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.....module_src_grom │ │ │ │ +00027260: 6163 735f 6170 706c 6965 645f 666f 7263 acs_applied_forc │ │ │ │ +00027270: 6573 5f61 7768 2623 3435 3b26 6774 3b6d es_awh->m │ │ │ │ +00027280: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ │ +00027290: 735f 7261 6e64 6f6d 3c2f 7469 746c 653e s_random │ │ │ │ +000272a0: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e . │ │ │ │ +00027370: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .....m │ │ │ │ +00027460: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ │ +00027470: 735f 6170 706c 6965 645f 666f 7263 6573 s_applied_forces │ │ │ │ +00027480: 5f61 7768 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 _awh->mod │ │ │ │ +00027490: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ │ +000274a0: 6d64 7275 6e75 7469 6c69 7479 3c2f 7469 mdrunutility</ti │ │ │ │ +000274b0: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ │ +000274c0: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 "none" stroke="# │ │ │ │ +000274d0: 3238 3266 6363 2220 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Module dependency graph
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The graph below shows the dependencies between the source code modules, computed from include statements in the code. For documented modules (those that do not have a gray background), clicking on the module takes you to the module documentation. Legend for the graph can be found below the graph.

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│ │ │ │ Legend

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The graph below annotates the colors and line styles used in the module dependency graph above. More detailed textual annotation is below the graph.

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Node colors:

│ │ │ │
gray background
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_10.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -263,29 +263,29 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['matrix3x3constspan_165', ['Matrix3x3ConstSpan', ['../namespacegmx.xhtml#a589179a4042893247bfe78e630ee381f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['matrix3x3span_166', ['Matrix3x3Span', ['../namespacegmx.xhtml#a42b7945e249b8dd5a00cd733e679c2a9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['matrix3x3tostring_167', ['Matrix3x3ToString', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03_1_1Matrix3x3ToString.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['matrix_5f_168', ['matrix_', ['../structgmx_1_1MrcDensitySkewData.xhtml#a8341d52116450b5e201979b68356df03', 1, 'gmx::MrcDensitySkewData']]], │ │ │ │ │ ['matrix_5fconvert_169', ['matrix_convert', ['../pbc_8cpp.xhtml#aec6c71950b4b9e1c90429eff68ea4168', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['matrixvectormultiply_170', ['matrixVectorMultiply', ['../namespacegmx.xhtml#a2f6cbfad1dad185c82ec9bee081833c5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['max_171', ['max', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf888030231e57e8c412cecd63f70f78', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::max()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a16f6bf4a20b14262f28168596d5bb8b9', 1, 'gmx::max()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#af3bf0caf1c448e8f298a0d2b60b34733', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::max()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a747866a072cff89a20b8f58621ae4bc5', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::max()'], │ │ │ │ │ + ['max_171', ['max', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a747866a072cff89a20b8f58621ae4bc5', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::max()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#a445e2fab20c2f008fd972f5e96cd8b68', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::max()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#aba294339d0eec4d12a1019d24848f0b9', 1, 'gmx::NormalDistribution::max()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#af043df37641bf3c31adc4b46164ef94c', 1, 'gmx::GammaDistribution::max()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a5db77b73c9d84977cd6a1e93427abb6b', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::max()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a41d9f565256e2af79951232a328ce054', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::max()'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga68bbfb58d0ab7d2362d0efde15c14ca3', 1, 'gmx::max(Simd4Double a, Simd4Double b)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga3c66081dde9666200461f364725a4085', 1, 'gmx::max(Simd4Float a, Simd4Float b)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa8475501c67be44a07c58f4aa43eed23', 1, 'gmx::max(const gmx::BasicVector< float > &v1, const gmx::BasicVector< float > &v2)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#af3bf0caf1c448e8f298a0d2b60b34733', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::max()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf888030231e57e8c412cecd63f70f78', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::max()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a16f6bf4a20b14262f28168596d5bb8b9', 1, 'gmx::max(double a, double b)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaceb279f0a831efc0d8e6be7d96c9e6d2', 1, 'gmx::max(SimdDouble a, SimdDouble b)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa8475501c67be44a07c58f4aa43eed23', 1, 'gmx::max(const gmx::BasicVector< float > &v1, const gmx::BasicVector< float > &v2)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga4edeef3c458f5c77cf3ceb80532a57ff', 1, 'gmx::max(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a35c7b010fbd32f5424afa0de0c70db6f', 1, 'gmx::max(float a, float b)'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a35c7b010fbd32f5424afa0de0c70db6f', 1, 'gmx::max(float a, float b)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga3c66081dde9666200461f364725a4085', 1, 'gmx::max(Simd4Float a, Simd4Float b)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga68bbfb58d0ab7d2362d0efde15c14ca3', 1, 'gmx::max(Simd4Double a, Simd4Double b)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['max_5f_172', ['max_', ['../structgmx_1_1MrcDataStatistics.xhtml#a3d4ebb4aee6f51e4383349225d3dee83', 1, 'gmx::MrcDataStatistics']]], │ │ │ │ │ ['max_5fbeta_173', ['max_beta', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#ac3907c78cd20eccc0e427c288bec058d', 1, 'gmx_enfrotgrp']]], │ │ │ │ │ ['max_5fconnect_174', ['max_connect', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a7c26cd85abd23d06de22e27ee68af042', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['max_5fcutoff2_175', ['max_cutoff2', ['../pbc_8cpp.xhtml#aa14c05a2e7b891ca9ce15895e75ff6db', 1, 'max_cutoff2(): pbc.cpp'], │ │ │ │ │ ['../structt__pbc.xhtml#a0648f104170187ab2a5656e7c16323d6', 1, 't_pbc::max_cutoff2'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -725,21 +725,21 @@ │ │ │ │ │ ['moleculeinformation_444', ['MoleculeInformation', ['../structMoleculeInformation.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['moleculepatch_445', ['MoleculePatch', ['../structMoleculePatch.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['moleculepatchdatabase_446', ['MoleculePatchDatabase', ['../structMoleculePatchDatabase.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['moleculepatchtype_447', ['MoleculePatchType', ['../hackblock_8h.xhtml#ab96ef77f5bc6d24fdd272b55f5206016', 1, 'hackblock.h']]], │ │ │ │ │ ['moleculesarewhole_448', ['MoleculesAreWhole', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9af6ea0d2701a81eb19f537c7c982b2fd8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['moleculetype_449', ['moleculetype', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mshift_8cpp_03.xhtml#ae9b5b921bcb8dd2b97cc0d6a14741216', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mshift.cpp}::moleculeType()'], │ │ │ │ │ ['../structAtomInMolblock.xhtml#adbd0c382ef27b472f0ad350a0142c809', 1, 'AtomInMolblock::moleculeType'], │ │ │ │ │ - ['../structMolecularTopologyAtomIndices.xhtml#ac033337827f14c4585e4b1ae9eb272e3', 1, 'MolecularTopologyAtomIndices::moleculeType'], │ │ │ │ │ + ['../structMoleculeType.xhtml', 1, 'MoleculeType'], │ │ │ │ │ ['../classAtomProxy.xhtml#a82511a69b9b329f73b3ecaa77c7e5df0', 1, 'AtomProxy::moleculeType()'], │ │ │ │ │ - ['../structMoleculeType.xhtml', 1, 'MoleculeType'] │ │ │ │ │ + ['../structMolecularTopologyAtomIndices.xhtml#ac033337827f14c4585e4b1ae9eb272e3', 1, 'MolecularTopologyAtomIndices::moleculeType'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['molname_450', ['molname', ['../structswap__group.xhtml#a1133a26ad7fa6ffc6614b1a50127f47d', 1, 'swap_group']]], │ │ │ │ │ - ['mols_451', ['mols', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#ab3aac1e190ed353a1e717fa5fa60b61a', 1, 'gmx::ImdSession::Impl::mols'], │ │ │ │ │ - ['../structMoleculeInformation.xhtml#a945c507ad8f991d11901cb3fcce96487', 1, 'MoleculeInformation::mols'] │ │ │ │ │ + ['mols_451', ['mols', ['../structMoleculeInformation.xhtml#a945c507ad8f991d11901cb3fcce96487', 1, 'MoleculeInformation::mols'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#ab3aac1e190ed353a1e717fa5fa60b61a', 1, 'gmx::ImdSession::Impl::mols'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['moltypehasvsite_452', ['moltypeHasVsite', ['../computemultibodycutoffs_8cpp.xhtml#a7759c5f444a2540620bd7aed6b99577a', 1, 'computemultibodycutoffs.cpp']]], │ │ │ │ │ ['momentum_453', ['momentum', ['../structSystemMomentum.xhtml#a12a78f8e5157ad1e319366a2e4bebc1c', 1, 'SystemMomentum']]], │ │ │ │ │ ['momentumfullstep_454', ['momentumFullStep', ['../structSystemMomenta.xhtml#ab8b254f7b2e18c4c7377bf444edad356', 1, 'SystemMomenta']]], │ │ │ │ │ ['momentumhalfstep_455', ['momentumHalfStep', ['../structSystemMomenta.xhtml#aa8d185ac5f2bc0357cb2065c31ebaa25', 1, 'SystemMomenta']]], │ │ │ │ │ ['momentumoldhalfstep_456', ['momentumOldHalfStep', ['../structSystemMomenta.xhtml#af9444ab09b89450b547c049d37cf052e', 1, 'SystemMomenta']]], │ │ │ │ │ ['mon_457', ['mon', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edvecs.xhtml#a09f4fe90ebb817228b3fb0824e790530', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edvecs']]], │ │ │ │ │ @@ -763,23 +763,23 @@ │ │ │ │ │ ['mpicommall_475', ['mpicommall', ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml#acca96094d4f43e2ae83ec208f1b99e88', 1, 'gmx::DomainCommForward::mpiCommAll()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml#ac550edb7920c56ccd8caf801c68cb054', 1, 'gmx::DomainCommBackward::mpiCommAll()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mpicommx_476', ['mpiCommX', ['../structPmeShared.xhtml#a4a18c130ef148fbaca140a4a47411227', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['mpicommy_477', ['mpiCommY', ['../structPmeShared.xhtml#ad622e2d0e19fc94d173231cd03e72afe', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['mpilibraryversionstring_478', ['mpiLibraryVersionString', ['../namespacegmx.xhtml#a49c75db6d97651626c88f9f23f4bffaa', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mpisetupvalid_479', ['mpiSetupValid', ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#aed91522d2a8bd6ddc44d716a07ed6a07', 1, 'gmx::test::MultiSimTest']]], │ │ │ │ │ - ['mpitest_2ecpp_480', ['mpitest.cpp', ['../tests_2mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mpitest_2ecpp_480', ['mpitest.cpp', ['../mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mpitest_2eh_481', ['mpitest.h', ['../mpitest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mpiwaitall_482', ['mpiWaitall', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02haloexchange_8cpp_03.xhtml#a6cc9ed97595c08f467311956380390ad', 1, 'gmx::anonymous_namespace{haloexchange.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['mrcdatamode_483', ['MrcDataMode', ['../namespacegmx.xhtml#a4355a7e0f393d42cbb5b2a47aefea966', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mrcdatastatistics_484', ['MrcDataStatistics', ['../structgmx_1_1MrcDataStatistics.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['mrcdensitymap_2ecpp_485', ['mrcdensitymap.cpp', ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mrcdensitymap_2ecpp_485', ['mrcdensitymap.cpp', ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymap_2eh_486', ['mrcdensitymap.h', ['../mrcdensitymap_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_487', ['MrcDensityMapHeader', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2ecpp_488', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2eh_489', ['mrcdensitymapheader.h', ['../mrcdensitymapheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_11.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -444,28 +444,28 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_2ecpp_297', ['nnpottopologypreprocessor.cpp', ['../nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_2eh_298', ['nnpottopologypreprocessor.h', ['../nnpottopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessortest_299', ['NNPotTopologyPreprocessorTest', ['../classgmx_1_1test_1_1NNPotTopologyPreprocessorTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['nnstl_300', ['NNSTL', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#aa7bb25f96f0e989b4b7c45d407a1b63c', 1, 'pairlist_tuning.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['no_301', ['no', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ab1684f724061fbe3bfdd1efde3e715e7abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#abb4f062823c006fc233c4b4bcb0119ecabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ │ - ['../md__enums_8h.xhtml#ab1fce6aba35ca024e1ac818bdf1d5d15abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ │ - ['../md__enums_8h.xhtml#a4434e158af47f6a5cbc228465ade1511abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ │ + ['no_301', ['no', ['../md__enums_8h.xhtml#a7f23540ff5222f8735be151f3cbd1b2fabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#a07be3f2d86a9b6337ff8c4853a0fb8b8abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ │ - ['../md__enums_8h.xhtml#a7f23540ff5222f8735be151f3cbd1b2fabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aa82610508a501aa57b8b5be5054920f2abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::Bias::No'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aa82610508a501aa57b8b5be5054920f2abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::Bias::No'], │ │ │ │ │ + ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['no_5fdelete_302', ['no_delete', ['../structgmx_1_1no__delete.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['no_5fvalue_303', ['NO_VALUE', ['../selvalue_8h.xhtml#a70b42b87d434580bf1493591857b8beca4d694119ce83b62d74ff06b5e017dca8', 1, 'selvalue.h']]], │ │ │ │ │ ['noappending_304', ['NoAppending', ['../namespacegmx.xhtml#afd6f3326407d61e4364f4bfeeebe5f03a95924eff082d0bc6529c77794edce7c8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['nocallparameter_305', ['NoCallParameter', ['../classgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_4_1_1NoCallParameter.xhtml', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier<>']]], │ │ │ │ │ ['nocontentsmatch_306', ['NoContentsMatch', ['../classgmx_1_1test_1_1NoContentsMatch.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['nodeid_307', ['nodeid', ['../structPmeShared.xhtml#a3cb7f7f195edc383281687d9eb107973', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ @@ -474,16 +474,16 @@ │ │ │ │ │ ['nodelete_2eh_310', ['nodelete.h', ['../nodelete_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nodes_311', ['nodes', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Numa.xhtml#a09d015a6bc89da23f7152cbc5495a460', 1, 'gmx::HardwareTopology::Numa']]], │ │ │ │ │ ['noguarantee_312', ['NoGuarantee', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ab1f3d3b15c2fba228004f1fbda97ad53', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['non_20bonded_20algorithm_313', ['The NxM atom-cluster non-bonded algorithm', ['../page_nbnxm.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['non_20bonded_20interaction_20module_314', ['Short-range non-bonded interaction module', ['../group______module__nbnxm.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['non_20bonded_20pair_20interactions_315', ['Non-bonded pair interactions', ['../group__module__nbnxm.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['non_20mdp_20option_20module_20parameters_316', ['Storing non-mdp option module parameters', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md7', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#aaa3b31154447ead4f82a4f703cbbb72e', 1, 'gmx::NormalDistribution::operator==()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ab4eceef543b7c7870a20aa540c4ee14f', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::operator==()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#abdd84b4ad2be63bab6281d334a52b8f4', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::operator==()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#a9326cd205dd093e9d6fc22aa590348d3', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#ad4fcfc7ee9414785a066f05c6592d20e', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::operator==()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a51e148261d27165d5999d24b1efa7d29', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8e84daaa940cc3848999e435e69a5c25', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::operator==()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a51e148261d27165d5999d24b1efa7d29', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#ad4fcfc7ee9414785a066f05c6592d20e', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::operator==()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#a9326cd205dd093e9d6fc22aa590348d3', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#abdd84b4ad2be63bab6281d334a52b8f4', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::operator==()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ab4eceef543b7c7870a20aa540c4ee14f', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::operator==()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#aaa3b31154447ead4f82a4f703cbbb72e', 1, 'gmx::NormalDistribution::operator==()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml#a59e459feab609adf418f245fe3306fe3', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::operator==()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['../group__module__simd.xhtml#ga37544015fbce9d2b11dce07e159e878b', 1, 'gmx::operator^(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaad7bb7baf5edd91a8707584c9cdc086e', 1, 'gmx::operator^(Simd4Double a, Simd4Double b)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaad7bb7baf5edd91a8707584c9cdc086e', 1, 'gmx::operator^(Simd4Double a, Simd4Double b)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gabb7e81f2ef83cfb9aaae088c8762c2b0', 1, 'gmx::operator^(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['operator_7c_135', ['operator|', ['../group__module__simd.xhtml#gabcaa9a287c021ad7e3507311ffe23497', 1, 'gmx::operator|(Simd4Double a, Simd4Double b)'], │ │ │ │ │ + ['operator_7c_135', ['operator|', ['../group__module__simd.xhtml#ga69973d1808eb0e8e60715d3abf01cd22', 1, 'gmx::operator|(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gad759e852213903c61d6d4b9053e794fc', 1, 'gmx::operator|(Simd4Float a, Simd4Float b)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga72cbfbcd5395b355e242f2ef4284f5c5', 1, 'gmx::operator|(SimdDouble a, SimdDouble b)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga65d3eb9cd43b33b4665dfe676c0e79d2', 1, 'gmx::operator|(SimdDInt32 a, SimdDInt32 b)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a3320b083043b67b957a2a0f0d7afc331', 1, 'gmx::FlagsTemplate::operator|()'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga69973d1808eb0e8e60715d3abf01cd22', 1, 'gmx::operator|(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaf6f2042babc63e1b20b08ed61d859f74', 1, 'gmx::operator|(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gabcaa9a287c021ad7e3507311ffe23497', 1, 'gmx::operator|(Simd4Double a, Simd4Double b)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaf6f2042babc63e1b20b08ed61d859f74', 1, 'gmx::operator|(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a3320b083043b67b957a2a0f0d7afc331', 1, 'gmx::FlagsTemplate::operator|(const FlagsTemplate< FlagType > &other) const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['operator_7c_3d_136', ['operator|=', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#ae042cf7992ac906cf26a15a08708b779', 1, 'gmx::FlagsTemplate']]], │ │ │ │ │ - ['operator_7c_7c_137', ['operator||', ['../group__module__simd.xhtml#gab7b197309edc60323a129fa9620a7400', 1, 'gmx::operator||(SimdFIBool a, SimdFIBool b)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga5d5483d15fe15e3c3eaf1e4e90e53f90', 1, 'gmx::operator||(Simd4DBool a, Simd4DBool b)'], │ │ │ │ │ + ['operator_7c_7c_137', ['operator||', ['../group__module__simd.xhtml#ga5d5483d15fe15e3c3eaf1e4e90e53f90', 1, 'gmx::operator||(Simd4DBool a, Simd4DBool b)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaf2ab4b4f3d3e7f6e9a012df64c1d9f3c', 1, 'gmx::operator||(Simd4FBool a, Simd4FBool b)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gad1da27c5bc4fd40afe78810c7b6e0730', 1, 'gmx::operator||(SimdDBool a, SimdDBool b)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga2382ca9a262a0503bb5dcfcec09df671', 1, 'gmx::operator||(SimdDIBool a, SimdDIBool b)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga5595db8a2c813f0ae078285a1b6b8bd3', 1, 'gmx::operator||(SimdFBool a, SimdFBool b)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga5595db8a2c813f0ae078285a1b6b8bd3', 1, 'gmx::operator||(SimdFBool a, SimdFBool b)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gab7b197309edc60323a129fa9620a7400', 1, 'gmx::operator||(SimdFIBool a, SimdFIBool b)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['operator_7e_138', ['operator~', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a38267207d85020c70e257cd26f526077', 1, 'gmx::FlagsTemplate']]], │ │ │ │ │ ['opt_139', ['opt', ['../structt__filenm.xhtml#ae5882b5fc5beeb495f11a2e9307c64aa', 1, 't_filenm']]], │ │ │ │ │ ['opt2bset_140', ['opt2bset', ['../group__module__commandline.xhtml#gaeeff60cfe846f34b5f2c29d786bf125c', 1, 'opt2bSet(const char *opt, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'], │ │ │ │ │ ['../group__module__commandline.xhtml#gaeeff60cfe846f34b5f2c29d786bf125c', 1, 'opt2bSet(const char *opt, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['opt2file_141', ['opt2FILE', ['../group__module__commandline.xhtml#gab26cf759c91577b19db7e87b2922d1b9', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ │ @@ -510,74 +510,74 @@ │ │ │ │ │ ['../tests_2optimization_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optimization_2eh_155', ['optimization.h', ['../optimization_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optimize_5farithmetic_5fexpressions_156', ['optimize_arithmetic_expressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#aa22e901f96e3edaa72c2e222ed75bd01', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['optimize_5fboolean_5fexpressions_157', ['optimize_boolean_expressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#aaf983339164e05e4e7319e88683ca6d6', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['optimize_5fsurface_5fpoints_158', ['optimize_surface_points', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#aadef1b206fd479d83a526a388faa275e', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]], │ │ │ │ │ ['optimizeddcells_159', ['optimizeDDCells', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a0116fb195a0ff21854f683c3d8676b5a', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['option_160', ['option', ['../structt__pargs.xhtml#a11d53770ae18dbb0a0320c925b4ebc35', 1, 't_pargs::option'], │ │ │ │ │ + ['option_160', ['option', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#adc99ae3c6896ed469ae9a4aff7423cd9', 1, 'gmx::OptionInfo::option() const'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a1ec4a05fce3bfa125c320dd8e0cfc604', 1, 'gmx::OptionInfo::option()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#adc99ae3c6896ed469ae9a4aff7423cd9', 1, 'gmx::OptionInfo::option() const'] │ │ │ │ │ + ['../structt__pargs.xhtml#a11d53770ae18dbb0a0320c925b4ebc35', 1, 't_pargs::option'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['option_20module_20parameters_161', ['Storing non-mdp option module parameters', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md7', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['option_2ecpp_162', ['option.cpp', ['../option_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionfiletype_163', ['OptionFileType', ['../group__module__options.xhtml#ga322a6d38e527f46b273c08583a31665d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionfiletype_2eh_164', ['optionfiletype.h', ['../optionfiletype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionflag_165', ['OptionFlag', ['../namespacegmx.xhtml#ad86fc7354045be1e1456c019b8f97c25', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionflags_166', ['OptionFlags', ['../namespacegmx.xhtml#a0b60cc84dcdf372e00a5084712630993', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionflags_2eh_167', ['optionflags.h', ['../optionflags_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['optioninfo_168', ['optioninfo', ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#adfec3df516810853d338d2a19f3082cb', 1, 'gmx::StringOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['optioninfo_168', ['optioninfo', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::OptionInfo'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a28702d9e5916402f81fe48c541a260bc', 1, 'gmx::OptionInfo::OptionInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#a92005e65992f933cee89ac8e73364c26', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml#ae7e23ab9895809f8529112419a0d6868', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a7d87e123198297afec33a2f9e047afea', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#ac565fab34f14163b1e8591c73b13179b', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#adbdf1a9b814e0e4ce1d33726c51c3527', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#adfec3df516810853d338d2a19f3082cb', 1, 'gmx::StringOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a22c2a72cd49b6566794868f635f363fb', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DoubleOptionStorage.xhtml#a6a468029afea3a69795399893e9c9e61', 1, 'gmx::DoubleOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Int64OptionStorage.xhtml#a3b575c5b59217bd0f94ff8a44aa1c9b5', 1, 'gmx::Int64OptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IntegerOptionStorage.xhtml#a51929f25babbe05a1b8829acd081702a', 1, 'gmx::IntegerOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BooleanOptionStorage.xhtml#a6dcd9cecae230e1d8f9551d329fb6fbc', 1, 'gmx::BooleanOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a14a9360077f79b7c0f768260fa807796', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::OptionInfo'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a14a9360077f79b7c0f768260fa807796', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::optionInfo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['optionlist_169', ['optionlist', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a9bcab8534a29f710047bfcccba220da1', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::OptionList'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#abd2f04d3b754c9be06639ee28a16e0e7', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::OptionList'] │ │ │ │ │ + ['optionlist_169', ['optionlist', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#abd2f04d3b754c9be06639ee28a16e0e7', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::OptionList'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a9bcab8534a29f710047bfcccba220da1', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::OptionList'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionmanagercontainer_170', ['OptionManagerContainer', ['../classgmx_1_1OptionManagerContainer.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionmanagercontainer_2eh_171', ['optionmanagercontainer.h', ['../optionmanagercontainer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionmap_172', ['OptionMap', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#aa8de9d9b14647ede508a45dfb7ebbd22', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ │ ['optionmap_5f_173', ['optionMap_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#aec29c46247eccc69f7ffa3f5c9cebed4', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ │ ['options_174', ['options', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#section_trajectoryanalysisframework_options', 1, 'Input options'], │ │ │ │ │ ['../page_energyanalysisframework.xhtml#section_energyanalysisframework_options', 1, 'Input options'], │ │ │ │ │ ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md83', 1, 'Input options'], │ │ │ │ │ ['../classgmx__reverse__top__t.xhtml#a1784e4b777f6805ec9e792f04fa2b78a', 1, 'gmx_reverse_top_t::options()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Options.xhtml', 1, 'gmx::Options'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#af6fe6e0a4bd11c13b7f64e60dfe59c2b', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder::options()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a488515445eb8fd101a43b1903e64bdbf', 1, 'gmx::Options::Options()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#af6fe6e0a4bd11c13b7f64e60dfe59c2b', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder::options()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Options.xhtml', 1, 'gmx::Options'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['options_20options_175', ['Extensible Handling of Options (options)', ['../group__module__options.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['options_2ecpp_176', ['options.cpp', ['../options_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['options_2eh_177', ['options.h', ['../src_2gromacs_2domdec_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../api_2legacy_2include_2gromacs_2options_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['options_2eh_177', ['options.h', ['../api_2legacy_2include_2gromacs_2options_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../src_2gromacs_2domdec_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['options_5f_178', ['options_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a461bcb33bd4d0aed73b9a02f46963ba4', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::options_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a82e46f05bb9b7b80b013b6c614089228', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::options_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#a292a0c6cfed7148f01a99b95d8f8d7f4', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl::options_'], │ │ │ │ │ + ['options_5f_178', ['options_', ['../classgmx_1_1test_1_1FlagTest.xhtml#af80844cb3a58c500effbefef505aab8b', 1, 'gmx::test::FlagTest::options_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a461bcb33bd4d0aed73b9a02f46963ba4', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::options_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a9baa833f1ccfd071e838765eb5de135e', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl::options_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#aa0b581c60a66865d20e59c0b7734729c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::options_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FlagTest.xhtml#af80844cb3a58c500effbefef505aab8b', 1, 'gmx::test::FlagTest::options_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a9baa833f1ccfd071e838765eb5de135e', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl::options_'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#a292a0c6cfed7148f01a99b95d8f8d7f4', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl::options_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a82e46f05bb9b7b80b013b6c614089228', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::options_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['options_5fimpl_2eh_179', ['options_impl.h', ['../options__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['optionsadapter_180', ['optionsadapter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml#a1f9a304d7b9fb1e0ecf1e1241be78a04', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter::OptionsAdapter()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter'] │ │ │ │ │ + ['optionsadapter_180', ['optionsadapter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml#a1f9a304d7b9fb1e0ecf1e1241be78a04', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter::OptionsAdapter()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['optionsassigner_181', ['optionsassigner', ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a597cdff9412b378552b0419beb08fb2f', 1, 'gmx::Options::OptionsAssigner'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a1ec73dc8457bd1a10e4542b0617aac2c', 1, 'gmx::OptionsAssigner::OptionsAssigner()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml', 1, 'gmx::OptionsAssigner'] │ │ │ │ │ + ['optionsassigner_181', ['optionsassigner', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a1ec73dc8457bd1a10e4542b0617aac2c', 1, 'gmx::OptionsAssigner::OptionsAssigner()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml', 1, 'gmx::OptionsAssigner'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a597cdff9412b378552b0419beb08fb2f', 1, 'gmx::Options::OptionsAssigner'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsassigner_2ecpp_182', ['optionsassigner.cpp', ['../tests_2optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsassigner_2eh_183', ['optionsassigner.h', ['../optionsassigner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionsbehaviorcollection_184', ['optionsbehaviorcollection', ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a74526a586cd629ef3cf99fea463e57f1', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::OptionsBehaviorCollection()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection'] │ │ │ │ │ @@ -592,48 +592,48 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsectionimpl_189', ['optionsectionimpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ad732e164448081e172643b2e192e1d68', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::OptionSectionImpl()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsfilter_190', ['optionsfilter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsFilter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsFilter.xhtml#aacaefce8572e2ffc40493686194daf32', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter::OptionsFilter()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['optionsfinished_191', ['optionsfinished', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a39dbf3ae0c6cd27e41260525cdc81934', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#ace80320e3379cc01c79e52c2a51e4e56', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ + ['optionsfinished_191', ['optionsfinished', ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#ace80320e3379cc01c79e52c2a51e4e56', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a96e859a1f8ceb6bd4c430944a4f3faaa', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#afa3457cc922f1d16c4c19cec740e0442', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1Msd.xhtml#a0b40f3faf4d88711bbabac660aa3f597', 1, 'gmx::analysismodules::Msd::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ac18e2436bac7d70a0a973166150b3683', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#gad6e3bdf7096e4c88b9ff8cf4e1ad9739', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Rdf::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#a03b3e6895e314ca7ea90359ed0a3fedd', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ac18e2436bac7d70a0a973166150b3683', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a0e51c68861417e488fcb2a61b425887a', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#afa3457cc922f1d16c4c19cec740e0442', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::optionsFinished()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a39dbf3ae0c6cd27e41260525cdc81934', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a0e51c68861417e488fcb2a61b425887a', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinished()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['optionsfinishing_192', ['optionsfinishing', ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a677d18d5dc8e7656783ca21b486055d2', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinishing()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a2d687df65d56514816478fcda042c3b1', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinishing()'], │ │ │ │ │ + ['optionsfinishing_192', ['optionsfinishing', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a40693bc93fd435e9fb88c14f68dc709f', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinishing()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ab968390f8410e64d43021d5d7455154b', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinishing()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a40693bc93fd435e9fb88c14f68dc709f', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinishing()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a2d687df65d56514816478fcda042c3b1', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinishing()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a677d18d5dc8e7656783ca21b486055d2', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinishing()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsimpl_193', ['OptionsImpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionsImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ │ ['optionsiterator_194', ['optionsiterator', ['../classgmx_1_1OptionsIterator.xhtml', 1, 'gmx::OptionsIterator'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsIterator.xhtml#a04e208ff7282fa44bcf65172bf5ec6bc', 1, 'gmx::OptionsIterator::OptionsIterator(const OptionSectionInfo &section)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsIterator.xhtml#a85a4bbdac8294e17f46c19b869ec18ad', 1, 'gmx::OptionsIterator::OptionsIterator(const Options &options)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['optionslistformatter_195', ['optionslistformatter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsListFormatter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__commandline.xhtml#gae57df389ee654625f4f37889feb0d1af', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter::OptionsListFormatter()'] │ │ │ │ │ + ['optionslistformatter_195', ['optionslistformatter', ['../group__module__commandline.xhtml#gae57df389ee654625f4f37889feb0d1af', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter::OptionsListFormatter()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsListFormatter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsmodifyingiterator_196', ['optionsmodifyingiterator', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#aaa68f5b4806f54f03162b53b4b0a6965', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(OptionSectionInfo *section)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#af187e7362d387745eb6f6484f6468305', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(Options *options)'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#af187e7362d387745eb6f6484f6468305', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(Options *options)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#aaa68f5b4806f54f03162b53b4b0a6965', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(OptionSectionInfo *section)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsmodifyingtypevisitor_197', ['OptionsModifyingTypeVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingTypeVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionsmodifyingtypevisitor_3c_20floatingpointoptioninfo_20_3e_198', ['OptionsModifyingTypeVisitor< FloatingPointOptionInfo >', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingTypeVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionsmodifyingvisitor_199', ['OptionsModifyingVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionsmodulesettings_5f_200', ['optionsModuleSettings_', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings_1_1Impl.xhtml#aa30802598cfbc0bfa82a65579e47651a', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['optionstoragetemplate_201', ['optionstoragetemplate', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a141155fc18064e65d14e23f2c26f8b6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const AbstractOption &settings, StorePointer store)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a979a7a8f2176df65f7ba26e52e67da6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const OptionTemplate< T, U > &settings, OptionFlags staticFlags=OptionFlags())'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate< T >'] │ │ │ │ │ + ['optionstoragetemplate_201', ['optionstoragetemplate', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate< T >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a141155fc18064e65d14e23f2c26f8b6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const AbstractOption &settings, StorePointer store)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a979a7a8f2176df65f7ba26e52e67da6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const OptionTemplate< T, U > &settings, OptionFlags staticFlags=OptionFlags())'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_2eh_202', ['optionstoragetemplate.h', ['../optionstoragetemplate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20bool_20_3e_203', ['OptionStorageTemplate< bool >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20double_20_3e_204', ['OptionStorageTemplate< double >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20float_20_3e_205', ['OptionStorageTemplate< float >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20int_20_3e_206', ['OptionStorageTemplate< int >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20int64_5ft_20_3e_207', ['OptionStorageTemplate< int64_t >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -650,16 +650,16 @@ │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplatesimple_3c_20int_20_3e_215', ['OptionStorageTemplateSimple< int >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplatesimple_3c_20int64_5ft_20_3e_216', ['OptionStorageTemplateSimple< int64_t >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplatesimple_3c_20std_3a_3astring_20_3e_217', ['OptionStorageTemplateSimple< std::string >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionstypevisitor_218', ['OptionsTypeVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsTypeVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionsvisitor_219', ['OptionsVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionsvisitor_2ecpp_220', ['optionsvisitor.cpp', ['../optionsvisitor_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionsvisitor_2eh_221', ['optionsvisitor.h', ['../optionsvisitor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['optiontemplate_222', ['optiontemplate', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a6549910fea5db3f97397efa24de4148a', 1, 'gmx::OptionTemplate::OptionTemplate()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx::OptionTemplate< T, U >'] │ │ │ │ │ + ['optiontemplate_222', ['optiontemplate', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx::OptionTemplate< T, U >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a6549910fea5db3f97397efa24de4148a', 1, 'gmx::OptionTemplate::OptionTemplate()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20bool_2c_20booleanoption_20_3e_223', ['OptionTemplate< bool, BooleanOption >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20double_2c_20doubleoption_20_3e_224', ['OptionTemplate< double, DoubleOption >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20enumtype_2c_20enumoption_3c_20enumtype_20_3e_20_3e_225', ['OptionTemplate< EnumType, EnumOption< EnumType > >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20enumtype_2c_20legacyenumoption_3c_20enumtype_20_3e_20_3e_226', ['OptionTemplate< EnumType, LegacyEnumOption< EnumType > >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20float_2c_20floatoption_20_3e_227', ['OptionTemplate< float, FloatOption >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20int_2c_20integeroption_20_3e_228', ['OptionTemplate< int, IntegerOption >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -677,23 +677,23 @@ │ │ │ │ │ ['optionvalueconvertersimple_3c_20std_3a_3astring_20_3e_240', ['OptionValueConverterSimple< std::string >', ['../classgmx_1_1OptionValueConverterSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionvalueconvertersimple_3c_20t_20_3e_241', ['OptionValueConverterSimple< T >', ['../classgmx_1_1OptionValueConverterSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionvaluestorenull_242', ['OptionValueStoreNull', ['../classgmx_1_1OptionValueStoreNull.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['oracle_243', ['Oracle', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a30162ed78b6c10f731411f2fc440c24f', 1, 'gmx::CpuInfo']]], │ │ │ │ │ ['order_244', ['Order', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#a3906f1a6891bba7e415ad2b7d3c4cef0aa240fa27925a635b08dc28c9e4f9216d', 1, 'pme_gpu_constants.h']]], │ │ │ │ │ ['ordersquared_245', ['OrderSquared', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#a3906f1a6891bba7e415ad2b7d3c4cef0a3d710f4169b9fe35b6d53ef728db2bf6', 1, 'pme_gpu_constants.h']]], │ │ │ │ │ ['ordertensors_246', ['orderTensors', ['../structt__oriresdata.xhtml#a7bcf5d4b19c3f7dff0f62066056a76e0', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ - 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['organizemdpfile_249', ['organizemdpfile', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a95d29a9c1a3348aea0efde31261482f4', 1, 'gmx::test::organizeMdpFile()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#aa343a83ca442cb66ced3c1daa04f1ee1', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::organizeMdpFile()'] │ │ │ │ │ + ['organizemdpfile_249', ['organizemdpfile', ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#aa343a83ca442cb66ced3c1daa04f1ee1', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::organizeMdpFile()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a95d29a9c1a3348aea0efde31261482f4', 1, 'gmx::test::organizeMdpFile()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['orgid_250', ['orgid', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a480c734c65ad2a432690b7d27663fb40', 1, 'gmx_ana_indexmap_t']]], │ │ │ │ │ ['orientations_251', ['orientations', ['../structt__oriresdata.xhtml#a12816bf0b47ebfe75ee47d8cc403e5f3', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['orientationsensembleav_252', ['orientationsEnsembleAv', ['../structt__oriresdata.xhtml#affb07a897c704f0b9c82c0c4013827aa', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['orientationsensembleavbuffer_253', ['orientationsEnsembleAvBuffer', ['../structt__oriresdata.xhtml#aca3212ff4bdbddeae3982399f4e29c7d', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['orientationstimeandensembleav_254', ['orientationsTimeAndEnsembleAv', ['../structt__oriresdata.xhtml#a128bef8adaf9af44543495daf25e12cf', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['orientationstimeandensembleavbuffer_255', ['orientationsTimeAndEnsembleAvBuffer', ['../structt__oriresdata.xhtml#a9ca5caaf9f175ebf180358fffc6972db', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ @@ -702,107 +702,107 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GridAxis.xhtml#ac2cc23846a7de6ebea1e0fbce98b3833', 1, 'gmx::GridAxis::origin()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['orire_5fdtav_258', ['orire_Dtav', ['../classhistory__t.xhtml#a92a289ae075daedd89d6971c6ed38c1a', 1, 'history_t']]], │ │ │ │ │ ['orire_5finitf_259', ['orire_initf', ['../classhistory__t.xhtml#a6047d3a9ba6318f77225bb5da2c92b40', 1, 'history_t']]], │ │ │ │ │ ['orires_260', ['orires', ['../orires_8h.xhtml#ae3c8481da82a990b246b4ad54441b52f', 1, 'orires.h']]], │ │ │ │ │ ['orires_2ecpp_261', ['orires.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2orires_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['orires_2eh_262', ['orires.h', ['../orires_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['osid_263', ['osid', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a683fb54496f56a5dfe28b9691fa1010a', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor::osId'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1ProcessingUnit.xhtml#a839e7cf8430f20220c1bb0a04e29d4a6', 1, 'gmx::HardwareTopology::ProcessingUnit::osId'], │ │ │ │ │ + ['osid_263', ['osid', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02cpuinfo_8cpp_03_1_1ApicInfo.xhtml#ab8c6e6ec23a07ff79d628f8826c6d54f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cpuinfo.cpp}::ApicInfo::osId'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#a9917bc1fbe9a4b4faff98af24515b0ff', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor::osId'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02cpuinfo_8cpp_03_1_1ApicInfo.xhtml#ab8c6e6ec23a07ff79d628f8826c6d54f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cpuinfo.cpp}::ApicInfo::osId'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1ProcessingUnit.xhtml#a839e7cf8430f20220c1bb0a04e29d4a6', 1, 'gmx::HardwareTopology::ProcessingUnit::osId'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a683fb54496f56a5dfe28b9691fa1010a', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor::osId'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['osidtopuid_264', ['osIdToPuId', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Machine.xhtml#a2e9f194ebef1a97eb7fa9f533b192449', 1, 'gmx::HardwareTopology::Machine']]], │ │ │ │ │ ['other_265', ['Other', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0a6311ae17c1ee52b36e68aaf4ad066387', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['other_20formats_266', ['Help in other formats', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md74', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['other_20older_20approaches_267', ['Other (older) approaches', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md44', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['out_5fangles_268', ['out_angles', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a592a9fb71898d053bc1126cede0ecd17', 1, 'gmx_enfrot']]], │ │ │ │ │ ['out_5frot_269', ['out_rot', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a2714985fe3702a12979dbc6a4143d895', 1, 'gmx_enfrot']]], │ │ │ │ │ ['out_5fslabs_270', ['out_slabs', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a6d0ff8951b1f6e3e13cc92a2afe264cd', 1, 'gmx_enfrot']]], │ │ │ │ │ ['out_5ftorque_271', ['out_torque', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a1b9f6d19f38a3ef925d4f7cc344a46d0', 1, 'gmx_enfrot']]], │ │ │ │ │ ['outerproductevaluator_272', ['OuterProductEvaluator', ['../classgmx_1_1OuterProductEvaluator.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['outerproductzy_5f_273', ['outerproductzy_', ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#a2fe305552e1af0f9f15def4587506c3d', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::outerProductZY_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#a76744dcca53d7159aaf07d2b78052dbc', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::outerProductZY_'] │ │ │ │ │ + ['outerproductzy_5f_273', ['outerproductzy_', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#a76744dcca53d7159aaf07d2b78052dbc', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::outerProductZY_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#a2fe305552e1af0f9f15def4587506c3d', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::outerProductZY_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outf_274', ['outf', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a418bdf83009d84dc28c7ccc0b9591bb1', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['outinit_275', ['outinit', ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#ab6f368546e7a0605669f6ffa9a4e1184', 1, 'gmx_ana_selmethod_t']]], │ │ │ │ │ ['output_276', ['output', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md101', 1, 'Coordinate data output'], │ │ │ │ │ ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md86', 1, 'Output'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['output_20data_20analysisdata_277', ['Parallelizable Handling of Output Data (analysisdata)', ['../group__module__analysisdata.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['output_20data_20handling_278', ['output data handling', ['../page_analysisdata.xhtml', 1, 'Analysis output data handling'], │ │ │ │ │ ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md100', 1, 'Output data handling'], │ │ │ │ │ ['../page_energyanalysisframework.xhtml#autotoc_md90', 1, 'Output data handling'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['output_2eh_279', ['output.h', ['../output_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['outputadaptercontainer_280', ['outputadaptercontainer', ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#aaf6aa8b1a9e26274a1184a78b28daf68', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(CoordinateFileFlags abilities)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#a24e4389e62ce62e3e170fd0293112ddf', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(unsigned long abilities)'], │ │ │ │ │ + ['outputadaptercontainer_280', ['outputadaptercontainer', ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#a24e4389e62ce62e3e170fd0293112ddf', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(unsigned long abilities)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#aaf6aa8b1a9e26274a1184a78b28daf68', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(CoordinateFileFlags abilities)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['outputadaptercontainer_2ecpp_281', ['outputadaptercontainer.cpp', ['../tests_2outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['outputadaptercontainer_2ecpp_281', ['outputadaptercontainer.cpp', ['../outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputadaptercontainer_2eh_282', ['outputadaptercontainer.h', ['../outputadaptercontainer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['outputadapterpointer_283', ['OutputAdapterPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a931d7c3f10f668b68f3307c9a23aac82', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['outputadapters_2ecpp_284', ['outputadapters.cpp', ['../outputadapters_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['outputadapters_2eh_285', ['outputadapters.h', ['../outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputbuffer_286', ['outputbuffer', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a844a4b89e2ec0a9150dd46960e998744', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::outputBuffer(int thread) const'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a6bde4c4dc88ba22650ae13cb977bfffd', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::outputBuffer(int thread)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputbuffers_287', ['outputBuffers', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a13e67345005e7b132821c867340d881d', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ │ ['outputenv_5f_288', ['outputEnv_', ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#aa1aa20355975f59f3a92ff3e3b6926e3', 1, 'gmx::SimulatorEnv']]], │ │ │ │ │ - ['outputfile_289', ['outputfile', ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml#a95a59e0ec86cab7744c655097d17b211', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener::outputFile()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a655c0f595a738d56078de302e756840d', 1, 'gmx::HelpWriterContext::outputFile()'], │ │ │ │ │ - ['../classOutputFile.xhtml#ac7a960d433c068b45d1a4d69db2afab4', 1, 'OutputFile::OutputFile()'], │ │ │ │ │ + ['outputfile_289', ['outputfile', ['../classOutputFile.xhtml', 1, 'OutputFile'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a80e635f1f2b0eac13821b49a09a16936', 1, 'gmx::FileNameOption::outputFile()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a655c0f595a738d56078de302e756840d', 1, 'gmx::HelpWriterContext::outputFile()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#ac25520de7a467ddeec04197c1b5396c9', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::outputFile'], │ │ │ │ │ - ['../classOutputFile.xhtml', 1, 'OutputFile'] │ │ │ │ │ + ['../classOutputFile.xhtml#ac7a960d433c068b45d1a4d69db2afab4', 1, 'OutputFile::OutputFile()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml#a95a59e0ec86cab7744c655097d17b211', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener::outputFile()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputfiles_290', ['outputFiles', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03_1_1StartingBehaviorHandler.xhtml#a9e9db68654dfa6a3ab2e55fc02a5457f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}::StartingBehaviorHandler']]], │ │ │ │ │ ['outputfiles_2ecpp_291', ['outputfiles.cpp', ['../outputfiles_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['outputfilestestparams_292', ['OutputFilesTestParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02outputfiles_8cpp_03.xhtml#a8a8f20526e2ec669992bc40c061b1045', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{outputfiles.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['outputfiletype_293', ['OutputFileType', ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a0d9fdb0da3e9c99ad58a3e02bcd01fbc', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['outputforces_294', ['outputForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a52c053d2f484872840df51fd76eb07d1', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['outputformat_295', ['outputFormat', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a6a6f292ac89470c9070141d96ce46213', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]], │ │ │ │ │ ['outputparametergeneratorfunction_296', ['OutputParameterGeneratorFunction', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4d3f74cfb6fe86190ac6944586d98cc2', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['outputparameters_297', ['outputParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#af69e1aa96a402756bc085f8c0e4a6e3e', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - 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['outputrootentry_5f_303', ['outputrootentry_', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a4e8eac53ae3b582467529619b38399a8', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl::outputRootEntry_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a0a3b479f7489afaa61e604660a15ae19', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl::outputRootEntry_'] │ │ │ │ │ + ['outputrootentry_5f_303', ['outputrootentry_', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a0a3b479f7489afaa61e604660a15ae19', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl::outputRootEntry_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a4e8eac53ae3b582467529619b38399a8', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl::outputRootEntry_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['outputselector_304', ['outputselector', ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#adfdcfbbeb5cbf85a8ec3cd2c0c92ab69', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(const Selection &sel)'], │ │ │ │ │ + ['outputselector_304', ['outputselector', ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml', 1, 'gmx::OutputSelector'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#af79a9c1cb189a56a816f564b2ab506d6', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(OutputSelector &&old) noexcept=default'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml', 1, 'gmx::OutputSelector'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#adfdcfbbeb5cbf85a8ec3cd2c0c92ab69', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(const Selection &sel)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputselector_2ecpp_305', ['outputselector.cpp', ['../outputselector_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['outputselector_2eh_306', ['outputselector.h', ['../outputselector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['outputselectordeathtest_307', ['OutputSelectorDeathTest', ['../classgmx_1_1test_1_1OutputSelectorDeathTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['outputselectorpointer_308', ['OutputSelectorPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a139b5367368caa9a3189d367ecb2ba36', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['outputsforces_309', ['outputsforces', ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#a3932241bd98dba18e262ac05c53d69ba', 1, 'gmx::INNPotModel::outputsForces()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#a4586a9e3c5c8b909d66de4fb6ec7a9cd', 1, 'gmx::TorchModel::outputsForces()'] │ │ │ │ │ + ['outputsforces_309', ['outputsforces', ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#a4586a9e3c5c8b909d66de4fb6ec7a9cd', 1, 'gmx::TorchModel::outputsForces()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#a3932241bd98dba18e262ac05c53d69ba', 1, 'gmx::INNPotModel::outputsForces()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputstartstructureifwanted_310', ['outputStartStructureIfWanted', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#ae93792afe330e7d0b2d1114e97457986', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ │ ['outputstream_311', ['outputStream', ['../classgmx_1_1test_1_1InteractiveTestHelper.xhtml#a7082d6e0d7115bc79c50b156e4c6b228', 1, 'gmx::test::InteractiveTestHelper']]], │ │ │ │ │ ['outputtempdirectory_5f_312', ['outputTempDirectory_', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager_1_1Impl.xhtml#af15703efc579053739917cea5a5c6f9d', 1, 'gmx::test::TestFileManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['outputtypetonormalization_313', ['outputTypeToNormalization', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biaswriter_8cpp_03.xhtml#adf61ddefabe6083b47fb8a6bae0a631a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biaswriter.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['over_20mpi_314', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['over_5falloc_5fdd_315', ['over_alloc_dd', ['../smalloc_8h.xhtml#af1533c63c1d40c5bb9bfaaa6d898369a', 1, 'smalloc.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -812,11 +812,11 @@ │ │ │ │ │ ['overlaprecvcapacity_319', ['overlapRecvCapacity', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml#a4a086875e11a80eaf7cd650f4acbaf9d', 1, 'PmeGpuHaloExchange']]], │ │ │ │ │ ['overlaprecvsize_320', ['overlapRecvSize', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml#a3c27ce0b2de4f256cce97fb59b8d3ec2', 1, 'PmeGpuHaloExchange']]], │ │ │ │ │ ['overlapsendcapacity_321', ['overlapSendCapacity', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml#ae0505c080b50b552f979d6836715ee2d', 1, 'PmeGpuHaloExchange']]], │ │ │ │ │ ['overlapsendsize_322', ['overlapSendSize', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml#a1a82f88b29e81fe40ad01e020bd77206', 1, 'PmeGpuHaloExchange']]], │ │ │ │ │ ['override_5fnsteps_5fcmdline_323', ['override_nsteps_cmdline', ['../runner_8cpp.xhtml#ae0621a7f7cf0f5acb28130cd789fa94d', 1, 'runner.cpp']]], │ │ │ │ │ ['overridesourceroot_324', ['overrideSourceRoot', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a8cefeebc77a92fe411e0d4beb9cbf053', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext']]], │ │ │ │ │ ['overview_325', ['Structural overview', ['../page_selections.xhtml#autotoc_md95', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['ow1_326', ['ow1', ['../classgmx_1_1SettleData.xhtml#ab01280569ca1a57ff7a38e8f3ed4c183', 1, 'gmx::SettleData::ow1()'], │ │ │ │ │ - ['../structWaterMolecule.xhtml#ac8c8d40e6687fb0e519d2971310bb03b', 1, 'WaterMolecule::ow1'] │ │ │ │ │ + ['ow1_326', ['ow1', ['../structWaterMolecule.xhtml#ac8c8d40e6687fb0e519d2971310bb03b', 1, 'WaterMolecule::ow1'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SettleData.xhtml#ab01280569ca1a57ff7a38e8f3ed4c183', 1, 'gmx::SettleData::ow1()'] │ │ │ │ │ ]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_13.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -26,20 +26,20 @@ │ │ │ │ │ ['paddedconstarrayref_16', ['paddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a3b87c53ddcde85eccd59b62fafc2fec3', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['paddedhostvector_17', ['paddedhostvector', ['../namespacegmx.xhtml#a5ec47a61b30ffcc249cc27ae5ea47da8', 1, 'gmx::PaddedHostVector'], │ │ │ │ │ ['../state_8h.xhtml#ac8c51716c19f5f58463e856c19b39acb', 1, 'PaddedHostVector: state.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['paddednumatomsincolumn_18', ['paddedNumAtomsInColumn', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#a637b80833171b976e901a62e23fb80a2', 1, 'gmx::Grid']]], │ │ │ │ │ ['paddedsize_19', ['paddedSize', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aa3d1b552af6106d1bb61426b4605add3', 1, 'gmx::PaddedVector']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_20', ['paddedvector', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ac090f26229cc0e5ca4cf4f70d500dd9e', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, value_type const &v, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a8a5f5975b2207677f1e956060b02c1d2', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(allocator_type const &allocator)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aae517037a7e2a04806a72deffe661437', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(std::initializer_list< value_type > const &il)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#af634e58ae15af112df64a6e9f42a5460', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o, const Allocator &alloc) noexcept'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a99f036b6e7ea821ab24604474748c8f6', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o) noexcept'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ae8d292225db685d912d5be8f26d32d2d', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a8a5f5975b2207677f1e956060b02c1d2', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(allocator_type const &allocator)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a1455b09f0cb0dd2b5f6ff5b092ecea08', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector const &o)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a99f036b6e7ea821ab24604474748c8f6', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o) noexcept'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx::PaddedVector< T, Allocator >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_2ecpp_21', ['paddedvector.cpp', ['../paddedvector_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_2eh_22', ['paddedvector.h', ['../paddedvector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20gmx_3a_3abasicvector_20_3e_23', ['PaddedVector< gmx::BasicVector >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20real_20_3e_24', ['PaddedVector< real >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20rvec_20_3e_25', ['PaddedVector< RVec >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -68,38 +68,38 @@ │ │ │ │ │ ['pairhash_41', ['pairHash', ['../structgmx_1_1pairHash.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_2ecpp_42', ['pairlist.cpp', ['../tests_2pairlist_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_5fimask_2eh_43', ['pairlist_imask.h', ['../pairlist__imask_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_5fsimd_5fkernel_2ecpp_44', ['pairlist_simd_kernel.cpp', ['../pairlist__simd__kernel_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_5fsimd_5fkernel_2eh_45', ['pairlist_simd_kernel.h', ['../pairlist__simd__kernel_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_5ftuning_2ecpp_46', ['pairlist_tuning.cpp', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_5ftuning_2eh_47', ['pairlist_tuning.h', ['../pairlist__tuning_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairlistcutoff_48', ['pairlistcutoff', ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#a2023ee62d6b1a45f5cc8bce187330699', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::pairlistCutoff'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#a99a1005d4246403b05b8dee487944485', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions::pairlistCutoff'] │ │ │ │ │ + ['pairlistcutoff_48', ['pairlistcutoff', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#a99a1005d4246403b05b8dee487944485', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions::pairlistCutoff'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#a2023ee62d6b1a45f5cc8bce187330699', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::pairlistCutoff'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistinnerradius_49', ['pairlistInnerRadius', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a51c4a118964f4b5213facfd765f76243', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['pairlistissimple_50', ['pairlistIsSimple', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a26c1965627a134ffaf8dc77448ae7f43', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['pairlistouterradius_51', ['pairlistOuterRadius', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a6d5f189da301555a408b19e4b782eb15', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['pairlistparams_52', ['pairlistparams', ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml', 1, 'gmx::PairlistParams'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a5e50f9cb2a367fff511bb6fceb102545', 1, 'gmx::PairlistParams::PairlistParams()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistparams_2ecpp_53', ['pairlistparams.cpp', ['../pairlistparams_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistparams_2eh_54', ['pairlistparams.h', ['../pairlistparams_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistset_55', ['pairlistset', ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a0f73ad8dba4b6b59d20f9488611e1efc', 1, 'gmx::PairlistSets::pairlistSet()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSet'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml#ae43d2e1d2818c66c47426aa57f40c09b', 1, 'gmx::PairlistSet::PairlistSet()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml#ae43d2e1d2818c66c47426aa57f40c09b', 1, 'gmx::PairlistSet::PairlistSet()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSet'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistset_2ecpp_56', ['pairlistset.cpp', ['../pairlistset_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistset_2eh_57', ['pairlistset.h', ['../pairlistset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairlistsets_58', ['pairlistsets', ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a9375364a83138eae955b23cd199fd891', 1, 'gmx::PairlistSets::PairlistSets()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#aeb0b1a81cdebaac68841abd89635e084', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::pairlistSets()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSets'] │ │ │ │ │ + ['pairlistsets_58', ['pairlistsets', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#aeb0b1a81cdebaac68841abd89635e084', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::pairlistSets()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSets'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a9375364a83138eae955b23cd199fd891', 1, 'gmx::PairlistSets::PairlistSets()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistsets_2eh_59', ['pairlistsets.h', ['../pairlistsets_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairlisttype_60', ['pairlisttype', ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a2c83e42e8b3694d16f22bf12c5d9f7e2', 1, 'gmx::PairlistParams::pairlistType'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a988b986d35cacb4d435767ea6c57a0b5', 1, 'gmx::PairlistType'] │ │ │ │ │ + ['pairlisttype_60', ['pairlisttype', ['../namespacegmx.xhtml#a988b986d35cacb4d435767ea6c57a0b5', 1, 'gmx::PairlistType'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a2c83e42e8b3694d16f22bf12c5d9f7e2', 1, 'gmx::PairlistParams::pairlistType'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlisttype_5f_61', ['pairlistType_', ['../structgmx_1_1Grid_1_1Geometry.xhtml#a8ded14d0f33cf006304ac9a707cbef4a', 1, 'gmx::Grid::Geometry']]], │ │ │ │ │ ['pairlistwork_2ecpp_62', ['pairlistwork.cpp', ['../pairlistwork_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistwork_2eh_63', ['pairlistwork.h', ['../pairlistwork_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairs_64', ['Pairs', ['../classListedForces.xhtml#a73e4fa54dfd332da42036d5ae893da47aa07a589a90362b3346324844a3ad87ff', 1, 'ListedForces']]], │ │ │ │ │ ['pairs_2ecpp_65', ['pairs.cpp', ['../tests_2pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ @@ -110,51 +110,51 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairsearch_2ecpp_68', ['pairsearch.cpp', ['../pairsearch_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairsearch_2eh_69', ['pairsearch.h', ['../pairsearch_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairsearchcoordinates_70', ['pairSearchCoordinates', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#af18643a5c0d8729b32e688d45fd7f8ca', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ │ ['pairsearchwork_71', ['PairsearchWork', ['../structgmx_1_1PairsearchWork.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paragraphbreak_72', ['paragraphBreak', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a6c24ca1470b3addda69ae236a6ea66b2', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]], │ │ │ │ │ ['parallel_5f3dfft_5fexecute_5fgpu_5fwrapper_73', ['parallel_3dfft_execute_gpu_wrapper', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a13b15b5d3a7003ff0dfdba02aadbc97e', 1, 'pme_gpu.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['parallelconsistencyerror_74', ['parallelconsistencyerror', ['../classgmx_1_1ParallelConsistencyError.xhtml#a30850fa25d3059fa861607dd0eb20bd2', 1, 'gmx::ParallelConsistencyError::ParallelConsistencyError()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ParallelConsistencyError.xhtml', 1, 'gmx::ParallelConsistencyError'] │ │ │ │ │ + ['parallelconsistencyerror_74', ['parallelconsistencyerror', ['../classgmx_1_1ParallelConsistencyError.xhtml', 1, 'gmx::ParallelConsistencyError'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ParallelConsistencyError.xhtml#a30850fa25d3059fa861607dd0eb20bd2', 1, 'gmx::ParallelConsistencyError::ParallelConsistencyError()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['paralleldatastarted_75', ['paralleldatastarted', ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#aeca0c095b7f31aec0f58643bed0e0895', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#ae58dd25d11bc02bd4af8b7f36df62edf', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a3d06d76f51b9e41e945a997b21efd392', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aef9b177d826d8afe625be7056ef2c607', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#af4720264b81a508876c8e21731585ab0', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::parallelDataStarted()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['parallelizable_20handling_20of_20output_20data_20analysisdata_76', ['Parallelizable Handling of Output Data (analysisdata)', ['../group__module__analysisdata.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelization_77', ['Parallelization', ['../page_analysisdata.xhtml#section_analysisdata_parallelization', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelization_20over_20mpi_78', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelizationfactor_79', ['parallelizationFactor', ['../classgmx_1_1AnalysisDataParallelOptions.xhtml#ad581353e29513839c7ab04f429f50b61', 1, 'gmx::AnalysisDataParallelOptions']]], │ │ │ │ │ ['paralleloptions_2eh_80', ['paralleloptions.h', ['../paralleloptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelselection_81', ['parallelSelection', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4e23dbf4cfd2554ac011664b49c1c7e0', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ │ ['parallelselections_82', ['parallelSelections', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4ffe3dec6ef34ae7e6af7a46b9fc7d0b', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ │ - ['param_83', ['param', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ace6c727298fe514a14a114f41d00e206', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a843c35d5997b5075c35125a57cd6b937', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param()'], │ │ │ │ │ + ['param_83', ['param', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ace6c727298fe514a14a114f41d00e206', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#adaa8c7d5f4803f33e80d1811aa0af1f8', 1, 'gmx::NormalDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a0b4956164b6ed61094a550099fa90d3b', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::param'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a35f0e16a9da71056786953c5095ae334', 1, 'gmx::GammaDistribution::param()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#afd48ccc940b2c37d46c65bbeb5fb7ff3', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::param'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#ac5071065401d78716721b2d8512b9f75', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#afd48ccc940b2c37d46c65bbeb5fb7ff3', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::param'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a35f0e16a9da71056786953c5095ae334', 1, 'gmx::GammaDistribution::param()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a843c35d5997b5075c35125a57cd6b937', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['param_5ftype_84', ['param_type', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >::param_type'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ + ['param_5ftype_84', ['param_type', ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#a945429fd633cd59c2850bf7cd70d88d5', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a479bbfe6aea453e1b93fb6c46b2a586a', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a6aa16740324937c7444c04eb52ed1a2a', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#a3c7af41da301591eda86b7f17f68d5e2', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a075c414de6d852b230fcf3090828c0ae', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >::param_type'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#a9da3288cf64135c00f1d8b4f9886e6bc', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::NormalDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::UniformIntDistribution< IntType >::param_type'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::ExponentialDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::GammaDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::NormalDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a075c414de6d852b230fcf3090828c0ae', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#a3c7af41da301591eda86b7f17f68d5e2', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a6aa16740324937c7444c04eb52ed1a2a', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a479bbfe6aea453e1b93fb6c46b2a586a', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#a945429fd633cd59c2850bf7cd70d88d5', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#a9da3288cf64135c00f1d8b4f9886e6bc', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::param_type()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::ExponentialDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >::param_type'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['parameterizedmdruntestfixture_85', ['ParameterizedMdrunTestFixture', ['../classgmx_1_1test_1_1ParameterizedMdrunTestFixture.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['parameters_86', ['parameters', ['../page_module_selection_custom.xhtml#selmethods_params', 1, 'Defining parameters'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pull__rotation_8cpp_03.xhtml#af94b35600673f3744fbf6caec27ac27c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pull_rotation.cpp}::Parameters'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a087e8b86cad35f25abf237869a360434', 1, 'gmx::QMMMOptions::parameters()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02virtualsites_8cpp_03_1_1VirtualSiteTest_1_1VirtualSite.xhtml#adf8f8c60fbcbe9df7463a22e5180056e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{virtualsites.cpp}::VirtualSiteTest::VirtualSite::parameters'], │ │ │ │ │ ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md7', 1, 'Storing non-mdp option module parameters'] │ │ │ │ │ @@ -433,27 +433,27 @@ │ │ │ │ │ ['plumedmoduleinfo_265', ['PlumedModuleInfo', ['../structgmx_1_1PlumedModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['plumedoptions_2ecpp_266', ['plumedoptions.cpp', ['../plumedOptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2plumedOptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['plumedoptions_2eh_267', ['plumedOptions.h', ['../plumedOptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['plumedtestutils_2ecpp_268', ['plumedTestUtils.cpp', ['../plumedTestUtils_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['plumedtestutils_2eh_269', ['plumedTestUtils.h', ['../plumedTestUtils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pmalloc_270', ['pmalloc', ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml#a3600a3a1589d7849f5b2f5ee1b54a017', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *deviceContext): pmalloc_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml#ae10570df1df68fca44040ee4a3d1a95a', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *): pmalloc_hip.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pmalloc_8cpp.xhtml#ae10570df1df68fca44040ee4a3d1a95a', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *): pmalloc.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pmalloc_270', ['pmalloc', ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml#ae10570df1df68fca44040ee4a3d1a95a', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *): pmalloc_hip.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pmalloc_8cpp.xhtml#ae10570df1df68fca44040ee4a3d1a95a', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *): pmalloc.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml#a3600a3a1589d7849f5b2f5ee1b54a017', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *deviceContext): pmalloc_sycl.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmalloc_2ecpp_271', ['pmalloc.cpp', ['../pmalloc_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmalloc_2eh_272', ['pmalloc.h', ['../pmalloc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmalloc_5fhip_2ecpp_273', ['pmalloc_hip.cpp', ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmalloc_5fsycl_2ecpp_274', ['pmalloc_sycl.cpp', ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_275', ['pme', ['../namespacegmx.xhtml#a6efc2e8f104eb3699bc82c2b8984cedba4792b2e853b980eb284e82db5ad5f4d5', 1, 'gmx::Pme'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a4792b2e853b980eb284e82db5ad5f4d5', 1, 'gmx::Pme'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_2ecpp_276', ['pme.cpp', ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pme_2ecpp_276', ['pme.cpp', ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_2eh_277', ['pme.h', ['../pme_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcalc_5fpidx_278', ['pme_calc_pidx', ['../pme__redistribute_8cpp.xhtml#a7ecc9aef79380a045871dc5e00190695', 1, 'pme_redistribute.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcalc_5fpidx_5fwrapper_279', ['pme_calc_pidx_wrapper', ['../pme__redistribute_8cpp.xhtml#a91aacccf9c8906e7a5d4e26131820302', 1, 'pme_redistribute.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_2eh_280', ['pme_coordinate_receiver_gpu.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2ecpp_281', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.cpp', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2eh_282', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -466,56 +466,56 @@ │ │ │ │ │ ['pme_5fforce_5fsender_5fgpu_5fimpl_5fgpu_5fsycl_2ecpp_289', ['pme_force_sender_gpu_impl_gpu_sycl.cpp', ['../pme__force__sender__gpu__impl__gpu__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgather_5fsycl_2ecpp_290', ['pme_gather_sycl.cpp', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgather_5fsycl_2eh_291', ['pme_gather_sycl.h', ['../pme__gather__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fget_5fpinning_5fpolicy_292', ['pme_get_pinning_policy', ['../pme_8cpp.xhtml#ace2ad200713ffbae9c71d92d92a83d6f', 1, 'pme_get_pinning_policy(): pme.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#ace2ad200713ffbae9c71d92d92a83d6f', 1, 'pme_get_pinning_policy(): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_2ecpp_293', ['pme_gpu.cpp', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5f3dfft_294', ['pme_gpu_3dfft', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a1f64e263e5d5cfb108695dce2049acf6', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *, enum gmx_fft_direction, int): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5f3dfft_294', ['pme_gpu_3dfft', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a903364732f9d5fe033039714e4aef8dc', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_fft_direction dir, const int grid_index): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a63b83c7907c118ec820a554d4d1e9968', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu, enum gmx_fft_direction direction, int gridIndex=0): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a903364732f9d5fe033039714e4aef8dc', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_fft_direction dir, const int grid_index): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a1f64e263e5d5cfb108695dce2049acf6', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *, enum gmx_fft_direction, int): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5factive_295', ['pme_gpu_active', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a06b866a69f90c5f4b92716d25944e480', 1, 'pme_gpu.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5falloc_5fenergy_5fvirial_296', ['pme_gpu_alloc_energy_virial', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6857d534c4c31a5f768838378c691464', 1, 'pme_gpu_alloc_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6857d534c4c31a5f768838378c691464', 1, 'pme_gpu_alloc_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcalculate_5fsplines_2eh_297', ['pme_gpu_calculate_splines.h', ['../pme__gpu__calculate__splines_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcalculate_5fsplines_5fsycl_2eh_298', ['pme_gpu_calculate_splines_sycl.h', ['../pme__gpu__calculate__splines__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcheck_5frestrictions_299', ['pme_gpu_check_restrictions', ['../pme_8cpp.xhtml#a30f29ab01f4617cea28a55ee8552ee6a', 1, 'pme.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fclear_5fenergy_5fvirial_300', ['pme_gpu_clear_energy_virial', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a92eb8641bfe3f99dd4bd3e7061022817', 1, 'pme_gpu_clear_energy_virial(const PmeGpu *, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0ba3a7ad94f1ef0b322c0f86c5022e67', 1, 'pme_gpu_clear_energy_virial(const PmeGpu *pmeGpu, const bool gpuGraphWithSeparatePmeRank): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a409d3aa62caba5140ad6fed223eb2707', 1, 'pme_gpu_clear_energy_virial(const PmeGpu *pmeGpu, bool gpuGraphWithSeparatePmeRank): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fclear_5fgrids_301', ['pme_gpu_clear_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a3ae2f70dd55ebfd5c00d0e13706d9730', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fclear_5fgrids_301', ['pme_gpu_clear_grids', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a3ae2f70dd55ebfd5c00d0e13706d9730', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fconstants_2eh_302', ['pme_gpu_constants.h', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5fcommon_5fdata_5ffrom_303', ['pme_gpu_copy_common_data_from', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a96a23ba273d3788baab82d8c71854663', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fforces_304', ['pme_gpu_copy_input_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5db280d2fe0d5ea1ab7784b55d7b5326', 1, 'pme_gpu_copy_input_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5db280d2fe0d5ea1ab7784b55d7b5326', 1, 'pme_gpu_copy_input_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fgather_5fatom_5fdata_305', ['pme_gpu_copy_input_gather_atom_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0f637186d789670a691718b6e2093dcb', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_atom_data(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a0f637186d789670a691718b6e2093dcb', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_atom_data(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fgather_5fgrid_306', ['pme_gpu_copy_input_gather_grid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a81cfe2ee3d481faa62f8bb0c19e7d576', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_grid(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_grid, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aee24c48e3382216a39464d7737472dba', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_grid(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_grid, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fforces_307', ['pme_gpu_copy_output_forces', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fforces_307', ['pme_gpu_copy_output_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fspread_5fatom_5fdata_308', ['pme_gpu_copy_output_spread_atom_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5eda5784aafed0ed566c599d35eb5ad9', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_atom_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5eda5784aafed0ed566c599d35eb5ad9', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_atom_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fspread_5fgrid_309', ['pme_gpu_copy_output_spread_grid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a04419748e0f03bdc420c0a03df335ea6', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_grid, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a3a2ac9f347d7bdd0bb806cdc26a570f0', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_grid, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['pme_5fgpu_5ffree_5ffract_5fshifts_317', ['pme_gpu_free_fract_shifts', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a4b9dbf91825ee5a1dcd10832622bc6cf', 1, 'pme_gpu_free_fract_shifts(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4b9dbf91825ee5a1dcd10832622bc6cf', 1, 'pme_gpu_free_fract_shifts(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5ffree_5ffract_5fshifts_317', ['pme_gpu_free_fract_shifts', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4b9dbf91825ee5a1dcd10832622bc6cf', 1, 'pme_gpu_free_fract_shifts(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a4b9dbf91825ee5a1dcd10832622bc6cf', 1, 'pme_gpu_free_fract_shifts(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5fgrid_5findices_318', ['pme_gpu_free_grid_indices', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a2686c0593219709805c75318dc6d8f0b', 1, 'pme_gpu_free_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a2686c0593219709805c75318dc6d8f0b', 1, 'pme_gpu_free_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5fgrids_319', ['pme_gpu_free_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a28da8afcd93cb6b68e56927b91f58971', 1, 'pme_gpu_free_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a28da8afcd93cb6b68e56927b91f58971', 1, 'pme_gpu_free_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5ffree_5fhaloexchange_320', ['pme_gpu_free_haloexchange', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6d8e7601f048985c0b4d843a8ed2f3f3', 1, 'pme_gpu_free_haloexchange(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6d8e7601f048985c0b4d843a8ed2f3f3', 1, 'pme_gpu_free_haloexchange(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5ffree_5fhaloexchange_320', ['pme_gpu_free_haloexchange', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6d8e7601f048985c0b4d843a8ed2f3f3', 1, 'pme_gpu_free_haloexchange(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6d8e7601f048985c0b4d843a8ed2f3f3', 1, 'pme_gpu_free_haloexchange(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5ffree_5fspline_5fdata_321', ['pme_gpu_free_spline_data', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a382a09cb9614bd93731406bc0dd8ed25', 1, 'pme_gpu_free_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a382a09cb9614bd93731406bc0dd8ed25', 1, 'pme_gpu_free_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5ffree_5fspline_5fdata_321', ['pme_gpu_free_spline_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a382a09cb9614bd93731406bc0dd8ed25', 1, 'pme_gpu_free_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a382a09cb9614bd93731406bc0dd8ed25', 1, 'pme_gpu_free_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fgather_322', ['pme_gpu_gather', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a80ddac599f7d29ad255933dfa18a1c77', 1, 'pme_gpu_gather(PmeGpu *pmeGpu, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, float lambda, gmx_wallcycle *wcycle, bool computeVirial): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#abcffdc1b9fbdfef8bce49084da15a61d', 1, 'pme_gpu_gather(PmeGpu *, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids >, float, gmx_wallcycle *, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a8512a76e91d97929b8c346f9b66641f2', 1, 'pme_gpu_gather(PmeGpu *pmeGpu, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, const float lambda, gmx_wallcycle *wcycle, bool computeVirial): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fgather_322', ['pme_gpu_gather', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#abcffdc1b9fbdfef8bce49084da15a61d', 1, 'pme_gpu_gather(PmeGpu *, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids >, float, gmx_wallcycle *, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a8512a76e91d97929b8c346f9b66641f2', 1, 'pme_gpu_gather(PmeGpu *pmeGpu, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, const float lambda, gmx_wallcycle *wcycle, bool computeVirial): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a80ddac599f7d29ad255933dfa18a1c77', 1, 'pme_gpu_gather(PmeGpu *pmeGpu, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, float lambda, gmx_wallcycle *wcycle, bool computeVirial): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fatom_5fdata_5fblock_5fsize_323', ['pme_gpu_get_atom_data_block_size', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fatom_5fdata_5fblock_5fsize_323', ['pme_gpu_get_atom_data_block_size', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fatoms_5fper_5fwarp_324', ['pme_gpu_get_atoms_per_warp', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a2e649b5d018f122d49bdfcb6cc6fdad7', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fatoms_5fper_5fwarp_324', ['pme_gpu_get_atoms_per_warp', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a2e649b5d018f122d49bdfcb6cc6fdad7', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fblock_5fsize_325', ['pme_gpu_get_block_size', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fblock_5fsize_325', ['pme_gpu_get_block_size', ['../pme_8h.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fdevice_5ff_326', ['pme_gpu_get_device_f', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fdevice_5ff_326', ['pme_gpu_get_device_f', ['../pme_8h.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5ff_5fready_5fsynchronizer_327', ['pme_gpu_get_f_ready_synchronizer', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5ff_5fready_5fsynchronizer_327', ['pme_gpu_get_f_ready_synchronizer', ['../pme_8h.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fforces_5fready_5fsynchronizer_328', ['pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ef8d526f95f670f71964754f4284b63', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fforces_5fready_5fsynchronizer_328', ['pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a05aba625a13a6a56b6500455c5c694d0', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7ef8d526f95f670f71964754f4284b63', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a05aba625a13a6a56b6500455c5c694d0', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ef8d526f95f670f71964754f4284b63', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5fkernel_5fparams_5fbase_5fptr_329', ['pme_gpu_get_kernel_params_base_ptr', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aa2ad1e440d1af983cbfd439174464b49', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5fkernelparam_5fforces_330', ['pme_gpu_get_kernelparam_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a55d139b61b461eb90585ffea67a5e9fe', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a55d139b61b461eb90585ffea67a5e9fe', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5freal_5fgrid_5fsizes_331', ['pme_gpu_get_real_grid_sizes', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a83c4008ef73685e647a9339e7041f897', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *, gmx::IVec *, gmx::IVec *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5ftimings_332', ['pme_gpu_get_timings', ['../pme_8h.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a85f2f2d0483eaf2d505ea368d4a46b2f', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *, gmx_wallclock_gpu_pme_t *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac600d44fbeb29e467155b1b193410908', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac600d44fbeb29e467155b1b193410908', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fgetenergyandvirial_333', ['pme_gpu_getenergyandvirial', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ad805493968044b8ea20ca896df57cee6', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, const float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a824970c42d175c13b7da6b79724e52f1', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &, float, PmeOutput *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fgetenergyandvirial_333', ['pme_gpu_getenergyandvirial', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a824970c42d175c13b7da6b79724e52f1', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &, float, PmeOutput *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ad805493968044b8ea20ca896df57cee6', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, const float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a24c100588326826423d72c10d7d6a51a', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgetforceoutput_334', ['pme_gpu_getForceOutput', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a05a1d81709288e6ef5b2e6ad93fdd117', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fgetoutput_335', ['pme_gpu_getoutput', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aca95df16ac604534d23d6ce81dac2f14', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, bool computeEnergyAndVirial, real lambdaQ): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#acc224f03ba4e2b17d466220bf452c39c', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, const bool computeEnergyAndVirial, const real lambdaQ): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fgetoutput_335', ['pme_gpu_getoutput', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#acc224f03ba4e2b17d466220bf452c39c', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, const bool computeEnergyAndVirial, const real lambdaQ): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aca95df16ac604534d23d6ce81dac2f14', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, bool computeEnergyAndVirial, real lambdaQ): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a403d14364f55515b0b066319e3fb9081', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *, bool, real): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgrid_2eh_336', ['pme_gpu_grid.h', ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgrid_5fsycl_2ecpp_337', ['pme_gpu_grid_sycl.cpp', ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fhip_5fstubs_2ecpp_338', ['pme_gpu_hip_stubs.cpp', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finit_339', ['pme_gpu_init', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aef5228578c02553a77c64e4c9158dd32', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finit_5finternal_340', ['pme_gpu_init_internal', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aed9a58810b26887c1710ecc3787b3e14', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finternal_2ecpp_341', ['pme_gpu_internal.cpp', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finternal_2eh_342', ['pme_gpu_internal.h', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5flaunch_5fcomplex_5ftransforms_343', ['pme_gpu_launch_complex_transforms', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5flaunch_5fcomplex_5ftransforms_343', ['pme_gpu_launch_complex_transforms', ['../pme_8h.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5flaunch_5fgather_344', ['pme_gpu_launch_gather', ['../pme_8h.xhtml#a2a0db53484996329dcaf9b11adee65be', 1, 'pme.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5flaunch_5fspread_345', ['pme_gpu_launch_spread', ['../pme_8h.xhtml#a01b11dfe5686b424b0593a42c5b89c57', 1, 'pme_gpu_launch_spread(gmx_pme_t *pme, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx_wallcycle *wcycle, real lambdaQ, bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, bool useMdGpuGraph): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a946b49715f34db33df029618ccc0c158', 1, 'pme_gpu_launch_spread(gmx_pme_t *pme, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx_wallcycle *wcycle, const real lambdaQ, const bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, const bool useMdGpuGraph): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fmixed_5fmode_5fsupports_5finput_346', ['pme_gpu_mixed_mode_supports_input', ['../pme_8cpp.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fmixed_5fmode_5fsupports_5finput_346', ['pme_gpu_mixed_mode_supports_input', ['../pme_8h.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8cpp.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5focl_5fstubs_2ecpp_347', ['pme_gpu_ocl_stubs.cpp', ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprepare_5fcomputation_348', ['pme_gpu_prepare_computation', ['../pme_8h.xhtml#a7a08872ce2f6e3488eb69ba87e23653c', 1, 'pme_gpu_prepare_computation(gmx_pme_t *pme, const matrix box, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a7a08872ce2f6e3488eb69ba87e23653c', 1, 'pme_gpu_prepare_computation(gmx_pme_t *pme, const matrix box, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_2ecpp_349', ['pme_gpu_program.cpp', ['../pme__gpu__program_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_2eh_350', ['pme_gpu_program.h', ['../pme__gpu__program_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_2ecpp_351', ['pme_gpu_program_impl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_2eh_352', ['pme_gpu_program_impl.h', ['../pme__gpu__program__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5fhip_2ecpp_353', ['pme_gpu_program_impl_hip.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5focl_2ecpp_354', ['pme_gpu_program_impl_ocl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5fsycl_2ecpp_355', ['pme_gpu_program_impl_sycl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5fbspline_5fvalues_356', ['pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aca7595bc703f478dcd681ffd7bc1429a', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a2c7a5b7bfca0d09110c6956bf28cd819', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5fbspline_5fvalues_356', ['pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a2c7a5b7bfca0d09110c6956bf28cd819', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aca7595bc703f478dcd681ffd7bc1429a', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5ffract_5fshifts_357', ['pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5finput_5fcoefficients_358', ['pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aa8dd08c09a068f579a0b7fc93d4d50e6', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_coefficients, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a67eb2fb88a118b6e01b2cbf034066b13', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_coefficients, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fforces_359', ['pme_gpu_realloc_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5272eaf88e7b1110676df6cf6acc95e3', 1, 'pme_gpu_realloc_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5272eaf88e7b1110676df6cf6acc95e3', 1, 'pme_gpu_realloc_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5frealloc_5fgrid_5findices_360', ['pme_gpu_realloc_grid_indices', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5frealloc_5fgrid_5findices_360', ['pme_gpu_realloc_grid_indices', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fgrids_361', ['pme_gpu_realloc_grids', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a39b72f968b9907393e23b9d9ce37fd6d', 1, 'pme_gpu_realloc_grids(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a39b72f968b9907393e23b9d9ce37fd6d', 1, 'pme_gpu_realloc_grids(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5frealloc_5fspline_5fdata_362', ['pme_gpu_realloc_spline_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5frealloc_5fspline_5fdata_362', ['pme_gpu_realloc_spline_data', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freduce_5foutputs_363', ['pme_gpu_reduce_outputs', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#aaf47ad78db265afaa89c4d7da47c193d', 1, 'pme_gpu.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freinit_364', ['pme_gpu_reinit', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a82a91a7b7a83fb239a435e436e6f0b45', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *, const DeviceContext *, const DeviceStream *, const PmeGpuProgram *, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a77a7dd7ff510e6ad00a349b5db7919ad', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const bool useMdGpuGraph): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aa4521c86701bbc46046ef691c5c90a05', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, bool useMdGpuGraph): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freinit_364', ['pme_gpu_reinit', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aa4521c86701bbc46046ef691c5c90a05', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, bool useMdGpuGraph): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a82a91a7b7a83fb239a435e436e6f0b45', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *, const DeviceContext *, const DeviceStream *, const PmeGpuProgram *, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a77a7dd7ff510e6ad00a349b5db7919ad', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const bool useMdGpuGraph): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5f3dfft_365', ['pme_gpu_reinit_3dfft', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ad9aa90037c75c67926f87351dd081d5a', 1, 'pme_gpu_reinit_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ad9aa90037c75c67926f87351dd081d5a', 1, 'pme_gpu_reinit_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fatoms_366', ['pme_gpu_reinit_atoms', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ae0628fe742af1d2bf49863997641b78c', 1, 'pme_gpu_reinit_atoms(PmeGpu *, int, const real *, const real *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4df33a26719ac64f61e94b5ce01160a9', 1, 'pme_gpu_reinit_atoms(PmeGpu *pmeGpu, const int nAtoms, const real *chargesA, const real *chargesB): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a201b9116043f3496c6068c8f375c890b', 1, 'pme_gpu_reinit_atoms(PmeGpu *pmeGpu, int nAtoms, const real *chargesA, const real *chargesB=nullptr): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ @@ -658,116 +658,116 @@ │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a481cc886c2112861c0e1c0c89571ec78', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const gmx_pme_t *pme, const bool gpuGraphWithSeparatePmeRank, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a69066d5a6d2bd3cfd48c22a7da4fd88b', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fgrids_368', ['pme_gpu_reinit_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0f87f8ca2058ea113ad2bc7287682576', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fhaloexchange_369', ['pme_gpu_reinit_haloexchange', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freinit_5ftimings_370', ['pme_gpu_reinit_timings', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a9c284dcfaf880ba6a57b6e687e891514', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freinit_5ftimings_370', ['pme_gpu_reinit_timings', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a9c284dcfaf880ba6a57b6e687e891514', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freset_5ftimings_371', ['pme_gpu_reset_timings', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freset_5ftimings_371', ['pme_gpu_reset_timings', ['../pme_8h.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a5db4fbfad6df6fbe13005f4edfa15203', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fselect_5fbest_5fperforming_5fpme_5fspreadgather_5fkernels_372', ['pme_gpu_select_best_performing_pme_spreadgather_kernels', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9d51e813ca855b79f0c51e2afb0210f7', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fset_5fdevice_5fx_373', ['pme_gpu_set_device_x', ['../pme_8h.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fset_5fdevice_5fx_373', ['pme_gpu_set_device_x', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fset_5fkernelparam_5fcoordinates_374', ['pme_gpu_set_kernelparam_coordinates', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#aeff8c61bc59d380068266566e3299383', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *, DeviceBuffer< gmx::RVec >): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a87c93dac2b9eaf3cd5b42b4ada227dad', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *pmeGpu, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a87c93dac2b9eaf3cd5b42b4ada227dad', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *pmeGpu, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fset_5ftesting_375', ['pme_gpu_set_testing', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a09e861258a4869a92963dd6c30147491', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsettings_376', ['pme_gpu_settings', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adf2d698f4198c98ac05fe914a77bc044', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsettings_2eh_377', ['pme_gpu_settings.h', ['../pme__gpu__settings_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsolve_378', ['pme_gpu_solve', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#af3bfad0b60a9efe624ab936507274ecc', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *, int, t_complex *, GridOrdering, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsolve_378', ['pme_gpu_solve', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af8d0dec13ce7987b901a14535dc3e8ba', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a70b4c1a84efc404cce76070f3f3ce890', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af8d0dec13ce7987b901a14535dc3e8ba', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#af3bfad0b60a9efe624ab936507274ecc', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *, int, t_complex *, GridOrdering, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fspread_379', ['pme_gpu_spread', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#adf90da8a052dd8963dcfab33a1527832', 1, 'pme_gpu_spread(PmeGpu *, GpuEventSynchronizer *, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids >, bool, bool, real, bool, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *, bool, gmx_wallcycle *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4c90fbabf607be9d8770ec79dc1a8e15', 1, 'pme_gpu_spread(PmeGpu *pmeGpu, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, bool computeSplines, bool spreadCharges, const real lambda, const bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, const bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae62786a4a17a28d9eda73c27ca41da59', 1, 'pme_gpu_spread(PmeGpu *pmeGpu, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, bool computeSplines, bool spreadCharges, real lambda, bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstaging_380', ['pme_gpu_staging', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a3b8551b9b2de203257c86d48d9d7fb62', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstaging_2eh_381', ['pme_gpu_staging.h', ['../pme__gpu__staging_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['pme_5fgpu_5fsupports_5finput_386', ['pme_gpu_supports_input', ['../pme_8cpp.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsupports_5finput_386', ['pme_gpu_supports_input', ['../pme_8h.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8cpp.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsync_5fspread_5fgrid_387', ['pme_gpu_sync_spread_grid', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a0de296950eadc8a0f95eddbb866c480c', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsync_5fspread_5fgrid_387', ['pme_gpu_sync_spread_grid', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a0de296950eadc8a0f95eddbb866c480c', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsynchronize_388', ['pme_gpu_synchronize', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ac642782421fd2e7b2eda79f236975cd8', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsynchronize_388', ['pme_gpu_synchronize', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ac642782421fd2e7b2eda79f236975cd8', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftask_5fenabled_389', ['pme_gpu_task_enabled', ['../pme_8h.xhtml#a9faddde52f5a636410141f52cc95d3e1', 1, 'pme.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_2ecpp_390', ['pme_gpu_timings.cpp', ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_2eh_391', ['pme_gpu_timings.h', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_5fenabled_392', ['pme_gpu_timings_enabled', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac5abc85de943c25b69dc29df0f88c0d4', 1, 'pme_gpu_timings_enabled(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac5abc85de943c25b69dc29df0f88c0d4', 1, 'pme_gpu_timings_enabled(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftransform_5fspline_5fatom_5fdata_393', ['pme_gpu_transform_spline_atom_data', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a2d532705f5ffbc2f6fd4617d1111cc81', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftry_5ffinish_5ftask_394', ['pme_gpu_try_finish_task', ['../pme_8h.xhtml#aecf67d9094f45a741a7f1c74f27a49e7', 1, 'pme_gpu_try_finish_task(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, real lambdaQ, GpuTaskCompletion completionKind): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a121a7f787647a8313878cf785fe15d76', 1, 'pme_gpu_try_finish_task(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, const real lambdaQ, GpuTaskCompletion completionKind): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftypes_2eh_395', ['pme_gpu_types.h', ['../pme__gpu__types_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftypes_5fhost_2eh_396', ['pme_gpu_types_host.h', ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftypes_5fhost_5fimpl_2eh_397', ['pme_gpu_types_host_impl.h', ['../pme__gpu__types__host__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ae1ffe34b05c602e60d0087b8d38346b5', 1, 'pme_gpu_update_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a0588378ce36eda8bc7a685875ba4b3ae', 1, 'pme_gpu_update_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fuse_5fnvshmem_400', ['pme_gpu_use_nvshmem', ['../pme_8h.xhtml#ae16d2dd2e147f746806b1cedb0e90049', 1, 'pme_gpu_use_nvshmem(PmeGpu *pmeGpu, bool useNvshmem): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#ae16d2dd2e147f746806b1cedb0e90049', 1, 'pme_gpu_use_nvshmem(PmeGpu *pmeGpu, bool useNvshmem): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fwait_5fand_5freduce_401', ['pme_gpu_wait_and_reduce', ['../pme_8h.xhtml#adcf095134b3b28e36e32dc65fbb74990', 1, 'pme_gpu_wait_and_reduce(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, real lambdaQ): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a10a5a598f5d8e27ab6e4b3096919637d', 1, 'pme_gpu_wait_and_reduce(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, const real lambdaQ): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['pme_5floadbal_5fis_5factive_413', ['pme_loadbal_is_active', ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5floadbal_5fis_5factive_413', ['pme_loadbal_is_active', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fonly_2eh_414', ['pme_only.h', ['../pme__only_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5forder_415', ['pme_order', ['../structPmeShared.xhtml#a2c1fecac21d22a25c4db7ea4ed217d5e', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['pme_5forder_5fmax_416', ['PME_ORDER_MAX', ['../pme__internal_8h.xhtml#a0b5842a3b64b78d81e64d305d93fb444', 1, 'pme_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5foutput_2eh_417', ['pme_output.h', ['../pme__output_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fpp_2ecpp_418', ['pme_pp.cpp', ['../pme__pp_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fpp_2eh_419', ['pme_pp.h', ['../pme__pp_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -798,17 +798,17 @@ │ │ │ │ │ ['pmecorrfunction_442', ['pmeCorrFunction', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#a114b7bdef1d5775f3aee743a549c9d08', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pmedata_443', ['pmedata', ['../structpme__setup__t.xhtml#a24d77a179605be8e30e0042930172072', 1, 'pme_setup_t']]], │ │ │ │ │ ['pmefinalizetest_444', ['pmeFinalizeTest', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a1edd6d8cc0e4fa820be454dbf3877f4f', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmeforcecorrection_445', ['pmeforcecorrection', ['../namespacegmx.xhtml#a5275f264f1c6da2502ec03e8fbf855a4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(double z2)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a1e5b1230d0301fa6760e34d7641ca7e4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(float z2)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmeforcecorrectionsingleaccuracy_446', ['pmeForceCorrectionSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#abd18f07b8fd19f03f12442211982db53', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pmeforcesendergpu_447', ['pmeforcesendergpu', ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#adebce74b420495046e8211be15c53bae', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::PmeForceSenderGpu()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a23d50db5d4950d91a794b4ffb101b531', 1, 'gmx_pme_pp::pmeForceSenderGpu'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu'] │ │ │ │ │ + ['pmeforcesendergpu_447', ['pmeforcesendergpu', ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#adebce74b420495046e8211be15c53bae', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::PmeForceSenderGpu()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a23d50db5d4950d91a794b4ffb101b531', 1, 'gmx_pme_pp::pmeForceSenderGpu'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmeforcesready_448', ['pmeForcesReady', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#ab767da2851abd9a401e9a83101176230', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['pmegatherkernel_449', ['pmeGatherKernel', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml#aa72cdc234e8e46990c97e36ded8fa09b', 1, 'pme_gather_sycl.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pmegathertest_2ecpp_450', ['pmegathertest.cpp', ['../pmegathertest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegetcomplexgrid_451', ['pmeGetComplexGrid', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a15dd98cb3ef7e76e595ee9643e99a301', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmegetcomplexgridinternal_452', ['pmeGetComplexGridInternal', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a6e3a33b07d7a07d364adb41606108d51', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmegetcomplexgridsizesinternal_453', ['pmeGetComplexGridSizesInternal', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a611b81b5fa91c5af3a1d55f0dcccd403', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ @@ -830,60 +830,60 @@ │ │ │ │ │ ['pmegpuconstparams_469', ['PmeGpuConstParams', ['../structPmeGpuConstParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpucreategrid_470', ['pmeGpuCreateGrid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ae10d979ffdf2422ac3e11f5dc6fa7d3c', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pmegpudynamicparams_471', ['PmeGpuDynamicParams', ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpugridhaloexchange_472', ['pmegpugridhaloexchange', ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a27a826956f0aa8c1927c8fe235f017a3', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pmegpugridhaloexchangereverse_473', ['pmegpugridhaloexchangereverse', ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a6b2310ae91449944562c827d41a60841', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pmegpugridhaloexchangereverse_473', ['pmegpugridhaloexchangereverse', ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a6b2310ae91449944562c827d41a60841', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmegpugridparams_474', ['PmeGpuGridParams', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpuhaloexchange_475', ['PmeGpuHaloExchange', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpukernelparams_476', ['PmeGpuKernelParams', ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml#a90fa9b88804bde8212648c88b6420060', 1, 'pme_gpu_types_host.h']]], │ │ │ │ │ ['pmegpukernelparamsbase_477', ['PmeGpuKernelParamsBase', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpuprogram_478', ['pmegpuprogram', ['../classPmeGpuProgram.xhtml', 1, 'PmeGpuProgram'], │ │ │ │ │ ['../classPmeGpuProgram.xhtml#aa7e861bd577b2173e248c5bf9fb5ef0e', 1, 'PmeGpuProgram::PmeGpuProgram()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmegpuprogramimpl_479', ['pmegpuprogramimpl', ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml', 1, 'PmeGpuProgramImpl'], │ │ │ │ │ ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#aaa32b034422bc8368663a7399f35780e', 1, 'PmeGpuProgramImpl::PmeGpuProgramImpl()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmegpuprogramstorage_480', ['PmeGpuProgramStorage', ['../pme__gpu__program_8h.xhtml#a97971c4f6d1aaf179563e021309fe680', 1, 'pme_gpu_program.h']]], │ │ │ │ │ ['pmegpusettings_481', ['PmeGpuSettings', ['../structPmeGpuSettings.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pmegpuspecific_482', ['pmegpuspecific', ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml#a13767aeede40e21d6edf8d835df9705f', 1, 'PmeGpuSpecific: pme_gpu_types_host.h'], │ │ │ │ │ - ['../structPmeGpuSpecific.xhtml', 1, 'PmeGpuSpecific'], │ │ │ │ │ - ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a1bee1e0810c2c0eb7b06c953416e193f', 1, 'PmeGpuSpecific::PmeGpuSpecific()'] │ │ │ │ │ + ['pmegpuspecific_482', ['pmegpuspecific', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a1bee1e0810c2c0eb7b06c953416e193f', 1, 'PmeGpuSpecific::PmeGpuSpecific()'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml#a13767aeede40e21d6edf8d835df9705f', 1, 'PmeGpuSpecific: pme_gpu_types_host.h'], │ │ │ │ │ + ['../structPmeGpuSpecific.xhtml', 1, 'PmeGpuSpecific'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmegpustageatomdata_483', ['pmeGpuStageAtomData', ['../pme__gpu__calculate__splines__sycl_8h.xhtml#af5c60e250e572e1bab33ccf09a24f01e', 1, 'pme_gpu_calculate_splines_sycl.h']]], │ │ │ │ │ ['pmegpustaging_484', ['PmeGpuStaging', ['../structPmeGpuStaging.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpuwaitandreduce_485', ['pmeGpuWaitAndReduce', ['../namespacegmx.xhtml#a3db2e0fcedab51584c0e640bbb5e9d46', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pmegridnk_486', ['pmegridNk', ['../structPmeShared.xhtml#aef67175d75c261387ce7806141fdd796', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['pmegridsreadyforspread_487', ['pmeGridsReadyForSpread', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a16feeb45c5bbaccf371d415251bb08b2', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['pmeinitatoms_488', ['pmeInitAtoms', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a3e3a948e52ee4f5b89c7113898fa9950', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmeinitempty_489', ['pmeInitEmpty', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a93750fdb415cd0b6e5af3bfd1d465620', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmeinitwrapper_490', ['pmeInitWrapper', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a69d8e5a058f4ad0cd18db46460be6f9a', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmekernelhandle_491', ['PmeKernelHandle', ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#a946b4419ceb5cf4690681c6d70eb162c', 1, 'PmeGpuProgramImpl']]], │ │ │ │ │ ['pmelayouttransform_492', ['PmeLayoutTransform', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4cb48f76aa8db3fdb07bc098706982ab', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['pmeloadbalancehelper_493', ['pmeloadbalancehelper', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a25a8cd34365febe90aec1d32ab9d541b', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper::PmeLoadBalanceHelper()'] │ │ │ │ │ + ['pmeloadbalancehelper_493', ['pmeloadbalancehelper', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a25a8cd34365febe90aec1d32ab9d541b', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper::PmeLoadBalanceHelper()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmeloadbalancehelper_20tt_494', ['<tt>DomDecHelper</tt> and <tt>PmeLoadBalanceHelper</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md41', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmeloadbalancehelper_2ecpp_495', ['pmeloadbalancehelper.cpp', ['../pmeloadbalancehelper_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmeloadbalancehelper_2eh_496', ['pmeloadbalancehelper.h', ['../pmeloadbalancehelper_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmeloadbalancinglimit_497', ['PmeLoadBalancingLimit', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a152d9b1c10ef8fcfda644eb9e0704a3c', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pmeperformgather_498', ['pmePerformGather', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b568c9ce545ed5b81aab09b839307ad', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmeperformsolve_499', ['pmePerformSolve', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a56aae96ca19e204f55fa12d7048c09ea', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmeperformsplineandspread_500', ['pmePerformSplineAndSpread', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a1ca32a3032115f7d3287676d2c0e6f17', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmepotentialcorrection_501', ['pmepotentialcorrection', ['../namespacegmx.xhtml#ac54e81f11cb53c7d68ff7dab05bd6afd', 1, 'gmx::pmePotentialCorrection(float z2)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acba0166c05fec69dd4a2624ed8dcff95', 1, 'gmx::pmePotentialCorrection(double z2)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmepotentialcorrectionsingleaccuracy_502', ['pmePotentialCorrectionSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#ab8004b2507f7192ead653fcdcb6735fe', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pmeppcommgpu_503', ['pmeppcommgpu', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmePpCommGpu'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml#ad6faf3fc85e8c1881e3f16d5e6a7ed34', 1, 'gmx::PmePpCommGpu::PmePpCommGpu()'] │ │ │ │ │ + ['pmeppcommgpu_503', ['pmeppcommgpu', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml#ad6faf3fc85e8c1881e3f16d5e6a7ed34', 1, 'gmx::PmePpCommGpu::PmePpCommGpu()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmePpCommGpu'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmepptransfer_504', ['PmePpTransfer', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a13b8e77399a0dac4074b4f84806d814d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pmeprinting_505', ['pmePrinting', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a8436afe7313d62bd16fa218ba9d23f06', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper']]], │ │ │ │ │ ['pmeranks_5f_506', ['pmeRanks_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a0c90cc0bff9a1ecf03219470420d6605', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl']]], │ │ │ │ │ ['pmeremotecpuforceptr_507', ['pmeRemoteCpuForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#ac494c801f14e07badc7b3cb1723a9e5e', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]], │ │ │ │ │ ['pmeremotegpuforceptr_508', ['pmeRemoteGpuForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#ae85beb1a3a77948cb972ef832cecdbcc', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]], │ │ │ │ │ ['pmerunmode_509', ['PmeRunMode', ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791', 1, 'pme.h']]], │ │ │ │ │ @@ -914,103 +914,103 @@ │ │ │ │ │ ['pmf_532', ['pmf', ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'gmx::Pmf'], │ │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a600536d6baf212ecc56d278f2a0e3e59a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::Pmf'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['point_533', ['point', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a9580f519d30dc81342ad890187d13edc', 1, 'gmx::BiasGrid']]], │ │ │ │ │ ['point_20data_534', ['Floating-point data', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md60', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['point_20values_535', ['Integers corresponding to floating-point values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md61', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointdistancealongaxis_536', ['pointDistanceAlongAxis', ['../namespacegmx.xhtml#a9980e0f1eac7ff209652d8cecb1eca36', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pointer_537', ['pointer', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ae5525f7b3c732a93f675b4280cc10e7d', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::pointer'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a49a356bfb08d78cfe5e4a9e31b96367e', 1, 'gmx::EnumerationArray::pointer'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a7d3b7bcef0b244efc5d3da2fe2278390', 1, 'gmx::ArrayRef::pointer'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a06373345a99c67a2e0d12372a13f2a91', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::pointer'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a3e88ccc15552d68e12105aebcbf1b7f9', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::pointer'], │ │ │ │ │ + ['pointer_537', ['pointer', ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#af82d407a1ceb60e6c53ba95587199719', 1, 'gmx::accessor_basic::pointer'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ae5525f7b3c732a93f675b4280cc10e7d', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::pointer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#afcdc192280a9292909fdc9517e323090', 1, 'gmx::basic_mdspan::pointer'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#af82d407a1ceb60e6c53ba95587199719', 1, 'gmx::accessor_basic::pointer'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a3e88ccc15552d68e12105aebcbf1b7f9', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::pointer'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a06373345a99c67a2e0d12372a13f2a91', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::pointer'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a7d3b7bcef0b244efc5d3da2fe2278390', 1, 'gmx::ArrayRef::pointer'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a49a356bfb08d78cfe5e4a9e31b96367e', 1, 'gmx::EnumerationArray::pointer'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointers_2ecpp_538', ['pointers.cpp', ['../pointers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointers_2eh_539', ['pointers.h', ['../pointers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['points_540', ['points', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a3ac116746718cc0af400eb6c49e23e8b', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ │ - ['pointsadded_541', ['pointsadded', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a1f5b2dbab42eb4ca8ce85d8324432824', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['pointsadded_541', ['pointsadded', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a26723206e33708251bbba70eed673f44', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a1f5b2dbab42eb4ca8ce85d8324432824', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotModule.xhtml#a32ac3ced4c11a10e20775a32ee5d349b', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a26723206e33708251bbba70eed673f44', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#adcf1de40fc5879c1a12532635e81d479', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#aa5bc505d9b2c6f4e28b2ae8279dc9635', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ada35de8665d5e2514f9b742fa668e3a2', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a86f6a46cf64108dbab34f4faff53d011', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad0b6d871e1cae3cb49af5b5c3329e3eb', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#ad17650bcebc55264c9fc8dcfc4e35e3d', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ace93b671432df57c1f885d82c2fa2818', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a5b851f02915d11a13791ce5e7d49ab9d', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#af7097e86905c7133ccfd2242fbca9ad0', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#abd4b1bd4f780c858218c2ed853002b20', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#aa73d00aa098a1f4dff8d9ab52c1b7400', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a76d3359cbb6ec62060a543b03ef18509', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a5b851f02915d11a13791ce5e7d49ab9d', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a59635a206ddc8987538955f3a36c5cd9', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#af7097e86905c7133ccfd2242fbca9ad0', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::pointsAdded()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#aa73d00aa098a1f4dff8d9ab52c1b7400', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ace93b671432df57c1f885d82c2fa2818', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#ad17650bcebc55264c9fc8dcfc4e35e3d', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad0b6d871e1cae3cb49af5b5c3329e3eb', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a86f6a46cf64108dbab34f4faff53d011', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ada35de8665d5e2514f9b742fa668e3a2', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#aa5bc505d9b2c6f4e28b2ae8279dc9635', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#adcf1de40fc5879c1a12532635e81d479', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::pointsAdded()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointsalonglambdaaxis_542', ['pointsAlongLambdaAxis', ['../namespacegmx.xhtml#aff07c7a9ebdd29aa1584af5d8820afcc', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pointset_543', ['pointset', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a780adb8176b23a810eb167b70723a8d9', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSet()'], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a61c2ee6ccfc1bc2d0d53023676a18fba', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSetCount()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a6e0a2eb1e875073499c25f0d692e728c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSetCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointshavedifferentlambda_545', ['pointsHaveDifferentLambda', ['../namespacegmx.xhtml#aae9bf2b5e56f777f3c61fddadcbb78cb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pointstate_546', ['pointstate', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml', 1, 'gmx::PointState'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a2141bf32d5fe8de87bd0769221d9d831', 1, 'gmx::PointState::PointState()'] │ │ │ │ │ + ['pointstate_546', ['pointstate', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a2141bf32d5fe8de87bd0769221d9d831', 1, 'gmx::PointState::PointState()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PointState.xhtml', 1, 'gmx::PointState'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2ecpp_547', ['pointstate.cpp', ['../pointstate_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2eh_548', ['pointstate.h', ['../pointstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['polynomials_2ecpp_549', ['polynomials.cpp', ['../polynomials_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['polynomials_2eh_550', ['polynomials.h', ['../polynomials_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pop_5fback_551', ['pop_back', ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#aeb1301327a77c58c2f2a0e3f524cf529', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::pop_back()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a6a499eede7dbd2c0df803d06f7a2fb1d', 1, 'gmx::KeyValueTreePath::pop_back()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pop_5flast_552', ['pop_last', ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a3d56878a0b33dd289ae7046d0ef86bd6', 1, 'gmx::KeyValueTreePath']]], │ │ │ │ │ ['popientrywhenempty_553', ['popIEntryWhenEmpty', ['../classt__nblist.xhtml#ab26cfa59d201918a936f9c3a716c7a51', 1, 't_nblist']]], │ │ │ │ │ ['populatemoleculetype_554', ['populateMoleculeType', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02com_8cpp_03.xhtml#aa7970a5640bd23bc600abb150f6e9691', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{com.cpp}']]], │ │ │ │ │ - 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['poscalc_2ecpp_570', ['poscalc.cpp', ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['poscalc_2ecpp_570', ['poscalc.cpp', ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['poscalc_2eh_571', ['poscalc.h', ['../poscalc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['poscount_572', ['poscount', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ac01e4247bdc9f727b4dffc28cf423f3c', 1, 'gmx::Selection::posCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#aad49c4ea69ef0cc81207383b4ba5cfb5', 1, 'gmx::internal::SelectionData::posCount()'] │ │ │ │ │ + ['poscount_572', ['poscount', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#aad49c4ea69ef0cc81207383b4ba5cfb5', 1, 'gmx::internal::SelectionData::posCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ac01e4247bdc9f727b4dffc28cf423f3c', 1, 'gmx::Selection::posCount() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['position_573', ['position', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a7b9d71d9e03043491c475a683f73587b', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['position_20swapping_20swap_574', ['"Computational Electrophysiology" position swapping (swap)', ['../group__module__swap.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2ecpp_575', ['position.cpp', ['../position_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2eh_576', ['position.h', ['../position_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_5fdistance_577', ['position_distance', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a14f11157569bf72288adc0fe5768e5fc', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs']]], │ │ │ │ │ - ['position_5frestraints_2ecpp_578', ['position_restraints.cpp', ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['position_5frestraints_2ecpp_578', ['position_restraints.cpp', ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2eh_579', ['position_restraints.h', ['../position__restraints_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['positionandamplitude_580', ['PositionAndAmplitude', ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1PositionAndAmplitude.xhtml', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters']]], │ │ │ │ │ - ['positioncalculationcollection_581', ['positioncalculationcollection', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#aef3a4272761b50e6f351a53360d89a3d', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::PositionCalculationCollection()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection'] │ │ │ │ │ + ['positioncalculationcollection_581', ['positioncalculationcollection', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#aef3a4272761b50e6f351a53360d89a3d', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::PositionCalculationCollection()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['positionoffset_582', ['positionOffset', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml#aea7d4003b9200b259afe520937dbfe3c', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnectionDetails']]], │ │ │ │ │ ['positions_583', ['positions', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02updategroupscog_8cpp_03.xhtml#a1d7b92752da9be32558c2d13eddd84a7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{updategroupscog.cpp}::positions'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796ca3160eb21973806e4291c3979d4aa242e', 1, 'gmx::Positions'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['positionsandvelocities_584', ['PositionsAndVelocities', ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796cad3b078b311589ad4f94c755832ef725e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['positionscalingcallback_585', ['positionScalingCallback', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#ac9a40ecf45c6079ba2b3468daefb435f', 1, 'gmx::Propagator']]], │ │ │ │ │ @@ -1020,28 +1020,28 @@ │ │ │ │ │ ['positionsview_589', ['positionsView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#af6c40b68aabb89ee5233dbabebf98864', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['positionsymbol_590', ['PositionSymbol', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#ae1aa823f90fa95c285240878c93d295fad0f3a23ad1e73286b34f61ee68672b3e', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol']]], │ │ │ │ │ ['posres_591', ['posres', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#ae8723186b9bb707506acc0a326ca214f', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fdx_592', ['posres_dx', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a3c4d10324cfff742c83657792cd70ce1', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fwrapper_593', ['posres_wrapper', ['../position__restraints_8h.xhtml#a1c4990a93b04b1744b635492a3be9c22', 1, 'posres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial, real *dvdl): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a1c4990a93b04b1744b635492a3be9c22', 1, 'posres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial, real *dvdl): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['posres_5fwrapper_5flambda_594', ['posres_wrapper_lambda', ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a4e01c646def2d038cc374a83bf721751', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const t_pbc &pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../position__restraints_8h.xhtml#a4e01c646def2d038cc374a83bf721751', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const t_pbc &pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ + ['posres_5fwrapper_5flambda_594', ['posres_wrapper_lambda', ['../position__restraints_8h.xhtml#a4e01c646def2d038cc374a83bf721751', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const t_pbc &pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a4e01c646def2d038cc374a83bf721751', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const t_pbc &pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['posres_5fxa_595', ['posres_xA', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a91f1775f42ddf8a37ad39b0b7459d267', 1, 'gmx_molblock_t']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fxb_596', ['posres_xB', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a5b3613d862d2a95219d7777ee428a636', 1, 'gmx_molblock_t']]], │ │ │ │ │ ['postprocess_5fitem_5fsubexpressions_597', ['postprocess_item_subexpressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#a794bd695ad208084dc7018e4c90735c1', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['postprocessforces_598', ['postProcessForces', ['../namespacegmx.xhtml#a6df04b142f03474fd77dd1b6f370553f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['postprocessforcewithshiftforces_599', ['postProcessForceWithShiftForces', ['../namespacegmx.xhtml#a66e4fbbc6684439ec7c3246d6be3bc31', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['potanglefit_600', ['PotAngleFit', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a4cc2873968b4ca417ed95b384e0071f6', 1, 'gmx_enfrotgrp']]], │ │ │ │ │ ['potential_601', ['potential', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#acb463578c26791ab925cbccf9b80a54c', 1, 'gmx::AwhParams']]], │ │ │ │ │ ['potentialenergytoleranceforsystem_5fg_602', ['potentialEnergyToleranceForSystem_g', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02minimize_8cpp_03.xhtml#ad5974d97a10a30cde5ab5fd313209934', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{minimize.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['potentialpointdata_603', ['potentialpointdata', ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml', 1, 'gmx::PotentialPointData'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a8e8485dce1b281d718953552e9d53f6b', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#ac14487f6eed0c13f63ae059a67475ea9', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData(const Vector &f, const real e)'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#ac14487f6eed0c13f63ae059a67475ea9', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData(const Vector &f, const real e)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a8e8485dce1b281d718953552e9d53f6b', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['potentialswitchfunction_604', ['potentialSwitchFunction', ['../namespacegmx.xhtml#a590bff027abbf17255630f3832bdf0d5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['potentialswitchfunctionderivative_605', ['potentialSwitchFunctionDerivative', ['../namespacegmx.xhtml#a76be08d6aa10394167c1f800488e5e86', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power12_606', ['power12', ['../namespacegmx.xhtml#a800ac84e9ee71a2dc0eedda74bea1513', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power3_607', ['power3', ['../namespacegmx.xhtml#abda6daf50f5129fb74816db29e411497', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power4_608', ['power4', ['../namespacegmx.xhtml#a304b15bae3a2a8277f686d4dfc9fa946', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power5_609', ['power5', ['../namespacegmx.xhtml#a4bb914d3b8bf083485bb26c88d2b9dda', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1071,32 +1071,32 @@ │ │ │ │ │ ['pr_5fint64_631', ['pr_int64', ['../txtdump_8h.xhtml#a824a8160b4b8cdbf193925289351b8e4', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pr_5freal_632', ['pr_real', ['../txtdump_8h.xhtml#a75eacf863b559f26547aaa9fdca58264', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pr_5freals_633', ['pr_reals', ['../txtdump_8h.xhtml#aeba7744c5926350234d68c9c090c0055', 1, 'txtdump.h']]], │ │ │ │ │ ['pr_5freals_5fof_5fdim_634', ['pr_reals_of_dim', ['../txtdump_8h.xhtml#a6409e046cff937b31a3e002ce8e62987', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pr_5fsortblock_635', ['pr_sortblock', ['../namespacegmx.xhtml#a0345bd9e1cccd650f3a33167767b8330', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pr_5fstr_636', ['pr_str', ['../txtdump_8h.xhtml#a2d53eb96ae1892f5477a08446c6ba938', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pr_5fstrings_637', ['pr_strings', ['../txtdump_8h.xhtml#ab7c19cf341c011e9380c48a45f08945e', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pr_5fsymtab_638', ['pr_symtab', ['../symtab_8cpp.xhtml#ab145748767232adc88bc7ec9435cc5be', 1, 'pr_symtab(FILE *fp, int indent, const char *title, t_symtab *symtab): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../symtab_8h.xhtml#ab145748767232adc88bc7ec9435cc5be', 1, 'pr_symtab(FILE *fp, int indent, const char *title, t_symtab *symtab): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pr_5fsymtab_638', ['pr_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#ab145748767232adc88bc7ec9435cc5be', 1, 'pr_symtab(FILE *fp, int indent, const char *title, t_symtab *symtab): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../symtab_8cpp.xhtml#ab145748767232adc88bc7ec9435cc5be', 1, 'pr_symtab(FILE *fp, int indent, const char *title, t_symtab *symtab): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pr_5ftitle_639', ['pr_title', ['../txtdump_8h.xhtml#a078408ce82d80e57f8210841db52968f', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pr_5ftitle_5fn_640', ['pr_title_n', ['../txtdump_8h.xhtml#a415b7a0984248fe79f632a86903ac272', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pr_5ftitle_5fnxn_641', ['pr_title_nxn', ['../txtdump_8h.xhtml#aaff92cafa6d475174d54679a6e2482e5', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ │ ['practice_642', ['The subset you should use in practice', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md63', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pre_20loop_643', ['Pre-loop', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md16', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['prec_644', ['prec', ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#af02d3b025c77f0d3613e297780fb11ff', 1, 'gmx::OutputRequirements']]], │ │ │ │ │ ['precision_645', ['precision', ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#aee903d8ecd680b223f2fb4e8f2dcdfed', 1, 'gmx::OutputRequirements']]], │ │ │ │ │ ['precisiontostring_646', ['precisionToString', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03.xhtml#a9954e5cc237ab8b98c6b9bac8763ab08', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['predefined_20simd_20preprocessor_20macros_647', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['prefixformatter_648', ['PrefixFormatter', ['../structgmx_1_1test_1_1PrefixFormatter.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['prepare_5fverlet_5fscheme_649', ['prepare_verlet_scheme', ['../runner_8cpp.xhtml#aa4b15c064f765093c1c3b0e45a18aa98', 1, 'runner.cpp']]], │ │ │ │ │ ['prepareandtransformcoordinates_650', ['prepareAndTransformCoordinates', ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml#a5405e7fd418257241a6d0e400058b96a', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion']]], │ │ │ │ │ ['prepareandwriteframe_651', ['prepareAndWriteFrame', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrameWriter.xhtml#acc5edf13582d28d697d901486876ea1a', 1, 'gmx::TrajectoryFrameWriter']]], │ │ │ │ │ - ['prepareatompositions_652', ['prepareatompositions', ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#aef08bbdf7582e2c9ccb0025f14e77f8c', 1, 'gmx::INNPotModel::prepareAtomPositions()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#acf5b8cb47569b80d17746b025e8beb66', 1, 'gmx::TorchModel::prepareAtomPositions()'] │ │ │ │ │ + ['prepareatompositions_652', ['prepareatompositions', ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#acf5b8cb47569b80d17746b025e8beb66', 1, 'gmx::TorchModel::prepareAtomPositions()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#aef08bbdf7582e2c9ccb0025f14e77f8c', 1, 'gmx::INNPotModel::prepareAtomPositions()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['prepareawhmodule_653', ['prepareAwhModule', ['../namespacegmx.xhtml#a0f0dc8801f18ac6085f049b6053eaee5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['preparedefaultmdpfieldvalues_654', ['prepareDefaultMdpFieldValues', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02simulationdatabase_8cpp_03.xhtml#ae1d7e98e184a23dde3294e0a9ee38ed9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{simulationdatabase.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['prepareforappending_655', ['prepareForAppending', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03.xhtml#ad50fb84ccce6088fa1650a09a3ea513c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['prepareforpositionassembly_656', ['prepareForPositionAssembly', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a3bb55b11c345deed80ca37875c54e260', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['preparegpukernelargument_657', ['preparegpukernelargument', ['../oclutils_8h.xhtml#a2880665aed29367c17b0b3b71dcd9049', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex, const CurrentArg *argPtr, const RemainingArgs *... otherArgsPtrs): oclutils.h'], │ │ │ │ │ ['../oclutils_8h.xhtml#ae38b731b0072ddca1ef4f6bf43fc0dcb', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex): oclutils.h'] │ │ │ │ │ @@ -1115,49 +1115,49 @@ │ │ │ │ │ ['prepareprevsteppullcom_667', ['preparePrevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#ace0e8cabf9ba2e4c466681267fe30616', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ ['prepareprevsteppullcomnewsimulation_668', ['preparePrevStepPullComNewSimulation', ['../pull_8h.xhtml#aaf91fb3c6408dd4d40dcbc60b8f3346e', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['preparereferencedata_669', ['prepareReferenceData', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml#aaf17a8df8c6213ad4bd4632c538e0d9d', 1, 'gmx::test::PeriodicActionsTest']]], │ │ │ │ │ ['preparererunstate_670', ['prepareRerunState', ['../gromacs_2mdrun_2rerun_8cpp.xhtml#a3a61805a1314c7094d6985f312b796d3', 1, 'rerun.cpp']]], │ │ │ │ │ ['preparetest_671', ['preparetest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsSupportedFiles.xhtml#a55a125582f82a0bef2e0be090626569e', 1, 'gmx::test::SetAtomsSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsUnSupportedFiles.xhtml#a1472dda69601bf20c6af26c8970863d7', 1, 'gmx::test::SetAtomsUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnyOutputSupportedFiles.xhtml#abd33db6ae6c7bb966a3cf70d93eed90e', 1, 'gmx::test::AnyOutputSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml#a75b0b89f9b03980e5efa151f10747fb0', 1, 'gmx::test::NoOptionalOutput::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1OutputSelectorDeathTest.xhtml#ab2c7e9ee595f837c1677769522c9707f', 1, 'gmx::test::OutputSelectorDeathTest::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocitySupportedFiles.xhtml#a5c721c58a519211d2984f31306d591bd', 1, 'gmx::test::SetVelocitySupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocityUnSupportedFiles.xhtml#a8fefeae96caffc87c2c27abf1dd7751e', 1, 'gmx::test::SetVelocityUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceSupportedFiles.xhtml#ad959f70a7f9a9268ddcb28b607d27888', 1, 'gmx::test::SetForceSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceUnSupportedFiles.xhtml#ad6fca57625ab6f39c8854f457c40858e', 1, 'gmx::test::SetForceUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionSupportedFiles.xhtml#ae99227b78afd7add07d701841a056e35', 1, 'gmx::test::SetPrecisionSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionUnSupportedFiles.xhtml#a8d07c06ca5994941a6b0d53eaf71afb6', 1, 'gmx::test::SetPrecisionUnSupportedFiles::prepareTest()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionUnSupportedFiles.xhtml#a8d07c06ca5994941a6b0d53eaf71afb6', 1, 'gmx::test::SetPrecisionUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml#a75b0b89f9b03980e5efa151f10747fb0', 1, 'gmx::test::NoOptionalOutput::prepareTest()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preparevmdforces_672', ['prepareVmdForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a17780bb21381fe37591b6c612b30fe76', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['prependcontext_673', ['prependcontext', ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1bd116912e67c096ae949ddae85afe06', 1, 'gmx::GromacsException::prependContext()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1ErrorMessage.xhtml#a35872d2133a1587fde1aac5580bddbab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::ErrorMessage::prependContext()'] │ │ │ │ │ + ['prependcontext_673', ['prependcontext', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1ErrorMessage.xhtml#a35872d2133a1587fde1aac5580bddbab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::ErrorMessage::prependContext()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1bd116912e67c096ae949ddae85afe06', 1, 'gmx::GromacsException::prependContext()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preprocess_674', ['preprocess', ['../classgmx_1_1NNPotTopologyPreprocessor.xhtml#ad1686d5726f7554a4043e1d29fc8fc51', 1, 'gmx::NNPotTopologyPreprocessor::preprocess()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a62a8eb1d8ab64aca76d9c1c6fbf53530', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor::preprocess()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['preprocessingatomtypes_675', ['preprocessingatomtypes', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ab564e1e5edd0850f93716d5d8b56e7b9', 1, 'PreprocessingAtomTypes::PreprocessingAtomTypes()'], │ │ │ │ │ - ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml', 1, 'PreprocessingAtomTypes'] │ │ │ │ │ + ['preprocessingatomtypes_675', ['preprocessingatomtypes', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml', 1, 'PreprocessingAtomTypes'], │ │ │ │ │ + ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ab564e1e5edd0850f93716d5d8b56e7b9', 1, 'PreprocessingAtomTypes::PreprocessingAtomTypes()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preprocessingbondatomtype_676', ['PreprocessingBondAtomType', ['../classPreprocessingBondAtomType.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['preprocessingnotifier_5f_677', ['preProcessingNotifier_', ['../structgmx_1_1MDModulesNotifiers.xhtml#a491f3247b6bc681d6b97dc9db91028a1', 1, 'gmx::MDModulesNotifiers']]], │ │ │ │ │ ['preprocessor_20macros_678', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['preprocessresidue_679', ['PreprocessResidue', ['../structPreprocessResidue.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pres_680', ['pres', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a4727f9623b6a6995110132c968cb2165', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ │ ['pres_5fprev_681', ['pres_prev', ['../classt__state.xhtml#affdc7fa00e6e77e6f80cb7e8457e777d', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ - ['present_682', ['present', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputPointSet.xhtml#ace934e632ac88246da704f878ee85b5c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputPointSet::present()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a4e9e2e103711b6302c6e82121ec8eef3', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::present()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a69f1255e4e4115a9b183f7be0be7760c', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::present()'] │ │ │ │ │ + ['present_682', ['present', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a4e9e2e103711b6302c6e82121ec8eef3', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::present()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a69f1255e4e4115a9b183f7be0be7760c', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::present()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputPointSet.xhtml#ace934e632ac88246da704f878ee85b5c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputPointSet::present()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['presentalldata_683', ['presentAllData', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#ab07eb7b9cb4b5e0fb8fc85c196223f06', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]], │ │ │ │ │ ['presentdata_684', ['presentData', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a58d11e5cb995d8ee2a8b150b80e96015', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['presentdataframe_685', ['presentDataFrame', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#a89e3f46a66165f59608fb91cdec5257c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]], │ │ │ │ │ ['preserveboxshape_686', ['preserveBoxShape', ['../state_8h.xhtml#a0f2e4adc7362d30d4ecfab4f23f25de5', 1, 'state.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pressure_687', ['pressure', ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a92a3c13d5a3f1ca5d2b3598b5409def7', 1, 'DispersionCorrection::Correction::pressure'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a0bb52df1038789c62a164a849698f2b5', 1, 'gmx::EnergyData::pressure()'] │ │ │ │ │ + ['pressure_687', ['pressure', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a0bb52df1038789c62a164a849698f2b5', 1, 'gmx::EnergyData::pressure()'], │ │ │ │ │ + ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a92a3c13d5a3f1ca5d2b3598b5409def7', 1, 'DispersionCorrection::Correction::pressure'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pressure_5f_688', ['pressure_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a3e21f62fdd4229953fe526ba7c74a9f1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]], │ │ │ │ │ ['pressurecoupling_689', ['PressureCoupling', ['../md__enums_8h.xhtml#a75403865033b1e929fe40f0119cabfb3', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['pressurecouplingoptionstostring_690', ['pressureCouplingOptionsToString', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#aa448f87e5bc69a5a5ee4cb09b855dec6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pressurecouplingscheme_691', ['pressureCouplingScheme', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTestParameters.xhtml#a5461cc0b111fbe5cf8fe059573a0601c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTestParameters']]], │ │ │ │ │ ['pressurecouplingtype_692', ['PressureCouplingType', ['../md__enums_8h.xhtml#ab9101457c43f890d83e2f61b04c80b88', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['pressurematrixtype_693', ['PressureMatrixType', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbea', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]], │ │ │ │ │ @@ -1195,45 +1195,45 @@ │ │ │ │ │ ['print_5forires_5flog_721', ['print_orires_log', ['../orires_8h.xhtml#a558c2a0b81d1976025f8f0efd51af375', 1, 'orires.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fpme_5floadbal_5fsetting_722', ['print_pme_loadbal_setting', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a34ad2116d0baa736e0d155ba956bf062', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fpme_5floadbal_5fsettings_723', ['print_pme_loadbal_settings', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a738403c89c46ba35701c160e156915fa', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5freplica_5fexchange_5fstatistics_724', ['print_replica_exchange_statistics', ['../replicaexchange_8h.xhtml#ac242f2189cc51aa6ffb4a1b5768eab7d', 1, 'replicaexchange.h']]], │ │ │ │ │ ['print_5fresall_725', ['print_resall', ['../resall_8h.xhtml#afbd28b7c0e308005c53b31f428715e5e', 1, 'resall.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fstart_726', ['print_start', ['../printtime_8h.xhtml#a6cf8ede86906fc405824ad5ba33578ff', 1, 'printtime.h']]], │ │ │ │ │ ['print_5ftime_727', ['print_time', ['../printtime_8h.xhtml#a2b2cf213aae64f2f3992ac2fee167bb7', 1, 'printtime.h']]], │ │ │ │ │ - ['printbinaryinformation_728', ['printbinaryinformation', ['../namespacegmx.xhtml#ad0c6bc3dc4ee812f31a6076c7d4f42a9', 1, 'gmx::printBinaryInformation(FILE *fp, const IProgramContext &programContext, const BinaryInformationSettings &settings)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a0ea11527285a0547aafa0ee27c4f4817', 1, 'gmx::printBinaryInformation(TextWriter *writer, const IProgramContext &programContext, const BinaryInformationSettings &settings)'], │ │ │ │ │ + ['printbinaryinformation_728', ['printbinaryinformation', ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml#ae1ca1f3759dfd30915c86eb6461c35f8', 1, 'gmx::BinaryInformationSettings::printBinaryInformation'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aff67fcd64bdaa64a3823cc1a322a6783', 1, 'gmx::printBinaryInformation(FILE *fp, const IProgramContext &programContext)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml#ae1ca1f3759dfd30915c86eb6461c35f8', 1, 'gmx::BinaryInformationSettings::printBinaryInformation'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ad0c6bc3dc4ee812f31a6076c7d4f42a9', 1, 'gmx::printBinaryInformation(FILE *fp, const IProgramContext &programContext, const BinaryInformationSettings &settings)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a0ea11527285a0547aafa0ee27c4f4817', 1, 'gmx::printBinaryInformation(TextWriter *writer, const IProgramContext &programContext, const BinaryInformationSettings &settings)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['printcurrentstatus_729', ['printCurrentStatus', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#ab287e09e32b67a7d8eb6c426cbea825e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['printcycles_730', ['printCycles', ['../structgmx_1_1SearchCycleCounting.xhtml#a4d10d3b49fe8ab3b697ca98128aadc76', 1, 'gmx::SearchCycleCounting']]], │ │ │ │ │ ['printdebuginfo_731', ['printDebugInfo', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a83cdc66c0202739e8e7dd1c1add3492b', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['printfatalerrorfooter_732', ['printFatalErrorFooter', ['../group__module__utility.xhtml#gadcb892c734184fade6b913a4d3a66aa7', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ │ ['printfatalerrorheader_733', ['printFatalErrorHeader', ['../group__module__utility.xhtml#ga34257490d770efb0f6a87adeef2629c6', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ │ ['printfatalerrormessage_734', ['printFatalErrorMessage', ['../group__module__utility.xhtml#gac6287dc8a550a2d54429e44994e00e58', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['printfatalerrormessageline_735', ['printFatalErrorMessageLine', ['../group__module__utility.xhtml#ga0a42e4f258d42ec3a31c6a633de8d5da', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ │ ['printhdf5errorsdebug_736', ['printHdf5ErrorsDebug', ['../namespacegmx.xhtml#ab817247c14460e07ba037d9bf1ee026f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['printhelp_737', ['printhelp', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#abe93236807caafdef3d12bf607712457', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}::printHelp()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03.xhtml#ad26aa404f4b172bbb70761f5601e1e6b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::printHelp()'] │ │ │ │ │ + ['printhelp_737', ['printhelp', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03.xhtml#ad26aa404f4b172bbb70761f5601e1e6b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::printHelp()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#abe93236807caafdef3d12bf607712457', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}::printHelp()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['printinfo_738', ['printInfo', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a65669ac067cf817dd81dd54545cbad1e', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['printinitializationtolog_739', ['printInitializationToLog', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#ab98de3aa653a1e218fb158592b357333', 1, 'gmx::Bias']]], │ │ │ │ │ ['printlambdastatetolog_740', ['printLambdaStateToLog', ['../state_8h.xhtml#a7c02def220ba38fd0b4d43394b46a1f6', 1, 'state.cpp']]], │ │ │ │ │ ['printmissinginteractionsatoms_741', ['printMissingInteractionsAtoms', ['../namespacegmx.xhtml#ae65e5b55ff548e7bfe1a7c87e3dbe492', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['printmissinginteractionsmolblock_742', ['printMissingInteractionsMolblock', ['../namespacegmx.xhtml#ae745a97b913d8883598f292573c042c2', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['printnbnxmpressureerror_743', ['printNbnxmPressureError', ['../namespacegmx.xhtml#a70e7a975019d7f9f2b250dd86107949a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['printreplicaexchangeparameterstostring_744', ['PrintReplicaExchangeParametersToString', ['../structgmx_1_1test_1_1PrintReplicaExchangeParametersToString.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['printstringtablestoragetofile_745', ['printStringTableStorageToFile', ['../classStringTable.xhtml#a43471fd15acff612e6fbf75df17328f3', 1, 'StringTable']]], │ │ │ │ │ ['printthanks_746', ['printThanks', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a05cae832d1e990febdd2035ed4dae99c', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['printtime_2eh_747', ['printtime.h', ['../printtime_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['printto_748', ['printto', ['../tests_2confio_8cpp.xhtml#ae9ec9498ed69d6298c4cec343dbf6eea', 1, 'PrintTo(): confio.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a48139736d8f5906f2262d2219909e972', 1, 'gmx::PrintTo(const RVec &value, std::ostream *os)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a8cc01a6cbd2e745e2859c1c597de99f0', 1, 'gmx::PrintTo(const PaddedVector< RVec > &vector, std::ostream *os)'], │ │ │ │ │ + ['printto_748', ['printto', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02constr_8cpp_03.xhtml#a146ac5d0721d0bbff854d6b43bd3c594', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{constr.cpp}::PrintTo()'], │ │ │ │ │ ['../tests_2constr_8cpp.xhtml#ad8707751bcf9b7561997be4d4509f919', 1, 'PrintTo(): constr.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02constr_8cpp_03.xhtml#a146ac5d0721d0bbff854d6b43bd3c594', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{constr.cpp}::PrintTo()'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a8cc01a6cbd2e745e2859c1c597de99f0', 1, 'gmx::PrintTo(const PaddedVector< RVec > &vector, std::ostream *os)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a48139736d8f5906f2262d2219909e972', 1, 'gmx::PrintTo(const RVec &value, std::ostream *os)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2confio_8cpp.xhtml#ae9ec9498ed69d6298c4cec343dbf6eea', 1, 'PrintTo(): confio.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['printtree_749', ['printtree', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#ab4cb9e76c9189929571b6120c02fdb15', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::printTree()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#af818d2c18b1f062f98535ea2310cf9d6', 1, 'gmx::SelectionCollection::printTree(FILE *fp, bool bValues) const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['printxvgrinfo_750', ['printXvgrInfo', ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#a258632c31196a32960eac628c9ccd7f9', 1, 'gmx::SelectionCollection']]], │ │ │ │ │ ['prob_751', ['prob', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a3f7ac1e9d6c7f8aa5c82ae73d8e82435', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ │ ['prob_5fsum_752', ['prob_sum', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#afe91de4fe29e4757a00af03b1d4da003', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ │ @@ -1241,42 +1241,42 @@ │ │ │ │ │ ['process_5fconst_754', ['process_const', ['../compiler_8cpp.xhtml#a3a79847d59f377e50695756feae2818d', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['processall_755', ['processall', ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a1ed3015bac2e5a4af9631fb8fef8cd39', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::processAll()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a9415930b33cf36ebc49d2040b3df1ed1', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::processAll()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['processatomsredistributedsignal_756', ['processAtomsRedistributedSignal', ['../classgmx_1_1ColvarsForceProvider.xhtml#a7e4338e0cff17f65c590c5e188d55d5f', 1, 'gmx::ColvarsForceProvider']]], │ │ │ │ │ ['processawhframe_757', ['processAwhFrame', ['../classAwhReader.xhtml#a2daf556d976fa7b201ba3f74c8400c8b', 1, 'AwhReader']]], │ │ │ │ │ ['processcommonoptions_758', ['processCommonOptions', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a98689b63c70ad2e9a03104894fa94fe3', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ - 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['prop_794', ['prop', ['../classAtomProperties.xhtml#a989a1bbdaf2caddb0696947bfa9419a7', 1, 'AtomProperties::prop()'], │ │ │ │ │ - ['../classAtomProperties_1_1Impl.xhtml#ae053674382c8aba1e9672a462aa46a34', 1, 'AtomProperties::Impl::prop'] │ │ │ │ │ + ['prop_794', ['prop', ['../classAtomProperties_1_1Impl.xhtml#ae053674382c8aba1e9672a462aa46a34', 1, 'AtomProperties::Impl::prop'], │ │ │ │ │ + ['../classAtomProperties.xhtml#a989a1bbdaf2caddb0696947bfa9419a7', 1, 'AtomProperties::prop()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fcopy_5fassignment_795', ['propagate_on_container_copy_assignment', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#af118f1bf88de184a1b6a3655df879591', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fmove_5fassignment_796', ['propagate_on_container_move_assignment', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#ad784820686c118595c511a1c323ada53', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fswap_797', ['propagate_on_container_swap', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#afd1941ab26a2198c5395d662cbe56e9e', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ │ ['propagationparameters_798', ['PropagationParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a774ca3fa5df95b1187890bf92a0e0cd8', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['propagationparameterswithconstraints_799', ['propagationParametersWithConstraints', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a6193e70ad283d80177391e3d3bf79522', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['propagationparameterswithcoupling_800', ['propagationParametersWithCoupling', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ae287683c1974989b18151e1147f2b39d', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['propagator_801', ['propagator', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml', 1, 'gmx::Propagator< integrationStage >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a0be3f787956d64b6f1db5686085d3791', 1, 'gmx::Propagator::Propagator()'] │ │ │ │ │ + ['propagator_801', ['propagator', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a0be3f787956d64b6f1db5686085d3791', 1, 'gmx::Propagator::Propagator()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml', 1, 'gmx::Propagator< integrationStage >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagator_20tt_802', ['<tt>Propagator</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md27', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['propagator_2ecpp_803', ['propagator.cpp', ['../propagator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['propagator_2eh_804', ['propagator.h', ['../propagator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['propagatorcallback_805', ['propagatorcallback', ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a667942f1bbef424b2716da739030ad2e', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#abe7883668ad32a364fb2289b060a1468', 1, 'gmx::MttkData::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ + ['propagatorcallback_805', ['propagatorcallback', ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#abe7883668ad32a364fb2289b060a1468', 1, 'gmx::MttkData::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a667942f1bbef424b2716da739030ad2e', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga3396e7f07a04e8c8d3ce40cbfa022c4c', 1, 'gmx::PropagatorCallback'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagatorconnection_806', ['PropagatorConnection', ['../structgmx_1_1PropagatorConnection.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['propagatortag_807', ['propagatortag', ['../structgmx_1_1PropagatorTag.xhtml', 1, 'gmx::PropagatorTag'], │ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gae5429b9c01d5a4d3e399efca641aa2c9', 1, 'gmx::PropagatorTag::PropagatorTag()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagatortagpostposition_808', ['propagatorTagPostPosition', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml#a30ea53994cc965ef3a04dffab77a99b5', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnectionDetails']]], │ │ │ │ │ @@ -1338,18 +1338,18 @@ │ │ │ │ │ ['prscalingcallback_817', ['prScalingCallback', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a8290753edff543fc7792f05aa682fef2', 1, 'gmx::Propagator']]], │ │ │ │ │ ['prune_5fk_818', ['prune_k', ['../structgmx_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#ad9729d2b798b91ed18b8502a8fba119b', 1, 'gmx::GpuTimers::Interaction']]], │ │ │ │ │ ['prunetime_819', ['pruneTime', ['../structgmx__wallclock__gpu__nbnxn__t.xhtml#af892e5f3a38c3ea077d7c2fc9f3875aa', 1, 'gmx_wallclock_gpu_nbnxn_t']]], │ │ │ │ │ ['pselstr_820', ['pselstr', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a9903897e32d34014698a94545ccb7c6b', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ │ ['psi_821', ['psi', ['../structt__bb.xhtml#a147862a6ed22146e070c8237288331e2', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ │ ['pswitch_822', ['PSwitch', ['../namespacegmx.xhtml#af59447472dd31d8f7c7c14843837b6d6ad4d20db2a8cc5234ee00e37cdf487c5b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['ptcouplingarrays_823', ['PTCouplingArrays', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['ptr_824', ['ptr', ['../structgmx__sel__mempool__block__t.xhtml#add25c5d49d8ff2d9655b80cdbb9ffb84', 1, 'gmx_sel_mempool_block_t::ptr'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#a12b279f9954e6c83e9e9957fcde06e81', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::ptr'], │ │ │ │ │ + ['ptr_824', ['ptr', ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af2cf7f1354c9bc399677ea2e609d4f7f', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::ptr()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af542b6ae650440a71020651e1c7ac4ef', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::ptr() const'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af2cf7f1354c9bc399677ea2e609d4f7f', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::ptr()'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#a12b279f9954e6c83e9e9957fcde06e81', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::ptr'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__sel__mempool__block__t.xhtml#add25c5d49d8ff2d9655b80cdbb9ffb84', 1, 'gmx_sel_mempool_block_t::ptr'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ptype_825', ['ptype', ['../classSimulationParticle.xhtml#adfbadc49e08a3567f287bf57779863c0', 1, 'SimulationParticle']]], │ │ │ │ │ ['public_20api_826', ['Public API', ['../group__group__publicapi.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['puid_827', ['puId', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a61aefff6555da4373cb8b84122e196d4', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['puidincore_828', ['puIdInCore', ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#ac3478cc96129471d97e408f93aad07d9', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['pull_829', ['pull', ['../structgmx_1_1ImdOptions.xhtml#a23ce7753d3bfbdc5d7570f09e45371fd', 1, 'gmx::ImdOptions::pull'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a718f59718640c6506b3721fbc8bf3a4d', 1, 'gmx::Pull'] │ │ │ │ │ @@ -1386,20 +1386,20 @@ │ │ │ │ │ ['pullcheckpbcwithingroup_851', ['pullCheckPbcWithinGroup', ['../pull_8h.xhtml#ab09591734914d2d04d712aebfbf23972', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pullcheckpbcwithingroups_852', ['pullCheckPbcWithinGroups', ['../pull_8h.xhtml#a22765fba515ab711be631bbbe08310e7', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_853', ['pullcoordexpressionparser', ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml#a69a4582d47f4dbbfdee1fff7be371bb0', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser::PullCoordExpressionParser()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_2eh_854', ['pullcoordexpressionparser.h', ['../pullcoordexpressionparser_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullcoordindex_5f_855', ['pullCoordIndex_', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a2af1237e8b1f71f4130b923bd2ed1c7d', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem']]], │ │ │ │ │ - ['pulldimparams_856', ['pulldimparams', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a2bca3ab6e4db03bd35113c1f95f5df80', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams(double conversionFactor, double forceConstant, double beta)'], │ │ │ │ │ + ['pulldimparams_856', ['pulldimparams', ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#ae85515d4f2dbadb5f05849791cf7aa2c', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams() const'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a2bca3ab6e4db03bd35113c1f95f5df80', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams(double conversionFactor, double forceConstant, double beta)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pullelement_857', ['pullelement', ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml', 1, 'gmx::PullElement'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#ad0a8fb319d8d31c9233ed736f4f5675e', 1, 'gmx::PullElement::PullElement()'] │ │ │ │ │ + ['pullelement_857', ['pullelement', ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#ad0a8fb319d8d31c9233ed736f4f5675e', 1, 'gmx::PullElement::PullElement()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml', 1, 'gmx::PullElement'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pullelement_2ecpp_858', ['pullelement.cpp', ['../pullelement_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullelement_2eh_859', ['pullelement.h', ['../pullelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullgroupgeometry_860', ['PullGroupGeometry', ['../md__enums_8h.xhtml#a3c39678b5ca68fa66b7f12615f9c2d22', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['pullhistory_861', ['pullHistory', ['../structObservablesHistory.xhtml#a97a66d7379fb71dfb6799ee15528f2a4', 1, 'ObservablesHistory']]], │ │ │ │ │ ['pullhistory_2eh_862', ['pullhistory.h', ['../pullhistory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullingalgorithm_863', ['PullingAlgorithm', ['../md__enums_8h.xhtml#a07879277b22cbe7bbee52b15e64f79c8', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ @@ -1414,20 +1414,20 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pushback_868', ['pushBack', ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#ae18ce1449394739fcece544b581cb276', 1, 'gmx::ListOfLists']]], │ │ │ │ │ ['pushbacklistofsize_869', ['pushBackListOfSize', ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a5cc2f517914ce460fbbc72fe7abd4c72', 1, 'gmx::ListOfLists']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fbox_870', ['put_atoms_in_box', ['../pbc_8cpp.xhtml#a610564f01ba42ba37b644eec1bb8d3df', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fbox_5fomp_871', ['put_atoms_in_box_omp', ['../pbc_8cpp.xhtml#a40a33ad9c319d581155eba31d9d26b17', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fcompact_5funitcell_872', ['put_atoms_in_compact_unitcell', ['../pbc_8cpp.xhtml#a428ad6fc47d5d0b15c96ca4c1b6cb903', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5ftriclinic_5funitcell_873', ['put_atoms_in_triclinic_unitcell', ['../pbc_8cpp.xhtml#a55aaad77afec7b9eaebb70b687754d03', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['put_5fsymtab_874', ['put_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../symtab_8cpp.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ + ['put_5fsymtab_874', ['put_symtab', ['../symtab_8cpp.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../symtab_8h.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['putatomoffsetinreceiverrankxbuf_5f_875', ['putAtomOffsetInReceiverRankXBuf_', ['../structgmx_1_1nvshmemHaloExchangeOps.xhtml#ab55f1a71499c31b9b38d26d1554d3af8', 1, 'gmx::nvshmemHaloExchangeOps']]], │ │ │ │ │ ['putatomsinbox_876', ['putAtomsInBox', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a16e9acd28f4b4c994840404345c7e850', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['putatomsongrid_877', ['putAtomsOnGrid', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a39bd7ce6853702e6175a08b428ce7b09', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ - 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['readcheckpointtotrxframe_73', ['readcheckpointtotrxframe', ['../classgmx_1_1ModularSimulator.xhtml#a14f99d57fa6ff26d83990460b8e0e097', 1, 'gmx::ModularSimulator::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a333328298283d95aa84be76408da4a7f', 1, 'gmx::StatePropagatorData::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData.xhtml#a7dd83b0ad9158a757e111837bc404731', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::readCheckpointToTrxFrame()'] │ │ │ │ │ + ['readcheckpointtotrxframe_73', ['readcheckpointtotrxframe', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData.xhtml#a7dd83b0ad9158a757e111837bc404731', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ModularSimulator.xhtml#a14f99d57fa6ff26d83990460b8e0e097', 1, 'gmx::ModularSimulator::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a333328298283d95aa84be76408da4a7f', 1, 'gmx::StatePropagatorData::readCheckpointToTrxFrame()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readchildentries_74', ['readChildEntries', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#a69a563fe5bf6aca78b09435324e5fa06', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['readcommand_75', ['readCommand', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a05320ddc33e42dbdd61c7b87eeca7f4b', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['readdouble_76', ['readDouble', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a18e0f91a26a44eba0461f0b29db52b3a', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['readedvecwithreferenceprojection_77', ['readEdVecWithReferenceProjection', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ac6f9e82412778fba12ba7c87e6be5636', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['readentry_78', ['readEntry', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#aff99e1e654b284a758c0a54737bb2171', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['readfiletostring_79', ['readfiletostring', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#ab60a4095bedb4918dda1e2071bf36454', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const std::filesystem::path &filename)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a335a497245704967c1431f364ea0ca00', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const std::string &filename)'] │ │ │ │ │ + ['readfiletostring_79', ['readfiletostring', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a335a497245704967c1431f364ea0ca00', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const std::string &filename)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#ab60a4095bedb4918dda1e2071bf36454', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const std::filesystem::path &filename)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readfloat_80', ['readFloat', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a0d317c9ca0387d6e6a7bbab7eab5533f', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['readgridsize_81', ['readGridSize', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml#afe2d46ad54be09003ac706146d2c82c1', 1, 'pme_gather_sycl.cpp']]], │ │ │ │ │ ['readindexfromserializer_82', ['readIndexFromSerializer', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aea28757b483109810d993d9d1684ad10', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['reading_83', ['reading', ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#aa5f04de61828ef7af2c1585e3e91a277', 1, 'gmx::ISerializer::reading()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a7eca6d67ea8bea5006e111762492ca16', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::reading()'] │ │ │ │ │ + ['reading_83', ['reading', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a7eca6d67ea8bea5006e111762492ca16', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::reading()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#aa5f04de61828ef7af2c1585e3e91a277', 1, 'gmx::ISerializer::reading()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readinp_2ecpp_84', ['readinp.cpp', ['../tests_2readinp_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['readint32_85', ['readInt32', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#afee39969b1f4ed1ce509bbd6bd8e9bd9', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['readint64_86', ['readInt64', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a596176a0591133ef4331185c29cdf9c9', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['readinteger_87', ['readInteger', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a0202a4ac0d2c52d64122f2f9165341fe', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['readintegratedautocorrelationtimes_88', ['readIntegratedAutocorrelationTimes', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a8ddf5450efbad4686970059912aa32d7', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['readinternalparametersfromkvt_89', ['readinternalparametersfromkvt', ['../classgmx_1_1DensityFittingOptions.xhtml#aa1077af7e6cbeba8e1c052f653c45bac', 1, 'gmx::DensityFittingOptions::readInternalParametersFromKvt()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a70d2e05f69165b9126d74813f98f23fd', 1, 'gmx::ColvarsOptions::readInternalParametersFromKvt()'], │ │ │ │ │ + ['readinternalparametersfromkvt_89', ['readinternalparametersfromkvt', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a70d2e05f69165b9126d74813f98f23fd', 1, 'gmx::ColvarsOptions::readInternalParametersFromKvt()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingOptions.xhtml#aa1077af7e6cbeba8e1c052f653c45bac', 1, 'gmx::DensityFittingOptions::readInternalParametersFromKvt()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a7001a33f3f283c4912a3ab3cfdd5b0f9', 1, 'gmx::QMMMOptions::readInternalParametersFromKvt()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readir_2ecpp_90', ['readir.cpp', ['../tests_2readir_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['readkvtcheckpointvalue_91', ['readkvtcheckpointvalue', ['../namespacegmx.xhtml#a05084482777d678a18da8a32b7410fba', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< real * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acf49b322c7346edb9b5d2e5cbbff100c', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< std::int64_t * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a868475d2fdb19a816c1170bd8a7e923f', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< ValueType * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['scale_113', ['scale', ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml#a5c019da79bddcfb0ac07f2a757a269bc', 1, 'PmeGpuDynamicParams::scale'], │ │ │ │ │ - ['../structt__forcetable.xhtml#a74042b613c0660e9d1a66b49147d0159', 1, 't_forcetable::scale'], │ │ │ │ │ + ['scale_113', ['scale', ['../structt__forcetable.xhtml#a74042b613c0660e9d1a66b49147d0159', 1, 't_forcetable::scale'], │ │ │ │ │ + ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml#a5c019da79bddcfb0ac07f2a757a269bc', 1, 'PmeGpuDynamicParams::scale'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#aa587cc1c76049dce893923692e23d769', 1, 'gmx::MttkData::scale()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['scaleall_114', ['scaleAll', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#a749915682fa7728ee088dfd6726b1736', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['scaleallbyvector_115', ['scaleAllByVector', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#aabe3becd12550d662e727afbd168f433', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['scalebox_116', ['scaleBox', ['../classEwaldBoxZScaler.xhtml#a67431757f83b309cf81b3cf96eabe7bf', 1, 'EwaldBoxZScaler']]], │ │ │ │ │ ['scalebyvector_117', ['scaleByVector', ['../namespacegmx.xhtml#a0f5022a3da3a90ab52ba2cec11c936d5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['scalecoordinates_118', ['scaleCoordinates', ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a9376d1cbbecb20c18661950973814d0d', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl']]], │ │ │ │ │ ['scaled_5flagrange_5fmultiplier_119', ['scaled_lagrange_multiplier', ['../structgmx_1_1shakedata.xhtml#adde8f58fcb5ada8d634039c00ca42a58', 1, 'gmx::shakedata']]], │ │ │ │ │ ['scaledsampleweight_120', ['ScaledSampleWeight', ['../namespacegmx.xhtml#aa78c6481d10a93316c155ffdf021e581a7cffc85b2f1c2177a818913479ea4f18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['scaleinternaltouserinput_121', ['scaleInternalToUserInput', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a8b7199033caa1dbea6f4fbc8457c3103', 1, 'gmx::DimParams']]], │ │ │ │ │ ['scalekernel_122', ['scaleKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a3478a6cdaf4905d5f1939a1cc0f7672c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['scaleoperationonly_123', ['scaleOperationOnly', ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml#acc95c4510196adaa2be2e247eaa400a6', 1, 'gmx::TranslateAndScale']]], │ │ │ │ │ - ['scalepositions_124', ['scalepositions', ['../namespacegmx.xhtml#aa40466eed05791a3c070a9620d0118a5', 1, 'gmx::scalePositions(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict x)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a0ad0cca109a60ba3ddbe1df8f32d19ba', 1, 'gmx::ScalePositions'] │ │ │ │ │ + ['scalepositions_124', ['scalepositions', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a0ad0cca109a60ba3ddbe1df8f32d19ba', 1, 'gmx::ScalePositions'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa40466eed05791a3c070a9620d0118a5', 1, 'gmx::scalePositions(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['scalesingle_125', ['scaleSingle', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#abb37138b6fef236b38b46177ab3a7f16', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['scaletarget_126', ['scaleTarget', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a93751c7f51be9d69545a30ce189bffc2', 1, 'gmx::PointState']]], │ │ │ │ │ ['scaletargetbymetric_127', ['scaleTargetByMetric', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#ad9bd18c9c3bb06a0a31ae993dc420eba', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ │ ['scaleuserinputtointernal_128', ['scaleUserInputToInternal', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a004d2c59395c40d1600fcfecde06de49', 1, 'gmx::DimParams']]], │ │ │ │ │ - ['scalevelocities_129', ['scalevelocities', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a2108282211446e168416bdfc55bbbda1', 1, 'gmx::ScaleVelocities'], │ │ │ │ │ + ['scalevelocities_129', ['scalevelocities', ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a92ef8227ecb881d5a8f7fd2b3882afe3', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl::scaleVelocities()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a4e4da4f100aca65e4733c6fe8e881a45', 1, 'gmx::scaleVelocities(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict v)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga5ff057aa36da97961cf549a2d15d0a1d', 1, 'gmx::ScaleVelocities'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a92ef8227ecb881d5a8f7fd2b3882afe3', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl::scaleVelocities()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a4e4da4f100aca65e4733c6fe8e881a45', 1, 'gmx::scaleVelocities(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict v)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a2108282211446e168416bdfc55bbbda1', 1, 'gmx::ScaleVelocities'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['scalingmatrix_130', ['ScalingMatrix', ['../structgmx_1_1ScalingMatrix.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['scan_5fedvec_131', ['scan_edvec', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa33eff7a8d809b89f9cf9041736b276e', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['scanner_2eh_132', ['scanner.h', ['../scanner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scanner_5finternal_2ecpp_133', ['scanner_internal.cpp', ['../scanner__internal_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scanner_5finternal_2eh_134', ['scanner_internal.h', ['../scanner__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scantemporary_135', ['scanTemporary', ['../classgmx_1_1GpuPairlistSorting.xhtml#af57aed49734b372a758187b23a0a347c', 1, 'gmx::GpuPairlistSorting']]], │ │ │ │ │ @@ -202,34 +202,34 @@ │ │ │ │ │ ['scatteringfactors_2ecpp_145', ['scatteringfactors.cpp', ['../scatteringfactors_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scatteringfactors_2eh_146', ['scatteringfactors.h', ['../scatteringfactors_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scatteringmodule_147', ['ScatteringModule', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02scattering_8cpp_03_1_1ScatteringModule.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{scattering.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['scattertype_148', ['ScatterType', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02scattering_8cpp_03.xhtml#af68bed217f507f95a84693dad6919bcb', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{scattering.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['scattertypenames_149', ['ScatterTypeNames', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02scattering_8cpp_03.xhtml#a060d9ca319f3fcc1995bb836c0dc58ab', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{scattering.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['schedulecheckoflocaltopology_150', ['scheduleCheckOfLocalTopology', ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker.xhtml#a0d84c8f23ed94741752cf48063dee793', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker']]], │ │ │ │ │ ['scheduleoninitstep_151', ['ScheduleOnInitStep', ['../namespacegmx.xhtml#a65a4da1c9de2e9bed752f8b8a3f9f536', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['scheduletask_152', ['scheduletask', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a481f40331c19d897e8f19f6e6df28c35', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['scheduletask_152', ['scheduletask', ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml#aadb56e05e1e98a746c3d7efe690b36f9', 1, 'gmx::MttkElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#a8978e8d9ea8378ce811b481ba300ceb2', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryElement.xhtml#af5d77577c343b5a6213b0183599f0dd3', 1, 'gmx::TrajectoryElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1Element.xhtml#a78ea1b79b3207c007545ee32f75a5c18', 1, 'gmx::StatePropagatorData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#a5de27b8c103d61af4fc0d4485f0696d8', 1, 'gmx::PullElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#ab0f183bf218447632393e134cd168926', 1, 'gmx::Propagator::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#aedfd16655cf7fecee54f630ce17f59f7', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsElement.xhtml#ae18d9a9b5dd62c70e247de9cacb7e49b', 1, 'gmx::NoseHooverChainsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkBoxScaling.xhtml#a843d396f3a4b61ba30f61e75621125bf', 1, 'gmx::MttkBoxScaling::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml#aadb56e05e1e98a746c3d7efe690b36f9', 1, 'gmx::MttkElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga885f0c13ca151b4f3faff2b6693be4d5', 1, 'gmx::ISimulatorElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml#a5ee9dc6b064ef1302b6c1f87584a59fc', 1, 'gmx::ForceElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#aae8bd9e527ae47ec32a1bbdf7280d3d7', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga885f0c13ca151b4f3faff2b6693be4d5', 1, 'gmx::ISimulatorElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a481f40331c19d897e8f19f6e6df28c35', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExpandedEnsembleElement.xhtml#a10f8d4fb2cf188bdfa934a3d41f504a7', 1, 'gmx::ExpandedEnsembleElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a087252166c905077ef90d523b181b975', 1, 'gmx::EnergyData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ConstraintsElement.xhtml#a94d2b1115cc744e608601b6ae0755566', 1, 'gmx::ConstraintsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ComputeGlobalsElement.xhtml#a6ad79f672990c0e51239a15dc170d442', 1, 'gmx::ComputeGlobalsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CompositeSimulatorElement.xhtml#a63bab13598122656712cebb8ba83997c', 1, 'gmx::CompositeSimulatorElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#aae8bd9e527ae47ec32a1bbdf7280d3d7', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AndersenTemperatureCoupling.xhtml#ac08b0da8d9082185faf25841681a52f6', 1, 'gmx::AndersenTemperatureCoupling::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CheckpointHelper.xhtml#a816df5001cbd0c60982950c1bb4e949e', 1, 'gmx::CheckpointHelper::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AndersenTemperatureCoupling.xhtml#ac08b0da8d9082185faf25841681a52f6', 1, 'gmx::AndersenTemperatureCoupling::scheduleTask()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CompositeSimulatorElement.xhtml#a63bab13598122656712cebb8ba83997c', 1, 'gmx::CompositeSimulatorElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ComputeGlobalsElement.xhtml#a6ad79f672990c0e51239a15dc170d442', 1, 'gmx::ComputeGlobalsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a087252166c905077ef90d523b181b975', 1, 'gmx::EnergyData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ConstraintsElement.xhtml#a94d2b1115cc744e608601b6ae0755566', 1, 'gmx::ConstraintsElement::scheduleTask()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['scheduling_153', ['Task scheduling', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md18', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['schedulingfunction_154', ['SchedulingFunction', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga2e5213722419e15e533f31b31705c19c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['sci_155', ['sci', ['../structgmx_1_1nbnxn__sci__t.xhtml#a141062a74177d642598eeb71c284be7f', 1, 'gmx::nbnxn_sci_t::sci'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GpuPairlist.xhtml#acc6ae1d537c8f146c856d2c987108990', 1, 'gmx::GpuPairlist::sci'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sciallocationsize_156', ['sciAllocationSize', ['../classgmx_1_1GpuPairlist.xhtml#a257db9e44327b49b3d967c26256f82be', 1, 'gmx::GpuPairlist']]], │ │ │ │ │ @@ -256,24 +256,24 @@ │ │ │ │ │ ['secondarystructuretypes_177', ['SecondaryStructureTypes', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0c', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['secondworstvalue_178', ['secondWorstValue', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#a8a13144969fb9e78af070d23bdd8773e', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]], │ │ │ │ │ ['section_179', ['Section', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#aa42ee379f117739637fea3d9ec66e6ac', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl']]], │ │ │ │ │ ['sectiondepth_5f_180', ['sectionDepth_', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl.xhtml#a47265320e684274c6eb2db8f34e6d4c8', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl']]], │ │ │ │ │ ['sectionlist_181', ['SectionList', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a0b5d7191a67300492668b579b3d8c7d7', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ │ ['sectionpointer_182', ['SectionPointer', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ad7c03ec290814714430d5da793da8b1c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ │ ['sectionstack_5f_183', ['sectionStack_', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#a12895288cec1aa199d4139c526299ec4', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['seed_184', ['seed', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a314085e7fd7c311d6df66b13553bab45', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::seed(uint64_t key0, uint64_t key1)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a1a1d881fcb5a3da2c4a94d990d85c482', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::seed(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'], │ │ │ │ │ + ['seed_184', ['seed', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a1a1d881fcb5a3da2c4a94d990d85c482', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::seed(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a314085e7fd7c311d6df66b13553bab45', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::seed(uint64_t key0, uint64_t key1)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6c1008edd52ae4e2e1ea5263448fac7b', 1, 'gmx::AwhParams::seed()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a361aebb35292ccabe9cc53e6fee091f4', 1, 'gmx_repl_ex::seed'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#ae687ff9b9091d65451e124e906ef5c7c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters::seed'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['seed_2ecpp_185', ['seed.cpp', ['../tests_2seed_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['seed_2eh_186', ['seed.h', ['../seed_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['seed_5f_187', ['seed_', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#a43cc4a05fb282e096cf2bb1e792e7917', 1, 'gmx::test::BiasTest::seed_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml#a3c0987ff66d3da9b720ed7543bc84411', 1, 'gmx::test::BiasFepLambdaStateTest::seed_'] │ │ │ │ │ + ['seed_5f_187', ['seed_', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml#a3c0987ff66d3da9b720ed7543bc84411', 1, 'gmx::test::BiasFepLambdaStateTest::seed_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#a43cc4a05fb282e096cf2bb1e792e7917', 1, 'gmx::test::BiasTest::seed_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sel_188', ['sel', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#ad61f4043df826e04bd19ede14da87576', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::sel'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#a5e28e2020cfd3bcd4018cb981db4eee3', 1, 'gmx_ana_selcollection_t::sel'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sel_5fallocdata_189', ['SEL_ALLOCDATA', ['../selelem_8h.xhtml#a9014d6430c86dbc2ed5a067436bcf6f4', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5fallocval_190', ['SEL_ALLOCVAL', ['../selelem_8h.xhtml#a6fee1910b915d2f6e873f134e297ab47', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5farithmetic_191', ['SEL_ARITHMETIC', ['../selelem_8h.xhtml#a1f104d5c71b1198ef51acc4ef016ae46a8b75dccbec633c2002ea8c8fd3639b0e', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ @@ -311,19 +311,19 @@ │ │ │ │ │ ['sel_5fsubexprref_223', ['SEL_SUBEXPRREF', ['../selelem_8h.xhtml#a1f104d5c71b1198ef51acc4ef016ae46af3e44c019a776df8511a73457f9b32b4', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5funsorted_224', ['SEL_UNSORTED', ['../selelem_8h.xhtml#a993cd91de7b993da0e8efdbf8cc5386f', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5fupdatefunc_225', ['sel_updatefunc', ['../selmethod_8h.xhtml#aa73fc6b6edda191f639f8a928d2ba3ab', 1, 'selmethod.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5fupdatefunc_5fpos_226', ['sel_updatefunc_pos', ['../selmethod_8h.xhtml#a5d3ca539422830ca820770e9a481ce68', 1, 'selmethod.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5fvalflagmask_227', ['SEL_VALFLAGMASK', ['../selelem_8h.xhtml#a655f74bf854b705aee5a7c89bc94f597', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5fvaltypemask_228', ['SEL_VALTYPEMASK', ['../selelem_8h.xhtml#a8e88981dc413e3eb7356fd2a64bcf481', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5fvarnumval_229', ['SEL_VARNUMVAL', ['../selelem_8h.xhtml#aa6b7039bec845775c664246914b30d50', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ - ['select_230', ['select', ['../namespacegmx.xhtml#a9b2fd966c924499613d71524e3d69471a99938282f04071859941e18f16efcf42', 1, 'gmx::select'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#af2ca01657023e02580baaaf0c011a60ca99938282f04071859941e18f16efcf42', 1, 'gmx::select'] │ │ │ │ │ + ['select_230', ['select', ['../namespacegmx.xhtml#af2ca01657023e02580baaaf0c011a60ca99938282f04071859941e18f16efcf42', 1, 'gmx::select'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a9b2fd966c924499613d71524e3d69471a99938282f04071859941e18f16efcf42', 1, 'gmx::select'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['select_2ecpp_231', ['select.cpp', ['../tests_2select_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../modules_2select_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['select_2ecpp_231', ['select.cpp', ['../modules_2select_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2select_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['select_2eh_232', ['select.h', ['../select_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['select_5fnbnxn_5fkernel_233', ['select_nbnxn_kernel', ['../namespacegmx.xhtml#afbeeff7e89d450a37a860d9f81b982e6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['select_5fon_5fcontainer_5fcopy_5fconstruction_234', ['select_on_container_copy_construction', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#a8ffcc79b54332af1e9f17b673c907bfb', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ │ ['selectbondedkernelflavor_235', ['selectBondedKernelFlavor', ['../namespaceanonymous__namespace_02listed__forces_8cpp_03.xhtml#a8144ca2c7cf4a6a35269e93d8eb52e4f', 1, 'anonymous_namespace{listed_forces.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['selectbymask_236', ['selectbymask', ['../group__module__simd.xhtml#ga223de776671702527c62b4da8f6e570a', 1, 'gmx::selectByMask(Simd4Double a, Simd4DBool mask)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga76ed0866ac21967e0a9641acca32ab50', 1, 'gmx::selectByMask(Simd4Float a, Simd4FBool mask)'], │ │ │ │ │ @@ -365,85 +365,85 @@ │ │ │ │ │ ['selection_20methods_248', ['Custom selection methods', ['../page_module_selection_custom.xhtml', 1, 'page_selections']]], │ │ │ │ │ ['selection_20modifiers_249', ['selection modifiers', ['../todo.xhtml#_todo000202', 1, 'Selection modifiers'], │ │ │ │ │ ['../page_module_selection_custom.xhtml#selmethods_modifiers', 1, 'Selection modifiers'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selection_20parsing_250', ['Selection parsing', ['../page_module_selection_parser.xhtml', 1, 'page_selections']]], │ │ │ │ │ ['selection_2ecpp_251', ['selection.cpp', ['../selection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selection_2eh_252', ['selection.h', ['../selection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['selectioncollection_253', ['selectioncollection', ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml', 1, 'gmx::SelectionCollection'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#aee72b1af0481b99ca67e0ca0beefaa28', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotSettings::selectionCollection()'], │ │ │ │ │ + ['selectioncollection_253', ['selectioncollection', ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#aee72b1af0481b99ca67e0ca0beefaa28', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotSettings::selectionCollection()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml', 1, 'gmx::SelectionCollection'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#af4c4da031a86714c51d96f203ecc80b8', 1, 'gmx::SelectionCollection::SelectionCollection()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectioncollection_2ecpp_254', ['selectioncollection.cpp', ['../tests_2selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectioncollection_2eh_255', ['selectioncollection.h', ['../selectioncollection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectioncollection_5fimpl_2eh_256', ['selectioncollection_impl.h', ['../selectioncollection__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['selectionfileoption_262', ['selectionfileoption', ['../classgmx_1_1SelectionFileOption.xhtml', 1, 'gmx::SelectionFileOption'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionFileOption.xhtml#aa940b6e3a02a85f35fc15feb358c180a', 1, 'gmx::SelectionFileOption::SelectionFileOption()'] │ │ │ │ │ + ['selectionfileoption_262', ['selectionfileoption', ['../classgmx_1_1SelectionFileOption.xhtml#aa940b6e3a02a85f35fc15feb358c180a', 1, 'gmx::SelectionFileOption::SelectionFileOption()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionFileOption.xhtml', 1, 'gmx::SelectionFileOption'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionfileoption_2eh_263', ['selectionfileoption.h', ['../selectionfileoption_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['selectionfileoptioninfo_264', ['selectionfileoptioninfo', ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::SelectionFileOptionInfo'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionInfo.xhtml#a06b3244951d2d48ca1a043a0048c392b', 1, 'gmx::SelectionFileOptionInfo::SelectionFileOptionInfo()'] │ │ │ │ │ + ['selectionfileoptioninfo_264', ['selectionfileoptioninfo', ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionInfo.xhtml#a06b3244951d2d48ca1a043a0048c392b', 1, 'gmx::SelectionFileOptionInfo::SelectionFileOptionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::SelectionFileOptionInfo'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionfileoptionstorage_265', ['selectionfileoptionstorage', ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml#a3aa962f9183980c1a4e3e9c240540cfd', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage::SelectionFileOptionStorage()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionfileoptionstorage_2eh_266', ['selectionfileoptionstorage.h', ['../selectionfileoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectionflag_267', ['SelectionFlag', ['../namespacegmx.xhtml#a19038c03ebc67b4c8e7da4ee81cbc836', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionflags_268', ['SelectionFlags', ['../namespacegmx.xhtml#a4d80aa80d970cd0d36eeac2f5d146dcf', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionlist_269', ['SelectionList', ['../namespacegmx.xhtml#ac852a0801cf49723903e23bc77a32163', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionlocation_270', ['SelectionLocation', ['../structgmx_1_1SelectionLocation.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - 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['sh_5flj_5fewald_747', ['sh_lj_ewald', ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a38cc3ba15cfb624442ec638af3c89327', 1, 'gmx::NBParamGpu::sh_lj_ewald'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#a698e15f32a7186c0e3c7ddf23fee458b', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::sh_lj_ewald'] │ │ │ │ │ + ['sh_5flj_5fewald_747', ['sh_lj_ewald', ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#a698e15f32a7186c0e3c7ddf23fee458b', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::sh_lj_ewald'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a38cc3ba15cfb624442ec638af3c89327', 1, 'gmx::NBParamGpu::sh_lj_ewald'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['shake_2ecpp_748', ['shake.cpp', ['../shake_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shake_2eh_749', ['shake.h', ['../shake_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shakedata_750', ['shakedata', ['../structgmx_1_1shakedata.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['shaketest_751', ['ShakeTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02shake_8cpp_03_1_1ShakeTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{shake.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['shape_752', ['Shape', ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1Shape.xhtml', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters']]], │ │ │ │ │ ['sharebiasmultisim_753', ['shareBiasMultisim', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a18c750c872c4d9069375087ba17f8bb8', 1, 'gmx::AwhParams']]], │ │ │ │ │ @@ -1201,17 +1201,17 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl_1_1SharedState.xhtml', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl::SharedState'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['shellcompletionformat_759', ['ShellCompletionFormat', ['../group__module__commandline.xhtml#ga996baa646a1074569194ee226c23efae', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['shellcompletions_2ecpp_760', ['shellcompletions.cpp', ['../shellcompletions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shellcompletions_2eh_761', ['shellcompletions.h', ['../shellcompletions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shellcompletionwriter_762', ['shellCompletionWriter', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#af7df115f5f2486d4b70ae5501b3d99e2', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext']]], │ │ │ │ │ ['shellfcelement_20tt_763', ['<tt>ForceElement</tt> and <tt>ShellFCElement</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md25', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['shift_764', ['shift', ['../structgmx_1_1nbnxn__ci__t.xhtml#a13d2d9c337b18c0e5a19e4bc91b7580c', 1, 'gmx::nbnxn_ci_t::shift'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DomdecZones.xhtml#ab624493532261c9a82b2a61f07dfb006', 1, 'gmx::DomdecZones::shift()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1nbnxn__sci__t.xhtml#a29f62d86141a587e30bc746105366d0e', 1, 'gmx::nbnxn_sci_t::shift'] │ │ │ │ │ + ['shift_764', ['shift', ['../classgmx_1_1DomdecZones.xhtml#ab624493532261c9a82b2a61f07dfb006', 1, 'gmx::DomdecZones::shift()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1nbnxn__sci__t.xhtml#a29f62d86141a587e30bc746105366d0e', 1, 'gmx::nbnxn_sci_t::shift'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1nbnxn__ci__t.xhtml#a13d2d9c337b18c0e5a19e4bc91b7580c', 1, 'gmx::nbnxn_ci_t::shift'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['shift_5fpositions_765', ['shift_positions', ['../namespacegmx.xhtml#a0a47f39d8f7170e0b554c5c04f22c1d7', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['shift_5fvec_766', ['shift_vec', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#ad4c756e192846b7670a2df943ce4f16c', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ │ ['shiftatoms_767', ['shiftAtoms', ['../namespacegmx.xhtml#a465856d3920a2e0c4f8b8f64c71d0fbb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['shiftforces_768', ['shiftforces', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a7903fcc781e4cc1a727b92178a700f30', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer::shiftForces()'], │ │ │ │ │ ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a43726d5d39d7e679d5116d5f4f33539f', 1, 'ForceHelperBuffers::shiftForces()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#ac7b3d4c9595d204f1c92dab8091ddd6b', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::shiftForces() const'], │ │ │ │ │ @@ -1220,18 +1220,18 @@ │ │ │ │ │ ['shiftindex_769', ['shiftIndex', ['../structt__nblist_1_1IEntry.xhtml#a7b305705092944e43fd27993e784df6d', 1, 't_nblist::IEntry']]], │ │ │ │ │ ['shiftindextoxdim_770', ['shiftIndexToXDim', ['../namespacegmx.xhtml#a0040ac9986fb3284dbc61fdb52125c00', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['shiftmultipledomains_771', ['shiftMultipleDomains', ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml#abba53d12214732e0ef7ec63ec99bf5d5', 1, 'gmx::DomainCommBackward']]], │ │ │ │ │ ['shiftvec_772', ['shiftVec', ['../structgmx_1_1NBAtomDataGpu.xhtml#a184771b52c1f72259348b14fce157998', 1, 'gmx::NBAtomDataGpu']]], │ │ │ │ │ ['shiftvecuploaded_773', ['shiftVecUploaded', ['../structgmx_1_1NBAtomDataGpu.xhtml#aadde322dc817f4bf5a1ce040b0dffb87', 1, 'gmx::NBAtomDataGpu']]], │ │ │ │ │ ['short_20range_20non_20bonded_20interaction_20module_774', ['Short-range non-bonded interaction module', ['../group______module__nbnxm.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shortdescription_775', ['shortdescription', ['../classanonymous__namespace_02legacymodules_8cpp_03_1_1ObsoleteToolModule.xhtml#a607d95852f28491e0f1bf24d333d33ac', 1, 'anonymous_namespace{legacymodules.cpp}::ObsoleteToolModule::shortDescription()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ConvertTprInfo.xhtml#af6535e3438bad3f7568a930e1688b273', 1, 'gmx::ConvertTprInfo::shortDescription'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1MockModule.xhtml#a524bc12130c3d4556c40bbdd959e19cc', 1, 'gmx::test::MockModule::shortDescription()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#a9febf5b09cc0e747ca7a7eaa43a0ce5c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::shortDescription()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ICommandLineModule.xhtml#aae4edf891d789a6d24701207074d2bc2', 1, 'gmx::ICommandLineModule::shortDescription()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ConvertTprInfo.xhtml#af6535e3438bad3f7568a930e1688b273', 1, 'gmx::ConvertTprInfo::shortDescription'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a0364e8b334f08f70c60012830c866d2b', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::shortDescription()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NonbondedBenchmarkInfo.xhtml#af53c9db85517ae7897a49e34f32bb23b', 1, 'gmx::NonbondedBenchmarkInfo::shortDescription'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['should_20use_20in_20practice_776', ['The subset you should use in practice', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md63', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['should_5fmerge_777', ['should_merge', ['../poscalc_8cpp.xhtml#adb897f64df8059b6217d230c89a0cdf8', 1, 'poscalc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['shouldbackup_778', ['shouldBackup', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#aae46d784b9e9facdb58bd44aec2500b8', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ │ ['shouldbequiet_779', ['shouldBeQuiet', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#acaf8fd70a59ed9e827620495f95beb40', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ │ @@ -1243,30 +1243,30 @@ │ │ │ │ │ ['shouldignoreactualmodule_783', ['shouldIgnoreActualModule', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#accab4527c9c43bed058c69f6aa39515e', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ │ ['shouldnotifyimmediately_784', ['shouldNotifyImmediately', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#a460c8523ba9d64a48fd9fc18d1f61a49', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]], │ │ │ │ │ ['shouldshowhelp_785', ['shouldShowHelp', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#a85a35f6c87b8f55301c1e93da0b3463f', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ │ ['shouldshowhidden_786', ['shouldShowHidden', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#ac2f63b398be8cd30de8504c87d4f6683', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ │ ['showhidden_787', ['showHidden', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#a1b5296d1e85db490f341448c0aab2c45', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext']]], │ │ │ │ │ ['shrinksimplexpointsexceptbest_788', ['shrinkSimplexPointsExceptBest', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#add8ea70a51f8e679c136a98e0e067b41', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]], │ │ │ │ │ ['sig_789', ['sig', ['../classgmx_1_1SimulationSignal.xhtml#ac2b2a5f8c7a4c388bae77fc1288290c3', 1, 'gmx::SimulationSignal']]], │ │ │ │ │ - ['sigma_790', ['sigma', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a3e49bfb4ee28733b17ee5da4530797d2', 1, 't_UmbrellaWindow::sigma'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#adf1f3d4411f310e36cd9cf12a86fe062', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::sigma'] │ │ │ │ │ + ['sigma_790', ['sigma', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#adf1f3d4411f310e36cd9cf12a86fe062', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::sigma'], │ │ │ │ │ + ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a3e49bfb4ee28733b17ee5da4530797d2', 1, 't_UmbrellaWindow::sigma'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sigma_5f_791', ['sigma_', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02neldermead_8cpp_03_1_1NelderMeadParameters.xhtml#ae7d41103125700257eaae651d2da9e78', 1, 'gmx::anonymous_namespace{neldermead.cpp}::NelderMeadParameters::sigma_'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1Shape.xhtml#ae1344660b67767f2645178a84fe29ac7', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters::Shape::sigma_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#ab0d50c6fdbdcb94b9c0a7bfa3c0f7666', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::sigma_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#abc31d2b29be8bfc147542841e17fefbb', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::sigma_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sigmah_792', ['sigmaH', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#a13d87d7231f700993326f136199610e0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['sigmao_793', ['sigmaO', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#ac8bae4d3c92d139e5bb15b70002d7cc9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['signal_794', ['signal', ['../classgmx_1_1EnergySignaller.xhtml#a22d8678a2fbb90b777955452562ce57e', 1, 'gmx::EnergySignaller::signal()'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gad7b381eec03a5ce4c110475c4d722fa1', 1, 'gmx::ISignaller::signal()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NeighborSearchSignaller.xhtml#a7edfb87a360726e4bfbcc5faf0125c16', 1, 'gmx::NeighborSearchSignaller::signal()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LastStepSignaller.xhtml#ad6d2d54ef1fbb9439afb3f540b528a90', 1, 'gmx::LastStepSignaller::signal()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LoggingSignaller.xhtml#af84dd04e1f70040fb35e7924ff38683e', 1, 'gmx::LoggingSignaller::signal()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectorySignaller.xhtml#a0f409da6d78ba6e84603ea3461972fdd', 1, 'gmx::TrajectorySignaller::signal()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LastStepSignaller.xhtml#ad6d2d54ef1fbb9439afb3f540b528a90', 1, 'gmx::LastStepSignaller::signal()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NeighborSearchSignaller.xhtml#a7edfb87a360726e4bfbcc5faf0125c16', 1, 'gmx::NeighborSearchSignaller::signal()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectorySignaller.xhtml#a0f409da6d78ba6e84603ea3461972fdd', 1, 'gmx::TrajectorySignaller::signal()'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gad7b381eec03a5ce4c110475c4d722fa1', 1, 'gmx::ISignaller::signal()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['signalintersim_795', ['signalInterSim', ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml#a8072d5a64fa7fc9547b110bc3c1ebd0f', 1, 'gmx::SimulationSignaller']]], │ │ │ │ │ ['signaller_20and_20element_20details_796', ['Signaller and element details', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md20', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['signallerbuilder_797', ['SignallerBuilder', ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20energysignaller_20_3e_798', ['SignallerBuilder< EnergySignaller >', ['../classgmx_1_1EnergySignaller.xhtml#afb979459db2487c5003e22e8354735d7', 1, 'gmx::EnergySignaller']]], │ │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20gmx_3a_3aenergysignaller_20_3e_799', ['SignallerBuilder< gmx::EnergySignaller >', ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20gmx_3a_3alaststepsignaller_20_3e_800', ['SignallerBuilder< gmx::LastStepSignaller >', ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1310,16 +1310,16 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4double_833', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4fbool_834', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['simd4float_835', ['simd4float', ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Float'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml#a4d61d22b9955c0f6fa78804562704cbe', 1, 'gmx::Simd4Float::Simd4Float()'] │ │ │ │ │ + ['simd4float_835', ['simd4float', ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml#a4d61d22b9955c0f6fa78804562704cbe', 1, 'gmx::Simd4Float::Simd4Float()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Float'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4n_20implementation_836', ['SIMD4N implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md65', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4real_837', ['Simd4Real', ['../namespacegmx.xhtml#a37686b0c2ec48a361d6c4473c1fdb70c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simd4setzerod_838', ['simd4SetZeroD', ['../group__module__simd.xhtml#gac88aa19e4c856c2333bf814c3521c488', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simd4setzerof_839', ['simd4SetZeroF', ['../group__module__simd.xhtml#gafa583e5ea332a308e773ad9422e0d080', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fenergy_5faccumulator_2ecpp_840', ['simd_energy_accumulator.cpp', ['../tests_2simd__energy__accumulator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fkernel_2eh_841', ['simd_kernel.h', ['../simd__kernel_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -1904,27 +1904,27 @@ │ │ │ │ │ ['state_5fpropagator_5fdata_5fgpu_5fimpl_2ecpp_1207', ['state_propagator_data_gpu_impl.cpp', ['../state__propagator__data__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['state_5fpropagator_5fdata_5fgpu_5fimpl_2eh_1208', ['state_propagator_data_gpu_impl.h', ['../state__propagator__data__gpu__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['state_5fpropagator_5fdata_5fgpu_5fimpl_5fgpu_2ecpp_1209', ['state_propagator_data_gpu_impl_gpu.cpp', ['../state__propagator__data__gpu__impl__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['statechanged_1210', ['stateChanged', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#a31ebf74bd43279d454fb29a1fe7e2a5f', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ │ ['stateentry_1211', ['StateEntry', ['../state_8h.xhtml#a86497aee22e74e3dec677d0d49213656', 1, 'state.h']]], │ │ │ │ │ ['stateglobal_5f_1212', ['stateGlobal_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#ad474b5174e3f72368698f2b0afff1b8b', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['statepointer_1213', ['StatePointer', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl.xhtml#a1f191dc5d90a8004267a18cd00cf8c12', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['statepropagatordata_1214', ['statepropagatordata', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#aeaba083022e06d68abaca844ae1ec8eb', 1, 'gmx::StatePropagatorData::StatePropagatorData()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml', 1, 'gmx::StatePropagatorData'] │ │ │ │ │ + ['statepropagatordata_1214', ['statepropagatordata', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml', 1, 'gmx::StatePropagatorData'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#aeaba083022e06d68abaca844ae1ec8eb', 1, 'gmx::StatePropagatorData::StatePropagatorData()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['statepropagatordata_20tt_1215', ['<tt>StatePropagatorData</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md35', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['statepropagatordata_2ecpp_1216', ['statepropagatordata.cpp', ['../statepropagatordata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['statepropagatordata_2eh_1217', ['statepropagatordata.h', ['../statepropagatordata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['statepropagatordata_3a_3aelement_20tt_1218', ['<tt>StatePropagatorData::Element</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md31', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stateread_5f_1219', ['stateRead_', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml#a1ec8a57f49d9817eb5b634b72609aef7', 1, 'gmx::ColvarsForceProviderState']]], │ │ │ │ │ ['static_1220', ['Static', ['../md__enums_8h.xhtml#ab1fce6aba35ca024e1ac818bdf1d5d15a84a8921b25f505d0d2077aeb5db4bc16', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ - ['static_5fextent_1221', ['static_extent', ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_010_01_4.xhtml#a4f2603dc7c635806f93485cbc441dcd5', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< 0 >::static_extent()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01dynamic__extent_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a55cdb81e2125645a0aeb35fb0c5387fc', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents... >::static_extent()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1extents.xhtml#a50111b7e65a0dd5cff8bb326e6b084e0', 1, 'gmx::extents::static_extent()'], │ │ │ │ │ + ['static_5fextent_1221', ['static_extent', ['../classgmx_1_1extents.xhtml#a50111b7e65a0dd5cff8bb326e6b084e0', 1, 'gmx::extents::static_extent()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aaf7f060e31aa227c06a0bc509420be66', 1, 'gmx::basic_mdspan::static_extent()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_010_01_4.xhtml#a4f2603dc7c635806f93485cbc441dcd5', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< 0 >::static_extent()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01dynamic__extent_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a55cdb81e2125645a0aeb35fb0c5387fc', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents... >::static_extent()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#aea69002007675bb3b64984fad3d6748b', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::static_extent()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['staticaveragehistogram_1222', ['staticaveragehistogram', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02histogram_8cpp_03_1_1StaticAverageHistogram.xhtml#a15f37a8c0d228aadff66df4b4de2207a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{histogram.cpp}::StaticAverageHistogram::StaticAverageHistogram()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02histogram_8cpp_03_1_1StaticAverageHistogram.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{histogram.cpp}::StaticAverageHistogram'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['staticdataframeheaderchecker_1223', ['staticdataframeheaderchecker', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataFrameHeaderChecker.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataFrameHeaderChecker'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataFrameHeaderChecker.xhtml#a63907b6f8f88fba789d0a57a5e5ebd41', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataFrameHeaderChecker::StaticDataFrameHeaderChecker()'] │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_17.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -79,16 +79,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#abb053676a2ca8ed4f5a9908bc70f25a7', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::TabulatedNormalDistribution(result_type mean=0.0, result_type stddev=1.0)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ad090e6c16ba8f5b3a5408d8c07788dd3', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::TabulatedNormalDistribution(const param_type &param)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['tabulatednormaldistribution_2ecpp_60', ['tabulatednormaldistribution.cpp', ['../tests_2tabulatednormaldistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tabulatednormaldistribution_2eh_61', ['tabulatednormaldistribution.h', ['../tabulatednormaldistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tabulatestructurefactors_62', ['tabulateStructureFactors', ['../ewald_8cpp.xhtml#aa3544b10e91b5c8dcfa5a114a5bc5a96', 1, 'ewald.cpp']]], │ │ │ │ │ ['tag_63', ['tag', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga049d88cc31c3267253efbde42699ad28', 1, 'gmx::PropagatorConnection']]], │ │ │ │ │ - ['tan_64', ['tan', ['../namespacegmx.xhtml#a45e727a4960ac7f8ba5149f9b251c520', 1, 'gmx::tan(double x)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a7063173231453ec737688c8d91aa0749', 1, 'gmx::tan(float x)'] │ │ │ │ │ + ['tan_64', ['tan', ['../namespacegmx.xhtml#a7063173231453ec737688c8d91aa0749', 1, 'gmx::tan(float x)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a45e727a4960ac7f8ba5149f9b251c520', 1, 'gmx::tan(double x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['tansingleaccuracy_65', ['tanSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a0f979f3defa4f725cfce2d7e93fc0d9e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['target_66', ['target', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a573114820ae0977c2eb9c666068351fd', 1, 'gmx::PointState::target()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344ac41a31890959544c6523af684561abe5', 1, 'gmx::Target'], │ │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ae261c5a75fa1c55507798631058dd98aac41a31890959544c6523af684561abe5', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::Target'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['targetbinsize_67', ['targetbinsize', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a17572bdc8c982bc6913a351b6b84ada6', 1, 'methoddata_insolidangle']]], │ │ │ │ │ @@ -108,20 +108,20 @@ │ │ │ │ │ ['tau_79', ['tau', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#ae44c5c0ce2cb51e35e160b41feae02d0', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood::tau'], │ │ │ │ │ ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a4a7d5d96a6026b0db6cc024d590e4ba6', 1, 't_UmbrellaWindow::tau'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['tausmooth_80', ['tausmooth', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#adca5c639bf77415ff74cdd36259747ac', 1, 't_UmbrellaWindow']]], │ │ │ │ │ ['taut_81', ['tauT', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#ad2429598fcf2120680f2c9cbb242a227', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters']]], │ │ │ │ │ ['tbin_82', ['tbin', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a8e051ab9e3b8939ceaf35aea4b20c980', 1, 'methoddata_insolidangle']]], │ │ │ │ │ ['tbinsize_83', ['tbinsize', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a37c045688253e214ec4f38582c565d5a', 1, 'methoddata_insolidangle']]], │ │ │ │ │ - ['teardown_84', ['teardown', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#ab37d08455a3f6c93bf73d3b6983f99af', 1, 'gmx::EnergyData::teardown()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a3130fd41d2ff2414f0fc6089b586d5bb', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper::teardown()'] │ │ │ │ │ + ['teardown_84', ['teardown', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a3130fd41d2ff2414f0fc6089b586d5bb', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper::teardown()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#ab37d08455a3f6c93bf73d3b6983f99af', 1, 'gmx::EnergyData::teardown()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['teardowntestsuite_85', ['teardowntestsuite', ['../classanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03_1_1DomDecSpecialCasesTest.xhtml#a1f99d295d63d1aa9dfd1dde3aa1300ad', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::DomDecSpecialCasesTest::TearDownTestSuite()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1MdrunTestFixtureBase.xhtml#aeb3adf1e5777af74e64006f41c7ed0fd', 1, 'gmx::test::MdrunTestFixtureBase::TearDownTestSuite()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#a96d5a35582f00b8736e036fc362034d0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::TearDownTestSuite()'] │ │ │ │ │ + ['teardowntestsuite_85', ['teardowntestsuite', ['../classgmx_1_1test_1_1MdrunTestFixtureBase.xhtml#aeb3adf1e5777af74e64006f41c7ed0fd', 1, 'gmx::test::MdrunTestFixtureBase::TearDownTestSuite()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#a96d5a35582f00b8736e036fc362034d0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::TearDownTestSuite()'], │ │ │ │ │ + ['../classanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03_1_1DomDecSpecialCasesTest.xhtml#a1f99d295d63d1aa9dfd1dde3aa1300ad', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::DomDecSpecialCasesTest::TearDownTestSuite()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['temp_86', ['temp', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#af483c0a60b6afdfe8c804ca5b1d58e55', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ │ ['temperature_87', ['temperature', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#a6908a83b062ae61a4f13f574c981f92f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters']]], │ │ │ │ │ ['temperature_20manager_88', ['Reference temperature manager', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md48', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['temperature_5f_89', ['temperature_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02updategroups_8cpp_03_1_1UpdateGroupsTest.xhtml#ad366014cc4d8bfa1f77efdd48f1f7761', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{updategroups.cpp}::UpdateGroupsTest']]], │ │ │ │ │ ['temperaturecoupling_90', ['TemperatureCoupling', ['../md__enums_8h.xhtml#a3ee2807ffc53ebc379b7a3ecb3818408', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['temperaturecouplingdata_91', ['TemperatureCouplingData', ['../structgmx_1_1TemperatureCouplingData.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -159,34 +159,34 @@ │ │ │ │ │ ['testagainstreferencedata_121', ['testagainstreferencedata', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTest.xhtml#a1607e65031b20e6649c7c2711096c446', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTest::testAgainstReferenceData()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTest.xhtml#ad1aa6ce337261adfb963124ba3802efb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTest::testAgainstReferenceData()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['testarrayrefs_2eh_122', ['testarrayrefs.h', ['../testarrayrefs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testasserts_2ecpp_123', ['testasserts.cpp', ['../testasserts_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testasserts_2eh_124', ['testasserts.h', ['../testasserts_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testasserts_5ftests_2ecpp_125', ['testasserts_tests.cpp', ['../testasserts__tests_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['testbits_126', ['testbits', ['../group__module__simd.xhtml#ga5c87788b1cb09e4e6bfdf94f83f1ec76', 1, 'gmx::testBits(SimdDouble a)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga47337ed69b038e337974eb220e9455bd', 1, 'gmx::testBits(SimdFInt32 a)'], │ │ │ │ │ + ['testbits_126', ['testbits', ['../namespacegmx.xhtml#ae58ba299df96ee6c45043e646a1d01dc', 1, 'gmx::testBits(double a)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af6a3628d9b9ddc7900590f963be7bbf0', 1, 'gmx::testBits(float a)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ae58ba299df96ee6c45043e646a1d01dc', 1, 'gmx::testBits(double a)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaf2ea05053a363baccc4a01d7d0bc137d', 1, 'gmx::testBits(SimdDInt32 a)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga47337ed69b038e337974eb220e9455bd', 1, 'gmx::testBits(SimdFInt32 a)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ae2a03b61db6a3ed3e8c2d5e1b3acc9a8', 1, 'gmx::testBits(std::int32_t a)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaf2ea05053a363baccc4a01d7d0bc137d', 1, 'gmx::testBits(SimdDInt32 a)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga5c87788b1cb09e4e6bfdf94f83f1ec76', 1, 'gmx::testBits(SimdDouble a)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga10dfe150e697592814f1d3edd5c3c87e', 1, 'gmx::testBits(SimdFloat a)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['testbody_127', ['testbody', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1GatherTestBody.xhtml#a8d2770417e5c57257e5f998e68306c3f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::GatherTestBody::TestBody()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmesolvetest_8cpp_03_1_1SolveTestBody.xhtml#a73732f663d465e8c6235e8d52fc0d321', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmesolvetest.cpp}::SolveTestBody::TestBody()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmesplinespreadtest_8cpp_03_1_1SplineAndSpreadTestBody.xhtml#a9b56a90ddb0e79ad3a306a61fc56700b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmesplinespreadtest.cpp}::SplineAndSpreadTestBody::TestBody()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['testcallbackfunc_128', ['TestCallbackFunc', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02textreader_8cpp_03.xhtml#a3d2c1cd223dc48fe16d95d95fba57e33', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{textreader.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['testdata_129', ['testData', ['../classgmx_1_1test_1_1XvgMatch.xhtml#adac4856fbdb4583cbe532297c59e5368', 1, 'gmx::test::XvgMatch']]], │ │ │ │ │ ['testdevice_130', ['testdevice', ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml', 1, 'gmx::test::TestDevice'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#a32825b77885bb4482851ecfa1a8f5c25', 1, 'gmx::test::TestDevice::TestDevice()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['testenum_131', ['testenum', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02treesupport_8cpp_03.xhtml#a1a5203293db72857fea5d4d07096a1ab', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{treesupport.cpp}::TestEnum'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03.xhtml#a8cb42376f7b6bb894e8da947f7c4a8d6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::TestEnum'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02optionsassigner_8cpp_03.xhtml#ade5b1d6d438c6354dc5a3034be602cef', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{optionsassigner.cpp}::TestEnum'] │ │ │ │ │ + ['testenum_131', ['testenum', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03.xhtml#a8cb42376f7b6bb894e8da947f7c4a8d6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::TestEnum'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02optionsassigner_8cpp_03.xhtml#ade5b1d6d438c6354dc5a3034be602cef', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{optionsassigner.cpp}::TestEnum'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02treesupport_8cpp_03.xhtml#a1a5203293db72857fea5d4d07096a1ab', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{treesupport.cpp}::TestEnum'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['testenums_132', ['TestEnums', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a7c58468ea2cf02368441be884454b7b4', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['testexception_133', ['testexception', ['../classgmx_1_1test_1_1TestException.xhtml', 1, 'gmx::test::TestException'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestException.xhtml#aa3c79e2b74a27e68018a7e990d7bc7fc', 1, 'gmx::test::TestException::TestException(const std::string &reason)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestException.xhtml#a3616ce31284d79ab68e8faa65330d5ec', 1, 'gmx::test::TestException::TestException(const GromacsException &base)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['testexceptions_2eh_134', ['testexceptions.h', ['../testexceptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_18.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -29,48 +29,48 @@ │ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_2eh_15', ['uniformrealdistribution.h', ['../uniformrealdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_3c_20real_20_3e_16', ['UniformRealDistribution< real >', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unionfind_2ecpp_17', ['unionfind.cpp', ['../unionfind_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unionfind_2eh_18', ['unionfind.h', ['../unionfind_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unionfinder_19', ['UnionFinder', ['../classgmx_1_1UnionFinder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_20', ['unique_cptr', ['../namespacegmx.xhtml#a89d1da25b1e1f9331f1fe99b15072eac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_2eh_21', ['unique_cptr.h', ['../unique__cptr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['uniquedeviceid_22', ['uniquedeviceid', ['../device__management_8h.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ │ + ['uniquedeviceid_22', ['uniquedeviceid', ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../device__management_8h.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unit_23', ['unit', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#aef5ad0000c2fbbc74c57f0b5e0ddb409', 1, 'gmx::EnergyTerm::unit()'], │ │ │ │ │ ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ae5d2dca38270c084eb3386aa26b9b959', 1, 'UmbrellaOptions::unit'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['unitcellinfo_24', ['unitcellinfo', ['../structUnitCellInfo.xhtml#a9d3636ef8212130c876d2cbd16dcc69a', 1, 'UnitCellInfo::UnitCellInfo()'], │ │ │ │ │ - ['../structUnitCellInfo.xhtml', 1, 'UnitCellInfo'] │ │ │ │ │ + ['unitcellinfo_24', ['unitcellinfo', ['../structUnitCellInfo.xhtml', 1, 'UnitCellInfo'], │ │ │ │ │ + ['../structUnitCellInfo.xhtml#a9d3636ef8212130c876d2cbd16dcc69a', 1, 'UnitCellInfo::UnitCellInfo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unitcelliscompact_25', ['UnitCellIsCompact', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ad4d785ddf0c77e7b697efd2b5ec376e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcellisrectangular_26', ['UnitCellIsRectangular', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a8e7bda81ce54b8cf90c3b856c83e7d9f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcellistriclinic_27', ['UnitCellIsTriclinic', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a99285c8187fb87e756f127435045dc3f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltype_28', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltypenames_29', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unittest_5fmain_2ecpp_30', ['unittest_main.cpp', ['../unittest__main_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unitvector_31', ['unitvector', ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unity_32', ['Unity', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099fa82dd98f1d663acc318e6a8ec4ab69b7a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - 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['affinetransformation_219', ['affinetransformation', ['../classgmx_1_1AffineTransformation.xhtml#a9e6d3f723c477ac3d32c10fda33d0b47', 1, 'gmx::AffineTransformation::AffineTransformation()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AffineTransformation.xhtml', 1, 'gmx::AffineTransformation'] │ │ │ │ │ + ['affinetransformation_219', ['affinetransformation', ['../classgmx_1_1AffineTransformation.xhtml', 1, 'gmx::AffineTransformation'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AffineTransformation.xhtml#a9e6d3f723c477ac3d32c10fda33d0b47', 1, 'gmx::AffineTransformation::AffineTransformation()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['after_20compilation_220', ['Element tree after compilation', ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['afterfrom_221', ['afterfrom', ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1AfterFrom.xhtml#a2ab97b38dd624b519ab260f18c65f6e6', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom::AfterFrom()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1AfterFrom.xhtml', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom< FromType >'] │ │ │ │ │ + ['afterfrom_221', ['afterfrom', ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1AfterFrom.xhtml', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom< FromType >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1AfterFrom.xhtml#a2ab97b38dd624b519ab260f18c65f6e6', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom::AfterFrom()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['against_20tt_20libgromacs_20tt_222', ['Linking against <tt>libgromacs</tt>', ['../page_usinglibrary.xhtml#autotoc_md103', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['atan2_568', ['atan2', ['../namespacegmx.xhtml#aa70a1aa5e9c161a2770d0f9b7eca1805', 1, 'gmx::atan2(double y, double x)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aed8336a58abddcdb6afa7835138ecf46', 1, 'gmx::atan2(float y, float x)'] │ │ │ │ │ + ['atan2_568', ['atan2', ['../namespacegmx.xhtml#aed8336a58abddcdb6afa7835138ecf46', 1, 'gmx::atan2(float y, float x)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa70a1aa5e9c161a2770d0f9b7eca1805', 1, 'gmx::atan2(double y, double x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atan2singleaccuracy_569', ['atan2SingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a2552094c1be29e087e1e85ae02fb0c7a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atansingleaccuracy_570', ['atanSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a44ca54cb014d2f33b98f3d523d90a2f5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atdat_571', ['atdat', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#ac977a0cf05953a53ff1df8cd01d06853', 1, 'gmx::NbnxmGpu::atdat'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1GpuTimers.xhtml#ae992b44d7d09dcf79d1347f9219d3402', 1, 'gmx::GpuTimers::atdat'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atf_572', ['atf', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a0c17addba5fc06083dd777639123fbee', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['atnr_573', ['atnr', ['../structgmx__ffparams__t.xhtml#a0bbf906344980fc3d5af5872db5b8ff4', 1, 'gmx_ffparams_t::atnr'], │ │ │ │ │ ['../structt__idef.xhtml#ac0de032c9fe33bc65755c359d7724d71', 1, 't_idef::atnr'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['atom_574', ['atom', ['../structt__nblist_1_1JEntry.xhtml#a41ea68a69e0699cbc7a9809dbcf739ec', 1, 't_nblist::JEntry::atom'], │ │ │ │ │ - ['../classAtomProxy.xhtml#a74dd8b9d35b876b3cf4a3b4a8e772cfc', 1, 'AtomProxy::atom()'], │ │ │ │ │ - ['../structt__nblist_1_1IEntry.xhtml#a159a337c3a0dff382aa71c1d327272bf', 1, 't_nblist::IEntry::atom'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1AtomIndex.xhtml#a86c46467c265c752b180d28dac63910e', 1, 'gmx::AtomIndex::atom'], │ │ │ │ │ + ['atom_574', ['atom', ['../classAtomProxy.xhtml#a74dd8b9d35b876b3cf4a3b4a8e772cfc', 1, 'AtomProxy::atom()'], │ │ │ │ │ + ['../structt__nblist_1_1JEntry.xhtml#a41ea68a69e0699cbc7a9809dbcf739ec', 1, 't_nblist::JEntry::atom'], │ │ │ │ │ + ['../structPreprocessResidue.xhtml#acb4af191ced642266b5124549f2bb90e', 1, 'PreprocessResidue::atom'], │ │ │ │ │ ['../structMoleculePatch.xhtml#a1d1bc0e0e73fa1aed4ca493c981fb464', 1, 'MoleculePatch::atom'], │ │ │ │ │ - ['../structPreprocessResidue.xhtml#acb4af191ced642266b5124549f2bb90e', 1, 'PreprocessResidue::atom'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1AtomIndex.xhtml#a86c46467c265c752b180d28dac63910e', 1, 'gmx::AtomIndex::atom'], │ │ │ │ │ + ['../structt__nblist_1_1IEntry.xhtml#a159a337c3a0dff382aa71c1d327272bf', 1, 't_nblist::IEntry::atom'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atom_20cluster_20non_20bonded_20algorithm_575', ['The NxM atom-cluster non-bonded algorithm', ['../page_nbnxm.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ - ['atom1_576', ['atom1', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#af57ae380179f35813f7df5fbfc9974e6', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle::atom1'], │ │ │ │ │ - ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteBond.xhtml#aa1b18c7a3742b0f0a0dc5c16c0fd4f63', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteBond::atom1'] │ │ │ │ │ + ['atom1_576', ['atom1', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteBond.xhtml#aa1b18c7a3742b0f0a0dc5c16c0fd4f63', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteBond::atom1'], │ │ │ │ │ + ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#af57ae380179f35813f7df5fbfc9974e6', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle::atom1'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atom2_577', ['atom2', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteBond.xhtml#ab9f07b4bfbc4fdfab7cb68c97b07d65f', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteBond::atom2'], │ │ │ │ │ ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#a4e6b102e3e81587c06285605cadb6cf2', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle::atom2'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atom2constraints_5fmoltype_578', ['atom2constraints_moltype', ['../classgmx_1_1Constraints.xhtml#ae549351ff9c0499f19c9973ce201a447', 1, 'gmx::Constraints']]], │ │ │ │ │ ['atom2settle_5fmoltype_579', ['atom2settle_moltype', ['../classgmx_1_1Constraints.xhtml#a7661c09da92e38f1b6bb66aa92b5f13b', 1, 'gmx::Constraints']]], │ │ │ │ │ ['atom2vsitebond_580', ['Atom2VsiteBond', ['../structAtom2VsiteBond.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['atom3_581', ['atom3', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#a13def359d1298b31a803c856da142ec7', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle']]], │ │ │ │ │ ['atom_5fto_5fx_5findex_582', ['atom_to_x_index', ['../namespacegmx.xhtml#ad564a95065204fd06ea7ef304a1a8065', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atomareas_5f_583', ['atomAreas_', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02sasa_8cpp_03_1_1SasaModuleData.xhtml#aaa6a3ef895fa4220cf874abbd824ad79', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{sasa.cpp}::SasaModuleData']]], │ │ │ │ │ ['atomchargefromatomtype_584', ['atomChargeFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ad6069bc68554bcd536f6194b46064710', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]], │ │ │ │ │ ['atomcharges_585', ['atomCharges', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#ae6a04829cb46b787647a09486bad0fc9', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]], │ │ │ │ │ ['atomcount_586', ['atomcount', ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a77cd685c296f9544a7d9945faf93e851', 1, 'gmx::SelectionPosition::atomCount()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MoleculeData.xhtml#af3eee2e624cdef793147e6f1e2658af7', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MoleculeData::atomCount'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ab38cecc3514bb8bf51f6578855d9c991', 1, 'gmx::Selection::atomCount()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ab38cecc3514bb8bf51f6578855d9c991', 1, 'gmx::Selection::atomCount()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MoleculeData.xhtml#af3eee2e624cdef793147e6f1e2658af7', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MoleculeData::atomCount'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomdata_587', ['AtomData', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1AtomData.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['atomdata_2eh_588', ['atomdata.h', ['../atomdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['atomdata_5fadd_5fnbat_5ff_5fto_5ff_589', ['atomdata_add_nbat_f_to_f', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a03491ccd95e5a3134f583a4aaadfe472', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['atomdata_5finit_5fcopy_5fx_5fto_5fnbat_5fx_5fgpu_590', ['atomdata_init_copy_x_to_nbat_x_gpu', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a53aa5937052b8f5ce0af68e3565cd8bb', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['atomdensity_591', ['atomDensity', ['../structgmx_1_1GridDimensions.xhtml#a0ae1a87155a32c1a6f8f8ef77d2bb8d4', 1, 'gmx::GridDimensions']]], │ │ │ │ │ ['atomdistribution_592', ['atomdistribution', ['../structAtomDistribution.xhtml', 1, 'AtomDistribution'], │ │ │ │ │ ['../structAtomDistribution.xhtml#a3e78846a5179ea068294babefa37ca6b', 1, 'AtomDistribution::AtomDistribution()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomdistribution_2eh_593', ['atomdistribution.h', ['../atomdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['atomgroups_594', ['atomgroups', ['../structAtomDistribution.xhtml#aa1dd38e0aa002a1f4a3327f96aa5aae2', 1, 'AtomDistribution::atomGroups'], │ │ │ │ │ - ['../structAtomDistribution_1_1DomainAtomGroups.xhtml#a338e43266916f1208029118ca3d5dc3d', 1, 'AtomDistribution::DomainAtomGroups::atomGroups'] │ │ │ │ │ + ['atomgroups_594', ['atomgroups', ['../structAtomDistribution_1_1DomainAtomGroups.xhtml#a338e43266916f1208029118ca3d5dc3d', 1, 'AtomDistribution::DomainAtomGroups::atomGroups'], │ │ │ │ │ + ['../structAtomDistribution.xhtml#aa1dd38e0aa002a1f4a3327f96aa5aae2', 1, 'AtomDistribution::atomGroups'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomi_595', ['atomI', ['../structgmx_1_1PairDistValue.xhtml#a8482d232744791dc31a692003bd67d62', 1, 'gmx::PairDistValue']]], │ │ │ │ │ ['atomicfetchadd_596', ['atomicFetchAdd', ['../sycl__kernel__utils_8h.xhtml#ab32ce116d944b1678fa1f97ade42d9f0', 1, 'sycl_kernel_utils.h']]], │ │ │ │ │ ['atomicload_597', ['atomicLoad', ['../sycl__kernel__utils_8h.xhtml#a1045cf95c711aff53b808c7c979cc90b', 1, 'sycl_kernel_utils.h']]], │ │ │ │ │ ['atomicnumber_598', ['atomicNumber', ['../structgmx_1_1AtomicStructureFactor.xhtml#a75ab5159ae8f73dcc1e7c0fd958a5eae', 1, 'gmx::AtomicStructureFactor']]], │ │ │ │ │ ['atomicstructurefactor_599', ['AtomicStructureFactor', ['../structgmx_1_1AtomicStructureFactor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atomidx_600', ['atomIdx', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02virtualsites_8cpp_03_1_1VirtualSiteTest_1_1VirtualSite.xhtml#a66cfd5f218566bc8748eaf18b2a569d9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{virtualsites.cpp}::VirtualSiteTest::VirtualSite']]], │ │ │ │ │ - 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['atomproxy_636', ['atomproxy', ['../classAtomProxy.xhtml', 1, 'AtomProxy'], │ │ │ │ │ - ['../classAtomProxy.xhtml#a0111c6a6587121c282a7d25084c3f6d7', 1, 'AtomProxy::AtomProxy()'] │ │ │ │ │ + ['atomproxy_636', ['atomproxy', ['../classAtomProxy.xhtml#a0111c6a6587121c282a7d25084c3f6d7', 1, 'AtomProxy::AtomProxy()'], │ │ │ │ │ + ['../classAtomProxy.xhtml', 1, 'AtomProxy'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomrange_637', ['atomrange', ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml#a705d085a92df7a62f9ac228e28bb8f43', 1, 'gmx::DomainCommForward::atomRange()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DomdecZones.xhtml#a69a162ff7d8cb2f72e6c44b005ab7580', 1, 'gmx::DomdecZones::atomRange()'], │ │ │ │ │ ['../classAtomRange.xhtml#ae32ca9f8a73424bb69be2089c87e71f8', 1, 'AtomRange::AtomRange()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml#ac1663dc738d4cccc43cef6604118894f', 1, 'gmx::PpCommManager::atomRange'], │ │ │ │ │ ['../classAtomRange.xhtml', 1, 'AtomRange'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['atoms_638', ['atoms', ['../structgmx__moltype__t.xhtml#af760b3a13193bf60232fae7b1b97281c', 1, 'gmx_moltype_t::atoms'], │ │ │ │ │ + ['atoms_638', ['atoms', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad3e28873f1ac35bce5ef018bb41e4266', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::atoms'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml#a2b692eec7c082de3720fa9db81d5a904', 1, 'gmx::TopologyInformation::atoms()'], │ │ │ │ │ ['../classInteractionOfType.xhtml#aeefd6a9f6a417922b22da2a2eb832214', 1, 'InteractionOfType::atoms() const'], │ │ │ │ │ ['../classInteractionOfType.xhtml#aee64fc0c531cf2927e6ecea7589fb1fc', 1, 'InteractionOfType::atoms()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__moltype__t.xhtml#af760b3a13193bf60232fae7b1b97281c', 1, 'gmx_moltype_t::atoms'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a03429867af6d9915bfeb40b4efb74564', 1, 'gmx::Lincs::atoms'], │ │ │ │ │ ['../structMoleculeInformation.xhtml#ab7e1213db185145af368daafdd5b6e41', 1, 'MoleculeInformation::atoms'], │ │ │ │ │ - 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['average_664', ['average', ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a12396e50589a3601c7ebcf0a44ab303c', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::average()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a731796b828190c1936023f4fd9012f97', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::average()'], │ │ │ │ │ + ['average_664', ['average', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ae261c5a75fa1c55507798631058dd98aab1897515d548a960afe49ecf66a29021', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::Average'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a12396e50589a3601c7ebcf0a44ab303c', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::average()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a1621a026474b2a73a50576d9fd0302cb', 1, 'gmx::EnergyTerm::average()'], │ │ │ │ │ - ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ae261c5a75fa1c55507798631058dd98aab1897515d548a960afe49ecf66a29021', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::Average'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a731796b828190c1936023f4fd9012f97', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::average()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['average_2ecpp_665', ['average.cpp', ['../tests_2average_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../modules_2average_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['average_2eh_666', ['average.h', ['../average_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['average_5facf_667', ['average_acf', ['../autocorr_8cpp.xhtml#ac53da98a385ba51e429626625bdd07f0', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ │ ['averagehistogrampointer_668', ['AverageHistogramPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a06c190fcdacd0ca64e4e9026213483cb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1154,17 +1154,17 @@ │ │ │ │ │ ['averagemsds_672', ['averageMsds', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdData.xhtml#a55d0f0d4969af71c090439e0e7b2c32a', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdData']]], │ │ │ │ │ ['averager_673', ['averager', ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a2b0e98a3d198fbb4786bb9dc900322d0', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::averager()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a986b16ec1c9d07cadaf841c9e673aa77', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::averager()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['averager_5f_674', ['averager_', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#a2482629fa76a781025784fab2d03f7f8', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl']]], │ │ │ │ │ ['averagesigma_675', ['averageSigma', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a89d78dd46e28736d8345d4b81f7d2169', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['awh_676', ['awh', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md0', 1, 'Accelerating sampling with AWH'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#a7bb33226c0d260d387d3d612f7f39835', 1, 'gmx::Awh::Awh()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a023bb350e48d08ed5220beb0575b1e35', 1, 'gmx::Awh'], │ │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a0d9fdb0da3e9c99ad58a3e02bcd01fbca023bb350e48d08ed5220beb0575b1e35', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::Awh'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a023bb350e48d08ed5220beb0575b1e35', 1, 'gmx::Awh'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#a7bb33226c0d260d387d3d612f7f39835', 1, 'gmx::Awh::Awh()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Awh.xhtml', 1, 'gmx::Awh'], │ │ │ │ │ ['../page_awh.xhtml', 1, 'The accelerated weight histogram method (AWH)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['awh_20in_20mdrun_677', ['Use of AWH in mdrun', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md2', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_20method_678', ['Accelerated weight histogram (AWH) method', ['../group__module__awh.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_20module_679', ['Design of the AWH module', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md1', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_2ecpp_680', ['awh.cpp', ['../awh_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -1173,38 +1173,38 @@ │ │ │ │ │ ['awh_5fdvec_683', ['awh_dvec', ['../namespacegmx.xhtml#a079fa4aee8e4c6663f35aa1d0f4bac4b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awh_5fhistory_2ecpp_684', ['awh_history.cpp', ['../awh__history_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_5fhistory_2eh_685', ['awh_history.h', ['../awh__history_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_5fivec_686', ['awh_ivec', ['../namespacegmx.xhtml#a74baae008f9132c5e0daf2a02b122b3b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awh_5fparams_2eh_687', ['awh_params.h', ['../awh__params_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awhbiasing_688', ['AwhBiasing', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0a447fab9cec8aab189be326d1cc099a3c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhbiasparams_689', ['awhbiasparams', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a8adde8f75f6475ecef5e857cdbce4c51', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6bb33930ef2abaadc9032a928fc5768e', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams(size_t idx)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#aabd2a266526d16dde0fdf0af95e79674', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams(size_t idx) const'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#af63363b376c94238200328f6168bc055', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams() const'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#aabd2a266526d16dde0fdf0af95e79674', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams(size_t idx) const'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6bb33930ef2abaadc9032a928fc5768e', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams(size_t idx)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['awhbiasparamserialized_690', ['awhBiasParamSerialized', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a998486e08e0b0fe4acafbd73f9fdf7cb', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['awhcoordinateprovidertype_691', ['AwhCoordinateProviderType', ['../namespacegmx.xhtml#aeb14e0effdd405359c83ae16aeeb793c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhdimparamserialized_692', ['awhDimParamSerialized', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4d5bf1039f14c127b02ba30266da9f58', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['awhenergyblock_693', ['awhenergyblock', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#a6bbd97f1811e916158787bbac63826c8', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock::AwhEnergyBlock()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['awhgraphselection_694', ['AwhGraphSelection', ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a600536d6baf212ecc56d278f2a0e3e59', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['awhhasfeplambdadimension_695', ['awhHasFepLambdaDimension', ['../namespacegmx.xhtml#a30a906d1af5b69038a334aaf38d931a9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhhistogramgrowthtype_696', ['AwhHistogramGrowthType', ['../namespacegmx.xhtml#a235a1399a9c27bee96a294c9ff97b681', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhhistory_697', ['awhHistory', ['../classt__state.xhtml#a842d4b9027024c85320833630ad51b85', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['awhoutputentrytype_698', ['AwhOutputEntryType', ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhoutputfile_699', ['awhOutputFile', ['../structBiasOutputSetup.xhtml#a3fad3430c709ac7372b824bc4754ed39', 1, 'BiasOutputSetup']]], │ │ │ │ │ ['awhoutputmetadata_700', ['AwhOutputMetaData', ['../namespacegmx.xhtml#aa78c6481d10a93316c155ffdf021e581', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['awhparams_701', ['awhparams', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml', 1, 'gmx::AwhParams'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6fd2aa8c74f224fb6e53397b58bc15fe', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(const AwhParams &)=delete'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a519e977b6c6670668924cfd6327a9af8', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(std::vector< t_inpfile > *inp, WarningHandler *wi)'], │ │ │ │ │ + ['awhparams_701', ['awhparams', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6fd2aa8c74f224fb6e53397b58bc15fe', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(const AwhParams &)=delete'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#aafd50ea61bd26591921b1985de149ceb', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(AwhParams &&)=default'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a09e550d9c6945d3c75d8d29340484007', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(ISerializer *serializer, bool tprWithoutGrowthFactor, bool tprWithoutTargetMetricScaling)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a519e977b6c6670668924cfd6327a9af8', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(std::vector< t_inpfile > *inp, WarningHandler *wi)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#aa3c6b8ff3fd739d5d978ca12aaaebeef', 1, 'gmx::test::BiasTest::awhParams()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a03dd18f5fd05b9db8c42c45bdc46a959', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::awhParams'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a03dd18f5fd05b9db8c42c45bdc46a959', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::awhParams'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml', 1, 'gmx::AwhParams'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['awhparamserialized_702', ['awhParamSerialized', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#af078039984b97ba0b128d3aba3e70d14', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['awhpotentialtype_703', ['AwhPotentialType', ['../namespacegmx.xhtml#afa8b60e32b5a7392796aee7679bc10f3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhreader_704', ['awhreader', ['../classAwhReader.xhtml#ae1df0ae333e0241b166ac5a09229d2b1', 1, 'AwhReader::AwhReader()'], │ │ │ │ │ ['../classAwhReader.xhtml', 1, 'AwhReader'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['awhtargettype_705', ['AwhTargetType', ['../namespacegmx.xhtml#a36747ae7b7009cef0a2227911862c3c9', 1, 'gmx']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_6.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -843,96 +843,96 @@ │ │ │ │ │ ['clearforcebuffer_579', ['clearForceBuffer', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#acc5555d90dbd4b2a4278c021e7440816', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ │ ['clearforcesandenergies_580', ['clearForcesAndEnergies', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a65135f9bec3493a91559e782add03f82', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ │ ['clearframe_581', ['clearFrame', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a48fe32216f9402146ba0a12097600e60', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData']]], │ │ │ │ │ ['cleargpufbufferearly_582', ['clearGpuFBufferEarly', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#ad36a110e9c4e372e01c7baf852c91c48', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ │ ['clearhist_583', ['clearHist', ['../classgmx_1_1ComputeDebyeScattering.xhtml#a56ae99df71bb6a2c58d38e2192a77a81', 1, 'gmx::ComputeDebyeScattering']]], │ │ │ │ │ ['clearifneeded_584', ['clearIfNeeded', ['../classChainIdFiller.xhtml#a751d1d8479b26c11d20c4085a0981121', 1, 'ChainIdFiller']]], │ │ │ │ │ ['clearmodificationblock_585', ['clearModificationBlock', ['../hackblock_8h.xhtml#aebf7055bd2787b678b68cd10b985e280', 1, 'hackblock.cpp']]], │ │ │ │ │ - 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['cmdlinehelpwriter_2ecpp_629', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlinehelpwriter_2ecpp_629', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpwriter_2eh_630', ['cmdlinehelpwriter.h', ['../cmdlinehelpwriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineinit_2ecpp_631', ['cmdlineinit.cpp', ['../cmdlineinit_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineinit_2eh_632', ['cmdlineinit.h', ['../cmdlineinit_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2ecpp_633', ['cmdlinemodule.cpp', ['../cmdlinemodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2eh_634', ['cmdlinemodule.h', ['../cmdlinemodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cmdlinemodulemanager_2ecpp_635', ['cmdlinemodulemanager.cpp', ['../cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlinemodulemanager_2ecpp_635', ['cmdlinemodulemanager.cpp', ['../tests_2cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanager_2eh_636', ['cmdlinemodulemanager.h', ['../cmdlinemodulemanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanager_5fimpl_2eh_637', ['cmdlinemodulemanager_impl.h', ['../cmdlinemodulemanager__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanagertest_2ecpp_638', ['cmdlinemodulemanagertest.cpp', ['../cmdlinemodulemanagertest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanagertest_2eh_639', ['cmdlinemodulemanagertest.h', ['../cmdlinemodulemanagertest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineoptionsmodule_2ecpp_640', ['cmdlineoptionsmodule.cpp', ['../cmdlineoptionsmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineoptionsmodule_2eh_641', ['cmdlineoptionsmodule.h', ['../cmdlineoptionsmodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cmdlineparser_2ecpp_642', ['cmdlineparser.cpp', ['../cmdlineparser_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2cmdlineparser_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlineparser_2ecpp_642', ['cmdlineparser.cpp', ['../tests_2cmdlineparser_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../cmdlineparser_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlineparser_2eh_643', ['cmdlineparser.h', ['../cmdlineparser_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cmdlineprogramcontext_2ecpp_644', ['cmdlineprogramcontext.cpp', ['../cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlineprogramcontext_2ecpp_644', ['cmdlineprogramcontext.cpp', ['../tests_2cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlineprogramcontext_2eh_645', ['cmdlineprogramcontext.h', ['../cmdlineprogramcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cmdlinerunner_2ecpp_646', ['cmdlinerunner.cpp', ['../cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlinerunner_2ecpp_646', ['cmdlinerunner.cpp', ['../tests_2cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinerunner_2eh_647', ['cmdlinerunner.h', ['../cmdlinerunner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinetest_2ecpp_648', ['cmdlinetest.cpp', ['../cmdlinetest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinetest_2eh_649', ['cmdlinetest.h', ['../cmdlinetest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmp_5fallocint_650', ['CMP_ALLOCINT', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4f4ba35b0b3b93173ad262cd7b6d59cb', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ │ ['cmp_5fallocreal_651', ['CMP_ALLOCREAL', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a5d14f88d7ee31f8fb0451395cd89dd6d', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ │ ['cmp_5fbool_652', ['cmp_bool', ['../compare_8h.xhtml#a151a02094025c95b0e5ada42d034a50d', 1, 'compare.cpp']]], │ │ │ │ │ ['cmp_5fdouble_653', ['cmp_double', ['../compare_8h.xhtml#abcdecc58d66dc4f819b609f1cc3cc401', 1, 'compare.cpp']]], │ │ │ │ │ ['cmp_5fdynamicval_654', ['CMP_DYNAMICVAL', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a8ca48e4b031ed599140d615f85f47506', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ │ ['cmp_5fequal_655', ['CMP_EQUAL', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4c494127cd83d1f0dae8853a278569b5a69017e915c3273f6c77dc13aefd5bd0e', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ │ ['cmp_5ffloat_656', ['cmp_float', ['../compare_8h.xhtml#a171d30057fc5d5f8c8906f4dd6038493', 1, 'compare.cpp']]], │ │ │ │ │ ['cmp_5fgeq_657', ['CMP_GEQ', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4c494127cd83d1f0dae8853a278569b5acbf87d65ff27dd11d09c3d4168ec5690', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ │ ['cmp_5fgtr_658', ['CMP_GTR', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4c494127cd83d1f0dae8853a278569b5a952a8220aefbeb820d9f2a57385004e8', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['cmp_5fint_659', ['cmp_int', ['../compare_8h.xhtml#a1e519a5d570e44d59de87a99c1850319', 1, 'cmp_int(FILE *fp, const char *s, int index, int i1, int i2): compare.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../sm__same_8cpp.xhtml#a82a2e753c2e346d29922e3cdd0c4ca5c', 1, 'cmp_int(const void *a, const void *b): sm_same.cpp'] │ │ │ │ │ + ['cmp_5fint_659', ['cmp_int', ['../sm__same_8cpp.xhtml#a82a2e753c2e346d29922e3cdd0c4ca5c', 1, 'cmp_int(const void *a, const void *b): sm_same.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../compare_8h.xhtml#a1e519a5d570e44d59de87a99c1850319', 1, 'cmp_int(FILE *fp, const char *s, int index, int i1, int i2): compare.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmp_5fint64_660', ['cmp_int64', ['../compare_8h.xhtml#a3b847f3e43f4505e069444afc4d9afa0', 1, 'compare.cpp']]], │ │ │ │ │ ['cmp_5finvalid_661', ['CMP_INVALID', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4c494127cd83d1f0dae8853a278569b5ac8fc7c0cd25967ec80612d13f43920c8', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ │ ['cmp_5fleq_662', ['CMP_LEQ', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4c494127cd83d1f0dae8853a278569b5a21a9f335526f7cccf3be617fd69b1997', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ │ ['cmp_5fless_663', ['CMP_LESS', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4c494127cd83d1f0dae8853a278569b5a2eb13396f22cd506d8a87dd21d92a134', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ │ ['cmp_5fneq_664', ['CMP_NEQ', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4c494127cd83d1f0dae8853a278569b5acff35e061674951fc02df39f1ecd189f', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ │ ['cmp_5frange_665', ['cmp_range', ['../params_8cpp.xhtml#aa9ad066a4e400922e4e51759d3e239a1', 1, 'params.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -1018,17 +1018,17 @@ │ │ │ │ │ ['cogforatom_684', ['cogForAtom', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#aa5f5e75ffb0d70b59d7b76ac6d1bccda', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog']]], │ │ │ │ │ ['cogindex_685', ['cogIndex', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#a14b952a48a67984b2d1f9281c5aae11b', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog']]], │ │ │ │ │ ['cogisfillerparticle_686', ['cogIsFillerParticle', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#a2782b7dcc5d546da1fb6732ba0f6307f', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog']]], │ │ │ │ │ ['coll_687', ['coll', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#ab52044417dbe424a3c5bd2b60b646732', 1, 'gmx_ana_poscalc_t']]], │ │ │ │ │ ['collect_2eh_688', ['collect.h', ['../collect_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['collection_5f_689', ['collection_', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#aa3ec842ccc6713ae73ca450fe8c27216', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['collectiveindex_690', ['collectiveIndex', ['../classgmx_1_1LocalAtomSet.xhtml#aeae3c1065fe5a7a7ea923da0c459e762', 1, 'gmx::LocalAtomSet']]], │ │ │ │ │ - ['columncount_691', ['columncount', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a5cbf590138d0862b2f9a0cb6032533d5', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::columnCount()'], │ │ │ │ │ + ['columncount_691', ['columncount', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInput.xhtml#a0434799b8d00516e2adcc607a0634f56', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInput::columnCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a5cbf590138d0862b2f9a0cb6032533d5', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::columnCount()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#a73e7a5e0885ea5926dcae97c90c7e632', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::columnCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInput.xhtml#a0434799b8d00516e2adcc607a0634f56', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInput::columnCount()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a17311939de0c51ac706045ef66bcf954', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::columnCount(int dataSet) const'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a8313ad257a8ac9de2f8586ff0a383b73', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::columnCount() const'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a4da78cf2fa943454a153d823615635d4', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::columnCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['columncounts_5f_692', ['columnCounts_', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData_1_1Impl.xhtml#ae6b8d50e6399628ee75add19bb01fe4c', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::Impl']]], │ │ │ │ │ ['columndata_693', ['columndata', ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#abd5eab1f53918e88eaf6f85967c095c7', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::columnData(int index)'], │ │ │ │ │ @@ -1039,46 +1039,46 @@ │ │ │ │ │ ['columnlist_695', ['ColumnList', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a0043d139b3d909e5253fb471db83dec2', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]], │ │ │ │ │ ['columnrowsectionstart_5f_696', ['columnRowSectionStart_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#ac1e9b0d0a9ab44e2d5dbcaa7aff81516', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]], │ │ │ │ │ ['columnrowsectiontoxyz_5f_697', ['columnRowSectionToXyz_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#a8b4274c85240707c9b56f65a33c2219b', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]], │ │ │ │ │ ['columns_5f_698', ['columns_', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a38cb6aa1525b0eb729f1a24c19c63d34', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]], │ │ │ │ │ ['columnsreceived_699', ['columnsReceived', ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml#a916effaa33e6231586c4b961b0b13dad', 1, 'gmx::DomainCommForward']]], │ │ │ │ │ ['columnstosend_700', ['columnsToSend', ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml#a2f11af96a78e031f85db11e9baff4f66', 1, 'gmx::DomainCommBackward']]], │ │ │ │ │ ['colvarproxy_5fgromacs_5fversion_2eh_701', ['colvarproxy_gromacs_version.h', ['../colvarproxy__gromacs__version_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['colvarproxygromacs_702', ['colvarproxygromacs', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a49f8b4229e2fce33c20747250e043610', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs::ColvarProxyGromacs()'] │ │ │ │ │ + ['colvarproxygromacs_702', ['colvarproxygromacs', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a49f8b4229e2fce33c20747250e043610', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs::ColvarProxyGromacs()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarproxygromacs_2ecpp_703', ['colvarproxygromacs.cpp', ['../colvarproxygromacs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarproxygromacs_2eh_704', ['colvarproxygromacs.h', ['../colvarproxygromacs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvars_2ecpp_705', ['colvars.cpp', ['../colvars_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsatomcoords_706', ['colvarsAtomCoords', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a698f69c97138efa82e6dcbe5c46cab83', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ ['colvarsconfigcontent_707', ['colvarsConfigContent', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a2f4da1bfb7f70104ae4e0f04326f4c92', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ ['colvarsenstemp_708', ['colvarsEnsTemp', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#acef601dd026f99cc9903101d4a55a063', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ ['colvarsfilename_709', ['colvarsFileName', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a492a802e8110c023183b24816e1e9c63', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ ['colvarsforceprovider_710', ['colvarsforceprovider', ['../classgmx_1_1ColvarsForceProvider.xhtml', 1, 'gmx::ColvarsForceProvider'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ColvarsForceProvider.xhtml#a3ee0e5544bc98bd8b1b8e7cb97462992', 1, 'gmx::ColvarsForceProvider::ColvarsForceProvider()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['colvarsforceprovider_2ecpp_711', ['colvarsforceprovider.cpp', ['../colvarsforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2colvarsforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['colvarsforceprovider_2ecpp_711', ['colvarsforceprovider.cpp', ['../tests_2colvarsforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../colvarsforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarsforceprovider_2eh_712', ['colvarsforceprovider.h', ['../colvarsforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsforceproviderstate_713', ['ColvarsForceProviderState', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['colvarsinputfiles_714', ['colvarsInputFiles', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#acfb0cbd2024f2402f55d5b24b4135f68', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ - ['colvarsmdmodule_715', ['colvarsmdmodule', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule'], │ │ │ │ │ + ['colvarsmdmodule_715', ['colvarsmdmodule', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a0fc853db647af0d2368102ecc62d15b0', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::ColvarsMDModule()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#abde6a2f4c59d909cf0bfccc9952c914f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::ColvarsMDModule()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a0fc853db647af0d2368102ecc62d15b0', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::ColvarsMDModule()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#abde6a2f4c59d909cf0bfccc9952c914f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::ColvarsMDModule()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2ecpp_716', ['colvarsMDModule.cpp', ['../colvarsMDModule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2eh_717', ['colvarsMDModule.h', ['../colvarsMDModule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_5fstub_2ecpp_718', ['colvarsMDModule_stub.cpp', ['../colvarsMDModule__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsmdptransformfromstring_719', ['colvarsMdpTransformFromString', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsoptions_8cpp_03.xhtml#a56fb5108ef86a957d566d6fb2c8a8aa5', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsoptions.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['colvarsmoduleinfo_720', ['ColvarsModuleInfo', ['../structgmx_1_1ColvarsModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['colvarsoptions_721', ['ColvarsOptions', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['colvarsoptions_2ecpp_722', ['colvarsoptions.cpp', ['../tests_2colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['colvarsoptions_2ecpp_722', ['colvarsoptions.cpp', ['../colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarsoptions_2eh_723', ['colvarsoptions.h', ['../colvarsoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsoutputprefix_724', ['colvarsOutputPrefix', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#ac6d002e2e7edd7ba5e1f4759a2d1a475', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_725', ['colvarspreprocessor', ['../classgmx_1_1ColvarsPreProcessor.xhtml#a3e7c8574d9391b004c07b4603dce6382', 1, 'gmx::ColvarsPreProcessor::ColvarsPreProcessor()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ColvarsPreProcessor.xhtml', 1, 'gmx::ColvarsPreProcessor'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2ecpp_726', ['colvarspreprocessor.cpp', ['../tests_2colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ @@ -1087,16 +1087,16 @@ │ │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2eh_727', ['colvarspreprocessor.h', ['../colvarspreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsseed_728', ['colvarsSeed', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a99f2e73ec955d68ec64e441312641f2b', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_729', ['ColvarsSimulationsParameters', ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2ecpp_730', ['colvarssimulationsparameters.cpp', ['../colvarssimulationsparameters_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2eh_731', ['colvarssimulationsparameters.h', ['../colvarssimulationsparameters_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarstatefile_5f_732', ['colvarStateFile_', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml#ace27491b09373178d30d80551a550520', 1, 'gmx::ColvarsForceProviderState']]], │ │ │ │ │ ['com_733', ['com', ['../structComSumContents.xhtml#a0064f23738b1bc9dccf726141f7cec49', 1, 'ComSumContents']]], │ │ │ │ │ - ['com_2ecpp_734', ['com.cpp', ['../com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['com_2ecpp_734', ['com.cpp', ['../tests_2com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['com_2eh_735', ['com.h', ['../com_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['combinationrule_736', ['CombinationRule', ['../md__enums_8h.xhtml#a192a1e86909f2db31167de5dbc7df14b', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['combine_5fbounding_5fbox_5fpairs_737', ['combine_bounding_box_pairs', ['../namespacegmx.xhtml#a17ca08d83afe14a14dace318495a9702', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['combine_5fidef_738', ['combine_idef', ['../localtopology_8cpp.xhtml#a8dd56c7215fef9dc267d50db942d81f6', 1, 'localtopology.cpp']]], │ │ │ │ │ ['combineljparams_739', ['combineLJParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#a78b6c94d2cfb87ebc471c374d6984bb0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['combinemtsforces_740', ['combineMtsForces', ['../namespacegmx.xhtml#afcfd8574060f00e6f0c1478a909344f1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1110,42 +1110,42 @@ │ │ │ │ │ ['comm_5fcost_5fest_746', ['comm_cost_est', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#ae96afaac6a68e3a9bb9532b58ca5ebbc', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ │ ['comm_5fdd_5fns_5fcell_5fsizes_747', ['comm_dd_ns_cell_sizes', ['../partition_8cpp.xhtml#a208779ee480ab7e34e0fb18f7a7aa8e3', 1, 'partition.cpp']]], │ │ │ │ │ ['comm_5fpme_5fcost_5fvol_748', ['comm_pme_cost_vol', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a20163d5f7438af0d9178e5a056ad928d', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ │ ['command_20line_20help_749', ['Command line help', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md73', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['command_20line_20manager_750', ['Command line manager', ['../page_wrapperbinary.xhtml#section_wrapperbinary_manager', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['command_20line_20modules_751', ['Command line modules', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md72', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['command_20line_20program_20management_20commandline_752', ['Command Line Program Management (commandline)', ['../group__module__commandline.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['energycalculationfrequencyerrors_202', ['energycalculationfrequencyerrors', ['../classgmx_1_1EnergyCalculationFrequencyErrors.xhtml', 1, 'gmx::EnergyCalculationFrequencyErrors'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyCalculationFrequencyErrors.xhtml#adce9d3a3f423d7614edd41d3b5995a9d', 1, 'gmx::EnergyCalculationFrequencyErrors::EnergyCalculationFrequencyErrors(int64_t energyCalculationIntervalInSteps)'] │ │ │ │ │ + ['energycalculationfrequencyerrors_202', ['energycalculationfrequencyerrors', ['../classgmx_1_1EnergyCalculationFrequencyErrors.xhtml#adce9d3a3f423d7614edd41d3b5995a9d', 1, 'gmx::EnergyCalculationFrequencyErrors::EnergyCalculationFrequencyErrors()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyCalculationFrequencyErrors.xhtml', 1, 'gmx::EnergyCalculationFrequencyErrors'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energycalculationintervalinsteps_203', ['energyCalculationIntervalInSteps', ['../classgmx_1_1EnergyCalculationFrequencyErrors.xhtml#aef314fecdfd6fecc617d309358b9fb30', 1, 'gmx::EnergyCalculationFrequencyErrors']]], │ │ │ │ │ ['energycomparison_204', ['energycomparison', ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyComparison.xhtml', 1, 'gmx::test::EnergyComparison'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyComparison.xhtml#aafb2df8ef9a36c6a3cffc8ac57cf2645', 1, 'gmx::test::EnergyComparison::EnergyComparison()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energycomparison_2ecpp_205', ['energycomparison.cpp', ['../energycomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energycomparison_2eh_206', ['energycomparison.h', ['../energycomparison_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -356,16 +356,16 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energydata_20tt_210', ['<tt>EnergyData</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md36', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energydata_2ecpp_211', ['energydata.cpp', ['../energydata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energydata_2eh_212', ['energydata.h', ['../energydata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energydata_3a_3aelement_20tt_213', ['<tt>EnergyData::Element</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md32', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energydrift_214', ['energyDrift', ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml#af7dcf448940396b29c3ffb9e935fee66', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker']]], │ │ │ │ │ ['energydriftstring_215', ['energyDriftString', ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml#ae353361ca2765e1c7655c1862fb49723', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker']]], │ │ │ │ │ - ['energydrifttracker_216', ['energydrifttracker', ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml#ad3c5c99fef9e4a965773bf78c78a124e', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker::EnergyDriftTracker()'] │ │ │ │ │ + ['energydrifttracker_216', ['energydrifttracker', ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml#ad3c5c99fef9e4a965773bf78c78a124e', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker::EnergyDriftTracker()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energydrifttracker_2ecpp_217', ['energydrifttracker.cpp', ['../tests_2energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energydrifttracker_2eh_218', ['energydrifttracker.h', ['../energydrifttracker_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energyevaluator_219', ['EnergyEvaluator', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['energyfile_5f_220', ['energyFile_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a977820643cf6286318747b49f78917c4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]], │ │ │ │ │ @@ -376,19 +376,19 @@ │ │ │ │ │ ['energyframereader_223', ['energyframereader', ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyFrameReader.xhtml#ac1150a09a747c3c269b037ccb4ffa6f7', 1, 'gmx::test::EnergyFrameReader::EnergyFrameReader()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyFrameReader.xhtml', 1, 'gmx::test::EnergyFrameReader'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energyframereaderptr_224', ['EnergyFrameReaderPtr', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#adaf53810da1094987057767b0714fb27', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['energyfunctionproperties_225', ['EnergyFunctionProperties', ['../structgmx_1_1EnergyFunctionProperties.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['energygrouppair_226', ['energyGroupPair', ['../structt__nblist_1_1IEntry.xhtml#a66115d383c9d9aeb4934800045821f03', 1, 't_nblist::IEntry']]], │ │ │ │ │ ['energygroupspercluster_227', ['energygroupspercluster', ['../classgmx_1_1EnergyGroupsPerCluster.xhtml', 1, 'gmx::EnergyGroupsPerCluster'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t_1_1Params.xhtml#a8efa8e61f98994bc8d1c6fd25c0477e1', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::Params::energyGroupsPerCluster'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyGroupsPerCluster.xhtml#a8e8dfa2d7a46ad55fecf134b0cb1443c', 1, 'gmx::EnergyGroupsPerCluster::EnergyGroupsPerCluster()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyGroupsPerCluster.xhtml#a8e8dfa2d7a46ad55fecf134b0cb1443c', 1, 'gmx::EnergyGroupsPerCluster::EnergyGroupsPerCluster()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t_1_1Params.xhtml#a8efa8e61f98994bc8d1c6fd25c0477e1', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::Params::energyGroupsPerCluster'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['energyhandling_228', ['energyhandling', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#a1140c917ee190783251e592c69de1169', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions::energyHandling'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelInputParameters.xhtml#a43ee3d83daa25e8b9df5fe800ab5da95', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelInputParameters::energyHandling'], │ │ │ │ │ + ['energyhandling_228', ['energyhandling', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelInputParameters.xhtml#a43ee3d83daa25e8b9df5fe800ab5da95', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelInputParameters::energyHandling'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#a1140c917ee190783251e592c69de1169', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions::energyHandling'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03.xhtml#ac10927d3b7039c99adda45a70deb5114', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::EnergyHandling'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energyhistory_229', ['energyHistory', ['../structObservablesHistory.xhtml#ae615567a51c963f9afdf413f60f65b21', 1, 'ObservablesHistory']]], │ │ │ │ │ ['energyhistory_2eh_230', ['energyhistory.h', ['../energyhistory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energyintegratortype_231', ['EnergyIntegratorType', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02initialconstraints_8cpp_03.xhtml#adc18c3f11a09cc6e57e948ae3609784d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{initialconstraints.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['energyminimizationtest_232', ['EnergyMinimizationTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyMinimizationTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{minimize.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['energyname_233', ['energyName', ['../structgmx_1_1EnergyNameUnit.xhtml#a2ad52ee36630c7369401732ee0acb572', 1, 'gmx::EnergyNameUnit']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_9.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -480,51 +480,51 @@ │ │ │ │ │ ['floatoptioninfo_268', ['floatoptioninfo', ['../classgmx_1_1FloatOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::FloatOptionInfo'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOptionInfo.xhtml#a56d27f92c0cffbd7b148ad626581bc4a', 1, 'gmx::FloatOptionInfo::FloatOptionInfo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['floatoptionstorage_269', ['floatoptionstorage', ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::FloatOptionStorage'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a128b881ed6dc5c9144478747527f0f02', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::FloatOptionStorage()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#a9737ae8c8d40af054a7e8680ebb04856', 1, 'gmx::FloatOption::FloatOptionStorage'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['floattoler_270', ['floattoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a004e5e8bdf0447d1694d70558d49fa32', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::floatToler'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad83dd3751d1e1866fe0f858204d6fc2d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::floatToler'] │ │ │ │ │ + ['floattoler_270', ['floattoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad83dd3751d1e1866fe0f858204d6fc2d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::floatToler'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a004e5e8bdf0447d1694d70558d49fa32', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::floatToler'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['floattypematcher_271', ['floattypematcher', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher< FloatType >'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a349d8c2cfc013ef8e63a9eab29df4c44', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::FloatTypeMatcher()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['flood_5fblowup_272', ['flood_blowup', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa027c1bd075c6b731318b7e4787b7cb9', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['flooding_273', ['Flooding', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa2d5ea43ccd104c8b0f1f2e7b8cad0c4ac244d080617e096f13d28a4fdf82b8d9', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['flush_274', ['flush', ['../classgmx_1_1H5md.xhtml#abd7f76a350d35c40723a6eca5c1b7757', 1, 'gmx::H5md']]], │ │ │ │ │ ['fluxfromatob_275', ['fluxfromAtoB', ['../structswap__group.xhtml#a7a42dc9ddd2ea5f6b175b13f6f66e366', 1, 'swap_group']]], │ │ │ │ │ ['fluxleak_276', ['fluxleak', ['../structt__swap.xhtml#a32bdda08730e7830c060235c17dd72e2', 1, 't_swap']]], │ │ │ │ │ - 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['../namespacegmx.xhtml#a183d89182d418bb66a668104978af5bf', 1, 'gmx::fma(float a, float b, float c)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga6969c0baf1592d7a5fec29636a85628f', 1, 'gmx::fma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fmax_278', ['fmax', ['../structem__state.xhtml#aab39c5b16c1d58a45a5c973133e5ffc5', 1, 'em_state']]], │ │ │ │ │ - ['fms_279', ['fms', ['../namespacegmx.xhtml#afad947f51589a3a9eef2f8364ab62c19', 1, 'gmx::fms(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#abcb2c8942d173c6a9964940f90c55b2a', 1, 'gmx::fms(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ + ['fms_279', ['fms', ['../group__module__simd.xhtml#gafb3861a4cc7cae530fcf5bf83955da1b', 1, 'gmx::fms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga86c14cb73d3484b0a5e01e74640a4ee3', 1, 'gmx::fms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga78a3204bd78e9122ba1998e985d1a5bd', 1, 'gmx::fms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gafb3861a4cc7cae530fcf5bf83955da1b', 1, 'gmx::fms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga075eeabb5171e4f74cdd74e2f97bab5c', 1, 'gmx::fms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga075eeabb5171e4f74cdd74e2f97bab5c', 1, 'gmx::fms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#afad947f51589a3a9eef2f8364ab62c19', 1, 'gmx::fms(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#abcb2c8942d173c6a9964940f90c55b2a', 1, 'gmx::fms(double a, double b, double c)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fn_280', ['fn', ['../structt__filenm.xhtml#a72019255079f0fc2a11bd80f4341ab60', 1, 't_filenm']]], │ │ │ │ │ ['fnm_5f_281', ['fnm_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a4647ed87898459d84908b057760d5c00', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ - ['fnma_282', ['fnma', ['../group__module__simd.xhtml#gaaf4df87eca51bb2f57ffe0bcb1c9de02', 1, 'gmx::fnma(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a55183d689ab9328c18c3b3f819bd7266', 1, 'gmx::fnma(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ + ['fnma_282', ['fnma', ['../group__module__simd.xhtml#gae9ec59669729860c9efd1b9c70f3911b', 1, 'gmx::fnma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaaf4df87eca51bb2f57ffe0bcb1c9de02', 1, 'gmx::fnma(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#adcf7849c8ce1bbbe3e2fecffedfc05e8', 1, 'gmx::fnma(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga6be2e3e5adbdf49e6468c8a2d638658d', 1, 'gmx::fnma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaaeca5c242a059145a90dc091db78ad57', 1, 'gmx::fnma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gae9ec59669729860c9efd1b9c70f3911b', 1, 'gmx::fnma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#adcf7849c8ce1bbbe3e2fecffedfc05e8', 1, 'gmx::fnma(double a, double b, double c)'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a55183d689ab9328c18c3b3f819bd7266', 1, 'gmx::fnma(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaaeca5c242a059145a90dc091db78ad57', 1, 'gmx::fnma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['fnms_283', ['fnms', ['../group__module__simd.xhtml#gac7afe2f2f840c1de18cb7c61917ba11c', 1, 'gmx::fnms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ad9bd8328d5cbdb7f6a054b877183f277', 1, 'gmx::fnms(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ + ['fnms_283', ['fnms', ['../namespacegmx.xhtml#ad9bd8328d5cbdb7f6a054b877183f277', 1, 'gmx::fnms(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gac7afe2f2f840c1de18cb7c61917ba11c', 1, 'gmx::fnms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gace0a9be42a2c83de88e9de207cd82e80', 1, 'gmx::fnms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga44d26f7a7b8d6088d41be0b646f71543', 1, 'gmx::fnms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaf8fe2e25414c377f8ed03d5c23f84963', 1, 'gmx::fnms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa6e6950597f4833fa93b09a94e7b0e16', 1, 'gmx::fnms(float a, float b, float c)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fnorm_284', ['fnorm', ['../structem__state.xhtml#a43339ea26f0470b9588c0b8cc1dc105f', 1, 'em_state']]], │ │ │ │ │ ['fnpullx_285', ['fnPullx', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ad5da6a328592ff1ada6dee0fb0f6e65a', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ │ @@ -538,132 +538,132 @@ │ │ │ │ │ ['for_20online_20help_20onlinehelp_291', ['Help Formatting for Online Help (onlinehelp)', ['../group__module__onlinehelp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20parallelization_20over_20mpi_292', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20simulation_20functionality_293', ['Modules for simulation functionality', ['../group__group__mdrun.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20table_20interpolation_294', ['Classes for table interpolation', ['../group__module__tables.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20trajectory_20analysis_295', ['Framework for trajectory analysis', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['for_20trajectory_20analysis_20trajectoryanalysis_296', ['Framework for Trajectory Analysis (trajectoryanalysis)', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20writing_20trajectory_20analysis_20tools_297', ['Example code for writing trajectory analysis tools', ['../page_analysistemplate.xhtml', 1, 'page_trajectoryanalysisframework']]], │ │ │ │ │ - ['force_298', ['force', ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#a8f445fcff4ac77e2d1a8f30549d0c9db', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#add3a9163642b6d9de3fcbde97a915367', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force() const'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml#ad25910af0c94cb815ea449a8abc98bb6', 1, 'gmx::ForceWithVirial::force()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a8368ed9391852766220fbcc15f0cfa4b', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::force()'], │ │ │ │ │ + ['force_298', ['force', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a8368ed9391852766220fbcc15f0cfa4b', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::force()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldTabulated_01_4.xhtml#aa5ee50c3018d666bc34a40aaada3fdda', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated >::force()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#ad7c5a0f7375ecac77c5a53edbf44c4cc', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a0effcf1ae82ec7bd85d78284a6015212', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force() const'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a6c7b261cec1253b0b6c948f93e9c9f9e', 1, 'gmx::PotentialPointData::force'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#af7887fe29814bb6c293caab071825e5c', 1, 'gmx::OutputRequirements::force'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1InterdependentTask.xhtml#ab2cd1e5146ad30158e6064f65654035f', 1, 'gmx::InterdependentTask::force'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#af7887fe29814bb6c293caab071825e5c', 1, 'gmx::OutputRequirements::force'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a6c7b261cec1253b0b6c948f93e9c9f9e', 1, 'gmx::PotentialPointData::force'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#add3a9163642b6d9de3fcbde97a915367', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml#ad25910af0c94cb815ea449a8abc98bb6', 1, 'gmx::ForceWithVirial::force()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#a8f445fcff4ac77e2d1a8f30549d0c9db', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#ad7c5a0f7375ecac77c5a53edbf44c4cc', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a0effcf1ae82ec7bd85d78284a6015212', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['force_5f_299', ['force_', ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml#abfd100d928a758bfa73ab4a4f799bdc0', 1, 'gmx::ForceWithVirial']]], │ │ │ │ │ ['force_5fenv_5ft_300', ['force_env_t', ['../namespacegmx.xhtml#a9c7c01b19ef2cbfafccf48919ed40c0e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['forceandcorrectionenergy_301', ['forceandcorrectionenergy', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldTabulated_01_4.xhtml#a0f088963f891c0aa832937898b85b79c', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated >::forceAndCorrectionEnergy()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldAnalytical_01_4.xhtml#aa60db83ade23a3480f4384659c5fe5db', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical >::forceAndCorrectionEnergy()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a44357acf0cd6a68b00f2e983e562bfa0', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::forceAndCorrectionEnergy()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forceav_302', ['forceAv', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a7fe31ae860a78930c63fd3f1cc5410bf', 1, 't_UmbrellaWindow']]], │ │ │ │ │ ['forcebuffer_303', ['forceBuffer', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a77f61130c736184b12a25f5ed580b38e', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ │ ['forcebufferfordirectvirialcontributions_304', ['forceBufferForDirectVirialContributions', ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a083fa66a7eb616ec2f3e01532bcb868a', 1, 'ForceHelperBuffers']]], │ │ │ │ │ ['forcebuffers_305', ['forcebuffers', ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#ace368bdb63c723367e8de41ff03e6ef2', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(ForceBuffers &&o)=delete'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#af3eccf5e0a3d50fd46117dcf8310d43d', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(const ForceBuffers &o)=delete'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#a097cb3fed169c66c986820121462b0c1', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(bool useForceMtsCombined, PinningPolicy pinningPolicy)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#a1854ef7ef3e6623ab2cfa73e07597d4a', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffers'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffers'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#a1854ef7ef3e6623ab2cfa73e07597d4a', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['forcebuffers_2ecpp_306', ['forcebuffers.cpp', ['../forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['forcebuffers_2ecpp_306', ['forcebuffers.cpp', ['../tests_2forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcebuffers_2eh_307', ['forcebuffers.h', ['../forcebuffers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forcebuffersview_308', ['forcebuffersview', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a3590d4fc647af93ab0f6092f85ed7b1f', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(const ArrayRefWithPadding< RVec > &force, const ArrayRefWithPadding< RVec > &forceMtsCombined, const bool useForceMtsCombined)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a38b40421ab657108d222878f50f54f99', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(ForceBuffersView &&o)=delete'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a75e5dfcac0461da9e1ba0671b99e2e19', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(const ForceBuffersView &o)=delete'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a38b40421ab657108d222878f50f54f99', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(ForceBuffersView &&o)=delete'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffersView'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcebufferwithpadding_309', ['forceBufferWithPadding', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a7f7008c15c676d8f80f80e3e0d8bf170', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ │ - ['forcec6c12_310', ['forcec6c12', ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1ForceSwitch_01_4.xhtml#a369a611a138c28c564072449a87c9f74', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch >::forceC6C12()'], │ │ │ │ │ - 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['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_2eh_11', ['alignedallocator.h', ['../alignedallocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_5fimpl_2eh_12', ['alignedallocator_impl.h', ['../alignedallocator__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['allocator_2eh_13', ['allocator.h', ['../allocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['analysisdata_2ecpp_14', ['analysisdata.cpp', ['../tests_2analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -24,16 +24,16 @@ │ │ │ │ │ ['../src_2gromacs_2energyanalysis_2analysismodule_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['analysissettings_2ecpp_18', ['analysissettings.cpp', ['../analysissettings_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['analysissettings_2eh_19', ['analysissettings.h', ['../analysissettings_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['analysissettings_5fimpl_2eh_20', ['analysissettings_impl.h', ['../analysissettings__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['andersentemperaturecoupling_2ecpp_21', ['andersentemperaturecoupling.cpp', ['../andersentemperaturecoupling_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['andersentemperaturecoupling_2eh_22', ['andersentemperaturecoupling.h', ['../andersentemperaturecoupling_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['angle_2ecpp_23', ['angle.cpp', ['../tests_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../modules_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['angle_2ecpp_23', ['angle.cpp', ['../modules_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['angle_2eh_24', ['angle.h', ['../angle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['any_2ecpp_25', ['any.cpp', ['../any_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['any_2eh_26', ['any.h', ['../any_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['architecture_2eh_27', ['architecture.h', ['../architecture_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['arraydata_2ecpp_28', ['arraydata.cpp', ['../tests_2arraydata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../arraydata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_10.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -32,16 +32,16 @@ │ │ │ │ │ ['replicaexchange_5fequivalence_2ecpp_24', ['replicaexchange_equivalence.cpp', ['../replicaexchange__equivalence_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['report_5fmethods_2ecpp_25', ['report_methods.cpp', ['../tests_2report__methods_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['reportgpuusage_2ecpp_26', ['reportgpuusage.cpp', ['../reportgpuusage_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['reportgpuusage_2eh_27', ['reportgpuusage.h', ['../reportgpuusage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['requirements_2ecpp_28', ['requirements.cpp', ['../tests_2requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['requirements_2eh_29', ['requirements.h', ['../tests_2requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['requirements_2eh_29', ['requirements.h', ['../requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rerun_2ecpp_30', ['rerun.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2rerun_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../gromacs_2mdrun_2rerun_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['resall_2eh_31', ['resall.h', ['../resall_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['resethandler_2ecpp_32', ['resethandler.cpp', ['../resethandler_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['resethandler_2eh_33', ['resethandler.h', ['../resethandler_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_11.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -63,16 +63,16 @@ │ │ │ │ │ ['setbothtime_2ecpp_49', ['setbothtime.cpp', ['../setbothtime_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setbox_2eh_50', ['setbox.h', ['../setbox_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setenv_2eh_51', ['setenv.h', ['../setenv_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setforces_2ecpp_52', ['setforces.cpp', ['../setforces_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setforces_2eh_53', ['setforces.h', ['../setforces_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setprecision_2ecpp_54', ['setprecision.cpp', ['../setprecision_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setprecision_2eh_55', ['setprecision.h', ['../setprecision_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['setstarttime_2ecpp_56', ['setstarttime.cpp', ['../tests_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../outputadapters_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['setstarttime_2ecpp_56', ['setstarttime.cpp', ['../outputadapters_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setstarttime_2eh_57', ['setstarttime.h', ['../setstarttime_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settimestep_2ecpp_58', ['settimestep.cpp', ['../tests_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../outputadapters_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['settimestep_2eh_59', ['settimestep.h', ['../settimestep_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_2ecpp_60', ['settle.cpp', ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ @@ -92,16 +92,16 @@ │ │ │ │ │ ['setvelocities_2eh_72', ['setvelocities.h', ['../setvelocities_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shake_2ecpp_73', ['shake.cpp', ['../shake_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shake_2eh_74', ['shake.h', ['../shake_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shellcompletions_2ecpp_75', ['shellcompletions.cpp', ['../shellcompletions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shellcompletions_2eh_76', ['shellcompletions.h', ['../shellcompletions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['signallers_2ecpp_77', ['signallers.cpp', ['../signallers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['signallers_2eh_78', ['signallers.h', ['../signallers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['simd_2eh_79', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['simd_2eh_79', ['simd.h', ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4_2eh_80', ['simd4.h', ['../simd4_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fenergy_5faccumulator_2ecpp_81', ['simd_energy_accumulator.cpp', ['../tests_2simd__energy__accumulator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fkernel_2eh_82', ['simd_kernel.h', ['../simd__kernel_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fload_5fstore_5ffunctions_2eh_83', ['simd_load_store_functions.h', ['../simd__load__store__functions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fmath_2eh_84', ['simd_math.h', ['../simd__math_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2ecpp_85', ['simd_memory.cpp', ['../simd__memory_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -112,16 +112,16 @@ │ │ │ │ │ ['simple_5fmdrun_2ecpp_90', ['simple_mdrun.cpp', ['../simple__mdrun_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulation_5fworkload_2eh_91', ['simulation_workload.h', ['../simulation__workload_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationcontext_2eh_92', ['simulationcontext.h', ['../simulationcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationdatabase_2ecpp_93', ['simulationdatabase.cpp', ['../simulationdatabase_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationdatabase_2eh_94', ['simulationdatabase.h', ['../simulationdatabase_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationinput_2eh_95', ['simulationinput.h', ['../simulationinput_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationinputhandle_2eh_96', ['simulationinputhandle.h', ['../simulationinputhandle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['simulationsignal_2ecpp_97', ['simulationsignal.cpp', ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['simulationsignal_2ecpp_97', ['simulationsignal.cpp', ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulationsignal_2eh_98', ['simulationsignal.h', ['../simulationsignal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulator_2ecpp_99', ['simulator.cpp', ['../simulator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatoralgorithm_2ecpp_100', ['simulatoralgorithm.cpp', ['../simulatoralgorithm_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatoralgorithm_2eh_101', ['simulatoralgorithm.h', ['../simulatoralgorithm_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatorbuilder_2ecpp_102', ['simulatorbuilder.cpp', ['../simulatorbuilder_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatorcomparison_2ecpp_103', ['simulatorcomparison.cpp', ['../simulatorcomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -150,16 +150,16 @@ │ │ │ │ │ ['statepropagatordata_2ecpp_126', ['statepropagatordata.cpp', ['../statepropagatordata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['statepropagatordata_2eh_127', ['statepropagatordata.h', ['../statepropagatordata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['statistics_2eh_128', ['statistics.h', ['../statistics_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stdiohelper_2ecpp_129', ['stdiohelper.cpp', ['../stdiohelper_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stdiohelper_2eh_130', ['stdiohelper.h', ['../stdiohelper_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stophandler_2ecpp_131', ['stophandler.cpp', ['../stophandler_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stophandler_2eh_132', ['stophandler.h', ['../stophandler_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['strconvert_2ecpp_133', ['strconvert.cpp', ['../strconvert_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2strconvert_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['strconvert_2ecpp_133', ['strconvert.cpp', ['../tests_2strconvert_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../strconvert_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['strconvert_2eh_134', ['strconvert.h', ['../strconvert_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['strdb_2eh_135', ['strdb.h', ['../strdb_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stringcompare_2eh_136', ['stringcompare.h', ['../stringcompare_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stringstream_2ecpp_137', ['stringstream.cpp', ['../stringstream_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stringstream_2eh_138', ['stringstream.h', ['../stringstream_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stringtest_2ecpp_139', ['stringtest.cpp', ['../stringtest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -175,14 +175,14 @@ │ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2swapcoords_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['swapcoords_2eh_147', ['swapcoords.h', ['../swapcoords_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['sycl_5fkernel_5futils_2eh_148', ['sycl_kernel_utils.h', ['../sycl__kernel__utils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['syclutils_2eh_149', ['syclutils.h', ['../syclutils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['symrec_2ecpp_150', ['symrec.cpp', ['../symrec_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['symrec_2eh_151', ['symrec.h', ['../symrec_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['symtab_2ecpp_152', ['symtab.cpp', ['../tests_2symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['symtab_2ecpp_152', ['symtab.cpp', ['../symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['symtab_2eh_153', ['symtab.h', ['../symtab_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['sysinfo_2ecpp_154', ['sysinfo.cpp', ['../sysinfo_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['sysinfo_2eh_155', ['sysinfo.h', ['../sysinfo_8h.xhtml', 1, '']]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_12.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -33,16 +33,16 @@ │ │ │ │ │ ['testoptions_2ecpp_31', ['testoptions.cpp', ['../testoptions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testoptions_2eh_32', ['testoptions.h', ['../testoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testsystem_2ecpp_33', ['testsystem.cpp', ['../testsystem_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testsystem_2eh_34', ['testsystem.h', ['../testsystem_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testutils_5fdoc_2eh_35', ['testutils_doc.h', ['../testutils__doc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['textblockmatchers_2ecpp_36', ['textblockmatchers.cpp', ['../textblockmatchers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['textblockmatchers_2eh_37', ['textblockmatchers.h', ['../textblockmatchers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['textreader_2ecpp_38', ['textreader.cpp', ['../tests_2textreader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../textreader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['textreader_2ecpp_38', ['textreader.cpp', ['../textreader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2textreader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['textreader_2eh_39', ['textreader.h', ['../textreader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['textstream_2eh_40', ['textstream.h', ['../textstream_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['textwriter_2ecpp_41', ['textwriter.cpp', ['../textwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2textwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['textwriter_2eh_42', ['textwriter.h', ['../textwriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_13.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -20,11 +20,11 @@ │ │ │ │ │ ['../usergpuids_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['usergpuids_2eh_18', ['usergpuids.h', ['../usergpuids_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['utilities_2eh_19', ['utilities.h', ['../src_2gromacs_2mimic_2utilities_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../src_2gromacs_2listed__forces_2utilities_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['utility_2ecpp_20', ['utility.cpp', ['../utility_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['utility_2eh_21', ['utility.h', ['../domdec_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['utility_2eh_21', ['utility.h', ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../domdec_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_2.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -10,24 +10,24 @@ │ │ │ │ │ ['checkpointdata_2ecpp_6', ['checkpointdata.cpp', ['../checkpointdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['checkpointdata_2eh_7', ['checkpointdata.h', ['../checkpointdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['checkpointhandler_2ecpp_8', ['checkpointhandler.cpp', ['../checkpointhandler_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['checkpointhandler_2eh_9', ['checkpointhandler.h', ['../checkpointhandler_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['checkpointhelper_2ecpp_10', ['checkpointhelper.cpp', ['../checkpointhelper_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['checkpointhelper_2eh_11', ['checkpointhelper.h', ['../checkpointhelper_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['classhelpers_2eh_12', ['classhelpers.h', ['../classhelpers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['clfftinitializer_2ecpp_13', ['clfftinitializer.cpp', ['../tests_2clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['clfftinitializer_2ecpp_13', ['clfftinitializer.cpp', ['../clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['clfftinitializer_2eh_14', ['clfftinitializer.h', ['../clfftinitializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['clusterdistancekerneltype_2eh_15', ['clusterdistancekerneltype.h', ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['clustsize_2ecpp_16', ['clustsize.cpp', ['../clustsize_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2ecpp_17', ['cmdlinehelpcontext.cpp', ['../cmdlinehelpcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2eh_18', ['cmdlinehelpcontext.h', ['../cmdlinehelpcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cmdlinehelpmodule_2ecpp_19', ['cmdlinehelpmodule.cpp', ['../cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlinehelpmodule_2ecpp_19', ['cmdlinehelpmodule.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpmodule_2eh_20', ['cmdlinehelpmodule.h', ['../cmdlinehelpmodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpwriter_2ecpp_21', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpwriter_2eh_22', ['cmdlinehelpwriter.h', ['../cmdlinehelpwriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineinit_2ecpp_23', ['cmdlineinit.cpp', ['../cmdlineinit_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -75,16 +75,16 @@ │ │ │ │ │ ['colvarsoptions_2eh_53', ['colvarsoptions.h', ['../colvarsoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2ecpp_54', ['colvarspreprocessor.cpp', ['../tests_2colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2eh_55', ['colvarspreprocessor.h', ['../colvarspreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2ecpp_56', ['colvarssimulationsparameters.cpp', ['../colvarssimulationsparameters_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2eh_57', ['colvarssimulationsparameters.h', ['../colvarssimulationsparameters_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['com_2ecpp_58', ['com.cpp', ['../tests_2com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['com_2ecpp_58', ['com.cpp', ['../com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['com_2eh_59', ['com.h', ['../com_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['compare_2eh_60', ['compare.h', ['../compare_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['comparison_5fhelpers_2eh_61', ['comparison_helpers.h', ['../comparison__helpers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['compiler_2ecpp_62', ['compiler.cpp', ['../compiler_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['compiler_2eh_63', ['compiler.h', ['../compiler_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['complex_2ecpp_64', ['complex.cpp', ['../complex_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -109,16 +109,16 @@ │ │ │ │ │ ['constrtestdata_2eh_81', ['constrtestdata.h', ['../constrtestdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestrunners_2ecpp_82', ['constrtestrunners.cpp', ['../constrtestrunners_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestrunners_2eh_83', ['constrtestrunners.h', ['../constrtestrunners_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestrunners_5fgpu_2ecpp_84', ['constrtestrunners_gpu.cpp', ['../constrtestrunners__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['convert_2dtpr_2dfixture_2eh_85', ['convert-tpr-fixture.h', ['../convert-tpr-fixture_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['convert_2dtpr_2dwith_2dleaks_2ecpp_86', ['convert-tpr-with-leaks.cpp', ['../convert-tpr-with-leaks_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['convert_2dtpr_2ecpp_87', ['convert-tpr.cpp', ['../convert-tpr_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['convert_5ftrj_2ecpp_88', ['convert_trj.cpp', ['../tests_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../modules_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['convert_5ftrj_2ecpp_88', ['convert_trj.cpp', ['../modules_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['convert_5ftrj_2eh_89', ['convert_trj.h', ['../convert__trj_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['convparm_2ecpp_90', ['convparm.cpp', ['../tests_2convparm_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coolstuff_2ecpp_91', ['coolstuff.cpp', ['../coolstuff_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coolstuff_2eh_92', ['coolstuff.h', ['../coolstuff_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coordinate_5ftest_2eh_93', ['coordinate_test.h', ['../coordinate__test_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['coordinatefile_2ecpp_94', ['coordinatefile.cpp', ['../coordinatefile_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_3.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -27,25 +27,25 @@ │ │ │ │ │ ['densityfitting_2ecpp_23', ['densityfitting.cpp', ['../tests_2densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_24', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2eh_25', ['densityfittingamplitudelookup.h', ['../densityfittingamplitudelookup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingforce_2ecpp_26', ['densityfittingforce.cpp', ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfittingforce_2ecpp_26', ['densityfittingforce.cpp', ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingforce_2eh_27', ['densityfittingforce.h', ['../densityfittingforce_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_2ecpp_28', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_2eh_29', ['densityfittingforceprovider.h', ['../densityfittingforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingmodule_2ecpp_30', ['densityfittingmodule.cpp', ['../densityfittingmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingoptions_2ecpp_31', ['densityfittingoptions.cpp', ['../tests_2densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfittingoptions_2ecpp_31', ['densityfittingoptions.cpp', ['../densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoptions_2eh_32', ['densityfittingoptions.h', ['../densityfittingoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoutputprovider_2ecpp_33', ['densityfittingoutputprovider.cpp', ['../densityfittingoutputprovider_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoutputprovider_2eh_34', ['densityfittingoutputprovider.h', ['../densityfittingoutputprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingparameters_2eh_35', ['densityfittingparameters.h', ['../densityfittingparameters_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5favailability_2ecpp_36', ['device_availability.cpp', ['../device__availability_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fbuffer_2ecpp_37', ['device_buffer.cpp', ['../device__buffer_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -54,16 +54,16 @@ │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_5focl_2ecpp_40', ['device_context_ocl.cpp', ['../device__context__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_5fsycl_2ecpp_41', ['device_context_sycl.cpp', ['../device__context__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_2eh_42', ['device_event.h', ['../device__event_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_5fhip_2eh_43', ['device_event_hip.h', ['../device__event__hip_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_5focl_2eh_44', ['device_event_ocl.h', ['../device__event__ocl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_5fsycl_2eh_45', ['device_event_sycl.h', ['../device__event__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5finformation_2eh_46', ['device_information.h', ['../device__information_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['device_5fmanagement_2ecpp_47', ['device_management.cpp', ['../tests_2device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['device_5fmanagement_2ecpp_47', ['device_management.cpp', ['../device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_2eh_48', ['device_management.h', ['../device__management_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fcommon_2ecpp_49', ['device_management_common.cpp', ['../device__management__common_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fhip_2ecpp_50', ['device_management_hip.cpp', ['../device__management__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5focl_2ecpp_51', ['device_management_ocl.cpp', ['../device__management__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fshared_5famd_2ecpp_52', ['device_management_shared_amd.cpp', ['../device__management__shared__amd_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fshared_5famd_2eh_53', ['device_management_shared_amd.h', ['../device__management__shared__amd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_4.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -13,16 +13,16 @@ │ │ │ │ │ ['energydata_2eh_9', ['energydata.h', ['../energydata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energydrifttracker_2ecpp_10', ['energydrifttracker.cpp', ['../tests_2energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energydrifttracker_2eh_11', ['energydrifttracker.h', ['../energydrifttracker_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energyframe_2ecpp_12', ['energyframe.cpp', ['../energyframe_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energyhistory_2eh_13', ['energyhistory.h', ['../energyhistory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['energyoutput_2ecpp_14', ['energyoutput.cpp', ['../energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['energyoutput_2ecpp_14', ['energyoutput.cpp', ['../tests_2energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energyoutput_2eh_15', ['energyoutput.h', ['../energyoutput_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energyreader_2ecpp_16', ['energyreader.cpp', ['../energyreader_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energyreader_2eh_17', ['energyreader.h', ['../energyreader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energyterm_2ecpp_18', ['energyterm.cpp', ['../tests_2energyterm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../energyterm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_5.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -27,16 +27,16 @@ │ │ │ │ │ ['findallgputasks_2ecpp_21', ['findallgputasks.cpp', ['../findallgputasks_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['findallgputasks_2eh_22', ['findallgputasks.h', ['../findallgputasks_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['firstorderpressurecoupling_2ecpp_23', ['firstorderpressurecoupling.cpp', ['../firstorderpressurecoupling_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['firstorderpressurecoupling_2eh_24', ['firstorderpressurecoupling.h', ['../firstorderpressurecoupling_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['fixedcapacityvector_2ecpp_25', ['fixedcapacityvector.cpp', ['../fixedcapacityvector_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['fixedcapacityvector_2eh_26', ['fixedcapacityvector.h', ['../fixedcapacityvector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['flags_2eh_27', ['flags.h', ['../flags_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['forcebuffers_2ecpp_28', ['forcebuffers.cpp', ['../forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['forcebuffers_2ecpp_28', ['forcebuffers.cpp', ['../tests_2forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcebuffers_2eh_29', ['forcebuffers.h', ['../forcebuffers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forceelement_2ecpp_30', ['forceelement.cpp', ['../forceelement_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forceelement_2eh_31', ['forceelement.h', ['../forceelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forceoutput_2eh_32', ['forceoutput.h', ['../forceoutput_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forcetable_2eh_33', ['forcetable.h', ['../forcetable_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['frameaverager_2ecpp_34', ['frameaverager.cpp', ['../frameaverager_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_7.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -23,16 +23,16 @@ │ │ │ │ │ ['helpformat_2eh_15', ['helpformat.h', ['../helpformat_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helpmanager_2ecpp_16', ['helpmanager.cpp', ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpmanager_2eh_17', ['helpmanager.h', ['../helpmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helptopic_2ecpp_18', ['helptopic.cpp', ['../helptopic_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helptopic_2eh_19', ['helptopic.h', ['../helptopic_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['helpwritercontext_2ecpp_20', ['helpwritercontext.cpp', ['../tests_2helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['helpwritercontext_2ecpp_20', ['helpwritercontext.cpp', ['../helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['helpwritercontext_2eh_21', ['helpwritercontext.h', ['../helpwritercontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['helpwriting_2ecpp_22', ['helpwriting.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../gromacs_2tools_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['hip_5fkernel_5futils_2eh_23', ['hip_kernel_utils.h', ['../hip__kernel__utils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['hip_5fsycl_5fkernel_5futils_2eh_24', ['hip_sycl_kernel_utils.h', ['../hip__sycl__kernel__utils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_b.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -8,16 +8,16 @@ │ │ │ │ │ ['manager_2ecpp_6', ['manager.cpp', ['../manager_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manager_2eh_7', ['manager.h', ['../manager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manyautocorrelation_2ecpp_8', ['manyautocorrelation.cpp', ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['manyautocorrelation_2eh_9', ['manyautocorrelation.h', ['../manyautocorrelation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['matio_2ecpp_10', ['matio.cpp', ['../tests_2matio_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['matrix_2ecpp_11', ['matrix.cpp', ['../math_2tests_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../math_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['matrix_2ecpp_11', ['matrix.cpp', ['../math_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../math_2tests_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['matrix_2eh_12', ['matrix.h', ['../math_2include_2gromacs_2math_2matrix_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['md_2ecpp_13', ['md.cpp', ['../md_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['md_5fenums_2eh_14', ['md_enums.h', ['../md__enums_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mdgpugraph_2ecpp_15', ['mdgpugraph.cpp', ['../mdgpugraph_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mdgraph_5fgpu_2eh_16', ['mdgraph_gpu.h', ['../mdgraph__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mdgraph_5fgpu_5fimpl_2ecpp_17', ['mdgraph_gpu_impl.cpp', ['../mdgraph__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -53,40 +53,40 @@ │ │ │ │ │ ['mock_5fhelptopic_2eh_41', ['mock_helptopic.h', ['../mock__helptopic_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mockhardwaretopology_2ecpp_42', ['mockhardwaretopology.cpp', ['../mockhardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modularsimulator_2ecpp_43', ['modularsimulator.cpp', ['../modularsimulator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modularsimulator_2eh_44', ['modularsimulator.h', ['../modularsimulator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modularsimulatorinterfaces_2eh_45', ['modularsimulatorinterfaces.h', ['../modularsimulatorinterfaces_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modules_2ecpp_46', ['modules.cpp', ['../modules_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modules_2eh_47', ['modules.h', ['../modules_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['moduletest_2ecpp_48', ['moduletest.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../gromacs_2trajectoryanalysis_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['moduletest_2ecpp_48', ['moduletest.cpp', ['../gromacs_2trajectoryanalysis_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['moduletest_2eh_49', ['moduletest.h', ['../gromacs_2trajectoryanalysis_2tests_2moduletest_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['moduletest_2eh_49', ['moduletest.h', ['../programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../gromacs_2trajectoryanalysis_2tests_2moduletest_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mp11_2eh_50', ['mp11.h', ['../mp11_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mpi_5fprinter_2eh_51', ['mpi_printer.h', ['../mpi__printer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['mpitest_2ecpp_52', ['mpitest.cpp', ['../tests_2mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mpitest_2ecpp_52', ['mpitest.cpp', ['../mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mpitest_2eh_53', ['mpitest.h', ['../mpitest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymap_2ecpp_54', ['mrcdensitymap.cpp', ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymap_2eh_55', ['mrcdensitymap.h', ['../mrcdensitymap_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['mrcdensitymapheader_2ecpp_56', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mrcdensitymapheader_2ecpp_56', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2eh_57', ['mrcdensitymapheader.h', ['../mrcdensitymapheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['mrcserializer_2ecpp_58', ['mrcserializer.cpp', ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mrcserializer_2ecpp_58', ['mrcserializer.cpp', ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcserializer_2eh_59', ['mrcserializer.h', ['../mrcserializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['msd_2ecpp_60', ['msd.cpp', ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['msd_2ecpp_60', ['msd.cpp', ['../tests_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['msd_2eh_61', ['msd.h', ['../msd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mshift_2ecpp_62', ['mshift.cpp', ['../tests_2mshift_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mtop_2ecpp_63', ['mtop.cpp', ['../mtop_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mtop_5fatomloops_2eh_64', ['mtop_atomloops.h', ['../mtop__atomloops_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mtop_5flookup_2eh_65', ['mtop_lookup.h', ['../mtop__lookup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mttk_2ecpp_66', ['mttk.cpp', ['../mttk_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_c.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -63,16 +63,16 @@ │ │ │ │ │ ['neldermead_2eh_57', ['neldermead.h', ['../neldermead_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['niceheader_2ecpp_58', ['niceheader.cpp', ['../niceheader_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['niceheader_2eh_59', ['niceheader.h', ['../niceheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nnpot_2ecpp_60', ['nnpot.cpp', ['../nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nnpot_2eh_61', ['nnpot.h', ['../nnpot_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['nnpotforceprovider_2ecpp_62', ['nnpotforceprovider.cpp', ['../tests_2nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['nnpotforceprovider_2ecpp_62', ['nnpotforceprovider.cpp', ['../nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_2eh_63', ['nnpotforceprovider.h', ['../nnpotforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_5fstub_2ecpp_64', ['nnpotforceprovider_stub.cpp', ['../nnpotforceprovider__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nnpotmodel_2eh_65', ['nnpotmodel.h', ['../nnpotmodel_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nnpotoptions_2ecpp_66', ['nnpotoptions.cpp', ['../tests_2nnpotoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../nnpotoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_e.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -42,16 +42,16 @@ │ │ │ │ │ ['pbc_2ecpp_34', ['pbc.cpp', ['../tests_2pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_2eh_35', ['pbc_aiuc.h', ['../pbc__aiuc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_5fsycl_2eh_36', ['pbc_aiuc_sycl.h', ['../pbc__aiuc__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pbc_5fsimd_2ecpp_37', ['pbc_simd.cpp', ['../pbc__simd_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pbc_5fsimd_2eh_38', ['pbc_simd.h', ['../pbc__simd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pbcenums_2ecpp_39', ['pbcenums.cpp', ['../pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pbcenums_2ecpp_39', ['pbcenums.cpp', ['../tests_2pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pbcenums_2eh_40', ['pbcenums.h', ['../pbcenums_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pdb2gmx_2ecpp_41', ['pdb2gmx.cpp', ['../tests_2pdb2gmx_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_2ecpp_42', ['periodicactions.cpp', ['../periodicactions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_2eh_43', ['periodicactions.h', ['../periodicactions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_5fbasic_2ecpp_44', ['periodicactions_basic.cpp', ['../periodicactions__basic_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_5fconstraints_2ecpp_45', ['periodicactions_constraints.cpp', ['../periodicactions__constraints_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -74,16 +74,16 @@ │ │ │ │ │ ['plumedoptions_2eh_60', ['plumedOptions.h', ['../plumedOptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['plumedtestutils_2ecpp_61', ['plumedTestUtils.cpp', ['../plumedTestUtils_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['plumedtestutils_2eh_62', ['plumedTestUtils.h', ['../plumedTestUtils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmalloc_2ecpp_63', ['pmalloc.cpp', ['../pmalloc_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmalloc_2eh_64', ['pmalloc.h', ['../pmalloc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmalloc_5fhip_2ecpp_65', ['pmalloc_hip.cpp', ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmalloc_5fsycl_2ecpp_66', ['pmalloc_sycl.cpp', ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pme_2ecpp_67', ['pme.cpp', ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pme_2ecpp_67', ['pme.cpp', ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_2eh_68', ['pme.h', ['../pme_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_2eh_69', ['pme_coordinate_receiver_gpu.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2ecpp_70', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.cpp', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2eh_71', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_5fgpu_2ecpp_72', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl_gpu.cpp', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fforce_5fsender_5fgpu_2eh_73', ['pme_force_sender_gpu.h', ['../pme__force__sender__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_f.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -4,20 +4,20 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmm_2eh_1', ['qmmm.h', ['../qmmm_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_2ecpp_2', ['qmmmforceprovider.cpp', ['../qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_2eh_3', ['qmmmforceprovider.h', ['../qmmmforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_5fstub_2ecpp_4', ['qmmmforceprovider_stub.cpp', ['../qmmmforceprovider__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['qmmminputgenerator_2ecpp_5', ['qmmminputgenerator.cpp', ['../qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['qmmminputgenerator_2ecpp_5', ['qmmminputgenerator.cpp', ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_2eh_6', ['qmmminputgenerator.h', ['../qmmminputgenerator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['qmmmoptions_2ecpp_7', ['qmmmoptions.cpp', ['../qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['qmmmoptions_2ecpp_7', ['qmmmoptions.cpp', ['../tests_2qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmoptions_2eh_8', ['qmmmoptions.h', ['../qmmmoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_2ecpp_9', ['qmmmtopologypreprocessor.cpp', ['../qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_2eh_10', ['qmmmtopologypreprocessor.h', ['../qmmmtopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmtypes_2eh_11', ['qmmmtypes.h', ['../qmmmtypes_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/todo.xhtml │ │ │ │ @@ -156,15 +156,15 @@ │ │ │ │
One of the major bottlenecks for selection performance is that all the evaluation is carried out for atoms. There are several cases when the evaluation could be done for residues or molecules instead, including keywords that select by residue and cases where residue centers are used as reference positions. Implementing this would require a mechanism for recognizing whether something can be evaluated by residue/molecule instead by atom, and converting selections by residue/molecule into selections by atom when necessary.
│ │ │ │
File exactcontinuation.cpp
│ │ │ │
Extend the coverage to the appending case.
│ │ │ │
File expanded.cpp
│ │ │ │
Add more tests as the expanded ensemble implementation gets more modular (#3848).
│ │ │ │
File expandedensemble.cpp
│ │ │ │
Extend the coverage to the appending case.
│ │ │ │ -
Member findDevices ()
│ │ │ │ +
Member findDevices ()
│ │ │ │
: Check if errors do propagate in OpenCL as they do in CUDA and whether there is a mechanism to "clear" them.
│ │ │ │
Member fit_acf (int ncorr, int fitfn, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, real tbeginfit, real tendfit, real dt, real c1[], real *fit)
│ │ │ │
check parameters
│ │ │ │
Member ftype_is_bonded_potential (int ftype)
│ │ │ │
This function could go away when idef is not a big bucket of everything.
│ │ │ │
Member ftypeIsListedPotential (int ftype)
│ │ │ │
This function could go away when idef is not a big bucket of everything.
│ │ │ │ @@ -477,15 +477,15 @@ │ │ │ │

Eventually t_trxframe should be replaced by a class such as this. Currently we need to introduce BoxMatrix so that we can have a normal C++ getter that returns the contents of a box matrix, since you cannot use a real[DIM][DIM] as a function return type.

│ │ │ │

Consider a std::optional work-alike type for expressing that a field may or may not have content.

│ │ │ │
│ │ │ │
Struct gmx_hw_opt_t
│ │ │ │
During mdrunner(), if the user has left any of these values at their defaults (which tends to mean "choose automatically"), then those values are over-written with the result of such automation. This creates problems for the subsequent code in knowing what was done, why, and reporting correctly to the user. Find a way to improve this.
│ │ │ │
Struct gmx_multisim_t
│ │ │ │
Change this to class
│ │ │ │ -
Member gmx_pme_init (const t_commrec *cr, const NumPmeDomains &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, PmeGpu *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const gmx::MDLogger &mdlog, std::shared_ptr< PmeGridsStorage > pmeGridsStoragePtr)
│ │ │ │ +
Member gmx_pme_init (const t_commrec *cr, const NumPmeDomains &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, PmeGpu *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const gmx::MDLogger &mdlog, std::shared_ptr< PmeGridsStorage > pmeGridsStoragePtr)
│ │ │ │
We should evolve something like a GpuManager that holds DeviceInformation* and PmeGpuProgram* and perhaps other related things whose lifetime can/should exceed that of a task (or perhaps task manager). See Issue #2522.
│ │ │ │
Member GMX_UNUSED_VALUE (value)
│ │ │ │
Deprecated - use gmx_unused
│ │ │ │
File grompp.cpp
│ │ │ │
Refactor SimulationRunner to split off SimulationPreparer, so that integration tests of grompp can stand apart from tests of mdrun.
│ │ │ │
File haloexchange_mpi.cpp
│ │ │ │
Add 3D case
│ │ │ │ @@ -565,15 +565,15 @@ │ │ │ │
Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – PmeGpuSettings -> PmeGpuTasks
│ │ │ │
File pme_gpu_staging.h
│ │ │ │
Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – bringing the function names up to guidelines – PmeGpuSettings -> PmeGpuTasks – refining GPU notation application (#2053) – renaming coefficients to charges (?)
│ │ │ │
Member pme_gpu_task_enabled (const gmx_pme_t *pme)
│ │ │ │
This is a rather static data that should be managed by the hardware assignment manager. For now, it is synonymous with the active PME codepath (in the absence of dynamic switching).
│ │ │ │
File pme_gpu_types_host.h
│ │ │ │
Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – bringing the function names up to guidelines – PmeGpuSettings -> PmeGpuTasks – refining GPU notation application (#2053) – renaming coefficients to charges (?)
│ │ │ │ -
Member pme_run_mode (const gmx_pme_t *pme)
│ │ │ │ +
Member pme_run_mode (const gmx_pme_t *pme)
│ │ │ │
This is a rather static data that should be managed by the higher level task scheduler.
│ │ │ │
Member PmeGpu::kernelParams
│ │ │ │
Test whether this should be copied to the constant GPU memory once for each computation (or even less often with no box updates) instead of being an argument.
│ │ │ │
Struct PmeGpuProgramImpl
│ │ │ │
In future if we would need to react to either user input or auto-tuning to compile different kernels, then we might wish to revisit the number of kernels we pre-compile, and/or the management of their lifetime.
│ │ │ │
Member PmeRunMode
│ │ │ │
: make this enum class with gmx_pme_t C++ refactoring
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_15.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -595,22 +595,22 @@ │ │ │ │ │ ['simd_20intrinsics_20interface_20simd_392', ['SIMD intrinsics interface (simd)', ['../group__module__simd.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_20math_20library_393', ['The SIMD math library', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md70', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_20module_394', ['Design of the GROMACS SIMD module', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_20preprocessor_20macros_395', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_2eh_396', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4_20implementation_397', ['SIMD4 implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md64', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4bool_398', ['Simd4Bool', ['../namespacegmx.xhtml#acb6a84be080be397c2c09cda9f315037', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['simd4dbool_399', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'] │ │ │ │ │ + ['simd4dbool_399', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['simd4double_400', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'] │ │ │ │ │ + ['simd4double_400', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['simd4fbool_401', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'] │ │ │ │ │ + ['simd4fbool_401', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4float_402', ['simd4float', ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml#a4d61d22b9955c0f6fa78804562704cbe', 1, 'gmx::Simd4Float::Simd4Float()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Float'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4n_20implementation_403', ['SIMD4N implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md65', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4real_404', ['Simd4Real', ['../namespacegmx.xhtml#a37686b0c2ec48a361d6c4473c1fdb70c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simd4setzerod_405', ['simd4SetZeroD', ['../group__module__simd.xhtml#gac88aa19e4c856c2333bf814c3521c488', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -618,16 +618,16 @@ │ │ │ │ │ ['simd_5fmath_2eh_407', ['simd_math.h', ['../simd__math_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2eh_408', ['simd_memory.h', ['../simd__memory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fsupport_2eh_409', ['simd_support.h', ['../simd__support_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fwidth_410', ['simd_width', ['../namespacegmx.xhtml#ad2defc5df98b53733b2d299c76788b05', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simdbitmask_411', ['SimdBitMask', ['../namespacegmx.xhtml#afb42c13ecb6e9bac5d3b89e89143257f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simdbool_412', ['SimdBool', ['../namespacegmx.xhtml#a307172d59a1a7c9ed87bc2cb4df83efa', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simdcheck_413', ['simdCheck', ['../namespacegmx.xhtml#a3dfaae36144016a6b9ef7524dfbbb815', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['simddbool_414', ['simddbool', ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml#ad4d8f87a8e48ad39d6600c271dc37a02', 1, 'gmx::SimdDBool::SimdDBool()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDBool'] │ │ │ │ │ + ['simddbool_414', ['simddbool', ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDBool'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml#ad4d8f87a8e48ad39d6600c271dc37a02', 1, 'gmx::SimdDBool::SimdDBool()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simddibool_415', ['simddibool', ['../classgmx_1_1SimdDIBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDIBool'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdDIBool.xhtml#a9b76cf7d82509f3f7adeac5d7f1b1477', 1, 'gmx::SimdDIBool::SimdDIBool()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simddint32_416', ['simddint32', ['../classgmx_1_1SimdDInt32.xhtml', 1, 'gmx::SimdDInt32'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdDInt32.xhtml#a4107f8bf681a5cfe0abd34bffd5d952b', 1, 'gmx::SimdDInt32::SimdDInt32()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_17.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -27,25 +27,25 @@ │ │ │ │ │ ['unitcelltype_19', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltypenames_20', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitvector_21', ['unitvector', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector(const VectorType &v)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unity_22', ['Unity', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099fa82dd98f1d663acc318e6a8ec4ab69b7a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unknown_23', ['unknown', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::CpuInfo::Unknown'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'], │ │ │ │ │ - ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'] │ │ │ │ │ + ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unpackrecvbufkernel_24', ['unpackRecvBufKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a704128fa72f8ce7dcf08d0063a166036', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedarrayref_25', ['unpaddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ad5b878ca7749f5b8f52e006269fbfc2f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedconstarrayref_26', ['unpaddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a2c3f73497c6bc71264ae1af84b6522ae', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unset_27', ['Unset', ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cac9f88e098f6fe4e4e112eeb05ccb9671', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['unsignedchartostring_28', ['unsignedCharToString', ['../group__module__utility.xhtml#ga78b462191d8dbe81225e12d64cdd55a3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['update_29', ['update', ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a6bc44212f005dbc7a03acf9a76b1074d', 1, 'gmx::IRestraintPotential::update()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afcb4065ad13efba2d3aa9b5225125e6f', 1, 'gmx::Update::Update()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Update.xhtml', 1, 'gmx::Update'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Update.xhtml', 1, 'gmx::Update'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afcb4065ad13efba2d3aa9b5225125e6f', 1, 'gmx::Update::Update()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_2eh_30', ['update_constrain_gpu.h', ['../update__constrain__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['update_5fcoords_31', ['update_coords', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#a07bb5e84363cbcb95a10bc97647526e9', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ ['update_5fdisres_5fhistory_32', ['update_disres_history', ['../disre_8h.xhtml#a80a6326aadca6d0b6f6f4753e63648e7', 1, 'disre.cpp']]], │ │ │ │ │ ['update_5ffor_5fconstraint_5fvirial_33', ['update_for_constraint_virial', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#acbd679269aa6945d6922c029770e8a84', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ ['update_5fsd_5fsecond_5fhalf_34', ['update_sd_second_half', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#ab0206e61c30553bd8aa268891c466509', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ ['update_5ftemperature_5fconstants_35', ['update_temperature_constants', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afa5d8919006df7093a2224fbc2f9fd4c', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ @@ -65,16 +65,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UpdateGroups.xhtml', 1, 'gmx::UpdateGroups'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['updategroups_2eh_48', ['updategroups.h', ['../updategroups_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['updategroupscog_49', ['updategroupscog', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#af4073554edea0cc98542003e47f7dccd', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog::UpdateGroupsCog()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['updategroupscog_2eh_50', ['updategroupscog.h', ['../updategroupscog_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['updatehistory_51', ['updatehistory', ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#ad138cec7cc1fefd7c1787d5f94279494', 1, 'gmx::Awh::updateHistory()'], │ │ │ │ │ - ['../structt__oriresdata.xhtml#a7806904b5f7dcb25d5dec4555be7b5ac', 1, 't_oriresdata::updateHistory()'] │ │ │ │ │ + ['updatehistory_51', ['updatehistory', ['../structt__oriresdata.xhtml#a7806904b5f7dcb25d5dec4555be7b5ac', 1, 't_oriresdata::updateHistory()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#ad138cec7cc1fefd7c1787d5f94279494', 1, 'gmx::Awh::updateHistory()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['updatepositions_52', ['updatePositions', ['../namespacegmx.xhtml#a5d079b5d5fedb7c55a119e1342cb7fd8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['updateprevsteppullcom_53', ['updatePrevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#a95ef443e2830253d2aef461a2f811c4e', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['updatevelocities_54', ['updateVelocities', ['../namespacegmx.xhtml#a2b97181f1d88633664f339242db99d74', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['updatewithdatapoint_55', ['updateWithDataPoint', ['../classgmx_1_1ExponentialMovingAverage.xhtml#a5293fc09bb63cc379eed9ca1fa20c760', 1, 'gmx::ExponentialMovingAverage']]], │ │ │ │ │ ['uppercorner_56', ['upperCorner', ['../structgmx_1_1GridDimensions.xhtml#acd92331d1b9d316fe200653256a9c88c', 1, 'gmx::GridDimensions']]], │ │ │ │ │ ['upstring_57', ['upstring', ['../cstringutil_8h.xhtml#a74173c7afe5600452edf4956ae58bbe8', 1, 'cstringutil.cpp']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_17.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -2,29 +2,29 @@ │ │ │ │ │ ['u_0', ['u', ['../structt__pargs.xhtml#a9896c617087886506822e9a67795e651', 1, 't_pargs']]], │ │ │ │ │ ['uint8_1', ['uInt8', ['../namespacegmx.xhtml#a4355a7e0f393d42cbb5b2a47aefea966ab0cffa75aa037e628ccfdf46bcc086ac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['uniformintdistribution_2', ['uniformintdistribution', ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a09808fada94acf89dc12c30310afaeda', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::UniformIntDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a790697adc208c8ecf2e9164ea00cf24b', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::UniformIntDistribution(result_type a=0, result_type b=std::numeric_limits< result_type >::max())'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformIntDistribution< IntType >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['uniformintdistribution_2eh_3', ['uniformintdistribution.h', ['../uniformintdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['uniformrealdistribution_4', ['uniformrealdistribution', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8a58a25b5bc17882dfc3671530d1aad3', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf980964b1ce2f1fade69a0578b25e33', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution(result_type a=0.0, result_type b=1.0)'] │ │ │ │ │ + ['uniformrealdistribution_4', ['uniformrealdistribution', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8a58a25b5bc17882dfc3671530d1aad3', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf980964b1ce2f1fade69a0578b25e33', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_2eh_5', ['uniformrealdistribution.h', ['../uniformrealdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_3c_20real_20_3e_6', ['UniformRealDistribution< real >', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_7', ['unique_cptr', ['../namespacegmx.xhtml#a89d1da25b1e1f9331f1fe99b15072eac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_2eh_8', ['unique_cptr.h', ['../unique__cptr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unitcelliscompact_9', ['UnitCellIsCompact', ['../namespacegmx.xhtml#ae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ad4d785ddf0c77e7b697efd2b5ec376e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcellisrectangular_10', ['UnitCellIsRectangular', ['../namespacegmx.xhtml#ae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a8e7bda81ce54b8cf90c3b856c83e7d9f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcellistriclinic_11', ['UnitCellIsTriclinic', ['../namespacegmx.xhtml#ae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a99285c8187fb87e756f127435045dc3f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltype_12', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltypenames_13', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['unitvector_14', ['unitvector', ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'] │ │ │ │ │ + ['unitvector_14', ['unitvector', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector(const VectorType &v)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unity_15', ['Unity', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099fa82dd98f1d663acc318e6a8ec4ab69b7a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unknown_16', ['Unknown', ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unpackrecvbufkernel_17', ['unpackRecvBufKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a704128fa72f8ce7dcf08d0063a166036', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedarrayref_18', ['unpaddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ad5b878ca7749f5b8f52e006269fbfc2f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedconstarrayref_19', ['unpaddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a2c3f73497c6bc71264ae1af84b6522ae', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unset_20', ['Unset', ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cac9f88e098f6fe4e4e112eeb05ccb9671', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/index.xml.gz │ │ │ │ ├── index.xml │ │ │ │ │ ├── index.xml │ │ │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ │ │ @@ -76343,53 +76343,53 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ datastorage.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ framelocaldata.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - average.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - average.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ displacement.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ frameaverager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ frameaverager.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - histogram.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - histogram.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lifetime.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lifetime.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ plot.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ paralleloptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + average.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + average.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ datatest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ datatest.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + histogram.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + histogram.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lifetime.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lifetime.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mock_datamodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mock_datamodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76418,29 +76418,17 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasparams.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasparams.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - biassharing.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - biassharing.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biassharing.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - biasstate.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - biasstate.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasstate.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biaswriter.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76496,14 +76484,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh_setup.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bias_fep_lambda_state.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + biassharing.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + biassharing.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + biasstate.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + biasstate.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ friction_metric.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarproxy_gromacs_version.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ COLVARPROXY_VERSION │ │ │ │ │ │ @@ -76511,32 +76511,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarproxygromacs.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarproxygromacs.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + colvarsforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + colvarsforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarsforceprovider.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarsMDModule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarsMDModule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarsMDModule_stub.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarsoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarspreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76550,19 +76550,19 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarssimulationsparameters.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvars.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - colvarsforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - colvarsforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfitting.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfitting.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76574,29 +76574,17 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingamplitudelookup.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingamplitudelookup.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingforceprovider.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingoptions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingoptions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingoutputprovider.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76604,14 +76592,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingparameters.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingparameters.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ electricfield.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ electricfield.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76622,47 +76622,47 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpot.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpot.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nnpotforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nnpotforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpotforceprovider.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpotforceprovider_stub.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpotmodel.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nnpotoptions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nnpotoptions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpotoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpottopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpottopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpottopologypreprocessor.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nnpotforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nnpotforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nnpotoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nnpotoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ torchmodel.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ torchmodel.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76763,20 +76763,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmforceprovider.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmforceprovider_stub.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - qmmminputgenerator.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - qmmminputgenerator.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmminputgenerator.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmoptions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76793,26 +76787,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmtopologypreprocessor.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmtypes.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + qmmminputgenerator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + qmmminputgenerator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpcontext.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpcontext.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinehelpmodule.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinehelpmodule.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpmodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76835,46 +76829,34 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinemodulemanager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinemodulemanager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanager.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanager_impl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineoptionsmodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineoptionsmodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlineparser.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlineparser.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlineprogramcontext.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlineparser.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlineprogramcontext.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - EXECUTABLE_EXTENSION │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - TEST_SYMLINKS │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlineparser.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineprogramcontext.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filenm.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -77135,25 +77117,43 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ shellcompletions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ shellcompletions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinehelpmodule.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinehelpmodule.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinemodulemanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinemodulemanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanagertest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanagertest.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlineparser.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlineprogramcontext.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlineparser.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlineprogramcontext.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + EXECUTABLE_EXTENSION │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + TEST_SYMLINKS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ viewit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ canViewFileType │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -77288,38 +77288,38 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setvelocities.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setvelocities.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - requirements.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - requirements.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - requirements.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - requirements.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ builder.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ coordinate_test.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ frameconverter.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ outputadapters.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + requirements.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + requirements.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + requirements.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + requirements.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setbothtime.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testmodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -79097,14 +79097,50 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ check_screw_box │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dd_resize_atominfo_and_state │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utility.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + isDlbOn │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + isDlbDisabled │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dim2char │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + make_tric_corr_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_screw_box │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ddGetAtomInfo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dd_load_count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dd_resize_atominfo_and_state │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + atomToAtomIntoDomainToDomainCutoff │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + domainToDomainIntoAtomToDomainCutoff │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utility.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ analysismodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ analysismodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -79373,101 +79409,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ long_range_correction.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ewald_LRcorrection │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmxCacheLineSize │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_gpu_supports_build │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_gpu_supports_input │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_gpu_mixed_mode_supports_input │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_gpu_check_restrictions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_run_mode │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_get_pinning_policy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setup_coordinate_communication │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mult_up │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - estimate_pme_load_imbalance │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_overlap_comm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - minimalPmeGridSize │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - numGridLinesForExtendedHaloRegion │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getGridSpacingFromBox │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_check_restrictions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - initGrids │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_init │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_reinit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_calc_energy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_initial_lb_coeffs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_next_lb_coeffs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_do │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - parallel_3dfft_destroy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_reinit_atoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_grid_matches │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pme.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SUM_GRID_FORWARD │ │ │ │ │ │ @@ -81047,14 +80996,101 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pmeSplineAndSpreadKernel │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pme_spread_sycl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmxCacheLineSize │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_gpu_supports_build │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_gpu_supports_input │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_gpu_mixed_mode_supports_input │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_gpu_check_restrictions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_run_mode │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_get_pinning_policy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setup_coordinate_communication │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mult_up │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + estimate_pme_load_imbalance │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_overlap_comm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + minimalPmeGridSize │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + numGridLinesForExtendedHaloRegion │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getGridSpacingFromBox │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_check_restrictions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + initGrids │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_init │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_reinit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_calc_energy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_initial_lb_coeffs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_next_lb_coeffs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_do │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + parallel_3dfft_destroy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_reinit_atoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_grid_matches │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pmebsplinetest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pmegathertest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -81089,41 +81125,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcgrid.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcFftGrid │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fft.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_many_fft_t │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_init_many_1d │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_init_many_1d_real │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_many_1d │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_many_1d_real │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_many_fft_destroy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_transpose_2d │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fft.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fft.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_fft_direction │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_FFT_FORWARD │ │ │ │ │ │ @@ -81557,14 +81566,41 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rocfft_common_utils.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rocfft_common_utils.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fft.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_many_fft_t │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_init_many_1d │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_init_many_1d_real │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_many_1d │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_many_1d_real │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_many_fft_destroy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_transpose_2d │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fft.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fft_mpi.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ checkpoint.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE_ENV │ │ │ │ │ │ @@ -82763,122 +82799,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ xdr_xtc_get_last_frame_time │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ xdr_xtc_get_last_frame_number │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matio.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NMAP │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mapper │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - done_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - searchcmap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getcmap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readcmap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - printcmap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - writecmap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fgetline │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - skipstr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - line2string │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - findLabelInLine │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_xpm_entry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_xpm_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix2real │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_header │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_nmid │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_map3 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_simple_cmap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_discrete_cmap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_map_split │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_map │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - writeXpmAxis │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_data │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_data3 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_data_split │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_m │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm3 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm3 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_split │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_split │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matio.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ matio.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ MAT_SPATIAL_X │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ MAT_SPATIAL_Y │ │ │ │ │ │ @@ -83198,29 +83126,17 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_md5_append │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_md5_finish │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcdensitymap.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcdensitymapheader.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -83390,89 +83306,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_conect_generate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_fprintf_pdb_atomline │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readinp.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_inpfile │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - flatKeyValueTreeFromInpFile │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sort_inp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_inpfile │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - replace_inp_entry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - search_einp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mark_einp_set │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_einp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint64 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint64 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_ereal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_ereal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_estr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_estr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eeenum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eeenum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eenum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - printStringNewline │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - printStringNoNewline │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setStringEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setStringEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readinp.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ readinp.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ WriteMdpHeader │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ no │ │ │ │ │ │ @@ -83555,16 +83396,208 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fileioxdrserializer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filemd5.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - xvgio.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matio.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NMAP │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mapper │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + done_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + searchcmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getcmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readcmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + printcmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + writecmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fgetline │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + skipstr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + line2string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + findLabelInLine │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_xpm_entry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_xpm_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix2real │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_header │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_nmid │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_map3 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_simple_cmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_discrete_cmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_map_split │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_map │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + writeXpmAxis │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_data │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_data3 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_data_split │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_m │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm3 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm3 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_split │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_split │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matio.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readinp.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_inpfile │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + flatKeyValueTreeFromInpFile │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sort_inp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_inpfile │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + replace_inp_entry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + search_einp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mark_einp_set │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_einp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint64 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint64 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_ereal │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_ereal │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_estr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_estr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eeenum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eeenum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eenum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + printStringNewline │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + printStringNoNewline │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setStringEntry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setStringEntry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readinp.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ timecontrol.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ timecontrol.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -83579,14 +83612,17 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setTimeValue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ unsetTimeValue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + xvgio.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ timecontrol.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ TimeControl │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Begin │ │ │ │ │ │ @@ -85991,80 +86027,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dump_axes │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_bundle │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_chi.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - INDEX │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NKKKPHI │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NKKKPSI │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NKKKCHI │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NJC │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NLEG │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bAllowed │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - make_chi_ind │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_dihcorr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - copy_dih_data │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump_em_all │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - reset_one │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - reset_em_all │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - histogramming │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rama_file │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_rama │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - print_transitions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - order_params │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_chi │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_chi.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_cluster.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ lo_ffprintf │ │ │ │ │ │ @@ -88655,14 +88625,80 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_scattering_factor_table │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ entropy.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_chi.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + INDEX │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NKKKPHI │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NKKKPSI │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NKKKCHI │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NJC │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NLEG │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bAllowed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + make_chi_ind │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_dihcorr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + copy_dih_data │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump_em_all │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + reset_one │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + reset_em_all │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + histogramming │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rama_file │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_rama │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + print_transitions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + order_params │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_chi │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_chi.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ thermochemistry.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eigenvalueToFrequency │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcZeroPointEnergy │ │ │ │ │ │ @@ -89726,32 +89762,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gen_ad.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gen_pad │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - low_mspeed │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - maxwell_speed │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_cm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - stop_cm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gen_maxwell_velocities.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ maxwell_speed │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ stop_cm │ │ │ │ │ │ @@ -89963,68 +89981,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genhydro.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ add_h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genion.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - groupsCloserThanCutoffWithPbc │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - solventMoleculeIndices │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - insert_ion │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - aname │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sort_ions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - update_topol │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - invertIndexGroup │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_genion │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genion.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genion.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_genion │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genrestr.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - npargs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_genrestr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genrestr.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genrestr.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_genrestr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -90470,20 +90440,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ makeexclusiondistances.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ makeExclusionDistances │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ massrepartitioning.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nm2type.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ prev │ │ │ │ │ │ @@ -91211,17 +91175,89 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filter_ter │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ choose_ter │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + low_mspeed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + maxwell_speed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_cm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + stop_cm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genion.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + groupsCloserThanCutoffWithPbc │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + solventMoleculeIndices │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + insert_ion │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + aname │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sort_ions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + update_topol │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + invertIndexGroup │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_genion │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genion.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genrestr.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + npargs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_genrestr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genrestr.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ grompp_directives.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tomorse.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ read_dissociation_energies │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nequal │ │ │ │ │ │ @@ -91937,20 +91973,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_stream_hip.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ issueClFlushInStream │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - device_stream_manager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - device_stream_manager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_stream_manager.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_stream_ocl.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ issueClFlushInStream │ │ │ │ │ │ @@ -92624,14 +92654,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_availability.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_buffer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + device_stream_manager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + device_stream_manager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ devicetransfers.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ devicetransfers.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -92804,14 +92840,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_IS_X86_32 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_IS_X86_64 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cpuinfo.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cpuinfo.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cpuinfo.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ detecthardware.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -92885,14 +92927,38 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ c_deviceStateString │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ c_canSerializeDeviceInformation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + device_management.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + findDevices │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setActiveDevice │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + releaseDevice │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getDeviceInformationString │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + isDeviceDetectionFunctional │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + doubleCheckGpuAwareMpiWillWork │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + device_management.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_management.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ warnWhenDeviceNotTargeted │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ canPerformDeviceDetection │ │ │ │ │ │ @@ -93350,44 +93416,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_support.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_support.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cpuinfo.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cpuinfo.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - device_management.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - findDevices │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setActiveDevice │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - releaseDevice │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getDeviceInformationString │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - isDeviceDetectionFunctional │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - doubleCheckGpuAwareMpiWillWork │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - device_management.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mockhardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ imd.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -93800,41 +93836,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ print_orires_log │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ orires │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pairs.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - warning_rlimit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - evaluate_single │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sixthRoot │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - free_energy_evaluate_single │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_pairs_general │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_pairs_simple │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_pairs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pairs.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pairs.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_pairs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -93884,14 +93893,41 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_factors_restrdihs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_factors_cbtdihs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pairs.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + warning_rlimit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + evaluate_single │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sixthRoot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + free_energy_evaluate_single │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_pairs_general │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_pairs_simple │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_pairs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pairs.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ 3dtransforms.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ N │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mat4_copy │ │ │ │ │ │ @@ -93971,20 +94007,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - functions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - functions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gausstransform.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gausstransform.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -94142,26 +94172,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_rvecs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ prRVecs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nrjac.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_rotate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ jacobi │ │ │ │ │ │ @@ -94172,35 +94190,53 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ jacobi │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ m_inv_gen │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - optimization.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - optimization.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ arrayrefwithpadding.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ boxmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ complex.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dofit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + functions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + functions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multidimarray.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + optimization.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + optimization.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ paddedvector.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testarrayrefs.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -94949,68 +94985,17 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ accumulatePotentialEnergies │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ accumulateKineticLambdaComponents │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energydrifttracker.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energyoutput.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - conrmsd_nm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - boxs_nm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - tricl_boxs_nm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - vol_nm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dens_nm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pvEnergyFieldName │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enthalpyEnergyFieldName │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - virialEnergyFieldNames │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - boxvel_nm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enumValueToString │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - haveFepLambdaMoves │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - print_lambda_vector │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - open_dhdl │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energyoutput.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyoutput.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dhbtDH │ │ │ │ │ │ @@ -96092,20 +96077,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_got_usr_signal │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sim_util.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simulationsignal.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eglsCHKPT │ │ │ │ │ │ @@ -96203,14 +96182,65 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GPU_CONSTRAINTS_SUPPORTED │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constrtestrunners_gpu.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energyoutput.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + conrmsd_nm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + boxs_nm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + tricl_boxs_nm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + vol_nm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dens_nm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pvEnergyFieldName │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enthalpyEnergyFieldName │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + virialEnergyFieldNames │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + boxvel_nm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enumValueToString │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + haveFepLambdaMoves │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + print_lambda_vector │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + open_dhdl │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energyoutput.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ langevin.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ langevintestdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -96263,14 +96293,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GPU_SETTLE_SUPPORTED │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settletestrunners_gpu.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + updategroups.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + updategroups.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ watersystem.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tgroup.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sum_ekin │ │ │ │ │ │ @@ -96482,20 +96524,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ integrateVVFirstStep │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ integrateVVSecondStep │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - updategroups.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - updategroups.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroups.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroupscog.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -96923,20 +96959,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh_history.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh_params.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkpointdata.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkpointdata.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ checkpointdata.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ commrec.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -97058,20 +97088,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rvec5 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ t_disresdata │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ forcebuffers.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ forceoutput.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -97517,20 +97541,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ observableshistory.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ observableshistory.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - observablesreducer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - observablesreducer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ observablesreducer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pull_params.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -97712,17 +97730,35 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ swaphistory.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ swaphistory_t │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkpointdata.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkpointdata.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enerdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + observablesreducer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + observablesreducer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ threaded_force_buffer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ threaded_force_buffer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -99104,20 +99140,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_coulomb_functions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_diagonal_masker.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simd_energy_accumulator.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simd_energy_accumulator.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_energy_accumulator.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_kernel.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -99203,14 +99233,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ kernel_test.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ kernelsetup.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simd_energy_accumulator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simd_energy_accumulator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ spc81_coords.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ spc81Box │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ spc81Coordinates │ │ │ │ │ │ @@ -99242,32 +99278,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helptopic.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helptopic.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helpwritercontext.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ihelptopic.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rstparser.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rstparser.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mock_helptopic.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mock_helptopic.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -99320,20 +99356,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ options.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ options_impl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - optionsassigner.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - optionsassigner.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ optionsassigner.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ optionsection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -99353,14 +99383,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ abstractoptionstorage.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ option.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + optionsassigner.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + optionsassigner.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ repeatingsection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ timeunitmanager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -99383,20 +99419,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ boxutilities.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_box_rel │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - com.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - com.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ boxutilities.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_box_rel │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -99818,14 +99848,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_rmpbc_trxfr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rm_gropbc │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + com.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + com.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pull.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ c_pullGroupPbcMargin │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ c_pullGroupSmallGroupThreshold │ │ │ │ │ │ @@ -101339,35 +101375,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_lexer_add_token │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - selectioncollection.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - selectioncollection.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectioncollection_impl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectionfileoption.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectionfileoptionstorage.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - selectionoption.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - selectionoption.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectionoptionbehavior.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectionoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -102461,14 +102485,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ symrec.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ symrec.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + selectioncollection.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + selectioncollection.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + selectionoption.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + selectionoption.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ toputils.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ toputils.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -102629,14 +102665,50 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scalar_math.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scalar_util.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simd_math.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simd_memory.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + vector_operations.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + base.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + base.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GMX_SIMD_ACCURACY_BITS_REAL │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bootstrap_loadstore.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + data.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scalar.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scalar_math.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scalar_util.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simd.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SIMD_HAVE_REAL │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SIMD_REAL_WIDTH │ │ │ │ │ │ @@ -102677,50 +102749,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SIMD4N_REAL_WIDTH │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simd_math.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simd_memory.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - vector_operations.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - base.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - base.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GMX_SIMD_ACCURACY_BITS_REAL │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bootstrap_loadstore.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - data.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scalar.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scalar_math.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scalar_util.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simd.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd4.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd4.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -104207,32 +104243,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pme_error.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_pme_error │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + report_methods.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + report_methods.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ report_methods.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert-tpr-fixture.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert-tpr-with-leaks.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert-tpr.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - report_methods.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - report_methods.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trjcat.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ TIME_EXPLICIT │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ TIME_CONTINUE │ │ │ │ │ │ @@ -104528,104 +104564,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ printWarning │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ printvdwWarning │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - atoms.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enumValueToString │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_atom │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - done_atom │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - done_and_delete_atoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_t_atoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_t_atoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pdbinfo_init_default │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - copy_t_atoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - t_atoms_set_resinfo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_atom │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_strings2 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_resinfo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_atoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - compareAtom │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - compareResinfo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - comparePdbinfo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - compareAtoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - atomsSetMassesBasedOnNames │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - atoms.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - SimulationParticleTestParameters │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - testParticleMassOneState │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - testParticleMassTwoState │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - testParticleChargeOneState │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - testParticleChargeTwoState │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - testParticleTypeValueOneState │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - testParticleTypeValueTwoState │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkParticleValue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkParticleMiscInfo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkParticle │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ atomsbuilder.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ block.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ init_block │ │ │ │ │ │ @@ -105164,14 +105110,104 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_symtab │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ symtab.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + atoms.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enumValueToString │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_atom │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + done_atom │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + done_and_delete_atoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_t_atoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_t_atoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pdbinfo_init_default │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + copy_t_atoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + t_atoms_set_resinfo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_atom │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_strings2 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_resinfo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_atoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + compareAtom │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + compareResinfo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + comparePdbinfo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + compareAtoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + atomsSetMassesBasedOnNames │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + atoms.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + SimulationParticleTestParameters │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + testParticleMassOneState │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + testParticleMassTwoState │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + testParticleChargeOneState │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + testParticleChargeTwoState │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + testParticleTypeValueOneState │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + testParticleTypeValueTwoState │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkParticleValue │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkParticleMiscInfo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkParticle │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mtop.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topology.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ shortName │ │ │ │ │ │ @@ -105317,170 +105353,197 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ modules.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ modules.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + angle.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convert_trj.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + distance.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dssp.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + extract_cluster.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + freevolume.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gyrate.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + hbond.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + isotope.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + isotope.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + msd.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pairdist.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rdf.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sasa.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scattering-debye-sans.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scattering-debye-sans.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scattering-debye-saxs.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scattering-debye-saxs.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scattering-debye.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scattering-debye.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scattering.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scatteringfactors.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scatteringfactors.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + select.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + surfacearea.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + FLAG_DOTS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + FLAG_VOLUME │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + FLAG_ATOM_AREA │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trajectory.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + unionfind.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + runnercommon.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + runnercommon.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ angle.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ angle.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - angle.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + clustsize.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert_trj.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert_trj.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convert_trj.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ distance.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ distance.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - distance.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dssp.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dssp.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dssp.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ extract_cluster.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ extract_cluster.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - extract_cluster.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ freevolume.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ freevolume.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - freevolume.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gyrate.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gyrate.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gyrate.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hbond.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hbond.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - hbond.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - isotope.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - isotope.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ msd.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ msd.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - msd.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pairdist.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pairdist.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pairdist.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rdf.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rdf.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rdf.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sasa.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sasa.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sasa.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scattering-debye-sans.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scattering-debye-sans.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scattering-debye-saxs.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scattering-debye-saxs.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scattering-debye.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scattering-debye.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scattering.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scattering.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scattering.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scatteringfactors.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scatteringfactors.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ select.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ select.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - select.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ surfacearea.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ UNSP_ICO_DOD │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ UNSP_ICO_ARC │ │ │ │ │ │ @@ -105518,103 +105581,34 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nsc_dclm_pbc │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ surfacearea.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - surfacearea.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - FLAG_DOTS │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - FLAG_VOLUME │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - FLAG_ATOM_AREA │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trajectory.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trajectory.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trajectory.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - unionfind.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - runnercommon.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - runnercommon.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - clustsize.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ test_selection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ main │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - unionfind.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topologyinformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topologyinformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utility.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - isDlbOn │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - isDlbDisabled │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dim2char │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - make_tric_corr_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_screw_box │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ddGetAtomInfo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dd_load_count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dd_resize_atominfo_and_state │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - atomToAtomIntoDomainToDomainCutoff │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - domainToDomainIntoAtomToDomainCutoff │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utility.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trajectory.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trajectory.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + unionfind.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ any.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ basenetwork.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -106037,74 +106031,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_abort │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ binaryinformation.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_bitmask_t │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_clear │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_set_bit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_init_bit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_init_low_bits │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_set │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_disjoint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_equal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_zero │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_union │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - to_hex_string │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - to_hex_string │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - to_hex_string │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_CLASSNAME_ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_CLASSNAME │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_TEST_P_ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_TEST_P │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ booltype.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compare.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ equal_real │ │ │ │ │ │ @@ -106541,20 +106475,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ typetraits.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ init.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ int64_to_int.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ int64_to_int │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -106574,20 +106502,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ keyvaluetreetransform.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ keyvaluetreetransform.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - logger.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - logger.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ loggerbuilder.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ message_string_collector.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -106727,20 +106649,86 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_format_current_time │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_set_nice │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ alignedallocator_impl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ arrayref.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_bitmask_t │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_clear │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_set_bit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_init_bit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_init_low_bits │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_set │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_disjoint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_equal │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_zero │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_union │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + to_hex_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + to_hex_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + to_hex_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_CLASSNAME_ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_CLASSNAME │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_TEST_P_ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_TEST_P │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bitmask128.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -106760,17 +106748,29 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enumerationhelpers.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fixedcapacityvector.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ listoflists.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + logger.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + logger.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ physicalnodecommunicator_mpi.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ range.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -108476,20 +108476,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mpi_printer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mpi_printer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mpitest.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mpitest.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ refdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ refdata_checkers.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -108530,14 +108524,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testmatchers.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testoptions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mpitest.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mpitest.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ naming.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ refdata_tests.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/todo.xml.gz │ │ │ │ ├── todo.xml │ │ │ │ │ ├── todo.xml │ │ │ │ │ │ @@ -452,15 +452,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Extend the coverage to the appending case. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ │ - findDevices │ │ │ │ │ │ + findDevices │ │ │ │ │ │ () │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ : Check if errors do propagate in OpenCL as they do in CUDA and whether there is a mechanism to "clear" them. │ │ │ │ │ │ @@ -2663,15 +2663,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Change this to class │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_init │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_init │ │ │ │ │ │ (const │ │ │ │ │ │ t_commrec │ │ │ │ │ │ *cr, const │ │ │ │ │ │ NumPmeDomains │ │ │ │ │ │ &numPmeDomains, const │ │ │ │ │ │ t_inputrec │ │ │ │ │ │ *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, │ │ │ │ │ │ @@ -3202,15 +3202,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ renaming coefficients to charges (?) │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ │ - pme_run_mode │ │ │ │ │ │ + pme_run_mode │ │ │ │ │ │ (const gmx_pme_t *pme) │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ This is a rather static data that should be managed by the higher level task scheduler. │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/manual-2025.2-Debian_2025.2_1.pdf │ │ │ │ ├── pdftotext {} - │ │ │ │ │ @@ -17659,15 +17659,15 @@ │ │ │ │ │ Lindahl, Erik Marklund, Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Sander Pronk, Alfons Sijbers, Balint Soproni, David │ │ │ │ │ van der Spoel, Peter Tieleman, Carsten Uphoff, Jon Vincent, Teemu Virolainen, Christian Wennberg, Maarten │ │ │ │ │ Wolf, Artem Zhmurov │ │ │ │ │ Project leaders: Berk Hess, Erik Lindahl │ │ │ │ │ © 1991 – 2000: │ │ │ │ │ Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, │ │ │ │ │ The Netherlands. │ │ │ │ │ -© 2001 – 2026: │ │ │ │ │ +© 2001 – 2025: │ │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University, │ │ │ │ │ Sweden. │ │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so, due to lack of time of the contributors – our first │ │ │ │ │ priority is to improve the software. It is worked on continuously, which in some cases might mean the information │ │ │ │ │ is not entirely correct. │ │ │ │ │ Comments on form and content are welcome, please send them to the user discussion forum or the developer │ │ │ │ │ discussion forum (see our webpage or this section on how to contribute (page 596)), or open an issue on our issue │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/reference-manual/preface.html │ │ │ │ @@ -4466,15 +4466,15 @@ │ │ │ │ 00011710: 7273 6974 7920 6f66 2047 726f 6e69 6e67 rsity of Groning │ │ │ │ 00011720: 656e 2e0a 4e69 6a65 6e62 6f72 6768 2034 en..Nijenborgh 4 │ │ │ │ 00011730: 2c20 3937 3437 2041 4720 4772 6f6e 696e , 9747 AG Gronin │ │ │ │ 00011740: 6765 6e2c 2054 6865 204e 6574 6865 726c gen, The Netherl │ │ │ │ 00011750: 616e 6473 2e3c 2f70 3e0a 3c2f 6469 763e ands.

.
│ │ │ │ 00011760: 3c2f 626c 6f63 6b71 756f 7465 3e0a 3c70 .

.. 2001 ... 202 │ │ │ │ -00011780: 363a 3c2f 703e 0a3c 626c 6f63 6b71 756f 6:

...

The │ │ │ │ 000117a0: 4752 4f4d 4143 5320 6465 7665 6c6f 706d GROMACS developm │ │ │ │ 000117b0: 656e 7420 7465 616d 7320 6174 2074 6865 ent teams at the │ │ │ │ 000117c0: 2052 6f79 616c 2049 6e73 7469 7475 7465 Royal Institute │ │ │ │ 000117d0: 206f 6620 5465 6368 6e6f 6c6f 6779 2061 of Technology a │ │ │ │ 000117e0: 6e64 0a55 7070 7361 6c61 2055 6e69 7665 nd.Uppsala Unive │ │ │ │ 000117f0: 7273 6974 792c 2053 7765 6465 6e2e 3c2f rsity, Sweden.