Method in in │ │ │ │ +004db2a0: 7465 7266 6163 6520 6f72 672e 6269 6f6a terface org.bioj │ │ │ │ +004db2b0: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ +004db2c0: 7265 2e69 6f2e 6d6d 6369 662e 3c61 2068 re.io.mmcif.MMcifParser< │ │ │ │ +004db350: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 /a>
.
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.
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.
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  │ │ │ │ +004e8b90: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
reverse(int)< │ │ │ │ +004e8c10: 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 /a> - Method in │ │ │ │ +004e8c20: 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 class org.biojav │ │ │ │ +004e8c30: 612e 6e62 696f 2e63 6f72 652e 7365 7175 a.nbio.core.sequ │ │ │ │ +004e8c40: 656e 6365 2e6c 6f63 6174 696f 6e2e 3c61 ence.location.Simple │ │ │ │ +004e8cd0: 506f 696e 743c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c Point
.< │ │ │ │ +004e8ce0: 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c dd> .< │ │ │ │ +004e8cf0: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>r │ │ │ │ +004e8d60: 6576 6572 7365 2869 6e74 293c 2f61 3e20 everse(int) │ │ │ │ +004e8d70: 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 696e 7465 - Method in inte │ │ │ │ +004e8d80: 7266 6163 6520 6f72 672e 6269 6f6a 6176 rface org.biojav │ │ │ │ +004e8d90: 612e 6e62 696f 2e63 6f72 652e 7365 7175 a.nbio.core.sequ │ │ │ │ +004e8da0: 656e 6365 2e6c 6f63 6174 696f 6e2e 7465 ence.location.te │ │ │ │ +004e8db0: 6d70 6c61 7465 2e3c 6120 6872 6566 3d22 mplate.Point.
.
Return │ │ │ │ +004e8e70: 7320 7468 6520 6571 7569 7661 6c65 6e74 s the equivalent │ │ │ │ +004e8e80: 2070 6f73 6974 696f 6e20 6f6e 2074 6865 position on the │ │ │ │ +004e8e90: 2072 6576 6572 7365 2073 7472 616e 643c reverse strand< │ │ │ │ +004e8ea0: 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e /div>.
.
│ │ │ │ +004e8eb0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f rev │ │ │ │ +004e8f20: 6572 7365 2869 6e74 2c20 696e 7429 3c2f erse(int, int) - Method in c │ │ │ │ +004e8f40: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ +004e8f50: 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e73 6571 7565 .nbio.core.seque │ │ │ │ +004e8f60: 6e63 652e 6c6f 6361 7469 6f6e 2e3c 6120 nce.location.SimpleP │ │ │ │ +004e8ff0: 6f69 6e74 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 oint
. .REVERS │ │ │ │ +004e9080: 4544 5f4f 4e45 3c2f 613e 202d 2045 6e75 ED_ONE - Enu │ │ │ │ +004e9090: 6d20 636f 6e73 7461 6e74 2069 6e20 656e m constant in en │ │ │ │ +004e90a0: 756d 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f um class org.bio │ │ │ │ +004e90b0: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e73 java.nbio.core.s │ │ │ │ +004e90c0: 6571 7565 6e63 652e 7472 616e 7363 7269 equence.transcri │ │ │ │ +004e90d0: 7074 696f 6e2e 3c61 2068 7265 663d 226f ption.Frame │ │ │ │ +004e9160: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e .
&n │ │ │ │ +004e9170: 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 bsp;
.
REVERSED │ │ │ │ +004e91f0: 5f54 4852 4545 3c2f 613e 202d 2045 6e75 _THREE - Enu │ │ │ │ +004e9200: 6d20 636f 6e73 7461 6e74 2069 6e20 656e m constant in en │ │ │ │ +004e9210: 756d 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f um class org.bio │ │ │ │ +004e9220: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e73 java.nbio.core.s │ │ │ │ +004e9230: 6571 7565 6e63 652e 7472 616e 7363 7269 equence.transcri │ │ │ │ +004e9240: 7074 696f 6e2e 3c61 2068 7265 663d 226f ption.Frame │ │ │ │ +004e92d0: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e
.
&n │ │ │ │ +004e92e0: 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 bsp;
.
REVERSED_T │ │ │ │ +004e9360: 574f 3c2f 613e 202d 2045 6e75 6d20 636f WO - Enum co │ │ │ │ +004e9370: 6e73 7461 6e74 2069 6e20 656e 756d 2063 nstant in enum c │ │ │ │ +004e9380: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ +004e9390: 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e73 6571 7565 .nbio.core.seque │ │ │ │ +004e93a0: 6e63 652e 7472 616e 7363 7269 7074 696f nce.transcriptio │ │ │ │ +004e93b0: 6e2e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 n.Frame │ │ │ │ +004e9440: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e 6273 703b
.
  │ │ │ │ +004e9450: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
│ │ │ │ +004e94f0: 5265 7665 7273 6564 5365 7175 656e 6365 ReversedSequence │ │ │ │ +004e9500: 5669 6577 3c2f 613e 266c 743b 3c61 2068 View<C extend │ │ │ │ +004e9590: 7320 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 s C │ │ │ │ +004e9610: 6f6d 706f 756e 643c 2f61 3e26 6774 3b20 ompound> │ │ │ │ +004e9620: 2d20 436c 6173 7320 696e 203c 6120 6872 - Class in o │ │ │ │ +004e9670: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ +004e9680: 636f 7265 2e73 6571 7565 6e63 652e 7669 core.sequence.vi │ │ │ │ +004e9690: 6577 733c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 ews
.
.
For a given │ │ │ │ +004e96c0: 2073 6571 7565 6e63 6520 7468 6973 2063 sequence this c │ │ │ │ +004e96d0: 6c61 7373 2077 696c 6c20 7265 7475 726e lass will return │ │ │ │ +004e96e0: 2074 6865 2062 6173 6520 6174 2074 6865 the base at the │ │ │ │ +004e96f0: 2072 6576 6572 7365 640a 2070 6f73 6974 reversed. posit │ │ │ │ +004e9700: 696f 6e20 692e 652e 3c2f 6469 763e 0a3c ion i.e.
.< │ │ │ │ +004e9710: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
Reversed │ │ │ │ +004e97c0: 5365 7175 656e 6365 5669 6577 2853 6571 SequenceView(Seq │ │ │ │ +004e97d0: 7565 6e63 6526 6c74 3b43 2667 743b 293c uence<C>)< │ │ │ │ +004e97e0: 2f61 3e20 2d20 436f 6e73 7472 7563 746f /a> - Constructo │ │ │ │ +004e97f0: 7220 666f 7220 636c 6173 7320 6f72 672e r for class org. │ │ │ │ +004e9800: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e63 6f72 biojava.nbio.cor │ │ │ │ +004e9810: 652e 7365 7175 656e 6365 2e76 6965 7773 e.sequence.views │ │ │ │ +004e9820: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 . │ │ │ │ +004e98a0: 5265 7665 7273 6564 5365 7175 656e 6365 ReversedSequence │ │ │ │ +004e98b0: 5669 6577 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 View
. .re │ │ │ │ +004e9980: 7665 7273 6553 6571 7565 6e63 6528 5365 verseSequence(Se │ │ │ │ +004e9990: 7175 656e 6365 266c 743b 4326 6774 3b29 quence<C>) │ │ │ │ +004e99a0: 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f 6420 696e - Method in │ │ │ │ +004e99b0: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ +004e99c0: 7661 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e73 6571 va.nbio.core.seq │ │ │ │ +004e99d0: 7565 6e63 652e 6c6f 6361 7469 6f6e 2e74 uence.location.t │ │ │ │ +004e99e0: 656d 706c 6174 652e 3c61 2068 7265 663d emplate.Abstr │ │ │ │ +004e9a80: 6163 744c 6f63 6174 696f 6e3c 2f61 3e3c actLocation< │ │ │ │ +004e9a90: 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 /dt>.
.
Rev │ │ │ │ +004e9ab0: 6572 7365 7320 616e 6420 2869 6620 706f erses and (if po │ │ │ │ +004e9ac0: 7373 6962 6c65 2920 636f 6d70 6c65 6d65 ssible) compleme │ │ │ │ +004e9ad0: 6e74 7320 7468 6520 5365 7175 656e 6365 nts the Sequence │ │ │ │ +004e9ae0: 2073 6f20 6173 2074 6f20 7265 7072 6573 so as to repres │ │ │ │ +004e9af0: 656e 740a 2074 6865 2072 6576 6572 7365 ent. the reverse │ │ │ │ +004e9b00: 2073 7472 616e 6420 2869 6620 6f6e 6520 strand (if one │ │ │ │ +004e9b10: 6578 6973 7473 292e 3c2f 6469 763e 0a3c exists).
.< │ │ │ │ +004e9b20: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
RFAM │ │ │ │ +004e9b90: 2d20 5374 6174 6963 2076 6172 6961 626c - Static variabl │ │ │ │ +004e9ba0: 6520 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 e in class org.b │ │ │ │ +004e9bb0: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 616c 6967 iojava.nbio.alig │ │ │ │ +004e9bc0: 6e6d 656e 742e 696f 2e3c 6120 6872 6566 nment.io.Stockhol │ │ │ │ +004e9c40: 6d53 7472 7563 7475 7265 3c2f 613e 3c2f mStructure.
 .
RG - │ │ │ │ +004e9cd0: 5374 6174 6963 2076 6172 6961 626c 6520 Static variable │ │ │ │ +004e9ce0: 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f in class org.bio │ │ │ │ +004e9cf0: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 java.nbio.struct │ │ │ │ +004e9d00: 7572 652e 646f 6d61 696e 2e70 6470 2e3c ure.domain.pdp.< │ │ │ │ +004e9d10: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ +004e9d20: 6176 612f 6e62 696f 2f73 7472 7563 7475 ava/nbio/structu │ │ │ │ +004e9d30: 7265 2f64 6f6d 6169 6e2f 7064 702f 5044 re/domain/pdp/PD │ │ │ │ +004e9d40: 5050 6172 616d 6574 6572 732e 6874 6d6c PParameters.html │ │ │ │ +004e9d50: 2220 7469 746c 653d 2263 6c61 7373 2069 " title="class i │ │ │ │ +004e9d60: 6e20 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 n org.biojava.nb │ │ │ │ +004e9d70: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e64 6f6d io.structure.dom │ │ │ │ +004e9d80: 6169 6e2e 7064 7022 3e50 4450 5061 7261 ain.pdp">PDPPara │ │ │ │ +004e9d90: 6d65 7465 7273 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a meters
. │ │ │ │ +004e9da0: 3c64 643e 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a
 
. │ │ │ │ +004e9db0: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
RG1 - St │ │ │ │ +004e9e20: 6174 6963 2076 6172 6961 626c 6520 696e atic variable in │ │ │ │ +004e9e30: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ +004e9e40: 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 va.nbio.structur │ │ │ │ +004e9e50: 652e 646f 6d61 696e 2e70 6470 2e3c 6120 e.domain.pdp.PDPParame │ │ │ │ +004e9ee0: 7465 7273 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 ters
. . │ │ │ │ +004e9f50: 5268 3c2f 613e 202d 2045 6e75 6d20 636f Rh - Enum co │ │ │ │ +004e9f60: 6e73 7461 6e74 2069 6e20 656e 756d 2063 nstant in enum c │ │ │ │ +004e9f70: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ +004e9f80: 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e .nbio.structure. │ │ │ │ +004e9f90: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f Element.
 .
RHEA - Enum │ │ │ │ +004ea070: 2063 6f6e 7374 616e 7420 696e 2065 6e75 constant in enu │ │ │ │ +004ea080: 6d20 636c 6173 7320 6f72 672e 666f 7265 m class org.fore │ │ │ │ +004ea090: 7374 6572 2e67 6f2e 3c61 2068 7265 663d ster.go.GoXRef. │ │ │ │ +004ea0f0: 5479 7065 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 Type
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..
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.
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.
.
Conven │ │ │ │ +004ec4b0: 6965 6e63 6520 3c74 743e 5365 743c 2f74 ience Set of polymer ty │ │ │ │ +004ec4d0: 7065 7320 636c 6173 7369 6669 6564 2061 pes classified a │ │ │ │ +004ec4e0: 7320 524e 412e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 s RNA.
..
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& │ │ │ │ +004ec790: 6e62 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c nbsp;
.
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.< │ │ │ │ +004ed7d0: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
Create a │ │ │ │ +004ed7f0: 524e 4120 7365 7175 656e 6365 2066 726f RNA sequence fro │ │ │ │ +004ed800: 6d20 6120 7374 7269 6e67 2077 6974 6820 m a string with │ │ │ │ +004ed810: 6120 7573 6572 2064 6566 696e 6564 2052 a user defined R │ │ │ │ +004ed820: 4e41 2063 6f6d 706f 756e 6420 7365 743c NA compound set< │ │ │ │ +004ed830: 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e /div>..
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. │ │ │ │ +004ed9d0: 3c64 643e 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d
.
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.
.
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& │ │ │ │ +004edf90: 6e62 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c nbsp;
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..
Rotate a g │ │ │ │ +004efdf0: 726f 7570 206f 626a 6563 742e 3c2f 6469 roup object...
rotate(Stru │ │ │ │ +004efea0: 6374 7572 652c 2064 6f75 626c 655b 5d5b cture, double[][ │ │ │ │ +004efeb0: 5d29 3c2f 613e 202d 2053 7461 7469 6320 ]) - Static │ │ │ │ +004efec0: 6d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 method in class │ │ │ │ +004efed0: 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f org.biojava.nbio │ │ │ │ +004efee0: 2e73 7472 7563 7475 7265 2e3c 6120 6872 .structure.Calc.
.
Rota │ │ │ │ +004eff70: 7465 2061 2073 7472 7563 7475 7265 2e3c te a structure.< │ │ │ │ +004eff80: 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e /div>.
.
│ │ │ │ +004eff90: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f rota │ │ │ │ +004f0030: 7465 2853 7472 7563 7475 7265 2c20 4d61 te(Structure, Ma │ │ │ │ +004f0040: 7472 6978 293c 2f61 3e20 2d20 5374 6174 trix) - Stat │ │ │ │ +004f0050: 6963 206d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 ic method in cla │ │ │ │ +004f0060: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ +004f0070: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 3c61 bio.structure.Calc
.
.
R │ │ │ │ +004f0100: 6f74 6174 6520 6120 7374 7275 6374 7572 otate a structur │ │ │ │ +004f0110: 6520 6f62 6a65 6374 2e3c 2f64 6976 3e0a e object.
. │ │ │ │ +004f0120: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
rotateHue │ │ │ │ +004f01b0: 2843 6f6c 6f72 2c20 666c 6f61 7429 3c2f (Color, float) - Static meth │ │ │ │ +004f01d0: 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e od in class org. │ │ │ │ +004f01e0: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 biojava.nbio.str │ │ │ │ +004f01f0: 7563 7475 7265 2e67 7569 2e75 7469 6c2e ucture.gui.util. │ │ │ │ +004f0200: 636f 6c6f 722e 3c61 2068 7265 663d 226f color.ColorUtils< │ │ │ │ +004f0290: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 /a>
.
.Rotate a color │ │ │ │ +004f02c0: 7468 726f 7567 6820 4853 4220 7370 6163 through HSB spac │ │ │ │ +004f02d0: 653c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 e
..rotateJmol(Matr │ │ │ │ +004f0380: 6978 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 ix) - Method │ │ │ │ +004f0390: 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 in class org.bi │ │ │ │ +004f03a0: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ +004f03b0: 7475 7265 2e61 6c69 676e 2e67 7569 2e6a ture.align.gui.j │ │ │ │ +004f03c0: 6d6f 6c2e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 mol.JmolPanel< │ │ │ │ +004f0450: 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c /dt>.
 < │ │ │ │ +004f0460: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
Rotat │ │ │ │ +004f0500: 696f 6e3c 2f61 3e20 2d20 436c 6173 7320 ion - Class │ │ │ │ +004f0510: 696e 203c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f in org.b │ │ │ │ +004f0560: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ +004f0570: 6374 7572 652e 7379 6d6d 6574 7279 2e63 cture.symmetry.c │ │ │ │ +004f0580: 6f72 653c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 ore
.
 
.
Rotation │ │ │ │ +004f0610: 2829 3c2f 613e 202d 2043 6f6e 7374 7275 () - Constru │ │ │ │ +004f0620: 6374 6f72 2066 6f72 2063 6c61 7373 206f ctor for class o │ │ │ │ +004f0630: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ +004f0640: 7374 7275 6374 7572 652e 7379 6d6d 6574 structure.symmet │ │ │ │ +004f0650: 7279 2e63 6f72 652e 3c61 2068 7265 663d ry.core.Rotation< │ │ │ │ +004f06e0: 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c /dt>.
 < │ │ │ │ +004f06f0: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
ROTA │ │ │ │ +004f0770: 5449 4f4e 3c2f 613e 202d 2045 6e75 6d20 TION - Enum │ │ │ │ +004f0780: 636f 6e73 7461 6e74 2069 6e20 656e 756d constant in enum │ │ │ │ +004f0790: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ +004f07a0: 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 va.nbio.structur │ │ │ │ +004f07b0: 652e 7379 6d6d 6574 7279 2e63 6f72 652e e.symmetry.core. │ │ │ │ +004f07c0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f │ │ │ │ +004f0850: 5379 6d6d 6574 7279 5065 7263 6570 7469 SymmetryPercepti │ │ │ │ +004f0860: 6f6e 4d65 7468 6f64 3c2f 613e 3c2f 6474 onMethod
.
 
.
RotationAx │ │ │ │ +004f0920: 6973 3c2f 613e 202d 2043 6c61 7373 2069 is - Class i │ │ │ │ +004f0930: 6e20 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 n org.bioja │ │ │ │ +004f0980: 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 va.nbio.structur │ │ │ │ +004f0990: 652e 616c 6967 6e2e 7574 696c 3c2f 613e e.align.util │ │ │ │ +004f09a0: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c 6469 7620
.
.
Ca │ │ │ │ +004f09c0: 6c63 756c 6174 6573 2074 6865 2072 6f74 lculates the rot │ │ │ │ +004f09d0: 6174 696f 6e20 6178 6973 2066 6f72 2061 ation axis for a │ │ │ │ +004f09e0: 6e20 616c 6967 6e6d 656e 743c 2f64 6976 n alignment
.
.
Rotati │ │ │ │ +004f0a80: 6f6e 4178 6973 284d 6174 7269 7834 6429 onAxis(Matrix4d) │ │ │ │ +004f0a90: 3c2f 613e 202d 2043 6f6e 7374 7275 6374 - Construct │ │ │ │ +004f0aa0: 6f72 2066 6f72 2063 6c61 7373 206f 7267 or for class org │ │ │ │ +004f0ab0: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 .biojava.nbio.st │ │ │ │ +004f0ac0: 7275 6374 7572 652e 616c 6967 6e2e 7574 ructure.align.ut │ │ │ │ +004f0ad0: 696c 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f il.Rota │ │ │ │ +004f0b50: 7469 6f6e 4178 6973 3c2f 613e 3c2f 6474 tionAxis
.
.
Create │ │ │ │ +004f0b80: 2061 2072 6f74 6174 696f 6e20 6178 6973 a rotation axis │ │ │ │ +004f0b90: 2066 726f 6d20 6120 4d61 7472 6978 3464 from a Matrix4d │ │ │ │ +004f0ba0: 2063 6f6e 7461 696e 696e 6720 6120 726f containing a ro │ │ │ │ +004f0bb0: 7461 7469 6f6e 616c 0a20 636f 6d70 6f6e tational. compon │ │ │ │ +004f0bc0: 656e 7420 616e 6420 6120 7472 616e 736c ent and a transl │ │ │ │ +004f0bd0: 6174 696f 6e61 6c20 636f 6d70 6f6e 656e ational componen │ │ │ │ +004f0be0: 742e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c t.
.
.< │ │ │ │ +004f0bf0: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>Rotati │ │ │ │ +004f0c90: 6f6e 4178 6973 2841 4650 4368 6169 6e29 onAxis(AFPChain) │ │ │ │ +004f0ca0: 3c2f 613e 202d 2043 6f6e 7374 7275 6374 - Construct │ │ │ │ +004f0cb0: 6f72 2066 6f72 2063 6c61 7373 206f 7267 or for class org │ │ │ │ +004f0cc0: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 .biojava.nbio.st │ │ │ │ +004f0cd0: 7275 6374 7572 652e 616c 6967 6e2e 7574 ructure.align.ut │ │ │ │ +004f0ce0: 696c 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f il.Rota │ │ │ │ +004f0d60: 7469 6f6e 4178 6973 3c2f 613e 3c2f 6474 tionAxis.
.
Calcul │ │ │ │ +004f0d90: 6174 6520 7468 6520 726f 7461 7469 6f6e ate the rotation │ │ │ │ +004f0da0: 2061 7869 7320 666f 7220 7468 6520 6669 axis for the fi │ │ │ │ +004f0db0: 7273 7420 626c 6f63 6b20 6f66 2061 6e20 rst block of an │ │ │ │ +004f0dc0: 4146 5043 6861 696e 3c2f 6469 763e 0a3c AFPChain
.< │ │ │ │ +004f0dd0: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
RotationA │ │ │ │ +004f0e90: 7869 7328 4174 6f6d 2c20 4174 6f6d 2c20 xis(Atom, Atom, │ │ │ │ +004f0ea0: 646f 7562 6c65 293c 2f61 3e20 2d20 436f double) - Co │ │ │ │ +004f0eb0: 6e73 7472 7563 746f 7220 666f 7220 636c nstructor for cl │ │ │ │ +004f0ec0: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ +004f0ed0: 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e61 nbio.structure.a │ │ │ │ +004f0ee0: 6c69 676e 2e75 7469 6c2e 3c61 2068 7265 lign.util.RotationAxis< │ │ │ │ +004f0f70: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 /a>
.
.Create a rotati │ │ │ │ +004f0fa0: 6f6e 2061 7869 7320 6672 6f6d 2061 2076 on axis from a v │ │ │ │ +004f0fb0: 6563 746f 722c 2061 2070 6f69 6e74 2c20 ector, a point, │ │ │ │ +004f0fc0: 616e 6420 616e 2061 6e67 6c65 2e3c 2f64 and an angle..
.
Rota │ │ │ │ +004f1090: 7469 6f6e 4178 6973 284d 6174 7269 782c tionAxis(Matrix, │ │ │ │ +004f10a0: 2041 746f 6d29 3c2f 613e 202d 2043 6f6e Atom) - Con │ │ │ │ +004f10b0: 7374 7275 6374 6f72 2066 6f72 2063 6c61 structor for cla │ │ │ │ +004f10c0: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ +004f10d0: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 616c bio.structure.al │ │ │ │ +004f10e0: 6967 6e2e 7574 696c 2e3c 6120 6872 6566 ign.util.RotationAxis
.
. │ │ │ │ +004f1190: 4465 7465 726d 696e 6520 7468 6520 6c6f Determine the lo │ │ │ │ +004f11a0: 6361 7469 6f6e 206f 6620 7468 6520 726f cation of the ro │ │ │ │ +004f11b0: 7461 7469 6f6e 2061 7869 7320 6261 7365 tation axis base │ │ │ │ +004f11c0: 6420 6f6e 2061 2072 6f74 6174 696f 6e20 d on a rotation │ │ │ │ +004f11d0: 6d61 7472 6978 2061 6e64 2061 2074 7261 matrix and a tra │ │ │ │ +004f11e0: 6e73 6c61 7469 6f6e 2076 6563 746f 723c nslation vector< │ │ │ │ +004f11f0: 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e /div>.
.
│ │ │ │ +004f1200: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f Rot │ │ │ │ +004f12a0: 6174 696f 6e41 7869 7341 6c69 676e 6572 ationAxisAligner │ │ │ │ +004f12b0: 3c2f 613e 202d 2043 6c61 7373 2069 6e20 - Class in │ │ │ │ +004f12c0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f org.bioj │ │ │ │ +004f1310: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ +004f1320: 7265 2e73 796d 6d65 7472 792e 6178 6973 re.symmetry.axis │ │ │ │ +004f1330: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e
.
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.
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.
score( │ │ │ │ +004fdd80: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ +004fdd90: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ +004fdda0: 6176 612e 6e62 696f 2e67 656e 6f6d 652e ava.nbio.genome. │ │ │ │ +004fddb0: 7061 7273 6572 732e 6766 662e 3c61 2068 parsers.gff.Feat │ │ │ │ +004fde30: 7572 653c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 ure
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Get score.< │ │ │ │ +004fde60: 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e /div>.
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Defi │ │ │ │ +004fdfa0: 6e65 7320 616e 2061 6c67 6f72 6974 686d nes an algorithm │ │ │ │ +004fdfb0: 2077 6869 6368 2063 6f6d 7075 7465 7320 which computes │ │ │ │ +004fdfc0: 6120 7363 6f72 652e 3c2f 6469 763e 0a3c a score.
.< │ │ │ │ +004fdfd0: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
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.
. │ │ │ │ +004fe3b0: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
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.
.
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.
.
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 .
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.
&nbs │ │ │ │ +004fe7e0: 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 p;
.
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.
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 .
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.
 
.
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. │ │ │ │ +004fed00: 3c64 643e 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a
 
. │ │ │ │ +004fed10: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
SDI - Enu │ │ │ │ +004fed70: 6d20 636f 6e73 7461 6e74 2069 6e20 656e m constant in en │ │ │ │ +004fed80: 756d 2063 6c61 7373 206f 7267 2e66 6f72 um class org.for │ │ │ │ +004fed90: 6573 7465 722e 7364 692e 3c61 2068 7265 ester.sdi.SDIutil.ALGOR │ │ │ │ +004fee00: 4954 484d 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 ITHM
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This class │ │ │ │ +00501cc0: 2065 7874 656e 6473 2074 6865 2062 6173 extends the bas │ │ │ │ +00501cd0: 6963 2063 6f6e 7461 696e 6572 2066 6f72 ic container for │ │ │ │ +00501ce0: 2073 6563 6f6e 6461 7279 2073 7472 7563 secondary struc │ │ │ │ +00501cf0: 7475 7265 2061 6e6e 6f74 6174 696f 6e2c ture annotation, │ │ │ │ +00501d00: 0a20 696e 636c 7564 696e 6720 616c 6c20 . including all │ │ │ │ +00501d10: 7468 6520 696e 666f 726d 6174 696f 6e20 the information │ │ │ │ +00501d20: 7573 6564 2069 6e20 7468 6520 4453 5350 used in the DSSP │ │ │ │ +00501d30: 2061 6c67 6f72 6974 686d 2e3c 2f64 6976 algorithm.
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This class co │ │ │ │ +00502060: 6e74 6169 6e73 206d 6574 686f 6473 2066 ntains methods f │ │ │ │ +00502070: 6f72 206f 6274 6169 6e69 6e67 2061 6e64 or obtaining and │ │ │ │ +00502080: 2063 6f6e 7665 7274 696e 6720 7365 636f converting seco │ │ │ │ +00502090: 6e64 6172 7920 7374 7275 6374 7572 650a ndary structure. │ │ │ │ +005020a0: 2069 6e66 6f72 6d61 7469 6f6e 2066 726f information fro │ │ │ │ +005020b0: 6d20 4269 6f4a 6176 6120 3c61 2068 7265 m BioJava Structures.
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Thi │ │ │ │ +005023e0: 7320 656e 756d 2063 6f6e 7461 696e 7320 s enum contains │ │ │ │ +005023f0: 616c 6c20 6f66 2074 6865 2073 6563 6f6e all of the secon │ │ │ │ +00502400: 6461 7279 2073 7472 7563 7475 7265 2074 dary structure t │ │ │ │ +00502410: 7970 6573 2066 6f75 6e64 2069 6e20 7468 ypes found in th │ │ │ │ +00502420: 6520 4453 5350 0a20 6f75 7470 7574 2e3c e DSSP. output.< │ │ │ │ +00502430: 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e /div>.
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 < │ │ │ │ +00504a00: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
se │ │ │ │ +00504a80: 6c65 6374 696f 6e55 6e6c 6f63 6b65 6428 lectionUnlocked( │ │ │ │ +00504a90: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ +00504aa0: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ +00504ab0: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ +00504ac0: 7265 2e61 6c69 676e 2e67 7569 2e61 6c69 re.align.gui.ali │ │ │ │ +00504ad0: 6770 616e 656c 2e3c 6120 6872 6566 3d22 gpanel.A │ │ │ │ +00504b60: 6c69 6750 616e 656c 3c2f 613e 3c2f 6474 ligPanel
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.
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.
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.
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.
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.
&n │ │ │ │ +005113c0: 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 bsp;
.
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.
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. │ │ │ │ +00513b80: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
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.< │ │ │ │ +00513d60: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
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.
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.
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.
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.
&nb │ │ │ │ +0052f330: 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 sp;
.
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│ │ │ │ +0052f4d0: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
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..
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..
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.
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..
Set the ba │ │ │ │ +0052fb20: 636b 2d72 6566 6572 656e 6365 2074 6f20 ck-reference to │ │ │ │ +0052fb30: 6974 7320 7061 7265 6e74 2042 6c6f 636b its parent Block │ │ │ │ +0052fb40: 5365 742e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e Set.
. │ │ │ │ +0052fb50: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
setBlockSet(Blo │ │ │ │ +0052fc00: 636b 5365 7429 3c2f 613e 202d 204d 6574 ckSet) - Met │ │ │ │ +0052fc10: 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 hod in class org │ │ │ │ +0052fc20: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 .biojava.nbio.st │ │ │ │ +0052fc30: 7275 6374 7572 652e 616c 6967 6e2e 6d75 ructure.align.mu │ │ │ │ +0052fc40: 6c74 6970 6c65 2e3c 6120 6872 6566 3d22 ltiple.BlockImpl
.
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.
set │ │ │ │ +0052fd70: 426c 6f63 6b53 6574 7328 4c69 7374 266c BlockSets(List&l │ │ │ │ +0052fd80: 743b 426c 6f63 6b53 6574 2667 743b 293c t;BlockSet>)< │ │ │ │ +0052fd90: 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 /a> - Method in │ │ │ │ +0052fda0: 696e 7465 7266 6163 6520 6f72 672e 6269 interface org.bi │ │ │ │ +0052fdb0: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ +0052fdc0: 7475 7265 2e61 6c69 676e 2e6d 756c 7469 ture.align.multi │ │ │ │ +0052fdd0: 706c 652e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 ple.Mu │ │ │ │ +0052fe60: 6c74 6970 6c65 416c 6967 6e6d 656e 743c ltipleAlignment< │ │ │ │ +0052fe70: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 /a>
.
.Sets the List o │ │ │ │ +0052fea0: 6620 426c 6f63 6b53 6574 204c 6973 7420 f BlockSet List │ │ │ │ +0052feb0: 6f66 2074 6865 2073 7065 6369 6669 6564 of the specified │ │ │ │ +0052fec0: 2061 6c69 676e 6d65 6e74 2e3c 2f64 6976 alignment.
..
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.
 
.
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.
  │ │ │ │ +00530200: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
setBlo │ │ │ │ +00530280: 636b 5369 7a65 2869 6e74 5b5d 293c 2f61 ckSize(int[]) - Method in cl │ │ │ │ +005302a0: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ +005302b0: 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e61 nbio.structure.a │ │ │ │ +005302c0: 6c69 676e 2e6d 6f64 656c 2e3c 6120 6872 lign.model.AFPChain.
 .
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.
Set │ │ │ │ +00530640: 7320 7468 6520 626f 6e64 733c 2f64 6976 s the bonds
.
.
setBonds(List&l │ │ │ │ +005306d0: 743b 426f 6e64 2667 743b 293c 2f61 3e20 t;Bond>) │ │ │ │ +005306e0: 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 - Method in clas │ │ │ │ +005306f0: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ +00530700: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e3c 6120 io.structure.Atom │ │ │ │ +00530770: 496d 706c 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 Impl
..
Sets the b │ │ │ │ +005307a0: 6f6e 6473 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e onds
. │ │ │ │ +005307b0: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
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..
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The RMSD │ │ │ │ +00539ee0: 6f66 2074 6865 2063 6861 696e 206f 6620 of the chain of │ │ │ │ +00539ef0: 4146 5073 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 AFPs.
..
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..setChains(int, │ │ │ │ +0053a100: 4c69 7374 266c 743b 4368 6169 6e26 6774 List<Chain> │ │ │ │ +0053a110: 3b29 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f 6420 ;) - Method │ │ │ │ +0053a120: 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f in class org.bio │ │ │ │ +0053a130: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 java.nbio.struct │ │ │ │ +0053a140: 7572 652e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 ure.Structur │ │ │ │ +0053a1b0: 6549 6d70 6c3c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c eImpl.< │ │ │ │ +0053a1c0: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
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..setCha │ │ │ │ +0053a270: 696e 7328 4c69 7374 266c 743b 4368 6169 ins(List<Chai │ │ │ │ +0053a280: 6e26 6774 3b29 3c2f 613e 202d 204d 6574 n>) - Met │ │ │ │ +0053a290: 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 hod in class org │ │ │ │ +0053a2a0: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 .biojava.nbio.st │ │ │ │ +0053a2b0: 7275 6374 7572 652e 3c61 2068 7265 663d ructure.EntityI │ │ │ │ +0053a320: 6e66 6f3c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 nfo.
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. │ │ │ │ +0053cde0: 3c64 643e 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d
.
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. │ │ │ │ +0053ced0: 7365 7443 6972 756d 7363 7269 6265 6452 setCirumscribedR │ │ │ │ +0053cee0: 6164 6975 7328 646f 7562 6c65 293c 2f61 adius(double) - Method in cl │ │ │ │ +0053cf00: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ +0053cf10: 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e73 nbio.structure.s │ │ │ │ +0053cf20: 796d 6d65 7472 792e 6765 6f6d 6574 7279 ymmetry.geometry │ │ │ │ +0053cf30: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 .Octahedron │ │ │ │ +0053cfc0: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c .
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.
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..
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..
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.
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.
 
.
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.
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.
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.
 
.
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.
Set a │ │ │ │ -0058ad70: 2073 7562 6d61 7472 6978 2e3c 2f64 6976 submatrix.
.
.
s │ │ │ │ -0058ae20: 6574 4d61 7472 6978 2869 6e74 5b5d 2c20 etMatrix(int[], │ │ │ │ -0058ae30: 696e 742c 2069 6e74 2c20 4d61 7472 6978 int, int, Matrix │ │ │ │ -0058ae40: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ -0058ae50: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ -0058ae60: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ -0058ae70: 7265 2e6a 616d 612e 3c61 2068 7265 663d re.jama.M │ │ │ │ -0058aee0: 6174 7269 783c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c atrix
.< │ │ │ │ -0058aef0: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
Set a sub │ │ │ │ -0058af10: 6d61 7472 6978 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f matrix.
..
setMa │ │ │ │ -0058afc0: 7472 6978 2869 6e74 2c20 696e 742c 2069 trix(int, int, i │ │ │ │ -0058afd0: 6e74 5b5d 2c20 4d61 7472 6978 293c 2f61 nt[], Matrix) - Method in cl │ │ │ │ -0058aff0: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ -0058b000: 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e6a nbio.structure.j │ │ │ │ -0058b010: 616d 612e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 ama.Matri │ │ │ │ -0058b080: 783c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a x
.
. │ │ │ │ -0058b090: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
Set a submatr │ │ │ │ -0058b0b0: 6978 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a ix.
.
. │ │ │ │ -0058b0c0: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
setMatrix(i │ │ │ │ -0058b160: 6e74 2c20 696e 742c 2069 6e74 2c20 696e nt, int, int, in │ │ │ │ -0058b170: 742c 204d 6174 7269 7829 3c2f 613e 202d t, Matrix) - │ │ │ │ -0058b180: 204d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 Method in class │ │ │ │ -0058b190: 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 org.biojava.nbi │ │ │ │ -0058b1a0: 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 6a61 6d61 o.structure.jama │ │ │ │ -0058b1b0: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 .Matrix
.
. │ │ │ │ -0058b240: 5365 7420 6120 7375 626d 6174 7269 782e Set a submatrix. │ │ │ │ -0058b250: 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474 .
.
setMatri │ │ │ │ -0058b2f0: 7828 7368 6f72 745b 5d5b 5d29 3c2f 613e x(short[][]) │ │ │ │ -0058b300: 202d 204d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 - Method in cla │ │ │ │ -0058b310: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ -0058b320: 6269 6f2e 636f 7265 2e61 6c69 676e 6d65 bio.core.alignme │ │ │ │ -0058b330: 6e74 2e6d 6174 7269 6365 732e 3c61 2068 nt.matrices.ScaledSub │ │ │ │ -0058b3d0: 7374 6974 7574 696f 6e4d 6174 7269 783c stitutionMatrix< │ │ │ │ -0058b3e0: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 /a>
.
&nb │ │ │ │ -0058b3f0: 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 sp;
.
setMatrix(Mat │ │ │ │ -0058b490: 7269 7829 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f rix) - Metho │ │ │ │ -0058b4a0: 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 d in class org.b │ │ │ │ -0058b4b0: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ -0058b4c0: 6374 7572 652e 6775 692e 3c61 2068 7265 cture.gui.JMatrixPane │ │ │ │ -0058b540: 6c3c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a l
.
. │ │ │ │ -0058b550: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
sets the dist │ │ │ │ -0058b570: 616e 6365 206d 6174 7269 7820 746f 2062 ance matrix to b │ │ │ │ -0058b580: 6520 6469 7370 6c61 7965 643c 2f64 6976 e displayed
.
.
setMat │ │ │ │ -0058b630: 7269 7828 4d61 7472 6978 293c 2f61 3e20 rix(Matrix) │ │ │ │ -0058b640: 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 - Method in clas │ │ │ │ -0058b650: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ -0058b660: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e67 7569 io.structure.gui │ │ │ │ -0058b670: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 .ScaleableMat │ │ │ │ -0058b6f0: 7269 7850 616e 656c 3c2f 613e 3c2f 6474 rixPanel
.
 
.
setMatr │ │ │ │ -0058b7a0: 6978 3131 2853 7472 696e 6729 3c2f 613e ix11(String) │ │ │ │ -0058b7b0: 202d 204d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 - Method in cla │ │ │ │ -0058b7c0: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ -0058b7d0: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 696f bio.structure.io │ │ │ │ -0058b7e0: 2e6d 6d63 6966 2e6d 6f64 656c 2e3c 6120 .mmcif.model.PdbxStructOp │ │ │ │ -0058b880: 6572 4c69 7374 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a erList
. │ │ │ │ -0058b890: 3c64 643e 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a
 
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.
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.
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.
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.
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.
 
.
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. │ │ │ │ -00590250: 3c64 643e 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d
.
This met │ │ │ │ -00590270: 686f 6420 7365 7473 2074 6865 206d 6178 hod sets the max │ │ │ │ -00590280: 696d 756d 2073 6865 6172 2061 6c6c 6f77 imum shear allow │ │ │ │ -00590290: 6564 2066 6f72 2061 2062 6173 6520 7061 ed for a base pa │ │ │ │ -005902a0: 6972 2c20 7072 696f 7220 746f 2061 6e61 ir, prior to ana │ │ │ │ -005902b0: 6c79 7a65 2829 2063 616c 6c3c 2f64 6976 lyze() call
.
.
setM │ │ │ │ -00590350: 6178 5374 6167 6765 7228 646f 7562 6c65 axStagger(double │ │ │ │ -00590360: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ -00590370: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ -00590380: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ -00590390: 7265 2e62 6173 6570 6169 7273 2e3c 6120 re.basepairs.MismatchedBa │ │ │ │ -00590430: 7365 5061 6972 5061 7261 6d65 7465 7273 sePairParameters │ │ │ │ -00590440: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c
.
.< │ │ │ │ -00590450: 6469 7620 636c 6173 733d 2262 6c6f 636b div class="block │ │ │ │ -00590460: 223e 5468 6973 206d 6574 686f 6420 7365 ">This method se │ │ │ │ -00590470: 7473 2074 6865 206d 6178 696d 756d 2073 ts the maximum s │ │ │ │ -00590480: 7461 6767 6572 2061 6c6c 6f77 6564 2066 tagger allowed f │ │ │ │ -00590490: 6f72 2061 2062 6173 6520 7061 6972 2c20 or a base pair, │ │ │ │ -005904a0: 7072 696f 7220 746f 2061 6e61 6c79 7a65 prior to analyze │ │ │ │ -005904b0: 2829 2063 616c 6c3c 2f64 6976 3e0a 3c2f () call
..
setMaxStag │ │ │ │ -00590550: 6765 7228 646f 7562 6c65 293c 2f61 3e20 ger(double) │ │ │ │ -00590560: 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 - Method in clas │ │ │ │ -00590570: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ -00590580: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e62 6173 io.structure.bas │ │ │ │ -00590590: 6570 6169 7273 2e3c 6120 6872 6566 3d22 epairs.Tert │ │ │ │ -00590620: 6961 7279 4261 7365 5061 6972 5061 7261 iaryBasePairPara │ │ │ │ -00590630: 6d65 7465 7273 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a meters
. │ │ │ │ -00590640: 3c64 643e 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d
.
This met │ │ │ │ -00590660: 686f 6420 7365 7473 2074 6865 206d 6178 hod sets the max │ │ │ │ -00590670: 696d 756d 2073 7461 6767 6572 2061 6c6c imum stagger all │ │ │ │ -00590680: 6f77 6564 2066 6f72 2061 2062 6173 6520 owed for a base │ │ │ │ -00590690: 7061 6972 2c20 7072 696f 7220 746f 2061 pair, prior to a │ │ │ │ -005906a0: 6e61 6c79 7a65 2829 2063 616c 6c3c 2f64 nalyze() call.
.
se │ │ │ │ -00590740: 744d 6178 5374 7265 7463 6828 646f 7562 tMaxStretch(doub │ │ │ │ -00590750: 6c65 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 le) - Method │ │ │ │ -00590760: 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 in class org.bi │ │ │ │ -00590770: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ -00590780: 7475 7265 2e62 6173 6570 6169 7273 2e3c ture.basepairs.< │ │ │ │ -00590790: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ -005907a0: 6176 612f 6e62 696f 2f73 7472 7563 7475 ava/nbio/structu │ │ │ │ -005907b0: 7265 2f62 6173 6570 6169 7273 2f4d 6973 re/basepairs/Mis │ │ │ │ -005907c0: 6d61 7463 6865 6442 6173 6550 6169 7250 matchedBasePairP │ │ │ │ -005907d0: 6172 616d 6574 6572 732e 6874 6d6c 2220 arameters.html" │ │ │ │ -005907e0: 7469 746c 653d 2263 6c61 7373 2069 6e20 title="class in │ │ │ │ -005907f0: 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f org.biojava.nbio │ │ │ │ -00590800: 2e73 7472 7563 7475 7265 2e62 6173 6570 .structure.basep │ │ │ │ -00590810: 6169 7273 223e 4d69 736d 6174 6368 6564 airs">Mismatched │ │ │ │ -00590820: 4261 7365 5061 6972 5061 7261 6d65 7465 BasePairParamete │ │ │ │ -00590830: 7273 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e rs
.
│ │ │ │ -00590840: 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d 2262 6c6f .
This method │ │ │ │ -00590860: 7365 7473 2074 6865 206d 6178 696d 756d sets the maximum │ │ │ │ -00590870: 2073 7472 6574 6368 2061 6c6c 6f77 6564 stretch allowed │ │ │ │ -00590880: 2066 6f72 2061 2062 6173 6520 7061 6972 for a base pair │ │ │ │ -00590890: 2c20 7072 696f 7220 746f 2061 6e61 6c79 , prior to analy │ │ │ │ -005908a0: 7a65 2829 2063 616c 6c2e 3c2f 6469 763e ze() call.
│ │ │ │ -005908b0: 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 .
.
setMaxSymmOr │ │ │ │ -00590950: 6465 7228 496e 7465 6765 7229 3c2f 613e der(Integer) │ │ │ │ -00590960: 202d 204d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 - Method in cla │ │ │ │ -00590970: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ -00590980: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 7379 bio.structure.sy │ │ │ │ -00590990: 6d6d 6574 7279 2e69 6e74 6572 6e61 6c2e mmetry.internal. │ │ │ │ -005909a0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f CESym │ │ │ │ -00590a30: 6d50 6172 616d 6574 6572 733c 2f61 3e3c mParameters< │ │ │ │ -00590a40: 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c /dt>.
 < │ │ │ │ -00590a50: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
se │ │ │ │ -00590ad0: 744d 6178 546d 2864 6f75 626c 6529 3c2f tMaxTm(double) - Method in c │ │ │ │ -00590af0: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ -00590b00: 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e .nbio.structure. │ │ │ │ -00590b10: 7379 6d6d 6574 7279 2e63 6f72 652e 3c61 symmetry.core.QuatSymmetryS │ │ │ │ -00590bb0: 636f 7265 733c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c cores
.< │ │ │ │ -00590bc0: 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c dd> .< │ │ │ │ -00590bd0: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>setMaxTra(int) │ │ │ │ -00590c70: 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f 6420 696e - Method in │ │ │ │ -00590c80: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ -00590c90: 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 va.nbio.structur │ │ │ │ -00590ca0: 652e 616c 6967 6e2e 6661 7463 6174 2e3c e.align.fatcat.< │ │ │ │ -00590cb0: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ -00590cc0: 6176 612f 6e62 696f 2f73 7472 7563 7475 ava/nbio/structu │ │ │ │ -00590cd0: 7265 2f61 6c69 676e 2f66 6174 6361 742f re/align/fatcat/ │ │ │ │ -00590ce0: 4661 7443 6174 5573 6572 4172 6775 6d65 FatCatUserArgume │ │ │ │ -00590cf0: 6e74 5072 6f63 6573 736f 722e 4661 7443 ntProcessor.FatC │ │ │ │ -00590d00: 6174 5374 6172 7475 7050 6172 616d 732e atStartupParams. │ │ │ │ -00590d10: 6874 6d6c 2220 7469 746c 653d 2263 6c61 html" title="cla │ │ │ │ -00590d20: 7373 2069 6e20 6f72 672e 6269 6f6a 6176 ss in org.biojav │ │ │ │ -00590d30: 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 a.nbio.structure │ │ │ │ -00590d40: 2e61 6c69 676e 2e66 6174 6361 7422 3e46 .align.fatcat">F │ │ │ │ -00590d50: 6174 4361 7455 7365 7241 7267 756d 656e atCatUserArgumen │ │ │ │ -00590d60: 7450 726f 6365 7373 6f72 2e46 6174 4361 tProcessor.FatCa │ │ │ │ -00590d70: 7453 7461 7274 7570 5061 7261 6d73 3c2f tStartupParams.
&nbs │ │ │ │ -00590d90: 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 p;
.
setMaxTra(int │ │ │ │ -00590e10: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ -00590e20: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ -00590e30: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ -00590e40: 7265 2e61 6c69 676e 2e6d 6f64 656c 2e3c re.align.model.< │ │ │ │ -00590e50: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ -00590e60: 6176 612f 6e62 696f 2f73 7472 7563 7475 ava/nbio/structu │ │ │ │ -00590e70: 7265 2f61 6c69 676e 2f6d 6f64 656c 2f41 re/align/model/A │ │ │ │ -00590e80: 4650 4368 6169 6e2e 6874 6d6c 2220 7469 FPChain.html" ti │ │ │ │ -00590e90: 746c 653d 2263 6c61 7373 2069 6e20 6f72 tle="class in or │ │ │ │ -00590ea0: 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 g.biojava.nbio.s │ │ │ │ -00590eb0: 7472 7563 7475 7265 2e61 6c69 676e 2e6d tructure.align.m │ │ │ │ -00590ec0: 6f64 656c 223e 4146 5043 6861 696e 3c2f odel">AFPChain
.
. │ │ │ │ -00590ef0: 5365 7420 7468 6520 6d61 7869 6d75 6d20 Set the maximum │ │ │ │ -00590f00: 6e75 6d62 6572 206f 6620 5477 6973 7473 number of Twists │ │ │ │ -00590f10: 2074 6861 7420 6172 6520 616c 6c6f 7765 that are allowe │ │ │ │ -00590f20: 642e 2e2e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e d....
│ │ │ │ -00590f30: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
setMaxTr │ │ │ │ -00590fc0: 6128 496e 7465 6765 7229 3c2f 613e 202d a(Integer) - │ │ │ │ -00590fd0: 204d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 Method in class │ │ │ │ -00590fe0: 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 org.biojava.nbi │ │ │ │ -00590ff0: 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 616c 6967 o.structure.alig │ │ │ │ -00591000: 6e2e 6661 7463 6174 2e63 616c 632e 3c61 n.fatcat.calc.FatCatP │ │ │ │ -005910a0: 6172 616d 6574 6572 733c 2f61 3e3c 2f64 arameters.
.
set t │ │ │ │ -005910d0: 6865 206d 6178 696d 756d 206e 756d 6265 he maximum numbe │ │ │ │ -005910e0: 7220 6f66 2054 7769 7374 7320 7468 6174 r of Twists that │ │ │ │ -005910f0: 2061 7265 2061 6c6c 6f77 6564 2e2e 2e3c are allowed...< │ │ │ │ -00591100: 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e /div>.
.
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.
│ │ │ │ -00591240: 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e  
.
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..
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.
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.
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.
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.
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.
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.
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.
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.
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.
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.
se │ │ │ │ +0058bac0: 744d 6174 7269 7831 3228 5374 7269 6e67 tMatrix12(String │ │ │ │ +0058bad0: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ +0058bae0: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ +0058baf0: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ +0058bb00: 7265 2e69 6f2e 6d6d 6369 662e 6d6f 6465 re.io.mmcif.mode │ │ │ │ +0058bb10: 6c2e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 l.PdbxStr │ │ │ │ +0058bba0: 7563 744f 7065 724c 6973 743c 2f61 3e3c uctOperList< │ │ │ │ +0058bbb0: 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c /dt>.
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.
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.
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. │ │ │ │ +0058e160: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
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..
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.
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.
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..
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  │ │ │ │ +0058eba0: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
setMaxNrSugg │ │ │ │ +0058ec40: 6573 7469 6f6e 7328 696e 7429 3c2f 613e estions(int) │ │ │ │ +0058ec50: 202d 204d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 - Method in cla │ │ │ │ +0058ec60: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ +0058ec70: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 616c bio.structure.al │ │ │ │ +0058ec80: 6967 6e2e 6775 692e 6175 746f 7375 6767 ign.gui.autosugg │ │ │ │ +0058ec90: 6573 742e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 est.SC │ │ │ │ +0058ed30: 4f50 4175 746f 5375 6767 6573 7450 726f OPAutoSuggestPro │ │ │ │ +0058ed40: 7669 6465 723c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c vider
.< │ │ │ │ +0058ed50: 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c dd> .< │ │ │ │ +0058ed60: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>setM │ │ │ │ +0058ede0: 6178 4f70 7452 4d53 4428 446f 7562 6c65 axOptRMSD(Double │ │ │ │ +0058edf0: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ +0058ee00: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ +0058ee10: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ +0058ee20: 7265 2e61 6c69 676e 2e63 652e 3c61 2068 re.align.ce.CeParameters.
.
s │ │ │ │ +0058eed0: 6574 2074 6865 206d 6178 696d 756d 2052 et the maximum R │ │ │ │ +0058eee0: 4d53 4420 6375 746f 6666 2074 6f20 6265 MSD cutoff to be │ │ │ │ +0058eef0: 2061 7070 6c69 6564 2064 7572 696e 6720 applied during │ │ │ │ +0058ef00: 616c 6967 6e6d 656e 7420 6f70 7469 6d69 alignment optimi │ │ │ │ +0058ef10: 7a61 7469 6f6e 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f zation.
..
setM │ │ │ │ +0058efc0: 6178 4f70 7452 4d53 4428 446f 7562 6c65 axOptRMSD(Double │ │ │ │ +0058efd0: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ +0058efe0: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ +0058eff0: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ +0058f000: 7265 2e61 6c69 676e 2e63 652e 3c61 2068 re.align.ce.CeUs │ │ │ │ +0058f0a0: 6572 4172 6775 6d65 6e74 5072 6f63 6573 erArgumentProces │ │ │ │ +0058f0b0: 736f 722e 4365 5374 6172 7475 7050 6172 sor.CeStartupPar │ │ │ │ +0058f0c0: 616d 733c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 ams
.
.
(jCE specif │ │ │ │ +0058f0f0: 6963 293a 206d 6178 696d 756d 2052 4d53 ic): maximum RMS │ │ │ │ +0058f100: 4420 7468 6174 2073 6861 6c6c 2062 6520 D that shall be │ │ │ │ +0058f110: 6361 6c63 756c 6174 6564 2066 6f72 2074 calculated for t │ │ │ │ +0058f120: 6865 2061 6c69 676e 6d65 6e74 2e3c 2f64 he alignment..
.
setMaxOrienta │ │ │ │ +0058f1d0: 7469 6f6e 416e 676c 6528 646f 7562 6c65 tionAngle(double │ │ │ │ +0058f1e0: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ +0058f1f0: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ +0058f200: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ +0058f210: 7265 2e61 6c69 676e 2e71 7561 7465 726e re.align.quatern │ │ │ │ +0058f220: 6172 792e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 ary.Qs │ │ │ │ +0058f2b0: 416c 6967 6e50 6172 616d 6574 6572 733c AlignParameters< │ │ │ │ +0058f2c0: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 /a>
.
.The maximum ori │ │ │ │ +0058f2f0: 656e 7461 7469 6f6e 2061 6e67 6c65 2062 entation angle b │ │ │ │ +0058f300: 6574 7765 656e 2074 776f 2065 7175 6976 etween two equiv │ │ │ │ +0058f310: 616c 656e 7420 5375 6275 6e69 7473 2c20 alent Subunits, │ │ │ │ +0058f320: 696e 0a20 7261 6469 616e 732e 3c2f 6469 in. radians..
.
setMaxP │ │ │ │ +0058f3c0: 656e 616c 7479 2864 6f75 626c 6529 3c2f enalty(double) - Method in c │ │ │ │ +0058f3e0: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ +0058f3f0: 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e .nbio.structure. │ │ │ │ +0058f400: 616c 6967 6e2e 6661 7463 6174 2e63 616c align.fatcat.cal │ │ │ │ +0058f410: 632e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 c.Fat │ │ │ │ +0058f4a0: 4361 7450 6172 616d 6574 6572 733c 2f61 CatParameters
.
  │ │ │ │ +0058f4c0: 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 ;
.
set │ │ │ │ +0058f550: 4d61 7850 726f 7065 6c6c 6572 2864 6f75 MaxPropeller(dou │ │ │ │ +0058f560: 626c 6529 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f ble) - Metho │ │ │ │ +0058f570: 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 d in class org.b │ │ │ │ +0058f580: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ +0058f590: 6374 7572 652e 6261 7365 7061 6972 732e cture.basepairs. │ │ │ │ +0058f5a0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f Mismatche │ │ │ │ +0058f630: 6442 6173 6550 6169 7250 6172 616d 6574 dBasePairParamet │ │ │ │ +0058f640: 6572 733c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 ers
.
.
This method │ │ │ │ +0058f670: 2073 6574 7320 7468 6520 6d61 7869 6d75 sets the maximu │ │ │ │ +0058f680: 6d20 7072 6f70 656c 6c65 7220 616c 6c6f m propeller allo │ │ │ │ +0058f690: 7765 6420 666f 7220 6120 6261 7365 2070 wed for a base p │ │ │ │ +0058f6a0: 6169 722c 2070 7269 6f72 2074 6f20 616e air, prior to an │ │ │ │ +0058f6b0: 616c 797a 6528 2920 6361 6c6c 3c2f 6469 alyze() call.
.
set │ │ │ │ +0058f750: 4d61 7850 726f 7065 6c6c 6572 2864 6f75 MaxPropeller(dou │ │ │ │ +0058f760: 626c 6529 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f ble) - Metho │ │ │ │ +0058f770: 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 d in class org.b │ │ │ │ +0058f780: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ +0058f790: 6374 7572 652e 6261 7365 7061 6972 732e cture.basepairs. │ │ │ │ +0058f7a0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f TertiaryBas │ │ │ │ +0058f830: 6550 6169 7250 6172 616d 6574 6572 733c ePairParameters< │ │ │ │ +0058f840: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 /a>
.
.This method set │ │ │ │ +0058f870: 7320 7468 6520 6d61 7869 6d75 6d20 7072 s the maximum pr │ │ │ │ +0058f880: 6f70 656c 6c65 7220 616c 6c6f 7765 6420 opeller allowed │ │ │ │ +0058f890: 666f 7220 6120 6261 7365 2070 6169 722c for a base pair, │ │ │ │ +0058f8a0: 2070 7269 6f72 2074 6f20 616e 616c 797a prior to analyz │ │ │ │ +0058f8b0: 6528 2920 6361 6c6c 3c2f 6469 763e 0a3c e() call
.< │ │ │ │ +0058f8c0: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
setMaxre │ │ │ │ +0058f940: 6669 6e65 2869 6e74 293c 2f61 3e20 2d20 fine(int) - │ │ │ │ +0058f950: 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 Method in class │ │ │ │ +0058f960: 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f org.biojava.nbio │ │ │ │ +0058f970: 2e73 7472 7563 7475 7265 2e61 6c69 676e .structure.align │ │ │ │ +0058f980: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 .StrucAlig │ │ │ │ +0058fa00: 5061 7261 6d65 7465 7273 3c2f 613e 3c2f Parameters.
 .
setMaxRmsd(doub │ │ │ │ +0058fab0: 6c65 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 le) - Method │ │ │ │ +0058fac0: 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 in class org.bi │ │ │ │ +0058fad0: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ +0058fae0: 7475 7265 2e61 6c69 676e 2e71 7561 7465 ture.align.quate │ │ │ │ +0058faf0: 726e 6172 792e 3c61 2068 7265 663d 226f rnary. │ │ │ │ +0058fb80: 5173 416c 6967 6e50 6172 616d 6574 6572 QsAlignParameter │ │ │ │ +0058fb90: 733c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a s
.
. │ │ │ │ +0058fba0: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
The maximum a │ │ │ │ +0058fbc0: 6c6c 6f77 6564 2052 4d53 4420 6f66 2074 llowed RMSD of t │ │ │ │ +0058fbd0: 6865 2061 6c69 676e 6d65 6e74 2c20 696e he alignment, in │ │ │ │ +0058fbe0: 2041 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a A.
.
. │ │ │ │ +0058fbf0: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
setMaxRmsd(dou │ │ │ │ +0058fca0: 626c 6529 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f ble) - Metho │ │ │ │ +0058fcb0: 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 d in class org.b │ │ │ │ +0058fcc0: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ +0058fcd0: 6374 7572 652e 616c 6967 6e2e 7365 712e cture.align.seq. │ │ │ │ +0058fce0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f SmithWat │ │ │ │ +0058fd90: 6572 6d61 6e55 7365 7241 7267 756d 656e ermanUserArgumen │ │ │ │ +0058fda0: 7450 726f 6365 7373 6f72 2e53 6d69 7468 tProcessor.Smith │ │ │ │ +0058fdb0: 5761 7465 726d 616e 5374 6172 7475 7050 WatermanStartupP │ │ │ │ +0058fdc0: 6172 616d 733c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c arams
.< │ │ │ │ +0058fdd0: 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c dd> .< │ │ │ │ +0058fde0: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>setMax │ │ │ │ +0058fe60: 526d 7364 2864 6f75 626c 6529 3c2f 613e Rmsd(double) │ │ │ │ +0058fe70: 202d 204d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 - Method in cla │ │ │ │ +0058fe80: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ +0058fe90: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 7379 bio.structure.sy │ │ │ │ +0058fea0: 6d6d 6574 7279 2e63 6f72 652e 3c61 2068 mmetry.core.QuatSymmetrySco │ │ │ │ +0058ff40: 7265 733c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 res.
 
.
setMaxRmsd( │ │ │ │ +0058fff0: 446f 7562 6c65 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 Double) - Me │ │ │ │ +00590000: 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 thod in class or │ │ │ │ +00590010: 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 g.biojava.nbio.s │ │ │ │ +00590020: 7472 7563 7475 7265 2e61 6c69 676e 2e73 tructure.align.s │ │ │ │ +00590030: 6571 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f eq.SmithWate │ │ │ │ +005900c0: 726d 616e 3344 5061 7261 6d65 7465 7273 rman3DParameters │ │ │ │ +005900d0: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e
.
&n │ │ │ │ +005900e0: 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 bsp;
.
setM │ │ │ │ +00590170: 6178 5368 6561 7228 646f 7562 6c65 293c axShear(double)< │ │ │ │ +00590180: 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 /a> - Method in │ │ │ │ +00590190: 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 class org.biojav │ │ │ │ +005901a0: 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 a.nbio.structure │ │ │ │ +005901b0: 2e62 6173 6570 6169 7273 2e3c 6120 6872 .basepairs.MismatchedBase │ │ │ │ +00590250: 5061 6972 5061 7261 6d65 7465 7273 3c2f PairParameters
.
. │ │ │ │ +00590280: 5468 6973 206d 6574 686f 6420 7365 7473 This method sets │ │ │ │ +00590290: 2074 6865 206d 6178 696d 756d 2073 6865 the maximum she │ │ │ │ +005902a0: 6172 2061 6c6c 6f77 6564 2066 6f72 2061 ar allowed for a │ │ │ │ +005902b0: 2062 6173 6520 7061 6972 2c20 7072 696f base pair, prio │ │ │ │ +005902c0: 7220 746f 2061 6e61 6c79 7a65 2829 2063 r to analyze() c │ │ │ │ +005902d0: 616c 6c3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a all
.. │ │ │ │ +005902e0: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
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..
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..
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..
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..
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Deprecated.
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 .
setP │ │ │ │ +005af9e0: 6462 5f73 6571 5f6e 756d 2853 7472 696e db_seq_num(Strin │ │ │ │ +005af9f0: 6729 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f 6420 g) - Method │ │ │ │ +005afa00: 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f in class org.bio │ │ │ │ +005afa10: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 java.nbio.struct │ │ │ │ +005afa20: 7572 652e 696f 2e6d 6d63 6966 2e6d 6f64 ure.io.mmcif.mod │ │ │ │ +005afa30: 656c 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f el.PdbxNon │ │ │ │ +005afac0: 506f 6c79 5363 6865 6d65 3c2f 613e 3c2f PolyScheme.
 .
set │ │ │ │ +005afb70: 5064 625f 7365 715f 6e75 6d28 5374 7269 Pdb_seq_num(Stri │ │ │ │ +005afb80: 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 ng) - Method │ │ │ │ +005afb90: 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 in class org.bi │ │ │ │ +005afba0: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ +005afbb0: 7475 7265 2e69 6f2e 6d6d 6369 662e 6d6f ture.io.mmcif.mo │ │ │ │ +005afbc0: 6465 6c2e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 del.PdbxPo │ │ │ │ +005afc50: 6c79 5365 7153 6368 656d 653c 2f61 3e3c lySeqScheme< │ │ │ │ +005afc60: 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c /dt>.
 < │ │ │ │ +005afc70: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
│ │ │ │ +005afd00: 7365 7450 6462 5f73 7472 616e 645f 6964 setPdb_strand_id │ │ │ │ +005afd10: 2853 7472 696e 6729 3c2f 613e 202d 204d (String) - M │ │ │ │ +005afd20: 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f ethod in class o │ │ │ │ +005afd30: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ +005afd40: 7374 7275 6374 7572 652e 696f 2e6d 6d63 structure.io.mmc │ │ │ │ +005afd50: 6966 2e6d 6f64 656c 2e3c 6120 6872 6566 if.model.P │ │ │ │ +005afde0: 6462 784e 6f6e 506f 6c79 5363 6865 6d65 dbxNonPolyScheme │ │ │ │ +005afdf0: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e
.
&n │ │ │ │ +005afe00: 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 bsp;
.
setPdb_stra │ │ │ │ +005afea0: 6e64 5f69 6428 5374 7269 6e67 293c 2f61 nd_id(String) - Method in cl │ │ │ │ +005afec0: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ +005afed0: 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e69 nbio.structure.i │ │ │ │ +005afee0: 6f2e 6d6d 6369 662e 6d6f 6465 6c2e 3c61 o.mmcif.model.PdbxPolySeqS │ │ │ │ +005aff80: 6368 656d 653c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c cheme
.< │ │ │ │ +005aff90: 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c dd> .< │ │ │ │ +005affa0: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>setPd │ │ │ │ +005b0020: 6231 2853 7472 696e 6729 3c2f 613e 202d b1(String) - │ │ │ │ +005b0030: 204d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 Method in class │ │ │ │ +005b0040: 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 org.biojava.nbi │ │ │ │ +005b0050: 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 616c 6967 o.structure.alig │ │ │ │ +005b0060: 6e2e 6365 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 n.ce.S │ │ │ │ +005b00e0: 7461 7274 7570 5061 7261 6d65 7465 7273 tartupParameters │ │ │ │ +005b00f0: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c .
.< │ │ │ │ +005b0100: 6469 7620 636c 6173 733d 2262 6c6f 636b div class="block │ │ │ │ +005b0110: 223e 6d61 6e64 6174 6f72 7920 6172 6775 ">mandatory argu │ │ │ │ +005b0120: 6d65 6e74 2074 6f20 7365 7420 7468 6520 ment to set the │ │ │ │ +005b0130: 6669 7273 7420 5044 4220 2861 6e64 206f first PDB (and o │ │ │ │ +005b0140: 7074 696f 6e61 6c6c 7920 6368 6169 6e20 ptionally chain │ │ │ │ +005b0150: 4944 2920 746f 2062 6520 616c 6967 6e65 ID) to be aligne │ │ │ │ +005b0160: 642e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c d..
.< │ │ │ │ +005b0170: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>s │ │ │ │ +005b01f0: 6574 5064 6231 2853 7472 696e 6729 3c2f etPdb1(String) - Method in c │ │ │ │ +005b0210: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ +005b0220: 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e .nbio.structure. │ │ │ │ +005b0230: 616c 6967 6e2e 7061 6972 7769 7365 2e3c align.pairwise.< │ │ │ │ +005b0240: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ +005b0250: 6176 612f 6e62 696f 2f73 7472 7563 7475 ava/nbio/structu │ │ │ │ +005b0260: 7265 2f61 6c69 676e 2f70 6169 7277 6973 re/align/pairwis │ │ │ │ +005b0270: 652f 416c 6967 6e6d 656e 7452 6573 756c e/AlignmentResul │ │ │ │ +005b0280: 742e 6874 6d6c 2220 7469 746c 653d 2263 t.html" title="c │ │ │ │ +005b0290: 6c61 7373 2069 6e20 6f72 672e 6269 6f6a lass in org.bioj │ │ │ │ +005b02a0: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ +005b02b0: 7265 2e61 6c69 676e 2e70 6169 7277 6973 re.align.pairwis │ │ │ │ +005b02c0: 6522 3e41 6c69 676e 6d65 6e74 5265 7375 e">AlignmentResu │ │ │ │ +005b02d0: 6c74 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e lt.
│ │ │ │ +005b02e0: 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e  
.
│ │ │ │ +005b02f0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f setPdb2( │ │ │ │ +005b0370: 5374 7269 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 String) - Me │ │ │ │ +005b0380: 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 thod in class or │ │ │ │ +005b0390: 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 g.biojava.nbio.s │ │ │ │ +005b03a0: 7472 7563 7475 7265 2e61 6c69 676e 2e63 tructure.align.c │ │ │ │ +005b03b0: 652e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 e.Star │ │ │ │ +005b0430: 7475 7050 6172 616d 6574 6572 733c 2f61 tupParameters
.
.
m │ │ │ │ +005b0460: 616e 6461 746f 7279 2061 7267 756d 656e andatory argumen │ │ │ │ +005b0470: 7420 746f 2073 6574 2074 6865 2073 6563 t to set the sec │ │ │ │ +005b0480: 6f6e 6420 5044 4220 2861 6e64 206f 7074 ond PDB (and opt │ │ │ │ +005b0490: 696f 6e61 6c6c 7920 6368 6169 6e20 4944 ionally chain ID │ │ │ │ +005b04a0: 2920 746f 2062 6520 616c 6967 6e65 642e ) to be aligned. │ │ │ │ +005b04b0: 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474
.
.
set │ │ │ │ +005b0540: 5064 6232 2853 7472 696e 6729 3c2f 613e Pdb2(String) │ │ │ │ +005b0550: 202d 204d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 - Method in cla │ │ │ │ +005b0560: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ +005b0570: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 616c bio.structure.al │ │ │ │ +005b0580: 6967 6e2e 7061 6972 7769 7365 2e3c 6120 ign.pairwise.AlignmentResult │ │ │ │ +005b0620: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e
.
&n │ │ │ │ +005b0630: 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 bsp;
.
setPdbAln(St │ │ │ │ +005b06d0: 7269 6e67 5b5d 5b5d 5b5d 293c 2f61 3e20 ring[][][]) │ │ │ │ +005b06e0: 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 - Method in clas │ │ │ │ +005b06f0: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ +005b0700: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e61 6c69 io.structure.ali │ │ │ │ +005b0710: 676e 2e6d 6f64 656c 2e3c 6120 6872 6566 gn.model. │ │ │ │ +005b0790: 4146 5043 6861 696e 3c2f 613e 3c2f 6474 AFPChain
.
 
.
setPdbccId(S │ │ │ │ +005b0840: 7472 696e 6729 3c2f 613e 202d 204d 6574 tring) - Met │ │ │ │ +005b0850: 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 hod in class org │ │ │ │ +005b0860: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7072 .biojava.nbio.pr │ │ │ │ +005b0870: 6f74 6d6f 642e 3c61 2068 7265 663d 226f otmod.ProteinM │ │ │ │ +005b08f0: 6f64 6966 6963 6174 696f 6e49 6d70 6c2e odificationImpl. │ │ │ │ +005b0900: 4275 696c 6465 723c 2f61 3e3c 2f64 743e Builder
│ │ │ │ +005b0910: 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 .
.
Set the │ │ │ │ +005b0930: 2050 726f 7465 696e 2044 6174 6120 4261 Protein Data Ba │ │ │ │ +005b0940: 6e6b 2043 6865 6d69 6361 6c20 436f 6d70 nk Chemical Comp │ │ │ │ +005b0950: 6f6e 656e 7420 4944 2e3c 2f64 6976 3e0a onent ID.
. │ │ │ │ +005b0960: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
setPdb │ │ │ │ +005b09f0: 6363 4e61 6d65 2853 7472 696e 6729 3c2f ccName(String) - Method in c │ │ │ │ +005b0a10: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ +005b0a20: 2e6e 6269 6f2e 7072 6f74 6d6f 642e 3c61 .nbio.protmod. │ │ │ │ +005b0aa0: 5072 6f74 6569 6e4d 6f64 6966 6963 6174 ProteinModificat │ │ │ │ +005b0ab0: 696f 6e49 6d70 6c2e 4275 696c 6465 723c ionImpl.Builder< │ │ │ │ +005b0ac0: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 /a>
.
.Set the Protein │ │ │ │ +005b0af0: 2044 6174 6120 4261 6e6b 2043 6865 6d69 Data Bank Chemi │ │ │ │ +005b0b00: 6361 6c20 436f 6d70 6f6e 656e 7420 6e61 cal Component na │ │ │ │ +005b0b10: 6d65 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a me..
. │ │ │ │ +005b0b20: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
se │ │ │ │ +005b0b90: 7450 4442 436f 6465 2853 7472 696e 6729 tPDBCode(String) │ │ │ │ +005b0ba0: 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f 6420 696e - Method in │ │ │ │ +005b0bb0: 2069 6e74 6572 6661 6365 206f 7267 2e62 interface org.b │ │ │ │ +005b0bc0: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ +005b0bd0: 6374 7572 652e 3c61 2068 7265 663d 226f cture.Struct │ │ │ │ +005b0c40: 7572 653c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 ure
.
.
Set PDB cod │ │ │ │ +005b0c70: 6520 6f66 2073 7472 7563 7475 7265 202e e of structure . │ │ │ │ +005b0c80: 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474
.
.
s │ │ │ │ +005b0d00: 6574 5044 4243 6f64 6528 5374 7269 6e67 etPDBCode(String │ │ │ │ +005b0d10: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ +005b0d20: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ +005b0d30: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ +005b0d40: 7265 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f re.Structure │ │ │ │ +005b0db0: 496d 706c 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 Impl
..
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set │ │ │ │ +005b23f0: 5044 424e 616d 6528 5374 7269 6e67 293c PDBName(String)< │ │ │ │ +005b2400: 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 /a> - Method in │ │ │ │ +005b2410: 696e 7465 7266 6163 6520 6f72 672e 6269 interface org.bi │ │ │ │ +005b2420: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ +005b2430: 7475 7265 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 ture.Group.
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Utility m │ │ │ │ +005b2780: 6574 686f 6420 746f 2073 6574 2074 6865 ethod to set the │ │ │ │ +005b2790: 206c 6f63 6174 696f 6e20 7768 6572 6520 location where │ │ │ │ +005b27a0: 5044 4220 6669 6c65 7320 6361 6e20 6265 PDB files can be │ │ │ │ +005b27b0: 2066 6f75 6e64 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 found
..
s │ │ │ │ +005b2860: 6574 5044 4252 6573 6964 7565 4e75 6d62 etPDBResidueNumb │ │ │ │ +005b2870: 6572 2852 6573 6964 7565 4e75 6d62 6572 er(ResidueNumber │ │ │ │ +005b2880: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ +005b2890: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ +005b28a0: 6176 612e 6e62 696f 2e70 726f 746d 6f64 ava.nbio.protmod │ │ │ │ +005b28b0: 2e73 7472 7563 7475 7265 2e3c 6120 6872 .structure. │ │ │ │ +005b2930: 5374 7275 6374 7572 6547 726f 7570 3c2f StructureGroup
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set │ │ │ │ +005bb3f0: 5064 6278 5f6b 6579 776f 7264 7328 5374 Pdbx_keywords(St │ │ │ │ +005bb400: 7269 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 ring) - Meth │ │ │ │ +005bb410: 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e od in class org. │ │ │ │ +005bb420: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 biojava.nbio.str │ │ │ │ +005bb430: 7563 7475 7265 2e69 6f2e 6d6d 6369 662e ucture.io.mmcif. │ │ │ │ +005bb440: 6d6f 6465 6c2e 3c61 2068 7265 663d 226f model.StructK │ │ │ │ +005bb4d0: 6579 776f 7264 733c 2f61 3e3c 2f64 743e eywords
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se │ │ │ │ +005bb8b0: 7450 6462 785f 6c65 6176 696e 675f 6174 tPdbx_leaving_at │ │ │ │ +005bb8c0: 6f6d 5f66 6c61 6728 5374 7269 6e67 293c om_flag(String)< │ │ │ │ +005bb8d0: 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 /a> - Method in │ │ │ │ +005bb8e0: 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 class org.biojav │ │ │ │ +005bb8f0: 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 a.nbio.structure │ │ │ │ +005bb900: 2e69 6f2e 6d6d 6369 662e 6d6f 6465 6c2e .io.mmcif.model. │ │ │ │ +005bb910: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f S │ │ │ │ +005bb990: 7472 7563 7443 6f6e 6e3c 2f61 3e3c 2f64 tructConn.
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setPdbx_ls_si │ │ │ │ +005bbbd0: 676d 615f 4628 5374 7269 6e67 293c 2f61 gma_F(String) - Method in cl │ │ │ │ +005bbbf0: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ +005bbc00: 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e69 nbio.structure.i │ │ │ │ +005bbc10: 6f2e 6d6d 6369 662e 6d6f 6465 6c2e 3c61 o.mmcif.model.Refine< │ │ │ │ +005bbca0: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 /a>
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.
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.
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│ │ │ │ +005bc2f0: 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e .
 
│ │ │ │ +005bc300: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
setPdbx_model_ │ │ │ │ +005bc3a0: 4361 7274 6e5f 7a5f 6964 6561 6c28 5374 Cartn_z_ideal(St │ │ │ │ +005bc3b0: 7269 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 ring) - Meth │ │ │ │ +005bc3c0: 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e od in class org. │ │ │ │ +005bc3d0: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 biojava.nbio.str │ │ │ │ +005bc3e0: 7563 7475 7265 2e69 6f2e 6d6d 6369 662e ucture.io.mmcif. │ │ │ │ +005bc3f0: 6d6f 6465 6c2e 3c61 2068 7265 663d 226f model.ChemCompA │ │ │ │ +005bc480: 746f 6d3c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 tom
.
 
.
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.
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.
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set │ │ │ │ +005bc870: 5064 6278 5f6d 6f64 656c 5f63 6f6f 7264 Pdbx_model_coord │ │ │ │ +005bc880: 696e 6174 6573 5f6d 6973 7369 6e67 5f66 inates_missing_f │ │ │ │ +005bc890: 6c61 6728 5374 7269 6e67 293c 2f61 3e20 lag(String) │ │ │ │ +005bc8a0: 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 - Method in clas │ │ │ │ +005bc8b0: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ +005bc8c0: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e69 6f2e io.structure.io. │ │ │ │ +005bc8d0: 6d6d 6369 662e 6d6f 6465 6c2e 3c61 2068 mmcif.model.ChemCom │ │ │ │ +005bc960: 703c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 p
.
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.
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.
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.
 
.
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.
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.
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.
│ │ │ │ +005becc0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f setPdbx_ │ │ │ │ +005bed50: 7064 625f 6964 5f63 6f64 6528 5374 7269 pdb_id_code(Stri │ │ │ │ +005bed60: 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 ng) - Method │ │ │ │ +005bed70: 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 in class org.bi │ │ │ │ +005bed80: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ +005bed90: 7475 7265 2e69 6f2e 6d6d 6369 662e 6d6f ture.io.mmcif.mo │ │ │ │ +005beda0: 6465 6c2e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 del.StructRe │ │ │ │ +005bee30: 6653 6571 4469 663c 2f61 3e3c 2f64 743e fSeqDif
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.
 
.
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.
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.
set │ │ │ │ +005bf380: 5064 6278 5f50 4442 5f6d 6f64 656c 5f6e Pdbx_PDB_model_n │ │ │ │ +005bf390: 756d 2853 7472 696e 6729 3c2f 613e 202d um(String) - │ │ │ │ +005bf3a0: 204d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 Method in class │ │ │ │ +005bf3b0: 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 org.biojava.nbi │ │ │ │ +005bf3c0: 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 696f 2e6d o.structure.io.m │ │ │ │ +005bf3d0: 6d63 6966 2e6d 6f64 656c 2e3c 6120 6872 mcif.model.AtomSite │ │ │ │ +005bf460: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e
.
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.
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.
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.
setPdbx_plasmid │ │ │ │ +005bf840: 5f6e 616d 6528 5374 7269 6e67 293c 2f61 _name(String) - Method in cl │ │ │ │ +005bf860: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ +005bf870: 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e69 nbio.structure.i │ │ │ │ +005bf880: 6f2e 6d6d 6369 662e 6d6f 6465 6c2e 3c61 o.mmcif.model.E │ │ │ │ +005bf910: 6e74 6974 7953 7263 4e61 743c 2f61 3e3c ntitySrcNat< │ │ │ │ +005bf920: 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c /dt>.
 < │ │ │ │ +005bf930: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
s │ │ │ │ +005bf9c0: 6574 5064 6278 5f70 6f6c 796d 6572 5f74 etPdbx_polymer_t │ │ │ │ +005bf9d0: 7970 6528 5374 7269 6e67 293c 2f61 3e20 ype(String) │ │ │ │ +005bf9e0: 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 - Method in clas │ │ │ │ +005bf9f0: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ +005bfa00: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e69 6f2e io.structure.io. │ │ │ │ +005bfa10: 6d6d 6369 662e 6d6f 6465 6c2e 3c61 2068 mmcif.model.Che │ │ │ │ +005bfaa0: 6d43 6f6d 7041 746f 6d3c 2f61 3e3c 2f64 mCompAtom.
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.
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.
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.
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.
 
.
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.
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Sets the valu │ │ │ │ -005e4b50: 6520 6f66 2074 6865 2073 6571 2070 726f e of the seq pro │ │ │ │ -005e4b60: 7065 7274 792e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 perty.
..
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.
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.
s │ │ │ │ -005e4d80: 6574 5365 715f 616c 6967 6e5f 656e 6428 etSeq_align_end( │ │ │ │ -005e4d90: 5374 7269 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 String) - Me │ │ │ │ -005e4da0: 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 thod in class or │ │ │ │ -005e4db0: 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 g.biojava.nbio.s │ │ │ │ -005e4dc0: 7472 7563 7475 7265 2e69 6f2e 6d6d 6369 tructure.io.mmci │ │ │ │ -005e4dd0: 662e 6d6f 6465 6c2e 3c61 2068 7265 663d f.model.StructR │ │ │ │ -005e4e60: 6566 5365 713c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c efSeq
.< │ │ │ │ -005e4e70: 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c dd> .< │ │ │ │ -005e4e80: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>setSeq_id(Str │ │ │ │ -005e4f10: 696e 6729 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f ing) - Metho │ │ │ │ -005e4f20: 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 d in class org.b │ │ │ │ -005e4f30: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ -005e4f40: 6374 7572 652e 696f 2e6d 6d63 6966 2e6d cture.io.mmcif.m │ │ │ │ -005e4f50: 6f64 656c 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 odel.PdbxN │ │ │ │ -005e4fe0: 6f6e 506f 6c79 5363 6865 6d65 3c2f 613e onPolyScheme │ │ │ │ -005e4ff0: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e 6273 703b .
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.
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.
 
.
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.
 
.
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.
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.
Ending sequ │ │ │ │ -005e55a0: 656e 6365 206e 756d 6265 7220 2020 6f66 ence number of │ │ │ │ -005e55b0: 2074 6865 2050 4442 2073 6571 7565 6e63 the PDB sequenc │ │ │ │ -005e55c0: 6520 7365 676d 656e 742e 3c2f 6469 763e e segment.
│ │ │ │ -005e55d0: 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 .
.
se │ │ │ │ -005e5650: 7453 6571 4964 5261 6e67 6528 5374 7269 tSeqIdRange(Stri │ │ │ │ -005e5660: 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 ng) - Method │ │ │ │ -005e5670: 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 in class org.bi │ │ │ │ -005e5680: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ -005e5690: 7475 7265 2e65 636f 642e 3c61 2068 7265 ture.ecod.EcodDomain< │ │ │ │ -005e5710: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 /a>
.
&nb │ │ │ │ -005e5720: 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 sp;
.
setSeqMis │ │ │ │ -005e57a0: 4d61 7463 6865 7328 4c69 7374 266c 743b Matches(List< │ │ │ │ -005e57b0: 5365 714d 6973 4d61 7463 6826 6774 3b29 SeqMisMatch>) │ │ │ │ -005e57c0: 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f 6420 696e - Method in │ │ │ │ -005e57d0: 2069 6e74 6572 6661 6365 206f 7267 2e62 interface org.b │ │ │ │ -005e57e0: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ -005e57f0: 6374 7572 652e 3c61 2068 7265 663d 226f cture.Chain< │ │ │ │ -005e5860: 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 /dt>.
.
Set │ │ │ │ -005e5880: 7320 616e 6e6f 7461 7465 6420 7365 7175 s annotated sequ │ │ │ │ -005e5890: 656e 6365 206d 6973 6d61 7463 6865 7320 ence mismatches │ │ │ │ -005e58a0: 666f 7220 7468 6973 2063 6861 696e 2e3c for this chain.< │ │ │ │ -005e58b0: 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e /div>.
.
│ │ │ │ -005e58c0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f se │ │ │ │ -005e5930: 7453 6571 4d69 734d 6174 6368 6573 284c tSeqMisMatches(L │ │ │ │ -005e5940: 6973 7426 6c74 3b53 6571 4d69 734d 6174 ist<SeqMisMat │ │ │ │ -005e5950: 6368 2667 743b 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 ch>) - Me │ │ │ │ -005e5960: 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 thod in class or │ │ │ │ -005e5970: 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 g.biojava.nbio.s │ │ │ │ -005e5980: 7472 7563 7475 7265 2e3c 6120 6872 6566 tructure.ChainIm │ │ │ │ -005e59f0: 706c 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e pl
.
│ │ │ │ -005e5a00: 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e  
.
│ │ │ │ -005e5a10: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f se │ │ │ │ -005e5a80: 7453 6571 4e75 6d28 496e 7465 6765 7229 tSeqNum(Integer) │ │ │ │ -005e5a90: 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f 6420 696e - Method in │ │ │ │ -005e5aa0: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ -005e5ab0: 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 va.nbio.structur │ │ │ │ -005e5ac0: 652e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 e.ResidueNum │ │ │ │ -005e5b30: 6265 723c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 ber
.
 
.
set │ │ │ │ -005e5bc0: 5365 714e 756d 2849 6e74 6567 6572 293c SeqNum(Integer)< │ │ │ │ -005e5bd0: 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 /a> - Method in │ │ │ │ -005e5be0: 696e 7465 7266 6163 6520 6f72 672e 6269 interface org.bi │ │ │ │ -005e5bf0: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ -005e5c00: 7475 7265 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 ture.SeqMi │ │ │ │ -005e5c70: 734d 6174 6368 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a sMatch
. │ │ │ │ -005e5c80: 3c64 643e 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a
 
. │ │ │ │ -005e5c90: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
setSeqNum(In │ │ │ │ -005e5d10: 7465 6765 7229 3c2f 613e 202d 204d 6574 teger) - Met │ │ │ │ -005e5d20: 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 hod in class org │ │ │ │ -005e5d30: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 .biojava.nbio.st │ │ │ │ -005e5d40: 7275 6374 7572 652e 3c61 2068 7265 663d ructure.Se │ │ │ │ -005e5db0: 714d 6973 4d61 7463 6849 6d70 6c3c 2f61 qMisMatchImpl
.
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.
setSeqResGro │ │ │ │ -005e5e50: 7570 7328 4c69 7374 266c 743b 4772 6f75 ups(List<Grou │ │ │ │ -005e5e60: 7026 6774 3b29 3c2f 613e 202d 204d 6574 p>) - Met │ │ │ │ -005e5e70: 686f 6420 696e 2069 6e74 6572 6661 6365 hod in interface │ │ │ │ -005e5e80: 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 org.biojava.nbi │ │ │ │ -005e5e90: 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 3c61 2068 o.structure.Chai │ │ │ │ -005e5f00: 6e3c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a n
.
. │ │ │ │ -005e5f10: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
Sets the list │ │ │ │ -005e5f30: 206f 6620 5365 7152 6573 4772 6f75 7073 of SeqResGroups │ │ │ │ -005e5f40: 2066 6f72 2074 6869 7320 6368 6169 6e2e for this chain. │ │ │ │ -005e5f50: 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474
.
.
se │ │ │ │ -005e5fd0: 7453 6571 5265 7347 726f 7570 7328 4c69 tSeqResGroups(Li │ │ │ │ -005e5fe0: 7374 266c 743b 4772 6f75 7026 6774 3b29 st<Group>) │ │ │ │ -005e5ff0: 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f 6420 696e - Method in │ │ │ │ -005e6000: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ -005e6010: 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 va.nbio.structur │ │ │ │ -005e6020: 652e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 e.ChainImpl< │ │ │ │ -005e6090: 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 /dt>.
.
Set │ │ │ │ -005e60b0: 7320 7468 6520 6c69 7374 206f 6620 5365 s the list of Se │ │ │ │ -005e60c0: 7152 6573 4772 6f75 7073 2066 6f72 2074 qResGroups for t │ │ │ │ -005e60d0: 6869 7320 6368 6169 6e2e 3c2f 6469 763e his chain.
│ │ │ │ -005e60e0: 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 .
.
setSeqResNam │ │ │ │ -005e6170: 6528 5374 7269 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 e(String) - │ │ │ │ -005e6180: 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 Method in class │ │ │ │ -005e6190: 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f org.biojava.nbio │ │ │ │ -005e61a0: 2e73 7472 7563 7475 7265 2e69 6f2e 7369 .structure.io.si │ │ │ │ -005e61b0: 6674 732e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 fts.SiftsRe │ │ │ │ -005e6230: 7369 6475 653c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c sidue
.< │ │ │ │ -005e6240: 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c dd> .< │ │ │ │ -005e6250: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>setSequenc │ │ │ │ -005e62e0: 6528 696e 742c 2053 6571 7565 6e63 6529 e(int, Sequence) │ │ │ │ -005e62f0: 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f 6420 696e - Method in │ │ │ │ -005e6300: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e66 6f72 6573 class org.fores │ │ │ │ -005e6310: 7465 722e 7068 796c 6f67 656e 792e 6461 ter.phylogeny.da │ │ │ │ -005e6320: 7461 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f ta.NodeData │ │ │ │ -005e6390: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e 6273 703b .
  │ │ │ │ -005e63a0: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
setSequence(St │ │ │ │ -005e6430: 7269 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 ring) - Meth │ │ │ │ -005e6440: 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e od in class org. │ │ │ │ -005e6450: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e63 6f72 biojava.nbio.cor │ │ │ │ -005e6460: 652e 7365 7175 656e 6365 2e69 6f2e 656d e.sequence.io.em │ │ │ │ -005e6470: 626c 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f bl.Embl │ │ │ │ -005e64f0: 5265 636f 7264 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a Record
. │ │ │ │ -005e6500: 3c64 643e 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a
 
. │ │ │ │ -005e6510: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
setSequence │ │ │ │ -005e6590: 2853 7472 696e 6729 3c2f 613e 202d 204d (String) - M │ │ │ │ -005e65a0: 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f ethod in class o │ │ │ │ -005e65b0: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ -005e65c0: 7374 7275 6374 7572 652e 6361 7468 2e3c structure.cath.< │ │ │ │ -005e65d0: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ -005e65e0: 6176 612f 6e62 696f 2f73 7472 7563 7475 ava/nbio/structu │ │ │ │ -005e65f0: 7265 2f63 6174 682f 4361 7468 446f 6d61 re/cath/CathDoma │ │ │ │ -005e6600: 696e 2e68 746d 6c22 2074 6974 6c65 3d22 in.html" title=" │ │ │ │ -005e6610: 636c 6173 7320 696e 206f 7267 2e62 696f class in org.bio │ │ │ │ -005e6620: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 java.nbio.struct │ │ │ │ -005e6630: 7572 652e 6361 7468 223e 4361 7468 446f ure.cath">CathDo │ │ │ │ -005e6640: 6d61 696e 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 main
. .setSequence( │ │ │ │ -005e66e0: 5374 7269 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 String) - Me │ │ │ │ -005e66f0: 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 thod in class or │ │ │ │ -005e6700: 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 g.biojava.nbio.s │ │ │ │ -005e6710: 7472 7563 7475 7265 2e63 6174 682e 3c61 tructure.cath.CathSe │ │ │ │ -005e6790: 676d 656e 743c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c gment.< │ │ │ │ -005e67a0: 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c dd> .< │ │ │ │ -005e67b0: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt> │ │ │ │ -005e6850: 7365 7453 6571 7565 6e63 6528 5365 7175 setSequence(Sequ │ │ │ │ -005e6860: 656e 6365 266c 743b 4326 6774 3b29 3c2f ence<C>) - Method in c │ │ │ │ -005e6880: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ -005e6890: 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e73 6571 7565 .nbio.core.seque │ │ │ │ -005e68a0: 6e63 652e 6564 6974 732e 3c61 2068 7265 nce.edits.Edit.Abstr │ │ │ │ -005e6930: 6163 7445 6469 743c 2f61 3e3c 2f64 743e actEdit │ │ │ │ -005e6940: 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e .
 
│ │ │ │ -005e6950: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
setSequence( │ │ │ │ -005e69e0: 5365 7175 656e 6365 293c 2f61 3e20 2d20 Sequence) - │ │ │ │ -005e69f0: 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 Method in class │ │ │ │ -005e6a00: 6f72 672e 666f 7265 7374 6572 2e70 6879 org.forester.phy │ │ │ │ -005e6a10: 6c6f 6765 6e79 2e64 6174 612e 3c61 2068 logeny.data.Nod │ │ │ │ -005e6a80: 6544 6174 613c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c eData
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Convenien │ │ │ │ -005e6ab0: 6365 206d 6574 686f 6420 2d2d 2061 6c77 ce method -- alw │ │ │ │ -005e6ac0: 6179 7320 7365 7473 2074 6865 2066 6972 ays sets the fir │ │ │ │ -005e6ad0: 7374 2053 6571 7565 6e63 652e 3c2f 6469 st Sequence...
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.
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setSeq(String)< │ │ │ │ +005e4a70: 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 /a> - Method in │ │ │ │ +005e4a80: 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 class org.biojav │ │ │ │ +005e4a90: 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 a.nbio.structure │ │ │ │ +005e4aa0: 2e76 616c 6964 6174 696f 6e2e 3c61 2068 .validation.Modelle │ │ │ │ +005e4b30: 6453 7562 6772 6f75 703c 2f61 3e3c 2f64 dSubgroup.
.
Sets │ │ │ │ +005e4b60: 7468 6520 7661 6c75 6520 6f66 2074 6865 the value of the │ │ │ │ +005e4b70: 2073 6571 2070 726f 7065 7274 792e 3c2f seq property..
.
< │ │ │ │ +005e4b90: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ +005e4ba0: 6176 612f 6e62 696f 2f73 7472 7563 7475 ava/nbio/structu │ │ │ │ +005e4bb0: 7265 2f69 6f2f 6d6d 6369 662f 6d6f 6465 re/io/mmcif/mode │ │ │ │ +005e4bc0: 6c2f 5374 7275 6374 5265 6653 6571 2e68 l/StructRefSeq.h │ │ │ │ +005e4bd0: 746d 6c23 7365 7453 6571 5f61 6c69 676e tml#setSeq_align │ │ │ │ +005e4be0: 5f62 6567 286a 6176 612e 6c61 6e67 2e53 _beg(java.lang.S │ │ │ │ +005e4bf0: 7472 696e 6729 2220 636c 6173 733d 226d tring)" class="m │ │ │ │ +005e4c00: 656d 6265 722d 6e61 6d65 2d6c 696e 6b22 ember-name-link" │ │ │ │ +005e4c10: 3e73 6574 5365 715f 616c 6967 6e5f 6265 >setSeq_align_be │ │ │ │ +005e4c20: 6728 5374 7269 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 g(String) - │ │ │ │ +005e4c30: 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 Method in class │ │ │ │ +005e4c40: 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f org.biojava.nbio │ │ │ │ +005e4c50: 2e73 7472 7563 7475 7265 2e69 6f2e 6d6d .structure.io.mm │ │ │ │ +005e4c60: 6369 662e 6d6f 6465 6c2e 3c61 2068 7265 cif.model.Struc │ │ │ │ +005e4cf0: 7452 6566 5365 713c 2f61 3e3c 2f64 743e tRefSeq
│ │ │ │ +005e4d00: 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e .
 
│ │ │ │ +005e4d10: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
setSeq_al │ │ │ │ +005e4da0: 6967 6e5f 656e 6428 5374 7269 6e67 293c ign_end(String)< │ │ │ │ +005e4db0: 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 /a> - Method in │ │ │ │ +005e4dc0: 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 class org.biojav │ │ │ │ +005e4dd0: 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 a.nbio.structure │ │ │ │ +005e4de0: 2e69 6f2e 6d6d 6369 662e 6d6f 6465 6c2e .io.mmcif.model. │ │ │ │ +005e4df0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f StructRefSeq
.
  │ │ │ │ +005e4e90: 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 ;
.
setSe │ │ │ │ +005e4f20: 715f 6964 2853 7472 696e 6729 3c2f 613e q_id(String) │ │ │ │ +005e4f30: 202d 204d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 - Method in cla │ │ │ │ +005e4f40: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ +005e4f50: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 696f bio.structure.io │ │ │ │ +005e4f60: 2e6d 6d63 6966 2e6d 6f64 656c 2e3c 6120 .mmcif.model.PdbxNonPolySc │ │ │ │ +005e5000: 6865 6d65 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 heme
. .setSeq_id(Stri │ │ │ │ +005e50b0: 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 ng) - Method │ │ │ │ +005e50c0: 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 in class org.bi │ │ │ │ +005e50d0: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ +005e50e0: 7475 7265 2e69 6f2e 6d6d 6369 662e 6d6f ture.io.mmcif.mo │ │ │ │ +005e50f0: 6465 6c2e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 del.PdbxPo │ │ │ │ +005e5180: 6c79 5365 7153 6368 656d 653c 2f61 3e3c lySeqScheme< │ │ │ │ +005e5190: 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c /dt>.
 < │ │ │ │ +005e51a0: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
setSeq_ │ │ │ │ +005e5230: 6e75 6d28 496e 7465 6765 7229 3c2f 613e num(Integer) │ │ │ │ +005e5240: 202d 204d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 - Method in cla │ │ │ │ +005e5250: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ +005e5260: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 696f bio.structure.io │ │ │ │ +005e5270: 2e6d 6d63 6966 2e6d 6f64 656c 2e3c 6120 .mmcif.model.StructRefSeqDif │ │ │ │ +005e5310: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e
.
&n │ │ │ │ +005e5320: 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 bsp;
.
setSeqBe │ │ │ │ +005e5390: 6769 6e28 696e 7429 3c2f 613e 202d 204d gin(int) - M │ │ │ │ +005e53a0: 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f ethod in class o │ │ │ │ +005e53b0: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ +005e53c0: 7374 7275 6374 7572 652e 3c61 2068 7265 structure.DBRef< │ │ │ │ +005e5430: 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 /dt>.
.
Ini │ │ │ │ +005e5450: 7469 616c 2073 6571 7565 6e63 6520 6e75 tial sequence nu │ │ │ │ +005e5460: 6d62 6572 206f 6620 7468 6520 5044 4220 mber of the PDB │ │ │ │ +005e5470: 7365 7175 656e 6365 2073 6567 6d65 6e74 sequence segment │ │ │ │ +005e5480: 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 .
.
.setSeq │ │ │ │ +005e54f0: 456e 6428 696e 7429 3c2f 613e 202d 204d End(int) - M │ │ │ │ +005e5500: 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f ethod in class o │ │ │ │ +005e5510: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ +005e5520: 7374 7275 6374 7572 652e 3c61 2068 7265 structure.DBRef< │ │ │ │ +005e5590: 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 /dt>.
.
End │ │ │ │ +005e55b0: 696e 6720 7365 7175 656e 6365 206e 756d ing sequence num │ │ │ │ +005e55c0: 6265 7220 2020 6f66 2074 6865 2050 4442 ber of the PDB │ │ │ │ +005e55d0: 2073 6571 7565 6e63 6520 7365 676d 656e sequence segmen │ │ │ │ +005e55e0: 742e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c t.
.
.< │ │ │ │ +005e55f0: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>setSeqIdRa │ │ │ │ +005e5670: 6e67 6528 5374 7269 6e67 293c 2f61 3e20 nge(String) │ │ │ │ +005e5680: 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 - Method in clas │ │ │ │ +005e5690: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ +005e56a0: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e65 636f io.structure.eco │ │ │ │ +005e56b0: 642e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 d.Eco │ │ │ │ +005e5720: 6444 6f6d 6169 6e3c 2f61 3e3c 2f64 743e dDomain │ │ │ │ +005e5730: 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e .
 
│ │ │ │ +005e5740: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
s │ │ │ │ +005e57b0: 6574 5365 714d 6973 4d61 7463 6865 7328 etSeqMisMatches( │ │ │ │ +005e57c0: 4c69 7374 266c 743b 5365 714d 6973 4d61 List<SeqMisMa │ │ │ │ +005e57d0: 7463 6826 6774 3b29 3c2f 613e 202d 204d tch>) - M │ │ │ │ +005e57e0: 6574 686f 6420 696e 2069 6e74 6572 6661 ethod in interfa │ │ │ │ +005e57f0: 6365 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ce org.biojava.n │ │ │ │ +005e5800: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 3c61 bio.structure.Ch │ │ │ │ +005e5870: 6169 6e3c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 ain
.
.
Sets annota │ │ │ │ +005e58a0: 7465 6420 7365 7175 656e 6365 206d 6973 ted sequence mis │ │ │ │ +005e58b0: 6d61 7463 6865 7320 666f 7220 7468 6973 matches for this │ │ │ │ +005e58c0: 2063 6861 696e 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f chain.
..
setSeqMisM │ │ │ │ +005e5950: 6174 6368 6573 284c 6973 7426 6c74 3b53 atches(List<S │ │ │ │ +005e5960: 6571 4d69 734d 6174 6368 2667 743b 293c eqMisMatch>)< │ │ │ │ +005e5970: 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 /a> - Method in │ │ │ │ +005e5980: 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 class org.biojav │ │ │ │ +005e5990: 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 a.nbio.structure │ │ │ │ +005e59a0: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 .ChainImpl.
 .
setSeqNum( │ │ │ │ +005e5aa0: 496e 7465 6765 7229 3c2f 613e 202d 204d Integer) - M │ │ │ │ +005e5ab0: 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f ethod in class o │ │ │ │ +005e5ac0: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ +005e5ad0: 7374 7275 6374 7572 652e 3c61 2068 7265 structure.Re │ │ │ │ +005e5b40: 7369 6475 654e 756d 6265 723c 2f61 3e3c sidueNumber< │ │ │ │ +005e5b50: 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c /dt>.
 < │ │ │ │ +005e5b60: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
setSeqNum(I │ │ │ │ +005e5be0: 6e74 6567 6572 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 nteger) - Me │ │ │ │ +005e5bf0: 7468 6f64 2069 6e20 696e 7465 7266 6163 thod in interfac │ │ │ │ +005e5c00: 6520 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 e org.biojava.nb │ │ │ │ +005e5c10: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e3c 6120 io.structure.SeqMisMatch
.
&nbs │ │ │ │ +005e5ca0: 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 p;
.
setS │ │ │ │ +005e5d20: 6571 4e75 6d28 496e 7465 6765 7229 3c2f eqNum(Integer) - Method in c │ │ │ │ +005e5d40: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ +005e5d50: 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e .nbio.structure. │ │ │ │ +005e5d60: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f SeqMisMatc │ │ │ │ +005e5dd0: 6849 6d70 6c3c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c hImpl
.< │ │ │ │ +005e5de0: 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c dd> .< │ │ │ │ +005e5df0: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>setS │ │ │ │ +005e5e60: 6571 5265 7347 726f 7570 7328 4c69 7374 eqResGroups(List │ │ │ │ +005e5e70: 266c 743b 4772 6f75 7026 6774 3b29 3c2f <Group>) - Method in i │ │ │ │ +005e5e90: 6e74 6572 6661 6365 206f 7267 2e62 696f nterface org.bio │ │ │ │ +005e5ea0: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 java.nbio.struct │ │ │ │ +005e5eb0: 7572 652e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 ure.Chain.
.
Sets │ │ │ │ +005e5f40: 7468 6520 6c69 7374 206f 6620 5365 7152 the list of SeqR │ │ │ │ +005e5f50: 6573 4772 6f75 7073 2066 6f72 2074 6869 esGroups for thi │ │ │ │ +005e5f60: 7320 6368 6169 6e2e 3c2f 6469 763e 0a3c s chain.
.< │ │ │ │ +005e5f70: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
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Sets the li │ │ │ │ +005e60d0: 7374 206f 6620 5365 7152 6573 4772 6f75 st of SeqResGrou │ │ │ │ +005e60e0: 7073 2066 6f72 2074 6869 7320 6368 6169 ps for this chai │ │ │ │ +005e60f0: 6e2e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c n.
.
.< │ │ │ │ +005e6100: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>setS │ │ │ │ +005e6180: 6571 5265 734e 616d 6528 5374 7269 6e67 eqResName(String │ │ │ │ +005e6190: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ +005e61a0: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ +005e61b0: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ +005e61c0: 7265 2e69 6f2e 7369 6674 732e 3c61 2068 re.io.sifts.SiftsResidue.
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.
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.
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.
 
.
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.
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.
se │ │ │ │ +005e6eb0: 7453 6571 7565 6e63 6543 6f6c 6c65 6374 tSequenceCollect │ │ │ │ +005e6ec0: 696f 6e28 5365 7175 656e 6365 4f70 7469 ion(SequenceOpti │ │ │ │ +005e6ed0: 6d69 7a61 7469 6f6e 4869 6e74 732e 5365 mizationHints.Se │ │ │ │ +005e6ee0: 7175 656e 6365 436f 6c6c 6563 7469 6f6e quenceCollection │ │ │ │ +005e6ef0: 293c 2f61 3e20 2d20 5374 6174 6963 206d ) - Static m │ │ │ │ +005e6f00: 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f ethod in class o │ │ │ │ +005e6f10: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ +005e6f20: 636f 7265 2e73 6571 7565 6e63 652e 3c61 core.sequence.SequenceOp │ │ │ │ +005e6fb0: 7469 6d69 7a61 7469 6f6e 4869 6e74 733c timizationHints< │ │ │ │ +005e6fc0: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 /a>
.
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.
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.
. │ │ │ │ +005e7170: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
The minimum c │ │ │ │ +005e7190: 6f76 6572 6167 6520 6f66 2074 6865 2073 overage of the s │ │ │ │ +005e71a0: 6571 7565 6e63 6520 616c 6967 6e6d 656e equence alignmen │ │ │ │ +005e71b0: 7420 6265 7477 6565 6e20 7477 6f20 7375 t between two su │ │ │ │ +005e71c0: 6275 6e69 7473 2074 6f20 6265 0a20 636c bunits to be. cl │ │ │ │ +005e71d0: 7573 7465 7265 6420 746f 6765 7468 6572 ustered together │ │ │ │ +005e71e0: 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 .
.
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set │ │ │ │ +005e8430: 5365 7175 656e 7469 616c 416c 6967 6e6d SequentialAlignm │ │ │ │ +005e8440: 656e 7428 626f 6f6c 6561 6e29 3c2f 613e ent(boolean) │ │ │ │ +005e8450: 202d 204d 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 - Method in cla │ │ │ │ +005e8460: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ +005e8470: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 616c bio.structure.al │ │ │ │ +005e8480: 6967 6e2e 6d6f 6465 6c2e 3c61 2068 7265 ign.model.AFPChain.
.
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.Set the identif │ │ │ │ +005f5c70: 6965 7220 636f 7272 6573 706f 6e64 696e ier correspondin │ │ │ │ +005f5c80: 6720 746f 2074 6869 7320 7374 7275 6374 g to this struct │ │ │ │ +005f5c90: 7572 653c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a ure.
. │ │ │ │ +005f5ca0: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
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..
│ │ │ │ +005f6110: 7365 7453 7472 7563 7475 7265 4964 656e setStructureIden │ │ │ │ +005f6120: 7469 6669 6572 7328 4c69 7374 266c 743b tifiers(List< │ │ │ │ +005f6130: 5374 7275 6374 7572 6549 6465 6e74 6966 StructureIdentif │ │ │ │ +005f6140: 6965 7226 6774 3b29 3c2f 613e 202d 204d ier>) - M │ │ │ │ +005f6150: 6574 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f ethod in class o │ │ │ │ +005f6160: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ +005f6170: 7374 7275 6374 7572 652e 616c 6967 6e2e structure.align. │ │ │ │ +005f6180: 6d75 6c74 6970 6c65 2e3c 6120 6872 6566 multiple.Multi │ │ │ │ +005f6220: 706c 6541 6c69 676e 6d65 6e74 456e 7365 pleAlignmentEnse │ │ │ │ +005f6230: 6d62 6c65 496d 706c 3c2f 613e 3c2f 6474 mbleImpl
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..
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.
A cryst │ │ │ │ -0062d490: 616c 6c6f 6772 6170 6869 6320 7370 6163 allographic spac │ │ │ │ -0062d4a0: 6520 6772 6f75 702e 3c2f 6469 763e 0a3c e group.
.< │ │ │ │ -0062d4b0: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
SpaceGroup( │ │ │ │ -0062d580: 696e 742c 2069 6e74 2c20 696e 742c 2053 int, int, int, S │ │ │ │ -0062d590: 7472 696e 672c 2053 7472 696e 672c 2042 tring, String, B │ │ │ │ -0062d5a0: 7261 7661 6973 4c61 7474 6963 6529 3c2f ravaisLattice) - Constructor │ │ │ │ -0062d5c0: 2066 6f72 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 for class org.b │ │ │ │ -0062d5d0: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ -0062d5e0: 6374 7572 652e 7874 616c 2e3c 6120 6872 cture.xtal.SpaceGroup │ │ │ │ -0062d660: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e
.
&n │ │ │ │ -0062d670: 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 bsp;
.
SpaceGroupMapEl │ │ │ │ -0062d720: 656d 656e 7473 3c2f 613e 202d 2043 6c61 ements - Cla │ │ │ │ -0062d730: 7373 2069 6e20 3c61 2068 7265 663d 226f ss in org.bioj │ │ │ │ -0062d780: 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 ava.nbio.structu │ │ │ │ -0062d790: 7265 2e78 7461 6c2e 696f 3c2f 613e 3c2f re.xtal.io.
 .
SpaceGroupMapE │ │ │ │ -0062d870: 6c65 6d65 6e74 7328 496e 7465 6765 722c lements(Integer, │ │ │ │ -0062d880: 2053 7061 6365 4772 6f75 7029 3c2f 613e SpaceGroup) │ │ │ │ -0062d890: 202d 2043 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2066 - Constructor f │ │ │ │ -0062d8a0: 6f72 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f or class org.bio │ │ │ │ -0062d8b0: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 java.nbio.struct │ │ │ │ -0062d8c0: 7572 652e 7874 616c 2e69 6f2e 3c61 2068 ure.xtal.io.SpaceGro │ │ │ │ -0062d950: 7570 4d61 7045 6c65 6d65 6e74 733c 2f61 upMapElements
.
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.
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.
&nb │ │ │ │ -0062daa0: 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 sp;
.
SpaceGrou │ │ │ │ -0062db20: 704d 6170 526f 6f74 2829 3c2f 613e 202d pMapRoot() - │ │ │ │ -0062db30: 2043 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2066 6f72 Constructor for │ │ │ │ -0062db40: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ -0062db50: 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 va.nbio.structur │ │ │ │ -0062db60: 652e 7874 616c 2e69 6f2e 3c61 2068 7265 e.xtal.io.SpaceGroupMapR │ │ │ │ -0062dbf0: 6f6f 743c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 oot
.
 
.
Spars │ │ │ │ -0062dca0: 6553 7175 6172 654d 6174 7269 783c 2f61 eSquareMatrix - Class in org. │ │ │ │ -0062dd00: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 biojava.nbio.str │ │ │ │ -0062dd10: 7563 7475 7265 2e6d 6174 683c 2f61 3e3c ucture.math< │ │ │ │ -0062dd20: 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 /dt>.
.
A s │ │ │ │ -0062dd40: 7061 7273 652c 2073 7175 6172 6520 6d61 parse, square ma │ │ │ │ -0062dd50: 7472 6978 2c20 696d 706c 656d 656e 7469 trix, implementi │ │ │ │ -0062dd60: 6e67 2075 7369 6e67 2074 776f 2061 7272 ng using two arr │ │ │ │ -0062dd70: 6179 7320 6f66 2073 7061 7273 650a 2020 ays of sparse. │ │ │ │ -0062dd80: 7665 6374 6f72 732c 206f 6e65 2072 6570 vectors, one rep │ │ │ │ -0062dd90: 7265 7365 6e74 6174 696f 6e20 666f 7220 resentation for │ │ │ │ -0062dda0: 7468 6520 726f 7773 2061 6e64 206f 6e65 the rows and one │ │ │ │ -0062ddb0: 2066 6f72 2074 6865 2063 6f6c 756d 6e73 for the columns │ │ │ │ -0062ddc0: 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 .
.
.Spa │ │ │ │ -0062de40: 7273 6553 7175 6172 654d 6174 7269 7828 rseSquareMatrix( │ │ │ │ -0062de50: 696e 7429 3c2f 613e 202d 2043 6f6e 7374 int) - Const │ │ │ │ -0062de60: 7275 6374 6f72 2066 6f72 2063 6c61 7373 ructor for class │ │ │ │ -0062de70: 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 org.biojava.nbi │ │ │ │ -0062de80: 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 6d61 7468 o.structure.math │ │ │ │ -0062de90: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 .SparseSquare │ │ │ │ -0062df10: 4d61 7472 6978 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a Matrix. │ │ │ │ -0062df20: 3c64 643e 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d
.
initiali │ │ │ │ -0062df40: 7a65 2061 6e20 4e2d 6279 2d4e 206d 6174 ze an N-by-N mat │ │ │ │ -0062df50: 7269 7820 6f66 2061 6c6c 2030 733c 2f64 rix of all 0s.
.
SparseVector - Class in org │ │ │ │ -0062e050: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 .biojava.nbio.st │ │ │ │ -0062e060: 7275 6374 7572 652e 6d61 7468 3c2f 613e ructure.math │ │ │ │ -0062e070: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c 6469 7620
.
.
A │ │ │ │ -0062e090: 7370 6172 7365 2076 6563 746f 722c 2069 sparse vector, i │ │ │ │ -0062e0a0: 6d70 6c65 6d65 6e74 6564 2075 7369 6e67 mplemented using │ │ │ │ -0062e0b0: 2061 2073 796d 626f 6c20 7461 626c 652e a symbol table. │ │ │ │ -0062e0c0: 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474
.
.
SparseVect │ │ │ │ -0062e140: 6f72 2869 6e74 293c 2f61 3e20 2d20 436f or(int) - Co │ │ │ │ -0062e150: 6e73 7472 7563 746f 7220 666f 7220 636c nstructor for cl │ │ │ │ -0062e160: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ -0062e170: 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e6d nbio.structure.m │ │ │ │ -0062e180: 6174 682e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 ath.SparseVector
.
.
C │ │ │ │ -0062e220: 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2e3c 2f64 6976 onstructor.
.
.
SPECIAL_DOMAIN_ │ │ │ │ -0062e2b0: 434f 4c4f 5249 4e47 3c2f 613e 202d 2053 COLORING - S │ │ │ │ -0062e2c0: 7461 7469 6320 7661 7269 6162 6c65 2069 tatic variable i │ │ │ │ -0062e2d0: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 666f 7265 n class org.fore │ │ │ │ -0062e2e0: 7374 6572 2e61 7263 6861 656f 7074 6572 ster.archaeopter │ │ │ │ -0062e2f0: 7978 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f yx.TreePanel │ │ │ │ -0062e360: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e 6273 703b
.
  │ │ │ │ -0062e370: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
SPECIATION< │ │ │ │ -0062e3e0: 2f61 3e20 2d20 5374 6174 6963 2076 6172 /a> - Static var │ │ │ │ -0062e3f0: 6961 626c 6520 696e 2063 6c61 7373 206f iable in class o │ │ │ │ -0062e400: 7267 2e66 6f72 6573 7465 722e 6172 6368 rg.forester.arch │ │ │ │ -0062e410: 6165 6f70 7465 7279 782e 3c61 2068 7265 aeopteryx.Tre │ │ │ │ -0062e480: 6543 6f6c 6f72 5365 743c 2f61 3e3c 2f64 eColorSet.
 .
speciation_ │ │ │ │ -0062e520: 6f72 5f64 7570 6c69 6361 7469 6f6e 3c2f or_duplication - Enum consta │ │ │ │ -0062e540: 6e74 2069 6e20 656e 756d 2063 6c61 7373 nt in enum class │ │ │ │ -0062e550: 206f 7267 2e66 6f72 6573 7465 722e 7068 org.forester.ph │ │ │ │ -0062e560: 796c 6f67 656e 792e 6461 7461 2e3c 6120 ylogeny.data.Event. │ │ │ │ -0062e5e0: 4576 656e 7454 7970 653c 2f61 3e3c 2f64 EventType.
 .
Species │ │ │ │ -0062e670: 2d20 456e 756d 2063 6f6e 7374 616e 7420 - Enum constant │ │ │ │ -0062e680: 696e 2065 6e75 6d20 636c 6173 7320 6f72 in enum class or │ │ │ │ -0062e690: 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 g.biojava.nbio.s │ │ │ │ -0062e6a0: 7472 7563 7475 7265 2e73 636f 702e 3c61 tructure.scop. │ │ │ │ -0062e720: 5363 6f70 4361 7465 676f 7279 3c2f 613e ScopCategory │ │ │ │ -0062e730: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e 6273 703b
.
  │ │ │ │ -0062e740: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
Species - Interface i │ │ │ │ -0062e7d0: 6e20 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f66 n org.forest │ │ │ │ -0062e810: 6572 2e73 7065 6369 6573 3c2f 613e 3c2f er.species.
 .
SPEC │ │ │ │ -0062e890: 4945 533c 2f61 3e20 2d20 456e 756d 2063 IES - Enum c │ │ │ │ -0062e8a0: 6f6e 7374 616e 7420 696e 2065 6e75 6d20 onstant in enum │ │ │ │ -0062e8b0: 636c 6173 7320 6f72 672e 666f 7265 7374 class org.forest │ │ │ │ -0062e8c0: 6572 2e77 732e 7761 6269 2e3c 6120 6872 er.ws.wabi.TxSearc │ │ │ │ -0062e930: 682e 5241 4e4b 533c 2f61 3e3c 2f64 743e h.RANKS
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│ │ │ │ -0062e950: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
SPEC │ │ │ │ -0062e9b0: 4945 533c 2f61 3e20 2d20 456e 756d 2063 IES - Enum c │ │ │ │ -0062e9c0: 6f6e 7374 616e 7420 696e 2065 6e75 6d20 onstant in enum │ │ │ │ -0062e9d0: 636c 6173 7320 6f72 672e 666f 7265 7374 class org.forest │ │ │ │ -0062e9e0: 6572 2e77 732e 7761 6269 2e3c 6120 6872 er.ws.wabi.TxSe │ │ │ │ -0062ea50: 6172 6368 2e54 4158 5f52 414e 4b3c 2f61 arch.TAX_RANK
.
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.
SPECIES_COUNT │ │ │ │ -0062eb00: 3c2f 613e 202d 2045 6e75 6d20 636f 6e73 - Enum cons │ │ │ │ -0062eb10: 7461 6e74 2069 6e20 656e 756d 2063 6c61 tant in enum cla │ │ │ │ -0062eb20: 7373 206f 7267 2e66 6f72 6573 7465 722e ss org.forester. │ │ │ │ -0062eb30: 7375 7266 6163 696e 672e 3c61 2068 7265 surfacing.DomainSi │ │ │ │ -0062ebc0: 6d69 6c61 7269 7479 2e44 6f6d 6169 6e53 milarity.DomainS │ │ │ │ -0062ebd0: 696d 696c 6172 6974 7953 6f72 7446 6965 imilaritySortFie │ │ │ │ -0062ebe0: 6c64 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e ld
.
│ │ │ │ -0062ebf0: 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e  
.
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..
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.
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. │ │ │ │ +0061bd20: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
Simp │ │ │ │ +0061bdd0: 6c65 4c6f 6361 7469 6f6e 2869 6e74 2c20 leLocation(int, │ │ │ │ +0061bde0: 696e 742c 2053 7472 616e 642c 204c 6973 int, Strand, Lis │ │ │ │ +0061bdf0: 7426 6c74 3b4c 6f63 6174 696f 6e26 6774 t<Location> │ │ │ │ +0061be00: 3b29 3c2f 613e 202d 2043 6f6e 7374 7275 ;) - Constru │ │ │ │ +0061be10: 6374 6f72 2066 6f72 2063 6c61 7373 206f ctor for class o │ │ │ │ +0061be20: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ +0061be30: 636f 7265 2e73 6571 7565 6e63 652e 6c6f core.sequence.lo │ │ │ │ +0061be40: 6361 7469 6f6e 2e3c 6120 6872 6566 3d22 cation.SimpleLoca │ │ │ │ +0061bed0: 7469 6f6e 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 tion
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Si │ │ │ │ +0061c1c0: 6d70 6c65 4c6f 6361 7469 6f6e 2850 6f69 mpleLocation(Poi │ │ │ │ +0061c1d0: 6e74 2c20 506f 696e 7429 3c2f 613e 202d nt, Point) - │ │ │ │ +0061c1e0: 2043 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2066 6f72 Constructor for │ │ │ │ +0061c1f0: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ +0061c200: 7661 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e73 6571 va.nbio.core.seq │ │ │ │ +0061c210: 7565 6e63 652e 6c6f 6361 7469 6f6e 2e3c uence.location.< │ │ │ │ +0061c220: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ +0061c230: 6176 612f 6e62 696f 2f63 6f72 652f 7365 ava/nbio/core/se │ │ │ │ +0061c240: 7175 656e 6365 2f6c 6f63 6174 696f 6e2f quence/location/ │ │ │ │ +0061c250: 5369 6d70 6c65 4c6f 6361 7469 6f6e 2e68 SimpleLocation.h │ │ │ │ +0061c260: 746d 6c22 2074 6974 6c65 3d22 636c 6173 tml" title="clas │ │ │ │ +0061c270: 7320 696e 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 s in org.biojava │ │ │ │ +0061c280: 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e73 6571 7565 .nbio.core.seque │ │ │ │ +0061c290: 6e63 652e 6c6f 6361 7469 6f6e 223e 5369 nce.location">Si │ │ │ │ +0061c2a0: 6d70 6c65 4c6f 6361 7469 6f6e 3c2f 613e mpleLocation │ │ │ │ +0061c2b0: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e 6273 703b
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. │ │ │ │ +00620e40: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
Si │ │ │ │ +00620ed0: 6d70 6c65 5365 7175 656e 6365 5061 6972 mpleSequencePair │ │ │ │ +00620ee0: 3c2f 613e 266c 743b 3c61 2068 7265 663d <S ext │ │ │ │ +00620f60: 656e 6473 203c 6120 6872 6566 3d22 6f72 ends Sequence&l │ │ │ │ +00620ff0: 743b 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 t;C>, │ │ │ │ +00621070: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f C │ │ │ │ +006210e0: 3c2f 613e 2065 7874 656e 6473 203c 6120 extends Compou │ │ │ │ +00621170: 6e64 3c2f 613e 2667 743b 202d 2043 6c61 nd> - Cla │ │ │ │ +00621180: 7373 2069 6e20 3c61 2068 7265 663d 226f ss in org.biojava │ │ │ │ +006211d0: 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e61 6c69 676e .nbio.core.align │ │ │ │ +006211e0: 6d65 6e74 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 ment
..
Implements │ │ │ │ +00621210: 2061 2064 6174 6120 7374 7275 6374 7572 a data structur │ │ │ │ +00621220: 6520 666f 7220 7468 6520 7265 7375 6c74 e for the result │ │ │ │ +00621230: 7320 6f66 2070 6169 7277 6973 6520 7365 s of pairwise se │ │ │ │ +00621240: 7175 656e 6365 2061 6c69 676e 6d65 6e74 quence alignment │ │ │ │ +00621250: 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 .
..Simpl │ │ │ │ +00621340: 6553 6571 7565 6e63 6550 6169 7228 416c eSequencePair(Al │ │ │ │ +00621350: 6967 6e65 6453 6571 7565 6e63 6526 6c74 ignedSequence< │ │ │ │ +00621360: 3b53 2c20 4326 6774 3b2c 2041 6c69 676e ;S, C>, Align │ │ │ │ +00621370: 6564 5365 7175 656e 6365 266c 743b 532c edSequence<S, │ │ │ │ +00621380: 2043 2667 743b 293c 2f61 3e20 2d20 436f C>) - Co │ │ │ │ +00621390: 6e73 7472 7563 746f 7220 666f 7220 636c nstructor for cl │ │ │ │ +006213a0: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ +006213b0: 6e62 696f 2e63 6f72 652e 616c 6967 6e6d nbio.core.alignm │ │ │ │ +006213c0: 656e 742e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 ent.SimpleSeq │ │ │ │ +00621440: 7565 6e63 6550 6169 723c 2f61 3e3c 2f64 uencePair.
.
Creat │ │ │ │ +00621470: 6573 2061 2070 6169 7220 7072 6f66 696c es a pair profil │ │ │ │ +00621480: 6520 666f 7220 7468 6520 6769 7665 6e20 e for the given │ │ │ │ +00621490: 616c 7265 6164 7920 616c 6967 6e65 6420 already aligned │ │ │ │ +006214a0: 7365 7175 656e 6365 732e 3c2f 6469 763e sequences.
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. │ │ │ │ +00621690: 3c64 643e 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d
.
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.
< │ │ │ │ +00621700: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ +00621710: 6176 612f 6e62 696f 2f63 6f72 652f 616c ava/nbio/core/al │ │ │ │ +00621720: 6967 6e6d 656e 742f 5369 6d70 6c65 5365 ignment/SimpleSe │ │ │ │ +00621730: 7175 656e 6365 5061 6972 2e68 746d 6c23 quencePair.html# │ │ │ │ +00621740: 2533 4369 6e69 7425 3345 2853 2c53 2c6a %3Cinit%3E(S,S,j │ │ │ │ +00621750: 6176 612e 7574 696c 2e4c 6973 742c 6a61 ava.util.List,ja │ │ │ │ +00621760: 7661 2e75 7469 6c2e 4c69 7374 2922 2063 va.util.List)" c │ │ │ │ +00621770: 6c61 7373 3d22 6d65 6d62 6572 2d6e 616d lass="member-nam │ │ │ │ +00621780: 652d 6c69 6e6b 223e 5369 6d70 6c65 5365 e-link">SimpleSe │ │ │ │ +00621790: 7175 656e 6365 5061 6972 2853 2c20 532c quencePair(S, S, │ │ │ │ +006217a0: 204c 6973 7426 6c74 3b41 6c69 676e 6564 List<Aligned │ │ │ │ +006217b0: 5365 7175 656e 6365 2e53 7465 7026 6774 Sequence.Step> │ │ │ │ +006217c0: 3b2c 204c 6973 7426 6c74 3b41 6c69 676e ;, List<Align │ │ │ │ +006217d0: 6564 5365 7175 656e 6365 2e53 7465 7026 edSequence.Step& │ │ │ │ +006217e0: 6774 3b29 3c2f 613e 202d 2043 6f6e 7374 gt;) - Const │ │ │ │ +006217f0: 7275 6374 6f72 2066 6f72 2063 6c61 7373 ructor for class │ │ │ │ +00621800: 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 org.biojava.nbi │ │ │ │ +00621810: 6f2e 636f 7265 2e61 6c69 676e 6d65 6e74 o.core.alignment │ │ │ │ +00621820: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 .SimpleSequen │ │ │ │ +006218a0: 6365 5061 6972 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a cePair
. │ │ │ │ +006218b0: 3c64 643e 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d
.
Creates │ │ │ │ +006218d0: 6120 7061 6972 2070 726f 6669 6c65 2066 a pair profile f │ │ │ │ +006218e0: 6f72 2074 6865 2067 6976 656e 2073 6571 or the given seq │ │ │ │ +006218f0: 7565 6e63 6573 2077 6974 6820 6120 676c uences with a gl │ │ │ │ +00621900: 6f62 616c 2061 6c69 676e 6d65 6e74 2e3c obal alignment.< │ │ │ │ +00621910: 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e /div>.
.
│ │ │ │ +00621920: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f SimpleSubstitu │ │ │ │ +006219d0: 7469 6f6e 4d61 7472 6978 3c2f 613e 266c tionMatrix&l │ │ │ │ +006219e0: 743b 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 t;C exte │ │ │ │ +00621a70: 6e64 7320 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 nds Compound> │ │ │ │ +00621b00: 3b20 2d20 436c 6173 7320 696e 203c 6120 ; - Class in org.biojava │ │ │ │ +00621b60: 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e61 6c69 676e .nbio.core.align │ │ │ │ +00621b70: 6d65 6e74 2e6d 6174 7269 6365 733c 2f61 ment.matrices
.
.
I │ │ │ │ +00621ba0: 6d70 6c65 6d65 6e74 7320 6120 6461 7461 mplements a data │ │ │ │ +00621bb0: 2073 7472 7563 7475 7265 2077 6869 6368 structure which │ │ │ │ +00621bc0: 2068 6f6c 6473 2074 6865 2073 636f 7265 holds the score │ │ │ │ +00621bd0: 2028 7065 6e61 6c74 7920 6f72 2062 6f6e (penalty or bon │ │ │ │ +00621be0: 7573 2920 6769 7665 6e20 6475 7269 6e67 us) given during │ │ │ │ +00621bf0: 2061 6c69 676e 6d65 6e74 2066 6f72 2074 alignment for t │ │ │ │ +00621c00: 6865 2065 7863 6861 6e67 6520 6f66 206f he exchange of o │ │ │ │ +00621c10: 6e65 0a20 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 ne. Compound< │ │ │ │ +00621ca0: 2f63 6f64 653e 3c2f 613e 2069 6e20 6120 /code> in a │ │ │ │ +00621cb0: 7365 7175 656e 6365 2066 6f72 2061 6e6f sequence for ano │ │ │ │ +00621cc0: 7468 6572 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 ther.
.
.
Simp │ │ │ │ +00621d90: 6c65 5375 6273 7469 7475 7469 6f6e 4d61 leSubstitutionMa │ │ │ │ +00621da0: 7472 6978 2843 6f6d 706f 756e 6453 6574 trix(CompoundSet │ │ │ │ +00621db0: 266c 743b 4326 6774 3b2c 2073 686f 7274 <C>, short │ │ │ │ +00621dc0: 2c20 7368 6f72 7429 3c2f 613e 202d 2043 , short) - C │ │ │ │ +00621dd0: 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2066 6f72 2063 onstructor for c │ │ │ │ +00621de0: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ +00621df0: 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e61 6c69 676e .nbio.core.align │ │ │ │ +00621e00: 6d65 6e74 2e6d 6174 7269 6365 732e 3c61 ment.matrices.SimpleS │ │ │ │ +00621ea0: 7562 7374 6974 7574 696f 6e4d 6174 7269 ubstitutionMatri │ │ │ │ +00621eb0: 783c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a x
.
. │ │ │ │ +00621ec0: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
Creates an id │ │ │ │ +00621ee0: 656e 7469 7479 2073 7562 7374 6974 7574 entity substitut │ │ │ │ +00621ef0: 696f 6e20 6d61 7472 6978 2066 726f 6d20 ion matrix from │ │ │ │ +00621f00: 6d61 7463 6820 616e 6420 7265 706c 6163 match and replac │ │ │ │ +00621f10: 6520 7661 6c75 6573 2e3c 2f64 6976 3e0a e values.
. │ │ │ │ +00621f20: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
SimpleSubstitut │ │ │ │ +00621ff0: 696f 6e4d 6174 7269 7828 436f 6d70 6f75 ionMatrix(Compou │ │ │ │ +00622000: 6e64 5365 7426 6c74 3b43 2667 743b 2c20 ndSet<C>, │ │ │ │ +00622010: 4669 6c65 293c 2f61 3e20 2d20 436f 6e73 File) - Cons │ │ │ │ +00622020: 7472 7563 746f 7220 666f 7220 636c 6173 tructor for clas │ │ │ │ +00622030: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ +00622040: 696f 2e63 6f72 652e 616c 6967 6e6d 656e io.core.alignmen │ │ │ │ +00622050: 742e 6d61 7472 6963 6573 2e3c 6120 6872 t.matrices.SimpleSubs │ │ │ │ +006220f0: 7469 7475 7469 6f6e 4d61 7472 6978 3c2f titutionMatrix
.
. │ │ │ │ +00622120: 4372 6561 7465 7320 6120 7375 6273 7469 Creates a substi │ │ │ │ +00622130: 7475 7469 6f6e 206d 6174 7269 7820 6279 tution matrix by │ │ │ │ +00622140: 2072 6561 6469 6e67 2069 6e20 6120 6669 reading in a fi │ │ │ │ +00622150: 6c65 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a le..
. │ │ │ │ +00622160: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
Si │ │ │ │ +00622230: 6d70 6c65 5375 6273 7469 7475 7469 6f6e mpleSubstitution │ │ │ │ +00622240: 4d61 7472 6978 2843 6f6d 706f 756e 6453 Matrix(CompoundS │ │ │ │ +00622250: 6574 266c 743b 4326 6774 3b2c 2052 6561 et<C>, Rea │ │ │ │ +00622260: 6465 722c 2053 7472 696e 6729 3c2f 613e der, String) │ │ │ │ +00622270: 202d 2043 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2066 - Constructor f │ │ │ │ +00622280: 6f72 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f or class org.bio │ │ │ │ +00622290: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e61 java.nbio.core.a │ │ │ │ +006222a0: 6c69 676e 6d65 6e74 2e6d 6174 7269 6365 lignment.matrice │ │ │ │ +006222b0: 732e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 s.Sim │ │ │ │ +00622340: 706c 6553 7562 7374 6974 7574 696f 6e4d pleSubstitutionM │ │ │ │ +00622350: 6174 7269 783c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c atrix
.< │ │ │ │ +00622360: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
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..
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.
Sof │ │ │ │ +0062aa60: 7448 6173 684d 6170 2829 3c2f 613e 202d tHashMap() - │ │ │ │ +0062aa70: 2043 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2066 6f72 Constructor for │ │ │ │ +0062aa80: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ +0062aa90: 7661 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e75 7469 va.nbio.core.uti │ │ │ │ +0062aaa0: 6c2e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 l.SoftHashMap< │ │ │ │ +0062ab10: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 /a>
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Soft │ │ │ │ +0062ab90: 4861 7368 4d61 7028 696e 7429 3c2f 613e HashMap(int) │ │ │ │ +0062aba0: 202d 2043 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2066 - Constructor f │ │ │ │ +0062abb0: 6f72 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f or class org.bio │ │ │ │ +0062abc0: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e75 java.nbio.core.u │ │ │ │ +0062abd0: 7469 6c2e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 til.SoftHashMa │ │ │ │ +0062ac40: 703c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 p
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Rea │ │ │ │ +0062ad90: 6465 7220 666f 7220 3c61 2068 7265 663d der for FastqVar │ │ │ │ +0062adf0: 6961 6e74 2e46 4153 5451 5f53 4f4c 4558 iant.FASTQ_SOLEX │ │ │ │ +0062ae00: 413c 2f63 6f64 653e 3c2f 613e 2066 6f72 A for │ │ │ │ +0062ae10: 6d61 7474 6564 2073 6571 7565 6e63 6573 matted sequences │ │ │ │ +0062ae20: 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 .
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.Solexa │ │ │ │ +0062aea0: 4661 7374 7152 6561 6465 7228 293c 2f61 FastqReader() - Constructor │ │ │ │ +0062aec0: 666f 7220 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 for class org.bi │ │ │ │ +0062aed0: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e67 656e 6f6d ojava.nbio.genom │ │ │ │ +0062aee0: 652e 696f 2e66 6173 7471 2e3c 6120 6872 e.io.fastq.S │ │ │ │ +0062af60: 6f6c 6578 6146 6173 7471 5265 6164 6572 olexaFastqReader │ │ │ │ +0062af70: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e .
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.
solve(M │ │ │ │ +0062b8b0: 6174 7269 7829 3c2f 613e 202d 204d 6574 atrix) - Met │ │ │ │ +0062b8c0: 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 hod in class org │ │ │ │ +0062b8d0: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 .biojava.nbio.st │ │ │ │ +0062b8e0: 7275 6374 7572 652e 6a61 6d61 2e3c 6120 ructure.jama.CholeskyDecom │ │ │ │ +0062b970: 706f 7369 7469 6f6e 3c2f 613e 3c2f 6474 position
.
.
Solve │ │ │ │ +0062b9a0: 412a 5820 3d20 423c 2f64 6976 3e0a 3c2f A*X = B
..
so │ │ │ │ +0062ba40: 6c76 6528 4d61 7472 6978 293c 2f61 3e20 lve(Matrix) │ │ │ │ +0062ba50: 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 - Method in clas │ │ │ │ +0062ba60: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ +0062ba70: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e6a 616d io.structure.jam │ │ │ │ +0062ba80: 612e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 a.LUDecompositio │ │ │ │ +0062bb00: 6e3c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a n
.
. │ │ │ │ +0062bb10: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
Solve A*X = B │ │ │ │ +0062bb30: 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474
.
.
so │ │ │ │ +0062bbc0: 6c76 6528 4d61 7472 6978 293c 2f61 3e20 lve(Matrix) │ │ │ │ +0062bbd0: 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 - Method in clas │ │ │ │ +0062bbe0: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ +0062bbf0: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e6a 616d io.structure.jam │ │ │ │ +0062bc00: 612e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 a.Matrix< │ │ │ │ +0062bc70: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 /a>
.
.Solve A*X = B.
.
< │ │ │ │ +0062bcb0: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ +0062bcc0: 6176 612f 6e62 696f 2f73 7472 7563 7475 ava/nbio/structu │ │ │ │ +0062bcd0: 7265 2f6a 616d 612f 5152 4465 636f 6d70 re/jama/QRDecomp │ │ │ │ +0062bce0: 6f73 6974 696f 6e2e 6874 6d6c 2373 6f6c osition.html#sol │ │ │ │ +0062bcf0: 7665 286f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ve(org.biojava.n │ │ │ │ +0062bd00: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 6a61 bio.structure.ja │ │ │ │ +0062bd10: 6d61 2e4d 6174 7269 7829 2220 636c 6173 ma.Matrix)" clas │ │ │ │ +0062bd20: 733d 226d 656d 6265 722d 6e61 6d65 2d6c s="member-name-l │ │ │ │ +0062bd30: 696e 6b22 3e73 6f6c 7665 284d 6174 7269 ink">solve(Matri │ │ │ │ +0062bd40: 7829 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f 6420 x) - Method │ │ │ │ +0062bd50: 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f in class org.bio │ │ │ │ +0062bd60: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 java.nbio.struct │ │ │ │ +0062bd70: 7572 652e 6a61 6d61 2e3c 6120 6872 6566 ure.jama.QRDecom │ │ │ │ +0062bdf0: 706f 7369 7469 6f6e 3c2f 613e 3c2f 6474 position
.
.
Least │ │ │ │ +0062be20: 7371 7561 7265 7320 736f 6c75 7469 6f6e squares solution │ │ │ │ +0062be30: 206f 6620 412a 5820 3d20 423c 2f64 6976 of A*X = B
.
.
SOLV │ │ │ │ +0062bed0: 454e 5441 4343 4553 5349 4249 4c49 5459 ENTACCESSIBILITY │ │ │ │ +0062bee0: 3c2f 613e 202d 2045 6e75 6d20 636f 6e73 - Enum cons │ │ │ │ +0062bef0: 7461 6e74 2069 6e20 656e 756d 2063 6c61 tant in enum cla │ │ │ │ +0062bf00: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ +0062bf10: 6269 6f2e 6161 7072 6f70 6572 7469 6573 bio.aaproperties │ │ │ │ +0062bf20: 2e70 726f 6665 6174 2e3c 6120 6872 6566 .profeat.IProfeatP │ │ │ │ +0062bfc0: 726f 7065 7274 6965 732e 4154 5452 4942 roperties.ATTRIB │ │ │ │ +0062bfd0: 5554 453c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 UTE
.
 
.
solveTran │ │ │ │ +0062c080: 7370 6f73 6528 4d61 7472 6978 293c 2f61 spose(Matrix) - Method in cl │ │ │ │ +0062c0a0: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ +0062c0b0: 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e6a nbio.structure.j │ │ │ │ +0062c0c0: 616d 612e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 ama.Matri │ │ │ │ +0062c130: 783c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a x
.
. │ │ │ │ +0062c140: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
Solve X*A = B │ │ │ │ +0062c160: 2c20 7768 6963 6820 6973 2061 6c73 6f20 , which is also │ │ │ │ +0062c170: 4127 2a58 2720 3d20 4227 3c2f 6469 763e A'*X' = B'
│ │ │ │ +0062c180: 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 .
.
SOPair(St │ │ │ │ +0062c210: 7269 6e67 2c20 696e 7429 3c2f 613e 202d ring, int) - │ │ │ │ +0062c220: 2043 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2066 6f72 Constructor for │ │ │ │ +0062c230: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ +0062c240: 7661 2e6e 6269 6f2e 6f6e 746f 6c6f 6779 va.nbio.ontology │ │ │ │ +0062c250: 2e6f 626f 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .obo.OboFilePar │ │ │ │ +0062c2d0: 7365 722e 534f 5061 6972 3c2f 613e 3c2f ser.SOPair.
 .
SOPair(S │ │ │ │ +0062c380: 7472 696e 672c 2069 6e74 2c20 696e 7429 tring, int, int) │ │ │ │ +0062c390: 3c2f 613e 202d 2043 6f6e 7374 7275 6374 - Construct │ │ │ │ +0062c3a0: 6f72 2066 6f72 2063 6c61 7373 206f 7267 or for class org │ │ │ │ +0062c3b0: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 6f6e .biojava.nbio.on │ │ │ │ +0062c3c0: 746f 6c6f 6779 2e6f 626f 2e3c 6120 6872 tology.obo.OboF │ │ │ │ +0062c440: 696c 6550 6172 7365 722e 534f 5061 6972 ileParser.SOPair │ │ │ │ +0062c450: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e
.
&n │ │ │ │ +0062c460: 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 bsp;
.
sort() - Method in cl │ │ │ │ +0062c4f0: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ +0062c500: 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e63 nbio.structure.c │ │ │ │ +0062c510: 6f6e 7461 6374 2e3c 6120 6872 6566 3d22 ontact.StructureInt │ │ │ │ +0062c5a0: 6572 6661 6365 4c69 7374 3c2f 613e 3c2f erfaceList.
.
Sort │ │ │ │ +0062c5d0: 7320 7468 6520 696e 7465 7266 6163 6520 s the interface │ │ │ │ +0062c5e0: 6c69 7374 2061 6e64 2072 6561 7373 6967 list and reassig │ │ │ │ +0062c5f0: 6e73 2069 6473 2062 6173 6564 206f 6e20 ns ids based on │ │ │ │ +0062c600: 6e65 7720 736f 7274 696e 673c 2f64 6976 new sorting
.
.
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│ │ │ │ +0062c810: 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e .
 
│ │ │ │ +0062c820: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
sortBlocks(Lis │ │ │ │ +0062c8c0: 7426 6c74 3b42 6c6f 636b 2667 743b 2c20 t<Block>, │ │ │ │ +0062c8d0: 696e 7429 3c2f 613e 202d 2053 7461 7469 int) - Stati │ │ │ │ +0062c8e0: 6320 6d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 c method in clas │ │ │ │ +0062c8f0: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ +0062c900: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e61 6c69 io.structure.ali │ │ │ │ +0062c910: 676e 2e6d 756c 7469 706c 652e 7574 696c gn.multiple.util │ │ │ │ +0062c920: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 .MultipleAl │ │ │ │ +0062c9c0: 6967 6e6d 656e 7454 6f6f 6c73 3c2f 613e ignmentTools │ │ │ │ +0062c9d0: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c 6469 7620
.
.
So │ │ │ │ +0062c9f0: 7274 2062 6c6f 636b 7320 736f 2074 6861 rt blocks so tha │ │ │ │ +0062ca00: 7420 7468 6520 7370 6563 6966 6965 6420 t the specified │ │ │ │ +0062ca10: 726f 7720 6973 2069 6e20 7365 7175 656e row is in sequen │ │ │ │ +0062ca20: 7469 616c 206f 7264 6572 2e3c 2f64 6976 tial order.
.
.
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.
 
.
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. │ │ │ │ +0062cd60: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
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Subunit │ │ │ │ -00646580: 436c 7573 7465 7228 5375 6275 6e69 7429 Cluster(Subunit) │ │ │ │ -00646590: 3c2f 613e 202d 2043 6f6e 7374 7275 6374 - Construct │ │ │ │ -006465a0: 6f72 2066 6f72 2063 6c61 7373 206f 7267 or for class org │ │ │ │ -006465b0: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 .biojava.nbio.st │ │ │ │ -006465c0: 7275 6374 7572 652e 636c 7573 7465 722e ructure.cluster. │ │ │ │ -006465d0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f SubunitClus │ │ │ │ -00646650: 7465 723c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 ter
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A copy │ │ │ │ -00646870: 636f 6e73 7472 7563 746f 7220 7769 7468 constructor with │ │ │ │ -00646880: 2074 6865 2070 6f73 7369 6269 6c69 7479 the possibility │ │ │ │ -00646890: 206f 6620 7265 6d6f 7669 6e67 2073 7562 of removing sub │ │ │ │ -006468a0: 756e 6974 732e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 units.
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..
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.
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.
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..
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.< │ │ │ │ -0064cb20: 6469 7620 636c 6173 733d 2262 6c6f 636b div class="block │ │ │ │ -0064cb30: 223e 436f 6e73 7472 7563 746f 7220 666f ">Constructor fo │ │ │ │ -0064cb40: 7220 7468 6520 5356 4420 7375 7065 7270 r the SVD superp │ │ │ │ -0064cb50: 6f73 6974 696f 6e20 616c 676f 7269 7468 osition algorith │ │ │ │ -0064cb60: 6d2e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c m.
..< │ │ │ │ -0064cb70: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>SUPPORT - Static vari │ │ │ │ -0064cbe0: 6162 6c65 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 able in class or │ │ │ │ -0064cbf0: 672e 666f 7265 7374 6572 2e69 6f2e 7061 g.forester.io.pa │ │ │ │ -0064cc00: 7273 6572 732e 6e68 782e 3c61 2068 7265 rsers.nhx.NHXtag │ │ │ │ -0064cc70: 733c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 s.
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Data St │ │ │ │ -006514a0: 7275 6374 7572 6520 7468 6174 2073 746f ructure that sto │ │ │ │ -006514b0: 7265 7320 616c 6c20 7468 6520 7379 6d6d res all the symm │ │ │ │ -006514c0: 6574 7279 2061 7869 7320 7468 6174 2064 etry axis that d │ │ │ │ -006514d0: 6573 6372 6962 650a 2074 6865 2073 796d escribe. the sym │ │ │ │ -006514e0: 6d65 7472 7920 6f66 2061 2073 7472 7563 metry of a struc │ │ │ │ -006514f0: 7475 7265 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 ture.
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.
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.. │ │ │ │ -00651ec0: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
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..
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..
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.< │ │ │ │ -006b5aa0: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>valueOf( │ │ │ │ -006b5b20: 5374 7269 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 5374 String) - St │ │ │ │ -006b5b30: 6174 6963 206d 6574 686f 6420 696e 2065 atic method in e │ │ │ │ -006b5b40: 6e75 6d20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 num class org.bi │ │ │ │ -006b5b50: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e63 6f72 652e ojava.nbio.core. │ │ │ │ -006b5b60: 7365 7175 656e 6365 2e74 7261 6e73 6372 sequence.transcr │ │ │ │ -006b5b70: 6970 7469 6f6e 2e3c 6120 6872 6566 3d22 iption.Fram │ │ │ │ -006b5c00: 653c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a e.
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. │ │ │ │ -006b5e20: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
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Returns th │ │ │ │ -006b5fb0: 6520 656e 756d 2063 6f6e 7374 616e 7420 e enum constant │ │ │ │ -006b5fc0: 6f66 2074 6869 7320 636c 6173 7320 7769 of this class wi │ │ │ │ -006b5fd0: 7468 2074 6865 2073 7065 6369 6669 6564 th the specified │ │ │ │ -006b5fe0: 206e 616d 652e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 name.
..
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.
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. │ │ │ │ -006b6680: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
value │ │ │ │ -006b6700: 4f66 2853 7472 696e 6729 3c2f 613e 202d Of(String) - │ │ │ │ -006b6710: 2053 7461 7469 6320 6d65 7468 6f64 2069 Static method i │ │ │ │ -006b6720: 6e20 656e 756d 2063 6c61 7373 206f 7267 n enum class org │ │ │ │ -006b6730: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 726f .biojava.nbio.ro │ │ │ │ -006b6740: 6e6e 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f nn.Ron │ │ │ │ -006b67b0: 6e43 6f6e 7374 7261 696e 742e 5468 7265 nConstraint.Thre │ │ │ │ -006b67c0: 7368 6f6c 643c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c shold
.< │ │ │ │ -006b67d0: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
Returns t │ │ │ │ -006b67f0: 6865 2065 6e75 6d20 636f 6e73 7461 6e74 he enum constant │ │ │ │ -006b6800: 206f 6620 7468 6973 2063 6c61 7373 2077 of this class w │ │ │ │ -006b6810: 6974 6820 7468 6520 7370 6563 6966 6965 ith the specifie │ │ │ │ -006b6820: 6420 6e61 6d65 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f d name.
..
val │ │ │ │ -006b68c0: 7565 4f66 2853 7472 696e 6729 3c2f 613e ueOf(String) │ │ │ │ -006b68d0: 202d 2053 7461 7469 6320 6d65 7468 6f64 - Static method │ │ │ │ -006b68e0: 2069 6e20 656e 756d 2063 6c61 7373 206f in enum class o │ │ │ │ -006b68f0: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ -006b6900: 7374 7275 6374 7572 652e 616c 6967 6e2e structure.align. │ │ │ │ -006b6910: 6365 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f ce.C │ │ │ │ -006b69a0: 4543 5050 6172 616d 6574 6572 732e 4475 ECPParameters.Du │ │ │ │ -006b69b0: 706c 6963 6174 696f 6e48 696e 743c 2f61 plicationHint
.
.
R │ │ │ │ -006b69e0: 6574 7572 6e73 2074 6865 2065 6e75 6d20 eturns the enum │ │ │ │ -006b69f0: 636f 6e73 7461 6e74 206f 6620 7468 6973 constant of this │ │ │ │ -006b6a00: 2063 6c61 7373 2077 6974 6820 7468 6520 class with the │ │ │ │ -006b6a10: 7370 6563 6966 6965 6420 6e61 6d65 2e3c specified name.< │ │ │ │ -006b6a20: 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e /div>.
.
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.Returns the enu │ │ │ │ -006b6be0: 6d20 636f 6e73 7461 6e74 206f 6620 7468 m constant of th │ │ │ │ -006b6bf0: 6973 2063 6c61 7373 2077 6974 6820 7468 is class with th │ │ │ │ -006b6c00: 6520 7370 6563 6966 6965 6420 6e61 6d65 e specified name │ │ │ │ -006b6c10: 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 ..
.valueOf(String) │ │ │ │ -006b6cb0: 3c2f 613e 202d 2053 7461 7469 6320 6d65 - Static me │ │ │ │ -006b6cc0: 7468 6f64 2069 6e20 656e 756d 2063 6c61 thod in enum cla │ │ │ │ -006b6cd0: 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e ss org.biojava.n │ │ │ │ -006b6ce0: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 616c bio.structure.al │ │ │ │ -006b6cf0: 6967 6e2e 636c 6965 6e74 2e3c 6120 6872 ign.client.StructureNa │ │ │ │ -006b6d90: 6d65 2e53 6f75 7263 653c 2f61 3e3c 2f64 me.Source.
.
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.
.
valueOf(Str │ │ │ │ -006b6e90: 696e 6729 3c2f 613e 202d 2053 7461 7469 ing) - Stati │ │ │ │ -006b6ea0: 6320 6d65 7468 6f64 2069 6e20 656e 756d c method in enum │ │ │ │ -006b6eb0: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ -006b6ec0: 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 va.nbio.structur │ │ │ │ -006b6ed0: 652e 616c 6967 6e2e 7175 6174 6572 6e61 e.align.quaterna │ │ │ │ -006b6ee0: 7279 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f ry.QsRel │ │ │ │ -006b6f70: 6174 696f 6e3c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c ation
.< │ │ │ │ -006b6f80: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
Returns t │ │ │ │ -006b6fa0: 6865 2065 6e75 6d20 636f 6e73 7461 6e74 he enum constant │ │ │ │ -006b6fb0: 206f 6620 7468 6973 2063 6c61 7373 2077 of this class w │ │ │ │ -006b6fc0: 6974 6820 7468 6520 7370 6563 6966 6965 ith the specifie │ │ │ │ -006b6fd0: 6420 6e61 6d65 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f d name.
..
va │ │ │ │ -006b7050: 6c75 654f 6628 5374 7269 6e67 293c 2f61 lueOf(String) - Static metho │ │ │ │ -006b7070: 6420 696e 2065 6e75 6d20 636c 6173 7320 d in enum class │ │ │ │ -006b7080: 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f org.biojava.nbio │ │ │ │ -006b7090: 2e73 7472 7563 7475 7265 2e3c 6120 6872 .structure.B │ │ │ │ -006b7100: 6f6e 6454 7970 653c 2f61 3e3c 2f64 743e ondType
│ │ │ │ -006b7110: 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 .
.
Returns │ │ │ │ -006b7130: 2074 6865 2065 6e75 6d20 636f 6e73 7461 the enum consta │ │ │ │ -006b7140: 6e74 206f 6620 7468 6973 2063 6c61 7373 nt of this class │ │ │ │ -006b7150: 2077 6974 6820 7468 6520 7370 6563 6966 with the specif │ │ │ │ -006b7160: 6965 6420 6e61 6d65 2e3c 2f64 6976 3e0a ied name.
. │ │ │ │ -006b7170: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
valueOf │ │ │ │ -006b71f0: 2853 7472 696e 6729 3c2f 613e 202d 2053 (String) - S │ │ │ │ -006b7200: 7461 7469 6320 6d65 7468 6f64 2069 6e20 tatic method in │ │ │ │ -006b7210: 656e 756d 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 enum class org.b │ │ │ │ -006b7220: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 iojava.nbio.stru │ │ │ │ -006b7230: 6374 7572 652e 6361 7468 2e3c 6120 6872 cture.cath.Cat │ │ │ │ -006b72b0: 6843 6174 6567 6f72 793c 2f61 3e3c 2f64 hCategory.
.
Retur │ │ │ │ -006b72e0: 6e73 2074 6865 2065 6e75 6d20 636f 6e73 ns the enum cons │ │ │ │ -006b72f0: 7461 6e74 206f 6620 7468 6973 2063 6c61 tant of this cla │ │ │ │ -006b7300: 7373 2077 6974 6820 7468 6520 7370 6563 ss with the spec │ │ │ │ -006b7310: 6966 6965 6420 6e61 6d65 2e3c 2f64 6976 ified name.
.
.
valueOf( │ │ │ │ -006b73b0: 5374 7269 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 5374 String) - St │ │ │ │ -006b73c0: 6174 6963 206d 6574 686f 6420 696e 2065 atic method in e │ │ │ │ -006b73d0: 6e75 6d20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 num class org.bi │ │ │ │ -006b73e0: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ -006b73f0: 7475 7265 2e63 6c75 7374 6572 2e3c 6120 ture.cluster.S │ │ │ │ -006b7480: 7562 756e 6974 436c 7573 7465 7265 724d ubunitClustererM │ │ │ │ -006b7490: 6574 686f 643c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c ethod
.< │ │ │ │ -006b74a0: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
Returns t │ │ │ │ -006b74c0: 6865 2065 6e75 6d20 636f 6e73 7461 6e74 he enum constant │ │ │ │ -006b74d0: 206f 6620 7468 6973 2063 6c61 7373 2077 of this class w │ │ │ │ -006b74e0: 6974 6820 7468 6520 7370 6563 6966 6965 ith the specifie │ │ │ │ -006b74f0: 6420 6e61 6d65 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f d name.
..
val │ │ │ │ -006b7570: 7565 4f66 2853 7472 696e 6729 3c2f 613e ueOf(String) │ │ │ │ -006b7580: 202d 2053 7461 7469 6320 6d65 7468 6f64 - Static method │ │ │ │ -006b7590: 2069 6e20 656e 756d 2063 6c61 7373 206f in enum class o │ │ │ │ -006b75a0: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ -006b75b0: 7374 7275 6374 7572 652e 3c61 2068 7265 structure.Ele │ │ │ │ -006b7620: 6d65 6e74 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 ment
..
Returns th │ │ │ │ -006b7650: 6520 656e 756d 2063 6f6e 7374 616e 7420 e enum constant │ │ │ │ -006b7660: 6f66 2074 6869 7320 636c 6173 7320 7769 of this class wi │ │ │ │ -006b7670: 7468 2074 6865 2073 7065 6369 6669 6564 th the specified │ │ │ │ -006b7680: 206e 616d 652e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 name.
..
│ │ │ │ -006b7700: 7661 6c75 654f 6628 5374 7269 6e67 293c valueOf(String)< │ │ │ │ -006b7710: 2f61 3e20 2d20 5374 6174 6963 206d 6574 /a> - Static met │ │ │ │ -006b7720: 686f 6420 696e 2065 6e75 6d20 636c 6173 hod in enum clas │ │ │ │ -006b7730: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ -006b7740: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e3c 6120 io.structure.ElementType< │ │ │ │ -006b77c0: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 /a>
.
.Returns the enu │ │ │ │ -006b77f0: 6d20 636f 6e73 7461 6e74 206f 6620 7468 m constant of th │ │ │ │ -006b7800: 6973 2063 6c61 7373 2077 6974 6820 7468 is class with th │ │ │ │ -006b7810: 6520 7370 6563 6966 6965 6420 6e61 6d65 e specified name │ │ │ │ -006b7820: 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 ..
.valueO │ │ │ │ -006b78a0: 6628 5374 7269 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 f(String) - │ │ │ │ -006b78b0: 5374 6174 6963 206d 6574 686f 6420 696e Static method in │ │ │ │ -006b78c0: 2065 6e75 6d20 636c 6173 7320 6f72 672e enum class org. │ │ │ │ -006b78d0: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 biojava.nbio.str │ │ │ │ -006b78e0: 7563 7475 7265 2e3c 6120 6872 6566 3d22 ucture.Ent │ │ │ │ -006b7950: 6974 7954 7970 653c 2f61 3e3c 2f64 743e ityType │ │ │ │ -006b7960: 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 .
.
Returns │ │ │ │ -006b7980: 2074 6865 2065 6e75 6d20 636f 6e73 7461 the enum consta │ │ │ │ -006b7990: 6e74 206f 6620 7468 6973 2063 6c61 7373 nt of this class │ │ │ │ -006b79a0: 2077 6974 6820 7468 6520 7370 6563 6966 with the specif │ │ │ │ -006b79b0: 6965 6420 6e61 6d65 2e3c 2f64 6976 3e0a ied name.
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..
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..
Returns th │ │ │ │ -006bb540: 6520 656e 756d 2063 6f6e 7374 616e 7420 e enum constant │ │ │ │ -006bb550: 6f66 2074 6869 7320 636c 6173 7320 7769 of this class wi │ │ │ │ -006bb560: 7468 2074 6865 2073 7065 6369 6669 6564 th the specified │ │ │ │ -006bb570: 206e 616d 652e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 name.
..
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.< │ │ │ │ -006bb700: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
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..
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.valueO │ │ │ │ -006bb9d0: 6628 5374 7269 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 f(String) - │ │ │ │ -006bb9e0: 5374 6174 6963 206d 6574 686f 6420 696e Static method in │ │ │ │ -006bb9f0: 2065 6e75 6d20 636c 6173 7320 6f72 672e enum class org. │ │ │ │ -006bba00: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e77 732e biojava.nbio.ws. │ │ │ │ -006bba10: 616c 6967 6e6d 656e 742e 7162 6c61 7374 alignment.qblast │ │ │ │ -006bba20: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 .BlastProgramEnu │ │ │ │ -006bbab0: 6d3c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a m.
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Returns the e │ │ │ │ -006bbae0: 6e75 6d20 636f 6e73 7461 6e74 206f 6620 num constant of │ │ │ │ -006bbaf0: 7468 6973 2063 6c61 7373 2077 6974 6820 this class with │ │ │ │ -006bbb00: 7468 6520 7370 6563 6966 6965 6420 6e61 the specified na │ │ │ │ -006bbb10: 6d65 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a me.
.
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.
< │ │ │ │ -006bbcf0: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 666f 7265 a href="org/fore │ │ │ │ -006bbd00: 7374 6572 2f61 7263 6861 656f 7074 6572 ster/archaeopter │ │ │ │ -006bbd10: 7978 2f43 6f6e 6669 6775 7261 7469 6f6e yx/Configuration │ │ │ │ -006bbd20: 2e45 5854 5f4e 4f44 455f 4441 5441 5f52 .EXT_NODE_DATA_R │ │ │ │ -006bbd30: 4554 5552 4e5f 4f4e 2e68 746d 6c23 7661 ETURN_ON.html#va │ │ │ │ -006bbd40: 6c75 654f 6628 6a61 7661 2e6c 616e 672e lueOf(java.lang. │ │ │ │ -006bbd50: 5374 7269 6e67 2922 2063 6c61 7373 3d22 String)" class=" │ │ │ │ -006bbd60: 6d65 6d62 6572 2d6e 616d 652d 6c69 6e6b member-name-link │ │ │ │ -006bbd70: 223e 7661 6c75 654f 6628 5374 7269 6e67 ">valueOf(String │ │ │ │ -006bbd80: 293c 2f61 3e20 2d20 5374 6174 6963 206d ) - Static m │ │ │ │ -006bbd90: 6574 686f 6420 696e 2065 6e75 6d20 636c ethod in enum cl │ │ │ │ -006bbda0: 6173 7320 6f72 672e 666f 7265 7374 6572 ass org.forester │ │ │ │ -006bbdb0: 2e61 7263 6861 656f 7074 6572 7978 2e3c .archaeopteryx.< │ │ │ │ -006bbdc0: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 666f 7265 a href="org/fore │ │ │ │ -006bbdd0: 7374 6572 2f61 7263 6861 656f 7074 6572 ster/archaeopter │ │ │ │ -006bbde0: 7978 2f43 6f6e 6669 6775 7261 7469 6f6e yx/Configuration │ │ │ │ -006bbdf0: 2e45 5854 5f4e 4f44 455f 4441 5441 5f52 .EXT_NODE_DATA_R │ │ │ │ -006bbe00: 4554 5552 4e5f 4f4e 2e68 746d 6c22 2074 ETURN_ON.html" t │ │ │ │ -006bbe10: 6974 6c65 3d22 656e 756d 2063 6c61 7373 itle="enum class │ │ │ │ -006bbe20: 2069 6e20 6f72 672e 666f 7265 7374 6572 in org.forester │ │ │ │ -006bbe30: 2e61 7263 6861 656f 7074 6572 7978 223e .archaeopteryx"> │ │ │ │ -006bbe40: 436f 6e66 6967 7572 6174 696f 6e2e 4558 Configuration.EX │ │ │ │ -006bbe50: 545f 4e4f 4445 5f44 4154 415f 5245 5455 T_NODE_DATA_RETU │ │ │ │ -006bbe60: 524e 5f4f 4e3c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c RN_ON
.< │ │ │ │ -006bbe70: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
Returns t │ │ │ │ -006bbe90: 6865 2065 6e75 6d20 636f 6e73 7461 6e74 he enum constant │ │ │ │ -006bbea0: 206f 6620 7468 6973 2063 6c61 7373 2077 of this class w │ │ │ │ -006bbeb0: 6974 6820 7468 6520 7370 6563 6966 6965 ith the specifie │ │ │ │ -006bbec0: 6420 6e61 6d65 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f d name.
..
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.Returns the enu │ │ │ │ -006bc040: 6d20 636f 6e73 7461 6e74 206f 6620 7468 m constant of th │ │ │ │ -006bc050: 6973 2063 6c61 7373 2077 6974 6820 7468 is class with th │ │ │ │ -006bc060: 6520 7370 6563 6966 6965 6420 6e61 6d65 e specified name │ │ │ │ -006bc070: 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 ..
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.. │ │ │ │ -006c95f0: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
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. │ │ │ │ -006cb870: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
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Sto │ │ │ │ +006367e0: 6963 6869 6f6d 6574 7279 284c 6973 7426 ichiometry(List& │ │ │ │ +006367f0: 6c74 3b53 7562 756e 6974 436c 7573 7465 lt;SubunitCluste │ │ │ │ +00636800: 7226 6774 3b2c 2046 756e 6374 696f 6e26 r>, Function& │ │ │ │ +00636810: 6c74 3b4c 6973 7426 6c74 3b53 7562 756e lt;List<Subun │ │ │ │ +00636820: 6974 436c 7573 7465 7226 6774 3b2c 2053 itCluster>, S │ │ │ │ +00636830: 7472 696e 6726 6774 3b29 3c2f 613e 202d tring>) - │ │ │ │ +00636840: 2043 6f6e 7374 7275 6374 6f72 2066 6f72 Constructor for │ │ │ │ +00636850: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ +00636860: 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 va.nbio.structur │ │ │ │ +00636870: 652e 7379 6d6d 6574 7279 2e63 6f72 652e e.symmetry.core. │ │ │ │ +00636880: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f │ │ │ │ +00636900: 5374 6f69 6368 696f 6d65 7472 793c 2f61 Stoichiometry
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Stoichiome │ │ │ │ +00636a30: 7472 7928 4c69 7374 266c 743b 5375 6275 try(List<Subu │ │ │ │ +00636a40: 6e69 7443 6c75 7374 6572 2667 743b 2c20 nitCluster>, │ │ │ │ +00636a50: 5374 6f69 6368 696f 6d65 7472 792e 5374 Stoichiometry.St │ │ │ │ +00636a60: 7269 6e67 4f76 6572 666c 6f77 5374 7261 ringOverflowStra │ │ │ │ +00636a70: 7465 6779 293c 2f61 3e20 2d20 436f 6e73 tegy) - Cons │ │ │ │ +00636a80: 7472 7563 746f 7220 666f 7220 636c 6173 tructor for clas │ │ │ │ +00636a90: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ +00636aa0: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e73 796d io.structure.sym │ │ │ │ +00636ab0: 6d65 7472 792e 636f 7265 2e3c 6120 6872 metry.core.Stoic │ │ │ │ +00636b40: 6869 6f6d 6574 7279 3c2f 613e 3c2f 6474 hiometry
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..
SubunitCluste │ │ │ │ +00646230: 723c 2f61 3e20 2d20 436c 6173 7320 696e r - Class in │ │ │ │ +00646240: 203c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 org.biojava.n │ │ │ │ +00646290: 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e 636c bio.structure.cl │ │ │ │ +006462a0: 7573 7465 723c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c uster
.< │ │ │ │ +006462b0: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
A Subunit │ │ │ │ +006462d0: 436c 7573 7465 7220 636f 6e74 6169 6e73 Cluster contains │ │ │ │ +006462e0: 2061 2073 6574 206f 6620 6571 7569 7661 a set of equiva │ │ │ │ +006462f0: 6c65 6e74 203c 6120 6872 6566 3d22 6f72 lent QuatSymmetrySu │ │ │ │ +00646390: 6275 6e69 7473 3c2f 636f 6465 3e3c 2f61 bunits,. the set of e │ │ │ │ +006463b0: 7175 6976 616c 656e 7420 7265 7369 6475 quivalent residu │ │ │ │ +006463c0: 6573 2028 4551 5229 2062 6574 7765 656e es (EQR) between │ │ │ │ +006463d0: 203c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 < │ │ │ │ +00646440: 636f 6465 3e53 7562 756e 6974 3c2f 636f code>Subunit and a. < │ │ │ │ +00646460: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ +00646470: 6176 612f 6e62 696f 2f73 7472 7563 7475 ava/nbio/structu │ │ │ │ +00646480: 7265 2f63 6c75 7374 6572 2f53 7562 756e re/cluster/Subun │ │ │ │ +00646490: 6974 2e68 746d 6c22 2074 6974 6c65 3d22 it.html" title=" │ │ │ │ +006464a0: 636c 6173 7320 696e 206f 7267 2e62 696f class in org.bio │ │ │ │ +006464b0: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 java.nbio.struct │ │ │ │ +006464c0: 7572 652e 636c 7573 7465 7222 3e3c 636f ure.cluster">Subunit representa │ │ │ │ +006464f0: 7469 7665 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 tive.
..
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. │ │ │ │ +00646680: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
A constructor │ │ │ │ +006466a0: 2066 726f 6d20 6120 7369 6e67 6c65 2053 from a single S │ │ │ │ +006466b0: 7562 756e 6974 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f ubunit.
..
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.< │ │ │ │ +00646870: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
A copy co │ │ │ │ +00646890: 6e73 7472 7563 746f 7220 7769 7468 2074 nstructor with t │ │ │ │ +006468a0: 6865 2070 6f73 7369 6269 6c69 7479 206f he possibility o │ │ │ │ +006468b0: 6620 7265 6d6f 7669 6e67 2073 7562 756e f removing subun │ │ │ │ +006468c0: 6974 732e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e its.
. │ │ │ │ +006468d0: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
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..
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.The SubunitClus │ │ │ │ +00646ce0: 7465 7265 724d 6574 686f 6420 656e 6e75 tererMethod ennu │ │ │ │ +00646cf0: 6d6d 6572 6174 6573 2061 6c6c 206d 6574 mmerates all met │ │ │ │ +00646d00: 686f 6473 2074 6861 7420 6361 6e20 6265 hods that can be │ │ │ │ +00646d10: 2075 7365 6420 746f 0a20 636c 7573 7465 used to. cluste │ │ │ │ +00646d20: 7220 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 r │ │ │ │ +00646d90: 3c63 6f64 653e 5375 6275 6e69 743c 2f63 Subunit in the │ │ │ │ +00646db0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f Subun │ │ │ │ +00646e30: 6974 436c 7573 7465 723c 2f63 6f64 653e itCluster │ │ │ │ +00646e40: 3c2f 613e 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 .
..
Su │ │ │ │ +00646ef0: 6275 6e69 7443 6c75 7374 6572 6572 5061 bunitClustererPa │ │ │ │ +00646f00: 7261 6d65 7465 7273 3c2f 613e 202d 2043 rameters - C │ │ │ │ +00646f10: 6c61 7373 2069 6e20 3c61 2068 7265 663d lass in org.bi │ │ │ │ +00646f60: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ +00646f70: 7475 7265 2e63 6c75 7374 6572 3c2f 613e ture.cluster │ │ │ │ +00646f80: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c 6469 7620
.
.
Th │ │ │ │ +00646fa0: 6520 5375 6275 6e69 7443 6c75 7374 6572 e SubunitCluster │ │ │ │ +00646fb0: 6572 5061 7261 6d65 7465 7273 2073 7065 erParameters spe │ │ │ │ +00646fc0: 6369 6669 6573 2074 6865 206f 7074 696f cifies the optio │ │ │ │ +00646fd0: 6e73 2075 7365 6420 666f 7220 7468 6520 ns used for the │ │ │ │ +00646fe0: 636c 7573 7465 7269 6e67 0a20 6f66 2074 clustering. of t │ │ │ │ +00646ff0: 6865 2073 7562 756e 6974 7320 696e 2073 he subunits in s │ │ │ │ +00647000: 7472 7563 7475 7265 7320 7573 696e 6720 tructures using │ │ │ │ +00647010: 7468 6520 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 the SubunitClustere │ │ │ │ +006470a0: 723c 2f63 6f64 653e 3c2f 613e 2e3c 2f64 r..
.
SubunitClustere │ │ │ │ +00647140: 7250 6172 616d 6574 6572 7328 293c 2f61 rParameters() - Constructor │ │ │ │ +00647160: 666f 7220 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 for class org.bi │ │ │ │ +00647170: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 7563 ojava.nbio.struc │ │ │ │ +00647180: 7475 7265 2e63 6c75 7374 6572 2e3c 6120 ture.cluster.Su │ │ │ │ +00647210: 6275 6e69 7443 6c75 7374 6572 6572 5061 bunitClustererPa │ │ │ │ +00647220: 7261 6d65 7465 7273 3c2f 613e 3c2f 6474 rameters
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..
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Super │ │ │ │ +0064c710: 506f 7369 7469 6f6e 7320 6973 2061 2043 Positions is a C │ │ │ │ +0064c720: 6c61 7373 2074 6861 7420 7072 6f76 6964 lass that provid │ │ │ │ +0064c730: 6573 2073 7461 7469 6320 6865 6c70 6572 es static helper │ │ │ │ +0064c740: 206d 6574 686f 6473 2061 6e64 2061 6e20 methods and an │ │ │ │ +0064c750: 6561 7379 0a20 6163 6365 7373 2074 6f20 easy. access to │ │ │ │ +0064c760: 7468 6520 7768 6f6c 6520 6661 6d69 6c79 the whole family │ │ │ │ +0064c770: 206f 6620 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 of SuperPositio │ │ │ │ +0064c800: 6e3c 2f63 6f64 653e 3c2f 613e 2061 6c67 n alg │ │ │ │ +0064c810: 6f72 6974 686d 732e 3c2f 6469 763e 0a3c orithms.
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│ │ │ │ +006545d0: 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e  
.
│ │ │ │ +006545e0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f SystemInfo( │ │ │ │ +00654650: 293c 2f61 3e20 2d20 436f 6e73 7472 7563 ) - Construc │ │ │ │ +00654660: 746f 7220 666f 7220 636c 6173 7320 6f72 tor for class or │ │ │ │ +00654670: 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 g.biojava.nbio.s │ │ │ │ +00654680: 7472 7563 7475 7265 2e61 6c69 676e 2e67 tructure.align.g │ │ │ │ +00654690: 7569 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f ui.SystemIn │ │ │ │ +00654710: 666f 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e fo
.
│ │ │ │ +00654720: 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c2f 646c  
..

T.
.
T< │ │ │ │ +006547d0: 2f61 3e20 2d20 456e 756d 2063 6f6e 7374 /a> - Enum const │ │ │ │ +006547e0: 616e 7420 696e 2065 6e75 6d20 636c 6173 ant in enum clas │ │ │ │ +006547f0: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ +00654800: 696f 2e61 6170 726f 7065 7274 6965 732e io.aaproperties. │ │ │ │ +00654810: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f Comm │ │ │ │ +00654890: 616e 6450 726f 6d70 742e 5072 6f70 6572 andPrompt.Proper │ │ │ │ +006548a0: 7479 4e61 6d65 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a tyName
. │ │ │ │ +006548b0: 3c64 643e 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a
 
. │ │ │ │ +006548c0: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
T - Enum co │ │ │ │ +00654940: 6e73 7461 6e74 2069 6e20 656e 756d 2063 nstant in enum c │ │ │ │ +00654950: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ +00654960: 2e6e 6269 6f2e 6161 7072 6f70 6572 7469 .nbio.aaproperti │ │ │ │ +00654970: 6573 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f es.Peptide │ │ │ │ +00654a00: 5072 6f70 6572 7469 6573 2e53 696e 676c Properties.Singl │ │ │ │ +00654a10: 654c 6574 7465 7241 4143 6f64 653c 2f61 eLetterAACode
.
  │ │ │ │ +00654a30: 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 ;
.
T - │ │ │ │ +00654a90: 456e 756d 2063 6f6e 7374 616e 7420 696e Enum constant in │ │ │ │ +00654aa0: 2065 6e75 6d20 636c 6173 7320 6f72 672e enum class org. │ │ │ │ +00654ab0: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 biojava.nbio.str │ │ │ │ +00654ac0: 7563 7475 7265 2e3c 6120 6872 6566 3d22 ucture.Elemen │ │ │ │ +00654b30: 743c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a t
.
. │ │ │ │ +00654b40: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
Tritium
│ │ │ │ +00654b60: 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 .
.
T - En │ │ │ │ +00654bf0: 756d 2063 6f6e 7374 616e 7420 696e 2065 um constant in e │ │ │ │ +00654c00: 6e75 6d20 636c 6173 7320 6f72 672e 666f num class org.fo │ │ │ │ +00654c10: 7265 7374 6572 2e65 766f 696e 6665 7265 rester.evoinfere │ │ │ │ +00654c20: 6e63 652e 6d61 7472 6978 2e63 6861 7261 nce.matrix.chara │ │ │ │ +00654c30: 6374 6572 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 cter.CharacterS │ │ │ │ +00654ce0: 7461 7465 4d61 7472 6978 2e4e 7563 6c65 tateMatrix.Nucle │ │ │ │ +00654cf0: 6f74 6964 6553 7461 7465 733c 2f61 3e3c otideStates< │ │ │ │ +00654d00: 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c /dt>.
 < │ │ │ │ +00654d10: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
T - Static vari │ │ │ │ +00654d80: 6162 6c65 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 able in class or │ │ │ │ +00654d90: 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e61 g.biojava.nbio.a │ │ │ │ +00654da0: 6170 726f 7065 7274 6965 732e 3c61 2068 aproperties.Constraints< │ │ │ │ +00654e20: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 /a>
.
&nb │ │ │ │ +00654e30: 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 sp;
.
T0 - │ │ │ │ +00654ea0: 456e 756d 2063 6f6e 7374 616e 7420 696e Enum constant in │ │ │ │ +00654eb0: 2065 6e75 6d20 636c 6173 7320 6f72 672e enum class org. │ │ │ │ +00654ec0: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e72 6f6e biojava.nbio.ron │ │ │ │ +00654ed0: 6e2e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 n.Ronn │ │ │ │ +00654f40: 436f 6e73 7472 6169 6e74 2e54 6872 6573 Constraint.Thres │ │ │ │ +00654f50: 686f 6c64 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 hold
. .T1 - Enum consta │ │ │ │ +00654fe0: 6e74 2069 6e20 656e 756d 2063 6c61 7373 nt in enum class │ │ │ │ +00654ff0: 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 org.biojava.nbi │ │ │ │ +00655000: 6f2e 726f 6e6e 2e3c 6120 6872 6566 3d22 o.ronn.RonnConstraint. │ │ │ │ +00655080: 5468 7265 7368 6f6c 643c 2f61 3e3c 2f64 Threshold.
 .
T2 - Enum c │ │ │ │ +00655110: 6f6e 7374 616e 7420 696e 2065 6e75 6d20 onstant in enum │ │ │ │ +00655120: 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 class org.biojav │ │ │ │ +00655130: 612e 6e62 696f 2e72 6f6e 6e2e 3c61 2068 a.nbio.ronn.RonnConstr │ │ │ │ +006551b0: 6169 6e74 2e54 6872 6573 686f 6c64 3c2f aint.Threshold
.
&nbs │ │ │ │ +006551d0: 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 p;
.
T3 - E │ │ │ │ +00655240: 6e75 6d20 636f 6e73 7461 6e74 2069 6e20 num constant in │ │ │ │ +00655250: 656e 756d 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 enum class org.b │ │ │ │ +00655260: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 726f 6e6e iojava.nbio.ronn │ │ │ │ +00655270: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 .RonnC │ │ │ │ +006552e0: 6f6e 7374 7261 696e 742e 5468 7265 7368 onstraint.Thresh │ │ │ │ +006552f0: 6f6c 643c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 old
.
 
.
T4 - Enum constan │ │ │ │ +00655380: 7420 696e 2065 6e75 6d20 636c 6173 7320 t in enum class │ │ │ │ +00655390: 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f org.biojava.nbio │ │ │ │ +006553a0: 2e72 6f6e 6e2e 3c61 2068 7265 663d 226f .ronn. │ │ │ │ +00655410: 526f 6e6e 436f 6e73 7472 6169 6e74 2e54 RonnConstraint.T │ │ │ │ +00655420: 6872 6573 686f 6c64 3c2f 613e 3c2f 6474 hreshold
.
 
.
│ │ │ │ +006554a0: 5435 3c2f 613e 202d 2045 6e75 6d20 636f T5 - Enum co │ │ │ │ +006554b0: 6e73 7461 6e74 2069 6e20 656e 756d 2063 nstant in enum c │ │ │ │ +006554c0: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ +006554d0: 2e6e 6269 6f2e 726f 6e6e 2e3c 6120 6872 .nbio.ronn.RonnConstra │ │ │ │ +00655550: 696e 742e 5468 7265 7368 6f6c 643c 2f61 int.Threshold
.
  │ │ │ │ +00655570: 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 ;
.
T6 - En │ │ │ │ +006555e0: 756d 2063 6f6e 7374 616e 7420 696e 2065 um constant in e │ │ │ │ +006555f0: 6e75 6d20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 num class org.bi │ │ │ │ +00655600: 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e72 6f6e 6e2e ojava.nbio.ronn. │ │ │ │ +00655610: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f RonnCo │ │ │ │ +00655680: 6e73 7472 6169 6e74 2e54 6872 6573 686f nstraint.Thresho │ │ │ │ +00655690: 6c64 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e ld
.
│ │ │ │ +006556a0: 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e  
.
│ │ │ │ +006556b0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f T7 │ │ │ │ +00655710: 202d 2045 6e75 6d20 636f 6e73 7461 6e74 - Enum constant │ │ │ │ +00655720: 2069 6e20 656e 756d 2063 6c61 7373 206f in enum class o │ │ │ │ +00655730: 7267 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e rg.biojava.nbio. │ │ │ │ +00655740: 726f 6e6e 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 ronn.R │ │ │ │ +006557b0: 6f6e 6e43 6f6e 7374 7261 696e 742e 5468 onnConstraint.Th │ │ │ │ +006557c0: 7265 7368 6f6c 643c 2f61 3e3c 2f64 743e reshold
│ │ │ │ +006557d0: 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e .
 
│ │ │ │ +006557e0: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
T │ │ │ │ +00655840: 383c 2f61 3e20 2d20 456e 756d 2063 6f6e 8 - Enum con │ │ │ │ +00655850: 7374 616e 7420 696e 2065 6e75 6d20 636c stant in enum cl │ │ │ │ +00655860: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ +00655870: 6e62 696f 2e72 6f6e 6e2e 3c61 2068 7265 nbio.ronn.RonnConstrai │ │ │ │ +006558f0: 6e74 2e54 6872 6573 686f 6c64 3c2f 613e nt.Threshold │ │ │ │ +00655900: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e 6273 703b
.
  │ │ │ │ +00655910: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
T9 - Enu │ │ │ │ +00655980: 6d20 636f 6e73 7461 6e74 2069 6e20 656e m constant in en │ │ │ │ +00655990: 756d 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f um class org.bio │ │ │ │ +006559a0: 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 726f 6e6e 2e3c java.nbio.ronn.< │ │ │ │ +006559b0: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ +006559c0: 6176 612f 6e62 696f 2f72 6f6e 6e2f 526f ava/nbio/ronn/Ro │ │ │ │ +006559d0: 6e6e 436f 6e73 7472 6169 6e74 2e54 6872 nnConstraint.Thr │ │ │ │ +006559e0: 6573 686f 6c64 2e68 746d 6c22 2074 6974 eshold.html" tit │ │ │ │ +006559f0: 6c65 3d22 656e 756d 2063 6c61 7373 2069 le="enum class i │ │ │ │ +00655a00: 6e20 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 n org.biojava.nb │ │ │ │ +00655a10: 696f 2e72 6f6e 6e22 3e52 6f6e 6e43 6f6e io.ronn">RonnCon │ │ │ │ +00655a20: 7374 7261 696e 742e 5468 7265 7368 6f6c straint.Threshol │ │ │ │ +00655a30: 643c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 d
.
& │ │ │ │ +00655a40: 6e62 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c nbsp;
.
< │ │ │ │ +00655a50: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ +00655a60: 6176 612f 6e62 696f 2f73 7472 7563 7475 ava/nbio/structu │ │ │ │ +00655a70: 7265 2f45 6c65 6d65 6e74 2e68 746d 6c23 re/Element.html# │ │ │ │ +00655a80: 5461 2220 636c 6173 733d 226d 656d 6265 Ta" class="membe │ │ │ │ +00655a90: 722d 6e61 6d65 2d6c 696e 6b22 3e54 613c r-name-link">Ta< │ │ │ │ +00655aa0: 2f61 3e20 2d20 456e 756d 2063 6f6e 7374 /a> - Enum const │ │ │ │ +00655ab0: 616e 7420 696e 2065 6e75 6d20 636c 6173 ant in enum clas │ │ │ │ +00655ac0: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ +00655ad0: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e3c 6120 io.structure. │ │ │ │ +00655b40: 456c 656d 656e 743c 2f61 3e3c 2f64 743e Element
│ │ │ │ +00655b50: 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e .
 
│ │ │ │ +00655b60: 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 .
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.
&nbs │ │ │ │ +00657dd0: 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 p;
.
TAXOMONY_ │ │ │ │ +00657e50: 534e 5f50 4154 5445 524e 5f47 454e 5553 SN_PATTERN_GENUS │ │ │ │ +00657e60: 3c2f 613e 202d 2053 7461 7469 6320 7661 - Static va │ │ │ │ +00657e70: 7269 6162 6c65 2069 6e20 636c 6173 7320 riable in class │ │ │ │ +00657e80: 6f72 672e 666f 7265 7374 6572 2e69 6f2e org.forester.io. │ │ │ │ +00657e90: 7061 7273 6572 732e 7574 696c 2e3c 6120 parsers.util.ParserUtils
.
&nbs │ │ │ │ +00657f20: 703b 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 p;
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.
T │ │ │ │ +006580e0: 4158 4f4d 4f4e 595f 534e 5f50 4154 5445 AXOMONY_SN_PATTE │ │ │ │ +006580f0: 524e 5f53 4e53 3c2f 613e 202d 2053 7461 RN_SNS - Sta │ │ │ │ +00658100: 7469 6320 7661 7269 6162 6c65 2069 6e20 tic variable in │ │ │ │ +00658110: 636c 6173 7320 6f72 672e 666f 7265 7374 class org.forest │ │ │ │ +00658120: 6572 2e69 6f2e 7061 7273 6572 732e 7574 er.io.parsers.ut │ │ │ │ +00658130: 696c 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f il.ParserU │ │ │ │ +006581a0: 7469 6c73 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 tils
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.
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.
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.
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TH │ │ │ │ +00661650: 524f 575f 4558 4345 5054 494f 4e3c 2f61 ROW_EXCEPTION - Enum constan │ │ │ │ +00661670: 7420 696e 2065 6e75 6d20 636c 6173 7320 t in enum class │ │ │ │ +00661680: 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f org.biojava.nbio │ │ │ │ +00661690: 2e73 7472 7563 7475 7265 2e69 6f2e 3c61 .structure.io.LocalPDBDirect │ │ │ │ +00661730: 6f72 792e 4f62 736f 6c65 7465 4265 6861 ory.ObsoleteBeha │ │ │ │ +00661740: 7669 6f72 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 vior
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.
times( │ │ │ │ +006625b0: 5370 6172 7365 5665 6374 6f72 293c 2f61 SparseVector) - Method in cl │ │ │ │ +006625d0: 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e ass org.biojava. │ │ │ │ +006625e0: 6e62 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e6d nbio.structure.m │ │ │ │ +006625f0: 6174 682e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 ath.SparseSqu │ │ │ │ +00662670: 6172 654d 6174 7269 783c 2f61 3e3c 2f64 areMatrix.
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toMMCIF() │ │ │ │ +0066a4b0: 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 - Method in clas │ │ │ │ +0066a4c0: 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 s org.biojava.nb │ │ │ │ +0066a4d0: 696f 2e73 7472 7563 7475 7265 2e63 6f6e io.structure.con │ │ │ │ +0066a4e0: 7461 6374 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 tact.St │ │ │ │ +0066a560: 7275 6374 7572 6549 6e74 6572 6661 6365 ructureInterface │ │ │ │ +0066a570: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c
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.to │ │ │ │ +0066a650: 4d4d 4349 4628 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 MMCIF() - Me │ │ │ │ +0066a660: 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 thod in class or │ │ │ │ +0066a670: 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 g.biojava.nbio.s │ │ │ │ +0066a680: 7472 7563 7475 7265 2e69 6f2e 3c61 2068 tructure.io.FileConvert< │ │ │ │ +0066a700: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 /a>.
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. │ │ │ │ +0066ac90: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
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t │ │ │ │ +0066fa70: 6f50 4442 2829 3c2f 613e 202d 204d 6574 oPDB() - Met │ │ │ │ +0066fa80: 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 hod in class org │ │ │ │ +0066fa90: 2e62 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 .biojava.nbio.st │ │ │ │ +0066faa0: 7275 6374 7572 652e 636f 6e74 6163 742e ructure.contact. │ │ │ │ +0066fab0: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f Structu │ │ │ │ +0066fb30: 7265 496e 7465 7266 6163 653c 2f61 3e3c reInterface< │ │ │ │ +0066fb40: 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 /dt>.
.
Ret │ │ │ │ +0066fb60: 7572 6e20 6120 5374 7269 6e67 2072 6570 urn a String rep │ │ │ │ +0066fb70: 7265 7365 6e74 696e 6720 7468 6520 3220 resenting the 2 │ │ │ │ +0066fb80: 6d6f 6c65 6375 6c65 7320 6f66 2074 6869 molecules of thi │ │ │ │ +0066fb90: 7320 696e 7465 7266 6163 6520 696e 2050 s interface in P │ │ │ │ +0066fba0: 4442 2066 6f72 6d61 742e 3c2f 6469 763e DB format.
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.
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. │ │ │ │ +0066fcb0: 3c64 643e 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d
.
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.
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│ │ │ │ +0066fe30: 0a3c 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 .
.
Convert │ │ │ │ +0066fe50: 2061 2073 7472 7563 7475 7265 2069 6e74 a structure int │ │ │ │ +0066fe60: 6f20 6120 5044 4220 6669 6c65 2e3c 2f64 o a PDB file..
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. .toPDB() - Method in c │ │ │ │ +00670010: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ +00670020: 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 652e .nbio.structure. │ │ │ │ +00670030: 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 2f62 696f │ │ │ │ +00670090: 5044 4248 6561 6465 723c 2f61 3e3c 2f64 PDBHeader.
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.< │ │ │ │ +006700f0: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
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.
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.
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.
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to │ │ │ │ +00670660: 5044 4228 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 PDB() - Meth │ │ │ │ +00670670: 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e od in class org. │ │ │ │ +00670680: 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e73 7472 biojava.nbio.str │ │ │ │ +00670690: 7563 7475 7265 2e3c 6120 6872 6566 3d22 ucture.Struc │ │ │ │ +00670700: 7475 7265 496d 706c 3c2f 613e 3c2f 6474 tureImpl
.
.
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.
.
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.
  │ │ │ │ +006708b0: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
.
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.
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.
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.
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.
.
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.
.Appends a PDB r │ │ │ │ +00670d30: 6570 7265 7365 6e74 6174 696f 6e20 6f66 epresentation of │ │ │ │ +00670d40: 2074 6865 2050 4442 2068 6561 6465 7220 the PDB header │ │ │ │ +00670d50: 746f 2074 6865 2070 726f 7669 6465 6420 to the provided │ │ │ │ +00670d60: 5374 7269 6e67 4275 6666 6572 3c2f 6469 StringBuffer.
.
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Re │ │ │ │ +0068c7b0: 7475 726e 7320 6120 666f 726d 6174 7465 turns a formatte │ │ │ │ +0068c7c0: 6420 7669 6577 206f 6620 7468 6520 616c d view of the al │ │ │ │ +0068c7d0: 6967 6e6d 656e 7420 7072 6f66 696c 652e ignment profile. │ │ │ │ +0068c7e0: 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474
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.
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..
Support fo │ │ │ │ +0068c9c0: 7220 6469 6666 6572 656e 7420 4d53 4120 r different MSA │ │ │ │ +0068c9d0: 666f 726d 6174 733c 2f64 6976 3e0a 3c2f formats
..
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Returns a fo │ │ │ │ +0068cbd0: 726d 6174 7465 6420 7669 6577 206f 6620 rmatted view of │ │ │ │ +0068cbe0: 7468 6520 616c 6967 6e6d 656e 7420 7072 the alignment pr │ │ │ │ +0068cbf0: 6f66 696c 652e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 ofile.
..
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.
.
Sh │ │ │ │ +0068cdb0: 6f72 7463 7574 2074 6f20 3c61 2068 7265 ortcut to SequenceM │ │ │ │ +0068ce50: 6978 696e 2e74 6f53 7472 696e 6742 7569 ixin.toStringBui │ │ │ │ +0068ce60: 6c64 6572 286f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lder(org.biojava │ │ │ │ +0068ce70: 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e73 6571 7565 .nbio.core.seque │ │ │ │ +0068ce80: 6e63 652e 7465 6d70 6c61 7465 2e53 6571 nce.template.Seq │ │ │ │ +0068ce90: 7565 6e63 6529 3c2f 636f 6465 3e3c 2f61 uence). which calls t │ │ │ │ +0068ceb0: 6f53 7472 696e 6728 2920 6f6e 2074 6865 oString() on the │ │ │ │ +0068cec0: 2072 6573 756c 7469 6e67 206f 626a 6563 resulting objec │ │ │ │ +0068ced0: 742e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c t.
.
.< │ │ │ │ +0068cee0: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>toS │ │ │ │ +0068cf40: 7472 696e 6742 7566 6665 7228 293c 2f61 tringBuffer() - Method in cl │ │ │ │ +0068cf60: 6173 7320 6f72 672e 666f 7265 7374 6572 ass org.forester │ │ │ │ +0068cf70: 2e70 726f 7465 696e 2e3c 6120 6872 6566 .protein.B │ │ │ │ +0068cfd0: 6173 6963 446f 6d61 696e 3c2f 613e 3c2f asicDomain.
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. │ │ │ │ +0068d150: 3c64 643e 266e 6273 703b 3c2f 6464 3e0a
 
. │ │ │ │ +0068d160: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
to │ │ │ │ +0068d1d0: 5374 7269 6e67 4275 6666 6572 2869 6e74 StringBuffer(int │ │ │ │ +0068d1e0: 2c20 6368 6172 2c20 696e 742c 2069 6e74 , char, int, int │ │ │ │ +0068d1f0: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ +0068d200: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 666f 7265 n class org.fore │ │ │ │ +0068d210: 7374 6572 2e75 7469 6c2e 3c61 2068 7265 ster.util.Asc │ │ │ │ +0068d270: 6969 4869 7374 6f67 7261 6d3c 2f61 3e3c iiHistogram< │ │ │ │ +0068d280: 2f64 743e 0a3c 6464 3e26 6e62 7370 3b3c /dt>.
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.
&nb │ │ │ │ +0068d5d0: 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 sp;
.
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.
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.
t │ │ │ │ +0068d870: 6f53 7472 696e 6742 7566 6665 7228 446f oStringBuffer(Do │ │ │ │ +0068d880: 6d61 696e 5369 6d69 6c61 7269 7479 2e50 mainSimilarity.P │ │ │ │ +0068d890: 5249 4e54 5f4f 5054 494f 4e2c 204d 6170 RINT_OPTION, Map │ │ │ │ +0068d8a0: 266c 743b 5374 7269 6e67 2c20 496e 7465 <String, Inte │ │ │ │ +0068d8b0: 6765 7226 6774 3b2c 2050 6879 6c6f 6765 ger>, Phyloge │ │ │ │ +0068d8c0: 6e79 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 ny) - Method │ │ │ │ +0068d8d0: 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 666f in class org.fo │ │ │ │ +0068d8e0: 7265 7374 6572 2e73 7572 6661 6369 6e67 rester.surfacing │ │ │ │ +0068d8f0: 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 666f . │ │ │ │ +0068d950: 446f 6d61 696e 5369 6d69 6c61 7269 7479 DomainSimilarity │ │ │ │ +0068d960: 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e
.
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.
to │ │ │ │ +0068da20: 5374 7269 6e67 4275 696c 6465 7228 5365 StringBuilder(Se │ │ │ │ +0068da30: 7175 656e 6365 266c 743b 4326 6774 3b29 quence<C>) │ │ │ │ +0068da40: 3c2f 613e 202d 2053 7461 7469 6320 6d65 - Static me │ │ │ │ +0068da50: 7468 6f64 2069 6e20 636c 6173 7320 6f72 thod in class or │ │ │ │ +0068da60: 672e 6269 6f6a 6176 612e 6e62 696f 2e63 g.biojava.nbio.c │ │ │ │ +0068da70: 6f72 652e 7365 7175 656e 6365 2e74 656d ore.sequence.tem │ │ │ │ +0068da80: 706c 6174 652e 3c61 2068 7265 663d 226f plate.SequenceMixi │ │ │ │ +0068db10: 6e3c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a n
.
. │ │ │ │ +0068db20: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
For the given │ │ │ │ +0068db40: 2053 6571 7565 6e63 6520 7468 6973 2077 Sequence this w │ │ │ │ +0068db50: 696c 6c20 7265 7475 726e 2061 203c 6120 ill return a < │ │ │ │ +0068dc00: 636f 6465 3e53 7472 696e 6742 7569 6c64 code>StringBuild │ │ │ │ +0068dc10: 6572 3c2f 636f 6465 3e3c 2f61 3e20 6f62 er ob │ │ │ │ +0068dc20: 6a65 6374 0a20 6669 6c6c 6564 2077 6974 ject. filled wit │ │ │ │ +0068dc30: 6820 7468 6520 7265 7375 6c74 7320 6f66 h the results of │ │ │ │ +0068dc40: 203c 636f 6465 3e43 6f6d 706f 756e 6423 Compound# │ │ │ │ +0068dc50: 746f 5374 7269 6e67 2829 3c2f 636f 6465 toString().
.
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.. │ │ │ │ +006ac670: 3c64 743e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267
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.
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.
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.
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.
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.
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.
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.
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.
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..
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.
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.
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.
.
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. │ │ │ │ +006b4b40: 3c64 643e 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d
.
Returns │ │ │ │ +006b4b60: 7468 6520 656e 756d 2063 6f6e 7374 616e the enum constan │ │ │ │ +006b4b70: 7420 6f66 2074 6869 7320 636c 6173 7320 t of this class │ │ │ │ +006b4b80: 7769 7468 2074 6865 2073 7065 6369 6669 with the specifi │ │ │ │ +006b4b90: 6564 206e 616d 652e 3c2f 6469 763e 0a3c ed name.
.< │ │ │ │ +006b4ba0: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
valueOf │ │ │ │ +006b4c30: 2853 7472 696e 6729 3c2f 613e 202d 2053 (String) - S │ │ │ │ +006b4c40: 7461 7469 6320 6d65 7468 6f64 2069 6e20 tatic method in │ │ │ │ +006b4c50: 656e 756d 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 enum class org.b │ │ │ │ +006b4c60: 696f 6a61 7661 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 iojava.nbio.core │ │ │ │ +006b4c70: 2e61 6c69 676e 6d65 6e74 2e74 656d 706c .alignment.templ │ │ │ │ +006b4c80: 6174 652e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 ate. │ │ │ │ +006b4d10: 5072 6f66 696c 652e 5374 7269 6e67 466f Profile.StringFo │ │ │ │ +006b4d20: 726d 6174 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 rmat
..
Returns th │ │ │ │ +006b4d50: 6520 656e 756d 2063 6f6e 7374 616e 7420 e enum constant │ │ │ │ +006b4d60: 6f66 2074 6869 7320 636c 6173 7320 7769 of this class wi │ │ │ │ +006b4d70: 7468 2074 6865 2073 7065 6369 6669 6564 th the specified │ │ │ │ +006b4d80: 206e 616d 652e 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 name.
..
valueOf(Strin │ │ │ │ +006b4e10: 6729 3c2f 613e 202d 2053 7461 7469 6320 g) - Static │ │ │ │ +006b4e20: 6d65 7468 6f64 2069 6e20 656e 756d 2063 method in enum c │ │ │ │ +006b4e30: 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 7661 lass org.biojava │ │ │ │ +006b4e40: 2e6e 6269 6f2e 636f 7265 2e73 6571 7565 .nbio.core.seque │ │ │ │ +006b4e50: 6e63 652e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 nce.DataSource │ │ │ │ +006b4ed0: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 0a3c 6469 7620
.
.
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.
< │ │ │ │ +006b4f40: 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f 6269 6f6a a href="org/bioj │ │ │ │ +006b4f50: 6176 612f 6e62 696f 2f63 6f72 652f 7365 ava/nbio/core/se │ │ │ │ +006b4f60: 7175 656e 6365 2f44 4e41 5365 7175 656e quence/DNASequen │ │ │ │ +006b4f70: 6365 2e44 4e41 5479 7065 2e68 746d 6c23 ce.DNAType.html# │ │ │ │ +006b4f80: 7661 6c75 654f 6628 6a61 7661 2e6c 616e valueOf(java.lan │ │ │ │ +006b4f90: 672e 5374 7269 6e67 2922 2063 6c61 7373 g.String)" class │ │ │ │ +006b4fa0: 3d22 6d65 6d62 6572 2d6e 616d 652d 6c69 ="member-name-li │ │ │ │ +006b4fb0: 6e6b 223e 7661 6c75 654f 6628 5374 7269 nk">valueOf(Stri │ │ │ │ +006b4fc0: 6e67 293c 2f61 3e20 2d20 5374 6174 6963 ng) - Static │ │ │ │ +006b4fd0: 206d 6574 686f 6420 696e 2065 6e75 6d20 method in enum │ │ │ │ +006b4fe0: 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 class org.biojav │ │ │ │ +006b4ff0: 612e 6e62 696f 2e63 6f72 652e 7365 7175 a.nbio.core.sequ │ │ │ │ +006b5000: 656e 6365 2e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 ence.DNAS │ │ │ │ +006b5080: 6571 7565 6e63 652e 444e 4154 7970 653c equence.DNAType< │ │ │ │ +006b5090: 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c 6464 3e0a 3c64 /a>
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.Returns the enu │ │ │ │ +006b50c0: 6d20 636f 6e73 7461 6e74 206f 6620 7468 m constant of th │ │ │ │ +006b50d0: 6973 2063 6c61 7373 2077 6974 6820 7468 is class with th │ │ │ │ +006b50e0: 6520 7370 6563 6966 6965 6420 6e61 6d65 e specified name │ │ │ │ +006b50f0: 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 ..
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.
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.Returns the enu │ │ │ │ +006b5c50: 6d20 636f 6e73 7461 6e74 206f 6620 7468 m constant of th │ │ │ │ +006b5c60: 6973 2063 6c61 7373 2077 6974 6820 7468 is class with th │ │ │ │ +006b5c70: 6520 7370 6563 6966 6965 6420 6e61 6d65 e specified name │ │ │ │ +006b5c80: 2e3c 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 ..
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..
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.
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.
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.< │ │ │ │ +006b6150: 6464 3e0a 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 dd>.
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..
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..
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..
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.
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..
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. │ │ │ │ +006b7340: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
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.
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.
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.
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.value │ │ │ │ +006bbbc0: 4f66 2853 7472 696e 6729 3c2f 613e 202d Of(String) - │ │ │ │ +006bbbd0: 2053 7461 7469 6320 6d65 7468 6f64 2069 Static method i │ │ │ │ +006bbbe0: 6e20 656e 756d 2063 6c61 7373 206f 7267 n enum class org │ │ │ │ +006bbbf0: 2e66 6f72 6573 7465 722e 6172 6368 6165 .forester.archae │ │ │ │ +006bbc00: 6f70 7465 7279 782e 3c61 2068 7265 663d opteryx.A │ │ │ │ +006bbc80: 7074 7855 7469 6c2e 4772 6170 6869 6373 ptxUtil.Graphics │ │ │ │ +006bbc90: 4578 706f 7274 5479 7065 3c2f 613e 3c2f ExportType.
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..
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.
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. │ │ │ │ +006c40b0: 3c64 643e 0a3c 6469 7620 636c 6173 733d
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.
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..
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..
valu │ │ │ │ +006c7420: 6573 2829 3c2f 613e 202d 2053 7461 7469 es() - Stati │ │ │ │ +006c7430: 6320 6d65 7468 6f64 2069 6e20 656e 756d c method in enum │ │ │ │ +006c7440: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ +006c7450: 7661 2e6e 6269 6f2e 7374 7275 6374 7572 va.nbio.structur │ │ │ │ +006c7460: 652e 6765 6f6d 6574 7279 2e3c 6120 6872 e.geometry.MomentsOf │ │ │ │ +006c7500: 496e 6572 7469 612e 5379 6d6d 6574 7279 Inertia.Symmetry │ │ │ │ +006c7510: 436c 6173 733c 2f61 3e3c 2f64 743e 0a3c Class
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..
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Construc │ │ │ │ +006e0640: 7473 2061 206e 6577 203c 636f 6465 3e46 ts a new F │ │ │ │ +006e0650: 6c6f 774c 6179 6f75 743c 2f63 6f64 653e lowLayout │ │ │ │ +006e0660: 2077 6974 6820 7468 6520 7370 6563 6966 with the specif │ │ │ │ +006e0670: 6965 640a 2061 6c69 676e 6d65 6e74 2061 ied. alignment a │ │ │ │ +006e0680: 6e64 2061 2064 6566 6175 6c74 2035 2d75 nd a default 5-u │ │ │ │ +006e0690: 6e69 7420 686f 7269 7a6f 6e74 616c 2061 nit horizontal a │ │ │ │ +006e06a0: 6e64 2076 6572 7469 6361 6c20 6761 702e nd vertical gap. │ │ │ │ +006e06b0: 3c2f 6469 763e 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474
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w │ │ │ │ +006e0dc0: 7269 7465 2846 696c 652c 2049 7465 7261 rite(File, Itera │ │ │ │ +006e0dd0: 626c 6526 6c74 3b46 6173 7471 2667 743b ble<Fastq> │ │ │ │ +006e0de0: 293c 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 ) - Method i │ │ │ │ +006e0df0: 6e20 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a n class org.bioj │ │ │ │ +006e0e00: 6176 612e 6e62 696f 2e67 656e 6f6d 652e ava.nbio.genome. │ │ │ │ +006e0e10: 696f 2e66 6173 7471 2e3c 6120 6872 6566 io.fastq.Sol │ │ │ │ +006e0e90: 6578 6146 6173 7471 5772 6974 6572 3c2f exaFastqWriter
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.
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. │ │ │ │ +006e1080: 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e 3c61 2068 7265
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.< │ │ │ │ +006e1200: 6464 3e26 6e62 7370 3b3c 2f64 643e 0a3c dd> .< │ │ │ │ +006e1210: 6474 3e3c 6120 6872 6566 3d22 6f72 672f dt>write(File │ │ │ │ +006e12b0: 2c20 4661 7374 712e 2e2e 293c 2f61 3e20 , Fastq...) │ │ │ │ +006e12c0: 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 696e 7465 - Method in inte │ │ │ │ +006e12d0: 7266 6163 6520 6f72 672e 6269 6f6a 6176 rface org.biojav │ │ │ │ +006e12e0: 612e 6e62 696f 2e67 656e 6f6d 652e 696f a.nbio.genome.io │ │ │ │ +006e12f0: 2e66 6173 7471 2e3c 6120 6872 6566 3d22 .fastq.FastqWr │ │ │ │ +006e1370: 6974 6572 3c2f 613e 3c2f 6474 3e0a 3c64 iter..
Write the │ │ │ │ +006e13a0: 7370 6563 6966 6965 6420 4641 5354 5120 specified FASTQ │ │ │ │ +006e13b0: 666f 726d 6174 7465 6420 7365 7175 656e formatted sequen │ │ │ │ +006e13c0: 6365 7320 746f 2074 6865 2073 7065 6369 ces to the speci │ │ │ │ +006e13d0: 6669 6564 2066 696c 652e 3c2f 6469 763e fied file.
│ │ │ │ +006e13e0: 0a3c 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 ..
write(Outpu │ │ │ │ +006e1480: 7453 7472 6561 6d2c 2049 7465 7261 626c tStream, Iterabl │ │ │ │ +006e1490: 6526 6c74 3b46 6173 7471 2667 743b 293c e<Fastq>)< │ │ │ │ +006e14a0: 2f61 3e20 2d20 4d65 7468 6f64 2069 6e20 /a> - Method in │ │ │ │ +006e14b0: 636c 6173 7320 6f72 672e 6269 6f6a 6176 class org.biojav │ │ │ │ +006e14c0: 612e 6e62 696f 2e67 656e 6f6d 652e 696f a.nbio.genome.io │ │ │ │ +006e14d0: 2e66 6173 7471 2e3c 6120 6872 6566 3d22 .fastq.Solex │ │ │ │ +006e1550: 6146 6173 7471 5772 6974 6572 3c2f 613e aFastqWriter │ │ │ │ +006e1560: 3c2f 6474 3e0a 3c64 643e 266e 6273 703b
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.
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.
. │ │ │ │ +006e16f0: 3c64 6976 2063 6c61 7373 3d22 626c 6f63
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.
.
writ │ │ │ │ +006e17f0: 6528 4f75 7470 7574 5374 7265 616d 2c20 e(OutputStream, │ │ │ │ +006e1800: 4c69 6e6b 6564 4861 7368 4d61 7026 6c74 LinkedHashMap< │ │ │ │ +006e1810: 3b53 7472 696e 672c 2043 6872 6f6d 6f73 ;String, Chromos │ │ │ │ +006e1820: 6f6d 6553 6571 7565 6e63 6526 6774 3b29 omeSequence>) │ │ │ │ +006e1830: 3c2f 613e 202d 204d 6574 686f 6420 696e - Method in │ │ │ │ +006e1840: 2063 6c61 7373 206f 7267 2e62 696f 6a61 class org.bioja │ │ │ │ +006e1850: 7661 2e6e 6269 6f2e 6765 6e6f 6d65 2e70 va.nbio.genome.p │ │ │ │ +006e1860: 6172 7365 7273 2e67 6666 2e3c 6120 6872 arsers.gff.GF │ │ │ │ +006e18e0: 4633 5772 6974 6572 3c2f 613e 3c2f 6474 F3Writer
.
.
Output │ │ │ │ +006e1910: 2067 6666 3320 666f 726d 6174 2066 6f72 gff3 format for │ │ │ │ +006e1920: 2061 2044 4e41 2053 6571 7565 6e63 653c a DNA Sequence< │ │ │ │ +006e1930: 2f64 6976 3e0a 3c2f 6464 3e0a 3c64 743e /div>.
.
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 < │ │ │ │ +006e1ad0: 2f64 643e 0a3c 6474 3e3c 6120 6872 6566 /dd>.
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..writeTaxonomyLi │ │ │ │ +006e87e0: 6e6b 7328 5772 6974 6572 2c20 5374 7269 nks(Writer, Stri │ │ │ │ +006e87f0: 6e67 2c20 4d61 7026 6c74 3b53 7472 696e ng, Map<Strin │ │ │ │ +006e8800: 672c 2049 6e74 6567 6572 2667 743b 293c g, Integer>)< │ │ │ │ +006e8810: 2f61 3e20 2d20 5374 6174 6963 206d 6574 /a> - Static met │ │ │ │ +006e8820: 686f 6420 696e 2063 6c61 7373 206f 7267 hod in class org │ │ │ │ +006e8830: 2e66 6f72 6573 7465 722e 7375 7266 6163 .forester.surfac │ │ │ │ +006e8840: 696e 672e 3c61 2068 7265 663d 226f 7267 ing. │ │ │ │ +006e88a0: 5375 7266 6163 696e 6755 7469 6c3c 2f61 SurfacingUtil.
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..... │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -34708,15 +34708,15 @@ │ │ │ │ │ parse(Object,_char,_boolean,_boolean) - Static method in class │ │ │ │ │ org.forester.util.BasicTableParser │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ parse(Object,_char,_boolean,_boolean,_String,_boolean) - Static method in │ │ │ │ │ class org.forester.util.BasicTableParser │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ parse(Readable,_ParseListener) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.nbio.genome.io.fastq.SangerFastqReader │ │ │ │ │ + org.biojava.nbio.genome.io.fastq.IlluminaFastqReader │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ parse(Readable,_ParseListener) - Method in interface │ │ │ │ │ org.biojava.nbio.genome.io.fastq.FastqReader │ │ │ │ │ Parse the specified readable. │ │ │ │ │ parse(String) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.nbio.alignment.io.StockholmFileParser │ │ │ │ │ Parses a Stockholm file and returns a StockholmStructure object with its │ │ │ │ │ @@ -37163,20 +37163,20 @@ │ │ │ │ │ read(char[],_int,_int) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.nbio.core.sequence.io.BufferedReaderBytesRead │ │ │ │ │ Reads characters into a portion of an array. │ │ │ │ │ read(BufferedReader) - Static method in class │ │ │ │ │ org.biojava.nbio.structure.jama.Matrix │ │ │ │ │ Read a matrix from a stream. │ │ │ │ │ read(File) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.nbio.genome.io.fastq.SangerFastqReader │ │ │ │ │ + org.biojava.nbio.genome.io.fastq.IlluminaFastqReader │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ read(File) - Method in interface org.biojava.nbio.genome.io.fastq.FastqReader │ │ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified file. │ │ │ │ │ read(InputStream) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.nbio.genome.io.fastq.SangerFastqReader │ │ │ │ │ + org.biojava.nbio.genome.io.fastq.IlluminaFastqReader │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ read(InputStream) - Method in interface │ │ │ │ │ org.biojava.nbio.genome.io.fastq.FastqReader │ │ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified input │ │ │ │ │ stream. │ │ │ │ │ read(String) - Static method in class │ │ │ │ │ org.biojava.nbio.genome.parsers.gff.GeneIDGFF2Reader │ │ │ │ │ @@ -37187,15 +37187,15 @@ │ │ │ │ │ read(String) - Static method in class │ │ │ │ │ org.biojava.nbio.genome.parsers.gff.GFF3Reader │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ read(String,_List) - Static method in class │ │ │ │ │ org.biojava.nbio.genome.parsers.gff.GFF3Reader │ │ │ │ │ Read a file into a FeatureList. │ │ │ │ │ read(URL) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.nbio.genome.io.fastq.SangerFastqReader │ │ │ │ │ + org.biojava.nbio.genome.io.fastq.IlluminaFastqReader │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ read(URL) - Method in interface org.biojava.nbio.genome.io.fastq.FastqReader │ │ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified url. │ │ │ │ │ readableFiles - Static variable in class │ │ │ │ │ org.biojava.nbio.core.sequence.io.GenbankSequenceParser │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ readCSV(File,_char) - Static method in class │ │ │ │ │ @@ -48232,15 +48232,15 @@ │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ StrCompAlignment - Class in org.biojava.nbio.structure.align.pairwise │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ StrCompAlignment(int,_int) - Constructor for class │ │ │ │ │ org.biojava.nbio.structure.align.pairwise.StrCompAlignment │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ stream(Readable,_StreamListener) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.nbio.genome.io.fastq.SangerFastqReader │ │ │ │ │ + org.biojava.nbio.genome.io.fastq.IlluminaFastqReader │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ stream(Readable,_StreamListener) - Method in interface │ │ │ │ │ org.biojava.nbio.genome.io.fastq.FastqReader │ │ │ │ │ Stream the specified readable. │ │ │ │ │ StreamListener - Interface in org.biojava.nbio.genome.io.fastq │ │ │ │ │ Event based parser callback. │ │ │ │ │ STRING_LIMIT - Static variable in class │ │ │ ├── ./usr/share/doc/libbiojava5-java/apidocs/member-search-index.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -47944,15 +47944,15 @@ │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.forester.util", │ │ │ │ │ "c": "BasicTableParser", │ │ │ │ │ "l": "parse(Object, char, boolean, boolean, String, boolean)", │ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.Object,char,boolean,boolean,java.lang.String,boolean)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.nbio.genome.io.fastq", │ │ │ │ │ - "c": "SangerFastqReader", │ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqReader", │ │ │ │ │ "l": "parse(Readable, ParseListener)", │ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.Readable,org.biojava.nbio.genome.io.fastq.ParseListener)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.nbio.genome.io.fastq", │ │ │ │ │ "c": "FastqReader", │ │ │ │ │ "l": "parse(Readable, ParseListener)", │ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.Readable,org.biojava.nbio.genome.io.fastq.ParseListener)" │ │ │ │ │ @@ -51131,25 +51131,25 @@ │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.nbio.core.sequence.io", │ │ │ │ │ "c": "BufferedReaderBytesRead", │ │ │ │ │ "l": "read(char[], int, int)", │ │ │ │ │ "u": "read(char[],int,int)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.nbio.genome.io.fastq", │ │ │ │ │ - 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