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graph</div></div> │ │ │ │ </div><!--header--> │ │ │ │ <div class="contents"> │ │ │ │ <div class="textblock"><p>The graph below shows the dependencies between the source code modules, computed from include statements in the code. For documented modules (those that do not have a gray background), clicking on the module takes you to the module documentation. Legend for the graph can be found below the graph.</p> │ │ │ │ <div class="dotgraph"> │ │ │ │ -<iframe scrolling="no" frameborder="0" src="dot_module-deps.svg" width="3448" height="1659"><p><b>This browser is not able to show SVG: try Firefox, Chrome, Safari, or Opera instead.</b></p></iframe></div> │ │ │ │ +<iframe scrolling="no" frameborder="0" src="dot_module-deps.svg" width="3778" height="1742"><p><b>This browser is not able to show SVG: try Firefox, Chrome, Safari, or Opera instead.</b></p></iframe></div> │ │ │ │ <h1><a class="anchor" id="autotoc_md49"></a> │ │ │ │ Legend</h1> │ │ │ │ <p>The graph below annotates the colors and line styles used in the module dependency graph above. More detailed textual annotation is below the graph.</p> │ │ │ │ <div class="dotgraph"> │ │ │ │ <iframe scrolling="no" frameborder="0" src="dot_inline_dotgraph_2.svg" width="440" height="407"><p><b>This browser is not able to show SVG: try Firefox, Chrome, Safari, or Opera instead.</b></p></iframe></div> │ │ │ │ <p>Node colors: </p><dl> │ │ │ │ <dt>gray background </dt> │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_10.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -593,16 +593,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classanonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOption.xhtml#a2b6b67f87de137504e35cbd292ea252a', 1, 'anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOption::MockOption()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mockoptionsmodule_372', ['MockOptionsModule', ['../classgmx_1_1test_1_1MockOptionsModule.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['mockoptionstorage_373', ['mockoptionstorage', ['../classanonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage'], │ │ │ │ │ ['../classanonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#acdaf1f476b700987278d2ecce68c7a8e', 1, 'anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::MockOptionStorage()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mode_374', ['mode', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhood.xhtml#a9410ce3c835d5282f742028ab17f4ab9', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhood::mode()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodSearch.xhtml#a78219a5c5c2431c6b18d8d07d1ab8f79', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodSearch::mode()'], │ │ │ │ │ - ['../autocorr_8cpp.xhtml#a605dbdf5c9c7c6edbb25ad8981e471d6', 1, 'MODE: autocorr.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../autocorr_8cpp.xhtml#a605dbdf5c9c7c6edbb25ad8981e471d6', 1, 'MODE: autocorr.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodSearch.xhtml#a78219a5c5c2431c6b18d8d07d1ab8f79', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodSearch::mode()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['model_375', ['model', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#a6757add18f05a16a301428ad74d482a5', 1, 'gmx::CpuInfo']]], │ │ │ │ │ ['modifiers_376', ['modifiers', ['../todo.xhtml#_todo000203', 1, 'Selection modifiers'], │ │ │ │ │ ['../page_module_selection_custom.xhtml#selmethods_modifiers', 1, 'Selection modifiers'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['modifyqmmmtopology_377', ['modifyQMMMTopology', ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a9e32b3996bdf1598c84685846c3a9bc4', 1, 'gmx::QMMMOptions']]], │ │ │ │ │ ['modular_20simulator_378', ['modular simulator', ['../group__module__modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'], │ │ │ │ │ @@ -613,20 +613,20 @@ │ │ │ │ │ ['modular_20simulator_20approach_379', ['The modular simulator approach', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md10', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modular_20simulator_20checkpointing_20design_380', ['Notes about the modular simulator checkpointing design', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md46', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modular_20simulator_20design_381', ['Modular simulator design', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md45', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modularsimulator_382', ['ModularSimulator', ['../classgmx_1_1ModularSimulator.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['modularsimulator_2ecpp_383', ['modularsimulator.cpp', ['../modularsimulator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modularsimulator_2eh_384', ['modularsimulator.h', ['../modularsimulator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modularsimulatoralgorithm_385', ['ModularSimulatorAlgorithm', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithm.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['modularsimulatoralgorithmbuilder_386', ['modularsimulatoralgorithmbuilder', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilder.xhtml', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilder'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilder.xhtml#a06b5b50d449e96e4aeaf242ce9dbf055', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilder::ModularSimulatorAlgorithmBuilder(compat::not_null< LegacySimulatorData * > legacySimulatorData, std::unique_ptr< ReadCheckpointDataHolder > checkpointDataHolder)'] │ │ │ │ │ + ['modularsimulatoralgorithmbuilder_386', ['modularsimulatoralgorithmbuilder', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilder.xhtml#a06b5b50d449e96e4aeaf242ce9dbf055', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilder::ModularSimulatorAlgorithmBuilder()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilder.xhtml', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilder'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['modularsimulatoralgorithmbuilderhelper_387', ['modularsimulatoralgorithmbuilderhelper', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilder.xhtml#ab50a12650263d7e07ffd08836dc5abbd', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilder::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml#aa3d736d85f6f1981ff07cca7358ca214', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper'] │ │ │ │ │ + ['modularsimulatoralgorithmbuilderhelper_387', ['modularsimulatoralgorithmbuilderhelper', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilder.xhtml#ab50a12650263d7e07ffd08836dc5abbd', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilder::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml#aa3d736d85f6f1981ff07cca7358ca214', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['modularsimulatorbuilderstate_388', ['ModularSimulatorBuilderState', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gad08aa3cd3fe8d55ab61c5f81c3423a23', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['modularsimulatorerror_389', ['modularsimulatorerror', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorError.xhtml', 1, 'gmx::ModularSimulatorError'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ModularSimulatorError.xhtml#a45029942150151c887264bfd5e79f4ab', 1, 'gmx::ModularSimulatorError::ModularSimulatorError()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['modularsimulatorinterfaces_2eh_390', ['modularsimulatorinterfaces.h', ['../modularsimulatorinterfaces_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['module_391', ['module', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md1', 1, 'Design of the AWH module'], │ │ │ │ │ @@ -665,21 +665,21 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['modules_20during_20setup_20and_20simulation_406', ['Callbacks to modules during setup and simulation', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md6', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modules_20for_20simulation_20functionality_407', ['Modules for simulation functionality', ['../group__group__mdrun.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modules_2ecpp_408', ['modules.cpp', ['../modules_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modules_2eh_409', ['modules.h', ['../modules_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modules_5f_410', ['modules_', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#ac010184f1903b09009d59fb48ec2931c', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl::modules_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#abc3ca7c53a4ebc8e5f737d948413342c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl::modules_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#afd03786124306a1bdfce2c71cf28951b', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::modules_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData_1_1Impl.xhtml#a6aacb7133a2ff045a1f39daebe161b0b', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::Impl::modules_'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData_1_1Impl.xhtml#a6aacb7133a2ff045a1f39daebe161b0b', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::Impl::modules_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#afd03786124306a1bdfce2c71cf28951b', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::modules_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['moduleselection_411', ['ModuleSelection', ['../classgmx_1_1test_1_1ModuleSelection.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['moduletest_412', ['ModuleTest', ['../classgmx_1_1test_1_1ModuleTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['moduletest_2ecpp_413', ['moduletest.cpp', ['../gromacs_2trajectoryanalysis_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['moduletest_2ecpp_413', ['moduletest.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../gromacs_2trajectoryanalysis_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['moduletest_2eh_414', ['moduletest.h', ['../programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../gromacs_2trajectoryanalysis_2tests_2moduletest_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['modulitype_415', ['ModuliType', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmebsplinetest_8cpp_03.xhtml#af2a4e4a45e7dcfe4f5de88beec067d80', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmebsplinetest.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['molblockindex_416', ['molblockIndex', ['../structAtomInMolblock.xhtml#a4822ac621491293f8ba51d86d0d65143', 1, 'AtomInMolblock']]], │ │ │ │ │ ['molblockindices_417', ['molblockIndices', ['../classgmx__reverse__top__t.xhtml#a615d3a71f69c9ef149da0f9eb3b415b9', 1, 'gmx_reverse_top_t']]], │ │ │ │ │ @@ -693,19 +693,19 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['moleculeindexstart_424', ['moleculeIndexStart', ['../structMoleculeBlockIndices.xhtml#a063577a901e606ad2b1834d076230979', 1, 'MoleculeBlockIndices']]], │ │ │ │ │ ['moleculeinformation_425', ['MoleculeInformation', ['../structMoleculeInformation.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['moleculepatch_426', ['MoleculePatch', ['../structMoleculePatch.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['moleculepatchdatabase_427', ['MoleculePatchDatabase', ['../structMoleculePatchDatabase.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['moleculepatchtype_428', ['MoleculePatchType', ['../hackblock_8h.xhtml#ab96ef77f5bc6d24fdd272b55f5206016', 1, 'hackblock.h']]], │ │ │ │ │ ['moleculesarewhole_429', ['MoleculesAreWhole', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9af6ea0d2701a81eb19f537c7c982b2fd8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['moleculetype_430', ['moleculetype', ['../classAtomProxy.xhtml#a82511a69b9b329f73b3ecaa77c7e5df0', 1, 'AtomProxy::moleculeType()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mshift_8cpp_03.xhtml#ae9b5b921bcb8dd2b97cc0d6a14741216', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mshift.cpp}::moleculeType()'], │ │ │ │ │ - ['../structMolecularTopologyAtomIndices.xhtml#ac033337827f14c4585e4b1ae9eb272e3', 1, 'MolecularTopologyAtomIndices::moleculeType'], │ │ │ │ │ + ['moleculetype_430', ['moleculetype', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mshift_8cpp_03.xhtml#ae9b5b921bcb8dd2b97cc0d6a14741216', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mshift.cpp}::moleculeType()'], │ │ │ │ │ + ['../structMoleculeType.xhtml', 1, 'MoleculeType'], │ │ │ │ │ ['../structAtomInMolblock.xhtml#adbd0c382ef27b472f0ad350a0142c809', 1, 'AtomInMolblock::moleculeType'], │ │ │ │ │ - ['../structMoleculeType.xhtml', 1, 'MoleculeType'] │ │ │ │ │ + ['../structMolecularTopologyAtomIndices.xhtml#ac033337827f14c4585e4b1ae9eb272e3', 1, 'MolecularTopologyAtomIndices::moleculeType'], │ │ │ │ │ + ['../classAtomProxy.xhtml#a82511a69b9b329f73b3ecaa77c7e5df0', 1, 'AtomProxy::moleculeType()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['molname_431', ['molname', ['../structswap__group.xhtml#a1133a26ad7fa6ffc6614b1a50127f47d', 1, 'swap_group']]], │ │ │ │ │ ['mols_432', ['mols', ['../structMoleculeInformation.xhtml#a945c507ad8f991d11901cb3fcce96487', 1, 'MoleculeInformation::mols'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#ab3aac1e190ed353a1e717fa5fa60b61a', 1, 'gmx::ImdSession::Impl::mols'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['moltypehasvsite_433', ['moltypeHasVsite', ['../computemultibodycutoffs_8cpp.xhtml#a7759c5f444a2540620bd7aed6b99577a', 1, 'computemultibodycutoffs.cpp']]], │ │ │ │ │ ['momentum_434', ['momentum', ['../structSystemMomentum.xhtml#a12a78f8e5157ad1e319366a2e4bebc1c', 1, 'SystemMomentum']]], │ │ │ │ │ @@ -739,26 +739,26 @@ │ │ │ │ │ ['mrcdatamode_460', ['MrcDataMode', ['../namespacegmx.xhtml#a4355a7e0f393d42cbb5b2a47aefea966', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mrcdatastatistics_461', ['MrcDataStatistics', ['../structgmx_1_1MrcDataStatistics.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymap_2ecpp_462', ['mrcdensitymap.cpp', ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymap_2eh_463', ['mrcdensitymap.h', ['../mrcdensitymap_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_464', ['MrcDensityMapHeader', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['mrcdensitymapheader_2ecpp_465', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mrcdensitymapheader_2ecpp_465', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2eh_466', ['mrcdensitymapheader.h', ['../mrcdensitymapheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['mrcdensitymapoffloatfromfilereader_467', ['mrcdensitymapoffloatfromfilereader', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatFromFileReader.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatFromFileReader.xhtml#a5e4d0693919c91334eed2bd9942470bc', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader()'] │ │ │ │ │ + ['mrcdensitymapoffloatfromfilereader_467', ['mrcdensitymapoffloatfromfilereader', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatFromFileReader.xhtml#a5e4d0693919c91334eed2bd9942470bc', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatFromFileReader.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapoffloatreader_468', ['mrcdensitymapoffloatreader', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatReader.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatReader'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatReader.xhtml#aa968d4e30f192514e635552e9492aad8', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatReader::MrcDensityMapOfFloatReader()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['mrcdensitymapoffloatwriter_469', ['mrcdensitymapoffloatwriter', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml#aaed6893c7ae8d1df0d7950d0d22e2d03', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter::MrcDensityMapOfFloatWriter()'] │ │ │ │ │ + ['mrcdensitymapoffloatwriter_469', ['mrcdensitymapoffloatwriter', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml#aaed6893c7ae8d1df0d7950d0d22e2d03', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter::MrcDensityMapOfFloatWriter()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensityskewdata_470', ['MrcDensitySkewData', ['../structgmx_1_1MrcDensitySkewData.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mrcheaderissane_471', ['mrcHeaderIsSane', ['../namespacegmx.xhtml#ae0952e5f8ebf3384064550e3a74596f2', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mrcserializer_2ecpp_472', ['mrcserializer.cpp', ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcserializer_2eh_473', ['mrcserializer.h', ['../mrcserializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -785,18 +785,18 @@ │ │ │ │ │ ['mstack_490', ['mstack', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a3e71cb042172f69ab46c052232e40366', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ │ ['mstack_5falloc_491', ['mstack_alloc', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#afaa0845d2a641ae5ef0cce5fb34cd8a2', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ │ ['msvc_5fdiagnostic_5fignore_492', ['MSVC_DIAGNOSTIC_IGNORE', ['../basedefinitions_8h.xhtml#a0ac83d4551a14d1115820c29f3d89927', 1, 'basedefinitions.h']]], │ │ │ │ │ ['msvc_5fdiagnostic_5freset_493', ['MSVC_DIAGNOSTIC_RESET', ['../basedefinitions_8h.xhtml#a145484e76dec4f77f77e8b18abf3ab8b', 1, 'basedefinitions.h']]], │ │ │ │ │ ['mtl_5fm_5fb0_494', ['MTL_M_B0', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a1d45010b00124bcaf2b2aa713aa0fc0f', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]], │ │ │ │ │ ['mtop_495', ['mtop', ['../classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml#abe8dc6e15ced23c2bd5eb9390b29907a', 1, 'gmx::TopologyInformation']]], │ │ │ │ │ ['mtop_2ecpp_496', ['mtop.cpp', ['../mtop_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['mtop_5f_497', ['mtop_', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02updategroups_8cpp_03_1_1UpdateGroupsTest.xhtml#a7816bf2a85619478161c364562cc33f9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{updategroups.cpp}::UpdateGroupsTest::mtop_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#adc735bbbf174573a484ab34b8392557a', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::mtop_'], │ │ │ │ │ + ['mtop_5f_497', ['mtop_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#ac8535c69809cd055ef847154b806682e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::mtop_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02updategroups_8cpp_03_1_1UpdateGroupsTest.xhtml#a7816bf2a85619478161c364562cc33f9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{updategroups.cpp}::UpdateGroupsTest::mtop_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker_1_1Impl.xhtml#a9c474892cda88236cdef5067f1ddf8fa', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker::Impl::mtop_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#ac8535c69809cd055ef847154b806682e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::mtop_'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#adc735bbbf174573a484ab34b8392557a', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::mtop_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mtop_5fatomloops_2eh_498', ['mtop_atomloops.h', ['../mtop__atomloops_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mtop_5flookup_2eh_499', ['mtop_lookup.h', ['../mtop__lookup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mtopgetatomandresiduename_500', ['mtopGetAtomAndResidueName', ['../mtop__lookup_8h.xhtml#a3533325902ca05f25d4785139777d69d', 1, 'mtop_lookup.h']]], │ │ │ │ │ ['mtopgetatommass_501', ['mtopGetAtomMass', ['../mtop__lookup_8h.xhtml#a05ac0149aea362a57813b5e9d7147ddb', 1, 'mtop_lookup.h']]], │ │ │ │ │ ['mtopgetatomparameters_502', ['mtopGetAtomParameters', ['../mtop__lookup_8h.xhtml#a84281850316dbd91bd51ee18aa65a68d', 1, 'mtop_lookup.h']]], │ │ │ │ │ ['mtopgetatompdbinfo_503', ['mtopGetAtomPdbInfo', ['../mtop__lookup_8h.xhtml#aba1a5650234b8dab07cb3fa03d19f0ef', 1, 'mtop_lookup.h']]], │ │ │ │ │ @@ -807,49 +807,49 @@ │ │ │ │ │ ['mtsfactor_508', ['mtsFactor', ['../structPairlistParams.xhtml#a3cc957748b147cdfcd7aca38504cc2d5', 1, 'PairlistParams']]], │ │ │ │ │ ['mtsforcegroupnames_509', ['mtsForceGroupNames', ['../namespacegmx.xhtml#a7c2597e3273f2b54d4a4e8ff7a3aec7c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mtsforcegroups_510', ['MtsForceGroups', ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mtsintervaltestparams_511', ['MtsIntervalTestParams', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ab042bd96fe9bf96519ce8988fde8ad02', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['mtslevel_512', ['MtsLevel', ['../structgmx_1_1MtsLevel.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mttk_2ecpp_513', ['mttk.cpp', ['../mttk_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mttk_2eh_514', ['mttk.h', ['../mttk_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['mttkboxscaling_515', ['mttkboxscaling', ['../classgmx_1_1MttkBoxScaling.xhtml', 1, 'gmx::MttkBoxScaling'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkBoxScaling.xhtml#a1356dc4e740f2cd9f6c7ad4e56ea2192', 1, 'gmx::MttkBoxScaling::MttkBoxScaling()'] │ │ │ │ │ + ['mttkboxscaling_515', ['mttkboxscaling', ['../classgmx_1_1MttkBoxScaling.xhtml#a1356dc4e740f2cd9f6c7ad4e56ea2192', 1, 'gmx::MttkBoxScaling::MttkBoxScaling()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkBoxScaling.xhtml', 1, 'gmx::MttkBoxScaling'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mttkdata_516', ['mttkdata', ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml', 1, 'gmx::MttkData'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a0059feb1fcb2dda549580a2f0a8970a3', 1, 'gmx::MttkData::MttkData(real ensembleTemperature, real referencePressure, real couplingTimeStep, real couplingTime, real initialVolume, real numDegreesOfFreedom, real simulationTimeStep, const tensor compressibility, const StatePropagatorData *statePropagatorData, MttkPropagatorConnection *mttkPropagatorConnection)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a76f9af7929a0f96705144fdd95807446', 1, 'gmx::MttkData::MttkData(const MttkData &other)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mttkelement_517', ['mttkelement', ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml', 1, 'gmx::MttkElement'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml#aef4ac30b72f0bb41496964247b165495', 1, 'gmx::MttkElement::MttkElement()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mttkpropagatorconnection_518', ['MttkPropagatorConnection', ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mttkpropagatorconnectiondetails_519', ['MttkPropagatorConnectionDetails', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mult_5fup_520', ['mult_up', ['../pme_8cpp.xhtml#a866e345e15a8e70ecdd4b828bffa4c00', 1, 'pme.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['multidimarray_521', ['multidimarray', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a8a2240981f443bd787f570751e5231bc', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray(IndexType... dynamicExtent)'], │ │ │ │ │ + ['multidimarray_521', ['multidimarray', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx::MultiDimArray< TContainer, Extents, LayoutPolicy >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a8a2240981f443bd787f570751e5231bc', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray(IndexType... dynamicExtent)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a7138d24ac411b284f628990eaf77e65d', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray(const TContainer &data={}) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#aea612e9c7c64c08f4820ff0d7b5f3246', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray(MultiDimArray &&o) noexcept'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#af79187a5242cc4dd12c20f1a178e2633', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray(const MultiDimArray &o)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx::MultiDimArray< TContainer, Extents, LayoutPolicy >'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#aea612e9c7c64c08f4820ff0d7b5f3246', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray(MultiDimArray &&o) noexcept'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_2ecpp_522', ['multidimarray.cpp', ['../multidimarray_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_2eh_523', ['multidimarray.h', ['../multidimarray_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20dynamic_5fcontainer_5ftype_2c_20dynamic_5fextents_5ftype_20_3e_524', ['MultiDimArray< dynamic_container_type, dynamic_extents_type >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20real_20_3e_525', ['MultiDimArray< real >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20static_5fcontainer_5ftype_2c_20static_5fextents_5ftype_20_3e_526', ['MultiDimArray< static_container_type, static_extents_type >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20std_3a_3avector_3c_20double_20_3e_2c_20gmx_3a_3aextents_20_3e_527', ['MultiDimArray< std::vector< double >, gmx::extents >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20std_3a_3avector_3c_20float_20_3e_2c_20gmx_3a_3aextents_20_3e_528', ['MultiDimArray< std::vector< float >, gmx::extents >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20std_3a_3avector_3c_20float_20_3e_2c_20gmx_3a_3aextents_3c_20dynamic_5fextent_2c_20dynamic_5fextent_20_3e_20_3e_529', ['MultiDimArray< std::vector< float >, gmx::extents< dynamic_extent, dynamic_extent > >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20t_5fmatelmt_20_3e_530', ['MultiDimArray< t_matelmt >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimarrayindextolinear_531', ['multiDimArrayIndexToLinear', ['../namespacegmx.xhtml#a7d3c14f0aeb1baca8c9c7e874f83a9ac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimgridindextolinear_532', ['multidimgridindextolinear', ['../namespacegmx.xhtml#a2fa0fea132966f5e31aec867d9bafcfd', 1, 'gmx::multiDimGridIndexToLinear()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biasgrid_8cpp_03.xhtml#aabc1672b297157277be92feaec7f5405', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biasgrid.cpp}::multiDimGridIndexToLinear()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['nonlinear_288', ['nonlinear', ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::NonLinear'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::NonLinear'] │ │ │ │ │ + ['nonlinear_288', ['nonlinear', ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::NonLinear'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::NonLinear'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonlocal_289', ['nonlocal', ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548aedf6f2af1e5ce85c8f9ff667192169d0', 1, 'gmx::NonLocal'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521aedf6f2af1e5ce85c8f9ff667192169d0', 1, 'gmx::NonLocal'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonlocal_5fdone_290', ['nonlocal_done', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a7c7aea1f8edd8460d24b4a36d07f1984', 1, 'NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['nooptionaloutput_291', ['NoOptionalOutput', ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['nopbcjumps_292', ['NoPBCJumps', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a3c9450d09d1b92477398f1a26bbb11bf', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['norder_293', ['nOrder', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a916d6e0a08223001ef38a5b74043ab38', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ - ['norm_294', ['norm', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#aad63bfd2384a9d1f876b925ee95de1dc', 1, 'gmx::BasicVector::norm()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ac4968e669f258a20e94e885b49ef2934', 1, 'gmx::norm(BasicVector< ValueType > v)'], │ │ │ │ │ + ['norm_294', ['norm', ['../namespacegmx.xhtml#ac4968e669f258a20e94e885b49ef2934', 1, 'gmx::norm()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#aad63bfd2384a9d1f876b925ee95de1dc', 1, 'gmx::BasicVector::norm()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#abfc89b990a48f86125d9437b6050be46', 1, 'gmx::norm(T *v)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['norm2_295', ['norm2', ['../namespacegmx.xhtml#a9e1713a0b402535e1f59ebd7cf4d1b5b', 1, 'gmx::norm2()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#aac10162bd5e4aeae070a245d55404164', 1, 'gmx::BasicVector::norm2()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['norm_5fand_5fscale_5fvectors_296', ['norm_and_scale_vectors', ['../autocorr_8cpp.xhtml#ae225e0667d9a6856ba697f31ecc40ade', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ │ ['normal_297', ['Normal', ['../device__stream_8h.xhtml#a745c3a25d092600ae45b68d7e73d8319a960b44c579bc2f6818d2daaf9e4c16f0', 1, 'device_stream.h']]], │ │ │ │ │ - ['normaldistribution_298', ['normaldistribution', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a473f1363f6af80b169a66c49e0806794', 1, 'UmbrellaOptions::normalDistribution'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a06215348b437434202cda73d44de8c99', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution()'], │ │ │ │ │ + ['normaldistribution_298', ['normaldistribution', ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a96caccdbb3d6390fcb152f6f6a38a2e1', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution(result_type mean=0.0, result_type stddev=1.0)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a06215348b437434202cda73d44de8c99', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml', 1, 'gmx::NormalDistribution< RealType >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a96caccdbb3d6390fcb152f6f6a38a2e1', 1, 'gmx::NormalDistribution::NormalDistribution()'] │ │ │ │ │ + ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a473f1363f6af80b169a66c49e0806794', 1, 'UmbrellaOptions::normalDistribution'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normaldistribution_2ecpp_299', ['normaldistribution.cpp', ['../normaldistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['normaldistribution_2eh_300', ['normaldistribution.h', ['../normaldistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['normalization_301', ['normalization', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga8dc818a96d0962c8bcb8f3c080d565c8', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Normalization'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440b', 1, 'gmx::Normalization'] │ │ │ │ │ + ['normalization_301', ['normalization', ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440b', 1, 'gmx::Normalization'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga8dc818a96d0962c8bcb8f3c080d565c8', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Normalization'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normalizationtype_5f_302', ['normalizationType_', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#a13a7cdfa3b51a59d927b3a6dc101bb48', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock']]], │ │ │ │ │ ['normalizationvalue_5f_303', ['normalizationValue_', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#ad7c3727d885b1c8276f38bcb8d770dd4', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock']]], │ │ │ │ │ ['normalize_5facf_304', ['normalize_acf', ['../autocorr_8cpp.xhtml#a415d5aa1ec90e0366c9754df28f3e180', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ │ ['normalizeblock_305', ['normalizeBlock', ['../namespacegmx.xhtml#a70bac9d01a06d35dc45d86a6bdba4f06', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['normalizedensities_5f_306', ['normalizeDensities_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a108b0f7f69ade1010f60a941430e1434', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ │ ['normalizefreeenergyandpmfsum_307', ['normalizefreeenergyandpmfsum', ['../namespacegmx.xhtml#ac1a9213632dd1a11d0ad5eb64eb211cc', 1, 'gmx::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a9734176eb05174d67c84c4f6c1d44a6d', 1, 'gmx::PointState::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normalizeprobability_308', ['normalizeProbability', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#abc1ff464523654b5de9dd88ee7c036b4', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['normalizereferencedensity_309', ['normalizeReferenceDensity', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#aba089e24c17d4a809955ccb7fbcadd74', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup']]], │ │ │ │ │ ['normalizesumpositivevaluestounity_310', ['normalizeSumPositiveValuesToUnity', ['../namespacegmx.xhtml#a327f10cbb6dad34a7a108b93d3f5d4e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['normalizevalue_311', ['normalizevalue', ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#a714ef64c0797beedd1ffe8193b7b35a8', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::normalizeValue()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a7b800b3a96308ce591b6ae34cf5817b6', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValue()'] │ │ │ │ │ + ['normalizevalue_311', ['normalizevalue', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a7b800b3a96308ce591b6ae34cf5817b6', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValue()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#a714ef64c0797beedd1ffe8193b7b35a8', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::normalizeValue()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['normalizevalues_312', ['normalizevalues', ['../classanonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a41d05ec823b0c59328fe0272416509cf', 1, 'anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#afa99b6a8d6f5e06151d7f3b0f8817cfa', 1, 'gmx::OptionInfo::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a238bb8bb4773156da77fc2828453773e', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ + ['normalizevalues_312', ['normalizevalues', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#afa99b6a8d6f5e06151d7f3b0f8817cfa', 1, 'gmx::OptionInfo::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#acfb88582bb18c5a1876b8299e3097bc3', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml#a3ae5bffb43f83750b8784665cafed6c2', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a24fb31501a4f2bcc6b4f8f4308b9737c', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValues()'] │ │ │ │ │ + ['../classanonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a41d05ec823b0c59328fe0272416509cf', 1, 'anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a24fb31501a4f2bcc6b4f8f4308b9737c', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValues()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a238bb8bb4773156da77fc2828453773e', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::normalizeValues()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normalmodes_2ecpp_313', ['normalmodes.cpp', ['../normalmodes_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['normalmodestest_314', ['NormalModesTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02normalmodes_8cpp_03_1_1NormalModesTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{normalmodes.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['nosehoover_5fvxi_315', ['nosehoover_vxi', ['../classt__state.xhtml#a349969aa77c689a1aa3d2a3f903ad2b3', 1, 't_state::nosehoover_vxi'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a6af6f95f1d4a30e290f6b724f0a313af', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nosehoover_vxi'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nosehoover_5fxi_316', ['nosehoover_xi', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a611790ef9fc3907feed3c81b1c29b1db', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nosehoover_xi'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_12.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -7,16 +7,16 @@ │ │ │ │ │ ['observableshistory_5fp_5', ['observablesHistory_p', ['../structgmx_1_1SimulatorStateData.xhtml#abb32159644e59e584ee3fb040f7c3f7c', 1, 'gmx::SimulatorStateData']]], │ │ │ │ │ ['observablesreducer_6', ['observablesreducer', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1ObservablesReducerIntegrationTest_1_1RankData.xhtml#ac31dd7d96b13afe86a272f2bb3f364ed', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::ObservablesReducerIntegrationTest::RankData::observablesReducer'], │ │ │ │ │ ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#aa056e4b8442549d4385116a2cd504854', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator::observablesReducer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ObservablesReducer.xhtml#ad4573de5d1f9236c267e238f6d0670f3', 1, 'gmx::ObservablesReducer::ObservablesReducer()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ObservablesReducer.xhtml', 1, 'gmx::ObservablesReducer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ObservablesReducer.xhtml#a5da6d3ce3cfa1091b54b98af15dbb5ed', 1, 'gmx::ObservablesReducer::ObservablesReducer()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['observablesreducer_2ecpp_7', ['observablesreducer.cpp', ['../observablesreducer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2observablesreducer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['observablesreducer_2ecpp_7', ['observablesreducer.cpp', ['../tests_2observablesreducer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../observablesreducer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['observablesreducer_2eh_8', ['observablesreducer.h', ['../observablesreducer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['observablesreducerbuilder_9', ['observablesreducerbuilder', ['../classgmx_1_1ObservablesReducerBuilder.xhtml', 1, 'gmx::ObservablesReducerBuilder'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ObservablesReducerBuilder.xhtml#ac66fb4f685b08317f852515b66a2c3a0', 1, 'gmx::ObservablesReducerBuilder::ObservablesReducerBuilder(ObservablesReducerBuilder &&other) noexcept'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ObservablesReducerBuilder.xhtml#aa9a26264eb531238952e9467589c9c7f', 1, 'gmx::ObservablesReducerBuilder::ObservablesReducerBuilder()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ObservablesReducer.xhtml#a0fdbd8496187affcbcb8f6adec07ca6e', 1, 'gmx::ObservablesReducer::ObservablesReducerBuilder'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -63,16 +63,16 @@ │ │ │ │ │ ['of_20packed_20j_20clusters_20of_20warps_38', ['of packed j clusters * # of warps', ['../structNbnxm_1_1gpu__plist.xhtml#autotoc_md108', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['of_20particles_39', ['Interactions between lists of particles', ['../group__module__listed__forces.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['of_20the_20awh_20module_40', ['Design of the AWH module', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md1', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['of_20the_20gromacs_20simd_20module_41', ['Design of the GROMACS SIMD module', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['of_20writing_20new_20coordinate_20files_42', ['Handling of writing new coordinate files', ['../group__module__coordinateio.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['off_43', ['Off', ['../namespacegmx.xhtml#adadf1e691df16814192e634d58c70b5ead15305d7a4e34e02489c74a5ef542f36', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['offset_44', ['offset', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga725d42d8579eacfbccb9bb358249201d', 1, 'gmx::Offset::Offset()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1Offset.xhtml', 1, 'gmx::Offset'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#ab573621901f685d31c720d3a2786f8e8', 1, 'gmx::accessor_basic::offset(pointer p, ptrdiff_t i) const noexcept'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#ab573621901f685d31c720d3a2786f8e8', 1, 'gmx::accessor_basic::offset()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1Offset.xhtml', 1, 'gmx::Offset'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['offset_5fpolicy_45', ['offset_policy', ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#a62fbe87c35deee4170f07a4673e009a2', 1, 'gmx::accessor_basic']]], │ │ │ │ │ ['old_5ff_5find_46', ['old_f_ind', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#aa0f6f922cb7460037606d4caa1bb0aa0', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['old_5fforces_47', ['old_forces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#aca2bee71e3338893fafab79154a7d554', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['old_5fnforces_48', ['old_nforces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a37d85e5efa25caac606bf237a4ad2caf', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['older_20approaches_49', ['Other (older) approaches', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md44', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['oldval_50', ['oldval', ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule_1_1Impl.xhtml#a2889f98625e7b90aaf20a8fe1bfc382d', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl']]], │ │ │ │ │ @@ -87,16 +87,16 @@ │ │ │ │ │ ['onlyatoms_59', ['onlyAtoms', ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml#a4846f760b91af13c9d9a2814e4ce1d55', 1, 'gmx::SelectionOption']]], │ │ │ │ │ ['onlysortedatoms_60', ['onlySortedAtoms', ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml#a5e1ee5dcb5e9003de983cc4a1044f000', 1, 'gmx::SelectionOption']]], │ │ │ │ │ ['onlystatic_61', ['onlyStatic', ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml#a480cd0c77caa5e76be09d5ca395d534a', 1, 'gmx::SelectionOption']]], │ │ │ │ │ ['onstep_62', ['OnStep', ['../namespacegmx.xhtml#adadf1e691df16814192e634d58c70b5ea66c375976a2f0a8ea1b7002a79b6ef8b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['onstepandnext_63', ['OnStepAndNext', ['../namespacegmx.xhtml#adadf1e691df16814192e634d58c70b5ea2b81bec778c7d3f443b1b7afadb3348b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['ontestend_64', ['onTestEnd', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a00dd48380162ea142ce4d55108cb22b5', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl']]], │ │ │ │ │ ['ooplace_65', ['ooplace', ['../structgmx__fft__mkl.xhtml#a6063ea9aabe67817e0b64783a944cd44', 1, 'gmx_fft_mkl']]], │ │ │ │ │ - ['open_5fdhdl_66', ['open_dhdl', ['../energyoutput_8h.xhtml#ac18143d613e81608c3d21acefd4cd8f0', 1, 'open_dhdl(const char *filename, const t_inputrec *ir, const gmx_output_env_t *oenv): energyoutput.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../energyoutput_8cpp.xhtml#ac18143d613e81608c3d21acefd4cd8f0', 1, 'open_dhdl(const char *filename, const t_inputrec *ir, const gmx_output_env_t *oenv): energyoutput.cpp'] │ │ │ │ │ + ['open_5fdhdl_66', ['open_dhdl', ['../energyoutput_8cpp.xhtml#ac18143d613e81608c3d21acefd4cd8f0', 1, 'open_dhdl(const char *filename, const t_inputrec *ir, const gmx_output_env_t *oenv): energyoutput.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../energyoutput_8h.xhtml#ac18143d613e81608c3d21acefd4cd8f0', 1, 'open_dhdl(const char *filename, const t_inputrec *ir, const gmx_output_env_t *oenv): energyoutput.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['open_5fsymtab_67', ['open_symtab', ['../symtab_8cpp.xhtml#ae00fb647f33d0a2ea330b2a3ca8e72c8', 1, 'open_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ ['../symtab_8h.xhtml#ae00fb647f33d0a2ea330b2a3ca8e72c8', 1, 'open_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['openbeforeforcecomputationcpu_68', ['openBeforeForceComputationCpu', ['../classDDBalanceRegionHandler.xhtml#ae72e0fa2568564942a80aa13c1df6bd1', 1, 'DDBalanceRegionHandler']]], │ │ │ │ │ ['openbeforeforcecomputationgpu_69', ['openBeforeForceComputationGpu', ['../classDDBalanceRegionHandler.xhtml#a5314136538ffb7bd39cc970ff054b0ca', 1, 'DDBalanceRegionHandler']]], │ │ │ │ │ ['openbiasoutputfile_70', ['openBiasOutputFile', ['../classOutputFile.xhtml#a09d9265cd5a6ce74728f9064b6057cf1', 1, 'OutputFile']]], │ │ │ │ │ @@ -535,53 +535,53 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Options.xhtml', 1, 'gmx::Options'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['options_20options_174', ['Extensible Handling of Options (options)', ['../group__module__options.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['options_2ecpp_175', ['options.cpp', ['../options_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['options_2eh_176', ['options.h', ['../api_2legacy_2include_2gromacs_2options_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../src_2gromacs_2domdec_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['options_5f_177', ['options_', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a9baa833f1ccfd071e838765eb5de135e', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl::options_'], │ │ │ │ │ + ['options_5f_177', ['options_', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a82e46f05bb9b7b80b013b6c614089228', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::options_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a9baa833f1ccfd071e838765eb5de135e', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl::options_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FlagTest.xhtml#af80844cb3a58c500effbefef505aab8b', 1, 'gmx::test::FlagTest::options_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a461bcb33bd4d0aed73b9a02f46963ba4', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::options_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#aa0b581c60a66865d20e59c0b7734729c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::options_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#a292a0c6cfed7148f01a99b95d8f8d7f4', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl::options_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a82e46f05bb9b7b80b013b6c614089228', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::options_'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a461bcb33bd4d0aed73b9a02f46963ba4', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::options_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#aa0b581c60a66865d20e59c0b7734729c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::options_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['options_5fimpl_2eh_178', ['options_impl.h', ['../options__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionsadapter_179', ['optionsadapter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml#a1f9a304d7b9fb1e0ecf1e1241be78a04', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter::OptionsAdapter()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsassigner_180', ['optionsassigner', ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a597cdff9412b378552b0419beb08fb2f', 1, 'gmx::Options::OptionsAssigner'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml', 1, 'gmx::OptionsAssigner'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a1ec73dc8457bd1a10e4542b0617aac2c', 1, 'gmx::OptionsAssigner::OptionsAssigner()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsassigner_2ecpp_181', ['optionsassigner.cpp', ['../tests_2optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsassigner_2eh_182', ['optionsassigner.h', ['../optionsassigner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['optionsbehaviorcollection_183', ['optionsbehaviorcollection', ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a74526a586cd629ef3cf99fea463e57f1', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::OptionsBehaviorCollection()'] │ │ │ │ │ + ['optionsbehaviorcollection_183', ['optionsbehaviorcollection', ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a74526a586cd629ef3cf99fea463e57f1', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::OptionsBehaviorCollection()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsbehaviorpointer_184', ['OptionsBehaviorPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a059233e5e29d17f821d7f56ef3faa7e4', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['optionsection_185', ['optionsection', ['../classgmx_1_1OptionSection.xhtml', 1, 'gmx::OptionSection'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionSection.xhtml#a74841a5d684ddb79e48ced3904fc87c2', 1, 'gmx::OptionSection::OptionSection()'] │ │ │ │ │ + ['optionsection_185', ['optionsection', ['../classgmx_1_1OptionSection.xhtml#a74841a5d684ddb79e48ced3904fc87c2', 1, 'gmx::OptionSection::OptionSection()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionSection.xhtml', 1, 'gmx::OptionSection'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsection_2eh_186', ['optionsection.h', ['../optionsection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionsectionhandle_187', ['optionsectionhandle', ['../classgmx_1_1OptionSectionHandle.xhtml', 1, 'gmx::OptionSectionHandle'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionSectionHandle.xhtml#a45e7721f3ce03848210e7ca441a14aac', 1, 'gmx::OptionSectionHandle::OptionSectionHandle()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['optionsectionimpl_188', ['optionsectionimpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ad732e164448081e172643b2e192e1d68', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::OptionSectionImpl()'] │ │ │ │ │ + ['optionsectionimpl_188', ['optionsectionimpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ad732e164448081e172643b2e192e1d68', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::OptionSectionImpl()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsfilter_189', ['optionsfilter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsFilter.xhtml#aacaefce8572e2ffc40493686194daf32', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter::OptionsFilter()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsFilter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsfinished_190', ['optionsfinished', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a39dbf3ae0c6cd27e41260525cdc81934', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ac18e2436bac7d70a0a973166150b3683', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#afa3457cc922f1d16c4c19cec740e0442', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ac18e2436bac7d70a0a973166150b3683', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a0e51c68861417e488fcb2a61b425887a', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#a03b3e6895e314ca7ea90359ed0a3fedd', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#gad6e3bdf7096e4c88b9ff8cf4e1ad9739', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Rdf::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a96e859a1f8ceb6bd4c430944a4f3faaa', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#ace80320e3379cc01c79e52c2a51e4e56', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1Msd.xhtml#a0b40f3faf4d88711bbabac660aa3f597', 1, 'gmx::analysismodules::Msd::optionsFinished()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -603,16 +603,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsmodifyingtypevisitor_196', ['OptionsModifyingTypeVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingTypeVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionsmodifyingtypevisitor_3c_20floatingpointoptioninfo_20_3e_197', ['OptionsModifyingTypeVisitor< FloatingPointOptionInfo >', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingTypeVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionsmodifyingvisitor_198', ['OptionsModifyingVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionsmodulesettings_5f_199', ['optionsModuleSettings_', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings_1_1Impl.xhtml#aa30802598cfbc0bfa82a65579e47651a', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::Impl']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_200', ['optionstoragetemplate', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate< T >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a141155fc18064e65d14e23f2c26f8b6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const AbstractOption &settings, StorePointer store)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a979a7a8f2176df65f7ba26e52e67da6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const OptionTemplate< T, U > &settings, OptionFlags staticFlags=OptionFlags())'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a979a7a8f2176df65f7ba26e52e67da6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const OptionTemplate< T, U > &settings, OptionFlags staticFlags=OptionFlags())'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a141155fc18064e65d14e23f2c26f8b6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const AbstractOption &settings, StorePointer store)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_2eh_201', ['optionstoragetemplate.h', ['../optionstoragetemplate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20bool_20_3e_202', ['OptionStorageTemplate< bool >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20double_20_3e_203', ['OptionStorageTemplate< double >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20float_20_3e_204', ['OptionStorageTemplate< float >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20int_20_3e_205', ['OptionStorageTemplate< int >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20int64_5ft_20_3e_206', ['OptionStorageTemplate< int64_t >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_13.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -2,42 +2,42 @@ │ │ │ │ │ ['p_0', ['p', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#af8e621e3296236f51d768438758b7cfe', 1, 'gmx_ana_poscalc_t::p'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#a5ac7ec54e9c4bd24a4e1c525eb8ab996', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::p'], │ │ │ │ │ ['../structt__methoddata__distance.xhtml#a4e60cc193bb2b70b0a199f573006cc2f', 1, 't_methoddata_distance::p'], │ │ │ │ │ ['../structpartition.xhtml#ae07c240cf01bfd862cd8233bb978e308', 1, 'partition::p'], │ │ │ │ │ ['../structt__methoddata__kweval.xhtml#a4652f5688fe92e8903f34b55572b6dd6', 1, 't_methoddata_kweval::p'], │ │ │ │ │ ['../structmethoddata__permute.xhtml#ab2ba3a38c146ec2ddf26bbade9938bdb', 1, 'methoddata_permute::p'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['p1_1', ['p1', ['../namespacegmx.xhtml#a6e4ce54343e36af1edaf514bd298959fa5f2b9323c39ee3c861a7b382d205c3d3', 1, 'gmx::P1'], │ │ │ │ │ - ['../structmethoddata__merge.xhtml#a4cfa6a26abef34e7898cb95313808995', 1, 'methoddata_merge::p1'] │ │ │ │ │ + ['p1_1', ['p1', ['../structmethoddata__merge.xhtml#a4cfa6a26abef34e7898cb95313808995', 1, 'methoddata_merge::p1'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a6e4ce54343e36af1edaf514bd298959fa5f2b9323c39ee3c861a7b382d205c3d3', 1, 'gmx::P1'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['p2_2', ['p2', ['../structmethoddata__merge.xhtml#a3b289de286d8a69f4d02910c3a246460', 1, 'methoddata_merge']]], │ │ │ │ │ ['package_3', ['Package', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Package.xhtml', 1, 'gmx::HardwareTopology']]], │ │ │ │ │ ['packageidinmachine_4', ['packageIdInMachine', ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#a4f9fa92734944301901b1dcd85093254', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['packagerankintopology_5', ['packageRankInTopology', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a1b9ad69ea5aa8aca7f5595c889df2e7c', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['packages_6', ['packages', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Machine.xhtml#a74871628a052ed8f5cb82d2d53cd7c97', 1, 'gmx::HardwareTopology::Machine']]], │ │ │ │ │ ['packed_20j_20clusters_20of_20warps_7', ['of packed j clusters * # of warps', ['../structNbnxm_1_1gpu__plist.xhtml#autotoc_md108', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['packedboundingboxes_8', ['packedBoundingBoxes', ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a353b04469531e9ab020abdd48aa0e351', 1, 'Nbnxm::Grid']]], │ │ │ │ │ ['packedjclusterlist_9', ['PackedJClusterList', ['../classPackedJClusterList.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['packhaloexternal_10', ['PackHaloExternal', ['../classPackHaloExternal.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['packhalointernal_11', ['PackHaloInternal', ['../classPackHaloInternal.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paddedarrayref_12', ['paddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#af96cdc4e2ae79fc9e3de0a7ac3291b1f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['paddedconstarrayref_13', ['paddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a3b87c53ddcde85eccd59b62fafc2fec3', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ - ['paddedhostvector_14', ['paddedhostvector', ['../state_8h.xhtml#ac8c51716c19f5f58463e856c19b39acb', 1, 'PaddedHostVector: state.h'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a5ec47a61b30ffcc249cc27ae5ea47da8', 1, 'gmx::PaddedHostVector'] │ │ │ │ │ + ['paddedhostvector_14', ['paddedhostvector', ['../namespacegmx.xhtml#a5ec47a61b30ffcc249cc27ae5ea47da8', 1, 'gmx::PaddedHostVector'], │ │ │ │ │ + ['../state_8h.xhtml#ac8c51716c19f5f58463e856c19b39acb', 1, 'PaddedHostVector: state.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['paddednumatomsincolumn_15', ['paddedNumAtomsInColumn', ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a95f443a30f4a01b8cb23197a95e51443', 1, 'Nbnxm::Grid']]], │ │ │ │ │ ['paddedsize_16', ['paddedSize', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aa3d1b552af6106d1bb61426b4605add3', 1, 'gmx::PaddedVector']]], │ │ │ │ │ - ['paddedvector_17', ['paddedvector', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ae8d292225db685d912d5be8f26d32d2d', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ │ + ['paddedvector_17', ['paddedvector', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aae517037a7e2a04806a72deffe661437', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(std::initializer_list< value_type > const &il)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ae8d292225db685d912d5be8f26d32d2d', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx::PaddedVector< T, Allocator >'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ac090f26229cc0e5ca4cf4f70d500dd9e', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, value_type const &v, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a8a5f5975b2207677f1e956060b02c1d2', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(allocator_type const &allocator)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aae517037a7e2a04806a72deffe661437', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(std::initializer_list< value_type > const &il)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a1455b09f0cb0dd2b5f6ff5b092ecea08', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector const &o)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a99f036b6e7ea821ab24604474748c8f6', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#af634e58ae15af112df64a6e9f42a5460', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o, const Allocator &alloc) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx::PaddedVector< T, Allocator >'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#af634e58ae15af112df64a6e9f42a5460', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o, const Allocator &alloc) noexcept'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_2ecpp_18', ['paddedvector.cpp', ['../paddedvector_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_2eh_19', ['paddedvector.h', ['../paddedvector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20gmx_3a_3abasicvector_20_3e_20', ['PaddedVector< gmx::BasicVector >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20real_20_3e_21', ['PaddedVector< real >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20rvec_20_3e_22', ['PaddedVector< RVec >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paddedvectortest_23', ['PaddedVectorTest', ['../classgmx_1_1test_1_1PaddedVectorTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ @@ -47,16 +47,16 @@ │ │ │ │ │ ['pagealignedallocator_27', ['PageAlignedAllocator', ['../namespacegmx.xhtml#af01c69345463ebb433d1fedfd356b74a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pagesize_28', ['pageSize', ['../namespacegmx.xhtml#a41f63c30185ee31c10a30e46b7d53f9d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pair_29', ['pair', ['../structnbnxn__excl__t.xhtml#afc916c53f9b67e8172dc309ddd33a550', 1, 'nbnxn_excl_t::pair'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81ad0bd662806a73209a1c6fbe55591fbff', 1, 'gmx::Pair'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pair_20interactions_30', ['Non-bonded pair interactions', ['../group__module__nbnxm.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paircountwithincutoff_31', ['pairCountWithinCutoff', ['../namespacegmx.xhtml#a246c6fa4555b021df975ad1b7f7697c2', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pairdist_2ecpp_32', ['pairdist.cpp', ['../modules_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pairdist_2ecpp_32', ['pairdist.cpp', ['../tests_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../modules_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairdist_2eh_33', ['pairdist.h', ['../pairdist_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairdistance_34', ['PairDistance', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistance.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pairdistancemoduledata_35', ['pairdistancemoduledata', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml#aee31955e41d398a1738d90c17b9448d7', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData::PairDistanceModuleData()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairdistancemoduletest_36', ['PairDistanceModuleTest', ['../namespaceanonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03.xhtml#a84bed762b296d3484c2acf0c86895c00', 1, 'anonymous_namespace{pairdist.cpp}']]], │ │ │ │ │ @@ -84,53 +84,53 @@ │ │ │ │ │ ['pairlistset_2ecpp_51', ['pairlistset.cpp', ['../pairlistset_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistset_2eh_52', ['pairlistset.h', ['../pairlistset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistsets_53', ['pairlistsets', ['../classPairlistSets.xhtml', 1, 'PairlistSets'], │ │ │ │ │ ['../classPairlistSets.xhtml#aff659b5683c9ee577e14d59d00d54633', 1, 'PairlistSets::PairlistSets()'], │ │ │ │ │ ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#aa57ad98496e4e60d07e2f2ef32dd483d', 1, 'nonbonded_verlet_t::pairlistSets()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistsets_2eh_54', ['pairlistsets.h', ['../pairlistsets_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairlisttype_55', ['pairlisttype', ['../structPairlistParams.xhtml#a75f3a17ab82a7f2507529b6f178a57ef', 1, 'PairlistParams::pairlistType'], │ │ │ │ │ - ['../pairlistparams_8h.xhtml#a624e06b7bd2338b346b59aba9650f6d0', 1, 'PairlistType: pairlistparams.h'] │ │ │ │ │ + ['pairlisttype_55', ['pairlisttype', ['../pairlistparams_8h.xhtml#a624e06b7bd2338b346b59aba9650f6d0', 1, 'PairlistType: pairlistparams.h'], │ │ │ │ │ + ['../structPairlistParams.xhtml#a75f3a17ab82a7f2507529b6f178a57ef', 1, 'PairlistParams::pairlistType'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistwork_2ecpp_56', ['pairlistwork.cpp', ['../pairlistwork_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistwork_2eh_57', ['pairlistwork.h', ['../pairlistwork_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairs_58', ['Pairs', ['../classListedForces.xhtml#a73e4fa54dfd332da42036d5ae893da47aa07a589a90362b3346324844a3ad87ff', 1, 'ListedForces']]], │ │ │ │ │ - ['pairs_2ecpp_59', ['pairs.cpp', ['../pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pairs_2ecpp_59', ['pairs.cpp', ['../tests_2pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairs_2eh_60', ['pairs.h', ['../pairs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairsearch_61', ['pairsearch', ['../classPairSearch.xhtml', 1, 'PairSearch'], │ │ │ │ │ - ['../classPairSearch.xhtml#a65dadfe6bac46af5c17defee9a328a28', 1, 'PairSearch::PairSearch()'] │ │ │ │ │ + ['pairsearch_61', ['pairsearch', ['../classPairSearch.xhtml#a65dadfe6bac46af5c17defee9a328a28', 1, 'PairSearch::PairSearch()'], │ │ │ │ │ + ['../classPairSearch.xhtml', 1, 'PairSearch'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairsearch_2ecpp_62', ['pairsearch.cpp', ['../pairsearch_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairsearch_2eh_63', ['pairsearch.h', ['../pairsearch_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairsearchcoordinates_64', ['pairSearchCoordinates', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#af18643a5c0d8729b32e688d45fd7f8ca', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ │ ['pairsearchwork_65', ['PairsearchWork', ['../structPairsearchWork.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paragraphbreak_66', ['paragraphBreak', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a6c24ca1470b3addda69ae236a6ea66b2', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]], │ │ │ │ │ ['parallel_5f3dfft_5fexecute_5fgpu_5fwrapper_67', ['parallel_3dfft_execute_gpu_wrapper', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a13b15b5d3a7003ff0dfdba02aadbc97e', 1, 'pme_gpu.cpp']]], │ │ │ │ │ ['parallelconsistencyerror_68', ['parallelconsistencyerror', ['../classgmx_1_1ParallelConsistencyError.xhtml#a30850fa25d3059fa861607dd0eb20bd2', 1, 'gmx::ParallelConsistencyError::ParallelConsistencyError()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ParallelConsistencyError.xhtml', 1, 'gmx::ParallelConsistencyError'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#af4720264b81a508876c8e21731585ab0', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::parallelDataStarted()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a3d06d76f51b9e41e945a997b21efd392', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::parallelDataStarted()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#ae58dd25d11bc02bd4af8b7f36df62edf', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::parallelDataStarted()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['parallelizable_20handling_20of_20output_20data_20analysisdata_70', ['Parallelizable Handling of Output Data (analysisdata)', ['../group__module__analysisdata.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelization_71', ['Parallelization', ['../page_analysisdata.xhtml#section_analysisdata_parallelization', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelization_20over_20mpi_72', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelizationfactor_73', ['parallelizationFactor', ['../classgmx_1_1AnalysisDataParallelOptions.xhtml#ad581353e29513839c7ab04f429f50b61', 1, 'gmx::AnalysisDataParallelOptions']]], │ │ │ │ │ ['paralleloptions_2eh_74', ['paralleloptions.h', ['../paralleloptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelselection_75', ['parallelSelection', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4e23dbf4cfd2554ac011664b49c1c7e0', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ │ ['parallelselections_76', ['parallelSelections', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4ffe3dec6ef34ae7e6af7a46b9fc7d0b', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ │ - 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['pme_2ecpp_245', ['pme.cpp', ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pme_2ecpp_245', ['pme.cpp', ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_2eh_246', ['pme.h', ['../pme_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcalc_5fpidx_247', ['pme_calc_pidx', ['../pme__redistribute_8cpp.xhtml#a7ecc9aef79380a045871dc5e00190695', 1, 'pme_redistribute.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcalc_5fpidx_5fwrapper_248', ['pme_calc_pidx_wrapper', ['../pme__redistribute_8cpp.xhtml#a91aacccf9c8906e7a5d4e26131820302', 1, 'pme_redistribute.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_2eh_249', ['pme_coordinate_receiver_gpu.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2ecpp_250', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.cpp', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2eh_251', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -421,82 +421,82 @@ │ │ │ │ │ ['../pme_8cpp.xhtml#ace2ad200713ffbae9c71d92d92a83d6f', 1, 'pme_get_pinning_policy(): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_2ecpp_262', ['pme_gpu.cpp', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5f3dfft_263', ['pme_gpu_3dfft', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a903364732f9d5fe033039714e4aef8dc', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_fft_direction dir, const int grid_index): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a63b83c7907c118ec820a554d4d1e9968', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu, enum gmx_fft_direction direction, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5factive_264', ['pme_gpu_active', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a06b866a69f90c5f4b92716d25944e480', 1, 'pme_gpu.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5falloc_5fenergy_5fvirial_265', ['pme_gpu_alloc_energy_virial', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6857d534c4c31a5f768838378c691464', 1, 'pme_gpu_alloc_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6857d534c4c31a5f768838378c691464', 1, 'pme_gpu_alloc_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5falloc_5fenergy_5fvirial_265', ['pme_gpu_alloc_energy_virial', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6857d534c4c31a5f768838378c691464', 1, 'pme_gpu_alloc_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6857d534c4c31a5f768838378c691464', 1, 'pme_gpu_alloc_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcalculate_5fsplines_2eh_266', ['pme_gpu_calculate_splines.h', ['../pme__gpu__calculate__splines_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcalculate_5fsplines_5fsycl_2eh_267', ['pme_gpu_calculate_splines_sycl.h', ['../pme__gpu__calculate__splines__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcheck_5frestrictions_268', ['pme_gpu_check_restrictions', ['../pme_8cpp.xhtml#a30f29ab01f4617cea28a55ee8552ee6a', 1, 'pme.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fclear_5fenergy_5fvirial_269', ['pme_gpu_clear_energy_virial', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a409d3aa62caba5140ad6fed223eb2707', 1, 'pme_gpu_clear_energy_virial(const PmeGpu *pmeGpu, bool gpuGraphWithSeparatePmeRank): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0ba3a7ad94f1ef0b322c0f86c5022e67', 1, 'pme_gpu_clear_energy_virial(const PmeGpu *pmeGpu, const bool gpuGraphWithSeparatePmeRank): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fclear_5fgrids_270', ['pme_gpu_clear_grids', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fclear_5fgrids_270', ['pme_gpu_clear_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fconstants_2eh_271', ['pme_gpu_constants.h', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5fcommon_5fdata_5ffrom_272', ['pme_gpu_copy_common_data_from', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a96a23ba273d3788baab82d8c71854663', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fforces_273', ['pme_gpu_copy_input_forces', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5db280d2fe0d5ea1ab7784b55d7b5326', 1, 'pme_gpu_copy_input_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5db280d2fe0d5ea1ab7784b55d7b5326', 1, 'pme_gpu_copy_input_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fforces_273', ['pme_gpu_copy_input_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5db280d2fe0d5ea1ab7784b55d7b5326', 1, 'pme_gpu_copy_input_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5db280d2fe0d5ea1ab7784b55d7b5326', 1, 'pme_gpu_copy_input_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fgather_5fatom_5fdata_274', ['pme_gpu_copy_input_gather_atom_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0f637186d789670a691718b6e2093dcb', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_atom_data(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a0f637186d789670a691718b6e2093dcb', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_atom_data(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fforces_276', ['pme_gpu_copy_output_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fspread_5fatom_5fdata_277', ['pme_gpu_copy_output_spread_atom_data', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a8367e50be41bc42df58802095d615091', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_atom_data(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a8367e50be41bc42df58802095d615091', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_atom_data(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fspread_5fgrid_278', ['pme_gpu_copy_output_spread_grid', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a3a2ac9f347d7bdd0bb806cdc26a570f0', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_grid, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a04419748e0f03bdc420c0a03df335ea6', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_grid, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fdestroy_279', ['pme_gpu_destroy', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7e5ef8957b2366acbb1eb097aa06d755', 1, 'pme_gpu_destroy(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7e5ef8957b2366acbb1eb097aa06d755', 1, 'pme_gpu_destroy(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fdestroy_5f3dfft_280', ['pme_gpu_destroy_3dfft', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a04c25cffa052c81d0c7b201e40da4010', 1, 'pme_gpu_destroy_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a04c25cffa052c81d0c7b201e40da4010', 1, 'pme_gpu_destroy_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffetch_5ftiming_5fevent_281', ['pme_gpu_fetch_timing_event', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6796958266d860e837119e6a0d4e6b99', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ - 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['pme_5fgpu_5fget_5fkernelparam_5fforces_299', ['pme_gpu_get_kernelparam_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fkernelparam_5fforces_299', ['pme_gpu_get_kernelparam_forces', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5freal_5fgrid_5fsizes_300', ['pme_gpu_get_real_grid_sizes', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5freal_5fgrid_5fsizes_300', ['pme_gpu_get_real_grid_sizes', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5ftimings_301', ['pme_gpu_get_timings', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5ftimings_301', ['pme_gpu_get_timings', ['../pme_8h.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac600d44fbeb29e467155b1b193410908', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac600d44fbeb29e467155b1b193410908', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgetenergyandvirial_302', ['pme_gpu_getenergyandvirial', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ad805493968044b8ea20ca896df57cee6', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, const float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a24c100588326826423d72c10d7d6a51a', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgetforceoutput_303', ['pme_gpu_getForceOutput', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a05a1d81709288e6ef5b2e6ad93fdd117', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -556,16 +556,16 @@ │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_2ecpp_319', ['pme_gpu_program_impl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_2eh_320', ['pme_gpu_program_impl.h', ['../pme__gpu__program__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5focl_2ecpp_321', ['pme_gpu_program_impl_ocl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5fsycl_2ecpp_322', ['pme_gpu_program_impl_sycl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5fbspline_5fvalues_323', ['pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a2c7a5b7bfca0d09110c6956bf28cd819', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aca7595bc703f478dcd681ffd7bc1429a', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5ffract_5fshifts_324', ['pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5ffract_5fshifts_324', ['pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5finput_5fcoefficients_325', ['pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aa8dd08c09a068f579a0b7fc93d4d50e6', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_coefficients, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a67eb2fb88a118b6e01b2cbf034066b13', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_coefficients, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fforces_326', ['pme_gpu_realloc_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5272eaf88e7b1110676df6cf6acc95e3', 1, 'pme_gpu_realloc_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5272eaf88e7b1110676df6cf6acc95e3', 1, 'pme_gpu_realloc_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -589,109 +589,109 @@ │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4df33a26719ac64f61e94b5ce01160a9', 1, 'pme_gpu_reinit_atoms(PmeGpu *pmeGpu, const int nAtoms, const real *chargesA, const real *chargesB): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fcomputation_334', ['pme_gpu_reinit_computation', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a481cc886c2112861c0e1c0c89571ec78', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const gmx_pme_t *pme, const bool gpuGraphWithSeparatePmeRank, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a69066d5a6d2bd3cfd48c22a7da4fd88b', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.h'], │ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#a41dcb7d9217379d8ad3e87f9a7cd5fa0', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const gmx_pme_t *pme, bool gpuGraphWithSeparatePmeRank, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fgrids_335', ['pme_gpu_reinit_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0f87f8ca2058ea113ad2bc7287682576', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freinit_5fhaloexchange_336', ['pme_gpu_reinit_haloexchange', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freinit_5fhaloexchange_336', ['pme_gpu_reinit_haloexchange', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freinit_5ftimings_337', ['pme_gpu_reinit_timings', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freinit_5ftimings_337', ['pme_gpu_reinit_timings', ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freset_5ftimings_338', ['pme_gpu_reset_timings', ['../pme_8h.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fselect_5fbest_5fperforming_5fpme_5fspreadgather_5fkernels_339', ['pme_gpu_select_best_performing_pme_spreadgather_kernels', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9d51e813ca855b79f0c51e2afb0210f7', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fset_5fdevice_5fx_340', ['pme_gpu_set_device_x', ['../pme_8h.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fset_5fkernelparam_5fcoordinates_341', ['pme_gpu_set_kernelparam_coordinates', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a87c93dac2b9eaf3cd5b42b4ada227dad', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *pmeGpu, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a87c93dac2b9eaf3cd5b42b4ada227dad', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *pmeGpu, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fset_5ftesting_342', ['pme_gpu_set_testing', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a09e861258a4869a92963dd6c30147491', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsettings_343', ['pme_gpu_settings', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adf2d698f4198c98ac05fe914a77bc044', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsettings_2eh_344', ['pme_gpu_settings.h', ['../pme__gpu__settings_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsolve_345', ['pme_gpu_solve', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae36b22f324578c90b40a66b330f36875', 1, 'pme_gpu_solve(const PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a2f9e42c9a0110755b2129acc15860faa', 1, 'pme_gpu_solve(const PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsolve_345', ['pme_gpu_solve', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a2f9e42c9a0110755b2129acc15860faa', 1, 'pme_gpu_solve(const PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae36b22f324578c90b40a66b330f36875', 1, 'pme_gpu_solve(const PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fspread_346', ['pme_gpu_spread', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0b329fda65fc2fc06dc1be5351e5f7f1', 1, 'pme_gpu_spread(const PmeGpu *pmeGpu, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, real **h_grids, gmx_parallel_3dfft_t *fftSetup, bool computeSplines, bool spreadCharges, const real lambda, const bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, const bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aede2cc1fa9babc057f7bc86ecb47f7bc', 1, 'pme_gpu_spread(const PmeGpu *pmeGpu, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, float **h_grids, gmx_parallel_3dfft_t *fftSetup, bool computeSplines, bool spreadCharges, real lambda, bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstaging_347', ['pme_gpu_staging', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6e629f5c49b775b9adc2e2c381204bb1', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstaging_2eh_348', ['pme_gpu_staging.h', ['../pme__gpu__staging_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fstart_5ftiming_349', ['pme_gpu_start_timing', ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fstart_5ftiming_349', ['pme_gpu_start_timing', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstop_5ftiming_350', ['pme_gpu_stop_timing', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a3051e4da1cc1d9645997959b60fd30b0', 1, 'pme_gpu_stop_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#a3051e4da1cc1d9645997959b60fd30b0', 1, 'pme_gpu_stop_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstream_5fquery_351', ['pme_gpu_stream_query', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aded614c4f44ad3c29689336a46f06c00', 1, 'pme_gpu_stream_query(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aded614c4f44ad3c29689336a46f06c00', 1, 'pme_gpu_stream_query(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsupports_5fbuild_352', ['pme_gpu_supports_build', ['../pme_8h.xhtml#a8c1a3fa279f72a26deffce255bb374d9', 1, 'pme_gpu_supports_build(std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme_8cpp.xhtml#a8c1a3fa279f72a26deffce255bb374d9', 1, 'pme_gpu_supports_build(std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsupports_5finput_353', ['pme_gpu_supports_input', ['../pme_8h.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsupports_5finput_353', ['pme_gpu_supports_input', ['../pme_8cpp.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsync_5fspread_5fgrid_354', ['pme_gpu_sync_spread_grid', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsync_5fspread_5fgrid_354', ['pme_gpu_sync_spread_grid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsynchronize_355', ['pme_gpu_synchronize', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsynchronize_355', ['pme_gpu_synchronize', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftask_5fenabled_356', ['pme_gpu_task_enabled', ['../pme_8h.xhtml#a9faddde52f5a636410141f52cc95d3e1', 1, 'pme.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_2ecpp_357', ['pme_gpu_timings.cpp', ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_2eh_358', ['pme_gpu_timings.h', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['pme_5floadbal_5fdone_377', ['pme_loadbal_done', ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#acb67e42228333b60cd1e7353b5da382e', 1, 'pme_loadbal_done(pme_load_balancing_t *pme_lb, FILE *fplog, const gmx::MDLogger &mdlog, gmx_bool bNonBondedOnGPU): pme_load_balancing.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#acb67e42228333b60cd1e7353b5da382e', 1, 'pme_loadbal_done(pme_load_balancing_t *pme_lb, FILE *fplog, const gmx::MDLogger &mdlog, gmx_bool bNonBondedOnGPU): pme_load_balancing.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5floadbal_5fdone_377', ['pme_loadbal_done', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#acb67e42228333b60cd1e7353b5da382e', 1, 'pme_loadbal_done(pme_load_balancing_t *pme_lb, FILE *fplog, const gmx::MDLogger &mdlog, gmx_bool bNonBondedOnGPU): pme_load_balancing.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#acb67e42228333b60cd1e7353b5da382e', 1, 'pme_loadbal_done(pme_load_balancing_t *pme_lb, FILE *fplog, const gmx::MDLogger &mdlog, gmx_bool bNonBondedOnGPU): pme_load_balancing.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5floadbal_5fend_378', ['pme_loadbal_end', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a08ba9fd9752caab7ff2c6518736c8684', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5floadbal_5fincrease_5fcutoff_379', ['pme_loadbal_increase_cutoff', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a8eed547e08152be03e8ea355219fd699', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ │ - 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['pme_5frun_5fmode_397', ['pme_run_mode', ['../pme_8h.xhtml#a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96', 1, 'pme_run_mode(const gmx_pme_t *pme): pme.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml#a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96', 1, 'pme_run_mode(const gmx_pme_t *pme): pme.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5frun_5fmode_397', ['pme_run_mode', ['../pme_8cpp.xhtml#a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96', 1, 'pme_run_mode(const gmx_pme_t *pme): pme.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96', 1, 'pme_run_mode(const gmx_pme_t *pme): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fsetup_5ft_398', ['pme_setup_t', ['../structpme__setup__t.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fsolve_5fsycl_2ecpp_399', ['pme_solve_sycl.cpp', ['../pme__solve__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fsolve_5fsycl_2eh_400', ['pme_solve_sycl.h', ['../pme__solve__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fspread_5fsycl_2ecpp_401', ['pme_spread_sycl.cpp', ['../pme__spread__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fspread_5fsycl_2eh_402', ['pme_spread_sycl.h', ['../pme__spread__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmebsplinemodulicorrectnesstest_403', ['PmeBSplineModuliCorrectnessTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmebsplinetest_8cpp_03.xhtml#aae2cba1d8c60d3dc833dad483bf8d4a9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmebsplinetest.cpp}']]], │ │ │ │ │ @@ -718,21 +718,21 @@ │ │ │ │ │ ['pmebsplinetest_2ecpp_406', ['pmebsplinetest.cpp', ['../pmebsplinetest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmecoordinatereceivergpu_407', ['pmeCoordinateReceiverGpu', ['../structgmx__pme__pp.xhtml#ab5fd71197d4208338fc3f0813b101a4b', 1, 'gmx_pme_pp']]], │ │ │ │ │ ['pmecorrderivative_408', ['pmeCorrDerivative', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#aa55c95a78da4580a45257fd774637fbb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pmecorrf_409', ['pmeCorrF', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a78398641d19e7a3660111fb3cd10b1aa', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['pmecorrfunction_410', ['pmeCorrFunction', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#a114b7bdef1d5775f3aee743a549c9d08', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pmedata_411', ['pmedata', ['../structpme__setup__t.xhtml#a24d77a179605be8e30e0042930172072', 1, 'pme_setup_t']]], │ │ │ │ │ ['pmefinalizetest_412', ['pmeFinalizeTest', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a1edd6d8cc0e4fa820be454dbf3877f4f', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['pmeforcecorrection_413', ['pmeforcecorrection', ['../namespacegmx.xhtml#a5275f264f1c6da2502ec03e8fbf855a4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(double z2)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a1e5b1230d0301fa6760e34d7641ca7e4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(float z2)'] │ │ │ │ │ + ['pmeforcecorrection_413', ['pmeforcecorrection', ['../namespacegmx.xhtml#a1e5b1230d0301fa6760e34d7641ca7e4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(float z2)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a5275f264f1c6da2502ec03e8fbf855a4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(double z2)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmeforcecorrectionsingleaccuracy_414', ['pmeForceCorrectionSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#abd18f07b8fd19f03f12442211982db53', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pmeforcesendergpu_415', ['pmeforcesendergpu', ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a23d50db5d4950d91a794b4ffb101b531', 1, 'gmx_pme_pp::pmeForceSenderGpu'], │ │ │ │ │ + ['pmeforcesendergpu_415', ['pmeforcesendergpu', ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#adebce74b420495046e8211be15c53bae', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::PmeForceSenderGpu()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#adebce74b420495046e8211be15c53bae', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::PmeForceSenderGpu()'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a23d50db5d4950d91a794b4ffb101b531', 1, 'gmx_pme_pp::pmeForceSenderGpu'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmeforcesready_416', ['pmeForcesReady', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#ab767da2851abd9a401e9a83101176230', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['pmegatherkernel_417', ['pmeGatherKernel', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml#aa72cdc234e8e46990c97e36ded8fa09b', 1, 'pme_gather_sycl.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pmegathertest_2ecpp_418', ['pmegathertest.cpp', ['../pmegathertest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegetcomplexgrid_419', ['pmeGetComplexGrid', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a2787a8ad9629a010c0afae83e1fe7f28', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmegetcomplexgridinternal_420', ['pmeGetComplexGridInternal', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a7873f8bb5de35a1338ccb9334906e960', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmegetcomplexgridsizesinternal_421', ['pmeGetComplexGridSizesInternal', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a611b81b5fa91c5af3a1d55f0dcccd403', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ @@ -751,30 +751,30 @@ │ │ │ │ │ ['pmegpu_434', ['PmeGpu', ['../structPmeGpu.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpuatomparams_435', ['PmeGpuAtomParams', ['../structPmeGpuAtomParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpucheckatomcharge_436', ['pmeGpuCheckAtomCharge', ['../pme__gpu__calculate__splines__sycl_8h.xhtml#a2bcd422ff33a51339b82bf55019590e2', 1, 'pme_gpu_calculate_splines_sycl.h']]], │ │ │ │ │ ['pmegpuconstparams_437', ['PmeGpuConstParams', ['../structPmeGpuConstParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpucreategrid_438', ['pmeGpuCreateGrid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ae10d979ffdf2422ac3e11f5dc6fa7d3c', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pmegpudynamicparams_439', ['PmeGpuDynamicParams', ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpugridhaloexchange_440', ['pmegpugridhaloexchange', ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a27a826956f0aa8c1927c8fe235f017a3', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmegpugridhaloexchangereverse_441', ['pmegpugridhaloexchangereverse', ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a6b2310ae91449944562c827d41a60841', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmegpugridparams_442', ['PmeGpuGridParams', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpuhaloexchange_443', ['PmeGpuHaloExchange', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpukernelparams_444', ['PmeGpuKernelParams', ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml#a90fa9b88804bde8212648c88b6420060', 1, 'pme_gpu_types_host.h']]], │ │ │ │ │ ['pmegpukernelparamsbase_445', ['PmeGpuKernelParamsBase', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pmegpuprogram_446', ['pmegpuprogram', ['../classPmeGpuProgram.xhtml', 1, 'PmeGpuProgram'], │ │ │ │ │ - ['../classPmeGpuProgram.xhtml#aa7e861bd577b2173e248c5bf9fb5ef0e', 1, 'PmeGpuProgram::PmeGpuProgram()'] │ │ │ │ │ + ['pmegpuprogram_446', ['pmegpuprogram', ['../classPmeGpuProgram.xhtml#aa7e861bd577b2173e248c5bf9fb5ef0e', 1, 'PmeGpuProgram::PmeGpuProgram()'], │ │ │ │ │ + ['../classPmeGpuProgram.xhtml', 1, 'PmeGpuProgram'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pmegpuprogramimpl_447', ['pmegpuprogramimpl', ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#aaa32b034422bc8368663a7399f35780e', 1, 'PmeGpuProgramImpl::PmeGpuProgramImpl()'], │ │ │ │ │ - ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml', 1, 'PmeGpuProgramImpl'] │ │ │ │ │ + ['pmegpuprogramimpl_447', ['pmegpuprogramimpl', ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml', 1, 'PmeGpuProgramImpl'], │ │ │ │ │ + ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#aaa32b034422bc8368663a7399f35780e', 1, 'PmeGpuProgramImpl::PmeGpuProgramImpl()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmegpuprogramstorage_448', ['PmeGpuProgramStorage', ['../pme__gpu__program_8h.xhtml#a97971c4f6d1aaf179563e021309fe680', 1, 'pme_gpu_program.h']]], │ │ │ │ │ ['pmegpusettings_449', ['PmeGpuSettings', ['../structPmeGpuSettings.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpuspecific_450', ['pmegpuspecific', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml', 1, 'PmeGpuSpecific'], │ │ │ │ │ ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a1bee1e0810c2c0eb7b06c953416e193f', 1, 'PmeGpuSpecific::PmeGpuSpecific()'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml#a13767aeede40e21d6edf8d835df9705f', 1, 'PmeGpuSpecific: pme_gpu_types_host.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -797,16 +797,16 @@ │ │ │ │ │ ['pmeperformgather_465', ['pmePerformGather', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b568c9ce545ed5b81aab09b839307ad', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmeperformsolve_466', ['pmePerformSolve', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aaf397294cc77a33540b53c4d12b2303d', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmeperformsplineandspread_467', ['pmePerformSplineAndSpread', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a1ca32a3032115f7d3287676d2c0e6f17', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmepotentialcorrection_468', ['pmepotentialcorrection', ['../namespacegmx.xhtml#ac54e81f11cb53c7d68ff7dab05bd6afd', 1, 'gmx::pmePotentialCorrection(float z2)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acba0166c05fec69dd4a2624ed8dcff95', 1, 'gmx::pmePotentialCorrection(double z2)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmepotentialcorrectionsingleaccuracy_469', ['pmePotentialCorrectionSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#ab8004b2507f7192ead653fcdcb6735fe', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pmeppcommgpu_470', ['pmeppcommgpu', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml#ad6faf3fc85e8c1881e3f16d5e6a7ed34', 1, 'gmx::PmePpCommGpu::PmePpCommGpu()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmePpCommGpu'] │ │ │ │ │ + ['pmeppcommgpu_470', ['pmeppcommgpu', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmePpCommGpu'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml#ad6faf3fc85e8c1881e3f16d5e6a7ed34', 1, 'gmx::PmePpCommGpu::PmePpCommGpu()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmepptransfer_471', ['PmePpTransfer', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a13b8e77399a0dac4074b4f84806d814d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pmeprinting_472', ['pmePrinting', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a8436afe7313d62bd16fa218ba9d23f06', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper']]], │ │ │ │ │ ['pmeranks_5f_473', ['pmeRanks_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a0c90cc0bff9a1ecf03219470420d6605', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl']]], │ │ │ │ │ ['pmeremotecpuforceptr_474', ['pmeRemoteCpuForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#ac494c801f14e07badc7b3cb1723a9e5e', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]], │ │ │ │ │ ['pmeremotegpuforceptr_475', ['pmeRemoteGpuForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#ae85beb1a3a77948cb972ef832cecdbcc', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]], │ │ │ │ │ ['pmerunmode_476', ['PmeRunMode', ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791', 1, 'pme.h']]], │ │ │ │ │ @@ -834,50 +834,50 @@ │ │ │ │ │ ['pmf_498', ['pmf', ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'gmx::Pmf'], │ │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a600536d6baf212ecc56d278f2a0e3e59a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::Pmf'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['point_499', ['point', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a9580f519d30dc81342ad890187d13edc', 1, 'gmx::BiasGrid']]], │ │ │ │ │ ['point_20data_500', ['Floating-point data', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md60', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['point_20values_501', ['Integers corresponding to floating-point values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md61', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointdistancealongaxis_502', ['pointDistanceAlongAxis', ['../namespacegmx.xhtml#a9980e0f1eac7ff209652d8cecb1eca36', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pointer_503', ['pointer', ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#af82d407a1ceb60e6c53ba95587199719', 1, 'gmx::accessor_basic::pointer'], │ │ │ │ │ + ['pointer_503', ['pointer', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ae5525f7b3c732a93f675b4280cc10e7d', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::pointer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#afcdc192280a9292909fdc9517e323090', 1, 'gmx::basic_mdspan::pointer'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#af82d407a1ceb60e6c53ba95587199719', 1, 'gmx::accessor_basic::pointer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a3e88ccc15552d68e12105aebcbf1b7f9', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::pointer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a06373345a99c67a2e0d12372a13f2a91', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::pointer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a7d3b7bcef0b244efc5d3da2fe2278390', 1, 'gmx::ArrayRef::pointer'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a49a356bfb08d78cfe5e4a9e31b96367e', 1, 'gmx::EnumerationArray::pointer'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ae5525f7b3c732a93f675b4280cc10e7d', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::pointer'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a49a356bfb08d78cfe5e4a9e31b96367e', 1, 'gmx::EnumerationArray::pointer'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointers_2ecpp_504', ['pointers.cpp', ['../pointers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointers_2eh_505', ['pointers.h', ['../pointers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['points_506', ['points', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a3ac116746718cc0af400eb6c49e23e8b', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ │ - ['pointsadded_507', ['pointsadded', ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ada35de8665d5e2514f9b742fa668e3a2', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['pointsadded_507', ['pointsadded', ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad0b6d871e1cae3cb49af5b5c3329e3eb', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a86f6a46cf64108dbab34f4faff53d011', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ada35de8665d5e2514f9b742fa668e3a2', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#aa5bc505d9b2c6f4e28b2ae8279dc9635', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a26723206e33708251bbba70eed673f44', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#ad17650bcebc55264c9fc8dcfc4e35e3d', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#adcf1de40fc5879c1a12532635e81d479', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotModule.xhtml#a32ac3ced4c11a10e20775a32ee5d349b', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a1f5b2dbab42eb4ca8ce85d8324432824', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ace93b671432df57c1f885d82c2fa2818', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#aa73d00aa098a1f4dff8d9ab52c1b7400', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a5b851f02915d11a13791ce5e7d49ab9d', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a26723206e33708251bbba70eed673f44', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#af7097e86905c7133ccfd2242fbca9ad0', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#abd4b1bd4f780c858218c2ed853002b20', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a59635a206ddc8987538955f3a36c5cd9', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a76d3359cbb6ec62060a543b03ef18509', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a86f6a46cf64108dbab34f4faff53d011', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad0b6d871e1cae3cb49af5b5c3329e3eb', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#ad17650bcebc55264c9fc8dcfc4e35e3d', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ace93b671432df57c1f885d82c2fa2818', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a59635a206ddc8987538955f3a36c5cd9', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::pointsAdded()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#abd4b1bd4f780c858218c2ed853002b20', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#af7097e86905c7133ccfd2242fbca9ad0', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::pointsAdded()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointsalonglambdaaxis_508', ['pointsAlongLambdaAxis', ['../namespacegmx.xhtml#aff07c7a9ebdd29aa1584af5d8820afcc', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pointset_509', ['pointset', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a98d9a081734b5a125b0f8d72013e5de6', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSet()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a780adb8176b23a810eb167b70723a8d9', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSet()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ad2e8bad8fb18c4e8a73342323bae7278', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSet()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ad2e8bad8fb18c4e8a73342323bae7278', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSet()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a780adb8176b23a810eb167b70723a8d9', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSet(int index) const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointsetcount_510', ['pointsetcount', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a61c2ee6ccfc1bc2d0d53023676a18fba', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ac9c5ce5f1cf9f40a432a04e95c41b373', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a6e0a2eb1e875073499c25f0d692e728c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSetCount()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a6e0a2eb1e875073499c25f0d692e728c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ac9c5ce5f1cf9f40a432a04e95c41b373', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSetCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointshavedifferentlambda_511', ['pointsHaveDifferentLambda', ['../namespacegmx.xhtml#aae9bf2b5e56f777f3c61fddadcbb78cb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pointstate_512', ['pointstate', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a2141bf32d5fe8de87bd0769221d9d831', 1, 'gmx::PointState::PointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PointState.xhtml', 1, 'gmx::PointState'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2ecpp_513', ['pointstate.cpp', ['../pointstate_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2eh_514', ['pointstate.h', ['../pointstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -887,49 +887,49 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a6a499eede7dbd2c0df803d06f7a2fb1d', 1, 'gmx::KeyValueTreePath::pop_back()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pop_5flast_518', ['pop_last', ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a3d56878a0b33dd289ae7046d0ef86bd6', 1, 'gmx::KeyValueTreePath']]], │ │ │ │ │ ['populatemoleculetype_519', ['populateMoleculeType', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02com_8cpp_03.xhtml#aa7970a5640bd23bc600abb150f6e9691', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{com.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['port_520', ['port', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a1583187db4ad04a5c7ea5fbb8c58758a', 1, 'gmx::ImdSession::Impl::port'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1ImdOptions.xhtml#a6d9afb10ab4e701009c11db4875e1056', 1, 'gmx::ImdOptions::port'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pos_521', ['pos', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#ace1a860f95c6d3af285244aa15d3d172', 1, 't_UmbrellaWindow::pos'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#ac78b536909e9843043af491cc3df4775', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::pos'] │ │ │ │ │ + ['pos_521', ['pos', ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#ac78b536909e9843043af491cc3df4775', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::pos'], │ │ │ │ │ + ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#ace1a860f95c6d3af285244aa15d3d172', 1, 't_UmbrellaWindow::pos'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pos_5fall_522', ['POS_ALL', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a48ca90dd084e7d893fc320f2269a50d3', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fall_5fpbc_523', ['POS_ALL_PBC', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2ad65f5f38fe21e3709ffa21fadf007fd7', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fatom_524', ['POS_ATOM', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a91ffdb6964763d88b5a784de222833d8', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fcomplmax_525', ['POS_COMPLMAX', ['../poscalc_8h.xhtml#a51ff971fa79e81dad91a94091995de8a', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fcomplwhole_526', ['POS_COMPLWHOLE', ['../poscalc_8h.xhtml#acb6721f6727690335c169552fcc860f5', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fdynamic_527', ['POS_DYNAMIC', ['../poscalc_8h.xhtml#a62eb7b0a0896e61e43ad4345ee3bb2dd', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fforces_528', ['POS_FORCES', ['../poscalc_8h.xhtml#a1d2128603326a76171d1d3c0e2cd2f44', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fmaskonly_529', ['POS_MASKONLY', ['../poscalc_8h.xhtml#a3586daeaab8b4ff970ae759b3677e7fd', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fmass_530', ['POS_MASS', ['../poscalc_8h.xhtml#ae2fb2ab85a6006e1061ed6af99c1f39f', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fmol_531', ['POS_MOL', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a832073c54a9cb1a05ae87c25315fcd7e', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fres_532', ['POS_RES', ['../poscalc_8h.xhtml#abda45ad4bf42febbe957a08c4ee291c2a6e4eae73e805ce492df6c75c55ab712a', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fvalue_533', ['POS_VALUE', ['../selvalue_8h.xhtml#a70b42b87d434580bf1493591857b8beca31a47fbfbc85ad1472ce3d2a168fd1ec', 1, 'selvalue.h']]], │ │ │ │ │ ['pos_5fvelocities_534', ['POS_VELOCITIES', ['../poscalc_8h.xhtml#a809bf5cbef405aeb9bc497aa54f3c5f0', 1, 'poscalc.h']]], │ │ │ │ │ - ['poscalc_2ecpp_535', ['poscalc.cpp', ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['poscalc_2ecpp_535', ['poscalc.cpp', ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['poscalc_2eh_536', ['poscalc.h', ['../poscalc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['poscount_537', ['poscount', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#aad49c4ea69ef0cc81207383b4ba5cfb5', 1, 'gmx::internal::SelectionData::posCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ac01e4247bdc9f727b4dffc28cf423f3c', 1, 'gmx::Selection::posCount() const'] │ │ │ │ │ + ['poscount_537', ['poscount', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ac01e4247bdc9f727b4dffc28cf423f3c', 1, 'gmx::Selection::posCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#aad49c4ea69ef0cc81207383b4ba5cfb5', 1, 'gmx::internal::SelectionData::posCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['position_538', ['position', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a7b9d71d9e03043491c475a683f73587b', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['position_20swapping_20swap_539', ['"Computational Electrophysiology" position swapping (swap)', ['../group__module__swap.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2ecpp_540', ['position.cpp', ['../position_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2eh_541', ['position.h', ['../position_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_5fdistance_542', ['position_distance', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a14f11157569bf72288adc0fe5768e5fc', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs']]], │ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2ecpp_543', ['position_restraints.cpp', ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2eh_544', ['position_restraints.h', ['../position__restraints_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['positionandamplitude_545', ['PositionAndAmplitude', ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1PositionAndAmplitude.xhtml', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters']]], │ │ │ │ │ - ['positioncalculationcollection_546', ['positioncalculationcollection', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#aef3a4272761b50e6f351a53360d89a3d', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::PositionCalculationCollection()'] │ │ │ │ │ + ['positioncalculationcollection_546', ['positioncalculationcollection', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#aef3a4272761b50e6f351a53360d89a3d', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::PositionCalculationCollection()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['positionoffset_547', ['positionOffset', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml#aea7d4003b9200b259afe520937dbfe3c', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnectionDetails']]], │ │ │ │ │ ['positions_548', ['positions', ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796ca3160eb21973806e4291c3979d4aa242e', 1, 'gmx::Positions'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02updategroupscog_8cpp_03.xhtml#a73274bf23d08bc07d6dd330b2f60ef3e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{updategroupscog.cpp}::positions'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['positionsandvelocities_549', ['PositionsAndVelocities', ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796cad3b078b311589ad4f94c755832ef725e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['positionscalingcallback_550', ['positionScalingCallback', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#ac9a40ecf45c6079ba2b3468daefb435f', 1, 'gmx::Propagator']]], │ │ │ │ │ @@ -939,25 +939,25 @@ │ │ │ │ │ ['positionsview_554', ['positionsView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#af6c40b68aabb89ee5233dbabebf98864', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['positionsymbol_555', ['PositionSymbol', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#ae1aa823f90fa95c285240878c93d295fad0f3a23ad1e73286b34f61ee68672b3e', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol']]], │ │ │ │ │ ['posres_556', ['posres', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#adf00beae35a89f37c0d53ca985e23fe0', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fdx_557', ['posres_dx', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a00f0403928b33d3323871b31dd1ac732', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fwrapper_558', ['posres_wrapper', ['../position__restraints_8h.xhtml#a58f967e206a57fa6e6396d8b533f898f', 1, 'posres_wrapper(t_nrnb *nrnb, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec *x, gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a58f967e206a57fa6e6396d8b533f898f', 1, 'posres_wrapper(t_nrnb *nrnb, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec *x, gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['posres_5fwrapper_5flambda_559', ['posres_wrapper_lambda', ['../position__restraints_8h.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../position__restraints_8cpp.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ + ['posres_5fwrapper_5flambda_559', ['posres_wrapper_lambda', ['../position__restraints_8cpp.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../position__restraints_8h.xhtml#ace8b83a624153c4898d9d18c0f87e887', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const struct t_pbc *pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['posres_5fxa_560', ['posres_xA', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a91f1775f42ddf8a37ad39b0b7459d267', 1, 'gmx_molblock_t']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fxb_561', ['posres_xB', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a5b3613d862d2a95219d7777ee428a636', 1, 'gmx_molblock_t']]], │ │ │ │ │ ['postprocess_5fitem_5fsubexpressions_562', ['postprocess_item_subexpressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#a794bd695ad208084dc7018e4c90735c1', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['potanglefit_563', ['PotAngleFit', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a4cc2873968b4ca417ed95b384e0071f6', 1, 'gmx_enfrotgrp']]], │ │ │ │ │ ['potential_564', ['potential', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#acb463578c26791ab925cbccf9b80a54c', 1, 'gmx::AwhParams']]], │ │ │ │ │ ['potentialenergytoleranceforsystem_5fg_565', ['potentialEnergyToleranceForSystem_g', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02minimize_8cpp_03.xhtml#ad5974d97a10a30cde5ab5fd313209934', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{minimize.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['potentialpointdata_566', ['potentialpointdata', ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a8e8485dce1b281d718953552e9d53f6b', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#ac14487f6eed0c13f63ae059a67475ea9', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData(const Vector &f, const real e)'], │ │ │ │ │ + ['potentialpointdata_566', ['potentialpointdata', ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#ac14487f6eed0c13f63ae059a67475ea9', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData(const Vector &f, const real e)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a8e8485dce1b281d718953552e9d53f6b', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml', 1, 'gmx::PotentialPointData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['potentialswitchfunction_567', ['potentialSwitchFunction', ['../namespacegmx.xhtml#a590bff027abbf17255630f3832bdf0d5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['potentialswitchfunctionderivative_568', ['potentialSwitchFunctionDerivative', ['../namespacegmx.xhtml#a76be08d6aa10394167c1f800488e5e86', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power12_569', ['power12', ['../namespacegmx.xhtml#a800ac84e9ee71a2dc0eedda74bea1513', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power3_570', ['power3', ['../namespacegmx.xhtml#abda6daf50f5129fb74816db29e411497', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power4_571', ['power4', ['../namespacegmx.xhtml#a304b15bae3a2a8277f686d4dfc9fa946', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -968,16 +968,16 @@ │ │ │ │ │ ['pp_5fpme_5fcharge_576', ['PP_PME_CHARGE', ['../pme__pp__communication_8h.xhtml#a32f4ec122146ec951b8c703d4d52d7fa', 1, 'pme_pp_communication.h']]], │ │ │ │ │ ['ppcommatomrange_577', ['ppCommAtomRange', ['../classgmx_1_1PmeCoordinateReceiverGpu_1_1Impl.xhtml#a16bd136f94b01aba41e3b5b499bbd5b0', 1, 'gmx::PmeCoordinateReceiverGpu::Impl']]], │ │ │ │ │ ['ppcommmanager_578', ['PpCommManager', ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['ppcommnumsenderranks_579', ['ppCommNumSenderRanks', ['../classgmx_1_1PmeCoordinateReceiverGpu_1_1Impl.xhtml#ae25743ae912d43d5b2369bc1c677c514', 1, 'gmx::PmeCoordinateReceiverGpu::Impl']]], │ │ │ │ │ ['ppcommstream_580', ['ppCommStream', ['../classgmx_1_1PmeCoordinateReceiverGpu_1_1Impl.xhtml#a1ba294387ac23ae6d78f441f078c20c8', 1, 'gmx::PmeCoordinateReceiverGpu::Impl']]], │ │ │ │ │ ['ppforcecommmanager_581', ['PpForceCommManager', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pprank_582', ['ppRank', ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml#a3498b02875fbf9c448340c71b6b6d49b', 1, 'gmx::PpCommManager']]], │ │ │ │ │ - ['ppranks_583', ['ppranks', ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a7b7bc15efb30ccf455406e59dc2b15e4', 1, 'gmx_pme_pp::ppRanks'], │ │ │ │ │ - ['../structPpRanks.xhtml', 1, 'PpRanks'] │ │ │ │ │ + ['ppranks_583', ['ppranks', ['../structPpRanks.xhtml', 1, 'PpRanks'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a7b7bc15efb30ccf455406e59dc2b15e4', 1, 'gmx_pme_pp::ppRanks'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ppranksinfo_584', ['ppRanksInfo', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#a4e32ba26163edea7d0da469b9f6902cb', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]], │ │ │ │ │ ['ppranksinfosize_585', ['ppRanksInfoSize', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#af168d2fdc3f5d03de719f520d5d99520', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]], │ │ │ │ │ ['pprankssendfinfo_586', ['PpRanksSendFInfo', ['../structPpRanksSendFInfo.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pprms2_587', ['pprms2', ['../structt__bb.xhtml#a78c15709cb11b2e62bf13c01ecbb6368', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ │ ['ppstretches_588', ['PPStretches', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a5df6b8fc0f4c6414509ef1e78ca01105', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pr_5fbeta_589', ['pr_beta', ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml#a11905527ebdf5178023ac299ade77c44', 1, 'minimize.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -1007,81 +1007,81 @@ │ │ │ │ │ ['prepare_5fverlet_5fscheme_611', ['prepare_verlet_scheme', ['../runner_8cpp.xhtml#aa4b15c064f765093c1c3b0e45a18aa98', 1, 'runner.cpp']]], │ │ │ │ │ ['prepareandtransformcoordinates_612', ['prepareAndTransformCoordinates', ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml#a5405e7fd418257241a6d0e400058b96a', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion']]], │ │ │ │ │ ['prepareandwriteframe_613', ['prepareAndWriteFrame', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrameWriter.xhtml#acc5edf13582d28d697d901486876ea1a', 1, 'gmx::TrajectoryFrameWriter']]], │ │ │ │ │ ['prepareawhmodule_614', ['prepareAwhModule', ['../namespacegmx.xhtml#a0f0dc8801f18ac6085f049b6053eaee5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['preparedefaultmdpfieldvalues_615', ['prepareDefaultMdpFieldValues', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02simulationdatabase_8cpp_03.xhtml#ae1d7e98e184a23dde3294e0a9ee38ed9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{simulationdatabase.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['prepareforappending_616', ['prepareForAppending', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03.xhtml#ad50fb84ccce6088fa1650a09a3ea513c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['prepareforpositionassembly_617', ['prepareForPositionAssembly', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a3bb55b11c345deed80ca37875c54e260', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['preparegpukernelargument_618', ['preparegpukernelargument', ['../oclutils_8h.xhtml#a2880665aed29367c17b0b3b71dcd9049', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex, const CurrentArg *argPtr, const RemainingArgs *... otherArgsPtrs): oclutils.h'], │ │ │ │ │ - ['../oclutils_8h.xhtml#ae38b731b0072ddca1ef4f6bf43fc0dcb', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex): oclutils.h'] │ │ │ │ │ + ['preparegpukernelargument_618', ['preparegpukernelargument', ['../oclutils_8h.xhtml#ae38b731b0072ddca1ef4f6bf43fc0dcb', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex): oclutils.h'], │ │ │ │ │ + ['../oclutils_8h.xhtml#a2880665aed29367c17b0b3b71dcd9049', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex, const CurrentArg *argPtr, const RemainingArgs *... otherArgsPtrs): oclutils.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preparegpukernelarguments_619', ['prepareGpuKernelArguments', ['../oclutils_8h.xhtml#afb415b764fcd0224dcb9b3750a5da322', 1, 'oclutils.h']]], │ │ │ │ │ ['preparelogappending_620', ['prepareLogAppending', ['../namespacegmx.xhtml#a9a0da1437953d9dd6d9a685efc3399b3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['preparelogfile_621', ['prepareLogFile', ['../namespacegmx.xhtml#a812e83599ed7963934847a43e90a7137', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['preparemainsocket_622', ['prepareMainSocket', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a6e51274da748e498bb67501157c9302e', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['preparemdforces_623', ['prepareMDForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a03f5ab9408fb6dad83684176cc59606c', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['preparemdpfieldvalues_624', ['preparemdpfieldvalues', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a8ea7ab62b4b7d9964ef94142afe88ac8', 1, 'gmx::test::prepareMdpFieldValues(const char *simulationName, const char *integrator, const char *tcoupl, const char *pcoupl, MdpParameterDatabase additionalMdpParameters=MdpParameterDatabase::Default)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a343998f7ef7f6fad4d1a090e7f0ef4d7', 1, 'gmx::test::prepareMdpFieldValues(const std::string &simulationName, const std::string &integrator, const std::string &tcoupl, const std::string &pcoupl, MdpParameterDatabase additionalMdpParameters=MdpParameterDatabase::Default)'] │ │ │ │ │ + ['preparemdpfieldvalues_624', ['preparemdpfieldvalues', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a343998f7ef7f6fad4d1a090e7f0ef4d7', 1, 'gmx::test::prepareMdpFieldValues(const std::string &simulationName, const std::string &integrator, const std::string &tcoupl, const std::string &pcoupl, MdpParameterDatabase additionalMdpParameters=MdpParameterDatabase::Default)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a8ea7ab62b4b7d9964ef94142afe88ac8', 1, 'gmx::test::prepareMdpFieldValues(const char *simulationName, const char *integrator, const char *tcoupl, const char *pcoupl, MdpParameterDatabase additionalMdpParameters=MdpParameterDatabase::Default)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preparemdpfilecontents_625', ['prepareMdpFileContents', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#af8be2536ce3f2c2e3867fa80d7f06680', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['preparemoleculesinimdgroup_626', ['prepareMoleculesInImdGroup', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a1300648ecce669b42b3158908573b291', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['prepareprevsteppullcom_627', ['preparePrevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#ace0e8cabf9ba2e4c466681267fe30616', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ ['prepareprevsteppullcomnewsimulation_628', ['preparePrevStepPullComNewSimulation', ['../pull_8h.xhtml#aaf91fb3c6408dd4d40dcbc60b8f3346e', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['preparereferencedata_629', ['prepareReferenceData', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml#aaf17a8df8c6213ad4bd4632c538e0d9d', 1, 'gmx::test::PeriodicActionsTest']]], │ │ │ │ │ ['preparererunstate_630', ['prepareRerunState', ['../gromacs_2mdrun_2rerun_8cpp.xhtml#a3a61805a1314c7094d6985f312b796d3', 1, 'rerun.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['preparetest_631', ['preparetest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionUnSupportedFiles.xhtml#a8d07c06ca5994941a6b0d53eaf71afb6', 1, 'gmx::test::SetPrecisionUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ + ['preparetest_631', ['preparetest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocityUnSupportedFiles.xhtml#a8fefeae96caffc87c2c27abf1dd7751e', 1, 'gmx::test::SetVelocityUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionSupportedFiles.xhtml#ae99227b78afd7add07d701841a056e35', 1, 'gmx::test::SetPrecisionSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceUnSupportedFiles.xhtml#ad6fca57625ab6f39c8854f457c40858e', 1, 'gmx::test::SetForceUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceSupportedFiles.xhtml#ad959f70a7f9a9268ddcb28b607d27888', 1, 'gmx::test::SetForceSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionUnSupportedFiles.xhtml#a8d07c06ca5994941a6b0d53eaf71afb6', 1, 'gmx::test::SetPrecisionUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1OutputSelectorDeathTest.xhtml#ab2c7e9ee595f837c1677769522c9707f', 1, 'gmx::test::OutputSelectorDeathTest::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocityUnSupportedFiles.xhtml#a8fefeae96caffc87c2c27abf1dd7751e', 1, 'gmx::test::SetVelocityUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocitySupportedFiles.xhtml#a5c721c58a519211d2984f31306d591bd', 1, 'gmx::test::SetVelocitySupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml#a75b0b89f9b03980e5efa151f10747fb0', 1, 'gmx::test::NoOptionalOutput::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnyOutputSupportedFiles.xhtml#abd33db6ae6c7bb966a3cf70d93eed90e', 1, 'gmx::test::AnyOutputSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsUnSupportedFiles.xhtml#a1472dda69601bf20c6af26c8970863d7', 1, 'gmx::test::SetAtomsUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsSupportedFiles.xhtml#a55a125582f82a0bef2e0be090626569e', 1, 'gmx::test::SetAtomsSupportedFiles::prepareTest()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocitySupportedFiles.xhtml#a5c721c58a519211d2984f31306d591bd', 1, 'gmx::test::SetVelocitySupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceSupportedFiles.xhtml#ad959f70a7f9a9268ddcb28b607d27888', 1, 'gmx::test::SetForceSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceUnSupportedFiles.xhtml#ad6fca57625ab6f39c8854f457c40858e', 1, 'gmx::test::SetForceUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsSupportedFiles.xhtml#a55a125582f82a0bef2e0be090626569e', 1, 'gmx::test::SetAtomsSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsUnSupportedFiles.xhtml#a1472dda69601bf20c6af26c8970863d7', 1, 'gmx::test::SetAtomsUnSupportedFiles::prepareTest()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preparevmdforces_632', ['prepareVmdForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a17780bb21381fe37591b6c612b30fe76', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['prependcontext_633', ['prependcontext', ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1bd116912e67c096ae949ddae85afe06', 1, 'gmx::GromacsException::prependContext()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1ErrorMessage.xhtml#a35872d2133a1587fde1aac5580bddbab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::ErrorMessage::prependContext()'] │ │ │ │ │ + ['prependcontext_633', ['prependcontext', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1ErrorMessage.xhtml#a35872d2133a1587fde1aac5580bddbab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::ErrorMessage::prependContext()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1bd116912e67c096ae949ddae85afe06', 1, 'gmx::GromacsException::prependContext()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preprocess_634', ['preprocess', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a62a8eb1d8ab64aca76d9c1c6fbf53530', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]], │ │ │ │ │ - ['preprocessingatomtypes_635', ['preprocessingatomtypes', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml', 1, 'PreprocessingAtomTypes'], │ │ │ │ │ - ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ab564e1e5edd0850f93716d5d8b56e7b9', 1, 'PreprocessingAtomTypes::PreprocessingAtomTypes()'] │ │ │ │ │ + ['preprocessingatomtypes_635', ['preprocessingatomtypes', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ab564e1e5edd0850f93716d5d8b56e7b9', 1, 'PreprocessingAtomTypes::PreprocessingAtomTypes()'], │ │ │ │ │ + ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml', 1, 'PreprocessingAtomTypes'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preprocessingbondatomtype_636', ['PreprocessingBondAtomType', ['../classPreprocessingBondAtomType.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['preprocessingnotifier_5f_637', ['preProcessingNotifier_', ['../structgmx_1_1MDModulesNotifiers.xhtml#a491f3247b6bc681d6b97dc9db91028a1', 1, 'gmx::MDModulesNotifiers']]], │ │ │ │ │ ['preprocessor_20macros_638', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['preprocessresidue_639', ['PreprocessResidue', ['../structPreprocessResidue.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pres_640', ['pres', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a4727f9623b6a6995110132c968cb2165', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ │ ['pres_5fprev_641', ['pres_prev', ['../classt__state.xhtml#affdc7fa00e6e77e6f80cb7e8457e777d', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['present_642', ['present', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputPointSet.xhtml#ace934e632ac88246da704f878ee85b5c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputPointSet::present()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a69f1255e4e4115a9b183f7be0be7760c', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::present()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a4e9e2e103711b6302c6e82121ec8eef3', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::present()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a4e9e2e103711b6302c6e82121ec8eef3', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::present()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a69f1255e4e4115a9b183f7be0be7760c', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::present()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['presentalldata_643', ['presentAllData', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#ab07eb7b9cb4b5e0fb8fc85c196223f06', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]], │ │ │ │ │ ['presentdata_644', ['presentData', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a58d11e5cb995d8ee2a8b150b80e96015', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['presentdataframe_645', ['presentDataFrame', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#a89e3f46a66165f59608fb91cdec5257c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]], │ │ │ │ │ ['preserveboxshape_646', ['preserveBoxShape', ['../state_8h.xhtml#a0f2e4adc7362d30d4ecfab4f23f25de5', 1, 'state.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pressure_647', ['pressure', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a0bb52df1038789c62a164a849698f2b5', 1, 'gmx::EnergyData::pressure()'], │ │ │ │ │ - ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a92a3c13d5a3f1ca5d2b3598b5409def7', 1, 'DispersionCorrection::Correction::pressure'] │ │ │ │ │ + ['pressure_647', ['pressure', ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a92a3c13d5a3f1ca5d2b3598b5409def7', 1, 'DispersionCorrection::Correction::pressure'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a0bb52df1038789c62a164a849698f2b5', 1, 'gmx::EnergyData::pressure()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pressure_5f_648', ['pressure_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a3e21f62fdd4229953fe526ba7c74a9f1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]], │ │ │ │ │ ['pressurecoupling_649', ['PressureCoupling', ['../md__enums_8h.xhtml#a75403865033b1e929fe40f0119cabfb3', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['pressurecouplingscheme_650', ['pressureCouplingScheme', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTestParameters.xhtml#a5461cc0b111fbe5cf8fe059573a0601c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTestParameters']]], │ │ │ │ │ ['pressurecouplingtype_651', ['PressureCouplingType', ['../md__enums_8h.xhtml#ab9101457c43f890d83e2f61b04c80b88', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['pressurematrixtype_652', ['PressureMatrixType', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbea', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]], │ │ │ │ │ - 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['previousbox_657', ['previousbox', ['../structPmeShared.xhtml#ab9b6225eeb3328d7aac146cbf5f2fd70', 1, 'PmeShared::previousBox'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a501f9b5921e1f474301d6aacb6c2cdc1', 1, 'gmx::StatePropagatorData::previousBox()'] │ │ │ │ │ + ['previousbox_657', ['previousbox', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a501f9b5921e1f474301d6aacb6c2cdc1', 1, 'gmx::StatePropagatorData::previousBox()'], │ │ │ │ │ + ['../structPmeShared.xhtml#ab9b6225eeb3328d7aac146cbf5f2fd70', 1, 'PmeShared::previousBox'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['previouspositionsview_658', ['previousPositionsView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#ac6140a3c4f36b27e1e659ec4b7ab898b', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['prevresi_5f_659', ['prevResi_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1ResInfo.xhtml#a6ed227e2b87836e5127d5cc4fdf3c360', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::ResInfo']]], │ │ │ │ │ ['prevsteppullcom_660', ['prevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#a89919ab1b48afac22537d6a93869d2f3', 1, 'pullutil.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fand_5fintegrate_661', ['print_and_integrate', ['../integrate_8h.xhtml#a6efd3fb6110b8a9030675e2190993233', 1, 'integrate.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fbbsizes_5fsimple_662', ['print_bbsizes_simple', ['../namespaceNbnxm.xhtml#ab157daa725cf20aa829b014f9333aa60', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['print_5fbbsizes_5fsupersub_663', ['print_bbsizes_supersub', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a7e42292bc2214e4a1c7d8a80f48a1cb0', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ @@ -1104,18 +1104,18 @@ │ │ │ │ │ ['print_5forires_5flog_680', ['print_orires_log', ['../orires_8h.xhtml#a558c2a0b81d1976025f8f0efd51af375', 1, 'orires.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fpme_5floadbal_5fsetting_681', ['print_pme_loadbal_setting', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a34ad2116d0baa736e0d155ba956bf062', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fpme_5floadbal_5fsettings_682', ['print_pme_loadbal_settings', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a738403c89c46ba35701c160e156915fa', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5freplica_5fexchange_5fstatistics_683', ['print_replica_exchange_statistics', ['../replicaexchange_8h.xhtml#ac242f2189cc51aa6ffb4a1b5768eab7d', 1, 'replicaexchange.h']]], │ │ │ │ │ ['print_5fresall_684', ['print_resall', ['../resall_8h.xhtml#afbd28b7c0e308005c53b31f428715e5e', 1, 'resall.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fstart_685', ['print_start', ['../printtime_8h.xhtml#a6cf8ede86906fc405824ad5ba33578ff', 1, 'printtime.h']]], │ │ │ │ │ ['print_5ftime_686', ['print_time', ['../printtime_8h.xhtml#a2b2cf213aae64f2f3992ac2fee167bb7', 1, 'printtime.h']]], │ │ │ │ │ - ['printbinaryinformation_687', ['printbinaryinformation', ['../namespacegmx.xhtml#a0ea11527285a0547aafa0ee27c4f4817', 1, 'gmx::printBinaryInformation()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml#ae1ca1f3759dfd30915c86eb6461c35f8', 1, 'gmx::BinaryInformationSettings::printBinaryInformation'], │ │ │ │ │ + ['printbinaryinformation_687', ['printbinaryinformation', ['../namespacegmx.xhtml#aff67fcd64bdaa64a3823cc1a322a6783', 1, 'gmx::printBinaryInformation(FILE *fp, const IProgramContext &programContext)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ad0c6bc3dc4ee812f31a6076c7d4f42a9', 1, 'gmx::printBinaryInformation(FILE *fp, const IProgramContext &programContext, const BinaryInformationSettings &settings)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aff67fcd64bdaa64a3823cc1a322a6783', 1, 'gmx::printBinaryInformation(FILE *fp, const IProgramContext &programContext)'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a0ea11527285a0547aafa0ee27c4f4817', 1, 'gmx::printBinaryInformation(TextWriter *writer, const IProgramContext &programContext, const BinaryInformationSettings &settings)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml#ae1ca1f3759dfd30915c86eb6461c35f8', 1, 'gmx::BinaryInformationSettings::printBinaryInformation'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['printcurrentstatus_688', ['printCurrentStatus', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#ab287e09e32b67a7d8eb6c426cbea825e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['printcycles_689', ['printCycles', ['../structSearchCycleCounting.xhtml#ad6789164e4b7071c5d6b0248095aff5f', 1, 'SearchCycleCounting']]], │ │ │ │ │ ['printdebuginfo_690', ['printDebugInfo', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a83cdc66c0202739e8e7dd1c1add3492b', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['printfatalerrorfooter_691', ['printFatalErrorFooter', ['../group__module__utility.xhtml#gadcb892c734184fade6b913a4d3a66aa7', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ │ ['printfatalerrorheader_692', ['printFatalErrorHeader', ['../group__module__utility.xhtml#ga34257490d770efb0f6a87adeef2629c6', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ │ ['printfatalerrormessage_693', ['printFatalErrorMessage', ['../group__module__utility.xhtml#gac6287dc8a550a2d54429e44994e00e58', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1131,54 +1131,54 @@ │ │ │ │ │ ['printnbnxmpressureerror_701', ['printnbnxmpressureerror', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#ae483876431a02eddeedc14fec3d7c698', 1, 'printNbnxmPressureError(const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, const real effectiveAtomDensity, const PairlistParams &listParams): pairlist_tuning.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pairlist__tuning_8h.xhtml#af995d5b87337af64a10418c62b4949d6', 1, 'printNbnxmPressureError(const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, real effectiveAtomDensity, const PairlistParams &listParams): pairlist_tuning.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['printreplicaexchangeparameterstostring_702', ['PrintReplicaExchangeParametersToString', ['../structgmx_1_1test_1_1PrintReplicaExchangeParametersToString.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['printstringtablestoragetofile_703', ['printStringTableStorageToFile', ['../classStringTable.xhtml#a43471fd15acff612e6fbf75df17328f3', 1, 'StringTable']]], │ │ │ │ │ ['printthanks_704', ['printThanks', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a05cae832d1e990febdd2035ed4dae99c', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['printtime_2eh_705', ['printtime.h', ['../printtime_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['profiling_741', ['profiling', ['../classgmx_1_1Profiling.xhtml#a825ce2f3fd77ed8a6ad01ad13277e094', 1, 'gmx::Profiling::Profiling()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Profiling.xhtml', 1, 'gmx::Profiling'] │ │ │ │ │ + ['profiling_741', ['profiling', ['../classgmx_1_1Profiling.xhtml', 1, 'gmx::Profiling'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Profiling.xhtml#a825ce2f3fd77ed8a6ad01ad13277e094', 1, 'gmx::Profiling::Profiling()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['program_742', ['program', ['../structgmx__device__runtime__data__t.xhtml#a131c6f5f31ef679933d8530db2aec912', 1, 'gmx_device_runtime_data_t']]], │ │ │ │ │ ['program_20management_20commandline_743', ['Command Line Program Management (commandline)', ['../group__module__commandline.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['programcontext_2ecpp_744', ['programcontext.cpp', ['../programcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['programcontext_2eh_745', ['programcontext.h', ['../programcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['programcontext_5f_746', ['programContext_', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#aec22308f1e2209f756a894dd672f0123', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['programhandle_5f_747', ['programHandle_', ['../structPmeGpu.xhtml#a6b8587b3b55775d271f0a05b2377ea0d', 1, 'PmeGpu']]], │ │ │ │ │ @@ -1209,31 +1209,31 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#abef54ace7516fc4bf108cd185be5f13d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::programName()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a7d7ab243fabe9ee53b7a261b6508c0c6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::programName()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#af7114ce30502138b830c6ab1ebe7218a', 1, 'gmx::IProgramContext::programName()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['project_5fto_5feigvectors_749', ['project_to_eigvectors', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#afe413df193477fd5579ba5dc476af94a', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['projectx_750', ['projectx', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#a51dbf031e475b6a7db752e30fd49d772', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['promptline_751', ['promptLine', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#a4725dbb58fb88906d3e3f60fabad6903', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['prop_752', ['prop', ['../classAtomProperties_1_1Impl.xhtml#ae053674382c8aba1e9672a462aa46a34', 1, 'AtomProperties::Impl::prop'], │ │ │ │ │ - ['../classAtomProperties.xhtml#a989a1bbdaf2caddb0696947bfa9419a7', 1, 'AtomProperties::prop()'] │ │ │ │ │ + ['prop_752', ['prop', ['../classAtomProperties.xhtml#a989a1bbdaf2caddb0696947bfa9419a7', 1, 'AtomProperties::prop()'], │ │ │ │ │ + ['../classAtomProperties_1_1Impl.xhtml#ae053674382c8aba1e9672a462aa46a34', 1, 'AtomProperties::Impl::prop'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fcopy_5fassignment_753', ['propagate_on_container_copy_assignment', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#af118f1bf88de184a1b6a3655df879591', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fmove_5fassignment_754', ['propagate_on_container_move_assignment', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#ad784820686c118595c511a1c323ada53', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fswap_755', ['propagate_on_container_swap', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#afd1941ab26a2198c5395d662cbe56e9e', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ │ ['propagationparameters_756', ['PropagationParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a774ca3fa5df95b1187890bf92a0e0cd8', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['propagationparameterswithconstraints_757', ['propagationParametersWithConstraints', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a6193e70ad283d80177391e3d3bf79522', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['propagationparameterswithcoupling_758', ['propagationParametersWithCoupling', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ae287683c1974989b18151e1147f2b39d', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['propagator_759', ['propagator', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml', 1, 'gmx::Propagator< integrationStage >'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a0be3f787956d64b6f1db5686085d3791', 1, 'gmx::Propagator::Propagator()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagator_20tt_760', ['<tt>Propagator</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md27', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['propagator_2ecpp_761', ['propagator.cpp', ['../propagator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['propagator_2eh_762', ['propagator.h', ['../propagator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['propagatorcallback_763', ['propagatorcallback', ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a667942f1bbef424b2716da739030ad2e', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#abe7883668ad32a364fb2289b060a1468', 1, 'gmx::MttkData::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ + ['propagatorcallback_763', ['propagatorcallback', ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#abe7883668ad32a364fb2289b060a1468', 1, 'gmx::MttkData::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a667942f1bbef424b2716da739030ad2e', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga3396e7f07a04e8c8d3ce40cbfa022c4c', 1, 'gmx::PropagatorCallback'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagatorconnection_764', ['PropagatorConnection', ['../structgmx_1_1PropagatorConnection.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['propagatortag_765', ['propagatortag', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gae5429b9c01d5a4d3e399efca641aa2c9', 1, 'gmx::PropagatorTag::PropagatorTag()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PropagatorTag.xhtml', 1, 'gmx::PropagatorTag'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagatortagpostposition_766', ['propagatorTagPostPosition', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml#a30ea53994cc965ef3a04dffab77a99b5', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnectionDetails']]], │ │ │ │ │ @@ -1248,17 +1248,17 @@ │ │ │ │ │ ['prscalingcallback_775', ['prScalingCallback', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a8290753edff543fc7792f05aa682fef2', 1, 'gmx::Propagator']]], │ │ │ │ │ ['prune_5fk_776', ['prune_k', ['../structNbnxm_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#ae0285bc3874f69de77c0a571fe8a750e', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::Interaction']]], │ │ │ │ │ ['prunetime_777', ['pruneTime', ['../structgmx__wallclock__gpu__nbnxn__t.xhtml#af892e5f3a38c3ea077d7c2fc9f3875aa', 1, 'gmx_wallclock_gpu_nbnxn_t']]], │ │ │ │ │ ['pselstr_778', ['pselstr', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a9903897e32d34014698a94545ccb7c6b', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ │ ['psi_779', ['psi', ['../structt__bb.xhtml#a147862a6ed22146e070c8237288331e2', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ │ ['pswitch_780', ['PSwitch', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a147ad5ea41195b2ed33d63f460dde01ead4d20db2a8cc5234ee00e37cdf487c5b', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['ptcouplingarrays_781', ['PTCouplingArrays', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['ptr_782', ['ptr', ['../structgmx__sel__mempool__block__t.xhtml#add25c5d49d8ff2d9655b80cdbb9ffb84', 1, 'gmx_sel_mempool_block_t::ptr'], │ │ │ │ │ + ['ptr_782', ['ptr', ['../structNbnxm_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a856a84a3b730b2aebc2270e27a972d61', 1, 'Nbnxm::BoundingBox::Corner::ptr()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__sel__mempool__block__t.xhtml#add25c5d49d8ff2d9655b80cdbb9ffb84', 1, 'gmx_sel_mempool_block_t::ptr'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#a12b279f9954e6c83e9e9957fcde06e81', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::ptr'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxm_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a856a84a3b730b2aebc2270e27a972d61', 1, 'Nbnxm::BoundingBox::Corner::ptr() const'], │ │ │ │ │ ['../structNbnxm_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af586e5b6e9fe3ddc1303e2e67f6f3951', 1, 'Nbnxm::BoundingBox::Corner::ptr()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ptype_783', ['ptype', ['../classSimulationParticle.xhtml#adfbadc49e08a3567f287bf57779863c0', 1, 'SimulationParticle']]], │ │ │ │ │ ['public_20api_784', ['Public API', ['../group__group__publicapi.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['puid_785', ['puId', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a61aefff6555da4373cb8b84122e196d4', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['puidincore_786', ['puIdInCore', ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#ac3478cc96129471d97e408f93aad07d9', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['pull_787', ['pull', ['../structgmx_1_1ImdOptions.xhtml#a23ce7753d3bfbdc5d7570f09e45371fd', 1, 'gmx::ImdOptions::pull'], │ │ │ │ │ @@ -1270,68 +1270,68 @@ │ │ │ │ │ ['pull_2eh_789', ['pull.h', ['../pull_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fapply_5fforces_790', ['pull_apply_forces', ['../pull_8h.xhtml#a30e2e9144fd25485f1fb82a056fe4a1d', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fcalc_5fcoms_791', ['pull_calc_coms', ['../pull_8h.xhtml#aef1eab47f2cd04327609d835c6b90387', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fcom_5fprev_5fstep_792', ['pull_com_prev_step', ['../classt__state.xhtml#aa8ea2dcddf844a3b53ea8465096e24bf', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fconstraint_793', ['pull_constraint', ['../pull_8h.xhtml#a35cb315618e4d4ccaf25b54737681afb', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fconversion_5ffactor_5finternal2userinput_794', ['pull_conversion_factor_internal2userinput', ['../pull_8h.xhtml#aee0faab178e24c4b71e7b90a6765cbdf', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fconversion_5ffactor_5fuserinput2internal_795', ['pull_conversion_factor_userinput2internal', ['../pull_8h.xhtml#abbcce19ba40736561060cfe98198e6ab', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pull_5fcoord_5fwork_5ft_796', ['pull_coord_work_t', ['../structpull__coord__work__t.xhtml', 1, 'pull_coord_work_t'], │ │ │ │ │ - ['../structpull__coord__work__t.xhtml#ad17022eb80139d753a6ad23b839320b1', 1, 'pull_coord_work_t::pull_coord_work_t()'] │ │ │ │ │ + ['pull_5fcoord_5fwork_5ft_796', ['pull_coord_work_t', ['../structpull__coord__work__t.xhtml#ad17022eb80139d753a6ad23b839320b1', 1, 'pull_coord_work_t::pull_coord_work_t()'], │ │ │ │ │ + ['../structpull__coord__work__t.xhtml', 1, 'pull_coord_work_t'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pull_5fcoordinate_5funits_797', ['pull_coordinate_units', ['../pull_8h.xhtml#a07b69ebef9690b06dd028041c31cf533', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pull_5fgroup_5fwork_5ft_798', ['pull_group_work_t', ['../structpull__group__work__t.xhtml#a5691fbeae1e947dad0ed28bd352cbf74', 1, 'pull_group_work_t::pull_group_work_t()'], │ │ │ │ │ - ['../structpull__group__work__t.xhtml', 1, 'pull_group_work_t'] │ │ │ │ │ + ['pull_5fgroup_5fwork_5ft_798', ['pull_group_work_t', ['../structpull__group__work__t.xhtml', 1, 'pull_group_work_t'], │ │ │ │ │ + ['../structpull__group__work__t.xhtml#a5691fbeae1e947dad0ed28bd352cbf74', 1, 'pull_group_work_t::pull_group_work_t()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pull_5fhave_5fconstraint_799', ['pull_have_constraint', ['../pull_8h.xhtml#a566ce120c039a41fd0bb770a8c3c6724', 1, 'pull_have_constraint(const pull_t &pull): pull.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pull_8h.xhtml#a6aa45e79faa7a773a9d33ec602edb4f6', 1, 'pull_have_constraint(const pull_params_t &pullParameters): pull.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pull_5fhave_5fconstraint_799', ['pull_have_constraint', ['../pull_8h.xhtml#a6aa45e79faa7a773a9d33ec602edb4f6', 1, 'pull_have_constraint(const pull_params_t &pullParameters): pull.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pull_8h.xhtml#a566ce120c039a41fd0bb770a8c3c6724', 1, 'pull_have_constraint(const pull_t &pull): pull.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pull_5fhave_5fpotential_800', ['pull_have_potential', ['../pull_8h.xhtml#ae6af89f849fd30d51ca83d0a083f55c7', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pull_5finternal_2eh_801', ['pull_internal.h', ['../pull__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fparams_2eh_802', ['pull_params.h', ['../pull__params_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fpotential_803', ['pull_potential', ['../pull_8h.xhtml#a8399fff13e16cff4521431248dd371ce', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fprint_5foutput_804', ['pull_print_output', ['../output_8h.xhtml#a03a31b1f513efb311037d8520ddb62d5', 1, 'output.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pull_5frotation_2ecpp_805', ['pull_rotation.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2pull__rotation_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5frotation_2eh_806', ['pull_rotation.h', ['../pull__rotation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5ftype_807', ['pull_type', ['../structt__pullcoord.xhtml#a3659723b352a0c351b5525011edfe521', 1, 't_pullcoord']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fwork_808', ['pull_work', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a75047e8a44584fcb4e0f2bb662723254', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ │ ['pullcheckpbcwithingroup_809', ['pullCheckPbcWithinGroup', ['../pull_8h.xhtml#ab09591734914d2d04d712aebfbf23972', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pullcheckpbcwithingroups_810', ['pullCheckPbcWithinGroups', ['../pull_8h.xhtml#a22765fba515ab711be631bbbe08310e7', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ - ['pullcoordexpressionparser_811', ['pullcoordexpressionparser', ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml#a69a4582d47f4dbbfdee1fff7be371bb0', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser::PullCoordExpressionParser()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser'] │ │ │ │ │ + ['pullcoordexpressionparser_811', ['pullcoordexpressionparser', ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml#a69a4582d47f4dbbfdee1fff7be371bb0', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser::PullCoordExpressionParser()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_2eh_812', ['pullcoordexpressionparser.h', ['../pullcoordexpressionparser_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullcoordindex_5f_813', ['pullCoordIndex_', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a2af1237e8b1f71f4130b923bd2ed1c7d', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem']]], │ │ │ │ │ - ['pulldimparams_814', ['pulldimparams', ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a2bca3ab6e4db03bd35113c1f95f5df80', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams(double conversionFactor, double forceConstant, double beta)'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#ae85515d4f2dbadb5f05849791cf7aa2c', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams() const'] │ │ │ │ │ + ['pulldimparams_814', ['pulldimparams', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a2bca3ab6e4db03bd35113c1f95f5df80', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams(double conversionFactor, double forceConstant, double beta)'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#ae85515d4f2dbadb5f05849791cf7aa2c', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams() const'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pullelement_815', ['pullelement', ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#ad0a8fb319d8d31c9233ed736f4f5675e', 1, 'gmx::PullElement::PullElement()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml', 1, 'gmx::PullElement'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pullelement_2ecpp_816', ['pullelement.cpp', ['../pullelement_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullelement_2eh_817', ['pullelement.h', ['../pullelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullgroupgeometry_818', ['PullGroupGeometry', ['../md__enums_8h.xhtml#a3c39678b5ca68fa66b7f12615f9c2d22', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['pullhistory_819', ['pullHistory', ['../structObservablesHistory.xhtml#a97a66d7379fb71dfb6799ee15528f2a4', 1, 'ObservablesHistory']]], │ │ │ │ │ ['pullhistory_2eh_820', ['pullhistory.h', ['../pullhistory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullingalgorithm_821', ['PullingAlgorithm', ['../md__enums_8h.xhtml#a07879277b22cbe7bbee52b15e64f79c8', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['pullintegrationtest_822', ['PullIntegrationTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pull_8cpp_03_1_1PullIntegrationTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pull.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pullwork_5f_823', ['pullWork_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a8c851007cc9b4141a269a726a13085b6', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['pupdate_824', ['pupdate', ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#a1c5c0b8aa5193ea0b329a649a9e166e7', 1, 'gmx_ana_selmethod_t']]], │ │ │ │ │ - ['push_5fback_825', ['push_back', ['../classPackedJClusterList.xhtml#a92768b447afa8c44186ea869b3c58c0c', 1, 'PackedJClusterList::push_back()'], │ │ │ │ │ - ['../classJClusterList.xhtml#a4b24dd3bf53c0253b5f669d06d20bf0c', 1, 'JClusterList::push_back()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a7f467c55adb55be93e945db68d21c7c9', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::push_back()'] │ │ │ │ │ + ['push_5fback_825', ['push_back', ['../classJClusterList.xhtml#a4b24dd3bf53c0253b5f669d06d20bf0c', 1, 'JClusterList::push_back()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a7f467c55adb55be93e945db68d21c7c9', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::push_back()'], │ │ │ │ │ + ['../classPackedJClusterList.xhtml#a92768b447afa8c44186ea869b3c58c0c', 1, 'PackedJClusterList::push_back()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pushback_826', ['pushBack', ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#ae18ce1449394739fcece544b581cb276', 1, 'gmx::ListOfLists']]], │ │ │ │ │ ['pushbacklistofsize_827', ['pushBackListOfSize', ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a5cc2f517914ce460fbbc72fe7abd4c72', 1, 'gmx::ListOfLists']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fbox_828', ['put_atoms_in_box', ['../pbc_8cpp.xhtml#a610564f01ba42ba37b644eec1bb8d3df', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fbox_5fomp_829', ['put_atoms_in_box_omp', ['../pbc_8cpp.xhtml#a40a33ad9c319d581155eba31d9d26b17', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fcompact_5funitcell_830', ['put_atoms_in_compact_unitcell', ['../pbc_8cpp.xhtml#a428ad6fc47d5d0b15c96ca4c1b6cb903', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5ftriclinic_5funitcell_831', ['put_atoms_in_triclinic_unitcell', ['../pbc_8cpp.xhtml#a55aaad77afec7b9eaebb70b687754d03', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['put_5fsymtab_832', ['put_symtab', ['../symtab_8cpp.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../symtab_8h.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ + ['put_5fsymtab_832', ['put_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../symtab_8cpp.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['putatomsinbox_833', ['putAtomsInBox', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a16e9acd28f4b4c994840404345c7e850', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['putatomsongrid_834', ['putAtomsOnGrid', ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#a7cde7e49fcded68b8e9538db340db2c4', 1, 'nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['putongrid_835', ['putongrid', ['../classPairSearch.xhtml#ac76544e7e256954a6c0acc8d71314956', 1, 'PairSearch::putOnGrid()'], │ │ │ │ │ ['../classNbnxm_1_1GridSet.xhtml#ad7b193dbbad6f777704d80d8da61edb8', 1, 'Nbnxm::GridSet::putOnGrid()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['putupdategroupatomsinsameperiodicimage_836', ['putUpdateGroupAtomsInSamePeriodicImage', ['../domdec_8h.xhtml#aec7dc3c12bedaa5db84bfcd1f4d5a3ae', 1, 'domdec.cpp']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_14.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -27,16 +27,16 @@ │ │ │ │ │ ['../qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_2eh_17', ['qmmmforceprovider.h', ['../qmmmforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_5fstub_2ecpp_18', ['qmmmforceprovider_stub.cpp', ['../qmmmforceprovider__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_19', ['qmmminputgenerator', ['../classgmx_1_1QMMMInputGenerator.xhtml#aa0847e6ee608ea7444b36c9db6e0bdd6', 1, 'gmx::QMMMInputGenerator::QMMMInputGenerator()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMInputGenerator.xhtml', 1, 'gmx::QMMMInputGenerator'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['qmmminputgenerator_2ecpp_20', ['qmmminputgenerator.cpp', ['../qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['qmmminputgenerator_2ecpp_20', ['qmmminputgenerator.cpp', ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_2eh_21', ['qmmminputgenerator.h', ['../qmmminputgenerator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmmdptransformfromstring_22', ['QMMMMdpTransformFromString', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02qmmmoptions_8cpp_03.xhtml#a704afcf71de3ae29cf3c3a260c8e8e0c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmmoptions.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['qmmmmoduleinfo_23', ['QMMMModuleInfo', ['../structgmx_1_1QMMMModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['qmmmoptions_24', ['QMMMOptions', ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['qmmmoptions_2ecpp_25', ['qmmmoptions.cpp', ['../tests_2qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_15.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -84,16 +84,16 @@ │ │ │ │ │ ['../structNBParamGpu.xhtml#a093f588a05a481f1622bc106386c7df5', 1, 'NBParamGpu::rcoulomb_sq'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rcp_50', ['rcp', ['../group__module__simd.xhtml#ga48cb29271cf7ac44a06cfe20e5c29dc2', 1, 'gmx::rcp(SimdFloat x)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga4c2c3eae5c42d898373ec6e90dd99064', 1, 'gmx::rcp(SimdDouble x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rcut_5fcoulomb_51', ['rcut_coulomb', ['../structpme__setup__t.xhtml#a10b26bc4762a645db835d9e55df7324c', 1, 'pme_setup_t']]], │ │ │ │ │ ['rdf_52', ['Rdf', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1Rdf.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['rdf_2ecpp_53', ['rdf.cpp', ['../tests_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../modules_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['rdf_2ecpp_53', ['rdf.cpp', ['../modules_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2rdf_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rdf_2eh_54', ['rdf.h', ['../rdf_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['rdfmoduledata_55', ['rdfmoduledata', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1RdfModuleData.xhtml#a1aaa209e9ec17919e6ed89cd2ba508d6', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::RdfModuleData::RdfModuleData()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1RdfModuleData.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::RdfModuleData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rdfmoduletest_56', ['RdfModuleTest', ['../namespaceanonymous__namespace_02rdf_8cpp_03.xhtml#a557aa8a9fd514da1eb74ebecb02e01a5', 1, 'anonymous_namespace{rdf.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['reactionfieldexclusioncorrection_57', ['reactionFieldExclusionCorrection', ['../tpi_8cpp.xhtml#ab106b4dcf8da8736674dd5ad709e82e6', 1, 'tpi.cpp']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_16.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -1,11 +1,11 @@ │ │ │ │ │ var searchData = [ │ │ │ │ │ - ['s_0', ['s', ['../structBondedInteraction.xhtml#a76a27f765d93b1ba4affaad79fe76185', 1, 'BondedInteraction::s'], │ │ │ │ │ + ['s_0', ['s', ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#aa4c476a22542ca86519dc9851c08e767', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::s'], │ │ │ │ │ ['../structem__state.xhtml#acb04c0b5147e2c82ba7f48cfe1a51d51', 1, 'em_state::s'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#aa4c476a22542ca86519dc9851c08e767', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::s'] │ │ │ │ │ + ['../structBondedInteraction.xhtml#a76a27f765d93b1ba4affaad79fe76185', 1, 'BondedInteraction::s'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['s2g0x_1', ['s2g0X', ['../structPmeShared.xhtml#a2572d29d7e1badfb46c16f9d507d7d25', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['s2g0y_2', ['s2g0Y', ['../structPmeShared.xhtml#a0220b45aefcbcbaac7b6faae2c223306', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['s2g1x_3', ['s2g1X', ['../structPmeShared.xhtml#ad1e15cecc59e9828479c91ddcf2cd4b1', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['s2g1y_4', ['s2g1Y', ['../structPmeShared.xhtml#ad6cbe8c5bf842666c7518a8c03528208', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['s_5fcommunicator_5', ['s_communicator', ['../classgmx_1_1test_1_1MdrunTestFixtureBase.xhtml#ae62d276d1ba59dec267a7332d255b513', 1, 'gmx::test::MdrunTestFixtureBase']]], │ │ │ │ │ ['s_5fdefaulttrajectorytolerances_6', ['s_defaultTrajectoryTolerances', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryComparison.xhtml#a475e982fe7bbfe170f2fb5781d0e60cd', 1, 'gmx::test::TrajectoryComparison']]], │ │ │ │ │ @@ -13,41 +13,41 @@ │ │ │ │ │ ['../expfit_8h.xhtml#a8c5348612f872710564767a5d1a0332e', 1, 's_ffn: expfit.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['s_5fglobaloutputtempdirectory_8', ['s_globalOutputTempDirectory', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager_1_1Impl.xhtml#a26e49ac99892304f132f7017c68df830', 1, 'gmx::test::TestFileManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['s_5fhwinfo_9', ['s_hwinfo', ['../classgmx_1_1test_1_1MdrunTestFixtureBase.xhtml#ab2857137e0650a72c0529558e57946ae', 1, 'gmx::test::MdrunTestFixtureBase']]], │ │ │ │ │ ['s_5finputdirectory_10', ['s_inputDirectory', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager_1_1Impl.xhtml#a922e721cdb28284a46d565b907ef3905', 1, 'gmx::test::TestFileManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['s_5finputfile_11', ['s_inputFile', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#a3e0e6402b320f6c64fa2048bcfe15154', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest']]], │ │ │ │ │ ['s_5fmaxnumthreadsforreduction_12', ['s_maxNumThreadsForReduction', ['../namespacegmx.xhtml#a1f8283ee1167f80dd4e28c0d95cd5bf8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['s_5fmutexfortestfilemanager_13', ['s_mutexfortestfilemanager', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#ac0b71b3808ee4c3dc8d03f2ae053205a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::s_mutexForTestFileManager'], │ │ │ │ │ - ['../classanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03_1_1DomDecSpecialCasesTest.xhtml#a2687180b45ba9c0d0de2c9b0c1eedce1', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::DomDecSpecialCasesTest::s_mutexForTestFileManager'] │ │ │ │ │ + ['s_5fmutexfortestfilemanager_13', ['s_mutexfortestfilemanager', ['../classanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03_1_1DomDecSpecialCasesTest.xhtml#a2687180b45ba9c0d0de2c9b0c1eedce1', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::DomDecSpecialCasesTest::s_mutexForTestFileManager'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#ac0b71b3808ee4c3dc8d03f2ae053205a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::s_mutexForTestFileManager'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['s_5fnpoints_14', ['s_nPoints', ['../group__module__simd.xhtml#ga8a2a543330f7b970d26162dcdd99ee01', 1, 'gmx::test::SimdBaseTest']]], │ │ │ │ │ ['s_5fnumreductionblockbits_15', ['s_numReductionBlockBits', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a7f227910c54d3d33871470ad12c24600', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ │ ['s_5freductionblocksize_16', ['s_reductionBlockSize', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#afeeff27220e2240b6a8f13853d81ed88', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ │ ['s_5fsimulationdatabasedirectory_17', ['s_simulationDatabaseDirectory', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager_1_1Impl.xhtml#a2d3d8c71fb18f1efda748eb016a263e8', 1, 'gmx::test::TestFileManager::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['s_5fskipreason_18', ['s_skipreason', ['../classgmx_1_1test_1_1RequireRankCount.xhtml#a3a0d1a1e733caab6e7a38fa085bcae9b', 1, 'gmx::test::RequireRankCount::s_skipReason'], │ │ │ │ │ + ['s_5fskipreason_18', ['s_skipreason', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02threadaffinity__mpi_8cpp_03_1_1RequireEvenRankCountWithAtLeastFourRanks.xhtml#a33fd4c9da2f63f00736dfc714263a748', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{threadaffinity_mpi.cpp}::RequireEvenRankCountWithAtLeastFourRanks::s_skipReason'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AllowAnyRankCount.xhtml#ab8d204e5ff2663e01cce6cefa39cbf7c', 1, 'gmx::test::AllowAnyRankCount::s_skipReason'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1RequireMinimumRankCount.xhtml#acd07365388deec6b31f84fce8a35be65', 1, 'gmx::test::RequireMinimumRankCount::s_skipReason'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02threadaffinity__mpi_8cpp_03_1_1RequireEvenRankCountWithAtLeastFourRanks.xhtml#a33fd4c9da2f63f00736dfc714263a748', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{threadaffinity_mpi.cpp}::RequireEvenRankCountWithAtLeastFourRanks::s_skipReason'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1RequireRankCount.xhtml#a3a0d1a1e733caab6e7a38fa085bcae9b', 1, 'gmx::test::RequireRankCount::s_skipReason'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['s_5fsubscriberbufferminimumsize_19', ['s_subscriberBufferMinimumSize', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml#abc3dc8a1aad0c86567ce783dfcf96568', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber']]], │ │ │ │ │ ['s_5fsubscriberoffset_20', ['s_subscriberOffset', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml#a61fb4c7ee47599937df4ae22d6285422', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber']]], │ │ │ │ │ - ['s_5ftestfilemanager_21', ['s_testfilemanager', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#a8cb8cb1ffc9c9b92f718621b67cd1f1f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::s_testFileManager'], │ │ │ │ │ - ['../classanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03_1_1DomDecSpecialCasesTest.xhtml#ac208cb875d1b9426b95c3fece5b2cc80', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::DomDecSpecialCasesTest::s_testFileManager'] │ │ │ │ │ + ['s_5ftestfilemanager_21', ['s_testfilemanager', ['../classanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03_1_1DomDecSpecialCasesTest.xhtml#ac208cb875d1b9426b95c3fece5b2cc80', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::DomDecSpecialCasesTest::s_testFileManager'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#a8cb8cb1ffc9c9b92f718621b67cd1f1f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::s_testFileManager'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['s_5ftesthardwareenvironment_22', ['s_testHardwareEnvironment', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a8649ae2f43c9e538cd337c93399e5cc2', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['s_5ftesthardwareenvironmentmutex_23', ['s_testHardwareEnvironmentMutex', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a6b834beb276d0c5f6be01a97d3f57598', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['s_5ftprfilenames_24', ['s_tprfilenames', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#a49a63e00b065a5780167186c88d34ddb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::s_tprFileNames'], │ │ │ │ │ - ['../classanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03_1_1DomDecSpecialCasesTest.xhtml#a66bb8c54fb6abac1df84fe0c8e335ecc', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::DomDecSpecialCasesTest::s_tprFileNames'] │ │ │ │ │ + ['s_5ftprfilenames_24', ['s_tprfilenames', ['../classanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03_1_1DomDecSpecialCasesTest.xhtml#a66bb8c54fb6abac1df84fe0c8e335ecc', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::DomDecSpecialCasesTest::s_tprFileNames'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#a49a63e00b065a5780167186c88d34ddb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::s_tprFileNames'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['safe_5fexp_25', ['safe_exp', ['../expfit_8cpp.xhtml#a4f061218008fe0f7c1b7fb7bd7c5e44b', 1, 'expfit.cpp']]], │ │ │ │ │ ['safe_5fexpm1_26', ['safe_expm1', ['../expfit_8cpp.xhtml#a77cdc89d8216490859461a4384c5c37a', 1, 'expfit.cpp']]], │ │ │ │ │ ['samplecoordandpmf_27', ['sampleCoordAndPmf', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a9efc03687d723f2b86e13f5dab31e37a', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ │ - ['samplecount_28', ['samplecount', ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#ae7af25d4cf476d258201aacff89036e9', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::sampleCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a50b0d6df3ec49b2a75819e4ca3af95d5', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::sampleCount()'] │ │ │ │ │ + ['samplecount_28', ['samplecount', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a50b0d6df3ec49b2a75819e4ca3af95d5', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::sampleCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#ae7af25d4cf476d258201aacff89036e9', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::sampleCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['samplegridsizes_29', ['sampleGridSizes', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmebsplinetest_8cpp_03.xhtml#ae39438efe09a7f543d05b1bf8c960810', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmebsplinetest.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['samplepmf_30', ['samplePmf', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#ac8d8b78b589249e076f4de69de2c5b80', 1, 'gmx::PointState']]], │ │ │ │ │ ['sampleprobabilityweights_31', ['sampleProbabilityWeights', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a791a4e299b421a59352ecd8e742d2930', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ │ ['samples_32', ['Samples', ['../md__enums_8h.xhtml#a7f23540ff5222f8735be151f3cbd1b2fadb8d503322c46d746776ccb54dbb91eb', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['sampletimestep_5f_33', ['sampleTimeStep_', ['../classgmx_1_1test_1_1FrictionMetricTest.xhtml#a7a3203a2a9c9bcb96402d45c01b335c9', 1, 'gmx::test::FrictionMetricTest']]], │ │ │ │ │ ['sampleumbrellagridpoint_34', ['sampleUmbrellaGridpoint', ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml#a1aa3af22572f99449b840feb0a9c3163', 1, 'gmx::CoordState']]], │ │ │ │ │ @@ -56,44 +56,44 @@ │ │ │ │ │ ['sandrtty_37', ['sandrTty', ['../group__module__onlinehelp.xhtml#gae3530d298597983b6376c48e09c63816', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['sanegridsize_38', ['saneGridSize', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmebsplinetest_8cpp_03.xhtml#ac12a9dbfe8934c0c457c4af83bde4b03', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmebsplinetest.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['sanepmeorder_39', ['sanePmeOrder', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmebsplinetest_8cpp_03.xhtml#a047f81edad8ec7a240a3152c46618198', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmebsplinetest.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['sansdebye_40', ['sansdebye', ['../classgmx_1_1SansDebye.xhtml', 1, 'gmx::SansDebye'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SansDebye.xhtml#a0bb2e9276239b93f79d72cdf773e8fa0', 1, 'gmx::SansDebye::SansDebye()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sasa_41', ['Sasa', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02sasa_8cpp_03_1_1Sasa.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{sasa.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['sasa_2ecpp_42', ['sasa.cpp', ['../modules_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['sasa_2ecpp_42', ['sasa.cpp', ['../tests_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../modules_2sasa_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sasa_2eh_43', ['sasa.h', ['../sasa_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['sasamoduledata_44', ['sasamoduledata', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02sasa_8cpp_03_1_1SasaModuleData.xhtml#a2edf401c89ecb50a5154e2b5e1c8a1f9', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{sasa.cpp}::SasaModuleData::SasaModuleData()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02sasa_8cpp_03_1_1SasaModuleData.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{sasa.cpp}::SasaModuleData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sasamoduletest_45', ['SasaModuleTest', ['../namespaceanonymous__namespace_02sasa_8cpp_03.xhtml#a363431637ae34b870c107442404b3f84', 1, 'anonymous_namespace{sasa.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['save_5fcalloc_46', ['save_calloc', ['../smalloc_8h.xhtml#af6d73f5ac19d401287ec06c2bbe8b73b', 1, 'smalloc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['save_5fcalloc_5faligned_47', ['save_calloc_aligned', ['../smalloc_8h.xhtml#a8d03915277e0b152e4d383811d8872e1', 1, 'smalloc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['save_5ffree_48', ['save_free', ['../smalloc_8h.xhtml#a1a8ebd96b293ca1f67b3dd41ff1eb43a', 1, 'smalloc.h']]], │ │ │ │ │ ['save_5ffree_5faligned_49', ['save_free_aligned', ['../smalloc_8h.xhtml#ae35d52a2d595ae960055674b4a0d566a', 1, 'smalloc.h']]], │ │ │ │ │ ['save_5fmalloc_50', ['save_malloc', ['../smalloc_8h.xhtml#a4aa36d45cbe79ee551ea9d2e032be5c7', 1, 'smalloc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['save_5fmalloc_5faligned_51', ['save_malloc_aligned', ['../smalloc_8h.xhtml#ac9f21a1f7ef12e856e74372d8cb9d233', 1, 'smalloc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['save_5frealloc_52', ['save_realloc', ['../smalloc_8h.xhtml#af31ca8a44667bdd81e548e75a7b0a31d', 1, 'smalloc.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['savecheckpointstate_53', ['savecheckpointstate', ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#a0613305c51cd85f761021905a7cc6000', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::saveCheckpointState()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a955025d3dc2badd068819b0366263f21', 1, 'gmx::EnergyData::Element::saveCheckpointState()'], │ │ │ │ │ + ['savecheckpointstate_53', ['savecheckpointstate', ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a955025d3dc2badd068819b0366263f21', 1, 'gmx::EnergyData::Element::saveCheckpointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExpandedEnsembleElement.xhtml#aa81f8ca220fe300d1c4ea3aa561c7d4d', 1, 'gmx::ExpandedEnsembleElement::saveCheckpointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#a7215fd9b674948475b7a7394a34cf3e9', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::saveCheckpointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#aa845e4a2a85e58b53f868a3bfe74311a', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::saveCheckpointState()'], │ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gaa70e5868cd4b8559099c8b687810f8df', 1, 'gmx::ICheckpointHelperClient::saveCheckpointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#acf983f5ad30b4b8792883b4a69799566', 1, 'gmx::MttkData::saveCheckpointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsData.xhtml#af201f4dac2c01518d6a465a1e395d693', 1, 'gmx::NoseHooverChainsData::saveCheckpointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#a6c4ff548b028800659e1e5b01b050cf3', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::saveCheckpointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#acb46bbfd7f683624c4e04585d7151fae', 1, 'gmx::PullElement::saveCheckpointState()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1Element.xhtml#aed73d86e0139c581fb13f5a64c3ac591', 1, 'gmx::StatePropagatorData::Element::saveCheckpointState()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1Element.xhtml#aed73d86e0139c581fb13f5a64c3ac591', 1, 'gmx::StatePropagatorData::Element::saveCheckpointState()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#a0613305c51cd85f761021905a7cc6000', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::saveCheckpointState()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['saveedsampointer_54', ['saveEdsamPointer', ['../classgmx_1_1Constraints.xhtml#aa20d0b058932c4e3ff6725444de6499f', 1, 'gmx::Constraints']]], │ │ │ │ │ - ['saxsdebye_55', ['saxsdebye', ['../classgmx_1_1SaxsDebye.xhtml#a678e01fbb38f9e7d22bb5bd2efa414b6', 1, 'gmx::SaxsDebye::SaxsDebye()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SaxsDebye.xhtml', 1, 'gmx::SaxsDebye'] │ │ │ │ │ + ['saxsdebye_55', ['saxsdebye', ['../classgmx_1_1SaxsDebye.xhtml', 1, 'gmx::SaxsDebye'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SaxsDebye.xhtml#a678e01fbb38f9e7d22bb5bd2efa414b6', 1, 'gmx::SaxsDebye::SaxsDebye()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sbase_56', ['sbase', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#a72b00bc053d3b7b79e594b1b6e5fa733', 1, 'gmx_ana_poscalc_t']]], │ │ │ │ │ ['sblock_57', ['sblock', ['../structgmx_1_1shakedata.xhtml#a119cbdb92204daa557f75d7a14bbeb8c', 1, 'gmx::shakedata']]], │ │ │ │ │ ['sc_58', ['sc', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a82dc052b54870d8ea2770036c241af08', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ │ ['sc_5f_59', ['sc_', ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a7ce70ac756fedffc234e93074714b732', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl']]], │ │ │ │ │ ['sc_5fatominfo_5fenergygroupidmask_60', ['sc_atomInfo_EnergyGroupIdMask', ['../namespacegmx.xhtml#a4074ea4c177fa4b5dd3e6c57e45d9184', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['sc_5fatominfo_5ffreeenergyperturbation_61', ['sc_atomInfo_FreeEnergyPerturbation', ['../namespacegmx.xhtml#a2300c570bd4a239ec9f1d49f4f55dd38', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -113,80 +113,80 @@ │ │ │ │ │ ['sc_5fworkgroupsize_75', ['sc_workGroupSize', ['../namespacegmx.xhtml#ac85e48554e6e1788ea930b7064d371a6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['sc_5fxoldwholename_5f_76', ['sc_xOldWholeName_', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml#a4ae85de69074dadd19c5fc012a3cccc8', 1, 'gmx::ColvarsForceProviderState']]], │ │ │ │ │ ['scalar_2eh_77', ['scalar.h', ['../scalar_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scalar_5fmath_2eh_78', ['scalar_math.h', ['../scalar__math_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scalar_5futil_2eh_79', ['scalar_util.h', ['../scalar__util_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scalardatatypes_80', ['ScalarDataTypes', ['../structScalarDataTypes.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scalarforce_81', ['scalarForce', ['../structpull__coord__work__t.xhtml#adde522794352e2ebc796944dcda04204', 1, 'pull_coord_work_t']]], │ │ │ │ │ - ['scale_82', ['scale', ['../structt__forcetable.xhtml#a74042b613c0660e9d1a66b49147d0159', 1, 't_forcetable::scale'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#aa587cc1c76049dce893923692e23d769', 1, 'gmx::MttkData::scale()'], │ │ │ │ │ + ['scale_82', ['scale', ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#aa587cc1c76049dce893923692e23d769', 1, 'gmx::MttkData::scale()'], │ │ │ │ │ + ['../structt__forcetable.xhtml#a74042b613c0660e9d1a66b49147d0159', 1, 't_forcetable::scale'], │ │ │ │ │ ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml#a5c019da79bddcfb0ac07f2a757a269bc', 1, 'PmeGpuDynamicParams::scale'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['scaleall_83', ['scaleAll', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#a749915682fa7728ee088dfd6726b1736', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['scaleallbyvector_84', ['scaleAllByVector', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#aabe3becd12550d662e727afbd168f433', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['scalebox_85', ['scaleBox', ['../classEwaldBoxZScaler.xhtml#a67431757f83b309cf81b3cf96eabe7bf', 1, 'EwaldBoxZScaler']]], │ │ │ │ │ ['scalebyvector_86', ['scaleByVector', ['../namespacegmx.xhtml#ae92e5fa525c52dcde660bb171c3fe5a2', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['scalecoordinates_87', ['scaleCoordinates', ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a9376d1cbbecb20c18661950973814d0d', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl']]], │ │ │ │ │ ['scaled_5flagrange_5fmultiplier_88', ['scaled_lagrange_multiplier', ['../structgmx_1_1shakedata.xhtml#adde8f58fcb5ada8d634039c00ca42a58', 1, 'gmx::shakedata']]], │ │ │ │ │ ['scaledsampleweight_89', ['ScaledSampleWeight', ['../namespacegmx.xhtml#aa78c6481d10a93316c155ffdf021e581a7cffc85b2f1c2177a818913479ea4f18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['scaleinternaltouserinput_90', ['scaleInternalToUserInput', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a8b7199033caa1dbea6f4fbc8457c3103', 1, 'gmx::DimParams']]], │ │ │ │ │ ['scalekernel_91', ['scaleKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a9a2c10562bd2d5f931c5ef55c75f595f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['scaleoperationonly_92', ['scaleOperationOnly', ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml#acc95c4510196adaa2be2e247eaa400a6', 1, 'gmx::TranslateAndScale']]], │ │ │ │ │ - ['scalepositions_93', ['scalepositions', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a0ad0cca109a60ba3ddbe1df8f32d19ba', 1, 'gmx::ScalePositions'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa40466eed05791a3c070a9620d0118a5', 1, 'gmx::scalePositions(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict x)'] │ │ │ │ │ + ['scalepositions_93', ['scalepositions', ['../namespacegmx.xhtml#aa40466eed05791a3c070a9620d0118a5', 1, 'gmx::scalePositions(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict x)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a0ad0cca109a60ba3ddbe1df8f32d19ba', 1, 'gmx::ScalePositions'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['scalesingle_94', ['scaleSingle', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#abb37138b6fef236b38b46177ab3a7f16', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['scaletarget_95', ['scaleTarget', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a93751c7f51be9d69545a30ce189bffc2', 1, 'gmx::PointState']]], │ │ │ │ │ ['scaletargetbymetric_96', ['scaleTargetByMetric', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#ad9bd18c9c3bb06a0a31ae993dc420eba', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ │ ['scaleuserinputtointernal_97', ['scaleUserInputToInternal', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a004d2c59395c40d1600fcfecde06de49', 1, 'gmx::DimParams']]], │ │ │ │ │ ['scalevelocities_98', ['scalevelocities', ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a92ef8227ecb881d5a8f7fd2b3882afe3', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl::scaleVelocities()'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga5ff057aa36da97961cf549a2d15d0a1d', 1, 'gmx::ScaleVelocities'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a4e4da4f100aca65e4733c6fe8e881a45', 1, 'gmx::scaleVelocities(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict v)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a2108282211446e168416bdfc55bbbda1', 1, 'gmx::ScaleVelocities'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a4e4da4f100aca65e4733c6fe8e881a45', 1, 'gmx::scaleVelocities(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict v)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga5ff057aa36da97961cf549a2d15d0a1d', 1, 'gmx::ScaleVelocities'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['scalingmatrix_99', ['ScalingMatrix', ['../structgmx_1_1ScalingMatrix.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['scan_5fedvec_100', ['scan_edvec', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa33eff7a8d809b89f9cf9041736b276e', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['scanner_2eh_101', ['scanner.h', ['../scanner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scanner_5finternal_2ecpp_102', ['scanner_internal.cpp', ['../scanner__internal_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scanner_5finternal_2eh_103', ['scanner_internal.h', ['../scanner__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scantemporarynalloc_104', ['scanTemporaryNalloc', ['../structNbnxm_1_1gpuPlistSorting.xhtml#a0af4bf40e76460766ce63e883d954f15', 1, 'Nbnxm::gpuPlistSorting']]], │ │ │ │ │ ['scattering_2ddebye_2dsans_2ecpp_105', ['scattering-debye-sans.cpp', ['../scattering-debye-sans_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scattering_2ddebye_2dsans_2eh_106', ['scattering-debye-sans.h', ['../scattering-debye-sans_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scattering_2ddebye_2dsaxs_2ecpp_107', ['scattering-debye-saxs.cpp', ['../scattering-debye-saxs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scattering_2ddebye_2dsaxs_2eh_108', ['scattering-debye-saxs.h', ['../scattering-debye-saxs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scattering_2ddebye_2ecpp_109', ['scattering-debye.cpp', ['../scattering-debye_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scattering_2ddebye_2eh_110', ['scattering-debye.h', ['../scattering-debye_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['scattering_2ecpp_111', ['scattering.cpp', ['../tests_2scattering_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../modules_2scattering_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['scattering_2ecpp_111', ['scattering.cpp', ['../modules_2scattering_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2scattering_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['scattering_2eh_112', ['scattering.h', ['../scattering_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scatteringfactors_2ecpp_113', ['scatteringfactors.cpp', ['../scatteringfactors_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scatteringfactors_2eh_114', ['scatteringfactors.h', ['../scatteringfactors_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scatteringmodule_115', ['ScatteringModule', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02scattering_8cpp_03_1_1ScatteringModule.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{scattering.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['scattertype_116', ['ScatterType', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02scattering_8cpp_03.xhtml#af68bed217f507f95a84693dad6919bcb', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{scattering.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['scattertypenames_117', ['ScatterTypeNames', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02scattering_8cpp_03.xhtml#a060d9ca319f3fcc1995bb836c0dc58ab', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{scattering.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['schedulecheckoflocaltopology_118', ['scheduleCheckOfLocalTopology', ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker.xhtml#a0d84c8f23ed94741752cf48063dee793', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker']]], │ │ │ │ │ ['scheduleoninitstep_119', ['ScheduleOnInitStep', ['../namespacegmx.xhtml#a65a4da1c9de2e9bed752f8b8a3f9f536', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['scheduletask_120', ['scheduletask', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a481f40331c19d897e8f19f6e6df28c35', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['scheduletask_120', ['scheduletask', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga885f0c13ca151b4f3faff2b6693be4d5', 1, 'gmx::ISimulatorElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#a8978e8d9ea8378ce811b481ba300ceb2', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryElement.xhtml#af5d77577c343b5a6213b0183599f0dd3', 1, 'gmx::TrajectoryElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1Element.xhtml#a78ea1b79b3207c007545ee32f75a5c18', 1, 'gmx::StatePropagatorData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#a5de27b8c103d61af4fc0d4485f0696d8', 1, 'gmx::PullElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml#aadb56e05e1e98a746c3d7efe690b36f9', 1, 'gmx::MttkElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkBoxScaling.xhtml#a843d396f3a4b61ba30f61e75621125bf', 1, 'gmx::MttkBoxScaling::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsElement.xhtml#ae18d9a9b5dd62c70e247de9cacb7e49b', 1, 'gmx::NoseHooverChainsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#ab0f183bf218447632393e134cd168926', 1, 'gmx::Propagator::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#a5de27b8c103d61af4fc0d4485f0696d8', 1, 'gmx::PullElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1Element.xhtml#a78ea1b79b3207c007545ee32f75a5c18', 1, 'gmx::StatePropagatorData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryElement.xhtml#af5d77577c343b5a6213b0183599f0dd3', 1, 'gmx::TrajectoryElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#aedfd16655cf7fecee54f630ce17f59f7', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsElement.xhtml#ae18d9a9b5dd62c70e247de9cacb7e49b', 1, 'gmx::NoseHooverChainsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkBoxScaling.xhtml#a843d396f3a4b61ba30f61e75621125bf', 1, 'gmx::MttkBoxScaling::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml#aadb56e05e1e98a746c3d7efe690b36f9', 1, 'gmx::MttkElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga885f0c13ca151b4f3faff2b6693be4d5', 1, 'gmx::ISimulatorElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ComputeGlobalsElement.xhtml#a6ad79f672990c0e51239a15dc170d442', 1, 'gmx::ComputeGlobalsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ConstraintsElement.xhtml#a94d2b1115cc744e608601b6ae0755566', 1, 'gmx::ConstraintsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a087252166c905077ef90d523b181b975', 1, 'gmx::EnergyData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a481f40331c19d897e8f19f6e6df28c35', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml#a5ee9dc6b064ef1302b6c1f87584a59fc', 1, 'gmx::ForceElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#aae8bd9e527ae47ec32a1bbdf7280d3d7', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExpandedEnsembleElement.xhtml#a10f8d4fb2cf188bdfa934a3d41f504a7', 1, 'gmx::ExpandedEnsembleElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a087252166c905077ef90d523b181b975', 1, 'gmx::EnergyData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ConstraintsElement.xhtml#a94d2b1115cc744e608601b6ae0755566', 1, 'gmx::ConstraintsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ComputeGlobalsElement.xhtml#a6ad79f672990c0e51239a15dc170d442', 1, 'gmx::ComputeGlobalsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CompositeSimulatorElement.xhtml#a63bab13598122656712cebb8ba83997c', 1, 'gmx::CompositeSimulatorElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CheckpointHelper.xhtml#a816df5001cbd0c60982950c1bb4e949e', 1, 'gmx::CheckpointHelper::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AndersenTemperatureCoupling.xhtml#ac08b0da8d9082185faf25841681a52f6', 1, 'gmx::AndersenTemperatureCoupling::scheduleTask()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['scheduling_121', ['Task scheduling', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md18', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['schedulingfunction_122', ['SchedulingFunction', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga2e5213722419e15e533f31b31705c19c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['sci_123', ['sci', ['../structnbnxn__sci.xhtml#a3a6a90166a3d460b7ef941bd37e472be', 1, 'nbnxn_sci::sci'], │ │ │ │ │ @@ -215,26 +215,26 @@ │ │ │ │ │ ['secondarystructuretypes_144', ['SecondaryStructureTypes', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0c', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['secondworstvalue_145', ['secondWorstValue', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#a8a13144969fb9e78af070d23bdd8773e', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]], │ │ │ │ │ ['section_146', ['Section', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#aa42ee379f117739637fea3d9ec66e6ac', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl']]], │ │ │ │ │ ['sectiondepth_5f_147', ['sectionDepth_', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl.xhtml#a47265320e684274c6eb2db8f34e6d4c8', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl']]], │ │ │ │ │ ['sectionlist_148', ['SectionList', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a0b5d7191a67300492668b579b3d8c7d7', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ │ ['sectionpointer_149', ['SectionPointer', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ad7c03ec290814714430d5da793da8b1c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ │ ['sectionstack_5f_150', ['sectionStack_', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#a12895288cec1aa199d4139c526299ec4', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['seed_151', ['seed', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a1a1d881fcb5a3da2c4a94d990d85c482', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::seed(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'], │ │ │ │ │ + ['seed_151', ['seed', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6c1008edd52ae4e2e1ea5263448fac7b', 1, 'gmx::AwhParams::seed()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a361aebb35292ccabe9cc53e6fee091f4', 1, 'gmx_repl_ex::seed'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a314085e7fd7c311d6df66b13553bab45', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::seed(uint64_t key0, uint64_t key1)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6c1008edd52ae4e2e1ea5263448fac7b', 1, 'gmx::AwhParams::seed()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a361aebb35292ccabe9cc53e6fee091f4', 1, 'gmx_repl_ex::seed'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a1a1d881fcb5a3da2c4a94d990d85c482', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::seed(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['seed_2ecpp_152', ['seed.cpp', ['../tests_2seed_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['seed_2eh_153', ['seed.h', ['../seed_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['seed_5f_154', ['seed_', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#a43cc4a05fb282e096cf2bb1e792e7917', 1, 'gmx::test::BiasTest::seed_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml#a3c0987ff66d3da9b720ed7543bc84411', 1, 'gmx::test::BiasFepLambdaStateTest::seed_'] │ │ │ │ │ + ['seed_5f_154', ['seed_', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml#a3c0987ff66d3da9b720ed7543bc84411', 1, 'gmx::test::BiasFepLambdaStateTest::seed_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#a43cc4a05fb282e096cf2bb1e792e7917', 1, 'gmx::test::BiasTest::seed_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['sel_155', ['sel', ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#a5e28e2020cfd3bcd4018cb981db4eee3', 1, 'gmx_ana_selcollection_t::sel'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#ad61f4043df826e04bd19ede14da87576', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::sel'] │ │ │ │ │ + ['sel_155', ['sel', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#ad61f4043df826e04bd19ede14da87576', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::sel'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#a5e28e2020cfd3bcd4018cb981db4eee3', 1, 'gmx_ana_selcollection_t::sel'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sel_5fallocdata_156', ['SEL_ALLOCDATA', ['../selelem_8h.xhtml#a9014d6430c86dbc2ed5a067436bcf6f4', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5fallocval_157', ['SEL_ALLOCVAL', ['../selelem_8h.xhtml#a6fee1910b915d2f6e873f134e297ab47', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5farithmetic_158', ['SEL_ARITHMETIC', ['../selelem_8h.xhtml#a1f104d5c71b1198ef51acc4ef016ae46a8b75dccbec633c2002ea8c8fd3639b0e', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5fatomval_159', ['SEL_ATOMVAL', ['../selelem_8h.xhtml#a886d77bc80183da9d77a76f40e7e3b73', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5fboolean_160', ['SEL_BOOLEAN', ['../selelem_8h.xhtml#a1f104d5c71b1198ef51acc4ef016ae46ae886c4e170c3abd5527de0af74ba4a45', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5fcdata_5fcommonsubexpr_161', ['SEL_CDATA_COMMONSUBEXPR', ['../compiler_8cpp.xhtml#aedcf2109f459315e1a7f2af73ec9b603a6f054eb53eb7aad552ddfdbe2e47c36a', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -272,53 +272,53 @@ │ │ │ │ │ ['sel_5fupdatefunc_5fpos_193', ['sel_updatefunc_pos', ['../selmethod_8h.xhtml#a5d3ca539422830ca820770e9a481ce68', 1, 'selmethod.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5fvalflagmask_194', ['SEL_VALFLAGMASK', ['../selelem_8h.xhtml#a655f74bf854b705aee5a7c89bc94f597', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5fvaltypemask_195', ['SEL_VALTYPEMASK', ['../selelem_8h.xhtml#a8e88981dc413e3eb7356fd2a64bcf481', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5fvarnumval_196', ['SEL_VARNUMVAL', ['../selelem_8h.xhtml#aa6b7039bec845775c664246914b30d50', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['select_197', ['select', ['../namespacegmx.xhtml#a9b2fd966c924499613d71524e3d69471a99938282f04071859941e18f16efcf42', 1, 'gmx::select'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af2ca01657023e02580baaaf0c011a60ca99938282f04071859941e18f16efcf42', 1, 'gmx::select'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['select_2ecpp_198', ['select.cpp', ['../modules_2select_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2select_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['select_2ecpp_198', ['select.cpp', ['../tests_2select_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../modules_2select_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['select_2eh_199', ['select.h', ['../select_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['select_5fnbnxn_5fkernel_200', ['select_nbnxn_kernel', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a82c4e76273b4f03b8252ec7be11d1ff5', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['select_5fon_5fcontainer_5fcopy_5fconstruction_201', ['select_on_container_copy_construction', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#a8ffcc79b54332af1e9f17b673c907bfb', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ │ ['selectbondedkernelflavor_202', ['selectBondedKernelFlavor', ['../namespaceanonymous__namespace_02listed__forces_8cpp_03.xhtml#a8144ca2c7cf4a6a35269e93d8eb52e4f', 1, 'anonymous_namespace{listed_forces.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['selectbymask_203', ['selectbymask', ['../group__module__simd.xhtml#ga76ed0866ac21967e0a9641acca32ab50', 1, 'gmx::selectByMask(Simd4Float a, Simd4FBool mask)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gadb2e8393818311d9b97ab723b8150e77', 1, 'gmx::selectByMask(SimdDouble a, SimdDBool mask)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga41408567ca23cb56ace128e8fe0be4f4', 1, 'gmx::selectByMask(SimdDInt32 a, SimdDIBool mask)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gad8662b109c880042900ece585e9b4c68', 1, 'gmx::selectByMask(SimdFloat a, SimdFBool mask)'], │ │ │ │ │ + ['selectbymask_203', ['selectbymask', ['../namespacegmx.xhtml#a543420229312467871aaa26ea79f5a5d', 1, 'gmx::selectByMask(std::int32_t a, bool mask)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa1449de9307a87e0c5946fd9cab43b35', 1, 'gmx::selectByMask(double a, bool mask)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af47eb155075f6f9aa99ecca11825b021', 1, 'gmx::selectByMask(float a, bool mask)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga514569727a2e78d7308e19718aa52073', 1, 'gmx::selectByMask(SimdFInt32 a, SimdFIBool mask)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gad8662b109c880042900ece585e9b4c68', 1, 'gmx::selectByMask(SimdFloat a, SimdFBool mask)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga41408567ca23cb56ace128e8fe0be4f4', 1, 'gmx::selectByMask(SimdDInt32 a, SimdDIBool mask)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga223de776671702527c62b4da8f6e570a', 1, 'gmx::selectByMask(Simd4Double a, Simd4DBool mask)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#af47eb155075f6f9aa99ecca11825b021', 1, 'gmx::selectByMask(float a, bool mask)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa1449de9307a87e0c5946fd9cab43b35', 1, 'gmx::selectByMask(double a, bool mask)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a543420229312467871aaa26ea79f5a5d', 1, 'gmx::selectByMask(std::int32_t a, bool mask)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga76ed0866ac21967e0a9641acca32ab50', 1, 'gmx::selectByMask(Simd4Float a, Simd4FBool mask)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gadb2e8393818311d9b97ab723b8150e77', 1, 'gmx::selectByMask(SimdDouble a, SimdDBool mask)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['selectbynotmask_204', ['selectbynotmask', ['../group__module__simd.xhtml#ga3b181964f04f57a08d6241f639696d31', 1, 'gmx::selectByNotMask(SimdFloat a, SimdFBool mask)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gab614faa655138f6dd9647301290d993d', 1, 'gmx::selectByNotMask(SimdFInt32 a, SimdFIBool mask)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a76f8ccf8f582242260b4e785ebf48e3a', 1, 'gmx::selectByNotMask(float a, bool mask)'], │ │ │ │ │ + ['selectbynotmask_204', ['selectbynotmask', ['../namespacegmx.xhtml#aa1c7d81b9ba8302dadcbdded4fcd4399', 1, 'gmx::selectByNotMask(std::int32_t a, bool mask)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a2f03ad3380ef6213c5459051c3268ba7', 1, 'gmx::selectByNotMask(double a, bool mask)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa1c7d81b9ba8302dadcbdded4fcd4399', 1, 'gmx::selectByNotMask(std::int32_t a, bool mask)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a76f8ccf8f582242260b4e785ebf48e3a', 1, 'gmx::selectByNotMask(float a, bool mask)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga2ad9dbb3900122823a8c86435335d3e6', 1, 'gmx::selectByNotMask(SimdDouble a, SimdDBool mask)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaaff9aa6673f42b4d0d4f3b154deac384', 1, 'gmx::selectByNotMask(Simd4Float a, Simd4FBool mask)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gab614faa655138f6dd9647301290d993d', 1, 'gmx::selectByNotMask(SimdFInt32 a, SimdFIBool mask)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga388cbdee2056718a2d23b3080d4c9b84', 1, 'gmx::selectByNotMask(Simd4Double a, Simd4DBool mask)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga5465630a9899275f6ab90f2e0af66554', 1, 'gmx::selectByNotMask(SimdDInt32 a, SimdDIBool mask)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga3b181964f04f57a08d6241f639696d31', 1, 'gmx::selectByNotMask(SimdFloat a, SimdFBool mask)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga5465630a9899275f6ab90f2e0af66554', 1, 'gmx::selectByNotMask(SimdDInt32 a, SimdDIBool mask)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaaff9aa6673f42b4d0d4f3b154deac384', 1, 'gmx::selectByNotMask(Simd4Float a, Simd4FBool mask)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectcompileroptions_205', ['selectCompilerOptions', ['../ocl__compiler_8cpp.xhtml#a66c476831114cff14e41cc61c52fb320', 1, 'gmx::ocl']]], │ │ │ │ │ - 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['selectionoption_237', ['selectionoption', ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml#a3b7fd0aeff67eb82d3e42adfe912ee4d', 1, 'gmx::SelectionOption::SelectionOption()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOption'] │ │ │ │ │ + ['selectionoption_237', ['selectionoption', ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOption'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml#a3b7fd0aeff67eb82d3e42adfe912ee4d', 1, 'gmx::SelectionOption::SelectionOption()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['selectionoption_2ecpp_238', ['selectionoption.cpp', ['../selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['selectionoption_2ecpp_238', ['selectionoption.cpp', ['../tests_2selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionoption_2eh_239', ['selectionoption.h', ['../selectionoption_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectionoptionbehavior_240', ['selectionoptionbehavior', ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#a21603fb725d94a93250b0be84d3d7a6c', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::SelectionOptionBehavior()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionoptionbehavior_2ecpp_241', ['selectionoptionbehavior.cpp', ['../selectionoptionbehavior_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectionoptionbehavior_2eh_242', ['selectionoptionbehavior.h', ['../selectionoptionbehavior_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['selectionoptioninfo_243', ['selectionoptioninfo', ['../classgmx_1_1SelectionOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionInfo'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionInfo.xhtml#a86d460125f437e3a579f100685a5d46f', 1, 'gmx::SelectionOptionInfo::SelectionOptionInfo()'] │ │ │ │ │ + ['selectionoptioninfo_243', ['selectionoptioninfo', ['../classgmx_1_1SelectionOptionInfo.xhtml#a86d460125f437e3a579f100685a5d46f', 1, 'gmx::SelectionOptionInfo::SelectionOptionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionInfo'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['selectionoptionmanager_244', ['selectionoptionmanager', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionManager'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml#abfcd429376957cf60d31daed35726a85', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::SelectionOptionManager()'] │ │ │ │ │ + ['selectionoptionmanager_244', ['selectionoptionmanager', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml#abfcd429376957cf60d31daed35726a85', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::SelectionOptionManager()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionManager'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionoptionmanager_2ecpp_245', ['selectionoptionmanager.cpp', ['../selectionoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectionoptionmanager_2eh_246', ['selectionoptionmanager.h', ['../selectionoptionmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['selectionoptionstorage_247', ['selectionoptionstorage', ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#aecf586e2202f78eaf691bfda3ce76ce3', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::SelectionOptionStorage()'], │ │ │ │ │ + ['selectionoptionstorage_247', ['selectionoptionstorage', ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#aecf586e2202f78eaf691bfda3ce76ce3', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::SelectionOptionStorage()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml#a3dd781afa3dc217f65462ce050a61552', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::SelectionOptionStorage'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml#a3dd781afa3dc217f65462ce050a61552', 1, 'gmx::SelectionOption::SelectionOptionStorage'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a3dd781afa3dc217f65462ce050a61552', 1, 'gmx::Selection::SelectionOptionStorage'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a3dd781afa3dc217f65462ce050a61552', 1, 'gmx::Selection::SelectionOptionStorage'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionoptionstorage_2eh_248', ['selectionoptionstorage.h', ['../selectionoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectionoptiontest_249', ['SelectionOptionTest', ['../namespaceanonymous__namespace_02selectionoption_8cpp_03.xhtml#ad99a9b270cf6de85ac410309df322590', 1, 'anonymous_namespace{selectionoption.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['selectionparserparameter_250', ['SelectionParserParameter', ['../classgmx_1_1SelectionParserParameter.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionparserparameterlist_251', ['SelectionParserParameterList', ['../namespacegmx.xhtml#a2000e8454576fcfcd5a8fdc5d060da4e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionparserparameterlistpointer_252', ['SelectionParserParameterListPointer', ['../namespacegmx.xhtml#af69a9fb56d051d95e77a90d57a9fa42e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionparsersymbol_253', ['SelectionParserSymbol', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1019,21 +1019,21 @@ │ │ │ │ │ ['../domdec__specatomcomm_8h.xhtml#aae903ef4e88cd446e0df4f445d6cd271', 1, 'setup_specat_communication(gmx_domdec_t *dd, std::vector< int > *ireq, gmx_domdec_specat_comm_t *spac, gmx::HashedMap< int > *ga2la_specat, int at_start, int vbuf_fac, const char *specat_type, const char *add_err): domdec_specatomcomm.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setup_5ftab_636', ['setup_tab', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a59bca5a0d46375b7c594ef87a0754613', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['setupandruninstance_637', ['setupAndRunInstance', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a7cd4cb2fd6e5f0a94f949ad4286f8c4e', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['setuparraydata_638', ['setupArrayData', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#ab6d21da208c94e97df257919cc89b3e1', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]], │ │ │ │ │ ['setupdataobject_639', ['setupDataObject', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#a0cb8a329321fa6694d70cb2366b54ba6', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]], │ │ │ │ │ ['setupdomainlifetimeworkload_640', ['setupDomainLifetimeWorkload', ['../namespacegmx.xhtml#ad69054c2571d5b823cda7282af0af92d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['setupdynamicpairlistpruning_641', ['setupdynamicpairlistpruning', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#a34b6a0d06d27615d6433cbe4603f5472', 1, 'setupDynamicPairlistPruning(const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, const real effectiveAtomDensity, const interaction_const_t &interactionConst, PairlistParams *listParams): pairlist_tuning.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pairlist__tuning_8h.xhtml#a31f0f5dec632d6e9d9d2d98dd02db4cb', 1, 'setupDynamicPairlistPruning(const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, real effectiveAtomDensity, const interaction_const_t &interactionConst, PairlistParams *listParams): pairlist_tuning.cpp'] │ │ │ │ │ + ['setupdynamicpairlistpruning_641', ['setupdynamicpairlistpruning', ['../pairlist__tuning_8h.xhtml#a31f0f5dec632d6e9d9d2d98dd02db4cb', 1, 'setupDynamicPairlistPruning(const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, real effectiveAtomDensity, const interaction_const_t &interactionConst, PairlistParams *listParams): pairlist_tuning.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#a34b6a0d06d27615d6433cbe4603f5472', 1, 'setupDynamicPairlistPruning(const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, const real effectiveAtomDensity, const interaction_const_t &interactionConst, PairlistParams *listParams): pairlist_tuning.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setupfepthreadedforcebuffer_642', ['setupFepThreadedForceBuffer', ['../classFreeEnergyDispatch.xhtml#a0efe5152f2c3aaa0517679327fd8fa27', 1, 'FreeEnergyDispatch']]], │ │ │ │ │ ['setupgpudevicepeeraccess_643', ['setupGpuDevicePeerAccess', ['../gpu__utils_8h.xhtml#a6a6086ad2b13982b14c59037ef4e9195', 1, 'gpu_utils.h']]], │ │ │ │ │ - ['setupgpushortrangework_644', ['setupgpushortrangework', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a6646f7ca480ef72303d47807123110ca', 1, 'Nbnxm::setupGpuShortRangeWork()'], │ │ │ │ │ - ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#a9e309467d7971713a4122fe1edc41448', 1, 'nonbonded_verlet_t::setupGpuShortRangeWork()'] │ │ │ │ │ + ['setupgpushortrangework_644', ['setupgpushortrangework', ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#a9e309467d7971713a4122fe1edc41448', 1, 'nonbonded_verlet_t::setupGpuShortRangeWork()'], │ │ │ │ │ + ['../namespaceNbnxm.xhtml#a6646f7ca480ef72303d47807123110ca', 1, 'Nbnxm::setupGpuShortRangeWork()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setupgrompp_645', ['setupgrompp', ['../classgmx_1_1test_1_1BondedInteractionsTest.xhtml#a1c70859152f6c0aab7b21bc098491cdb', 1, 'gmx::test::BondedInteractionsTest::setupGrompp()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1MimicTest.xhtml#ab2be2f96d18c088950ed500f386957d8', 1, 'gmx::test::MimicTest::setupGrompp()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setupinteractionconst_646', ['setupinteractionconst', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a040a1dd1335d0b6f449df1e511cdba0f', 1, 'Nbnxm::setupInteractionConst()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03.xhtml#a86e80879435c6f53bacd402e30a5b69f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::setupInteractionConst()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -1041,79 +1041,79 @@ │ │ │ │ │ ['setupmtslevels_648', ['setupMtsLevels', ['../namespacegmx.xhtml#aa2b61cc81d9d3853a84e93bafab47703', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['setupnbnxmforbenchinstance_649', ['setupnbnxmforbenchinstance', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a76d47a53ccc9a64529a5b242042a0c39', 1, 'Nbnxm::setupNbnxmForBenchInstance()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03.xhtml#a8e24982ba3624ea4b9932b87326fb06d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::setupNbnxmForBenchInstance()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setupreduction_650', ['setupReduction', ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#a26400d7948f76caebda11ba098907b01', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer']]], │ │ │ │ │ ['setuprerun_651', ['setupRerun', ['../classgmx_1_1test_1_1MimicTest.xhtml#ab4d211f5d6204f0520eb5babd29cc64f', 1, 'gmx::test::MimicTest']]], │ │ │ │ │ ['setupstepworkload_652', ['setupStepWorkload', ['../namespacegmx.xhtml#aeb72a7fe4c0333d40e05ebcde04950b5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['setuptestsuite_653', ['setuptestsuite', ['../classanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03_1_1DomDecSpecialCasesTest.xhtml#aebcfde721e3ba51c4fb1a9d2a7ecd929', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::DomDecSpecialCasesTest::SetUpTestSuite()'], │ │ │ │ │ + ['setuptestsuite_653', ['setuptestsuite', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#af013a1b13b2edf0529e9e77bb8bfc34c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::SetUpTestSuite()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1MdrunTestFixtureBase.xhtml#a430dca87cb0b34262ced1be16f3ccea5', 1, 'gmx::test::MdrunTestFixtureBase::SetUpTestSuite()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#af013a1b13b2edf0529e9e77bb8bfc34c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::SetUpTestSuite()'] │ │ │ │ │ + ['../classanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03_1_1DomDecSpecialCasesTest.xhtml#aebcfde721e3ba51c4fb1a9d2a7ecd929', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::DomDecSpecialCasesTest::SetUpTestSuite()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setureybradley_654', ['setureybradley', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#a201f892751ba45de3cb1790446630100', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput::setUreyBradley(real thetaA, real kthetaA, real r13A, real kUBA, real thetaB, real kthetaB, real r13B, real kUBB)'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#a4ec76d9cb5f7f33bd6764972d1e3357c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput::setUreyBradley(real thetaA, real kthetaA, real r13A, real kUBA)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setusedgraphlaststep_655', ['setUsedGraphLastStep', ['../classgmx_1_1MdGpuGraph_1_1Impl.xhtml#a50637907e1dca0a2c43fef2f04cd565b', 1, 'gmx::MdGpuGraph::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['setvalue_656', ['setvalue', ['../classgmx_1_1AnalysisDataValue.xhtml#ad3af9ad3bf8fda7639c33d46069499b1', 1, 'gmx::AnalysisDataValue::setValue(real value, real error, bool bPresent=true)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataValue.xhtml#a7b92014cb0f96bdb997209b937bc7f66', 1, 'gmx::AnalysisDataValue::setValue(real value, bool bPresent=true)'], │ │ │ │ │ + ['setvalue_656', ['setvalue', ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#a4cbac25bbd8601dbd85941bc2aef17a7', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::setValue()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreeValueBuilder.xhtml#a6a8b9dcefe64617d859cb667d8ae7202', 1, 'gmx::KeyValueTreeValueBuilder::setValue()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#a4cbac25bbd8601dbd85941bc2aef17a7', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::setValue(int column, real value, real error, bool bPresent=true)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#aa60ee680f74b4b229e8e4e95b0d9c598', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::setValue(int column, real value, bool bPresent=true)'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataValue.xhtml#a7b92014cb0f96bdb997209b937bc7f66', 1, 'gmx::AnalysisDataValue::setValue(real value, bool bPresent=true)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataValue.xhtml#ad3af9ad3bf8fda7639c33d46069499b1', 1, 'gmx::AnalysisDataValue::setValue(real value, real error, bool bPresent=true)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#aa60ee680f74b4b229e8e4e95b0d9c598', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::setValue()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setvaluecount_657', ['setvaluecount', ['../classgmx_1_1AbstractOption.xhtml#a37a58bcd44964145cff4119ee2b36d01', 1, 'gmx::AbstractOption::setValueCount()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionInfo.xhtml#a88c31664e9617210e861f5e877c29b40', 1, 'gmx::SelectionOptionInfo::setValueCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setvector_658', ['setVector', ['../classgmx_1_1AbstractOption.xhtml#ab7833e4048807e6a41ef144bdd2ec6b1', 1, 'gmx::AbstractOption']]], │ │ │ │ │ - ['setvelocities_659', ['setvelocities', ['../classgmx_1_1SetVelocities.xhtml#a79610a9c6200f9f2210710ca33056f43', 1, 'gmx::SetVelocities::SetVelocities(ChangeSettingType velocity)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SetVelocities.xhtml#a59e290470e396d2457ffbd1c1406152c', 1, 'gmx::SetVelocities::SetVelocities(SetVelocities &&old) noexcept=default'], │ │ │ │ │ + ['setvelocities_659', ['setvelocities', ['../classgmx_1_1SetVelocities.xhtml#a59e290470e396d2457ffbd1c1406152c', 1, 'gmx::SetVelocities::SetVelocities(SetVelocities &&old) noexcept=default'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetVelocities.xhtml#a79610a9c6200f9f2210710ca33056f43', 1, 'gmx::SetVelocities::SetVelocities(ChangeSettingType velocity)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SetVelocities.xhtml', 1, 'gmx::SetVelocities'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setvelocities_2ecpp_660', ['setvelocities.cpp', ['../setvelocities_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setvelocities_2eh_661', ['setvelocities.h', ['../setvelocities_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setvelocitiespointer_662', ['SetVelocitiesPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a71e8e003512f8ce773b8d5c26a042aa9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['setvelocityscaling_663', ['setVelocityScaling', ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a9e84ed81010b111c9d5b292360aa2120', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection']]], │ │ │ │ │ ['setvelocitysupported_664', ['setVelocitySupported', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ac597dcb74e250a922e5ad3bdd161e849', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['setvelocitysupportedfiles_665', ['SetVelocitySupportedFiles', ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocitySupportedFiles.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['setvelocityunsupported_666', ['setVelocityUnSupported', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aac33ab7928f0dac491e18bd55ae9a29d', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['setvelocityunsupportedfiles_667', ['SetVelocityUnSupportedFiles', ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocityUnSupportedFiles.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['setvirtualsites_668', ['setvirtualsites', ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler_1_1Impl.xhtml#a470eb79c83f559eef80b6e9842211b36', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::Impl::setVirtualSites()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#ae77feb1d465ff4bcd7ee6982f712af5b', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::setVirtualSites()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#a93d68d8d90090d0fe048581b90f9e2db', 1, 'gmx::ThreadingInfo::setVirtualSites()'] │ │ │ │ │ + ['setvirtualsites_668', ['setvirtualsites', ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#a93d68d8d90090d0fe048581b90f9e2db', 1, 'gmx::ThreadingInfo::setVirtualSites()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler_1_1Impl.xhtml#a470eb79c83f559eef80b6e9842211b36', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::Impl::setVirtualSites()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#ae77feb1d465ff4bcd7ee6982f712af5b', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::setVirtualSites()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setwarninp_669', ['setWarninp', ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a1f3ef5b6077c109d64fcb9ede06b0139', 1, 'gmx::QMMMOptions']]], │ │ │ │ │ ['setwaterpolarization_670', ['setWaterPolarization', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#a2a42e78f1434e70ce8c85b43b3aa2191', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput']]], │ │ │ │ │ ['setwritemask_671', ['setWriteMask', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a903b703158b18c41583d228a391ae625', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule']]], │ │ │ │ │ ['setwritenorm_672', ['setWriteNorm', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#ab8f56f25695d40e158a66c4a597f1644', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule']]], │ │ │ │ │ ['setwritex_673', ['setWriteX', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#ae3025bee3f35dd846d9f30edd2171f5c', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule']]], │ │ │ │ │ ['setwritey_674', ['setWriteY', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a3f36c802272e4af090b8823d6e776395', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule']]], │ │ │ │ │ ['setwritez_675', ['setWriteZ', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a3f7383891ee63e564630a8992b9db441', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule']]], │ │ │ │ │ - ['setxaxis_676', ['setxaxis', ['../classgmx_1_1AnalysisArrayData.xhtml#a1567466ca2b078de7d9d48263b0aacae', 1, 'gmx::AnalysisArrayData::setXAxis()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a1567466ca2b078de7d9d48263b0aacae', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::setXAxis()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisArrayData.xhtml#a1567466ca2b078de7d9d48263b0aacae', 1, 'gmx::AbstractAnalysisArrayData::setXAxis()'] │ │ │ │ │ + ['setxaxis_676', ['setxaxis', ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a1567466ca2b078de7d9d48263b0aacae', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::setXAxis()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisArrayData.xhtml#a1567466ca2b078de7d9d48263b0aacae', 1, 'gmx::AbstractAnalysisArrayData::setXAxis()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisArrayData.xhtml#a1567466ca2b078de7d9d48263b0aacae', 1, 'gmx::AnalysisArrayData::setXAxis()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setxaxisistime_677', ['setXAxisIsTime', ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#a2b5357ddea14f2dbdf885fd810c4cda6', 1, 'gmx::AbstractPlotModule']]], │ │ │ │ │ - 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['setzero_684', ['setzero', ['../classgmx_1_1GaussTransform3D.xhtml#a3bf36cc5cd9c2bbe890955aa097bd3c8', 1, 'gmx::GaussTransform3D::setZero()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aaf69af368b1967c4e4a52bb5f740b3c3', 1, 'gmx::setZero()'] │ │ │ │ │ + ['setzero_684', ['setzero', ['../namespacegmx.xhtml#aaf69af368b1967c4e4a52bb5f740b3c3', 1, 'gmx::setZero()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GaussTransform3D.xhtml#a3bf36cc5cd9c2bbe890955aa097bd3c8', 1, 'gmx::GaussTransform3D::setZero()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setzerod_685', ['setZeroD', ['../group__module__simd.xhtml#ga09dfcfeaf5bcd29a456e658026d65c01', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['setzerodi_686', ['setZeroDI', ['../group__module__simd.xhtml#ga9b6fe2f4cd666b23f1c0e7aa8b0a31d0', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['setzerof_687', ['setZeroF', ['../group__module__simd.xhtml#gaaeabcbecb3158411b57502164c854a31', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['setzerofi_688', ['setZeroFI', ['../group__module__simd.xhtml#ga52eac01d95edbe3b448fc447832a5d3c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['sfdepenonq_5f_689', ['sfDepenOnQ_', ['../classgmx_1_1ComputeDebyeScattering.xhtml#a7491462e282114e3ad23676322824fd5', 1, 'gmx::ComputeDebyeScattering']]], │ │ │ │ │ - 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['simulationsignal_2ecpp_861', ['simulationsignal.cpp', ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['simulationsignal_2ecpp_861', ['simulationsignal.cpp', ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulationsignal_2eh_862', ['simulationsignal.h', ['../simulationsignal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationsignaller_863', ['simulationsignaller', ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml#acf0b6f070504a11f2cc8c6ca80124d6d', 1, 'gmx::SimulationSignaller::SimulationSignaller()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml', 1, 'gmx::SimulationSignaller'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulationsignals_864', ['simulationsignals', ['../classgmx_1_1GlobalCommunicationHelper.xhtml#a87c8417f09e55b0ff94dc5d77fcf8f25', 1, 'gmx::GlobalCommunicationHelper::simulationSignals()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a2c0facebaa27d417dcf4d032f2a5725a', 1, 'gmx::SimulationSignals'] │ │ │ │ │ @@ -1976,17 +1976,17 @@ │ │ │ │ │ ['str_5fvalue_1233', ['STR_VALUE', ['../selvalue_8h.xhtml#a70b42b87d434580bf1493591857b8beca6f2f1fe9592d96990c9ac690c355bd08', 1, 'selvalue.h']]], │ │ │ │ │ ['strand_1234', ['Strand', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0ca3c027078bb3e8e6fa9af0c17f09a74c4', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['strconvert_2ecpp_1235', ['strconvert.cpp', ['../tests_2strconvert_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../strconvert_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['strconvert_2eh_1236', ['strconvert.h', ['../strconvert_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['strdb_2eh_1237', ['strdb.h', ['../strdb_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['stream_1238', ['stream', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#a4abcacb1a254a9ff3e23ee0d8a43cf87', 1, 'gmx::PpForceCommManager::stream'], │ │ │ │ │ + ['stream_1238', ['stream', ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml#a7dc204d25bd58ae52bbc35d9c7068f61', 1, 'gmx::PpCommManager::stream'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#a4abcacb1a254a9ff3e23ee0d8a43cf87', 1, 'gmx::PpForceCommManager::stream'], │ │ │ │ │ ['../classDeviceStream.xhtml#a833b326727b4c091bd7e2d345a0c3e32', 1, 'DeviceStream::stream()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml#a7dc204d25bd58ae52bbc35d9c7068f61', 1, 'gmx::PpCommManager::stream'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#a94c92fd5ac86430ea1dc56a9b09fc807', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::stream()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['stream_5f_1239', ['stream_', ['../classgmx_1_1TextReader_1_1Impl.xhtml#a5b095aeedfb9f58c15c413797b349d46', 1, 'gmx::TextReader::Impl']]], │ │ │ │ │ ['streamisvalid_1240', ['streamIsValid', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#a7603e29c180bfd40e2df0b6d92ac48b6', 1, 'gmx::DeviceStreamManager']]], │ │ │ │ │ ['streams_5f_1241', ['streams_', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager_1_1Impl.xhtml#a548526002e51eb68687b6ccf4351d205', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['stride_1242', ['stride', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a9218f03613a50b23d76f6c5c45c8dc3f', 1, 'gmx::basic_mdspan::stride()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a0cc2dd468dac41257321123d93ffbf6f', 1, 'gmx::layout_right::mapping::stride()'], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_17.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -64,29 +64,29 @@ │ │ │ │ │ ['tableinteraction_49', ['TableInteraction', ['../forcetable_8h.xhtml#a5ab83e2e3173b76df0ca2b9ca595040c', 1, 'forcetable.h']]], │ │ │ │ │ ['tablesoffsets_50', ['tablesOffsets', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml#a705c9e648f29b1dc77275482d31b5e2e', 1, 'PmeGpuGridParams']]], │ │ │ │ │ ['tablespacing_51', ['tablespacing', ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a68e69e9f9e7653a0f59b4417d9278055', 1, 'gmx::CubicSplineTable::tableSpacing()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#a01c2df243de4371cf4c88ed712073ec4', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::tableSpacing()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['tabulated_5fbonded_5finteractions_2ecpp_52', ['tabulated_bonded_interactions.cpp', ['../tabulated__bonded__interactions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tabulated_5fpot_53', ['tabulated_pot', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a0274f4fbc68349f4127af1ea77473b89', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['tabulatednormaldistribution_54', ['tabulatednormaldistribution', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#abb053676a2ca8ed4f5a9908bc70f25a7', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::TabulatedNormalDistribution()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ad090e6c16ba8f5b3a5408d8c07788dd3', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::TabulatedNormalDistribution()'] │ │ │ │ │ + ['tabulatednormaldistribution_54', ['tabulatednormaldistribution', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#abb053676a2ca8ed4f5a9908bc70f25a7', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::TabulatedNormalDistribution(result_type mean=0.0, result_type stddev=1.0)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ad090e6c16ba8f5b3a5408d8c07788dd3', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::TabulatedNormalDistribution(const param_type &param)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['tabulatednormaldistribution_2ecpp_55', ['tabulatednormaldistribution.cpp', ['../tests_2tabulatednormaldistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tabulatednormaldistribution_2eh_56', ['tabulatednormaldistribution.h', ['../tabulatednormaldistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tabulatestructurefactors_57', ['tabulateStructureFactors', ['../ewald_8cpp.xhtml#aa3544b10e91b5c8dcfa5a114a5bc5a96', 1, 'ewald.cpp']]], │ │ │ │ │ ['tag_58', ['tag', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga049d88cc31c3267253efbde42699ad28', 1, 'gmx::PropagatorConnection']]], │ │ │ │ │ - ['tan_59', ['tan', ['../namespacegmx.xhtml#a7063173231453ec737688c8d91aa0749', 1, 'gmx::tan(float x)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a45e727a4960ac7f8ba5149f9b251c520', 1, 'gmx::tan(double x)'] │ │ │ │ │ + ['tan_59', ['tan', ['../namespacegmx.xhtml#a45e727a4960ac7f8ba5149f9b251c520', 1, 'gmx::tan(double x)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a7063173231453ec737688c8d91aa0749', 1, 'gmx::tan(float x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['tansingleaccuracy_60', ['tanSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a0f979f3defa4f725cfce2d7e93fc0d9e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['target_61', ['target', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ae261c5a75fa1c55507798631058dd98aac41a31890959544c6523af684561abe5', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::Target'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344ac41a31890959544c6523af684561abe5', 1, 'gmx::Target'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a573114820ae0977c2eb9c666068351fd', 1, 'gmx::PointState::target()'] │ │ │ │ │ + ['target_61', ['target', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a573114820ae0977c2eb9c666068351fd', 1, 'gmx::PointState::target()'], │ │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ae261c5a75fa1c55507798631058dd98aac41a31890959544c6523af684561abe5', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::Target'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344ac41a31890959544c6523af684561abe5', 1, 'gmx::Target'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['targetbinsize_62', ['targetbinsize', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a17572bdc8c982bc6913a351b6b84ada6', 1, 'methoddata_insolidangle']]], │ │ │ │ │ ['targeterror_63', ['TargetError', ['../namespacegmx.xhtml#aa78c6481d10a93316c155ffdf021e581a461586ff73a95486e167031a14a63505', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['targetmetricscalinglimit_64', ['targetMetricScalingLimit', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#ac7f8b46646c1728c7b6938077dff82f6', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ │ ['task_65', ['task', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#add4a8ebb5f4f323ded4a65a105eb9830', 1, 'gmx::Lincs::task'], │ │ │ │ │ ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1Task.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::Task'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_18.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -7,27 +7,27 @@ │ │ │ │ │ ['uint8_1', ['uInt8', ['../namespacegmx.xhtml#a4355a7e0f393d42cbb5b2a47aefea966ab0cffa75aa037e628ccfdf46bcc086ac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['ulptol_5f_2', ['ulpTol_', ['../classgmx_1_1test_1_1SimdBaseTest.xhtml#a9e2abac54e05356364ecdb0751e8665b', 1, 'gmx::test::SimdBaseTest']]], │ │ │ │ │ ['ulptolerance_3', ['ulpTolerance', ['../group__module__testutils.xhtml#gaba89bc71f24fe31ec8f9c07835a245fc', 1, 'gmx::test::FloatingPointTolerance']]], │ │ │ │ │ ['umbrellagridpoint_4', ['umbrellaGridpoint', ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml#a714530cf26b77af8bff5d1318c129b11', 1, 'gmx::CoordState']]], │ │ │ │ │ ['umbrellaoptions_5', ['UmbrellaOptions', ['../structUmbrellaOptions.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unavailable_6', ['Unavailable', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888a453e6aa38d87b28ccae545967c53004f', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ │ ['unconstrainedsystemstotest_5fg_7', ['unconstrainedSystemsToTest_g', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02minimize_8cpp_03.xhtml#ab01bb0a722ccdd5edb87a7c898af7615', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{minimize.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['undefined_8', ['undefined', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154aec0fc0100c4fc1ce4eea230c3dc10360', 1, 'gmx::test::Undefined'], │ │ │ │ │ - ['../namespaceanonymous__namespace_02histogram_8cpp_03.xhtml#a5b8a8a888bca187bb11799895c7a766e', 1, 'anonymous_namespace{histogram.cpp}::UNDEFINED'] │ │ │ │ │ + ['undefined_8', ['undefined', ['../namespaceanonymous__namespace_02histogram_8cpp_03.xhtml#a5b8a8a888bca187bb11799895c7a766e', 1, 'anonymous_namespace{histogram.cpp}::UNDEFINED'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154aec0fc0100c4fc1ce4eea230c3dc10360', 1, 'gmx::test::Undefined'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['uniform_5fload_5fcluster_5fpair_5fdata_9', ['UNIFORM_LOAD_CLUSTER_PAIR_DATA', ['../nbnxm__sycl__kernel__utils_8h.xhtml#ade8af812c46261b419b718d9c9cb14a8', 1, 'nbnxm_sycl_kernel_utils.h']]], │ │ │ │ │ ['uniformintdistribution_10', ['uniformintdistribution', ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a790697adc208c8ecf2e9164ea00cf24b', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::UniformIntDistribution()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformIntDistribution< IntType >'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a09808fada94acf89dc12c30310afaeda', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::UniformIntDistribution()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['uniformintdistribution_2ecpp_11', ['uniformintdistribution.cpp', ['../uniformintdistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['uniformintdistribution_2eh_12', ['uniformintdistribution.h', ['../uniformintdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['uniformrealdistribution_13', ['uniformrealdistribution', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8a58a25b5bc17882dfc3671530d1aad3', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf980964b1ce2f1fade69a0578b25e33', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution(result_type a=0.0, result_type b=1.0)'] │ │ │ │ │ + ['uniformrealdistribution_13', ['uniformrealdistribution', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8a58a25b5bc17882dfc3671530d1aad3', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf980964b1ce2f1fade69a0578b25e33', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution(result_type a=0.0, result_type b=1.0)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_2ecpp_14', ['uniformrealdistribution.cpp', ['../uniformrealdistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_2eh_15', ['uniformrealdistribution.h', ['../uniformrealdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unionfind_2ecpp_16', ['unionfind.cpp', ['../unionfind_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unionfind_2eh_17', ['unionfind.h', ['../unionfind_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unionfinder_18', ['UnionFinder', ['../classgmx_1_1UnionFinder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_19', ['unique_cptr', ['../namespacegmx.xhtml#a89d1da25b1e1f9331f1fe99b15072eac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -44,16 +44,16 @@ │ │ │ │ │ ['unitcelltype_26', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltypenames_27', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unittest_5fmain_2ecpp_28', ['unittest_main.cpp', ['../unittest__main_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unitvector_29', ['unitvector', ['../namespacegmx.xhtml#a5bc71ede59923e4d25b11a995139970a', 1, 'gmx::unitVector()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a4e7218ba6cbb3bc735e31a43597ec7a9', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unity_30', ['Unity', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099fa82dd98f1d663acc318e6a8ec4ab69b7a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['unknown_31', ['unknown', ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'], │ │ │ │ │ + ['unknown_31', ['unknown', ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'], │ │ │ │ │ + ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::CpuInfo::Unknown'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unpackandaddhalointernal_32', ['UnpackAndAddHaloInternal', ['../classUnpackAndAddHaloInternal.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unpackhaloexternal_33', ['UnpackHaloExternal', ['../classUnpackHaloExternal.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unpackrecvbufkernel_34', ['unpackRecvBufKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a704128fa72f8ce7dcf08d0063a166036', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedarrayref_35', ['unpaddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ad5b878ca7749f5b8f52e006269fbfc2f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedconstarrayref_36', ['unpaddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a2c3f73497c6bc71264ae1af84b6522ae', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ @@ -195,35 +195,35 @@ │ │ │ │ │ ['useljpme_141', ['useLJPme', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#ab17bfbb74b089a36773ad0e2f56b704f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions']]], │ │ │ │ │ ['usemdgpugraph_142', ['usemdgpugraph', ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a5ca26c02e2042980d7262c36a11b41ae', 1, 'gmx_pme_pp::useMdGpuGraph'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulationWorkload.xhtml#a76cb5c0c6b1dcb6f85e381dfbfc5046f', 1, 'gmx::SimulationWorkload::useMdGpuGraph'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['usemolpbc_5f_143', ['useMolPbc_', ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml#a0be60b2e021896a2f0a40b1107a3bf61', 1, 'gmx::DomainInfo']]], │ │ │ │ │ ['usemts_144', ['useMts', ['../classgmx_1_1SimulationWorkload.xhtml#ac585c3fa9df3937cb8ae629aa07df131', 1, 'gmx::SimulationWorkload']]], │ │ │ │ │ ['usendxfromdatabase_145', ['useNdxFromDatabase', ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#a138218ca058abe7950f5bf9a5b30b0f7', 1, 'gmx::test::SimulationRunner']]], │ │ │ │ │ - ['usenvshmem_146', ['usenvshmem', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#a3d2ccf4da28abf4f9b7c7105413f31a3', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase::useNvshmem'], │ │ │ │ │ + ['usenvshmem_146', ['usenvshmem', ['../classgmx_1_1SimulationWorkload.xhtml#ac092afa60701acf7cdcb00032c48172f', 1, 'gmx::SimulationWorkload::useNvshmem'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__pme__pp.xhtml#ab6ada3585bcb5d11417e20579c9842bd', 1, 'gmx_pme_pp::useNvshmem'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimulationWorkload.xhtml#ac092afa60701acf7cdcb00032c48172f', 1, 'gmx::SimulationWorkload::useNvshmem'] │ │ │ │ │ + ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#a3d2ccf4da28abf4f9b7c7105413f31a3', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase::useNvshmem'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['useonlymtscombinedforcebuffer_147', ['useOnlyMtsCombinedForceBuffer', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#a457f1f1072fc3c9c0f5fb089b92f5f90', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ │ ['usepipeline_148', ['usePipeline', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#a489a09754001d0776d2dca26bb1b938d', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]], │ │ │ │ │ ['usercoordunitstointernal_149', ['userCoordUnitsToInternal', ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml#ab4dac5ae0abd7d7ac4abce1a3ebb3f08', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams']]], │ │ │ │ │ ['usercoordunitstointernal_5f_150', ['userCoordUnitsToInternal_', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a6bc5656f8c83287c262adf1ca79b1515', 1, 'gmx::DimParams']]], │ │ │ │ │ ['userdefinedfloat_5f_151', ['userDefinedFloat_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#abec7c46e44fcc58659f2e4f08ce3ca69', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]], │ │ │ │ │ - ['usergpuids_2ecpp_152', ['usergpuids.cpp', ['../tests_2usergpuids_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../usergpuids_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['usergpuids_2ecpp_152', ['usergpuids.cpp', ['../usergpuids_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2usergpuids_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['usergpuids_2eh_153', ['usergpuids.h', ['../usergpuids_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['usergputaskassignment_154', ['userGpuTaskAssignment', ['../structgmx__hw__opt__t.xhtml#aa385ff3c0e1cad123e457fa57756f6d9', 1, 'gmx_hw_opt_t']]], │ │ │ │ │ ['userinputerror_155', ['userinputerror', ['../classgmx_1_1UserInputError.xhtml#a07ae9dc1612508d54e18079cebdc4316', 1, 'gmx::UserInputError::UserInputError()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UserInputError.xhtml', 1, 'gmx::UserInputError'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['userinputtest_156', ['UserInputTest', ['../classgmx_1_1test_1_1UserInputTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['usesimd_157', ['useSimd', ['../classgmx_1_1SettleData.xhtml#a6f48e1b037af7f441ccf2119bc5a3d21', 1, 'gmx::SettleData']]], │ │ │ │ │ - ['usestringasmdpfile_158', ['usestringasmdpfile', ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#accfb15b5d82dd09daa6b25b2e0c14846', 1, 'gmx::test::SimulationRunner::useStringAsMdpFile(const std::string &mdpString)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#a75fa0a10a94033d78afcbbcb871df72d', 1, 'gmx::test::SimulationRunner::useStringAsMdpFile(const char *mdpString)'] │ │ │ │ │ + ['usestringasmdpfile_158', ['usestringasmdpfile', ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#a75fa0a10a94033d78afcbbcb871df72d', 1, 'gmx::test::SimulationRunner::useStringAsMdpFile(const char *mdpString)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#accfb15b5d82dd09daa6b25b2e0c14846', 1, 'gmx::test::SimulationRunner::useStringAsMdpFile(const std::string &mdpString)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['usestringasndxfile_159', ['useStringAsNdxFile', ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#a4af0a2fa669b9b49dbe8e31baa96ab8c', 1, 'gmx::test::SimulationRunner']]], │ │ │ │ │ ['usetabulatedewaldcorr_160', ['useTabulatedEwaldCorr', ['../structNbnxm_1_1KernelBenchOptions.xhtml#a14fa358454fb18a2f9975cb463b9ffbd', 1, 'Nbnxm::KernelBenchOptions']]], │ │ │ │ │ ['usetiming_161', ['useTiming', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#ad6bbbf827e5b002605a8de3625eb4e46', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['usetopg96andndxfromdatabase_162', ['useTopG96AndNdxFromDatabase', ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#acfd69f53927124bfdee2effd375fc9bd', 1, 'gmx::test::SimulationRunner']]], │ │ │ │ │ ['usetopgroandmdpfromfeptestdatabase_163', ['useTopGroAndMdpFromFepTestDatabase', ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#a5c4e09317af5dad88cde39c19402fed3', 1, 'gmx::test::SimulationRunner']]], │ │ │ │ │ ['usetopgroandndxfromdatabase_164', ['useTopGroAndNdxFromDatabase', ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml#aa46bb4573ffe549cc7f4ee67172d0594', 1, 'gmx::test::SimulationRunner']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_4.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -360,16 +360,16 @@ │ │ │ │ │ ['../page_nbnxm.xhtml', 1, 'The NxM atom-cluster non-bonded algorithm'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md14', 1, 'The simulator algorithm'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['algorithm_20builder_221', ['Simulator algorithm builder', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md38', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['align_5fstep_222', ['ALIGN_STEP', ['../mempool_8cpp.xhtml#a0cd40f06d30a789ea4b0a86f1bb08e20', 1, 'mempool.cpp']]], │ │ │ │ │ ['alignedallocationpolicy_223', ['AlignedAllocationPolicy', ['../classgmx_1_1AlignedAllocationPolicy.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_224', ['AlignedAllocator', ['../namespacegmx.xhtml#ac3ca6adcfda5170180c2140c7b2f9d47', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - 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['assertmatrixisboxmatrix_590', ['assertmatrixisboxmatrix', ['../namespacegmx.xhtml#a860abc953ac0d45b86cde64851c5a325', 1, 'gmx::assertMatrixIsBoxMatrix(const Matrix3x3 gmx_used_in_debug &m)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#afea352d4139af8d3c9211c87558f3ea4', 1, 'gmx::assertMatrixIsBoxMatrix(const matrix gmx_used_in_debug m)'] │ │ │ │ │ + ['assertmatrixisboxmatrix_590', ['assertmatrixisboxmatrix', ['../namespacegmx.xhtml#afea352d4139af8d3c9211c87558f3ea4', 1, 'gmx::assertMatrixIsBoxMatrix(const matrix gmx_used_in_debug m)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a860abc953ac0d45b86cde64851c5a325', 1, 'gmx::assertMatrixIsBoxMatrix(const Matrix3x3 gmx_used_in_debug &m)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['assign_591', ['assign', ['../classanonymous__namespace_02evaluate_8cpp_03_1_1SelelemTemporaryValueAssigner.xhtml#a5433286ec33653834971646e2324e229', 1, 'anonymous_namespace{evaluate.cpp}::SelelemTemporaryValueAssigner']]], │ │ │ │ │ ['assign_5fconstraint_592', ['assign_constraint', ['../namespacegmx.xhtml#a08027589d2d177a93f50a6c3a9d9b62c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['assign_5ffactors_593', ['assign_factors', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#ab2f91ff70e8d54be2e800abb1d5e6b9b', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ │ ['assigner_5f_594', ['assigner_', ['../classgmx_1_1CommandLineParser_1_1Impl.xhtml#af0018d9353b05b23ec5889e079d1dc96', 1, 'gmx::CommandLineParser::Impl']]], │ │ │ │ │ ['assigning_20simulation_20tasks_20to_20hardware_20taskassignment_595', ['Assigning simulation tasks to hardware (taskassignment)', ['../group__module__taskassignment.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['assigninteractionsforatom_596', ['assignInteractionsForAtom', ['../localtopology_8cpp.xhtml#a65dbae5829571391c44c73ca42cba8fb', 1, 'localtopology.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -983,152 +983,152 @@ │ │ │ │ │ ['assignpositionrestraintsforatom_599', ['assignPositionRestraintsForAtom', ['../localtopology_8cpp.xhtml#afb4fa529774cf67304776e604b9879fd', 1, 'localtopology.cpp']]], │ │ │ │ │ ['assignvsitestosingletask_600', ['assignVsitesToSingleTask', ['../namespacegmx.xhtml#a1eee8bc37f540f65a107fa21a102c09d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['assignvsitestothread_601', ['assignVsitesToThread', ['../namespacegmx.xhtml#a8ff9857961193a9bd5fbd1fb027ba44f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['associativity_602', ['associativity', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Cache.xhtml#ad5a56cc20c9ca27eb6276374e411a430', 1, 'gmx::HardwareTopology::Cache']]], │ │ │ │ │ ['asulps_603', ['asUlps', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#a64f20cf7b256513aa8bdda6c142f7dae', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference']]], │ │ │ │ │ ['asview_604', ['asView', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a23a1fb8f2c0045928c48ccb88ef85632', 1, 'gmx::MultiDimArray']]], │ │ │ │ │ ['async_605', ['Async', ['../gpu__utils_8h.xhtml#aed6d99acc2a7b8495f08fa2d9d2277eba24aa4117da86c41684ad25742832dfa6', 1, 'gpu_utils.h']]], │ │ │ │ │ - ['at_606', ['at', ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a49d32c6ff1a5eca209be358475e05713', 1, 'gmx::ListOfLists::at()'], │ │ │ │ │ + ['at_606', ['at', ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#ad919bd7ae4e24f409c06e778c028848f', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::at()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a49d32c6ff1a5eca209be358475e05713', 1, 'gmx::ListOfLists::at()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#adc8ea4073c94eb246b0027c4bd7d01da', 1, 'gmx::ArrayRef::at()'], │ │ │ │ │ ['../classStringTable.xhtml#adcc938ba043e0c531773e64d87d00827', 1, 'StringTable::at()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a1e94e4306421c463379882e6fe3a99c7', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::at(size_type n)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#ad919bd7ae4e24f409c06e778c028848f', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::at(size_type n) const'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a1e94e4306421c463379882e6fe3a99c7', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::at()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a73ace4971cafa88adaceea02aea4646e', 1, 'gmx::EnergyFrame::at()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx__ga2la__t.xhtml#ad8f304cbe18bbec9715f837fd1e2aa93', 1, 'gmx_ga2la_t::at()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['at_5fend_607', ['at_end', ['../structgmx__domdec__specat__comm__t.xhtml#acfc1ad88275feb891d5eaf41e6fe31b6', 1, 'gmx_domdec_specat_comm_t']]], │ │ │ │ │ ['at_5fstart_608', ['at_start', ['../structgmx__domdec__specat__comm__t.xhtml#a55cac48fb79ab129c6e54ecd71b10d66', 1, 'gmx_domdec_specat_comm_t']]], │ │ │ │ │ - ['atan_609', ['atan', ['../namespacegmx.xhtml#a1afbc2ada56f899a8d3dc5c61530e28b', 1, 'gmx::atan(float x)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#af15e6f3962e035d69013bd91621fd9f8', 1, 'gmx::atan(double x)'] │ │ │ │ │ + ['atan_609', ['atan', ['../namespacegmx.xhtml#af15e6f3962e035d69013bd91621fd9f8', 1, 'gmx::atan(double x)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a1afbc2ada56f899a8d3dc5c61530e28b', 1, 'gmx::atan(float x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['atan2_610', ['atan2', ['../namespacegmx.xhtml#aed8336a58abddcdb6afa7835138ecf46', 1, 'gmx::atan2(float y, float x)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa70a1aa5e9c161a2770d0f9b7eca1805', 1, 'gmx::atan2(double y, double x)'] │ │ │ │ │ + ['atan2_610', ['atan2', ['../namespacegmx.xhtml#aa70a1aa5e9c161a2770d0f9b7eca1805', 1, 'gmx::atan2(double y, double x)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aed8336a58abddcdb6afa7835138ecf46', 1, 'gmx::atan2(float y, float x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atan2singleaccuracy_611', ['atan2SingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a2552094c1be29e087e1e85ae02fb0c7a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atansingleaccuracy_612', ['atanSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a44ca54cb014d2f33b98f3d523d90a2f5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['atdat_613', ['atdat', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a55c4477480d69b3adef9554a11706e33', 1, 'NbnxmGpu::atdat'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxm_1_1GpuTimers.xhtml#af1e4ecb3488687188047b14e1fc30d7b', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::atdat'] │ │ │ │ │ + ['atdat_613', ['atdat', ['../structNbnxm_1_1GpuTimers.xhtml#af1e4ecb3488687188047b14e1fc30d7b', 1, 'Nbnxm::GpuTimers::atdat'], │ │ │ │ │ + ['../structNbnxmGpu.xhtml#a55c4477480d69b3adef9554a11706e33', 1, 'NbnxmGpu::atdat'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atf_614', ['atf', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a0c17addba5fc06083dd777639123fbee', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['atnr_615', ['atnr', ['../structgmx__ffparams__t.xhtml#a0bbf906344980fc3d5af5872db5b8ff4', 1, 'gmx_ffparams_t']]], │ │ │ │ │ - ['atom_616', ['atom', ['../structgmx_1_1AtomIndex.xhtml#a86c46467c265c752b180d28dac63910e', 1, 'gmx::AtomIndex::atom'], │ │ │ │ │ - ['../classAtomProxy.xhtml#a74dd8b9d35b876b3cf4a3b4a8e772cfc', 1, 'AtomProxy::atom()'], │ │ │ │ │ + ['atom_616', ['atom', ['../structPreprocessResidue.xhtml#acb4af191ced642266b5124549f2bb90e', 1, 'PreprocessResidue::atom'], │ │ │ │ │ ['../structMoleculePatch.xhtml#a1d1bc0e0e73fa1aed4ca493c981fb464', 1, 'MoleculePatch::atom'], │ │ │ │ │ - ['../structPreprocessResidue.xhtml#acb4af191ced642266b5124549f2bb90e', 1, 'PreprocessResidue::atom'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1AtomIndex.xhtml#a86c46467c265c752b180d28dac63910e', 1, 'gmx::AtomIndex::atom'], │ │ │ │ │ + ['../classAtomProxy.xhtml#a74dd8b9d35b876b3cf4a3b4a8e772cfc', 1, 'AtomProxy::atom()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atom_20cluster_20non_20bonded_20algorithm_617', ['The NxM atom-cluster non-bonded algorithm', ['../page_nbnxm.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ - ['atom1_618', ['atom1', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteBond.xhtml#aa1b18c7a3742b0f0a0dc5c16c0fd4f63', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteBond::atom1'], │ │ │ │ │ - ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#af57ae380179f35813f7df5fbfc9974e6', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle::atom1'] │ │ │ │ │ + ['atom1_618', ['atom1', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#af57ae380179f35813f7df5fbfc9974e6', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle::atom1'], │ │ │ │ │ + ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteBond.xhtml#aa1b18c7a3742b0f0a0dc5c16c0fd4f63', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteBond::atom1'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atom2_619', ['atom2', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#a4e6b102e3e81587c06285605cadb6cf2', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle::atom2'], │ │ │ │ │ ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteBond.xhtml#ab9f07b4bfbc4fdfab7cb68c97b07d65f', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteBond::atom2'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atom2constraints_5fmoltype_620', ['atom2constraints_moltype', ['../classgmx_1_1Constraints.xhtml#ae549351ff9c0499f19c9973ce201a447', 1, 'gmx::Constraints']]], │ │ │ │ │ ['atom2settle_5fmoltype_621', ['atom2settle_moltype', ['../classgmx_1_1Constraints.xhtml#a7661c09da92e38f1b6bb66aa92b5f13b', 1, 'gmx::Constraints']]], │ │ │ │ │ ['atom2vsitebond_622', ['Atom2VsiteBond', ['../structAtom2VsiteBond.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['atom3_623', ['atom3', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#a13def359d1298b31a803c856da142ec7', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle']]], │ │ │ │ │ ['atom_5fto_5fx_5findex_624', ['atom_to_x_index', ['../atomdata_8h.xhtml#af567112777a6b46d58c67360b0e0d84e', 1, 'atomdata.h']]], │ │ │ │ │ ['atomareas_5f_625', ['atomAreas_', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02sasa_8cpp_03_1_1SasaModuleData.xhtml#aaa6a3ef895fa4220cf874abbd824ad79', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{sasa.cpp}::SasaModuleData']]], │ │ │ │ │ ['atomchargefromatomtype_626', ['atomChargeFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ad6069bc68554bcd536f6194b46064710', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]], │ │ │ │ │ ['atomcharges_627', ['atomCharges', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#ae6a04829cb46b787647a09486bad0fc9', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]], │ │ │ │ │ - ['atomcount_628', ['atomcount', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MoleculeData.xhtml#af3eee2e624cdef793147e6f1e2658af7', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MoleculeData::atomCount'], │ │ │ │ │ + ['atomcount_628', ['atomcount', ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a77cd685c296f9544a7d9945faf93e851', 1, 'gmx::SelectionPosition::atomCount()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ab38cecc3514bb8bf51f6578855d9c991', 1, 'gmx::Selection::atomCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a77cd685c296f9544a7d9945faf93e851', 1, 'gmx::SelectionPosition::atomCount()'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MoleculeData.xhtml#af3eee2e624cdef793147e6f1e2658af7', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MoleculeData::atomCount'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomdata_629', ['AtomData', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1AtomData.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['atomdata_2eh_630', ['atomdata.h', ['../atomdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['atomdata_5fadd_5fnbat_5ff_5fto_5ff_631', ['atomdata_add_nbat_f_to_f', ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#a241aa1c96f457f90967e51b8f8d64b30', 1, 'nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['atomdata_5finit_5fcopy_5fx_5fto_5fnbat_5fx_5fgpu_632', ['atomdata_init_copy_x_to_nbat_x_gpu', ['../structnonbonded__verlet__t.xhtml#afbf8127c7314eab3ac96d119c2c398cd', 1, 'nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['atomdensity_633', ['atomDensity', ['../structNbnxm_1_1Grid_1_1Dimensions.xhtml#ac36c0c2606b7cbbfe6a14981624ff538', 1, 'Nbnxm::Grid::Dimensions']]], │ │ │ │ │ - ['atomdistribution_634', ['atomdistribution', ['../structAtomDistribution.xhtml', 1, 'AtomDistribution'], │ │ │ │ │ - ['../structAtomDistribution.xhtml#a3e78846a5179ea068294babefa37ca6b', 1, 'AtomDistribution::AtomDistribution()'] │ │ │ │ │ + ['atomdistribution_634', ['atomdistribution', ['../structAtomDistribution.xhtml#a3e78846a5179ea068294babefa37ca6b', 1, 'AtomDistribution::AtomDistribution()'], │ │ │ │ │ + ['../structAtomDistribution.xhtml', 1, 'AtomDistribution'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomdistribution_2eh_635', ['atomdistribution.h', ['../atomdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['atomgroups_636', ['atomgroups', ['../structAtomDistribution.xhtml#aa1dd38e0aa002a1f4a3327f96aa5aae2', 1, 'AtomDistribution::atomGroups'], │ │ │ │ │ - ['../structAtomDistribution_1_1DomainAtomGroups.xhtml#a338e43266916f1208029118ca3d5dc3d', 1, 'AtomDistribution::DomainAtomGroups::atomGroups'] │ │ │ │ │ + ['atomgroups_636', ['atomgroups', ['../structAtomDistribution_1_1DomainAtomGroups.xhtml#a338e43266916f1208029118ca3d5dc3d', 1, 'AtomDistribution::DomainAtomGroups::atomGroups'], │ │ │ │ │ + ['../structAtomDistribution.xhtml#aa1dd38e0aa002a1f4a3327f96aa5aae2', 1, 'AtomDistribution::atomGroups'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomi_637', ['atomI', ['../structgmx_1_1PairDistValue.xhtml#a8482d232744791dc31a692003bd67d62', 1, 'gmx::PairDistValue']]], │ │ │ │ │ ['atomicfetchadd_638', ['atomicFetchAdd', ['../sycl__kernel__utils_8h.xhtml#ab32ce116d944b1678fa1f97ade42d9f0', 1, 'sycl_kernel_utils.h']]], │ │ │ │ │ ['atomicload_639', ['atomicLoad', ['../sycl__kernel__utils_8h.xhtml#a1045cf95c711aff53b808c7c979cc90b', 1, 'sycl_kernel_utils.h']]], │ │ │ │ │ ['atomicnumber_640', ['atomicNumber', ['../structgmx_1_1AtomicStructureFactor.xhtml#a75ab5159ae8f73dcc1e7c0fd958a5eae', 1, 'gmx::AtomicStructureFactor']]], │ │ │ │ │ ['atomicstructurefactor_641', ['AtomicStructureFactor', ['../structgmx_1_1AtomicStructureFactor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atomidx_642', ['atomIdx', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02virtualsites_8cpp_03_1_1VirtualSiteTest_1_1VirtualSite.xhtml#a66cfd5f218566bc8748eaf18b2a569d9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{virtualsites.cpp}::VirtualSiteTest::VirtualSite']]], │ │ │ │ │ - ['atomindex_643', ['atomindex', ['../structgmx_1_1AtomIndex.xhtml', 1, 'gmx::AtomIndex'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1InterdependentTask.xhtml#a06faa691e7ecce89e8a2696eb774348a', 1, 'gmx::InterdependentTask::atomIndex'], │ │ │ │ │ - ['../structMolecularTopologyAtomIndices.xhtml#a8c3458a3d2c257300d1b4ba2b346f52f', 1, 'MolecularTopologyAtomIndices::atomIndex'] │ │ │ │ │ + ['atomindex_643', ['atomindex', ['../structgmx_1_1InterdependentTask.xhtml#a06faa691e7ecce89e8a2696eb774348a', 1, 'gmx::InterdependentTask::atomIndex'], │ │ │ │ │ + ['../structMolecularTopologyAtomIndices.xhtml#a8c3458a3d2c257300d1b4ba2b346f52f', 1, 'MolecularTopologyAtomIndices::atomIndex'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1AtomIndex.xhtml', 1, 'gmx::AtomIndex'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomindexend_644', ['atomIndexEnd', ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a8419caf4b8e61ae76223a60c54dab52c', 1, 'Nbnxm::Grid']]], │ │ │ │ │ ['atomindexextremes_645', ['AtomIndexExtremes', ['../structgmx_1_1AtomIndexExtremes.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atomindexinmolecule_646', ['atomIndexInMolecule', ['../structAtomInMolblock.xhtml#a6af5c0bc1705b09415154d8c5c3124d5', 1, 'AtomInMolblock']]], │ │ │ │ │ ['atomindexset_647', ['AtomIndexSet', ['../structAtomIndexSet.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['atomindices_648', ['atomindices', ['../structNbnxm_1_1GridSetData.xhtml#a8f01ac940c3b92315d00c560393fbfda', 1, 'Nbnxm::GridSetData::atomIndices'], │ │ │ │ │ ['../structNbnxmGpu.xhtml#a72b8d23a0214ed8807e5fad23352973d', 1, 'NbnxmGpu::atomIndices'], │ │ │ │ │ ['../classNbnxm_1_1GridSet.xhtml#a930508f8d36ed99e6fbdc19a731cc146', 1, 'Nbnxm::GridSet::atomIndices()'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxmGpu.xhtml#a5e15c89450168c6273945295b1c6a708', 1, 'NbnxmGpu::atomIndices'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#af799b0ed5353376b8dc2bb5978a05c27', 1, 'gmx::Selection::atomIndices()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#ae4124f9eafffda2144a6e9fd9cfa2374', 1, 'gmx::SelectionPosition::atomIndices()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#af799b0ed5353376b8dc2bb5978a05c27', 1, 'gmx::Selection::atomIndices()'] │ │ │ │ │ + ['../structNbnxmGpu.xhtml#a5e15c89450168c6273945295b1c6a708', 1, 'NbnxmGpu::atomIndices'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomindicessize_649', ['atomIndicesSize', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a3e02eda8cc099edb6f1a6b1526c40bda', 1, 'NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['atomindicessize_5falloc_650', ['atomIndicesSize_alloc', ['../structNbnxmGpu.xhtml#ad989f734308543febac2e11dc6b49a08', 1, 'NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['atominfo_651', ['atominfo', ['../structgmx_1_1AtomInfoWithinMoleculeBlock.xhtml#ac8cd45e7afe917f58b37fa77506f87ce', 1, 'gmx::AtomInfoWithinMoleculeBlock::atomInfo'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1TestSystem.xhtml#aeb2ea894c97286cce700e164e29ac479', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::TestSystem::atomInfo'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atominfo_2eh_652', ['atominfo.h', ['../atominfo_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['atominfoallvdw_653', ['atomInfoAllVdw', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#aae59a38f491aaf613f458b23a45a71e5', 1, 'gmx::BenchmarkSystem']]], │ │ │ │ │ ['atominfooxygenvdw_654', ['atomInfoOxygenVdw', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a72729fcde84a9cc5bac5265dad98cb1f', 1, 'gmx::BenchmarkSystem']]], │ │ │ │ │ ['atominfowithinmoleculeblock_655', ['AtomInfoWithinMoleculeBlock', ['../structgmx_1_1AtomInfoWithinMoleculeBlock.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atominmolblock_656', ['AtomInMolblock', ['../structAtomInMolblock.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['atominmolblockfromglobalatomnr_657', ['atomInMolblockFromGlobalAtomnr', ['../localtopology_8cpp.xhtml#a1f902c679cbc7b7d2a72c24b0ad5c6c8', 1, 'localtopology.cpp']]], │ │ │ │ │ ['atomisperturbed_658', ['atomIsPerturbed', ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#aef721e5dbcd394f300b748457f8ac167', 1, 'Nbnxm::Grid']]], │ │ │ │ │ - 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['atomname_664', ['atomname', ['../classPdbAtomEntry.xhtml#af47d4c9050f6064da68e8a4a4c72c2ee', 1, 'PdbAtomEntry::atomName()'], │ │ │ │ │ - ['../classAtomProxy.xhtml#aa3c0142ad5d7584c7d1132ee9edf4099', 1, 'AtomProxy::atomName()'], │ │ │ │ │ + ['atomname_664', ['atomname', ['../structPreprocessResidue.xhtml#aab90aef93c6f3a87568b177a84551fe9', 1, 'PreprocessResidue::atomname'], │ │ │ │ │ ['../structBaseEntry.xhtml#abb7a3d380a46110cf70fe228d83a2945', 1, 'BaseEntry::atomName'], │ │ │ │ │ - ['../structPreprocessResidue.xhtml#aab90aef93c6f3a87568b177a84551fe9', 1, 'PreprocessResidue::atomname'] │ │ │ │ │ + ['../classAtomProxy.xhtml#aa3c0142ad5d7584c7d1132ee9edf4099', 1, 'AtomProxy::atomName()'], │ │ │ │ │ + ['../classPdbAtomEntry.xhtml#af47d4c9050f6064da68e8a4a4c72c2ee', 1, 'PdbAtomEntry::atomName()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomnamefromatomtype_665', ['atomNameFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#a98984eb2cdca7be34c5dc5ee2706b129', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]], │ │ │ │ │ ['atomnamefrombondatomtype_666', ['atomNameFromBondAtomType', ['../classPreprocessingBondAtomType.xhtml#a4821c3a23a8bd54d7a54422feb315a1d', 1, 'PreprocessingBondAtomType']]], │ │ │ │ │ ['atomnonbondedparamfromatomtype_667', ['atomNonBondedParamFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#aca7cd139fd9bcba6492bd62ef7451d0d', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]], │ │ │ │ │ - ['atomnumber_668', ['atomnumber', ['../classSimulationParticle.xhtml#ace1d77b12f6bb87a989625a49d949676', 1, 'SimulationParticle::atomnumber()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1ExclusionBlock.xhtml#addf7774c1ffe38713048028cb3796082', 1, 'gmx::ExclusionBlock::atomNumber'] │ │ │ │ │ + ['atomnumber_668', ['atomnumber', ['../structgmx_1_1ExclusionBlock.xhtml#addf7774c1ffe38713048028cb3796082', 1, 'gmx::ExclusionBlock::atomNumber'], │ │ │ │ │ + ['../classSimulationParticle.xhtml#ace1d77b12f6bb87a989625a49d949676', 1, 'SimulationParticle::atomnumber()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomnumberfromatomtype_669', ['atomNumberFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ac293048742cb9444772266de8e558a4d', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]], │ │ │ │ │ ['atomnumberfromelement_670', ['atomNumberFromElement', ['../classAtomProperties.xhtml#a076037cf4e1ac19d1dbab8bd405895e1', 1, 'AtomProperties']]], │ │ │ │ │ ['atomnumberinmol_671', ['atomNumberInMol', ['../classAtomProxy.xhtml#abaf90133ea6d64b59a9549765d8362ea', 1, 'AtomProxy']]], │ │ │ │ │ ['atomnumbers_672', ['atomNumbers', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#ad2a2f0d2148996c5af7fca867752c898', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]], │ │ │ │ │ ['atomnumbers_5f_673', ['atomNumbers_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#abddd266e05bdf80ce369ff8c0b8c7fb7', 1, 'gmx::QMMMParameters']]], │ │ │ │ │ ['atompair_674', ['atompair', ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1AtomPair.xhtml#a89c262d8eaebc89514e1899a7689b3a6', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::AtomPair::AtomPair()'], │ │ │ │ │ - ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1AtomPair.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::AtomPair'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1AtomPair.xhtml', 1, 'gmx::AtomPair'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1AtomPair.xhtml', 1, 'gmx::AtomPair'], │ │ │ │ │ + ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1AtomPair.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::AtomPair'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomparticletypefromatomtype_675', ['atomParticleTypeFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#afc92961583d62873cf2425c8358ae058', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]], │ │ │ │ │ - ['atomproperties_676', ['atomproperties', ['../classAtomProperties.xhtml#ad64303952465a4f57d45d3e21492bf2a', 1, 'AtomProperties::AtomProperties()'], │ │ │ │ │ - ['../classAtomProperties.xhtml', 1, 'AtomProperties'] │ │ │ │ │ + ['atomproperties_676', ['atomproperties', ['../classAtomProperties.xhtml', 1, 'AtomProperties'], │ │ │ │ │ + ['../classAtomProperties.xhtml#ad64303952465a4f57d45d3e21492bf2a', 1, 'AtomProperties::AtomProperties()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomproperty_677', ['AtomProperty', ['../structAtomProperty.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['atomproxy_678', ['atomproxy', ['../classAtomProxy.xhtml#a0111c6a6587121c282a7d25084c3f6d7', 1, 'AtomProxy::AtomProxy()'], │ │ │ │ │ - ['../classAtomProxy.xhtml', 1, 'AtomProxy'] │ │ │ │ │ + ['atomproxy_678', ['atomproxy', ['../classAtomProxy.xhtml', 1, 'AtomProxy'], │ │ │ │ │ + ['../classAtomProxy.xhtml#a0111c6a6587121c282a7d25084c3f6d7', 1, 'AtomProxy::AtomProxy()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['atomrange_679', ['atomrange', ['../classAtomRange.xhtml#ae32ca9f8a73424bb69be2089c87e71f8', 1, 'AtomRange::AtomRange()'], │ │ │ │ │ + ['atomrange_679', ['atomrange', ['../classAtomRange.xhtml', 1, 'AtomRange'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml#ac1663dc738d4cccc43cef6604118894f', 1, 'gmx::PpCommManager::atomRange'], │ │ │ │ │ - ['../classAtomRange.xhtml', 1, 'AtomRange'] │ │ │ │ │ + ['../classAtomRange.xhtml#ae32ca9f8a73424bb69be2089c87e71f8', 1, 'AtomRange::AtomRange()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['atoms_680', ['atoms', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad3e28873f1ac35bce5ef018bb41e4266', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::atoms'], │ │ │ │ │ + ['atoms_680', ['atoms', ['../structMoleculeInformation.xhtml#ab7e1213db185145af368daafdd5b6e41', 1, 'MoleculeInformation::atoms'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml#a2b692eec7c082de3720fa9db81d5a904', 1, 'gmx::TopologyInformation::atoms()'], │ │ │ │ │ ['../classInteractionOfType.xhtml#aeefd6a9f6a417922b22da2a2eb832214', 1, 'InteractionOfType::atoms() const'], │ │ │ │ │ ['../classInteractionOfType.xhtml#aee64fc0c531cf2927e6ecea7589fb1fc', 1, 'InteractionOfType::atoms()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__moltype__t.xhtml#af760b3a13193bf60232fae7b1b97281c', 1, 'gmx_moltype_t::atoms'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a03429867af6d9915bfeb40b4efb74564', 1, 'gmx::Lincs::atoms'], │ │ │ │ │ - ['../structMoleculeInformation.xhtml#ab7e1213db185145af368daafdd5b6e41', 1, 'MoleculeInformation::atoms'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad3e28873f1ac35bce5ef018bb41e4266', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::atoms'], │ │ │ │ │ ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#a8371b686607add45cf897b7d0abb6ccd', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase::atoms'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#ac8291af3501052b5e375abd0f34f15ce', 1, 'gmx::OutputRequirements::atoms'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atoms_2ecpp_681', ['atoms.cpp', ['../tests_2atoms_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['atoms_5fto_5fconstraints_682', ['atoms_to_constraints', ['../domdec__constraints_8cpp.xhtml#a6e02c334ccedcdd5d806b234d12103be', 1, 'domdec_constraints.cpp']]], │ │ │ │ │ ['atoms_5fto_5fsettles_683', ['atoms_to_settles', ['../domdec__constraints_8cpp.xhtml#a6b31ec4c76947888a522a78a4d1ea4f2', 1, 'domdec_constraints.cpp']]], │ │ │ │ │ ['atomsadjacencylistelement_684', ['AtomsAdjacencyListElement', ['../structAtomsAdjacencyListElement.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -1142,52 +1142,52 @@ │ │ │ │ │ ['atomsetdata_5f_690', ['atomSetData_', ['../classgmx_1_1LocalAtomSetManager_1_1Impl.xhtml#a389aedb2b2399ba0655636c290a5be4f', 1, 'gmx::LocalAtomSetManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['atomsinbox_691', ['AtomsInBox', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a969ce89895bcf331f6781d44516d0214', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atomtoatomintodomaintodomaincutoff_692', ['atomToAtomIntoDomainToDomainCutoff', ['../domdec_2utility_8h.xhtml#a348cc51cf67fa4a05a780abdf4643c69', 1, 'utility.h']]], │ │ │ │ │ ['atomtocluster_693', ['atomToCluster', ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a63ee40d3e3702875051a836a778d4aba', 1, 'Nbnxm::Grid']]], │ │ │ │ │ ['atomtointeractionlocality_694', ['atomToInteractionLocality', ['../namespacegmx.xhtml#a91652a54a4d24b77f5af5bf91893acb8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atomtype_695', ['atomtype', ['../structVirtualSiteConfiguration.xhtml#abebc8e3159b10365fb9128d7ea9f336f', 1, 'VirtualSiteConfiguration']]], │ │ │ │ │ ['atomtypefromname_696', ['atomTypeFromName', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#a090d8271a1507ac7d51d0c81dfbf9d0e', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]], │ │ │ │ │ - ['atomtypes_697', ['atomtypes', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1TestSystem.xhtml#adec4bfeadac727d3af9e972d40b2d49b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::TestSystem::atomTypes'], │ │ │ │ │ + ['atomtypes_697', ['atomtypes', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a41fe865d22956545b9d2b3ba73c18e66', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::atomTypes'], │ │ │ │ │ ['../structNBAtomDataGpu.xhtml#a58e1c816e44b344b1b88d5001a543a93', 1, 'NBAtomDataGpu::atomTypes'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a41fe865d22956545b9d2b3ba73c18e66', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::atomTypes'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1TestSystem.xhtml#adec4bfeadac727d3af9e972d40b2d49b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::TestSystem::atomTypes'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['auto_698', ['auto', ['../namespacegmx.xhtml#afd6f3326407d61e4364f4bfeeebe5f03a06b9281e396db002010bde1de57262eb', 1, 'gmx::Auto'], │ │ │ │ │ - ['../md__enums_8h.xhtml#a97f75ea42eaef8b5f42e1ebc8143677da06b9281e396db002010bde1de57262eb', 1, 'Auto: md_enums.h'] │ │ │ │ │ + ['auto_698', ['auto', ['../md__enums_8h.xhtml#a97f75ea42eaef8b5f42e1ebc8143677da06b9281e396db002010bde1de57262eb', 1, 'Auto: md_enums.h'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#afd6f3326407d61e4364f4bfeeebe5f03a06b9281e396db002010bde1de57262eb', 1, 'gmx::Auto'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['autocorr_2ecpp_699', ['autocorr.cpp', ['../tests_2autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['autocorr_2ecpp_699', ['autocorr.cpp', ['../autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['autocorr_2eh_700', ['autocorr.h', ['../autocorr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['automated_20checking_701', ['Automated checking', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md69', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['available_702', ['available', ['../txtdump_8h.xhtml#ae238112c35f9365dea81fcc6a93d85ad', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ │ ['aver_703', ['aver', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a761fb336b9511567f04023c5dd340219', 1, 't_UmbrellaWindow']]], │ │ │ │ │ - ['average_704', ['average', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ae261c5a75fa1c55507798631058dd98aab1897515d548a960afe49ecf66a29021', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::Average'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a12396e50589a3601c7ebcf0a44ab303c', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::average()'], │ │ │ │ │ + ['average_704', ['average', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a731796b828190c1936023f4fd9012f97', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::average()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a1621a026474b2a73a50576d9fd0302cb', 1, 'gmx::EnergyTerm::average()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a731796b828190c1936023f4fd9012f97', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::average()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a12396e50589a3601c7ebcf0a44ab303c', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::average()'], │ │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ae261c5a75fa1c55507798631058dd98aab1897515d548a960afe49ecf66a29021', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::Average'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['average_2ecpp_705', ['average.cpp', ['../tests_2average_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../modules_2average_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['average_2eh_706', ['average.h', ['../average_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['average_5facf_707', ['average_acf', ['../autocorr_8cpp.xhtml#ac53da98a385ba51e429626625bdd07f0', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ │ ['averagehistogrampointer_708', ['AverageHistogramPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a06c190fcdacd0ca64e4e9026213483cb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['averagemcycles_709', ['averageMCycles', ['../classnbnxn__cycle__t.xhtml#aa6e7d555f676481b5ee071409c58ec1e', 1, 'nbnxn_cycle_t']]], │ │ │ │ │ ['averagemoduletest_710', ['AverageModuleTest', ['../namespaceanonymous__namespace_02average_8cpp_03.xhtml#a409782ccd93503e7c00d980d92317497', 1, 'anonymous_namespace{average.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['averagemsds_711', ['averageMsds', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdData.xhtml#a55d0f0d4969af71c090439e0e7b2c32a', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdData']]], │ │ │ │ │ - ['averager_712', ['averager', ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a2b0e98a3d198fbb4786bb9dc900322d0', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::averager()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a986b16ec1c9d07cadaf841c9e673aa77', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::averager()'] │ │ │ │ │ + ['averager_712', ['averager', ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a986b16ec1c9d07cadaf841c9e673aa77', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::averager()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a2b0e98a3d198fbb4786bb9dc900322d0', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::averager()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['averager_5f_713', ['averager_', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#a2482629fa76a781025784fab2d03f7f8', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl']]], │ │ │ │ │ ['averagesigma_714', ['averageSigma', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a89d78dd46e28736d8345d4b81f7d2169', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['awh_715', ['awh', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md0', 1, 'Accelerating sampling with AWH'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Awh.xhtml', 1, 'gmx::Awh'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#a7bb33226c0d260d387d3d612f7f39835', 1, 'gmx::Awh::Awh()'], │ │ │ │ │ - ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a0d9fdb0da3e9c99ad58a3e02bcd01fbca023bb350e48d08ed5220beb0575b1e35', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::Awh'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a023bb350e48d08ed5220beb0575b1e35', 1, 'gmx::Awh'], │ │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a0d9fdb0da3e9c99ad58a3e02bcd01fbca023bb350e48d08ed5220beb0575b1e35', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::Awh'], │ │ │ │ │ ['../page_awh.xhtml', 1, 'The accelerated weight histogram method (AWH)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['awh_20in_20mdrun_716', ['Use of AWH in mdrun', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md2', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_20method_717', ['Accelerated weight histogram (AWH) method', ['../group__module__awh.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_20module_718', ['Design of the AWH module', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md1', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_2ecpp_719', ['awh.cpp', ['../awh_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_2eh_720', ['awh.h', ['../awh_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -1196,46 +1196,46 @@ │ │ │ │ │ ['awh_5fhistory_2ecpp_723', ['awh_history.cpp', ['../awh__history_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_5fhistory_2eh_724', ['awh_history.h', ['../awh__history_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_5fivec_725', ['awh_ivec', ['../namespacegmx.xhtml#a74baae008f9132c5e0daf2a02b122b3b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awh_5fparams_2eh_726', ['awh_params.h', ['../awh__params_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awhbiasing_727', ['AwhBiasing', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0a447fab9cec8aab189be326d1cc099a3c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhbiasparams_728', ['awhbiasparams', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a8adde8f75f6475ecef5e857cdbce4c51', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6bb33930ef2abaadc9032a928fc5768e', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams(size_t idx)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#aabd2a266526d16dde0fdf0af95e79674', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams(size_t idx) const'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#af63363b376c94238200328f6168bc055', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams() const'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#af63363b376c94238200328f6168bc055', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams() const'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#aabd2a266526d16dde0fdf0af95e79674', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams(size_t idx) const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['awhbiasparamserialized_729', ['awhBiasParamSerialized', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a998486e08e0b0fe4acafbd73f9fdf7cb', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['awhcoordinateprovidertype_730', ['AwhCoordinateProviderType', ['../namespacegmx.xhtml#aeb14e0effdd405359c83ae16aeeb793c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhdimparamserialized_731', ['awhDimParamSerialized', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4d5bf1039f14c127b02ba30266da9f58', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['awhenergyblock_732', ['awhenergyblock', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#a6bbd97f1811e916158787bbac63826c8', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock::AwhEnergyBlock()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock'] │ │ │ │ │ + ['awhenergyblock_732', ['awhenergyblock', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#a6bbd97f1811e916158787bbac63826c8', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock::AwhEnergyBlock()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['awhgraphselection_733', ['AwhGraphSelection', ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a600536d6baf212ecc56d278f2a0e3e59', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['awhhasfeplambdadimension_734', ['awhHasFepLambdaDimension', ['../namespacegmx.xhtml#a30a906d1af5b69038a334aaf38d931a9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhhistogramgrowthtype_735', ['AwhHistogramGrowthType', ['../namespacegmx.xhtml#a235a1399a9c27bee96a294c9ff97b681', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhhistory_736', ['awhHistory', ['../classt__state.xhtml#a842d4b9027024c85320833630ad51b85', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['awhoutputentrytype_737', ['AwhOutputEntryType', ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhoutputfile_738', ['awhOutputFile', ['../structBiasOutputSetup.xhtml#a3fad3430c709ac7372b824bc4754ed39', 1, 'BiasOutputSetup']]], │ │ │ │ │ ['awhoutputmetadata_739', ['AwhOutputMetaData', ['../namespacegmx.xhtml#aa78c6481d10a93316c155ffdf021e581', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['awhparams_740', ['awhparams', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#aafd50ea61bd26591921b1985de149ceb', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(AwhParams &&)=default'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6fd2aa8c74f224fb6e53397b58bc15fe', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(const AwhParams &)=delete'], │ │ │ │ │ + ['awhparams_740', ['awhparams', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6fd2aa8c74f224fb6e53397b58bc15fe', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(const AwhParams &)=delete'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#aafd50ea61bd26591921b1985de149ceb', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(AwhParams &&)=default'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a09e550d9c6945d3c75d8d29340484007', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(ISerializer *serializer, bool tprWithoutGrowthFactor, bool tprWithoutTargetMetricScaling)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a519e977b6c6670668924cfd6327a9af8', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(std::vector< t_inpfile > *inp, WarningHandler *wi)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#aa3c6b8ff3fd739d5d978ca12aaaebeef', 1, 'gmx::test::BiasTest::awhParams()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a03dd18f5fd05b9db8c42c45bdc46a959', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::awhParams'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml', 1, 'gmx::AwhParams'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['awhparamserialized_741', ['awhParamSerialized', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#af078039984b97ba0b128d3aba3e70d14', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['awhpotentialtype_742', ['AwhPotentialType', ['../namespacegmx.xhtml#afa8b60e32b5a7392796aee7679bc10f3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['awhreader_743', ['awhreader', ['../classAwhReader.xhtml#ae1df0ae333e0241b166ac5a09229d2b1', 1, 'AwhReader::AwhReader()'], │ │ │ │ │ - ['../classAwhReader.xhtml', 1, 'AwhReader'] │ │ │ │ │ + ['awhreader_743', ['awhreader', ['../classAwhReader.xhtml', 1, 'AwhReader'], │ │ │ │ │ + ['../classAwhReader.xhtml#ae1df0ae333e0241b166ac5a09229d2b1', 1, 'AwhReader::AwhReader()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['awhtargettype_744', ['AwhTargetType', ['../namespacegmx.xhtml#a36747ae7b7009cef0a2227911862c3c9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['awhtestparameters_745', ['awhtestparameters', ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a065fe05d8973b6098fe3050c43856975', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::AwhTestParameters()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters'] │ │ │ │ │ + ['awhtestparameters_745', ['awhtestparameters', ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a065fe05d8973b6098fe3050c43856975', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::AwhTestParameters()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['axis_746', ['axis', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a309dab9c71b926d58a31e90814fdb1d1', 1, 'gmx::BiasGrid::axis(int dim) const'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a543962ea9483f1832655dc4f9893f8ee', 1, 'gmx::BiasGrid::axis() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['axis_5fx_747', ['axis_x', ['../structt__matrix.xhtml#a3efe183085bd9f0e4e001156ec3bd871', 1, 't_matrix']]], │ │ │ │ │ ['axis_5fy_748', ['axis_y', ['../structt__matrix.xhtml#a3db34244ea95ccaf7d1ca915ed52b5ba', 1, 't_matrix']]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_5.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -125,27 +125,27 @@ │ │ │ │ │ ['bdebugmode_67', ['bDebugMode', ['../fatalerror_8h.xhtml#aeceaa87707ac5c2c96e224de90dd481c', 1, 'fatalerror.cpp']]], │ │ │ │ │ ['bdiscrete_68', ['bDiscrete', ['../structt__matrix.xhtml#a6ca5a8d5f5d4be235502f83ffac2586c', 1, 't_matrix']]], │ │ │ │ │ ['bdotime_69', ['bDoTime', ['../structNbnxmGpu.xhtml#a1de4ad8bb7a72156331022911da91fb3', 1, 'NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['bdynamicbox_70', ['bDynamicBox', ['../structnbnxn__atomdata__t.xhtml#ae77b34a2c51cda08b6614469d056d29b', 1, 'nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ │ ['becool_71', ['beCool', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02coolstuff_8cpp_03.xhtml#a67229d8062fb466b5be7cb8bed125f1a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{coolstuff.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['begin_72', ['begin', ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a453e4185086abe32f76359d79e5df439', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IntegerBox.xhtml#a4bdda1928d7845c8e5c5c3ef2918a466', 1, 'gmx::IntegerBox::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a636719700df07fe8736fa19bb12c29dd', 1, 'gmx::begin(MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a9fd99e24e163158545296b3f791b0ee8', 1, 'gmx::begin(const BasicMdspan &basicMdspan)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aaf0716c8ca857b1a8877fc94463b5850', 1, 'gmx::begin(const MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Range.xhtml#a242b3517477cdd07a73a702f360f5b46', 1, 'gmx::Range::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a4a2f5be2695dfa8cbac551742c15d771', 1, 'gmx::EnumerationArray::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnumerationWrapper.xhtml#abf496f9dcaab55be1b9cbe93f05312d9', 1, 'gmx::EnumerationWrapper::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a52348f625a07e17a873cf943882510f9', 1, 'gmx::ArrayRef::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a93f0ea6236ab2cc8e924025646f8d87b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a8c6171058dd1a26721f4af8df12b7a10', 1, 'gmx::EnergyFrame::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#ab4801001dba830e69c9984d97e9c4932', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aaf0716c8ca857b1a8877fc94463b5850', 1, 'gmx::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classAtomRange.xhtml#afc17642be8cc592f6f47fdd9d86aa408', 1, 'AtomRange::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classIListRange.xhtml#a7526befe10a07f17dbc35e704d01aeea', 1, 'IListRange::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a636719700df07fe8736fa19bb12c29dd', 1, 'gmx::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a8c6171058dd1a26721f4af8df12b7a10', 1, 'gmx::EnergyFrame::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a93f0ea6236ab2cc8e924025646f8d87b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a4b930e14cacc91c16a0c6e59fb48ea58', 1, 'gmx::EnergyTerm::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a52348f625a07e17a873cf943882510f9', 1, 'gmx::ArrayRef::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnumerationWrapper.xhtml#abf496f9dcaab55be1b9cbe93f05312d9', 1, 'gmx::EnumerationWrapper::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a4a2f5be2695dfa8cbac551742c15d771', 1, 'gmx::EnumerationArray::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Range.xhtml#a242b3517477cdd07a73a702f360f5b46', 1, 'gmx::Range::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a9fd99e24e163158545296b3f791b0ee8', 1, 'gmx::begin()'] │ │ │ │ │ + ['../classAtomRange.xhtml#afc17642be8cc592f6f47fdd9d86aa408', 1, 'AtomRange::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a4b930e14cacc91c16a0c6e59fb48ea58', 1, 'gmx::EnergyTerm::begin()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['begin_5faction_73', ['BEGIN_ACTION', ['../parser__internal_8h.xhtml#adc0616ed62829750149da924ee4176a9', 1, 'parser_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['beginiterator_74', ['beginIterator', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a6301d2be458f368de68f404d9dff17f7', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable']]], │ │ │ │ │ ['behaviorcollection_2ecpp_75', ['behaviorcollection.cpp', ['../behaviorcollection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['behaviorcollection_2eh_76', ['behaviorcollection.h', ['../behaviorcollection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_77', ['bench', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a94b5fe0aba252ce26a4cb2763c268980', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fcoords_2eh_78', ['bench_coords.h', ['../bench__coords_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_6.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -892,38 +892,38 @@ │ │ │ │ │ ['clusterdistancekerneltype_601', ['ClusterDistanceKernelType', ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml#a6d74049ae6c72289649a7de671a92068', 1, 'clusterdistancekerneltype.h']]], │ │ │ │ │ ['clusterdistancekerneltype_2eh_602', ['clusterdistancekerneltype.h', ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['clusterflags_603', ['clusterFlags', ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a25b73d71c3c4250ca3f4940f16343cca', 1, 'Nbnxm::Grid']]], │ │ │ │ │ ['clusterisperturbed_604', ['clusterIsPerturbed', ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a3bd7de7b1ee5ff89acfbc6971d520d98', 1, 'Nbnxm::Grid']]], │ │ │ │ │ ['clusters_20of_20warps_605', ['of packed j clusters * # of warps', ['../structNbnxm_1_1gpu__plist.xhtml#autotoc_md108', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['clustsize_2ecpp_606', ['clustsize.cpp', ['../clustsize_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmaincommandlinemodule_607', ['cmaincommandlinemodule', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule'], │ │ │ │ │ - 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['cmdlinehelpwriter_2ecpp_622', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlinehelpwriter_2ecpp_622', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpwriter_2eh_623', ['cmdlinehelpwriter.h', ['../cmdlinehelpwriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineinit_2ecpp_624', ['cmdlineinit.cpp', ['../cmdlineinit_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineinit_2eh_625', ['cmdlineinit.h', ['../cmdlineinit_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2ecpp_626', ['cmdlinemodule.cpp', ['../cmdlinemodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2eh_627', ['cmdlinemodule.h', ['../cmdlinemodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanager_2ecpp_628', ['cmdlinemodulemanager.cpp', ['../cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ @@ -931,20 +931,20 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanager_2eh_629', ['cmdlinemodulemanager.h', ['../cmdlinemodulemanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanager_5fimpl_2eh_630', ['cmdlinemodulemanager_impl.h', ['../cmdlinemodulemanager__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanagertest_2ecpp_631', ['cmdlinemodulemanagertest.cpp', ['../cmdlinemodulemanagertest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanagertest_2eh_632', ['cmdlinemodulemanagertest.h', ['../cmdlinemodulemanagertest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineoptionsmodule_2ecpp_633', ['cmdlineoptionsmodule.cpp', ['../cmdlineoptionsmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineoptionsmodule_2eh_634', ['cmdlineoptionsmodule.h', ['../cmdlineoptionsmodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['enerd_5f_181', ['enerd_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a4901f0e36e8dfe004872229cd1b17dd3', 1, 'gmx::LegacySimulatorData::enerd_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml#a3e5d000f356115dc346c471eeac73932', 1, 'gmx::ForceProviderOutput::enerd_'] │ │ │ │ │ + ['enerd_5f_181', ['enerd_', ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml#a3e5d000f356115dc346c471eeac73932', 1, 'gmx::ForceProviderOutput::enerd_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a4901f0e36e8dfe004872229cd1b17dd3', 1, 'gmx::LegacySimulatorData::enerd_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['enerdata_182', ['enerdata', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#af5ff3635bcb4d7ecb90c7505f70ff2d9', 1, 'gmx::EnergyData::enerdata()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a8253678c958de422aabdc634405276ca', 1, 'gmx::EnergyData::enerdata() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['enerdata_2ecpp_183', ['enerdata.cpp', ['../enerdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['enerdata_5f_184', ['enerdata_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a178388e022bfe1f8dad4cc34a318ae9d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]], │ │ │ │ │ ['enerdata_5fp_185', ['enerdata_p', ['../structgmx_1_1SimulatorStateData.xhtml#a44621b372fa324a71ad5d4791f55e561', 1, 'gmx::SimulatorStateData']]], │ │ │ │ │ @@ -337,16 +337,16 @@ │ │ │ │ │ ['energycomparison_198', ['energycomparison', ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyComparison.xhtml', 1, 'gmx::test::EnergyComparison'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyComparison.xhtml#aafb2df8ef9a36c6a3cffc8ac57cf2645', 1, 'gmx::test::EnergyComparison::EnergyComparison()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energycomparison_2ecpp_199', ['energycomparison.cpp', ['../energycomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energycomparison_2eh_200', ['energycomparison.h', ['../energycomparison_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energycomparison_5f_201', ['energyComparison_', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml#accffb92e7241f0a2b319173bcc6e239a', 1, 'gmx::test::PeriodicActionsTest']]], │ │ │ │ │ ['energycontribution_202', ['EnergyContribution', ['../namespacegmx.xhtml#a41036212ab3b994374d2c2f02772427c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - 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['forcebuffers_2ecpp_295', ['forcebuffers.cpp', ['../forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['forcebuffers_2ecpp_295', ['forcebuffers.cpp', ['../tests_2forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcebuffers_2eh_296', ['forcebuffers.h', ['../forcebuffers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forcebuffersview_297', ['forcebuffersview', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a3590d4fc647af93ab0f6092f85ed7b1f', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffersView'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a38b40421ab657108d222878f50f54f99', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(ForceBuffersView &&o)=delete'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a75e5dfcac0461da9e1ba0671b99e2e19', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(const ForceBuffersView &o)=delete'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -856,16 +856,16 @@ │ │ │ │ │ ['freegpuprogram_458', ['freeGpuProgram', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a92f6135855475ff80f47658a5670bf8d', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['freeimpl_459', ['freeImpl', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02alignedallocator_8cpp_03.xhtml#a8180c1a136623d6b7e76ac9be7eb6883', 1, 'gmx::anonymous_namespace{alignedallocator.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['freeptr_460', ['freeptr', ['../structgmx__sel__mempool__t.xhtml#a2b7446cad910e6e6728dc2b169842a2c', 1, 'gmx_sel_mempool_t']]], │ │ │ │ │ ['freesize_461', ['freesize', ['../structgmx__sel__mempool__t.xhtml#ae7354978f237cc4f1051e0099180e624', 1, 'gmx_sel_mempool_t']]], │ │ │ │ │ ['freeumbrellawindows_462', ['freeUmbrellaWindows', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a542393ecfd078496aa205b36bc4ad8d0', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['freevalues_463', ['freeValues', ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#ae975003186d24e163d3548c47569e21b', 1, 'gmx::SelectionTreeElement']]], │ │ │ │ │ ['freevolume_464', ['FreeVolume', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02freevolume_8cpp_03_1_1FreeVolume.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{freevolume.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['freevolume_2ecpp_465', ['freevolume.cpp', ['../modules_2freevolume_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2freevolume_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['freevolume_2ecpp_465', ['freevolume.cpp', ['../tests_2freevolume_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../modules_2freevolume_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['freevolume_2eh_466', ['freevolume.h', ['../freevolume_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['freevolumemoduletest_467', ['FreeVolumeModuleTest', ['../namespaceanonymous__namespace_02freevolume_8cpp_03.xhtml#a29f0fa61841edec511eb0bfa7edb0cd4', 1, 'anonymous_namespace{freevolume.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['freezegroups_2ecpp_468', ['freezegroups.cpp', ['../freezegroups_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['freezegrouptestparams_469', ['FreezeGroupTestParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02freezegroups_8cpp_03.xhtml#adf16d01adbfbe692c680923d42bcff39', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{freezegroups.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['frequency_470', ['frequency', ['../classgmx_1_1AndersenTemperatureCoupling.xhtml#a4be5317bb27910438c62fe1dbabe5dcb', 1, 'gmx::AndersenTemperatureCoupling']]], │ │ │ │ │ ['frewind_471', ['frewind', ['../futil_8h.xhtml#a97d171ba8393365df315e678061376c0', 1, 'futil.cpp']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_a.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -54,73 +54,73 @@ │ │ │ │ │ ['gammadistribution_39', ['gammadistribution', ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a504c8a74cfe78791b6e0fb1549aa95aa', 1, 'gmx::GammaDistribution::GammaDistribution(result_type alpha=1.0, result_type theta=1.0)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a3e85f1c638a75a3add4e42730d104696', 1, 'gmx::GammaDistribution::GammaDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml', 1, 'gmx::GammaDistribution< RealType >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gammadistribution_2ecpp_40', ['gammadistribution.cpp', ['../gammadistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gammadistribution_2eh_41', ['gammadistribution.h', ['../gammadistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gatherinputparameters_42', ['GatherInputParameters', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03.xhtml#a362d4e2b7aca10df5d1f78cba9d1c235', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['gatherintfrommultisimulation_43', ['gatherintfrommultisimulation', ['../multisim_8h.xhtml#a26ace2b27afcb558d72f98de9f43a645', 1, 'gatherIntFromMultiSimulation(const gmx_multisim_t *ms, int localValue): multisim.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../gromacs_2mdrunutility_2multisim_8cpp.xhtml#ae0afb120203682679347d7b3718605b0', 1, 'gatherIntFromMultiSimulation(const gmx_multisim_t *ms, const int localValue): multisim.cpp'] │ │ │ │ │ + ['gatherintfrommultisimulation_43', ['gatherintfrommultisimulation', ['../gromacs_2mdrunutility_2multisim_8cpp.xhtml#ae0afb120203682679347d7b3718605b0', 1, 'gatherIntFromMultiSimulation(const gmx_multisim_t *ms, const int localValue): multisim.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../multisim_8h.xhtml#a26ace2b27afcb558d72f98de9f43a645', 1, 'gatherIntFromMultiSimulation(const gmx_multisim_t *ms, int localValue): multisim.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['gatherloadbysimdinttranspose_44', ['gatherloadbysimdinttranspose', ['../group__module__simd.xhtml#ga98bde531b096434095b228308e7a3025', 1, 'gmx::gatherLoadBySimdIntTranspose(const float *base, SimdFInt32 offset, SimdFloat *v0, SimdFloat *v1)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a6bb92443ba8da5d878c1dd85b2bcde8d', 1, 'gmx::gatherLoadBySimdIntTranspose(const double *base, std::int32_t offset, double *v0, double *v1)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a92c67d959864d2549a679f0f2245bacb', 1, 'gmx::gatherLoadBySimdIntTranspose(const double *base, std::int32_t offset, double *v0, double *v1, double *v2, double *v3)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a0614e0463cccdf97cec36fffb2b24764', 1, 'gmx::gatherLoadBySimdIntTranspose(const float *base, std::int32_t offset, float *v0, float *v1)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a179f05bc9899fe2b7e71d53a1a95b629', 1, 'gmx::gatherLoadBySimdIntTranspose(const float *base, std::int32_t offset, float *v0, float *v1, float *v2, float *v3)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga1008329474744f6987edf28c4124ac24', 1, 'gmx::gatherLoadBySimdIntTranspose(const double *base, SimdDInt32 offset, SimdDouble *v0, SimdDouble *v1, SimdDouble *v2, SimdDouble *v3)'], │ │ │ │ │ + ['gatherloadbysimdinttranspose_44', ['gatherloadbysimdinttranspose', ['../group__module__simd.xhtml#ga1008329474744f6987edf28c4124ac24', 1, 'gmx::gatherLoadBySimdIntTranspose(const double *base, SimdDInt32 offset, SimdDouble *v0, SimdDouble *v1, SimdDouble *v2, SimdDouble *v3)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga11385272a2b5123ca3aa3e5696e55dbc', 1, 'gmx::gatherLoadBySimdIntTranspose(const double *base, SimdDInt32 offset, SimdDouble *v0, SimdDouble *v1)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gac7ba60b7340036a984888bbca43616e4', 1, 'gmx::gatherLoadBySimdIntTranspose(const float *base, SimdFInt32 offset, SimdFloat *v0, SimdFloat *v1, SimdFloat *v2, SimdFloat *v3)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gac7ba60b7340036a984888bbca43616e4', 1, 'gmx::gatherLoadBySimdIntTranspose(const float *base, SimdFInt32 offset, SimdFloat *v0, SimdFloat *v1, SimdFloat *v2, SimdFloat *v3)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga98bde531b096434095b228308e7a3025', 1, 'gmx::gatherLoadBySimdIntTranspose(const float *base, SimdFInt32 offset, SimdFloat *v0, SimdFloat *v1)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a179f05bc9899fe2b7e71d53a1a95b629', 1, 'gmx::gatherLoadBySimdIntTranspose(const float *base, std::int32_t offset, float *v0, float *v1, float *v2, float *v3)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a0614e0463cccdf97cec36fffb2b24764', 1, 'gmx::gatherLoadBySimdIntTranspose(const float *base, std::int32_t offset, float *v0, float *v1)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a92c67d959864d2549a679f0f2245bacb', 1, 'gmx::gatherLoadBySimdIntTranspose(const double *base, std::int32_t offset, double *v0, double *v1, double *v2, double *v3)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a6bb92443ba8da5d878c1dd85b2bcde8d', 1, 'gmx::gatherLoadBySimdIntTranspose(const double *base, std::int32_t offset, double *v0, double *v1)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['gatherloadtranspose_45', ['gatherloadtranspose', ['../namespacegmx.xhtml#aba7ff3639534a22d4b9c7a834d7584fd', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], float *v0, float *v1, float *v2, float *v3)'], │ │ │ │ │ + ['gatherloadtranspose_45', ['gatherloadtranspose', ['../group__module__simd.xhtml#gad1b51d9220213996033e5dce938c926f', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble *v0, SimdDouble *v1)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga725596b415f4bca94e71321b6845bed4', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble *v0, SimdDouble *v1, SimdDouble *v2, SimdDouble *v3)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gad1b51d9220213996033e5dce938c926f', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble *v0, SimdDouble *v1)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga0f9f9c71226ae1d2f0065dd66e1027f0', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat *v0, SimdFloat *v1, SimdFloat *v2, SimdFloat *v3)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga6823a0b3cbc43eee3918b137d2b18384', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat *v0, SimdFloat *v1)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aba7ff3639534a22d4b9c7a834d7584fd', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], float *v0, float *v1, float *v2, float *v3)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a4c0cda66eba19ad12a50e48f848f268f', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], float *v0, float *v1)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a94e990607fd4d48ca160fbc380597f5a', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], double *v0, double *v1, double *v2, double *v3)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a0c464ebd492587005bb4baefb4293072', 1, 'gmx::gatherLoadTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], double *v0, double *v1)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gatherloadtransposehsimd_46', ['gatherloadtransposehsimd', ['../group__module__simd.xhtml#gaf571e52121cd544effd263751636c974', 1, 'gmx::gatherLoadTransposeHsimd(const double *base0, const double *base1, const std::int32_t offset[], SimdDouble *v0, SimdDouble *v1)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga11666cd65bdfee331799b2c1dc732c60', 1, 'gmx::gatherLoadTransposeHsimd(const float *base0, const float *base1, const std::int32_t offset[], SimdFloat *v0, SimdFloat *v1)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['gatherloadubysimdinttranspose_47', ['gatherloadubysimdinttranspose', ['../group__module__simd.xhtml#gad15c3a27898a9f9dbb2963dee1a7cacf', 1, 'gmx::gatherLoadUBySimdIntTranspose(const double *base, SimdDInt32 offset, SimdDouble *v0, SimdDouble *v1)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga4b26c79db832542ab73a692f7db941c2', 1, 'gmx::gatherLoadUBySimdIntTranspose(const float *base, SimdFInt32 offset, SimdFloat *v0, SimdFloat *v1)'], │ │ │ │ │ + ['gatherloadubysimdinttranspose_47', ['gatherloadubysimdinttranspose', ['../group__module__simd.xhtml#ga4b26c79db832542ab73a692f7db941c2', 1, 'gmx::gatherLoadUBySimdIntTranspose(const float *base, SimdFInt32 offset, SimdFloat *v0, SimdFloat *v1)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gad15c3a27898a9f9dbb2963dee1a7cacf', 1, 'gmx::gatherLoadUBySimdIntTranspose(const double *base, SimdDInt32 offset, SimdDouble *v0, SimdDouble *v1)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a29c67b43b26cfba5ec360bf020df4c8a', 1, 'gmx::gatherLoadUBySimdIntTranspose(const float *base, std::int32_t offset, float *v0, float *v1)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af74c58ce1915c6a25061153cd3b4bde8', 1, 'gmx::gatherLoadUBySimdIntTranspose(const double *base, std::int32_t offset, double *v0, double *v1)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gatherloadutranspose_48', ['gatherloadutranspose', ['../namespacegmx.xhtml#a0502844193d9fcf13648a4165a67a1a3', 1, 'gmx::gatherLoadUTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], double *v0, double *v1, double *v2)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaafc4e2f213c40bba66c83e6524445523', 1, 'gmx::gatherLoadUTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble *v0, SimdDouble *v1, SimdDouble *v2)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#acfefc291c66a8404f2aad767af91cb21', 1, 'gmx::gatherLoadUTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], float *v0, float *v1, float *v2)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaa5581add75787fa1304acdac5af0ad7d', 1, 'gmx::gatherLoadUTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat *v0, SimdFloat *v1, SimdFloat *v2)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#acfefc291c66a8404f2aad767af91cb21', 1, 'gmx::gatherLoadUTranspose(const float *base, const std::int32_t offset[], float *v0, float *v1, float *v2)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaafc4e2f213c40bba66c83e6524445523', 1, 'gmx::gatherLoadUTranspose(const double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble *v0, SimdDouble *v1, SimdDouble *v2)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gathertest_49', ['GatherTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1GatherTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['gathertestbody_50', ['gathertestbody', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1GatherTestBody.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::GatherTestBody'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1GatherTestBody.xhtml#aaa55fb4d0672671e335a3c17c1647494', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::GatherTestBody::GatherTestBody()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gatherunusedentries_51', ['gatherUnusedEntries', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata_8cpp_03.xhtml#ac879386ac1155f762b4b88ba2a2e529a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['gatherworkgroupsize_52', ['gatherWorkGroupSize', ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#a4d0940f01c689f58f6a836319e0ecdf6', 1, 'PmeGpuProgramImpl']]], │ │ │ │ │ - ['gauss1d_5f_53', ['gauss1d_', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#aaca18108ef67ba8911fc95d61f6306f2', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::gauss1d_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#a728c7adc2d3941d37833a368c751afee', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::gauss1d_'] │ │ │ │ │ + ['gauss1d_5f_53', ['gauss1d_', ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#a728c7adc2d3941d37833a368c751afee', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::gauss1d_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#aaca18108ef67ba8911fc95d61f6306f2', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::gauss1d_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['gaussianon1dlattice_54', ['gaussianon1dlattice', ['../classgmx_1_1GaussianOn1DLattice.xhtml', 1, 'gmx::GaussianOn1DLattice'], │ │ │ │ │ + ['gaussianon1dlattice_54', ['gaussianon1dlattice', ['../classgmx_1_1GaussianOn1DLattice.xhtml#af09f3b97db4e8868a08a0df75a1ba4e6', 1, 'gmx::GaussianOn1DLattice::GaussianOn1DLattice(GaussianOn1DLattice &&other) noexcept'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GaussianOn1DLattice.xhtml#aec1491a190cf9652955a6d46bd303699', 1, 'gmx::GaussianOn1DLattice::GaussianOn1DLattice(const GaussianOn1DLattice &other)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GaussianOn1DLattice.xhtml#afeb725d6952b76a212df5461e1a257dd', 1, 'gmx::GaussianOn1DLattice::GaussianOn1DLattice(int numGridPointsForSpreadingHalfWidth, real sigma)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GaussianOn1DLattice.xhtml#af09f3b97db4e8868a08a0df75a1ba4e6', 1, 'gmx::GaussianOn1DLattice::GaussianOn1DLattice(GaussianOn1DLattice &&other) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GaussianOn1DLattice.xhtml#aec1491a190cf9652955a6d46bd303699', 1, 'gmx::GaussianOn1DLattice::GaussianOn1DLattice(const GaussianOn1DLattice &other)'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GaussianOn1DLattice.xhtml', 1, 'gmx::GaussianOn1DLattice'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gaussianspreadkernelparameters_55', ['GaussianSpreadKernelParameters', ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['gaussiantransformspreadingrangeinmultiplesofwidth_5f_56', ['gaussianTransformSpreadingRangeInMultiplesOfWidth_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#aa8ccc2a6b16cbba79f8efe4f19482a04', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ │ ['gaussiantransformspreadingwidth_5f_57', ['gaussianTransformSpreadingWidth_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a0d3e3cf451f5343422ad4f191b527ec0', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ │ - ['gausstransform_2ecpp_58', ['gausstransform.cpp', ['../tests_2gausstransform_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../gausstransform_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['gausstransform_2ecpp_58', ['gausstransform.cpp', ['../gausstransform_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2gausstransform_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gausstransform_2eh_59', ['gausstransform.h', ['../gausstransform_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['gausstransform3d_60', ['gausstransform3d', ['../classgmx_1_1GaussTransform3D.xhtml#a927125c027d861b21174c07b0a22286a', 1, 'gmx::GaussTransform3D::GaussTransform3D(const dynamicExtents3D &extent, const GaussianSpreadKernelParameters::Shape &globalParameters)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GaussTransform3D.xhtml#a4bebacbd34dce204e961a8ec72c90108', 1, 'gmx::GaussTransform3D::GaussTransform3D(const GaussTransform3D &other)'], │ │ │ │ │ + ['gausstransform3d_60', ['gausstransform3d', ['../classgmx_1_1GaussTransform3D.xhtml', 1, 'gmx::GaussTransform3D'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GaussTransform3D.xhtml#ac80b1a8a0699bc7726fac2e834c1efa1', 1, 'gmx::GaussTransform3D::GaussTransform3D(GaussTransform3D &&other) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GaussTransform3D.xhtml', 1, 'gmx::GaussTransform3D'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GaussTransform3D.xhtml#a4bebacbd34dce204e961a8ec72c90108', 1, 'gmx::GaussTransform3D::GaussTransform3D(const GaussTransform3D &other)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GaussTransform3D.xhtml#a927125c027d861b21174c07b0a22286a', 1, 'gmx::GaussTransform3D::GaussTransform3D(const dynamicExtents3D &extent, const GaussianSpreadKernelParameters::Shape &globalParameters)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gcc_5fdiagnostic_5fignore_61', ['GCC_DIAGNOSTIC_IGNORE', ['../basedefinitions_8h.xhtml#a5311f1e4e70a133a7327dd50569d07ac', 1, 'basedefinitions.h']]], │ │ │ │ │ ['gcc_5fdiagnostic_5freset_62', ['GCC_DIAGNOSTIC_RESET', ['../basedefinitions_8h.xhtml#a3a34b0f19993f8d94c735a7d22cffc29', 1, 'basedefinitions.h']]], │ │ │ │ │ ['gen_5fmaxwell_5fvelocities_2ecpp_63', ['gen_maxwell_velocities.cpp', ['../tests_2gen__maxwell__velocities_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['genbondedlinks_64', ['genBondedLinks', ['../makebondedlinks_8cpp.xhtml#adc54b75c23c6a3630bc490cd5b6b0dd0', 1, 'makebondedlinks.cpp']]], │ │ │ │ │ ['genconf_2ecpp_65', ['genconf.cpp', ['../tests_2genconf_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['general_66', ['General', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbeaa0db377921f4ce762c62526131097968f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]], │ │ │ │ │ @@ -133,40 +133,40 @@ │ │ │ │ │ ['generatediagonalmasks_73', ['generateDiagonalMasks', ['../namespacegmx.xhtml#a75902569a0fdfb00cfa10f4d063eed7d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['generateewaldcorrectiontables_74', ['generateEwaldCorrectionTables', ['../forcetable_8h.xhtml#a09f7b6c414c61fe59569916d4106beb2', 1, 'forcetable.cpp']]], │ │ │ │ │ ['generic_75', ['Generic', ['../namespacegmx.xhtml#aa9e7df55e017bd726d027d65551bbd0ca8045a0a6c688b0635e3caccc408a1446', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['genion_2ecpp_76', ['genion.cpp', ['../tests_2genion_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['genqmmmindices_77', ['genQmmmIndices', ['../src_2gromacs_2mimic_2utilities_8h.xhtml#ac8c92f4d2b6d6276c25ae95682de13aa', 1, 'utilities.cpp']]], │ │ │ │ │ ['genrestr_2ecpp_78', ['genrestr.cpp', ['../tests_2genrestr_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['geometric_79', ['Geometric', ['../atomdata_8h.xhtml#a545339c6bb2aa8f6195b8ac73569cbf8aadf9f772a73f364e4ce6c52b9fae740d', 1, 'atomdata.h']]], │ │ │ │ │ - ['geometry_80', ['geometry', ['../structNbnxm_1_1Grid_1_1Geometry.xhtml', 1, 'Nbnxm::Grid::Geometry'], │ │ │ │ │ - ['../structNbnxm_1_1Grid_1_1Geometry.xhtml#a8d9a96a8fdb5462123ab8b2a872d2010', 1, 'Nbnxm::Grid::Geometry::Geometry()'], │ │ │ │ │ + ['geometry_80', ['geometry', ['../structNbnxm_1_1Grid_1_1Geometry.xhtml#a8d9a96a8fdb5462123ab8b2a872d2010', 1, 'Nbnxm::Grid::Geometry::Geometry()'], │ │ │ │ │ ['../structt__pullcoord.xhtml#ab8bb3edab80d37b6b59871a5687f3957', 1, 't_pullcoord::geometry'], │ │ │ │ │ - ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a6fa53ffa6e33e4a900ff246131cc0972', 1, 'Nbnxm::Grid::geometry()'] │ │ │ │ │ + ['../classNbnxm_1_1Grid.xhtml#a6fa53ffa6e33e4a900ff246131cc0972', 1, 'Nbnxm::Grid::geometry() const'], │ │ │ │ │ + ['../structNbnxm_1_1Grid_1_1Geometry.xhtml', 1, 'Nbnxm::Grid::Geometry'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['get_81', ['get', ['../classgmx_1_1compat_1_1not__null.xhtml#a71e17ffb21e59c1bd4317025e353e85d', 1, 'gmx::compat::not_null::get()'], │ │ │ │ │ + ['get_81', ['get', ['../parser__internal_8h.xhtml#a0c1fffb107955e3a6c98e6a8d44bc66b', 1, 'get(): parser_internal.h'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GlobalCommandLineHelpContext.xhtml#aaea9dd06988d683d99e633f946d7ad6e', 1, 'gmx::GlobalCommandLineHelpContext::get()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1compat_1_1not__null.xhtml#a71e17ffb21e59c1bd4317025e353e85d', 1, 'gmx::compat::not_null::get()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulationInputHandle.xhtml#a9a5f2eeb74fc6dd0cad1ab613c5ffe55', 1, 'gmx::SimulationInputHandle::get()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionManagerContainer.xhtml#aa4ccc4fe6ad95d34d0ac3ad64c99f3dd', 1, 'gmx::OptionManagerContainer::get()'], │ │ │ │ │ - ['../parser__internal_8h.xhtml#a0c1fffb107955e3a6c98e6a8d44bc66b', 1, 'get(ValueType *src): parser_internal.h'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionManagerContainer.xhtml#aa4ccc4fe6ad95d34d0ac3ad64c99f3dd', 1, 'gmx::OptionManagerContainer::get()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5f2log_82', ['get_2log', ['../nbnxm__geometry_8h.xhtml#a8395e4ac753290707b9f0089b712c287', 1, 'nbnxm_geometry.h']]], │ │ │ │ │ ['get_5fa_5fline_83', ['get_a_line', ['../strdb_8h.xhtml#a0cd472153523204686e891341870765e', 1, 'strdb.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['get_5facffitfn_84', ['get_acffitfn', ['../autocorr_8h.xhtml#ae8203eca8a282a6a6c3193eb7434e740', 1, 'get_acffitfn(): autocorr.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../autocorr_8cpp.xhtml#ae8203eca8a282a6a6c3193eb7434e740', 1, 'get_acffitfn(): autocorr.cpp'] │ │ │ │ │ + ['get_5facffitfn_84', ['get_acffitfn', ['../autocorr_8cpp.xhtml#ae8203eca8a282a6a6c3193eb7434e740', 1, 'get_acffitfn(): autocorr.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../autocorr_8h.xhtml#ae8203eca8a282a6a6c3193eb7434e740', 1, 'get_acffitfn(): autocorr.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5facfnout_85', ['get_acfnout', ['../autocorr_8h.xhtml#a6ffe718811a1de496d0d03c2110907ca', 1, 'get_acfnout(): autocorr.cpp'], │ │ │ │ │ ['../autocorr_8cpp.xhtml#a6ffe718811a1de496d0d03c2110907ca', 1, 'get_acfnout(): autocorr.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5fallocator_86', ['get_allocator', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a0bae42a82df682e19ac61bc89a6a022a', 1, 'gmx::PaddedVector']]], │ │ │ │ │ ['get_5fcenter_87', ['get_center', ['../groupcoord_8h.xhtml#ac732a95420f31b9a44c7a4abfc371357', 1, 'groupcoord.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fcenter_5fcomm_88', ['get_center_comm', ['../groupcoord_8h.xhtml#a2018383475eefe6a12a0f43a4bf12741', 1, 'groupcoord.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fcommbuffer_5fcounts_89', ['get_commbuffer_counts', ['../atomdistribution_8h.xhtml#a6324027a460a49578da9eb57c56eff39', 1, 'atomdistribution.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fcompartment_5fboundaries_90', ['get_compartment_boundaries', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#a086f8087bf717b593edec6fa94e2c43c', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['get_5fddbox_91', ['get_ddbox', ['../box_8h.xhtml#a8571d7e8a8a2b719ff62946762f95247', 1, 'get_ddbox(const ivec &numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x): box.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../box_8cpp.xhtml#a8571d7e8a8a2b719ff62946762f95247', 1, 'get_ddbox(const ivec &numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x): box.cpp'] │ │ │ │ │ + ['get_5fddbox_91', ['get_ddbox', ['../box_8cpp.xhtml#a8571d7e8a8a2b719ff62946762f95247', 1, 'get_ddbox(const ivec &numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x): box.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../box_8h.xhtml#a8571d7e8a8a2b719ff62946762f95247', 1, 'get_ddbox(const ivec &numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x): box.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5ff_5fnorm_5fmax_92', ['get_f_norm_max', ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml#a3b0d6970428583789ac2d3866db0d311', 1, 'minimize.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fgroup_5fapm_5fcheck_93', ['get_group_apm_check', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#af369e4b1d0fb8724e25cf35d0156f289', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fheader_94', ['get_header', ['../strdb_8h.xhtml#ae5fc76eb98da3f1abcb12cc2b8e3ae99', 1, 'strdb.h']]], │ │ │ │ │ ['get_5findex_5fof_5fdistant_5fatom_95', ['get_index_of_distant_atom', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#aee789cd0e8c00d7ea9bbc4ca285cb993', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5finitial_5fioncounts_96', ['get_initial_ioncounts', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#a2ba5c82e0b901b0d2bc8190f9fb1d1bb', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5finitial_5fioncounts_5ffrom_5fcpt_97', ['get_initial_ioncounts_from_cpt', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#a63688a2d96a14be60358babedf842922', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -174,16 +174,16 @@ │ │ │ │ │ ['get_5fload_5fdistribution_99', ['get_load_distribution', ['../partition_8cpp.xhtml#ae1715b06b973f0a5bb1f6a5d66326008', 1, 'partition.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fmolecule_5fcenter_100', ['get_molecule_center', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#af701b0cff97e0453bc279d86d0ba0673', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fnthreads_5fmpi_101', ['get_nthreads_mpi', ['../resourcedivision_8h.xhtml#a66226e873ab77ec209707cc33ad9870c', 1, 'get_nthreads_mpi(const gmx_hw_info_t *hwinfo, gmx_hw_opt_t *hw_opt, int numDevicesToUse, bool nonbondedOnGpu, bool pmeOnGpu, const t_inputrec *inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, const gmx::MDLogger &mdlog, bool doMembed): resourcedivision.cpp'], │ │ │ │ │ ['../resourcedivision_8cpp.xhtml#a6469a412f67d5ae5b8dddad1b49c1760', 1, 'get_nthreads_mpi(const gmx_hw_info_t *hwinfo, gmx_hw_opt_t *hw_opt, const int numDevicesToUse, bool nonbondedOnGpu, bool pmeOnGpu, const t_inputrec *inputrec, const gmx_mtop_t &mtop, const gmx::MDLogger &mdlog, bool doMembed): resourcedivision.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5fpme_5fddranks_102', ['get_pme_ddranks', ['../domdec_8h.xhtml#a714c31f22cc831f99d57429e1318a98b', 1, 'domdec.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fpull_5fcoord_5fperiod_103', ['get_pull_coord_period', ['../namespacegmx.xhtml#a3fbbd26eeea7fa3fe68cec28833d769a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['get_5fpull_5fcoord_5fvalue_104', ['get_pull_coord_value', ['../pull_8h.xhtml#a61e53982ac9cc752ddb8f7128a614fb7', 1, 'get_pull_coord_value(pull_t *pull, int coordIndex, const t_pbc &pbc, double t): pull.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pull_8h.xhtml#a14d101ec0687b9a06ab451974cb11565', 1, 'get_pull_coord_value(pull_t *pull, int coordIndex, const t_pbc &pbc): pull.cpp'] │ │ │ │ │ + ['get_5fpull_5fcoord_5fvalue_104', ['get_pull_coord_value', ['../pull_8h.xhtml#a14d101ec0687b9a06ab451974cb11565', 1, 'get_pull_coord_value(pull_t *pull, int coordIndex, const t_pbc &pbc): pull.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pull_8h.xhtml#a61e53982ac9cc752ddb8f7128a614fb7', 1, 'get_pull_coord_value(pull_t *pull, int coordIndex, const t_pbc &pbc, double t): pull.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5fstate_5ff_5fnorm_5fmax_105', ['get_state_f_norm_max', ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml#a23699473bd2831abaa740414edb895df', 1, 'minimize.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fsum_5fof_5fpositions_106', ['get_sum_of_positions', ['../groupcoord_8h.xhtml#a5dd8cc38de6142734f8f7ea30a75d192', 1, 'groupcoord.cpp']]], │ │ │ │ │ ['get_5fsymtab_5fhandle_107', ['get_symtab_handle', ['../symtab_8h.xhtml#a8a1d044b280872eae269d4482a4f9c25', 1, 'get_symtab_handle(t_symtab *symtab, int index): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ ['../symtab_8cpp.xhtml#a93dd26914c3871561eeee41a50634a9e', 1, 'get_symtab_handle(t_symtab *symtab, int name): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['get_5ftmpi_5fomp_5fthread_5fdivision_108', ['get_tmpi_omp_thread_division', ['../resourcedivision_8cpp.xhtml#aeaaeaf817243af7a71a9d73bf0003d89', 1, 'resourcedivision.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -194,24 +194,24 @@ │ │ │ │ │ ['getatomcount_113', ['getAtomCount', ['../classgmx_1_1ITopologyProvider.xhtml#a81d60993ea70526c014ff8d2ba99e197', 1, 'gmx::ITopologyProvider']]], │ │ │ │ │ ['getatomscopy_114', ['getAtomsCopy', ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsTest.xhtml#a54270ca68bbe1137b594fc869475fa9f', 1, 'gmx::test::SetAtomsTest']]], │ │ │ │ │ ['getawhtestparameters_115', ['getAwhTestParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aa68343a87c7b289144c0cd92e38d137a', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['getblockdatalistsize_116', ['getBlockDataListSize', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02correlationgrid_8cpp_03.xhtml#a36627ec14799d289e722fbf0c88c1e1c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{correlationgrid.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['getblockindex_117', ['getBlockIndex', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02correlationtensor_8cpp_03.xhtml#a0dc2c0c9da9fc1bb0c7e2d84e585fcf4', 1, 'gmx::anonymous_namespace{correlationtensor.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['getblocklength_118', ['getBlockLength', ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#ae6dfa1bac7d0dc2e13a111d9e1b8160a', 1, 'gmx::CorrelationGrid']]], │ │ │ │ │ ['getboltzmanfactor_119', ['getBoltzmanFactor', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#a3f7f9241d802840924282b48210e0ad0', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ - ['getbox_120', ['getbox', ['../classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml#a54d3b4895ad11cfcb33fcb7e60cb1d2a', 1, 'gmx::TopologyInformation::getBox()'], │ │ │ │ │ - ['../classNbnxm_1_1GridSet.xhtml#a1baa6a3ca580f3e89161d2a1e02649f4', 1, 'Nbnxm::GridSet::getBox()'] │ │ │ │ │ + ['getbox_120', ['getbox', ['../classNbnxm_1_1GridSet.xhtml#a1baa6a3ca580f3e89161d2a1e02649f4', 1, 'Nbnxm::GridSet::getBox()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml#a54d3b4895ad11cfcb33fcb7e60cb1d2a', 1, 'gmx::TopologyInformation::getBox()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['getbridges_121', ['getBridges', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1SecondaryStructuresData.xhtml#ac8de8303e10d7d52ce20a62adcac4aeb', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::SecondaryStructuresData']]], │ │ │ │ │ ['getcallcount_122', ['getCallCount', ['../classGpuRegionTimerWrapper.xhtml#ac7e379e6a43e6dfa6193c64e97b9cbef', 1, 'GpuRegionTimerWrapper']]], │ │ │ │ │ ['getclusterdistancekerneltype_123', ['getClusterDistanceKernelType', ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml#a286de19ca4b8fa296f06c504549d396b', 1, 'clusterdistancekerneltype.h']]], │ │ │ │ │ ['getcolvarscoords_124', ['getColvarsCoords', ['../classgmx_1_1ColvarsPreProcessor.xhtml#a4e83e9ed9118307d91361aaf53e759e3', 1, 'gmx::ColvarsPreProcessor']]], │ │ │ │ │ ['getcommunicationbuffer_125', ['getCommunicationBuffer', ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml#a17e65d6eacc408a90090a074b8177d17', 1, 'gmx::SimulationSignaller']]], │ │ │ │ │ - ['getcompatibledeviceids_126', ['getcompatibledeviceids', ['../device__management_8h.xhtml#a9745ea1b6811aaab3e91521fc0f372a0', 1, 'getCompatibleDeviceIds(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../device__management__common_8cpp.xhtml#a9745ea1b6811aaab3e91521fc0f372a0', 1, 'getCompatibleDeviceIds(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ │ + ['getcompatibledeviceids_126', ['getcompatibledeviceids', ['../device__management__common_8cpp.xhtml#a9745ea1b6811aaab3e91521fc0f372a0', 1, 'getCompatibleDeviceIds(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../device__management_8h.xhtml#a9745ea1b6811aaab3e91521fc0f372a0', 1, 'getCompatibleDeviceIds(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['getcompatibledevices_127', ['getcompatibledevices', ['../device__management_8h.xhtml#a1c0787eebc01b6e76c0b14b14ec86785', 1, 'getCompatibleDevices(const std::vector< std::unique_ptr< DeviceInformation > > &deviceInfoList): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ │ ['../device__management__common_8cpp.xhtml#a1c0787eebc01b6e76c0b14b14ec86785', 1, 'getCompatibleDevices(const std::vector< std::unique_ptr< DeviceInformation > > &deviceInfoList): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['getcoolquote_128', ['getCoolQuote', ['../namespacegmx.xhtml#a7a579db3d112ccecde57a054f288216c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['getcoordinatetransformationtolattice_129', ['getCoordinateTransformationToLattice', ['../namespacegmx.xhtml#a38078656fe2a04d96b5d0ca8e9e9218d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['getcoordnormalizationvalue_130', ['getCoordNormalizationValue', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biaswriter_8cpp_03.xhtml#a014e0d543705cae773a680c17aeb16c5', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biaswriter.cpp}']]], │ │ │ │ │ @@ -1653,14 +1653,14 @@ │ │ │ │ │ ['gstat_1169', ['gstat', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#ad603d82e618bff2c915b4d80a4ea8e1e', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ │ ['guarantee_1170', ['guarantee', ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml#ab058a8d24d540f1601f1ac3fd8d0d01f', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion::guarantee()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IFrameConverter.xhtml#a17bde7d37de2614500a8fb3057c6ce94', 1, 'gmx::IFrameConverter::guarantee()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['guess_5fnpme_1171', ['guess_npme', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#aff7a03e154d4cece4f730eeee5fd69ee', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ │ ['guesspbctype_1172', ['guessPbcType', ['../pbc_8cpp.xhtml#a3badec181ec18f6bfe686f5b510b96c6', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['guesspotbyintegration_1173', ['guessPotByIntegration', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a1028cd2b7733896b330bae24ede857fb', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['gyrate_2ecpp_1174', ['gyrate.cpp', ['../modules_2gyrate_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2gyrate_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['gyrate_2ecpp_1174', ['gyrate.cpp', ['../tests_2gyrate_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../modules_2gyrate_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gyrate_2eh_1175', ['gyrate.h', ['../gyrate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gyratemode_1176', ['GyrateMode', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02gyrate_8cpp_03.xhtml#a9c284a8b0135ec8e9d7b3a3b7562a980', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{gyrate.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['gyratemoduletest_1177', ['GyrateModuleTest', ['../classgmx_1_1test_1_1GyrateModuleTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_0.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -5,16 +5,16 @@ │ │ │ │ │ ['abstractoption_2eh_3', ['abstractoption.h', ['../abstractoption_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractoptionstorage_2ecpp_4', ['abstractoptionstorage.cpp', ['../abstractoptionstorage_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractoptionstorage_2eh_5', ['abstractoptionstorage.h', ['../abstractoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractsection_2ecpp_6', ['abstractsection.cpp', ['../abstractsection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractsection_2eh_7', ['abstractsection.h', ['../abstractsection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['accessor_5fpolicy_2ecpp_8', ['accessor_policy.cpp', ['../accessor__policy_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['accessor_5fpolicy_2eh_9', ['accessor_policy.h', ['../accessor__policy_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_2eh_11', ['alignedallocator.h', ['../alignedallocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_5fimpl_2eh_12', ['alignedallocator_impl.h', ['../alignedallocator__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['allocator_2eh_13', ['allocator.h', ['../allocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['analysisdata_2ecpp_14', ['analysisdata.cpp', ['../tests_2analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -24,16 +24,16 @@ │ │ │ │ │ ['../src_2gromacs_2energyanalysis_2analysismodule_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['analysissettings_2ecpp_18', ['analysissettings.cpp', ['../analysissettings_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['analysissettings_2eh_19', ['analysissettings.h', ['../analysissettings_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['analysissettings_5fimpl_2eh_20', ['analysissettings_impl.h', ['../analysissettings__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['andersentemperaturecoupling_2ecpp_21', ['andersentemperaturecoupling.cpp', ['../andersentemperaturecoupling_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['andersentemperaturecoupling_2eh_22', ['andersentemperaturecoupling.h', ['../andersentemperaturecoupling_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['angle_2ecpp_23', ['angle.cpp', ['../modules_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['angle_2ecpp_23', ['angle.cpp', ['../tests_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../modules_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['angle_2eh_24', ['angle.h', ['../angle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['any_2ecpp_25', ['any.cpp', ['../any_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['any_2eh_26', ['any.h', ['../any_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['architecture_2eh_27', ['architecture.h', ['../architecture_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['arraydata_2ecpp_28', ['arraydata.cpp', ['../tests_2arraydata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../arraydata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_1.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -30,24 +30,24 @@ │ │ │ │ │ ['bitmask_2eh_28', ['bitmask.h', ['../tests_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bonded_2ecpp_29', ['bonded.cpp', ['../tests_2bonded_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../bonded_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bonded_2eh_30', ['bonded.h', ['../bonded_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['booltype_2ecpp_31', ['booltype.cpp', ['../booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['booltype_2ecpp_31', ['booltype.cpp', ['../tests_2booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['booltype_2eh_32', ['booltype.h', ['../booltype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bootstrap_5floadstore_2ecpp_33', ['bootstrap_loadstore.cpp', ['../bootstrap__loadstore_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boundingboxes_2eh_34', ['boundingboxes.h', ['../boundingboxes_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['box_2ecpp_35', ['box.cpp', ['../box_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['box_2eh_36', ['box.h', ['../box_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['boxdeformation_2ecpp_37', ['boxdeformation.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2boxdeformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../gromacs_2mdlib_2boxdeformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['boxdeformation_2ecpp_37', ['boxdeformation.cpp', ['../gromacs_2mdlib_2boxdeformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../programs_2mdrun_2tests_2boxdeformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['boxdeformation_2eh_38', ['boxdeformation.h', ['../boxdeformation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boxmatrix_2ecpp_39', ['boxmatrix.cpp', ['../boxmatrix_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boxmatrix_2eh_40', ['boxmatrix.h', ['../boxmatrix_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boxutilities_2ecpp_41', ['boxutilities.cpp', ['../boxutilities_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['broadcaststructs_2eh_42', ['broadcaststructs.h', ['../broadcaststructs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['builder_2ecpp_43', ['builder.cpp', ['../builder_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_10.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -29,19 +29,19 @@ │ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2replicaexchange_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['replicaexchange_2eh_23', ['replicaexchange.h', ['../replicaexchange_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['replicaexchange_5fequivalence_2ecpp_24', ['replicaexchange_equivalence.cpp', ['../replicaexchange__equivalence_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['report_5fmethods_2ecpp_25', ['report_methods.cpp', ['../tests_2report__methods_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['reportgpuusage_2ecpp_26', ['reportgpuusage.cpp', ['../reportgpuusage_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['reportgpuusage_2eh_27', ['reportgpuusage.h', ['../reportgpuusage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['requirements_2ecpp_28', ['requirements.cpp', ['../requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['requirements_2ecpp_28', ['requirements.cpp', ['../tests_2requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['requirements_2eh_29', ['requirements.h', ['../requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['requirements_2eh_29', ['requirements.h', ['../tests_2requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rerun_2ecpp_30', ['rerun.cpp', ['../gromacs_2mdrun_2rerun_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2rerun_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['resall_2eh_31', ['resall.h', ['../resall_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['resethandler_2ecpp_32', ['resethandler.cpp', ['../resethandler_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['resethandler_2eh_33', ['resethandler.h', ['../resethandler_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_11.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -70,16 +70,16 @@ │ │ │ │ │ ['../outputadapters_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setstarttime_2eh_56', ['setstarttime.h', ['../setstarttime_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settimestep_2ecpp_57', ['settimestep.cpp', ['../tests_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../outputadapters_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['settimestep_2eh_58', ['settimestep.h', ['../settimestep_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['settle_2ecpp_59', ['settle.cpp', ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['settle_2ecpp_59', ['settle.cpp', ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['settle_2eh_60', ['settle.h', ['../settle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2ecpp_61', ['settle_gpu.cpp', ['../settle__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2eh_62', ['settle_gpu.h', ['../settle__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_2eh_63', ['settle_gpu_internal.h', ['../settle__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_5fsycl_2ecpp_64', ['settle_gpu_internal_sycl.cpp', ['../settle__gpu__internal__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['settletestdata_2ecpp_65', ['settletestdata.cpp', ['../settletestdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -91,16 +91,16 @@ │ │ │ │ │ ['setvelocities_2eh_71', ['setvelocities.h', ['../setvelocities_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shake_2ecpp_72', ['shake.cpp', ['../shake_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shake_2eh_73', ['shake.h', ['../shake_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shellcompletions_2ecpp_74', ['shellcompletions.cpp', ['../shellcompletions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shellcompletions_2eh_75', ['shellcompletions.h', ['../shellcompletions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['signallers_2ecpp_76', ['signallers.cpp', ['../signallers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['signallers_2eh_77', ['signallers.h', ['../signallers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['simd_2eh_78', ['simd.h', ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['simd_2eh_78', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4_2eh_79', ['simd4.h', ['../simd4_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fkernel_2eh_80', ['simd_kernel.h', ['../simd__kernel_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fload_5fstore_5ffunctions_2eh_81', ['simd_load_store_functions.h', ['../simd__load__store__functions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fmath_2eh_82', ['simd_math.h', ['../simd__math_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2ecpp_83', ['simd_memory.cpp', ['../simd__memory_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2eh_84', ['simd_memory.h', ['../simd__memory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -110,16 +110,16 @@ │ │ │ │ │ ['simple_5fmdrun_2ecpp_88', ['simple_mdrun.cpp', ['../simple__mdrun_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulation_5fworkload_2eh_89', ['simulation_workload.h', ['../simulation__workload_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationcontext_2eh_90', ['simulationcontext.h', ['../simulationcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationdatabase_2ecpp_91', ['simulationdatabase.cpp', ['../simulationdatabase_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationdatabase_2eh_92', ['simulationdatabase.h', ['../simulationdatabase_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationinput_2eh_93', ['simulationinput.h', ['../simulationinput_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationinputhandle_2eh_94', ['simulationinputhandle.h', ['../simulationinputhandle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['simulationsignal_2ecpp_95', ['simulationsignal.cpp', ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['simulationsignal_2ecpp_95', ['simulationsignal.cpp', ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulationsignal_2eh_96', ['simulationsignal.h', ['../simulationsignal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulator_2ecpp_97', ['simulator.cpp', ['../simulator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatoralgorithm_2ecpp_98', ['simulatoralgorithm.cpp', ['../simulatoralgorithm_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatoralgorithm_2eh_99', ['simulatoralgorithm.h', ['../simulatoralgorithm_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatorbuilder_2ecpp_100', ['simulatorbuilder.cpp', ['../simulatorbuilder_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatorcomparison_2ecpp_101', ['simulatorcomparison.cpp', ['../simulatorcomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -149,16 +149,16 @@ │ │ │ │ │ ['statepropagatordata_2ecpp_125', ['statepropagatordata.cpp', ['../statepropagatordata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['statepropagatordata_2eh_126', ['statepropagatordata.h', ['../statepropagatordata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['statistics_2eh_127', ['statistics.h', ['../statistics_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stdiohelper_2ecpp_128', ['stdiohelper.cpp', ['../stdiohelper_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stdiohelper_2eh_129', ['stdiohelper.h', ['../stdiohelper_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stophandler_2ecpp_130', ['stophandler.cpp', ['../stophandler_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stophandler_2eh_131', ['stophandler.h', ['../stophandler_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['strconvert_2ecpp_132', ['strconvert.cpp', ['../strconvert_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2strconvert_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['strconvert_2ecpp_132', ['strconvert.cpp', ['../tests_2strconvert_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../strconvert_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['strconvert_2eh_133', ['strconvert.h', ['../strconvert_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['strdb_2eh_134', ['strdb.h', ['../strdb_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stringcompare_2eh_135', ['stringcompare.h', ['../stringcompare_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stringstream_2ecpp_136', ['stringstream.cpp', ['../stringstream_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stringstream_2eh_137', ['stringstream.h', ['../stringstream_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stringtest_2ecpp_138', ['stringtest.cpp', ['../stringtest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -174,14 +174,14 @@ │ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2swapcoords_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['swapcoords_2eh_146', ['swapcoords.h', ['../swapcoords_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['sycl_5fkernel_5futils_2eh_147', ['sycl_kernel_utils.h', ['../sycl__kernel__utils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['syclutils_2eh_148', ['syclutils.h', ['../syclutils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['symrec_2ecpp_149', ['symrec.cpp', ['../symrec_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['symrec_2eh_150', ['symrec.h', ['../symrec_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['symtab_2ecpp_151', ['symtab.cpp', ['../symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['symtab_2ecpp_151', ['symtab.cpp', ['../tests_2symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['symtab_2eh_152', ['symtab.h', ['../symtab_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['sysinfo_2ecpp_153', ['sysinfo.cpp', ['../sysinfo_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['sysinfo_2eh_154', ['sysinfo.h', ['../sysinfo_8h.xhtml', 1, '']]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_12.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -31,21 +31,21 @@ │ │ │ │ │ ['testmodule_2ecpp_29', ['testmodule.cpp', ['../testmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testmodule_2eh_30', ['testmodule.h', ['../testmodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testoptions_2ecpp_31', ['testoptions.cpp', ['../testoptions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testoptions_2eh_32', ['testoptions.h', ['../testoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testutils_5fdoc_2eh_33', ['testutils_doc.h', ['../testutils__doc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['textblockmatchers_2ecpp_34', ['textblockmatchers.cpp', ['../textblockmatchers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['textblockmatchers_2eh_35', ['textblockmatchers.h', ['../textblockmatchers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['textreader_2ecpp_36', ['textreader.cpp', ['../textreader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2textreader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['textreader_2ecpp_36', ['textreader.cpp', ['../tests_2textreader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../textreader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['textreader_2eh_37', ['textreader.h', ['../textreader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['textstream_2eh_38', ['textstream.h', ['../textstream_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['textwriter_2ecpp_39', ['textwriter.cpp', ['../textwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2textwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['textwriter_2ecpp_39', ['textwriter.cpp', ['../tests_2textwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../textwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['textwriter_2eh_40', ['textwriter.h', ['../textwriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['thermochemistry_2eh_41', ['thermochemistry.h', ['../thermochemistry_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['threadaffinity_2eh_42', ['threadaffinity.h', ['../threadaffinity_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['threaded_5fforce_5fbuffer_2ecpp_43', ['threaded_force_buffer.cpp', ['../threaded__force__buffer_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['threaded_5fforce_5fbuffer_2eh_44', ['threaded_force_buffer.h', ['../threaded__force__buffer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['threefry_2ecpp_45', ['threefry.cpp', ['../threefry_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_13.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -20,12 +20,12 @@ │ │ │ │ │ ['../usergpuids_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['usergpuids_2eh_18', ['usergpuids.h', ['../usergpuids_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['utilities_2eh_19', ['utilities.h', ['../src_2gromacs_2mimic_2utilities_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../src_2gromacs_2listed__forces_2utilities_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['utility_2ecpp_20', ['utility.cpp', ['../utility_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['utility_2eh_21', ['utility.h', ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['utility_2eh_21', ['utility.h', ['../compat_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../domdec_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../compat_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_2.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -10,24 +10,24 @@ │ │ │ │ │ ['checkpointdata_2ecpp_6', ['checkpointdata.cpp', ['../checkpointdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['checkpointdata_2eh_7', ['checkpointdata.h', ['../checkpointdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['checkpointhandler_2ecpp_8', ['checkpointhandler.cpp', ['../checkpointhandler_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['checkpointhandler_2eh_9', ['checkpointhandler.h', ['../checkpointhandler_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['checkpointhelper_2ecpp_10', ['checkpointhelper.cpp', ['../checkpointhelper_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['checkpointhelper_2eh_11', ['checkpointhelper.h', ['../checkpointhelper_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['classhelpers_2eh_12', ['classhelpers.h', ['../classhelpers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['clfftinitializer_2ecpp_13', ['clfftinitializer.cpp', ['../clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['clfftinitializer_2ecpp_13', ['clfftinitializer.cpp', ['../tests_2clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['clfftinitializer_2eh_14', ['clfftinitializer.h', ['../clfftinitializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['clusterdistancekerneltype_2eh_15', ['clusterdistancekerneltype.h', ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['clustsize_2ecpp_16', ['clustsize.cpp', ['../clustsize_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2ecpp_17', ['cmdlinehelpcontext.cpp', ['../cmdlinehelpcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2eh_18', ['cmdlinehelpcontext.h', ['../cmdlinehelpcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cmdlinehelpmodule_2ecpp_19', ['cmdlinehelpmodule.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlinehelpmodule_2ecpp_19', ['cmdlinehelpmodule.cpp', ['../cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpmodule_2eh_20', ['cmdlinehelpmodule.h', ['../cmdlinehelpmodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpwriter_2ecpp_21', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpwriter_2eh_22', ['cmdlinehelpwriter.h', ['../cmdlinehelpwriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineinit_2ecpp_23', ['cmdlineinit.cpp', ['../cmdlineinit_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -106,26 +106,26 @@ │ │ │ │ │ ['constraintelement_2eh_78', ['constraintelement.h', ['../constraintelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestdata_2ecpp_79', ['constrtestdata.cpp', ['../constrtestdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestdata_2eh_80', ['constrtestdata.h', ['../constrtestdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestrunners_2ecpp_81', ['constrtestrunners.cpp', ['../constrtestrunners_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestrunners_2eh_82', ['constrtestrunners.h', ['../constrtestrunners_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constrtestrunners_5fgpu_2ecpp_83', ['constrtestrunners_gpu.cpp', ['../constrtestrunners__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['convert_2dtpr_2ecpp_84', ['convert-tpr.cpp', ['../convert-tpr_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['densityfittingoptions_2ecpp_31', ['densityfittingoptions.cpp', ['../densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfittingoptions_2ecpp_31', ['densityfittingoptions.cpp', ['../tests_2densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoptions_2eh_32', ['densityfittingoptions.h', ['../densityfittingoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoutputprovider_2ecpp_33', ['densityfittingoutputprovider.cpp', ['../densityfittingoutputprovider_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoutputprovider_2eh_34', ['densityfittingoutputprovider.h', ['../densityfittingoutputprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingparameters_2eh_35', ['densityfittingparameters.h', ['../densityfittingparameters_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5favailability_2ecpp_36', ['device_availability.cpp', ['../device__availability_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fbuffer_2ecpp_37', ['device_buffer.cpp', ['../device__buffer_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -53,16 +53,16 @@ │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_2eh_39', ['device_context.h', ['../device__context_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_5focl_2ecpp_40', ['device_context_ocl.cpp', ['../device__context__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fcontext_5fsycl_2ecpp_41', ['device_context_sycl.cpp', ['../device__context__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_2eh_42', ['device_event.h', ['../device__event_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_5focl_2eh_43', ['device_event_ocl.h', ['../device__event__ocl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fevent_5fsycl_2eh_44', ['device_event_sycl.h', ['../device__event__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5finformation_2eh_45', ['device_information.h', ['../device__information_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['device_5fmanagement_2ecpp_46', ['device_management.cpp', ['../tests_2device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['device_5fmanagement_2ecpp_46', ['device_management.cpp', ['../device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_2eh_47', ['device_management.h', ['../device__management_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fcommon_2ecpp_48', ['device_management_common.cpp', ['../device__management__common_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5focl_2ecpp_49', ['device_management_ocl.cpp', ['../device__management__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_2ecpp_50', ['device_management_sycl.cpp', ['../device__management__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2ecpp_51', ['device_management_sycl_intel_device_ids.cpp', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2eh_52', ['device_management_sycl_intel_device_ids.h', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_4.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -7,22 +7,22 @@ │ │ │ │ │ ['electricfield_2eh_3', ['electricfield.h', ['../electricfield_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['enerdata_2ecpp_4', ['enerdata.cpp', ['../enerdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energyanalysisframe_2eh_5', ['energyanalysisframe.h', ['../energyanalysisframe_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energycomparison_2ecpp_6', ['energycomparison.cpp', ['../energycomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energycomparison_2eh_7', ['energycomparison.h', ['../energycomparison_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energydata_2ecpp_8', ['energydata.cpp', ['../energydata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energydata_2eh_9', ['energydata.h', ['../energydata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['energydrifttracker_2ecpp_10', ['energydrifttracker.cpp', ['../energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['energydrifttracker_2ecpp_10', ['energydrifttracker.cpp', ['../tests_2energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energydrifttracker_2eh_11', ['energydrifttracker.h', ['../energydrifttracker_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energyframe_2ecpp_12', ['energyframe.cpp', ['../energyframe_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energyhistory_2eh_13', ['energyhistory.h', ['../energyhistory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['energyoutput_2ecpp_14', ['energyoutput.cpp', ['../tests_2energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['energyoutput_2ecpp_14', ['energyoutput.cpp', ['../energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['energyoutput_2eh_15', ['energyoutput.h', ['../energyoutput_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energyreader_2ecpp_16', ['energyreader.cpp', ['../energyreader_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energyreader_2eh_17', ['energyreader.h', ['../energyreader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['energyterm_2ecpp_18', ['energyterm.cpp', ['../tests_2energyterm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../energyterm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_5.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -27,16 +27,16 @@ │ │ │ │ │ ['findallgputasks_2ecpp_21', ['findallgputasks.cpp', ['../findallgputasks_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['findallgputasks_2eh_22', ['findallgputasks.h', ['../findallgputasks_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['firstorderpressurecoupling_2ecpp_23', ['firstorderpressurecoupling.cpp', ['../firstorderpressurecoupling_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['firstorderpressurecoupling_2eh_24', ['firstorderpressurecoupling.h', ['../firstorderpressurecoupling_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['fixedcapacityvector_2ecpp_25', ['fixedcapacityvector.cpp', ['../fixedcapacityvector_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['fixedcapacityvector_2eh_26', ['fixedcapacityvector.h', ['../fixedcapacityvector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['flags_2eh_27', ['flags.h', ['../flags_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['forcebuffers_2ecpp_28', ['forcebuffers.cpp', ['../tests_2forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['forcebuffers_2ecpp_28', ['forcebuffers.cpp', ['../forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2forcebuffers_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcebuffers_2eh_29', ['forcebuffers.h', ['../forcebuffers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forceelement_2ecpp_30', ['forceelement.cpp', ['../forceelement_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forceelement_2eh_31', ['forceelement.h', ['../forceelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forceoutput_2eh_32', ['forceoutput.h', ['../forceoutput_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forcetable_2eh_33', ['forcetable.h', ['../forcetable_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['frameaverager_2ecpp_34', ['frameaverager.cpp', ['../frameaverager_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_b.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -71,20 +71,20 @@ │ │ │ │ │ ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymap_2eh_53', ['mrcdensitymap.h', ['../mrcdensitymap_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2ecpp_54', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2eh_55', ['mrcdensitymapheader.h', ['../mrcdensitymapheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['mrcserializer_2ecpp_56', ['mrcserializer.cpp', ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mrcserializer_2ecpp_56', ['mrcserializer.cpp', ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcserializer_2eh_57', ['mrcserializer.h', ['../mrcserializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['msd_2ecpp_58', ['msd.cpp', ['../tests_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['msd_2ecpp_58', ['msd.cpp', ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['msd_2eh_59', ['msd.h', ['../msd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mshift_2ecpp_60', ['mshift.cpp', ['../tests_2mshift_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mtop_2ecpp_61', ['mtop.cpp', ['../mtop_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mtop_5fatomloops_2eh_62', ['mtop_atomloops.h', ['../mtop__atomloops_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mtop_5flookup_2eh_63', ['mtop_lookup.h', ['../mtop__lookup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mttk_2ecpp_64', ['mttk.cpp', ['../mttk_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_e.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -12,16 +12,16 @@ │ │ │ │ │ ['pairlistparams_2ecpp_8', ['pairlistparams.cpp', ['../pairlistparams_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistparams_2eh_9', ['pairlistparams.h', ['../pairlistparams_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistset_2ecpp_10', ['pairlistset.cpp', ['../pairlistset_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistset_2eh_11', ['pairlistset.h', ['../pairlistset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistsets_2eh_12', ['pairlistsets.h', ['../pairlistsets_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistwork_2ecpp_13', ['pairlistwork.cpp', ['../pairlistwork_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistwork_2eh_14', ['pairlistwork.h', ['../pairlistwork_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairs_2ecpp_15', ['pairs.cpp', ['../tests_2pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pairs_2ecpp_15', ['pairs.cpp', ['../pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairs_2eh_16', ['pairs.h', ['../pairs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairsearch_2ecpp_17', ['pairsearch.cpp', ['../pairsearch_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairsearch_2eh_18', ['pairsearch.h', ['../pairsearch_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paralleloptions_2eh_19', ['paralleloptions.h', ['../paralleloptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['params_2ecpp_20', ['params.cpp', ['../params_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pargs_2ecpp_21', ['pargs.cpp', ['../tests_2pargs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -40,16 +40,16 @@ │ │ │ │ │ ['pbc_2ecpp_32', ['pbc.cpp', ['../tests_2pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_2eh_33', ['pbc_aiuc.h', ['../pbc__aiuc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_5fsycl_2eh_34', ['pbc_aiuc_sycl.h', ['../pbc__aiuc__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pbc_5fsimd_2ecpp_35', ['pbc_simd.cpp', ['../pbc__simd_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pbc_5fsimd_2eh_36', ['pbc_simd.h', ['../pbc__simd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pbcenums_2ecpp_37', ['pbcenums.cpp', ['../pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pbcenums_2ecpp_37', ['pbcenums.cpp', ['../tests_2pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pbcenums_2eh_38', ['pbcenums.h', ['../pbcenums_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pdb2gmx_2ecpp_39', ['pdb2gmx.cpp', ['../tests_2pdb2gmx_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_2ecpp_40', ['periodicactions.cpp', ['../periodicactions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_2eh_41', ['periodicactions.h', ['../periodicactions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_5fbasic_2ecpp_42', ['periodicactions_basic.cpp', ['../periodicactions__basic_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_5fconstraints_2ecpp_43', ['periodicactions_constraints.cpp', ['../periodicactions__constraints_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -130,16 +130,16 @@ │ │ │ │ │ ['pmetestcommon_2eh_116', ['pmetestcommon.h', ['../pmetestcommon_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointers_2ecpp_117', ['pointers.cpp', ['../pointers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointers_2eh_118', ['pointers.h', ['../pointers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2ecpp_119', ['pointstate.cpp', ['../pointstate_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2eh_120', ['pointstate.h', ['../pointstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['polynomials_2ecpp_121', ['polynomials.cpp', ['../polynomials_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['polynomials_2eh_122', ['polynomials.h', ['../polynomials_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['poscalc_2ecpp_123', ['poscalc.cpp', ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['poscalc_2ecpp_123', ['poscalc.cpp', ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['poscalc_2eh_124', ['poscalc.h', ['../poscalc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2ecpp_125', ['position.cpp', ['../position_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2eh_126', ['position.h', ['../position_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2ecpp_127', ['position_restraints.cpp', ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_f.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -4,20 +4,20 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmm_2eh_1', ['qmmm.h', ['../qmmm_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_2ecpp_2', ['qmmmforceprovider.cpp', ['../qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_2eh_3', ['qmmmforceprovider.h', ['../qmmmforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_5fstub_2ecpp_4', ['qmmmforceprovider_stub.cpp', ['../qmmmforceprovider__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['qmmminputgenerator_2ecpp_5', ['qmmminputgenerator.cpp', ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['qmmminputgenerator_2ecpp_5', ['qmmminputgenerator.cpp', ['../qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_2eh_6', ['qmmminputgenerator.h', ['../qmmminputgenerator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['qmmmoptions_2ecpp_7', ['qmmmoptions.cpp', ['../tests_2qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['qmmmoptions_2ecpp_7', ['qmmmoptions.cpp', ['../qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmoptions_2eh_8', ['qmmmoptions.h', ['../qmmmoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_2ecpp_9', ['qmmmtopologypreprocessor.cpp', ['../qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_2eh_10', ['qmmmtopologypreprocessor.h', ['../qmmmtopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmtypes_2eh_11', ['qmmmtypes.h', ['../qmmmtypes_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/todo.xhtml │ │ │ │ @@ -152,15 +152,15 @@ │ │ │ │ </dd> │ │ │ │ <dt>File <a class="el" href="evaluate_8cpp.xhtml">evaluate.cpp</a> </dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000195"></a> One of the major bottlenecks for selection performance is that all the evaluation is carried out for atoms. There are several cases when the evaluation could be done for residues or molecules instead, including keywords that select by residue and cases where residue centers are used as reference positions. Implementing this would require a mechanism for recognizing whether something can be evaluated by residue/molecule instead by atom, and converting selections by residue/molecule into selections by atom when necessary. </dd> │ │ │ │ <dt>File <a class="el" href="exactcontinuation_8cpp.xhtml">exactcontinuation.cpp</a> </dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000231"></a>Extend the coverage to the appending case. </dd> │ │ │ │ <dt>File <a class="el" href="tests_2expanded_8cpp.xhtml">expanded.cpp</a> </dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000105"></a>Add more tests as the expanded ensemble implementation gets more modular (#3848). </dd> │ │ │ │ -<dt>Member <a class="el" href="device__management__sycl_8cpp.xhtml#a0579937ac9ed3975d887a3d976d94899">findDevices</a> ()</dt> │ │ │ │ +<dt>Member <a class="el" href="device__management_8cpp.xhtml#a0579937ac9ed3975d887a3d976d94899">findDevices</a> ()</dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000064"></a>: Check if errors do propagate in OpenCL as they do in CUDA and whether there is a mechanism to "clear" them. </dd> │ │ │ │ <dt>Member <a class="el" href="expfit_8h.xhtml#a560ea7d97277b9e0576776ec695fb9b3">fit_acf</a> (int ncorr, int fitfn, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, real tbeginfit, real tendfit, real dt, real c1[], real *fit)</dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000015"></a>check parameters </dd> │ │ │ │ <dt>Member <a class="el" href="src_2gromacs_2listed__forces_2utilities_8h.xhtml#a02435a07d79c82f6d260d8a2dcc82b90">ftype_is_bonded_potential</a> (int ftype)</dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000076"></a>This function could go away when idef is not a big bucket of everything. </dd> │ │ │ │ <dt>Member <a class="el" href="device__management__common_8cpp.xhtml#a4c6f328aacc0b724c1b5731fed2744eb">getDeviceComputeUnitFactor</a> (const <a class="el" href="structDeviceInformation.xhtml" title="Platform-dependent device information.">DeviceInformation</a> &deviceInfo)</dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000063"></a>: Handled AMD RDNA? </dd> │ │ │ │ @@ -475,15 +475,15 @@ │ │ │ │ <dd><p class="startdd"><a class="anchor" id="_todo000273"></a>Eventually t_trxframe should be replaced by a class such as this. Currently we need to introduce BoxMatrix so that we can have a normal C++ getter that returns the contents of a box matrix, since you cannot use a real[DIM][DIM] as a function return type.</p> │ │ │ │ <p class="enddd"><a class="anchor" id="_todo000274"></a>Consider a std::optional work-alike type for expressing that a field may or may not have content. </p> │ │ │ │ </dd> │ │ │ │ <dt>Struct <a class="el" href="structgmx__hw__opt__t.xhtml">gmx_hw_opt_t</a> </dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000067"></a>During mdrunner(), if the user has left any of these values at their defaults (which tends to mean "choose automatically"), then those values are over-written with the result of such automation. This creates problems for the subsequent code in knowing what was done, why, and reporting correctly to the user. Find a way to improve this. </dd> │ │ │ │ <dt>Struct <a class="el" href="structgmx__multisim__t.xhtml">gmx_multisim_t</a> </dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000154"></a>Change this to class </dd> │ │ │ │ -<dt>Member <a class="el" href="pme_8cpp.xhtml#adc07e6be8d5225d0d192c27ccc474124">gmx_pme_init</a> (const t_commrec *cr, const <a class="el" href="structNumPmeDomains.xhtml" title="Struct for passing around the number of PME domains.">NumPmeDomains</a> &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, <a class="el" href="structPmeGpu.xhtml" title="The main PME GPU host structure, included in the PME CPU structure by pointer.">PmeGpu</a> *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const <a class="el" href="classDeviceStream.xhtml" title="Declaration of platform-agnostic device stream/queue.">DeviceStream</a> *deviceStream, const <a class="el" href="classPmeGpuProgram.xhtml" title="Stores PME data derived from the GPU context or devices.">PmeGpuProgram</a> *pmeGpuProgram, const <a class="el" href="classgmx_1_1MDLogger.xhtml" title="Declares a logging interface.">gmx::MDLogger</a> &mdlog)</dt> │ │ │ │ +<dt>Member <a class="el" href="pme_8h.xhtml#adc07e6be8d5225d0d192c27ccc474124">gmx_pme_init</a> (const t_commrec *cr, const <a class="el" href="structNumPmeDomains.xhtml" title="Struct for passing around the number of PME domains.">NumPmeDomains</a> &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, <a class="el" href="structPmeGpu.xhtml" title="The main PME GPU host structure, included in the PME CPU structure by pointer.">PmeGpu</a> *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const <a class="el" href="classDeviceStream.xhtml" title="Declaration of platform-agnostic device stream/queue.">DeviceStream</a> *deviceStream, const <a class="el" href="classPmeGpuProgram.xhtml" title="Stores PME data derived from the GPU context or devices.">PmeGpuProgram</a> *pmeGpuProgram, const <a class="el" href="classgmx_1_1MDLogger.xhtml" title="Declares a logging interface.">gmx::MDLogger</a> &mdlog)</dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000026"></a>We should evolve something like a <code>GpuManager</code> that holds <code>DeviceInformation*</code> and <code>PmeGpuProgram*</code> and perhaps other related things whose lifetime can/should exceed that of a task (or perhaps task manager). See Issue #2522. </dd> │ │ │ │ <dt>Member <a class="el" href="group__module__utility.xhtml#ga33e34477bae2bbb86c4d9af1823e3fd0">GMX_UNUSED_VALUE</a> (value)</dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000280"></a>Deprecated - use gmx_unused </dd> │ │ │ │ <dt>File <a class="el" href="programs_2mdrun_2tests_2grompp_8cpp.xhtml">grompp.cpp</a> </dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000236"></a>Refactor SimulationRunner to split off SimulationPreparer, so that integration tests of grompp can stand apart from tests of mdrun. </dd> │ │ │ │ <dt>File <a class="el" href="haloexchange__mpi_8cpp.xhtml">haloexchange_mpi.cpp</a> </dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000022"></a>Add 3D case </dd> │ │ │ │ @@ -563,15 +563,15 @@ │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000034"></a>Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – <a class="el" href="structPmeGpuSettings.xhtml" title="The PME GPU settings structure, included in the main PME GPU structure by value.">PmeGpuSettings</a> -> PmeGpuTasks </dd> │ │ │ │ <dt>File <a class="el" href="pme__gpu__staging_8h.xhtml">pme_gpu_staging.h</a> </dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000035"></a>Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – bringing the function names up to guidelines – <a class="el" href="structPmeGpuSettings.xhtml" title="The PME GPU settings structure, included in the main PME GPU structure by value.">PmeGpuSettings</a> -> PmeGpuTasks – refining GPU notation application (#2053) – renaming coefficients to charges (?) </dd> │ │ │ │ <dt>Member <a class="el" href="pme_8h.xhtml#a9faddde52f5a636410141f52cc95d3e1">pme_gpu_task_enabled</a> (const gmx_pme_t *pme)</dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000028"></a>This is a rather static data that should be managed by the hardware assignment manager. For now, it is synonymous with the active PME codepath (in the absence of dynamic switching). </dd> │ │ │ │ <dt>File <a class="el" href="pme__gpu__types__host_8h.xhtml">pme_gpu_types_host.h</a> </dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000036"></a>Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – bringing the function names up to guidelines – <a class="el" href="structPmeGpuSettings.xhtml" title="The PME GPU settings structure, included in the main PME GPU structure by value.">PmeGpuSettings</a> -> PmeGpuTasks – refining GPU notation application (#2053) – renaming coefficients to charges (?) </dd> │ │ │ │ -<dt>Member <a class="el" href="pme_8cpp.xhtml#a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96">pme_run_mode</a> (const gmx_pme_t *pme)</dt> │ │ │ │ +<dt>Member <a class="el" href="pme_8h.xhtml#a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96">pme_run_mode</a> (const gmx_pme_t *pme)</dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000027"></a>This is a rather static data that should be managed by the higher level task scheduler. </dd> │ │ │ │ <dt>Member <a class="el" href="structPmeGpu.xhtml#a592a545094c1ba0847e5e5223c981cc9">PmeGpu::kernelParams</a> </dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000038"></a>Test whether this should be copied to the constant GPU memory once for each computation (or even less often with no box updates) instead of being an argument. </dd> │ │ │ │ <dt>Struct <a class="el" href="structPmeGpuProgramImpl.xhtml">PmeGpuProgramImpl</a> </dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000033"></a>In future if we would need to react to either user input or auto-tuning to compile different kernels, then we might wish to revisit the number of kernels we pre-compile, and/or the management of their lifetime. </dd> │ │ │ │ <dt>Member <a class="el" href="pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791">PmeRunMode</a> </dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000025"></a>: make this enum class with gmx_pme_t C++ refactoring </dd> │ │ │ │ @@ -584,15 +584,15 @@ │ │ │ │ <dd><p class="startdd"><a class="anchor" id="_todo000200"></a> There is probably some room for optimization in the calculation of positions with bases. In particular, the current implementation may do a lot of unnecessary copying. The interface would need to be changed to make it possible to use the same output positions for several calculations.</p> │ │ │ │ <p class="enddd"><a class="anchor" id="_todo000201"></a> The current algorithm for setting up base calculations could be improved in cases when there are calculations that cannot use a common base but still overlap partially (e.g., with three calculations A, B, and C such that A could use both B and C as a base, but B and C cannot use the same base). Setting up the bases in an optimal manner in every possible situation can be quite difficult unless several bases are allowed for one calculation, but better heuristics could probably be implemented. For best results, the setup should probably be postponed (at least partially) to gmx_ana_poscalc_init_eval(). </p> │ │ │ │ </dd> │ │ │ │ <dt>Member <a class="el" href="classPreprocessingAtomTypes.xhtml#a090d8271a1507ac7d51d0c81dfbf9d0e">PreprocessingAtomTypes::atomTypeFromName</a> (const std::string &str) const</dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000041"></a>The code should be changed to instead use a <a class="el" href="namespacegmx_1_1compat.xhtml" title="Compatibility aliases for standard library features.">gmx::compat</a> version of std::optional to return an iterator to the element being searched, or an empty optional construct if the entry has not been found. </dd> │ │ │ │ <dt>Member <a class="el" href="classPreprocessingBondAtomType.xhtml#a7510a392cd62e80ed3dc9687d5548773">PreprocessingBondAtomType::bondAtomTypeFromName</a> (const std::string &str) const</dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000042"></a>The code should be changed to instead use a <a class="el" href="namespacegmx_1_1compat.xhtml" title="Compatibility aliases for standard library features.">gmx::compat</a> version of std::optional to return a handle to the element being searched, or an empty optional construct if the entry has not been found. </dd> │ │ │ │ -<dt>Member <a class="el" href="device__management__sycl_8cpp.xhtml#a0eb4c2d2b9b13568750d7dadd7fe49f0">releaseDevice</a> (<a class="el" href="structDeviceInformation.xhtml" title="Platform-dependent device information.">DeviceInformation</a> *)</dt> │ │ │ │ +<dt>Member <a class="el" href="device__management_8cpp.xhtml#a0eb4c2d2b9b13568750d7dadd7fe49f0">releaseDevice</a> (<a class="el" href="structDeviceInformation.xhtml" title="Platform-dependent device information.">DeviceInformation</a> *)</dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000065"></a>This should go through all the devices, not only the one currently active. Reseting only one device will not work, e.g. in CUDA tests. </dd> │ │ │ │ <dt>Member <a class="el" href="selelem_8h.xhtml#a6fee1910b915d2f6e873f134e297ab47">SEL_ALLOCVAL</a> </dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000202"></a> This flag overlaps with the function of <code>v.nalloc</code> field, and could probably be removed, making memory management simpler. Currently, the <code>v.nalloc</code> field is not kept up-to-date in all cases when this flag is changed and is used in places where this flag is not, so this would require a careful investigation of the selection code. </dd> │ │ │ │ <dt>Page <a class="el" href="page_module_selection_compiler.xhtml">Selection compilation</a> </dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000194"></a> Some combinations of method parameter flags are not yet properly treated by the compiler or the evaluation functions in <a class="el" href="evaluate_8cpp.xhtml" title="Implements functions in evaluate.h.">evaluate.cpp</a>. All the ones used by currently implemented methods should work, but new combinations might not. </dd> │ │ │ │ <dt>Member <a class="el" href="smalloc_8h.xhtml#a767a8def9a62bf063b60c1c87adc11dd">set_over_alloc_dd</a> (bool set)</dt> │ │ │ │ <dd><a class="anchor" id="_todo000284"></a> This is mdrun-specific, so it might be better to put this and over_alloc_dd() much higher up. </dd> │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_15.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -549,16 +549,16 @@ │ │ │ │ │ ['simd_20preprocessor_20macros_352', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_2eh_353', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4_20implementation_354', ['SIMD4 implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md64', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4bool_355', ['Simd4Bool', ['../namespacegmx.xhtml#acb6a84be080be397c2c09cda9f315037', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simd4dbool_356', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['simd4double_357', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'] │ │ │ │ │ + ['simd4double_357', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4fbool_358', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4float_359', ['simd4float', ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml#a4d61d22b9955c0f6fa78804562704cbe', 1, 'gmx::Simd4Float::Simd4Float()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Float'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_17.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -24,26 +24,26 @@ │ │ │ │ │ ['unitcellistriclinic_16', ['UnitCellIsTriclinic', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a99285c8187fb87e756f127435045dc3f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltype_17', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltypenames_18', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitvector_19', ['unitvector', ['../namespacegmx.xhtml#a5bc71ede59923e4d25b11a995139970a', 1, 'gmx::unitVector()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a4e7218ba6cbb3bc735e31a43597ec7a9', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unity_20', ['Unity', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099fa82dd98f1d663acc318e6a8ec4ab69b7a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['unknown_21', ['unknown', ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'], │ │ │ │ │ + ['unknown_21', ['unknown', ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'], │ │ │ │ │ + ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::CpuInfo::Unknown'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unpackrecvbufkernel_22', ['unpackRecvBufKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a704128fa72f8ce7dcf08d0063a166036', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedarrayref_23', ['unpaddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ad5b878ca7749f5b8f52e006269fbfc2f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedconstarrayref_24', ['unpaddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a2c3f73497c6bc71264ae1af84b6522ae', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unset_25', ['Unset', ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cac9f88e098f6fe4e4e112eeb05ccb9671', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['unsignedchartostring_26', ['unsignedCharToString', ['../group__module__utility.xhtml#ga78b462191d8dbe81225e12d64cdd55a3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['update_27', ['update', ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a6bc44212f005dbc7a03acf9a76b1074d', 1, 'gmx::IRestraintPotential::update()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afcb4065ad13efba2d3aa9b5225125e6f', 1, 'gmx::Update::Update()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Update.xhtml', 1, 'gmx::Update'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Update.xhtml', 1, 'gmx::Update'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afcb4065ad13efba2d3aa9b5225125e6f', 1, 'gmx::Update::Update()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_2eh_28', ['update_constrain_gpu.h', ['../update__constrain__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['update_5fcoords_29', ['update_coords', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#a07bb5e84363cbcb95a10bc97647526e9', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ ['update_5fdisres_5fhistory_30', ['update_disres_history', ['../disre_8h.xhtml#a80a6326aadca6d0b6f6f4753e63648e7', 1, 'disre.cpp']]], │ │ │ │ │ ['update_5ffor_5fconstraint_5fvirial_31', ['update_for_constraint_virial', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#acbd679269aa6945d6922c029770e8a84', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ ['update_5fsd_5fsecond_5fhalf_32', ['update_sd_second_half', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#ab0206e61c30553bd8aa268891c466509', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ ['update_5ftemperature_5fconstants_33', ['update_temperature_constants', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afa5d8919006df7093a2224fbc2f9fd4c', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ @@ -54,17 +54,17 @@ │ │ │ │ │ ['updatechanged_38', ['UpdateChanged', ['../group__module__testutils.xhtml#gga973016f1f714be0d0eb5599877dcfee8afec701370fbe10a404604cc78512c8ac', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['updateconstraints_39', ['UpdateConstraints', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0ab0634f71dbc527342668f2a63f1b3510', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['updatecoordinates_40', ['UpdateCoordinates', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0a23714d9a49cc46ca81ad32670bde8b5e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['updatecorrelationgridhistory_41', ['updateCorrelationGridHistory', ['../namespacegmx.xhtml#a25892b094f85a4d534ed625143b489e2', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['updateforatompbcjumps_42', ['updateForAtomPbcJumps', ['../classgmx_1_1WholeMoleculeTransform.xhtml#ac2f8cb9aec06b08634aeafdf32eec96e', 1, 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'gmx::UpdateGroups::UpdateGroups(std::vector< RangePartitioning > &&updateGroupingPerMoleculeType, real maxUpdateGroupRadius)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UpdateGroups.xhtml#aec6aff66b1a4e1d52f8c164e99579b85', 1, 'gmx::UpdateGroups::UpdateGroups()=default'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['updategroups_2eh_46', ['updategroups.h', ['../updategroups_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['updategroupscog_47', ['updategroupscog', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#a2d5ea1c35c8fa0fa09a22a4924306974', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog::UpdateGroupsCog()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['updategroupscog_2eh_48', ['updategroupscog.h', ['../updategroupscog_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['updatehistory_49', ['updatehistory', ['../structt__oriresdata.xhtml#a7806904b5f7dcb25d5dec4555be7b5ac', 1, 't_oriresdata::updateHistory()'], │ │ │ │ │ @@ -108,16 +108,16 @@ │ │ │ │ │ ['useljcombrule_85', ['useLjCombRule', ['../namespaceNbnxm.xhtml#a4e114b889870c41c6ee9afa76847b0e4', 1, 'Nbnxm']]], │ │ │ │ │ ['usemdgpugraph_86', ['useMdGpuGraph', ['../classgmx_1_1SimulationWorkload.xhtml#a76cb5c0c6b1dcb6f85e381dfbfc5046f', 1, 'gmx::SimulationWorkload']]], │ │ │ │ │ ['usemts_87', ['useMts', ['../classgmx_1_1SimulationWorkload.xhtml#ac585c3fa9df3937cb8ae629aa07df131', 1, 'gmx::SimulationWorkload']]], │ │ │ │ │ ['usenvshmem_88', ['useNvshmem', ['../classgmx_1_1SimulationWorkload.xhtml#ac092afa60701acf7cdcb00032c48172f', 1, 'gmx::SimulationWorkload']]], │ │ │ │ │ ['useonlymtscombinedforcebuffer_89', ['useOnlyMtsCombinedForceBuffer', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#a457f1f1072fc3c9c0f5fb089b92f5f90', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ │ ['userdefinedfloat_5f_90', ['userDefinedFloat_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#abec7c46e44fcc58659f2e4f08ce3ca69', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]], │ │ │ │ │ ['usergpuids_2eh_91', ['usergpuids.h', ['../usergpuids_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['../page_refdata.xhtml#autotoc_md53', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['using_20the_20modular_20simulator_97', ['Using the modular simulator', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md8', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['usingfullelectrostatics_98', ['usingFullElectrostatics', ['../md__enums_8h.xhtml#ad148c04f38d8d7b6817df8516b4c6ff4', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/index.xml.gz │ │ │ │ ├── index.xml │ │ │ │ │ ├── index.xml │ │ │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ │ │ @@ -72386,53 +72386,53 @@ │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="datastorage_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>datastorage.h</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="framelocaldata_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>framelocaldata.h</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ + <compound refid="modules_2average_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ + <name>average.cpp</name> │ │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2average_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ + <name>average.cpp</name> │ │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="displacement_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>displacement.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="frameaverager_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>frameaverager.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="frameaverager_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>frameaverager.h</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="plot_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>plot.cpp</name> │ │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="paralleloptions_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>paralleloptions.h</name> │ │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="modules_2average_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>average.cpp</name> │ │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2average_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>average.cpp</name> │ │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="datatest_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>datatest.cpp</name> │ │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="datatest_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>datatest.h</name> │ │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="modules_2histogram_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>histogram.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2histogram_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>histogram.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="modules_2lifetime_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>lifetime.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2lifetime_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>lifetime.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ + <compound refid="plot_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ + <name>plot.cpp</name> │ │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ │ + <compound refid="paralleloptions_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ + <name>paralleloptions.h</name> │ │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ │ + <compound 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refid="colvarproxy__gromacs__version_8h_1a5d48337da8454f2350b6a44fbc6db20c" kind="define"> │ │ │ │ │ │ <name>COLVARPROXY_VERSION</name> │ │ │ │ │ │ @@ -72554,32 +72554,32 @@ │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarproxygromacs_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>colvarproxygromacs.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarproxygromacs_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>colvarproxygromacs.h</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="colvarsforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>colvarsforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2colvarsforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>colvarsforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarsforceprovider_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>colvarsforceprovider.h</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarsMDModule_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>colvarsMDModule.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarsMDModule_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>colvarsMDModule.h</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarsMDModule__stub_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>colvarsMDModule_stub.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ + <compound refid="colvarsoptions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ + <name>colvarsoptions.cpp</name> │ │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2colvarsoptions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ + <name>colvarsoptions.cpp</name> │ │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarsoptions_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>colvarsoptions.h</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarspreprocessor_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>colvarspreprocessor.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2colvarspreprocessor_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ @@ -72593,19 +72593,19 @@ │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="colvarssimulationsparameters_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>colvarssimulationsparameters.h</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="colvars_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>colvars.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="colvarsoptions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>colvarsoptions.cpp</name> │ │ │ │ │ │ + <compound refid="colvarsforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ + <name>colvarsforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2colvarsoptions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>colvarsoptions.cpp</name> │ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2colvarsforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ + <name>colvarsforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="densityfitting_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>densityfitting.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound 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+ <compound refid="densityfittingoptions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ + <name>densityfittingoptions.cpp</name> │ │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2densityfittingoptions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ + <name>densityfittingoptions.cpp</name> │ │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="densityfittingoptions_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>densityfittingoptions.h</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="densityfittingoutputprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>densityfittingoutputprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="densityfittingoutputprovider_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ @@ -72635,26 +72647,14 @@ │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="densityfittingparameters_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>densityfittingparameters.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="densityfittingparameters_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>densityfittingparameters.h</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="densityfittingforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>densityfittingforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2densityfittingforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>densityfittingforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="densityfittingoptions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>densityfittingoptions.cpp</name> │ │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2densityfittingoptions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>densityfittingoptions.cpp</name> │ │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="electricfield_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>electricfield.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2electricfield_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>electricfield.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound 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<member refid="device__management_8cpp_1a2151c2e4fcc6447a9d753c00748b0aa0" kind="function"> │ │ │ │ │ │ + <name>setActiveDevice</name> │ │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ │ + <member refid="device__management_8cpp_1a0eb4c2d2b9b13568750d7dadd7fe49f0" kind="function"> │ │ │ │ │ │ + <name>releaseDevice</name> │ │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ │ + <member refid="device__management_8cpp_1ac48c0894959f1adc0ea7ee42a450bfcc" kind="function"> │ │ │ │ │ │ + <name>getDeviceInformationString</name> │ │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ │ + <member refid="device__management_8cpp_1a70b7a8e2b6c909a810b67bc62247949d" kind="function"> │ │ │ │ │ │ + <name>isDeviceDetectionFunctional</name> │ │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2device__management_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ + <name>device_management.cpp</name> │ │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="mockhardwaretopology_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>mockhardwaretopology.cpp</name> │ │ │ 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<compound refid="mpitest_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ + <name>mpitest.cpp</name> │ │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2mpitest_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ + <name>mpitest.cpp</name> │ │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="refdata_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>refdata.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="refdata__checkers_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>refdata_checkers.h</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="refdata__impl_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ │ @@ -104681,20 +104687,14 @@ │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="testmatchers_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>testmatchers.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="testoptions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>testoptions.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="mpitest_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>mpitest.cpp</name> │ │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2mpitest_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ - <name>mpitest.cpp</name> │ │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="refdata__tests_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>refdata_tests.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="testasserts__tests_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ │ <name>testasserts_tests.cpp</name> │ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ │ <compound refid="xvgtest__tests_8cpp" kind="file"> │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/todo.xml.gz │ │ │ │ ├── todo.xml │ │ │ │ │ ├── todo.xml │ │ │ │ │ │ @@ -433,15 +433,15 @@ │ │ │ │ │ │ <anchor id="todo_1_todo000105"/> │ │ │ │ │ │ Add more tests as the expanded ensemble implementation gets more modular (#3848). │ │ │ │ │ │ </para> │ │ │ │ │ │ </listitem> │ │ │ │ │ │ <varlistentry> │ │ │ │ │ │ <term> │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ │ - <ref refid="device__management__sycl_8cpp_1a0579937ac9ed3975d887a3d976d94899" kindref="member">findDevices</ref> │ │ │ │ │ │ + <ref refid="device__management_8cpp_1a0579937ac9ed3975d887a3d976d94899" kindref="member">findDevices</ref> │ │ │ │ │ │ () │ │ │ │ │ │ </term> │ │ │ │ │ │ </varlistentry> │ │ │ │ │ │ <listitem> │ │ │ │ │ │ <para> │ │ │ │ │ │ <anchor id="todo_1_todo000064"/> │ │ │ │ │ │ : Check if errors do propagate in OpenCL as they do in CUDA and whether there is a mechanism to "clear" them. │ │ │ │ │ │ @@ -2628,15 +2628,15 @@ │ │ │ │ │ │ <anchor id="todo_1_todo000154"/> │ │ │ │ │ │ Change this to class │ │ │ │ │ │ </para> │ │ │ │ │ │ </listitem> │ │ │ │ │ │ <varlistentry> │ │ │ │ │ │ <term> │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ │ - <ref refid="pme_8cpp_1adc07e6be8d5225d0d192c27ccc474124" kindref="member">gmx_pme_init</ref> │ │ │ │ │ │ + <ref refid="pme_8h_1adc07e6be8d5225d0d192c27ccc474124" kindref="member">gmx_pme_init</ref> │ │ │ │ │ │ (const │ │ │ │ │ │ <ref refid="structt__commrec" kindref="compound">t_commrec</ref> │ │ │ │ │ │ *cr, const │ │ │ │ │ │ <ref refid="structNumPmeDomains" kindref="compound">NumPmeDomains</ref> │ │ │ │ │ │ &numPmeDomains, const │ │ │ │ │ │ <ref refid="structt__inputrec" kindref="compound">t_inputrec</ref> │ │ │ │ │ │ *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, │ │ │ │ │ │ @@ -3198,15 +3198,15 @@ │ │ │ │ │ │ <ndash/> │ │ │ │ │ │ renaming coefficients to charges (?) │ │ │ │ │ │ </para> │ │ │ │ │ │ </listitem> │ │ │ │ │ │ <varlistentry> │ │ │ │ │ │ <term> │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ │ - <ref refid="pme_8cpp_1a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96" kindref="member">pme_run_mode</ref> │ │ │ │ │ │ + <ref refid="pme_8h_1a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96" kindref="member">pme_run_mode</ref> │ │ │ │ │ │ (const gmx_pme_t *pme) │ │ │ │ │ │ </term> │ │ │ │ │ │ </varlistentry> │ │ │ │ │ │ <listitem> │ │ │ │ │ │ <para> │ │ │ │ │ │ <anchor id="todo_1_todo000027"/> │ │ │ │ │ │ This is a rather static data that should be managed by the higher level task scheduler. │ │ │ │ │ │ @@ -3307,15 +3307,15 @@ │ │ │ │ │ │ <ref refid="namespacegmx_1_1compat" kindref="compound">gmx::compat</ref> │ │ │ │ │ │ version of std::optional to return a handle to the element being searched, or an empty optional construct if the entry has not been found. │ │ │ │ │ │ </para> │ │ │ │ │ │ </listitem> │ │ │ │ │ │ <varlistentry> │ │ │ │ │ │ <term> │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ │ - <ref refid="device__management__sycl_8cpp_1a0eb4c2d2b9b13568750d7dadd7fe49f0" kindref="member">releaseDevice</ref> │ │ │ │ │ │ + <ref refid="device__management_8cpp_1a0eb4c2d2b9b13568750d7dadd7fe49f0" kindref="member">releaseDevice</ref> │ │ │ │ │ │ ( │ │ │ │ │ │ <ref refid="structDeviceInformation" kindref="compound">DeviceInformation</ref> │ │ │ │ │ │ *) │ │ │ │ │ │ </term> │ │ │ │ │ │ </varlistentry> │ │ │ │ │ │ <listitem> │ │ │ │ │ │ <para> │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/manual-2024.4-Debian_2024.4_1.pdf │ │ │ │ ├── pdftotext {} - │ │ │ │ │ @@ -17645,15 +17645,15 @@ │ │ │ │ │ Dimitrios Karkoulis, Peter Kasson, Sebastian Kehl, Sebastian Keller, Jiri Kraus, Per Larsson, Viveca Lindahl, │ │ │ │ │ Erik Marklund, Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Sander Pronk, Michael Shirts, Alfons Sijbers, Balint Soproni, David van der Spoel, Peter Tieleman, Carsten Uphoff, Jon Vincent, Teemu Virolainen, Christian Wennberg, │ │ │ │ │ Maarten Wolf, Artem Zhmurov │ │ │ │ │ Project leaders: Berk Hess, Erik Lindahl │ │ │ │ │ © 1991 – 2000: │ │ │ │ │ Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, │ │ │ │ │ The Netherlands. │ │ │ │ │ -© 2001 – 2024: │ │ │ │ │ +© 2001 – 2025: │ │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University, │ │ │ │ │ Sweden. │ │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so due to lack of time of the contributors – our first │ │ │ │ │ priority is to improve the software. It is worked on continuously, which in some cases might mean the information │ │ │ │ │ is not entirely correct. │ │ │ │ │ Comments on form and content are welcome, please send them to the user discussion forum or the developer │ │ │ │ │ discussion forum (see our webpage or this section on how to contribute (page 621)), or open an issue on our issue │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/reference-manual/preface.html │ │ │ │ @@ -4353,15 +4353,15 @@ │ │ │ │ 00011000: 656d 6973 7472 792c 2055 6e69 7665 7273 emistry, Univers │ │ │ │ 00011010: 6974 7920 6f66 2047 726f 6e69 6e67 656e ity of Groningen │ │ │ │ 00011020: 2e0a 4e69 6a65 6e62 6f72 6768 2034 2c20 ..Nijenborgh 4, │ │ │ │ 00011030: 3937 3437 2041 4720 4772 6f6e 696e 6765 9747 AG Groninge │ │ │ │ 00011040: 6e2c 2054 6865 204e 6574 6865 726c 616e n, The Netherlan │ │ │ │ 00011050: 6473 2e3c 2f70 3e0a 3c2f 6469 763e 3c2f ds.</p>.</div></ │ │ │ │ 00011060: 626c 6f63 6b71 756f 7465 3e0a 3c70 3ec2 blockquote>.<p>. │ │ │ │ -00011070: a920 3230 3031 20e2 8093 2032 3032 343a . 2001 ... 2024: │ │ │ │ +00011070: a920 3230 3031 20e2 8093 2032 3032 353a . 2001 ... 2025: │ │ │ │ 00011080: 3c2f 703e 0a3c 626c 6f63 6b71 756f 7465 </p>.<blockquote │ │ │ │ 00011090: 3e0a 3c64 6976 3e3c 703e 5468 6520 4752 >.<div><p>The GR │ │ │ │ 000110a0: 4f4d 4143 5320 6465 7665 6c6f 706d 656e OMACS developmen │ │ │ │ 000110b0: 7420 7465 616d 7320 6174 2074 6865 2052 t teams at the R │ │ │ │ 000110c0: 6f79 616c 2049 6e73 7469 7475 7465 206f oyal Institute o │ │ │ │ 000110d0: 6620 5465 6368 6e6f 6c6f 6779 2061 6e64 f Technology and │ │ │ │ 000110e0: 0a55 7070 7361 6c61 2055 6e69 7665 7273 .Uppsala Univers │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -442,15 +442,15 @@ │ │ │ │ │ Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Sander Pronk, Michael Shirts, Alfons Sijbers, │ │ │ │ │ Balint Soproni, David van der Spoel, Peter Tieleman, Carsten Uphoff, Jon │ │ │ │ │ Vincent, Teemu Virolainen, Christian Wennberg, Maarten Wolf, Artem Zhmurov │ │ │ │ │ Project leaders: Berk Hess, Erik Lindahl │ │ │ │ │ © 1991 – 2000: │ │ │ │ │ Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. │ │ │ │ │ Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands. │ │ │ │ │ -© 2001 – 2024: │ │ │ │ │ +© 2001 – 2025: │ │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology │ │ │ │ │ and Uppsala University, Sweden. │ │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so due to lack of time │ │ │ │ │ of the contributors – our first priority is to improve the software. It is │ │ │ │ │ worked on continuously, which in some cases might mean the information is not │ │ │ │ │ entirely correct. │ │ │ │ │ Comments on form and content are welcome, please send them to the _u_s_e_r │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/searchindex.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -10870,15 +10870,15 @@ │ │ │ │ │ "2018": [28, 39, 194, 226, 243, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 256, 258, 260, 268, 281, 331, 357], │ │ │ │ │ "2019": [31, 39, 194, 205, 238, 239, 240, 241, 258, 264, 265, 266, 267, 268, 281, 293, 357], │ │ │ │ │ "2020": [4, 11, 15, 17, 29, 39, 194, 254, 274, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 310, 334, 357], │ │ │ │ │ "2021": [39, 194, 265, 268, 269, 290, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 310, 325, 357], │ │ │ │ │ "2022": [0, 17, 28, 29, 39, 270, 284, 285, 306, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 326, 357], │ │ │ │ │ "2023": [38, 39, 123, 194, 286, 300, 301, 322, 328, 329, 330, 331, 357], │ │ │ │ │ "2024": [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 332, 333, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 349, 350, 351, 352, 353, 354, 355, 356, 357, 358, 359, 360, 361], │ │ │ │ │ - "2025": [222, 342], │ │ │ │ │ + "2025": [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 342, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 349, 350, 351, 352, 353, 354, 355, 356, 357, 358, 359, 360, 361], │ │ │ │ │ "2026": 248, │ │ │ │ │ "2027": 248, │ │ │ │ │ "2028": 248, │ │ │ │ │ "2029": 222, │ │ │ │ │ "2031": 241, │ │ │ │ │ "2032": [50, 194, 241], │ │ │ │ │ "2033": 222,