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Sharpness of spike initiation in neurons explained by compartmentalization. │ │ │ │ PLoS Comp Biol, doi: 10.1371/journal.pcbi.1003338. │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/examples/frompapers.Stimberg_et_al_2018.README.md.rst.txt │ │ │ │ @@ -1,9 +1,9 @@ │ │ │ │ README.md │ │ │ │ -===================== │ │ │ │ +====================== │ │ │ │ │ │ │ │ .. code:: none │ │ │ │ │ │ │ │ These Brian scripts reproduce the figures from the following preprint: │ │ │ │ │ │ │ │ Modeling neuron-glia interactions with the Brian 2 simulator │ │ │ │ Marcel Stimberg, Dan F. M. Goodman, Romain Brette, Maurizio De Pittà │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/examples/frompapers.Stimberg_et_al_2018.figures.mplstyle.rst.txt │ │ │ │ @@ -1,9 +1,9 @@ │ │ │ │ figures.mplstyle │ │ │ │ -===================== │ │ │ │ +====================== │ │ │ │ │ │ │ │ .. code:: none │ │ │ │ │ │ │ │ axes.linewidth : 1 │ │ │ │ xtick.labelsize : 8 │ │ │ │ ytick.labelsize : 8 │ │ │ │ axes.labelsize : 8 │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/reference/brian2.core.clocks.Clock.rst.txt │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -6,10 +6,10 @@ │ │ │ │ (*Shortest import*: ``from brian2 import Clock)`` │ │ │ │ │ │ │ │ .. autoclass:: Clock │ │ │ │ │ │ │ │ Tutorials and examples using this │ │ │ │ --------------------------------- │ │ │ │ │ │ │ │ -* Example :doc:`CUBA ` │ │ │ │ * Example :doc:`COBAHH ` │ │ │ │ +* Example :doc:`CUBA ` │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/reference/brian2.core.functions.exprel.rst.txt │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -6,16 +6,16 @@ │ │ │ │ (*Shortest import*: ``from brian2.core.functions import exprel)`` │ │ │ │ │ │ │ │ .. autoclass:: exprel │ │ │ │ │ │ │ │ Tutorials and examples using this │ │ │ │ --------------------------------- │ │ │ │ │ │ │ │ -* Example :doc:`IF_curve_Hodgkin_Huxley ` │ │ │ │ * Example :doc:`COBAHH ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/float_32_64_benchmark ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/exprel_function ` │ │ │ │ +* Example :doc:`IF_curve_Hodgkin_Huxley ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Wang_Buszaki_1996 ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/lfp ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/hodgkin_huxley_1952 ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/hh_with_spikes ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/hodgkin_huxley_1952 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/exprel_function ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/float_32_64_benchmark ` │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/reference/brian2.core.network.Network.rst.txt │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -9,11 +9,11 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Tutorials and examples using this │ │ │ │ --------------------------------- │ │ │ │ │ │ │ │ * Tutorial :doc:`3-intro-to-brian-simulations ` │ │ │ │ * Example :doc:`IF_curve_LIF ` │ │ │ │ * Example :doc:`IF_curve_Hodgkin_Huxley ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brunel_Wang_2001 ` │ │ │ │ * Example :doc:`advanced/stochastic_odes ` │ │ │ │ * Example :doc:`advanced/compare_GSL_to_conventional ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brunel_Wang_2001 ` │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/reference/brian2.devices.device.Dummy.rst.txt │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -6,10 +6,10 @@ │ │ │ │ (*Shortest import*: ``from brian2.devices.device import Dummy)`` │ │ │ │ │ │ │ │ .. autoclass:: Dummy │ │ │ │ │ │ │ │ Tutorials and examples using this │ │ │ │ --------------------------------- │ │ │ │ │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/exprel_function ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_2_gchi_astrocyte ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/exprel_function ` │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/reference/brian2.equations.equations.Equations.rst.txt │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -6,17 +6,17 @@ │ │ │ │ (*Shortest import*: ``from brian2 import Equations)`` │ │ │ │ │ │ │ │ .. autoclass:: Equations │ │ │ │ │ │ │ │ Tutorials and examples using this │ │ │ │ --------------------------------- │ │ │ │ │ │ │ │ -* Example :doc:`IF_curve_Hodgkin_Huxley ` │ │ │ │ * Example :doc:`COBAHH ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/float_32_64_benchmark ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Rossant_et_al_2011bis ` │ │ │ │ +* Example :doc:`IF_curve_Hodgkin_Huxley ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Destexhe_et_al_1998 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Rossant_et_al_2011bis ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Diesmann_et_al_1999 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Clopath_et_al_2010_homeostasis ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Hindmarsh_Rose_1984 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Clopath_et_al_2010_no_homeostasis ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Clopath_et_al_2010_homeostasis ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/float_32_64_benchmark ` │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/reference/brian2.groups.neurongroup.NeuronGroup.rst.txt │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -6,65 +6,65 @@ │ │ │ │ (*Shortest import*: ``from brian2 import NeuronGroup)`` │ │ │ │ │ │ │ │ .. autoclass:: NeuronGroup │ │ │ │ │ │ │ │ Tutorials and examples using this │ │ │ │ --------------------------------- │ │ │ │ │ │ │ │ +* Tutorial :doc:`3-intro-to-brian-simulations ` │ │ │ │ * Tutorial :doc:`1-intro-to-brian-neurons ` │ │ │ │ * Tutorial :doc:`2-intro-to-brian-synapses ` │ │ │ │ -* Tutorial :doc:`3-intro-to-brian-simulations ` │ │ │ │ -* Example :doc:`IF_curve_LIF ` │ │ │ │ -* Example :doc:`adaptive_threshold ` │ │ │ │ +* Example :doc:`reliability ` │ │ │ │ +* Example :doc:`COBAHH ` │ │ │ │ +* Example :doc:`non_reliability ` │ │ │ │ * Example :doc:`phase_locking ` │ │ │ │ * Example :doc:`CUBA ` │ │ │ │ +* Example :doc:`adaptive_threshold ` │ │ │ │ +* Example :doc:`IF_curve_LIF ` │ │ │ │ * Example :doc:`IF_curve_Hodgkin_Huxley ` │ │ │ │ -* Example :doc:`non_reliability ` │ │ │ │ -* Example :doc:`reliability ` │ │ │ │ -* Example :doc:`COBAHH ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/custom_events ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/float_32_64_benchmark ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/stochastic_odes ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/opencv_movie ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/exprel_function ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/compare_GSL_to_conventional ` │ │ │ │ +* Example :doc:`standalone/STDP_standalone ` │ │ │ │ +* Example :doc:`standalone/cuba_openmp ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/synapses ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/jeffress ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/gapjunctions ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/spatial_connections ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/licklider ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/efficient_gaussian_connectivity ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/STDP ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/state_variables ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/nonlinear ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Rothman_Manis_2003 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Brette_2004 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Wang_Buszaki_1996 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Vogels_et_al_2011 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brunel_Hakim_1999 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Rossant_et_al_2011bis ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Kremer_et_al_2011_barrel_cortex ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brunel_Wang_2001 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Diesmann_et_al_1999 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Hindmarsh_Rose_1984 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brette_Gerstner_2005 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Platkiewicz_Brette_2011 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Rothman_Manis_2003 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Clopath_et_al_2010_no_homeostasis ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Morris_Lecar_1981 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brette_Guigon_2003 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brunel_Hakim_1999 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Izhikevich_2007 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Diesmann_et_al_1999 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Sturzl_et_al_2000 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_Gerstner_2005 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Wang_Buszaki_1996 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brunel_Wang_2001 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Clopath_et_al_2010_homeostasis ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Touboul_Brette_2008 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Vogels_et_al_2011 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_2_gchi_astrocyte ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_1_COBA ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_5_astro_ring ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Kremer_et_al_2011_barrel_cortex ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_Guigon_2003 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Hindmarsh_Rose_1984 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Izhikevich_2007 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Platkiewicz_Brette_2011 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Clopath_et_al_2010_no_homeostasis ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_rsmean ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_3_io_synapse ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/nonlinear ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/gapjunctions ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/efficient_gaussian_connectivity ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/synapses ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/STDP ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/licklider ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/jeffress ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/state_variables ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/spatial_connections ` │ │ │ │ -* Example :doc:`standalone/cuba_openmp ` │ │ │ │ -* Example :doc:`standalone/STDP_standalone ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_1_COBA ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_5_astro_ring ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_2_gchi_astrocyte ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/lfp ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs2 ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/exprel_function ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/opencv_movie ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/stochastic_odes ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/compare_GSL_to_conventional ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/float_32_64_benchmark ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/custom_events ` │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/reference/brian2.input.poissongroup.PoissonGroup.rst.txt │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -8,13 +8,13 @@ │ │ │ │ .. autoclass:: PoissonGroup │ │ │ │ │ │ │ │ Tutorials and examples using this │ │ │ │ --------------------------------- │ │ │ │ │ │ │ │ * Tutorial :doc:`3-intro-to-brian-simulations ` │ │ │ │ * Example :doc:`adaptive_threshold ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/custom_events ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_rsmean ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/STDP ` │ │ │ │ * Example :doc:`standalone/STDP_standalone ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/STDP ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_rsmean ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/custom_events ` │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/reference/brian2.input.timedarray.TimedArray.rst.txt │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -7,13 +7,13 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ .. autoclass:: TimedArray │ │ │ │ │ │ │ │ Tutorials and examples using this │ │ │ │ --------------------------------- │ │ │ │ │ │ │ │ * Tutorial :doc:`3-intro-to-brian-simulations ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brunel_Wang_2001 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/jeffress ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Sturzl_et_al_2000 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brunel_Wang_2001 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/jeffress ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro ` │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/reference/brian2.monitors.ratemonitor.PopulationRateMonitor.rst.txt │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -6,10 +6,10 @@ │ │ │ │ (*Shortest import*: ``from brian2 import PopulationRateMonitor)`` │ │ │ │ │ │ │ │ .. autoclass:: PopulationRateMonitor │ │ │ │ │ │ │ │ Tutorials and examples using this │ │ │ │ --------------------------------- │ │ │ │ │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brunel_Wang_2001 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Brunel_Hakim_1999 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brunel_Wang_2001 ` │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/reference/brian2.monitors.spikemonitor.SpikeMonitor.rst.txt │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -6,40 +6,40 @@ │ │ │ │ (*Shortest import*: ``from brian2 import SpikeMonitor)`` │ │ │ │ │ │ │ │ .. autoclass:: SpikeMonitor │ │ │ │ │ │ │ │ Tutorials and examples using this │ │ │ │ --------------------------------- │ │ │ │ │ │ │ │ -* Tutorial :doc:`1-intro-to-brian-neurons ` │ │ │ │ * Tutorial :doc:`3-intro-to-brian-simulations ` │ │ │ │ -* Example :doc:`IF_curve_LIF ` │ │ │ │ -* Example :doc:`adaptive_threshold ` │ │ │ │ +* Tutorial :doc:`1-intro-to-brian-neurons ` │ │ │ │ +* Example :doc:`reliability ` │ │ │ │ +* Example :doc:`non_reliability ` │ │ │ │ * Example :doc:`phase_locking ` │ │ │ │ * Example :doc:`CUBA ` │ │ │ │ +* Example :doc:`adaptive_threshold ` │ │ │ │ +* Example :doc:`IF_curve_LIF ` │ │ │ │ * Example :doc:`IF_curve_Hodgkin_Huxley ` │ │ │ │ -* Example :doc:`non_reliability ` │ │ │ │ -* Example :doc:`reliability ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/custom_events ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/opencv_movie ` │ │ │ │ +* Example :doc:`standalone/STDP_standalone ` │ │ │ │ +* Example :doc:`standalone/cuba_openmp ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/jeffress ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/licklider ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/STDP ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Brette_2004 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Vogels_et_al_2011 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brunel_Hakim_1999 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Rossant_et_al_2011bis ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brunel_Wang_2001 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Diesmann_et_al_1999 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Sturzl_et_al_2000 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Brette_Gerstner_2005 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Platkiewicz_Brette_2011 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brunel_Wang_2001 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Touboul_Brette_2008 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Brette_Guigon_2003 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brunel_Hakim_1999 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Izhikevich_2007 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Sturzl_et_al_2000 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Touboul_Brette_2008 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Vogels_et_al_2011 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_1_COBA ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Platkiewicz_Brette_2011 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig5A ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/STDP ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/licklider ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/jeffress ` │ │ │ │ -* Example :doc:`standalone/cuba_openmp ` │ │ │ │ -* Example :doc:`standalone/STDP_standalone ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_1_COBA ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/hh_with_spikes ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/opencv_movie ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/custom_events ` │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/reference/brian2.monitors.statemonitor.StateMonitor.rst.txt │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -6,54 +6,54 @@ │ │ │ │ (*Shortest import*: ``from brian2 import StateMonitor)`` │ │ │ │ │ │ │ │ .. autoclass:: StateMonitor │ │ │ │ │ │ │ │ Tutorials and examples using this │ │ │ │ --------------------------------- │ │ │ │ │ │ │ │ +* Tutorial :doc:`3-intro-to-brian-simulations ` │ │ │ │ * Tutorial :doc:`1-intro-to-brian-neurons ` │ │ │ │ * Tutorial :doc:`2-intro-to-brian-synapses ` │ │ │ │ -* Tutorial :doc:`3-intro-to-brian-simulations ` │ │ │ │ -* Example :doc:`adaptive_threshold ` │ │ │ │ -* Example :doc:`phase_locking ` │ │ │ │ * Example :doc:`COBAHH ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/custom_events ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/stochastic_odes ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/compare_GSL_to_conventional ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Wang_Buszaki_1996 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Rossant_et_al_2011bis ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Destexhe_et_al_1998 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Hindmarsh_Rose_1984 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brette_Gerstner_2005 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Platkiewicz_Brette_2011 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`phase_locking ` │ │ │ │ +* Example :doc:`adaptive_threshold ` │ │ │ │ +* Example :doc:`standalone/STDP_standalone ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/synapses ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/jeffress ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/gapjunctions ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/STDP ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/nonlinear ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Rothman_Manis_2003 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Destexhe_et_al_1998 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Rossant_et_al_2011bis ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Morris_Lecar_1981 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brette_Guigon_2003 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Izhikevich_2007 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_Gerstner_2005 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Wang_Buszaki_1996 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Clopath_et_al_2010_homeostasis ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Touboul_Brette_2008 ` │ 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:doc:`synapses/nonlinear ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/gapjunctions ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/synapses ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/STDP ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/jeffress ` │ │ │ │ -* Example :doc:`standalone/STDP_standalone ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig3AB ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig4 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig3CF ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_rsmean ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_3_io_synapse ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_1_COBA ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_5_astro_ring ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_2_gchi_astrocyte ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/lfp ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/hodgkin_huxley_1952 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs2 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/spike_initiation ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/infinite_cable ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/hh_with_spikes ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/hodgkin_huxley_1952 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/spike_initiation ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs2 ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/bipolar_cell ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/stochastic_odes ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/compare_GSL_to_conventional ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/custom_events ` │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/reference/brian2.spatialneuron.morphology.Cylinder.rst.txt │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -7,23 +7,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ .. autoclass:: Cylinder │ │ │ │ │ │ │ │ Tutorials and examples using this │ │ │ │ --------------------------------- │ │ │ │ │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Destexhe_et_al_1998 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig3CF ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig5A ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig3AB ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig1 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/lfp ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/hodgkin_huxley_1952 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs2 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig3AB ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig3CF ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/rall ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/spike_initiation ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/lfp ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/infinite_cable ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/morphotest ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/cylinder ` │ │ 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:doc:`frompapers/Brette_2012/Fig3AB ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig1 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs2 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig3AB ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig4 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig3CF ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/rall ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/spike_initiation ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/infinite_cable ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/morphotest ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/cylinder ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/spike_initiation ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs2 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/morphotest ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/bipolar_cell ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs ` │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/reference/brian2.spatialneuron.morphology.Soma.rst.txt │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -6,18 +6,18 @@ │ │ │ │ (*Shortest import*: ``from brian2 import Soma)`` │ │ │ │ │ │ │ │ .. autoclass:: Soma │ │ │ │ │ │ │ │ Tutorials and examples using this │ │ │ │ --------------------------------- │ │ │ │ │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig3CF ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig5A ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig4 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig3AB ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig1 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs2 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig3AB ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig4 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig3CF ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/spike_initiation ` │ │ │ │ +* 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Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs2 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig3AB ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig4 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig3CF ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/rall ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/spike_initiation ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/lfp ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/infinite_cable ` │ │ │ │ -* Example :doc:`compartmental/morphotest ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/cylinder ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/hh_with_spikes ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/hodgkin_huxley_1952 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/spike_initiation ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs2 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/morphotest ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/bipolar_cell ` │ │ │ │ +* Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs ` │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/_sources/reference/brian2.synapses.synapses.Synapses.rst.txt │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -6,47 +6,47 @@ │ │ │ │ (*Shortest import*: ``from brian2 import Synapses)`` │ │ │ │ │ │ │ │ .. autoclass:: Synapses │ │ │ │ │ │ │ │ Tutorials and examples using this │ │ │ │ --------------------------------- │ │ │ │ │ │ │ │ +* Tutorial :doc:`3-intro-to-brian-simulations ` │ │ │ │ * Tutorial :doc:`1-intro-to-brian-neurons ` │ │ │ │ * Tutorial :doc:`2-intro-to-brian-synapses ` │ │ │ │ -* Tutorial :doc:`3-intro-to-brian-simulations ` │ │ │ │ -* Example :doc:`adaptive_threshold ` │ │ │ │ -* Example :doc:`CUBA ` │ │ │ │ * Example :doc:`COBAHH ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/custom_events ` │ │ │ │ -* Example :doc:`advanced/float_32_64_benchmark ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Kremer_et_al_2011_barrel_cortex ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brunel_Wang_2001 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Diesmann_et_al_1999 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Clopath_et_al_2010_no_homeostasis ` │ │ │ │ +* Example :doc:`CUBA ` │ │ │ │ +* Example :doc:`adaptive_threshold ` │ │ │ │ +* Example :doc:`standalone/STDP_standalone ` │ │ │ │ +* Example :doc:`standalone/cuba_openmp ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/synapses ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/jeffress ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/gapjunctions ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/spatial_connections ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/licklider ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/efficient_gaussian_connectivity ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/STDP ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/state_variables ` │ │ │ │ +* Example :doc:`synapses/nonlinear ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Vogels_et_al_2011 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Brunel_Hakim_1999 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Izhikevich_2007 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Diesmann_et_al_1999 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Sturzl_et_al_2000 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brunel_Wang_2001 ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Clopath_et_al_2010_homeostasis ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Vogels_et_al_2011 ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_2_gchi_astrocyte ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_1_COBA ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_5_astro_ring ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Kremer_et_al_2011_barrel_cortex ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Izhikevich_2007 ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Clopath_et_al_2010_no_homeostasis ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig5A ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_rsmean ` │ │ │ │ * Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_3_io_synapse ` │ │ │ │ -* Example :doc:`frompapers/Brette_2012/Fig5A ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/nonlinear ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/gapjunctions ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/efficient_gaussian_connectivity ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/synapses ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/STDP ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/licklider ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/jeffress ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/state_variables ` │ │ │ │ -* Example :doc:`synapses/spatial_connections ` │ │ │ │ -* Example :doc:`standalone/cuba_openmp ` │ │ │ │ -* Example :doc:`standalone/STDP_standalone ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_1_COBA ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_5_astro_ring ` │ │ │ │ +* Example :doc:`frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_2_gchi_astrocyte ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/lfp ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs2 ` │ │ │ │ * Example :doc:`compartmental/bipolar_with_inputs ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/float_32_64_benchmark ` │ │ │ │ +* Example :doc:`advanced/custom_events ` │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.core.clocks.Clock.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -116,16 +116,16 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -41,16 +41,16 @@ │ │ │ │ │ considered identical. │ │ │ │ │ set_interval(self, start, end)¶ │ │ │ │ │ Set the start and end time of the simulation. │ │ │ │ │ Sets the start and end value of the clock precisely if possible │ │ │ │ │ (using epsilon) or rounding up if not. This assures that multiple │ │ │ │ │ calls to Network.run will not re-run the same time step. │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ - * Example CUBA │ │ │ │ │ * Example COBAHH │ │ │ │ │ + * Example CUBA │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.core.functions.exprel.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -71,22 +71,22 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -21,22 +21,22 @@ │ │ │ │ │ fdiff([argindex]) Returns the first derivative of this function. │ │ │ │ │ Details │ │ │ │ │ classmethodeval(arg)[source]¶ │ │ │ │ │ Returns a canonical form of cls applied to arguments args. │ │ │ │ │ fdiff(argindex=1)[source]¶ │ │ │ │ │ Returns the first derivative of this function. │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ - * Example IF_curve_Hodgkin_Huxley │ │ │ │ │ * Example COBAHH │ │ │ │ │ - * Example advanced/float_32_64_benchmark │ │ │ │ │ - * Example advanced/exprel_function │ │ │ │ │ + * Example IF_curve_Hodgkin_Huxley │ │ │ │ │ * Example frompapers/Wang_Buszaki_1996 │ │ │ │ │ * Example compartmental/lfp │ │ │ │ │ - * Example compartmental/hodgkin_huxley_1952 │ │ │ │ │ * Example compartmental/hh_with_spikes │ │ │ │ │ + * Example compartmental/hodgkin_huxley_1952 │ │ │ │ │ + * Example advanced/exprel_function │ │ │ │ │ + * Example advanced/float_32_64_benchmark │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.core.network.Network.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -540,17 +540,17 @@ │ │ │ │ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -330,17 +330,17 @@ │ │ │ │ │ or versions. If you are interested in storing the state of a │ │ │ │ │ network for documentation or analysis purposes use │ │ │ │ │ Network.get_states instead. │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ * Tutorial 3-intro-to-brian-simulations │ │ │ │ │ * Example IF_curve_LIF │ │ │ │ │ * Example IF_curve_Hodgkin_Huxley │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brunel_Wang_2001 │ │ │ │ │ * Example advanced/stochastic_odes │ │ │ │ │ * Example advanced/compare_GSL_to_conventional │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brunel_Wang_2001 │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.devices.device.Dummy.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -58,16 +58,16 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -14,16 +14,16 @@ │ │ │ │ │ Dummy object │ │ │ │ │ Methods │ │ │ │ │ __call__(*args, **kwdsCall self as a function. │ │ │ │ │ Details │ │ │ │ │ __call__(*args, **kwds)[source]¶ │ │ │ │ │ Call self as a function. │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ - * Example advanced/exprel_function │ │ │ │ │ * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_2_gchi_astrocyte │ │ │ │ │ + * Example advanced/exprel_function │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.equations.equations.Equations.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -404,23 +404,23 @@ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -194,23 +194,23 @@ │ │ │ │ │ Parameters │ │ │ │ │ func : callable │ │ │ │ │ The function has to receive a single argument, the │ │ │ │ │ name of the identifier to check, and raise a │ │ │ │ │ ValueError if the identifier violates any rule. │ │ │ │ │ substitute(**kwds)[source]¶ │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ - * Example IF_curve_Hodgkin_Huxley │ │ │ │ │ * Example COBAHH │ │ │ │ │ - * Example advanced/float_32_64_benchmark │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Rossant_et_al_2011bis │ │ │ │ │ + * Example IF_curve_Hodgkin_Huxley │ │ │ │ │ * Example frompapers/Destexhe_et_al_1998 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Rossant_et_al_2011bis │ │ │ │ │ * Example frompapers/Diesmann_et_al_1999 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Clopath_et_al_2010_homeostasis │ │ │ │ │ * Example frompapers/Hindmarsh_Rose_1984 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Clopath_et_al_2010_no_homeostasis │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Clopath_et_al_2010_homeostasis │ │ │ │ │ + * Example advanced/float_32_64_benchmark │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.groups.neurongroup.NeuronGroup.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -359,71 +359,71 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -184,71 +184,71 @@ │ │ │ │ │ the namespace. │ │ │ │ │ Returns : │ │ │ │ │ ——- : │ │ │ │ │ var : VariableView or scalar value │ │ │ │ │ The state variable’s value that can be indexed │ │ │ │ │ (for non-scalar values). │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ + * Tutorial 3-intro-to-brian-simulations │ │ │ │ │ * Tutorial 1-intro-to-brian-neurons │ │ │ │ │ * Tutorial 2-intro-to-brian-synapses │ │ │ │ │ - * Tutorial 3-intro-to-brian-simulations │ │ │ │ │ - * Example IF_curve_LIF │ │ │ │ │ - * Example adaptive_threshold │ │ │ │ │ + * Example reliability │ │ │ │ │ + * Example COBAHH │ │ │ │ │ + * Example non_reliability │ │ │ │ │ * Example phase_locking │ │ │ │ │ * Example CUBA │ │ │ │ │ + * Example adaptive_threshold │ │ │ │ │ + * Example IF_curve_LIF │ │ │ │ │ * Example IF_curve_Hodgkin_Huxley │ │ │ │ │ - * Example non_reliability │ │ │ │ │ - * Example reliability │ │ │ │ │ - * Example COBAHH │ │ │ │ │ - * Example advanced/custom_events │ │ │ │ │ - * Example advanced/float_32_64_benchmark │ │ │ │ │ - * Example advanced/stochastic_odes │ │ │ │ │ - * Example advanced/opencv_movie │ │ │ │ │ - * Example advanced/exprel_function │ │ │ │ │ - * Example advanced/compare_GSL_to_conventional │ │ │ │ │ + * Example standalone/STDP_standalone │ │ │ │ │ + * Example standalone/cuba_openmp │ │ │ │ │ + * Example synapses/synapses │ │ │ │ │ + * Example synapses/jeffress │ │ │ │ │ + * Example synapses/gapjunctions │ │ │ │ │ + * Example synapses/spatial_connections │ │ │ │ │ + * Example synapses/licklider │ │ │ │ │ + * Example synapses/efficient_gaussian_connectivity │ │ │ │ │ + * Example synapses/STDP │ │ │ │ │ + * Example synapses/state_variables │ │ │ │ │ + * Example synapses/nonlinear │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Rothman_Manis_2003 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brette_2004 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Wang_Buszaki_1996 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Vogels_et_al_2011 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brunel_Hakim_1999 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Rossant_et_al_2011bis │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Kremer_et_al_2011_barrel_cortex │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brunel_Wang_2001 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Diesmann_et_al_1999 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Hindmarsh_Rose_1984 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_Gerstner_2005 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Platkiewicz_Brette_2011 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Rothman_Manis_2003 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Clopath_et_al_2010_no_homeostasis │ │ │ │ │ * Example frompapers/Morris_Lecar_1981 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_Guigon_2003 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brunel_Hakim_1999 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Izhikevich_2007 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Diesmann_et_al_1999 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Sturzl_et_al_2000 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_Gerstner_2005 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Wang_Buszaki_1996 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brunel_Wang_2001 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Clopath_et_al_2010_homeostasis │ │ │ │ │ * Example frompapers/Touboul_Brette_2008 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Vogels_et_al_2011 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_2_gchi_astrocyte │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_1_COBA │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_5_astro_ring │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Kremer_et_al_2011_barrel_cortex │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_Guigon_2003 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Hindmarsh_Rose_1984 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Izhikevich_2007 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Platkiewicz_Brette_2011 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Clopath_et_al_2010_no_homeostasis │ │ │ │ │ * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_rsmean │ │ │ │ │ * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_3_io_synapse │ │ │ │ │ - * Example synapses/nonlinear │ │ │ │ │ - * Example synapses/gapjunctions │ │ │ │ │ - * Example synapses/efficient_gaussian_connectivity │ │ │ │ │ - * Example synapses/synapses │ │ │ │ │ - * Example synapses/STDP │ │ │ │ │ - * Example synapses/licklider │ │ │ │ │ - * Example synapses/jeffress │ │ │ │ │ - * Example synapses/state_variables │ │ │ │ │ - * Example synapses/spatial_connections │ │ │ │ │ - * Example standalone/cuba_openmp │ │ │ │ │ - * Example standalone/STDP_standalone │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_1_COBA │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_5_astro_ring │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_2_gchi_astrocyte │ │ │ │ │ * Example compartmental/lfp │ │ │ │ │ * Example compartmental/bipolar_with_inputs2 │ │ │ │ │ * Example compartmental/bipolar_with_inputs │ │ │ │ │ + * Example advanced/exprel_function │ │ │ │ │ + * Example advanced/opencv_movie │ │ │ │ │ + * Example advanced/stochastic_odes │ │ │ │ │ + * Example advanced/compare_GSL_to_conventional │ │ │ │ │ + * Example advanced/float_32_64_benchmark │ │ │ │ │ + * Example advanced/custom_events │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.input.poissongroup.PoissonGroup.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -126,19 +126,19 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -48,19 +48,19 @@ │ │ │ │ │ The spikes returned by the most recent thresholding operation. │ │ │ │ │ before_run(run_namespace=None)[source]¶ │ │ │ │ │ Optional method to prepare the object before a run. │ │ │ │ │ Called by Network.after_run before the main simulation loop starts. │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ * Tutorial 3-intro-to-brian-simulations │ │ │ │ │ * Example adaptive_threshold │ │ │ │ │ - * Example advanced/custom_events │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_rsmean │ │ │ │ │ - * Example synapses/STDP │ │ │ │ │ * Example standalone/STDP_standalone │ │ │ │ │ + * Example synapses/STDP │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_rsmean │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel │ │ │ │ │ + * Example advanced/custom_events │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.input.timedarray.TimedArray.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -153,19 +153,19 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -85,19 +85,19 @@ │ │ │ │ │ The length of a timestep (without units). │ │ │ │ │ Returns │ │ │ │ │ constant : bool │ │ │ │ │ Whether the results of this function can be │ │ │ │ │ considered constant over one timestep of length dt. │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ * Tutorial 3-intro-to-brian-simulations │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brunel_Wang_2001 │ │ │ │ │ + * Example synapses/jeffress │ │ │ │ │ * Example frompapers/Sturzl_et_al_2000 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brunel_Wang_2001 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel │ │ │ │ │ - * Example synapses/jeffress │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.monitors.ratemonitor.PopulationRateMonitor.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -156,16 +156,16 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -72,16 +72,16 @@ │ │ │ │ │ The population rate in Hz, smoothed with the given │ │ │ │ │ window. Note that the rates are smoothed and not │ │ │ │ │ re-binned, i.e. the length of the returned array is │ │ │ │ │ the same as the length of the rate attribute and │ │ │ │ │ can be plotted against the PopulationRateMonitor │ │ │ │ │ ‘s t attribute. │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brunel_Wang_2001 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brunel_Hakim_1999 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brunel_Wang_2001 │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.monitors.spikemonitor.SpikeMonitor.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -264,46 +264,46 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -154,46 +154,46 @@ │ │ │ │ │ >>> run(10*ms) │ │ │ │ │ >>> counter2_values = mon.values('counter2') │ │ │ │ │ >>> print(counter2_values[0]) │ │ │ │ │ [ 50 100] │ │ │ │ │ >>> print(counter2_values[1]) │ │ │ │ │ [100] │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ - * Tutorial 1-intro-to-brian-neurons │ │ │ │ │ * Tutorial 3-intro-to-brian-simulations │ │ │ │ │ - * Example IF_curve_LIF │ │ │ │ │ - * Example adaptive_threshold │ │ │ │ │ + * Tutorial 1-intro-to-brian-neurons │ │ │ │ │ + * Example reliability │ │ │ │ │ + * Example non_reliability │ │ │ │ │ * Example phase_locking │ │ │ │ │ * Example CUBA │ │ │ │ │ + * Example adaptive_threshold │ │ │ │ │ + * Example IF_curve_LIF │ │ │ │ │ * Example IF_curve_Hodgkin_Huxley │ │ │ │ │ - * Example non_reliability │ │ │ │ │ - * Example reliability │ │ │ │ │ - * Example advanced/custom_events │ │ │ │ │ - * Example advanced/opencv_movie │ │ │ │ │ + * Example standalone/STDP_standalone │ │ │ │ │ + * Example standalone/cuba_openmp │ │ │ │ │ + * Example synapses/jeffress │ │ │ │ │ + * Example synapses/licklider │ │ │ │ │ + * Example synapses/STDP │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brette_2004 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Vogels_et_al_2011 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brunel_Hakim_1999 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Rossant_et_al_2011bis │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brunel_Wang_2001 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Diesmann_et_al_1999 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Sturzl_et_al_2000 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brette_Gerstner_2005 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Platkiewicz_Brette_2011 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brunel_Wang_2001 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Touboul_Brette_2008 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brette_Guigon_2003 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brunel_Hakim_1999 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Izhikevich_2007 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Sturzl_et_al_2000 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Touboul_Brette_2008 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Vogels_et_al_2011 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_1_COBA │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Platkiewicz_Brette_2011 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brette_2012/Fig5A │ │ │ │ │ - * Example synapses/STDP │ │ │ │ │ - * Example synapses/licklider │ │ │ │ │ - * Example synapses/jeffress │ │ │ │ │ - * Example standalone/cuba_openmp │ │ │ │ │ - * Example standalone/STDP_standalone │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_1_COBA │ │ │ │ │ * Example compartmental/hh_with_spikes │ │ │ │ │ + * Example advanced/opencv_movie │ │ │ │ │ + * Example advanced/custom_events │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.monitors.statemonitor.StateMonitor.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -213,60 +213,60 @@ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -116,60 +116,60 @@ │ │ │ │ │ >>> print(mon.t[:]) │ │ │ │ │ [ 0. 100. 200. 300. 400. 500.] us │ │ │ │ │ >>> print(np.array_str(mon.v[:], precision=3)) │ │ │ │ │ [[ 1. 0.98 0.961 0.942 0.923 0.905]] │ │ │ │ │ reinit()[source]¶ │ │ │ │ │ resize(new_size)[source]¶ │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ + * Tutorial 3-intro-to-brian-simulations │ │ │ │ │ * Tutorial 1-intro-to-brian-neurons │ │ │ │ │ * Tutorial 2-intro-to-brian-synapses │ │ │ │ │ - * Tutorial 3-intro-to-brian-simulations │ │ │ │ │ - * Example adaptive_threshold │ │ │ │ │ - * Example phase_locking │ │ │ │ │ * Example COBAHH │ │ │ │ │ - * Example advanced/custom_events │ │ │ │ │ - * Example advanced/stochastic_odes │ │ │ │ │ - * Example advanced/compare_GSL_to_conventional │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Wang_Buszaki_1996 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Rossant_et_al_2011bis │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Destexhe_et_al_1998 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Hindmarsh_Rose_1984 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_Gerstner_2005 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Platkiewicz_Brette_2011 │ │ │ │ │ + * Example phase_locking │ │ │ │ │ + * Example adaptive_threshold │ │ │ │ │ + * Example standalone/STDP_standalone │ │ │ │ │ + * Example synapses/synapses │ │ │ │ │ + * Example synapses/jeffress │ │ │ │ │ + * Example synapses/gapjunctions │ │ │ │ │ + * Example synapses/STDP │ │ │ │ │ + * Example synapses/nonlinear │ │ │ │ │ * Example frompapers/Rothman_Manis_2003 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Destexhe_et_al_1998 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Rossant_et_al_2011bis │ │ │ │ │ * Example frompapers/Morris_Lecar_1981 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_Guigon_2003 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Izhikevich_2007 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_Gerstner_2005 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Wang_Buszaki_1996 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Clopath_et_al_2010_homeostasis │ │ │ │ │ * Example frompapers/Touboul_Brette_2008 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_2_gchi_astrocyte │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_1_COBA │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_5_astro_ring │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_rsmean │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_3_io_synapse │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_2012/Fig3CF │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_Guigon_2003 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Hindmarsh_Rose_1984 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Izhikevich_2007 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Platkiewicz_Brette_2011 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brette_2012/Fig5A │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_2012/Fig4 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_2012/Fig3AB │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brette_2012/Fig1 │ │ │ │ │ - * Example synapses/nonlinear │ │ │ │ │ - * Example synapses/gapjunctions │ │ │ │ │ - * Example synapses/synapses │ │ │ │ │ - * Example synapses/STDP │ │ │ │ │ - * Example synapses/jeffress │ │ │ │ │ - * Example standalone/STDP_standalone │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_2012/Fig3AB │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_2012/Fig4 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_2012/Fig3CF │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_rsmean │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_3_io_synapse │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_1_COBA │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_5_astro_ring │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_2_gchi_astrocyte │ │ │ │ │ * Example compartmental/lfp │ │ │ │ │ - * Example compartmental/hodgkin_huxley_1952 │ │ │ │ │ - * Example compartmental/bipolar_with_inputs2 │ │ │ │ │ - * Example compartmental/bipolar_with_inputs │ │ │ │ │ - * Example compartmental/spike_initiation │ │ │ │ │ * Example compartmental/infinite_cable │ │ │ │ │ * Example compartmental/hh_with_spikes │ │ │ │ │ + * Example compartmental/hodgkin_huxley_1952 │ │ │ │ │ + * Example compartmental/spike_initiation │ │ │ │ │ + * Example compartmental/bipolar_with_inputs2 │ │ │ │ │ * Example compartmental/bipolar_cell │ │ │ │ │ + * Example compartmental/bipolar_with_inputs │ │ │ │ │ + * Example advanced/stochastic_odes │ │ │ │ │ + * Example advanced/compare_GSL_to_conventional │ │ │ │ │ + * Example advanced/custom_events │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.spatialneuron.morphology.Cylinder.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -195,29 +195,29 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -87,29 +87,29 @@ │ │ │ │ │ only, not re-creating the parent/children relation) │ │ │ │ │ Returns │ │ │ │ │ copy : Morphology │ │ │ │ │ A copy of this section (without the links to the │ │ │ │ │ parent/children) │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ * Example frompapers/Destexhe_et_al_1998 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_2012/Fig3CF │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brette_2012/Fig5A │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_2012/Fig3AB │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brette_2012/Fig1 │ │ │ │ │ - * Example compartmental/lfp │ │ │ │ │ - * Example compartmental/hodgkin_huxley_1952 │ │ │ │ │ - * Example compartmental/bipolar_with_inputs2 │ │ │ │ │ - * Example compartmental/bipolar_with_inputs │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_2012/Fig3AB │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_2012/Fig3CF │ │ │ │ │ * Example compartmental/rall │ │ │ │ │ - * Example compartmental/spike_initiation │ │ │ │ │ + * Example compartmental/lfp │ │ │ │ │ * Example compartmental/infinite_cable │ │ │ │ │ - * Example compartmental/morphotest │ │ │ │ │ * Example compartmental/cylinder │ │ │ │ │ * Example compartmental/hh_with_spikes │ │ │ │ │ + * Example compartmental/hodgkin_huxley_1952 │ │ │ │ │ + * Example compartmental/spike_initiation │ │ │ │ │ + * Example compartmental/bipolar_with_inputs2 │ │ │ │ │ + * Example compartmental/morphotest │ │ │ │ │ * Example compartmental/bipolar_cell │ │ │ │ │ + * Example compartmental/bipolar_with_inputs │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.spatialneuron.morphology.Morphology.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -599,27 +599,27 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -314,27 +314,27 @@ │ │ │ │ │ Return a representation of the topology │ │ │ │ │ Returns │ │ │ │ │ topology : Topology │ │ │ │ │ An object representing the topology (can be │ │ │ │ │ converted to a string by using str(...) or simply │ │ │ │ │ by printing it with print.) │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_2012/Fig3CF │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brette_2012/Fig5A │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_2012/Fig4 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_2012/Fig3AB │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brette_2012/Fig1 │ │ │ │ │ - * Example compartmental/bipolar_with_inputs2 │ │ │ │ │ - * Example compartmental/bipolar_with_inputs │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_2012/Fig3AB │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_2012/Fig4 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_2012/Fig3CF │ │ │ │ │ * Example compartmental/rall │ │ │ │ │ - * Example compartmental/spike_initiation │ │ │ │ │ * Example compartmental/infinite_cable │ │ │ │ │ - * Example compartmental/morphotest │ │ │ │ │ * Example compartmental/cylinder │ │ │ │ │ + * Example compartmental/spike_initiation │ │ │ │ │ + * Example compartmental/bipolar_with_inputs2 │ │ │ │ │ + * Example compartmental/morphotest │ │ │ │ │ * Example compartmental/bipolar_cell │ │ │ │ │ + * Example compartmental/bipolar_with_inputs │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.spatialneuron.morphology.Soma.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -292,24 +292,24 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -137,24 +137,24 @@ │ │ │ │ │ Create a copy of the current section (attributes of this section │ │ │ │ │ only, not re-creating the parent/children relation) │ │ │ │ │ Returns │ │ │ │ │ copy : Morphology │ │ │ │ │ A copy of this section (without the links to the │ │ │ │ │ parent/children) │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_2012/Fig3CF │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brette_2012/Fig5A │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_2012/Fig4 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_2012/Fig3AB │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brette_2012/Fig1 │ │ │ │ │ - * Example compartmental/bipolar_with_inputs2 │ │ │ │ │ - * Example compartmental/bipolar_with_inputs │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_2012/Fig3AB │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_2012/Fig4 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_2012/Fig3CF │ │ │ │ │ * Example compartmental/spike_initiation │ │ │ │ │ + * Example compartmental/bipolar_with_inputs2 │ │ │ │ │ * Example compartmental/morphotest │ │ │ │ │ * Example compartmental/bipolar_cell │ │ │ │ │ + * Example compartmental/bipolar_with_inputs │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.spatialneuron.spatialneuron.SpatialNeuron.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -186,30 +186,30 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -102,30 +102,30 @@ │ │ │ │ │ SpatialSubgroup. If it does not exist, returns the Group attribute. │ │ │ │ │ staticspatialneuron_segment(neuron, item)[source]¶ │ │ │ │ │ Selects a segment from SpatialNeuron neuron, where item is a slice │ │ │ │ │ of either compartment indexes or distances. Note a: segment is not │ │ │ │ │ a SpatialNeuron, only a Group. │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ * Example frompapers/Destexhe_et_al_1998 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_2012/Fig3CF │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brette_2012/Fig5A │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_2012/Fig4 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_2012/Fig3AB │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brette_2012/Fig1 │ │ │ │ │ - * Example compartmental/lfp │ │ │ │ │ - * Example compartmental/hodgkin_huxley_1952 │ │ │ │ │ - * Example compartmental/bipolar_with_inputs2 │ │ │ │ │ - * Example compartmental/bipolar_with_inputs │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_2012/Fig3AB │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_2012/Fig4 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_2012/Fig3CF │ │ │ │ │ * Example compartmental/rall │ │ │ │ │ - * Example compartmental/spike_initiation │ │ │ │ │ + * Example compartmental/lfp │ │ │ │ │ * Example compartmental/infinite_cable │ │ │ │ │ - * Example compartmental/morphotest │ │ │ │ │ * Example compartmental/cylinder │ │ │ │ │ * Example compartmental/hh_with_spikes │ │ │ │ │ + * Example compartmental/hodgkin_huxley_1952 │ │ │ │ │ + * Example compartmental/spike_initiation │ │ │ │ │ + * Example compartmental/bipolar_with_inputs2 │ │ │ │ │ + * Example compartmental/morphotest │ │ │ │ │ * Example compartmental/bipolar_cell │ │ │ │ │ + * Example compartmental/bipolar_with_inputs │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-brian-doc/docs/reference/brian2.synapses.synapses.Synapses.html │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ @@ -421,53 +421,53 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -232,53 +232,53 @@ │ │ │ │ │ register_variable(variable)[source]¶ │ │ │ │ │ Register a DynamicArray to be automatically resized when the size │ │ │ │ │ of the indices change. Called automatically when a │ │ │ │ │ SynapticArrayVariable specifier is created. │ │ │ │ │ unregister_variable(variable)[source]¶ │ │ │ │ │ Unregister a DynamicArray from the automatic resizing mechanism. │ │ │ │ │ ***** Tutorials and examples using this¶ ***** │ │ │ │ │ + * Tutorial 3-intro-to-brian-simulations │ │ │ │ │ * Tutorial 1-intro-to-brian-neurons │ │ │ │ │ * Tutorial 2-intro-to-brian-synapses │ │ │ │ │ - * Tutorial 3-intro-to-brian-simulations │ │ │ │ │ - * Example adaptive_threshold │ │ │ │ │ - * Example CUBA │ │ │ │ │ * Example COBAHH │ │ │ │ │ - * Example advanced/custom_events │ │ │ │ │ - * Example advanced/float_32_64_benchmark │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Kremer_et_al_2011_barrel_cortex │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brunel_Wang_2001 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Diesmann_et_al_1999 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Clopath_et_al_2010_no_homeostasis │ │ │ │ │ + * Example CUBA │ │ │ │ │ + * Example adaptive_threshold │ │ │ │ │ + * Example standalone/STDP_standalone │ │ │ │ │ + * Example standalone/cuba_openmp │ │ │ │ │ + * Example synapses/synapses │ │ │ │ │ + * Example synapses/jeffress │ │ │ │ │ + * Example synapses/gapjunctions │ │ │ │ │ + * Example synapses/spatial_connections │ │ │ │ │ + * Example synapses/licklider │ │ │ │ │ + * Example synapses/efficient_gaussian_connectivity │ │ │ │ │ + * Example synapses/STDP │ │ │ │ │ + * Example synapses/state_variables │ │ │ │ │ + * Example synapses/nonlinear │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Vogels_et_al_2011 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Brunel_Hakim_1999 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Izhikevich_2007 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Diesmann_et_al_1999 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Sturzl_et_al_2000 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brunel_Wang_2001 │ │ │ │ │ * Example frompapers/Clopath_et_al_2010_homeostasis │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Vogels_et_al_2011 │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_2_gchi_astrocyte │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_1_COBA │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_5_astro_ring │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Kremer_et_al_2011_barrel_cortex │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Izhikevich_2007 │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Clopath_et_al_2010_no_homeostasis │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Brette_2012/Fig5A │ │ │ │ │ * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_rsmean │ │ │ │ │ * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_3_io_synapse │ │ │ │ │ - * Example frompapers/Brette_2012/Fig5A │ │ │ │ │ - * Example synapses/nonlinear │ │ │ │ │ - * Example synapses/gapjunctions │ │ │ │ │ - * Example synapses/efficient_gaussian_connectivity │ │ │ │ │ - * Example synapses/synapses │ │ │ │ │ - * Example synapses/STDP │ │ │ │ │ - * Example synapses/licklider │ │ │ │ │ - * Example synapses/jeffress │ │ │ │ │ - * Example synapses/state_variables │ │ │ │ │ - * Example synapses/spatial_connections │ │ │ │ │ - * Example standalone/cuba_openmp │ │ │ │ │ - * Example standalone/STDP_standalone │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_4_synrel │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_6_COBA_with_astro │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_1_COBA │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_5_astro_ring │ │ │ │ │ + * Example frompapers/Stimberg_et_al_2018/example_2_gchi_astrocyte │ │ │ │ │ * Example compartmental/lfp │ │ │ │ │ * Example compartmental/bipolar_with_inputs2 │ │ │ │ │ * Example compartmental/bipolar_with_inputs │ │ │ │ │ + * Example advanced/float_32_64_benchmark │ │ │ │ │ + * Example advanced/custom_events │ │ │ │ │ [Logo] │ │ │ │ │ ****** Brian_2 ****** │ │ │ │ │ **** Navigation **** │ │ │ │ │ * Introduction │ │ │ │ │ * User’s_guide │ │ │ │ │ * Advanced_guide │ │ │ │ │ * Examples