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.< │ │ │ │ +00028bc0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ │ +00028bd0: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 82fcc" stroke="# │ │ │ │ +00028be0: 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 282fcc" points=" │ │ │ │ +00028bf0: 3431 312e 322c 2d31 3033 302e 3331 2034 411.2,-1030.31 4 │ │ │ │ +00028c00: 3031 2e32 342c 2d31 3033 332e 3932 2034 01.24,-1033.92 4 │ │ │ │ +00028c10: 3131 2e32 382c 2d31 3033 372e 3331 2034 11.28,-1037.31 4 │ │ │ │ +00028c20: 3131 2e32 2c2d 3130 3330 2e33 3122 2f3e 11.2,-1030.31"/> │ │ │ │ +00028c30: 0a3c 2f67 3e0a 3c2f 673e 0a3c 2f73 7667 .... │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/page_modulegraph.xhtml │ │ │ │ @@ -74,15 +74,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │

│ │ │ │
Module dependency graph
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The graph below shows the dependencies between the source code modules, computed from include statements in the code. For documented modules (those that do not have a gray background), clicking on the module takes you to the module documentation. Legend for the graph can be found below the graph.

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│ │ │ │ Legend

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The graph below annotates the colors and line styles used in the module dependency graph above. More detailed textual annotation is below the graph.

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Node colors:

│ │ │ │
gray background
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_10.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -133,16 +133,16 @@ │ │ │ │ │ ['makeunperturbedlj14params_97', ['makeUnperturbedLJ14Params', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02topsort_8cpp_03.xhtml#a2808faea96c2b64e53ffd7a46782d459', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{topsort.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['makeupdategroupingspermoleculetype_98', ['makeupdategroupingspermoleculetype', ['../namespacegmx.xhtml#aa51b331e6dc5454e57b96838b2d503af', 1, 'gmx::makeUpdateGroupingsPerMoleculeType(const gmx_moltype_t &moltype, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparams)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a716fe4766d0dbb653552d9287feb563f', 1, 'gmx::makeUpdateGroupingsPerMoleculeType(const gmx_mtop_t &mtop)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['makeupdategroups_99', ['makeUpdateGroups', ['../namespacegmx.xhtml#a2dc1261c727390c49373b57c3581f1af', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['makevendorflavorchoice_100', ['makeVendorFlavorChoice', ['../ocl__compiler_8cpp.xhtml#ab7da5ff7c4af27a4a1789dbd342a8966', 1, 'gmx::ocl']]], │ │ │ │ │ ['makevirtualsiteshandler_101', ['makeVirtualSitesHandler', ['../namespacegmx.xhtml#ad59dd2687a751a26481a0a774f51146a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['malloc_102', ['malloc', ['../classgmx_1_1AlignedAllocationPolicy.xhtml#ae8815b9093593a20638c4071395a1ca6', 1, 'gmx::AlignedAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#abea041287228e8b33c288bd9b3713b6c', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ + ['malloc_102', ['malloc', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#abea041287228e8b33c288bd9b3713b6c', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AlignedAllocationPolicy.xhtml#ae8815b9093593a20638c4071395a1ca6', 1, 'gmx::AlignedAllocationPolicy::malloc()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PageAlignedAllocationPolicy.xhtml#aefa29138219cff2f879abf3e92d2aa20', 1, 'gmx::PageAlignedAllocationPolicy::malloc()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mallocimpl_103', ['mallocImpl', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02alignedallocator_8cpp_03.xhtml#a824a99e0446104045db4c13ac052f953', 1, 'gmx::anonymous_namespace{alignedallocator.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2ecpp_104', ['manage_threading.cpp', ['../manage__threading_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manage_5fthreading_2eh_105', ['manage_threading.h', ['../manage__threading_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['managedevelopmentfeatures_106', ['manageDevelopmentFeatures', ['../namespacegmx.xhtml#a9ae13beb245adcba7f37c004bff11c41', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['managegeneratedoutputfile_107', ['manageGeneratedOutputFile', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager.xhtml#af0ffc0ec6e12b37178c20f775d58c10f', 1, 'gmx::test::TestFileManager']]], │ │ │ │ │ @@ -150,83 +150,83 @@ │ │ │ │ │ ['management_20commandline_109', ['Command Line Program Management (commandline)', ['../group__module__commandline.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manager_110', ['manager', ['../page_wrapperbinary.xhtml#section_wrapperbinary_manager', 1, 'Command line manager'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineModuleManagerTestBase.xhtml#a4b476b8e0f4a76c7ceeed026734ea8dd', 1, 'gmx::test::CommandLineModuleManagerTestBase::manager()'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md48', 1, 'Reference temperature manager'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['manager_2ecpp_111', ['manager.cpp', ['../manager_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['manager_2eh_112', ['manager.h', ['../manager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['managers_5f_113', ['managers_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionsImpl.xhtml#ac6b12c0ab7bd35f3223562488836479f', 1, 'gmx::internal::OptionsImpl::managers_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a83daffc3bbc78602b537d5968aa89fb2', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::managers_'] │ │ │ │ │ + ['managers_5f_113', ['managers_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a83daffc3bbc78602b537d5968aa89fb2', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::managers_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionsImpl.xhtml#ac6b12c0ab7bd35f3223562488836479f', 1, 'gmx::internal::OptionsImpl::managers_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['managesyncwithppcoordinatesendergpu_114', ['manageSyncWithPpCoordinateSenderGpu', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a34f7471640b60d9b19ed1fba0a0e6934', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['manualoutputfile_115', ['ManualOutputFile', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02extract__cluster_8cpp_03_1_1ManualOutputFile.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{extract_cluster.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['many_5fauto_5fcorrel_116', ['many_auto_correl', ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml#ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee', 1, 'many_auto_correl(std::vector< std::vector< real > > *c): manyautocorrelation.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../manyautocorrelation_8h.xhtml#ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee', 1, 'many_auto_correl(std::vector< std::vector< real > > *c): manyautocorrelation.cpp'] │ │ │ │ │ + ['many_5fauto_5fcorrel_116', ['many_auto_correl', ['../manyautocorrelation_8h.xhtml#ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee', 1, 'many_auto_correl(std::vector< std::vector< real > > *c): manyautocorrelation.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml#ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee', 1, 'many_auto_correl(std::vector< std::vector< real > > *c): manyautocorrelation.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['many_5fcross_5fcorr_117', ['many_cross_corr', ['../crosscorr_8cpp.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp'], │ │ │ │ │ ['../crosscorr_8h.xhtml#a953d512f8171310c10a4d0f4121d1a33', 1, 'many_cross_corr(int nFunc, int *nData, real **f, real **g, real **corr): crosscorr.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['manyautocorrelation_2ecpp_118', ['manyautocorrelation.cpp', ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['manyautocorrelation_2ecpp_118', ['manyautocorrelation.cpp', ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['manyautocorrelation_2eh_119', ['manyautocorrelation.h', ['../manyautocorrelation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['map_120', ['map', ['../structt__matrix.xhtml#a4cfcb489019e79bf56990ce36cefe00f', 1, 't_matrix']]], │ │ │ │ │ ['mapb_121', ['mapb', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#aabf74268915bc1a13aaaa95c236d5e08', 1, 'gmx_ana_indexmap_t']]], │ │ │ │ │ ['mapconstiterator_122', ['MapConstIterator', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a5b3ca67a8497cc2cf77f3c0da771fa95', 1, 'gmx::EnergyFrame']]], │ │ │ │ │ ['mapgridtodatagrid_123', ['mapGridToDataGrid', ['../namespacegmx.xhtml#ad49aba237e75034450c40885fccde22c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mapid_124', ['mapid', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a2675a18d204f864f94da0d616c115884', 1, 'gmx_ana_indexmap_t']]], │ │ │ │ │ ['mapnameformatterstoparameters_125', ['mapNameFormattersToParameters', ['../naming_8h.xhtml#a8152d9167617d92ebbc1c23f7af65108', 1, 'gmx::test::detail']]], │ │ │ │ │ ['mappedid_126', ['mappedId', ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a9b2a183cd94c03a9aabe10c89e73648b', 1, 'gmx::SelectionPosition']]], │ │ │ │ │ ['mappedids_127', ['mappedIds', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a44d2c2cd4db4eade34cac95f5916a2a0', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['mappedunionfinder_128', ['MappedUnionFinder', ['../classgmx_1_1MappedUnionFinder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['mapping_129', ['mapping', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a02c710cacde0166f1c5f4c67b9971cee', 1, 'gmx::basic_mdspan::mapping()'], │ │ │ │ │ + ['mapping_129', ['mapping', ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a80905ecdaf35273d7f7c303e7d2ff909', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml', 1, 'gmx::layout_right::mapping< Extents >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a7aa3312a770a6a3946d60a7e23cb2002', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(const Extents &ext) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#ad632683c77288c28df614ea7915917ce', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(const mapping &) noexcept=default'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a7aa3312a770a6a3946d60a7e23cb2002', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a02c710cacde0166f1c5f4c67b9971cee', 1, 'gmx::basic_mdspan::mapping()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#afc7b2299be673f6d37d0a570e061da72', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(mapping &&) noexcept=default'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#a80905ecdaf35273d7f7c303e7d2ff909', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping() noexcept=default'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1layout__right_1_1mapping.xhtml#ad632683c77288c28df614ea7915917ce', 1, 'gmx::layout_right::mapping::mapping(const mapping &) noexcept=default'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mapping_5ftype_130', ['mapping_type', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a41c0126e07c9b922b4b838b578af7888', 1, 'gmx::basic_mdspan']]], │ │ │ │ │ ['maptoframeatoms_5f_131', ['mapToFrameAtoms_', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#a028b638ac6bf4c5c76f4c78819d94cff', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl']]], │ │ │ │ │ ['maptype_132', ['MapType', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#ae7cbc6aabfeacd2447563d8f137045f4', 1, 'gmx::EnergyFrame']]], │ │ │ │ │ ['mark_5fsubexpr_5fdynamic_133', ['mark_subexpr_dynamic', ['../compiler_8cpp.xhtml#a2ce676e6caff3877910cd9cfc27cb955', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['mark_5fsurface_5fcovered_134', ['mark_surface_covered', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#ad016ba6ae3e4a77948222f08f4004e4f', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]], │ │ │ │ │ ['markasreadytoreduce_135', ['markAsReadyToReduce', ['../classgmx_1_1ObservablesReducer.xhtml#aa76fb912aca1c30275e567685626f515', 1, 'gmx::ObservablesReducer']]], │ │ │ │ │ ['markasset_136', ['markAsSet', ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#af02f972186bba8ff52f0e789e7d6fedc', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage']]], │ │ │ │ │ ['marknotified_137', ['markNotified', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a2e4ff0da40c2d126b1dd4539cc1d8d99', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData']]], │ │ │ │ │ ['markup_138', ['markup', ['../page_onlinehelp.xhtml#autotoc_md91', 1, 'Formatting markup'], │ │ │ │ │ ['../page_onlinehelp.xhtml#autotoc_md93', 1, 'GROMACS-specific markup'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mask_139', ['mask', ['../classgmx_1_1test_1_1AllocatorTest.xhtml#a3b860b1af26fe4dce4d932a100a1d1ab', 1, 'gmx::test::AllocatorTest']]], │ │ │ │ │ - ['maskadd_140', ['maskadd', ['../namespacegmx.xhtml#a0178a127dde331652ab015323ae622f2', 1, 'gmx::maskAdd(float a, float b, float m)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga766a313a4a158cfcb0eed0373dd82dfc', 1, 'gmx::maskAdd(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFBool m)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gadab86e04bd62248ab68039d8983a9206', 1, 'gmx::maskAdd(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDBool m)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a68b090d0e3ab5695c508453406ee43c8', 1, 'gmx::maskAdd(double a, double b, double m)'] │ │ │ │ │ + ['maskadd_140', ['maskadd', ['../group__module__simd.xhtml#ga766a313a4a158cfcb0eed0373dd82dfc', 1, 'gmx::maskAdd(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFBool m)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a0178a127dde331652ab015323ae622f2', 1, 'gmx::maskAdd(float a, float b, float m)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a68b090d0e3ab5695c508453406ee43c8', 1, 'gmx::maskAdd(double a, double b, double m)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gadab86e04bd62248ab68039d8983a9206', 1, 'gmx::maskAdd(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDBool m)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['maskarray_141', ['maskarray', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeIsHalfISize_01_4.xhtml#aa09948a382ac9009e878a3bf5081abd5', 1, 'gmx::DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsHalfISize >::maskArray()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeEqualsISize_01_4.xhtml#a42fcf1ef011c98c6dca2d5fb14a4ff53', 1, 'gmx::DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeEqualsISize >::maskArray()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeIsDoubleISize_01_4.xhtml#a45e2188c94bad5c65ddfbf1802dd7a81', 1, 'gmx::DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsDoubleISize >::maskArray()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeIsDoubleISize_01_4.xhtml#a45e2188c94bad5c65ddfbf1802dd7a81', 1, 'gmx::DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsDoubleISize >::maskArray()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeEqualsISize_01_4.xhtml#a42fcf1ef011c98c6dca2d5fb14a4ff53', 1, 'gmx::DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeEqualsISize >::maskArray()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['maskzfma_142', ['maskzfma', ['../namespacegmx.xhtml#a8151e61ef06e30e360c03bba6fb5e2ab', 1, 'gmx::maskzFma(float a, float b, float c, float m)'], │ │ │ │ │ + ['maskzfma_142', ['maskzfma', ['../group__module__simd.xhtml#gaaa689a6c17b1d60d62b6fcd51daa7639', 1, 'gmx::maskzFma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c, SimdDBool m)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gac21c886b9883657fd67d8b48e784af2d', 1, 'gmx::maskzFma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c, SimdFBool m)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa3cf4eaad108887d2462f5beecd4db62', 1, 'gmx::maskzFma(double a, double b, double c, double m)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaaa689a6c17b1d60d62b6fcd51daa7639', 1, 'gmx::maskzFma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c, SimdDBool m)'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a8151e61ef06e30e360c03bba6fb5e2ab', 1, 'gmx::maskzFma(float a, float b, float c, float m)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa3cf4eaad108887d2462f5beecd4db62', 1, 'gmx::maskzFma(double a, double b, double c, double m)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['maskzinv_143', ['maskzinv', ['../namespacegmx.xhtml#af5cc89f64ab845f88816a9cbb16d467c', 1, 'gmx::maskzInv(double x, bool m)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a582d71ff8e7d51cbd2386e29935e89ef', 1, 'gmx::maskzInv(float x, bool m)'] │ │ │ │ │ + ['maskzinv_143', ['maskzinv', ['../namespacegmx.xhtml#a582d71ff8e7d51cbd2386e29935e89ef', 1, 'gmx::maskzInv(float x, bool m)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af5cc89f64ab845f88816a9cbb16d467c', 1, 'gmx::maskzInv(double x, bool m)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['maskzinvsingleaccuracy_144', ['maskzInvSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a2433c82892495a73bf41de15f5e8908f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['maskzinvsqrt_145', ['maskzinvsqrt', ['../namespacegmx.xhtml#aa5b5a9766964a2b854f493fd783bb63d', 1, 'gmx::maskzInvsqrt(double x, bool m)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa182f9ceead92b3055e6ae5903994651', 1, 'gmx::maskzInvsqrt(float x, bool m)'] │ │ │ │ │ + ['maskzinvsqrt_145', ['maskzinvsqrt', ['../namespacegmx.xhtml#aa182f9ceead92b3055e6ae5903994651', 1, 'gmx::maskzInvsqrt(float x, bool m)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa5b5a9766964a2b854f493fd783bb63d', 1, 'gmx::maskzInvsqrt(double x, bool m)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['maskzinvsqrtsingleaccuracy_146', ['maskzInvsqrtSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a1fdaf91102db0bfbc6fd440524b15199', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['maskzmul_147', ['maskzmul', ['../namespacegmx.xhtml#a7e4ab8b1ab046ff242d32ab93366bfde', 1, 'gmx::maskzMul(double a, double b, double m)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a1e3c4084e25d298f95003df8e9aeffa1', 1, 'gmx::maskzMul(float a, float b, float m)'], │ │ │ │ │ + ['maskzmul_147', ['maskzmul', ['../namespacegmx.xhtml#a1e3c4084e25d298f95003df8e9aeffa1', 1, 'gmx::maskzMul(float a, float b, float m)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gafb416d879be4463f38af9b670583fd65', 1, 'gmx::maskzMul(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDBool m)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaa732ce9ab59cca63f834923a8cb4c775', 1, 'gmx::maskzMul(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFBool m)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gafb416d879be4463f38af9b670583fd65', 1, 'gmx::maskzMul(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDBool m)'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a7e4ab8b1ab046ff242d32ab93366bfde', 1, 'gmx::maskzMul(double a, double b, double m)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['maskzrcp_148', ['maskzrcp', ['../namespacegmx.xhtml#a46aa2887b65705f41a4f99028391e06d', 1, 'gmx::maskzRcp(double x, double m)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a5e2078ca9735b86c8414dc80273c330f', 1, 'gmx::maskzRcp(float x, float m)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gabda785f716b1445f709fc7aa028c0589', 1, 'gmx::maskzRcp(SimdFloat x, SimdFBool m)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga0f425368efd0895189b0e11d4b5d4ccc', 1, 'gmx::maskzRcp(SimdDouble x, SimdDBool m)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['maskzrsqrt_149', ['maskzrsqrt', ['../group__module__simd.xhtml#ga6eb1ba8851b08ceea1c160b6b255ee9b', 1, 'gmx::maskzRsqrt(SimdFloat x, SimdFBool m)'], │ │ │ │ │ @@ -254,38 +254,38 @@ │ │ │ │ │ ['matio_2ecpp_159', ['matio.cpp', ['../tests_2matio_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['matlam_160', ['matlam', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a3da2ad9c2aa9800de6a5a83868e90d92', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['matrix_161', ['matrix', ['../structt__matrix.xhtml#a1a09d637a51e9e5b526ae840a182d9ee', 1, 't_matrix']]], │ │ │ │ │ ['matrix_2ecpp_162', ['matrix.cpp', ['../math_2tests_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../math_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['matrix_2eh_163', ['matrix.h', ['../math_2include_2gromacs_2math_2matrix_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['matrix3x3_164', ['matrix3x3', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abe16d8d44b085b584568a1f5b2e57f2f', 1, 'gmx::test::Matrix3x3'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a8065c9cfb460c40c3c2699c728ecd3f4', 1, 'gmx::Matrix3x3'] │ │ │ │ │ + ['matrix3x3_164', ['matrix3x3', ['../namespacegmx.xhtml#a8065c9cfb460c40c3c2699c728ecd3f4', 1, 'gmx::Matrix3x3'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abe16d8d44b085b584568a1f5b2e57f2f', 1, 'gmx::test::Matrix3x3'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['matrix3x3constspan_165', ['Matrix3x3ConstSpan', ['../namespacegmx.xhtml#a589179a4042893247bfe78e630ee381f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['matrix3x3span_166', ['Matrix3x3Span', ['../namespacegmx.xhtml#a42b7945e249b8dd5a00cd733e679c2a9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['matrix3x3tostring_167', ['Matrix3x3ToString', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03_1_1Matrix3x3ToString.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['matrix_5f_168', ['matrix_', ['../structgmx_1_1MrcDensitySkewData.xhtml#a8341d52116450b5e201979b68356df03', 1, 'gmx::MrcDensitySkewData']]], │ │ │ │ │ ['matrix_5fconvert_169', ['matrix_convert', ['../pbc_8cpp.xhtml#aec6c71950b4b9e1c90429eff68ea4168', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['matrixvectormultiply_170', ['matrixVectorMultiply', ['../namespacegmx.xhtml#a2f6cbfad1dad185c82ec9bee081833c5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['max_171', ['max', ['../group__module__simd.xhtml#ga3c66081dde9666200461f364725a4085', 1, 'gmx::max()'], │ │ │ │ │ + ['max_171', ['max', ['../group__module__simd.xhtml#gaceb279f0a831efc0d8e6be7d96c9e6d2', 1, 'gmx::max()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf888030231e57e8c412cecd63f70f78', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::max()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#af3bf0caf1c448e8f298a0d2b60b34733', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::max()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a747866a072cff89a20b8f58621ae4bc5', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::max()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#a445e2fab20c2f008fd972f5e96cd8b68', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::max()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#aba294339d0eec4d12a1019d24848f0b9', 1, 'gmx::NormalDistribution::max()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#af043df37641bf3c31adc4b46164ef94c', 1, 'gmx::GammaDistribution::max()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a5db77b73c9d84977cd6a1e93427abb6b', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::max()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a41d9f565256e2af79951232a328ce054', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::max()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a16f6bf4a20b14262f28168596d5bb8b9', 1, 'gmx::max(double a, double b)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa8475501c67be44a07c58f4aa43eed23', 1, 'gmx::max(const gmx::BasicVector< float > &v1, const gmx::BasicVector< float > &v2)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga68bbfb58d0ab7d2362d0efde15c14ca3', 1, 'gmx::max(Simd4Double a, Simd4Double b)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga3c66081dde9666200461f364725a4085', 1, 'gmx::max(Simd4Float a, Simd4Float b)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a16f6bf4a20b14262f28168596d5bb8b9', 1, 'gmx::max(double a, double b)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a35c7b010fbd32f5424afa0de0c70db6f', 1, 'gmx::max(float a, float b)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga4edeef3c458f5c77cf3ceb80532a57ff', 1, 'gmx::max(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaceb279f0a831efc0d8e6be7d96c9e6d2', 1, 'gmx::max(SimdDouble a, SimdDouble b)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga4edeef3c458f5c77cf3ceb80532a57ff', 1, 'gmx::max(SimdFloat a, SimdFloat b)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['max_5f_172', ['max_', ['../structgmx_1_1MrcDataStatistics.xhtml#a3d4ebb4aee6f51e4383349225d3dee83', 1, 'gmx::MrcDataStatistics']]], │ │ │ │ │ ['max_5fbeta_173', ['max_beta', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#ac3907c78cd20eccc0e427c288bec058d', 1, 'gmx_enfrotgrp']]], │ │ │ │ │ ['max_5fconnect_174', ['max_connect', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a7c26cd85abd23d06de22e27ee68af042', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['max_5fcutoff2_175', ['max_cutoff2', ['../pbc_8cpp.xhtml#aa14c05a2e7b891ca9ce15895e75ff6db', 1, 'max_cutoff2(): pbc.cpp'], │ │ │ │ │ ['../structt__pbc.xhtml#a0648f104170187ab2a5656e7c16323d6', 1, 't_pbc::max_cutoff2'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -540,53 +540,53 @@ │ │ │ │ │ ['methodvalue_343', ['methodValue', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#a49757367d1428ffa5373577bf6155fe2', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol']]], │ │ │ │ │ ['metropolis_344', ['metropolis', ['../md__enums_8h.xhtml#a4434e158af47f6a5cbc228465ade1511a45b7d6bd6a51c5f44167f682a0de2f09', 1, 'Metropolis: md_enums.h'], │ │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#a07be3f2d86a9b6337ff8c4853a0fb8b8a45b7d6bd6a51c5f44167f682a0de2f09', 1, 'Metropolis: md_enums.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['metropolisgibbs_345', ['MetropolisGibbs', ['../md__enums_8h.xhtml#a07be3f2d86a9b6337ff8c4853a0fb8b8aabd219dfaf174da51f52f077bb3ddb2b', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['mh_346', ['mH', ['../structSettleWaterTopology.xhtml#ae5c2bb98e8301302136172d7327aabe6', 1, 'SettleWaterTopology']]], │ │ │ │ │ ['mhbox_5fdiag_347', ['mhbox_diag', ['../structt__pbc.xhtml#a99115cf054cd015a6320f2c7a3decb95', 1, 't_pbc']]], │ │ │ │ │ - ['mimic_2ecpp_348', ['mimic.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../gromacs_2mdrun_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mimic_2ecpp_348', ['mimic.cpp', ['../gromacs_2mdrun_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../programs_2mdrun_2tests_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mimiccommunicator_349', ['MimicCommunicator', ['../classgmx_1_1MimicCommunicator.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mimictest_350', ['MimicTest', ['../classgmx_1_1test_1_1MimicTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['min_351', ['min', ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a0d071daf59c7d5fd6cc2e03e986eb573', 1, 'gmx::NormalDistribution::min()'], │ │ │ │ │ + ['min_351', ['min', ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a8d1d5c9d6d6befc8db69b80a1f32d011', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::min()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a6a8182b711f1f09839fd540cd7380aa2', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::min()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a01eeced5dfdf0a9ac49fd8cde86ca86c', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::min()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a508ed49231881353e4994ac6805dbd96', 1, 'gmx::GammaDistribution::min()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a2ba096f455f54b3312098b670c517095', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::min()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a0d071daf59c7d5fd6cc2e03e986eb573', 1, 'gmx::NormalDistribution::min()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#a7f7e85f465de2b7114ac1716aace7920', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::min()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a894276bb060524bbd3c43d2d86a96fa8', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::min()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a2ba096f455f54b3312098b670c517095', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::min()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a65fb0c7aa84962905d3d78a913c787c3', 1, 'gmx::min(double a, double b)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa6d21dccd9a94698363bdb1943f139bb', 1, 'gmx::min(float a, float b)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga66c497c1f66c2aaccafefdfdeaf6ce2f', 1, 'gmx::min(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga48c0e6ede1542c0a5eee7094c56d51b2', 1, 'gmx::min(SimdDouble a, SimdDouble b)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga2da2e85aea6a6eef4add06627566b8ab', 1, 'gmx::min(Simd4Float a, Simd4Float b)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gacf515651ecc6efcf3ec65a8ff488ea02', 1, 'gmx::min(Simd4Double a, Simd4Double b)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a01eeced5dfdf0a9ac49fd8cde86ca86c', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::min()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a8d1d5c9d6d6befc8db69b80a1f32d011', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::min()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a6a8182b711f1f09839fd540cd7380aa2', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::min()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a894276bb060524bbd3c43d2d86a96fa8', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::min()'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga2da2e85aea6a6eef4add06627566b8ab', 1, 'gmx::min(Simd4Float a, Simd4Float b)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga48c0e6ede1542c0a5eee7094c56d51b2', 1, 'gmx::min(SimdDouble a, SimdDouble b)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga66c497c1f66c2aaccafefdfdeaf6ce2f', 1, 'gmx::min(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa6d21dccd9a94698363bdb1943f139bb', 1, 'gmx::min(float a, float b)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['min_5f_352', ['min_', ['../structgmx_1_1MrcDataStatistics.xhtml#a44fd54ddb96bae54c1106fdd50bf35b4', 1, 'gmx::MrcDataStatistics']]], │ │ │ │ │ ['min_5fatoms_5fper_5fgpu_353', ['min_atoms_per_gpu', ['../resourcedivision_8cpp.xhtml#af7c741d3817214b7d0507bf8b4d63ec9', 1, 'resourcedivision.cpp']]], │ │ │ │ │ ['min_5fatoms_5fper_5fmpi_5fthread_354', ['min_atoms_per_mpi_thread', ['../resourcedivision_8cpp.xhtml#ad2624f18f65913413a7c58850a32319f', 1, 'resourcedivision.cpp']]], │ │ │ │ │ ['minatom_355', ['minAtom', ['../structgmx_1_1AtomIndexExtremes.xhtml#a97d79567b3ea48410b5531b7f04268e2', 1, 'gmx::AtomIndexExtremes']]], │ │ │ │ │ - ['mindistaction_356', ['mindistaction', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03_1_1MindistAction.xhtml#a14b932817c7839ee6047c263ecd0e411', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nbsearch.cpp}::MindistAction::MindistAction()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03_1_1MindistAction.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nbsearch.cpp}::MindistAction'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03_1_1MindistAction.xhtml#afb4f48008ebd6e12589bd6b7b286d21f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nbsearch.cpp}::MindistAction::MindistAction()'] │ │ │ │ │ + ['mindistaction_356', ['mindistaction', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03_1_1MindistAction.xhtml#a14b932817c7839ee6047c263ecd0e411', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nbsearch.cpp}::MindistAction::MindistAction(int *closestPoint, real *minDist2, rvec *dx)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03_1_1MindistAction.xhtml#afb4f48008ebd6e12589bd6b7b286d21f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nbsearch.cpp}::MindistAction::MindistAction(const MindistAction &)=default'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03_1_1MindistAction.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nbsearch.cpp}::MindistAction'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['minimalpmegridsize_357', ['minimalpmegridsize', ['../pme_8h.xhtml#a3167e04d492823ba4279c5e11417cb8f', 1, 'minimalPmeGridSize(int pmeOrder): pme.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme_8cpp.xhtml#a3167e04d492823ba4279c5e11417cb8f', 1, 'minimalPmeGridSize(int pmeOrder): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['minimize_2ecpp_358', ['minimize.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['minimize_2ecpp_358', ['minimize.cpp', ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../programs_2mdrun_2tests_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['minimumcommunicationrange_359', ['minimumCommunicationRange', ['../structgmx_1_1DomdecOptions.xhtml#a4b6abda80965f8fd1341254ff9acf39f', 1, 'gmx::DomdecOptions']]], │ │ │ │ │ ['minimumdistance_360', ['minimumDistance', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodSearch.xhtml#a94cca278a9cee6a8ce84254bbecb9b90', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodSearch']]], │ │ │ │ │ ['minparticlecounttorecalculatesplines_361', ['minParticleCountToRecalculateSplines', ['../structPmeGpu.xhtml#afaa8b4ef593107e02a9083a57d214381', 1, 'PmeGpu']]], │ │ │ │ │ - ['minvaluecount_362', ['minvaluecount', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a7549c785cd633f4238f89551545725a1', 1, 'gmx::OptionInfo::minValueCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#aba87098ccc9288f126a36a9833744b99', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::minValueCount()'] │ │ │ │ │ + ['minvaluecount_362', ['minvaluecount', ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#aba87098ccc9288f126a36a9833744b99', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::minValueCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a7549c785cd633f4238f89551545725a1', 1, 'gmx::OptionInfo::minValueCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['minvaluecount_5f_363', ['minValueCount_', ['../classgmx_1_1AbstractOption.xhtml#a473a2162b6ca63a5f982083868664354', 1, 'gmx::AbstractOption']]], │ │ │ │ │ ['minvar_364', ['Minvar', ['../md__enums_8h.xhtml#a4434e158af47f6a5cbc228465ade1511ad3c52b679a8ec843aba8c7dc79b4d5e2', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['misc_2ecpp_365', ['misc.cpp', ['../misc_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['misc_5fops_5fand_5flocal_5fh2d_5fdone_366', ['misc_ops_and_local_H2D_done', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a3446ef81f367dfde54c1e90c34202484', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['missing_5flink_367', ['missing_link', ['../partition_8cpp.xhtml#ae1d4e95e21992c6f1a318a606e0a49b5', 1, 'partition.cpp']]], │ │ │ │ │ ['missingelementconnectionerror_368', ['missingelementconnectionerror', ['../classgmx_1_1MissingElementConnectionError.xhtml', 1, 'gmx::MissingElementConnectionError'], │ │ │ │ │ @@ -609,58 +609,58 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02histogram_8cpp_03_1_1MockAverageHistogram.xhtml#a25b9eff3eafa923810bba59f39bd89cb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{histogram.cpp}::MockAverageHistogram::MockAverageHistogram()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mockhardwaretopology_2ecpp_381', ['mockhardwaretopology.cpp', ['../mockhardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mockhardwaretopologytest_382', ['MockHardwareTopologyTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03_1_1MockHardwareTopologyTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['mockmodule_383', ['mockmodule', ['../classgmx_1_1test_1_1MockModule.xhtml#aa89ba71e5b1bf6bfa778d629bcda713f', 1, 'gmx::test::MockModule::MockModule()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1MockModule.xhtml', 1, 'gmx::test::MockModule'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['mockoption_384', ['mockoption', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOption.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOption'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOption.xhtml#a280326f32c214bb2695bd7b04e72da7a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOption::MockOption()'] │ │ │ │ │ + ['mockoption_384', ['mockoption', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOption.xhtml#a280326f32c214bb2695bd7b04e72da7a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOption::MockOption()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOption.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOption'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mockoptionsmodule_385', ['MockOptionsModule', ['../classgmx_1_1test_1_1MockOptionsModule.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['mockoptionstorage_386', ['mockoptionstorage', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a8a153de72e2f1d8ed92d5debda54cd0e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::MockOptionStorage()'] │ │ │ │ │ + ['mockoptionstorage_386', ['mockoptionstorage', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a8a153de72e2f1d8ed92d5debda54cd0e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::MockOptionStorage()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['mode_387', ['mode', ['../autocorr_8cpp.xhtml#a605dbdf5c9c7c6edbb25ad8981e471d6', 1, 'MODE: autocorr.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhood.xhtml#a9410ce3c835d5282f742028ab17f4ab9', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhood::mode()'], │ │ │ │ │ + ['mode_387', ['mode', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhood.xhtml#a9410ce3c835d5282f742028ab17f4ab9', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhood::mode()'], │ │ │ │ │ + ['../autocorr_8cpp.xhtml#a605dbdf5c9c7c6edbb25ad8981e471d6', 1, 'MODE: autocorr.cpp'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodSearch.xhtml#a78219a5c5c2431c6b18d8d07d1ab8f79', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodSearch::mode()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['model_388', ['model', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#a6757add18f05a16a301428ad74d482a5', 1, 'gmx::CpuInfo']]], │ │ │ │ │ ['modelfilename_5f_389', ['modelFileName_', ['../structgmx_1_1NNPotParameters.xhtml#a39f5daa2310dbf9d8940df1db1253e11', 1, 'gmx::NNPotParameters']]], │ │ │ │ │ ['modelinput_5f_390', ['modelInput_', ['../structgmx_1_1NNPotParameters.xhtml#ad7bd2c11c5c4f85281f2a872807c621c', 1, 'gmx::NNPotParameters']]], │ │ │ │ │ - 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['modular_20simulator_397', ['modular simulator', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md13', 1, 'The modular simulator'], │ │ │ │ │ - ['../page_modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'], │ │ │ │ │ + ['modular_20simulator_397', ['modular simulator', ['../page_modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'], │ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'], │ │ │ │ │ + ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md13', 1, 'The modular simulator'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md8', 1, 'Using the modular simulator'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['modular_20simulator_20approach_398', ['The modular simulator approach', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md10', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modular_20simulator_20checkpointing_20design_399', ['Notes about the modular simulator checkpointing design', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md46', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modular_20simulator_20design_400', ['Modular simulator design', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md45', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modularsimulator_401', ['ModularSimulator', ['../classgmx_1_1ModularSimulator.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['modularsimulator_2ecpp_402', ['modularsimulator.cpp', ['../modularsimulator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modularsimulator_2eh_403', ['modularsimulator.h', ['../modularsimulator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modularsimulatoralgorithm_404', ['ModularSimulatorAlgorithm', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithm.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - 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['moduleinfo_421', ['moduleinfo', ['../structgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl_1_1ModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::ModuleInfo'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl_1_1ModuleInfo.xhtml#a078a05ee2cb0c6a9fb735dd288e87f02', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::ModuleInfo::ModuleInfo()'] │ │ │ │ │ + ['moduleinfo_421', ['moduleinfo', ['../structgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl_1_1ModuleInfo.xhtml#a078a05ee2cb0c6a9fb735dd288e87f02', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::ModuleInfo::ModuleInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl_1_1ModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::ModuleInfo'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['modulelist_422', ['modulelist', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#ac892d0d20169fc685fbccd3eb082f284', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::ModuleList'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroupData.xhtml#a652dd9d711093337a1ad7fbf0db85448', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroupData::ModuleList'] │ │ │ │ │ + ['modulelist_422', ['modulelist', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroupData.xhtml#a652dd9d711093337a1ad7fbf0db85448', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroupData::ModuleList'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#ac892d0d20169fc685fbccd3eb082f284', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl::ModuleList'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['modulemanager_423', ['modulemanager', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a4e906c510c615f77574d4a5b769db892', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::moduleManager()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#aa5ecd95ba5ef4fd583402ce35e08bf96', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::moduleManager() const'] │ │ │ │ │ + ['modulemanager_423', ['modulemanager', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#aa5ecd95ba5ef4fd583402ce35e08bf96', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::moduleManager() const'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a4e906c510c615f77574d4a5b769db892', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::moduleManager()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['modules_424', ['modules', ['../group__group__analysismodules.xhtml', 1, 'Analysis Modules'], │ │ │ │ │ ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md72', 1, 'Command line modules'], │ │ │ │ │ ['../page_mdmodules.xhtml', 1, 'mdrun modules'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroupData.xhtml#a14903694d7a9178b269af658a57122ba', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroupData::modules()'], │ │ │ │ │ ['../page_analysisdata.xhtml#autotoc_md77', 1, 'Provided data processing modules'], │ │ │ │ │ ['../group__group__utilitymodules.xhtml', 1, 'Utility Modules'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['modules_20during_20setup_20and_20simulation_425', ['Callbacks to modules during setup and simulation', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md6', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modules_20for_20simulation_20functionality_426', ['Modules for simulation functionality', ['../group__group__mdrun.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modules_2ecpp_427', ['modules.cpp', ['../modules_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modules_2eh_428', ['modules.h', ['../modules_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['moleculetype_449', ['moleculetype', ['../structMolecularTopologyAtomIndices.xhtml#ac033337827f14c4585e4b1ae9eb272e3', 1, 'MolecularTopologyAtomIndices::moleculeType'], │ │ │ │ │ - ['../structMoleculeType.xhtml', 1, 'MoleculeType'], │ │ │ │ │ + ['moleculetype_449', ['moleculetype', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mshift_8cpp_03.xhtml#ae9b5b921bcb8dd2b97cc0d6a14741216', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mshift.cpp}::moleculeType()'], │ │ │ │ │ ['../structAtomInMolblock.xhtml#adbd0c382ef27b472f0ad350a0142c809', 1, 'AtomInMolblock::moleculeType'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mshift_8cpp_03.xhtml#ae9b5b921bcb8dd2b97cc0d6a14741216', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mshift.cpp}::moleculeType()'], │ │ │ │ │ - ['../classAtomProxy.xhtml#a82511a69b9b329f73b3ecaa77c7e5df0', 1, 'AtomProxy::moleculeType()'] │ │ │ │ │ + ['../structMoleculeType.xhtml', 1, 'MoleculeType'], │ │ │ │ │ + ['../classAtomProxy.xhtml#a82511a69b9b329f73b3ecaa77c7e5df0', 1, 'AtomProxy::moleculeType()'], │ │ │ │ │ + ['../structMolecularTopologyAtomIndices.xhtml#ac033337827f14c4585e4b1ae9eb272e3', 1, 'MolecularTopologyAtomIndices::moleculeType'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['molname_450', ['molname', ['../structswap__group.xhtml#a1133a26ad7fa6ffc6614b1a50127f47d', 1, 'swap_group']]], │ │ │ │ │ ['mols_451', ['mols', ['../structMoleculeInformation.xhtml#a945c507ad8f991d11901cb3fcce96487', 1, 'MoleculeInformation::mols'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#ab3aac1e190ed353a1e717fa5fa60b61a', 1, 'gmx::ImdSession::Impl::mols'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['moltypehasvsite_452', ['moltypeHasVsite', ['../computemultibodycutoffs_8cpp.xhtml#a7759c5f444a2540620bd7aed6b99577a', 1, 'computemultibodycutoffs.cpp']]], │ │ │ │ │ ['momentum_453', ['momentum', ['../structSystemMomentum.xhtml#a12a78f8e5157ad1e319366a2e4bebc1c', 1, 'SystemMomentum']]], │ │ │ │ │ @@ -763,53 +763,53 @@ │ │ │ │ │ ['mpicommall_475', ['mpicommall', ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml#acca96094d4f43e2ae83ec208f1b99e88', 1, 'gmx::DomainCommForward::mpiCommAll()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml#ac550edb7920c56ccd8caf801c68cb054', 1, 'gmx::DomainCommBackward::mpiCommAll()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mpicommx_476', ['mpiCommX', ['../structPmeShared.xhtml#a4a18c130ef148fbaca140a4a47411227', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['mpicommy_477', ['mpiCommY', ['../structPmeShared.xhtml#ad622e2d0e19fc94d173231cd03e72afe', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['mpilibraryversionstring_478', ['mpiLibraryVersionString', ['../namespacegmx.xhtml#a49c75db6d97651626c88f9f23f4bffaa', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mpisetupvalid_479', ['mpiSetupValid', ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#aed91522d2a8bd6ddc44d716a07ed6a07', 1, 'gmx::test::MultiSimTest']]], │ │ │ │ │ - ['mpitest_2ecpp_480', ['mpitest.cpp', ['../mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mpitest_2ecpp_480', ['mpitest.cpp', ['../tests_2mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mpitest_2eh_481', ['mpitest.h', ['../mpitest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mpiwaitall_482', ['mpiWaitall', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02haloexchange_8cpp_03.xhtml#a6cc9ed97595c08f467311956380390ad', 1, 'gmx::anonymous_namespace{haloexchange.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['mrcdatamode_483', ['MrcDataMode', ['../namespacegmx.xhtml#a4355a7e0f393d42cbb5b2a47aefea966', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mrcdatastatistics_484', ['MrcDataStatistics', ['../structgmx_1_1MrcDataStatistics.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['mrcdensitymap_2ecpp_485', ['mrcdensitymap.cpp', ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mrcdensitymap_2ecpp_485', ['mrcdensitymap.cpp', ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymap_2eh_486', ['mrcdensitymap.h', ['../mrcdensitymap_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_487', ['MrcDensityMapHeader', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['mrcdensitymapheader_2ecpp_488', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mrcdensitymapheader_2ecpp_488', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2eh_489', ['mrcdensitymapheader.h', ['../mrcdensitymapheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapoffloatfromfilereader_490', ['mrcdensitymapoffloatfromfilereader', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatFromFileReader.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatFromFileReader.xhtml#a5e4d0693919c91334eed2bd9942470bc', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['mrcdensitymapoffloatreader_491', ['mrcdensitymapoffloatreader', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatReader.xhtml#aa968d4e30f192514e635552e9492aad8', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatReader::MrcDensityMapOfFloatReader()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatReader.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatReader'] │ │ │ │ │ + ['mrcdensitymapoffloatreader_491', ['mrcdensitymapoffloatreader', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatReader.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatReader'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatReader.xhtml#aa968d4e30f192514e635552e9492aad8', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatReader::MrcDensityMapOfFloatReader()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['mrcdensitymapoffloatwriter_492', ['mrcdensitymapoffloatwriter', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml#aaed6893c7ae8d1df0d7950d0d22e2d03', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter::MrcDensityMapOfFloatWriter()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter'] │ │ │ │ │ + ['mrcdensitymapoffloatwriter_492', ['mrcdensitymapoffloatwriter', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatWriter.xhtml#aaed6893c7ae8d1df0d7950d0d22e2d03', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatWriter::MrcDensityMapOfFloatWriter()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensityskewdata_493', ['MrcDensitySkewData', ['../structgmx_1_1MrcDensitySkewData.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mrcheaderissane_494', ['mrcHeaderIsSane', ['../namespacegmx.xhtml#ae0952e5f8ebf3384064550e3a74596f2', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mrcserializer_2ecpp_495', ['mrcserializer.cpp', ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcserializer_2eh_496', ['mrcserializer.h', ['../mrcserializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mrcunitstonm_497', ['mrcUnitsToNm', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a2c88f65071129ab9ec7530cc3ce4458c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['ms_498', ['ms', ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a0fb81f15a1c9e96ee6cb5dbf7e782042', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::ms()'], │ │ │ │ │ - ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a0dca275a1044093cee09ab07b74262c8', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator::ms'] │ │ │ │ │ + ['ms_498', ['ms', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a0dca275a1044093cee09ab07b74262c8', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator::ms'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a0fb81f15a1c9e96ee6cb5dbf7e782042', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::ms()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ms_5f_499', ['ms_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a44fde7ee1ab975eac60d5232f7d8e023', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['msd_500', ['Msd', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1Msd.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules']]], │ │ │ │ │ - ['msd_2ecpp_501', ['msd.cpp', ['../tests_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['msd_2ecpp_501', ['msd.cpp', ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['msd_2eh_502', ['msd.h', ['../msd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['msdcolumnproxy_503', ['MsdColumnProxy', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdData_1_1MsdColumnProxy.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdData']]], │ │ │ │ │ ['msdcoordinatemanager_504', ['MsdCoordinateManager', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdCoordinateManager.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['msddata_505', ['msddata', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MoleculeData.xhtml#ab947b53bb168b687dd5d1fcd5863d2dc', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MoleculeData::msdData'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdData.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -827,16 +827,16 @@ │ │ │ │ │ ['mtl_5fh_5fb0_517', ['MTL_H_B0', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a35e82cef07b7ebce11a31c5700370da5', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]], │ │ │ │ │ ['mtl_5fu_5fa0_518', ['MTL_U_A0', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a032b8fbabf1633ff93848c220df79eff', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]], │ │ │ │ │ ['mtl_5fu_5fb0_519', ['MTL_U_B0', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a37c131a16d6cdf879e245696cc2de728', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]], │ │ │ │ │ ['mtop_520', ['mtop', ['../classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml#abe8dc6e15ced23c2bd5eb9390b29907a', 1, 'gmx::TopologyInformation']]], │ │ │ │ │ ['mtop_2ecpp_521', ['mtop.cpp', ['../mtop_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mtop_5f_522', ['mtop_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#adc735bbbf174573a484ab34b8392557a', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::mtop_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker_1_1Impl.xhtml#a9c474892cda88236cdef5067f1ddf8fa', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker::Impl::mtop_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#ac8535c69809cd055ef847154b806682e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::mtop_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02updategroups_8cpp_03_1_1UpdateGroupsTest.xhtml#ab81659261621dd81f9b9e6f552a63a75', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{updategroups.cpp}::UpdateGroupsTest::mtop_'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02updategroups_8cpp_03_1_1UpdateGroupsTest.xhtml#ab81659261621dd81f9b9e6f552a63a75', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{updategroups.cpp}::UpdateGroupsTest::mtop_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#ac8535c69809cd055ef847154b806682e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::mtop_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mtop_5fatomloops_2eh_523', ['mtop_atomloops.h', ['../mtop__atomloops_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mtop_5flookup_2eh_524', ['mtop_lookup.h', ['../mtop__lookup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mtopgetatomandresiduename_525', ['mtopGetAtomAndResidueName', ['../mtop__lookup_8h.xhtml#a3533325902ca05f25d4785139777d69d', 1, 'mtop_lookup.h']]], │ │ │ │ │ ['mtopgetatommass_526', ['mtopGetAtomMass', ['../mtop__lookup_8h.xhtml#a05ac0149aea362a57813b5e9d7147ddb', 1, 'mtop_lookup.h']]], │ │ │ │ │ ['mtopgetatomparameters_527', ['mtopGetAtomParameters', ['../mtop__lookup_8h.xhtml#a84281850316dbd91bd51ee18aa65a68d', 1, 'mtop_lookup.h']]], │ │ │ │ │ ['mtopgetatompdbinfo_528', ['mtopGetAtomPdbInfo', ['../mtop__lookup_8h.xhtml#aba1a5650234b8dab07cb3fa03d19f0ef', 1, 'mtop_lookup.h']]], │ │ │ │ │ @@ -850,61 +850,61 @@ │ │ │ │ │ ['mtsintervaltestparams_536', ['MtsIntervalTestParams', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ab042bd96fe9bf96519ce8988fde8ad02', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['mtslevel_537', ['MtsLevel', ['../structgmx_1_1MtsLevel.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mttk_2ecpp_538', ['mttk.cpp', ['../mttk_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mttk_2eh_539', ['mttk.h', ['../mttk_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mttkboxscaling_540', ['mttkboxscaling', ['../classgmx_1_1MttkBoxScaling.xhtml#a1356dc4e740f2cd9f6c7ad4e56ea2192', 1, 'gmx::MttkBoxScaling::MttkBoxScaling()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkBoxScaling.xhtml', 1, 'gmx::MttkBoxScaling'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['mttkdata_541', ['mttkdata', ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a76f9af7929a0f96705144fdd95807446', 1, 'gmx::MttkData::MttkData(const MttkData &other)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a0059feb1fcb2dda549580a2f0a8970a3', 1, 'gmx::MttkData::MttkData(real ensembleTemperature, real referencePressure, real couplingTimeStep, real couplingTime, real initialVolume, real numDegreesOfFreedom, real simulationTimeStep, const tensor compressibility, const StatePropagatorData *statePropagatorData, MttkPropagatorConnection *mttkPropagatorConnection)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml', 1, 'gmx::MttkData'] │ │ │ │ │ + ['mttkdata_541', ['mttkdata', ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml', 1, 'gmx::MttkData'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a76f9af7929a0f96705144fdd95807446', 1, 'gmx::MttkData::MttkData(const MttkData &other)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a0059feb1fcb2dda549580a2f0a8970a3', 1, 'gmx::MttkData::MttkData(real ensembleTemperature, real referencePressure, real couplingTimeStep, real couplingTime, real initialVolume, real numDegreesOfFreedom, real simulationTimeStep, const tensor compressibility, const StatePropagatorData *statePropagatorData, MttkPropagatorConnection *mttkPropagatorConnection)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['mttkelement_542', ['mttkelement', ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml#aef4ac30b72f0bb41496964247b165495', 1, 'gmx::MttkElement::MttkElement()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml', 1, 'gmx::MttkElement'] │ │ │ │ │ + ['mttkelement_542', ['mttkelement', ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml', 1, 'gmx::MttkElement'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml#aef4ac30b72f0bb41496964247b165495', 1, 'gmx::MttkElement::MttkElement()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mttkpropagatorconnection_543', ['MttkPropagatorConnection', ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mttkpropagatorconnectiondetails_544', ['MttkPropagatorConnectionDetails', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['mult_5fup_545', ['mult_up', ['../pme_8cpp.xhtml#a866e345e15a8e70ecdd4b828bffa4c00', 1, 'pme.cpp']]], │ │ │ │ │ ['multibody_546', ['multibody', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistancesSquared.xhtml#a109dd848878522f5358b117b035dd488', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistancesSquared::multiBody'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1ZoneCorners.xhtml#aa4435e66e58af6e8e1fe4a207db29995', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::ZoneCorners::multiBody'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['multidimarray_547', ['multidimarray', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#aea612e9c7c64c08f4820ff0d7b5f3246', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx::MultiDimArray< TContainer, Extents, LayoutPolicy >'], │ │ │ │ │ + ['multidimarray_547', ['multidimarray', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#af79187a5242cc4dd12c20f1a178e2633', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray(const MultiDimArray &o)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a8a2240981f443bd787f570751e5231bc', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray(IndexType... dynamicExtent)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a7138d24ac411b284f628990eaf77e65d', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray(const TContainer &data={}) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#af79187a5242cc4dd12c20f1a178e2633', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray(const MultiDimArray &o)'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx::MultiDimArray< TContainer, Extents, LayoutPolicy >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#aea612e9c7c64c08f4820ff0d7b5f3246', 1, 'gmx::MultiDimArray::MultiDimArray()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_2ecpp_548', ['multidimarray.cpp', ['../multidimarray_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_2eh_549', ['multidimarray.h', ['../multidimarray_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20dynamic_5fcontainer_5ftype_2c_20dynamic_5fextents_5ftype_20_3e_550', ['MultiDimArray< dynamic_container_type, dynamic_extents_type >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20real_20_3e_551', ['MultiDimArray< real >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20static_5fcontainer_5ftype_2c_20static_5fextents_5ftype_20_3e_552', ['MultiDimArray< static_container_type, static_extents_type >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20std_3a_3aarray_3c_20float_2c_204_20_2a3_20_3e_2c_20gmx_3a_3aextents_3c_204_2c_203_20_3e_20_3e_553', ['MultiDimArray< std::array< float, 4 *3 >, gmx::extents< 4, 3 > >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20std_3a_3avector_3c_20double_20_3e_2c_20gmx_3a_3aextents_20_3e_554', ['MultiDimArray< std::vector< double >, gmx::extents >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20std_3a_3avector_3c_20float_20_3e_2c_20gmx_3a_3aextents_20_3e_555', ['MultiDimArray< std::vector< float >, gmx::extents >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20std_3a_3avector_3c_20float_20_3e_2c_20gmx_3a_3aextents_3c_20dynamic_5fextent_2c_20dynamic_5fextent_20_3e_20_3e_556', ['MultiDimArray< std::vector< float >, gmx::extents< dynamic_extent, dynamic_extent > >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimarray_3c_20t_5fmatelmt_20_3e_557', ['MultiDimArray< t_matelmt >', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multidimarrayindextolinear_558', ['multiDimArrayIndexToLinear', ['../namespacegmx.xhtml#a7d3c14f0aeb1baca8c9c7e874f83a9ac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - 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['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212aa0bf169f2539e893e00d7b1296bc4d8e', 1, 'gmx::Multiple'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5e92a2f6b08c68771eee6ce70555360aaa0bf169f2539e893e00d7b1296bc4d8e', 1, 'gmx::Multiple'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['multiple_20data_20simd_20coding_561', ['Single-instruction Multiple-data (SIMD) coding', ['../page_simd.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['multiple_5ftime_5fstepping_2ecpp_562', ['multiple_time_stepping.cpp', ['../multiple__time__stepping_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['multipletimestepping_2ecpp_563', ['multipletimestepping.cpp', ['../tests_2multipletimestepping_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['multiplyboxmatrices_564', ['multiplyboxmatrices', ['../namespacegmx.xhtml#a0f5ffc282be1d06f0b5c2002e85c81d8', 1, 'gmx::multiplyBoxMatrices(const Matrix3x3 &a, const matrix b)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa67f529fb7bb6c15af0cb723cafa3a91', 1, 'gmx::multiplyBoxMatrices(const Matrix3x3 &a, const Matrix3x3 &b)'] │ │ │ │ │ + ['multiplyboxmatrices_564', ['multiplyboxmatrices', ['../namespacegmx.xhtml#aa67f529fb7bb6c15af0cb723cafa3a91', 1, 'gmx::multiplyBoxMatrices(const Matrix3x3 &a, const Matrix3x3 &b)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a0f5ffc282be1d06f0b5c2002e85c81d8', 1, 'gmx::multiplyBoxMatrices(const Matrix3x3 &a, const matrix b)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['multiplyelementwise_565', ['multiplyElementwise', ['../namespacegmx.xhtml#a9182dbf927653c4076e6edbf2752a7ed', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['multiplyvectorbymatrix_566', ['multiplyVectorByMatrix', ['../namespacegmx.xhtml#ae108b3c6b899d03f72f837db54cec2d8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['multiplyvectorbytransposeofboxmatrix_567', ['multiplyvectorbytransposeofboxmatrix', ['../namespacegmx.xhtml#a0b1b1e3aaeffb86737aacb9285353f12', 1, 'gmx::multiplyVectorByTransposeOfBoxMatrix(const Matrix3x3 &m, const RVec &v)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#adb335db4d613611a9bbbcdca5d5b0e16', 1, 'gmx::multiplyVectorByTransposeOfBoxMatrix(const Matrix3x3 &m, const rvec v, rvec result)'] │ │ │ │ │ + ['multiplyvectorbytransposeofboxmatrix_567', ['multiplyvectorbytransposeofboxmatrix', ['../namespacegmx.xhtml#adb335db4d613611a9bbbcdca5d5b0e16', 1, 'gmx::multiplyVectorByTransposeOfBoxMatrix(const Matrix3x3 &m, const rvec v, rvec result)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a0b1b1e3aaeffb86737aacb9285353f12', 1, 'gmx::multiplyVectorByTransposeOfBoxMatrix(const Matrix3x3 &m, const RVec &v)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['multisim_2ecpp_568', ['multisim.cpp', ['../gromacs_2mdrunutility_2multisim_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2multisim_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['multisim_2eh_569', ['multisim.h', ['../multisim_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['multisimcommrec_5f_570', ['multisimCommRec_', ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#a88008040182e4cfe7f6b70fcfeff9317', 1, 'gmx::SimulatorEnv']]], │ │ │ │ │ ['multisimterminationtest_571', ['MultiSimTerminationTest', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ab370581bf9c1efd3678f7ec928a67324', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ @@ -918,16 +918,16 @@ │ │ │ │ │ ['mustateab_579', ['muStateAB', ['../structgmx_1_1DipoleData.xhtml#a5695ee65f45002fe635e98fef15c2d8e', 1, 'gmx::DipoleData']]], │ │ │ │ │ ['mustcomparebox_580', ['mustCompareBox', ['../structgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameMatchSettings.xhtml#aac8700fb0f24a3f3a8246258af52acea', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameMatchSettings']]], │ │ │ │ │ ['mustuseonerank_581', ['mustUseOneRank', ['../classanonymous__namespace_02resourcedivision_8cpp_03_1_1SingleRankChecker.xhtml#a15a3bdbc8b655bd5c5e20f2075edf152', 1, 'anonymous_namespace{resourcedivision.cpp}::SingleRankChecker']]], │ │ │ │ │ ['mutot_582', ['muTot', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a8a74dc947a7a98444cd0fb807326fd46', 1, 'gmx::EnergyData']]], │ │ │ │ │ ['mutotal_5f_583', ['muTotal_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a07040c9d8b88bb36e3d9766d2eed7882', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]], │ │ │ │ │ ['mvcos_584', ['mvcos', ['../classekinstate__t.xhtml#a491bf8fbb3b38d54119245ee42120e92', 1, 'ekinstate_t']]], │ │ │ │ │ ['mwscale_585', ['mwscale', ['../structpull__group__work__t.xhtml#a04353a883c549cb4f1877d148eb00406', 1, 'pull_group_work_t']]], │ │ │ │ │ - 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['next_229', ['next', ['../structgmx__fft__fftpack.xhtml#a17ec9a27f31d3ba60a14e930f20ca280', 1, 'gmx_fft_fftpack::next'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a9af19753b4749ebb287aecd5141df0d1', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::next'], │ │ │ │ │ + ['next_229', ['next', ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a9af19753b4749ebb287aecd5141df0d1', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::next'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01dynamic__extent_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a1bad4b0bda364b2dc302abe4607512a0', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents... >::next'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#a5f3be05793cf0ea48f549894f8fe6fa6', 1, 'gmx_ana_poscalc_t::next'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a9fdde6f3d324aebbb90c4e12e9645485', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::next'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__fft__fftpack.xhtml#a17ec9a27f31d3ba60a14e930f20ca280', 1, 'gmx_fft_fftpack::next'], │ │ │ │ │ ['../structt__symbuf.xhtml#ab0c492ccab37bb7c8315b7430b7aaa27', 1, 't_symbuf::next'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['next_5fextents_5fanalyse_230', ['next_extents_analyse', ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a7e57e8e7bd9b182d5ff296e8fb9b7cf8', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::next_extents_analyse'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01dynamic__extent_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#ab70f7a0a4920340f3f09f9e8eb3d5c29', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents... >::next_extents_analyse'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['next_5fgroup_5findex_231', ['next_group_index', ['../group__module__selection.xhtml#ga721068c6fc50538dc245b27a8c6cf958', 1, 'indexutil.cpp']]], │ │ │ │ │ ['next_5ftype_232', ['next_type', ['../structgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_01CurrentCallParameter_00_01CallParameter_8_8_8_01_4.xhtml#a0555d4d7fc3b4b54776a84f962bacef7', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier< CurrentCallParameter, CallParameter... >']]], │ │ │ │ │ @@ -365,62 +365,62 @@ │ │ │ │ │ ['nfile_244', ['NFILE', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a8485f4e81de2537e6a0935626167a775', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['nfile_5f_245', ['nFile_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#aa52febb5287e6fc6e872816c13efbd3f', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['nforces_246', ['nforces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#ab24e67665d5044ffe1cb14fbd9dcfb56', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['nfp_5fffn_247', ['nfp_ffn', ['../expfit_8cpp.xhtml#a0381a3f406e1b936be009fb50c833804', 1, 'expfit.cpp']]], │ │ │ │ │ ['ngrids_248', ['ngrids', ['../structPmeShared.xhtml#a7ec2b0b4a29f93f872dfc8744ebbcca5', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['ngroup_249', ['ngroup', ['../structt__pullcoord.xhtml#a833f7309760f611835ffa1e255bf82ec', 1, 't_pullcoord']]], │ │ │ │ │ ['ngrp_250', ['ngrp', ['../structt__swap.xhtml#a2d99dab548bfeee6abab00b39559a779', 1, 't_swap']]], │ │ │ │ │ - ['ngtc_251', ['ngtc', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#af6ace003545922285e2a3384dd377cc2', 1, 'CheckpointHeaderContents::ngtc'], │ │ │ │ │ + ['ngtc_251', ['ngtc', ['../structTpxFileHeader.xhtml#ac07dd4af0bce2c2f18a936069fd8628e', 1, 'TpxFileHeader::ngtc'], │ │ │ │ │ ['../classt__state.xhtml#ade0c0efd154b1336530f2f049782f12b', 1, 't_state::ngtc'], │ │ │ │ │ - ['../structTpxFileHeader.xhtml#ac07dd4af0bce2c2f18a936069fd8628e', 1, 'TpxFileHeader::ngtc'] │ │ │ │ │ + ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#af6ace003545922285e2a3384dd377cc2', 1, 'CheckpointHeaderContents::ngtc'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nhack_252', ['nhack', ['../structMoleculePatchDatabase.xhtml#a37eec684265604eb63c24e9cfa5bd2fb', 1, 'MoleculePatchDatabase']]], │ │ │ │ │ ['nhchainlength_253', ['nhchainlength', ['../classt__state.xhtml#a62aa2af58d908ef31d7c2cccfb481ee1', 1, 't_state::nhchainlength'], │ │ │ │ │ ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a088d5470c6f8108623a673b796c823d9', 1, 'CheckpointHeaderContents::nhchainlength'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nhcusage_254', ['NhcUsage', ['../namespacegmx.xhtml#ac8f59b82a88d690750974cad2ecb2d4d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['nhpres_5fvxi_255', ['nhpres_vxi', ['../classt__state.xhtml#aad9a0d825da2388a15eaef5addeba9ad', 1, 't_state::nhpres_vxi'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a0e8319265b9eb8226594a7bd6492a676', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nhpres_vxi'] │ │ │ │ │ + ['nhpres_5fvxi_255', ['nhpres_vxi', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a0e8319265b9eb8226594a7bd6492a676', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nhpres_vxi'], │ │ │ │ │ + ['../classt__state.xhtml#aad9a0d825da2388a15eaef5addeba9ad', 1, 't_state::nhpres_vxi'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['nhpres_5fxi_256', ['nhpres_xi', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a62b4ab2b4bc6e4eb572ac6a9f3d9b48a', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nhpres_xi'], │ │ │ │ │ - ['../classt__state.xhtml#aad70ff9fb16e28b424c2b817618409d0', 1, 't_state::nhpres_xi'] │ │ │ │ │ + ['nhpres_5fxi_256', ['nhpres_xi', ['../classt__state.xhtml#aad70ff9fb16e28b424c2b817618409d0', 1, 't_state::nhpres_xi'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a62b4ab2b4bc6e4eb572ac6a9f3d9b48a', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nhpres_xi'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nhx_257', ['nhx', ['../structt__bb.xhtml#a21cae00a89fd32fdfbaf293490545373', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ │ ['nhydrogens_258', ['nHydrogens', ['../structVirtualSiteConfiguration.xhtml#a1bb9b56fb2933b0895d9e5c836434fe4', 1, 'VirtualSiteConfiguration']]], │ │ │ │ │ ['niceheader_259', ['niceHeader', ['../namespacegmx.xhtml#a7ffeb99198d2e37e902971b17a673a47', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['niceheader_2ecpp_260', ['niceheader.cpp', ['../niceheader_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['niceheader_2eh_261', ['niceheader.h', ['../niceheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nicelevel_262', ['niceLevel', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#ae401a78d576830753b20012c99eee3af', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ │ ['niter_263', ['nIter', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a824b37b2ef7e60c47c602b99401253cb', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['nk_264', ['nk', ['../structPmeShared.xhtml#ad46bca92a6c9fcfab1703a4a543c08ad', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ - ['nlambda_265', ['nlambda', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02freeenergyparameters_8cpp_03_1_1FreeEnergyParameterTestParameters.xhtml#aa38e81dff96e60ddd2840caf586a25f8', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{freeenergyparameters.cpp}::FreeEnergyParameterTestParameters::nLambda'], │ │ │ │ │ + ['nlambda_265', ['nlambda', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#ab66bef502f8f4264009a232ccb2784f2', 1, 'CheckpointHeaderContents::nlambda'], │ │ │ │ │ ['../structdf__history__t.xhtml#a4eb78866873d889cb92ac4c8ae4a9fc5', 1, 'df_history_t::nlambda'], │ │ │ │ │ - ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#ab66bef502f8f4264009a232ccb2784f2', 1, 'CheckpointHeaderContents::nlambda'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02freeenergyparameters_8cpp_03_1_1FreeEnergyParameterTestParameters.xhtml#aa38e81dff96e60ddd2840caf586a25f8', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{freeenergyparameters.cpp}::FreeEnergyParameterTestParameters::nLambda'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nlhelp_266', ['nlhelp', ['../structgmx__ana__selmethod__help__t.xhtml#a6c9953d18124d498c25625b5bbe93ca2', 1, 'gmx_ana_selmethod_help_t']]], │ │ │ │ │ ['nlocat_267', ['nlocat', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a680bd23340caa32d1487edebe29d9d73', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['nmax_268', ['nmax', ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule_1_1Impl.xhtml#a8e5b2f9059d6f17693094a6a4b5128d2', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['nmol_269', ['nmol', ['../classIListProxy.xhtml#af03684eb1f6214d450b0eafe27f6656e', 1, 'IListProxy::nmol()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__molblock__t.xhtml#ad66167c805c7e81d2b03230107f6988e', 1, 'gmx_molblock_t::nmol'], │ │ │ │ │ - ['../structswap__compartment.xhtml#a2e94233e596a0f850f243f40ed3065ad', 1, 'swap_compartment::nMol'] │ │ │ │ │ + ['nmol_269', ['nmol', ['../structswap__compartment.xhtml#a2e94233e596a0f850f243f40ed3065ad', 1, 'swap_compartment::nMol'], │ │ │ │ │ + ['../classIListProxy.xhtml#af03684eb1f6214d450b0eafe27f6656e', 1, 'IListProxy::nmol()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__molblock__t.xhtml#ad66167c805c7e81d2b03230107f6988e', 1, 'gmx_molblock_t::nmol'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nmolav_270', ['nMolAv', ['../structswap__compartment.xhtml#a1c5cf1b43aad0e72e026192e463ef86d', 1, 'swap_compartment']]], │ │ │ │ │ ['nmolbefore_271', ['nMolBefore', ['../structswap__compartment.xhtml#a292f4fa2500a441010023c9153bbddbd', 1, 'swap_compartment']]], │ │ │ │ │ ['nmolpast_272', ['nMolPast', ['../structswap__compartment.xhtml#ae7d83b4eb0caa3600d29b02c66018c75', 1, 'swap_compartment']]], │ │ │ │ │ ['nmolreq_273', ['nMolReq', ['../structswap__compartment.xhtml#a7a969f28baf7c47c1a1c585efb67d042', 1, 'swap_compartment']]], │ │ │ │ │ ['nmoves_274', ['nmoves', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#ac8dd9c7860121f300cbe0e223a6be35c', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ │ ['nmtomrcunits_275', ['nmToMrcUnits', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a526bc78791409ce07ebfe4efc7623802', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['nn_276', ['nn', ['../structPmeShared.xhtml#af90553b49f49f598835c9681c8746a8d', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['nname_277', ['nname', ['../structMoleculePatch.xhtml#a242596f9e718d07894ab32198720544d', 1, 'MoleculePatch']]], │ │ │ │ │ ['nnext_278', ['Nnext', ['../structt__bb.xhtml#ad223cd6a59d5e077cc565766f6f237f5', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ │ ['nnhpres_279', ['nnhpres', ['../classt__state.xhtml#a554d8189a9b63e016efb91957509e623', 1, 't_state::nnhpres'], │ │ │ │ │ ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#adc4e78ec35c4403710adac94141a33fa', 1, 'CheckpointHeaderContents::nnhpres'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['nnodes_280', ['nnodes', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a6b8fa08267c339a937cb223d6b59f22f', 1, 'CheckpointHeaderContents::nnodes'], │ │ │ │ │ - ['../structPmeShared.xhtml#a9a07e823867d654212cdf520e2538121', 1, 'PmeShared::nnodes'] │ │ │ │ │ + ['nnodes_280', ['nnodes', ['../structPmeShared.xhtml#a9a07e823867d654212cdf520e2538121', 1, 'PmeShared::nnodes'], │ │ │ │ │ + ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a6b8fa08267c339a937cb223d6b59f22f', 1, 'CheckpointHeaderContents::nnodes'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nnodesx_281', ['nnodesX', ['../structPmeShared.xhtml#a8452479239784ced7afff1e051830952', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['nnodesy_282', ['nnodesY', ['../structPmeShared.xhtml#a37add1a0f09eb17756daf2c246a87cb8', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['nnpot_2ecpp_283', ['nnpot.cpp', ['../tests_2nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nnpot_2eh_284', ['nnpot.h', ['../nnpot_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -438,34 +438,34 @@ │ │ │ │ │ ['../tests_2nnpotoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nnpotoptions_2eh_294', ['nnpotoptions.h', ['../nnpotoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nnpotparameters_295', ['NNPotParameters', ['../structgmx_1_1NNPotParameters.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_296', ['nnpottopologypreprocessor', ['../classgmx_1_1NNPotTopologyPreprocessor.xhtml#afb131c39ea21535f2f145444d8dbfc5e', 1, 'gmx::NNPotTopologyPreprocessor::NNPotTopologyPreprocessor()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NNPotTopologyPreprocessor.xhtml', 1, 'gmx::NNPotTopologyPreprocessor'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['nnpottopologypreprocessor_2ecpp_297', ['nnpottopologypreprocessor.cpp', ['../tests_2nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['nnpottopologypreprocessor_2ecpp_297', ['nnpottopologypreprocessor.cpp', ['../nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_2eh_298', ['nnpottopologypreprocessor.h', ['../nnpottopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessortest_299', ['NNPotTopologyPreprocessorTest', ['../classgmx_1_1test_1_1NNPotTopologyPreprocessorTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['nnstl_300', ['NNSTL', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#aa7bb25f96f0e989b4b7c45d407a1b63c', 1, 'pairlist_tuning.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['no_301', ['no', ['../md__enums_8h.xhtml#a07be3f2d86a9b6337ff8c4853a0fb8b8abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a6e4efe51c269090a20241639f64bcb03a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'gmx::BiasParams::no'], │ │ │ │ │ - ['../dlbtiming_8h.xhtml#a4c394e83d3a1d89ac14e90553e54dff4a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'no: dlbtiming.h'], │ │ │ │ │ - ['../dlbtiming_8h.xhtml#a187697058dfa34f355e4ee2e8fcf1dc1a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'no: dlbtiming.h'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#af2ca01657023e02580baaaf0c011a60ca7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'gmx::no'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a65a4da1c9de2e9bed752f8b8a3f9f536abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ │ + ['no_301', ['no', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ab1684f724061fbe3bfdd1efde3e715e7abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#abb4f062823c006fc233c4b4bcb0119ecabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#ab1fce6aba35ca024e1ac818bdf1d5d15abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#a4434e158af47f6a5cbc228465ade1511abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ │ + ['../md__enums_8h.xhtml#a07be3f2d86a9b6337ff8c4853a0fb8b8abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#a7f23540ff5222f8735be151f3cbd1b2fabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aa82610508a501aa57b8b5be5054920f2abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::Bias::No'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a65a4da1c9de2e9bed752f8b8a3f9f536abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af2ca01657023e02580baaaf0c011a60ca7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'gmx::no'], │ │ │ │ │ + ['../dlbtiming_8h.xhtml#a187697058dfa34f355e4ee2e8fcf1dc1a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'no: dlbtiming.h'], │ │ │ │ │ + ['../dlbtiming_8h.xhtml#a4c394e83d3a1d89ac14e90553e54dff4a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'no: dlbtiming.h'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aa82610508a501aa57b8b5be5054920f2abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::Bias::No'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a6e4efe51c269090a20241639f64bcb03a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'gmx::BiasParams::no'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['no_5fdelete_302', ['no_delete', ['../structgmx_1_1no__delete.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['no_5fvalue_303', ['NO_VALUE', ['../selvalue_8h.xhtml#a70b42b87d434580bf1493591857b8beca4d694119ce83b62d74ff06b5e017dca8', 1, 'selvalue.h']]], │ │ │ │ │ ['noappending_304', ['NoAppending', ['../namespacegmx.xhtml#afd6f3326407d61e4364f4bfeeebe5f03a95924eff082d0bc6529c77794edce7c8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['nocallparameter_305', ['NoCallParameter', ['../classgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_4_1_1NoCallParameter.xhtml', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier<>']]], │ │ │ │ │ ['nocontentsmatch_306', ['NoContentsMatch', ['../classgmx_1_1test_1_1NoContentsMatch.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['nodeid_307', ['nodeid', ['../structPmeShared.xhtml#a3cb7f7f195edc383281687d9eb107973', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ @@ -474,54 +474,54 @@ │ │ │ │ │ ['nodelete_2eh_310', ['nodelete.h', ['../nodelete_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nodes_311', ['nodes', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Numa.xhtml#a09d015a6bc89da23f7152cbc5495a460', 1, 'gmx::HardwareTopology::Numa']]], │ │ │ │ │ ['noguarantee_312', ['NoGuarantee', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ab1f3d3b15c2fba228004f1fbda97ad53', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['non_20bonded_20algorithm_313', ['The NxM atom-cluster non-bonded algorithm', ['../page_nbnxm.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['non_20bonded_20interaction_20module_314', ['Short-range non-bonded interaction module', ['../group______module__nbnxm.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['non_20bonded_20pair_20interactions_315', ['Non-bonded pair interactions', ['../group__module__nbnxm.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['non_20mdp_20option_20module_20parameters_316', ['Storing non-mdp option module parameters', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md7', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['nonbonded_317', ['nonbonded', ['../namespacegmx.xhtml#a6efc2e8f104eb3699bc82c2b8984cedba661e23745453f323614a6316657bcbde', 1, 'gmx::Nonbonded'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a661e23745453f323614a6316657bcbde', 1, 'gmx::Nonbonded'] │ │ │ │ │ + ['nonbonded_317', ['nonbonded', ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a661e23745453f323614a6316657bcbde', 1, 'gmx::Nonbonded'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a6efc2e8f104eb3699bc82c2b8984cedba661e23745453f323614a6316657bcbde', 1, 'gmx::Nonbonded'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['nonbonded_5fbench_2ecpp_318', ['nonbonded_bench.cpp', ['../tests_2nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['nonbonded_5fbench_2ecpp_318', ['nonbonded_bench.cpp', ['../nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonbonded_5fbench_2eh_319', ['nonbonded_bench.h', ['../nonbonded__bench_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nonbonded_5fverlet_5ft_320', ['nonbonded_verlet_t', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#ab52ad7395380f5bd86727743c6d916a5', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::nonbonded_verlet_t(std::unique_ptr< PairlistSets > pairlistSets, std::unique_ptr< PairSearch > pairSearch, std::unique_ptr< nbnxn_atomdata_t > nbat, const NbnxmKernelSetup &kernelSetup, std::unique_ptr< ExclusionChecker > exclusionChecker, NbnxmGpu *gpu_nbv, gmx_wallcycle *wcycle)'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a674a2426156a932ffe11dea93d5d70bf', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::nonbonded_verlet_t(std::unique_ptr< PairlistSets > pairlistSets, std::unique_ptr< PairSearch > pairSearch, std::unique_ptr< nbnxn_atomdata_t > nbat, const NbnxmKernelSetup &kernelSetup, NbnxmGpu *gpu_nbv)'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonbondedbenchmarkinfo_321', ['NonbondedBenchmarkInfo', ['../classgmx_1_1NonbondedBenchmarkInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['nonbondedlocal_322', ['NonBondedLocal', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a3ea7f7004c07ba95687a12c5fde296db', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['nonbondedmtsfactor_323', ['nonbondedMtsFactor', ['../namespacegmx.xhtml#a8b1859c2d84c94adb221d405d7f26e54', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['nonbondednonlocal_324', ['NonBondedNonLocal', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a514d9d9bc74e877370a078b25d966bc0', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['nonbondedparameters_325', ['nonbondedparameters', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#ad4da57348255f1295f97f81d0837cb1b', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::nonbondedParameters'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#a57bbbdd0b8f33b25e420c00d03ee7c22', 1, 'gmx::test::TestSystem::nonbondedParameters'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonbondedresource_326', ['NonbondedResource', ['../namespacegmx.xhtml#a79c63f3fd301eadebd70b9067aa95b39', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['none_327', ['none', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#a07f2b126c9ee81ac1577b49b18b0bed6a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::CpuInfo::None'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::HardwareTopology::None'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::None'], │ │ │ │ │ + ['none_327', ['none', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5e92a2f6b08c68771eee6ce70555360aa6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aab37976982b986b87613d521381fcb6aa334c4a4c42fdb79d7ebc3e73b517e6f8', 1, 'gmx::none'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#ab93a6e3b6536da328578b42a5cec1f53a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::None'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::None'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af1f7daca823e181e6a313739b0860e71a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aaaed6baed6b584b4f61ce887ea41ea3da6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::None'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#ab93a6e3b6536da328578b42a5cec1f53a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::None'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::None'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::HardwareTopology::None'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#a07f2b126c9ee81ac1577b49b18b0bed6a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::CpuInfo::None'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440ba6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#af1f7daca823e181e6a313739b0860e71a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga7c3572ad84e8f86df4c131e95518c058a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa2d5ea43ccd104c8b0f1f2e7b8cad0c4a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::None'], │ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'None: pme.h'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa9e7df55e017bd726d027d65551bbd0ca6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga7c3572ad84e8f86df4c131e95518c058a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5e92a2f6b08c68771eee6ce70555360aa6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonexistent_328', ['Nonexistent', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888a4ae5e9809862b352a35922a5bcb1bdf3', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ │ ['nonfunctional_329', ['NonFunctional', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888a836c1376187303303ffb10b26f2a4422', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ │ - ['nonlinear_330', ['nonlinear', ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::NonLinear'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::NonLinear'] │ │ │ │ │ + ['nonlinear_330', ['nonlinear', ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::NonLinear'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::NonLinear'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonlocal_331', ['nonlocal', ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548aedf6f2af1e5ce85c8f9ff667192169d0', 1, 'gmx::NonLocal'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521aedf6f2af1e5ce85c8f9ff667192169d0', 1, 'gmx::NonLocal'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonlocal_5fdone_332', ['nonlocal_done', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a7f52cddc739847d1f0177e5200e8ab22', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['nooptionaloutput_333', ['NoOptionalOutput', ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['nopbcjumps_334', ['NoPBCJumps', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a3c9450d09d1b92477398f1a26bbb11bf', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -548,16 +548,16 @@ │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440b', 1, 'gmx::Normalization'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normalizationtype_5f_344', ['normalizationType_', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#a13a7cdfa3b51a59d927b3a6dc101bb48', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock']]], │ │ │ │ │ ['normalizationvalue_5f_345', ['normalizationValue_', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#ad7c3727d885b1c8276f38bcb8d770dd4', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock']]], │ │ │ │ │ ['normalize_5facf_346', ['normalize_acf', ['../autocorr_8cpp.xhtml#a415d5aa1ec90e0366c9754df28f3e180', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ │ ['normalizeblock_347', ['normalizeBlock', ['../namespacegmx.xhtml#a70bac9d01a06d35dc45d86a6bdba4f06', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['normalizedensities_5f_348', ['normalizeDensities_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a108b0f7f69ade1010f60a941430e1434', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ │ - ['normalizefreeenergyandpmfsum_349', ['normalizefreeenergyandpmfsum', ['../namespacegmx.xhtml#ac1a9213632dd1a11d0ad5eb64eb211cc', 1, 'gmx::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a9734176eb05174d67c84c4f6c1d44a6d', 1, 'gmx::PointState::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'] │ │ │ │ │ + ['normalizefreeenergyandpmfsum_349', ['normalizefreeenergyandpmfsum', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a9734176eb05174d67c84c4f6c1d44a6d', 1, 'gmx::PointState::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ac1a9213632dd1a11d0ad5eb64eb211cc', 1, 'gmx::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['normalizeprobability_350', ['normalizeProbability', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#abc1ff464523654b5de9dd88ee7c036b4', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['normalizereferencedensity_351', ['normalizeReferenceDensity', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#aba089e24c17d4a809955ccb7fbcadd74', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup']]], │ │ │ │ │ ['normalizesumpositivevaluestounity_352', ['normalizeSumPositiveValuesToUnity', ['../namespacegmx.xhtml#a327f10cbb6dad34a7a108b93d3f5d4e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['normalizevalue_353', ['normalizevalue', ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#a714ef64c0797beedd1ffe8193b7b35a8', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::normalizeValue()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a7b800b3a96308ce591b6ae34cf5817b6', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValue()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_12.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -455,20 +455,20 @@ │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga72cbfbcd5395b355e242f2ef4284f5c5', 1, 'gmx::operator|(SimdDouble a, SimdDouble b)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga65d3eb9cd43b33b4665dfe676c0e79d2', 1, 'gmx::operator|(SimdDInt32 a, SimdDInt32 b)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a3320b083043b67b957a2a0f0d7afc331', 1, 'gmx::FlagsTemplate::operator|()'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga69973d1808eb0e8e60715d3abf01cd22', 1, 'gmx::operator|(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaf6f2042babc63e1b20b08ed61d859f74', 1, 'gmx::operator|(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['operator_7c_3d_136', ['operator|=', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#ae042cf7992ac906cf26a15a08708b779', 1, 'gmx::FlagsTemplate']]], │ │ │ │ │ - ['operator_7c_7c_137', ['operator||', ['../group__module__simd.xhtml#ga5d5483d15fe15e3c3eaf1e4e90e53f90', 1, 'gmx::operator||(Simd4DBool a, Simd4DBool b)'], │ │ │ │ │ + ['operator_7c_7c_137', ['operator||', ['../group__module__simd.xhtml#gab7b197309edc60323a129fa9620a7400', 1, 'gmx::operator||(SimdFIBool a, SimdFIBool b)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga5d5483d15fe15e3c3eaf1e4e90e53f90', 1, 'gmx::operator||(Simd4DBool a, Simd4DBool b)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaf2ab4b4f3d3e7f6e9a012df64c1d9f3c', 1, 'gmx::operator||(Simd4FBool a, Simd4FBool b)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gad1da27c5bc4fd40afe78810c7b6e0730', 1, 'gmx::operator||(SimdDBool a, SimdDBool b)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga2382ca9a262a0503bb5dcfcec09df671', 1, 'gmx::operator||(SimdDIBool a, SimdDIBool b)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga5595db8a2c813f0ae078285a1b6b8bd3', 1, 'gmx::operator||(SimdFBool a, SimdFBool b)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gab7b197309edc60323a129fa9620a7400', 1, 'gmx::operator||(SimdFIBool a, SimdFIBool b)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga5595db8a2c813f0ae078285a1b6b8bd3', 1, 'gmx::operator||(SimdFBool a, SimdFBool b)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['operator_7e_138', ['operator~', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a38267207d85020c70e257cd26f526077', 1, 'gmx::FlagsTemplate']]], │ │ │ │ │ ['opt_139', ['opt', ['../structt__filenm.xhtml#ae5882b5fc5beeb495f11a2e9307c64aa', 1, 't_filenm']]], │ │ │ │ │ ['opt2bset_140', ['opt2bset', ['../group__module__commandline.xhtml#gaeeff60cfe846f34b5f2c29d786bf125c', 1, 'opt2bSet(const char *opt, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'], │ │ │ │ │ ['../group__module__commandline.xhtml#gaeeff60cfe846f34b5f2c29d786bf125c', 1, 'opt2bSet(const char *opt, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['opt2file_141', ['opt2FILE', ['../group__module__commandline.xhtml#gab26cf759c91577b19db7e87b2922d1b9', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ │ @@ -510,81 +510,81 @@ │ │ │ │ │ ['../tests_2optimization_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optimization_2eh_155', ['optimization.h', ['../optimization_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optimize_5farithmetic_5fexpressions_156', ['optimize_arithmetic_expressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#aa22e901f96e3edaa72c2e222ed75bd01', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['optimize_5fboolean_5fexpressions_157', ['optimize_boolean_expressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#aaf983339164e05e4e7319e88683ca6d6', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['optimize_5fsurface_5fpoints_158', ['optimize_surface_points', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#aadef1b206fd479d83a526a388faa275e', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]], │ │ │ │ │ ['optimizeddcells_159', ['optimizeDDCells', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a0116fb195a0ff21854f683c3d8676b5a', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['option_160', ['option', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#adc99ae3c6896ed469ae9a4aff7423cd9', 1, 'gmx::OptionInfo::option()'], │ │ │ │ │ - ['../structt__pargs.xhtml#a11d53770ae18dbb0a0320c925b4ebc35', 1, 't_pargs::option'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a1ec4a05fce3bfa125c320dd8e0cfc604', 1, 'gmx::OptionInfo::option()'] │ │ │ │ │ + ['option_160', ['option', ['../structt__pargs.xhtml#a11d53770ae18dbb0a0320c925b4ebc35', 1, 't_pargs::option'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a1ec4a05fce3bfa125c320dd8e0cfc604', 1, 'gmx::OptionInfo::option()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#adc99ae3c6896ed469ae9a4aff7423cd9', 1, 'gmx::OptionInfo::option() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['option_20module_20parameters_161', ['Storing non-mdp option module parameters', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md7', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['option_2ecpp_162', ['option.cpp', ['../option_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionfiletype_163', ['OptionFileType', ['../group__module__options.xhtml#ga322a6d38e527f46b273c08583a31665d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionfiletype_2eh_164', ['optionfiletype.h', ['../optionfiletype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionflag_165', ['OptionFlag', ['../namespacegmx.xhtml#ad86fc7354045be1e1456c019b8f97c25', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionflags_166', ['OptionFlags', ['../namespacegmx.xhtml#a0b60cc84dcdf372e00a5084712630993', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionflags_2eh_167', ['optionflags.h', ['../optionflags_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['optioninfo_168', ['optioninfo', ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#ac565fab34f14163b1e8591c73b13179b', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a22c2a72cd49b6566794868f635f363fb', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#adfec3df516810853d338d2a19f3082cb', 1, 'gmx::StringOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#adbdf1a9b814e0e4ce1d33726c51c3527', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['optioninfo_168', ['optioninfo', ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a22c2a72cd49b6566794868f635f363fb', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#a92005e65992f933cee89ac8e73364c26', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml#ae7e23ab9895809f8529112419a0d6868', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a7d87e123198297afec33a2f9e047afea', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#ac565fab34f14163b1e8591c73b13179b', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#adbdf1a9b814e0e4ce1d33726c51c3527', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#adfec3df516810853d338d2a19f3082cb', 1, 'gmx::StringOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DoubleOptionStorage.xhtml#a6a468029afea3a69795399893e9c9e61', 1, 'gmx::DoubleOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Int64OptionStorage.xhtml#a3b575c5b59217bd0f94ff8a44aa1c9b5', 1, 'gmx::Int64OptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::OptionInfo'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a28702d9e5916402f81fe48c541a260bc', 1, 'gmx::OptionInfo::OptionInfo()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a14a9360077f79b7c0f768260fa807796', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BooleanOptionStorage.xhtml#a6dcd9cecae230e1d8f9551d329fb6fbc', 1, 'gmx::BooleanOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IntegerOptionStorage.xhtml#a51929f25babbe05a1b8829acd081702a', 1, 'gmx::IntegerOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DoubleOptionStorage.xhtml#a6a468029afea3a69795399893e9c9e61', 1, 'gmx::DoubleOptionStorage::optionInfo()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BooleanOptionStorage.xhtml#a6dcd9cecae230e1d8f9551d329fb6fbc', 1, 'gmx::BooleanOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a14a9360077f79b7c0f768260fa807796', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a28702d9e5916402f81fe48c541a260bc', 1, 'gmx::OptionInfo::OptionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::OptionInfo'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionlist_169', ['optionlist', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a9bcab8534a29f710047bfcccba220da1', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::OptionList'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#abd2f04d3b754c9be06639ee28a16e0e7', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::OptionList'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionmanagercontainer_170', ['OptionManagerContainer', ['../classgmx_1_1OptionManagerContainer.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionmanagercontainer_2eh_171', ['optionmanagercontainer.h', ['../optionmanagercontainer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionmap_172', ['OptionMap', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#aa8de9d9b14647ede508a45dfb7ebbd22', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ │ ['optionmap_5f_173', ['optionMap_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#aec29c46247eccc69f7ffa3f5c9cebed4', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ │ ['options_174', ['options', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#section_trajectoryanalysisframework_options', 1, 'Input options'], │ │ │ │ │ ['../page_energyanalysisframework.xhtml#section_energyanalysisframework_options', 1, 'Input options'], │ │ │ │ │ ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md83', 1, 'Input options'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#af6fe6e0a4bd11c13b7f64e60dfe59c2b', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder::options()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a488515445eb8fd101a43b1903e64bdbf', 1, 'gmx::Options::Options()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Options.xhtml', 1, 'gmx::Options'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx__reverse__top__t.xhtml#a1784e4b777f6805ec9e792f04fa2b78a', 1, 'gmx_reverse_top_t::options()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a488515445eb8fd101a43b1903e64bdbf', 1, 'gmx::Options::Options()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#af6fe6e0a4bd11c13b7f64e60dfe59c2b', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder::options()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx__reverse__top__t.xhtml#a1784e4b777f6805ec9e792f04fa2b78a', 1, 'gmx_reverse_top_t::options()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['options_20options_175', ['Extensible Handling of Options (options)', ['../group__module__options.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['options_2ecpp_176', ['options.cpp', ['../options_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['options_2eh_177', ['options.h', ['../src_2gromacs_2domdec_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../api_2legacy_2include_2gromacs_2options_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['options_5f_178', ['options_', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a9baa833f1ccfd071e838765eb5de135e', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl::options_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FlagTest.xhtml#af80844cb3a58c500effbefef505aab8b', 1, 'gmx::test::FlagTest::options_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a461bcb33bd4d0aed73b9a02f46963ba4', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::options_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#aa0b581c60a66865d20e59c0b7734729c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::options_'], │ │ │ │ │ + ['options_5f_178', ['options_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a461bcb33bd4d0aed73b9a02f46963ba4', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::options_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a82e46f05bb9b7b80b013b6c614089228', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::options_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#a292a0c6cfed7148f01a99b95d8f8d7f4', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl::options_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a82e46f05bb9b7b80b013b6c614089228', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::options_'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#aa0b581c60a66865d20e59c0b7734729c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::options_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FlagTest.xhtml#af80844cb3a58c500effbefef505aab8b', 1, 'gmx::test::FlagTest::options_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a9baa833f1ccfd071e838765eb5de135e', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl::options_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['options_5fimpl_2eh_179', ['options_impl.h', ['../options__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionsadapter_180', ['optionsadapter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml#a1f9a304d7b9fb1e0ecf1e1241be78a04', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter::OptionsAdapter()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsassigner_181', ['optionsassigner', ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a597cdff9412b378552b0419beb08fb2f', 1, 'gmx::Options::OptionsAssigner'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a1ec73dc8457bd1a10e4542b0617aac2c', 1, 'gmx::OptionsAssigner::OptionsAssigner()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml', 1, 'gmx::OptionsAssigner'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['optionsassigner_2ecpp_182', ['optionsassigner.cpp', ['../optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['optionsassigner_2ecpp_182', ['optionsassigner.cpp', ['../tests_2optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsassigner_2eh_183', ['optionsassigner.h', ['../optionsassigner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['optionsbehaviorcollection_184', ['optionsbehaviorcollection', ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a74526a586cd629ef3cf99fea463e57f1', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::OptionsBehaviorCollection()'] │ │ │ │ │ + ['optionsbehaviorcollection_184', ['optionsbehaviorcollection', ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a74526a586cd629ef3cf99fea463e57f1', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::OptionsBehaviorCollection()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsbehaviorpointer_185', ['OptionsBehaviorPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a059233e5e29d17f821d7f56ef3faa7e4', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['optionsection_186', ['optionsection', ['../classgmx_1_1OptionSection.xhtml#a74841a5d684ddb79e48ced3904fc87c2', 1, 'gmx::OptionSection::OptionSection()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionSection.xhtml', 1, 'gmx::OptionSection'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsection_2eh_187', ['optionsection.h', ['../optionsection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['optionsectionhandle_188', ['optionsectionhandle', ['../classgmx_1_1OptionSectionHandle.xhtml#a45e7721f3ce03848210e7ca441a14aac', 1, 'gmx::OptionSectionHandle::OptionSectionHandle()'], │ │ │ │ │ @@ -592,40 +592,40 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsectionimpl_189', ['optionsectionimpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ad732e164448081e172643b2e192e1d68', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::OptionSectionImpl()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['optionsfilter_190', ['optionsfilter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsFilter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsFilter.xhtml#aacaefce8572e2ffc40493686194daf32', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter::OptionsFilter()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a39dbf3ae0c6cd27e41260525cdc81934', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a0e51c68861417e488fcb2a61b425887a', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#a03b3e6895e314ca7ea90359ed0a3fedd', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1Msd.xhtml#a0b40f3faf4d88711bbabac660aa3f597', 1, 'gmx::analysismodules::Msd::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a96e859a1f8ceb6bd4c430944a4f3faaa', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#ace80320e3379cc01c79e52c2a51e4e56', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule::optionsFinished()'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#gad6e3bdf7096e4c88b9ff8cf4e1ad9739', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Rdf::optionsFinished()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#afa3457cc922f1d16c4c19cec740e0442', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::optionsFinished()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['outerproductzy_5f_273', ['outerproductzy_', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#a76744dcca53d7159aaf07d2b78052dbc', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::outerProductZY_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#a2fe305552e1af0f9f15def4587506c3d', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::outerProductZY_'] │ │ │ │ │ + ['outerproductzy_5f_273', ['outerproductzy_', ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#a2fe305552e1af0f9f15def4587506c3d', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::outerProductZY_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#a76744dcca53d7159aaf07d2b78052dbc', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::outerProductZY_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outf_274', ['outf', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a418bdf83009d84dc28c7ccc0b9591bb1', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['outinit_275', ['outinit', ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#ab6f368546e7a0605669f6ffa9a4e1184', 1, 'gmx_ana_selmethod_t']]], │ │ │ │ │ ['output_276', ['output', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md101', 1, 'Coordinate data output'], │ │ │ │ │ ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md86', 1, 'Output'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['output_20data_20analysisdata_277', ['Parallelizable Handling of Output Data (analysisdata)', ['../group__module__analysisdata.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['output_20data_20handling_278', ['output data handling', ['../page_analysisdata.xhtml', 1, 'Analysis output data handling'], │ │ │ │ │ - ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md100', 1, 'Output data handling'], │ │ │ │ │ - ['../page_energyanalysisframework.xhtml#autotoc_md90', 1, 'Output data handling'] │ │ │ │ │ + ['../page_energyanalysisframework.xhtml#autotoc_md90', 1, 'Output data handling'], │ │ │ │ │ + ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md100', 1, 'Output data handling'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['output_2eh_279', ['output.h', ['../output_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['outputadaptercontainer_280', ['outputadaptercontainer', ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#a24e4389e62ce62e3e170fd0293112ddf', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(unsigned long abilities)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#aaf6aa8b1a9e26274a1184a78b28daf68', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(CoordinateFileFlags abilities)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer'] │ │ │ │ │ + ['outputadaptercontainer_280', ['outputadaptercontainer', ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#aaf6aa8b1a9e26274a1184a78b28daf68', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#a24e4389e62ce62e3e170fd0293112ddf', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputadaptercontainer_2ecpp_281', ['outputadaptercontainer.cpp', ['../tests_2outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputadaptercontainer_2eh_282', ['outputadaptercontainer.h', ['../outputadaptercontainer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['outputadapterpointer_283', ['OutputAdapterPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a931d7c3f10f668b68f3307c9a23aac82', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['outputadapters_2ecpp_284', ['outputadapters.cpp', ['../outputadapters_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['outputadapters_2eh_285', ['outputadapters.h', ['../outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['outputadapters_2eh_285', ['outputadapters.h', ['../tests_2outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputbuffer_286', ['outputbuffer', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a844a4b89e2ec0a9150dd46960e998744', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::outputBuffer(int thread) const'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a6bde4c4dc88ba22650ae13cb977bfffd', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::outputBuffer(int thread)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputbuffers_287', ['outputBuffers', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a13e67345005e7b132821c867340d881d', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ │ ['outputenv_5f_288', ['outputEnv_', ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#aa1aa20355975f59f3a92ff3e3b6926e3', 1, 'gmx::SimulatorEnv']]], │ │ │ │ │ - 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['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#ac25520de7a467ddeec04197c1b5396c9', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::outputFile'] │ │ │ │ │ + ['../classOutputFile.xhtml', 1, 'OutputFile'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputfiles_290', ['outputFiles', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03_1_1StartingBehaviorHandler.xhtml#a9e9db68654dfa6a3ab2e55fc02a5457f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}::StartingBehaviorHandler']]], │ │ │ │ │ ['outputfiles_2ecpp_291', ['outputfiles.cpp', ['../outputfiles_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['outputfilestestparams_292', ['OutputFilesTestParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02outputfiles_8cpp_03.xhtml#a8a8f20526e2ec669992bc40c061b1045', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{outputfiles.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['outputfiletype_293', ['OutputFileType', ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a0d9fdb0da3e9c99ad58a3e02bcd01fbc', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['outputforces_294', ['outputForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a52c053d2f484872840df51fd76eb07d1', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['outputformat_295', ['outputFormat', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a6a6f292ac89470c9070141d96ce46213', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]], │ │ │ │ │ ['outputparametergeneratorfunction_296', ['OutputParameterGeneratorFunction', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4d3f74cfb6fe86190ac6944586d98cc2', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['outputparameters_297', ['outputParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#af69e1aa96a402756bc085f8c0e4a6e3e', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['outputprovider_298', ['outputprovider', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#ac11d6a709c42d71c5d21c183274c2305', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::outputProvider()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#afe126d08665a6d3ccd32c3f569476d52', 1, 'gmx::RestraintMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IMDModule.xhtml#a489c0cac9c871a0f1cc0a95f7a52bc0b', 1, 'gmx::IMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a72cb582ed6d59671da41c5f022338668', 1, 'gmx::MDModules::outputProvider()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml#afbe4b4f15f2fb51dec87524400c3679b', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM::outputProvider()'], │ │ │ │ │ + ['outputprovider_298', ['outputprovider', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml#afbe4b4f15f2fb51dec87524400c3679b', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM::outputProvider()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule__stub_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a6b9f0c069a221b101096f9f68f29c803', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule_stub.cpp}::PlumedMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#ad55fe10b4200308446752ca7e9ff43c9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule.cpp}::PlumedMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nnpot_8cpp_03_1_1NNPotMDModule.xhtml#a60708733d18b2a18c189f54be32b3d1f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nnpot.cpp}::NNPotMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricField.xhtml#a8626e0c00a59d28fb747cd2fee362be1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}::ElectricField::outputProvider()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#ac11d6a709c42d71c5d21c183274c2305', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::outputProvider()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a7dfc4b65e317135bf9116ae6a82e1417', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a62758ceddf7643d6d4ff2f29a53daae4', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::outputProvider()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a62758ceddf7643d6d4ff2f29a53daae4', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a72cb582ed6d59671da41c5f022338668', 1, 'gmx::MDModules::outputProvider()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IMDModule.xhtml#a489c0cac9c871a0f1cc0a95f7a52bc0b', 1, 'gmx::IMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#afe126d08665a6d3ccd32c3f569476d52', 1, 'gmx::RestraintMDModule::outputProvider()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputprovider_5f_299', ['outputProvider_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a189bb18d1e119b20ee50a8573240c1a6', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['outputquantities_300', ['outputquantities', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::OutputQuantities'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::OutputQuantities'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::OutputQuantities'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputrequirementoptiondirector_301', ['OutputRequirementOptionDirector', ['../classgmx_1_1OutputRequirementOptionDirector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['outputrequirements_302', ['OutputRequirements', ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['outputrootentry_5f_303', ['outputrootentry_', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a4e8eac53ae3b582467529619b38399a8', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl::outputRootEntry_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a0a3b479f7489afaa61e604660a15ae19', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl::outputRootEntry_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['outputselector_304', ['outputselector', ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml', 1, 'gmx::OutputSelector'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#adfdcfbbeb5cbf85a8ec3cd2c0c92ab69', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(const Selection &sel)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#af79a9c1cb189a56a816f564b2ab506d6', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(OutputSelector &&old) noexcept=default'] │ │ │ │ │ + ['outputselector_304', ['outputselector', ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#adfdcfbbeb5cbf85a8ec3cd2c0c92ab69', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(const Selection &sel)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#af79a9c1cb189a56a816f564b2ab506d6', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(OutputSelector &&old) noexcept=default'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml', 1, 'gmx::OutputSelector'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['outputselector_2ecpp_305', ['outputselector.cpp', ['../outputselector_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['outputselector_2eh_306', ['outputselector.h', ['../outputselector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['outputselectordeathtest_307', ['OutputSelectorDeathTest', ['../classgmx_1_1test_1_1OutputSelectorDeathTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['outputselectorpointer_308', ['OutputSelectorPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a139b5367368caa9a3189d367ecb2ba36', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['outputsforces_309', ['outputsforces', ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#a3932241bd98dba18e262ac05c53d69ba', 1, 'gmx::INNPotModel::outputsForces()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#a4586a9e3c5c8b909d66de4fb6ec7a9cd', 1, 'gmx::TorchModel::outputsForces()'] │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_13.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -45,22 +45,22 @@ │ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20rvec_20_3e_25', ['PaddedVector< RVec >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['paddedvectortest_26', ['PaddedVectorTest', ['../classgmx_1_1test_1_1PaddedVectorTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['padding_27', ['padding', ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a74a1c9cb3020fc75e8a7afe9c7047d7b', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner']]], │ │ │ │ │ ['paddingtraits_28', ['PaddingTraits', ['../structgmx_1_1detail_1_1PaddingTraits.xhtml', 1, 'gmx::detail']]], │ │ │ │ │ ['pagealignedallocationpolicy_29', ['PageAlignedAllocationPolicy', ['../classgmx_1_1PageAlignedAllocationPolicy.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pagealignedallocator_30', ['PageAlignedAllocator', ['../namespacegmx.xhtml#af01c69345463ebb433d1fedfd356b74a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pagesize_31', ['pageSize', ['../namespacegmx.xhtml#a41f63c30185ee31c10a30e46b7d53f9d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pair_32', ['pair', ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81ad0bd662806a73209a1c6fbe55591fbff', 1, 'gmx::Pair'], │ │ │ │ │ + ['pair_32', ['pair', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistancesSquared.xhtml#af1e781c15cbc8b00f520c621ef583b1a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistancesSquared::pair'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nbnxn__excl__t.xhtml#a6a392653c71a1a8e133e2855d5cab556', 1, 'gmx::nbnxn_excl_t::pair'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistancesSquared.xhtml#af1e781c15cbc8b00f520c621ef583b1a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistancesSquared::pair'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81ad0bd662806a73209a1c6fbe55591fbff', 1, 'gmx::Pair'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pair_20interactions_33', ['Non-bonded pair interactions', ['../group__module__nbnxm.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paircountwithincutoff_34', ['pairCountWithinCutoff', ['../namespacegmx.xhtml#a246c6fa4555b021df975ad1b7f7697c2', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pairdist_2ecpp_35', ['pairdist.cpp', ['../tests_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../modules_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pairdist_2ecpp_35', ['pairdist.cpp', ['../modules_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairdist_2eh_36', ['pairdist.h', ['../pairdist_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairdistance_37', ['PairDistance', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistance.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pairdistancemoduledata_38', ['pairdistancemoduledata', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml#aee31955e41d398a1738d90c17b9448d7', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData::PairDistanceModuleData()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairdistancemoduletest_39', ['PairDistanceModuleTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03.xhtml#a3af93fde09ff573ac749dad72cae4b39', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairdist.cpp}']]], │ │ │ │ │ @@ -68,33 +68,33 @@ │ │ │ │ │ ['pairhash_41', ['pairHash', ['../structgmx_1_1pairHash.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_2ecpp_42', ['pairlist.cpp', ['../tests_2pairlist_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_5fimask_2eh_43', ['pairlist_imask.h', ['../pairlist__imask_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_5fsimd_5fkernel_2ecpp_44', ['pairlist_simd_kernel.cpp', ['../pairlist__simd__kernel_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_5fsimd_5fkernel_2eh_45', ['pairlist_simd_kernel.h', ['../pairlist__simd__kernel_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_5ftuning_2ecpp_46', ['pairlist_tuning.cpp', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_5ftuning_2eh_47', ['pairlist_tuning.h', ['../pairlist__tuning_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairlistcutoff_48', ['pairlistcutoff', ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#a2023ee62d6b1a45f5cc8bce187330699', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::pairlistCutoff'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#a99a1005d4246403b05b8dee487944485', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions::pairlistCutoff'] │ │ │ │ │ + ['pairlistcutoff_48', ['pairlistcutoff', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#a99a1005d4246403b05b8dee487944485', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions::pairlistCutoff'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#a2023ee62d6b1a45f5cc8bce187330699', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::pairlistCutoff'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistinnerradius_49', ['pairlistInnerRadius', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a51c4a118964f4b5213facfd765f76243', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['pairlistissimple_50', ['pairlistIsSimple', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a26c1965627a134ffaf8dc77448ae7f43', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['pairlistouterradius_51', ['pairlistOuterRadius', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a6d5f189da301555a408b19e4b782eb15', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ - ['pairlistparams_52', ['pairlistparams', ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml', 1, 'gmx::PairlistParams'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a5e50f9cb2a367fff511bb6fceb102545', 1, 'gmx::PairlistParams::PairlistParams()'] │ │ │ │ │ + ['pairlistparams_52', ['pairlistparams', ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a5e50f9cb2a367fff511bb6fceb102545', 1, 'gmx::PairlistParams::PairlistParams()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml', 1, 'gmx::PairlistParams'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistparams_2ecpp_53', ['pairlistparams.cpp', ['../pairlistparams_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistparams_2eh_54', ['pairlistparams.h', ['../pairlistparams_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairlistset_55', ['pairlistset', ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a0f73ad8dba4b6b59d20f9488611e1efc', 1, 'gmx::PairlistSets::pairlistSet()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSet'], │ │ │ │ │ + ['pairlistset_55', ['pairlistset', ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSet'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a0f73ad8dba4b6b59d20f9488611e1efc', 1, 'gmx::PairlistSets::pairlistSet()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml#ae43d2e1d2818c66c47426aa57f40c09b', 1, 'gmx::PairlistSet::PairlistSet()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistset_2ecpp_56', ['pairlistset.cpp', ['../pairlistset_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlistset_2eh_57', ['pairlistset.h', ['../pairlistset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairlistsets_58', ['pairlistsets', ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a9375364a83138eae955b23cd199fd891', 1, 'gmx::PairlistSets::PairlistSets()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#aeb0b1a81cdebaac68841abd89635e084', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::pairlistSets()'], │ │ │ │ │ + ['pairlistsets_58', ['pairlistsets', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#aeb0b1a81cdebaac68841abd89635e084', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::pairlistSets()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a9375364a83138eae955b23cd199fd891', 1, 'gmx::PairlistSets::PairlistSets()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSets'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlistsets_2eh_59', ['pairlistsets.h', ['../pairlistsets_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlisttype_60', ['pairlisttype', ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a2c83e42e8b3694d16f22bf12c5d9f7e2', 1, 'gmx::PairlistParams::pairlistType'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a988b986d35cacb4d435767ea6c57a0b5', 1, 'gmx::PairlistType'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairlisttype_5f_61', ['pairlistType_', ['../structgmx_1_1Grid_1_1Geometry.xhtml#a8ded14d0f33cf006304ac9a707cbef4a', 1, 'gmx::Grid::Geometry']]], │ │ │ │ │ @@ -127,34 +127,34 @@ │ │ │ │ │ ['parallelization_77', ['Parallelization', ['../page_analysisdata.xhtml#section_analysisdata_parallelization', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelization_20over_20mpi_78', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelizationfactor_79', ['parallelizationFactor', ['../classgmx_1_1AnalysisDataParallelOptions.xhtml#ad581353e29513839c7ab04f429f50b61', 1, 'gmx::AnalysisDataParallelOptions']]], │ │ │ │ │ ['paralleloptions_2eh_80', ['paralleloptions.h', ['../paralleloptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parallelselection_81', ['parallelSelection', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4e23dbf4cfd2554ac011664b49c1c7e0', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ │ ['parallelselections_82', ['parallelSelections', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4ffe3dec6ef34ae7e6af7a46b9fc7d0b', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ │ ['param_83', ['param', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ace6c727298fe514a14a114f41d00e206', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a843c35d5997b5075c35125a57cd6b937', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#adaa8c7d5f4803f33e80d1811aa0af1f8', 1, 'gmx::NormalDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a0b4956164b6ed61094a550099fa90d3b', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::param'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a35f0e16a9da71056786953c5095ae334', 1, 'gmx::GammaDistribution::param()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#ac5071065401d78716721b2d8512b9f75', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#afd48ccc940b2c37d46c65bbeb5fb7ff3', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::param'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['param_5ftype_84', ['param_type', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >::param_type'], │ │ │ │ │ + ['param_5ftype_84', ['param_type', ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#a9da3288cf64135c00f1d8b4f9886e6bc', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::UniformIntDistribution< IntType >::param_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::ExponentialDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::GammaDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::NormalDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >::param_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a075c414de6d852b230fcf3090828c0ae', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#a3c7af41da301591eda86b7f17f68d5e2', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a6aa16740324937c7444c04eb52ed1a2a', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a479bbfe6aea453e1b93fb6c46b2a586a', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#a945429fd633cd59c2850bf7cd70d88d5', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#a9da3288cf64135c00f1d8b4f9886e6bc', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::param_type()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#a945429fd633cd59c2850bf7cd70d88d5', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::param_type()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['parameterizedmdruntestfixture_85', ['ParameterizedMdrunTestFixture', ['../classgmx_1_1test_1_1ParameterizedMdrunTestFixture.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['parameters_86', ['parameters', ['../page_module_selection_custom.xhtml#selmethods_params', 1, 'Defining parameters'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pull__rotation_8cpp_03.xhtml#af94b35600673f3744fbf6caec27ac27c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pull_rotation.cpp}::Parameters'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a087e8b86cad35f25abf237869a360434', 1, 'gmx::QMMMOptions::parameters()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02virtualsites_8cpp_03_1_1VirtualSiteTest_1_1VirtualSite.xhtml#adf8f8c60fbcbe9df7463a22e5180056e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{virtualsites.cpp}::VirtualSiteTest::VirtualSite::parameters'], │ │ │ │ │ ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md7', 1, 'Storing non-mdp option module parameters'] │ │ │ │ │ @@ -239,27 +239,27 @@ │ │ │ │ │ ['particles_144', ['Interactions between lists of particles', ['../group__module__listed__forces.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['particletypenamea_145', ['particleTypeNameA', ['../classSimulationParticle.xhtml#a496a7fbd86890361e14206c021119b06', 1, 'SimulationParticle']]], │ │ │ │ │ ['particletypenameb_146', ['particleTypeNameB', ['../classSimulationParticle.xhtml#af0b80a3f5d5a292d6a6eca327b34b2cc', 1, 'SimulationParticle']]], │ │ │ │ │ ['partition_147', ['partition', ['../structpartition.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['partition_2ecpp_148', ['partition.cpp', ['../partition_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['partition_2eh_149', ['partition.h', ['../partition_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['partlyuniformdiagonal_150', ['PartlyUniformDiagonal', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbeaa38d3d821130dde2b2f53b5301598da2e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['path_2ecpp_151', ['path.cpp', ['../path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['path_2ecpp_151', ['path.cpp', ['../tests_2path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['path_2eh_152', ['path.h', ['../path_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['path_5f_153', ['path_', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#ae864c01ce9412c5674de823de8c0effb', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl::path_'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1InstallationPrefixInfo.xhtml#a6c5de6c41408d0cf40a07deb808d47fb', 1, 'gmx::InstallationPrefixInfo::path_'] │ │ │ │ │ + ['path_5f_153', ['path_', ['../structgmx_1_1InstallationPrefixInfo.xhtml#a6c5de6c41408d0cf40a07deb808d47fb', 1, 'gmx::InstallationPrefixInfo::path_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#ae864c01ce9412c5674de823de8c0effb', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl::path_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pause_154', ['Pause', ['../namespacegmx.xhtml#aa72f45c17038ea5aae00ba6b17cab901a105b296a83f9c105355403f3332af50f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pbc_155', ['pbc', ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a0fa76fc9cd273da2983f32b5f228e490', 1, 'gmx::Pbc'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a582f593e420137d31acaf230d0b0f4c3', 1, 'gmx::TrajectoryFrame::pbc()'], │ │ │ │ │ + ['pbc_155', ['pbc', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a582f593e420137d31acaf230d0b0f4c3', 1, 'gmx::TrajectoryFrame::pbc()'], │ │ │ │ │ ['../structt__swap.xhtml#aa56af1174023261f045e7846a7736772', 1, 't_swap::pbc'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__sel__evaluate__t.xhtml#ad45dbdc326186b045973ef3ba68bf677', 1, 'gmx_sel_evaluate_t::pbc'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba0fa76fc9cd273da2983f32b5f228e490', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::Pbc'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba0fa76fc9cd273da2983f32b5f228e490', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::Pbc'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a0fa76fc9cd273da2983f32b5f228e490', 1, 'gmx::Pbc'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pbc_2ecpp_156', ['pbc.cpp', ['../pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pbc_5f_157', ['pbc_', ['../structgmx_1_1SelMethodEvalContext.xhtml#ab12ab95ec24bd1ca9d76d39ed729005b', 1, 'gmx::SelMethodEvalContext']]], │ │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_2eh_158', ['pbc_aiuc.h', ['../pbc__aiuc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_5fsycl_2eh_159', ['pbc_aiuc_sycl.h', ['../pbc__aiuc__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -311,37 +311,37 @@ │ │ │ │ │ ['pca_5ftime_5funit_189', ['PCA_TIME_UNIT', ['../group__module__commandline.xhtml#gaee728fbd6eefa75a2ba5321436783f09', 1, 'pargs.h']]], │ │ │ │ │ ['pcc_190', ['pcc', ['../structt__methoddata__pos.xhtml#a6c3f5f28ba101c4f4c0beb6b36108fc8', 1, 't_methoddata_pos::pcc'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#a7ca411d466e27dbd50ab5c115c3f3598', 1, 'gmx_ana_selcollection_t::pcc'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pcomp_191', ['pcomp', ['../namespacegmx.xhtml#a4348fa412ed90d2fc34e3a662700fc14', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pcrd_192', ['pcrd', ['../structt__UmbrellaHeader.xhtml#af3928e9091907c4b80faf2c14e0f6691', 1, 't_UmbrellaHeader']]], │ │ │ │ │ ['pdb2gmx_2ecpp_193', ['pdb2gmx.cpp', ['../tests_2pdb2gmx_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pdbatomentry_194', ['pdbatomentry', ['../classPdbAtomEntry.xhtml#a9e2db6cde6cf306ae454740166a14f0a', 1, 'PdbAtomEntry::PdbAtomEntry(PdbRecordType type, int pdbAtomNumber, char alternativeLocation, const std::string &atomName)'], │ │ │ │ │ - ['../classPdbAtomEntry.xhtml#a85fd7b8e5fc4a9f92e47456562f727ca', 1, 'PdbAtomEntry::PdbAtomEntry(PdbRecordType type, int pdbAtomNumber, char alternativeLocation, const std::string &atomName, std::optional< real > occupancy, std::optional< real > bFactor)'], │ │ │ │ │ + ['pdbatomentry_194', ['pdbatomentry', ['../classPdbAtomEntry.xhtml#a9e2db6cde6cf306ae454740166a14f0a', 1, 'PdbAtomEntry::PdbAtomEntry()'], │ │ │ │ │ + ['../classPdbAtomEntry.xhtml', 1, 'PdbAtomEntry'], │ │ │ │ │ ['../classPdbAtomEntry.xhtml#aa55e1d8e53d49f0cb617b95d0daead1d', 1, 'PdbAtomEntry::PdbAtomEntry(PdbRecordType type, int atomSerialNumber, char alternativeLocation, const std::string &atomName, std::optional< real > occupancy, std::optional< real > bFactor, std::optional< std::array< real, 6 > > anisotropy)'], │ │ │ │ │ - ['../classPdbAtomEntry.xhtml', 1, 'PdbAtomEntry'] │ │ │ │ │ + ['../classPdbAtomEntry.xhtml#a85fd7b8e5fc4a9f92e47456562f727ca', 1, 'PdbAtomEntry::PdbAtomEntry(PdbRecordType type, int pdbAtomNumber, char alternativeLocation, const std::string &atomName, std::optional< real > occupancy, std::optional< real > bFactor)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pdbatomsselection_195', ['PdbAtomsSelection', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03.xhtml#ad52b61bac3000f27e05792835bd38202', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pdihs_196', ['pdihs', ['../uniont__iparams.xhtml#aa25406566fcf86e71a4f6e9ce04898b0', 1, 't_iparams']]], │ │ │ │ │ ['peeraccesscheckstat_197', ['peerAccessCheckStat', ['../gpu__utils__hip_8cpp.xhtml#af4be4b1c17dba2b578332af16c506fae', 1, 'gpu_utils_hip.cpp']]], │ │ │ │ │ ['peerrankid_198', ['peerRankId', ['../structgmx__pme__pp.xhtml#afde76cd2a9bb4a6adbdea033648276de', 1, 'gmx_pme_pp']]], │ │ │ │ │ ['pendinglimit_5f_199', ['pendingLimit_', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#ae5a3ef651453e7c82201e5ec01a29833', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]], │ │ │ │ │ - ['perform3dfft_200', ['perform3dfft', ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSycl.xhtml#a670c41bfb68dcf7c6e58452306418e4f', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSycl::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclBbfft.xhtml#a57f950a0105a1b53bc957f9e8e38491a', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclBbfft::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclRocfft.xhtml#aae39c28ab96ca012506c4d549ce2c89f', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclRocfft::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclMkl.xhtml#a93d5ba6bd421523182013a3d1f75ddf0', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclMkl::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplHipVkFft.xhtml#a7615c4723370e0818dccfeecf23ba80e', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplHipVkFft::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplOclVkfft.xhtml#ae09c32f9be436b8b7f60fc55411c07c8', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplOclVkfft::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplOcl.xhtml#ab0c26f463bbdd314c1cd97d9159556b3', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplOcl::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1Impl.xhtml#af27684bdf75119236b70bee8a0523b12', 1, 'gmx::Gpu3dFft::Impl::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ + ['perform3dfft_200', ['perform3dfft', ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplCuFft.xhtml#a56defb889a6f5693721d93572cbad414', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplCuFft::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplHipRocfft.xhtml#ae931d7a3e396c7256ce0812a75d56796', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplHipRocfft::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclVkfft.xhtml#ac86d6775366567643152fb3a7c206ed9', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclVkfft::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Gpu3dFft.xhtml#aca28e59e8f5227c950932c350ce923c9', 1, 'gmx::Gpu3dFft::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplCuFftMp.xhtml#a0da528f0ee89984076efc9adb99358b3', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplCuFftMp::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplCuFft.xhtml#a56defb889a6f5693721d93572cbad414', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplCuFft::perform3dFft()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplHipVkFft.xhtml#a7615c4723370e0818dccfeecf23ba80e', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplHipVkFft::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1Impl.xhtml#af27684bdf75119236b70bee8a0523b12', 1, 'gmx::Gpu3dFft::Impl::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplOcl.xhtml#ab0c26f463bbdd314c1cd97d9159556b3', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplOcl::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplOclVkfft.xhtml#ae09c32f9be436b8b7f60fc55411c07c8', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplOclVkfft::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSycl.xhtml#a670c41bfb68dcf7c6e58452306418e4f', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSycl::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclBbfft.xhtml#a57f950a0105a1b53bc957f9e8e38491a', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclBbfft::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclMkl.xhtml#a93d5ba6bd421523182013a3d1f75ddf0', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclMkl::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclVkfft.xhtml#ac86d6775366567643152fb3a7c206ed9', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclVkfft::perform3dFft()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1ImplSyclRocfft.xhtml#aae39c28ab96ca012506c4d549ce2c89f', 1, 'gmx::Gpu3dFft::ImplSyclRocfft::perform3dFft()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['performexclusivescan_201', ['performExclusiveScan', ['../namespacegmx.xhtml#a5b55b363f0f26e36e62c1578a1b6465e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['performgpufft_202', ['performGPUFFT', ['../structPmeGpuSettings.xhtml#acd55febef4687f6e60100561011e376a', 1, 'PmeGpuSettings']]], │ │ │ │ │ ['performgpugather_203', ['performGPUGather', ['../structPmeGpuSettings.xhtml#a7e3ea7f4fbd00f68744b214bbc7f7859', 1, 'PmeGpuSettings']]], │ │ │ │ │ ['performgpusolve_204', ['performGPUSolve', ['../structPmeGpuSettings.xhtml#a6c3b97e61f3b90990295c8787e0969cc', 1, 'PmeGpuSettings']]], │ │ │ │ │ ['performoutofplacefft_205', ['performOutOfPlaceFFT', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a271192f0a6345aa3bd4b83558faa3f75', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['performoutofplacefft_5f_206', ['performOutOfPlaceFFT_', ['../classgmx_1_1Gpu3dFft_1_1Impl.xhtml#ad5b457c11b1003d0f2283019235b2f04', 1, 'gmx::Gpu3dFft::Impl']]], │ │ │ │ │ @@ -353,56 +353,56 @@ │ │ │ │ │ ['periodic_5fsystem_210', ['periodic_system', ['../namespacegmx.xhtml#ae179dfb415e41c48af0f167af76ee8e7', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_2ecpp_211', ['periodicactions.cpp', ['../periodicactions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_2eh_212', ['periodicactions.h', ['../periodicactions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_5fbasic_2ecpp_213', ['periodicactions_basic.cpp', ['../periodicactions__basic_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_5fconstraints_2ecpp_214', ['periodicactions_constraints.cpp', ['../periodicactions__constraints_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_5fcoupling_2ecpp_215', ['periodicactions_coupling.cpp', ['../periodicactions__coupling_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactionstest_216', ['PeriodicActionsTest', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['periodicboundaryconditiontype_217', ['periodicboundaryconditiontype', ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a35ebc9f59c874196d1c221eff9ba4d43', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::periodicBoundaryConditionType()'], │ │ │ │ │ + ['periodicboundaryconditiontype_217', ['periodicboundaryconditiontype', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMMSimulationParameterSetup.xhtml#afd7f0fc27df118fb2fc9b8e26dbd9640', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMMSimulationParameterSetup::periodicBoundaryConditionType()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#aaf600d77473e1e28e4bce89374fc4ac1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup::periodicBoundaryConditionType()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMMSimulationParameterSetup.xhtml#afd7f0fc27df118fb2fc9b8e26dbd9640', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMMSimulationParameterSetup::periodicBoundaryConditionType()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a35ebc9f59c874196d1c221eff9ba4d43', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::periodicBoundaryConditionType()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['periodicoutputparameters_218', ['PeriodicOutputParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a8a95772f76da2cd5763629336b253235', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['perlambdainformation_219', ['PerLambdaInformation', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02expandedensemble_8cpp_03_1_1PerLambdaInformation.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{expandedensemble.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['perm_220', ['perm', ['../structmethoddata__permute.xhtml#abb3068bfee5c41aae1c4cf04789cfd85', 1, 'methoddata_permute']]], │ │ │ │ │ ['permitseparatepmeranks_221', ['permitSeparatePmeRanks', ['../classgmx_1_1SeparatePmeRanksPermitted.xhtml#affbc7bca2e5e3d079373843104c367ce', 1, 'gmx::SeparatePmeRanksPermitted']]], │ │ │ │ │ ['persistence_222', ['Persistence', ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md55', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pforce_223', ['pforce', ['../classgmx_1_1LegacyMdrunOptions.xhtml#a612c5dc6fd8cd9c6f480f8dbcec88b6d', 1, 'gmx::LegacyMdrunOptions']]], │ │ │ │ │ - ['pfree_224', ['pfree', ['../pmalloc_8cpp.xhtml#a694eac4cf772758491e8b01f8e9aa893', 1, 'pfree(void *h_ptr, const DeviceContext *): pmalloc.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml#a694eac4cf772758491e8b01f8e9aa893', 1, 'pfree(void *h_ptr, const DeviceContext *): pmalloc_hip.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml#abb6afa9e593fb9117aaef0871ffb8c8b', 1, 'pfree(void *h_ptr, const DeviceContext *deviceContext): pmalloc_sycl.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pfree_224', ['pfree', ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml#abb6afa9e593fb9117aaef0871ffb8c8b', 1, 'pfree(void *h_ptr, const DeviceContext *deviceContext): pmalloc_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pmalloc_8cpp.xhtml#a694eac4cf772758491e8b01f8e9aa893', 1, 'pfree(void *h_ptr, const DeviceContext *): pmalloc.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml#a694eac4cf772758491e8b01f8e9aa893', 1, 'pfree(void *h_ptr, const DeviceContext *): pmalloc_hip.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['phi_225', ['phi', ['../structt__bb.xhtml#a41b7e3b7929f9d886a14901a9c6c263b', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ │ ['physicalnodecommunicator_226', ['physicalnodecommunicator', ['../classgmx_1_1PhysicalNodeCommunicator.xhtml', 1, 'gmx::PhysicalNodeCommunicator'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PhysicalNodeCommunicator.xhtml#a4ee4add56e2eb49612eeafb64e9565c7', 1, 'gmx::PhysicalNodeCommunicator::PhysicalNodeCommunicator()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['physicalnodecommunicator_2ecpp_227', ['physicalnodecommunicator.cpp', ['../physicalnodecommunicator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['physicalnodecommunicator_2eh_228', ['physicalnodecommunicator.h', ['../physicalnodecommunicator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pick_5fnbnxn_5fkernel_229', ['pick_nbnxn_kernel', ['../namespacegmx.xhtml#a1d75a867427985df981ffab34ce3e6ce', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pick_5fnbnxn_5fkernel_5fcpu_230', ['pick_nbnxn_kernel_cpu', ['../namespacegmx.xhtml#ad76f29dc619c5c9b2db29ad0bc289532', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pinnedmemorychecker_2ecpp_231', ['pinnedmemorychecker.cpp', ['../pinnedmemorychecker_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pinningpolicy_232', ['pinningpolicy', ['../namespacegmx.xhtml#abe4caed0469c0de84e0c1c1a81972b38', 1, 'gmx::PinningPolicy'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#aa01c5112f422e024e50d688034609da5', 1, 'gmx::ForceBuffers::pinningPolicy()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#a3a48e719fa31ac4cc93e7b30f32d5620', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::pinningPolicy()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#a3a48e719fa31ac4cc93e7b30f32d5620', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::pinningPolicy()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#aa01c5112f422e024e50d688034609da5', 1, 'gmx::ForceBuffers::pinningPolicy()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pipelineatomend_233', ['pipelineAtomEnd', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#a0f8107e0b13935bce9a1df9471fd494d', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]], │ │ │ │ │ ['pipelineatomstart_234', ['pipelineAtomStart', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#ac45a9f54fe0bd6ab7831a2d255d877dc', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]], │ │ │ │ │ ['pl_5fh2d_235', ['pl_h2d', ['../structgmx_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a9f01b090220b86aefe057c8893ea3022', 1, 'gmx::GpuTimers::Interaction']]], │ │ │ │ │ ['pl_5fh2d_5fc_236', ['pl_h2d_c', ['../structgmx__wallclock__gpu__nbnxn__t.xhtml#accb042927da276091f90e0484dfa40b7', 1, 'gmx_wallclock_gpu_nbnxn_t']]], │ │ │ │ │ ['pl_5fh2d_5ft_237', ['pl_h2d_t', ['../structgmx__wallclock__gpu__nbnxn__t.xhtml#a2b87e6ee0f8ea2e0f0e68fe6e2789b47', 1, 'gmx_wallclock_gpu_nbnxn_t']]], │ │ │ │ │ ['place_5fchild_238', ['place_child', ['../params_8cpp.xhtml#a4f03c9212903cb57ab83f37d1c3b8712', 1, 'params.cpp']]], │ │ │ │ │ ['placecoordinateswithcominbox_239', ['placeCoordinatesWithCOMInBox', ['../namespacegmx.xhtml#a5ec110d97fdb720c33192280332d9800', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['placeselectionsinrequests_240', ['placeSelectionsInRequests', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#ab547898cd88fdd6a7a2341f5686b6eca', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['plainasserthelper_241', ['plainAssertHelper', ['../group__module__testutils.xhtml#gae9b29d32f4bd98d7af90115c230709d4', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - 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['pme_2ecpp_276', ['pme.cpp', ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pme_2ecpp_276', ['pme.cpp', ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_2eh_277', ['pme.h', ['../pme_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcalc_5fpidx_278', ['pme_calc_pidx', ['../pme__redistribute_8cpp.xhtml#a7ecc9aef79380a045871dc5e00190695', 1, 'pme_redistribute.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcalc_5fpidx_5fwrapper_279', ['pme_calc_pidx_wrapper', ['../pme__redistribute_8cpp.xhtml#a91aacccf9c8906e7a5d4e26131820302', 1, 'pme_redistribute.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_2eh_280', ['pme_coordinate_receiver_gpu.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2ecpp_281', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.cpp', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2eh_282', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -466,56 +466,56 @@ │ │ │ │ │ ['pme_5fforce_5fsender_5fgpu_5fimpl_5fgpu_5fsycl_2ecpp_289', ['pme_force_sender_gpu_impl_gpu_sycl.cpp', ['../pme__force__sender__gpu__impl__gpu__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgather_5fsycl_2ecpp_290', ['pme_gather_sycl.cpp', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgather_5fsycl_2eh_291', ['pme_gather_sycl.h', ['../pme__gather__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fget_5fpinning_5fpolicy_292', ['pme_get_pinning_policy', ['../pme_8cpp.xhtml#ace2ad200713ffbae9c71d92d92a83d6f', 1, 'pme_get_pinning_policy(): pme.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#ace2ad200713ffbae9c71d92d92a83d6f', 1, 'pme_get_pinning_policy(): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_2ecpp_293', ['pme_gpu.cpp', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['pme_5fgpu_5fclear_5fgrids_301', ['pme_gpu_clear_grids', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a3ae2f70dd55ebfd5c00d0e13706d9730', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fclear_5fgrids_301', ['pme_gpu_clear_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a3ae2f70dd55ebfd5c00d0e13706d9730', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fconstants_2eh_302', ['pme_gpu_constants.h', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5fcommon_5fdata_5ffrom_303', ['pme_gpu_copy_common_data_from', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a96a23ba273d3788baab82d8c71854663', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fforces_304', ['pme_gpu_copy_input_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5db280d2fe0d5ea1ab7784b55d7b5326', 1, 'pme_gpu_copy_input_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5db280d2fe0d5ea1ab7784b55d7b5326', 1, 'pme_gpu_copy_input_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fgather_5fatom_5fdata_305', ['pme_gpu_copy_input_gather_atom_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0f637186d789670a691718b6e2093dcb', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_atom_data(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a0f637186d789670a691718b6e2093dcb', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_atom_data(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fgather_5fgrid_306', ['pme_gpu_copy_input_gather_grid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a81cfe2ee3d481faa62f8bb0c19e7d576', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_grid(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_grid, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aee24c48e3382216a39464d7737472dba', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_grid(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_grid, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fforces_307', ['pme_gpu_copy_output_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fforces_307', ['pme_gpu_copy_output_forces', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fspread_5fatom_5fdata_308', ['pme_gpu_copy_output_spread_atom_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5eda5784aafed0ed566c599d35eb5ad9', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_atom_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5eda5784aafed0ed566c599d35eb5ad9', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_atom_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fspread_5fgrid_309', ['pme_gpu_copy_output_spread_grid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a04419748e0f03bdc420c0a03df335ea6', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_grid, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a3a2ac9f347d7bdd0bb806cdc26a570f0', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_grid, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fdestroy_310', ['pme_gpu_destroy', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7e5ef8957b2366acbb1eb097aa06d755', 1, 'pme_gpu_destroy(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fdestroy_310', ['pme_gpu_destroy', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#af165b87171cc0c262dd34bf71944277c', 1, 'pme_gpu_destroy(PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7e5ef8957b2366acbb1eb097aa06d755', 1, 'pme_gpu_destroy(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#af165b87171cc0c262dd34bf71944277c', 1, 'pme_gpu_destroy(PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7e5ef8957b2366acbb1eb097aa06d755', 1, 'pme_gpu_destroy(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fdestroy_5f3dfft_311', ['pme_gpu_destroy_3dfft', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a04c25cffa052c81d0c7b201e40da4010', 1, 'pme_gpu_destroy_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a04c25cffa052c81d0c7b201e40da4010', 1, 'pme_gpu_destroy_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffetch_5ftiming_5fevent_312', ['pme_gpu_fetch_timing_event', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6796958266d860e837119e6a0d4e6b99', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5fbspline_5fvalues_313', ['pme_gpu_free_bspline_values', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a16accf532e5ae00a844b2ae0ba70e164', 1, 'pme_gpu_free_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a16accf532e5ae00a844b2ae0ba70e164', 1, 'pme_gpu_free_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ @@ -525,249 +525,249 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5fenergy_5fvirial_315', ['pme_gpu_free_energy_virial', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#abf81c931d4564000972c2c860ac5e64b', 1, 'pme_gpu_free_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#abf81c931d4564000972c2c860ac5e64b', 1, 'pme_gpu_free_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5fforces_316', ['pme_gpu_free_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a59705d17c95ae26dcf4e5c9d3cad7686', 1, 'pme_gpu_free_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a59705d17c95ae26dcf4e5c9d3cad7686', 1, 'pme_gpu_free_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fatom_5fdata_5fblock_5fsize_323', ['pme_gpu_get_atom_data_block_size', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fatoms_5fper_5fwarp_324', ['pme_gpu_get_atoms_per_warp', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a2e649b5d018f122d49bdfcb6cc6fdad7', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fatoms_5fper_5fwarp_324', ['pme_gpu_get_atoms_per_warp', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a2e649b5d018f122d49bdfcb6cc6fdad7', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fblock_5fsize_325', ['pme_gpu_get_block_size', ['../pme_8h.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fblock_5fsize_325', ['pme_gpu_get_block_size', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fdevice_5ff_326', ['pme_gpu_get_device_f', ['../pme_8h.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fdevice_5ff_326', ['pme_gpu_get_device_f', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5ff_5fready_5fsynchronizer_327', ['pme_gpu_get_f_ready_synchronizer', ['../pme_8h.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5ff_5fready_5fsynchronizer_327', ['pme_gpu_get_f_ready_synchronizer', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fforces_5fready_5fsynchronizer_328', ['pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a05aba625a13a6a56b6500455c5c694d0', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fforces_5fready_5fsynchronizer_328', ['pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ef8d526f95f670f71964754f4284b63', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7ef8d526f95f670f71964754f4284b63', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ef8d526f95f670f71964754f4284b63', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a05aba625a13a6a56b6500455c5c694d0', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5fkernel_5fparams_5fbase_5fptr_329', ['pme_gpu_get_kernel_params_base_ptr', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aa2ad1e440d1af983cbfd439174464b49', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5fkernelparam_5fforces_330', ['pme_gpu_get_kernelparam_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a55d139b61b461eb90585ffea67a5e9fe', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a55d139b61b461eb90585ffea67a5e9fe', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5freal_5fgrid_5fsizes_331', ['pme_gpu_get_real_grid_sizes', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a83c4008ef73685e647a9339e7041f897', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *, gmx::IVec *, gmx::IVec *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5ftimings_332', ['pme_gpu_get_timings', ['../pme_8h.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a85f2f2d0483eaf2d505ea368d4a46b2f', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *, gmx_wallclock_gpu_pme_t *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac600d44fbeb29e467155b1b193410908', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac600d44fbeb29e467155b1b193410908', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fgetenergyandvirial_333', ['pme_gpu_getenergyandvirial', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a824970c42d175c13b7da6b79724e52f1', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &, float, PmeOutput *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ad805493968044b8ea20ca896df57cee6', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, const float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fgetenergyandvirial_333', ['pme_gpu_getenergyandvirial', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ad805493968044b8ea20ca896df57cee6', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, const float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a824970c42d175c13b7da6b79724e52f1', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &, float, PmeOutput *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a24c100588326826423d72c10d7d6a51a', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgetforceoutput_334', ['pme_gpu_getForceOutput', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a05a1d81709288e6ef5b2e6ad93fdd117', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fgetoutput_335', ['pme_gpu_getoutput', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#acc224f03ba4e2b17d466220bf452c39c', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, const bool computeEnergyAndVirial, const real lambdaQ): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aca95df16ac604534d23d6ce81dac2f14', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, bool computeEnergyAndVirial, real lambdaQ): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fgetoutput_335', ['pme_gpu_getoutput', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aca95df16ac604534d23d6ce81dac2f14', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, bool computeEnergyAndVirial, real lambdaQ): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#acc224f03ba4e2b17d466220bf452c39c', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, const bool computeEnergyAndVirial, const real lambdaQ): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a403d14364f55515b0b066319e3fb9081', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *, bool, real): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgrid_2eh_336', ['pme_gpu_grid.h', ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgrid_5fsycl_2ecpp_337', ['pme_gpu_grid_sycl.cpp', ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fhip_5fstubs_2ecpp_338', ['pme_gpu_hip_stubs.cpp', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finit_339', ['pme_gpu_init', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aef5228578c02553a77c64e4c9158dd32', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finit_5finternal_340', ['pme_gpu_init_internal', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aed9a58810b26887c1710ecc3787b3e14', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finternal_2ecpp_341', ['pme_gpu_internal.cpp', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finternal_2eh_342', ['pme_gpu_internal.h', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5flaunch_5fcomplex_5ftransforms_343', ['pme_gpu_launch_complex_transforms', ['../pme_8h.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5flaunch_5fcomplex_5ftransforms_343', ['pme_gpu_launch_complex_transforms', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5flaunch_5fgather_344', ['pme_gpu_launch_gather', ['../pme_8h.xhtml#a2a0db53484996329dcaf9b11adee65be', 1, 'pme.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5flaunch_5fspread_345', ['pme_gpu_launch_spread', ['../pme_8h.xhtml#a01b11dfe5686b424b0593a42c5b89c57', 1, 'pme_gpu_launch_spread(gmx_pme_t *pme, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx_wallcycle *wcycle, real lambdaQ, bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, bool useMdGpuGraph): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a946b49715f34db33df029618ccc0c158', 1, 'pme_gpu_launch_spread(gmx_pme_t *pme, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx_wallcycle *wcycle, const real lambdaQ, const bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, const bool useMdGpuGraph): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fmixed_5fmode_5fsupports_5finput_346', ['pme_gpu_mixed_mode_supports_input', ['../pme_8h.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fmixed_5fmode_5fsupports_5finput_346', ['pme_gpu_mixed_mode_supports_input', ['../pme_8cpp.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5focl_5fstubs_2ecpp_347', ['pme_gpu_ocl_stubs.cpp', ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprepare_5fcomputation_348', ['pme_gpu_prepare_computation', ['../pme_8h.xhtml#a7a08872ce2f6e3488eb69ba87e23653c', 1, 'pme_gpu_prepare_computation(gmx_pme_t *pme, const matrix box, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a7a08872ce2f6e3488eb69ba87e23653c', 1, 'pme_gpu_prepare_computation(gmx_pme_t *pme, const matrix box, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_2ecpp_349', ['pme_gpu_program.cpp', ['../pme__gpu__program_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_2eh_350', ['pme_gpu_program.h', ['../pme__gpu__program_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_2ecpp_351', ['pme_gpu_program_impl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_2eh_352', ['pme_gpu_program_impl.h', ['../pme__gpu__program__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5fhip_2ecpp_353', ['pme_gpu_program_impl_hip.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5focl_2ecpp_354', ['pme_gpu_program_impl_ocl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5fsycl_2ecpp_355', ['pme_gpu_program_impl_sycl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5fbspline_5fvalues_356', ['pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a2c7a5b7bfca0d09110c6956bf28cd819', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aca7595bc703f478dcd681ffd7bc1429a', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5fbspline_5fvalues_356', ['pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aca7595bc703f478dcd681ffd7bc1429a', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a2c7a5b7bfca0d09110c6956bf28cd819', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5ffract_5fshifts_357', ['pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5finput_5fcoefficients_358', ['pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aa8dd08c09a068f579a0b7fc93d4d50e6', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_coefficients, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a67eb2fb88a118b6e01b2cbf034066b13', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_coefficients, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fforces_359', ['pme_gpu_realloc_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5272eaf88e7b1110676df6cf6acc95e3', 1, 'pme_gpu_realloc_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5272eaf88e7b1110676df6cf6acc95e3', 1, 'pme_gpu_realloc_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5frealloc_5fgrid_5findices_360', ['pme_gpu_realloc_grid_indices', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5frealloc_5fgrid_5findices_360', ['pme_gpu_realloc_grid_indices', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fgrids_361', ['pme_gpu_realloc_grids', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a39b72f968b9907393e23b9d9ce37fd6d', 1, 'pme_gpu_realloc_grids(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a39b72f968b9907393e23b9d9ce37fd6d', 1, 'pme_gpu_realloc_grids(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5frealloc_5fspline_5fdata_362', ['pme_gpu_realloc_spline_data', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5frealloc_5fspline_5fdata_362', ['pme_gpu_realloc_spline_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freduce_5foutputs_363', ['pme_gpu_reduce_outputs', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#aaf47ad78db265afaa89c4d7da47c193d', 1, 'pme_gpu.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freinit_364', ['pme_gpu_reinit', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aa4521c86701bbc46046ef691c5c90a05', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, bool useMdGpuGraph): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a82a91a7b7a83fb239a435e436e6f0b45', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *, const DeviceContext *, const DeviceStream *, const PmeGpuProgram *, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a77a7dd7ff510e6ad00a349b5db7919ad', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const bool useMdGpuGraph): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freinit_364', ['pme_gpu_reinit', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a82a91a7b7a83fb239a435e436e6f0b45', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *, const DeviceContext *, const DeviceStream *, const PmeGpuProgram *, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a77a7dd7ff510e6ad00a349b5db7919ad', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const bool useMdGpuGraph): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aa4521c86701bbc46046ef691c5c90a05', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, bool useMdGpuGraph): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5f3dfft_365', ['pme_gpu_reinit_3dfft', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ad9aa90037c75c67926f87351dd081d5a', 1, 'pme_gpu_reinit_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ad9aa90037c75c67926f87351dd081d5a', 1, 'pme_gpu_reinit_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fatoms_366', ['pme_gpu_reinit_atoms', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ae0628fe742af1d2bf49863997641b78c', 1, 'pme_gpu_reinit_atoms(PmeGpu *, int, const real *, const real *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4df33a26719ac64f61e94b5ce01160a9', 1, 'pme_gpu_reinit_atoms(PmeGpu *pmeGpu, const int nAtoms, const real *chargesA, const real *chargesB): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a201b9116043f3496c6068c8f375c890b', 1, 'pme_gpu_reinit_atoms(PmeGpu *pmeGpu, int nAtoms, const real *chargesA, const real *chargesB=nullptr): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freinit_5fcomputation_367', ['pme_gpu_reinit_computation', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a69066d5a6d2bd3cfd48c22a7da4fd88b', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.h'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freinit_5fcomputation_367', ['pme_gpu_reinit_computation', ['../pme_8h.xhtml#a41dcb7d9217379d8ad3e87f9a7cd5fa0', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const gmx_pme_t *pme, bool gpuGraphWithSeparatePmeRank, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a481cc886c2112861c0e1c0c89571ec78', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const gmx_pme_t *pme, const bool gpuGraphWithSeparatePmeRank, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#a41dcb7d9217379d8ad3e87f9a7cd5fa0', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const gmx_pme_t *pme, bool gpuGraphWithSeparatePmeRank, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a69066d5a6d2bd3cfd48c22a7da4fd88b', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fgrids_368', ['pme_gpu_reinit_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0f87f8ca2058ea113ad2bc7287682576', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fhaloexchange_369', ['pme_gpu_reinit_haloexchange', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5ftimings_370', ['pme_gpu_reinit_timings', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a9c284dcfaf880ba6a57b6e687e891514', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freset_5ftimings_371', ['pme_gpu_reset_timings', ['../pme_8h.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freset_5ftimings_371', ['pme_gpu_reset_timings', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a5db4fbfad6df6fbe13005f4edfa15203', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fselect_5fbest_5fperforming_5fpme_5fspreadgather_5fkernels_372', ['pme_gpu_select_best_performing_pme_spreadgather_kernels', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9d51e813ca855b79f0c51e2afb0210f7', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fset_5fdevice_5fx_373', ['pme_gpu_set_device_x', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fset_5fdevice_5fx_373', ['pme_gpu_set_device_x', ['../pme_8h.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fset_5fkernelparam_5fcoordinates_374', ['pme_gpu_set_kernelparam_coordinates', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#aeff8c61bc59d380068266566e3299383', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *, DeviceBuffer< gmx::RVec >): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a87c93dac2b9eaf3cd5b42b4ada227dad', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *pmeGpu, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a87c93dac2b9eaf3cd5b42b4ada227dad', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *pmeGpu, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fset_5ftesting_375', ['pme_gpu_set_testing', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a09e861258a4869a92963dd6c30147491', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsettings_376', ['pme_gpu_settings', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adf2d698f4198c98ac05fe914a77bc044', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsettings_2eh_377', ['pme_gpu_settings.h', ['../pme__gpu__settings_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsolve_378', ['pme_gpu_solve', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af8d0dec13ce7987b901a14535dc3e8ba', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsolve_378', ['pme_gpu_solve', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#af3bfad0b60a9efe624ab936507274ecc', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *, int, t_complex *, GridOrdering, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a70b4c1a84efc404cce76070f3f3ce890', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#af3bfad0b60a9efe624ab936507274ecc', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *, int, t_complex *, GridOrdering, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af8d0dec13ce7987b901a14535dc3e8ba', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fspread_379', ['pme_gpu_spread', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#adf90da8a052dd8963dcfab33a1527832', 1, 'pme_gpu_spread(PmeGpu *, GpuEventSynchronizer *, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids >, bool, bool, real, bool, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *, bool, gmx_wallcycle *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4c90fbabf607be9d8770ec79dc1a8e15', 1, 'pme_gpu_spread(PmeGpu *pmeGpu, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, bool computeSplines, bool spreadCharges, const real lambda, const bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, const bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae62786a4a17a28d9eda73c27ca41da59', 1, 'pme_gpu_spread(PmeGpu *pmeGpu, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, bool computeSplines, bool spreadCharges, real lambda, bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstaging_380', ['pme_gpu_staging', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a3b8551b9b2de203257c86d48d9d7fb62', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstaging_2eh_381', ['pme_gpu_staging.h', ['../pme__gpu__staging_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['pme_5fgpu_5fsupports_5finput_386', ['pme_gpu_supports_input', ['../pme_8h.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsupports_5finput_386', ['pme_gpu_supports_input', ['../pme_8cpp.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsync_5fspread_5fgrid_387', ['pme_gpu_sync_spread_grid', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsync_5fspread_5fgrid_387', ['pme_gpu_sync_spread_grid', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a0de296950eadc8a0f95eddbb866c480c', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a0de296950eadc8a0f95eddbb866c480c', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsynchronize_388', ['pme_gpu_synchronize', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsynchronize_388', ['pme_gpu_synchronize', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ac642782421fd2e7b2eda79f236975cd8', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ac642782421fd2e7b2eda79f236975cd8', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftask_5fenabled_389', ['pme_gpu_task_enabled', ['../pme_8h.xhtml#a9faddde52f5a636410141f52cc95d3e1', 1, 'pme.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_2ecpp_390', ['pme_gpu_timings.cpp', ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_2eh_391', ['pme_gpu_timings.h', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_5fenabled_392', ['pme_gpu_timings_enabled', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac5abc85de943c25b69dc29df0f88c0d4', 1, 'pme_gpu_timings_enabled(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac5abc85de943c25b69dc29df0f88c0d4', 1, 'pme_gpu_timings_enabled(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftransform_5fspline_5fatom_5fdata_393', ['pme_gpu_transform_spline_atom_data', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a2d532705f5ffbc2f6fd4617d1111cc81', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftry_5ffinish_5ftask_394', ['pme_gpu_try_finish_task', ['../pme_8h.xhtml#aecf67d9094f45a741a7f1c74f27a49e7', 1, 'pme_gpu_try_finish_task(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, real lambdaQ, GpuTaskCompletion completionKind): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a121a7f787647a8313878cf785fe15d76', 1, 'pme_gpu_try_finish_task(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, const real lambdaQ, GpuTaskCompletion completionKind): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftypes_2eh_395', ['pme_gpu_types.h', ['../pme__gpu__types_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftypes_5fhost_2eh_396', ['pme_gpu_types_host.h', ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftypes_5fhost_5fimpl_2eh_397', ['pme_gpu_types_host_impl.h', ['../pme__gpu__types__host__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a0588378ce36eda8bc7a685875ba4b3ae', 1, 'pme_gpu_update_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ae1ffe34b05c602e60d0087b8d38346b5', 1, 'pme_gpu_update_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fuse_5fnvshmem_400', ['pme_gpu_use_nvshmem', ['../pme_8h.xhtml#ae16d2dd2e147f746806b1cedb0e90049', 1, 'pme_gpu_use_nvshmem(PmeGpu *pmeGpu, bool useNvshmem): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#ae16d2dd2e147f746806b1cedb0e90049', 1, 'pme_gpu_use_nvshmem(PmeGpu *pmeGpu, bool useNvshmem): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fwait_5fand_5freduce_401', ['pme_gpu_wait_and_reduce', ['../pme_8h.xhtml#adcf095134b3b28e36e32dc65fbb74990', 1, 'pme_gpu_wait_and_reduce(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, real lambdaQ): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a10a5a598f5d8e27ab6e4b3096919637d', 1, 'pme_gpu_wait_and_reduce(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, const real lambdaQ): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['pme_5floadbal_5fis_5factive_413', ['pme_loadbal_is_active', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pme_5floadbal_5fis_5factive_413', ['pme_loadbal_is_active', ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_5fonly_2eh_414', ['pme_only.h', ['../pme__only_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5forder_415', ['pme_order', ['../structPmeShared.xhtml#a2c1fecac21d22a25c4db7ea4ed217d5e', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['pme_5forder_5fmax_416', ['PME_ORDER_MAX', ['../pme__internal_8h.xhtml#a0b5842a3b64b78d81e64d305d93fb444', 1, 'pme_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['pme_5foutput_2eh_417', ['pme_output.h', ['../pme__output_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fpp_2ecpp_418', ['pme_pp.cpp', ['../pme__pp_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fpp_2eh_419', ['pme_pp.h', ['../pme__pp_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -798,17 +798,17 @@ │ │ │ │ │ ['pmecorrfunction_442', ['pmeCorrFunction', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#a114b7bdef1d5775f3aee743a549c9d08', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pmedata_443', ['pmedata', ['../structpme__setup__t.xhtml#a24d77a179605be8e30e0042930172072', 1, 'pme_setup_t']]], │ │ │ │ │ ['pmefinalizetest_444', ['pmeFinalizeTest', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a1edd6d8cc0e4fa820be454dbf3877f4f', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmeforcecorrection_445', ['pmeforcecorrection', ['../namespacegmx.xhtml#a5275f264f1c6da2502ec03e8fbf855a4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(double z2)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a1e5b1230d0301fa6760e34d7641ca7e4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(float z2)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmeforcecorrectionsingleaccuracy_446', ['pmeForceCorrectionSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#abd18f07b8fd19f03f12442211982db53', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pmeforcesendergpu_447', ['pmeforcesendergpu', ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#adebce74b420495046e8211be15c53bae', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::PmeForceSenderGpu()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a23d50db5d4950d91a794b4ffb101b531', 1, 'gmx_pme_pp::pmeForceSenderGpu'] │ │ │ │ │ + ['pmeforcesendergpu_447', ['pmeforcesendergpu', ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#adebce74b420495046e8211be15c53bae', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::PmeForceSenderGpu()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a23d50db5d4950d91a794b4ffb101b531', 1, 'gmx_pme_pp::pmeForceSenderGpu'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmeforcesready_448', ['pmeForcesReady', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#ab767da2851abd9a401e9a83101176230', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['pmegatherkernel_449', ['pmeGatherKernel', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml#aa72cdc234e8e46990c97e36ded8fa09b', 1, 'pme_gather_sycl.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pmegathertest_2ecpp_450', ['pmegathertest.cpp', ['../pmegathertest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegetcomplexgrid_451', ['pmeGetComplexGrid', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a15dd98cb3ef7e76e595ee9643e99a301', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmegetcomplexgridinternal_452', ['pmeGetComplexGridInternal', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a6e3a33b07d7a07d364adb41606108d51', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmegetcomplexgridsizesinternal_453', ['pmeGetComplexGridSizesInternal', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a611b81b5fa91c5af3a1d55f0dcccd403', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ @@ -826,64 +826,64 @@ │ │ │ │ │ ['pmegetsplinedatainternal_465', ['pmeGetSplineDataInternal', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a89ce822256e5c1307a850837c8ab23a0', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmegpu_466', ['PmeGpu', ['../structPmeGpu.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpuatomparams_467', ['PmeGpuAtomParams', ['../structPmeGpuAtomParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpucheckatomcharge_468', ['pmeGpuCheckAtomCharge', ['../pme__gpu__calculate__splines__sycl_8h.xhtml#a2bcd422ff33a51339b82bf55019590e2', 1, 'pme_gpu_calculate_splines_sycl.h']]], │ │ │ │ │ ['pmegpuconstparams_469', ['PmeGpuConstParams', ['../structPmeGpuConstParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpucreategrid_470', ['pmeGpuCreateGrid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ae10d979ffdf2422ac3e11f5dc6fa7d3c', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pmegpudynamicparams_471', ['PmeGpuDynamicParams', ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pmegpugridhaloexchange_472', ['pmegpugridhaloexchange', ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ + ['pmegpugridhaloexchange_472', ['pmegpugridhaloexchange', ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a27a826956f0aa8c1927c8fe235f017a3', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a27a826956f0aa8c1927c8fe235f017a3', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmegpugridhaloexchangereverse_473', ['pmegpugridhaloexchangereverse', ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a6b2310ae91449944562c827d41a60841', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmegpugridparams_474', ['PmeGpuGridParams', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpuhaloexchange_475', ['PmeGpuHaloExchange', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpukernelparams_476', ['PmeGpuKernelParams', ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml#a90fa9b88804bde8212648c88b6420060', 1, 'pme_gpu_types_host.h']]], │ │ │ │ │ ['pmegpukernelparamsbase_477', ['PmeGpuKernelParamsBase', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pmegpuprogram_478', ['pmegpuprogram', ['../classPmeGpuProgram.xhtml#aa7e861bd577b2173e248c5bf9fb5ef0e', 1, 'PmeGpuProgram::PmeGpuProgram()'], │ │ │ │ │ - ['../classPmeGpuProgram.xhtml', 1, 'PmeGpuProgram'] │ │ │ │ │ + ['pmegpuprogram_478', ['pmegpuprogram', ['../classPmeGpuProgram.xhtml', 1, 'PmeGpuProgram'], │ │ │ │ │ + ['../classPmeGpuProgram.xhtml#aa7e861bd577b2173e248c5bf9fb5ef0e', 1, 'PmeGpuProgram::PmeGpuProgram()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmegpuprogramimpl_479', ['pmegpuprogramimpl', ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml', 1, 'PmeGpuProgramImpl'], │ │ │ │ │ ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#aaa32b034422bc8368663a7399f35780e', 1, 'PmeGpuProgramImpl::PmeGpuProgramImpl()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmegpuprogramstorage_480', ['PmeGpuProgramStorage', ['../pme__gpu__program_8h.xhtml#a97971c4f6d1aaf179563e021309fe680', 1, 'pme_gpu_program.h']]], │ │ │ │ │ ['pmegpusettings_481', ['PmeGpuSettings', ['../structPmeGpuSettings.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pmegpuspecific_482', ['pmegpuspecific', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a1bee1e0810c2c0eb7b06c953416e193f', 1, 'PmeGpuSpecific::PmeGpuSpecific()'], │ │ │ │ │ - ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml#a13767aeede40e21d6edf8d835df9705f', 1, 'PmeGpuSpecific: pme_gpu_types_host.h'], │ │ │ │ │ - ['../structPmeGpuSpecific.xhtml', 1, 'PmeGpuSpecific'] │ │ │ │ │ + ['pmegpuspecific_482', ['pmegpuspecific', ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml#a13767aeede40e21d6edf8d835df9705f', 1, 'PmeGpuSpecific: pme_gpu_types_host.h'], │ │ │ │ │ + ['../structPmeGpuSpecific.xhtml', 1, 'PmeGpuSpecific'], │ │ │ │ │ + ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a1bee1e0810c2c0eb7b06c953416e193f', 1, 'PmeGpuSpecific::PmeGpuSpecific()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmegpustageatomdata_483', ['pmeGpuStageAtomData', ['../pme__gpu__calculate__splines__sycl_8h.xhtml#af5c60e250e572e1bab33ccf09a24f01e', 1, 'pme_gpu_calculate_splines_sycl.h']]], │ │ │ │ │ ['pmegpustaging_484', ['PmeGpuStaging', ['../structPmeGpuStaging.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmegpuwaitandreduce_485', ['pmeGpuWaitAndReduce', ['../namespacegmx.xhtml#a3db2e0fcedab51584c0e640bbb5e9d46', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pmegridnk_486', ['pmegridNk', ['../structPmeShared.xhtml#aef67175d75c261387ce7806141fdd796', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ ['pmegridsreadyforspread_487', ['pmeGridsReadyForSpread', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a16feeb45c5bbaccf371d415251bb08b2', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['pmeinitatoms_488', ['pmeInitAtoms', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a3e3a948e52ee4f5b89c7113898fa9950', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmeinitempty_489', ['pmeInitEmpty', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a93750fdb415cd0b6e5af3bfd1d465620', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmeinitwrapper_490', ['pmeInitWrapper', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a69d8e5a058f4ad0cd18db46460be6f9a', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmekernelhandle_491', ['PmeKernelHandle', ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#a946b4419ceb5cf4690681c6d70eb162c', 1, 'PmeGpuProgramImpl']]], │ │ │ │ │ ['pmelayouttransform_492', ['PmeLayoutTransform', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4cb48f76aa8db3fdb07bc098706982ab', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['pmeloadbalancehelper_493', ['pmeloadbalancehelper', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a25a8cd34365febe90aec1d32ab9d541b', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper::PmeLoadBalanceHelper()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper'] │ │ │ │ │ + ['pmeloadbalancehelper_493', ['pmeloadbalancehelper', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a25a8cd34365febe90aec1d32ab9d541b', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper::PmeLoadBalanceHelper()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmeloadbalancehelper_20tt_494', ['<tt>DomDecHelper</tt> and <tt>PmeLoadBalanceHelper</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md41', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmeloadbalancehelper_2ecpp_495', ['pmeloadbalancehelper.cpp', ['../pmeloadbalancehelper_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmeloadbalancehelper_2eh_496', ['pmeloadbalancehelper.h', ['../pmeloadbalancehelper_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmeloadbalancinglimit_497', ['PmeLoadBalancingLimit', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a152d9b1c10ef8fcfda644eb9e0704a3c', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pmeperformgather_498', ['pmePerformGather', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b568c9ce545ed5b81aab09b839307ad', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmeperformsolve_499', ['pmePerformSolve', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a56aae96ca19e204f55fa12d7048c09ea', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmeperformsplineandspread_500', ['pmePerformSplineAndSpread', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a1ca32a3032115f7d3287676d2c0e6f17', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['pmepotentialcorrection_501', ['pmepotentialcorrection', ['../namespacegmx.xhtml#ac54e81f11cb53c7d68ff7dab05bd6afd', 1, 'gmx::pmePotentialCorrection(float z2)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acba0166c05fec69dd4a2624ed8dcff95', 1, 'gmx::pmePotentialCorrection(double z2)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmepotentialcorrectionsingleaccuracy_502', ['pmePotentialCorrectionSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#ab8004b2507f7192ead653fcdcb6735fe', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pmeppcommgpu_503', ['pmeppcommgpu', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml#ad6faf3fc85e8c1881e3f16d5e6a7ed34', 1, 'gmx::PmePpCommGpu::PmePpCommGpu()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmePpCommGpu'] │ │ │ │ │ + ['pmeppcommgpu_503', ['pmeppcommgpu', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmePpCommGpu'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml#ad6faf3fc85e8c1881e3f16d5e6a7ed34', 1, 'gmx::PmePpCommGpu::PmePpCommGpu()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pmepptransfer_504', ['PmePpTransfer', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a13b8e77399a0dac4074b4f84806d814d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pmeprinting_505', ['pmePrinting', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a8436afe7313d62bd16fa218ba9d23f06', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper']]], │ │ │ │ │ ['pmeranks_5f_506', ['pmeRanks_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a0c90cc0bff9a1ecf03219470420d6605', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl']]], │ │ │ │ │ ['pmeremotecpuforceptr_507', ['pmeRemoteCpuForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#ac494c801f14e07badc7b3cb1723a9e5e', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]], │ │ │ │ │ ['pmeremotegpuforceptr_508', ['pmeRemoteGpuForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#ae85beb1a3a77948cb972ef832cecdbcc', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]], │ │ │ │ │ ['pmerunmode_509', ['PmeRunMode', ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791', 1, 'pme.h']]], │ │ │ │ │ @@ -907,93 +907,93 @@ │ │ │ │ │ ['pmestream_5f_525', ['pmeStream_', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#abc901d3483cbaf44970c4c18bc96ebad', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['pmetest_526', ['PmeTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pmetest_2ecpp_527', ['pmetest.cpp', ['../pmetest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmetestcommon_2ecpp_528', ['pmetestcommon.cpp', ['../pmetestcommon_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmetestcommon_2eh_529', ['pmetestcommon.h', ['../pmetestcommon_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmetestflavor_530', ['PmeTestFlavor', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03.xhtml#a5ece70121576717ec04521daf4b732d2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pmetuneperiod_531', ['PMETunePeriod', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a82c3f867a9183aef504a831a9af42d5b', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pmf_532', ['pmf', ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a600536d6baf212ecc56d278f2a0e3e59a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::Pmf'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'gmx::Pmf'] │ │ │ │ │ + ['pmf_532', ['pmf', ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'gmx::Pmf'], │ │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a600536d6baf212ecc56d278f2a0e3e59a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::Pmf'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['point_533', ['point', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a9580f519d30dc81342ad890187d13edc', 1, 'gmx::BiasGrid']]], │ │ │ │ │ ['point_20data_534', ['Floating-point data', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md60', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['point_20values_535', ['Integers corresponding to floating-point values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md61', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointdistancealongaxis_536', ['pointDistanceAlongAxis', ['../namespacegmx.xhtml#a9980e0f1eac7ff209652d8cecb1eca36', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pointer_537', ['pointer', ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#af82d407a1ceb60e6c53ba95587199719', 1, 'gmx::accessor_basic::pointer'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ae5525f7b3c732a93f675b4280cc10e7d', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::pointer'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#afcdc192280a9292909fdc9517e323090', 1, 'gmx::basic_mdspan::pointer'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a3e88ccc15552d68e12105aebcbf1b7f9', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::pointer'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a06373345a99c67a2e0d12372a13f2a91', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::pointer'], │ │ │ │ │ + ['pointer_537', ['pointer', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ae5525f7b3c732a93f675b4280cc10e7d', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::pointer'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a49a356bfb08d78cfe5e4a9e31b96367e', 1, 'gmx::EnumerationArray::pointer'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a7d3b7bcef0b244efc5d3da2fe2278390', 1, 'gmx::ArrayRef::pointer'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a49a356bfb08d78cfe5e4a9e31b96367e', 1, 'gmx::EnumerationArray::pointer'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a06373345a99c67a2e0d12372a13f2a91', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::pointer'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a3e88ccc15552d68e12105aebcbf1b7f9', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::pointer'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#afcdc192280a9292909fdc9517e323090', 1, 'gmx::basic_mdspan::pointer'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#af82d407a1ceb60e6c53ba95587199719', 1, 'gmx::accessor_basic::pointer'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointers_2ecpp_538', ['pointers.cpp', ['../pointers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointers_2eh_539', ['pointers.h', ['../pointers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['points_540', ['points', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a3ac116746718cc0af400eb6c49e23e8b', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ │ - ['pointsadded_541', ['pointsadded', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a26723206e33708251bbba70eed673f44', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a1f5b2dbab42eb4ca8ce85d8324432824', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['pointsadded_541', ['pointsadded', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a1f5b2dbab42eb4ca8ce85d8324432824', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotModule.xhtml#a32ac3ced4c11a10e20775a32ee5d349b', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a5b851f02915d11a13791ce5e7d49ab9d', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#af7097e86905c7133ccfd2242fbca9ad0', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a26723206e33708251bbba70eed673f44', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#adcf1de40fc5879c1a12532635e81d479', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#aa5bc505d9b2c6f4e28b2ae8279dc9635', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ada35de8665d5e2514f9b742fa668e3a2', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a86f6a46cf64108dbab34f4faff53d011', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad0b6d871e1cae3cb49af5b5c3329e3eb', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#ad17650bcebc55264c9fc8dcfc4e35e3d', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ace93b671432df57c1f885d82c2fa2818', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#abd4b1bd4f780c858218c2ed853002b20', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#aa73d00aa098a1f4dff8d9ab52c1b7400', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a76d3359cbb6ec62060a543b03ef18509', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a5b851f02915d11a13791ce5e7d49ab9d', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a59635a206ddc8987538955f3a36c5cd9', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#aa73d00aa098a1f4dff8d9ab52c1b7400', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ace93b671432df57c1f885d82c2fa2818', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#ad17650bcebc55264c9fc8dcfc4e35e3d', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad0b6d871e1cae3cb49af5b5c3329e3eb', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a86f6a46cf64108dbab34f4faff53d011', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ada35de8665d5e2514f9b742fa668e3a2', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#aa5bc505d9b2c6f4e28b2ae8279dc9635', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#adcf1de40fc5879c1a12532635e81d479', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::pointsAdded()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#af7097e86905c7133ccfd2242fbca9ad0', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::pointsAdded()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointsalonglambdaaxis_542', ['pointsAlongLambdaAxis', ['../namespacegmx.xhtml#aff07c7a9ebdd29aa1584af5d8820afcc', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pointset_543', ['pointset', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a780adb8176b23a810eb167b70723a8d9', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSet()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ad2e8bad8fb18c4e8a73342323bae7278', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSet()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a98d9a081734b5a125b0f8d72013e5de6', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSet()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a98d9a081734b5a125b0f8d72013e5de6', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSet()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ad2e8bad8fb18c4e8a73342323bae7278', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSet()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pointsetcount_544', ['pointsetcount', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a61c2ee6ccfc1bc2d0d53023676a18fba', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ + ['pointsetcount_544', ['pointsetcount', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a6e0a2eb1e875073499c25f0d692e728c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ac9c5ce5f1cf9f40a432a04e95c41b373', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSetCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a6e0a2eb1e875073499c25f0d692e728c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSetCount()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a61c2ee6ccfc1bc2d0d53023676a18fba', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSetCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointshavedifferentlambda_545', ['pointsHaveDifferentLambda', ['../namespacegmx.xhtml#aae9bf2b5e56f777f3c61fddadcbb78cb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['pointstate_546', ['pointstate', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a2141bf32d5fe8de87bd0769221d9d831', 1, 'gmx::PointState::PointState()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PointState.xhtml', 1, 'gmx::PointState'] │ │ │ │ │ + ['pointstate_546', ['pointstate', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml', 1, 'gmx::PointState'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a2141bf32d5fe8de87bd0769221d9d831', 1, 'gmx::PointState::PointState()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2ecpp_547', ['pointstate.cpp', ['../pointstate_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pointstate_2eh_548', ['pointstate.h', ['../pointstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['polynomials_2ecpp_549', ['polynomials.cpp', ['../polynomials_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['polynomials_2eh_550', ['polynomials.h', ['../polynomials_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pop_5fback_551', ['pop_back', ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#aeb1301327a77c58c2f2a0e3f524cf529', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::pop_back()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a6a499eede7dbd2c0df803d06f7a2fb1d', 1, 'gmx::KeyValueTreePath::pop_back()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pop_5flast_552', ['pop_last', ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a3d56878a0b33dd289ae7046d0ef86bd6', 1, 'gmx::KeyValueTreePath']]], │ │ │ │ │ ['popientrywhenempty_553', ['popIEntryWhenEmpty', ['../classt__nblist.xhtml#ab26cfa59d201918a936f9c3a716c7a51', 1, 't_nblist']]], │ │ │ │ │ ['populatemoleculetype_554', ['populateMoleculeType', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02com_8cpp_03.xhtml#aa7970a5640bd23bc600abb150f6e9691', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{com.cpp}']]], │ │ │ │ │ - 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['poscalc_2ecpp_570', ['poscalc.cpp', ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['poscalc_2ecpp_570', ['poscalc.cpp', ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['poscalc_2eh_571', ['poscalc.h', ['../poscalc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['poscount_572', ['poscount', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ac01e4247bdc9f727b4dffc28cf423f3c', 1, 'gmx::Selection::posCount()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#aad49c4ea69ef0cc81207383b4ba5cfb5', 1, 'gmx::internal::SelectionData::posCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['position_573', ['position', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a7b9d71d9e03043491c475a683f73587b', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['position_20swapping_20swap_574', ['"Computational Electrophysiology" position swapping (swap)', ['../group__module__swap.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -1001,47 +1001,47 @@ │ │ │ │ │ ['position_2eh_576', ['position.h', ['../position_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_5fdistance_577', ['position_distance', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a14f11157569bf72288adc0fe5768e5fc', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs']]], │ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2ecpp_578', ['position_restraints.cpp', ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2eh_579', ['position_restraints.h', ['../position__restraints_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['positionandamplitude_580', ['PositionAndAmplitude', ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1PositionAndAmplitude.xhtml', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters']]], │ │ │ │ │ - ['positioncalculationcollection_581', ['positioncalculationcollection', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#aef3a4272761b50e6f351a53360d89a3d', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::PositionCalculationCollection()'] │ │ │ │ │ + ['positioncalculationcollection_581', ['positioncalculationcollection', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#aef3a4272761b50e6f351a53360d89a3d', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::PositionCalculationCollection()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['positionoffset_582', ['positionOffset', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml#aea7d4003b9200b259afe520937dbfe3c', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnectionDetails']]], │ │ │ │ │ ['positions_583', ['positions', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02updategroupscog_8cpp_03.xhtml#a1d7b92752da9be32558c2d13eddd84a7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{updategroupscog.cpp}::positions'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796ca3160eb21973806e4291c3979d4aa242e', 1, 'gmx::Positions'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['positionsandvelocities_584', ['PositionsAndVelocities', ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796cad3b078b311589ad4f94c755832ef725e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['positionscalingcallback_585', ['positionScalingCallback', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#ac9a40ecf45c6079ba2b3468daefb435f', 1, 'gmx::Propagator']]], │ │ │ │ │ ['positionsdatabase_5f_586', ['positionsDatabase_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02shake_8cpp_03_1_1ShakeTest.xhtml#ad75c68cc51ffc4531d407f011a4d6ef6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{shake.cpp}::ShakeTest']]], │ │ │ │ │ ['positionsfromstatepointer_587', ['positionsFromStatePointer', ['../state_8h.xhtml#a22b7ca0d7d3996a20a72968938a80ba6', 1, 'state.h']]], │ │ │ │ │ ['positionsonly_588', ['PositionsOnly', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290aa8c00c1476cfbfe7441cf0f15fa06bc1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['positionsview_589', ['positionsView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#af6c40b68aabb89ee5233dbabebf98864', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ │ ['positionsymbol_590', ['PositionSymbol', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#ae1aa823f90fa95c285240878c93d295fad0f3a23ad1e73286b34f61ee68672b3e', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol']]], │ │ │ │ │ ['posres_591', ['posres', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#ae8723186b9bb707506acc0a326ca214f', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fdx_592', ['posres_dx', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a3c4d10324cfff742c83657792cd70ce1', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['posres_5fwrapper_593', ['posres_wrapper', ['../position__restraints_8h.xhtml#a1c4990a93b04b1744b635492a3be9c22', 1, 'posres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial, real *dvdl): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a1c4990a93b04b1744b635492a3be9c22', 1, 'posres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial, real *dvdl): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ + ['posres_5fwrapper_593', ['posres_wrapper', ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a1c4990a93b04b1744b635492a3be9c22', 1, 'posres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial, real *dvdl): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../position__restraints_8h.xhtml#a1c4990a93b04b1744b635492a3be9c22', 1, 'posres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial, real *dvdl): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['posres_5fwrapper_5flambda_594', ['posres_wrapper_lambda', ['../position__restraints_8h.xhtml#a4e01c646def2d038cc374a83bf721751', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const t_pbc &pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ │ ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a4e01c646def2d038cc374a83bf721751', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const t_pbc &pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['posres_5fxa_595', ['posres_xA', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a91f1775f42ddf8a37ad39b0b7459d267', 1, 'gmx_molblock_t']]], │ │ │ │ │ ['posres_5fxb_596', ['posres_xB', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a5b3613d862d2a95219d7777ee428a636', 1, 'gmx_molblock_t']]], │ │ │ │ │ ['postprocess_5fitem_5fsubexpressions_597', ['postprocess_item_subexpressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#a794bd695ad208084dc7018e4c90735c1', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['postprocessforces_598', ['postProcessForces', ['../namespacegmx.xhtml#a6df04b142f03474fd77dd1b6f370553f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['postprocessforcewithshiftforces_599', ['postProcessForceWithShiftForces', ['../namespacegmx.xhtml#a66e4fbbc6684439ec7c3246d6be3bc31', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['potanglefit_600', ['PotAngleFit', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a4cc2873968b4ca417ed95b384e0071f6', 1, 'gmx_enfrotgrp']]], │ │ │ │ │ ['potential_601', ['potential', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#acb463578c26791ab925cbccf9b80a54c', 1, 'gmx::AwhParams']]], │ │ │ │ │ ['potentialenergytoleranceforsystem_5fg_602', ['potentialEnergyToleranceForSystem_g', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02minimize_8cpp_03.xhtml#ad5974d97a10a30cde5ab5fd313209934', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{minimize.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['potentialpointdata_603', ['potentialpointdata', ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml', 1, 'gmx::PotentialPointData'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#ac14487f6eed0c13f63ae059a67475ea9', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData(const Vector &f, const real e)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a8e8485dce1b281d718953552e9d53f6b', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a8e8485dce1b281d718953552e9d53f6b', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#ac14487f6eed0c13f63ae059a67475ea9', 1, 'gmx::PotentialPointData::PotentialPointData(const Vector &f, const real e)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['potentialswitchfunction_604', ['potentialSwitchFunction', ['../namespacegmx.xhtml#a590bff027abbf17255630f3832bdf0d5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['potentialswitchfunctionderivative_605', ['potentialSwitchFunctionDerivative', ['../namespacegmx.xhtml#a76be08d6aa10394167c1f800488e5e86', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power12_606', ['power12', ['../namespacegmx.xhtml#a800ac84e9ee71a2dc0eedda74bea1513', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power3_607', ['power3', ['../namespacegmx.xhtml#abda6daf50f5129fb74816db29e411497', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power4_608', ['power4', ['../namespacegmx.xhtml#a304b15bae3a2a8277f686d4dfc9fa946', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['power5_609', ['power5', ['../namespacegmx.xhtml#a4bb914d3b8bf083485bb26c88d2b9dda', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1071,32 +1071,32 @@ │ │ │ │ │ ['pr_5fint64_631', ['pr_int64', ['../txtdump_8h.xhtml#a824a8160b4b8cdbf193925289351b8e4', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pr_5freal_632', ['pr_real', ['../txtdump_8h.xhtml#a75eacf863b559f26547aaa9fdca58264', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pr_5freals_633', ['pr_reals', ['../txtdump_8h.xhtml#aeba7744c5926350234d68c9c090c0055', 1, 'txtdump.h']]], │ │ │ │ │ ['pr_5freals_5fof_5fdim_634', ['pr_reals_of_dim', ['../txtdump_8h.xhtml#a6409e046cff937b31a3e002ce8e62987', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pr_5fsortblock_635', ['pr_sortblock', ['../namespacegmx.xhtml#a0345bd9e1cccd650f3a33167767b8330', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['pr_5fstr_636', ['pr_str', ['../txtdump_8h.xhtml#a2d53eb96ae1892f5477a08446c6ba938', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pr_5fstrings_637', ['pr_strings', ['../txtdump_8h.xhtml#ab7c19cf341c011e9380c48a45f08945e', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ │ - 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['prepareatompositions_652', ['prepareatompositions', ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#acf5b8cb47569b80d17746b025e8beb66', 1, 'gmx::TorchModel::prepareAtomPositions()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#aef08bbdf7582e2c9ccb0025f14e77f8c', 1, 'gmx::INNPotModel::prepareAtomPositions()'] │ │ │ │ │ + ['prepareatompositions_652', ['prepareatompositions', ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#aef08bbdf7582e2c9ccb0025f14e77f8c', 1, 'gmx::INNPotModel::prepareAtomPositions()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#acf5b8cb47569b80d17746b025e8beb66', 1, 'gmx::TorchModel::prepareAtomPositions()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['prepareawhmodule_653', ['prepareAwhModule', ['../namespacegmx.xhtml#a0f0dc8801f18ac6085f049b6053eaee5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['preparedefaultmdpfieldvalues_654', ['prepareDefaultMdpFieldValues', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02simulationdatabase_8cpp_03.xhtml#ae1d7e98e184a23dde3294e0a9ee38ed9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{simulationdatabase.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['prepareforappending_655', ['prepareForAppending', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03.xhtml#ad50fb84ccce6088fa1650a09a3ea513c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['prepareforpositionassembly_656', ['prepareForPositionAssembly', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a3bb55b11c345deed80ca37875c54e260', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['preparegpukernelargument_657', ['preparegpukernelargument', ['../oclutils_8h.xhtml#a2880665aed29367c17b0b3b71dcd9049', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex, const CurrentArg *argPtr, const RemainingArgs *... otherArgsPtrs): oclutils.h'], │ │ │ │ │ ['../oclutils_8h.xhtml#ae38b731b0072ddca1ef4f6bf43fc0dcb', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex): oclutils.h'] │ │ │ │ │ @@ -1115,49 +1115,49 @@ │ │ │ │ │ ['prepareprevsteppullcom_667', ['preparePrevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#ace0e8cabf9ba2e4c466681267fe30616', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ ['prepareprevsteppullcomnewsimulation_668', ['preparePrevStepPullComNewSimulation', ['../pull_8h.xhtml#aaf91fb3c6408dd4d40dcbc60b8f3346e', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['preparereferencedata_669', ['prepareReferenceData', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml#aaf17a8df8c6213ad4bd4632c538e0d9d', 1, 'gmx::test::PeriodicActionsTest']]], │ │ │ │ │ ['preparererunstate_670', ['prepareRerunState', ['../gromacs_2mdrun_2rerun_8cpp.xhtml#a3a61805a1314c7094d6985f312b796d3', 1, 'rerun.cpp']]], │ │ │ │ │ ['preparetest_671', ['preparetest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsSupportedFiles.xhtml#a55a125582f82a0bef2e0be090626569e', 1, 'gmx::test::SetAtomsSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsUnSupportedFiles.xhtml#a1472dda69601bf20c6af26c8970863d7', 1, 'gmx::test::SetAtomsUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnyOutputSupportedFiles.xhtml#abd33db6ae6c7bb966a3cf70d93eed90e', 1, 'gmx::test::AnyOutputSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml#a75b0b89f9b03980e5efa151f10747fb0', 1, 'gmx::test::NoOptionalOutput::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1OutputSelectorDeathTest.xhtml#ab2c7e9ee595f837c1677769522c9707f', 1, 'gmx::test::OutputSelectorDeathTest::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocitySupportedFiles.xhtml#a5c721c58a519211d2984f31306d591bd', 1, 'gmx::test::SetVelocitySupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocityUnSupportedFiles.xhtml#a8fefeae96caffc87c2c27abf1dd7751e', 1, 'gmx::test::SetVelocityUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceSupportedFiles.xhtml#ad959f70a7f9a9268ddcb28b607d27888', 1, 'gmx::test::SetForceSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceUnSupportedFiles.xhtml#ad6fca57625ab6f39c8854f457c40858e', 1, 'gmx::test::SetForceUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionSupportedFiles.xhtml#ae99227b78afd7add07d701841a056e35', 1, 'gmx::test::SetPrecisionSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionUnSupportedFiles.xhtml#a8d07c06ca5994941a6b0d53eaf71afb6', 1, 'gmx::test::SetPrecisionUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml#a75b0b89f9b03980e5efa151f10747fb0', 1, 'gmx::test::NoOptionalOutput::prepareTest()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionUnSupportedFiles.xhtml#a8d07c06ca5994941a6b0d53eaf71afb6', 1, 'gmx::test::SetPrecisionUnSupportedFiles::prepareTest()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preparevmdforces_672', ['prepareVmdForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a17780bb21381fe37591b6c612b30fe76', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['prependcontext_673', ['prependcontext', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1ErrorMessage.xhtml#a35872d2133a1587fde1aac5580bddbab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::ErrorMessage::prependContext()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1bd116912e67c096ae949ddae85afe06', 1, 'gmx::GromacsException::prependContext()'] │ │ │ │ │ + ['prependcontext_673', ['prependcontext', ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1bd116912e67c096ae949ddae85afe06', 1, 'gmx::GromacsException::prependContext()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1ErrorMessage.xhtml#a35872d2133a1587fde1aac5580bddbab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::ErrorMessage::prependContext()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preprocess_674', ['preprocess', ['../classgmx_1_1NNPotTopologyPreprocessor.xhtml#ad1686d5726f7554a4043e1d29fc8fc51', 1, 'gmx::NNPotTopologyPreprocessor::preprocess()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a62a8eb1d8ab64aca76d9c1c6fbf53530', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor::preprocess()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['preprocessingatomtypes_675', ['preprocessingatomtypes', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml', 1, 'PreprocessingAtomTypes'], │ │ │ │ │ - ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ab564e1e5edd0850f93716d5d8b56e7b9', 1, 'PreprocessingAtomTypes::PreprocessingAtomTypes()'] │ │ │ │ │ + ['preprocessingatomtypes_675', ['preprocessingatomtypes', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ab564e1e5edd0850f93716d5d8b56e7b9', 1, 'PreprocessingAtomTypes::PreprocessingAtomTypes()'], │ │ │ │ │ + ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml', 1, 'PreprocessingAtomTypes'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['preprocessingbondatomtype_676', ['PreprocessingBondAtomType', ['../classPreprocessingBondAtomType.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['preprocessingnotifier_5f_677', ['preProcessingNotifier_', ['../structgmx_1_1MDModulesNotifiers.xhtml#a491f3247b6bc681d6b97dc9db91028a1', 1, 'gmx::MDModulesNotifiers']]], │ │ │ │ │ ['preprocessor_20macros_678', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['preprocessresidue_679', ['PreprocessResidue', ['../structPreprocessResidue.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pres_680', ['pres', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a4727f9623b6a6995110132c968cb2165', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ │ ['pres_5fprev_681', ['pres_prev', ['../classt__state.xhtml#affdc7fa00e6e77e6f80cb7e8457e777d', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ - ['present_682', ['present', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a4e9e2e103711b6302c6e82121ec8eef3', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::present()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a69f1255e4e4115a9b183f7be0be7760c', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::present()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputPointSet.xhtml#ace934e632ac88246da704f878ee85b5c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputPointSet::present()'] │ │ │ │ │ + ['present_682', ['present', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputPointSet.xhtml#ace934e632ac88246da704f878ee85b5c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputPointSet::present()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a4e9e2e103711b6302c6e82121ec8eef3', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::present()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a69f1255e4e4115a9b183f7be0be7760c', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::present()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['presentalldata_683', ['presentAllData', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#ab07eb7b9cb4b5e0fb8fc85c196223f06', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]], │ │ │ │ │ ['presentdata_684', ['presentData', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a58d11e5cb995d8ee2a8b150b80e96015', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['presentdataframe_685', ['presentDataFrame', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#a89e3f46a66165f59608fb91cdec5257c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]], │ │ │ │ │ ['preserveboxshape_686', ['preserveBoxShape', ['../state_8h.xhtml#a0f2e4adc7362d30d4ecfab4f23f25de5', 1, 'state.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['pressure_687', ['pressure', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a0bb52df1038789c62a164a849698f2b5', 1, 'gmx::EnergyData::pressure()'], │ │ │ │ │ - ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a92a3c13d5a3f1ca5d2b3598b5409def7', 1, 'DispersionCorrection::Correction::pressure'] │ │ │ │ │ + ['pressure_687', ['pressure', ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a92a3c13d5a3f1ca5d2b3598b5409def7', 1, 'DispersionCorrection::Correction::pressure'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a0bb52df1038789c62a164a849698f2b5', 1, 'gmx::EnergyData::pressure()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pressure_5f_688', ['pressure_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a3e21f62fdd4229953fe526ba7c74a9f1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]], │ │ │ │ │ ['pressurecoupling_689', ['PressureCoupling', ['../md__enums_8h.xhtml#a75403865033b1e929fe40f0119cabfb3', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['pressurecouplingoptionstostring_690', ['pressureCouplingOptionsToString', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#aa448f87e5bc69a5a5ee4cb09b855dec6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pressurecouplingscheme_691', ['pressureCouplingScheme', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTestParameters.xhtml#a5461cc0b111fbe5cf8fe059573a0601c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTestParameters']]], │ │ │ │ │ ['pressurecouplingtype_692', ['PressureCouplingType', ['../md__enums_8h.xhtml#ab9101457c43f890d83e2f61b04c80b88', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['pressurematrixtype_693', ['PressureMatrixType', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbea', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]], │ │ │ │ │ @@ -1195,45 +1195,45 @@ │ │ │ │ │ ['print_5forires_5flog_721', ['print_orires_log', ['../orires_8h.xhtml#a558c2a0b81d1976025f8f0efd51af375', 1, 'orires.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fpme_5floadbal_5fsetting_722', ['print_pme_loadbal_setting', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a34ad2116d0baa736e0d155ba956bf062', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fpme_5floadbal_5fsettings_723', ['print_pme_loadbal_settings', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a738403c89c46ba35701c160e156915fa', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5freplica_5fexchange_5fstatistics_724', ['print_replica_exchange_statistics', ['../replicaexchange_8h.xhtml#ac242f2189cc51aa6ffb4a1b5768eab7d', 1, 'replicaexchange.h']]], │ │ │ │ │ ['print_5fresall_725', ['print_resall', ['../resall_8h.xhtml#afbd28b7c0e308005c53b31f428715e5e', 1, 'resall.cpp']]], │ │ │ │ │ ['print_5fstart_726', ['print_start', ['../printtime_8h.xhtml#a6cf8ede86906fc405824ad5ba33578ff', 1, 'printtime.h']]], │ │ │ │ │ ['print_5ftime_727', ['print_time', ['../printtime_8h.xhtml#a2b2cf213aae64f2f3992ac2fee167bb7', 1, 'printtime.h']]], │ │ │ │ │ - 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['../namespacegmx.xhtml#a0ea11527285a0547aafa0ee27c4f4817', 1, 'gmx::printBinaryInformation(TextWriter *writer, const IProgramContext &programContext, const BinaryInformationSettings &settings)'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml#ae1ca1f3759dfd30915c86eb6461c35f8', 1, 'gmx::BinaryInformationSettings::printBinaryInformation'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['printcurrentstatus_729', ['printCurrentStatus', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#ab287e09e32b67a7d8eb6c426cbea825e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['printcycles_730', ['printCycles', ['../structgmx_1_1SearchCycleCounting.xhtml#a4d10d3b49fe8ab3b697ca98128aadc76', 1, 'gmx::SearchCycleCounting']]], │ │ │ │ │ ['printdebuginfo_731', ['printDebugInfo', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a83cdc66c0202739e8e7dd1c1add3492b', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['printfatalerrorfooter_732', ['printFatalErrorFooter', ['../group__module__utility.xhtml#gadcb892c734184fade6b913a4d3a66aa7', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ │ ['printfatalerrorheader_733', ['printFatalErrorHeader', ['../group__module__utility.xhtml#ga34257490d770efb0f6a87adeef2629c6', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ │ ['printfatalerrormessage_734', ['printFatalErrorMessage', ['../group__module__utility.xhtml#gac6287dc8a550a2d54429e44994e00e58', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['printfatalerrormessageline_735', ['printFatalErrorMessageLine', ['../group__module__utility.xhtml#ga0a42e4f258d42ec3a31c6a633de8d5da', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ │ ['printhdf5errorsdebug_736', ['printHdf5ErrorsDebug', ['../namespacegmx.xhtml#ab817247c14460e07ba037d9bf1ee026f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1SetAtoms.xhtml#aa2ca3ec1cd6987c1af76bf3eaed208d1', 1, 'gmx::SetAtoms::processFrame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#a18b9cfa903a2140d038b85e44f0d728b', 1, 'gmx::OutputSelector::processFrame()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IOutputAdapter.xhtml#a0600c39ab0392347654f7e4984fe55b0', 1, 'gmx::IOutputAdapter::processFrame()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetForces.xhtml#ab6b102111de37f9de56baa55b54e9d4c', 1, 'gmx::SetForces::processFrame()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SetPrecision.xhtml#aa0c17362c51113f315d3985a1b87db43', 1, 'gmx::SetPrecision::processFrame()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['processframeconversion_766', ['processframeconversion', ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml#ac312a6f913f3b4c10b1b4506dc3992b4', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion::ProcessFrameConversion()'] │ │ │ │ │ + ['processframeconversion_766', ['processframeconversion', ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml#ac312a6f913f3b4c10b1b4506dc3992b4', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion::ProcessFrameConversion()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ProcessFrameConversion.xhtml', 1, 'gmx::ProcessFrameConversion'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['processframeconversionpointer_767', ['ProcessFrameConversionPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a738d561c427ed33793a987d6624c16fd', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['processid_768', ['processId', ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml#abaf2e86d7516dee9612672fbb5c8c661', 1, 'gmx::BinaryInformationSettings']]], │ │ │ │ │ ['processing_20modules_769', ['Provided data processing modules', ['../page_analysisdata.xhtml#autotoc_md77', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['processingunit_770', ['ProcessingUnit', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1ProcessingUnit.xhtml', 1, 'gmx::HardwareTopology']]], │ │ │ │ │ ['processingunitrankincore_771', ['processingUnitRankInCore', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#ace41f39d285eb357ca9cc2f6ee2a2790', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ - 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['programname_790', ['programname', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#abef54ace7516fc4bf108cd185be5f13d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::programName()'], │ │ │ │ │ + ['programname_790', ['programname', ['../group__module__commandline.xhtml#ga549c09e2b1c2d40c2b1645654ac6d98e', 1, 'gmx::CommandLineProgramContext::programName()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#abef54ace7516fc4bf108cd185be5f13d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::programName()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a7d7ab243fabe9ee53b7a261b6508c0c6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::programName()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#af7114ce30502138b830c6ab1ebe7218a', 1, 'gmx::IProgramContext::programName()'], │ │ │ │ │ - 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['../classAtomProperties.xhtml#a989a1bbdaf2caddb0696947bfa9419a7', 1, 'AtomProperties::prop()'] │ │ │ │ │ + ['prop_794', ['prop', ['../classAtomProperties.xhtml#a989a1bbdaf2caddb0696947bfa9419a7', 1, 'AtomProperties::prop()'], │ │ │ │ │ + ['../classAtomProperties_1_1Impl.xhtml#ae053674382c8aba1e9672a462aa46a34', 1, 'AtomProperties::Impl::prop'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fcopy_5fassignment_795', ['propagate_on_container_copy_assignment', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#af118f1bf88de184a1b6a3655df879591', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fmove_5fassignment_796', ['propagate_on_container_move_assignment', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#ad784820686c118595c511a1c323ada53', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fswap_797', ['propagate_on_container_swap', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#afd1941ab26a2198c5395d662cbe56e9e', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ │ ['propagationparameters_798', ['PropagationParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a774ca3fa5df95b1187890bf92a0e0cd8', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['propagationparameterswithconstraints_799', ['propagationParametersWithConstraints', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a6193e70ad283d80177391e3d3bf79522', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['propagationparameterswithcoupling_800', ['propagationParametersWithCoupling', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ae287683c1974989b18151e1147f2b39d', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['propagator_801', ['propagator', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a0be3f787956d64b6f1db5686085d3791', 1, 'gmx::Propagator::Propagator()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml', 1, 'gmx::Propagator< integrationStage >'] │ │ │ │ │ + ['propagator_801', ['propagator', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml', 1, 'gmx::Propagator< integrationStage >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a0be3f787956d64b6f1db5686085d3791', 1, 'gmx::Propagator::Propagator()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagator_20tt_802', ['<tt>Propagator</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md27', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['propagator_2ecpp_803', ['propagator.cpp', ['../propagator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['propagator_2eh_804', ['propagator.h', ['../propagator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['propagatorcallback_805', ['propagatorcallback', ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#abe7883668ad32a364fb2289b060a1468', 1, 'gmx::MttkData::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a667942f1bbef424b2716da739030ad2e', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ + ['propagatorcallback_805', ['propagatorcallback', ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a667942f1bbef424b2716da739030ad2e', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#abe7883668ad32a364fb2289b060a1468', 1, 'gmx::MttkData::propagatorCallback()'], │ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga3396e7f07a04e8c8d3ce40cbfa022c4c', 1, 'gmx::PropagatorCallback'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagatorconnection_806', ['PropagatorConnection', ['../structgmx_1_1PropagatorConnection.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['propagatortag_807', ['propagatortag', ['../structgmx_1_1PropagatorTag.xhtml', 1, 'gmx::PropagatorTag'], │ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gae5429b9c01d5a4d3e399efca641aa2c9', 1, 'gmx::PropagatorTag::PropagatorTag()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['propagatortagpostposition_808', ['propagatorTagPostPosition', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml#a30ea53994cc965ef3a04dffab77a99b5', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnectionDetails']]], │ │ │ │ │ @@ -1338,18 +1338,18 @@ │ │ │ │ │ ['prscalingcallback_817', ['prScalingCallback', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a8290753edff543fc7792f05aa682fef2', 1, 'gmx::Propagator']]], │ │ │ │ │ ['prune_5fk_818', ['prune_k', ['../structgmx_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#ad9729d2b798b91ed18b8502a8fba119b', 1, 'gmx::GpuTimers::Interaction']]], │ │ │ │ │ ['prunetime_819', ['pruneTime', ['../structgmx__wallclock__gpu__nbnxn__t.xhtml#af892e5f3a38c3ea077d7c2fc9f3875aa', 1, 'gmx_wallclock_gpu_nbnxn_t']]], │ │ │ │ │ ['pselstr_820', ['pselstr', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a9903897e32d34014698a94545ccb7c6b', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ │ ['psi_821', ['psi', ['../structt__bb.xhtml#a147862a6ed22146e070c8237288331e2', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ │ ['pswitch_822', ['PSwitch', ['../namespacegmx.xhtml#af59447472dd31d8f7c7c14843837b6d6ad4d20db2a8cc5234ee00e37cdf487c5b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['ptcouplingarrays_823', ['PTCouplingArrays', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['ptr_824', ['ptr', ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af2cf7f1354c9bc399677ea2e609d4f7f', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::ptr()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af542b6ae650440a71020651e1c7ac4ef', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::ptr() const'], │ │ │ │ │ + ['ptr_824', ['ptr', ['../structgmx__sel__mempool__block__t.xhtml#add25c5d49d8ff2d9655b80cdbb9ffb84', 1, 'gmx_sel_mempool_block_t::ptr'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#a12b279f9954e6c83e9e9957fcde06e81', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::ptr'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__sel__mempool__block__t.xhtml#add25c5d49d8ff2d9655b80cdbb9ffb84', 1, 'gmx_sel_mempool_block_t::ptr'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af542b6ae650440a71020651e1c7ac4ef', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::ptr() const'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af2cf7f1354c9bc399677ea2e609d4f7f', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::ptr()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ptype_825', ['ptype', ['../classSimulationParticle.xhtml#adfbadc49e08a3567f287bf57779863c0', 1, 'SimulationParticle']]], │ │ │ │ │ ['public_20api_826', ['Public API', ['../group__group__publicapi.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['puid_827', ['puId', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a61aefff6555da4373cb8b84122e196d4', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['puidincore_828', ['puIdInCore', ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#ac3478cc96129471d97e408f93aad07d9', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ │ ['pull_829', ['pull', ['../structgmx_1_1ImdOptions.xhtml#a23ce7753d3bfbdc5d7570f09e45371fd', 1, 'gmx::ImdOptions::pull'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a718f59718640c6506b3721fbc8bf3a4d', 1, 'gmx::Pull'] │ │ │ │ │ @@ -1367,16 +1367,16 @@ │ │ │ │ │ ['pull_5fcoord_5fwork_5ft_838', ['pull_coord_work_t', ['../structpull__coord__work__t.xhtml#ad17022eb80139d753a6ad23b839320b1', 1, 'pull_coord_work_t::pull_coord_work_t()'], │ │ │ │ │ ['../structpull__coord__work__t.xhtml', 1, 'pull_coord_work_t'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pull_5fcoordinate_5funits_839', ['pull_coordinate_units', ['../pull_8h.xhtml#a07b69ebef9690b06dd028041c31cf533', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fgroup_5fwork_5ft_840', ['pull_group_work_t', ['../structpull__group__work__t.xhtml', 1, 'pull_group_work_t'], │ │ │ │ │ ['../structpull__group__work__t.xhtml#a5691fbeae1e947dad0ed28bd352cbf74', 1, 'pull_group_work_t::pull_group_work_t()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['pull_5fhave_5fconstraint_841', ['pull_have_constraint', ['../pull_8h.xhtml#a6aa45e79faa7a773a9d33ec602edb4f6', 1, 'pull_have_constraint(const pull_params_t &pullParameters): pull.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pull_8h.xhtml#a566ce120c039a41fd0bb770a8c3c6724', 1, 'pull_have_constraint(const pull_t &pull): pull.cpp'] │ │ │ │ │ + ['pull_5fhave_5fconstraint_841', ['pull_have_constraint', ['../pull_8h.xhtml#a566ce120c039a41fd0bb770a8c3c6724', 1, 'pull_have_constraint(const pull_t &pull): pull.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pull_8h.xhtml#a6aa45e79faa7a773a9d33ec602edb4f6', 1, 'pull_have_constraint(const pull_params_t &pullParameters): pull.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pull_5fhave_5fpotential_842', ['pull_have_potential', ['../pull_8h.xhtml#ae6af89f849fd30d51ca83d0a083f55c7', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pull_5finternal_2eh_843', ['pull_internal.h', ['../pull__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fparams_2eh_844', ['pull_params.h', ['../pull__params_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fpotential_845', ['pull_potential', ['../pull_8h.xhtml#a8399fff13e16cff4521431248dd371ce', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pull_5fprint_5foutput_846', ['pull_print_output', ['../output_8h.xhtml#a03a31b1f513efb311037d8520ddb62d5', 1, 'output.cpp']]], │ │ │ │ │ ['pull_5frotation_2ecpp_847', ['pull_rotation.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2pull__rotation_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -1387,47 +1387,47 @@ │ │ │ │ │ ['pullcheckpbcwithingroups_852', ['pullCheckPbcWithinGroups', ['../pull_8h.xhtml#a22765fba515ab711be631bbbe08310e7', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_853', ['pullcoordexpressionparser', ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml#a69a4582d47f4dbbfdee1fff7be371bb0', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser::PullCoordExpressionParser()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_2eh_854', ['pullcoordexpressionparser.h', ['../pullcoordexpressionparser_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullcoordindex_5f_855', ['pullCoordIndex_', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a2af1237e8b1f71f4130b923bd2ed1c7d', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem']]], │ │ │ │ │ ['pulldimparams_856', ['pulldimparams', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a2bca3ab6e4db03bd35113c1f95f5df80', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams(double conversionFactor, double forceConstant, double beta)'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#ae85515d4f2dbadb5f05849791cf7aa2c', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams() const'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#ae85515d4f2dbadb5f05849791cf7aa2c', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams() const'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pullelement_857', ['pullelement', ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml', 1, 'gmx::PullElement'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#ad0a8fb319d8d31c9233ed736f4f5675e', 1, 'gmx::PullElement::PullElement()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pullelement_2ecpp_858', ['pullelement.cpp', ['../pullelement_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullelement_2eh_859', ['pullelement.h', ['../pullelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullgroupgeometry_860', ['PullGroupGeometry', ['../md__enums_8h.xhtml#a3c39678b5ca68fa66b7f12615f9c2d22', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['pullhistory_861', ['pullHistory', ['../structObservablesHistory.xhtml#a97a66d7379fb71dfb6799ee15528f2a4', 1, 'ObservablesHistory']]], │ │ │ │ │ ['pullhistory_2eh_862', ['pullhistory.h', ['../pullhistory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pullingalgorithm_863', ['PullingAlgorithm', ['../md__enums_8h.xhtml#a07879277b22cbe7bbee52b15e64f79c8', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['pullintegrationtest_864', ['PullIntegrationTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pull_8cpp_03_1_1PullIntegrationTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pull.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['pullwork_5f_865', ['pullWork_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a8c851007cc9b4141a269a726a13085b6', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['pupdate_866', ['pupdate', ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#a1c5c0b8aa5193ea0b329a649a9e166e7', 1, 'gmx_ana_selmethod_t']]], │ │ │ │ │ ['push_5fback_867', ['push_back', ['../classgmx_1_1JClusterList.xhtml#a73cd527c1960d53acb002b4f9377c208', 1, 'gmx::JClusterList::push_back()'], │ │ │ │ │ - ['../structInteractionList.xhtml#ae72c71da86f41f05a33e105413111bba', 1, 'InteractionList::push_back(const int parameterType, const int numAtoms, const int *atoms)'], │ │ │ │ │ - ['../structInteractionList.xhtml#a60036e8ced4ebc16017ce166f24cf52c', 1, 'InteractionList::push_back(const int parameterType, const std::array< int, numAtoms > &atoms)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PackedJClusterList.xhtml#a67bc5a1bf441a59a7e644acbe3ea27d7', 1, 'gmx::PackedJClusterList::push_back()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a801f35d3ceb96261ca7e31abcfbf0a9e', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::push_back()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a801f35d3ceb96261ca7e31abcfbf0a9e', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::push_back()'], │ │ │ │ │ + ['../structInteractionList.xhtml#a60036e8ced4ebc16017ce166f24cf52c', 1, 'InteractionList::push_back(const int parameterType, const std::array< int, numAtoms > &atoms)'], │ │ │ │ │ + ['../structInteractionList.xhtml#ae72c71da86f41f05a33e105413111bba', 1, 'InteractionList::push_back(const int parameterType, const int numAtoms, const int *atoms)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pushback_868', ['pushBack', ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#ae18ce1449394739fcece544b581cb276', 1, 'gmx::ListOfLists']]], │ │ │ │ │ ['pushbacklistofsize_869', ['pushBackListOfSize', ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a5cc2f517914ce460fbbc72fe7abd4c72', 1, 'gmx::ListOfLists']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fbox_870', ['put_atoms_in_box', ['../pbc_8cpp.xhtml#a610564f01ba42ba37b644eec1bb8d3df', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fbox_5fomp_871', ['put_atoms_in_box_omp', ['../pbc_8cpp.xhtml#a40a33ad9c319d581155eba31d9d26b17', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fcompact_5funitcell_872', ['put_atoms_in_compact_unitcell', ['../pbc_8cpp.xhtml#a428ad6fc47d5d0b15c96ca4c1b6cb903', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5ftriclinic_5funitcell_873', ['put_atoms_in_triclinic_unitcell', ['../pbc_8cpp.xhtml#a55aaad77afec7b9eaebb70b687754d03', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['put_5fsymtab_874', ['put_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'], │ │ │ │ │ ['../symtab_8cpp.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['putatomoffsetinreceiverrankxbuf_5f_875', ['putAtomOffsetInReceiverRankXBuf_', ['../structgmx_1_1nvshmemHaloExchangeOps.xhtml#ab55f1a71499c31b9b38d26d1554d3af8', 1, 'gmx::nvshmemHaloExchangeOps']]], │ │ │ │ │ ['putatomsinbox_876', ['putAtomsInBox', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a16e9acd28f4b4c994840404345c7e850', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['putatomsongrid_877', ['putAtomsOnGrid', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a39bd7ce6853702e6175a08b428ce7b09', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ - 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['qmmm_2ecpp_13', ['qmmm.cpp', ['../tests_2qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['qmmm_2ecpp_13', ['qmmm.cpp', ['../qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmm_2eh_14', ['qmmm.h', ['../qmmm_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_15', ['QMMMForceProvider', ['../classgmx_1_1QMMMForceProvider.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['qmmmforceprovider_2ecpp_16', ['qmmmforceprovider.cpp', ['../qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['qmmmforceprovider_2ecpp_16', ['qmmmforceprovider.cpp', ['../tests_2qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_2eh_17', ['qmmmforceprovider.h', ['../qmmmforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_5fstub_2ecpp_18', ['qmmmforceprovider_stub.cpp', ['../qmmmforceprovider__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_19', ['qmmminputgenerator', ['../classgmx_1_1QMMMInputGenerator.xhtml#aa0847e6ee608ea7444b36c9db6e0bdd6', 1, 'gmx::QMMMInputGenerator::QMMMInputGenerator()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMInputGenerator.xhtml', 1, 'gmx::QMMMInputGenerator'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['qmmminputgenerator_2ecpp_20', ['qmmminputgenerator.cpp', ['../qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['qmmminputgenerator_2ecpp_20', ['qmmminputgenerator.cpp', ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_2eh_21', ['qmmminputgenerator.h', ['../qmmminputgenerator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmmdptransformfromstring_22', ['QMMMMdpTransformFromString', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02qmmmoptions_8cpp_03.xhtml#a704afcf71de3ae29cf3c3a260c8e8e0c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmmoptions.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['qmmmmoduleinfo_23', ['QMMMModuleInfo', ['../structgmx_1_1QMMMModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['qmmmoptions_24', ['QMMMOptions', ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['qmmmoptions_2ecpp_25', ['qmmmoptions.cpp', ['../tests_2qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ @@ -48,16 +48,16 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmqmmethod_29', ['QMMMQMMethod', ['../namespacegmx.xhtml#ae35b2c8b377f35030a2b9dfb697e2ea3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['qmmmsimulationparametersetup_30', ['QMMMSimulationParameterSetup', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMMSimulationParameterSetup.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['qmmmtopologyinfo_31', ['QMMMTopologyInfo', ['../structgmx_1_1QMMMTopologyInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_32', ['qmmmtopologypreprocessor', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a9cbf3dfe9cc1e591acdb6bf5723d54a8', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor::QMMMTopologyPreprocessor()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['readcheckpoint_70', ['readcheckpoint', ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#ad15e911e803e015e6473f7c1eb7f281c', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::readCheckpoint()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml#aa01f54a2056e9aa0a6fa87d52c4d027f', 1, 'gmx::BerendsenTemperatureCoupling::readCheckpoint()'], │ │ │ │ │ + ['readcheckpoint_70', ['readcheckpoint', ['../classgmx_1_1ITemperatureCouplingImpl.xhtml#a94f280e3751b37b4b109a5ff63054b74', 1, 'gmx::ITemperatureCouplingImpl::readCheckpoint()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1VRescaleTemperatureCoupling.xhtml#a90f8b87a5b2b0416bab500aebe63a996', 1, 'gmx::VRescaleTemperatureCoupling::readCheckpoint()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ITemperatureCouplingImpl.xhtml#a94f280e3751b37b4b109a5ff63054b74', 1, 'gmx::ITemperatureCouplingImpl::readCheckpoint()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml#aa01f54a2056e9aa0a6fa87d52c4d027f', 1, 'gmx::BerendsenTemperatureCoupling::readCheckpoint()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#ad15e911e803e015e6473f7c1eb7f281c', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::readCheckpoint()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readcheckpointdata_71', ['ReadCheckpointData', ['../namespacegmx.xhtml#abd9cf155c3e31c8c699051ad1dea3d3b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['readcheckpointdataholder_72', ['ReadCheckpointDataHolder', ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['readcheckpointtotrxframe_73', ['readcheckpointtotrxframe', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData.xhtml#a7dd83b0ad9158a757e111837bc404731', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ModularSimulator.xhtml#a14f99d57fa6ff26d83990460b8e0e097', 1, 'gmx::ModularSimulator::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a333328298283d95aa84be76408da4a7f', 1, 'gmx::StatePropagatorData::readCheckpointToTrxFrame()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -129,16 +129,16 @@ │ │ │ │ │ ['readentry_78', ['readEntry', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#aff99e1e654b284a758c0a54737bb2171', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['readfiletostring_79', ['readfiletostring', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a335a497245704967c1431f364ea0ca00', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const std::string &filename)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#ab60a4095bedb4918dda1e2071bf36454', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const std::filesystem::path &filename)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readfloat_80', ['readFloat', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a0d317c9ca0387d6e6a7bbab7eab5533f', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['readgridsize_81', ['readGridSize', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml#afe2d46ad54be09003ac706146d2c82c1', 1, 'pme_gather_sycl.cpp']]], │ │ │ │ │ ['readindexfromserializer_82', ['readIndexFromSerializer', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aea28757b483109810d993d9d1684ad10', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['reading_83', ['reading', ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#aa5f04de61828ef7af2c1585e3e91a277', 1, 'gmx::ISerializer::reading()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a7eca6d67ea8bea5006e111762492ca16', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::reading()'] │ │ │ │ │ + ['reading_83', ['reading', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a7eca6d67ea8bea5006e111762492ca16', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::reading()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#aa5f04de61828ef7af2c1585e3e91a277', 1, 'gmx::ISerializer::reading()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readinp_2ecpp_84', ['readinp.cpp', ['../tests_2readinp_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['readint32_85', ['readInt32', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#afee39969b1f4ed1ce509bbd6bd8e9bd9', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['readint64_86', ['readInt64', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a596176a0591133ef4331185c29cdf9c9', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['readinteger_87', ['readInteger', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a0202a4ac0d2c52d64122f2f9165341fe', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['readintegratedautocorrelationtimes_88', ['readIntegratedAutocorrelationTimes', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a8ddf5450efbad4686970059912aa32d7', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['readinternalparametersfromkvt_89', ['readinternalparametersfromkvt', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a70d2e05f69165b9126d74813f98f23fd', 1, 'gmx::ColvarsOptions::readInternalParametersFromKvt()'], │ │ │ │ │ @@ -146,36 +146,36 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a7001a33f3f283c4912a3ab3cfdd5b0f9', 1, 'gmx::QMMMOptions::readInternalParametersFromKvt()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readir_2ecpp_90', ['readir.cpp', ['../tests_2readir_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['readkvtcheckpointvalue_91', ['readkvtcheckpointvalue', ['../namespacegmx.xhtml#a05084482777d678a18da8a32b7410fba', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< real * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acf49b322c7346edb9b5d2e5cbbff100c', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< std::int64_t * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a868475d2fdb19a816c1170bd8a7e923f', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< ValueType * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['readline_92', ['readline', ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#a22384d24f47f270203e74d1b8f765234', 1, 'gmx::TextInputFile::readLine()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StandardInputStream.xhtml#a1c31a636987618552b18e9ec72c77400', 1, 'gmx::StandardInputStream::readLine()'], │ │ │ │ │ + ['readline_92', ['readline', ['../classgmx_1_1StandardInputStream.xhtml#a1c31a636987618552b18e9ec72c77400', 1, 'gmx::StandardInputStream::readLine()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#a22384d24f47f270203e74d1b8f765234', 1, 'gmx::TextInputFile::readLine()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml#a5312438a2d0d1ff527c027a4d7b5181d', 1, 'gmx::StringInputStream::readLine()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a8a4578260ea39592894870109d92e723', 1, 'gmx::TextReader::readLine()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextInputStream.xhtml#addd5947a5b6f6065db02467d8f3c5137', 1, 'gmx::TextInputStream::readLine()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['readlineimpl_93', ['readLineImpl', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02filestream_8cpp_03.xhtml#a790ebb9ff1c047f07a40d8e253abc7e5', 1, 'gmx::anonymous_namespace{filestream.cpp}']]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#a7774c66a2b407ff1cce0e6bea9ec5ca3', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer::reduce(gmx::ForceWithShiftForces *forceWithShiftForces, real *ener, gmx_grppairener_t *grpp, gmx::ArrayRef< real > dvdl, const gmx::StepWorkload &stepWork, int reductionBeginIndex)'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa4a37558328ab029203170ad4c6c4d01', 1, 'gmx::reduce(float a)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a157983d90620412d404e8a77d1ddbd0f', 1, 'gmx::reduce(double a)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['reduce_5fenergies_5fover_5flists_147', ['reduce_energies_over_lists', ['../namespacegmx.xhtml#a9a6140c185acf41158fecb86654d099e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['reduceatomforces_148', ['reduceAtomForces', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml#a80583d62a57d33aa6273af17077c6824', 1, 'pme_gather_sycl.cpp']]], │ │ │ │ │ ['reduceenergiesanddvdl_149', ['reduceEnergiesAndDvdl', ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#a1cea1fc1587955e216487f105ff730b5', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer']]], │ │ │ │ │ ['reduceenergywarpshuffle_150', ['reduceEnergyWarpShuffle', ['../namespacegmx.xhtml#a3da842b9a19f6597f9362c5ce45cb234', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['reduceforcei_151', ['reduceForceI', ['../namespacegmx.xhtml#a5aa31b7d8b3fbf5596365f7c52d9f75a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['reduceforceiandfshift_152', ['reduceForceIAndFShift', ['../namespacegmx.xhtml#a43a4233e627ec67a4f7082a15294ca27', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['reduceforceiandfshiftgeneric_153', ['reduceForceIAndFShiftGeneric', ['../namespacegmx.xhtml#a5f7ff281f1f88cb014ba42e0200e6aa0', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['reduceforceiandfshiftshuffles_154', ['reduceforceiandfshiftshuffles', ['../namespacegmx.xhtml#a84a0ae80b5a2eb8ce9b33980e39fac7c', 1, 'gmx::reduceForceIAndFShiftShuffles(const FCiBufferWrapperX &fCiBufX, const FCiBufferWrapperY &fCiBufY, const FCiBufferWrapperZ &fCiBufZ, const bool calcFShift, const sycl::nd_item< 3 > itemIdx, const int tidxi, const int tidxj, const int sci, const int shift, sycl::global_ptr< Float3 > a_f, sycl::global_ptr< Float3 > a_fShift)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ae004a6bfac4b3016d2d63efdcd369ada', 1, 'gmx::reduceForceIAndFShiftShuffles(const FCiBufferWrapperX &fCiBufX, const FCiBufferWrapperY &fCiBufY, const FCiBufferWrapperZ &fCiBufZ, const bool calcFShift, const sycl::nd_item< 3 > itemIdx, const int tidxi, const int tidxj, const int sci, const int shift, sycl::global_ptr< Float3 > a_f, sycl::global_ptr< Float3 > a_fShift)'] │ │ │ │ │ + ['reduceforceiandfshiftshuffles_154', ['reduceforceiandfshiftshuffles', ['../namespacegmx.xhtml#ae004a6bfac4b3016d2d63efdcd369ada', 1, 'gmx::reduceForceIAndFShiftShuffles(const FCiBufferWrapperX &fCiBufX, const FCiBufferWrapperY &fCiBufY, const FCiBufferWrapperZ &fCiBufZ, const bool calcFShift, const sycl::nd_item< 3 > itemIdx, const int tidxi, const int tidxj, const int sci, const int shift, sycl::global_ptr< Float3 > a_f, sycl::global_ptr< Float3 > a_fShift)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a84a0ae80b5a2eb8ce9b33980e39fac7c', 1, 'gmx::reduceForceIAndFShiftShuffles(const FCiBufferWrapperX &fCiBufX, const FCiBufferWrapperY &fCiBufY, const FCiBufferWrapperZ &fCiBufZ, const bool calcFShift, const sycl::nd_item< 3 > itemIdx, const int tidxi, const int tidxj, const int sci, const int shift, sycl::global_ptr< Float3 > a_f, sycl::global_ptr< Float3 > a_fShift)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['reduceforceiatomics_155', ['reduceForceIAtomics', ['../namespacegmx.xhtml#adecb745c2b9c00ff98640f0cab7a017b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['reduceforceiwarpshuffle_156', ['reduceForceIWarpShuffle', ['../namespacegmx.xhtml#a3bf0a5068f8c95dfe6701fd66f0c6e71', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['reduceforcej_157', ['reduceForceJ', ['../namespacegmx.xhtml#ad661682aa4975e4888dc037f2963fab5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['reduceforcejgeneric_158', ['reduceForceJGeneric', ['../namespacegmx.xhtml#a6448eb750730229632f6cfe1dd4cd4e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['reduceforcejshuffle_159', ['reduceForceJShuffle', ['../namespacegmx.xhtml#af26266e3ad400b52f213be8b993e7ced', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['reduceforcejwarpshuffle_160', ['reduceForceJWarpShuffle', ['../namespacegmx.xhtml#ac7a5b296bd2e314b872e37868c007003', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['reduceforces_161', ['reduceForces', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#aee84d207b97ac795edfccf0871e19305', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ │ - 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['../namespacegmx.xhtml#a6eac2eb3581affdefb5b3e79e000cf84', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSum(float *m, float v0, float v1, float v2, float v3)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga1e64aefa14afa2f473c4db52e82d4a99', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSum(float *m, SimdFloat v0, SimdFloat v1, SimdFloat v2, SimdFloat v3)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gace1c53e05ba045977e06eb98778c0123', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSum(double *m, SimdDouble v0, SimdDouble v1, SimdDouble v2, SimdDouble v3)'] │ │ │ │ │ + ['reduceincr4returnsum_163', ['reduceincr4returnsum', ['../namespacegmx.xhtml#a6eac2eb3581affdefb5b3e79e000cf84', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSum(float *m, float v0, float v1, float v2, float v3)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#afdd8c33571b1296598b509d30d254bac', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSum(double *m, double v0, double v1, double v2, double v3)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gace1c53e05ba045977e06eb98778c0123', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSum(double *m, SimdDouble v0, SimdDouble v1, SimdDouble v2, SimdDouble v3)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga1e64aefa14afa2f473c4db52e82d4a99', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSum(float *m, SimdFloat v0, SimdFloat v1, SimdFloat v2, SimdFloat v3)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['reduceincr4returnsumhsimd_164', ['reduceincr4returnsumhsimd', ['../group__module__simd.xhtml#ga774b79fe30e71192635a3081e369023e', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSumHsimd(double *m, SimdDouble v0, SimdDouble v1)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gab658dd5cd12d3a06f13bc4b36de8ef97', 1, 'gmx::reduceIncr4ReturnSumHsimd(float *m, SimdFloat v0, SimdFloat v1)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['reducekernel_165', ['reducekernel', ['../namespacegmx.xhtml#a68e274579d6490c94db5b13bb60c4518', 1, 'gmx::reduceKernel()'], │ │ │ │ │ ['../classReduceKernel.xhtml', 1, 'ReduceKernel< addRvecForce, accumulateForce >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -276,41 +276,41 @@ │ │ │ │ │ ['../classExclusionChecker_1_1Impl.xhtml#a27dd7618429f77db9a682af7ace14ec9', 1, 'ExclusionChecker::Impl::reductionBuffer_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['reductioncomplete_171', ['reductionComplete', ['../classgmx_1_1ObservablesReducer.xhtml#ac028339342fa5dcd15d5543ab6860769', 1, 'gmx::ObservablesReducer']]], │ │ │ │ │ ['reductionmask_172', ['reductionMask', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a996f8dc56f44ecd0cf0914f76cf2b228', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ │ ['reductionrequirement_173', ['ReductionRequirement', ['../namespacegmx.xhtml#a25c6f46e04e2414063d903e5d3133186', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['ref_174', ['ref', ['../structgmx__slabdata.xhtml#a38412c998c5ba1354af37003486baf1e', 1, 'gmx_slabdata']]], │ │ │ │ │ ['refcoordscaling_175', ['RefCoordScaling', ['../md__enums_8h.xhtml#a2bfefe0d553ac6f45e03b95b1074958d', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ - ['refcount_176', ['refcount', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#a3b4ef518ccc2a2d73f4b6ec7c51ac4c8', 1, 'gmx_ana_poscalc_t::refcount'], │ │ │ │ │ - ['../structt__compiler__data.xhtml#ae196d83e6698a395c6b7d8209b1fbb28', 1, 't_compiler_data::refcount'] │ │ │ │ │ + ['refcount_176', ['refcount', ['../structt__compiler__data.xhtml#ae196d83e6698a395c6b7d8209b1fbb28', 1, 't_compiler_data::refcount'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#a3b4ef518ccc2a2d73f4b6ec7c51ac4c8', 1, 'gmx_ana_poscalc_t::refcount'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['refcountarray_5f_177', ['refCountArray_', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml#afd87b9fa31f0f2cc2b751ec8bb6c5d87', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData']]], │ │ │ │ │ ['refdata_2ecpp_178', ['refdata.cpp', ['../refdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['refdata_2eh_179', ['refdata.h', ['../refdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['refdata_5f_180', ['refdata_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a31287f524234f4192ef1a8976135fc4d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::refData_'], │ │ │ │ │ + ['refdata_5f_180', ['refdata_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTest.xhtml#a74352cd3644497403614fff68f1ef29a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTest::refData_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a31287f524234f4192ef1a8976135fc4d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::refData_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTest.xhtml#a2fd2ad32770d7c25573eabcea6aa85d9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTest::refData_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTest.xhtml#ac4bfd433653eaf1598f15cd7769a38ca', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTest::refData_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTest.xhtml#a74352cd3644497403614fff68f1ef29a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTest::refData_'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTest.xhtml#ac4bfd433653eaf1598f15cd7769a38ca', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTest::refData_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['refdata_5fcheckers_2eh_181', ['refdata_checkers.h', ['../refdata__checkers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['refdata_5fimpl_2eh_182', ['refdata_impl.h', ['../refdata__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['refdata_5ftests_2ecpp_183', ['refdata_tests.cpp', ['../refdata__tests_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['refdata_5fxml_2ecpp_184', ['refdata_xml.cpp', ['../refdata__xml_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['refdata_5fxml_2eh_185', ['refdata_xml.h', ['../refdata__xml_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['refdatafilenamemaker_186', ['refdatafilenamemaker', ['../classgmx_1_1test_1_1RefDataFilenameMaker.xhtml#ad35dcf4dd812c4bc65e0bc6c8f662c75', 1, 'gmx::test::RefDataFilenameMaker::RefDataFilenameMaker()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1RefDataFilenameMaker.xhtml', 1, 'gmx::test::RefDataFilenameMaker< ParametersTuple >'] │ │ │ │ │ + ['refdatafilenamemaker_186', ['refdatafilenamemaker', ['../classgmx_1_1test_1_1RefDataFilenameMaker.xhtml', 1, 'gmx::test::RefDataFilenameMaker< ParametersTuple >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1RefDataFilenameMaker.xhtml#ad35dcf4dd812c4bc65e0bc6c8f662c75', 1, 'gmx::test::RefDataFilenameMaker::RefDataFilenameMaker()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['reference_187', ['reference', ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#aaa7f6ef205b5793ab33635f887e9f0bb', 1, 'gmx::ArrayRef::reference'], │ │ │ │ │ + ['reference_187', ['reference', ['../namespacegmx.xhtml#aa9e7df55e017bd726d027d65551bbd0ca63d5049791d9d79d86e9a108b0a999ca', 1, 'gmx::Reference'], │ │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ae261c5a75fa1c55507798631058dd98aa63d5049791d9d79d86e9a108b0a999ca', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::Reference'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa9e7df55e017bd726d027d65551bbd0ca63d5049791d9d79d86e9a108b0a999ca', 1, 'gmx::Reference'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a3d2a2e9fe6f804f4874d34e71d0b86a2', 1, 'gmx::MultiDimArray::reference'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#ac807efa3b744dfaadcaff697d14e7fe1', 1, 'gmx::accessor_basic::reference'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a52332c41a52c349ad09d85e3630279a3', 1, 'gmx::basic_mdspan::reference'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#aaa7f6ef205b5793ab33635f887e9f0bb', 1, 'gmx::ArrayRef::reference'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#aebaea1dc74ea9709b20e3c796fb8bb7b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::reference'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#aee3fd31d08439e9d2c711f370e54fadf', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::reference'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#aebaea1dc74ea9709b20e3c796fb8bb7b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::reference'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a52332c41a52c349ad09d85e3630279a3', 1, 'gmx::basic_mdspan::reference'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#ac807efa3b744dfaadcaff697d14e7fe1', 1, 'gmx::accessor_basic::reference'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a3d2a2e9fe6f804f4874d34e71d0b86a2', 1, 'gmx::MultiDimArray::reference'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['reference_20data_188', ['Running tests that use reference data', ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md54', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['reference_20data_20in_20c_20tests_189', ['Using reference data in C++ tests', ['../page_refdata.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['reference_20data_20in_20code_190', ['Using reference data in code', ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md53', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['reference_20data_20organization_191', ['Reference data organization', ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md52', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['reference_20temperature_20manager_192', ['Reference temperature manager', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md48', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['referencecoordinates_193', ['referenceCoordinates', ['../structt__oriresdata.xhtml#af77d3bc2cdec9b240c667f8075237a8a', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ @@ -343,16 +343,16 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['refids_213', ['refIds', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a14558d886a11842e39a1f93dfd1db358', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['refindex_214', ['refIndex', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPair.xhtml#a713650494eafbd30a66902c2971f16fe', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPair']]], │ │ │ │ │ ['refpairlist_215', ['RefPairList', ['../namespaceanonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03.xhtml#ac1da2ff320001e88dcc42758f8a3c21e', 1, 'anonymous_namespace{nbsearch.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['refproj_216', ['refproj', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__eigvec.xhtml#aa6c9c57d3dff85411b0faa930c3dcc71', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_eigvec']]], │ │ │ │ │ ['refreshmassesandcharges_217', ['refreshMassesAndCharges', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#ad86105740719b15fd3c97f7badc16b5c', 1, 'gmx::internal::SelectionData']]], │ │ │ │ │ ['refreshname_218', ['refreshName', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#aa9b2de19d441e2bbad3f0a3d9a6aa8dd', 1, 'gmx::internal::SelectionData']]], │ │ │ │ │ - ['register_2ecpp_219', ['register.cpp', ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['register_2ecpp_219', ['register.cpp', ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['register_2eh_220', ['register.h', ['../register_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['register_5fexternal_5fpull_5fpotential_221', ['register_external_pull_potential', ['../pull_8h.xhtml#a86dbe05b3e003570d0fa27706bebe5df', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ │ ['registeranalysisdataset_222', ['registerAnalysisDataset', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#a86b3b5cd87518e988e8b5452b39a3ad1', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule']]], │ │ │ │ │ ['registerawhwithpull_223', ['registerAwhWithPull', ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#af8957a0084804002508feb702f0e924a', 1, 'gmx::Awh']]], │ │ │ │ │ ['registerbasicdataset_224', ['registerBasicDataset', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#ad946d2af4c8e284ef349f2cd816495bb', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule']]], │ │ │ │ │ ['registerclient_225', ['registerclient', ['../classgmx_1_1CheckpointHelperBuilder.xhtml#a1bdeec36162c0a061c2a2079406795c3', 1, 'gmx::CheckpointHelperBuilder::registerClient()'], │ │ │ │ │ @@ -598,16 +598,16 @@ │ │ │ │ │ ['reset_5fdd_5fstatistics_5fcounters_385', ['reset_dd_statistics_counters', ['../partition_8cpp.xhtml#a92be035f88e19e516300e1533d809bb2', 1, 'reset_dd_statistics_counters(gmx_domdec_t *dd): partition.cpp'], │ │ │ │ │ ['../domdec_8h.xhtml#acad96b67c454abcc6a288f405e6fcbc8', 1, 'reset_dd_statistics_counters(struct gmx_domdec_t *dd): partition.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['reset_5ftime_5fstamp_386', ['reset_time_stamp', ['../structgmx__walltime__accounting.xhtml#a13975da9fdd690525fc42e407239581a', 1, 'gmx_walltime_accounting']]], │ │ │ │ │ ['reset_5ftime_5fstamp_5fper_5fthread_387', ['reset_time_stamp_per_thread', ['../structgmx__walltime__accounting.xhtml#a4eb3ea742565b3f06beeed688f389658', 1, 'gmx_walltime_accounting']]], │ │ │ │ │ ['resetcounters_388', ['resetCounters', ['../classgmx_1_1ResetHandler.xhtml#aa4169cf88998c4589d72046917ebe582', 1, 'gmx::ResetHandler']]], │ │ │ │ │ ['resetgpuprofiler_389', ['resetgpuprofiler', ['../gpu__utils__hip_8cpp.xhtml#a2c828cfba6c20fe2750f6f85fe5447d1', 1, 'resetGpuProfiler(): gpu_utils_hip.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../gpu__utils__impl_8cpp.xhtml#a2c828cfba6c20fe2750f6f85fe5447d1', 1, 'resetGpuProfiler(): gpu_utils_impl.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../gpu__utils_8h.xhtml#a2c828cfba6c20fe2750f6f85fe5447d1', 1, 'resetGpuProfiler(): gpu_utils_hip.cpp'] │ │ │ │ │ + ['../gpu__utils_8h.xhtml#a2c828cfba6c20fe2750f6f85fe5447d1', 1, 'resetGpuProfiler(): gpu_utils_hip.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../gpu__utils__impl_8cpp.xhtml#a2c828cfba6c20fe2750f6f85fe5447d1', 1, 'resetGpuProfiler(): gpu_utils_impl.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['resethalfway_390', ['resetHalfway', ['../structgmx_1_1TimingOptions.xhtml#af6cb28871a73197add9070e3a22a074f', 1, 'gmx::TimingOptions']]], │ │ │ │ │ ['resethandler_391', ['resethandler', ['../classgmx_1_1ResetHandler.xhtml#ab69eca70e63236a71a85c31a198e30ae', 1, 'gmx::ResetHandler::ResetHandler()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ResetHandler.xhtml', 1, 'gmx::ResetHandler'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['resethandler_2ecpp_392', ['resethandler.cpp', ['../resethandler_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['resethandler_2eh_393', ['resethandler.h', ['../resethandler_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -620,20 +620,20 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['residuenumber_399', ['residueNumber', ['../classAtomProxy.xhtml#a7617d31da6054df0f36abef1c0c798e5', 1, 'AtomProxy']]], │ │ │ │ │ ['residuenumbering_400', ['ResidueNumbering', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03.xhtml#a27934fd0700eb2d500e2fc238cc47a3c', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['residuenumberstart_401', ['residueNumberStart', ['../structMoleculeBlockIndices.xhtml#a6f12b59716e882a27fe3494f22513d41', 1, 'MoleculeBlockIndices']]], │ │ │ │ │ ['residuetypemap_402', ['residueTypeMap', ['../classAtomProperties_1_1Impl.xhtml#acaf2f88a38146198d85bb2efbad3350f', 1, 'AtomProperties::Impl']]], │ │ │ │ │ ['resind_403', ['resind', ['../classSimulationParticle.xhtml#a2a032bc224d2d0496e4497368d0cf5ec', 1, 'SimulationParticle']]], │ │ │ │ │ ['resinfo_404', ['ResInfo', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1ResInfo.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['resize_405', ['resize', ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a22ec2d396e6d5516807253cdf7315d21', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::resize()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PackedJClusterList.xhtml#abd51ce401b6104d68108d92605f287b6', 1, 'gmx::PackedJClusterList::resize()'], │ │ │ │ │ + ['resize_405', ['resize', ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a0cf5b13f5396ef37462afa1169b52266', 1, 'ForceHelperBuffers::resize()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1JClusterList.xhtml#abec4372470318ef2d1ca5bb9ec54682d', 1, 'gmx::JClusterList::resize()'], │ │ │ │ │ - ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a0cf5b13f5396ef37462afa1169b52266', 1, 'ForceHelperBuffers::resize()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#ae88e026c2360b85c493a0ee40be839b8', 1, 'gmx::ForceBuffers::resize()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a00333d19b00ff79c7fa1a3aa299a9bbe', 1, 'gmx::MultiDimArray::resize()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a00333d19b00ff79c7fa1a3aa299a9bbe', 1, 'gmx::MultiDimArray::resize()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a22ec2d396e6d5516807253cdf7315d21', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::resize()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PackedJClusterList.xhtml#abd51ce401b6104d68108d92605f287b6', 1, 'gmx::PackedJClusterList::resize()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['resizeandfillinput_406', ['resizeAndFillInput', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a480c88452d238aa1ade6e700d08f8e21', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['resizeboundingboxesandflags_407', ['resizeBoundingBoxesAndFlags', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#a601fbdabc22be51702b0919896fed9c5', 1, 'gmx::Grid']]], │ │ │ │ │ ['resizebufferandclearmask_408', ['resizeBufferAndClearMask', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#af0e0c875d2be09f0f44e44e8356118f0', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ │ ['resizechargea_409', ['resizeChargeA', ['../classgmx_1_1MDAtoms.xhtml#a81d94f5881be37d5e4726f84891781d3', 1, 'gmx::MDAtoms']]], │ │ │ │ │ ['resizechargeb_410', ['resizeChargeB', ['../classgmx_1_1MDAtoms.xhtml#add99ce7ff2a3db01c5be16081d5e720a', 1, 'gmx::MDAtoms']]], │ │ │ │ │ ['resizecoordinatebuffer_411', ['resizeCoordinateBuffer', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#ad2dc55465404612b6cf09250817025de', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ │ @@ -648,152 +648,152 @@ │ │ │ │ │ ['resno_418', ['resno', ['../structt__bb.xhtml#abca4d481eed4ccaa0da8b034f14b3e45', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ │ ['resolveexternalgroups_419', ['resolveExternalGroups', ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a3416692e00903f501ba5477a7aaeb00b', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl']]], │ │ │ │ │ ['resolveindexgroupreference_420', ['resolveIndexGroupReference', ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#aced165fd2e76c0a4b347a842df08e6b3', 1, 'gmx::SelectionTreeElement']]], │ │ │ │ │ ['resourcedivision_2ecpp_421', ['resourcedivision.cpp', ['../resourcedivision_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['resourcedivision_2eh_422', ['resourcedivision.h', ['../resourcedivision_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['rest_423', ['Rest', ['../classListedForces.xhtml#a73e4fa54dfd332da42036d5ae893da47a55276c10d84e1df7713b441e76e141f9', 1, 'ListedForces']]], │ │ │ │ │ ['restart_424', ['restart', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a042a562c3d15f46735fcfa50095354ae', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General']]], │ │ │ │ │ - ['restartwithappending_425', ['restartwithappending', ['../namespacegmx.xhtml#acae779a4433c059b8816709407cd27b3a874e93f6125b5916d24153ae9f893aea', 1, 'gmx::RestartWithAppending'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__enfrot.xhtml#adc96d15064cafde0d3a2c004a7bdf2a6', 1, 'gmx_enfrot::restartWithAppending'] │ │ │ │ │ + ['restartwithappending_425', ['restartwithappending', ['../structgmx__enfrot.xhtml#adc96d15064cafde0d3a2c004a7bdf2a6', 1, 'gmx_enfrot::restartWithAppending'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#acae779a4433c059b8816709407cd27b3a874e93f6125b5916d24153ae9f893aea', 1, 'gmx::RestartWithAppending'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['restartwithoutappending_426', ['RestartWithoutAppending', ['../namespacegmx.xhtml#acae779a4433c059b8816709407cd27b3a2b22b4d15e1b3916988c995eabfd1022', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['restcbt_2ecpp_427', ['restcbt.cpp', ['../restcbt_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['restcbt_2eh_428', ['restcbt.h', ['../restcbt_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['restoreatomgroups_429', ['restoreAtomGroups', ['../partition_8cpp.xhtml#ad801cbb98c298a989149f55db1426408', 1, 'partition.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['restorecheckpointstate_430', ['restorecheckpointstate', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gaddd53637b729df12b60f9d7fcf29d596', 1, 'gmx::ICheckpointHelperClient::restoreCheckpointState()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#aa8b6995464117c9a993199a98a2c1f26', 1, 'gmx::EnergyData::Element::restoreCheckpointState()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExpandedEnsembleElement.xhtml#a340d2bbc4d8658483fdd724ce524f402', 1, 'gmx::ExpandedEnsembleElement::restoreCheckpointState()'], │ │ │ │ │ + ['restorecheckpointstate_430', ['restorecheckpointstate', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a3a66fb7239b06f74a2d7a8c9c75c232b', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::restoreCheckpointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#a200d724c731b669675c5632338e02399', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::restoreCheckpointState()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a3a66fb7239b06f74a2d7a8c9c75c232b', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::restoreCheckpointState()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ExpandedEnsembleElement.xhtml#a340d2bbc4d8658483fdd724ce524f402', 1, 'gmx::ExpandedEnsembleElement::restoreCheckpointState()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#aa8b6995464117c9a993199a98a2c1f26', 1, 'gmx::EnergyData::Element::restoreCheckpointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a86648b174602e4177469dac9456adb97', 1, 'gmx::MttkData::restoreCheckpointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsData.xhtml#aca490a230c5faaa89e3243ad3dfcb466', 1, 'gmx::NoseHooverChainsData::restoreCheckpointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#a53995833a69ed96e5e6bf8dc67db58fa', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::restoreCheckpointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#a4a66a3e4c61f130caee1046c1c691b8b', 1, 'gmx::PullElement::restoreCheckpointState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1Element.xhtml#a07754991f446e0861903a2cd942e565b', 1, 'gmx::StatePropagatorData::Element::restoreCheckpointState()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#ab203c8b4d7bf3919295efe79eb4eefb1', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::restoreCheckpointState()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#ab203c8b4d7bf3919295efe79eb4eefb1', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::restoreCheckpointState()'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gaddd53637b729df12b60f9d7fcf29d596', 1, 'gmx::ICheckpointHelperClient::restoreCheckpointState()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['restorecorrelationgridstatefromhistory_431', ['restoreCorrelationGridStateFromHistory', ['../namespacegmx.xhtml#acf507d7b44182c8c37cbcd937c1c7599', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['restorefromhistory_432', ['restorefromhistory', ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml#acb173f6b9fa0aadf3a5a28c69da01edb', 1, 'gmx::CoordState::restoreFromHistory()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#a9fd8eac82a8b14ecb2869503fbdc81d8', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::restoreFromHistory()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CorrelationTensor.xhtml#a00f78d505b4d1003951c91a91c3e1b95', 1, 'gmx::CorrelationTensor::restoreFromHistory()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HistogramSize.xhtml#a7eee04908e9882406ae2e00763881df9', 1, 'gmx::HistogramSize::restoreFromHistory()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CorrelationTensor.xhtml#a00f78d505b4d1003951c91a91c3e1b95', 1, 'gmx::CorrelationTensor::restoreFromHistory()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#a9fd8eac82a8b14ecb2869503fbdc81d8', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::restoreFromHistory()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#ad8522c889d5b1b40ab3fb2372fa84d3a', 1, 'gmx::BiasState::restoreFromHistory()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['restoreoriginalpositions_433', ['restoreOriginalPositions', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a395ca8cd36c1866c57138a0a98b1d3d2', 1, 'gmx::internal::SelectionData']]], │ │ │ │ │ ['restorestatefromhistory_434', ['restorestatefromhistory', ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#ab81baa3827202340b4a98f62cb9f9b77', 1, 'gmx::Awh::restoreStateFromHistory()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#adcff31915c01491037e7e6c80a0c65de', 1, 'gmx::Bias::restoreStateFromHistory()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#a421c6ad2c5dba69890d0708c48189626', 1, 'gmx::CorrelationGrid::restoreStateFromHistory()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['restraint_5f_435', ['restraint_', ['../classgmx_1_1RestraintManager_1_1Impl.xhtml#a2c4d8f86290d69b5ae83028b40c70188', 1, 'gmx::RestraintManager::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['restraintforceprovider_436', ['restraintforceprovider', ['../classgmx_1_1RestraintForceProvider.xhtml#a2ea49645b7ba977877ce2f6d588ce14b', 1, 'gmx::RestraintForceProvider::RestraintForceProvider()=delete'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RestraintForceProvider.xhtml#a1ecb88554ba888b26308a093897f16d2', 1, 'gmx::RestraintForceProvider::RestraintForceProvider(std::shared_ptr< gmx::IRestraintPotential > restraint, const std::vector< int > &sites)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RestraintForceProvider.xhtml', 1, 'gmx::RestraintForceProvider'] │ │ │ │ │ - ]], │ │ │ │ │ - ['restraintmanager_437', ['restraintmanager', ['../classgmx_1_1RestraintManager.xhtml#a88f30a06bda8b1aaf1632de1f65df099', 1, 'gmx::RestraintManager::RestraintManager(const RestraintManager &)=default'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RestraintManager.xhtml#a2ba1db36977a042f31d4387f0af700da', 1, 'gmx::RestraintManager::RestraintManager()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RestraintManager.xhtml', 1, 'gmx::RestraintManager'] │ │ │ │ │ + ['restraintforceprovider_436', ['restraintforceprovider', ['../classgmx_1_1RestraintForceProvider.xhtml#a1ecb88554ba888b26308a093897f16d2', 1, 'gmx::RestraintForceProvider::RestraintForceProvider()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RestraintForceProvider.xhtml', 1, 'gmx::RestraintForceProvider'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RestraintForceProvider.xhtml#a2ea49645b7ba977877ce2f6d588ce14b', 1, 'gmx::RestraintForceProvider::RestraintForceProvider()'] │ │ │ │ │ + ]], │ │ │ │ │ + ['restraintmanager_437', ['restraintmanager', ['../classgmx_1_1RestraintManager.xhtml', 1, 'gmx::RestraintManager'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RestraintManager.xhtml#a88f30a06bda8b1aaf1632de1f65df099', 1, 'gmx::RestraintManager::RestraintManager(const RestraintManager &)=default'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RestraintManager.xhtml#a2ba1db36977a042f31d4387f0af700da', 1, 'gmx::RestraintManager::RestraintManager()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['restraintmdmodule_438', ['restraintmdmodule', ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml', 1, 'gmx::RestraintMDModule'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#a50f5bfaaaa6992687e88809e87e4aa47', 1, 'gmx::RestraintMDModule::RestraintMDModule()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['restraintmdmodule_2eh_439', ['restraintmdmodule.h', ['../restraintmdmodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['restraintmdmodule_5fimpl_2eh_440', ['restraintmdmodule_impl.h', ['../restraintmdmodule__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['restraintmdmoduleimpl_441', ['restraintmdmoduleimpl', ['../classgmx_1_1RestraintMDModuleImpl.xhtml#a54de4c03661d9c50b157d4eac2ff91bc', 1, 'gmx::RestraintMDModuleImpl::RestraintMDModuleImpl()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1RestraintMDModuleImpl.xhtml', 1, 'gmx::RestraintMDModuleImpl'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1RestraintMDModuleImpl.xhtml#ab50ed2c619eb47631e37e4c09335dad6', 1, 'gmx::RestraintMDModuleImpl::RestraintMDModuleImpl()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['restraintpotential_2eh_442', ['restraintpotential.h', ['../restraintpotential_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['restraints_443', ['MD restraints', ['../group__module__restraint.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['restructuredtext_444', ['reStructuredText', ['../page_onlinehelp.xhtml#autotoc_md92', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['result_445', ['result', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1WrapperToString.xhtml#a40d6aa7b29d4ad6d118330e717cdb49a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::WrapperToString::result()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1MessageWriterString.xhtml#a2d15a5423a52caf991c7ac3a629e3f7e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::MessageWriterString::result()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1WrapperToVector.xhtml#a8637970c369138f67d458009d89eb45f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::WrapperToVector::result()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1WrapperToVector.xhtml#a8637970c369138f67d458009d89eb45f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::WrapperToVector::result()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1MessageWriterString.xhtml#a2d15a5423a52caf991c7ac3a629e3f7e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::MessageWriterString::result()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['result_5ftype_446', ['result_type', ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a2e0bb126ffd88f9e0883780c47f6ee3c', 1, 'gmx::NormalDistribution::result_type'], │ │ │ │ │ + ['result_5ftype_446', ['result_type', ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a384fca723e4cb01f8cffb1599fbbfb25', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::result_type'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a2e0bb126ffd88f9e0883780c47f6ee3c', 1, 'gmx::NormalDistribution::result_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#aa89ced8831b517d66ec14b9651d4d839', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::result_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#adcd2d91808bc5070368ebea2413b9d40', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::result_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a49eb1ec91a01565bd43c5f814c8c61eb', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::result_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a5994ceab9c95172d42eff0c9e593152b', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::result_type'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a384fca723e4cb01f8cffb1599fbbfb25', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::result_type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a3f1e0f12d70ff0169d81336dfc47005e', 1, 'gmx::GammaDistribution::result_type'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['returnsmallvalue_447', ['returnSmallValue', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abdf1d780a8431718adcb3496ce291ff7', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['reverse_5fcomparison_5ftype_448', ['reverse_comparison_type', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#aeafad0888285495ec3de412cfe3b51db', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ │ ['reverse_5fiterator_449', ['reverse_iterator', ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#ae18f861cba1efafc6244762cd5297be0', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::reverse_iterator'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a7315bec08791e7945bb9cd1b27441b10', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::reverse_iterator'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a0a3dbf927d466898190de4a40584e96a', 1, 'gmx::ArrayRef::reverse_iterator'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['reverse_5fselelem_5fchain_450', ['reverse_selelem_chain', ['../compiler_8cpp.xhtml#a384e619869bf64aa2bf44132e721fa38', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['reverseboolean_5f_451', ['reverseBoolean_', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#ae88434ca2ec276557995c714587542f3', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl']]], │ │ │ │ │ ['reversetopology_2ecpp_452', ['reversetopology.cpp', ['../reversetopology_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['reversetopology_2eh_453', ['reversetopology.h', ['../reversetopology_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['reversetopoptions_454', ['reversetopoptions', ['../structReverseTopOptions.xhtml', 1, 'ReverseTopOptions'], │ │ │ │ │ - ['../structReverseTopOptions.xhtml#a93107a59034756713c95375a16c6abda', 1, 'ReverseTopOptions::ReverseTopOptions()'] │ │ │ │ │ + ['reversetopoptions_454', ['reversetopoptions', ['../structReverseTopOptions.xhtml#a93107a59034756713c95375a16c6abda', 1, 'ReverseTopOptions::ReverseTopOptions()'], │ │ │ │ │ + ['../structReverseTopOptions.xhtml', 1, 'ReverseTopOptions'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rf_455', ['rf', ['../namespacegmx.xhtml#a9b1e5351eeecaeb1a7f02e83888b3e75a3fe3de84275c2edcd95efff999764322', 1, 'gmx::RF'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a0f93957d57799d2e5cac00fceb180a99a3fe3de84275c2edcd95efff999764322', 1, 'gmx::RF'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rgb_456', ['rgb', ['../structt__mapping.xhtml#a98417c94f109c3cbc1e9e0b25534216f', 1, 't_mapping']]], │ │ │ │ │ ['rho_5f_457', ['rho_', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02neldermead_8cpp_03_1_1NelderMeadParameters.xhtml#a73ccffbed6ad0c79de0ef14011b91898', 1, 'gmx::anonymous_namespace{neldermead.cpp}::NelderMeadParameters']]], │ │ │ │ │ ['right_458', ['right', ['../structt__methoddata__compare.xhtml#ac382cfe023969100b9b77c3a6120e44b', 1, 't_methoddata_compare']]], │ │ │ │ │ ['rij_459', ['rij', ['../structgmx_1_1shakedata.xhtml#abfe0e19273e9ae81546da93eb4dcee0d', 1, 'gmx::shakedata']]], │ │ │ │ │ ['rinvsixandrinvtwelve_460', ['rInvSixAndRInvTwelve', ['../namespacegmx.xhtml#a45fd102f4b6eb066d01c971514f0e9b3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['riscv32_461', ['riscv32', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a70f7ef8f88947d28ec7730af478e809b', 1, 'gmx::CpuInfo::RiscV32'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a70f7ef8f88947d28ec7730af478e809b', 1, 'gmx::RiscV32'] │ │ │ │ │ + ['riscv32_461', ['riscv32', ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a70f7ef8f88947d28ec7730af478e809b', 1, 'gmx::RiscV32'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a70f7ef8f88947d28ec7730af478e809b', 1, 'gmx::CpuInfo::RiscV32'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['riscv64_462', ['riscv64', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a75666d50ac4ccd71bbcb1ab0d9673268', 1, 'gmx::CpuInfo::RiscV64'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a75666d50ac4ccd71bbcb1ab0d9673268', 1, 'gmx::RiscV64'] │ │ │ │ │ + ['riscv64_462', ['riscv64', ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a75666d50ac4ccd71bbcb1ab0d9673268', 1, 'gmx::RiscV64'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a75666d50ac4ccd71bbcb1ab0d9673268', 1, 'gmx::CpuInfo::RiscV64'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rkl_463', ['RKL', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a679ce4247ea1c907ac1caa1e3a89e064', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]], │ │ │ │ │ ['rlist_464', ['rlist', ['../structgmx_1_1NbnxnPairlistCpu.xhtml#a44414e958c4600e1a231cb66911d465a', 1, 'gmx::NbnxnPairlistCpu']]], │ │ │ │ │ - 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['rocfftplan_479', ['rocfftplan', ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#ae546ea222f7e7a49c70d8487d5b23f30', 1, 'gmx::RocfftPlan::RocfftPlan(RocfftPlan &&other)=default'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#aea1219eb1c03b69e1fe05682dbba4a0a', 1, 'gmx::RocfftPlan::RocfftPlan(const RocfftPlan &other)=delete'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#a7d8930daa33d399d9b5ceba0b73ee433', 1, 'gmx::RocfftPlan::RocfftPlan(rocfft_plan inPlan, rocfft_execution_info inInfo, void *inWorkBuffer)'], │ │ │ │ │ + ['rocfftplan_479', ['rocfftplan', ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#aea1219eb1c03b69e1fe05682dbba4a0a', 1, 'gmx::RocfftPlan::RocfftPlan()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml', 1, 'gmx::RocfftPlan'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#a682a2c093de6a4a8897c0e050ad3495f', 1, 'gmx::RocfftPlan::RocfftPlan()=default'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml', 1, 'gmx::RocfftPlan'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#a7d8930daa33d399d9b5ceba0b73ee433', 1, 'gmx::RocfftPlan::RocfftPlan(rocfft_plan inPlan, rocfft_execution_info inInfo, void *inWorkBuffer)'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1RocfftPlan.xhtml#ae546ea222f7e7a49c70d8487d5b23f30', 1, 'gmx::RocfftPlan::RocfftPlan(RocfftPlan &&other)=default'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rollingprune_5fk_480', ['rollingPrune_k', ['../structgmx_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a0423626972f0e72abdb344720cd233c3', 1, 'gmx::GpuTimers::Interaction']]], │ │ │ │ │ ['rollingpruningnumparts_481', ['rollingPruningNumParts', ['../classgmx_1_1GpuPairlist.xhtml#a4ef920bcb9c14443583f27098d035854', 1, 'gmx::GpuPairlist']]], │ │ │ │ │ ['rollingpruningpart_482', ['rollingPruningPart', ['../classgmx_1_1GpuPairlist.xhtml#ada1dd86ec5219e8c8995e3fdf334e524', 1, 'gmx::GpuPairlist']]], │ │ │ │ │ ['root_483', ['root', ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#a4f0bd58ce42e29ea61e4a3eb1f513a70', 1, 'gmx_ana_selcollection_t']]], │ │ │ │ │ - ['root_20elements_484', ['root elements', ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree_root', 1, 'Root elements'], │ │ │ │ │ - ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_root', 1, 'Root elements'] │ │ │ │ │ + ['root_20elements_484', ['root elements', ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_root', 1, 'Root elements'], │ │ │ │ │ + ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree_root', 1, 'Root elements'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rootchecker_485', ['rootchecker', ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestBase.xhtml#a16a7a56e9d9ea0e631bc03deced58b43', 1, 'gmx::test::CommandLineTestBase::rootChecker()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceData.xhtml#a2c751bb515d71cebb3ad802ec6a5eb0c', 1, 'gmx::test::TestReferenceData::rootChecker()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rootchecker_5f_486', ['rootChecker_', ['../classgmx_1_1test_1_1MockAnalysisDataModule_1_1Impl.xhtml#a3dba79aee9aaadfd6b6adc67cb7ada5d', 1, 'gmx::test::MockAnalysisDataModule::Impl']]], │ │ │ │ │ ['rootcontext_5f_487', ['rootContext_', ['../classgmx_1_1HelpManager_1_1Impl.xhtml#ae3ee0d8b2ca746f7d6538f6f82bc6e87', 1, 'gmx::HelpManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['rootelement_488', ['rootElement', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a698080c804c5e9a34a7af05fef433f48', 1, 'gmx::internal::SelectionData']]], │ │ │ │ │ ['rootgroup_5f_489', ['rootGroup_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a746770d40259c0f7a5e168e591099608', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ │ ['roothelp_490', ['rootHelp', ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#a90a09fad0787827df564a1a8d109ad99', 1, 'gmx_ana_selcollection_t']]], │ │ │ │ │ - ['roothelptopic_491', ['roothelptopic', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1RootHelpTopic.xhtml#a42b2f8443039fde68da33c42af0676f1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::RootHelpTopic::RootHelpTopic()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1RootHelpTopic.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::RootHelpTopic'] │ │ │ │ │ + ['roothelptopic_491', ['roothelptopic', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1RootHelpTopic.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::RootHelpTopic'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1RootHelpTopic.xhtml#a42b2f8443039fde68da33c42af0676f1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::RootHelpTopic::RootHelpTopic()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rootobject_492', ['rootObject', ['../classgmx_1_1KeyValueTreeBuilder.xhtml#a9f96c058d484ce9704d0a5882655fbc7', 1, 'gmx::KeyValueTreeBuilder']]], │ │ │ │ │ ['rootsection_493', ['rootsection', ['../classgmx_1_1Options.xhtml#adc694f73e1028508aac71505004c1baf', 1, 'gmx::Options::rootSection()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Options.xhtml#ac1972b89645567545b6fe56ffce85be7', 1, 'gmx::Options::rootSection() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rootsection_5f_494', ['rootSection_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionsImpl.xhtml#aae2ae9404366e389396a17d98888f974', 1, 'gmx::internal::OptionsImpl']]], │ │ │ │ │ ['rot_495', ['rot', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a5419d8388628370df305ed4eef55d891', 1, 'gmx_enfrot']]], │ │ │ │ │ @@ -802,20 +802,20 @@ │ │ │ │ │ ['rotationgroupfitting_498', ['RotationGroupFitting', ['../md__enums_8h.xhtml#ae7645fe1c904c674a6eff40099bbf54b', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['rotationmatrix_499', ['rotationMatrix', ['../structt__oriresdata.xhtml#a97a2ad539961d1a51107689da353e5a4', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['rotationtest_500', ['RotationTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pull__rotation_8cpp_03_1_1RotationTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pull_rotation.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['rotg_501', ['rotg', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a79271ea46265543ae50c033d57b44185', 1, 'gmx_enfrotgrp']]], │ │ │ │ │ ['rotmat_502', ['rotmat', ['../structgmx__potfit.xhtml#a2be23c8803734a28c72c00e76998e94a', 1, 'gmx_potfit::rotmat'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a1bf7890be21ffc4000a5ad74e282b2d7', 1, 'gmx_enfrotgrp::rotmat'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['round_503', ['round', ['../group__module__simd.xhtml#ga3b425556720d8ff72c1998c86c777e75', 1, 'gmx::round(Simd4Double a)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gacf1bf91a0d1377886282a96f558798c8', 1, 'gmx::round(Simd4Float a)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gae99869398e453b11f1305a657ce8d886', 1, 'gmx::round(SimdDouble a)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga3ef18bc7373b1450c963374f72d472e4', 1, 'gmx::round(SimdFloat a)'], │ │ │ │ │ + ['round_503', ['round', ['../group__module__simd.xhtml#ga3ef18bc7373b1450c963374f72d472e4', 1, 'gmx::round(SimdFloat a)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a1c0a061335a242530d8d791459a8e2d0', 1, 'gmx::round(float a)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a15179b513c1ec4ec0b9090e57b76bac4', 1, 'gmx::round(double a)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gae99869398e453b11f1305a657ce8d886', 1, 'gmx::round(SimdDouble a)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gacf1bf91a0d1377886282a96f558798c8', 1, 'gmx::round(Simd4Float a)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a15179b513c1ec4ec0b9090e57b76bac4', 1, 'gmx::round(double a)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga3b425556720d8ff72c1998c86c777e75', 1, 'gmx::round(Simd4Double a)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['roundrange_504', ['roundRange', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#ae07130b1401d09f671d638d0a5baefda', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer']]], │ │ │ │ │ ['roundtoint_505', ['roundtoint', ['../namespacegmx.xhtml#ad2245fd74bac5cf711c5dd778d3f5814', 1, 'gmx::roundToInt(float x)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ae6c2ecaec2673dd1285987dae340183f', 1, 'gmx::roundToInt(double x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['roundtoint64_506', ['roundtoint64', ['../namespacegmx.xhtml#afb90b51b074bcb2e89b7af0938ea39f8', 1, 'gmx::roundToInt64(float x)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af0bf93e957fce3f96a315db6119ddcaa', 1, 'gmx::roundToInt64(double x)'] │ │ │ │ │ @@ -848,16 +848,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a53c460d9ca735016ca20de2b88a8ea95', 1, 'gmx::ImdSession::Impl::run()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#a338fccd494f73b5ac1e971c95047c292', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule::run()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager.xhtml#a6b3468b2c6cbafe1b528267208f6db46', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::run()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#ac8f6a56e9fa74cd52d3ff8bbdea07604', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::run()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a63c87194b410cf4bbbc08b06bfceeb5b', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::run()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['runallcallbacks_518', ['runAllCallbacks', ['../namespacegmx.xhtml#a8fc5799d2e6b3015649269495c4a391d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - 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['scale_113', ['scale', ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml#a5c019da79bddcfb0ac07f2a757a269bc', 1, 'PmeGpuDynamicParams::scale'], │ │ │ │ │ - ['../structt__forcetable.xhtml#a74042b613c0660e9d1a66b49147d0159', 1, 't_forcetable::scale'], │ │ │ │ │ + ['scale_113', ['scale', ['../structt__forcetable.xhtml#a74042b613c0660e9d1a66b49147d0159', 1, 't_forcetable::scale'], │ │ │ │ │ + ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml#a5c019da79bddcfb0ac07f2a757a269bc', 1, 'PmeGpuDynamicParams::scale'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#aa587cc1c76049dce893923692e23d769', 1, 'gmx::MttkData::scale()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['scaleall_114', ['scaleAll', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#a749915682fa7728ee088dfd6726b1736', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['scaleallbyvector_115', ['scaleAllByVector', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#aabe3becd12550d662e727afbd168f433', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['scalebox_116', ['scaleBox', ['../classEwaldBoxZScaler.xhtml#a67431757f83b309cf81b3cf96eabe7bf', 1, 'EwaldBoxZScaler']]], │ │ │ │ │ ['scalebyvector_117', ['scaleByVector', ['../namespacegmx.xhtml#a0f5022a3da3a90ab52ba2cec11c936d5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['scalecoordinates_118', ['scaleCoordinates', ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a9376d1cbbecb20c18661950973814d0d', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl']]], │ │ │ │ │ ['scaled_5flagrange_5fmultiplier_119', ['scaled_lagrange_multiplier', ['../structgmx_1_1shakedata.xhtml#adde8f58fcb5ada8d634039c00ca42a58', 1, 'gmx::shakedata']]], │ │ │ │ │ ['scaledsampleweight_120', ['ScaledSampleWeight', ['../namespacegmx.xhtml#aa78c6481d10a93316c155ffdf021e581a7cffc85b2f1c2177a818913479ea4f18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['scaleinternaltouserinput_121', ['scaleInternalToUserInput', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a8b7199033caa1dbea6f4fbc8457c3103', 1, 'gmx::DimParams']]], │ │ │ │ │ ['scalekernel_122', ['scaleKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a3478a6cdaf4905d5f1939a1cc0f7672c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['scaleoperationonly_123', ['scaleOperationOnly', ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml#acc95c4510196adaa2be2e247eaa400a6', 1, 'gmx::TranslateAndScale']]], │ │ │ │ │ - ['scalepositions_124', ['scalepositions', ['../namespacegmx.xhtml#aa40466eed05791a3c070a9620d0118a5', 1, 'gmx::scalePositions(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict x)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a0ad0cca109a60ba3ddbe1df8f32d19ba', 1, 'gmx::ScalePositions'] │ │ │ │ │ + ['scalepositions_124', ['scalepositions', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a0ad0cca109a60ba3ddbe1df8f32d19ba', 1, 'gmx::ScalePositions'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa40466eed05791a3c070a9620d0118a5', 1, 'gmx::scalePositions(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['scalesingle_125', ['scaleSingle', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#abb37138b6fef236b38b46177ab3a7f16', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ │ ['scaletarget_126', ['scaleTarget', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a93751c7f51be9d69545a30ce189bffc2', 1, 'gmx::PointState']]], │ │ │ │ │ ['scaletargetbymetric_127', ['scaleTargetByMetric', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#ad9bd18c9c3bb06a0a31ae993dc420eba', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ │ ['scaleuserinputtointernal_128', ['scaleUserInputToInternal', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a004d2c59395c40d1600fcfecde06de49', 1, 'gmx::DimParams']]], │ │ │ │ │ - ['scalevelocities_129', ['scalevelocities', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a2108282211446e168416bdfc55bbbda1', 1, 'gmx::ScaleVelocities'], │ │ │ │ │ + ['scalevelocities_129', ['scalevelocities', ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a92ef8227ecb881d5a8f7fd2b3882afe3', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl::scaleVelocities()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a4e4da4f100aca65e4733c6fe8e881a45', 1, 'gmx::scaleVelocities(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict v)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga5ff057aa36da97961cf549a2d15d0a1d', 1, 'gmx::ScaleVelocities'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a92ef8227ecb881d5a8f7fd2b3882afe3', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl::scaleVelocities()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a4e4da4f100aca65e4733c6fe8e881a45', 1, 'gmx::scaleVelocities(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict v)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a2108282211446e168416bdfc55bbbda1', 1, 'gmx::ScaleVelocities'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['scalingmatrix_130', ['ScalingMatrix', ['../structgmx_1_1ScalingMatrix.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['scan_5fedvec_131', ['scan_edvec', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa33eff7a8d809b89f9cf9041736b276e', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['scanner_2eh_132', ['scanner.h', ['../scanner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scanner_5finternal_2ecpp_133', ['scanner_internal.cpp', ['../scanner__internal_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scanner_5finternal_2eh_134', ['scanner_internal.h', ['../scanner__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scantemporary_135', ['scanTemporary', ['../classgmx_1_1GpuPairlistSorting.xhtml#af57aed49734b372a758187b23a0a347c', 1, 'gmx::GpuPairlistSorting']]], │ │ │ │ │ @@ -202,34 +202,34 @@ │ │ │ │ │ ['scatteringfactors_2ecpp_145', ['scatteringfactors.cpp', ['../scatteringfactors_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scatteringfactors_2eh_146', ['scatteringfactors.h', ['../scatteringfactors_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['scatteringmodule_147', ['ScatteringModule', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02scattering_8cpp_03_1_1ScatteringModule.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{scattering.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['scattertype_148', ['ScatterType', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02scattering_8cpp_03.xhtml#af68bed217f507f95a84693dad6919bcb', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{scattering.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['scattertypenames_149', ['ScatterTypeNames', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02scattering_8cpp_03.xhtml#a060d9ca319f3fcc1995bb836c0dc58ab', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{scattering.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['schedulecheckoflocaltopology_150', ['scheduleCheckOfLocalTopology', ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker.xhtml#a0d84c8f23ed94741752cf48063dee793', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker']]], │ │ │ │ │ ['scheduleoninitstep_151', ['ScheduleOnInitStep', ['../namespacegmx.xhtml#a65a4da1c9de2e9bed752f8b8a3f9f536', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['scheduletask_152', ['scheduletask', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a481f40331c19d897e8f19f6e6df28c35', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['scheduletask_152', ['scheduletask', ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml#aadb56e05e1e98a746c3d7efe690b36f9', 1, 'gmx::MttkElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#a8978e8d9ea8378ce811b481ba300ceb2', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryElement.xhtml#af5d77577c343b5a6213b0183599f0dd3', 1, 'gmx::TrajectoryElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1Element.xhtml#a78ea1b79b3207c007545ee32f75a5c18', 1, 'gmx::StatePropagatorData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#a5de27b8c103d61af4fc0d4485f0696d8', 1, 'gmx::PullElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#ab0f183bf218447632393e134cd168926', 1, 'gmx::Propagator::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#aedfd16655cf7fecee54f630ce17f59f7', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsElement.xhtml#ae18d9a9b5dd62c70e247de9cacb7e49b', 1, 'gmx::NoseHooverChainsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkBoxScaling.xhtml#a843d396f3a4b61ba30f61e75621125bf', 1, 'gmx::MttkBoxScaling::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml#aadb56e05e1e98a746c3d7efe690b36f9', 1, 'gmx::MttkElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga885f0c13ca151b4f3faff2b6693be4d5', 1, 'gmx::ISimulatorElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml#a5ee9dc6b064ef1302b6c1f87584a59fc', 1, 'gmx::ForceElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#aae8bd9e527ae47ec32a1bbdf7280d3d7', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga885f0c13ca151b4f3faff2b6693be4d5', 1, 'gmx::ISimulatorElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a481f40331c19d897e8f19f6e6df28c35', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExpandedEnsembleElement.xhtml#a10f8d4fb2cf188bdfa934a3d41f504a7', 1, 'gmx::ExpandedEnsembleElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a087252166c905077ef90d523b181b975', 1, 'gmx::EnergyData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ConstraintsElement.xhtml#a94d2b1115cc744e608601b6ae0755566', 1, 'gmx::ConstraintsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ComputeGlobalsElement.xhtml#a6ad79f672990c0e51239a15dc170d442', 1, 'gmx::ComputeGlobalsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CompositeSimulatorElement.xhtml#a63bab13598122656712cebb8ba83997c', 1, 'gmx::CompositeSimulatorElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#aae8bd9e527ae47ec32a1bbdf7280d3d7', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AndersenTemperatureCoupling.xhtml#ac08b0da8d9082185faf25841681a52f6', 1, 'gmx::AndersenTemperatureCoupling::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CheckpointHelper.xhtml#a816df5001cbd0c60982950c1bb4e949e', 1, 'gmx::CheckpointHelper::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AndersenTemperatureCoupling.xhtml#ac08b0da8d9082185faf25841681a52f6', 1, 'gmx::AndersenTemperatureCoupling::scheduleTask()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CompositeSimulatorElement.xhtml#a63bab13598122656712cebb8ba83997c', 1, 'gmx::CompositeSimulatorElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ComputeGlobalsElement.xhtml#a6ad79f672990c0e51239a15dc170d442', 1, 'gmx::ComputeGlobalsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a087252166c905077ef90d523b181b975', 1, 'gmx::EnergyData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ConstraintsElement.xhtml#a94d2b1115cc744e608601b6ae0755566', 1, 'gmx::ConstraintsElement::scheduleTask()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['scheduling_153', ['Task scheduling', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md18', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['schedulingfunction_154', ['SchedulingFunction', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga2e5213722419e15e533f31b31705c19c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['sci_155', ['sci', ['../structgmx_1_1nbnxn__sci__t.xhtml#a141062a74177d642598eeb71c284be7f', 1, 'gmx::nbnxn_sci_t::sci'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GpuPairlist.xhtml#acc6ae1d537c8f146c856d2c987108990', 1, 'gmx::GpuPairlist::sci'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sciallocationsize_156', ['sciAllocationSize', ['../classgmx_1_1GpuPairlist.xhtml#a257db9e44327b49b3d967c26256f82be', 1, 'gmx::GpuPairlist']]], │ │ │ │ │ @@ -256,24 +256,24 @@ │ │ │ │ │ ['secondarystructuretypes_177', ['SecondaryStructureTypes', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0c', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['secondworstvalue_178', ['secondWorstValue', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#a8a13144969fb9e78af070d23bdd8773e', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]], │ │ │ │ │ ['section_179', ['Section', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#aa42ee379f117739637fea3d9ec66e6ac', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl']]], │ │ │ │ │ ['sectiondepth_5f_180', ['sectionDepth_', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl.xhtml#a47265320e684274c6eb2db8f34e6d4c8', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl']]], │ │ │ │ │ ['sectionlist_181', ['SectionList', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a0b5d7191a67300492668b579b3d8c7d7', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ │ ['sectionpointer_182', ['SectionPointer', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ad7c03ec290814714430d5da793da8b1c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ │ ['sectionstack_5f_183', ['sectionStack_', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#a12895288cec1aa199d4139c526299ec4', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl']]], │ │ │ │ │ - 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['seed_5f_187', ['seed_', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#a43cc4a05fb282e096cf2bb1e792e7917', 1, 'gmx::test::BiasTest::seed_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml#a3c0987ff66d3da9b720ed7543bc84411', 1, 'gmx::test::BiasFepLambdaStateTest::seed_'] │ │ │ │ │ + ['seed_5f_187', ['seed_', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml#a3c0987ff66d3da9b720ed7543bc84411', 1, 'gmx::test::BiasFepLambdaStateTest::seed_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#a43cc4a05fb282e096cf2bb1e792e7917', 1, 'gmx::test::BiasTest::seed_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sel_188', ['sel', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#ad61f4043df826e04bd19ede14da87576', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::sel'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#a5e28e2020cfd3bcd4018cb981db4eee3', 1, 'gmx_ana_selcollection_t::sel'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sel_5fallocdata_189', ['SEL_ALLOCDATA', ['../selelem_8h.xhtml#a9014d6430c86dbc2ed5a067436bcf6f4', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5fallocval_190', ['SEL_ALLOCVAL', ['../selelem_8h.xhtml#a6fee1910b915d2f6e873f134e297ab47', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ ['sel_5farithmetic_191', ['SEL_ARITHMETIC', ['../selelem_8h.xhtml#a1f104d5c71b1198ef51acc4ef016ae46a8b75dccbec633c2002ea8c8fd3639b0e', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ │ @@ -365,85 +365,85 @@ │ │ │ │ │ ['selection_20methods_248', ['Custom selection methods', ['../page_module_selection_custom.xhtml', 1, 'page_selections']]], │ │ │ │ │ ['selection_20modifiers_249', ['selection modifiers', ['../todo.xhtml#_todo000202', 1, 'Selection modifiers'], │ │ │ │ │ ['../page_module_selection_custom.xhtml#selmethods_modifiers', 1, 'Selection modifiers'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selection_20parsing_250', ['Selection parsing', ['../page_module_selection_parser.xhtml', 1, 'page_selections']]], │ │ │ │ │ ['selection_2ecpp_251', ['selection.cpp', ['../selection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selection_2eh_252', ['selection.h', ['../selection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['selectioncollection_253', ['selectioncollection', ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#aee72b1af0481b99ca67e0ca0beefaa28', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotSettings::selectionCollection()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml', 1, 'gmx::SelectionCollection'], │ │ │ │ │ + ['selectioncollection_253', ['selectioncollection', ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml', 1, 'gmx::SelectionCollection'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#aee72b1af0481b99ca67e0ca0beefaa28', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotSettings::selectionCollection()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#af4c4da031a86714c51d96f203ecc80b8', 1, 'gmx::SelectionCollection::SelectionCollection()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['selectioncollection_2ecpp_254', ['selectioncollection.cpp', ['../tests_2selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['selectioncollection_2ecpp_254', ['selectioncollection.cpp', ['../selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectioncollection_2eh_255', ['selectioncollection.h', ['../selectioncollection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectioncollection_5fimpl_2eh_256', ['selectioncollection_impl.h', ['../selectioncollection__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectiondata_257', ['selectiondata', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml', 1, 'gmx::internal::SelectionData'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a1424b17d6e37e120fe5f8f0eb74a99e7', 1, 'gmx::internal::SelectionData::SelectionData()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectiondatalist_258', ['SelectionDataList', ['../namespacegmx.xhtml#ab5559201ddf8596d12d99a3c3e45e989', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectiondatapointer_259', ['SelectionDataPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a0e73e50cc7002a24229fa6650b8ccfc8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionenums_2eh_260', ['selectionenums.h', ['../selectionenums_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectionevaluator_261', ['SelectionEvaluator', ['../classgmx_1_1SelectionEvaluator.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionfileoption_262', ['selectionfileoption', ['../classgmx_1_1SelectionFileOption.xhtml#aa940b6e3a02a85f35fc15feb358c180a', 1, 'gmx::SelectionFileOption::SelectionFileOption()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionFileOption.xhtml', 1, 'gmx::SelectionFileOption'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionfileoption_2eh_263', ['selectionfileoption.h', ['../selectionfileoption_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['selectionfileoptioninfo_264', ['selectionfileoptioninfo', ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionInfo.xhtml#a06b3244951d2d48ca1a043a0048c392b', 1, 'gmx::SelectionFileOptionInfo::SelectionFileOptionInfo()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::SelectionFileOptionInfo'] │ │ │ │ │ + ['selectionfileoptioninfo_264', ['selectionfileoptioninfo', ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::SelectionFileOptionInfo'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionInfo.xhtml#a06b3244951d2d48ca1a043a0048c392b', 1, 'gmx::SelectionFileOptionInfo::SelectionFileOptionInfo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionfileoptionstorage_265', ['selectionfileoptionstorage', ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml#a3aa962f9183980c1a4e3e9c240540cfd', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage::SelectionFileOptionStorage()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionfileoptionstorage_2eh_266', ['selectionfileoptionstorage.h', ['../selectionfileoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectionflag_267', ['SelectionFlag', ['../namespacegmx.xhtml#a19038c03ebc67b4c8e7da4ee81cbc836', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionflags_268', ['SelectionFlags', ['../namespacegmx.xhtml#a4d80aa80d970cd0d36eeac2f5d146dcf', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionlist_269', ['SelectionList', ['../namespacegmx.xhtml#ac852a0801cf49723903e23bc77a32163', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionlocation_270', ['SelectionLocation', ['../structgmx_1_1SelectionLocation.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['selectionoption_271', ['selectionoption', ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOption'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml#a3b7fd0aeff67eb82d3e42adfe912ee4d', 1, 'gmx::SelectionOption::SelectionOption()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['selectionoption_2ecpp_272', ['selectionoption.cpp', ['../tests_2selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['selectionoption_2ecpp_272', ['selectionoption.cpp', ['../selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2selectionoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionoption_2eh_273', ['selectionoption.h', ['../selectionoption_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectionoptionbehavior_274', ['selectionoptionbehavior', ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#a21603fb725d94a93250b0be84d3d7a6c', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::SelectionOptionBehavior()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionoptionbehavior_2ecpp_275', ['selectionoptionbehavior.cpp', ['../selectionoptionbehavior_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectionoptionbehavior_2eh_276', ['selectionoptionbehavior.h', ['../selectionoptionbehavior_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['selectionoptioninfo_277', ['selectionoptioninfo', ['../classgmx_1_1SelectionOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionInfo'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionInfo.xhtml#a86d460125f437e3a579f100685a5d46f', 1, 'gmx::SelectionOptionInfo::SelectionOptionInfo()'] │ │ │ │ │ + ['selectionoptioninfo_277', ['selectionoptioninfo', ['../classgmx_1_1SelectionOptionInfo.xhtml#a86d460125f437e3a579f100685a5d46f', 1, 'gmx::SelectionOptionInfo::SelectionOptionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionInfo'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionoptionmanager_278', ['selectionoptionmanager', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml', 1, 'gmx::SelectionOptionManager'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager.xhtml#abfcd429376957cf60d31daed35726a85', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::SelectionOptionManager()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['selectionoptionmanager_2ecpp_279', ['selectionoptionmanager.cpp', ['../selectionoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['selectionoptionmanager_2eh_280', ['selectionoptionmanager.h', ['../selectionoptionmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['selectionparsersymboliterator_288', ['selectionparsersymboliterator', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a52ff44641590304f3b65ae1e3ecf1ebf', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable::SelectionParserSymbolIterator'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml#af149c9045ffc0192c59dd228aba393f4', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::SelectionParserSymbolIterator()'], │ │ │ │ │ + ['selectionparsersymboliterator_288', ['selectionparsersymboliterator', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml#af149c9045ffc0192c59dd228aba393f4', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::SelectionParserSymbolIterator()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a52ff44641590304f3b65ae1e3ecf1ebf', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable::SelectionParserSymbolIterator'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['selectionparsersymboltable_289', ['selectionparsersymboltable', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#a6f47492a3d07b5596df7c88528a15e1c', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol::SelectionParserSymbolTable'], │ │ │ │ │ - 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['set_5fddbox_5fcr_363', ['set_ddbox_cr', ['../box_8h.xhtml#a52357ea3f4fc5083f33b68b2dba2eb34', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const gmx::IVec *numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../box_8cpp.xhtml#a52357ea3f4fc5083f33b68b2dba2eb34', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const gmx::IVec *numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp'] │ │ │ │ │ + ['set_5fddbox_5fcr_363', ['set_ddbox_cr', ['../box_8cpp.xhtml#a52357ea3f4fc5083f33b68b2dba2eb34', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const gmx::IVec *numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../box_8h.xhtml#a52357ea3f4fc5083f33b68b2dba2eb34', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const gmx::IVec *numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['set_5fdlb_5flimits_364', ['set_dlb_limits', ['../dlb_8h.xhtml#afaf4f569d865a98d3fa62b86aecc8e77', 1, 'set_dlb_limits(gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'], │ │ │ │ │ ['../dlb_8cpp.xhtml#afaf4f569d865a98d3fa62b86aecc8e77', 1, 'set_dlb_limits(gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['set_5fempty_365', ['set_empty', ['../parser__internal_8h.xhtml#a0340e95b333de1fa7bf551b2a87448e7', 1, 'parser_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['set_5fevaluation_5ffunction_366', ['set_evaluation_function', ['../compiler_8cpp.xhtml#a35320786c5039f3728adb84d85bd4c2b', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['set_5fexpr_5fvalue_5fstore_367', ['set_expr_value_store', ['../params_8cpp.xhtml#a5da3b2e33fb571c3956ee81d257a8fc1', 1, 'params.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -584,17 +584,17 @@ │ │ │ │ │ ['set_5fposcoll_5fpos_379', ['set_poscoll_pos', ['../sm__position_8cpp.xhtml#a91b6fe60490830e01753fc702a4f0da6', 1, 'sm_position.cpp']]], │ │ │ │ │ ['set_5frefpos_5ftype_380', ['set_refpos_type', ['../parsetree_8cpp.xhtml#a57baca0c38204cd51a3d1a433936599e', 1, 'parsetree.cpp']]], │ │ │ │ │ ['set_5ftric_5fdir_381', ['set_tric_dir', ['../box_8cpp.xhtml#ad1b515f02b66cf33e6aa1cc9ec687875', 1, 'box.cpp']]], │ │ │ │ │ ['set_5funit_5fsystem_382', ['set_unit_system', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#affa600110ea56d0c552bfd70b97ed047', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs']]], │ │ │ │ │ ['set_5fzones_5fnumhomeatoms_383', ['set_zones_numHomeAtoms', ['../partition_8cpp.xhtml#ac86fe3a1da28baad5fe956c844894701', 1, 'partition.cpp']]], │ │ │ │ │ ['setabstol_384', ['setAbsTol', ['../classgmx_1_1test_1_1SimdBaseTest.xhtml#aba2dcd7ec0563e05aafd6c176fb286c4', 1, 'gmx::test::SimdBaseTest']]], │ │ │ │ │ ['setacceptbooleannoprefix_385', ['setAcceptBooleanNoPrefix', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a56938380411404494b76c1170f7ceb7f', 1, 'gmx::OptionsAssigner']]], │ │ │ │ │ - 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['setatoms_2ecpp_397', ['setatoms.cpp', ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['setatoms_2ecpp_397', ['setatoms.cpp', ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setatoms_2eh_398', ['setatoms.h', ['../setatoms_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setatomspointer_399', ['SetAtomsPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a88c729a1b6597fd1b7d0ed0e62d4971b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['setatomssupported_400', ['setAtomsSupported', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ace67bfa1326428a4e92b52de892d709e', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['setatomssupportedfiles_401', ['SetAtomsSupportedFiles', ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsSupportedFiles.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['setatomstest_402', ['setatomstest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsTest.xhtml#a551e80ccc16781970f15eba160df0ada', 1, 'gmx::test::SetAtomsTest::SetAtomsTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsTest.xhtml', 1, 'gmx::test::SetAtomsTest'] │ │ │ │ │ @@ -623,17 +623,17 @@ │ │ │ │ │ ['setattribute_405', ['setAttribute', ['../namespacegmx.xhtml#a87c9d4293fe70eb69a90396d4b5379dd', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['setauthor_406', ['setAuthor', ['../classgmx_1_1H5md.xhtml#a5eca049688ba0cc7e2bc4897f0e399bd', 1, 'gmx::H5md']]], │ │ │ │ │ ['setaveragedatasets_407', ['setAverageDataSets', ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#adc61ba269b01d93120060e48fc023ff1', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule']]], │ │ │ │ │ ['setbinwidth_408', ['setBinWidth', ['../classgmx_1_1ComputeDebyeScattering.xhtml#aa568dd95930b2b962e024245211dcb2d', 1, 'gmx::ComputeDebyeScattering']]], │ │ │ │ │ ['setbothtime_2ecpp_409', ['setbothtime.cpp', ['../setbothtime_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setbothtimetest_410', ['SetBothTimeTest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetBothTimeTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['setbound_411', ['setBound', ['../classWorkDivision.xhtml#a12b91800bf19728fc05be324c7ffea0e', 1, 'WorkDivision']]], │ │ │ │ │ - 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['shortdescription_775', ['shortdescription', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a0364e8b334f08f70c60012830c866d2b', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::shortDescription()'], │ │ │ │ │ + ['shortdescription_775', ['shortdescription', ['../classgmx_1_1ConvertTprInfo.xhtml#af6535e3438bad3f7568a930e1688b273', 1, 'gmx::ConvertTprInfo::shortDescription'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#a9febf5b09cc0e747ca7a7eaa43a0ce5c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::shortDescription()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NonbondedBenchmarkInfo.xhtml#af53c9db85517ae7897a49e34f32bb23b', 1, 'gmx::NonbondedBenchmarkInfo::shortDescription'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1MockModule.xhtml#a524bc12130c3d4556c40bbdd959e19cc', 1, 'gmx::test::MockModule::shortDescription()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ICommandLineModule.xhtml#aae4edf891d789a6d24701207074d2bc2', 1, 'gmx::ICommandLineModule::shortDescription()'], │ │ │ │ │ - ['../classanonymous__namespace_02legacymodules_8cpp_03_1_1ObsoleteToolModule.xhtml#a607d95852f28491e0f1bf24d333d33ac', 1, 'anonymous_namespace{legacymodules.cpp}::ObsoleteToolModule::shortDescription()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#a9febf5b09cc0e747ca7a7eaa43a0ce5c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::shortDescription()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ConvertTprInfo.xhtml#af6535e3438bad3f7568a930e1688b273', 1, 'gmx::ConvertTprInfo::shortDescription'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NonbondedBenchmarkInfo.xhtml#af53c9db85517ae7897a49e34f32bb23b', 1, 'gmx::NonbondedBenchmarkInfo::shortDescription'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a0364e8b334f08f70c60012830c866d2b', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::shortDescription()'], │ │ │ │ │ + ['../classanonymous__namespace_02legacymodules_8cpp_03_1_1ObsoleteToolModule.xhtml#a607d95852f28491e0f1bf24d333d33ac', 1, 'anonymous_namespace{legacymodules.cpp}::ObsoleteToolModule::shortDescription()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['should_20use_20in_20practice_776', ['The subset you should use in practice', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md63', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['should_5fmerge_777', ['should_merge', ['../poscalc_8cpp.xhtml#adb897f64df8059b6217d230c89a0cdf8', 1, 'poscalc.cpp']]], │ │ │ │ │ ['shouldbackup_778', ['shouldBackup', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#aae46d784b9e9facdb58bd44aec2500b8', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ │ ['shouldbequiet_779', ['shouldBeQuiet', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#acaf8fd70a59ed9e827620495f95beb40', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ │ ['shouldcontinuecomparing_780', ['shouldContinueComparing', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02exactcontinuation_8cpp_03_1_1ContinuationFramePairManager.xhtml#a7b8a5e92dfcdfe55a058ffcbf4383141', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{exactcontinuation.cpp}::ContinuationFramePairManager']]], │ │ │ │ │ ['shoulddocomparison_781', ['shoulddocomparison', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abbe81cf14419c2622df281dedc47abc0', 1, 'gmx::test::shouldDoComparison(const ComparisonConditions comparisonConditions, const bool referenceIsEmpty, const bool testIsEmpty)'], │ │ │ │ │ @@ -1243,30 +1243,30 @@ │ │ │ │ │ ['shouldignoreactualmodule_783', ['shouldIgnoreActualModule', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#accab4527c9c43bed058c69f6aa39515e', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ │ ['shouldnotifyimmediately_784', ['shouldNotifyImmediately', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#a460c8523ba9d64a48fd9fc18d1f61a49', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]], │ │ │ │ │ ['shouldshowhelp_785', ['shouldShowHelp', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#a85a35f6c87b8f55301c1e93da0b3463f', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ │ ['shouldshowhidden_786', ['shouldShowHidden', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#ac2f63b398be8cd30de8504c87d4f6683', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ │ ['showhidden_787', ['showHidden', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#a1b5296d1e85db490f341448c0aab2c45', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext']]], │ │ │ │ │ ['shrinksimplexpointsexceptbest_788', ['shrinkSimplexPointsExceptBest', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#add8ea70a51f8e679c136a98e0e067b41', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]], │ │ │ │ │ ['sig_789', ['sig', ['../classgmx_1_1SimulationSignal.xhtml#ac2b2a5f8c7a4c388bae77fc1288290c3', 1, 'gmx::SimulationSignal']]], │ │ │ │ │ - ['sigma_790', ['sigma', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#adf1f3d4411f310e36cd9cf12a86fe062', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::sigma'], │ │ │ │ │ - ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a3e49bfb4ee28733b17ee5da4530797d2', 1, 't_UmbrellaWindow::sigma'] │ │ │ │ │ + ['sigma_790', ['sigma', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a3e49bfb4ee28733b17ee5da4530797d2', 1, 't_UmbrellaWindow::sigma'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#adf1f3d4411f310e36cd9cf12a86fe062', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::sigma'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['sigma_5f_791', ['sigma_', ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#ab0d50c6fdbdcb94b9c0a7bfa3c0f7666', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::sigma_'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02neldermead_8cpp_03_1_1NelderMeadParameters.xhtml#ae7d41103125700257eaae651d2da9e78', 1, 'gmx::anonymous_namespace{neldermead.cpp}::NelderMeadParameters::sigma_'], │ │ │ │ │ + ['sigma_5f_791', ['sigma_', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#abc31d2b29be8bfc147542841e17fefbb', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::sigma_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#ab0d50c6fdbdcb94b9c0a7bfa3c0f7666', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::sigma_'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1Shape.xhtml#ae1344660b67767f2645178a84fe29ac7', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters::Shape::sigma_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#abc31d2b29be8bfc147542841e17fefbb', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::sigma_'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02neldermead_8cpp_03_1_1NelderMeadParameters.xhtml#ae7d41103125700257eaae651d2da9e78', 1, 'gmx::anonymous_namespace{neldermead.cpp}::NelderMeadParameters::sigma_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sigmah_792', ['sigmaH', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#a13d87d7231f700993326f136199610e0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['sigmao_793', ['sigmaO', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#ac8bae4d3c92d139e5bb15b70002d7cc9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['signal_794', ['signal', ['../classgmx_1_1TrajectorySignaller.xhtml#a0f409da6d78ba6e84603ea3461972fdd', 1, 'gmx::TrajectorySignaller::signal()'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gad7b381eec03a5ce4c110475c4d722fa1', 1, 'gmx::ISignaller::signal()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergySignaller.xhtml#a22d8678a2fbb90b777955452562ce57e', 1, 'gmx::EnergySignaller::signal()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LoggingSignaller.xhtml#af84dd04e1f70040fb35e7924ff38683e', 1, 'gmx::LoggingSignaller::signal()'], │ │ │ │ │ + ['signal_794', ['signal', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gad7b381eec03a5ce4c110475c4d722fa1', 1, 'gmx::ISignaller::signal()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NeighborSearchSignaller.xhtml#a7edfb87a360726e4bfbcc5faf0125c16', 1, 'gmx::NeighborSearchSignaller::signal()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LastStepSignaller.xhtml#ad6d2d54ef1fbb9439afb3f540b528a90', 1, 'gmx::LastStepSignaller::signal()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NeighborSearchSignaller.xhtml#a7edfb87a360726e4bfbcc5faf0125c16', 1, 'gmx::NeighborSearchSignaller::signal()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LoggingSignaller.xhtml#af84dd04e1f70040fb35e7924ff38683e', 1, 'gmx::LoggingSignaller::signal()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectorySignaller.xhtml#a0f409da6d78ba6e84603ea3461972fdd', 1, 'gmx::TrajectorySignaller::signal()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergySignaller.xhtml#a22d8678a2fbb90b777955452562ce57e', 1, 'gmx::EnergySignaller::signal()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['signalintersim_795', ['signalInterSim', ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml#a8072d5a64fa7fc9547b110bc3c1ebd0f', 1, 'gmx::SimulationSignaller']]], │ │ │ │ │ ['signaller_20and_20element_20details_796', ['Signaller and element details', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md20', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['signallerbuilder_797', ['SignallerBuilder', ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20energysignaller_20_3e_798', ['SignallerBuilder< EnergySignaller >', ['../classgmx_1_1EnergySignaller.xhtml#afb979459db2487c5003e22e8354735d7', 1, 'gmx::EnergySignaller']]], │ │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20gmx_3a_3aenergysignaller_20_3e_799', ['SignallerBuilder< gmx::EnergySignaller >', ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20gmx_3a_3alaststepsignaller_20_3e_800', ['SignallerBuilder< gmx::LastStepSignaller >', ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1295,16 +1295,16 @@ │ │ │ │ │ ['simd_20coding_821', ['Single-instruction Multiple-data (SIMD) coding', ['../page_simd.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['simd_20datatypes_822', ['SIMD datatypes', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md59', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_20instructions_823', ['Coding with SIMD instructions', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md56', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_20intrinsics_20interface_20simd_824', ['SIMD intrinsics interface (simd)', ['../group__module__simd.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_20math_20library_825', ['The SIMD math library', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md70', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_20module_826', ['Design of the GROMACS SIMD module', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_20preprocessor_20macros_827', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['simd_2eh_828', ['simd.h', ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['simd_2eh_828', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4_20implementation_829', ['SIMD4 implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md64', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4_2eh_830', ['simd4.h', ['../simd4_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4bool_831', ['Simd4Bool', ['../namespacegmx.xhtml#acb6a84be080be397c2c09cda9f315037', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simd4dbool_832', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -1327,17 +1327,17 @@ │ │ │ │ │ ['simd_5fmath_2eh_843', ['simd_math.h', ['../simd__math_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2ecpp_844', ['simd_memory.cpp', ['../simd__memory_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2eh_845', ['simd_memory.h', ['../simd__memory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fprune_5fkernel_2eh_846', ['simd_prune_kernel.h', ['../simd__prune__kernel_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fsupport_2ecpp_847', ['simd_support.cpp', ['../simd__support_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fsupport_2eh_848', ['simd_support.h', ['../simd__support_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fwidth_849', ['simd_width', ['../namespacegmx.xhtml#ad2defc5df98b53733b2d299c76788b05', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['simdarrayref_850', ['simdarrayref', ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a5204b9593b3a9c201efeb784171c7579', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::SimdArrayRef(pointer begin, pointer end)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#aefbfd15fc7041c25560e8977755f7ae1', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::SimdArrayRef(U &&o)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef< T >'] │ │ │ │ │ + ['simdarrayref_850', ['simdarrayref', ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef< T >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a5204b9593b3a9c201efeb784171c7579', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::SimdArrayRef(pointer begin, pointer end)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#aefbfd15fc7041c25560e8977755f7ae1', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::SimdArrayRef(U &&o)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simdbasetest_851', ['simdbasetest', ['../classgmx_1_1test_1_1SimdBaseTest.xhtml#a293b4002e1c6a4e9863c1f50994f694e', 1, 'gmx::test::SimdBaseTest::SimdBaseTest()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SimdBaseTest.xhtml', 1, 'gmx::test::SimdBaseTest'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simdbitmask_852', ['SimdBitMask', ['../namespacegmx.xhtml#afb42c13ecb6e9bac5d3b89e89143257f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simdbool_853', ['SimdBool', ['../namespacegmx.xhtml#a307172d59a1a7c9ed87bc2cb4df83efa', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simdcheck_854', ['simdCheck', ['../namespacegmx.xhtml#a3dfaae36144016a6b9ef7524dfbbb815', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1347,23 +1347,23 @@ │ │ │ │ │ ['simddibool_856', ['simddibool', ['../classgmx_1_1SimdDIBool.xhtml#a9b76cf7d82509f3f7adeac5d7f1b1477', 1, 'gmx::SimdDIBool::SimdDIBool()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdDIBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDIBool'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simddint32_857', ['simddint32', ['../classgmx_1_1SimdDInt32.xhtml#a4107f8bf681a5cfe0abd34bffd5d952b', 1, 'gmx::SimdDInt32::SimdDInt32()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdDInt32.xhtml', 1, 'gmx::SimdDInt32'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simddint32tag_858', ['SimdDInt32Tag', ['../structgmx_1_1SimdDInt32Tag.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['simddouble_859', ['simddouble', ['../classgmx_1_1SimdDouble.xhtml', 1, 'gmx::SimdDouble'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimdDouble.xhtml#a2d9fc8690b953db795e705c3747d3599', 1, 'gmx::SimdDouble::SimdDouble()'] │ │ │ │ │ + ['simddouble_859', ['simddouble', ['../classgmx_1_1SimdDouble.xhtml#a2d9fc8690b953db795e705c3747d3599', 1, 'gmx::SimdDouble::SimdDouble()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimdDouble.xhtml', 1, 'gmx::SimdDouble'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simddoubletag_860', ['SimdDoubleTag', ['../structgmx_1_1SimdDoubleTag.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['simdfbool_861', ['simdfbool', ['../classgmx_1_1SimdFBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdFBool'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimdFBool.xhtml#a223886f07ff39d3874623985e9c4dcfb', 1, 'gmx::SimdFBool::SimdFBool()'] │ │ │ │ │ + ['simdfbool_861', ['simdfbool', ['../classgmx_1_1SimdFBool.xhtml#a223886f07ff39d3874623985e9c4dcfb', 1, 'gmx::SimdFBool::SimdFBool()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimdFBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdFBool'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['simdfibool_862', ['simdfibool', ['../classgmx_1_1SimdFIBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdFIBool'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimdFIBool.xhtml#a88edd353a744b1008ce1f604a231a6fa', 1, 'gmx::SimdFIBool::SimdFIBool()'] │ │ │ │ │ + ['simdfibool_862', ['simdfibool', ['../classgmx_1_1SimdFIBool.xhtml#a88edd353a744b1008ce1f604a231a6fa', 1, 'gmx::SimdFIBool::SimdFIBool()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimdFIBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdFIBool'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simdfint32_863', ['simdfint32', ['../classgmx_1_1SimdFInt32.xhtml#a32a19cb5719199467b676f2afc062b53', 1, 'gmx::SimdFInt32::SimdFInt32()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdFInt32.xhtml', 1, 'gmx::SimdFInt32'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simdfint32tag_864', ['SimdFInt32Tag', ['../structgmx_1_1SimdFInt32Tag.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simdfloat_865', ['simdfloat', ['../classgmx_1_1SimdFloat.xhtml#ac87ff86aef4f83bd19c5abaeb36b275c', 1, 'gmx::SimdFloat::SimdFloat()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdFloat.xhtml', 1, 'gmx::SimdFloat'] │ │ │ │ │ @@ -1390,16 +1390,16 @@ │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaad2aad9cfab3904f12150fcbfeef4abb', 1, 'gmx::simdLoad(const std::int32_t *m, SimdFInt32Tag)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simdloadu_871', ['simdloadu', ['../group__module__simd.xhtml#ga8a55e1389d71ead23e99960246e6ccee', 1, 'gmx::simdLoadU(const float *m, SimdFloatTag={})'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gab150640af73f4eef9ea195b1a8f20ce1', 1, 'gmx::simdLoadU(const std::int32_t *m, SimdFInt32Tag)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga40e6d24dace5c5c1ebca0011abeebbb7', 1, 'gmx::simdLoadU(const std::int32_t *m, SimdDInt32Tag)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga17fc8ed26898a13e4693bda780ef5237', 1, 'gmx::simdLoadU(const double *m, SimdDoubleTag={})'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['simdmasks_872', ['simdmasks', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t_1_1SimdMasks.xhtml', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::SimdMasks'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#aec3e9ee06f2122786a38b2fa4a56b171', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::simdMasks() const'] │ │ │ │ │ + ['simdmasks_872', ['simdmasks', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#aec3e9ee06f2122786a38b2fa4a56b171', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::simdMasks() const'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t_1_1SimdMasks.xhtml', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::SimdMasks'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simdprefetch_873', ['simdPrefetch', ['../namespacegmx.xhtml#a56ac3ee1c4a4902e9d305f3ace26d4ca', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simdreal_874', ['SimdReal', ['../namespacegmx.xhtml#a8591d5e5ac6d1bec936a013fdc41b904', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simdrealwidth_875', ['simdRealWidth', ['../structScalarDataTypes.xhtml#a5e1690f765bd1ce0d6d2978a7b112b48', 1, 'ScalarDataTypes']]], │ │ │ │ │ ['simdsetzeroproxy_876', ['SimdSetZeroProxy', ['../classgmx_1_1SimdSetZeroProxy.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simdsuggested_877', ['simdSuggested', ['../namespacegmx.xhtml#afb849452876bebac9fbff66b765ad1f5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simdtraits_878', ['SimdTraits', ['../structgmx_1_1internal_1_1SimdTraits.xhtml', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ │ @@ -1426,16 +1426,16 @@ │ │ │ │ │ ['simulation_5fpart_893', ['simulation_part', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a8f7017d72ddc710883cb1092ce2502b0', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ ['simulation_5fworkload_2eh_894', ['simulation_workload.h', ['../simulation__workload_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationalgorithmsetuperror_895', ['simulationalgorithmsetuperror', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga49ed6df331bd347a90a0f294b01a6cae', 1, 'gmx::SimulationAlgorithmSetupError::SimulationAlgorithmSetupError()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulationAlgorithmSetupError.xhtml', 1, 'gmx::SimulationAlgorithmSetupError'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulationcomm_5f_896', ['simulationComm_', ['../structgmx__multisim__t.xhtml#a910a3571afca4211a20f20bfbdb3a033', 1, 'gmx_multisim_t']]], │ │ │ │ │ ['simulationcommunicator_5f_897', ['simulationCommunicator_', ['../classgmx_1_1SimulationContext.xhtml#ad0ebda63a530b62f9dcbab40a094ca27', 1, 'gmx::SimulationContext']]], │ │ │ │ │ - ['simulationcontext_898', ['simulationcontext', ['../classgmx_1_1SimulationContext.xhtml#ad1aa6dea482a214d3898566458c11df9', 1, 'gmx::SimulationContext::SimulationContext()=delete'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimulationContext.xhtml#a02ea8872a5ff80a2aeed9370ca5232e0', 1, 'gmx::SimulationContext::SimulationContext(MPI_Comm communicator, ArrayRef< const std::string > multiSimDirectoryNames)'], │ │ │ │ │ + ['simulationcontext_898', ['simulationcontext', ['../classgmx_1_1SimulationContext.xhtml#a02ea8872a5ff80a2aeed9370ca5232e0', 1, 'gmx::SimulationContext::SimulationContext(MPI_Comm communicator, ArrayRef< const std::string > multiSimDirectoryNames)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimulationContext.xhtml#ad1aa6dea482a214d3898566458c11df9', 1, 'gmx::SimulationContext::SimulationContext()=delete'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulationContext.xhtml', 1, 'gmx::SimulationContext'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulationcontext_2eh_899', ['simulationcontext.h', ['../simulationcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationdata_900', ['simulationData', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml#a1c5eb583fece7a1d9ce31b385dc414af', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper']]], │ │ │ │ │ ['simulationdatabase_2ecpp_901', ['simulationdatabase.cpp', ['../simulationdatabase_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationdatabase_2eh_902', ['simulationdatabase.h', ['../simulationdatabase_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulationgroups_903', ['SimulationGroups', ['../structSimulationGroups.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -1460,121 +1460,121 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SimulationRunner.xhtml', 1, 'gmx::test::SimulationRunner'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulationrunnermdpsource_913', ['SimulationRunnerMdpSource', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['simulationsetupnotifier_5f_914', ['simulationSetupNotifier_', ['../structgmx_1_1MDModulesNotifiers.xhtml#a2223d7889bb5bf7bd5feb144490fab19', 1, 'gmx::MDModulesNotifiers']]], │ │ │ │ │ ['simulationsignal_915', ['simulationsignal', ['../classgmx_1_1SimulationSignal.xhtml#a36d4d0dbe3747f21c0f1762fb4a6b100', 1, 'gmx::SimulationSignal::SimulationSignal()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulationSignal.xhtml', 1, 'gmx::SimulationSignal'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['simulationsignal_2ecpp_916', ['simulationsignal.cpp', ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['simulationsignal_2ecpp_916', ['simulationsignal.cpp', ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulationsignal_2eh_917', ['simulationsignal.h', ['../simulationsignal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['simulationsignaller_918', ['simulationsignaller', ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml#acf0b6f070504a11f2cc8c6ca80124d6d', 1, 'gmx::SimulationSignaller::SimulationSignaller()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml', 1, 'gmx::SimulationSignaller'] │ │ │ │ │ + ['simulationsignaller_918', ['simulationsignaller', ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml', 1, 'gmx::SimulationSignaller'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml#acf0b6f070504a11f2cc8c6ca80124d6d', 1, 'gmx::SimulationSignaller::SimulationSignaller()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulationsignals_919', ['simulationsignals', ['../namespacegmx.xhtml#a2c0facebaa27d417dcf4d032f2a5725a', 1, 'gmx::SimulationSignals'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GlobalCommunicationHelper.xhtml#a87c8417f09e55b0ff94dc5d77fcf8f25', 1, 'gmx::GlobalCommunicationHelper::simulationSignals()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulationtimestep_920', ['simulationtimestep', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#a9946d55cafbe555d3b178051fd245b84', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup::simulationTimeStep()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SimulationTimeStep.xhtml', 1, 'gmx::SimulationTimeStep'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a572741eb50a013ae14929c558da11b79', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::simulationTimeStep()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a572741eb50a013ae14929c558da11b79', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::simulationTimeStep()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SimulationTimeStep.xhtml', 1, 'gmx::SimulationTimeStep'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulationworkload_921', ['SimulationWorkload', ['../classgmx_1_1SimulationWorkload.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simulator_922', ['simulator', ['../group__module__modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'], │ │ │ │ │ - ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md13', 1, 'The modular simulator'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'], │ │ │ │ │ + ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md13', 1, 'The modular simulator'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md8', 1, 'Using the modular simulator'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulator_20algorithm_923', ['The simulator algorithm', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md14', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulator_20algorithm_20builder_924', ['Simulator algorithm builder', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md38', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulator_20approach_925', ['The modular simulator approach', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md10', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulator_20checkpointing_20design_926', ['Notes about the modular simulator checkpointing design', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md46', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulator_20design_927', ['Modular simulator design', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md45', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['simulator_20elements_928', ['simulator elements', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md22', 1, 'Simulator Elements'], │ │ │ │ │ - ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md11', 1, 'Simulator elements'] │ │ │ │ │ + ['simulator_20elements_928', ['simulator elements', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md11', 1, 'Simulator elements'], │ │ │ │ │ + ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md22', 1, 'Simulator Elements'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulator_2ecpp_929', ['simulator.cpp', ['../simulator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatoralgorithm_2ecpp_930', ['simulatoralgorithm.cpp', ['../simulatoralgorithm_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatoralgorithm_2eh_931', ['simulatoralgorithm.h', ['../simulatoralgorithm_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatorbuilder_932', ['simulatorbuilder', ['../classgmx_1_1SimulatorBuilder.xhtml', 1, 'gmx::SimulatorBuilder'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimulatorBuilder.xhtml#a2c1f3ff1cdc1de364d906fffd960dd60', 1, 'gmx::SimulatorBuilder::SimulatorBuilder()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulatorbuilder_2ecpp_933', ['simulatorbuilder.cpp', ['../simulatorbuilder_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatorcomparison_2ecpp_934', ['simulatorcomparison.cpp', ['../simulatorcomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatorcomparison_2eh_935', ['simulatorcomparison.h', ['../simulatorcomparison_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatorcomparisontestparams_936', ['SimulatorComparisonTestParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02simulator_8cpp_03.xhtml#a1e1fe6a705505bf0a84a445b45d9149f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{simulator.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['simulatorconfig_937', ['simulatorconfig', ['../structgmx_1_1SimulatorConfig.xhtml', 1, 'gmx::SimulatorConfig'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SimulatorConfig.xhtml#a548a1ccba91e6e28cb83329f3a3ec2bb', 1, 'gmx::SimulatorConfig::SimulatorConfig()'] │ │ │ │ │ + ['simulatorconfig_937', ['simulatorconfig', ['../structgmx_1_1SimulatorConfig.xhtml#a548a1ccba91e6e28cb83329f3a3ec2bb', 1, 'gmx::SimulatorConfig::SimulatorConfig()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SimulatorConfig.xhtml', 1, 'gmx::SimulatorConfig'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['simulatorenv_938', ['simulatorenv', ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml', 1, 'gmx::SimulatorEnv'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#a7702bc18bf087a8f477edbf6f53449cd', 1, 'gmx::SimulatorEnv::SimulatorEnv()'] │ │ │ │ │ + ['simulatorenv_938', ['simulatorenv', ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#a7702bc18bf087a8f477edbf6f53449cd', 1, 'gmx::SimulatorEnv::SimulatorEnv()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml', 1, 'gmx::SimulatorEnv'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulatorfunctiontype_939', ['SimulatorFunctionType', ['../namespacegmx.xhtml#ae387a0df9063d4cfa9c036249757719a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simulatorrunfunction_940', ['SimulatorRunFunction', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga59c72a296622321649fae9ccfcff085a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['simulatorstatedata_941', ['simulatorstatedata', ['../structgmx_1_1SimulatorStateData.xhtml#a2a74c72af2166d761193bbb5807a1494', 1, 'gmx::SimulatorStateData::SimulatorStateData()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SimulatorStateData.xhtml', 1, 'gmx::SimulatorStateData'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SimulatorStateData.xhtml#ac0873d6406970e16d01fe31bbf6bccd3', 1, 'gmx::SimulatorStateData::SimulatorStateData()'] │ │ │ │ │ + ['simulatorstatedata_941', ['simulatorstatedata', ['../structgmx_1_1SimulatorStateData.xhtml#ac0873d6406970e16d01fe31bbf6bccd3', 1, 'gmx::SimulatorStateData::SimulatorStateData(t_state *globalState, t_state *localState, ObservablesHistory *observablesHistory, gmx_enerdata_t *enerdata, gmx_ekindata_t *ekindata)'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SimulatorStateData.xhtml#a2a74c72af2166d761193bbb5807a1494', 1, 'gmx::SimulatorStateData::SimulatorStateData(const SimulatorStateData &simulatorStateData)=default'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SimulatorStateData.xhtml', 1, 'gmx::SimulatorStateData'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sin_942', ['sin', ['../namespacegmx.xhtml#af85c54a566c85f916aaa2561d12fa851', 1, 'gmx::sin(float x)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a6579216abaac018cb0bc59e9183f99ba', 1, 'gmx::sin(double x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sincderivative_943', ['sincDerivative', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#a2ef9f1c447da77e20bc50ae54558f8a8', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['sincfunction_944', ['sincFunction', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#a601bae61b2e2cec65e3df254264ff6ab', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['sincos_945', ['sincos', ['../namespacegmx.xhtml#a3191310c1a122aafe946f0caf2fdf364', 1, 'gmx::sincos(float x, float *sinval, float *cosval)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a0a5923534ff59a386ae0579eb4196b1e', 1, 'gmx::sincos(double x, double *sinval, double *cosval)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['sincossingleaccuracy_946', ['sincosSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a200455e2d7401d66cac8e39b4c8142bf', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['single_947', ['single', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5e92a2f6b08c68771eee6ce70555360aa66ba162102bbf6ae31b522aec561735e', 1, 'gmx::Single'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212a66ba162102bbf6ae31b522aec561735e', 1, 'gmx::Single'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga7c3572ad84e8f86df4c131e95518c058a66ba162102bbf6ae31b522aec561735e', 1, 'gmx::Single'] │ │ │ │ │ + ['single_947', ['single', ['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212a66ba162102bbf6ae31b522aec561735e', 1, 'gmx::Single'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga7c3572ad84e8f86df4c131e95518c058a66ba162102bbf6ae31b522aec561735e', 1, 'gmx::Single'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5e92a2f6b08c68771eee6ce70555360aa66ba162102bbf6ae31b522aec561735e', 1, 'gmx::Single'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['single_20instruction_20multiple_20data_20simd_20coding_948', ['Single-instruction Multiple-data (SIMD) coding', ['../page_simd.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['singledimdifftype_949', ['SingleDimDiffType', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03.xhtml#a9536a4e671cece0fd74283f83a0d8112', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['singlemodule_5f_950', ['singleModule_', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#abc5cea732a078f754fec57573154d6b8', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['singlerankchecker_951', ['SingleRankChecker', ['../classanonymous__namespace_02resourcedivision_8cpp_03_1_1SingleRankChecker.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{resourcedivision.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['sinsingleaccuracy_952', ['sinSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a810c7b2f5d8f267f421f2c59a308c11d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - 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['statepropagatordata_1216', ['statepropagatordata', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#aeaba083022e06d68abaca844ae1ec8eb', 1, 'gmx::StatePropagatorData::StatePropagatorData()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml', 1, 'gmx::StatePropagatorData'] │ │ │ │ │ + ['statepropagatordata_1216', ['statepropagatordata', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml', 1, 'gmx::StatePropagatorData'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#aeaba083022e06d68abaca844ae1ec8eb', 1, 'gmx::StatePropagatorData::StatePropagatorData()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['statepropagatordata_20tt_1217', ['<tt>StatePropagatorData</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md35', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['statepropagatordata_2ecpp_1218', ['statepropagatordata.cpp', ['../statepropagatordata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['statepropagatordata_2eh_1219', ['statepropagatordata.h', ['../statepropagatordata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['statepropagatordata_3a_3aelement_20tt_1220', ['<tt>StatePropagatorData::Element</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md31', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stateread_5f_1221', ['stateRead_', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml#a1ec8a57f49d9817eb5b634b72609aef7', 1, 'gmx::ColvarsForceProviderState']]], │ │ │ │ │ ['static_1222', ['Static', ['../md__enums_8h.xhtml#ab1fce6aba35ca024e1ac818bdf1d5d15a84a8921b25f505d0d2077aeb5db4bc16', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ - 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['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#aea69002007675bb3b64984fad3d6748b', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::static_extent()'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#aea69002007675bb3b64984fad3d6748b', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::static_extent()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1extents.xhtml#a50111b7e65a0dd5cff8bb326e6b084e0', 1, 'gmx::extents::static_extent()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['staticaveragehistogram_1224', ['staticaveragehistogram', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02histogram_8cpp_03_1_1StaticAverageHistogram.xhtml#a15f37a8c0d228aadff66df4b4de2207a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{histogram.cpp}::StaticAverageHistogram::StaticAverageHistogram()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02histogram_8cpp_03_1_1StaticAverageHistogram.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{histogram.cpp}::StaticAverageHistogram'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['staticdataframeheaderchecker_1225', ['staticdataframeheaderchecker', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataFrameHeaderChecker.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataFrameHeaderChecker'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataFrameHeaderChecker.xhtml#a63907b6f8f88fba789d0a57a5e5ebd41', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataFrameHeaderChecker::StaticDataFrameHeaderChecker()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['staticdatapointschecker_1226', ['staticdatapointschecker', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataPointsChecker.xhtml#a9f7b18887bd74254d648541b607c8e1b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataPointsChecker::StaticDataPointsChecker()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataPointsChecker.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataPointsChecker'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['staticdatapointsstoragechecker_1227', ['staticdatapointsstoragechecker', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataPointsStorageChecker.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataPointsStorageChecker'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataPointsStorageChecker.xhtml#acd77404d0f35c2d8df14d6be218017f3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataPointsStorageChecker::StaticDataPointsStorageChecker()'] │ │ │ │ │ + ['staticdatapointsstoragechecker_1227', ['staticdatapointsstoragechecker', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataPointsStorageChecker.xhtml#acd77404d0f35c2d8df14d6be218017f3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataPointsStorageChecker::StaticDataPointsStorageChecker()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataPointsStorageChecker.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataPointsStorageChecker'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['staticlog2_1228', ['StaticLog2', ['../structgmx_1_1StaticLog2.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['staticlog2_3c_200_20_3e_1229', ['StaticLog2< 0 >', ['../structgmx_1_1StaticLog2_3_010_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['staticlog2_3c_201_20_3e_1230', ['StaticLog2< 1 >', ['../structgmx_1_1StaticLog2_3_011_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['statistics_2eh_1231', ['statistics.h', ['../statistics_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['status_1232', ['status', ['../structDeviceInformation.xhtml#a9605cd95266184157fc1bab0a91361ed', 1, 'DeviceInformation::status'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a74ea3c6f47d887d304e26bc1403db74e', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::Status'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['status_5f_1233', ['status_', ['../classgmx_1_1ObservablesReducer_1_1Impl.xhtml#adc9cbf33a686d0d773a3caec77ce30fd', 1, 'gmx::ObservablesReducer::Impl']]], │ │ │ │ │ ['statuswriter_1234', ['statusWriter', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a3c3cd6660c0c5e7f1785ca07e7bccdb2', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ │ - ['stddev_1235', ['stddev', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#a1f711d7de4b88205281132d166ba51c7', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::stddev()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml#aca736af89e7f1a120997279441acff50', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param_type::stddev()'], │ │ │ │ │ + ['stddev_1235', ['stddev', ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a4bd00079c9ad41f7dca7d1baf580414c', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::stddev()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#a04d9b5cfacdd5d7a10c2a65c992a9bc8', 1, 'gmx::NormalDistribution::stddev()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a4bd00079c9ad41f7dca7d1baf580414c', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::stddev()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml#aca736af89e7f1a120997279441acff50', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param_type::stddev()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#a1f711d7de4b88205281132d166ba51c7', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::stddev()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['stdiohelper_2ecpp_1236', ['stdiohelper.cpp', ['../stdiohelper_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stdiohelper_2eh_1237', ['stdiohelper.h', ['../stdiohelper_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['stdiotesthelper_1238', ['stdiotesthelper', ['../classgmx_1_1test_1_1StdioTestHelper.xhtml', 1, 'gmx::test::StdioTestHelper'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1StdioTestHelper.xhtml#ab6ad57780417e2c135e7ae2c7c44a4b1', 1, 'gmx::test::StdioTestHelper::StdioTestHelper()'] │ │ │ │ │ + ['stdiotesthelper_1238', ['stdiotesthelper', ['../classgmx_1_1test_1_1StdioTestHelper.xhtml#ab6ad57780417e2c135e7ae2c7c44a4b1', 1, 'gmx::test::StdioTestHelper::StdioTestHelper()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1StdioTestHelper.xhtml', 1, 'gmx::test::StdioTestHelper'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['step_1239', ['step', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga8f8c8ad2488a628f9d83b5a22efc500a', 1, 'gmx::Step'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__pme__comm__n__box__t.xhtml#a7ee4362d437b57a7029660d641ccc1a8', 1, 'gmx_pme_comm_n_box_t::step'], │ │ │ │ │ + ['step_1239', ['step', ['../structgmx__pme__comm__n__box__t.xhtml#a7ee4362d437b57a7029660d641ccc1a8', 1, 'gmx_pme_comm_n_box_t::step'], │ │ │ │ │ ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a6f50428c70307a0ea253fcfb48b7da29', 1, 'CheckpointHeaderContents::step'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02freeenergyparameters_8cpp_03_1_1FreeEnergyParameterTestParameters.xhtml#a780601fd910a9a87465fbc4a3be59be6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{freeenergyparameters.cpp}::FreeEnergyParameterTestParameters::step'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyAnalysisFrame.xhtml#a69bfa8281f62a63d7eec663273838a3a', 1, 'gmx::EnergyAnalysisFrame::step()'], │ │ │ │ │ - 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['stophandler_1259', ['stophandler', ['../classgmx_1_1StopHandler.xhtml', 1, 'gmx::StopHandler'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StopHandler.xhtml#ae8a138b9d57942697f40f41ec2e959aa', 1, 'gmx::StopHandler::StopHandler()'] │ │ │ │ │ + ['stophandler_1259', ['stophandler', ['../classgmx_1_1StopHandler.xhtml#ae8a138b9d57942697f40f41ec2e959aa', 1, 'gmx::StopHandler::StopHandler()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StopHandler.xhtml', 1, 'gmx::StopHandler'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['stophandler_2ecpp_1260', ['stophandler.cpp', ['../stophandler_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stophandler_2eh_1261', ['stophandler.h', ['../stophandler_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stophandlerbuilder_1262', ['StopHandlerBuilder', ['../classgmx_1_1StopHandlerBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['stophandlerbuilder_5f_1263', ['stopHandlerBuilder_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a868bb72065c1f6b1ac6acd3d1971ee17', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['stoppingaftercurrentstep_1264', ['stoppingAfterCurrentStep', ['../classgmx_1_1StopHandler.xhtml#aadc694b1210288c42bac363e0e7b4503', 1, 'gmx::StopHandler']]], │ │ │ │ │ ['stopsignal_1265', ['StopSignal', ['../namespacegmx.xhtml#a551047ea7399a8abbbd26dec222b5668', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['storage_5f_1266', ['storage_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a17ae6d75975ce1622bb14e9acf9581bd', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::storage_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisData_1_1Impl.xhtml#a96b06f7f8c0fa88d2dd686e2b6dbc22c', 1, 'gmx::AnalysisData::Impl::storage_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#a017bfb72013fbb77fb51c7b2fb300bfd', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl::storage_'], │ │ │ │ │ + ['../structFEPStateValue.xhtml#a249e5bb3a9b20c99821bf77a134c90a4', 1, 'FEPStateValue::storage_'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl_1_1SelectionRequest.xhtml#a45dc7088d14254f6c7cac20ff8a80630', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::SelectionRequest::storage_'], │ │ │ │ │ - ['../structFEPStateValue.xhtml#a249e5bb3a9b20c99821bf77a134c90a4', 1, 'FEPStateValue::storage_'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#a017bfb72013fbb77fb51c7b2fb300bfd', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl::storage_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisData_1_1Impl.xhtml#a96b06f7f8c0fa88d2dd686e2b6dbc22c', 1, 'gmx::AnalysisData::Impl::storage_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['storageimpl_1267', ['storageImpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a97c8e7f5f142910f5d32b1845701a054', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData']]], │ │ │ │ │ ['storageinitialized_5f_1268', ['storageInitialized_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ac571e09b54186171bdaaa351900c09c6', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ │ ['storagelimit_5f_1269', ['storageLimit_', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#aa1d54ef9b538206ff5e96a82f0b79d23', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]], │ │ │ │ │ - ['store_1270', ['store', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a5fef875af80a1faec5532301b46d199f', 1, 'gmx::OptionTemplate::store()'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga9c1227e97a6084a280a611c2934c8ee1', 1, 'gmx::store(double *m, SimdDouble a)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga4aef7840d04d5d9e2fabbc44445babad', 1, 'gmx::store(std::int32_t *m, SimdDInt32 a)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga52f7df2355065163447397f980294447', 1, 'gmx::store(float *m, SimdFloat a)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga05b56e14f8499393813cb23869a97a98', 1, 'gmx::store(std::int32_t *m, SimdFInt32 a)'], │ │ │ │ │ + ['store_1270', ['store', ['../namespacegmx.xhtml#aea1d0d7a9f81e8e5cac19a3b66f0170e', 1, 'gmx::store(double *m, double a)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a5ba56cff453ff9a1f21a11d72358592a', 1, 'gmx::store(float *m, float a)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aea1d0d7a9f81e8e5cac19a3b66f0170e', 1, 'gmx::store(double *m, double a)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga05b56e14f8499393813cb23869a97a98', 1, 'gmx::store(std::int32_t *m, SimdFInt32 a)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga52f7df2355065163447397f980294447', 1, 'gmx::store(float *m, SimdFloat a)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa169afcbfb3992ab9fde1ed5beee8b06', 1, 'gmx::store(std::int32_t *m, std::int32_t a)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a5fef875af80a1faec5532301b46d199f', 1, 'gmx::OptionTemplate::store()'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga4aef7840d04d5d9e2fabbc44445babad', 1, 'gmx::store(std::int32_t *m, SimdDInt32 a)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga9c1227e97a6084a280a611c2934c8ee1', 1, 'gmx::store(double *m, SimdDouble a)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a80d6555d8f1f5801b559a0c67b7a4874', 1, 'gmx::OptionTemplate::store()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['store4_1271', ['store4', ['../group__module__simd.xhtml#gaf6c0b04d40ff74a4ad39c24f9fd3da20', 1, 'gmx::store4(double *m, Simd4Double a)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gafc95fcf592b08dfca9aabc44cf994ece', 1, 'gmx::store4(float *m, Simd4Float a)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['store4u_1272', ['store4u', ['../group__module__simd.xhtml#ga61ae7be76c3865fcfe038dd2457a09cd', 1, 'gmx::store4U(double *m, Simd4Double a)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga8a91843f00041c799a995535a7cdc12f', 1, 'gmx::store4U(float *m, Simd4Float a)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['store_5fparam_5fval_1273', ['store_param_val', ['../compiler_8cpp.xhtml#a77f7a9f2e7090636063925f737876a50', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ │ ['store_5fsurface_5fpoint_1274', ['store_surface_point', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#a2364e1a3b6b8dfc58b95d8bf821ab28f', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]], │ │ │ │ │ ['storeall_1275', ['storeAll', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#ad180ff3df0442dba85c4fc5a7e5d6064', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]], │ │ │ │ │ ['storebuilderdata_1276', ['storeBuilderData', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml#a0b46a24b4943ca8afd996f35ffe8ee4b', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper']]], │ │ │ │ │ ['storecount_1277', ['storeCount', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a8a955a8eba1c88c1764f185de4c0912f', 1, 'gmx::OptionTemplate']]], │ │ │ │ │ ['storedata_1278', ['storeData', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#aec4e33781c17af2b2c0b2e2208844a5c', 1, 'gmx::EnergyTerm']]], │ │ │ │ │ - ['storedualhsimd_1279', ['storedualhsimd', ['../group__module__simd.xhtml#ga875057cc36d19c7e9be3f840612428d4', 1, 'gmx::storeDualHsimd(double *m0, double *m1, SimdDouble a)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga5e9a1e1e45a47398ab3d7eb1732d9abc', 1, 'gmx::storeDualHsimd(float *m0, float *m1, SimdFloat a)'] │ │ │ │ │ + ['storedualhsimd_1279', ['storedualhsimd', ['../group__module__simd.xhtml#ga5e9a1e1e45a47398ab3d7eb1732d9abc', 1, 'gmx::storeDualHsimd(float *m0, float *m1, SimdFloat a)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga875057cc36d19c7e9be3f840612428d4', 1, 'gmx::storeDualHsimd(double *m0, double *m1, SimdDouble a)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['storeelement_1280', ['storeElement', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml#a235a13f78502e60d896e646853e2bc48', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper']]], │ │ │ │ │ ['storeisset_1281', ['storeIsSet', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a0223a823bf1f842a749ff48e79ba26e3', 1, 'gmx::OptionTemplate']]], │ │ │ │ │ ['storepointer_1282', ['StorePointer', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a2f98761b584b2a465d4858c7ef412534', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate']]], │ │ │ │ │ ['storesimulationdata_1283', ['storeSimulationData', ['../classgmx_1_1ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper.xhtml#ade11cffd046dec38a1ea954364c879e7', 1, 'gmx::ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper']]], │ │ │ │ │ ['storestate_1284', ['storestate', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a6d13d89ec75fc151c7ae5e3f108ac75e', 1, 'gmx::PointState::storeState()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HistogramSize.xhtml#a690d72678f31d2e47ad59b1d5b18731a', 1, 'gmx::HistogramSize::storeState()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['storeu_1285', ['storeu', ['../namespacegmx.xhtml#a43354d3d210193bcf5316234dc7d93ae', 1, 'gmx::storeU(std::int32_t *m, std::int32_t a)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga9a8c867df8fe75511871290626c367ed', 1, 'gmx::storeU(double *m, SimdDouble a)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aea9644fa777bc5e47ff9d3e2bdde34e0', 1, 'gmx::storeU(double *m, double a)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#af3a3dcd7322b5b2555938fe1c05be15f', 1, 'gmx::storeU(float *m, float a)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga849eec56bc26a1d99f3f198fc9a9cba5', 1, 'gmx::storeU(std::int32_t *m, SimdFInt32 a)'], │ │ │ │ │ + ['storeu_1285', ['storeu', ['../group__module__simd.xhtml#ga9a8c867df8fe75511871290626c367ed', 1, 'gmx::storeU(double *m, SimdDouble a)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gabe60b257e28900c4cf3cc8c45a0d1d64', 1, 'gmx::storeU(std::int32_t *m, SimdDInt32 a)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga78a753ce93218a4e83f9733c66a48020', 1, 'gmx::storeU(float *m, SimdFloat a)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gabe60b257e28900c4cf3cc8c45a0d1d64', 1, 'gmx::storeU(std::int32_t *m, SimdDInt32 a)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga849eec56bc26a1d99f3f198fc9a9cba5', 1, 'gmx::storeU(std::int32_t *m, SimdFInt32 a)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af3a3dcd7322b5b2555938fe1c05be15f', 1, 'gmx::storeU(float *m, float a)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aea9644fa777bc5e47ff9d3e2bdde34e0', 1, 'gmx::storeU(double *m, double a)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a43354d3d210193bcf5316234dc7d93ae', 1, 'gmx::storeU(std::int32_t *m, std::int32_t a)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['storevector_1286', ['storevector', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a3409b41ee962dbad42de349725912be8', 1, 'gmx::OptionTemplate::storeVector() const'], │ │ │ │ │ + ['storevector_1286', ['storevector', ['../classgmx_1_1RepeatingOptionSection.xhtml#a3e49d53ede436357930f8c25671dca7b', 1, 'gmx::RepeatingOptionSection::storeVector()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a5a96f4fb4983a82d9f92216eae769480', 1, 'gmx::OptionTemplate::storeVector(std::vector< T > *store)'], │ │ │ │ │ - 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['stringkeywordmatchitem_1313', ['stringkeywordmatchitem', ['../classanonymous__namespace_02sm__keywords_8cpp_03_1_1StringKeywordMatchItem.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{sm_keywords.cpp}::StringKeywordMatchItem'], │ │ │ │ │ - ['../classanonymous__namespace_02sm__keywords_8cpp_03_1_1StringKeywordMatchItem.xhtml#a2d0f4a398d56a1a32b1818d043561f1d', 1, 'anonymous_namespace{sm_keywords.cpp}::StringKeywordMatchItem::StringKeywordMatchItem()'] │ │ │ │ │ + ['stringkeywordmatchitem_1313', ['stringkeywordmatchitem', ['../classanonymous__namespace_02sm__keywords_8cpp_03_1_1StringKeywordMatchItem.xhtml#a2d0f4a398d56a1a32b1818d043561f1d', 1, 'anonymous_namespace{sm_keywords.cpp}::StringKeywordMatchItem::StringKeywordMatchItem()'], │ │ │ │ │ + ['../classanonymous__namespace_02sm__keywords_8cpp_03_1_1StringKeywordMatchItem.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{sm_keywords.cpp}::StringKeywordMatchItem'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['stringmatches_1314', ['stringMatches', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a84a5d2daaa109df8b480c359600af9e4', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['stringoption_1315', ['stringoption', ['../classgmx_1_1StringOption.xhtml', 1, 'gmx::StringOption'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StringOption.xhtml#a605079ba1e850a9c80639e7b13aca0e9', 1, 'gmx::StringOption::StringOption()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['stringoptioninfo_1316', ['stringoptioninfo', ['../classgmx_1_1StringOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::StringOptionInfo'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StringOptionInfo.xhtml#a5fd58848ad2c0cdfa43c596d4e871f1a', 1, 'gmx::StringOptionInfo::StringOptionInfo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['stringoptionstorage_1317', ['stringoptionstorage', ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#ad34eb09d02da69affe3225f13acdcb6c', 1, 'gmx::StringOptionStorage::StringOptionStorage()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StringOption.xhtml#a91f499452426d3f642ad73c6bc18dae4', 1, 'gmx::StringOption::StringOptionStorage'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::StringOptionStorage'] │ │ │ │ │ + ['stringoptionstorage_1317', ['stringoptionstorage', ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::StringOptionStorage'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#ad34eb09d02da69affe3225f13acdcb6c', 1, 'gmx::StringOptionStorage::StringOptionStorage()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringOption.xhtml#a91f499452426d3f642ad73c6bc18dae4', 1, 'gmx::StringOption::StringOptionStorage'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['stringoutputstream_1318', ['StringOutputStream', ['../classgmx_1_1StringOutputStream.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['stringreference_1319', ['StringReference', ['../symtab_8h.xhtml#a657a848b66319f093f5549f9d313fecb', 1, 'symtab.h']]], │ │ │ │ │ ['stringstream_2ecpp_1320', ['stringstream.cpp', ['../stringstream_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stringstream_2eh_1321', ['stringstream.h', ['../stringstream_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stringtable_1322', ['stringtable', ['../classStringTable.xhtml#ac674f0ad9eeaf373eafc938c8e7bbe31', 1, 'StringTable::StringTable()'], │ │ │ │ │ ['../classStringTable.xhtml', 1, 'StringTable'], │ │ │ │ │ ['../classStringTable.xhtml#a99b795252f9fe8a69d7b0031192d0ef0', 1, 'StringTable::StringTable(StringTable &&)=default'], │ │ │ │ │ ['../classStringTable.xhtml#a2623f7580e35dc9d275a35e53cabf099', 1, 'StringTable::StringTable(gmx::ISerializer *serializer)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['stringtablebuilder_1323', ['StringTableBuilder', ['../classStringTableBuilder.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['stringtableentry_1324', ['stringtableentry', ['../classStringTableEntry.xhtml#a5effd390390e73bc191d9257ef096edb', 1, 'StringTableEntry::StringTableEntry(const StringTableEntry &)=default'], │ │ │ │ │ - ['../classStringTableEntry.xhtml#ad22cbce9b55a2c8108ac99e4de827d34', 1, 'StringTableEntry::StringTableEntry(StringTableEntry &&) noexcept=default'], │ │ │ │ │ + ['stringtableentry_1324', ['stringtableentry', ['../classStringTableEntry.xhtml#ad22cbce9b55a2c8108ac99e4de827d34', 1, 'StringTableEntry::StringTableEntry(StringTableEntry &&) noexcept=default'], │ │ │ │ │ + ['../classStringTableEntry.xhtml#a5effd390390e73bc191d9257ef096edb', 1, 'StringTableEntry::StringTableEntry(const StringTableEntry &)=default'], │ │ │ │ │ ['../classStringTableEntry.xhtml', 1, 'StringTableEntry'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['stringtablepair_1325', ['StringTablePair', ['../symtab_8h.xhtml#a18d5103601c56621b0a874ef5ca781bb', 1, 'symtab.h']]], │ │ │ │ │ ['stringtest_2ecpp_1326', ['stringtest.cpp', ['../stringtest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stringtest_2eh_1327', ['stringtest.h', ['../stringtest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['stringtestbase_1328', ['StringTestBase', ['../classgmx_1_1test_1_1StringTestBase.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['stringtoenumvalueconverter_1329', ['StringToEnumValueConverter', ['../classgmx_1_1StringToEnumValueConverter.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -2154,48 +2154,48 @@ │ │ │ │ │ ['subexpression_20elements_1349', ['subexpression elements', ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_subexpr', 1, 'Subexpression elements'], │ │ │ │ │ ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree_subexpr', 1, 'Subexpression elements'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['subgridtogridindex_1350', ['subgridToGridIndex', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biasgrid_8cpp_03.xhtml#ab1fd9f2e326055ec70a6e583df6b044a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biasgrid.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['subgroupbarrier_1351', ['subGroupBarrier', ['../sycl__kernel__utils_8h.xhtml#ad5c41522362d208f4976353ae328d202', 1, 'sycl_kernel_utils.h']]], │ │ │ │ │ ['subgrouplist_1352', ['SubgroupList', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#addd91924c1901ad431e1179979667de5', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group']]], │ │ │ │ │ ['subgroups_5f_1353', ['subgroups_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#a4503c80475749f10833172eae8971a6c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group']]], │ │ │ │ │ - ['submit_1354', ['submit', ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#acffdb0cca418266b0d92986b3e5c3e40', 1, 'submit(): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../classGridConverter.xhtml#a64744d7cc0f7fe464f6802f8d566f60e', 1, 'GridConverter::submit()'] │ │ │ │ │ + ['submit_1354', ['submit', ['../classGridConverter.xhtml#a64744d7cc0f7fe464f6802f8d566f60e', 1, 'GridConverter::submit()'], │ │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#acffdb0cca418266b0d92986b3e5c3e40', 1, 'submit(): pme_gpu_grid_sycl.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['subscribe_1355', ['subscribe', ['../classgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_4_1_1NoCallParameter.xhtml#ae07afa856a7bcee96a3869125ccd95cd', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier<>::NoCallParameter::subscribe()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MDModulesNotifier.xhtml#ace70e2417840be644e8d2325f531bf65', 1, 'gmx::MDModulesNotifier::subscribe()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['subscriber_1356', ['subscriber', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml#a269dc9a0d13ff39c870f147c4bbd1559', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber::Subscriber()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber'] │ │ │ │ │ + ['subscriber_1356', ['subscriber', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml#a269dc9a0d13ff39c870f147c4bbd1559', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber::Subscriber(int subscriberIndex, int numRanks)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['subscriberindex_5f_1357', ['subscriberIndex_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1Subscriber.xhtml#af8a3e4d6e98888443c7cab5c70086b3a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber']]], │ │ │ │ │ ['subscribers_1358', ['subscribers', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02observablesreducer_8cpp_03_1_1ObservablesReducerIntegrationTest_1_1RankData.xhtml#aba23686bcf9f176a69ea1c0bfc300817', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::ObservablesReducerIntegrationTest::RankData']]], │ │ │ │ │ - ['subscribetopreprocessingnotifications_1359', ['subscribetopreprocessingnotifications', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nnpot_8cpp_03_1_1NNPotMDModule.xhtml#a22e04fc2723eac909962429ba0184823', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nnpot.cpp}::NNPotMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a7ae8307ca2b3420ac6ac3182b6a2a0a9', 1, 'gmx::MDModules::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ + ['subscribetopreprocessingnotifications_1359', ['subscribetopreprocessingnotifications', ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a7ae8307ca2b3420ac6ac3182b6a2a0a9', 1, 'gmx::MDModules::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IMDModule.xhtml#ab6b935c7ca98308282c6e1bc758076e0', 1, 'gmx::IMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#abd7bb332422258ee0561d96157b7fa41', 1, 'gmx::RestraintMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a0c0c12bc44172ce2343610c085e9a3ab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#ae108e70249fc249374bcc30816ef31cc', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#ab7a2ddc8a8ce5137207983943726efa2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricField.xhtml#adab70bd65ea59ac070ab79f7e1ce35c4', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}::ElectricField::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml#a6533be5f63d0cf8afdce03958878a87a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule__stub_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#accdbe6d7504ec82c23720d6f5f034e33', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule_stub.cpp}::PlumedMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a9eb2527a2c23b7e48256e8df5f4c4f18', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule.cpp}::PlumedMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a9eb2527a2c23b7e48256e8df5f4c4f18', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule.cpp}::PlumedMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nnpot_8cpp_03_1_1NNPotMDModule.xhtml#a22e04fc2723eac909962429ba0184823', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nnpot.cpp}::NNPotMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricField.xhtml#adab70bd65ea59ac070ab79f7e1ce35c4', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}::ElectricField::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#ab7a2ddc8a8ce5137207983943726efa2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#ae108e70249fc249374bcc30816ef31cc', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a0c0c12bc44172ce2343610c085e9a3ab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::subscribeToPreProcessingNotifications()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['subscribetosimulationsetupnotifications_1360', ['subscribetosimulationsetupnotifications', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a3cb85009cfcda1f003c6e5a4742dd914', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a7bb4599491cb6b827704b5629f13620e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#a19defe9e54ca0957d45bfa65b723c82d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricField.xhtml#a8d2ac3b4ef40f969cc938a033930191c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}::ElectricField::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nnpot_8cpp_03_1_1NNPotMDModule.xhtml#a0fe03a34773c00145f19270117296ff1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nnpot.cpp}::NNPotMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a874e1d4a16823a41f5e306d50cb0b337', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule.cpp}::PlumedMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule__stub_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a98aa443a7c179906c386a21fdade30b3', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule_stub.cpp}::PlumedMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml#a1bdbcad262e3921a8e279b3dee89402d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a7e3b7050bafff0775970d34ee64944a3', 1, 'gmx::MDModules::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#aa2603a2108187ac9ee25f8eea3570da9', 1, 'gmx::RestraintMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IMDModule.xhtml#a9179480a1b556983c8ad6560d0745f55', 1, 'gmx::IMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#aa2603a2108187ac9ee25f8eea3570da9', 1, 'gmx::RestraintMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a7e3b7050bafff0775970d34ee64944a3', 1, 'gmx::MDModules::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml#a1bdbcad262e3921a8e279b3dee89402d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule__stub_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a98aa443a7c179906c386a21fdade30b3', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule_stub.cpp}::PlumedMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a874e1d4a16823a41f5e306d50cb0b337', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule.cpp}::PlumedMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nnpot_8cpp_03_1_1NNPotMDModule.xhtml#a0fe03a34773c00145f19270117296ff1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nnpot.cpp}::NNPotMDModule::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricField.xhtml#a8d2ac3b4ef40f969cc938a033930191c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}::ElectricField::subscribeToSimulationSetupNotifications()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#a19defe9e54ca0957d45bfa65b723c82d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::subscribeToSimulationSetupNotifications()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['subscription_1361', ['Subscription', ['../structgmx_1_1ObservablesReducerBuilder_1_1Impl_1_1Subscription.xhtml', 1, 'gmx::ObservablesReducerBuilder::Impl']]], │ │ │ │ │ ['subscriptions_5f_1362', ['subscriptions_', ['../classgmx_1_1ObservablesReducerBuilder_1_1Impl.xhtml#ae0c01d7795e48f12283beb6a9c84e492', 1, 'gmx::ObservablesReducerBuilder::Impl']]], │ │ │ │ │ ['subsections_5f_1363', ['subsections_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a475959506bc57aa98def4e9841ae73cc', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ │ ['subset_20you_20should_20use_20in_20practice_1364', ['The subset you should use in practice', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md63', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['substitutemarkupandwraptostring_1365', ['substituteMarkupAndWrapToString', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a1dcdc49ad4601b795050aea1bf06eee7', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]], │ │ │ │ │ ['substitutemarkupandwraptovector_1366', ['substituteMarkupAndWrapToVector', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a33373939eb8f6589f7f26da8825bb421', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]], │ │ │ │ │ @@ -2221,36 +2221,36 @@ │ │ │ │ │ ['sumoversimulations_1386', ['sumOverSimulations', ['../namespacegmx.xhtml#aea073fa34921e8c1dab3569d82f0509b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['sumpmf_1387', ['sumPmf', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biasstate_8cpp_03.xhtml#ae9d976ca68c79818a16f5697ceeec552', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biasstate.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['sumsquareddeviation_1388', ['sumSquaredDeviation', ['../structgmx_1_1LincsDeviations.xhtml#a6bc5832bbf2ff27d51216fe499d83b7f', 1, 'gmx::LincsDeviations']]], │ │ │ │ │ ['sumsquares_1389', ['sumSquares', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistanceCalculationInfo.xhtml#af7f0247ccb425b1e00ac8249e0fc8b26', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistanceCalculationInfo']]], │ │ │ │ │ ['support_1390', ['Architecture support', ['../page_nbnxm.xhtml#autotoc_md51', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['supported_1391', ['Supported', ['../namespacegmx.xhtml#a6b0776e8436cb38e80d66f0de7c870d8aeaa4dc5078017a5c5bebf383ab6f5124', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['supportedsubgroupsizes_1392', ['supportedSubGroupSizes', ['../structDeviceInformation.xhtml#a6f5ff1e6a0ab77783be4d53e4b8982ed', 1, 'DeviceInformation']]], │ │ │ │ │ - ['supportlevel_1393', ['supportlevel', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#a7f2d0fc306d8735e4ff708560531c830', 1, 'gmx::HardwareTopology::supportLevel()'], │ │ │ │ │ + ['supportlevel_1393', ['supportlevel', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#ad5a4b80e8ced6d9f565d8d25463cf1d4', 1, 'gmx::CpuInfo::supportLevel()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#a7f2d0fc306d8735e4ff708560531c830', 1, 'gmx::HardwareTopology::supportLevel()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#a07f2b126c9ee81ac1577b49b18b0bed6', 1, 'gmx::CpuInfo::SupportLevel'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8', 1, 'gmx::HardwareTopology::SupportLevel'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#ad5a4b80e8ced6d9f565d8d25463cf1d4', 1, 'gmx::CpuInfo::supportLevel()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8', 1, 'gmx::HardwareTopology::SupportLevel'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['supportsdynamicpairlistgenerationinterval_1394', ['supportsDynamicPairlistGenerationInterval', ['../namespacegmx.xhtml#a0f4273f32db6462099dda44aa137a1e5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['surfacearea_2ecpp_1395', ['surfacearea.cpp', ['../tests_2surfacearea_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['surfaceareacalculator_1396', ['surfaceareacalculator', ['../classgmx_1_1SurfaceAreaCalculator.xhtml#a6ebda023efd961beb6f0c2af0a79ed53', 1, 'gmx::SurfaceAreaCalculator::SurfaceAreaCalculator()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SurfaceAreaCalculator.xhtml', 1, 'gmx::SurfaceAreaCalculator'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['surfacedist2_5f_1397', ['surfaceDist2_', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02rdf_8cpp_03_1_1RdfModuleData.xhtml#ae6ef917c4fc4678fe5469809b30810ba', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::RdfModuleData']]], │ │ │ │ │ ['surfaceterm_1398', ['surfaceTerm', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02ewaldsurfaceterm_8cpp_03.xhtml#a01a353d068dc5ae41d7b732b0e567822', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{ewaldsurfaceterm.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['surfacetype_1399', ['SurfaceType', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga642e33e4cfb60c000439479c8ab2babc', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['svir_5fprev_1400', ['svir_prev', ['../classt__state.xhtml#ac24ed2cc01441285a84315fb0dc7771e', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['swap_1401', ['swap', ['../group__module__swap.xhtml', 1, '"Computational Electrophysiology" position swapping (swap)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a9dcfc375435eb5edc0e45544fd43e655a8778f5cc5ee1685fb97ad92e33e63225', 1, 'gmx::Swap'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a4593e2dd26986d5477ee1c1d34b73d8e', 1, 'gmx::ArrayRef::swap()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ae64aef69c2c28c27a9042cb4a6bcf936', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::swap()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a3bdae105dbb17e4737ef72ebc0807215', 1, 'gmx::MultiDimArray::swap()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a064a1c97bee073634e577a8c53303ce6', 1, 'gmx::PaddedVector::swap()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a4593e2dd26986d5477ee1c1d34b73d8e', 1, 'gmx::ArrayRef::swap()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a9dcfc375435eb5edc0e45544fd43e655a8778f5cc5ee1685fb97ad92e33e63225', 1, 'gmx::Swap'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__utility.xhtml#gaea4107331937752337e008005021240a', 1, 'gmx::swap(ArrayRef< T > &a, ArrayRef< T > &b) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aec1143780afb2589e98348707889fa03', 1, 'gmx::swap(MultiDimArray< TContainer, Extents > &a, MultiDimArray< TContainer, Extents > &b) noexcept'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a3bdae105dbb17e4737ef72ebc0807215', 1, 'gmx::MultiDimArray::swap()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aec1143780afb2589e98348707889fa03', 1, 'gmx::swap(MultiDimArray< TContainer, Extents > &a, MultiDimArray< TContainer, Extents > &b) noexcept'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__utility.xhtml#gaea4107331937752337e008005021240a', 1, 'gmx::swap(ArrayRef< T > &a, ArrayRef< T > &b) noexcept'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['swap_5f_1402', ['swap_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a2f2b6093dac6793f86055ffa7106c527', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['swap_5fcompartment_1403', ['swap_compartment', ['../structswap__compartment.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['swap_5fem_5fstate_1404', ['swap_em_state', ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml#a6078fd3d5fc0591a5a214ce7ef69bc93', 1, 'minimize.cpp']]], │ │ │ │ │ ['swap_5fgroup_1405', ['swap_group', ['../structswap__group.xhtml#a39ed818b2c47c2f316130152b71a024c', 1, 'swap_group::swap_group()'], │ │ │ │ │ ['../structswap__group.xhtml', 1, 'swap_group'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -2291,22 +2291,22 @@ │ │ │ │ │ ['symrec_2ecpp_1438', ['symrec.cpp', ['../symrec_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['symrec_2eh_1439', ['symrec.h', ['../symrec_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['symtab_1440', ['symtab', ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#a13f2bf089c185f391dea2c82148f3d60', 1, 'gmx_ana_selcollection_t']]], │ │ │ │ │ ['symtab_2ecpp_1441', ['symtab.cpp', ['../symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['symtab_2eh_1442', ['symtab.h', ['../symtab_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['sync_1443', ['sync', ['../gpu__utils_8h.xhtml#aed6d99acc2a7b8495f08fa2d9d2277ebad8e87c0927539672f54462c837be0b7f', 1, 'Sync: gpu_utils.h'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml#afa6488f4f8451bdf0f67d30f75b5b281', 1, 'gmx::PpCommManager::sync'] │ │ │ │ │ + ['sync_1443', ['sync', ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml#afa6488f4f8451bdf0f67d30f75b5b281', 1, 'gmx::PpCommManager::sync'], │ │ │ │ │ + ['../gpu__utils_8h.xhtml#aed6d99acc2a7b8495f08fa2d9d2277ebad8e87c0927539672f54462c837be0b7f', 1, 'Sync: gpu_utils.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['synchronize_1444', ['synchronize', ['../classDeviceStream.xhtml#a7f281ecac0d5600914289fb5b67f54ef', 1, 'DeviceStream']]], │ │ │ │ │ ['syncnodes_1445', ['syncNodes', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a8d4b9476c7dc473a7b408283e5a152b6', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['syncspreadgridd2h_1446', ['syncSpreadGridD2H', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a15b90eb73d235606daa124995fdc1c48', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ - ['synopsisformatter_1447', ['synopsisformatter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1SynopsisFormatter.xhtml#a7ed6c3905f1c8d5499a7ee369fe853f2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::SynopsisFormatter::SynopsisFormatter()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1SynopsisFormatter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::SynopsisFormatter'] │ │ │ │ │ + ['synopsisformatter_1447', ['synopsisformatter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1SynopsisFormatter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::SynopsisFormatter'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1SynopsisFormatter.xhtml#a7ed6c3905f1c8d5499a7ee369fe853f2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::SynopsisFormatter::SynopsisFormatter()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['syntax_1448', ['syntax', ['../structgmx__ana__selmethod__help__t.xhtml#a37e5c1e5aad324294ffb8cbe9735ce5e', 1, 'gmx_ana_selmethod_help_t']]], │ │ │ │ │ ['sysinfo_2ecpp_1449', ['sysinfo.cpp', ['../sysinfo_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['sysinfo_2eh_1450', ['sysinfo.h', ['../sysinfo_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['system_1451', ['System', ['../namespacegmx.xhtml#ac8f59b82a88d690750974cad2ecb2d4daa45da96d0bf6575970f2d27af22be28a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['systemhasconstraintsorvsites_1452', ['systemHasConstraintsOrVsites', ['../namespacegmx.xhtml#a84c067a7732a941d59bb27a3128b7771', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['systeminfo_5f_1453', ['systemInfo_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a7745158537ef45393a49add94ab8091e', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_17.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -66,22 +66,22 @@ │ │ │ │ │ ['t_5fumbrellawindow_49', ['t_UmbrellaWindow', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['t_5fxpmelmt_50', ['t_xpmelmt', ['../structt__xpmelmt.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['ta_5fdisres_51', ['ta_disres', ['../disre_8h.xhtml#a0f24a3fea145dd8f74fc24a64232e8b9', 1, 'disre.h']]], │ │ │ │ │ ['table_20interpolation_52', ['Classes for table interpolation', ['../group__module__tables.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tableinput_2eh_53', ['tableinput.h', ['../tableinput_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tableinteraction_54', ['TableInteraction', ['../forcetable_8h.xhtml#a5ab83e2e3173b76df0ca2b9ca595040c', 1, 'forcetable.h']]], │ │ │ │ │ ['tablesoffsets_55', ['tablesOffsets', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml#a705c9e648f29b1dc77275482d31b5e2e', 1, 'PmeGpuGridParams']]], │ │ │ │ │ - ['tablespacing_56', ['tablespacing', ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a68e69e9f9e7653a0f59b4417d9278055', 1, 'gmx::CubicSplineTable::tableSpacing()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#a01c2df243de4371cf4c88ed712073ec4', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::tableSpacing()'] │ │ │ │ │ + ['tablespacing_56', ['tablespacing', ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#a01c2df243de4371cf4c88ed712073ec4', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::tableSpacing()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a68e69e9f9e7653a0f59b4417d9278055', 1, 'gmx::CubicSplineTable::tableSpacing()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['tabulated_5fbonded_5finteractions_2ecpp_57', ['tabulated_bonded_interactions.cpp', ['../tabulated__bonded__interactions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tabulated_5fpot_58', ['tabulated_pot', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a0274f4fbc68349f4127af1ea77473b89', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['tabulatednormaldistribution_59', ['tabulatednormaldistribution', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ad090e6c16ba8f5b3a5408d8c07788dd3', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::TabulatedNormalDistribution()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#abb053676a2ca8ed4f5a9908bc70f25a7', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::TabulatedNormalDistribution()'] │ │ │ │ │ + ['tabulatednormaldistribution_59', ['tabulatednormaldistribution', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#abb053676a2ca8ed4f5a9908bc70f25a7', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::TabulatedNormalDistribution(result_type mean=0.0, result_type stddev=1.0)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ad090e6c16ba8f5b3a5408d8c07788dd3', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::TabulatedNormalDistribution(const param_type &param)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['tabulatednormaldistribution_2ecpp_60', ['tabulatednormaldistribution.cpp', ['../tests_2tabulatednormaldistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tabulatednormaldistribution_2eh_61', ['tabulatednormaldistribution.h', ['../tabulatednormaldistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tabulatestructurefactors_62', ['tabulateStructureFactors', ['../ewald_8cpp.xhtml#aa3544b10e91b5c8dcfa5a114a5bc5a96', 1, 'ewald.cpp']]], │ │ │ │ │ ['tag_63', ['tag', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga049d88cc31c3267253efbde42699ad28', 1, 'gmx::PropagatorConnection']]], │ │ │ │ │ ['tan_64', ['tan', ['../namespacegmx.xhtml#a45e727a4960ac7f8ba5149f9b251c520', 1, 'gmx::tan(double x)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a7063173231453ec737688c8d91aa0749', 1, 'gmx::tan(float x)'] │ │ │ │ │ @@ -111,16 +111,16 @@ │ │ │ │ │ ['tausmooth_80', ['tausmooth', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#adca5c639bf77415ff74cdd36259747ac', 1, 't_UmbrellaWindow']]], │ │ │ │ │ ['taut_81', ['tauT', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#ad2429598fcf2120680f2c9cbb242a227', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters']]], │ │ │ │ │ ['tbin_82', ['tbin', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a8e051ab9e3b8939ceaf35aea4b20c980', 1, 'methoddata_insolidangle']]], │ │ │ │ │ ['tbinsize_83', ['tbinsize', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a37c045688253e214ec4f38582c565d5a', 1, 'methoddata_insolidangle']]], │ │ │ │ │ ['teardown_84', ['teardown', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a3130fd41d2ff2414f0fc6089b586d5bb', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper::teardown()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#ab37d08455a3f6c93bf73d3b6983f99af', 1, 'gmx::EnergyData::teardown()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['teardowntestsuite_85', ['teardowntestsuite', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#a96d5a35582f00b8736e036fc362034d0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::TearDownTestSuite()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1MdrunTestFixtureBase.xhtml#aeb3adf1e5777af74e64006f41c7ed0fd', 1, 'gmx::test::MdrunTestFixtureBase::TearDownTestSuite()'], │ │ │ │ │ + ['teardowntestsuite_85', ['teardowntestsuite', ['../classgmx_1_1test_1_1MdrunTestFixtureBase.xhtml#aeb3adf1e5777af74e64006f41c7ed0fd', 1, 'gmx::test::MdrunTestFixtureBase::TearDownTestSuite()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#a96d5a35582f00b8736e036fc362034d0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest::TearDownTestSuite()'], │ │ │ │ │ ['../classanonymous__namespace_02domain__decomposition_8cpp_03_1_1DomDecSpecialCasesTest.xhtml#a1f99d295d63d1aa9dfd1dde3aa1300ad', 1, 'anonymous_namespace{domain_decomposition.cpp}::DomDecSpecialCasesTest::TearDownTestSuite()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['temp_86', ['temp', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#af483c0a60b6afdfe8c804ca5b1d58e55', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ │ ['temperature_87', ['temperature', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#a6908a83b062ae61a4f13f574c981f92f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters']]], │ │ │ │ │ ['temperature_20manager_88', ['Reference temperature manager', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md48', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['temperature_5f_89', ['temperature_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02updategroups_8cpp_03_1_1UpdateGroupsTest.xhtml#ad366014cc4d8bfa1f77efdd48f1f7761', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{updategroups.cpp}::UpdateGroupsTest']]], │ │ │ │ │ ['temperaturecoupling_90', ['TemperatureCoupling', ['../md__enums_8h.xhtml#a3ee2807ffc53ebc379b7a3ecb3818408', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ @@ -159,101 +159,101 @@ │ │ │ │ │ ['testagainstreferencedata_121', ['testagainstreferencedata', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTest.xhtml#a1607e65031b20e6649c7c2711096c446', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTest::testAgainstReferenceData()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTest.xhtml#ad1aa6ce337261adfb963124ba3802efb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTest::testAgainstReferenceData()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['testarrayrefs_2eh_122', ['testarrayrefs.h', ['../testarrayrefs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testasserts_2ecpp_123', ['testasserts.cpp', ['../testasserts_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testasserts_2eh_124', ['testasserts.h', ['../testasserts_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testasserts_5ftests_2ecpp_125', ['testasserts_tests.cpp', ['../testasserts__tests_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['testbits_126', ['testbits', ['../group__module__simd.xhtml#ga10dfe150e697592814f1d3edd5c3c87e', 1, 'gmx::testBits(SimdFloat a)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaf2ea05053a363baccc4a01d7d0bc137d', 1, 'gmx::testBits(SimdDInt32 a)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ae58ba299df96ee6c45043e646a1d01dc', 1, 'gmx::testBits(double a)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga5c87788b1cb09e4e6bfdf94f83f1ec76', 1, 'gmx::testBits(SimdDouble a)'], │ │ │ │ │ + ['testbits_126', ['testbits', ['../namespacegmx.xhtml#ae58ba299df96ee6c45043e646a1d01dc', 1, 'gmx::testBits(double a)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af6a3628d9b9ddc7900590f963be7bbf0', 1, 'gmx::testBits(float a)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga47337ed69b038e337974eb220e9455bd', 1, 'gmx::testBits(SimdFInt32 a)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ae2a03b61db6a3ed3e8c2d5e1b3acc9a8', 1, 'gmx::testBits(std::int32_t a)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga47337ed69b038e337974eb220e9455bd', 1, 'gmx::testBits(SimdFInt32 a)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaf2ea05053a363baccc4a01d7d0bc137d', 1, 'gmx::testBits(SimdDInt32 a)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga5c87788b1cb09e4e6bfdf94f83f1ec76', 1, 'gmx::testBits(SimdDouble a)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga10dfe150e697592814f1d3edd5c3c87e', 1, 'gmx::testBits(SimdFloat a)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['testbody_127', ['testbody', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmesplinespreadtest_8cpp_03_1_1SplineAndSpreadTestBody.xhtml#a9b56a90ddb0e79ad3a306a61fc56700b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmesplinespreadtest.cpp}::SplineAndSpreadTestBody::TestBody()'], │ │ │ │ │ + ['testbody_127', ['testbody', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1GatherTestBody.xhtml#a8d2770417e5c57257e5f998e68306c3f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::GatherTestBody::TestBody()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmesolvetest_8cpp_03_1_1SolveTestBody.xhtml#a73732f663d465e8c6235e8d52fc0d321', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmesolvetest.cpp}::SolveTestBody::TestBody()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1GatherTestBody.xhtml#a8d2770417e5c57257e5f998e68306c3f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::GatherTestBody::TestBody()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmesplinespreadtest_8cpp_03_1_1SplineAndSpreadTestBody.xhtml#a9b56a90ddb0e79ad3a306a61fc56700b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmesplinespreadtest.cpp}::SplineAndSpreadTestBody::TestBody()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['testcallbackfunc_128', ['TestCallbackFunc', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02textreader_8cpp_03.xhtml#a3d2c1cd223dc48fe16d95d95fba57e33', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{textreader.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['testdata_129', ['testData', ['../classgmx_1_1test_1_1XvgMatch.xhtml#adac4856fbdb4583cbe532297c59e5368', 1, 'gmx::test::XvgMatch']]], │ │ │ │ │ ['testdevice_130', ['testdevice', ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml', 1, 'gmx::test::TestDevice'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#a32825b77885bb4482851ecfa1a8f5c25', 1, 'gmx::test::TestDevice::TestDevice()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['testoutput_158', ['testoutput', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02checkpointdata_8cpp_03.xhtml#a256911cd50800e2c87bacc8cba91a65d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{checkpointdata.cpp}::testOutput(const std::string &key, const tensor inputTensor, ReadCheckpointData *checkpointData)'], │ │ │ │ │ + ['testoutput_158', ['testoutput', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02checkpointdata_8cpp_03.xhtml#a2e5f4a7e8bb22f68c3b391de25d9b253', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{checkpointdata.cpp}::testOutput(const std::string &key, const T &inputValue, ReadCheckpointData *checkpointData)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02checkpointdata_8cpp_03.xhtml#aad44cd3d138240462d4534ee9633bfa1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{checkpointdata.cpp}::testOutput(const std::string &key, const std::vector< T > &inputVector, ReadCheckpointData *checkpointData)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02checkpointdata_8cpp_03.xhtml#a2e5f4a7e8bb22f68c3b391de25d9b253', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{checkpointdata.cpp}::testOutput(const std::string &key, const T &inputValue, ReadCheckpointData *checkpointData)'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02checkpointdata_8cpp_03.xhtml#a256911cd50800e2c87bacc8cba91a65d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{checkpointdata.cpp}::testOutput(const std::string &key, const tensor inputTensor, ReadCheckpointData *checkpointData)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['testparticleinsertion_159', ['testparticleinsertion', ['../classgmx_1_1TestParticleInsertion.xhtml', 1, 'gmx::TestParticleInsertion'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0aa42c5450c670a7ecbea5532bde9c0c65', 1, 'gmx::TestParticleInsertion'] │ │ │ │ │ + ['testparticleinsertion_159', ['testparticleinsertion', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0aa42c5450c670a7ecbea5532bde9c0c65', 1, 'gmx::TestParticleInsertion'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TestParticleInsertion.xhtml', 1, 'gmx::TestParticleInsertion'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['testprogramcontext_160', ['testprogramcontext', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#ad5dac6194a35b4fe18b01362c13700d7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::TestProgramContext()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext'] │ │ │ │ │ + ['testprogramcontext_160', ['testprogramcontext', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#ad5dac6194a35b4fe18b01362c13700d7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::TestProgramContext()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['testreferencechecker_161', ['testreferencechecker', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a7a44d53b17c9043e1a2a20353d9ab270', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::TestReferenceChecker(const TestReferenceChecker &other)'], │ │ │ │ │ + ['testreferencechecker_161', ['testreferencechecker', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#aace599411fd71321bb8439c87c9e8f09', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::TestReferenceChecker(TestReferenceChecker &&other) noexcept'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a254b525b8a7a55d8b7016fb6955b4729', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::TestReferenceChecker()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#aace599411fd71321bb8439c87c9e8f09', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::TestReferenceChecker()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a7a44d53b17c9043e1a2a20353d9ab270', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::TestReferenceChecker(const TestReferenceChecker &other)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceData.xhtml', 1, 'gmx::test::TestReferenceData'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceData.xhtml', 1, 'gmx::test::TestReferenceData'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#aaa15eff193010f3a4b44dbc8109af6ad', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::TestReferenceData'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceData.xhtml#a4ff154830e12ced01ff05c3836e6280c', 1, 'gmx::test::TestReferenceData::TestReferenceData()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceData.xhtml#a626db3a271552ca6dff5a29675f0168a', 1, 'gmx::test::TestReferenceData::TestReferenceData(std::string testNameOverride)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['testreferencedataimpl_163', ['testreferencedataimpl', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a6171cec48056c8efc37a1dd52a0f8d16', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl::TestReferenceDataImpl()'] │ │ │ │ │ + ['testreferencedataimpl_163', ['testreferencedataimpl', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a6171cec48056c8efc37a1dd52a0f8d16', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl::TestReferenceDataImpl()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['testreferencedataimplpointer_164', ['TestReferenceDataImplPointer', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata_8cpp_03.xhtml#a36a1ed209b65b4cc1029200a293a98cb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['tests_165', ['Using reference data in C++ tests', ['../page_refdata.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['tests_20and_20further_20plans_166', ['Acceptance tests and further plans', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md19', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tests_20that_20use_20reference_20data_167', ['Running tests that use reference data', ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md54', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testsplinetableagainstfunctions_168', ['testSplineTableAgainstFunctions', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03_1_1SplineTableTest.xhtml#a2c1eeb19155d1bca0cb70891f54819a4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}::SplineTableTest']]], │ │ │ │ │ - ['testsystem_169', ['testsystem', ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#aa7f8424a3a6cc50ee21f77e7e4b5ddde', 1, 'gmx::test::TestSystem::TestSystem()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1TestSystem.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::TestSystem'], │ │ │ │ │ + ['testsystem_169', ['testsystem', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1TestSystem.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::TestSystem'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#aa7f8424a3a6cc50ee21f77e7e4b5ddde', 1, 'gmx::test::TestSystem::TestSystem()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml', 1, 'gmx::test::TestSystem'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['testsystem_2ecpp_170', ['testsystem.cpp', ['../testsystem_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testsystem_2eh_171', ['testsystem.h', ['../testsystem_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['testtypes_172', ['TestTypes', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ab7329f4a87ff0ba219ca30efe02feed2', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['testtypescopyable_173', ['TestTypesCopyable', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a93fd993c47bc2511392edbbce6b4a78a', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['testutils_174', ['Testing Utilities (testutils)', ['../group__module__testutils.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -268,128 +268,128 @@ │ │ │ │ │ ['textblockmatcherpointer_181', ['TextBlockMatcherPointer', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ab67aed93a000e8ab0343052804f18d03', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['textblockmatchers_2ecpp_182', ['textblockmatchers.cpp', ['../textblockmatchers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['textblockmatchers_2eh_183', ['textblockmatchers.h', ['../textblockmatchers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['textfilematch_184', ['textfilematch', ['../classgmx_1_1test_1_1TextFileMatch.xhtml', 1, 'gmx::test::TextFileMatch'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TextFileMatch.xhtml#ab411b229f762e236e34efcea406fb593', 1, 'gmx::test::TextFileMatch::TextFileMatch()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['textfornextline_185', ['textForNextLine', ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml#a93033301edbdcb8f1f078a9b827e3193', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData']]], │ │ │ │ │ - ['textinputfile_186', ['textinputfile', ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#af20d8c4f7338689d6bcb9ec606f8c9b4', 1, 'gmx::TextInputFile::TextInputFile(const std::filesystem::path &filename)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#a6d7569f14dfef30d6ea1569e2918a73b', 1, 'gmx::TextInputFile::TextInputFile(FILE *fp)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml', 1, 'gmx::TextInputFile'] │ │ │ │ │ + ['textinputfile_186', ['textinputfile', ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml', 1, 'gmx::TextInputFile'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#af20d8c4f7338689d6bcb9ec606f8c9b4', 1, 'gmx::TextInputFile::TextInputFile(const std::filesystem::path &filename)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#a6d7569f14dfef30d6ea1569e2918a73b', 1, 'gmx::TextInputFile::TextInputFile(FILE *fp)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['textinputstream_187', ['TextInputStream', ['../classgmx_1_1TextInputStream.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['textinputstreampointer_188', ['TextInputStreamPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a2fbe80608de8e00e55049289ef0148c1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - 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['textoutputfile_192', ['textoutputfile', ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml#a0e335cf9a5243a945dc60fe49aeeb247', 1, 'gmx::TextOutputFile::TextOutputFile()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml', 1, 'gmx::TextOutputFile'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml#a1ee5dc27ea467d9811871b0a1e588fe2', 1, 'gmx::TextOutputFile::TextOutputFile()'] │ │ │ │ │ + ['textoutputfile_192', ['textoutputfile', ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml', 1, 'gmx::TextOutputFile'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml#a0e335cf9a5243a945dc60fe49aeeb247', 1, 'gmx::TextOutputFile::TextOutputFile(FILE *fp)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml#a1ee5dc27ea467d9811871b0a1e588fe2', 1, 'gmx::TextOutputFile::TextOutputFile(const std::filesystem::path &filename)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['textoutputstream_193', ['TextOutputStream', ['../classgmx_1_1TextOutputStream.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['textoutputstreampointer_194', ['TextOutputStreamPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a1fdec6c0997f8c033905f1f82f253d25', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['textreader_195', ['textreader', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#aefdd56f07b394bc63fee470d1e3a1713', 1, 'gmx::TextReader::TextReader()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml', 1, 'gmx::TextReader'], │ │ │ │ │ + ['textreader_195', ['textreader', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml', 1, 'gmx::TextReader'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a325b37c56a1e7150059bc4214aeb8f57', 1, 'gmx::TextReader::TextReader(const TextInputStreamPointer &stream)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#aea62d36e19b8255aa17cdcc8837d7e29', 1, 'gmx::TextReader::TextReader(TextInputStream *stream)'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#aea62d36e19b8255aa17cdcc8837d7e29', 1, 'gmx::TextReader::TextReader(TextInputStream *stream)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#aefdd56f07b394bc63fee470d1e3a1713', 1, 'gmx::TextReader::TextReader(const std::filesystem::path &filename)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['textreader_2ecpp_196', ['textreader.cpp', ['../textreader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2textreader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['textreader_2eh_197', ['textreader.h', ['../textreader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['textreadertest_198', ['TextReaderTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02textreader_8cpp_03_1_1TextReaderTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{textreader.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['textreadertestparams_199', ['TextReaderTestParams', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02textreader_8cpp_03_1_1TextReaderTestParams.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{textreader.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['textstream_2eh_200', ['textstream.h', ['../textstream_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['texttableformatter_201', ['texttableformatter', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml', 1, 'gmx::TextTableFormatter'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml#a3143f1dbd44198820b216acb24a2afb8', 1, 'gmx::TextTableFormatter::TextTableFormatter()'] │ │ │ │ │ + ['texttableformatter_201', ['texttableformatter', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml#a3143f1dbd44198820b216acb24a2afb8', 1, 'gmx::TextTableFormatter::TextTableFormatter()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml', 1, 'gmx::TextTableFormatter'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['textwriter_202', ['textwriter', ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml', 1, 'gmx::TextWriter'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a87717822eeaef8cfe9b9bddcdc69d068', 1, 'gmx::TextWriter::TextWriter(const TextOutputStreamPointer &stream)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a7ad8fe5cb5d45d210076b6acc2bb3305', 1, 'gmx::TextWriter::TextWriter(TextOutputStream *stream)'], │ │ │ │ │ + ['textwriter_202', ['textwriter', ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a87717822eeaef8cfe9b9bddcdc69d068', 1, 'gmx::TextWriter::TextWriter(const TextOutputStreamPointer &stream)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a3d04ade0ece9b32830767fb11fd50f9c', 1, 'gmx::TextWriter::TextWriter(const std::filesystem::path &filename)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a32e12f85503d74940a73aea293198bbe', 1, 'gmx::TextWriter::TextWriter(FILE *fp)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a3d04ade0ece9b32830767fb11fd50f9c', 1, 'gmx::TextWriter::TextWriter(const std::filesystem::path &filename)'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml', 1, 'gmx::TextWriter'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a7ad8fe5cb5d45d210076b6acc2bb3305', 1, 'gmx::TextWriter::TextWriter()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['textwriter_2ecpp_203', ['textwriter.cpp', ['../tests_2textwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../textwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['textwriter_2eh_204', ['textwriter.h', ['../textwriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['that_20use_20reference_20data_205', ['Running tests that use reference data', ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md54', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['the_20accelerated_20weight_20histogram_20method_20awh_206', ['The accelerated weight histogram method (AWH)', ['../page_awh.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['the_20algorithm_207', ['The algorithm', ['../page_nbnxm.xhtml#autotoc_md50', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['the_20awh_20module_208', ['Design of the AWH module', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md1', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['the_20frames_209', ['Analyzing the frames', ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md85', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['the_20gromacs_20simd_20module_210', ['Design of the GROMACS SIMD module', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['the_20method_211', ['Registering the method', ['../page_module_selection_custom.xhtml#selmethods_register', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['the_20modular_20simulator_212', ['the modular simulator', ['../group__module__modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'], │ │ │ │ │ - ['../page_modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md13', 1, 'The modular simulator'], │ │ │ │ │ + ['../page_modularsimulator.xhtml', 1, 'The modular simulator'], │ │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md8', 1, 'Using the modular simulator'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['the_20modular_20simulator_20approach_213', ['The modular simulator approach', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md10', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['the_20modular_20simulator_20checkpointing_20design_214', ['Notes about the modular simulator checkpointing design', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md46', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['the_20nxm_20atom_20cluster_20non_20bonded_20algorithm_215', ['The NxM atom-cluster non-bonded algorithm', ['../page_nbnxm.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['the_20parser_216', ['Element tree constructed by the parser', ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['the_20simd_20math_20library_217', ['The SIMD math library', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md70', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['the_20simulator_20algorithm_218', ['The simulator algorithm', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md14', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['the_20subset_20you_20should_20use_20in_20practice_219', ['The subset you should use in practice', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md63', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['therm_5fintegral_220', ['therm_integral', ['../classt__state.xhtml#ad4678e3fa756572da966f76ff91bcccf', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['thermochemistry_2eh_221', ['thermochemistry.h', ['../thermochemistry_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['thermostat_222', ['Thermostat', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0a91e0b95db0c752d879aebd0ac65a7fb9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['theta_223', ['theta', ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#a72a73bf1f2d75a9adea49f1ec1644b35', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::theta()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#af190d7c28507fb296c4dc761f6678665', 1, 'gmx::GammaDistribution::theta()'] │ │ │ │ │ + ['theta_223', ['theta', ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#af190d7c28507fb296c4dc761f6678665', 1, 'gmx::GammaDistribution::theta()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#a72a73bf1f2d75a9adea49f1ec1644b35', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::theta()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['this_5fextent_224', ['this_extent', ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01dynamic__extent_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a89659e2a1bc76b4ae7f83793f10ccfb3', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents... >']]], │ │ │ │ │ ['thisrankhasanygputask_225', ['thisRankHasAnyGpuTask', ['../classgmx_1_1GpuTaskAssignments.xhtml#a17460c9e27a94f000af109c1b3726ede', 1, 'gmx::GpuTaskAssignments']]], │ │ │ │ │ ['thisrankhaspmegputask_226', ['thisRankHasPmeGpuTask', ['../classgmx_1_1GpuTaskAssignments.xhtml#afd304f2fa344ed2146894d94ac859bfc', 1, 'gmx::GpuTaskAssignments']]], │ │ │ │ │ ['thisrankwilldoio_227', ['ThisRankWillDoIO', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aa82610508a501aa57b8b5be5054920f2', 1, 'gmx::Bias']]], │ │ │ │ │ ['thread_5fwork_5ft_228', ['thread_work_t', ['../structthread__work__t.xhtml#a78c8d63f0984cdf725ed096b4342e824', 1, 'thread_work_t::thread_work_t()'], │ │ │ │ │ ['../structthread__work__t.xhtml', 1, 'thread_work_t'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['threadaffinity_229', ['threadAffinity', ['../structgmx__hw__opt__t.xhtml#a15e9735d2b5e06bc43782cccb1f7a167', 1, 'gmx_hw_opt_t']]], │ │ │ │ │ ['threadaffinity_2eh_230', ['threadaffinity.h', ['../threadaffinity_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['threaddata_231', ['threaddata', ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#ac3d274a5d0a66155e34314d8a510b442', 1, 'gmx::ThreadingInfo::threadData(int threadIndex)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#aa20d5e6c44466ced762e6b4439dab5a5', 1, 'gmx::ThreadingInfo::threadData(int threadIndex) const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['threaddatanonlocaldependent_232', ['threaddatanonlocaldependent', ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#acb50fb1186c783b326f0bef3b0fdeaab', 1, 'gmx::ThreadingInfo::threadDataNonLocalDependent() const'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#aa37d24c0ae612a688e1b1f513d2350a1', 1, 'gmx::ThreadingInfo::threadDataNonLocalDependent()'] │ │ │ │ │ + ['threaddatanonlocaldependent_232', ['threaddatanonlocaldependent', ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#aa37d24c0ae612a688e1b1f513d2350a1', 1, 'gmx::ThreadingInfo::threadDataNonLocalDependent()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#acb50fb1186c783b326f0bef3b0fdeaab', 1, 'gmx::ThreadingInfo::threadDataNonLocalDependent() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['threaded_5fforce_5fbuffer_2ecpp_233', ['threaded_force_buffer.cpp', ['../threaded__force__buffer_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['threaded_5fforce_5fbuffer_2eh_234', ['threaded_force_buffer.h', ['../threaded__force__buffer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['threadedforcebuffer_235', ['threadedforcebuffer', ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#a36e6fd2060e53d8b8a059cb996844cf6', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer::ThreadedForceBuffer()'], │ │ │ │ │ - ['../structbonded__threading__t.xhtml#ac347f6f3d647748bf399baa5b942b487', 1, 'bonded_threading_t::threadedForceBuffer'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer< ForceBufferElementType >'] │ │ │ │ │ + ['threadedforcebuffer_235', ['threadedforcebuffer', ['../structbonded__threading__t.xhtml#ac347f6f3d647748bf399baa5b942b487', 1, 'bonded_threading_t::threadedForceBuffer'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer< ForceBufferElementType >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#a36e6fd2060e53d8b8a059cb996844cf6', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer::ThreadedForceBuffer()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['threadedforcebuffer_3c_20gmx_3a_3abasicvector_20_3e_236', ['ThreadedForceBuffer< gmx::BasicVector >', ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['threadedforcebuffer_3c_20rvec4_20_3e_237', ['ThreadedForceBuffer< rvec4 >', ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['threadforcebuffer_238', ['threadforcebuffer', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#aca0ff0d302fd340a22c038f8c2b67ee3', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer::ThreadForceBuffer()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#aeae6df3244747db1017c222b74258cbe', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer::threadForceBuffer()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer< ForceBufferElementType >'] │ │ │ │ │ + ['threadforcebuffer_238', ['threadforcebuffer', ['../classgmx_1_1ThreadedForceBuffer.xhtml#aeae6df3244747db1017c222b74258cbe', 1, 'gmx::ThreadedForceBuffer::threadForceBuffer()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer< ForceBufferElementType >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#aca0ff0d302fd340a22c038f8c2b67ee3', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer::ThreadForceBuffer()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['threadforcebuffer_3c_20gmx_3a_3abasicvector_20_3e_239', ['ThreadForceBuffer< gmx::BasicVector >', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['threadforcebuffer_3c_20rvec4_20_3e_240', ['ThreadForceBuffer< rvec4 >', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['threadinginfo_241', ['threadinginfo', ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml#a4f867dff40e9790d110a5bb58439f630', 1, 'gmx::ThreadingInfo::ThreadingInfo()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ThreadingInfo.xhtml', 1, 'gmx::ThreadingInfo'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['threadmpimdrunneraccessbarrier_242', ['threadMpiMdrunnerAccessBarrier', ['../namespacegmx.xhtml#aef8b79bdbe453658a42421841b67dde7', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['threadmpitestrunner_243', ['threadMpiTestRunner', ['../group__module__testutils.xhtml#ga6d3fae9732f12f43acd33c7e3ff009b9', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['threadsperatom_244', ['threadsperatom', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#a3906f1a6891bba7e415ad2b7d3c4cef0', 1, 'ThreadsPerAtom: pme_gpu_constants.h'], │ │ │ │ │ ['../structPmeGpuSettings.xhtml#a5e39fbddc82a9b12fa969f4e0f344660', 1, 'PmeGpuSettings::threadsPerAtom'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['threadworkobjects_245', ['threadWorkObjects', ['../classgmx__reverse__top__t.xhtml#a98b8fa58dfc1f1b04cab29658676a3f4', 1, 'gmx_reverse_top_t']]], │ │ │ │ │ ['threefry_2ecpp_246', ['threefry.cpp', ['../threefry_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['threefry_2eh_247', ['threefry.h', ['../threefry_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['threefry2x64_248', ['threefry2x64', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64.xhtml#add624a33176505ea1f48517616405c6c', 1, 'gmx::ThreeFry2x64::ThreeFry2x64(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64.xhtml#a5a79d409ea4010111bb67832d4a1badd', 1, 'gmx::ThreeFry2x64::ThreeFry2x64(uint64_t key0, uint64_t key1)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64.xhtml', 1, 'gmx::ThreeFry2x64< internalCounterBits >'] │ │ │ │ │ + ['threefry2x64_248', ['threefry2x64', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64.xhtml', 1, 'gmx::ThreeFry2x64< internalCounterBits >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64.xhtml#add624a33176505ea1f48517616405c6c', 1, 'gmx::ThreeFry2x64::ThreeFry2x64(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64.xhtml#a5a79d409ea4010111bb67832d4a1badd', 1, 'gmx::ThreeFry2x64::ThreeFry2x64(uint64_t key0, uint64_t key1)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['threefry2x64_3c_2016_20_3e_249', ['ThreeFry2x64< 16 >', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['threefry2x64fast_250', ['threefry2x64fast', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64Fast.xhtml#a63d848b7b9d7d979487cf570846658f7', 1, 'gmx::ThreeFry2x64Fast::ThreeFry2x64Fast(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64Fast.xhtml#a3e9704834e1ae8f8b382aa6229f52be7', 1, 'gmx::ThreeFry2x64Fast::ThreeFry2x64Fast(uint64_t key0, uint64_t key1)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64Fast.xhtml', 1, 'gmx::ThreeFry2x64Fast< internalCounterBits >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['threefry2x64general_251', ['threefry2x64general', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a1608daa8178161bd983afef6344f227f', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::ThreeFry2x64General(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'], │ │ │ │ │ @@ -408,16 +408,16 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['throwunlessderivativeisconsistentwithfunction_260', ['throwunlessderivativeisconsistentwithfunction', ['../namespacegmx_1_1internal.xhtml#a71aba30ffd645096a2944c75870c2adc', 1, 'gmx::internal::throwUnlessDerivativeIsConsistentWithFunction(const std::function< double(double)> &function, const std::function< double(double)> &derivative, const std::pair< real, real > &range)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1internal.xhtml#a84d04970d8b90387337f316491ed1d73', 1, 'gmx::internal::throwUnlessDerivativeIsConsistentWithFunction(ArrayRef< const double > function, ArrayRef< const double > derivative, double inputSpacing, const std::pair< real, real > &range)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['throwuponfailure_261', ['throwUponFailure', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02devicetransfers__ocl_8cpp_03.xhtml#a8585858e6acfd82543296fc132f69648', 1, 'gmx::anonymous_namespace{devicetransfers_ocl.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['tij_262', ['Tij', ['../structdf__history__t.xhtml#a0a8fc4c3313ee87881ca7ae86e2897b4', 1, 'df_history_t']]], │ │ │ │ │ ['tij_5fempirical_263', ['Tij_empirical', ['../structdf__history__t.xhtml#a473ff22c2af8cad04a8670e3d1f33f1b', 1, 'df_history_t']]], │ │ │ │ │ - ['time_264', ['time', ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#a2167d6647ab5a52f9f1000fcec4cf13daa76d4ef5f3f6a672bbfab2865563e530', 1, 'gmx::CorrelationGrid::Time'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga835b14d2053259a125f4baf542e6c515', 1, 'gmx::Time'], │ │ │ │ │ + ['time_264', ['time', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga835b14d2053259a125f4baf542e6c515', 1, 'gmx::Time'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#a2167d6647ab5a52f9f1000fcec4cf13daa76d4ef5f3f6a672bbfab2865563e530', 1, 'gmx::CorrelationGrid::Time'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a1d0cbc9e958aebfe26f93b85d54825fb', 1, 'gmx::TrajectoryFrame::time()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyAnalysisFrame.xhtml#afe731f5020c1836e00abd1301f59685c', 1, 'gmx::EnergyAnalysisFrame::time()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['time_5f_265', ['time_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#ae2b06e9fc97259c2209887de88947e7c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]], │ │ │ │ │ ['timeaveraginginitfactor_266', ['timeAveragingInitFactor', ['../structt__oriresdata.xhtml#ab09a3c184b2ad0b6e6e42c71a507a336', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['timebegin_267', ['timeBegin', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a5f595ce648a601cd0df03f2d4902f23d', 1, 'gmx::EnergyTerm']]], │ │ │ │ │ ['timecontrol_2ecpp_268', ['timecontrol.cpp', ['../tests_2timecontrol_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -427,60 +427,60 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02timeunitmanager_8cpp_03_1_1TimeOptionScaler.xhtml#a25bf49d070bd4a0c520de6b2be0fc806', 1, 'gmx::anonymous_namespace{timeunitmanager.cpp}::TimeOptionScaler::TimeOptionScaler()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['timeperframeisset_272', ['timePerFrameIsSet', ['../structgmx__tng__trajectory.xhtml#af088af97fed6334da2f6a86bbb593332', 1, 'gmx_tng_trajectory']]], │ │ │ │ │ ['timers_273', ['timers', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a53d2110fa92330613bf2a97233dffee5', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['timescalefactor_274', ['timeScaleFactor', ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml#ab5c34c0650c9672bbd6a51f85ef774b8', 1, 'gmx::TimeUnitManager']]], │ │ │ │ │ ['timesclose_275', ['timesClose', ['../namespacegmx.xhtml#a77fe4c27ecc56cc5e0448842a1218d7c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['timespan_276', ['timeSpan', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a6fa21d577f34e76489343b9f15cb0f70', 1, 'gmx::EnergyTerm']]], │ │ │ │ │ - ['timestep_277', ['timestep', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTestParameters.xhtml#a96082cd681f7abe75ac413d73f088426', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTestParameters::timestep'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#a36e5c1428b87e64084c3f7c92db237d3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters::timestep'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga2f15ba7b08f5e9328be350927770ffe5', 1, 'gmx::TimeStep::TimeStep()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1TimeStep.xhtml', 1, 'gmx::TimeStep'] │ │ │ │ │ + ['timestep_277', ['timestep', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#a36e5c1428b87e64084c3f7c92db237d3', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters::timestep'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1TimeStep.xhtml', 1, 'gmx::TimeStep'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTestParameters.xhtml#a96082cd681f7abe75ac413d73f088426', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTestParameters::timestep'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga2f15ba7b08f5e9328be350927770ffe5', 1, 'gmx::TimeStep::TimeStep()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['timestepvalue_278', ['timeStepValue', ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#aebab1037d0aa6cddf15d548934f89309', 1, 'gmx::OutputRequirements']]], │ │ │ │ │ ['timeunit_279', ['timeunit', ['../group__group__publicapi.xhtml#ga72fb720465515c7593a1cde9f00534e7', 1, 'gmx::TimeUnit'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml#a6e22d7484f92e59d1a871a6b4881ed04', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::timeUnit()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a6fd0a3de212858a93d88e8e091c31495', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::timeUnit()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings_1_1Impl.xhtml#ae309fcdaf33219b938454058745790df', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::Impl::timeUnit'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#adfd907fed2ffa9d652bbd280522dc2da', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotSettings::timeUnit()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml#a8ca324ae8e6f263eeff34dfcf2a080c4', 1, 'gmx::TimeUnitManager::timeUnit()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml#a6e22d7484f92e59d1a871a6b4881ed04', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::timeUnit()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#adfd907fed2ffa9d652bbd280522dc2da', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotSettings::timeUnit()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings_1_1Impl.xhtml#ae309fcdaf33219b938454058745790df', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::Impl::timeUnit'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['timeunitasstring_280', ['timeUnitAsString', ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml#a4f9fcf6d46d7b2d9d534f083b301c8ae', 1, 'gmx::TimeUnitManager']]], │ │ │ │ │ ['timeunitbehavior_281', ['TimeUnitBehavior', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['timeunitmanager_282', ['timeunitmanager', ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml', 1, 'gmx::TimeUnitManager'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml#ac1f08cab7f0f68500ffe6cbe94695164', 1, 'gmx::TimeUnitManager::TimeUnitManager(TimeUnit unit)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml#a726dac3a92cf59e002165ba0db37f5d2', 1, 'gmx::TimeUnitManager::TimeUnitManager()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['timeunitmanager_2ecpp_283', ['timeunitmanager.cpp', ['../tests_2timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['timeunitmanager_2eh_284', ['timeunitmanager.h', ['../timeunitmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['timevalue_285', ['timevalue', ['../classgmx_1_1DoubleOption.xhtml#a430a6a0b3b7752ad235843e7da58b653', 1, 'gmx::DoubleOption::timeValue()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#a1e9cd8943aa71dfc4ab26b4465b8f7c3', 1, 'gmx::FloatOption::timeValue()'] │ │ │ │ │ + ['timevalue_285', ['timevalue', ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#a1e9cd8943aa71dfc4ab26b4465b8f7c3', 1, 'gmx::FloatOption::timeValue()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DoubleOption.xhtml#a430a6a0b3b7752ad235843e7da58b653', 1, 'gmx::DoubleOption::timeValue()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['timing_286', ['timing', ['../structgmx__wallclock__gpu__pme__t.xhtml#a607e29d4505f8c0bfafdd16acc013695', 1, 'gmx_wallclock_gpu_pme_t']]], │ │ │ │ │ ['timing_2ecpp_287', ['timing.cpp', ['../timing_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['timingevents_288', ['timingEvents', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#acc48ff7075c57f4d447debc00305f53c', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['timingoptions_289', ['timingoptions', ['../structgmx_1_1MdrunOptions.xhtml#a2bc306e11666eb07921041e17746cd8c', 1, 'gmx::MdrunOptions::timingOptions'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1TimingOptions.xhtml', 1, 'gmx::TimingOptions'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['timings_290', ['timings', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a3d3aa02798dd7b9963298b5073cda883', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['timingtest_291', ['TimingTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02timing_8cpp_03_1_1TimingTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{timing.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['title_292', ['title', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02selhelp_8cpp_03_1_1KeywordDetailsHelpTopic.xhtml#aa23c32f478d1262e27c091cae8185760', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selhelp.cpp}::KeywordDetailsHelpTopic::title()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml#af83c46020dc1ff9db250575076576ff5', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData::title()'], │ │ │ │ │ + ['title_292', ['title', ['../classgmx_1_1AbstractCompositeHelpTopic.xhtml#a0cc1b84a71713da2cd41eb80abb76437', 1, 'gmx::AbstractCompositeHelpTopic::title()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02selhelp_8cpp_03_1_1KeywordDetailsHelpTopic.xhtml#aa23c32f478d1262e27c091cae8185760', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selhelp.cpp}::KeywordDetailsHelpTopic::title()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IHelpTopic.xhtml#af4f3699a1ae7ba6c2d23264b922b253a', 1, 'gmx::IHelpTopic::title()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CompositeHelpTopic.xhtml#a88a526c63073a357514bee4dfe245a06', 1, 'gmx::CompositeHelpTopic::title()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimpleHelpTopic.xhtml#abe75d686458341fd5a326af038b08e73', 1, 'gmx::SimpleHelpTopic::title()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractCompositeHelpTopic.xhtml#a0cc1b84a71713da2cd41eb80abb76437', 1, 'gmx::AbstractCompositeHelpTopic::title()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroupData.xhtml#a1bc8a3754d3e134d5ace12d433e25db9', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroupData::title()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractSimpleHelpTopic.xhtml#aebfc3b3e4ccc7e96f0a6d657d2b59469', 1, 'gmx::AbstractSimpleHelpTopic::title()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml#af83c46020dc1ff9db250575076576ff5', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData::title()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroupData.xhtml#a1bc8a3754d3e134d5ace12d433e25db9', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroupData::title()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1ModuleHelpTopic.xhtml#a091e80840c8bab800736401c00e702b0', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::ModuleHelpTopic::title()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1CommandsHelpTopic.xhtml#a36d60e0bf725444daaad02e090ff856d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::CommandsHelpTopic::title()'], │ │ │ │ │ + ['../structt__matrix.xhtml#a9ce92cfb979edf67917aecb3f0b6ea7b', 1, 't_matrix::title'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1RootHelpTopic.xhtml#a596f14d03d2bc58339a0cc29896e81b8', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::RootHelpTopic::title()'], │ │ │ │ │ - ['../structt__matrix.xhtml#a9ce92cfb979edf67917aecb3f0b6ea7b', 1, 't_matrix::title'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03_1_1CommandsHelpTopic.xhtml#a36d60e0bf725444daaad02e090ff856d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::CommandsHelpTopic::title()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['title_5f_293', ['title_', ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml#a085467b0d6d608c1646a6064ed667814', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData']]], │ │ │ │ │ ['tmass_5f_294', ['tmass_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a24203945862eb3fc3451f895d9c5f6c2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]], │ │ │ │ │ ['tmax_295', ['tmax', ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule_1_1Impl.xhtml#a5512da83f52e6365fc8010aa6b0b5fef', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl']]], │ │ │ │ │ ['tmpeq_296', ['tmpEq', ['../structt__oriresdata.xhtml#ab4438870346adc8382d40937f4d0aab2', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['tmpframeatoms_5f_297', ['tmpFrameAtoms_', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#a0a5d8790f380feb9132ce1eeb5eba6ec', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl']]], │ │ │ │ │ ['tmpv_298', ['tmpv', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a68c0112531d9ed7fe84d385c64f44ed8', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ @@ -494,69 +494,69 @@ │ │ │ │ │ ['to_20floating_20point_20values_306', ['Integers corresponding to floating-point values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md61', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['to_20hardware_20taskassignment_307', ['Assigning simulation tasks to hardware (taskassignment)', ['../group__module__taskassignment.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['to_20modules_20during_20setup_20and_20simulation_308', ['Callbacks to modules during setup and simulation', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md6', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['to_5fhex_5fstring_309', ['to_hex_string', ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml#a9779f1aa514f38cfb6c4fa651ab0cf85', 1, 'to_hex_string(uint32_t m): bitmask.h'], │ │ │ │ │ ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml#a205d4d90d896181906c7ee156f92d905', 1, 'to_hex_string(uint64_t m): bitmask.h'], │ │ │ │ │ ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml#abc49e90631d64a92cf4e3e3bc8961abc', 1, 'to_hex_string(C m): bitmask.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['toarrayref_310', ['toarrayref', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a2f5db9a083f6e90eda927ce354ae5a1d', 1, 'gmx::MultiDimArray::toArrayRef()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a4ef224339f8685d94ba77201ce9db16e', 1, 'gmx::MultiDimArray::toArrayRef() const'] │ │ │ │ │ + ['toarrayref_310', ['toarrayref', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a4ef224339f8685d94ba77201ce9db16e', 1, 'gmx::MultiDimArray::toArrayRef() const'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a2f5db9a083f6e90eda927ce354ae5a1d', 1, 'gmx::MultiDimArray::toArrayRef()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['todo_20list_311', ['Todo List', ['../todo.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['todvec_312', ['toDVec', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#abc8756aeb095b37c44db6dc57e7a8cb3', 1, 'gmx::BasicVector']]], │ │ │ │ │ ['toemptystring_313', ['toEmptyString', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aefc80822790b32655c2e71cf510e47b9', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['toivec_314', ['toIVec', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a3684b2ac6a5af7d08b00ee2d11f528ae', 1, 'gmx::BasicVector']]], │ │ │ │ │ ['tolerance_315', ['tolerance', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ab531a9e6dabb908ca992536f1bd4ff4c', 1, 'UmbrellaOptions::Tolerance'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1XvgMatch.xhtml#a0d08e9967901802c784f4a451f2b4398', 1, 'gmx::test::XvgMatch::tolerance()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1ConfMatch.xhtml#a293a985c3c0fdfc7229430ed9e688c7c', 1, 'gmx::test::ConfMatch::tolerance()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1ConfMatch.xhtml#a293a985c3c0fdfc7229430ed9e688c7c', 1, 'gmx::test::ConfMatch::tolerance()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1XvgMatch.xhtml#a0d08e9967901802c784f4a451f2b4398', 1, 'gmx::test::XvgMatch::tolerance()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['tolerance_5f_316', ['tolerance_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02shake_8cpp_03_1_1ShakeTest.xhtml#a209aeb352776d57b3475f9ff91f27c7f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{shake.cpp}::ShakeTest']]], │ │ │ │ │ ['toleranceerror_317', ['toleranceerror', ['../classgmx_1_1ToleranceError.xhtml', 1, 'gmx::ToleranceError'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ToleranceError.xhtml#a6d61797144597bcc14eda78c3a5b738d', 1, 'gmx::ToleranceError::ToleranceError()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['tolowercase_318', ['toLowerCase', ['../group__module__utility.xhtml#ga4f539f8984cfd41f9b3fbf5125587244', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['too_5fmany_5fconstraint_5fwarnings_319', ['too_many_constraint_warnings', ['../namespacegmx.xhtml#af4bbcbf363318bbe3dd69c986f161228', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['toobject_320', ['toobject', ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1ToObject.xhtml', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject< FromType >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1ToObject.xhtml#ad7183397164b2b362f209636af213193', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject::ToObject()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1AfterFrom.xhtml#ac5d0ac8a50af156b1be30dae03172b2b', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom::toObject()'] │ │ │ │ │ + ['toobject_320', ['toobject', ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1ToObject.xhtml#ad7183397164b2b362f209636af213193', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject::ToObject()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1AfterFrom.xhtml#ac5d0ac8a50af156b1be30dae03172b2b', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom::toObject()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1ToObject.xhtml', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject< FromType >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['tool_20module_20class_20declaration_321', ['Tool module class declaration', ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md81', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tools_322', ['tools', ['../page_analysistemplate.xhtml', 1, 'Example code for writing trajectory analysis tools'], │ │ │ │ │ ['../page_analysisnbsearch.xhtml', 1, 'Neighborhood search for analysis tools'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['tools_20within_20gromacs_323', ['Tools within GROMACS', ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md88', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tooptionname_324', ['toOptionName', ['../classgmx_1_1CommandLineParser_1_1Impl.xhtml#a05cd4e20ad96f7d5558006de0b55b36c', 1, 'gmx::CommandLineParser::Impl']]], │ │ │ │ │ ['top_325', ['top', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#ae70cec7ce7f150a724f17e9524df8c48', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator::top'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__sel__evaluate__t.xhtml#a6bf6ef86635b18aebf47c045ec414c2c', 1, 'gmx_sel_evaluate_t::top'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#abbc09acaa89be8862f36bacf883dc91d', 1, 'gmx_ana_selcollection_t::top'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['top_5f_326', ['top_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#ad3216eb9ead077ce1715f9b08fce9bd8', 1, 'gmx::LegacySimulatorData::top_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#ae7489510ceb749ed1e6c96f79a945b91', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl::top_'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1SelMethodEvalContext.xhtml#a0610bc9237f2ecfe9900e2b3d5fc3caf', 1, 'gmx::SelMethodEvalContext::top_'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1SelMethodEvalContext.xhtml#a0610bc9237f2ecfe9900e2b3d5fc3caf', 1, 'gmx::SelMethodEvalContext::top_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#ae7489510ceb749ed1e6c96f79a945b91', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl::top_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['top_5fglobal_327', ['top_global', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#aa15001e7f16e8d414a4ce6440141fba0', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ │ ['topdirs_2ecpp_328', ['topdirs.cpp', ['../tests_2topdirs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['topglobal_5f_329', ['topGlobal_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a07d28b3b32b08362135d419679761c63', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['topicstack_330', ['TopicStack', ['../classgmx_1_1HelpManager_1_1Impl.xhtml#ad78ad91ea778e0e5dc398f4bfb3bfb3a', 1, 'gmx::HelpManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['topicstack_5f_331', ['topicStack_', ['../classgmx_1_1HelpManager_1_1Impl.xhtml#ac12d853118e62e2121ff8169dba5f9e9', 1, 'gmx::HelpManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['topinfo_332', ['topInfo', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a00150bf8175e581f33d6243fac90e029', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]], │ │ │ │ │ ['topmanager_5f_333', ['topManager_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02indexutil_8cpp_03_1_1IndexBlockTest.xhtml#adc8a39679927e32c7e51cd0acc2b3c60', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{indexutil.cpp}::IndexBlockTest']]], │ │ │ │ │ ['topology_334', ['topology', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#ab93a6e3b6536da328578b42a5cec1f53a99571eecaa5c5d622bb0d1f855752d5f', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Topology'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a7b30b1dc2d555916578f31d4a77ddc76', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::topology()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TopologyManager.xhtml#a4a132acb2c6201518ae244fbc94c21b6', 1, 'gmx::test::TopologyManager::topology()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#a3c3854f54fdbf228f6da40c458304b39', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties::topology()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['topologyandmasses_335', ['TopologyAndMasses', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#ab93a6e3b6536da328578b42a5cec1f53a68554d9bcaa8b9b58fad0d9bd8c4addc', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection']]], │ │ │ │ │ - ['topologydata_336', ['topologydata', ['../classgmx_1_1TopologyData.xhtml#ad3974f0960d744a3fcef0ed750c0c53c', 1, 'gmx::TopologyData::TopologyData()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TopologyData.xhtml', 1, 'gmx::TopologyData'] │ │ │ │ │ + ['topologydata_336', ['topologydata', ['../classgmx_1_1TopologyData.xhtml', 1, 'gmx::TopologyData'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TopologyData.xhtml#ad3974f0960d744a3fcef0ed750c0c53c', 1, 'gmx::TopologyData::TopologyData()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['topologyhelpers_2ecpp_337', ['topologyhelpers.cpp', ['../topologyhelpers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['topologyhelpers_2eh_338', ['topologyhelpers.h', ['../topologyhelpers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['topologyholder_339', ['topologyholder', ['../classgmx_1_1TopologyHolder.xhtml', 1, 'gmx::TopologyHolder'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TopologyHolder.xhtml#a8b9462fcd6e0097946a81d94995dbac8', 1, 'gmx::TopologyHolder::TopologyHolder()'] │ │ │ │ │ + ['topologyholder_339', ['topologyholder', ['../classgmx_1_1TopologyHolder.xhtml#a8b9462fcd6e0097946a81d94995dbac8', 1, 'gmx::TopologyHolder::TopologyHolder()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TopologyHolder.xhtml', 1, 'gmx::TopologyHolder'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['topologyholder_20tt_340', ['<tt>TopologyHolder</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md47', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['topologyholder_2ecpp_341', ['topologyholder.cpp', ['../topologyholder_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['topologyholder_2eh_342', ['topologyholder.h', ['../topologyholder_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['topologyinformation_343', ['topologyinformation', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#a9f5e2f28d6039e85596349eedeaa67ff', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::topologyInformation()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml', 1, 'gmx::TopologyInformation'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -623,17 +623,17 @@ │ │ │ │ │ ['trajectory_2eh_386', ['trajectory.h', ['../trajectory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['trajectory_5fwriting_2ecpp_387', ['trajectory_writing.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2trajectory__writing_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryanalysis_388', ['Framework for Trajectory Analysis (trajectoryanalysis)', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryanalysiscommandlinerunner_389', ['TrajectoryAnalysisCommandLineRunner', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisCommandLineRunner.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismodule_390', ['trajectoryanalysismodule', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#a2023063f2d3978b4d89c90f03fb2a805', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::TrajectoryAnalysisModule()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['trajectoryanalysismoduledata_391', ['trajectoryanalysismoduledata', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a488e9fa560e4c41aae0cc1366827010a', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData::TrajectoryAnalysisModuleData()'], │ │ │ │ │ + ['trajectoryanalysismoduledata_391', ['trajectoryanalysismoduledata', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#aab5ed763e4b63da4601f9b9004b595a9', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::TrajectoryAnalysisModuleData'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a488e9fa560e4c41aae0cc1366827010a', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData::TrajectoryAnalysisModuleData()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismoduledatabasic_392', ['trajectoryanalysismoduledatabasic', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02analysismodule_8cpp_03_1_1TrajectoryAnalysisModuleDataBasic.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{analysismodule.cpp}::TrajectoryAnalysisModuleDataBasic'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02analysismodule_8cpp_03_1_1TrajectoryAnalysisModuleDataBasic.xhtml#aec37a161d23261bd520db72d4fcd5414', 1, 'gmx::anonymous_namespace{analysismodule.cpp}::TrajectoryAnalysisModuleDataBasic::TrajectoryAnalysisModuleDataBasic()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismoduledatapointer_393', ['TrajectoryAnalysisModuleDataPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a6f05f1bbb0c205deb47822bce1f626e6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismodulepointer_394', ['TrajectoryAnalysisModulePointer', ['../namespacegmx.xhtml#a832da3c093109c13cc2369de05e02f3b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismoduletestfixture_395', ['TrajectoryAnalysisModuleTestFixture', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryAnalysisModuleTestFixture.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ @@ -642,37 +642,37 @@ │ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismoduletestfixture_3c_20gmx_3a_3aanalysismodules_3a_3ahbondinfo_20_3e_398', ['TrajectoryAnalysisModuleTestFixture< gmx::analysismodules::HbondInfo >', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryAnalysisModuleTestFixture.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismoduletestfixture_3c_20gmx_3a_3aanalysismodules_3a_3amsdinfo_20_3e_399', ['TrajectoryAnalysisModuleTestFixture< gmx::analysismodules::MsdInfo >', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryAnalysisModuleTestFixture.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryanalysismoduletestfixture_3c_20gmx_3a_3aanalysismodules_3a_3ascatteringinfo_20_3e_400', ['TrajectoryAnalysisModuleTestFixture< gmx::analysismodules::ScatteringInfo >', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryAnalysisModuleTestFixture.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryanalysisrunnercommon_401', ['trajectoryanalysisrunnercommon', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml#ad35310ccc8ab432af970d81b4da8e4bd', 1, 'gmx::TopologyInformation::TrajectoryAnalysisRunnerCommon'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#a80ebc1c10787b8da9d963a0f3f2b05cb', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::TrajectoryAnalysisRunnerCommon()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['trajectoryanalysissettings_402', ['trajectoryanalysissettings', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml#a18e20e8927ccdfe811f8f0f0aec96423', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::TrajectoryAnalysisSettings()'] │ │ │ │ │ + ['trajectoryanalysissettings_402', ['trajectoryanalysissettings', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml#a18e20e8927ccdfe811f8f0f0aec96423', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::TrajectoryAnalysisSettings()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['trajectorycomparison_403', ['trajectorycomparison', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryComparison.xhtml', 1, 'gmx::test::TrajectoryComparison'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryComparison.xhtml#a1a75dcf4607a258df3e193e5dc66fa07', 1, 'gmx::test::TrajectoryComparison::TrajectoryComparison()'] │ │ │ │ │ + ['trajectorycomparison_403', ['trajectorycomparison', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryComparison.xhtml#a1a75dcf4607a258df3e193e5dc66fa07', 1, 'gmx::test::TrajectoryComparison::TrajectoryComparison()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryComparison.xhtml', 1, 'gmx::test::TrajectoryComparison'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['trajectorycomparison_2ecpp_404', ['trajectorycomparison.cpp', ['../trajectorycomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['trajectorycomparison_2eh_405', ['trajectorycomparison.h', ['../trajectorycomparison_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryelement_406', ['TrajectoryElement', ['../classgmx_1_1TrajectoryElement.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryelement_20tt_407', ['<tt>TrajectoryElement</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md23', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryelement_2ecpp_408', ['trajectoryelement.cpp', ['../trajectoryelement_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryelement_2eh_409', ['trajectoryelement.h', ['../trajectoryelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryelementbuilder_410', ['TrajectoryElementBuilder', ['../classgmx_1_1TrajectoryElementBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryevent_411', ['TrajectoryEvent', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gae1fdaea68f6d83f68d946186d9b498de', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryfilenames_412', ['trajectoryfilenames', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a428b046202c6244ed297a9060c241792', 1, 'gmx::test::trajectoryFileNames'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02gmx__traj_8cpp_03.xhtml#ad5f9bcf5e2709a1925a6b6d15a968de0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{gmx_traj.cpp}::trajectoryFileNames'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02trjconv_8cpp_03.xhtml#afecabb3d08448a97691eda819cb69f8b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{trjconv.cpp}::trajectoryFileNames'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02trjconv_8cpp_03.xhtml#afecabb3d08448a97691eda819cb69f8b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{trjconv.cpp}::trajectoryFileNames'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02gmx__traj_8cpp_03.xhtml#ad5f9bcf5e2709a1925a6b6d15a968de0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{gmx_traj.cpp}::trajectoryFileNames'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['trajectoryfileopener_413', ['trajectoryfileopener', ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml#a473298d87aa849a34253fb0144c6bdc0', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener::TrajectoryFileOpener()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['trajectoryframe_414', ['trajectoryframe', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryFrame'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a9b8ffe017a93c9283d3eacf747cb7725', 1, 'gmx::TrajectoryFrame::TrajectoryFrame()'] │ │ │ │ │ + ['trajectoryframe_414', ['trajectoryframe', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a9b8ffe017a93c9283d3eacf747cb7725', 1, 'gmx::TrajectoryFrame::TrajectoryFrame()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml', 1, 'gmx::TrajectoryFrame'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['trajectoryframematchsettings_415', ['TrajectoryFrameMatchSettings', ['../structgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameMatchSettings.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryframereader_416', ['trajectoryframereader', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameReader.xhtml', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameReader'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameReader.xhtml#a705793c6cd9d109f0277b0918118f480', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameReader::TrajectoryFrameReader()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['trajectoryframewriter_417', ['TrajectoryFrameWriter', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrameWriter.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['trajectoryframewriterpointer_418', ['TrajectoryFrameWriterPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a3e509ef31cc9962072395a64ad3a73cc', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -684,57 +684,57 @@ │ │ │ │ │ ['trajectorysignaller_424', ['TrajectorySignaller', ['../classgmx_1_1TrajectorySignaller.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['trajectorytolerances_425', ['TrajectoryTolerances', ['../structgmx_1_1test_1_1TrajectoryTolerances.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['trajectorywritersetup_426', ['trajectoryWriterSetup', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga317990f4c6520be1f394130c18e78e61', 1, 'gmx::ITrajectoryWriterClient']]], │ │ │ │ │ ['trajectorywriterteardown_427', ['trajectoryWriterTeardown', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gad5c48edb827a1f2ee2141ff64379bc94', 1, 'gmx::ITrajectoryWriterClient']]], │ │ │ │ │ ['transferkind_428', ['transferKind', ['../structPmeGpuSettings.xhtml#a05b4f6f416c50fa8e990441ee2313441', 1, 'PmeGpuSettings']]], │ │ │ │ │ ['transformationcoordinate_2eh_429', ['transformationcoordinate.h', ['../transformationcoordinate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['transformationmatrixstring_5f_430', ['transformationMatrixString_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#abc23987b62379ecccd84162890f2d03b', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ │ - ['transformationtodensitylattice_431', ['transformationtodensitylattice', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#a73894e47fe03c59191e3577c494d9db2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup::transformationToDensityLattice()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatFromFileReader.xhtml#ad17d83f4c903da70ca6a099f4c9e2ef9', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader::transformationToDensityLattice()'] │ │ │ │ │ + ['transformationtodensitylattice_431', ['transformationtodensitylattice', ['../classgmx_1_1MrcDensityMapOfFloatFromFileReader.xhtml#ad17d83f4c903da70ca6a099f4c9e2ef9', 1, 'gmx::MrcDensityMapOfFloatFromFileReader::transformationToDensityLattice()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#a73894e47fe03c59191e3577c494d9db2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup::transformationToDensityLattice()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['transformationvariables_432', ['transformationVariables', ['../structpull__coord__work__t.xhtml#a7da2fbd46d6f52764608b113d5587073', 1, 'pull_coord_work_t']]], │ │ │ │ │ ['transformwith_433', ['transformwith', ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1ToObject.xhtml#abf54f25c00ea20217aa17ad252cb1c61', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject::transformWith()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1ToValue.xhtml#a8a8e5d18ea940ef997b63f33e6d6736b', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToValue::transformWith()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['translate_5fpositions_434', ['translate_positions', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#af85436adf396ea680ef5b6707a65a6f5', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ │ ['translate_5fx_435', ['translate_x', ['../groupcoord_8h.xhtml#abf61862aa01a3ab4577af42126280f93', 1, 'groupcoord.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['translateandscale_436', ['translateandscale', ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml#a1800ccdb4a9030aa2dcc23c3ea42fd22', 1, 'gmx::TranslateAndScale::TranslateAndScale()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml', 1, 'gmx::TranslateAndScale'], │ │ │ │ │ + ['translateandscale_436', ['translateandscale', ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml', 1, 'gmx::TranslateAndScale'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml#aa9087a341db2df1619a08f341dd570b2', 1, 'gmx::TranslateAndScale::TranslateAndScale(const RVec &scale, const RVec &translation)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml#ae33a773ba368a2cc2a481838ec4e7e78', 1, 'gmx::TranslateAndScale::TranslateAndScale(const TranslateAndScale &other)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml#aa9087a341db2df1619a08f341dd570b2', 1, 'gmx::TranslateAndScale::TranslateAndScale(const RVec &scale, const RVec &translation)'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml#a1800ccdb4a9030aa2dcc23c3ea42fd22', 1, 'gmx::TranslateAndScale::TranslateAndScale(TranslateAndScale &&other) noexcept'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['translatebenchmarkenum_437', ['translateBenchmarkEnum', ['../namespacegmx.xhtml#ae7ceb9cb2e48b5771892c18713325aec', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['translatecpuinfologicalprocessorstomachine_438', ['translateCpuInfoLogicalProcessorsToMachine', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02hardwaretopology_8cpp_03.xhtml#a9d67bf009b11f1aa496f77cf17b99c45', 1, 'gmx::anonymous_namespace{hardwaretopology.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['translation_5f_439', ['translation_', ['../structgmx_1_1MrcDensitySkewData.xhtml#af2ba4e5e9d5d4be0c671601d8f3b5885', 1, 'gmx::MrcDensitySkewData']]], │ │ │ │ │ ['translationstring_5f_440', ['translationString_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a715a47bb4ba1641258052a3ddb27558f', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ │ - ['transpose_441', ['transpose', ['../group__module__simd.xhtml#gaf7a690a2d884f1210349194e3c07a5a3', 1, 'gmx::transpose(Simd4Double *v0, Simd4Double *v1, Simd4Double *v2, Simd4Double *v3)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ae539bd83f506f18a7796300e41ea4698', 1, 'gmx::transpose(Matrix3x3ConstSpan matrixView)'], │ │ │ │ │ + ['transpose_441', ['transpose', ['../namespacegmx.xhtml#ae539bd83f506f18a7796300e41ea4698', 1, 'gmx::transpose(Matrix3x3ConstSpan matrixView)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaf7a690a2d884f1210349194e3c07a5a3', 1, 'gmx::transpose(Simd4Double *v0, Simd4Double *v1, Simd4Double *v2, Simd4Double *v3)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga059f7a354565ad8c1494853ec9a00d3f', 1, 'gmx::transpose(Simd4Float *v0, Simd4Float *v1, Simd4Float *v2, Simd4Float *v3)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['transposescatterdecru_442', ['transposescatterdecru', ['../group__module__simd.xhtml#ga15283d6034452bcbee9c5f7538d7b560', 1, 'gmx::transposeScatterDecrU(double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble v0, SimdDouble v1, SimdDouble v2)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga6889b6665cbfc5fa0bce09fe5db5e49c', 1, 'gmx::transposeScatterDecrU(float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat v0, SimdFloat v1, SimdFloat v2)'], │ │ │ │ │ + ['transposescatterdecru_442', ['transposescatterdecru', ['../group__module__simd.xhtml#ga6889b6665cbfc5fa0bce09fe5db5e49c', 1, 'gmx::transposeScatterDecrU(float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat v0, SimdFloat v1, SimdFloat v2)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a812731a42d1358e6a06f81848a67eeb7', 1, 'gmx::transposeScatterDecrU(double *base, const std::int32_t offset[], double v0, double v1, double v2)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#af7e302c7dcfb8d4937c4388d77057435', 1, 'gmx::transposeScatterDecrU(float *base, const std::int32_t offset[], float v0, float v1, float v2)'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af7e302c7dcfb8d4937c4388d77057435', 1, 'gmx::transposeScatterDecrU(float *base, const std::int32_t offset[], float v0, float v1, float v2)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga15283d6034452bcbee9c5f7538d7b560', 1, 'gmx::transposeScatterDecrU(double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble v0, SimdDouble v1, SimdDouble v2)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['transposescatterincru_443', ['transposescatterincru', ['../group__module__simd.xhtml#gaecbb196e76a516c1e3672a8fa0df6f87', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble v0, SimdDouble v1, SimdDouble v2)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a83e3f241eaafa47cfa9258ec9efec8d0', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(double *base, const std::int32_t offset[], double v0, double v1, double v2)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a12069a0402115678c9c39b303585917d', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(float *base, const std::int32_t offset[], float v0, float v1, float v2)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gac36c2fd8a466fb309ba9ae1dbf8dffbd', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat v0, SimdFloat v1, SimdFloat v2)'] │ │ │ │ │ + ['transposescatterincru_443', ['transposescatterincru', ['../namespacegmx.xhtml#a12069a0402115678c9c39b303585917d', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(float *base, const std::int32_t offset[], float v0, float v1, float v2)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gac36c2fd8a466fb309ba9ae1dbf8dffbd', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat v0, SimdFloat v1, SimdFloat v2)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaecbb196e76a516c1e3672a8fa0df6f87', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble v0, SimdDouble v1, SimdDouble v2)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a83e3f241eaafa47cfa9258ec9efec8d0', 1, 'gmx::transposeScatterIncrU(double *base, const std::int32_t offset[], double v0, double v1, double v2)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['transposescatterstoreu_444', ['transposescatterstoreu', ['../group__module__simd.xhtml#gaa23e5431ddc22611d3304ac96c461cc5', 1, 'gmx::transposeScatterStoreU(double *base, const std::int32_t offset[], SimdDouble v0, SimdDouble v1, SimdDouble v2)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaba67dbea2a790730dfa78999209959b2', 1, 'gmx::transposeScatterStoreU(float *base, const std::int32_t offset[], SimdFloat v0, SimdFloat v1, SimdFloat v2)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a65d8dd5e7a4ade4e3750b48e2a95b308', 1, 'gmx::transposeScatterStoreU(float *base, const std::int32_t offset[], float v0, float v1, float v2)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ab5d74c633ff138def6fa648441c5decf', 1, 'gmx::transposeScatterStoreU(double *base, const std::int32_t offset[], double v0, double v1, double v2)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['trate_445', ['TRate', ['../namespacegmx.xhtml#aa72f45c17038ea5aae00ba6b17cab901ad64053ef9562fdf23d2a7d362506b72a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['treatments_20of_20long_20ranged_20forces_446', ['Ewald-family treatments of long-ranged forces', ['../group__module__ewald.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tree_20after_20compilation_447', ['Element tree after compilation', ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['tree_20constructed_20by_20the_20parser_448', ['Element tree constructed by the parser', ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['two_5fk_5frf_502', ['two_k_rf', ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a248c82b454b4a03c1ac261604a15b2fd', 1, 'gmx::NBParamGpu::two_k_rf'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#a0bb09ec3c7ec3e092c5ec2b15a3fb5a1', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::two_k_rf'] │ │ │ │ │ + ['two_5fk_5frf_502', ['two_k_rf', ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#a0bb09ec3c7ec3e092c5ec2b15a3fb5a1', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::two_k_rf'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a248c82b454b4a03c1ac261604a15b2fd', 1, 'gmx::NBParamGpu::two_k_rf'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['twobody_503', ['twoBody', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1ZoneCorners.xhtml#ae15b044c5b03c26e273380e008729d68', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::ZoneCorners']]], │ │ │ │ │ ['twodimdifftype_504', ['TwoDimDiffType', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03.xhtml#a288fe8464e5af3eeee810aa269d99388', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['txtdump_2eh_505', ['txtdump.h', ['../txtdump_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['type_506', ['type', ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#a20e7d732e116b48e2caa8ad8e0ea9dd5', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::type'], │ │ │ │ │ - ['../classSimulationParticle.xhtml#a6bb06c6b27d80f6ea8e211dad2cbffc6', 1, 'SimulationParticle::type()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a653477b89005995484c2e7901af90698', 1, 'gmx::SelectionPosition::type()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#a0a7b3be96275660c0fb58068c31d8daf', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::type'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#ac741386565f22982c7a3ded0d569be09', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::type'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a736adc8c9144c93b431a77687c4f7ba2', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::type'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#ad361499da3e273c1f4ef1eed185389e5', 1, 'gmx_ana_poscalc_t::type'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t_1_1Params.xhtml#ab1d52d3b2f8bf1d72d1e1cb8fc7cd6f3', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::Params::type'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a98b970a596ab76afa6eef073e5536bd5', 1, 'gmx_repl_ex::type'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1IMDHeader.xhtml#ab4a6be54e5888c6e8d2a2ddbf8f06203', 1, 'gmx::IMDHeader::type'], │ │ │ │ │ - ['../structBondedInteractionList.xhtml#afce2f229b4d4fed34236b1818a06dd1c', 1, 'BondedInteractionList::type'], │ │ │ │ │ - ['../structt__pargs.xhtml#a995a1686f7d75fb9aaadc4090a0bfa22', 1, 't_pargs::type'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_01CurrentCallParameter_00_01CallParameter_8_8_8_01_4.xhtml#aa43591725636c714f1622f137cf52b8e', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier< CurrentCallParameter, CallParameter... >::type'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_4.xhtml#a4eb7f94018853c44b5af8f3020eb6abc', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier<>::type'], │ │ │ │ │ - ['../structt__methoddata__pos.xhtml#aa30ade9b0148d6623342537aad8128df', 1, 't_methoddata_pos::type'], │ │ │ │ │ + ['type_506', ['type', ['../structt__pargs.xhtml#a995a1686f7d75fb9aaadc4090a0bfa22', 1, 't_pargs::type'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02virtualsites_8cpp_03_1_1VirtualSiteTest_1_1VirtualSite.xhtml#a40735099879b637c32cc6cc780008653', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{virtualsites.cpp}::VirtualSiteTest::VirtualSite::type'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a806f5456c1f90f4bb38c223aa4f81244', 1, 'gmx_ana_indexmap_t::type'], │ │ │ │ │ - ['../structMoleculePatch.xhtml#ae00f6480ddfbae1d26ac92d577478f03', 1, 'MoleculePatch::type()'], │ │ │ │ │ - ['../classPdbAtomEntry.xhtml#a610f84e6b4e61243ce0c85ff878dd20f', 1, 'PdbAtomEntry::type()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__molblock__t.xhtml#ad0067f80b655c5a8086970db972f169c', 1, 'gmx_molblock_t::type'], │ │ │ │ │ + ['../structt__methoddata__pos.xhtml#aa30ade9b0148d6623342537aad8128df', 1, 't_methoddata_pos::type'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#a0a7b3be96275660c0fb58068c31d8daf', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::type'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#a20e7d732e116b48e2caa8ad8e0ea9dd5', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::type'], │ │ │ │ │ + ['../structBondedInteractionList.xhtml#afce2f229b4d4fed34236b1818a06dd1c', 1, 'BondedInteractionList::type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#aa3e7138a2945b38d870368d611e03544', 1, 'gmx::Selection::type()'], │ │ │ │ │ + ['../classSimulationParticle.xhtml#a6bb06c6b27d80f6ea8e211dad2cbffc6', 1, 'SimulationParticle::type()'], │ │ │ │ │ + ['../classPdbAtomEntry.xhtml#a610f84e6b4e61243ce0c85ff878dd20f', 1, 'PdbAtomEntry::type()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a653477b89005995484c2e7901af90698', 1, 'gmx::SelectionPosition::type()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a4897f16063cc1a7232e0d36412fc58fb', 1, 'gmx::internal::SelectionData::type()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#aa926229caddb5de581f5a5c796d48066', 1, 'gmx::OptionInfo::type()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_4.xhtml#a4eb7f94018853c44b5af8f3020eb6abc', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier<>::type'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_01CurrentCallParameter_00_01CallParameter_8_8_8_01_4.xhtml#aa43591725636c714f1622f137cf52b8e', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier< CurrentCallParameter, CallParameter... >::type'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#ac741386565f22982c7a3ded0d569be09', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::type'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Any.xhtml#a630fae8d42a414cfd3ae9192ef5d0db7', 1, 'gmx::Any::type()'], │ │ │ │ │ - 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['as_5frvec_5farray_525', ['as_rvec_array', ['../namespacegmx.xhtml#aede03a44c13df763bdd1d8d9d0887dda', 1, 'gmx::as_rvec_array(const RVec *x)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ac36e90ef229d4fc88ba16409aef0b759', 1, 'gmx::as_rvec_array(RVec *x)'] │ │ │ │ │ + ['as_5frvec_5farray_525', ['as_rvec_array', ['../namespacegmx.xhtml#ac36e90ef229d4fc88ba16409aef0b759', 1, 'gmx::as_rvec_array(RVec *x)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aede03a44c13df763bdd1d8d9d0887dda', 1, 'gmx::as_rvec_array(const RVec *x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['as_5fs_5fsorted_526', ['as_s_sorted', ['../structt__methoddata__same.xhtml#a8e60d150d29d86b285a3e90c249f6b8e', 1, 't_methoddata_same']]], │ │ │ │ │ ['as_5fvec_527', ['as_vec', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a751f212c63603b0c310ea931453c3531', 1, 'gmx::BasicVector::as_vec()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a096b39d916263bc829f56ac184f176a9', 1, 'gmx::BasicVector::as_vec() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['as_5fvec_5farray_528', ['as_vec_array', ['../namespacegmx.xhtml#af1a995d2d5d21983a662ab3e79e2b2e3', 1, 'gmx::as_vec_array(const BasicVector< ValueType > *x)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#adbccce10168efa3d28a2f7d3b644df37', 1, 'gmx::as_vec_array(BasicVector< ValueType > *x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['asabsolute_529', ['asAbsolute', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#a1256c4a2e308cddc83601e72d07ea9ff', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference']]], │ │ │ │ │ ['asconstview_530', ['asConstView', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a5dd95fca66f9da9723365d7bbe9df05a', 1, 'gmx::MultiDimArray']]], │ │ │ │ │ ['asfloat3_531', ['asfloat3', ['../typecasts__cuda__hip_8h.xhtml#a907e7d1b77f6ed53ba9aee03de2e104e', 1, 'asFloat3(gmx::RVec *in): typecasts_cuda_hip.h'], │ │ │ │ │ ['../typecasts__cuda__hip_8h.xhtml#a5b3b274c6d609569eeb80fdcbe90793b', 1, 'asFloat3(const gmx::RVec *in): typecasts_cuda_hip.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['asfloat3pointer_532', ['asfloat3pointer', ['../typecasts__cuda__hip_8h.xhtml#a11a331229d7c98f7483574dec7798425', 1, 'asFloat3Pointer(gmx::RVec **in): typecasts_cuda_hip.h'], │ │ │ │ │ - ['../typecasts__cuda__hip_8h.xhtml#ab65b218556c9108ce68d7332f0a801f8', 1, 'asFloat3Pointer(const gmx::RVec *const *in): typecasts_cuda_hip.h'] │ │ │ │ │ + ['asfloat3pointer_532', ['asfloat3pointer', ['../typecasts__cuda__hip_8h.xhtml#ab65b218556c9108ce68d7332f0a801f8', 1, 'asFloat3Pointer(const gmx::RVec *const *in): typecasts_cuda_hip.h'], │ │ │ │ │ + ['../typecasts__cuda__hip_8h.xhtml#a11a331229d7c98f7483574dec7798425', 1, 'asFloat3Pointer(gmx::RVec **in): typecasts_cuda_hip.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['asgenericfloat3pointer_533', ['asgenericfloat3pointer', ['../namespacegmx.xhtml#a61d1fa4d0073e932d5ea53fd4ec968e9', 1, 'gmx::asGenericFloat3Pointer(C &in)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a7cf8c0c79ed50d630c676a108cff651e', 1, 'gmx::asGenericFloat3Pointer(T *in)'], │ │ │ │ │ + ['asgenericfloat3pointer_533', ['asgenericfloat3pointer', ['../namespacegmx.xhtml#a7cf8c0c79ed50d630c676a108cff651e', 1, 'gmx::asGenericFloat3Pointer(T *in)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a790f4239e154b040ddbcef4a1d3122ae', 1, 'gmx::asGenericFloat3Pointer(const T *in)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a61d1fa4d0073e932d5ea53fd4ec968e9', 1, 'gmx::asGenericFloat3Pointer(C &in)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a1b0b8846fcb8364fafd83a5592f12108', 1, 'gmx::asGenericFloat3Pointer(const C &in)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['asin_534', ['asin', ['../namespacegmx.xhtml#a3d5120df9c0bf437e64c806a7cfdad02', 1, 'gmx::asin(float x)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ab02c7d47595f11074fbfedff40145544', 1, 'gmx::asin(double x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['asinsingleaccuracy_535', ['asinSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a98465e562d7b1b24755bc693db04c8f5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['asize_536', ['asize', ['../group__module__utility.xhtml#ga2f549c8a29e4b43b862a96314a66a5fa', 1, 'arraysize.h']]], │ │ │ │ │ @@ -951,159 +951,159 @@ │ │ │ │ │ ['assignpositionrestraintsforatom_557', ['assignPositionRestraintsForAtom', ['../localtopology_8cpp.xhtml#afb4fa529774cf67304776e604b9879fd', 1, 'localtopology.cpp']]], │ │ │ │ │ ['assignvsitestosingletask_558', ['assignVsitesToSingleTask', ['../namespacegmx.xhtml#a1eee8bc37f540f65a107fa21a102c09d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['assignvsitestothread_559', ['assignVsitesToThread', ['../namespacegmx.xhtml#a8ff9857961193a9bd5fbd1fb027ba44f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['associativity_560', ['associativity', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Cache.xhtml#ad5a56cc20c9ca27eb6276374e411a430', 1, 'gmx::HardwareTopology::Cache']]], │ │ │ │ │ ['asulps_561', ['asUlps', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#a64f20cf7b256513aa8bdda6c142f7dae', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference']]], │ │ │ │ │ ['asview_562', ['asView', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#a23a1fb8f2c0045928c48ccb88ef85632', 1, 'gmx::MultiDimArray']]], │ │ │ │ │ ['async_563', ['Async', ['../gpu__utils_8h.xhtml#aed6d99acc2a7b8495f08fa2d9d2277eba24aa4117da86c41684ad25742832dfa6', 1, 'gpu_utils.h']]], │ │ │ │ │ - ['at_564', ['at', ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a49d32c6ff1a5eca209be358475e05713', 1, 'gmx::ListOfLists::at()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#adc8ea4073c94eb246b0027c4bd7d01da', 1, 'gmx::ArrayRef::at()'], │ │ │ │ │ - ['../classStringTable.xhtml#adcc938ba043e0c531773e64d87d00827', 1, 'StringTable::at()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a438cb41d4f31da753c8d7d36256c0c41', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::at(size_type n)'], │ │ │ │ │ + ['at_564', ['at', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a73ace4971cafa88adaceea02aea4646e', 1, 'gmx::EnergyFrame::at()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx__ga2la__t.xhtml#ad8f304cbe18bbec9715f837fd1e2aa93', 1, 'gmx_ga2la_t::at()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a7a5d2f452d79950647ced1d370628f76', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::at(size_type n) const'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a73ace4971cafa88adaceea02aea4646e', 1, 'gmx::EnergyFrame::at()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx__ga2la__t.xhtml#ad8f304cbe18bbec9715f837fd1e2aa93', 1, 'gmx_ga2la_t::at()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a438cb41d4f31da753c8d7d36256c0c41', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::at(size_type n)'], │ │ │ │ │ + ['../classStringTable.xhtml#adcc938ba043e0c531773e64d87d00827', 1, 'StringTable::at()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#adc8ea4073c94eb246b0027c4bd7d01da', 1, 'gmx::ArrayRef::at()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a49d32c6ff1a5eca209be358475e05713', 1, 'gmx::ListOfLists::at()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['at_5fend_565', ['at_end', ['../structgmx__domdec__specat__comm__t.xhtml#acfc1ad88275feb891d5eaf41e6fe31b6', 1, 'gmx_domdec_specat_comm_t']]], │ │ │ │ │ ['at_5fstart_566', ['at_start', ['../structgmx__domdec__specat__comm__t.xhtml#a55cac48fb79ab129c6e54ecd71b10d66', 1, 'gmx_domdec_specat_comm_t']]], │ │ │ │ │ ['atan_567', ['atan', ['../namespacegmx.xhtml#a1afbc2ada56f899a8d3dc5c61530e28b', 1, 'gmx::atan(float x)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af15e6f3962e035d69013bd91621fd9f8', 1, 'gmx::atan(double x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['atan2_568', ['atan2', ['../namespacegmx.xhtml#aed8336a58abddcdb6afa7835138ecf46', 1, 'gmx::atan2(float y, float x)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa70a1aa5e9c161a2770d0f9b7eca1805', 1, 'gmx::atan2(double y, double x)'] │ │ │ │ │ + ['atan2_568', ['atan2', ['../namespacegmx.xhtml#aa70a1aa5e9c161a2770d0f9b7eca1805', 1, 'gmx::atan2(double y, double x)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aed8336a58abddcdb6afa7835138ecf46', 1, 'gmx::atan2(float y, float x)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atan2singleaccuracy_569', ['atan2SingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a2552094c1be29e087e1e85ae02fb0c7a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atansingleaccuracy_570', ['atanSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#a44ca54cb014d2f33b98f3d523d90a2f5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atdat_571', ['atdat', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#ac977a0cf05953a53ff1df8cd01d06853', 1, 'gmx::NbnxmGpu::atdat'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1GpuTimers.xhtml#ae992b44d7d09dcf79d1347f9219d3402', 1, 'gmx::GpuTimers::atdat'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atf_572', ['atf', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a0c17addba5fc06083dd777639123fbee', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['atnr_573', ['atnr', ['../structgmx__ffparams__t.xhtml#a0bbf906344980fc3d5af5872db5b8ff4', 1, 'gmx_ffparams_t::atnr'], │ │ │ │ │ ['../structt__idef.xhtml#ac0de032c9fe33bc65755c359d7724d71', 1, 't_idef::atnr'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['atom_574', ['atom', ['../classAtomProxy.xhtml#a74dd8b9d35b876b3cf4a3b4a8e772cfc', 1, 'AtomProxy::atom()'], │ │ │ │ │ - ['../structt__nblist_1_1JEntry.xhtml#a41ea68a69e0699cbc7a9809dbcf739ec', 1, 't_nblist::JEntry::atom'], │ │ │ │ │ - ['../structPreprocessResidue.xhtml#acb4af191ced642266b5124549f2bb90e', 1, 'PreprocessResidue::atom'], │ │ │ │ │ - ['../structMoleculePatch.xhtml#a1d1bc0e0e73fa1aed4ca493c981fb464', 1, 'MoleculePatch::atom'], │ │ │ │ │ + ['atom_574', ['atom', ['../structt__nblist_1_1JEntry.xhtml#a41ea68a69e0699cbc7a9809dbcf739ec', 1, 't_nblist::JEntry::atom'], │ │ │ │ │ + ['../classAtomProxy.xhtml#a74dd8b9d35b876b3cf4a3b4a8e772cfc', 1, 'AtomProxy::atom()'], │ │ │ │ │ + ['../structt__nblist_1_1IEntry.xhtml#a159a337c3a0dff382aa71c1d327272bf', 1, 't_nblist::IEntry::atom'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1AtomIndex.xhtml#a86c46467c265c752b180d28dac63910e', 1, 'gmx::AtomIndex::atom'], │ │ │ │ │ - ['../structt__nblist_1_1IEntry.xhtml#a159a337c3a0dff382aa71c1d327272bf', 1, 't_nblist::IEntry::atom'] │ │ │ │ │ + ['../structMoleculePatch.xhtml#a1d1bc0e0e73fa1aed4ca493c981fb464', 1, 'MoleculePatch::atom'], │ │ │ │ │ + ['../structPreprocessResidue.xhtml#acb4af191ced642266b5124549f2bb90e', 1, 'PreprocessResidue::atom'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atom_20cluster_20non_20bonded_20algorithm_575', ['The NxM atom-cluster non-bonded algorithm', ['../page_nbnxm.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ - ['atom1_576', ['atom1', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteBond.xhtml#aa1b18c7a3742b0f0a0dc5c16c0fd4f63', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteBond::atom1'], │ │ │ │ │ - ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#af57ae380179f35813f7df5fbfc9974e6', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle::atom1'] │ │ │ │ │ + ['atom1_576', ['atom1', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#af57ae380179f35813f7df5fbfc9974e6', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle::atom1'], │ │ │ │ │ + ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteBond.xhtml#aa1b18c7a3742b0f0a0dc5c16c0fd4f63', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteBond::atom1'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atom2_577', ['atom2', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteBond.xhtml#ab9f07b4bfbc4fdfab7cb68c97b07d65f', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteBond::atom2'], │ │ │ │ │ ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#a4e6b102e3e81587c06285605cadb6cf2', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle::atom2'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atom2constraints_5fmoltype_578', ['atom2constraints_moltype', ['../classgmx_1_1Constraints.xhtml#ae549351ff9c0499f19c9973ce201a447', 1, 'gmx::Constraints']]], │ │ │ │ │ ['atom2settle_5fmoltype_579', ['atom2settle_moltype', ['../classgmx_1_1Constraints.xhtml#a7661c09da92e38f1b6bb66aa92b5f13b', 1, 'gmx::Constraints']]], │ │ │ │ │ ['atom2vsitebond_580', ['Atom2VsiteBond', ['../structAtom2VsiteBond.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['atom3_581', ['atom3', ['../structVirtualSiteTopology_1_1VirtualSiteAngle.xhtml#a13def359d1298b31a803c856da142ec7', 1, 'VirtualSiteTopology::VirtualSiteAngle']]], │ │ │ │ │ ['atom_5fto_5fx_5findex_582', ['atom_to_x_index', ['../namespacegmx.xhtml#ad564a95065204fd06ea7ef304a1a8065', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atomareas_5f_583', ['atomAreas_', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02sasa_8cpp_03_1_1SasaModuleData.xhtml#aaa6a3ef895fa4220cf874abbd824ad79', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{sasa.cpp}::SasaModuleData']]], │ │ │ │ │ ['atomchargefromatomtype_584', ['atomChargeFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ad6069bc68554bcd536f6194b46064710', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]], │ │ │ │ │ ['atomcharges_585', ['atomCharges', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#ae6a04829cb46b787647a09486bad0fc9', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]], │ │ │ │ │ ['atomcount_586', ['atomcount', ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a77cd685c296f9544a7d9945faf93e851', 1, 'gmx::SelectionPosition::atomCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ab38cecc3514bb8bf51f6578855d9c991', 1, 'gmx::Selection::atomCount()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MoleculeData.xhtml#af3eee2e624cdef793147e6f1e2658af7', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MoleculeData::atomCount'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MoleculeData.xhtml#af3eee2e624cdef793147e6f1e2658af7', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MoleculeData::atomCount'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ab38cecc3514bb8bf51f6578855d9c991', 1, 'gmx::Selection::atomCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomdata_587', ['AtomData', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1AtomData.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['atomdata_2eh_588', ['atomdata.h', ['../atomdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['atomdata_5fadd_5fnbat_5ff_5fto_5ff_589', ['atomdata_add_nbat_f_to_f', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a03491ccd95e5a3134f583a4aaadfe472', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['atomdata_5finit_5fcopy_5fx_5fto_5fnbat_5fx_5fgpu_590', ['atomdata_init_copy_x_to_nbat_x_gpu', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a53aa5937052b8f5ce0af68e3565cd8bb', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ │ ['atomdensity_591', ['atomDensity', ['../structgmx_1_1GridDimensions.xhtml#a0ae1a87155a32c1a6f8f8ef77d2bb8d4', 1, 'gmx::GridDimensions']]], │ │ │ │ │ ['atomdistribution_592', ['atomdistribution', ['../structAtomDistribution.xhtml', 1, 'AtomDistribution'], │ │ │ │ │ ['../structAtomDistribution.xhtml#a3e78846a5179ea068294babefa37ca6b', 1, 'AtomDistribution::AtomDistribution()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomdistribution_2eh_593', ['atomdistribution.h', ['../atomdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['atomgroups_594', ['atomgroups', ['../structAtomDistribution_1_1DomainAtomGroups.xhtml#a338e43266916f1208029118ca3d5dc3d', 1, 'AtomDistribution::DomainAtomGroups::atomGroups'], │ │ │ │ │ - ['../structAtomDistribution.xhtml#aa1dd38e0aa002a1f4a3327f96aa5aae2', 1, 'AtomDistribution::atomGroups'] │ │ │ │ │ + ['atomgroups_594', ['atomgroups', ['../structAtomDistribution.xhtml#aa1dd38e0aa002a1f4a3327f96aa5aae2', 1, 'AtomDistribution::atomGroups'], │ │ │ │ │ + ['../structAtomDistribution_1_1DomainAtomGroups.xhtml#a338e43266916f1208029118ca3d5dc3d', 1, 'AtomDistribution::DomainAtomGroups::atomGroups'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomi_595', ['atomI', ['../structgmx_1_1PairDistValue.xhtml#a8482d232744791dc31a692003bd67d62', 1, 'gmx::PairDistValue']]], │ │ │ │ │ ['atomicfetchadd_596', ['atomicFetchAdd', ['../sycl__kernel__utils_8h.xhtml#ab32ce116d944b1678fa1f97ade42d9f0', 1, 'sycl_kernel_utils.h']]], │ │ │ │ │ ['atomicload_597', ['atomicLoad', ['../sycl__kernel__utils_8h.xhtml#a1045cf95c711aff53b808c7c979cc90b', 1, 'sycl_kernel_utils.h']]], │ │ │ │ │ ['atomicnumber_598', ['atomicNumber', ['../structgmx_1_1AtomicStructureFactor.xhtml#a75ab5159ae8f73dcc1e7c0fd958a5eae', 1, 'gmx::AtomicStructureFactor']]], │ │ │ │ │ ['atomicstructurefactor_599', ['AtomicStructureFactor', ['../structgmx_1_1AtomicStructureFactor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atomidx_600', ['atomIdx', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02virtualsites_8cpp_03_1_1VirtualSiteTest_1_1VirtualSite.xhtml#a66cfd5f218566bc8748eaf18b2a569d9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{virtualsites.cpp}::VirtualSiteTest::VirtualSite']]], │ │ │ │ │ - ['atomindex_601', ['atomindex', ['../structgmx_1_1InterdependentTask.xhtml#a06faa691e7ecce89e8a2696eb774348a', 1, 'gmx::InterdependentTask::atomIndex'], │ │ │ │ │ - ['../structMolecularTopologyAtomIndices.xhtml#a8c3458a3d2c257300d1b4ba2b346f52f', 1, 'MolecularTopologyAtomIndices::atomIndex'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1AtomIndex.xhtml', 1, 'gmx::AtomIndex'] │ │ │ │ │ + ['atomindex_601', ['atomindex', ['../structgmx_1_1AtomIndex.xhtml', 1, 'gmx::AtomIndex'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1InterdependentTask.xhtml#a06faa691e7ecce89e8a2696eb774348a', 1, 'gmx::InterdependentTask::atomIndex'], │ │ │ │ │ + ['../structMolecularTopologyAtomIndices.xhtml#a8c3458a3d2c257300d1b4ba2b346f52f', 1, 'MolecularTopologyAtomIndices::atomIndex'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomindexend_602', ['atomIndexEnd', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#a7026620fb902263d25df55da519f55aa', 1, 'gmx::Grid']]], │ │ │ │ │ ['atomindexextremes_603', ['AtomIndexExtremes', ['../structgmx_1_1AtomIndexExtremes.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atomindexinmolecule_604', ['atomIndexInMolecule', ['../structAtomInMolblock.xhtml#a6af5c0bc1705b09415154d8c5c3124d5', 1, 'AtomInMolblock']]], │ │ │ │ │ ['atomindexset_605', ['AtomIndexSet', ['../structAtomIndexSet.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['atomindices_606', ['atomindices', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#aa371653434aeec6b42f47188587d1f11', 1, 'gmx::NbnxmGpu::atomIndices'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#a0114bc69b6192fbcf7288db255eca7c5', 1, 'gmx::GridSet::atomIndices()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#af799b0ed5353376b8dc2bb5978a05c27', 1, 'gmx::Selection::atomIndices()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#ae4124f9eafffda2144a6e9fd9cfa2374', 1, 'gmx::SelectionPosition::atomIndices()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1GridSetData.xhtml#a4704d0c7134843f5da92764f606aca60', 1, 'gmx::GridSetData::atomIndices'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a44dda1a1c09e3bdcf2a584619339b9cd', 1, 'gmx::NbnxmGpu::atomIndices'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#af799b0ed5353376b8dc2bb5978a05c27', 1, 'gmx::Selection::atomIndices()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#a0114bc69b6192fbcf7288db255eca7c5', 1, 'gmx::GridSet::atomIndices()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#ae4124f9eafffda2144a6e9fd9cfa2374', 1, 'gmx::SelectionPosition::atomIndices()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa1992b14265329250b7e14d817e7bb92a089d104a67ffd73d16005dffe94c1d6a', 1, 'gmx::AtomIndices'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomindicessize_607', ['atomIndicesSize', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#aa494ec4adf0517fb977b4c4d441f3a5d', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['atomindicessize_5falloc_608', ['atomIndicesSize_alloc', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#aefc0567e8d1837c77669c922c102abea', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ - ['atominfo_609', ['atominfo', ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#abb7481765ad68b16ca6a83e462b85ac0', 1, 'gmx::test::TestSystem::atomInfo'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1AtomInfoWithinMoleculeBlock.xhtml#a515463fe81f8df4a3feff8a09b539574', 1, 'gmx::AtomInfoWithinMoleculeBlock::atomInfo'] │ │ │ │ │ + ['atominfo_609', ['atominfo', ['../structgmx_1_1AtomInfoWithinMoleculeBlock.xhtml#a515463fe81f8df4a3feff8a09b539574', 1, 'gmx::AtomInfoWithinMoleculeBlock::atomInfo'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#abb7481765ad68b16ca6a83e462b85ac0', 1, 'gmx::test::TestSystem::atomInfo'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atominfo_2eh_610', ['atominfo.h', ['../atominfo_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['atominfoallvdw_611', ['atomInfoAllVdw', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#aaaf72720a26151bec939e3c04a46270d', 1, 'gmx::BenchmarkSystem']]], │ │ │ │ │ ['atominfooxygenvdw_612', ['atomInfoOxygenVdw', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a6289ac83c686d1b2a69db47ade349c5a', 1, 'gmx::BenchmarkSystem']]], │ │ │ │ │ ['atominfowithinmoleculeblock_613', ['AtomInfoWithinMoleculeBlock', ['../structgmx_1_1AtomInfoWithinMoleculeBlock.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atominmolblock_614', ['AtomInMolblock', ['../structAtomInMolblock.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['atominmolblockfromglobalatomnr_615', ['atomInMolblockFromGlobalAtomnr', ['../localtopology_8cpp.xhtml#a1f902c679cbc7b7d2a72c24b0ad5c6c8', 1, 'localtopology.cpp']]], │ │ │ │ │ ['atomisperturbed_616', ['atomIsPerturbed', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#ad7936de5e5fe35a7a98def5f00ab062f', 1, 'gmx::Grid']]], │ │ │ │ │ - ['atomiterator_617', ['atomiterator', ['../classAtomIterator.xhtml', 1, 'AtomIterator'], │ │ │ │ │ - ['../classAtomIterator.xhtml#a7d1083a911d0da57dd871933e9d370ee', 1, 'AtomIterator::AtomIterator()'] │ │ │ │ │ + ['atomiterator_617', ['atomiterator', ['../classAtomIterator.xhtml#a7d1083a911d0da57dd871933e9d370ee', 1, 'AtomIterator::AtomIterator()'], │ │ │ │ │ + ['../classAtomIterator.xhtml', 1, 'AtomIterator'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomj_618', ['atomJ', ['../structgmx_1_1PairDistValue.xhtml#afbe84cd5655490f6ed35254c0ca0ed80', 1, 'gmx::PairDistValue']]], │ │ │ │ │ ['atomlinkrule_619', ['AtomLinkRule', ['../reversetopology_8h.xhtml#a967d347b322a694e357095f81ceb48ef', 1, 'reversetopology.h']]], │ │ │ │ │ ['atomlocality_620', ['AtomLocality', ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atommassfromatomtype_621', ['atomMassFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#a55f8057264e507415ece959c49fb6457', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]], │ │ │ │ │ - ['atomname_622', ['atomname', ['../structPreprocessResidue.xhtml#aab90aef93c6f3a87568b177a84551fe9', 1, 'PreprocessResidue::atomname'], │ │ │ │ │ - ['../classPdbAtomEntry.xhtml#af47d4c9050f6064da68e8a4a4c72c2ee', 1, 'PdbAtomEntry::atomName()'], │ │ │ │ │ + ['atomname_622', ['atomname', ['../structBaseEntry.xhtml#abb7a3d380a46110cf70fe228d83a2945', 1, 'BaseEntry::atomName'], │ │ │ │ │ ['../classAtomProxy.xhtml#aa3c0142ad5d7584c7d1132ee9edf4099', 1, 'AtomProxy::atomName()'], │ │ │ │ │ - ['../structBaseEntry.xhtml#abb7a3d380a46110cf70fe228d83a2945', 1, 'BaseEntry::atomName'] │ │ │ │ │ + ['../classPdbAtomEntry.xhtml#af47d4c9050f6064da68e8a4a4c72c2ee', 1, 'PdbAtomEntry::atomName()'], │ │ │ │ │ + ['../structPreprocessResidue.xhtml#aab90aef93c6f3a87568b177a84551fe9', 1, 'PreprocessResidue::atomname'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomnamefromatomtype_623', ['atomNameFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#a98984eb2cdca7be34c5dc5ee2706b129', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]], │ │ │ │ │ ['atomnamefrombondatomtype_624', ['atomNameFromBondAtomType', ['../classPreprocessingBondAtomType.xhtml#a4821c3a23a8bd54d7a54422feb315a1d', 1, 'PreprocessingBondAtomType']]], │ │ │ │ │ ['atomnonbondedparamfromatomtype_625', ['atomNonBondedParamFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#aca7cd139fd9bcba6492bd62ef7451d0d', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]], │ │ │ │ │ ['atomnumber_626', ['atomnumber', ['../classSimulationParticle.xhtml#ace1d77b12f6bb87a989625a49d949676', 1, 'SimulationParticle::atomnumber()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1ExclusionBlock.xhtml#addf7774c1ffe38713048028cb3796082', 1, 'gmx::ExclusionBlock::atomNumber'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomnumberfromatomtype_627', ['atomNumberFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ac293048742cb9444772266de8e558a4d', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]], │ │ │ │ │ ['atomnumberfromelement_628', ['atomNumberFromElement', ['../classAtomProperties.xhtml#a076037cf4e1ac19d1dbab8bd405895e1', 1, 'AtomProperties']]], │ │ │ │ │ ['atomnumberinmol_629', ['atomNumberInMol', ['../classAtomProxy.xhtml#abaf90133ea6d64b59a9549765d8362ea', 1, 'AtomProxy']]], │ │ │ │ │ ['atomnumbers_630', ['atomNumbers', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#ad2a2f0d2148996c5af7fca867752c898', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor']]], │ │ │ │ │ ['atomnumbers_5f_631', ['atomNumbers_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#abddd266e05bdf80ce369ff8c0b8c7fb7', 1, 'gmx::QMMMParameters']]], │ │ │ │ │ - ['atompair_632', ['atompair', ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1AtomPair.xhtml#a89c262d8eaebc89514e1899a7689b3a6', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::AtomPair::AtomPair()'], │ │ │ │ │ - ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1AtomPair.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::AtomPair'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1AtomPair.xhtml', 1, 'gmx::AtomPair'] │ │ │ │ │ + ['atompair_632', ['atompair', ['../structgmx_1_1AtomPair.xhtml', 1, 'gmx::AtomPair'], │ │ │ │ │ + ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1AtomPair.xhtml#a89c262d8eaebc89514e1899a7689b3a6', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::AtomPair::AtomPair()'], │ │ │ │ │ + ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1AtomPair.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::AtomPair'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomparticletypefromatomtype_633', ['atomParticleTypeFromAtomType', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#afc92961583d62873cf2425c8358ae058', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]], │ │ │ │ │ ['atomproperties_634', ['atomproperties', ['../classAtomProperties.xhtml', 1, 'AtomProperties'], │ │ │ │ │ ['../classAtomProperties.xhtml#ad64303952465a4f57d45d3e21492bf2a', 1, 'AtomProperties::AtomProperties()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomproperty_635', ['AtomProperty', ['../structAtomProperty.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['atomproxy_636', ['atomproxy', ['../classAtomProxy.xhtml#a0111c6a6587121c282a7d25084c3f6d7', 1, 'AtomProxy::AtomProxy()'], │ │ │ │ │ - ['../classAtomProxy.xhtml', 1, 'AtomProxy'] │ │ │ │ │ + ['atomproxy_636', ['atomproxy', ['../classAtomProxy.xhtml', 1, 'AtomProxy'], │ │ │ │ │ + ['../classAtomProxy.xhtml#a0111c6a6587121c282a7d25084c3f6d7', 1, 'AtomProxy::AtomProxy()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atomrange_637', ['atomrange', ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml#a705d085a92df7a62f9ac228e28bb8f43', 1, 'gmx::DomainCommForward::atomRange()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DomdecZones.xhtml#a69a162ff7d8cb2f72e6c44b005ab7580', 1, 'gmx::DomdecZones::atomRange()'], │ │ │ │ │ ['../classAtomRange.xhtml#ae32ca9f8a73424bb69be2089c87e71f8', 1, 'AtomRange::AtomRange()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PpCommManager.xhtml#ac1663dc738d4cccc43cef6604118894f', 1, 'gmx::PpCommManager::atomRange'], │ │ │ │ │ ['../classAtomRange.xhtml', 1, 'AtomRange'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['atoms_638', ['atoms', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad3e28873f1ac35bce5ef018bb41e4266', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::atoms'], │ │ │ │ │ + ['atoms_638', ['atoms', ['../structgmx__moltype__t.xhtml#af760b3a13193bf60232fae7b1b97281c', 1, 'gmx_moltype_t::atoms'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml#a2b692eec7c082de3720fa9db81d5a904', 1, 'gmx::TopologyInformation::atoms()'], │ │ │ │ │ ['../classInteractionOfType.xhtml#aeefd6a9f6a417922b22da2a2eb832214', 1, 'InteractionOfType::atoms() const'], │ │ │ │ │ ['../classInteractionOfType.xhtml#aee64fc0c531cf2927e6ecea7589fb1fc', 1, 'InteractionOfType::atoms()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__moltype__t.xhtml#af760b3a13193bf60232fae7b1b97281c', 1, 'gmx_moltype_t::atoms'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a03429867af6d9915bfeb40b4efb74564', 1, 'gmx::Lincs::atoms'], │ │ │ │ │ ['../structMoleculeInformation.xhtml#ab7e1213db185145af368daafdd5b6e41', 1, 'MoleculeInformation::atoms'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad3e28873f1ac35bce5ef018bb41e4266', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::atoms'], │ │ │ │ │ ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#a8371b686607add45cf897b7d0abb6ccd', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase::atoms'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#ac8291af3501052b5e375abd0f34f15ce', 1, 'gmx::OutputRequirements::atoms'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['atoms_2ecpp_639', ['atoms.cpp', ['../tests_2atoms_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['atoms_5f_640', ['atoms_', ['../structgmx_1_1NNPotParameters.xhtml#a8b38cb7b9d9cf4f48b08585bba45a76c', 1, 'gmx::NNPotParameters']]], │ │ │ │ │ ['atoms_5fto_5fconstraints_641', ['atoms_to_constraints', ['../domdec__constraints_8cpp.xhtml#a891804a827cbded2fbf727ea2cba8279', 1, 'domdec_constraints.cpp']]], │ │ │ │ │ ['atoms_5fto_5fsettles_642', ['atoms_to_settles', ['../domdec__constraints_8cpp.xhtml#afe9f0ac7cf0967b945a83a6c4cd570f6', 1, 'domdec_constraints.cpp']]], │ │ │ │ │ @@ -1118,33 +1118,33 @@ │ │ │ │ │ ['atomsetdata_5f_649', ['atomSetData_', ['../classgmx_1_1LocalAtomSetManager_1_1Impl.xhtml#a389aedb2b2399ba0655636c290a5be4f', 1, 'gmx::LocalAtomSetManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['atomsinbox_650', ['AtomsInBox', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a969ce89895bcf331f6781d44516d0214', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atomtoatomintodomaintodomaincutoff_651', ['atomToAtomIntoDomainToDomainCutoff', ['../domdec_2utility_8h.xhtml#a348cc51cf67fa4a05a780abdf4643c69', 1, 'utility.h']]], │ │ │ │ │ ['atomtocluster_652', ['atomToCluster', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#af929b7ef61bcccf98afd76ec43232f92', 1, 'gmx::Grid']]], │ │ │ │ │ ['atomtointeractionlocality_653', ['atomToInteractionLocality', ['../namespacegmx.xhtml#a91652a54a4d24b77f5af5bf91893acb8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['atomtype_654', ['atomtype', ['../structVirtualSiteConfiguration.xhtml#abebc8e3159b10365fb9128d7ea9f336f', 1, 'VirtualSiteConfiguration']]], │ │ │ │ │ ['atomtypefromname_655', ['atomTypeFromName', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#a090d8271a1507ac7d51d0c81dfbf9d0e', 1, 'PreprocessingAtomTypes']]], │ │ │ │ │ - ['atomtypes_656', ['atomtypes', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a41fe865d22956545b9d2b3ba73c18e66', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::atomTypes'], │ │ │ │ │ + ['atomtypes_656', ['atomtypes', ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#aa9482c598b42db4acfab5908c20c42b9', 1, 'gmx::test::TestSystem::atomTypes'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NBAtomDataGpu.xhtml#a576a787d23e52da39489927a9f69523a', 1, 'gmx::NBAtomDataGpu::atomTypes'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#aa9482c598b42db4acfab5908c20c42b9', 1, 'gmx::test::TestSystem::atomTypes'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a41fe865d22956545b9d2b3ba73c18e66', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::atomTypes'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['author_657', ['author', ['../classgmx_1_1H5md.xhtml#a442132f595286cb8095261dace23a32c', 1, 'gmx::H5md']]], │ │ │ │ │ ['auto_658', ['auto', ['../namespacegmx.xhtml#afd6f3326407d61e4364f4bfeeebe5f03a06b9281e396db002010bde1de57262eb', 1, 'gmx::Auto'], │ │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#a97f75ea42eaef8b5f42e1ebc8143677da06b9281e396db002010bde1de57262eb', 1, 'Auto: md_enums.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['autocorr_2ecpp_659', ['autocorr.cpp', ['../tests_2autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['autocorr_2ecpp_659', ['autocorr.cpp', ['../autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['autocorr_2eh_660', ['autocorr.h', ['../autocorr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['automated_20checking_661', ['Automated checking', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md69', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['available_662', ['available', ['../txtdump_8h.xhtml#ae238112c35f9365dea81fcc6a93d85ad', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ │ ['aver_663', ['aver', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a761fb336b9511567f04023c5dd340219', 1, 't_UmbrellaWindow']]], │ │ │ │ │ - ['average_664', ['average', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ae261c5a75fa1c55507798631058dd98aab1897515d548a960afe49ecf66a29021', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::Average'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a12396e50589a3601c7ebcf0a44ab303c', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::average()'], │ │ │ │ │ + ['average_664', ['average', ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a12396e50589a3601c7ebcf0a44ab303c', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::average()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a731796b828190c1936023f4fd9012f97', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::average()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a1621a026474b2a73a50576d9fd0302cb', 1, 'gmx::EnergyTerm::average()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a731796b828190c1936023f4fd9012f97', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::average()'] │ │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ae261c5a75fa1c55507798631058dd98aab1897515d548a960afe49ecf66a29021', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::Average'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['average_2ecpp_665', ['average.cpp', ['../tests_2average_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../modules_2average_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['average_2eh_666', ['average.h', ['../average_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['average_5facf_667', ['average_acf', ['../autocorr_8cpp.xhtml#ac53da98a385ba51e429626625bdd07f0', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ │ ['averagehistogrampointer_668', ['AverageHistogramPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a06c190fcdacd0ca64e4e9026213483cb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -1154,17 +1154,17 @@ │ │ │ │ │ ['averagemsds_672', ['averageMsds', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdData.xhtml#a55d0f0d4969af71c090439e0e7b2c32a', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdData']]], │ │ │ │ │ ['averager_673', ['averager', ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a2b0e98a3d198fbb4786bb9dc900322d0', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::averager()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a986b16ec1c9d07cadaf841c9e673aa77', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::averager()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['averager_5f_674', ['averager_', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#a2482629fa76a781025784fab2d03f7f8', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl']]], │ │ │ │ │ ['averagesigma_675', ['averageSigma', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a89d78dd46e28736d8345d4b81f7d2169', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ ['awh_676', ['awh', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md0', 1, 'Accelerating sampling with AWH'], │ │ │ │ │ - ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a0d9fdb0da3e9c99ad58a3e02bcd01fbca023bb350e48d08ed5220beb0575b1e35', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::Awh'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a023bb350e48d08ed5220beb0575b1e35', 1, 'gmx::Awh'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#a7bb33226c0d260d387d3d612f7f39835', 1, 'gmx::Awh::Awh()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a023bb350e48d08ed5220beb0575b1e35', 1, 'gmx::Awh'], │ │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a0d9fdb0da3e9c99ad58a3e02bcd01fbca023bb350e48d08ed5220beb0575b1e35', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::Awh'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Awh.xhtml', 1, 'gmx::Awh'], │ │ │ │ │ ['../page_awh.xhtml', 1, 'The accelerated weight histogram method (AWH)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['awh_20in_20mdrun_677', ['Use of AWH in mdrun', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md2', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_20method_678', ['Accelerated weight histogram (AWH) method', ['../group__module__awh.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_20module_679', ['Design of the AWH module', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md1', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_2ecpp_680', ['awh.cpp', ['../awh_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -1173,38 +1173,38 @@ │ │ │ │ │ ['awh_5fdvec_683', ['awh_dvec', ['../namespacegmx.xhtml#a079fa4aee8e4c6663f35aa1d0f4bac4b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awh_5fhistory_2ecpp_684', ['awh_history.cpp', ['../awh__history_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_5fhistory_2eh_685', ['awh_history.h', ['../awh__history_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awh_5fivec_686', ['awh_ivec', ['../namespacegmx.xhtml#a74baae008f9132c5e0daf2a02b122b3b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awh_5fparams_2eh_687', ['awh_params.h', ['../awh__params_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['awhbiasing_688', ['AwhBiasing', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0a447fab9cec8aab189be326d1cc099a3c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhbiasparams_689', ['awhbiasparams', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a8adde8f75f6475ecef5e857cdbce4c51', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#aabd2a266526d16dde0fdf0af95e79674', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams(size_t idx) const'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6bb33930ef2abaadc9032a928fc5768e', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams(size_t idx)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#af63363b376c94238200328f6168bc055', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams() const'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6bb33930ef2abaadc9032a928fc5768e', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams(size_t idx)'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#aabd2a266526d16dde0fdf0af95e79674', 1, 'gmx::AwhParams::awhBiasParams(size_t idx) const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['awhbiasparamserialized_690', ['awhBiasParamSerialized', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a998486e08e0b0fe4acafbd73f9fdf7cb', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['awhcoordinateprovidertype_691', ['AwhCoordinateProviderType', ['../namespacegmx.xhtml#aeb14e0effdd405359c83ae16aeeb793c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhdimparamserialized_692', ['awhDimParamSerialized', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4d5bf1039f14c127b02ba30266da9f58', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['awhenergyblock_693', ['awhenergyblock', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#a6bbd97f1811e916158787bbac63826c8', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock::AwhEnergyBlock()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['awhgraphselection_694', ['AwhGraphSelection', ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a600536d6baf212ecc56d278f2a0e3e59', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['awhhasfeplambdadimension_695', ['awhHasFepLambdaDimension', ['../namespacegmx.xhtml#a30a906d1af5b69038a334aaf38d931a9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhhistogramgrowthtype_696', ['AwhHistogramGrowthType', ['../namespacegmx.xhtml#a235a1399a9c27bee96a294c9ff97b681', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhhistory_697', ['awhHistory', ['../classt__state.xhtml#a842d4b9027024c85320833630ad51b85', 1, 't_state']]], │ │ │ │ │ ['awhoutputentrytype_698', ['AwhOutputEntryType', ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhoutputfile_699', ['awhOutputFile', ['../structBiasOutputSetup.xhtml#a3fad3430c709ac7372b824bc4754ed39', 1, 'BiasOutputSetup']]], │ │ │ │ │ ['awhoutputmetadata_700', ['AwhOutputMetaData', ['../namespacegmx.xhtml#aa78c6481d10a93316c155ffdf021e581', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['awhparams_701', ['awhparams', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6fd2aa8c74f224fb6e53397b58bc15fe', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(const AwhParams &)=delete'], │ │ │ │ │ + ['awhparams_701', ['awhparams', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml', 1, 'gmx::AwhParams'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6fd2aa8c74f224fb6e53397b58bc15fe', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(const AwhParams &)=delete'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a519e977b6c6670668924cfd6327a9af8', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(std::vector< t_inpfile > *inp, WarningHandler *wi)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#aafd50ea61bd26591921b1985de149ceb', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(AwhParams &&)=default'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a09e550d9c6945d3c75d8d29340484007', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(ISerializer *serializer, bool tprWithoutGrowthFactor, bool tprWithoutTargetMetricScaling)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a519e977b6c6670668924cfd6327a9af8', 1, 'gmx::AwhParams::AwhParams(std::vector< t_inpfile > *inp, WarningHandler *wi)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#aa3c6b8ff3fd739d5d978ca12aaaebeef', 1, 'gmx::test::BiasTest::awhParams()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a03dd18f5fd05b9db8c42c45bdc46a959', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::awhParams'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml', 1, 'gmx::AwhParams'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a03dd18f5fd05b9db8c42c45bdc46a959', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::awhParams'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['awhparamserialized_702', ['awhParamSerialized', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#af078039984b97ba0b128d3aba3e70d14', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['awhpotentialtype_703', ['AwhPotentialType', ['../namespacegmx.xhtml#afa8b60e32b5a7392796aee7679bc10f3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['awhreader_704', ['awhreader', ['../classAwhReader.xhtml#ae1df0ae333e0241b166ac5a09229d2b1', 1, 'AwhReader::AwhReader()'], │ │ │ │ │ ['../classAwhReader.xhtml', 1, 'AwhReader'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['awhtargettype_705', ['AwhTargetType', ['../namespacegmx.xhtml#a36747ae7b7009cef0a2227911862c3c9', 1, 'gmx']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_5.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -62,28 +62,28 @@ │ │ │ │ │ ['../structBaseEntry.xhtml#a2401e50e491660cddeb73b3a72a94e69', 1, 'BaseEntry::BaseEntry()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['baseid_26', ['baseid', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#ae07c26738181ffe6a413e57ed6e5bd64', 1, 'gmx_ana_poscalc_t']]], │ │ │ │ │ ['baselatency_27', ['baseLatency', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Numa.xhtml#ae5953a3434aa195be6ec0af0c98461d0', 1, 'gmx::HardwareTopology::Numa']]], │ │ │ │ │ ['basenetwork_2eh_28', ['basenetwork.h', ['../basenetwork_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['baseversion_2eh_29', ['baseversion.h', ['../baseversion_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['baseversion_5fgen_2eh_30', ['baseversion_gen.h', ['../baseversion__gen_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['basic_31', ['basic', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8a972e73b7a882d0802a4e3a16946a2f94', 1, 'gmx::HardwareTopology::Basic'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7a972e73b7a882d0802a4e3a16946a2f94', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::Basic'] │ │ │ │ │ + ['basic_31', ['basic', ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7a972e73b7a882d0802a4e3a16946a2f94', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::Basic'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8a972e73b7a882d0802a4e3a16946a2f94', 1, 'gmx::HardwareTopology::Basic'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['basic_5fmdspan_32', ['basic_mdspan', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a96da2575cb94ba65feb904f78a2bb5eb', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const U &other)'], │ │ │ │ │ + ['basic_5fmdspan_32', ['basic_mdspan', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a1af35e8aadb8ddbe4a239879e3db6238', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const basic_mdspan< OtherElementType, OtherExtents, OtherLayoutPolicy, OtherAccessor > &rhs) noexcept'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a96da2575cb94ba65feb904f78a2bb5eb', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const U &other)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aaff0fad86e9316fd92ad9ed713522e62', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(U &&other)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a869a9eefe1ee5fdbe009f0970533b6c4', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m, const accessor_type &a) noexcept'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#ad98e5109d35223338f274e3bdd850622', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m) noexcept'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx::basic_mdspan< ElementType, Extents, LayoutPolicy, AccessorPolicy >'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a7c22975cf4760a9f66be3e20d83e1e39', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const std::array< ptrdiff_t, extents_type::rank_dynamic()> &dynamic_extents)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#af91e1c5db6aa3eb085defcaf777c6fd3', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, IndexType... DynamicExtents) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a1af35e8aadb8ddbe4a239879e3db6238', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const basic_mdspan< OtherElementType, OtherExtents, OtherLayoutPolicy, OtherAccessor > &rhs) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a869a9eefe1ee5fdbe009f0970533b6c4', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m, const accessor_type &a) noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aaff0fad86e9316fd92ad9ed713522e62', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(U &&other)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx::basic_mdspan< ElementType, Extents, LayoutPolicy, AccessorPolicy >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a3fb425dfe9f5d47d8575a3a5ffe15356', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const basic_mdspan &other) noexcept=default'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a023bf1df41290714a1eb67ee9a952ef0', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan() noexcept'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aee5fbcbcd53cd39660f4a224aa28055b', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(basic_mdspan &&other) noexcept=default'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a023bf1df41290714a1eb67ee9a952ef0', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan() noexcept'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a3fb425dfe9f5d47d8575a3a5ffe15356', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const basic_mdspan &other) noexcept=default'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20dynamic_5fextents_5ftype_2c_20layout_5fright_20_3e_33', ['basic_mdspan< value_type, dynamic_extents_type, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20extents_2c_20layout_5fright_20_3e_34', ['basic_mdspan< value_type, Extents, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20gmx_3a_3aextents_2c_20layout_5fright_20_3e_35', ['basic_mdspan< value_type, gmx::extents, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20gmx_3a_3aextents_3c_204_2c_203_20_3e_2c_20layout_5fright_20_3e_36', ['basic_mdspan< value_type, gmx::extents< 4, 3 >, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20gmx_3a_3aextents_3c_20dynamic_5fextent_2c_20dynamic_5fextent_20_3e_2c_20layout_5fright_20_3e_37', ['basic_mdspan< value_type, gmx::extents< dynamic_extent, dynamic_extent >, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20static_5fextents_5ftype_2c_20layout_5fright_20_3e_38', ['basic_mdspan< value_type, static_extents_type, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -128,42 +128,42 @@ │ │ │ │ │ ['bcycl_67', ['bCycl', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a1f8b14c587e7cce219441aac02aa5f66', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ │ ['bdataproperty_5f_68', ['bDataProperty_', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a12b9fab82a72fdb6d521944c6fab4eab', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['bdebugmode_69', ['bDebugMode', ['../fatalerror_8h.xhtml#aeceaa87707ac5c2c96e224de90dd481c', 1, 'fatalerror.cpp']]], │ │ │ │ │ ['bdiscrete_70', ['bDiscrete', ['../structt__matrix.xhtml#a6ca5a8d5f5d4be235502f83ffac2586c', 1, 't_matrix']]], │ │ │ │ │ ['bdotime_71', ['bDoTime', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a3d617d678246cce64ceda64d6358cc0c', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]], │ │ │ │ │ ['bdynamicbox_72', ['bDynamicBox', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#afaf048710cbf2887f36a734d8707078f', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ │ ['becool_73', ['beCool', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02coolstuff_8cpp_03.xhtml#a67229d8062fb466b5be7cb8bed125f1a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{coolstuff.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['begin_74', ['begin', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a8c6171058dd1a26721f4af8df12b7a10', 1, 'gmx::EnergyFrame::begin()'], │ │ │ │ │ + ['begin_74', ['begin', ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a52348f625a07e17a873cf943882510f9', 1, 'gmx::ArrayRef::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a4b930e14cacc91c16a0c6e59fb48ea58', 1, 'gmx::EnergyTerm::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IntegerBox.xhtml#a4bdda1928d7845c8e5c5c3ef2918a466', 1, 'gmx::IntegerBox::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#ab4801001dba830e69c9984d97e9c4932', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../classAtomRange.xhtml#afc17642be8cc592f6f47fdd9d86aa408', 1, 'AtomRange::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../classIListRange.xhtml#a7526befe10a07f17dbc35e704d01aeea', 1, 'IListRange::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a8c6171058dd1a26721f4af8df12b7a10', 1, 'gmx::EnergyFrame::begin()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a93f0ea6236ab2cc8e924025646f8d87b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin() const noexcept'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a453e4185086abe32f76359d79e5df439', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin() noexcept'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnumerationWrapper.xhtml#abf496f9dcaab55be1b9cbe93f05312d9', 1, 'gmx::EnumerationWrapper::begin()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a4a2f5be2695dfa8cbac551742c15d771', 1, 'gmx::EnumerationArray::begin()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Range.xhtml#a242b3517477cdd07a73a702f360f5b46', 1, 'gmx::Range::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a52348f625a07e17a873cf943882510f9', 1, 'gmx::ArrayRef::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnumerationWrapper.xhtml#abf496f9dcaab55be1b9cbe93f05312d9', 1, 'gmx::EnumerationWrapper::begin()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aaf0716c8ca857b1a8877fc94463b5850', 1, 'gmx::begin(const MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a636719700df07fe8736fa19bb12c29dd', 1, 'gmx::begin(MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a9fd99e24e163158545296b3f791b0ee8', 1, 'gmx::begin(const BasicMdspan &basicMdspan)'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a4b930e14cacc91c16a0c6e59fb48ea58', 1, 'gmx::EnergyTerm::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a453e4185086abe32f76359d79e5df439', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin() noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a93f0ea6236ab2cc8e924025646f8d87b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin() const noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classIListRange.xhtml#a7526befe10a07f17dbc35e704d01aeea', 1, 'IListRange::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IntegerBox.xhtml#a4bdda1928d7845c8e5c5c3ef2918a466', 1, 'gmx::IntegerBox::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#ab4801001dba830e69c9984d97e9c4932', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::begin()'], │ │ │ │ │ - ['../classAtomRange.xhtml#afc17642be8cc592f6f47fdd9d86aa408', 1, 'AtomRange::begin()'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a9fd99e24e163158545296b3f791b0ee8', 1, 'gmx::begin(const BasicMdspan &basicMdspan)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['begin_5faction_75', ['BEGIN_ACTION', ['../parser__internal_8h.xhtml#adc0616ed62829750149da924ee4176a9', 1, 'parser_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['beginiterator_76', ['beginIterator', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a6301d2be458f368de68f404d9dff17f7', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable']]], │ │ │ │ │ ['behaviorcollection_2ecpp_77', ['behaviorcollection.cpp', ['../behaviorcollection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['behaviorcollection_2eh_78', ['behaviorcollection.h', ['../behaviorcollection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_79', ['bench', ['../namespacegmx.xhtml#a7b53184fadd094f5c7ac05ba75d70cef', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fcoords_2eh_80', ['bench_coords.h', ['../bench__coords_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fsetup_2ecpp_81', ['bench_setup.cpp', ['../bench__setup_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fsetup_2eh_82', ['bench_setup.h', ['../bench__setup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fsystem_2ecpp_83', ['bench_system.cpp', ['../bench__system_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bench_5fsystem_2eh_84', ['bench_system.h', ['../bench__system_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['benchmarksystem_85', ['benchmarksystem', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a75dfe958cd7d70bdb5e90f2ec642a77b', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::BenchmarkSystem()'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml', 1, 'gmx::BenchmarkSystem'] │ │ │ │ │ + ['benchmarksystem_85', ['benchmarksystem', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml', 1, 'gmx::BenchmarkSystem'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a75dfe958cd7d70bdb5e90f2ec642a77b', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::BenchmarkSystem()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bend_86', ['Bend', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0cadcef3e264a0eecc2a9eadd4478c67a1f', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['bequil_87', ['bEquil', ['../structdf__history__t.xhtml#a2800c69caa7fcce2c14cb537c4909bc3', 1, 'df_history_t']]], │ │ │ │ │ ['berendsentemperaturecoupling_88', ['BerendsenTemperatureCoupling', ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['bestvertex_89', ['bestVertex', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#a766a1b22213cf4e5a7a10ee4130afd6f', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]], │ │ │ │ │ ['beta_90', ['beta', ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a3f4c1a9b2610aa00392d66d2c4b183ea', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::beta'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1DimParams_1_1FepDimParams.xhtml#ad3aa1edaec7f13643c5038ccc2a01a78', 1, 'gmx::DimParams::FepDimParams::beta'] │ │ │ │ │ @@ -182,44 +182,44 @@ │ │ │ │ │ ['bgeneratehh14interactions_102', ['bGenerateHH14Interactions', ['../structPreprocessResidue.xhtml#a7ef40e3704969bcd360c3d5d94ee264b', 1, 'PreprocessResidue']]], │ │ │ │ │ ['bgroups_103', ['bGroups', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a5bf6b14ef14775f440cd6a150acf22b0', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ │ ['bharmonic_104', ['bHarmonic', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#ad3c168d4052e3bc5a77dea8ff3a877fe', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood']]], │ │ │ │ │ ['bhelix_105', ['bHelix', ['../structt__bb.xhtml#a48c50f40d59ad266202feb100567d843', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ │ ['bhidden_5f_106', ['bHidden_', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext_1_1Impl.xhtml#a1a012091fc0390f509fcc3c55bd97092', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::Impl']]], │ │ │ │ │ ['bhistonly_107', ['bHistOnly', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#acdf67a7adadf17543b0433c028aa387a', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ │ ['bhost_5funused_108', ['bhost_UNUSED', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#aef8c2b80e340df183cde5c1946fc64e5', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ - ['bias_109', ['bias', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a051fc887a154fd8e8429f772006ff597', 1, 'gmx::PointState::bias()'], │ │ │ │ │ + ['bias_109', ['bias', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#a6ea05d388c5983d92b1e4f9216ec3c07', 1, 'gmx::Bias::Bias()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Bias.xhtml', 1, 'gmx::Bias'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a4ad6b9e6418fd2d739906bd47e887ae3', 1, 'gmx::Bias'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#a6ea05d388c5983d92b1e4f9216ec3c07', 1, 'gmx::Bias::Bias()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Bias.xhtml', 1, 'gmx::Bias'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a051fc887a154fd8e8429f772006ff597', 1, 'gmx::PointState::bias()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bias_2ecpp_110', ['bias.cpp', ['../bias_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bias_2eh_111', ['bias.h', ['../bias_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bias_5f_112', ['bias_', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a915eb82b66d861dd5377036383b654f0', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem::bias_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#af4806c866b09dce06db386eb0dcea407', 1, 'gmx::test::BiasTest::bias_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml#ae7e39eda7a77d998b80c658f65fb9074', 1, 'gmx::test::BiasFepLambdaStateTest::bias_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['biascorrectedaverage_113', ['biasCorrectedAverage', ['../classgmx_1_1ExponentialMovingAverage.xhtml#a83f79db8f50129497cc5349b972ecabb', 1, 'gmx::ExponentialMovingAverage']]], │ │ │ │ │ - ['biascoupledtosystem_114', ['biascoupledtosystem', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a0d55bb29484a8c71778a4bf70a3ddfd0', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem::BiasCoupledToSystem()'] │ │ │ │ │ + ['biascoupledtosystem_114', ['biascoupledtosystem', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a0d55bb29484a8c71778a4bf70a3ddfd0', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem::BiasCoupledToSystem()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['biasedlogweightfrompoint_115', ['biasedLogWeightFromPoint', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biasstate_8cpp_03.xhtml#a154728ee54b770144eeaee8650142f3f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biasstate.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['biasesarecompatibleforsharingbetweensimulations_116', ['biasesAreCompatibleForSharingBetweenSimulations', ['../namespacegmx.xhtml#a161ff1b8f4e89a7136264bf0130c8627', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['biasfeplambdastatetest_117', ['BiasFepLambdaStateTest', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['biasgrid_118', ['biasgrid', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml', 1, 'gmx::BiasGrid'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a79cd36dafbb90c36bf2d88dd5c8d8171', 1, 'gmx::BiasGrid::BiasGrid()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['biasgrid_2ecpp_119', ['biasgrid.cpp', ['../biasgrid_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['biasgrid_2eh_120', ['biasgrid.h', ['../biasgrid_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['biasindex_121', ['biasIndex', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aaa9ddb42d042542e30e4374487dd3198', 1, 'gmx::Bias']]], │ │ │ │ │ ['biasindex_5f_122', ['biasIndex_', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a4713cfcee75b921b834d234b3e775304', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ │ ['biasoutputsetup_123', ['biasoutputsetup', ['../structBiasOutputSetup.xhtml#a510f3876df7545def34fa6c6a1fe9856', 1, 'BiasOutputSetup::BiasOutputSetup()'], │ │ │ │ │ ['../structBiasOutputSetup.xhtml', 1, 'BiasOutputSetup'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['biasparams_124', ['biasparams', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a34258b327dcbfe7690e74b992b938aae', 1, 'gmx::BiasParams::BiasParams()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml', 1, 'gmx::BiasParams'] │ │ │ │ │ + ['biasparams_124', ['biasparams', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml', 1, 'gmx::BiasParams'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a34258b327dcbfe7690e74b992b938aae', 1, 'gmx::BiasParams::BiasParams()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['biasparams_2ecpp_125', ['biasparams.cpp', ['../biasparams_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['biasparams_2eh_126', ['biasparams.h', ['../biasparams_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['biassharing_2ecpp_127', ['biassharing.cpp', ['../biassharing_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['biassharing_2eh_128', ['biassharing.h', ['../biassharing_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['biasstate_129', ['biasstate', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml', 1, 'gmx::BiasState'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a9016d9554dd11c56652b0fcf472a4bdb', 1, 'gmx::BiasState::BiasState()'] │ │ │ │ │ @@ -231,34 +231,34 @@ │ │ │ │ │ ['biastest_134', ['BiasTest', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['biastestparameters_135', ['BiasTestParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ac4fc5532ea0af7793e9f4aae8775d018', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['biaswriter_136', ['biaswriter', ['../classgmx_1_1BiasWriter.xhtml', 1, 'gmx::BiasWriter'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasWriter.xhtml#a4bb9304155a81113722a4c27e8c9e403', 1, 'gmx::BiasWriter::BiasWriter()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['biaswriter_2eh_137', ['biaswriter.h', ['../biaswriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bigendian_138', ['bigEndian', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a6888ef2c8d9143b3bd73b4d98b97fb37a166ce9f503b168215d0bd9548513f29a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['bin_139', ['bin', ['../structt__partition__item.xhtml#ab2e078f256401b8d964d49a699bc3135', 1, 't_partition_item::bin'], │ │ │ │ │ - ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a5221c5d6aed705d530874412bffe96dc', 1, 'methoddata_insolidangle::bin'] │ │ │ │ │ + ['bin_139', ['bin', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a5221c5d6aed705d530874412bffe96dc', 1, 'methoddata_insolidangle::bin'], │ │ │ │ │ + ['../structt__partition__item.xhtml#ab2e078f256401b8d964d49a699bc3135', 1, 't_partition_item::bin'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['binary_20implementation_140', ['Wrapper binary implementation', ['../page_wrapperbinary.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['binaryinformation_2ecpp_141', ['binaryinformation.cpp', ['../binaryinformation_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['binaryinformation_2eh_142', ['binaryinformation.h', ['../binaryinformation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['binaryinformationsettings_143', ['BinaryInformationSettings', ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['binaryinfosettings_144', ['binaryInfoSettings', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#abe5e48659711cf4d2136ad20a06941ea', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ │ ['binaryname_5f_145', ['binaryName_', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a028a2d0df873e04a43d7c8fd2a31f527', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['binaveragemoduletest_146', ['BinAverageModuleTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02histogram_8cpp_03.xhtml#af02c97d917ba01cd3fb4ec8da996bc0b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{histogram.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['bincount_147', ['bincount', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#a7beb3355e37a25e2966b146f407d0405', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binCount()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#a063cdb946def66b482701dd91dc7017c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binCount()'] │ │ │ │ │ + ['bincount_147', ['bincount', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#a063cdb946def66b482701dd91dc7017c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binCount()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#a7beb3355e37a25e2966b146f407d0405', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binCount()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bind_148', ['bind', ['../classgmx_1_1RepeatingOptionSectionHandle.xhtml#a82c29b61d7fa7b9bacb6c644ddd1e439', 1, 'gmx::RepeatingOptionSectionHandle']]], │ │ │ │ │ ['bindsession_149', ['bindSession', ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a259009e3075a7e486e434f799125877e', 1, 'gmx::IRestraintPotential']]], │ │ │ │ │ ['binit_5f_150', ['bInit_', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#a60024cd4d6d109f21d8c30665521fd5a', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl']]], │ │ │ │ │ ['binitpotbyintegration_151', ['bInitPotByIntegration', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a300317da5dd0f69c7c01e47cc81e00d7', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ │ ['binputcheckingdisabled_5f_152', ['bInputCheckingDisabled_', ['../classgmx_1_1FileNameOptionManager_1_1Impl.xhtml#a7cd2a4a1fd3c7e2d716acef2c8e6f871', 1, 'gmx::FileNameOptionManager::Impl']]], │ │ │ │ │ - ['bins_153', ['bins', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a6e4eac2a452db3b73109094936d921a9', 1, 'UmbrellaOptions::bins'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TestParticleInsertion.xhtml#aea7501db300437f517614fdbac3a381d', 1, 'gmx::TestParticleInsertion::bins()'] │ │ │ │ │ + ['bins_153', ['bins', ['../classgmx_1_1TestParticleInsertion.xhtml#aea7501db300437f517614fdbac3a381d', 1, 'gmx::TestParticleInsertion::bins()'], │ │ │ │ │ + ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a6e4eac2a452db3b73109094936d921a9', 1, 'UmbrellaOptions::bins'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['binuse_5f_154', ['bInUse_', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a4ec16f5bca468bf76020234d9f2db510', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl']]], │ │ │ │ │ ['binwidth_155', ['binwidth', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#af927ef5703f2e7aceac66d8bf912b1e9', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binWidth()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#add437ddf91989778860826153c6b636c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binWidth()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bir_156', ['bIr', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a2c041ee5b81c0e8056c7ad6f848c24b8', 1, 'TpxFileHeader']]], │ │ │ │ │ ['bitmask_2eh_157', ['bitmask.h', ['../tests_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ @@ -281,31 +281,31 @@ │ │ │ │ │ ['bitsone_172', ['bitsOne', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02threefry_8cpp_03.xhtml#ac28af5f36df89ee6ff045d87e2063912', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{threefry.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['bitspi_173', ['bitsPi', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02threefry_8cpp_03.xhtml#aef23c846a68baade7e8b1f458e60e031', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{threefry.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['bitszero_174', ['bitsZero', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02threefry_8cpp_03.xhtml#ad07248f1818be5c6407ebe56636aa8ee', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{threefry.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['bkeepallgenerateddihedrals_175', ['bKeepAllGeneratedDihedrals', ['../structPreprocessResidue.xhtml#ac6bf4b23eb4841aeba900478f82c7469', 1, 'PreprocessResidue']]], │ │ │ │ │ ['blbnb_176', ['blbnb', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a521d2ee5435381e5c5a4525de63766d6', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['blc_177', ['blc', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a0869b658ede5d956b5d47cfc5ea9b55f', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['blc1_178', ['blc1', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a348d78d1c99366e604a2bfb689f0b1fc', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ - ['blend_179', ['blend', ['../group__module__simd.xhtml#gafa1d01238ab3305ab17f301f73eaeaa1', 1, 'gmx::blend(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4DBool sel)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a174859a095e84b4a4ee3214547fe8f13', 1, 'gmx::blend(std::int32_t a, std::int32_t b, bool sel)'], │ │ │ │ │ + ['blend_179', ['blend', ['../namespacegmx.xhtml#a97f9e21174d44695b53626648515c4b4', 1, 'gmx::blend(float a, float b, bool sel)'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a069393b3673bd0df6aefc16f8379cf96', 1, 'gmx::blend(double a, double b, bool sel)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a97f9e21174d44695b53626648515c4b4', 1, 'gmx::blend(float a, float b, bool sel)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga3f3f322cbf3a7d646003849046028f65', 1, 'gmx::blend(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b, SimdFIBool sel)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga443be80edc7822ae0582bc5a4d4da34c', 1, 'gmx::blend(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFBool sel)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a174859a095e84b4a4ee3214547fe8f13', 1, 'gmx::blend(std::int32_t a, std::int32_t b, bool sel)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga897cd563974628f57a983656bc4f0be5', 1, 'gmx::blend(SimdDInt32 a, SimdDInt32 b, SimdDIBool sel)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaa089539a35e39d68f6c8b40421e0a68e', 1, 'gmx::blend(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDBool sel)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga9a3c7493047defc21bf934ca9fc39476', 1, 'gmx::blend(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4FBool sel)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga9a3c7493047defc21bf934ca9fc39476', 1, 'gmx::blend(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4FBool sel)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gafa1d01238ab3305ab17f301f73eaeaa1', 1, 'gmx::blend(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4DBool sel)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['bllen_180', ['bllen', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a730d195d0cb333e53d6495f81e515127', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['bllen0_181', ['bllen0', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a3ee9e49ac0a6313229d124226e2a4f94', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['blmf_182', ['blmf', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a25ca95bfe854044a505e3311622146b2', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['blmf1_183', ['blmf1', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a901a4826f9964e940971a90fe4309251', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['blnr_184', ['blnr', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a9ed82f15cc64475ffe441bb1012a7cb6', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ - ['block_185', ['block', ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a9040a23b8b8ab2a2ed08584694726004', 1, 'gmx::RangePartitioning::block(int blockIndex) const'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a7871c8f88afcd806c7c4e0c7e48395dc', 1, 'gmx::RangePartitioning::Block'] │ │ │ │ │ + ['block_185', ['block', ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a7871c8f88afcd806c7c4e0c7e48395dc', 1, 'gmx::RangePartitioning::Block'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a9040a23b8b8ab2a2ed08584694726004', 1, 'gmx::RangePartitioning::block(int blockIndex) const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['block_5fbc_186', ['block_bc', ['../broadcaststructs_8h.xhtml#a36c362559cdcf8bad6858762ff83ad83', 1, 'broadcaststructs.h']]], │ │ │ │ │ ['blocka_5f_187', ['blocka_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02indexutil_8cpp_03_1_1IndexBlockTest.xhtml#a150f51127f9b87eee651581adf705ade', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{indexutil.cpp}::IndexBlockTest']]], │ │ │ │ │ ['blockatoexclusionblocks_188', ['blockaToExclusionBlocks', ['../namespacegmx.xhtml#acf80d4b6d1ceda2954d2a866c1c87c4b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['blockconnect_189', ['blockConnect', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a33da580aa665c8be3bbe37a5c450d5fc', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['blockdatalist_190', ['blockDataList', ['../classgmx_1_1CorrelationTensor.xhtml#ae6dce6182c0c27d2c67ba76983f5906c', 1, 'gmx::CorrelationTensor']]], │ │ │ │ │ ['blockdatalistsize_191', ['blockDataListSize', ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#ac8d1562185b92edad82c3f75958cd19e', 1, 'gmx::CorrelationGrid']]], │ │ │ │ │ @@ -364,31 +364,31 @@ │ │ │ │ │ ['boolean_20elements_240', ['boolean elements', ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree_bool', 1, 'Boolean elements'], │ │ │ │ │ ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_bool', 1, 'Boolean elements'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['boolean_20values_241', ['Boolean values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md62', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['booleanoption_242', ['booleanoption', ['../classgmx_1_1BooleanOption.xhtml#a580fa621b14b47b0631f613e00f2f3bf', 1, 'gmx::BooleanOption::BooleanOption()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BooleanOption.xhtml', 1, 'gmx::BooleanOption'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['booleanoptioninfo_243', ['booleanoptioninfo', ['../classgmx_1_1BooleanOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::BooleanOptionInfo'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BooleanOptionInfo.xhtml#aaa90f1e16e75120b323b3dcbe7f5d843', 1, 'gmx::BooleanOptionInfo::BooleanOptionInfo()'] │ │ │ │ │ + ['booleanoptioninfo_243', ['booleanoptioninfo', ['../classgmx_1_1BooleanOptionInfo.xhtml#aaa90f1e16e75120b323b3dcbe7f5d843', 1, 'gmx::BooleanOptionInfo::BooleanOptionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BooleanOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::BooleanOptionInfo'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['booleanoptionstorage_244', ['booleanoptionstorage', ['../classgmx_1_1BooleanOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::BooleanOptionStorage'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BooleanOptionStorage.xhtml#a2a5e82c1584d43c3564ad498785beb11', 1, 'gmx::BooleanOptionStorage::BooleanOptionStorage()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['booleanvaluetostring_245', ['booleanValueToString', ['../md__enums_8h.xhtml#a671fe972ddca1d763b5a13513c04ebc5', 1, 'md_enums.cpp']]], │ │ │ │ │ ['boolfromenvironmentordefault_246', ['boolFromEnvironmentOrDefault', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02gpu__3dfft__heffte_8cpp_03.xhtml#a29697dccb0406307c20b8c833995b97d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{gpu_3dfft_heffte.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['boolfromstring_247', ['boolFromString', ['../group__module__utility.xhtml#ga584d812bf08f88312df77eace2eab219', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['boolt_248', ['boolt', ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a5681faa349b7dd17efe8c2bcdaac9804', 1, 'gmx::SelectionTreeElement']]], │ │ │ │ │ ['booltostring_249', ['boolToString', ['../group__module__utility.xhtml#ga3b3b96bfb0ebff9b47f011ab058ceef9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['booltype_250', ['booltype', ['../structgmx_1_1BoolType.xhtml#ac9aa09c4375a5bb245c289f07f989e59', 1, 'gmx::BoolType::BoolType()'], │ │ │ │ │ ['../structScalarDataTypes.xhtml#af8788be3633b2d57b2cc963f1a272396', 1, 'ScalarDataTypes::BoolType'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1BoolType.xhtml', 1, 'gmx::BoolType'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['booltype_2ecpp_251', ['booltype.cpp', ['../booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['booltype_2ecpp_251', ['booltype.cpp', ['../tests_2booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['booltype_2eh_252', ['booltype.h', ['../booltype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bootstrap_5floadstore_2ecpp_253', ['bootstrap_loadstore.cpp', ['../bootstrap__loadstore_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bound_254', ['bound', ['../classWorkDivision.xhtml#aa82c09e978f422dffb9d59add9dfbd06', 1, 'WorkDivision']]], │ │ │ │ │ ['boundingbox_255', ['BoundingBox', ['../structgmx_1_1BoundingBox.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['boundingbox_2eh_256', ['boundingbox.h', ['../boundingbox_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boundingbox1d_257', ['BoundingBox1D', ['../structgmx_1_1BoundingBox1D.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -434,16 +434,16 @@ │ │ │ │ │ ['boxutilities_2ecpp_280', ['boxutilities.cpp', ['../boxutilities_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boxv_281', ['boxv', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a4c2d1a71d37029718be8c54307162a06', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::boxv'], │ │ │ │ │ ['../classt__state.xhtml#a032e2e984b1748f12db76af1e28aced5', 1, 't_state::boxv'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['boxvelocities_282', ['boxvelocities', ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a5b228254b0be438ac4acb297bb84b8c6', 1, 'gmx::MttkData::boxVelocities()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#a3c571c0a321a5d2933c16202be603609', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::boxVelocities()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['boxvolume_283', ['boxvolume', ['../structSolveKernelParams.xhtml#a5e8afcfd4d7b88917cde0cc236a92309', 1, 'SolveKernelParams::boxVolume'], │ │ │ │ │ - ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml#adf60ffcfa3c2c87c9cd38e5365b27a20', 1, 'PmeGpuDynamicParams::boxVolume'] │ │ │ │ │ + ['boxvolume_283', ['boxvolume', ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml#adf60ffcfa3c2c87c9cd38e5365b27a20', 1, 'PmeGpuDynamicParams::boxVolume'], │ │ │ │ │ + ['../structSolveKernelParams.xhtml#a5e8afcfd4d7b88917cde0cc236a92309', 1, 'SolveKernelParams::boxVolume'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['boxxx_284', ['boxXX', ['../structPbcAiuc.xhtml#af4ecbce3844b3a0fe21687cc2190901a', 1, 'PbcAiuc']]], │ │ │ │ │ ['boxyx_285', ['boxYX', ['../structPbcAiuc.xhtml#afc5bf808bc74fe927d6cf0268263dc30', 1, 'PbcAiuc']]], │ │ │ │ │ ['boxyy_286', ['boxYY', ['../structPbcAiuc.xhtml#a38f559419387b5aede8ff8c38a5ce44b', 1, 'PbcAiuc']]], │ │ │ │ │ ['boxzx_287', ['boxZX', ['../structPbcAiuc.xhtml#a81d695f0aacdc48f8c4817ef54cab494', 1, 'PbcAiuc']]], │ │ │ │ │ ['boxzy_288', ['boxZY', ['../structPbcAiuc.xhtml#a994062b0c308f30a31c0d29e35ea27e3', 1, 'PbcAiuc']]], │ │ │ │ │ ['boxzz_289', ['boxZZ', ['../structPbcAiuc.xhtml#ae9e369adfc2110366224ec91b05de2fd', 1, 'PbcAiuc']]], │ │ │ │ │ @@ -496,45 +496,45 @@ │ │ │ │ │ ['btaskdep_330', ['bTaskDep', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a7b6edf63690018fde9156adca635ae4a', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['btaskdeptri_331', ['bTaskDepTri', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a3f08edf4cf895f4768fe46f74abd7ed7', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ │ ['bterminatable_332', ['bTerminatable', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#ab42bd4b673638392a018e930a4b92b93', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ │ ['btime_5funused_333', ['btime_UNUSED', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#af8e14457d8c8abfb6aaa0b814f7a6e25', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ ['btop_334', ['bTop', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a6ba88c0a16b04768e9ada01b06f699bd', 1, 'TpxFileHeader']]], │ │ │ │ │ ['bucket_5fcount_335', ['bucket_count', ['../classgmx_1_1HashedMap.xhtml#a5bca3de288135bcd8d9e6294591294df', 1, 'gmx::HashedMap']]], │ │ │ │ │ ['buf_336', ['buf', ['../structt__symbuf.xhtml#af5e12357ba1aa1677d365ff5a8dc5e77', 1, 't_symbuf']]], │ │ │ │ │ - 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['c_5frf_157', ['c_rf', ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a3ba2156cdbb0c7d0358e8b1002780761', 1, 'gmx::NBParamGpu::c_rf'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#aa54200c2e4ec6177f3a251edaeb0d353', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::c_rf'] │ │ │ │ │ + ['c_5frf_157', ['c_rf', ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#aa54200c2e4ec6177f3a251edaeb0d353', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::c_rf'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a3ba2156cdbb0c7d0358e8b1002780761', 1, 'gmx::NBParamGpu::c_rf'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['c_5frocffterrorstrings_158', ['c_rocfftErrorStrings', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02rocfft__common__utils_8cpp_03.xhtml#a6373b7862093ab913f235868db5ce4be', 1, 'gmx::anonymous_namespace{rocfft_common_utils.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['c_5frootnodename_159', ['c_RootNodeName', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#af8fced14cf0f669ed507c1d04af58fe2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['c_5fsampleforcesfull_160', ['c_sampleForcesFull', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03.xhtml#a096c0d45afd6872145063fb37bfca485', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['c_5fscihistogramsize_161', ['c_sciHistogramSize', ['../namespacegmx.xhtml#a101d7d798419e95938f1b02034f92af4', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['c_5fscisortingthreadsperblock_162', ['c_sciSortingThreadsPerBlock', ['../namespacegmx.xhtml#afbb6400bc4724a357e26564e35fa996b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['c_5fscopecutoff_163', ['c_scopeCutoff', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a2b80702808a1424d0200d74d20eec40d', 1, 'gmx::BiasGrid']]], │ │ │ │ │ @@ -226,16 +226,16 @@ │ │ │ │ │ ['c_5ftimeunitscalefactors_184', ['c_timeUnitScaleFactors', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02timeunitmanager_8cpp_03.xhtml#a2da99611f34b50289998efa9853ad393', 1, 'gmx::anonymous_namespace{timeunitmanager.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['c_5ftrimsize_185', ['c_trimSize', ['../symtab_8cpp.xhtml#a74545f5cb6cc89f617f17fc2ec35485c', 1, 'symtab.cpp']]], │ │ │ │ │ ['c_5funknown_186', ['c_unknown', ['../namespaceanonymous__namespace_02sysinfo_8cpp_03.xhtml#ad4a20f207d75277ec8c8f9d8cef88fd3', 1, 'anonymous_namespace{sysinfo.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['c_5fusedelayedwait_187', ['c_useDelayedWait', ['../pme__pp_8cpp.xhtml#a2e369172045aa7262c8f217f3eb9c35a', 1, 'pme_pp.cpp']]], │ │ │ │ │ ['c_5fversiondeclarationstring_188', ['c_VersionDeclarationString', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#a1339168f3e2f4e9e7ef6d237af203de5', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['c_5fvirialandenergycount_189', ['c_virialAndEnergyCount', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#ae4da821cb02bbd25f4258668abf9996c', 1, 'pme_gpu_constants.h']]], │ │ │ │ │ ['c_5fwaterpositions_190', ['c_waterPositions', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a9329c087051c3222ed27a5029278ac90', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['c_5fxvgformatnames_191', ['c_xvgformatnames', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03.xhtml#afe48c42da00d80d1811918be03801c87', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::c_xvgFormatNames'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ab9bc40c2a1ef7bbf8b7cd0671702f720', 1, 'gmx::c_xvgFormatNames'] │ │ │ │ │ + ['c_5fxvgformatnames_191', ['c_xvgformatnames', ['../namespacegmx.xhtml#ab9bc40c2a1ef7bbf8b7cd0671702f720', 1, 'gmx::c_xvgFormatNames'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03.xhtml#afe48c42da00d80d1811918be03801c87', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::c_xvgFormatNames'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ca_192', ['CA', ['../structt__bb.xhtml#aabd0ee2d5ea08bc62412d45cdf0f1861', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ │ ['cacceleration_5f_193', ['cAcceleration_', ['../classUpdate_1_1Impl.xhtml#a2ea432dff674fba9ed4e774ca65e65d6', 1, 'Update::Impl']]], │ │ │ │ │ ['cache_194', ['Cache', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Cache.xhtml', 1, 'gmx::HardwareTopology']]], │ │ │ │ │ ['cachelinealignedflag_195', ['cachelinealignedflag', ['../namespacegmx.xhtml#a2646bbaac4cce11ceca6af4a76bf2754', 1, 'gmx::CacheLineAlignedFlag'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1CacheLineAlignedFlag.xhtml', 1, 'gmx::CacheLineAlignedFlag'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -527,39 +527,39 @@ │ │ │ │ │ ['checkdevicestatus_395', ['checkDeviceStatus', ['../device__management__hip_8cpp.xhtml#a8c4e708e014dad9c42b27631fb15a2f6', 1, 'device_management_hip.cpp']]], │ │ │ │ │ ['checkdimparams_396', ['checkDimParams', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02read__params_8cpp_03.xhtml#a0c7004b635297739011c1ead0f751dbb', 1, 'gmx::anonymous_namespace{read_params.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['checkdoesnotfind_397', ['checkDoesNotFind', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02hashedmap_8cpp_03.xhtml#ae6311e6c2808805b2be061e18fb5a36a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{hashedmap.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['checkdouble_398', ['checkDouble', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a013b30438e09bf0d448d7ca13a9a86e2', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['checkedrfile_399', ['checkEdrFile', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#aeff97f1aedd3b6ca8e3abd5902e281c2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]], │ │ │ │ │ ['checkemptysequence_400', ['checkEmptySequence', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a1cdbbfcc92ee5207704250631542eeb7', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['checkenergies_401', ['checkEnergies', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmetest_8cpp_03_1_1PmeTest.xhtml#af7eb6f4c08404ac6364d3e6784057031', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmetest.cpp}::PmeTest']]], │ │ │ │ │ - ['checkenergiesagainstreferencedata_402', ['checkenergiesagainstreferencedata', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abcc471341e432bea98026181285e866d', 1, 'gmx::test::checkEnergiesAgainstReferenceData(const std::string &energyFilename, const EnergyTermsToCompare &energyTermsToCompare, TestReferenceChecker *checker)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a2ef781eb5182de267fafe8ec325fd36e', 1, 'gmx::test::checkEnergiesAgainstReferenceData(const std::string &energyFilename, const EnergyTermsToCompare &energyTermsToCompare, TestReferenceChecker *checker, MaxNumFrames maxNumEnergyFrames)'] │ │ │ │ │ + ['checkenergiesagainstreferencedata_402', ['checkenergiesagainstreferencedata', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a2ef781eb5182de267fafe8ec325fd36e', 1, 'gmx::test::checkEnergiesAgainstReferenceData(const std::string &energyFilename, const EnergyTermsToCompare &energyTermsToCompare, TestReferenceChecker *checker, MaxNumFrames maxNumEnergyFrames)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abcc471341e432bea98026181285e866d', 1, 'gmx::test::checkEnergiesAgainstReferenceData(const std::string &energyFilename, const EnergyTermsToCompare &energyTermsToCompare, TestReferenceChecker *checker)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['checkenergycaluclationfrequency_403', ['checkEnergyCaluclationFrequency', ['../classgmx_1_1DensityFittingOptions.xhtml#a64787eff57d350cee2e13b2c1097270d', 1, 'gmx::DensityFittingOptions']]], │ │ │ │ │ ['checkenergygroups_404', ['checkEnergyGroups', ['../classgmx_1_1TestParticleInsertion.xhtml#a35bb780b31122e7bc2a7a66c3385dadb', 1, 'gmx::TestParticleInsertion']]], │ │ │ │ │ ['checkentry_405', ['checkEntry', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a3d4c6475215f072bcf39a1025094468f', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl']]], │ │ │ │ │ ['checkequalcaseinsensitive_406', ['checkEqualCaseInsensitive', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02stringutil_8cpp_03.xhtml#ac8f1f81f4e3436b8691a3238729715f6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{stringutil.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['checker_407', ['checker', ['../classgmx_1_1test_1_1StringTestBase.xhtml#a2d4aa9337d64971715800e1e512973ca', 1, 'gmx::test::StringTestBase']]], │ │ │ │ │ - ['checker_5f_408', ['checker_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a0f800c418ac71536bcab6e51b55969c1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::checker_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTest.xhtml#ae2589ff8601387d0f2479932d9b50493', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTest::checker_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTest.xhtml#a37cb94f8b6bb6f4ef3a786fa6a3e6b65', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTest::checker_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTest.xhtml#a5eaf86aea40062609d53d82d17b4cd4d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTest::checker_'] │ │ │ │ │ + ['checker_5f_408', ['checker_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02leapfrog_8cpp_03_1_1LeapFrogTest.xhtml#a37cb94f8b6bb6f4ef3a786fa6a3e6b65', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTest::checker_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a0f800c418ac71536bcab6e51b55969c1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::checker_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTest.xhtml#a5eaf86aea40062609d53d82d17b4cd4d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTest::checker_'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTest.xhtml#ae2589ff8601387d0f2479932d9b50493', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTest::checker_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['checkexternalgroups_409', ['checkExternalGroups', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#a48b801436e4436783f4215cee575efe0', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['checkfeplambdadimdecouplingconsistency_410', ['checkFepLambdaDimDecouplingConsistency', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02read__params_8cpp_03.xhtml#a6f3130dffe6f1eb12ce1769a34b72051', 1, 'gmx::anonymous_namespace{read_params.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['checkfeplambdadimparams_411', ['checkFepLambdaDimParams', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02read__params_8cpp_03.xhtml#ad1a0a4652d3ca338454dca1333927702', 1, 'gmx::anonymous_namespace{read_params.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['checkfile_412', ['checkFile', ['../classgmx_1_1test_1_1IFileMatcher.xhtml#a07f0a63071505e63beb658705acd6f41', 1, 'gmx::test::IFileMatcher']]], │ │ │ │ │ ['checkfilecontents_413', ['checkFileContents', ['../classgmx_1_1test_1_1StringTestBase.xhtml#a890552744d2ffc0d98563eadc6f3fe7d', 1, 'gmx::test::StringTestBase']]], │ │ │ │ │ ['checkfinalpositions_414', ['checkFinalPositions', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTest.xhtml#aa5a148b7c240f75603006a1762e90396', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTest']]], │ │ │ │ │ ['checkfinalvelocities_415', ['checkFinalVelocities', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTest.xhtml#aa8da7b35432e349fb41e93d9726a13c4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTest']]], │ │ │ │ │ ['checkfinds_416', ['checkFinds', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02hashedmap_8cpp_03.xhtml#aa7c6e9e7ce64e221c97cbd3ee960e1af', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{hashedmap.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['checkfloat_417', ['checkFloat', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a31ba9bdb3e27ca53dff300346ada68aa', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['checkforcesagainstreference_418', ['checkForcesAgainstReference', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a578d74e6b2e47f9ce2e9fab1f81b280b', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ - ['checkforseparatepmeranks_419', ['checkforseparatepmeranks', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#abea3f9ee4e00310dbe1d1312c68f9f5e', 1, 'checkForSeparatePmeRanks(const gmx::MDModulesNotifiers &notifiers, const DomdecOptions &options, int numRanksRequested, bool useGpuForNonbonded, bool useGpuForPme, bool canUseGpuPmeDecomposition): domdec_setup.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../domdec__setup_8h.xhtml#af1353f4ea0011741695cb578cb3dae76', 1, 'checkForSeparatePmeRanks(const gmx::MDModulesNotifiers &notifiers, const gmx::DomdecOptions &options, int numRanksRequested, bool useGpuForNonbonded, bool useGpuForPme, bool canUseGpuPmeDecomposition): domdec_setup.cpp'] │ │ │ │ │ + ['checkforseparatepmeranks_419', ['checkforseparatepmeranks', ['../domdec__setup_8h.xhtml#af1353f4ea0011741695cb578cb3dae76', 1, 'checkForSeparatePmeRanks(const gmx::MDModulesNotifiers &notifiers, const gmx::DomdecOptions &options, int numRanksRequested, bool useGpuForNonbonded, bool useGpuForPme, bool canUseGpuPmeDecomposition): domdec_setup.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#abea3f9ee4e00310dbe1d1312c68f9f5e', 1, 'checkForSeparatePmeRanks(const gmx::MDModulesNotifiers &notifiers, const DomdecOptions &options, int numRanksRequested, bool useGpuForNonbonded, bool useGpuForPme, bool canUseGpuPmeDecomposition): domdec_setup.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['checkforunknownoptionsinkeyvaluetree_420', ['checkForUnknownOptionsInKeyValueTree', ['../group__module__options.xhtml#ga7c18bea4ebc5cb035834d3f117906952', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['checkforvalidrankcountrequests_421', ['checkforvalidrankcountrequests', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#aed2618a87839573af9df2e83420750ce', 1, 'checkForValidRankCountRequests(const int numRanksRequested, const bool usingPme, const int numPmeRanksRequested, const gmx::SeparatePmeRanksPermitted &separatePmeRanksPermitted, const bool checkForLargePrimeFactors): domdec_setup.cpp'], │ │ │ │ │ ['../domdec__setup_8h.xhtml#aad075b3a3e31c174bccf7d2e31ede565', 1, 'checkForValidRankCountRequests(int numRanksRequested, bool usingPme, int numPmeRanksRequested, const gmx::SeparatePmeRanksPermitted &separatePmeRanksPermitted, bool checkForLargePrimeFactors): domdec_setup.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['checkframe_422', ['checkFrame', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03.xhtml#a12c94937d1b66aa12c1f1e34affe5866', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['checkgpu_423', ['checkGpu', ['../namespacegmx.xhtml#a7ae7d9258116984d71d4ba590adefd1c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -576,53 +576,53 @@ │ │ │ │ │ ['checkinteger_434', ['checkInteger', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#abb8d0f46f835599778fa12d12a28acf9', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['checkkernelsetup_435', ['checkKernelSetup', ['../namespacegmx.xhtml#a9af859e99a0de1ce603d94d97447210d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['checkkeyvaluetreeobject_436', ['checkKeyValueTreeObject', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#aadb0319268d598086d62cc3f382be5a6', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['checkkeyvaluetreevalue_437', ['checkKeyValueTreeValue', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#add618bba4d39cbc41711da43418324ca', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ │ ['checklogicalprocessor_438', ['checkLogicalProcessor', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#a7404c1100695ed0bf1f5c0118be797b0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['checkmachine_439', ['checkMachine', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#ae0ef6cae2955d46224d11e3142be62d2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['checkmap_440', ['checkMap', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#afbe67a80d052967f14c5d9fa29be3724', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]], │ │ │ │ │ - ['checkmdrun_441', ['checkmdrun', ['../classgmx_1_1test_1_1DensityFittingTest.xhtml#a7571ad0d5ecf73b42780b21aae5a93b2', 1, 'gmx::test::DensityFittingTest::checkMdrun()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1BondedInteractionsTest.xhtml#aa31fa5008e7d3dda56c2018fb2f3de78', 1, 'gmx::test::BondedInteractionsTest::checkMdrun()'] │ │ │ │ │ + ['checkmdrun_441', ['checkmdrun', ['../classgmx_1_1test_1_1BondedInteractionsTest.xhtml#aa31fa5008e7d3dda56c2018fb2f3de78', 1, 'gmx::test::BondedInteractionsTest::checkMdrun()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1DensityFittingTest.xhtml#a7571ad0d5ecf73b42780b21aae5a93b2', 1, 'gmx::test::DensityFittingTest::checkMdrun()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['checkmoduleproperties_442', ['checkModuleProperties', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#acf281841353a4e82b5532b7c7ede04b7', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['checkmoduleproperty_443', ['checkModuleProperty', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a1737c33d590dbda6b33707e32d843fb6', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['checkmpicudaawaresupport_444', ['checkMpiCudaAwareSupport', ['../namespacegmx.xhtml#aa4aa18316458b9837f41b40a4d997243', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['checkmpihipawaresupport_445', ['checkMpiHipAwareSupport', ['../namespacegmx.xhtml#ac38e0326b581ae6ef55106eb193d6102', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['checkmpizeawaresupport_446', ['checkMpiZEAwareSupport', ['../namespacegmx.xhtml#a0be49c74d8346fa9f804a1eb893cc079', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['checkmtsconsistency_447', ['checkMtsConsistency', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02read__params_8cpp_03.xhtml#a287b7de97b2cc6df4a0b68fd75fcfc18', 1, 'gmx::anonymous_namespace{read_params.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['checkmtsinterval_448', ['checkMtsInterval', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02multipletimestepping_8cpp_03.xhtml#a823d145982ecf32da116d92cbebbf805', 1, 'gmx::anonymous_namespace{multipletimestepping.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['checkmtsrequirements_449', ['checkMtsRequirements', ['../namespacegmx.xhtml#a2e38a14714bf12072a97722e7e0283de', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['checkmultibodydistance_450', ['checkMultiBodyDistance', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistanceCalculationInfo.xhtml#aa686e4b3570569a9ab3c8f326b92926a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistanceCalculationInfo']]], │ │ │ │ │ - ['checkoutput_451', ['checkoutput', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03.xhtml#acd60d304c0aec2a167837346c7f8b59d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::checkOutput()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#a3ad0e5acaaf6853eaedad167c77b1b5e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::checkOutput()'], │ │ │ │ │ + ['checkoutput_451', ['checkoutput', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#a3ad0e5acaaf6853eaedad167c77b1b5e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::checkOutput()'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03.xhtml#acd60d304c0aec2a167837346c7f8b59d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::checkOutput()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03.xhtml#a8f6efb4f1b93d0ef5503066d1f8dafc0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::checkOutput()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['checkoutputfile_452', ['checkOutputFile', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03.xhtml#a4722c398737a57532ac4dee489f859c9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['checkoutputfiles_453', ['checkoutputfiles', ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestHelper.xhtml#a4a9ea58f9c4b65df35452d5a640416f0', 1, 'gmx::test::CommandLineTestHelper::checkOutputFiles()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestBase.xhtml#a264d07b5eac2f200136e1238268f15fd', 1, 'gmx::test::CommandLineTestBase::checkOutputFiles()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['checkpackage_454', ['checkPackage', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mockhardwaretopology_8cpp_03.xhtml#a3387c77476eeaec51d2390db1bbe17c2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mockhardwaretopology.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['checkpendingdeviceerrorbetweensteps_455', ['checkpendingdeviceerrorbetweensteps', ['../gpu__utils_8h.xhtml#ab937dc6d3bcdc40cbebc923a200823c3', 1, 'checkPendingDeviceErrorBetweenSteps(): gpu_utils_hip.cpp'], │ │ │ │ │ ['../gpu__utils__hip_8cpp.xhtml#ab937dc6d3bcdc40cbebc923a200823c3', 1, 'checkPendingDeviceErrorBetweenSteps(): gpu_utils_hip.cpp'], │ │ │ │ │ ['../gpu__utils__impl_8cpp.xhtml#ab937dc6d3bcdc40cbebc923a200823c3', 1, 'checkPendingDeviceErrorBetweenSteps(): gpu_utils_impl.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['checkpoint_2ecpp_456', ['checkpoint.cpp', ['../gromacs_2fileio_2tests_2checkpoint_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2checkpoint_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['checkpointdata_457', ['checkpointdata', ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml#aa936b2ff015565992412f7b6d7cb911d', 1, 'gmx::ReadCheckpointDataHolder::checkpointData()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1WriteCheckpointDataHolder.xhtml#a68e115c68a7f9e55d495c84d104cf699', 1, 'gmx::WriteCheckpointDataHolder::checkpointData()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CheckpointData.xhtml', 1, 'gmx::CheckpointData< operation >'] │ │ │ │ │ + ['checkpointdata_457', ['checkpointdata', ['../classgmx_1_1WriteCheckpointDataHolder.xhtml#a68e115c68a7f9e55d495c84d104cf699', 1, 'gmx::WriteCheckpointDataHolder::checkpointData()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CheckpointData.xhtml', 1, 'gmx::CheckpointData< operation >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml#aa936b2ff015565992412f7b6d7cb911d', 1, 'gmx::ReadCheckpointDataHolder::checkpointData()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['checkpointdata_2ecpp_458', ['checkpointdata.cpp', ['../checkpointdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['checkpointdata_2eh_459', ['checkpointdata.h', ['../checkpointdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['checkpointdataoperation_460', ['CheckpointDataOperation', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gabb7ceb8d8304529be41677ede2f9b40c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['checkpointdatatest_461', ['CheckpointDataTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02checkpointdata_8cpp_03_1_1CheckpointDataTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{checkpointdata.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['checkpointeddata_5f_462', ['checkpointedData_', ['../structgmx_1_1MDModulesCheckpointReadingDataOnMain.xhtml#aa5e134e843fc9b37d2c758ad89a1f5a3', 1, 'gmx::MDModulesCheckpointReadingDataOnMain']]], │ │ │ │ │ - ['checkpointerror_463', ['checkpointerror', ['../classgmx_1_1CheckpointError.xhtml', 1, 'gmx::CheckpointError'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga9c22b8b5f95575b0ead65c36ea4927e5', 1, 'gmx::CheckpointError::CheckpointError()'] │ │ │ │ │ + ['checkpointerror_463', ['checkpointerror', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga9c22b8b5f95575b0ead65c36ea4927e5', 1, 'gmx::CheckpointError::CheckpointError()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CheckpointError.xhtml', 1, 'gmx::CheckpointError'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['checkpointhandler_464', ['checkpointhandler', ['../classgmx_1_1CheckpointHandler.xhtml', 1, 'gmx::CheckpointHandler'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CheckpointHandler.xhtml#a2385df0eebf7dc0a755d54795556760c', 1, 'gmx::CheckpointHandler::CheckpointHandler()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['checkpointhandler_2ecpp_465', ['checkpointhandler.cpp', ['../checkpointhandler_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['checkpointhandler_2eh_466', ['checkpointhandler.h', ['../checkpointhandler_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['checkpointheadercontents_467', ['CheckpointHeaderContents', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -936,20 +936,20 @@ │ │ │ │ │ ['cmap_5fsetup_5fgrid_5findex_620', ['cmap_setup_grid_index', ['../namespaceanonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#ab633656da7c571ef07545dc40d63e57c', 1, 'anonymous_namespace{bonded.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['cmapatomtypes_621', ['cmapAtomTypes', ['../structInteractionsOfType.xhtml#a6bded5f13e80427d245ffd81766e75b6', 1, 'InteractionsOfType']]], │ │ │ │ │ ['cmapdata_622', ['cmapdata', ['../structgmx__cmap__t.xhtml#aa9e7f26ea95886d0fa833eed83cae1ca', 1, 'gmx_cmap_t']]], │ │ │ │ │ ['cmapgridspacing_5f_623', ['cmapGridSpacing_', ['../structInteractionsOfType.xhtml#aa077cc69502b2f3f0faaa718059cc71c', 1, 'InteractionsOfType']]], │ │ │ │ │ ['cmaprestypes_5f_624', ['cmapResTypes_', ['../structInteractionsOfType.xhtml#a1d8c4755ad9aa601d01712f8497cffd6', 1, 'InteractionsOfType']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2ecpp_625', ['cmdlinehelpcontext.cpp', ['../cmdlinehelpcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2eh_626', ['cmdlinehelpcontext.h', ['../cmdlinehelpcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cmdlinehelpmodule_2ecpp_627', ['cmdlinehelpmodule.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlinehelpmodule_2ecpp_627', ['cmdlinehelpmodule.cpp', ['../cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpmodule_2eh_628', ['cmdlinehelpmodule.h', ['../cmdlinehelpmodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['cmdlinehelpwriter_2ecpp_629', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['cmdlinehelpwriter_2ecpp_629', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['cmdlinehelpwriter_2eh_630', ['cmdlinehelpwriter.h', ['../cmdlinehelpwriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineinit_2ecpp_631', ['cmdlineinit.cpp', ['../cmdlineinit_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlineinit_2eh_632', ['cmdlineinit.h', ['../cmdlineinit_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2ecpp_633', ['cmdlinemodule.cpp', ['../cmdlinemodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2eh_634', ['cmdlinemodule.h', ['../cmdlinemodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanager_2ecpp_635', ['cmdlinemodulemanager.cpp', ['../cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ @@ -1039,16 +1039,16 @@ │ │ │ │ │ ['columnlist_695', ['ColumnList', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a0043d139b3d909e5253fb471db83dec2', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]], │ │ │ │ │ ['columnrowsectionstart_5f_696', ['columnRowSectionStart_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#ac1e9b0d0a9ab44e2d5dbcaa7aff81516', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]], │ │ │ │ │ ['columnrowsectiontoxyz_5f_697', ['columnRowSectionToXyz_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#a8b4274c85240707c9b56f65a33c2219b', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]], │ │ │ │ │ ['columns_5f_698', ['columns_', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a38cb6aa1525b0eb729f1a24c19c63d34', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]], │ │ │ │ │ ['columnsreceived_699', ['columnsReceived', ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml#a916effaa33e6231586c4b961b0b13dad', 1, 'gmx::DomainCommForward']]], │ │ │ │ │ ['columnstosend_700', ['columnsToSend', ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml#a2f11af96a78e031f85db11e9baff4f66', 1, 'gmx::DomainCommBackward']]], │ │ │ │ │ ['colvarproxy_5fgromacs_5fversion_2eh_701', ['colvarproxy_gromacs_version.h', ['../colvarproxy__gromacs__version_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['colvarproxygromacs_702', ['colvarproxygromacs', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a49f8b4229e2fce33c20747250e043610', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs::ColvarProxyGromacs()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs'] │ │ │ │ │ + ['colvarproxygromacs_702', ['colvarproxygromacs', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a49f8b4229e2fce33c20747250e043610', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs::ColvarProxyGromacs()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarproxygromacs_2ecpp_703', ['colvarproxygromacs.cpp', ['../colvarproxygromacs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarproxygromacs_2eh_704', ['colvarproxygromacs.h', ['../colvarproxygromacs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvars_2ecpp_705', ['colvars.cpp', ['../colvars_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsatomcoords_706', ['colvarsAtomCoords', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a698f69c97138efa82e6dcbe5c46cab83', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ ['colvarsconfigcontent_707', ['colvarsConfigContent', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a2f4da1bfb7f70104ae4e0f04326f4c92', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ ['colvarsenstemp_708', ['colvarsEnsTemp', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#acef601dd026f99cc9903101d4a55a063', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ │ @@ -1100,16 +1100,16 @@ │ │ │ │ │ ['combine_5fidef_738', ['combine_idef', ['../localtopology_8cpp.xhtml#a8dd56c7215fef9dc267d50db942d81f6', 1, 'localtopology.cpp']]], │ │ │ │ │ ['combineljparams_739', ['combineLJParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#a78b6c94d2cfb87ebc471c374d6984bb0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['combinemtsforces_740', ['combineMtsForces', ['../namespacegmx.xhtml#afcfd8574060f00e6f0c1478a909344f1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['combinemtsforcesbeforehaloexchange_741', ['combineMtsForcesBeforeHaloExchange', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#aca5466bb9091d7aeb943d22f6aecb041', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ │ ['cominplacetest_742', ['COMInPlaceTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02com_8cpp_03_1_1COMInPlaceTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{com.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['comm_743', ['comm', ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a1d3d022d33edbc2380cc837aaeb8ca33', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters']]], │ │ │ │ │ ['comm_5f_744', ['comm_', ['../classgmx_1_1PhysicalNodeCommunicator.xhtml#a90b1846bc1595985aaca7ab49096395a', 1, 'gmx::PhysicalNodeCommunicator']]], │ │ │ │ │ - ['comm_5fbox_5ffrac_745', ['comm_box_frac', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../domdec__setup_8h.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp'] │ │ │ │ │ + ['comm_5fbox_5ffrac_745', ['comm_box_frac', ['../domdec__setup_8h.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['comm_5fcost_5fest_746', ['comm_cost_est', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#ae96afaac6a68e3a9bb9532b58ca5ebbc', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ │ ['comm_5fdd_5fns_5fcell_5fsizes_747', ['comm_dd_ns_cell_sizes', ['../partition_8cpp.xhtml#a208779ee480ab7e34e0fb18f7a7aa8e3', 1, 'partition.cpp']]], │ │ │ │ │ ['comm_5fpme_5fcost_5fvol_748', ['comm_pme_cost_vol', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a20163d5f7438af0d9178e5a056ad928d', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ │ ['command_20line_20help_749', ['Command line help', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md73', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['command_20line_20manager_750', ['Command line manager', ['../page_wrapperbinary.xhtml#section_wrapperbinary_manager', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['command_20line_20modules_751', ['Command line modules', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md72', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -1129,16 +1129,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml#ad6b75c47633726d843527314031c3627', 1, 'gmx::test::CommandLine::CommandLine(const ArrayRef< const std::string > &cmdline)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestBase.xhtml#aba2831a576c464327206ea473da28142', 1, 'gmx::test::CommandLineTestBase::commandLine()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml', 1, 'gmx::test::CommandLine'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a394e045e3ea7eddeffb6c8ff17de390c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::commandLine()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['commandlinecommonoptionsholder_755', ['CommandLineCommonOptionsHolder', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['commandlineformdrun_5f_756', ['commandLineForMdrun_', ['../classgmx_1_1test_1_1DensityFittingTest.xhtml#abe7c342f1f88e7d465277c6f6507bbf0', 1, 'gmx::test::DensityFittingTest']]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingForce'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a3eab6d07afa82b211179207e74072ff0', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a3eab6d07afa82b211179207e74072ff0', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(DensityFittingForce &&other) noexcept'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingForce'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingforce_2ecpp_283', ['densityfittingforce.cpp', ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfittingforce_2ecpp_283', ['densityfittingforce.cpp', ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingforce_2eh_284', ['densityfittingforce.h', ['../densityfittingforce_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_285', ['densityfittingforceprovider', ['../classgmx_1_1DensityFittingForceProvider.xhtml#a99f34ce28c7c4b269fe7b9cc0c61c255', 1, 'gmx::DensityFittingForceProvider::DensityFittingForceProvider()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForceProvider.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingForceProvider'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingforceprovider_2ecpp_286', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfittingforceprovider_2ecpp_286', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_2eh_287', ['densityfittingforceprovider.h', ['../densityfittingforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingforceproviderstate_288', ['DensityFittingForceProviderState', ['../structgmx_1_1DensityFittingForceProviderState.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingmdptransformfromstring_289', ['densityfittingMdpTransformFromString', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02densityfittingoptions_8cpp_03.xhtml#ad01120df989f6892f2b3716de8220d89', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfittingoptions.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingmodule_2ecpp_290', ['densityfittingmodule.cpp', ['../densityfittingmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingmoduleinfo_291', ['DensityFittingModuleInfo', ['../structgmx_1_1DensityFittingModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoptions_292', ['DensityFittingOptions', ['../classgmx_1_1DensityFittingOptions.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['densityfittingoptions_2ecpp_293', ['densityfittingoptions.cpp', ['../densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['densityfittingoptions_2ecpp_293', ['densityfittingoptions.cpp', ['../tests_2densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../densityfittingoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoptions_2eh_294', ['densityfittingoptions.h', ['../densityfittingoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoutputprovider_295', ['DensityFittingOutputProvider', ['../classgmx_1_1DensityFittingOutputProvider.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoutputprovider_2ecpp_296', ['densityfittingoutputprovider.cpp', ['../densityfittingoutputprovider_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingoutputprovider_2eh_297', ['densityfittingoutputprovider.h', ['../densityfittingoutputprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingparameters_298', ['DensityFittingParameters', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingparameters_2eh_299', ['densityfittingparameters.h', ['../densityfittingparameters_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingsimulationparametersetup_300', ['DensityFittingSimulationParameterSetup', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['densityfittingtest_301', ['DensityFittingTest', ['../classgmx_1_1test_1_1DensityFittingTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['densitysimilaritycrosscorrelation_302', ['densitysimilaritycrosscorrelation', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityCrossCorrelation.xhtml#a4ee22cb21ab72112c8abf3e587e5eccd', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityCrossCorrelation::DensitySimilarityCrossCorrelation()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityCrossCorrelation.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityCrossCorrelation'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['fep_25', ['fep', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a3984084d8090abf3c5b0805c5ff7ca9e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::fep'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#aa0cfe0cf8a902a682bd67e199cc7483b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput::fep'] │ │ │ │ │ + ['fep_25', ['fep', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#aa0cfe0cf8a902a682bd67e199cc7483b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput::fep'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a3984084d8090abf3c5b0805c5ff7ca9e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::fep'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fep_5flist_5fnew_5fnri_5fcopy_26', ['fep_list_new_nri_copy', ['../namespacegmx.xhtml#a6143ca1c271ab9670850e2ff87b9f21c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['fep_5fstate_27', ['fep_state', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a3e6d181da70f5976a240943c94d74969', 1, 'TpxFileHeader::fep_state'], │ │ │ │ │ ['../classt__state.xhtml#a1a50c4a421790dc5a2bec971c4fccca4', 1, 't_state::fep_state'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fep_5fstate_5fa_28', ['FEP_STATE_A', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6e686cf9fadaac1ce39b08416f7614da', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['fep_5fstate_5fb_29', ['FEP_STATE_B', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae6dd68494c14b66f86ff58a5e0a1aa93', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ │ ['fepbits_30', ['fepBits', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#a412edebcf3d180397f2647d03f04fa60', 1, 'gmx::Grid']]], │ │ │ │ │ - ['fepdimparams_31', ['fepdimparams', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#aaddac033528c91ab831c36981ad0bf12', 1, 'gmx::DimParams::fepDimParams() const'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DimParams_1_1FepDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::FepDimParams'] │ │ │ │ │ + ['fepdimparams_31', ['fepdimparams', ['../structgmx_1_1DimParams_1_1FepDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::FepDimParams'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#aaddac033528c91ab831c36981ad0bf12', 1, 'gmx::DimParams::fepDimParams() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['feplambdadimparams_32', ['fepLambdaDimParams', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a7dc64a12c8e1081550e64f355b5a0682', 1, 'gmx::DimParams']]], │ │ │ │ │ ['feplambdastate_33', ['fepLambdaState', ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#adfc3a70dde1b72c20abe5688cf98d4ba', 1, 'gmx::Awh']]], │ │ │ │ │ ['feplists_34', ['fepLists', ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml#a2f86424e43ae14d1334dc9485c40b876', 1, 'gmx::PairlistSet']]], │ │ │ │ │ ['fepstatesetting_35', ['FepStateSetting', ['../classgmx_1_1FepStateSetting.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['fepstatevalue_36', ['fepstatevalue', ['../structFEPStateValue.xhtml#ad203d2ae99649841dd5ecd72f015167a', 1, 'FEPStateValue::FEPStateValue()'], │ │ │ │ │ - ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, 'FEPStateValue< T >'], │ │ │ │ │ + ['fepstatevalue_36', ['fepstatevalue', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, 'FEPStateValue< T >'], │ │ │ │ │ ['../structFEPStateValue.xhtml#a638b5206f78383252ae56f4a257fb922', 1, 'FEPStateValue::FEPStateValue()=default'], │ │ │ │ │ - ['../structFEPStateValue.xhtml#ae45c0dca25a0b1b48a68c10767d59483', 1, 'FEPStateValue::FEPStateValue(T value)'] │ │ │ │ │ + ['../structFEPStateValue.xhtml#ae45c0dca25a0b1b48a68c10767d59483', 1, 'FEPStateValue::FEPStateValue(T value)'], │ │ │ │ │ + ['../structFEPStateValue.xhtml#ad203d2ae99649841dd5ecd72f015167a', 1, 'FEPStateValue::FEPStateValue(T valueA, T valueB)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fepstatevalue_3c_20nameholder_20_3e_37', ['FEPStateValue< NameHolder >', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['fepstatevalue_3c_20real_20_3e_38', ['FEPStateValue< real >', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['fepstatevalue_3c_20unsigned_20short_20_3e_39', ['FEPStateValue< unsigned short >', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['fetchcoulombforcer_40', ['fetchCoulombForceR', ['../namespacegmx.xhtml#af4358df7df7ec8c2d2ad3014049c9ff0', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['fetchfromparamlookuptable_41', ['fetchFromParamLookupTable', ['../hip__kernel__utils_8h.xhtml#a7ad14d6bc00ea67ddd8c5435c07a8881', 1, 'hip_kernel_utils.h']]], │ │ │ │ │ ['fetchnextevent_42', ['fetchnextevent', ['../classGpuRegionTimerImpl.xhtml#ace9b9965e5b0dec64d5d74af36035a63', 1, 'GpuRegionTimerImpl::fetchNextEvent()'], │ │ │ │ │ @@ -96,89 +96,89 @@ │ │ │ │ │ ['fftbackend_62', ['FftBackend', ['../namespacegmx.xhtml#aad56f475765c1a78ee7f33e143e717bb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['fftdirection_63', ['FftDirection', ['../namespacegmx.xhtml#a3b8adf5cda6c87a7130079f61f4b7e72', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['fftsetup_64', ['fftSetup', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#aad82d2b99a94ed427226076d786a5886', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ │ ['ffwrite_65', ['ffWRITE', ['../group__module__commandline.xhtml#ga7631b25f5be9959c84dd7acc96bc04dd', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ │ ['ffwrmult_66', ['ffWRMULT', ['../group__module__commandline.xhtml#ga0a9ba9e80fcdc4a36537189bf0b2e092', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ │ ['fgets2_67', ['fgets2', ['../cstringutil_8h.xhtml#a1fcfed3fad308bcf16440a6712bf3bb6', 1, 'cstringutil.cpp']]], │ │ │ │ │ ['fgets3_68', ['fgets3', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#ac2c0038d4b482362a1568f5b08767b6b', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ │ - ['file_69', ['file', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154a0b27918290ff5323bea1e3b78a9cf04e', 1, 'gmx::test::File'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1ThrowLocation.xhtml#a8346a1ead40423ed29d2f2786ad80a80', 1, 'gmx::ThrowLocation::file'] │ │ │ │ │ + ['file_69', ['file', ['../structgmx_1_1ThrowLocation.xhtml#a8346a1ead40423ed29d2f2786ad80a80', 1, 'gmx::ThrowLocation::file'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154a0b27918290ff5323bea1e3b78a9cf04e', 1, 'gmx::test::File'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['file_20organization_70', ['File organization', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md58', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['file_5f_71', ['file_', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl_1_1SharedState.xhtml#ac3ef14a847add39489a2807ec25a4706', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl::SharedState']]], │ │ │ │ │ ['file_5fversion_72', ['file_version', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#aa30be23ce197759be9ace7e076d116bf', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ ['filebase_73', ['filebase', ['../structMoleculePatchDatabase.xhtml#ae19967539edd91c420f87eb820136971', 1, 'MoleculePatchDatabase::filebase'], │ │ │ │ │ ['../structPreprocessResidue.xhtml#ae814d77fe9dc87042f21aacc06cadbcf', 1, 'PreprocessResidue::filebase'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['fileexists_74', ['fileexists', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02fileredirector_8cpp_03_1_1DefaultInputRedirector.xhtml#a9f8e883f93e991222d5d6090ea789831', 1, 'gmx::anonymous_namespace{fileredirector.cpp}::DefaultInputRedirector::fileExists()'], │ │ │ │ │ + ['fileexists_74', ['fileexists', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileInputRedirector.xhtml#a0e57297bb9ca78465d3d1fab981edc52', 1, 'gmx::test::TestFileInputRedirector::fileExists()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IFileInputRedirector.xhtml#ada681906817a3597190bc682ebd3dfe0', 1, 'gmx::IFileInputRedirector::fileExists()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileInputRedirector.xhtml#a0e57297bb9ca78465d3d1fab981edc52', 1, 'gmx::test::TestFileInputRedirector::fileExists()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02fileredirector_8cpp_03_1_1DefaultInputRedirector.xhtml#a9f8e883f93e991222d5d6090ea789831', 1, 'gmx::anonymous_namespace{fileredirector.cpp}::DefaultInputRedirector::fileExists()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filegeneration_75', ['fileGeneration', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a84a10ca670608eb96c039d20d61e334b', 1, 'TpxFileHeader']]], │ │ │ │ │ ['fileindex_76', ['fileIndex', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#ab4c81c07ccaef47d2bcf6dcee4b921ac', 1, 'gmx::EnergyTerm']]], │ │ │ │ │ - ['fileioerror_77', ['fileioerror', ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml#a24a714cd22c57b8cb91fa2c5f37fafe9', 1, 'gmx::FileIOError::FileIOError()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml', 1, 'gmx::FileIOError'] │ │ │ │ │ + ['fileioerror_77', ['fileioerror', ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml', 1, 'gmx::FileIOError'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileIOError.xhtml#a24a714cd22c57b8cb91fa2c5f37fafe9', 1, 'gmx::FileIOError::FileIOError()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['fileioxdrserializer_78', ['fileioxdrserializer', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a91b67e0ad48c2cb8908fbd70bfcb61ed', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::FileIOXdrSerializer()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer'] │ │ │ │ │ + ['fileioxdrserializer_78', ['fileioxdrserializer', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a91b67e0ad48c2cb8908fbd70bfcb61ed', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::FileIOXdrSerializer()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fileioxdrserializer_2ecpp_79', ['fileioxdrserializer.cpp', ['../fileioxdrserializer_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filemanager_80', ['fileManager', ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestBase.xhtml#a5899f9f12453f75da2a4af840a1c4b59', 1, 'gmx::test::CommandLineTestBase']]], │ │ │ │ │ - ['filemanager_5f_81', ['filemanager_', ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#a00ccab41b824db52825528838326ae91', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::fileManager_'], │ │ │ │ │ + ['filemanager_5f_81', ['filemanager_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a6739c595dc4466b69220fdf1dfbe3d71', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::fileManager_'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1MdrunTestFixture.xhtml#a2141d1eeae99b891fdd4aabc9de3dccb', 1, 'gmx::test::MdrunTestFixture::fileManager_'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a6739c595dc4466b69220fdf1dfbe3d71', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::fileManager_'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#a00ccab41b824db52825528838326ae91', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::fileManager_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filematcherpointer_82', ['FileMatcherPointer', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a96729fee4a52b37c0ae0784af1e9eaa3', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['filematchers_2ecpp_83', ['filematchers.cpp', ['../filematchers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filematchers_2eh_84', ['filematchers.h', ['../filematchers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filemd5_2ecpp_85', ['filemd5.cpp', ['../filemd5_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filename_86', ['filename', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02extract__cluster_8cpp_03_1_1ManualOutputFile.xhtml#a7277965d1f059e01d997e98b270af2bb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{extract_cluster.cpp}::ManualOutputFile']]], │ │ │ │ │ ['filenamelist_87', ['FileNameList', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager_1_1Impl.xhtml#a00100912857556c2a0467cd7e0591282', 1, 'gmx::test::TestFileManager::Impl']]], │ │ │ │ │ ['filenameoption_88', ['filenameoption', ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml', 1, 'gmx::FileNameOption'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a4057766b5851a4d02b3913f1984b3891', 1, 'gmx::FileNameOption::FileNameOption()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filenameoption_2ecpp_89', ['filenameoption.cpp', ['../tests_2filenameoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../filenameoption_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filenameoption_2eh_90', ['filenameoption.h', ['../filenameoption_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['filenameoptioninfo_91', ['filenameoptioninfo', ['../classgmx_1_1FileNameOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::FileNameOptionInfo'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileNameOptionInfo.xhtml#a90b3bff35cc93cf1efeedb70532f9f87', 1, 'gmx::FileNameOptionInfo::FileNameOptionInfo()'] │ │ │ │ │ + ['filenameoptioninfo_91', ['filenameoptioninfo', ['../classgmx_1_1FileNameOptionInfo.xhtml#a90b3bff35cc93cf1efeedb70532f9f87', 1, 'gmx::FileNameOptionInfo::FileNameOptionInfo()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileNameOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::FileNameOptionInfo'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filenameoptionmanager_92', ['FileNameOptionManager', ['../classgmx_1_1FileNameOptionManager.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['filenameoptionmanager_2ecpp_93', ['filenameoptionmanager.cpp', ['../tests_2filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../filenameoptionmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filenameoptionmanager_2eh_94', ['filenameoptionmanager.h', ['../filenameoptionmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['filenameoptionstorage_95', ['filenameoptionstorage', ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage'], │ │ │ │ │ + ['filenameoptionstorage_95', ['filenameoptionstorage', ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#ae371defde227f55e1b6a4753301bcc5d', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::FileNameOptionStorage()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a6d331375fa7933f89616320d8eca541a', 1, 'gmx::FileNameOption::FileNameOptionStorage'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#ae371defde227f55e1b6a4753301bcc5d', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::FileNameOptionStorage()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['filenameoptionstorage_2eh_96', ['filenameoptionstorage.h', ['../filenameoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['filenames_97', ['filenames', ['../classgmx_1_1LegacyMdrunOptions.xhtml#ad47992ef4d71e8e86457d08c848086d3', 1, 'gmx::LegacyMdrunOptions::filenames'], │ │ │ │ │ - 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['float2_256', ['float2', ['../gputraits__hip_8h.xhtml#ad8b3ba6211e4900cdc2d6c6b7baa0860', 1, 'Float2: gputraits_hip.h'], │ │ │ │ │ + ['float2_256', ['float2', ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a954bc2a65d404fd6187bae6ae5d16a21', 1, 'Float2: gputraits_sycl.h'], │ │ │ │ │ ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#a749587288ae48c14770d6e7e7366b8fa', 1, 'Float2: gputraits_ocl.h'], │ │ │ │ │ - ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a954bc2a65d404fd6187bae6ae5d16a21', 1, 'Float2: gputraits_sycl.h'] │ │ │ │ │ + ['../gputraits__hip_8h.xhtml#ad8b3ba6211e4900cdc2d6c6b7baa0860', 1, 'Float2: gputraits_hip.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['float3_257', ['float3', ['../gputraits__hip_8h.xhtml#aa9eb334cd148a36b4290f59c09ff5287', 1, 'Float3: gputraits_hip.h'], │ │ │ │ │ ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#aa9eb334cd148a36b4290f59c09ff5287', 1, 'Float3: gputraits_ocl.h'], │ │ │ │ │ ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#aa9eb334cd148a36b4290f59c09ff5287', 1, 'Float3: gputraits_sycl.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['float32_258', ['float32', ['../namespacegmx.xhtml#a4355a7e0f393d42cbb5b2a47aefea966ad33ec2b0bbea6d471a4706cea030e1e3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['float4_259', ['float4', ['../gputraits__hip_8h.xhtml#a31763ac230f284d52fc8e0df20fdb4f9', 1, 'Float4: gputraits_hip.h'], │ │ │ │ │ - ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#a5ae56814f37655fa5e77662fad93e937', 1, 'Float4: gputraits_ocl.h'], │ │ │ │ │ - ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a5ada0bb63765b0c24aa9bb24d2961b7b', 1, 'Float4: gputraits_sycl.h'] │ │ │ │ │ + ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a5ada0bb63765b0c24aa9bb24d2961b7b', 1, 'Float4: gputraits_sycl.h'], │ │ │ │ │ + ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#a5ae56814f37655fa5e77662fad93e937', 1, 'Float4: gputraits_ocl.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['floateq_260', ['FloatEq', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4462138316a50981f22521a95a0c0fa8', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['floatfromstring_261', ['floatFromString', ['../group__module__utility.xhtml#gacd75bf727a02cb09d6aeed2d00a791cc', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['floating_20point_20data_262', ['Floating-point data', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md60', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['floating_20point_20values_263', ['Integers corresponding to floating-point values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md61', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['floatingpointdifference_264', ['floatingpointdifference', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#adfd406b0260ff46289e325fdd4300840', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#a2f5a9722f4f06dd046ffe1c5d655c348', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference()'] │ │ │ │ │ + ['floatingpointdifference_264', ['floatingpointdifference', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#a2f5a9722f4f06dd046ffe1c5d655c348', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference(double ref, double value)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointDifference.xhtml#adfd406b0260ff46289e325fdd4300840', 1, 'gmx::test::FloatingPointDifference::FloatingPointDifference(float ref, float value)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['floatingpointtobiasedinteger_265', ['floatingPointToBiasedInteger', ['../group__module__testutils.xhtml#gaba1bbfd312d869f520e140c8970cbe04', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testasserts.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['floatingpointtolerance_266', ['floatingpointtolerance', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointTolerance.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatingPointTolerance'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FloatingPointTolerance.xhtml#aea341924296949e82c2b57cfe5c32839', 1, 'gmx::test::FloatingPointTolerance::FloatingPointTolerance()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['floatoption_267', ['floatoption', ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml', 1, 'gmx::FloatOption'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#aa7ae5a55395c981060274773ebda40b5', 1, 'gmx::FloatOption::FloatOption()'] │ │ │ │ │ @@ -480,55 +480,55 @@ │ │ │ │ │ ['floatoptioninfo_268', ['floatoptioninfo', ['../classgmx_1_1FloatOptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::FloatOptionInfo'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOptionInfo.xhtml#a56d27f92c0cffbd7b148ad626581bc4a', 1, 'gmx::FloatOptionInfo::FloatOptionInfo()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['floatoptionstorage_269', ['floatoptionstorage', ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml', 1, 'gmx::FloatOptionStorage'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a128b881ed6dc5c9144478747527f0f02', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::FloatOptionStorage()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOption.xhtml#a9737ae8c8d40af054a7e8680ebb04856', 1, 'gmx::FloatOption::FloatOptionStorage'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['floattoler_270', ['floattoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a004e5e8bdf0447d1694d70558d49fa32', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::floatToler'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad83dd3751d1e1866fe0f858204d6fc2d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::floatToler'] │ │ │ │ │ + ['floattoler_270', ['floattoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad83dd3751d1e1866fe0f858204d6fc2d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::floatToler'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a004e5e8bdf0447d1694d70558d49fa32', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::floatToler'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['floattypematcher_271', ['floattypematcher', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a349d8c2cfc013ef8e63a9eab29df4c44', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::FloatTypeMatcher()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher< FloatType >'] │ │ │ │ │ + ['floattypematcher_271', ['floattypematcher', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher< FloatType >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a349d8c2cfc013ef8e63a9eab29df4c44', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::FloatTypeMatcher()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['flood_5fblowup_272', ['flood_blowup', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa027c1bd075c6b731318b7e4787b7cb9', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['flooding_273', ['Flooding', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa2d5ea43ccd104c8b0f1f2e7b8cad0c4ac244d080617e096f13d28a4fdf82b8d9', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['flush_274', ['flush', ['../classgmx_1_1H5md.xhtml#abd7f76a350d35c40723a6eca5c1b7757', 1, 'gmx::H5md']]], │ │ │ │ │ ['fluxfromatob_275', ['fluxfromAtoB', ['../structswap__group.xhtml#a7a42dc9ddd2ea5f6b175b13f6f66e366', 1, 'swap_group']]], │ │ │ │ │ ['fluxleak_276', ['fluxleak', ['../structt__swap.xhtml#a32bdda08730e7830c060235c17dd72e2', 1, 't_swap']]], │ │ │ │ │ - ['fma_277', ['fma', ['../group__module__simd.xhtml#ga68d608d0650ac219cb4c0d3034ee855f', 1, 'gmx::fma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ + ['fma_277', ['fma', ['../namespacegmx.xhtml#a183d89182d418bb66a668104978af5bf', 1, 'gmx::fma(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga68d608d0650ac219cb4c0d3034ee855f', 1, 'gmx::fma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaa2db026253ce788e7f136326089e8a77', 1, 'gmx::fma(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga3b86949473ebaef8ccbd4d2852947839', 1, 'gmx::fma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga6969c0baf1592d7a5fec29636a85628f', 1, 'gmx::fma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a183d89182d418bb66a668104978af5bf', 1, 'gmx::fma(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a79e2ba07938cafa28c0988ba52874f46', 1, 'gmx::fma(double a, double b, double c)'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a79e2ba07938cafa28c0988ba52874f46', 1, 'gmx::fma(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga6969c0baf1592d7a5fec29636a85628f', 1, 'gmx::fma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fmax_278', ['fmax', ['../structem__state.xhtml#aab39c5b16c1d58a45a5c973133e5ffc5', 1, 'em_state']]], │ │ │ │ │ ['fms_279', ['fms', ['../group__module__simd.xhtml#gafb3861a4cc7cae530fcf5bf83955da1b', 1, 'gmx::fms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#abcb2c8942d173c6a9964940f90c55b2a', 1, 'gmx::fms(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#afad947f51589a3a9eef2f8364ab62c19', 1, 'gmx::fms(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga075eeabb5171e4f74cdd74e2f97bab5c', 1, 'gmx::fms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga86c14cb73d3484b0a5e01e74640a4ee3', 1, 'gmx::fms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga78a3204bd78e9122ba1998e985d1a5bd', 1, 'gmx::fms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga78a3204bd78e9122ba1998e985d1a5bd', 1, 'gmx::fms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga075eeabb5171e4f74cdd74e2f97bab5c', 1, 'gmx::fms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#afad947f51589a3a9eef2f8364ab62c19', 1, 'gmx::fms(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#abcb2c8942d173c6a9964940f90c55b2a', 1, 'gmx::fms(double a, double b, double c)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fn_280', ['fn', ['../structt__filenm.xhtml#a72019255079f0fc2a11bd80f4341ab60', 1, 't_filenm']]], │ │ │ │ │ ['fnm_5f_281', ['fnm_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a4647ed87898459d84908b057760d5c00', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ │ ['fnma_282', ['fnma', ['../group__module__simd.xhtml#gae9ec59669729860c9efd1b9c70f3911b', 1, 'gmx::fnma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaaf4df87eca51bb2f57ffe0bcb1c9de02', 1, 'gmx::fnma(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ - 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['../namespacegmx.xhtml#aa6e6950597f4833fa93b09a94e7b0e16', 1, 'gmx::fnms(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ad9bd8328d5cbdb7f6a054b877183f277', 1, 'gmx::fnms(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ + ['fnms_283', ['fnms', ['../namespacegmx.xhtml#ad9bd8328d5cbdb7f6a054b877183f277', 1, 'gmx::fnms(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gac7afe2f2f840c1de18cb7c61917ba11c', 1, 'gmx::fnms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gace0a9be42a2c83de88e9de207cd82e80', 1, 'gmx::fnms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'] │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gace0a9be42a2c83de88e9de207cd82e80', 1, 'gmx::fnms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga44d26f7a7b8d6088d41be0b646f71543', 1, 'gmx::fnms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaf8fe2e25414c377f8ed03d5c23f84963', 1, 'gmx::fnms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa6e6950597f4833fa93b09a94e7b0e16', 1, 'gmx::fnms(float a, float b, float c)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fnorm_284', ['fnorm', ['../structem__state.xhtml#a43339ea26f0470b9588c0b8cc1dc105f', 1, 'em_state']]], │ │ │ │ │ ['fnpullx_285', ['fnPullx', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ad5da6a328592ff1ada6dee0fb0f6e65a', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ │ ['foldlastcolumntonextlineindent_5f_286', ['foldLastColumnToNextLineIndent_', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a907f18626541d09143f1ac920fb93c84', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]], │ │ │ │ │ ['foo_287', ['foo', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02stringtoenumvalueconverter_8cpp_03.xhtml#a7893f1175e4db78b5f13f613a9e596fa', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{stringtoenumvalueconverter.cpp}::Foo'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02enumerationhelpers_8cpp_03.xhtml#abc8627bfe739a62d46f22fdc0e0e86d0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{enumerationhelpers.cpp}::Foo'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -538,102 +538,102 @@ │ │ │ │ │ ['for_20online_20help_20onlinehelp_291', ['Help Formatting for Online Help (onlinehelp)', ['../group__module__onlinehelp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20parallelization_20over_20mpi_292', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20simulation_20functionality_293', ['Modules for simulation functionality', ['../group__group__mdrun.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20table_20interpolation_294', ['Classes for table interpolation', ['../group__module__tables.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20trajectory_20analysis_295', ['Framework for trajectory analysis', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ │ ['for_20trajectory_20analysis_20trajectoryanalysis_296', ['Framework for Trajectory Analysis (trajectoryanalysis)', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['for_20writing_20trajectory_20analysis_20tools_297', ['Example code for writing trajectory analysis tools', ['../page_analysistemplate.xhtml', 1, 'page_trajectoryanalysisframework']]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a44357acf0cd6a68b00f2e983e562bfa0', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::forceAndCorrectionEnergy()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldAnalytical_01_4.xhtml#aa60db83ade23a3480f4384659c5fe5db', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical >::forceAndCorrectionEnergy()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldAnalytical_01_4.xhtml#aa60db83ade23a3480f4384659c5fe5db', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical >::forceAndCorrectionEnergy()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a44357acf0cd6a68b00f2e983e562bfa0', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::forceAndCorrectionEnergy()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forceav_302', ['forceAv', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a7fe31ae860a78930c63fd3f1cc5410bf', 1, 't_UmbrellaWindow']]], │ │ │ │ │ ['forcebuffer_303', ['forceBuffer', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a77f61130c736184b12a25f5ed580b38e', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ │ ['forcebufferfordirectvirialcontributions_304', ['forceBufferForDirectVirialContributions', ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a083fa66a7eb616ec2f3e01532bcb868a', 1, 'ForceHelperBuffers']]], │ │ │ │ │ - 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['forcebuffersview_308', ['forcebuffersview', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffersView'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a3590d4fc647af93ab0f6092f85ed7b1f', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(const ArrayRefWithPadding< RVec > &force, const ArrayRefWithPadding< RVec > &forceMtsCombined, const bool useForceMtsCombined)'], │ │ │ │ │ + ['forcebuffersview_308', ['forcebuffersview', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a3590d4fc647af93ab0f6092f85ed7b1f', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(const ArrayRefWithPadding< RVec > &force, const ArrayRefWithPadding< RVec > &forceMtsCombined, const bool useForceMtsCombined)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a75e5dfcac0461da9e1ba0671b99e2e19', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(const ForceBuffersView &o)=delete'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a38b40421ab657108d222878f50f54f99', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(ForceBuffersView &&o)=delete'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a38b40421ab657108d222878f50f54f99', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(ForceBuffersView &&o)=delete'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffersView'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcebufferwithpadding_309', ['forceBufferWithPadding', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a7f7008c15c676d8f80f80e3e0d8bf170', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01true_00_01InteractionModifiers_1_1PotShift_01_4.xhtml#afc8e334301a5dc5758c76ca667eead87', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< true, InteractionModifiers::PotShift >::forceC6C12()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01true_00_01InteractionModifiers_1_1PotShift_01_4.xhtml#afc8e334301a5dc5758c76ca667eead87', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< true, InteractionModifiers::PotShift >::forceC6C12()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01false_00_01InteractionModifiers_1_1PotShift_01_4.xhtml#ad62d1898885d0433bc488d42783e0f9c', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< false, InteractionModifiers::PotShift >::forceC6C12()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forceconstant_5f_311', ['forceConstant_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a9b0d093a5950b44c54d24ce7f0518db4', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ │ ['forcecorrelationgrid_312', ['forceCorrelationGrid', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#ac0027507979084064f22282d59336983', 1, 'gmx::Bias']]], │ │ │ │ │ ['forced_313', ['Forced', ['../namespacegmx.xhtml#a6b0776e8436cb38e80d66f0de7c870d8adc2eb84d1f952ad0e6b58014aabd616a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['forceelement_314', ['forceelement', ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml', 1, 'gmx::ForceElement'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml#a5f70589ab35436446dd9bca932b3d7ab', 1, 'gmx::ForceElement::ForceElement()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forceelement_20tt_20and_20tt_20shellfcelement_20tt_315', ['<tt>ForceElement</tt> and <tt>ShellFCElement</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md25', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forceelement_2ecpp_316', ['forceelement.cpp', ['../forceelement_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forceelement_2eh_317', ['forceelement.h', ['../forceelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['forcegroupmtslevel_318', ['forceGroupMtsLevel', ['../namespacegmx.xhtml#ab8fbde2d7241b5d59575b7e74d55cde8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['forcegroups_319', ['forceGroups', ['../structgmx_1_1MtsLevel.xhtml#ab82f13e89321ad0837c790edab1fac90', 1, 'gmx::MtsLevel']]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1HelpLinks_1_1Impl.xhtml#ae464fc9106482eadbe2f6126719631b5', 1, 'gmx::HelpLinks::Impl::format_'] │ │ │ │ │ + ['../structt__forcetable.xhtml#a198e414c2e2fec929e389d5e47c7a919', 1, 't_forcetable::format_'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['formatandjoin_357', ['formatandjoin', ['../group__module__utility.xhtml#ga8e151e320e4072b2cc254b653077bb68', 1, 'gmx::formatAndJoin(const ContainerType &container, const char *separator, const FormatterType &formatter)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__utility.xhtml#gaa21c247b747e12412da58cb9f6d500ef', 1, 'gmx::formatAndJoin(InputIterator begin, InputIterator end, const char *separator, const FormatterType &formatter)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['formatbugs_358', ['formatBugs', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a8f93f1eafa8598fd1e6c0ddcdeab8336', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl']]], │ │ │ │ │ ['formatcurrenterrorcontext_359', ['formatCurrentErrorContext', ['../namespaceanonymous__namespace_02parsetree_8cpp_03.xhtml#a308da93483b3a0c7607f6bf24b17fd84', 1, 'anonymous_namespace{parsetree.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['formatdescription_360', ['formatDescription', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a1d08fd40c1f2ffd8c2bd159ab24f4526', 1, 'gmx::OptionInfo']]], │ │ │ │ │ ['formatentrypath_361', ['formatEntryPath', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata_8cpp_03.xhtml#a230afe1c375ddd73107a60cb8191ac33', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['formatexceptionmessageinternal_362', ['formatExceptionMessageInternal', ['../group__module__utility.xhtml#ga0daef1df8f52f7496d4dad800f560502', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}']]], │ │ │ │ │ ['formatexceptionmessagetofile_363', ['formatExceptionMessageToFile', ['../group__module__utility.xhtml#gac5e6f6ec944fb2484d6f273c9a0ff495', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['formatexceptionmessagetostring_364', ['formatExceptionMessageToString', ['../group__module__utility.xhtml#gac7703ad35b606758d2d12edc0a3d5217', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['formatexceptionmessagetowriter_365', ['formatExceptionMessageToWriter', ['../group__module__utility.xhtml#gaacf6bfb81220e44ed1bf73f0a44d9926', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['formatextradescription_366', ['formatextradescription', ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#a4f8945f1cf5470c09761a8414cbfa963', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::formatExtraDescription()'], │ │ │ │ │ - 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['fromstring_498', ['fromstring', ['../group__module__utility.xhtml#gabcacd9e636f3ab99601eb09400636d63', 1, 'gmx::fromString(const char *str)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__utility.xhtml#ga2369817c8fa86a26ae8b19e718112eef', 1, 'gmx::fromString(const std::string &str)'] │ │ │ │ │ + ['fromstring_498', ['fromstring', ['../group__module__utility.xhtml#ga2369817c8fa86a26ae8b19e718112eef', 1, 'gmx::fromString(const std::string &str)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__utility.xhtml#gabcacd9e636f3ab99601eb09400636d63', 1, 'gmx::fromString(const char *str)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fromstring_3c_20bool_20_3e_499', ['fromString< bool >', ['../group__module__utility.xhtml#ga7e7b1ee3138d30c68c064a7c0c550b4e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['fromstring_3c_20double_20_3e_500', ['fromString< double >', ['../group__module__utility.xhtml#ga634bae9f6215c786e8ac11fc3bd3e112', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['fromstring_3c_20float_20_3e_501', ['fromString< float >', ['../group__module__utility.xhtml#gab7fc4630057b1c3c1e8460583c55833d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['fromstring_3c_20int_20_3e_502', ['fromString< int >', ['../group__module__utility.xhtml#gafd80f7c52bd5a58574a9262618a47657', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['fromstring_3c_20int64_5ft_20_3e_503', ['fromString< int64_t >', ['../group__module__utility.xhtml#gadb2b61c2360b3c7209b653e67f300738', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['front_504', ['front', ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a484fe75bd7eb0fef58a29a2592387175', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::front()'], │ │ │ │ │ + ['front_504', ['front', ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a9048553f11dd0f4812a6fc2d3d657468', 1, 'gmx::ArrayRef::front()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a7c4ead9435fec89ff4d63739d5487f4c', 1, 'gmx::ListOfLists::front()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a9048553f11dd0f4812a6fc2d3d657468', 1, 'gmx::ArrayRef::front()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a97af9c4bc16af33f2862726f2a13ecde', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::front() const noexcept'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a59ac380179e68ec70c50c12af1df2795', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::front() noexcept'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a59ac380179e68ec70c50c12af1df2795', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::front() noexcept'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a484fe75bd7eb0fef58a29a2592387175', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::front()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fsh_505', ['fsh', ['../structPmeShared.xhtml#aa2d0920872687acc371ce2fb41795ebe', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ │ - 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['../structgmx_1_1NBStagingData.xhtml#a37f0c92d1e5001f6665c00a1d6779414', 1, 'gmx::NBStagingData::fShift'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1NBAtomDataGpu.xhtml#a070a3073ba8c1e0a7d6f1820ff5ca425', 1, 'gmx::NBAtomDataGpu::fShift'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#a8bb1b4a18bb2ce1bea30c746b5ee0ccc', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::OutputQuantities::fshift'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml#aba750d8f96b18d8ca845b40f49d610b2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::OutputQuantities::fShift'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fstride_507', ['fstride', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a1775e8c97d5893edc91b7077e6e5de92', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ │ ['fswitch_508', ['FSwitch', ['../namespacegmx.xhtml#af59447472dd31d8f7c7c14843837b6d6a1856c2e8e54a83f9fbec0b0d50f30747', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['ftime_509', ['ftime', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#abce4b45a81f169febd5e78203e898f46', 1, 'CheckpointHeaderContents']]], │ │ │ │ │ ['ftoler_510', ['ftoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#a054274d0e58032bb38e137333e9f97dd', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput']]], │ │ │ │ │ ['ftp_511', ['ftp', ['../structt__filenm.xhtml#acf045291fceda287a4e9fe4758812195', 1, 't_filenm']]], │ │ │ │ │ ['ftp2bset_512', ['ftp2bset', ['../group__module__commandline.xhtml#ga5565e3a4b910cf54ee4312511235a5dd', 1, 'ftp2bSet(int ftp, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'], │ │ │ │ │ @@ -955,65 +955,65 @@ │ │ │ │ │ ['ftp2fns_516', ['ftp2fns', ['../group__module__commandline.xhtml#ga59579cb605335276a9822c2c0b920749', 1, 'ftp2fns(int ftp, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'], │ │ │ │ │ ['../group__module__commandline.xhtml#ga59579cb605335276a9822c2c0b920749', 1, 'ftp2fns(int ftp, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ftp2path_5foptional_517', ['ftp2path_optional', ['../group__module__commandline.xhtml#ga0618d9d43df93348aa3e4f9abb91f193', 1, 'ftp2path_optional(int ftp, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'], │ │ │ │ │ ['../group__module__commandline.xhtml#ga0618d9d43df93348aa3e4f9abb91f193', 1, 'ftp2path_optional(int ftp, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ftype_518', ['ftype', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1iListInput.xhtml#a44c3bec4aa1b89b11a7833b799fde1b9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::iListInput::ftype'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a874310b6741303068fae0ac72ed223e6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::fType'], │ │ │ │ │ + ['../structilist__data__t.xhtml#a3c67f762f33fad313846542f9845124b', 1, 'ilist_data_t::ftype'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#afba0d93b9684ea1a2b2effa885d3dde6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::fType'], │ │ │ │ │ - ['../structilist__data__t.xhtml#a3c67f762f33fad313846542f9845124b', 1, 'ilist_data_t::ftype'] │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a874310b6741303068fae0ac72ed223e6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::fType'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ftype_5f_519', ['ftype_', ['../structVsiteBondParameter.xhtml#acb7fe56af5a69cd596fed4af09777026', 1, 'VsiteBondParameter']]], │ │ │ │ │ ['ftype_5fis_5fbonded_5fpotential_520', ['ftype_is_bonded_potential', ['../src_2gromacs_2listed__forces_2utilities_8h.xhtml#a02435a07d79c82f6d260d8a2dcc82b90', 1, 'utilities.h']]], │ │ │ │ │ - ['ftypehasperturbedentries_521', ['ftypehasperturbedentries', ['../manage__threading_8cpp.xhtml#a79ac1dc2a314e469dda66faddb4c07a6', 1, 'ftypeHasPerturbedEntries(): manage_threading.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a59d3481a010b082f799dc57c26e5f42c', 1, 'gmx::fTypeHasPerturbedEntries()'] │ │ │ │ │ + ['ftypehasperturbedentries_521', ['ftypehasperturbedentries', ['../namespacegmx.xhtml#a59d3481a010b082f799dc57c26e5f42c', 1, 'gmx::fTypeHasPerturbedEntries()'], │ │ │ │ │ + ['../manage__threading_8cpp.xhtml#a79ac1dc2a314e469dda66faddb4c07a6', 1, 'ftypeHasPerturbedEntries(const InteractionDefinitions &idef, int ftype): manage_threading.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ftypeislistedpotential_522', ['ftypeIsListedPotential', ['../src_2gromacs_2listed__forces_2utilities_8h.xhtml#aba08e75fc4e249fb9ee806cf08781ff5', 1, 'utilities.h']]], │ │ │ │ │ ['ftypesongpu_523', ['fTypesOnGpu', ['../namespacegmx.xhtml#a6d6c381e98563c4dc8432171f4437ac9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['fudgeqq_524', ['fudgeQQ', ['../structgmx__ffparams__t.xhtml#aad03f8442f30116654a9b6e7c8b155f5', 1, 'gmx_ffparams_t']]], │ │ │ │ │ ['fujitsu_525', ['Fujitsu', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a053f42c6bae3432cae270ea978f7e638', 1, 'gmx::CpuInfo']]], │ │ │ │ │ ['fujitsu_5fhpcace_526', ['Fujitsu_HpcAce', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#ac8981fb299411577dccba90b335a9085a069e00567050f3e5b804844ed7155bdd', 1, 'gmx::CpuInfo']]], │ │ │ │ │ ['full_527', ['full', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8abbd47109890259c0127154db1af26c75', 1, 'gmx::HardwareTopology::Full'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7abbd47109890259c0127154db1af26c75', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::Full'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fullbinarypath_528', ['fullbinarypath', ['../group__module__commandline.xhtml#ga55aefc8ef38a184088dbc6ac8e61980e', 1, 'gmx::CommandLineProgramContext::fullBinaryPath()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#a28a8ec2f5bb48b89821241989de50e82', 1, 'gmx::IProgramContext::fullBinaryPath()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#a38a4c58d5c082f02f896799f79df7386', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::fullBinaryPath()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a76bc9c3c711248bb999089853172bfe4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::fullBinaryPath()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#a38a4c58d5c082f02f896799f79df7386', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::fullBinaryPath()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#a28a8ec2f5bb48b89821241989de50e82', 1, 'gmx::IProgramContext::fullBinaryPath()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fullcleanup_529', ['fullCleanUp', ['../structMoleculeInformation.xhtml#ab52405266323064234f3d71965069de9', 1, 'MoleculeInformation']]], │ │ │ │ │ ['fullfilename_5f_530', ['fullFilename_', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a857526bb6ff8e1a71fdaab8961208e0d', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl']]], │ │ │ │ │ ['fullfilepath_531', ['fullFilepath', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02extract__cluster_8cpp_03_1_1ManualOutputFile.xhtml#a288a341336e557b00e0e70576d7cff6e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{extract_cluster.cpp}::ManualOutputFile']]], │ │ │ │ │ ['fullnameoftest_532', ['fullnameoftest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmesplinespreadtest_8cpp_03.xhtml#aaad713b130120b1825fa97733c20ea8c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmesplinespreadtest.cpp}::fullNameOfTest()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmesolvetest_8cpp_03.xhtml#ac8f29c7c469e4a3e9cfeb5dfbc8dc87e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmesolvetest.cpp}::fullNameOfTest()'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03.xhtml#a75bbdaeee4388df8e07e904804b1a014', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::fullNameOfTest()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fullrange_533', ['fullRange', ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a2f0494995bd1d8a9f16a798d926eee13', 1, 'gmx::RangePartitioning']]], │ │ │ │ │ ['fullwithdevices_534', ['FullWithDevices', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8a1f7e618d8d85d1bac95daf820ac3d499', 1, 'gmx::HardwareTopology']]], │ │ │ │ │ - ['func_535', ['func', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#a5f0dbf39e8a425b603c5c188a646bdc1', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device::func'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02enumerationhelpers_8cpp_03.xhtml#a19a06b515ed135d177307a3c68d6e679', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{enumerationhelpers.cpp}::func()'], │ │ │ │ │ + ['func_535', ['func', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02enumerationhelpers_8cpp_03.xhtml#a19a06b515ed135d177307a3c68d6e679', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{enumerationhelpers.cpp}::func()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#a5f0dbf39e8a425b603c5c188a646bdc1', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device::func'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1ThrowLocation.xhtml#ae3016b790d2af3836d97857e1e0f9770', 1, 'gmx::ThrowLocation::func'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['function_536', ['function', ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#a6496cdef770acdcd7067a5cdf5c758ec', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::function'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NumericalSplineTableInput.xhtml#a65052cb21901a2b6fb8b18d1c71a1a64', 1, 'gmx::NumericalSplineTableInput::function'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['function_20naming_537', ['Function naming', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md68', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['functionality_538', ['functionality', ['../group__module__mdrunutility.xhtml', 1, 'Implementation of mdrun utility functionality'], │ │ │ │ │ ['../group__group__mdrun.xhtml', 1, 'Modules for simulation functionality'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['functions_539', ['functions', ['../group__module__correlationfunctions.xhtml', 1, 'Correlation functions'], │ │ │ │ │ ['../page_wrapperbinary.xhtml#section_wrapperbinary_cmain', 1, 'Handling C main() functions'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['functions_2ecpp_540', ['functions.cpp', ['../tests_2functions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../functions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['functions_2ecpp_540', ['functions.cpp', ['../functions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2functions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['functions_2eh_541', ['functions.h', ['../functions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['functiontype_542', ['functiontype', ['../classVsiteAtomMapping.xhtml#a1bea71c3ab68845ebbcf848e175998f4', 1, 'VsiteAtomMapping::functionType()'], │ │ │ │ │ - ['../structInteractionListHandle.xhtml#a586e639df551ca3ae2f279b0a8c3ba92', 1, 'InteractionListHandle::functionType'] │ │ │ │ │ + ['functiontype_542', ['functiontype', ['../structInteractionListHandle.xhtml#a586e639df551ca3ae2f279b0a8c3ba92', 1, 'InteractionListHandle::functionType'], │ │ │ │ │ + ['../classVsiteAtomMapping.xhtml#a1bea71c3ab68845ebbcf848e175998f4', 1, 'VsiteAtomMapping::functionType()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['functionvalue_5f_543', ['functionValue_', ['../structgmx_1_1OptimisationResult.xhtml#a87ff2e094633e12ed133e06783ec467b', 1, 'gmx::OptimisationResult']]], │ │ │ │ │ ['functor_5fwrapper_544', ['functor_wrapper', ['../structgmx_1_1functor__wrapper.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['functype_545', ['functype', ['../structgmx__ffparams__t.xhtml#a5e4d369677d9cd5c748122db2d650032', 1, 'gmx_ffparams_t::functype'], │ │ │ │ │ ['../classInteractionDefinitions.xhtml#a4a41cd37d983534f3f24665aa4aa86ed', 1, 'InteractionDefinitions::functype'], │ │ │ │ │ ['../structt__idef.xhtml#a7fc0916a55c3efac672c91946972cbbc', 1, 't_idef::functype'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_a.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -1270,16 +1270,16 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gmx_5fis_5fx86_5f32_910', ['GMX_IS_X86_32', ['../architecture_8h.xhtml#a965bb789642e63d96bbba0c303109a68', 1, 'architecture.h']]], │ │ │ │ │ ['gmx_5fis_5fx86_5f64_911', ['GMX_IS_X86_64', ['../architecture_8h.xhtml#a5049871d3b2298b99b58e3663ee8cd49', 1, 'architecture.h']]], │ │ │ │ │ ['gmx_5fkernel_5ftiming_5fdata_5ft_912', ['gmx_kernel_timing_data_t', ['../structgmx__kernel__timing__data__t.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gmx_5flapack_2eh_913', ['gmx_lapack.h', ['../gmx__lapack_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gmx_5flmcurve_2ecpp_914', ['gmx_lmcurve.cpp', ['../gmx__lmcurve_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gmx_5flmcurve_2eh_915', ['gmx_lmcurve.h', ['../gmx__lmcurve_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['gmx_5flocaltop_5ft_916', ['gmx_localtop_t', ['../structgmx__localtop__t.xhtml', 1, 'gmx_localtop_t'], │ │ │ │ │ - ['../structgmx__localtop__t.xhtml#a2f121c6b35f3d2084cfe4ec5bf591d50', 1, 'gmx_localtop_t::gmx_localtop_t()'] │ │ │ │ │ + ['gmx_5flocaltop_5ft_916', ['gmx_localtop_t', ['../structgmx__localtop__t.xhtml#a2f121c6b35f3d2084cfe4ec5bf591d50', 1, 'gmx_localtop_t::gmx_localtop_t()'], │ │ │ │ │ + ['../structgmx__localtop__t.xhtml', 1, 'gmx_localtop_t'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gmx_5flog_917', ['GMX_LOG', ['../group__module__utility.xhtml#gae729bb685d65e62bab6be8c4fe02ae87', 1, 'logger.h']]], │ │ │ │ │ ['gmx_5fmaketables_5f14only_918', ['GMX_MAKETABLES_14ONLY', ['../forcetable_8h.xhtml#a262e67f146de0f1c633369c5a83e0143', 1, 'forcetable.h']]], │ │ │ │ │ ['gmx_5fmaketables_5fforceuser_919', ['GMX_MAKETABLES_FORCEUSER', ['../forcetable_8h.xhtml#ace31315b29cf61f66321946e6ac7a140', 1, 'forcetable.h']]], │ │ │ │ │ ['gmx_5fmany_5ffft_5fdestroy_920', ['gmx_many_fft_destroy', ['../fft_8h.xhtml#a77912d06d42876247642873eb98a523d', 1, 'fft.cpp']]], │ │ │ │ │ ['gmx_5fmdrun_921', ['gmx_mdrun', ['../namespacegmx.xhtml#ac0404a0a89f646b81b966ace5810944d', 1, 'gmx::gmx_mdrun(MPI_Comm communicator, const gmx_hw_info_t &hwinfo, int argc, char *argv[])'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a4a29b533acb47eb890641baab3fc0468', 1, 'gmx::gmx_mdrun(int argc, char *argv[])'] │ │ │ │ │ @@ -1289,16 +1289,16 @@ │ │ │ │ │ ['gmx_5fmoltype_5ft_924', ['gmx_moltype_t', ['../structgmx__moltype__t.xhtml', 1, 'gmx_moltype_t'], │ │ │ │ │ ['../structgmx__moltype__t.xhtml#a49862bbe7823fc1fc73c37a0f3619fef', 1, 'gmx_moltype_t::gmx_moltype_t()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gmx_5fmpi_5finitialized_925', ['gmx_mpi_initialized', ['../basenetwork_8h.xhtml#a0be63511ea9391dd2049b56d43a9e6a1', 1, 'basenetwork.cpp']]], │ │ │ │ │ ['gmx_5fmpi_5freal_926', ['GMX_MPI_REAL', ['../real_8h.xhtml#ae18e2415b9611d106ac74cc16db021db', 1, 'real.h']]], │ │ │ │ │ ['gmx_5fmpi_5ftest_927', ['GMX_MPI_TEST', ['../group__module__testutils.xhtml#gafbc53c38b8ac829c402d849bfcc33bd5', 1, 'mpitest.h']]], │ │ │ │ │ ['gmx_5fmpi_5ftest_5finner_928', ['GMX_MPI_TEST_INNER', ['../mpitest_8h.xhtml#ab9cff9e4704809e3294c7d541bb97629', 1, 'mpitest.h']]], │ │ │ │ │ - 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['gmx_5fpme_5freinit_5fatoms_954', ['gmx_pme_reinit_atoms', ['../pme_8h.xhtml#a05afbf020b612d12ae1007b79a737edb', 1, 'gmx_pme_reinit_atoms(gmx_pme_t *pme, int numAtoms, gmx::ArrayRef< const real > chargesA, gmx::ArrayRef< const real > chargesB): pme.cpp'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml#a1502bc293ce8fb854adf4648a1d2d4c7', 1, 'gmx_pme_reinit_atoms(gmx_pme_t *pme, const int numAtoms, gmx::ArrayRef< const real > chargesA, gmx::ArrayRef< const real > chargesB): pme.cpp'] │ │ │ │ │ + ['gmx_5fpme_5freinit_5fatoms_954', ['gmx_pme_reinit_atoms', ['../pme_8cpp.xhtml#a1502bc293ce8fb854adf4648a1d2d4c7', 1, 'gmx_pme_reinit_atoms(gmx_pme_t *pme, const int numAtoms, gmx::ArrayRef< const real > chargesA, gmx::ArrayRef< const real > chargesB): pme.cpp'], │ │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a05afbf020b612d12ae1007b79a737edb', 1, 'gmx_pme_reinit_atoms(gmx_pme_t *pme, int numAtoms, gmx::ArrayRef< const real > chargesA, gmx::ArrayRef< const real > chargesB): pme.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gmx_5fpme_5fsend_5fcoeffs_5fcoords_955', ['gmx_pme_send_coeffs_coords', ['../pme__pp_8cpp.xhtml#a810bd87c033d0b7544a243693e1b53d2', 1, 'pme_pp.cpp']]], │ │ │ │ │ ['gmx_5fpme_5fsend_5fcoeffs_5fcoords_5fwait_956', ['gmx_pme_send_coeffs_coords_wait', ['../pme__pp_8cpp.xhtml#a8b23b61fb70dc499495370bccce186fe', 1, 'pme_pp.cpp']]], │ │ │ │ │ ['gmx_5fpme_5fsend_5fcoordinates_957', ['gmx_pme_send_coordinates', ['../pme__pp_8cpp.xhtml#ab646bb77e2d8189a87259663e98a3aac', 1, 'gmx_pme_send_coordinates(t_forcerec *fr, const t_commrec *cr, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, real lambda_q, real lambda_lj, bool computeEnergyAndVirial, int64_t step, bool useGpuPmePpComms, bool receiveCoordinateAddressFromPme, bool sendCoordinatesFromGpu, bool receiveForcesToGpu, GpuEventSynchronizer *coordinatesReadyOnDeviceEvent, bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_pp.cpp'], │ │ │ │ │ ['../pme__pp_8h.xhtml#a56a70e5ba4d08896460c86b77914dfb3', 1, 'gmx_pme_send_coordinates(t_forcerec *fr, const t_commrec *cr, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, real lambda_q, real lambda_lj, bool computeEnergyAndVirial, int64_t step, bool useGpuPmePpComms, bool reinitGpuPmePpComms, bool sendCoordinatesFromGpu, bool receiveForcesToGpu, GpuEventSynchronizer *coordinatesReadyOnDeviceEvent, bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_pp.cpp'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gmx_5fpme_5fsend_5ffinish_958', ['gmx_pme_send_finish', ['../pme__pp_8cpp.xhtml#a4daff17a719886efa0309286a8278bcc', 1, 'gmx_pme_send_finish(const t_commrec *cr): pme_pp.cpp'], │ │ │ │ │ @@ -1541,16 +1541,16 @@ │ │ │ │ │ ['gpp_5fatomtype_2eh_1116', ['gpp_atomtype.h', ['../gpp__atomtype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpp_5fbond_5fatomtype_2ecpp_1117', ['gpp_bond_atomtype.cpp', ['../tests_2gpp__bond__atomtype_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpp_5fbond_5fatomtype_2eh_1118', ['gpp_bond_atomtype.h', ['../gpp__bond__atomtype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpu_1119', ['gpu', ['../namespacegmx.xhtml#a3f42ed0b9f4da1face257003c06bfddba3432ca64f06615abf07ab44c10cada38', 1, 'gmx::Gpu'], │ │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791a52f9ec21735243ad9917cda3ca077d32', 1, 'GPU: pme.h'], │ │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a12502ff6638f23aeff85ad081f6a0a1ca52f9ec21735243ad9917cda3ca077d32', 1, 'gmx::test::GPU'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - 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['gpu_5fget_5ftimings_1157', ['gpu_get_timings', ['../namespacegmx.xhtml#ab7a59287bd253fd4feccbc55b49dd6c7', 1, 'gmx::gpu_get_timings(NbnxmGpu gmx_unused *nb)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#adc6c6fd8f6ed6f95bf9137379d020b76', 1, 'gmx::gpu_get_timings(NbnxmGpu *nb)'] │ │ │ │ │ + ['gpu_5fget_5ftimings_1157', ['gpu_get_timings', ['../namespacegmx.xhtml#adc6c6fd8f6ed6f95bf9137379d020b76', 1, 'gmx::gpu_get_timings(NbnxmGpu *nb)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ab7a59287bd253fd4feccbc55b49dd6c7', 1, 'gmx::gpu_get_timings(NbnxmGpu gmx_unused *nb)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gpu_5finit_1158', ['gpu_init', ['../namespacegmx.xhtml#ab372371672d176090085a7d51bfa0fe8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5finit_5fatomdata_1159', ['gpu_init_atomdata', ['../namespacegmx.xhtml#aed87fa557eeacefe44d14a79f92a13e5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['gpu_5finit_5fpairlist_1160', ['gpu_init_pairlist', ['../namespacegmx.xhtml#acd25525982179407dd080639bb19f06d', 1, 'gmx::gpu_init_pairlist(NbnxmGpu gmx_unused *nb, const struct NbnxnPairlistGpu gmx_unused *h_nblist, InteractionLocality gmx_unused iloc)'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a76b7889defa44d4b0e3c97d5ce6a4988', 1, 'gmx::gpu_init_pairlist(NbnxmGpu *nb, const NbnxnPairlistGpu *h_plist, const InteractionLocality iloc)'] │ │ │ │ │ + ['gpu_5finit_5fpairlist_1160', ['gpu_init_pairlist', ['../namespacegmx.xhtml#a76b7889defa44d4b0e3c97d5ce6a4988', 1, 'gmx::gpu_init_pairlist(NbnxmGpu *nb, const NbnxnPairlistGpu *h_plist, const InteractionLocality iloc)'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#acd25525982179407dd080639bb19f06d', 1, 'gmx::gpu_init_pairlist(NbnxmGpu gmx_unused *nb, const struct NbnxnPairlistGpu gmx_unused *h_nblist, InteractionLocality gmx_unused iloc)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['gpu_5finit_5fplatform_5fspecific_1161', ['gpu_init_platform_specific', ['../namespacegmx.xhtml#a103fd146a3d324aaa3f78d11d51d312d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5fis_5fkernel_5fewald_5fanalytical_1162', ['gpu_is_kernel_ewald_analytical', ['../namespacegmx.xhtml#a366c2a577ce32bcf2ebe44221c22c9a7', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5fjit_5fsupport_2eh_1163', ['gpu_jit_support.h', ['../gpu__jit__support_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['gpu_5fkernel_5futils_2eh_1164', ['gpu_kernel_utils.h', ['../gpu__kernel__utils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1HistogramSize.xhtml#a114eca6ee210c4f957fb5f1850b4ae3f', 1, 'gmx::HistogramSize::histogramSize() const'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HistogramSize.xhtml#ac1c0ea80231544919c124024db5b2203', 1, 'gmx::HistogramSize::HistogramSize(const AwhBiasParams &awhBiasParams, double histogramSizeInitial)'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HistogramSize.xhtml#a114eca6ee210c4f957fb5f1850b4ae3f', 1, 'gmx::HistogramSize::histogramSize()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['histogramsize_2ecpp_226', ['histogramsize.cpp', ['../histogramsize_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['histogramsize_2eh_227', ['histogramsize.h', ['../histogramsize_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['history_5ft_228', ['history_t', ['../classhistory__t.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['hostallocationpolicy_229', ['hostallocationpolicy', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#ae21acc5cb9c70ea92fce07cb0d6e2947', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy::HostAllocationPolicy()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['hostallocator_230', ['HostAllocator', ['../namespacegmx.xhtml#aae347fd6abaab2e4d8278bf17973b664', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['hostallocator_2ecpp_231', ['hostallocator.cpp', ['../tests_2hostallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../hostallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['hostallocator_2ecpp_231', ['hostallocator.cpp', ['../hostallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2hostallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['hostallocator_2eh_232', ['hostallocator.h', ['../hostallocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['hostallocatortest_233', ['HostAllocatorTest', ['../structgmx_1_1test_1_1HostAllocatorTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['hostallocatortestcopyable_234', ['HostAllocatorTestCopyable', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#af4467ed419f6f86b5167681787e399a2', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['hostallocatortestnomem_235', ['HostAllocatorTestNoMem', ['../structgmx_1_1test_1_1HostAllocatorTestNoMem.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['hostallocatortestnomemcopyable_236', ['HostAllocatorTestNoMemCopyable', ['../structgmx_1_1test_1_1HostAllocatorTestNoMemCopyable.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ │ ['hostinteractionlist_237', ['HostInteractionList', ['../structgmx_1_1HostInteractionList.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_f.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -323,36 +323,36 @@ │ │ │ │ │ ['loadu_229', ['loadU', ['../namespacegmx.xhtml#a6109fa6f9e2a3ab52d681c1d65999049', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['loadu1dualhsimd_230', ['loadu1dualhsimd', ['../group__module__simd.xhtml#ga037b15ee8ff585453423ae4c8e061d7c', 1, 'gmx::loadU1DualHsimd(const double *m)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gab2f2cb5527d6f6dcdefbec1592207da5', 1, 'gmx::loadU1DualHsimd(const float *m)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['loadu4noffset_231', ['loadu4noffset', ['../group__module__simd.xhtml#gab1a44fb0caec534f45b42611ca598b3a', 1, 'gmx::loadU4NOffset(const double *m, int offset)'], │ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga5d2166ee15a19367373fdbe5ca180dc4', 1, 'gmx::loadU4NOffset(const float *m, int offset)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['loadunduplicate4_232', ['loadunduplicate4', ['../group__module__simd.xhtml#ga2c940b444e69a8b8ace1f4edb676712b', 1, 'gmx::loadUNDuplicate4(const float *m)'], │ │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga48240220eea9e0812731ec802ffec596', 1, 'gmx::loadUNDuplicate4(const double *m)'] │ │ │ │ │ + ['loadunduplicate4_232', ['loadunduplicate4', ['../group__module__simd.xhtml#ga48240220eea9e0812731ec802ffec596', 1, 'gmx::loadUNDuplicate4(const double *m)'], │ │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga2c940b444e69a8b8ace1f4edb676712b', 1, 'gmx::loadUNDuplicate4(const float *m)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['local_233', ['local', ['../structAtomIndexSet.xhtml#afff60fdcd71337e0d1741f135dd914d9', 1, 'AtomIndexSet::local'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521a509820290d57f333403f490dde7316f4', 1, 'gmx::Local'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548a509820290d57f333403f490dde7316f4', 1, 'gmx::Local'] │ │ │ │ │ + ['local_233', ['local', ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521a509820290d57f333403f490dde7316f4', 1, 'gmx::Local'], │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548a509820290d57f333403f490dde7316f4', 1, 'gmx::Local'], │ │ │ │ │ + ['../structAtomIndexSet.xhtml#afff60fdcd71337e0d1741f135dd914d9', 1, 'AtomIndexSet::local'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['localatomordermatchesnbnxmorder_234', ['localatomordermatchesnbnxmorder', ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#a9836c0e4b9182d580e946598f18f3c7f', 1, 'gmx::GridSet::localAtomOrderMatchesNbnxmOrder()'], │ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a83d8dac6f717c789f5810ef21cb0c176', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::localAtomOrderMatchesNbnxmOrder()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['localatomset_235', ['localatomset', ['../classgmx_1_1LocalAtomSet.xhtml', 1, 'gmx::LocalAtomSet'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#a188c5386f2eb694db6cedf88359fa41d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup::localAtomSet()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['localatomset_2ecpp_236', ['localatomset.cpp', ['../localatomset_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['localatomset_2eh_237', ['localatomset.h', ['../localatomset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['localatomsetdata_2ecpp_238', ['localatomsetdata.cpp', ['../localatomsetdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['localatomsetdata_2eh_239', ['localatomsetdata.h', ['../localatomsetdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['localatomsetmanager_240', ['localatomsetmanager', ['../classgmx_1_1LocalAtomSetManager.xhtml', 1, 'gmx::LocalAtomSetManager'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a34afd04735705f6200b8ae831dd1d458', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::localAtomSetManager()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['localatomsetmanager_2ecpp_241', ['localatomsetmanager.cpp', ['../localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['localatomsetmanager_2ecpp_241', ['localatomsetmanager.cpp', ['../tests_2localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['localatomsetmanager_2eh_242', ['localatomsetmanager.h', ['../localatomsetmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['localcomplexgridsize_243', ['localComplexGridSize', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml#aa89412c89b24d489e7b1e2a7429372ee', 1, 'PmeGpuGridParams']]], │ │ │ │ │ ['localcomplexgridsizepadded_244', ['localComplexGridSizePadded', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml#a94db264056f3f813dd3c2400f2a01583', 1, 'PmeGpuGridParams']]], │ │ │ │ │ ['localforceptr_245', ['localForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#a694fd2c44f7e429a3115a9269a64d5f7', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]], │ │ │ │ │ ['localindex_246', ['localIndex', ['../classgmx_1_1LocalAtomSet.xhtml#a1a9f534d6e92a54e0e818d058d81f68d', 1, 'gmx::LocalAtomSet']]], │ │ │ │ │ ['locality_2eh_247', ['locality.h', ['../locality_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_0.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -5,35 +5,35 @@ │ │ │ │ │ ['abstractoption_2eh_3', ['abstractoption.h', ['../abstractoption_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractoptionstorage_2ecpp_4', ['abstractoptionstorage.cpp', ['../abstractoptionstorage_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractoptionstorage_2eh_5', ['abstractoptionstorage.h', ['../abstractoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractsection_2ecpp_6', ['abstractsection.cpp', ['../abstractsection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['abstractsection_2eh_7', ['abstractsection.h', ['../abstractsection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['accessor_5fpolicy_2ecpp_8', ['accessor_policy.cpp', ['../accessor__policy_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['accessor_5fpolicy_2eh_9', ['accessor_policy.h', ['../accessor__policy_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_2eh_11', ['alignedallocator.h', ['../alignedallocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['alignedallocator_5fimpl_2eh_12', ['alignedallocator_impl.h', ['../alignedallocator__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['allocator_2eh_13', ['allocator.h', ['../allocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['analysisdata_2ecpp_14', ['analysisdata.cpp', ['../analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['analysisdata_2ecpp_14', ['analysisdata.cpp', ['../tests_2analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['analysisdata_2eh_15', ['analysisdata.h', ['../analysisdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['analysismodule_2ecpp_16', ['analysismodule.cpp', ['../analysismodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['analysismodule_2eh_17', ['analysismodule.h', ['../api_2legacy_2include_2gromacs_2trajectoryanalysis_2analysismodule_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../src_2gromacs_2energyanalysis_2analysismodule_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['analysissettings_2ecpp_18', ['analysissettings.cpp', ['../analysissettings_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['analysissettings_2eh_19', ['analysissettings.h', ['../analysissettings_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['analysissettings_5fimpl_2eh_20', ['analysissettings_impl.h', ['../analysissettings__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['andersentemperaturecoupling_2ecpp_21', ['andersentemperaturecoupling.cpp', ['../andersentemperaturecoupling_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['andersentemperaturecoupling_2eh_22', ['andersentemperaturecoupling.h', ['../andersentemperaturecoupling_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['angle_2ecpp_23', ['angle.cpp', ['../tests_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../modules_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['angle_2ecpp_23', ['angle.cpp', ['../modules_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['angle_2eh_24', ['angle.h', ['../angle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['any_2ecpp_25', ['any.cpp', ['../any_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['any_2eh_26', ['any.h', ['../any_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['architecture_2eh_27', ['architecture.h', ['../architecture_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['arraydata_2ecpp_28', ['arraydata.cpp', ['../tests_2arraydata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../arraydata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_1.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -40,16 +40,16 @@ │ │ │ │ │ ['booltype_2eh_32', ['booltype.h', ['../booltype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['bootstrap_5floadstore_2ecpp_33', ['bootstrap_loadstore.cpp', ['../bootstrap__loadstore_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boundingbox_2eh_34', ['boundingbox.h', ['../boundingbox_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boundingbox_5fsimd_2eh_35', ['boundingbox_simd.h', ['../boundingbox__simd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boundingboxdistance_2eh_36', ['boundingboxdistance.h', ['../boundingboxdistance_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['box_2ecpp_37', ['box.cpp', ['../box_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['box_2eh_38', ['box.h', ['../box_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['boxdeformation_2ecpp_39', ['boxdeformation.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2boxdeformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../gromacs_2mdlib_2boxdeformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['boxdeformation_2ecpp_39', ['boxdeformation.cpp', ['../gromacs_2mdlib_2boxdeformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../programs_2mdrun_2tests_2boxdeformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['boxdeformation_2eh_40', ['boxdeformation.h', ['../boxdeformation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boxmatrix_2ecpp_41', ['boxmatrix.cpp', ['../boxmatrix_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boxmatrix_2eh_42', ['boxmatrix.h', ['../boxmatrix_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['boxutilities_2ecpp_43', ['boxutilities.cpp', ['../boxutilities_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['broadcaststructs_2eh_44', ['broadcaststructs.h', ['../broadcaststructs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['builder_2ecpp_45', ['builder.cpp', ['../builder_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_10.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -15,33 +15,33 @@ │ │ │ │ │ ['refdata_5fcheckers_2eh_11', ['refdata_checkers.h', ['../refdata__checkers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['refdata_5fimpl_2eh_12', ['refdata_impl.h', ['../refdata__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['refdata_5ftests_2ecpp_13', ['refdata_tests.cpp', ['../refdata__tests_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['refdata_5fxml_2ecpp_14', ['refdata_xml.cpp', ['../refdata__xml_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['refdata_5fxml_2eh_15', ['refdata_xml.h', ['../refdata__xml_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['referencetemperaturemanager_2ecpp_16', ['referencetemperaturemanager.cpp', ['../referencetemperaturemanager_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['referencetemperaturemanager_2eh_17', ['referencetemperaturemanager.h', ['../referencetemperaturemanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['requirements_2ecpp_28', ['requirements.cpp', ['../requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['requirements_2ecpp_28', ['requirements.cpp', ['../tests_2requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['requirements_2eh_29', ['requirements.h', ['../tests_2requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['requirements_2eh_29', ['requirements.h', ['../requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['rerun_2ecpp_30', ['rerun.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2rerun_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../gromacs_2mdrun_2rerun_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['resall_2eh_31', ['resall.h', ['../resall_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['resethandler_2ecpp_32', ['resethandler.cpp', ['../resethandler_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['resethandler_2eh_33', ['resethandler.h', ['../resethandler_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_11.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -1,10 +1,10 @@ │ │ │ │ │ var searchData = [ │ │ │ │ │ - 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['setatoms_2ecpp_47', ['setatoms.cpp', ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['setatoms_2ecpp_47', ['setatoms.cpp', ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['setatoms_2eh_48', ['setatoms.h', ['../setatoms_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setbothtime_2ecpp_49', ['setbothtime.cpp', ['../setbothtime_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setbox_2eh_50', ['setbox.h', ['../setbox_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setenv_2eh_51', ['setenv.h', ['../setenv_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setforces_2ecpp_52', ['setforces.cpp', ['../setforces_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['setforces_2eh_53', ['setforces.h', ['../setforces_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -92,16 +92,16 @@ │ │ │ │ │ ['setvelocities_2eh_72', ['setvelocities.h', ['../setvelocities_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shake_2ecpp_73', ['shake.cpp', ['../shake_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shake_2eh_74', ['shake.h', ['../shake_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shellcompletions_2ecpp_75', ['shellcompletions.cpp', ['../shellcompletions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['shellcompletions_2eh_76', ['shellcompletions.h', ['../shellcompletions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['signallers_2ecpp_77', ['signallers.cpp', ['../signallers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['signallers_2eh_78', ['signallers.h', ['../signallers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['simulationsignal_2ecpp_97', ['simulationsignal.cpp', ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['simulationsignal_2ecpp_97', ['simulationsignal.cpp', ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simulationsignal_2eh_98', ['simulationsignal.h', ['../simulationsignal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulator_2ecpp_99', ['simulator.cpp', ['../simulator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatoralgorithm_2ecpp_100', ['simulatoralgorithm.cpp', ['../simulatoralgorithm_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatoralgorithm_2eh_101', ['simulatoralgorithm.h', ['../simulatoralgorithm_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatorbuilder_2ecpp_102', ['simulatorbuilder.cpp', ['../simulatorbuilder_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simulatorcomparison_2ecpp_103', ['simulatorcomparison.cpp', ['../simulatorcomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_12.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -49,16 +49,16 @@ │ │ │ │ │ ['thermochemistry_2eh_43', ['thermochemistry.h', ['../thermochemistry_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['threadaffinity_2eh_44', ['threadaffinity.h', ['../threadaffinity_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['threaded_5fforce_5fbuffer_2ecpp_45', ['threaded_force_buffer.cpp', ['../threaded__force__buffer_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['threaded_5fforce_5fbuffer_2eh_46', ['threaded_force_buffer.h', ['../threaded__force__buffer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['threefry_2ecpp_47', ['threefry.cpp', ['../threefry_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['threefry_2eh_48', ['threefry.h', ['../threefry_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['timecontrol_2ecpp_49', ['timecontrol.cpp', ['../tests_2timecontrol_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['utility_2eh_21', ['utility.h', ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../domdec_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['utility_2eh_21', ['utility.h', ['../domdec_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]] │ │ │ │ │ ]; │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_2.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -69,16 +69,16 @@ │ │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2ecpp_49', ['colvarsMDModule.cpp', ['../colvarsMDModule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2eh_50', ['colvarsMDModule.h', ['../colvarsMDModule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_5fstub_2ecpp_51', ['colvarsMDModule_stub.cpp', ['../colvarsMDModule__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarsoptions_2ecpp_52', ['colvarsoptions.cpp', ['../tests_2colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarsoptions_2eh_53', ['colvarsoptions.h', ['../colvarsoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['colvarspreprocessor_2ecpp_54', ['colvarspreprocessor.cpp', ['../tests_2colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['colvarspreprocessor_2ecpp_54', ['colvarspreprocessor.cpp', ['../colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2eh_55', ['colvarspreprocessor.h', ['../colvarspreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2ecpp_56', ['colvarssimulationsparameters.cpp', ['../colvarssimulationsparameters_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2eh_57', ['colvarssimulationsparameters.h', ['../colvarssimulationsparameters_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['com_2ecpp_58', ['com.cpp', ['../com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ @@ -95,41 +95,41 @@ │ │ │ │ │ ['computeglobalselement_2eh_69', ['computeglobalselement.h', ['../computeglobalselement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['computemultibodycutoffs_2ecpp_70', ['computemultibodycutoffs.cpp', ['../computemultibodycutoffs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['computemultibodycutoffs_2eh_71', ['computemultibodycutoffs.h', ['../computemultibodycutoffs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['confio_2ecpp_72', ['confio.cpp', ['../tests_2confio_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['conftest_2ecpp_73', ['conftest.cpp', ['../conftest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['conftest_2eh_74', ['conftest.h', ['../conftest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['constantacceleration_2ecpp_75', ['constantacceleration.cpp', ['../constantacceleration_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - 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['manyautocorrelation_2ecpp_8', ['manyautocorrelation.cpp', ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['manyautocorrelation_2ecpp_8', ['manyautocorrelation.cpp', ['../manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2manyautocorrelation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['manyautocorrelation_2eh_9', ['manyautocorrelation.h', ['../manyautocorrelation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['matio_2ecpp_10', ['matio.cpp', ['../tests_2matio_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['matrix_2ecpp_11', ['matrix.cpp', ['../math_2tests_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../math_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['matrix_2eh_12', ['matrix.h', ['../math_2include_2gromacs_2math_2matrix_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -36,16 +36,16 @@ │ │ │ │ │ ['mdspan_2eh_30', ['mdspan.h', ['../mdspan_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mempool_2ecpp_31', ['mempool.cpp', ['../mempool_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mempool_2eh_32', ['mempool.h', ['../mempool_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['message_5fstring_5fcollector_2ecpp_33', ['message_string_collector.cpp', ['../tests_2message__string__collector_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../message__string__collector_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['message_5fstring_5fcollector_2eh_34', ['message_string_collector.h', ['../message__string__collector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['mimic_2ecpp_35', ['mimic.cpp', ['../gromacs_2mdrun_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../programs_2mdrun_2tests_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mimic_2ecpp_35', ['mimic.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../gromacs_2mdrun_2mimic_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['minimize_2ecpp_36', ['minimize.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../gromacs_2mdrun_2minimize_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['misc_2ecpp_37', ['misc.cpp', ['../misc_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mock_5fdatamodule_2ecpp_38', ['mock_datamodule.cpp', ['../mock__datamodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mock_5fdatamodule_2eh_39', ['mock_datamodule.h', ['../mock__datamodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -53,40 +53,40 @@ │ │ │ │ │ ['mock_5fhelptopic_2eh_41', ['mock_helptopic.h', ['../mock__helptopic_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mockhardwaretopology_2ecpp_42', ['mockhardwaretopology.cpp', ['../mockhardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modularsimulator_2ecpp_43', ['modularsimulator.cpp', ['../modularsimulator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modularsimulator_2eh_44', ['modularsimulator.h', ['../modularsimulator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modularsimulatorinterfaces_2eh_45', ['modularsimulatorinterfaces.h', ['../modularsimulatorinterfaces_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modules_2ecpp_46', ['modules.cpp', ['../modules_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['modules_2eh_47', ['modules.h', ['../modules_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['moduletest_2ecpp_48', ['moduletest.cpp', ['../gromacs_2trajectoryanalysis_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['moduletest_2ecpp_48', ['moduletest.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../gromacs_2trajectoryanalysis_2tests_2moduletest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['moduletest_2eh_49', ['moduletest.h', ['../gromacs_2trajectoryanalysis_2tests_2moduletest_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2moduletest_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mp11_2eh_50', ['mp11.h', ['../mp11_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mpi_5fprinter_2eh_51', ['mpi_printer.h', ['../mpi__printer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['mpitest_2ecpp_52', ['mpitest.cpp', ['../mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mpitest_2ecpp_52', ['mpitest.cpp', ['../tests_2mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../mpitest_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mpitest_2eh_53', ['mpitest.h', ['../mpitest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['mrcdensitymap_2ecpp_54', ['mrcdensitymap.cpp', ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['mrcdensitymap_2ecpp_54', ['mrcdensitymap.cpp', ['../tests_2mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../mrcdensitymap_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymap_2eh_55', ['mrcdensitymap.h', ['../mrcdensitymap_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2ecpp_56', ['mrcdensitymapheader.cpp', ['../tests_2mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2eh_57', ['mrcdensitymapheader.h', ['../mrcdensitymapheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mrcserializer_2ecpp_58', ['mrcserializer.cpp', ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['mrcserializer_2eh_59', ['mrcserializer.h', ['../mrcserializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['msd_2ecpp_60', ['msd.cpp', ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['msd_2ecpp_60', ['msd.cpp', ['../tests_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['msd_2eh_61', ['msd.h', ['../msd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mshift_2ecpp_62', ['mshift.cpp', ['../tests_2mshift_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mtop_2ecpp_63', ['mtop.cpp', ['../mtop_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mtop_5fatomloops_2eh_64', ['mtop_atomloops.h', ['../mtop__atomloops_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mtop_5flookup_2eh_65', ['mtop_lookup.h', ['../mtop__lookup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['mttk_2ecpp_66', ['mttk.cpp', ['../mttk_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_c.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -59,16 +59,16 @@ │ │ │ │ │ ['nbsearch_2eh_55', ['nbsearch.h', ['../nbsearch_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['neldermead_2ecpp_56', ['neldermead.cpp', ['../neldermead_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2neldermead_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['neldermead_2eh_57', ['neldermead.h', ['../neldermead_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['niceheader_2ecpp_58', ['niceheader.cpp', ['../niceheader_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['niceheader_2eh_59', ['niceheader.h', ['../niceheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['nnpot_2ecpp_60', ['nnpot.cpp', ['../tests_2nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['nnpot_2ecpp_60', ['nnpot.cpp', ['../nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nnpot_2eh_61', ['nnpot.h', ['../nnpot_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_2ecpp_62', ['nnpotforceprovider.cpp', ['../tests_2nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_2eh_63', ['nnpotforceprovider.h', ['../nnpotforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_5fstub_2ecpp_64', ['nnpotforceprovider_stub.cpp', ['../nnpotforceprovider__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -78,16 +78,16 @@ │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nnpotoptions_2eh_67', ['nnpotoptions.h', ['../nnpotoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_2ecpp_68', ['nnpottopologypreprocessor.cpp', ['../tests_2nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_2eh_69', ['nnpottopologypreprocessor.h', ['../nnpottopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nodelete_2eh_70', ['nodelete.h', ['../nodelete_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['nonbonded_5fbench_2ecpp_71', ['nonbonded_bench.cpp', ['../tests_2nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['nonbonded_5fbench_2ecpp_71', ['nonbonded_bench.cpp', ['../nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['nonbonded_5fbench_2eh_72', ['nonbonded_bench.h', ['../nonbonded__bench_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['normaldistribution_2ecpp_73', ['normaldistribution.cpp', ['../normaldistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['normaldistribution_2eh_74', ['normaldistribution.h', ['../normaldistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['normalmodes_2ecpp_75', ['normalmodes.cpp', ['../normalmodes_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nosehooverchains_2ecpp_76', ['nosehooverchains.cpp', ['../nosehooverchains_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['nosehooverchains_2eh_77', ['nosehooverchains.h', ['../nosehooverchains_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_e.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -1,12 +1,12 @@ │ │ │ │ │ var searchData = [ │ │ │ │ │ ['paddedvector_2ecpp_0', ['paddedvector.cpp', ['../paddedvector_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['paddedvector_2eh_1', ['paddedvector.h', ['../paddedvector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pairdist_2ecpp_2', ['pairdist.cpp', ['../modules_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pairdist_2ecpp_2', ['pairdist.cpp', ['../tests_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../modules_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pairdist_2eh_3', ['pairdist.h', ['../pairdist_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_2ecpp_4', ['pairlist.cpp', ['../tests_2pairlist_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_5fimask_2eh_5', ['pairlist_imask.h', ['../pairlist__imask_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_5fsimd_5fkernel_2ecpp_6', ['pairlist_simd_kernel.cpp', ['../pairlist__simd__kernel_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_5fsimd_5fkernel_2eh_7', ['pairlist_simd_kernel.h', ['../pairlist__simd__kernel_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pairlist_5ftuning_2ecpp_8', ['pairlist_tuning.cpp', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -31,27 +31,27 @@ │ │ │ │ │ ['parrinellorahmanbarostat_2ecpp_25', ['parrinellorahmanbarostat.cpp', ['../parrinellorahmanbarostat_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parrinellorahmanbarostat_2eh_26', ['parrinellorahmanbarostat.h', ['../parrinellorahmanbarostat_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parser_5finternal_2eh_27', ['parser_internal.h', ['../parser__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parsetree_2ecpp_28', ['parsetree.cpp', ['../parsetree_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['parsetree_2eh_29', ['parsetree.h', ['../parsetree_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['partition_2ecpp_30', ['partition.cpp', ['../partition_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['partition_2eh_31', ['partition.h', ['../partition_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['path_2ecpp_32', ['path.cpp', ['../path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['path_2ecpp_32', ['path.cpp', ['../tests_2path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['path_2eh_33', ['path.h', ['../path_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pbc_2ecpp_34', ['pbc.cpp', ['../tests_2pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_2eh_35', ['pbc_aiuc.h', ['../pbc__aiuc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_5fsycl_2eh_36', ['pbc_aiuc_sycl.h', ['../pbc__aiuc__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pbc_5fsimd_2ecpp_37', ['pbc_simd.cpp', ['../pbc__simd_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pbc_5fsimd_2eh_38', ['pbc_simd.h', ['../pbc__simd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pbcenums_2ecpp_39', ['pbcenums.cpp', ['../tests_2pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pbcenums_2ecpp_39', ['pbcenums.cpp', ['../pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pbcenums_2eh_40', ['pbcenums.h', ['../pbcenums_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pdb2gmx_2ecpp_41', ['pdb2gmx.cpp', ['../tests_2pdb2gmx_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_2ecpp_42', ['periodicactions.cpp', ['../periodicactions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_2eh_43', ['periodicactions.h', ['../periodicactions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_5fbasic_2ecpp_44', ['periodicactions_basic.cpp', ['../periodicactions__basic_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['periodicactions_5fconstraints_2ecpp_45', ['periodicactions_constraints.cpp', ['../periodicactions__constraints_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -74,16 +74,16 @@ │ │ │ │ │ ['plumedoptions_2eh_60', ['plumedOptions.h', ['../plumedOptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['plumedtestutils_2ecpp_61', ['plumedTestUtils.cpp', ['../plumedTestUtils_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['plumedtestutils_2eh_62', ['plumedTestUtils.h', ['../plumedTestUtils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmalloc_2ecpp_63', ['pmalloc.cpp', ['../pmalloc_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmalloc_2eh_64', ['pmalloc.h', ['../pmalloc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmalloc_5fhip_2ecpp_65', ['pmalloc_hip.cpp', ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pmalloc_5fsycl_2ecpp_66', ['pmalloc_sycl.cpp', ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['pme_2ecpp_67', ['pme.cpp', ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['pme_2ecpp_67', ['pme.cpp', ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['pme_2eh_68', ['pme.h', ['../pme_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_2eh_69', ['pme_coordinate_receiver_gpu.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2ecpp_70', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.cpp', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2eh_71', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_5fgpu_2ecpp_72', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl_gpu.cpp', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['pme_5fforce_5fsender_5fgpu_2eh_73', ['pme_force_sender_gpu.h', ['../pme__force__sender__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ @@ -153,16 +153,16 @@ │ │ │ │ │ ['polynomials_2eh_137', ['polynomials.h', ['../polynomials_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['poscalc_2ecpp_138', ['poscalc.cpp', ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['poscalc_2eh_139', ['poscalc.h', ['../poscalc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2ecpp_140', ['position.cpp', ['../position_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['position_2eh_141', ['position.h', ['../position_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['position_5frestraints_2ecpp_142', ['position_restraints.cpp', ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['position_5frestraints_2ecpp_142', ['position_restraints.cpp', ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['position_5frestraints_2eh_143', ['position_restraints.h', ['../position__restraints_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['printtime_2eh_144', ['printtime.h', ['../printtime_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['programcontext_2ecpp_145', ['programcontext.cpp', ['../programcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['programcontext_2eh_146', ['programcontext.h', ['../programcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['propagator_2ecpp_147', ['propagator.cpp', ['../propagator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['propagator_2eh_148', ['propagator.h', ['../propagator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_f.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -1,14 +1,14 @@ │ │ │ │ │ var searchData = [ │ │ │ │ │ ['qmmm_2ecpp_0', ['qmmm.cpp', ['../tests_2qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmm_2eh_1', ['qmmm.h', ['../qmmm_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['qmmmforceprovider_2ecpp_2', ['qmmmforceprovider.cpp', ['../tests_2qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['qmmmforceprovider_2ecpp_2', ['qmmmforceprovider.cpp', ['../qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../tests_2qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_2eh_3', ['qmmmforceprovider.h', ['../qmmmforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_5fstub_2ecpp_4', ['qmmmforceprovider_stub.cpp', ['../qmmmforceprovider__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_2ecpp_5', ['qmmminputgenerator.cpp', ['../qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_2eh_6', ['qmmminputgenerator.h', ['../qmmminputgenerator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/todo.xhtml │ │ │ │ @@ -477,15 +477,15 @@ │ │ │ │

Eventually t_trxframe should be replaced by a class such as this. Currently we need to introduce BoxMatrix so that we can have a normal C++ getter that returns the contents of a box matrix, since you cannot use a real[DIM][DIM] as a function return type.

│ │ │ │

Consider a std::optional work-alike type for expressing that a field may or may not have content.

│ │ │ │
│ │ │ │
Struct gmx_hw_opt_t
│ │ │ │
During mdrunner(), if the user has left any of these values at their defaults (which tends to mean "choose automatically"), then those values are over-written with the result of such automation. This creates problems for the subsequent code in knowing what was done, why, and reporting correctly to the user. Find a way to improve this.
│ │ │ │
Struct gmx_multisim_t
│ │ │ │
Change this to class
│ │ │ │ -
Member gmx_pme_init (const t_commrec *cr, const NumPmeDomains &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, PmeGpu *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const gmx::MDLogger &mdlog, std::shared_ptr< PmeGridsStorage > pmeGridsStoragePtr)
│ │ │ │ +
Member gmx_pme_init (const t_commrec *cr, const NumPmeDomains &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, PmeGpu *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const gmx::MDLogger &mdlog, std::shared_ptr< PmeGridsStorage > pmeGridsStoragePtr)
│ │ │ │
We should evolve something like a GpuManager that holds DeviceInformation* and PmeGpuProgram* and perhaps other related things whose lifetime can/should exceed that of a task (or perhaps task manager). See Issue #2522.
│ │ │ │
Member GMX_UNUSED_VALUE (value)
│ │ │ │
Deprecated - use gmx_unused
│ │ │ │
File grompp.cpp
│ │ │ │
Refactor SimulationRunner to split off SimulationPreparer, so that integration tests of grompp can stand apart from tests of mdrun.
│ │ │ │
File haloexchange_mpi.cpp
│ │ │ │
Add 3D case
│ │ │ │ @@ -565,15 +565,15 @@ │ │ │ │
Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – PmeGpuSettings -> PmeGpuTasks
│ │ │ │
File pme_gpu_staging.h
│ │ │ │
Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – bringing the function names up to guidelines – PmeGpuSettings -> PmeGpuTasks – refining GPU notation application (#2053) – renaming coefficients to charges (?)
│ │ │ │
Member pme_gpu_task_enabled (const gmx_pme_t *pme)
│ │ │ │
This is a rather static data that should be managed by the hardware assignment manager. For now, it is synonymous with the active PME codepath (in the absence of dynamic switching).
│ │ │ │
File pme_gpu_types_host.h
│ │ │ │
Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – bringing the function names up to guidelines – PmeGpuSettings -> PmeGpuTasks – refining GPU notation application (#2053) – renaming coefficients to charges (?)
│ │ │ │ -
Member pme_run_mode (const gmx_pme_t *pme)
│ │ │ │ +
Member pme_run_mode (const gmx_pme_t *pme)
│ │ │ │
This is a rather static data that should be managed by the higher level task scheduler.
│ │ │ │
Member PmeGpu::kernelParams
│ │ │ │
Test whether this should be copied to the constant GPU memory once for each computation (or even less often with no box updates) instead of being an argument.
│ │ │ │
Struct PmeGpuProgramImpl
│ │ │ │
In future if we would need to react to either user input or auto-tuning to compile different kernels, then we might wish to revisit the number of kernels we pre-compile, and/or the management of their lifetime.
│ │ │ │
Member PmeRunMode
│ │ │ │
: make this enum class with gmx_pme_t C++ refactoring
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_15.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -595,22 +595,22 @@ │ │ │ │ │ ['simd_20intrinsics_20interface_20simd_392', ['SIMD intrinsics interface (simd)', ['../group__module__simd.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_20math_20library_393', ['The SIMD math library', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md70', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_20module_394', ['Design of the GROMACS SIMD module', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_20preprocessor_20macros_395', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_2eh_396', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4_20implementation_397', ['SIMD4 implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md64', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4bool_398', ['Simd4Bool', ['../namespacegmx.xhtml#acb6a84be080be397c2c09cda9f315037', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['simd4dbool_399', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'] │ │ │ │ │ + ['simd4dbool_399', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['simd4double_400', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'] │ │ │ │ │ + ['simd4double_400', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['simd4fbool_401', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'] │ │ │ │ │ + ['simd4fbool_401', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4float_402', ['simd4float', ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml#a4d61d22b9955c0f6fa78804562704cbe', 1, 'gmx::Simd4Float::Simd4Float()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Float'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simd4n_20implementation_403', ['SIMD4N implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md65', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd4real_404', ['Simd4Real', ['../namespacegmx.xhtml#a37686b0c2ec48a361d6c4473c1fdb70c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simd4setzerod_405', ['simd4SetZeroD', ['../group__module__simd.xhtml#gac88aa19e4c856c2333bf814c3521c488', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ @@ -618,16 +618,16 @@ │ │ │ │ │ ['simd_5fmath_2eh_407', ['simd_math.h', ['../simd__math_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2eh_408', ['simd_memory.h', ['../simd__memory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fsupport_2eh_409', ['simd_support.h', ['../simd__support_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['simd_5fwidth_410', ['simd_width', ['../namespacegmx.xhtml#ad2defc5df98b53733b2d299c76788b05', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simdbitmask_411', ['SimdBitMask', ['../namespacegmx.xhtml#afb42c13ecb6e9bac5d3b89e89143257f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simdbool_412', ['SimdBool', ['../namespacegmx.xhtml#a307172d59a1a7c9ed87bc2cb4df83efa', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['simdcheck_413', ['simdCheck', ['../namespacegmx.xhtml#a3dfaae36144016a6b9ef7524dfbbb815', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['simddbool_414', ['simddbool', ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDBool'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml#ad4d8f87a8e48ad39d6600c271dc37a02', 1, 'gmx::SimdDBool::SimdDBool()'] │ │ │ │ │ + ['simddbool_414', ['simddbool', ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml#ad4d8f87a8e48ad39d6600c271dc37a02', 1, 'gmx::SimdDBool::SimdDBool()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDBool'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simddibool_415', ['simddibool', ['../classgmx_1_1SimdDIBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDIBool'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdDIBool.xhtml#a9b76cf7d82509f3f7adeac5d7f1b1477', 1, 'gmx::SimdDIBool::SimdDIBool()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['simddint32_416', ['simddint32', ['../classgmx_1_1SimdDInt32.xhtml', 1, 'gmx::SimdDInt32'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdDInt32.xhtml#a4107f8bf681a5cfe0abd34bffd5d952b', 1, 'gmx::SimdDInt32::SimdDInt32()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_17.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -22,30 +22,30 @@ │ │ │ │ │ ['uniquedeviceid_14', ['uniqueDeviceId', ['../device__management_8h.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'device_management_common.cpp']]], │ │ │ │ │ ['unit_15', ['unit', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#aef5ad0000c2fbbc74c57f0b5e0ddb409', 1, 'gmx::EnergyTerm']]], │ │ │ │ │ ['unitcelliscompact_16', ['UnitCellIsCompact', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ad4d785ddf0c77e7b697efd2b5ec376e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcellisrectangular_17', ['UnitCellIsRectangular', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a8e7bda81ce54b8cf90c3b856c83e7d9f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcellistriclinic_18', ['UnitCellIsTriclinic', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a99285c8187fb87e756f127435045dc3f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltype_19', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltypenames_20', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['unitvector_21', ['unitvector', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector(const VectorType &v)'] │ │ │ │ │ + ['unitvector_21', ['unitvector', ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unity_22', ['Unity', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099fa82dd98f1d663acc318e6a8ec4ab69b7a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unknown_23', ['unknown', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::CpuInfo::Unknown'], │ │ │ │ │ - ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'] │ │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'], │ │ │ │ │ + ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unpackrecvbufkernel_24', ['unpackRecvBufKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a704128fa72f8ce7dcf08d0063a166036', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedarrayref_25', ['unpaddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ad5b878ca7749f5b8f52e006269fbfc2f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedconstarrayref_26', ['unpaddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a2c3f73497c6bc71264ae1af84b6522ae', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unset_27', ['Unset', ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cac9f88e098f6fe4e4e112eeb05ccb9671', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ │ ['unsignedchartostring_28', ['unsignedCharToString', ['../group__module__utility.xhtml#ga78b462191d8dbe81225e12d64cdd55a3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['update_29', ['update', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afcb4065ad13efba2d3aa9b5225125e6f', 1, 'gmx::Update::Update()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Update.xhtml', 1, 'gmx::Update'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a6bc44212f005dbc7a03acf9a76b1074d', 1, 'gmx::IRestraintPotential::update()'] │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a6bc44212f005dbc7a03acf9a76b1074d', 1, 'gmx::IRestraintPotential::update()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Update.xhtml', 1, 'gmx::Update'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_2eh_30', ['update_constrain_gpu.h', ['../update__constrain__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['update_5fcoords_31', ['update_coords', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#a07bb5e84363cbcb95a10bc97647526e9', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ ['update_5fdisres_5fhistory_32', ['update_disres_history', ['../disre_8h.xhtml#a80a6326aadca6d0b6f6f4753e63648e7', 1, 'disre.cpp']]], │ │ │ │ │ ['update_5ffor_5fconstraint_5fvirial_33', ['update_for_constraint_virial', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#acbd679269aa6945d6922c029770e8a84', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ ['update_5fsd_5fsecond_5fhalf_34', ['update_sd_second_half', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#ab0206e61c30553bd8aa268891c466509', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ ['update_5ftemperature_5fconstants_35', ['update_temperature_constants', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afa5d8919006df7093a2224fbc2f9fd4c', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ │ @@ -65,16 +65,16 @@ │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UpdateGroups.xhtml', 1, 'gmx::UpdateGroups'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['updategroups_2eh_48', ['updategroups.h', ['../updategroups_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['updategroupscog_49', ['updategroupscog', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#af4073554edea0cc98542003e47f7dccd', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog::UpdateGroupsCog()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['updategroupscog_2eh_50', ['updategroupscog.h', ['../updategroupscog_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['updatehistory_51', ['updatehistory', ['../structt__oriresdata.xhtml#a7806904b5f7dcb25d5dec4555be7b5ac', 1, 't_oriresdata::updateHistory()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#ad138cec7cc1fefd7c1787d5f94279494', 1, 'gmx::Awh::updateHistory()'] │ │ │ │ │ + ['updatehistory_51', ['updatehistory', ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#ad138cec7cc1fefd7c1787d5f94279494', 1, 'gmx::Awh::updateHistory()'], │ │ │ │ │ + ['../structt__oriresdata.xhtml#a7806904b5f7dcb25d5dec4555be7b5ac', 1, 't_oriresdata::updateHistory()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['updatepositions_52', ['updatePositions', ['../namespacegmx.xhtml#a5d079b5d5fedb7c55a119e1342cb7fd8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['updateprevsteppullcom_53', ['updatePrevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#a95ef443e2830253d2aef461a2f811c4e', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ │ ['updatevelocities_54', ['updateVelocities', ['../namespacegmx.xhtml#a2b97181f1d88633664f339242db99d74', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['updatewithdatapoint_55', ['updateWithDataPoint', ['../classgmx_1_1ExponentialMovingAverage.xhtml#a5293fc09bb63cc379eed9ca1fa20c760', 1, 'gmx::ExponentialMovingAverage']]], │ │ │ │ │ ['uppercorner_56', ['upperCorner', ['../structgmx_1_1GridDimensions.xhtml#acd92331d1b9d316fe200653256a9c88c', 1, 'gmx::GridDimensions']]], │ │ │ │ │ ['upstring_57', ['upstring', ['../cstringutil_8h.xhtml#a74173c7afe5600452edf4956ae58bbe8', 1, 'cstringutil.cpp']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_8.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -34,16 +34,16 @@ │ │ │ │ │ ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, 'FEPStateValue< T >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['fepstatevalue_3c_20nameholder_20_3e_23', ['FEPStateValue< NameHolder >', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['fepstatevalue_3c_20real_20_3e_24', ['FEPStateValue< real >', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['fepstatevalue_3c_20unsigned_20short_20_3e_25', ['FEPStateValue< unsigned short >', ['../structFEPStateValue.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['fetchcoulombforcer_26', ['fetchCoulombForceR', ['../namespacegmx.xhtml#af4358df7df7ec8c2d2ad3014049c9ff0', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['fetchfromparamlookuptable_27', ['fetchFromParamLookupTable', ['../hip__kernel__utils_8h.xhtml#a7ad14d6bc00ea67ddd8c5435c07a8881', 1, 'hip_kernel_utils.h']]], │ │ │ │ │ - ['fetchnextevent_28', ['fetchnextevent', ['../classGpuRegionTimerWrapper.xhtml#ae595ce381d09845166643647caf6b539', 1, 'GpuRegionTimerWrapper::fetchNextEvent()'], │ │ │ │ │ - ['../classGpuRegionTimerImpl.xhtml#ace9b9965e5b0dec64d5d74af36035a63', 1, 'GpuRegionTimerImpl::fetchNextEvent()'] │ │ │ │ │ + ['fetchnextevent_28', ['fetchnextevent', ['../classGpuRegionTimerImpl.xhtml#ace9b9965e5b0dec64d5d74af36035a63', 1, 'GpuRegionTimerImpl::fetchNextEvent()'], │ │ │ │ │ + ['../classGpuRegionTimerWrapper.xhtml#ae595ce381d09845166643647caf6b539', 1, 'GpuRegionTimerWrapper::fetchNextEvent()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['ffallow_5fmissing_29', ['ffALLOW_MISSING', ['../group__module__commandline.xhtml#gaae8f2f42809cc00c087b4359507abb81', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ │ ['fflib_30', ['ffLIB', ['../group__module__commandline.xhtml#gabcfe164407bc1fff8164f4779f0fe3ce', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ │ ['ffliboptrd_31', ['ffLIBOPTRD', ['../group__module__commandline.xhtml#gaa168a891bb48ca53f62f04697add97f4', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ │ ['fflibrd_32', ['ffLIBRD', ['../group__module__commandline.xhtml#ga70443d67e488b39409b37d98b9d2f8b8', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ │ ['ffmult_33', ['ffMULT', ['../group__module__commandline.xhtml#ga50cb2de9aec8429fb44074a1bfdb19b2', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ │ ['ffopt_34', ['ffOPT', ['../group__module__commandline.xhtml#ga070f4190c2bc4a6af08333851ddf42ac', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ │ @@ -348,19 +348,19 @@ │ │ │ │ │ ['../classForceHelperBuffers.xhtml', 1, 'ForceHelperBuffers'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcemtscombined_201', ['forcemtscombined', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a166f7af032d4e40035ffec7b665ed572', 1, 'gmx::ForceBuffersView::forceMtsCombined() const'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a6c291c3c289aecea56104b7e79325558', 1, 'gmx::ForceBuffersView::forceMtsCombined()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forcemtscombinedwithpadding_202', ['forceMtsCombinedWithPadding', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a297d8a01836b387a5ab1be510aed44fa', 1, 'gmx::ForceBuffersView']]], │ │ │ │ │ ['forceoutput_2eh_203', ['forceoutput.h', ['../forceoutput_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['forceoutputs_204', ['forceoutputs', ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml#abd589c42af0e81e787dd76f03d020187', 1, 'gmx::ForceOutputs::ForceOutputs()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml', 1, 'gmx::ForceOutputs'] │ │ │ │ │ + ['forceoutputs_204', ['forceoutputs', ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml', 1, 'gmx::ForceOutputs'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceOutputs.xhtml#abd589c42af0e81e787dd76f03d020187', 1, 'gmx::ForceOutputs::ForceOutputs()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ - ['forceparam_205', ['forceparam', ['../classInteractionOfType.xhtml#a9377381fa12dd22697c3e1b256cd8cf3', 1, 'InteractionOfType::forceParam() const'], │ │ │ │ │ - ['../classInteractionOfType.xhtml#a6baea034eb73978879f0a9d1fe80d938', 1, 'InteractionOfType::forceParam()'] │ │ │ │ │ + ['forceparam_205', ['forceparam', ['../classInteractionOfType.xhtml#a6baea034eb73978879f0a9d1fe80d938', 1, 'InteractionOfType::forceParam()'], │ │ │ │ │ + ['../classInteractionOfType.xhtml#a9377381fa12dd22697c3e1b256cd8cf3', 1, 'InteractionOfType::forceParam() const'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forceproviderinput_206', ['forceproviderinput', ['../classgmx_1_1ForceProviderInput.xhtml#a2f7907d0aae391014935b848ac4f3561', 1, 'gmx::ForceProviderInput::ForceProviderInput()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceProviderInput.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviderInput'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['forceprovideroutput_207', ['forceprovideroutput', ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml#a462f088782c665aa46acd9a7492853df', 1, 'gmx::ForceProviderOutput::ForceProviderOutput()'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviderOutput'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_14.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -83,16 +83,16 @@ │ │ │ │ │ ['referencecoordinates_55', ['referenceCoordinates', ['../structt__oriresdata.xhtml#af77d3bc2cdec9b240c667f8075237a8a', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ │ ['referencetemperaturecallback_56', ['ReferenceTemperatureCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga00d43387a13cded843d155f43add55f2', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['refid_57', ['refid', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a36f6687375c680532b55396ac1d2dc5e', 1, 'gmx_ana_indexmap_t::refid'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a927c30a6001be41a8af890006c40bac0', 1, 'gmx::SelectionPosition::refId()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['refids_58', ['refIds', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a14558d886a11842e39a1f93dfd1db358', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ │ ['refindex_59', ['refIndex', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPair.xhtml#a713650494eafbd30a66902c2971f16fe', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPair']]], │ │ │ │ │ - ['register_2ecpp_60', ['register.cpp', ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ - ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ + ['register_2ecpp_60', ['register.cpp', ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ │ + ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['register_2eh_61', ['register.h', ['../register_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['registeranalysisdataset_62', ['registerAnalysisDataset', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#a86b3b5cd87518e988e8b5452b39a3ad1', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule']]], │ │ │ │ │ ['registerbasicdataset_63', ['registerBasicDataset', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#ad946d2af4c8e284ef349f2cd816495bb', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule']]], │ │ │ │ │ ['registerdomdeccallback_64', ['registerDomDecCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gafbccf39923b2a69b05bc61d185671e47', 1, 'gmx::IDomDecHelperClient']]], │ │ │ │ │ ['registerenergycallback_65', ['registerEnergyCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gaf0c4df1d5e6640192354e47e19d66021', 1, 'gmx::IEnergySignallerClient']]], │ │ │ │ │ ['registerlaststepcallback_66', ['registerLastStepCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gaa6daae642dd3763973e4581f0a9f820c', 1, 'gmx::ILastStepSignallerClient']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_17.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -2,29 +2,29 @@ │ │ │ │ │ ['u_0', ['u', ['../structt__pargs.xhtml#a9896c617087886506822e9a67795e651', 1, 't_pargs']]], │ │ │ │ │ ['uint8_1', ['uInt8', ['../namespacegmx.xhtml#a4355a7e0f393d42cbb5b2a47aefea966ab0cffa75aa037e628ccfdf46bcc086ac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['uniformintdistribution_2', ['uniformintdistribution', ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a09808fada94acf89dc12c30310afaeda', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::UniformIntDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a790697adc208c8ecf2e9164ea00cf24b', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::UniformIntDistribution(result_type a=0, result_type b=std::numeric_limits< result_type >::max())'], │ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformIntDistribution< IntType >'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['uniformintdistribution_2eh_3', ['uniformintdistribution.h', ['../uniformintdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ - ['uniformrealdistribution_4', ['uniformrealdistribution', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8a58a25b5bc17882dfc3671530d1aad3', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution()'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >'], │ │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf980964b1ce2f1fade69a0578b25e33', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution()'] │ │ │ │ │ + ['uniformrealdistribution_4', ['uniformrealdistribution', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8a58a25b5bc17882dfc3671530d1aad3', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf980964b1ce2f1fade69a0578b25e33', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution(result_type a=0.0, result_type b=1.0)'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_2eh_5', ['uniformrealdistribution.h', ['../uniformrealdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_3c_20real_20_3e_6', ['UniformRealDistribution< real >', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_7', ['unique_cptr', ['../namespacegmx.xhtml#a89d1da25b1e1f9331f1fe99b15072eac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unique_5fcptr_2eh_8', ['unique_cptr.h', ['../unique__cptr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ │ ['unitcelliscompact_9', ['UnitCellIsCompact', ['../namespacegmx.xhtml#ae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ad4d785ddf0c77e7b697efd2b5ec376e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcellisrectangular_10', ['UnitCellIsRectangular', ['../namespacegmx.xhtml#ae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a8e7bda81ce54b8cf90c3b856c83e7d9f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcellistriclinic_11', ['UnitCellIsTriclinic', ['../namespacegmx.xhtml#ae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a99285c8187fb87e756f127435045dc3f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltype_12', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unitcelltypenames_13', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ - ['unitvector_14', ['unitvector', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'], │ │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector(const VectorType &v)'] │ │ │ │ │ + ['unitvector_14', ['unitvector', ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector()'], │ │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'] │ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ │ ['unity_15', ['Unity', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099fa82dd98f1d663acc318e6a8ec4ab69b7a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unknown_16', ['Unknown', ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unpackrecvbufkernel_17', ['unpackRecvBufKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a704128fa72f8ce7dcf08d0063a166036', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedarrayref_18', ['unpaddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ad5b878ca7749f5b8f52e006269fbfc2f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unpaddedconstarrayref_19', ['unpaddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a2c3f73497c6bc71264ae1af84b6522ae', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ │ ['unset_20', ['Unset', ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cac9f88e098f6fe4e4e112eeb05ccb9671', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/index.xml.gz │ │ │ │ ├── index.xml │ │ │ │ │ ├── index.xml │ │ │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ │ │ @@ -76316,19 +76316,19 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ main │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ abstractdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - arraydata.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + analysisdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - arraydata.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + analysisdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dataframe.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ datamodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76349,95 +76349,83 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ datastorage.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ framelocaldata.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - average.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - average.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ 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lifetime.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lifetime.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mock_datamodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mock_datamodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bias.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bias.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bias.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasgrid.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasparams.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasparams.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - biassharing.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - biassharing.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biassharing.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasstate.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76493,23 +76481,35 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh_setup.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh_setup.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bias.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bias.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bias_fep_lambda_state.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasgrid.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasgrid.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + biassharing.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + biassharing.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasstate.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasstate.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76541,20 +76541,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarsMDModule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarsMDModule_stub.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarsoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarspreprocessor.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76562,40 +76556,40 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarssimulationsparameters.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvars.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarspreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarspreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfitting.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingamplitudelookup.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingamplitudelookup.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingamplitudelookup.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingforceprovider.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingforceprovider.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingoutputprovider.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76610,29 +76604,41 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfitting.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfitting.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingamplitudelookup.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingamplitudelookup.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfittingoptions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ electricfield.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ electricfield.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ electricfield.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nnpot.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nnpot.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpot.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpotforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76643,38 +76649,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpotforceprovider_stub.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpotmodel.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nnpotoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nnpotoptions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpotoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpottopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpottopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpottopologypreprocessor.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nnpot.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nnpot.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nnpotoptions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nnpotoptions.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ torchmodel.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ torchmodel.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76754,79 +76754,79 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ __PLUMED_HAS_DLOPEN │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ plumedTestUtils.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + qmmm.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + qmmm.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmm.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + qmmmforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + qmmmforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmforceprovider.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmforceprovider_stub.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmminputgenerator.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - qmmmtopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - qmmmtopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmtopologypreprocessor.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmtypes.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - qmmm.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - qmmm.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - qmmmforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - qmmmforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmminputgenerator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmminputgenerator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmoptions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmoptions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + qmmmtopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + qmmmtopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpcontext.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpcontext.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinehelpmodule.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinehelpmodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinehelpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinehelpmodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinehelpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinehelpmodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpwriter.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineinit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76991,44 +76991,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hasSuffixFromNoAppend │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ add_suffix_to_output_names │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pargs.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nenum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - opt2parg_int │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - opt2parg_bool │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - opt2parg_real │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - opt2parg_str │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - opt2parg_bSet │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - opt2parg_enum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - parse_common_args │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pargs.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pargs.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ PCA_CAN_VIEW │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ PCA_CAN_BEGIN │ │ │ │ │ │ @@ -77084,19 +77054,19 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ shellcompletions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ shellcompletions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinehelpmodule.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinehelpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinehelpmodule.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinehelpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanagertest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanagertest.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -77159,14 +77129,44 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ add_suffix_to_output_names │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filenm.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pargs.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nenum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + opt2parg_int │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + opt2parg_bool │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + opt2parg_real │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + opt2parg_str │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + opt2parg_bSet │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + opt2parg_enum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + parse_common_args │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pargs.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ viewit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ canViewFileType │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ numberOfPossibleFiles │ │ │ │ │ │ @@ -77216,14 +77216,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ coordinatefileenums.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ frameconverterenums.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + register.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + register.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ register.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ iframeconverter.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -77234,14 +77240,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ outputselector.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ outputselector.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setatoms.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setatoms.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setatoms.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setbox.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -77252,17 +77264,29 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setprecision.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setprecision.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setstarttime.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setstarttime.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setstarttime.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + settimestep.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + settimestep.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settimestep.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setvelocities.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -77288,125 +77312,35 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ outputadapters.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ outputadapters.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - register.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - register.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ requirements.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ requirements.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ requirements.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ requirements.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setatoms.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setatoms.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setbothtime.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setstarttime.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setstarttime.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - settimestep.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - settimestep.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testmodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testmodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - autocorr.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - MODE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enNorm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enCos │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enSin │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bACFinit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - acf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Leg │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - low_do_four_core │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_ac_core │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - normalize_acf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - average_acf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - norm_and_scale_vectors │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump_tmp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_four_core │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - low_do_autocorr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_acf_pargs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_autocorr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_acfnout │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_acffitfn │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - autocorr.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ autocorr.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eacNormal │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eacCos │ │ │ │ │ │ @@ -77657,14 +77591,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ print_and_integrate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ evaluate_integral │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + manyautocorrelation.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + many_auto_correl │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + manyautocorrelation.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ manyautocorrelation.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ many_auto_correl │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -77675,29 +77618,86 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ polynomials.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ LegendreP │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + autocorr.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + MODE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enNorm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enCos │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enSin │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bACFinit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + acf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Leg │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + low_do_four_core │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_ac_core │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + normalize_acf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + average_acf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + norm_and_scale_vectors │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump_tmp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_four_core │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + low_do_autocorr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_acf_pargs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_autocorr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_acfnout │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_acffitfn │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + autocorr.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ correlationdataset.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ correlationdataset.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - manyautocorrelation.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - many_auto_correl │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - manyautocorrelation.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ atomdistribution.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ numRanks │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ get_commbuffer_counts │ │ │ │ │ │ @@ -78725,14 +78725,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ localatomsetdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ localatomsetdata.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + localatomsetmanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + localatomsetmanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ localatomsetmanager.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ localtopology.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ atomInMolblockFromGlobalAtomnr │ │ │ │ │ │ @@ -79088,20 +79094,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ haloexchange_mpi.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hashedmap.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - localatomsetmanager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - localatomsetmanager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ utility.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dim2char │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ make_tric_corr_matrix │ │ │ │ │ │ @@ -79109,50 +79109,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ check_screw_box │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dd_resize_atominfo_and_state │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utility.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - isDlbOn │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - isDlbDisabled │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dim2char │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - make_tric_corr_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_screw_box │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ddGetAtomInfo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dd_load_count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dd_resize_atominfo_and_state │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - atomToAtomIntoDomainToDomainCutoff │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - domainToDomainIntoAtomToDomainCutoff │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utility.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ analysismodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ analysismodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -79421,14 +79385,101 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ long_range_correction.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ewald_LRcorrection │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmxCacheLineSize │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_gpu_supports_build │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_gpu_supports_input │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_gpu_mixed_mode_supports_input │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_gpu_check_restrictions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_run_mode │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme_get_pinning_policy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setup_coordinate_communication │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mult_up │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + estimate_pme_load_imbalance │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_overlap_comm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + minimalPmeGridSize │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + numGridLinesForExtendedHaloRegion │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getGridSpacingFromBox │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_check_restrictions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + initGrids │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_init │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_reinit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_calc_energy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_initial_lb_coeffs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_next_lb_coeffs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_do │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + parallel_3dfft_destroy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_reinit_atoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_grid_matches │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pme.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pme.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SUM_GRID_FORWARD │ │ │ │ │ │ @@ -81008,101 +81059,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pmeSplineAndSpreadKernel │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pme_spread_sycl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmxCacheLineSize │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_gpu_supports_build │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_gpu_supports_input │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_gpu_mixed_mode_supports_input │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_gpu_check_restrictions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_run_mode │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme_get_pinning_policy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setup_coordinate_communication │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mult_up │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - estimate_pme_load_imbalance │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_overlap_comm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - minimalPmeGridSize │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - numGridLinesForExtendedHaloRegion │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getGridSpacingFromBox │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_check_restrictions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - initGrids │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_init │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_reinit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_calc_energy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_initial_lb_coeffs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_next_lb_coeffs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_do │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - parallel_3dfft_destroy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_reinit_atoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_grid_matches │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pme.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pmebsplinetest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pmegathertest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -81137,14 +81101,41 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcgrid.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcFftGrid │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fft.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_many_fft_t │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_init_many_1d │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_init_many_1d_real │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_many_1d │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_many_1d_real │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_many_fft_destroy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fft_transpose_2d │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fft.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fft.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_fft_direction │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_FFT_FORWARD │ │ │ │ │ │ @@ -81578,41 +81569,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rocfft_common_utils.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rocfft_common_utils.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fft.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_many_fft_t │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_init_many_1d │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_init_many_1d_real │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_many_1d │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_many_1d_real │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_many_fft_destroy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fft_transpose_2d │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fft.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fft_mpi.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ checkpoint.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE_ENV │ │ │ │ │ │ @@ -81716,14 +81680,53 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ read_checkpoint_part_and_step │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ read_checkpoint_simulation_part_and_filenames │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + confio.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_sto_conf_indexed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_sto_conf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_sto_conf_mtop │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_stx_coordnum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + makeChainIdentifiersAfterTprReading │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + tpx_make_chain_identifiers │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_stx_conf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readConfAndAtoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readConfAndTopology │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_tps_conf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + confio.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + PrintTo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enxio.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enx_version │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enx_block_id_name │ │ │ │ │ │ @@ -81956,14 +81959,119 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ get_espresso_coordnum │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ write_espresso_conf_indexed │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filetypes.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NTRXS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NTRCOMPRESSED │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NTROS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NTRNS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NSTOS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NSTXS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NTPSS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + eftASC │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + eftXDR │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + eftTNG │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + eftGEN │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + eftNR │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trxs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trcompressed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + tros │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trns │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + stos │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + stxs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + tpss │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + deffile │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2ext │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2ext_generic │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2ext_with_dot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2generic_count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2generic_list │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2desc │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp_is_text │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp_is_xdr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2defnm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftp2defopt │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fn2ftp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fn2ftp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filetypes.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ g96io.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ CHAR_SHIFT │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ read_g96_pos │ │ │ │ │ │ @@ -82565,14 +82673,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ write_hconf_p │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ write_conf_p │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + h5md.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + h5md.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ h5md.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ h5md_guard.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -82661,14 +82775,122 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ xdr_xtc_get_last_frame_time │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ xdr_xtc_get_last_frame_number │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matio.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NMAP │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mapper │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + done_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + searchcmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getcmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readcmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + printcmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + writecmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + fgetline │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + skipstr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + line2string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + findLabelInLine │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_xpm_entry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_xpm_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix2real │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_header │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_nmid │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_map3 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_simple_cmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_discrete_cmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_map_split │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_map │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + writeXpmAxis │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_data │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_data3 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_data_split │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_m │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm3 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm3 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_split │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm_split │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_xpm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matio.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ matio.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ MAT_SPATIAL_X │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ MAT_SPATIAL_Y │ │ │ │ │ │ @@ -82988,38 +83210,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_md5_append │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_md5_finish │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcdensitymap.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcdensitymapheader.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcserializer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mtxio.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_MTXIO_MAGIC_NUMBER │ │ │ │ │ │ @@ -83180,89 +83390,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_conect_generate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_fprintf_pdb_atomline │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readinp.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_inpfile │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - flatKeyValueTreeFromInpFile │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sort_inp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_inpfile │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - replace_inp_entry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - search_einp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mark_einp_set │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_einp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint64 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eint64 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_ereal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_ereal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_estr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_estr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eeenum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eeenum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_eenum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - printStringNewline │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - printStringNoNewline │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setStringEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setStringEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readinp.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ readinp.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ WriteMdpHeader │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ no │ │ │ │ │ │ @@ -83339,745 +83474,109 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setStringEntry │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rgb.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkpoint.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - CPT_MAGIC1 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - CPT_MAGIC2 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - StateKineticEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - EkinNumber │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - EkinHalfStep │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - DEkinDLambda │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Mvcos │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - EkinFullStep │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - EkinHalfStepOld │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - EkinNoseHooverScaleFullStep │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - EkinNoseHooverScaleHalfStep │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - VelocityScale │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - EkinTotal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - StateEnergyEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - N │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Aver │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Sum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NumSum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - SumSim │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NumSumSim │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NumSteps │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NumStepsSim │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - DeltaHNN │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - DeltaHList │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - DeltaHStartTime │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - DeltaHStartLambda │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - StatePullEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NumCoordinates │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NumGroups │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NumValuesInXSum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NumValuesInFSum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - StatePullCoordEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ValueReferenceSum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ValueSum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - DR01Sum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - DR23Sum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - DR45Sum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - FScalarSum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - DynaxSum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - StatePullGroupEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - XSum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - StateFepEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - IsEquilibrated │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NumAtLambdaStats │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NumAtLambdaEquil │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - WangLandauHistogram │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - WangLandauDelta │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - SumWeights │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - SumDG │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - SumMinVar │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - SumVar │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Accump │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Accumm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Accump2 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Accumm2 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Tij │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - TijEmp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - StateAwhEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - InInitial │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - EquilibrateHistogram │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - HistogramSize │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NumPoints │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - CoordPoint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - UmbrellaGridPoint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - UpdateList │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - LogScaledSampleWeight │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NumUpdates │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ForceCorrelationGrid │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - StatePullCommunicationEntry │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - PreviousStepCom │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - CptElementType │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - integer │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - realnum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - real3 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix3x3 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cpt_version │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enumValueToString │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enumValueToString │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enumValueToString │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enumValueToString │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enumValueToString │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enumValueToString │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enumValueToString │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enumValueToString │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cp_warning │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cp_error │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_string_err │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_int │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_u_chars │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_enum_as_int │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_n_enum_as_int │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_int_err │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_bool_err │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_step_err │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_double_err │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_real_err │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_n_rvecs_err │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sizeOfXdrType │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - xdrProc │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - listXdrVector │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convertArrayRealPrecision │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convertArrayRealPrecision │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convertArrayRealPrecision │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - doVectorLow │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - doVector │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - doRealArrayRef │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - realArrayRefFromRVecArrayRef │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - doRvecVector │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpte_reals │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpte_real │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpte_ints │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpte_int │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpte_bool │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpte_doubles │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpte_double │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpte_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpte_nmatrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpte_matrices │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_header │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_footer │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_state │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_ekinstate │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_swapstate │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_enerhist │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - doCptPullCoordHist │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - doCptPullGroupHist │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - doCptPullHist │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_df_hist │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_EDstate │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_correlation_grid │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_awh_bias │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_awh │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_mdmodules │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_cpt_files │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_checkpoint_data │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_int │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_string │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_match │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_checkpoint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - load_checkpoint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_checkpoint_part_and_step │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_checkpoint_data │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_checkpoint_trxframe │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - list_checkpoint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_checkpoint_simulation_part_and_filenames │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkpoint.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkpoint.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - confio.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_sto_conf_indexed │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_sto_conf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_sto_conf_mtop │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_stx_coordnum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - makeChainIdentifiersAfterTprReading │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - tpx_make_chain_identifiers │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_stx_conf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readConfAndAtoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readConfAndTopology │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_tps_conf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - confio.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - PrintTo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fileioxdrserializer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filemd5.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filetypes.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NTRXS │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NTRCOMPRESSED │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NTROS │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NTRNS │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NSTOS │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NSTXS │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NTPSS │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - eftASC │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - eftXDR │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - eftTNG │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - eftGEN │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - eftNR │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trxs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trcompressed │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - tros │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trns │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - stos │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - stxs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - tpss │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - deffile │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2ext │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2ext_generic │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2ext_with_dot │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2generic_count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2generic_list │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2desc │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp_is_text │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp_is_xdr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2defnm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftp2defopt │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fn2ftp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fn2ftp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filetypes.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - h5md.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - h5md.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matio.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NMAP │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mapper │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - done_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - searchcmap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getcmap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - readcmap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - printcmap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - writecmap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - fgetline │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - skipstr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - line2string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readinp.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_inpfile │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - findLabelInLine │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + flatKeyValueTreeFromInpFile │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_xpm_entry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sort_inp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_xpm_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_inpfile │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matrix2real │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + replace_inp_entry │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_header │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + search_einp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_nmid │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mark_einp_set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_map3 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_einp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_simple_cmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_discrete_cmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_map_split │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint64 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_map │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eint64 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - writeXpmAxis │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_ereal │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_data │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_ereal │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_data3 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_estr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_data_split │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_estr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_m │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eeenum │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm3 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eeenum │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm3 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_eenum │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_split │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + printStringNewline │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm_split │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + printStringNoNewline │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setStringEntry │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_xpm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setStringEntry │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - matio.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + readinp.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + xvgio.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ timecontrol.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ timecontrol.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -84092,14 +83591,41 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setTimeValue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ unsetTimeValue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + timecontrol.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + TimeControl │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Begin │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + End │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Delta │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + timeValue │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setTimeValue │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + unsetTimeValue │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tngio.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tngio.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tng_trajectory_t │ │ │ │ │ │ @@ -84152,44 +83678,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_tng_get_box_output_interval │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_tng_get_lambda_output_interval │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - xvgio.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - timecontrol.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - TimeControl │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Begin │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - End │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Delta │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - timeValue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setTimeValue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - unsetTimeValue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tngio.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_tng_trajectory_t │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_tng_open │ │ │ │ │ │ @@ -87569,47 +87065,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tot_nmat │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mdmat │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_mindist.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NSHIFT_MAX │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - periodic_dist │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - periodic_mindist_plot │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_dist │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dist_plot │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - find_residues │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump_res │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_mindist │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_mindist.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_nmeig.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cv_corr │ │ │ │ │ │ @@ -89171,14 +88634,47 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_chi │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_chi.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_mindist.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NSHIFT_MAX │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + periodic_dist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + periodic_mindist_plot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_dist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dist_plot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + find_residues │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump_res │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_mindist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_mindist.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ thermochemistry.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eigenvalueToFrequency │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcZeroPointEnergy │ │ │ │ │ │ @@ -89312,53 +88808,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ opt2fn_main │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_fatal_collective │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nb_free_energy.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_nb_free_energy_kernel │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nb_softcore.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - quadraticApproximationCoulomb │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - reactionFieldQuadraticPotential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ewaldQuadraticPotential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - lennardJonesQuadraticPotential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nonbonded.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GMX_NONBONDED_DO_FORCE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GMX_NONBONDED_DO_SHIFTFORCE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GMX_NONBONDED_DO_FOREIGNLAMBDA │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GMX_NONBONDED_DO_POTENTIAL │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GMX_NONBONDED_DO_SR │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nb_free_energy.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ STATE_A │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ STATE_B │ │ │ │ │ │ @@ -89468,14 +88925,53 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_nb_free_energy_kernel │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nb_free_energy.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nb_free_energy.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_nb_free_energy_kernel │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nb_softcore.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + quadraticApproximationCoulomb │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + reactionFieldQuadraticPotential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ewaldQuadraticPotential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + lennardJonesQuadraticPotential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nonbonded.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GMX_NONBONDED_DO_FORCE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GMX_NONBONDED_DO_SHIFTFORCE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GMX_NONBONDED_DO_FOREIGNLAMBDA │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GMX_NONBONDED_DO_POTENTIAL │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GMX_NONBONDED_DO_SR │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nrnb.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nbdata │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_two │ │ │ │ │ │ @@ -90017,71 +89513,53 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calch.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calc_h_pos │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convparm.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - shouldConvertInteractionType │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convertInteractionsOfType │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - editconf.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NPA │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_mass │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_geom │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - center_conf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convparm.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + round_check │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scale_conf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + set_ljparams │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_bfac │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + assign_param │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - set_pdb_conf_bfac │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enter_params │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pdb_legend │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + append_interaction │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - visualize_images │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enter_function │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - visualize_box │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + shouldConvertInteractionType │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_rotmatrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convertInteractionsOfType │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - renum_resnr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convparm.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convparm.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + shouldConvertInteractionType │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_editconf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convertInteractionsOfType │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - editconf.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ editconf.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_editconf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -90386,14 +89864,29 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_vsites │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_h_mass │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genconf.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rand_rot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_genconf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genconf.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genconf.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_genconf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -90434,68 +89927,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genhydro.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ add_h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genion.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - groupsCloserThanCutoffWithPbc │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - solventMoleculeIndices │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - insert_ion │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - aname │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sort_ions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - update_topol │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - invertIndexGroup │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_genion │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genion.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genion.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_genion │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genrestr.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - npargs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_genrestr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genrestr.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genrestr.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_genrestr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -90629,14 +90074,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cpp_error │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ checkAndWarnForUnusedDefines │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gpp_atomtype.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + search_atomtypes │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gpp_atomtype.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gpp_atomtype.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gpp_bond_atomtype.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -90695,125 +90149,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gen_nnb │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ generate_excl │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - grompp.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rm_interactions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_atom_names │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_bonds_timestep │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_vel │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_shells_inputrec │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nint_ftype │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - renumber_moltypes │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - molinfo2mtop │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - new_status │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - copy_state │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cont_status │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_posres │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sumComForRestraints │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - subComFromRestraints │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calcPosresCom │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gen_posres │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - set_wall_atomtype │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nrdf_internal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - spline1d │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - interpolate1d │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - setup_cmap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_cmap_grid │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - count_constraints │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_temp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_max_reference_temp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkForUnboundAtoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkForUnboundAtoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - haveDecoupledModeInMol │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkDecoupledModeAccuracy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - set_verlet_buffer │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - maxNonPerturbedExclusionDistance │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkExclusionDistances │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - deformInitFlow │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_grompp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - grompp.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ grompp.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_grompp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -90986,14 +90329,50 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hizzie.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ set_histp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + insert_molecules.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + RotationType │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + XYZ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Z │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + None │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + c_rotationTypeNames │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + center_molecule │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + generate_trial_conf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + isInsertionAllowed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + insert_mols │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + insert_molecules.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ insert_molecules.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ makeexclusiondistances.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ makeExclusionDistances │ │ │ │ │ │ @@ -91607,14 +90986,53 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ readResidueDatabase │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ print_resall │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + solvate.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sort_molecule │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rm_res_pbc │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + replicateSolventBox │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + removeSolventBoxOverlap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + removeSolventOutsideShell │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + removeSolventOverlappingWithSolute │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + removeExtraSolventMolecules │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_solv │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + update_top │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_solvate │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + solvate.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ solvate.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_solvate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -91703,152 +91121,140 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filter_ter │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ choose_ter │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convparm.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - round_check │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + editconf.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NPA │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - set_ljparams │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - assign_param │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_mass │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enter_params │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_geom │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - append_interaction │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + center_conf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enter_function │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scale_conf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - shouldConvertInteractionType │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_bfac │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convertInteractionsOfType │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + set_pdb_conf_bfac │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pdb_legend │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + visualize_images │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + visualize_box │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_rotmatrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + renum_resnr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_editconf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convparm.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + editconf.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genconf.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genion.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rand_rot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + groupsCloserThanCutoffWithPbc │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_genconf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + solventMoleculeIndices │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + insert_ion │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + aname │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sort_ions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + update_topol │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + invertIndexGroup │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_genion │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genconf.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genion.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gpp_atomtype.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - search_atomtypes │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genrestr.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + npargs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_genrestr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gpp_atomtype.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genrestr.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gpp_bond_atomtype.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gpp_bond_atomtype.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ grompp_directives.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - insert_molecules.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - RotationType │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - XYZ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Z │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - None │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - c_rotationTypeNames │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - center_molecule │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + tomorse.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_dissociation_energies │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - generate_trial_conf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nequal │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - isInsertionAllowed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + search_e_diss │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - insert_mols │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convert_harmonics │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - insert_molecules.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - solvate.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sort_molecule │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rm_res_pbc │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - replicateSolventBox │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - removeSolventBoxOverlap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - removeSolventOutsideShell │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - removeSolventOverlappingWithSolute │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - removeExtraSolventMolecules │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_solv │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - update_top │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_solvate │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + tomorse.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convert_harmonics │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - solvate.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topdirs.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topdirs.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ DeprecatedDirectives │ │ │ │ │ │ @@ -91901,35 +91307,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ DS_Search │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ DS_Check_Order │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - tomorse.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_dissociation_energies │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nequal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - search_e_diss │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convert_harmonics │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - tomorse.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convert_harmonics │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topdirs.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Directive │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ d_defaults │ │ │ │ │ │ @@ -92558,20 +91943,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_stream_hip.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ issueClFlushInStream │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - device_stream_manager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - device_stream_manager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_stream_manager.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_stream_ocl.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ issueClFlushInStream │ │ │ │ │ │ @@ -93251,14 +92630,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_availability.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_buffer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + device_stream_manager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + device_stream_manager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ devicetransfers.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ devicetransfers.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -94124,14 +93509,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_compress │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_vector_multiply │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bonded.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + c_bondedKernelFlavorStrings │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmap_dihs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calculateSimpleBond │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nrnbIndex │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bonded.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bonded.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ BondedKernelFlavor │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ForcesSimdWhenAvailable │ │ │ │ │ │ @@ -94340,35 +93743,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ manage_threading.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setup_bonded_threading │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - orires.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - extendStateWithOriresHistory │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - diagonalize_orires_tensors │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - print_orires_log │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_orires_dev │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - orires │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - orires.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ orires.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ extendStateWithOriresHistory │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calc_orires_dev │ │ │ │ │ │ @@ -94448,32 +93830,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_factors_restrdihs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_factors_cbtdihs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bonded.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - c_bondedKernelFlavorStrings │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmap_dihs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calculateSimpleBond │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nrnbIndex │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bonded.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ position_restraints.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ posres_wrapper │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ posres_wrapper_lambda │ │ │ │ │ │ @@ -94481,14 +93845,59 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fbposres_wrapper │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ position_restraints.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utilities.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + MathOptimization │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Safe │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Unsafe │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_within_tol │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_numzero │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utilities.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftypeIsListedPotential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ftype_is_bonded_potential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utilities.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genQmmmIndices │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ 3dtransforms.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ N │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mat4_copy │ │ │ │ │ │ @@ -94511,20 +93920,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mat4_print │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_vec4_print │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfit.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - densityfit.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingforce.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingforce.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -94556,14 +93959,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ reset_x_ndim │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ reset_x │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + functions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + functions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ 3dtransforms.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ WW │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ vec4 │ │ │ │ │ │ @@ -94736,19 +94151,19 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_rvecs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ prRVecs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nrjac.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_rotate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -94781,35 +94196,35 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ coordinatetransformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ coordinatetransformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dofit.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - functions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + densityfit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - functions.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dofit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gausstransform.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gausstransform.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ matrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ DEBUG_MATRIX │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ alloc_matrix │ │ │ │ │ │ @@ -94835,29 +94250,50 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ matrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multidimarray.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - neldermead.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ paddedvector.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testarrayrefs.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ vectypes.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utilities.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_within_tol │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_numzero │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utilities.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + genQmmmIndices │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ veccompare.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_rvec │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_ivec │ │ │ │ │ │ @@ -94898,20 +94334,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_rvecs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ prRVecs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - boxdeformation.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - boxdeformation.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ boxdeformation.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ broadcaststructs.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bcastPaddedRVecVector │ │ │ │ │ │ @@ -94952,14 +94382,107 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ broadcastStateWithoutDynamics │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ init_parallel │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_verletbuf.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + verletbufGetListSetup │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + verletbufGetSafeListSetup │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getMass │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_vsite_masses │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getResolutions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getVerletBufferAtomtypes │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + constrained_atom_sigma2 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_atom_sigma2 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + approx_2dof │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energyDriftAtomPair │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energyDrift │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + surface_frac │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + md3_force_switch │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getVdwDerivatives │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getElecDerivatives │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + displacementVariance │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + maxSigma │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + computeEffectiveAtomDensity │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + computeEffectiveAtomDensity │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getForceDerivatives │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pressureError │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calcVerletBufferSize │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + verletBufferPressureError │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + minCellSizeFromPairlistBuffer │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + chanceOfAtomCrossingCell │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getAtomConstraintProps │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + chanceOfUpdateGroupCrossingCell │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + chanceOfUpdateGroupCrossingCell │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + minCellSizeForAtomDisplacement │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_verletbuf.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calc_verletbuf.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ChanceTarget │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Atom │ │ │ │ │ │ @@ -95351,44 +94874,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ addCorrectionBeyondCutoff │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dispersioncorrection.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ebin.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_ebin │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - done_ebin │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_ebin_space │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_ebin │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_ebin_indexed │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ebin_increase_count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - reset_ebin_sums │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_ebin │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ebin.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ebin.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eprNORMAL │ │ │ │ │ │ @@ -95465,14 +94958,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ accumulatePotentialEnergies │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ accumulateKineticLambdaComponents │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energydrifttracker.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyoutput.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -96410,14 +95909,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settle_gpu_internal.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settle_gpu_internal_sycl.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + shake.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + shake.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ shake.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sighandler.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_signal_name │ │ │ │ │ │ @@ -96500,14 +96005,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_got_usr_signal │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sim_util.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simulationsignal.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eglsCHKPT │ │ │ │ │ │ @@ -96587,107 +96098,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ stophandler.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ stophandler.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_verletbuf.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - verletbufGetListSetup │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - verletbufGetSafeListSetup │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getMass │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_vsite_masses │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getResolutions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getVerletBufferAtomtypes │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - constrained_atom_sigma2 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_atom_sigma2 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - approx_2dof │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energyDriftAtomPair │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energyDrift │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - surface_frac │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - md3_force_switch │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getVdwDerivatives │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getElecDerivatives │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - displacementVariance │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - maxSigma │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - computeEffectiveAtomDensity │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - computeEffectiveAtomDensity │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getForceDerivatives │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pressureError │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calcVerletBufferSize │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - verletBufferPressureError │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - minCellSizeFromPairlistBuffer │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - chanceOfAtomCrossingCell │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getAtomConstraintProps │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - chanceOfUpdateGroupCrossingCell │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - chanceOfUpdateGroupCrossingCell │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - minCellSizeForAtomDisplacement │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_verletbuf.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcvir.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ upd_vir │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calc_x_times_f │ │ │ │ │ │ @@ -96716,19 +96134,43 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GPU_CONSTRAINTS_SUPPORTED │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constrtestrunners_gpu.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ebin.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_ebin │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + done_ebin │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_ebin_space │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_ebin │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_ebin_indexed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ebin_increase_count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + reset_ebin_sums │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_ebin │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ebin.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyoutput.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ conrmsd_nm │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -96878,62 +96320,35 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GPU_SETTLE_SUPPORTED │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settletestrunners_gpu.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - shake.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - shake.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - updategroupscog.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + updategroups.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - updategroupscog.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + updategroups.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ watersystem.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - wholemoleculetransform.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - wholemoleculetransform.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tgroup.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sum_ekin │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tgroup.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sum_ekin │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trajectory_writing.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_md_trajectory_writing │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trajectory_writing.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trajectory_writing.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ EkindataState │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NotUsed │ │ │ │ │ │ @@ -97130,23 +96545,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ integrateVVFirstStep │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ integrateVVSecondStep │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - updategroups.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - updategroups.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroups.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + updategroupscog.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + updategroupscog.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroupscog.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ vcm.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enumValueToString │ │ │ │ │ │ @@ -97217,14 +96632,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ make_wall_tables │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_walls │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + wholemoleculetransform.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + wholemoleculetransform.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ wholemoleculetransform.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ isimulator.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -97250,110 +96671,17 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ membedholder.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ membedholder.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mimic.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mimic.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - minimize.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - em_state_t │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - print_em_start │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - em_time_end │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sp_header │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - warn_step │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - print_converged │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_f_norm_max │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_state_f_norm_max │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_em │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - finish_em │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - swap_em_state │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_em_traj │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_em_step │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - em_dd_partition_system │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - reorder_partsum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_beta │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - minimize.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ minimize.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - replicaexchange.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - MSRANK │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ReplicaExchangeType │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Temperature │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Lambda │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - EndSingle │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - TemperatureLambda │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - c_probabilityCutoff │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enumValueToString │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - replicaexchange.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ replicaexchange.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_repl_ex_t │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ init_replica_exchange │ │ │ │ │ │ @@ -97361,23 +96689,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ replica_exchange │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ print_replica_exchange_statistics │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rerun.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - prepareRerunState │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rerun.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ runner.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ prepare_verlet_scheme │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ override_nsteps_cmdline │ │ │ │ │ │ @@ -97472,20 +96791,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simulatorbuilder.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tpi.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - freeenergy.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - freeenergy.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ freeenergy.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ handlerestart.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -97502,59 +96815,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mdmodulesnotifiers.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mdmodulesnotifiers.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - multisim.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - buildMultiSimulation │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_sumd_sim │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_sumf_sim │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_sumi_sim │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_sumli_sim │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gatherIntFromMultiSimulation │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_multi_int │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_multi_int64 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - findIsSimulationMainRank │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - isMainSim │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - isMainSimMainRank │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - multisim_int_all_are_equal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - logInitialMultisimStatus │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - multisim.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multisim.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sum_sim │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ buildMultiSimulation │ │ │ │ │ │ @@ -97847,20 +97115,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rvec5 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ t_disresdata │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ forcebuffers.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ forceoutput.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -98288,38 +97550,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ t_mdatoms │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mdrunoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - multipletimestepping.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - multipletimestepping.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multipletimestepping.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nblist.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ observableshistory.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ observableshistory.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - observablesreducer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - observablesreducer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ observablesreducer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pull_params.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -98504,14 +97754,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ swaphistory_t │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enerdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + multipletimestepping.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + multipletimestepping.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + observablesreducer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + observablesreducer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ threaded_force_buffer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ threaded_force_buffer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -98519,86 +97787,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ communicator.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ communicator_stub.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utilities.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_within_tol │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_numzero │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utilities.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genQmmmIndices │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utilities.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - MathOptimization │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Safe │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Unsafe │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_within_tol │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_numzero │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utilities.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftypeIsListedPotential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ftype_is_bonded_potential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - utilities.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - genQmmmIndices │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ andersentemperaturecoupling.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ andersentemperaturecoupling.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -99836,29 +99032,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ epruneRolling │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ePruneNR │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pairlist.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - PRUNE_LIST_CPU_ONE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - PRUNE_LIST_CPU_ALL │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NBNXN_REFCODE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pairlist.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pairlist.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NBNXN_CI_SHIFT │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NBNXN_CI_DO_LJ │ │ │ │ │ │ @@ -100013,14 +99194,29 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ kernel_test.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ kernelsetup.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pairlist.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + PRUNE_LIST_CPU_ONE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + PRUNE_LIST_CPU_ALL │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NBNXN_REFCODE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pairlist.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_energy_accumulator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_energy_accumulator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -100109,19 +99305,19 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ behaviorcollection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ behaviorcollection.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filenameoption.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filenameoption.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filenameoptionstorage.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ isectionstorage.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -100160,19 +99356,19 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ repeatingsection.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ abstractoptionstorage.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filenameoption.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + filenameoption.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ option.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ repeatingsection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -100358,14 +99554,92 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_rmpbc_trxfr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rm_gropbc │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mshift.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GCHECK │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_igraph │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + g_error │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + p_graph │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convertGraph │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + determine_graph_parts │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_graph_ilist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_graph_moltype │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_graph │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_graph │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_graph │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + done_graph │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_1shift_tric │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_1shift │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_1shift_screw │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_grey │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + first_colour │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + maxEdgeLength │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_mshift │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + shift_x │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + shift_self │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + shift_self │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + unshift_x │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + unshift_self │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mshift.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pbc.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ epbcdxRECTANGULAR │ │ │ │ │ │ @@ -100499,20 +99773,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pbc_simd.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ set_pbc_simd │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pbcenums.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pbcenums.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pbcmethods.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calc_pbc_cluster │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ put_molecule_com_in_box │ │ │ │ │ │ @@ -100556,91 +99824,19 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ com.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ com.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mshift.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GCHECK │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_igraph │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - g_error │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - p_graph │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convertGraph │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - determine_graph_parts │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_graph_ilist │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_graph_moltype │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_graph │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_graph │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_graph │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - done_graph │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_1shift_tric │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_1shift │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_1shift_screw │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_grey │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - first_colour │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - maxEdgeLength │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_mshift │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - shift_x │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - shift_self │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - shift_self │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - unshift_x │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - unshift_self │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pbcenums.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mshift.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pbcenums.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pull.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ c_pullGroupPbcMargin │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -100823,236 +100019,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setPrevStepPullComFromState │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ allocStatePrevStepPullCom │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_rotation.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - WEIGHT_MIN │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - PRINT_FORCE_J │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - PRINT_POT_TAU │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ISFLEX │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ISCOLL │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GAUSS_NORM │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - SLAB_MIN_ATOMS │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - RotStr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - HaveFlexibleGroups │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - HavePotFitGroups │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - allocate_square_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - free_square_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_fitangle │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bPotAngle │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bSlabTau │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - reduce_output │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_rot_forces │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_beta_max │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_beta │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gaussian_weight │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_slab_weight │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_slab_centers │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_rotmat │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - torque │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - print_aligned │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - print_aligned_short │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - open_output_file │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - open_slab_out │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_to_string │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_to_string_aligned │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - open_rot_out │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - open_angles_out │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - open_torque_out │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - swap_val │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - swap_col │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - diagonalize_symmetric │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - align_with_z │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_correl_matrix │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - weigh_coords │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - opt_angle_analytic │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - flex_fit_angle │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - flex_fit_angle_perslab │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - shift_single_coord │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_homeslab │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_single_atom_gaussians │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - flex2_precalc_inner_sum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - flex_precalc_inner_sum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_flex2_lowlevel │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_flex_lowlevel │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sort_collective_coordinates │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_firstlast_atom_per_slab │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_first_slab │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_last_slab │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_firstlast_slab_check │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_flexible │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - angle │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - project_onto_plane │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_fixed │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_radial_motion │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_radial_motion_pf │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - radial_motion2_precalc_inner_sum │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_radial_motion2 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_firstlast_atom_ref │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - allocate_slabs │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_firstlast_slab_ref │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - copy_correct_pbc_image │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_rot_group │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_mpi_bufsize │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_rot │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rotate_local_reference │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - choose_pbc_image │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_rotation │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_rotation.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pullcoordexpressionparser.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pullcoordexpressionparser.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -101126,164 +100100,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ allocStatePrevStepPullCom │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ initPullComFromPrevStep │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Lock │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sc_isAngleType │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - registrationMutex │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - groupPbcFromParams │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_coordinate_is_directional │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_coordinate_units │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_conversion_factor_userinput2internal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_conversion_factor_internal2userinput │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - apply_forces_grp_part │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - apply_forces_grp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - apply_forces_cyl_grp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - apply_forces_vec_torque │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - apply_forces_coord │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - max_pull_distance2 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - low_get_pull_coord_dr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_pull_coord_dr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - make_periodic_2pi │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sanitizePullCoordReferenceValue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - updatePullCoordReferenceValue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_dihedral_angle_coord │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_pull_coord_distance │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_pull_coord_deviation │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_pull_coord_value │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_pull_coord_value │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - clear_pull_forces │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_constraint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_virial_coord_dr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_virial_coord │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calc_pull_coord_scalar_force_and_potential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - calculateVectorForces │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - register_external_pull_potential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_external_potential_registration │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - apply_external_pull_coord_force │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_pull_pot_coord │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_potential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_apply_forces │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_constraint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dd_make_local_pull_groups │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_pull_group_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_pull │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - destroy_pull │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - preparePrevStepPullComNewSimulation │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - preparePrevStepPullCom │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - finish_pull │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_have_potential │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_have_constraint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull_have_constraint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pull.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ transformationcoordinate.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ transformationcoordinate.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -101291,14 +100115,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gammadistribution.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ normaldistribution.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + seed.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + seed.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ seed.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tabulatednormaldistribution.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -101306,20 +100136,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gammadistribution.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ normaldistribution.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - seed.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - seed.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tabulatednormaldistribution.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tabulatednormaldistribution.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -101336,32 +100160,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ uniformintdistribution.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ uniformrealdistribution.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + manager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + manager.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ manager.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ restraintmdmodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ restraintmdmodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ restraintmdmodule_impl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - manager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - manager.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ centerofmass.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_calc_cog │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_calc_com │ │ │ │ │ │ @@ -101720,14 +100544,146 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_evaluate_and │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_evaluate_or │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + indexutil.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexgrps_init │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexgrps_free │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexgrps_extract │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexgrps_find │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexgrps_print │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_reserve │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_squeeze │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_clear │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_set │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_init_simple │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_deinit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_copy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_dump │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_get_max_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_check_sorted │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_check_range │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_sort │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_remove_duplicates │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_equals │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_contains │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_intersection │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_difference │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_difference_size │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_partition │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_union │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_union_unsorted │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_merge │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + next_group_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_make_block │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_has_full_blocks │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_has_full_ablocks │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + is_at_residue_boundary │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_has_complete_elems │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_clear │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_reserve │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_init │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_init_orgid_group │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_set_static │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_copy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + set_atoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_update │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_deinit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + indexutil.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ keywords.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sm_compare │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sm_keyword_int │ │ │ │ │ │ @@ -102356,14 +101312,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectionfileoption.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectionfileoptionstorage.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + selectionoption.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + selectionoption.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectionoptionbehavior.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectionoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -103457,146 +102419,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ symrec.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ symrec.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - indexutil.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexgrps_init │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexgrps_free │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexgrps_extract │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexgrps_find │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexgrps_print │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_reserve │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_squeeze │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_clear │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_set │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_init_simple │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_deinit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_copy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_dump │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_get_max_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_check_sorted │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_check_range │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_sort │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_remove_duplicates │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_equals │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_contains │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_intersection │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_difference │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_difference_size │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_partition │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_union │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_union_unsorted │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_merge │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - next_group_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_make_block │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_has_full_blocks │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_has_full_ablocks │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - is_at_residue_boundary │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_has_complete_elems │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_clear │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_reserve │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_init │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_init_orgid_group │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_set_static │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_copy │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - set_atoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_update │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_deinit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - indexutil.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ poscalc.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ index_type_for_poscalc │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ set_poscalc_maxindex │ │ │ │ │ │ @@ -103643,20 +102473,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectioncollection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectioncollection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - selectionoption.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - selectionoption.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ toputils.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ toputils.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -103817,50 +102641,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scalar_math.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scalar_util.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simd_math.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simd_memory.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - vector_operations.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - base.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - base.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - GMX_SIMD_ACCURACY_BITS_REAL │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bootstrap_loadstore.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - data.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scalar.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scalar_math.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scalar_util.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - simd.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SIMD_HAVE_REAL │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SIMD_REAL_WIDTH │ │ │ │ │ │ @@ -103901,14 +102689,50 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SIMD4N_REAL_WIDTH │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simd_math.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simd_memory.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + vector_operations.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + base.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + base.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GMX_SIMD_ACCURACY_BITS_REAL │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bootstrap_loadstore.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + data.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scalar.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scalar_math.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scalar_util.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + simd.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd4.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd4.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -104024,164 +102848,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ lsq_y_ax_b_xdouble │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ lsq_y_ax_b_error │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - swapcoords.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ChannelHistory │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - None │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Ch0 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Ch1 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Domain │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Notset │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - A │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - B │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - t_compartment │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - t_swapgrp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - SwS │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - SwSEmpty │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - CompStr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - SwapStr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - DimStr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - ChannelString │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - DomainString │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - is_in_channel │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - print_ionlist │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_molecule_center │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - compartment_contains_atom │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - update_time_window │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_to_list │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_compartment_boundaries │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - detect_flux_per_channel │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sortMoleculesIntoCompartments │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_initial_ioncounts │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_initial_ioncounts_from_cpt │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bc_initial_concentrations │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_swap_groups │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_group_apm_check │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - print_ionlist_legend │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - detect_flux_per_channel_init │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - outputStartStructureIfWanted │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_swapstate │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - getRequestedChargeImbalance │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - copyIndicesToGroup │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convertOldToNewGroupFormat │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bConvertFromOldTpr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_swapcoords │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - finish_swapcoords │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - need_swap │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_index_of_distant_atom │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - translate_positions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - apply_modified_positions │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_swapcoords │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - swapcoords.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ swapcoords.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ init_swapcoords │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ finish_swapcoords │ │ │ │ │ │ @@ -105254,14 +103928,29 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ print_runtime_info │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert_tpr.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_dd_grid_pdb │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_dd_pdb │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dump.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dump.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ write_dd_grid_pdb │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ write_dd_pdb │ │ │ │ │ │ @@ -105437,35 +104126,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert-tpr-with-leaks.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert-tpr.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_dd_grid_pdb │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_dd_pdb │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dump.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - helpwriting.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - helpwriting.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ make_ndx.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ MAXNAMES │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NAME_LEN │ │ │ │ │ │ @@ -105569,47 +104237,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ report_methods.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ report_methods.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trjconv.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trjconv.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NPA │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_filenm │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_trr │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - do_trunc │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - read_mtop_for_tng │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - copyTrxframeDeeply │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - swapFrames │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_trjconv │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trjcat.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ TIME_EXPLICIT │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ TIME_CONTINUE │ │ │ │ │ │ @@ -105647,14 +104282,47 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trjcat.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_trjcat │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trjconv.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trjconv.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NPA │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_filenm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_trr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_trunc │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_mtop_for_tng │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + copyTrxframeDeeply │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + swapFrames │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_trjconv │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trjconv.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_trjconv │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -105872,14 +104540,104 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ printWarning │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ printvdwWarning │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + atoms.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enumValueToString │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_atom │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + done_atom │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + done_and_delete_atoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_t_atoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_t_atoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_pdbinfo_init_default │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + copy_t_atoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + t_atoms_set_resinfo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_atom │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_strings2 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_resinfo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_atoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + compareAtom │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + compareResinfo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + comparePdbinfo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + compareAtoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + atomsSetMassesBasedOnNames │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + atoms.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + SimulationParticleTestParameters │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + testParticleMassOneState │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + testParticleMassTwoState │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + testParticleChargeOneState │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + testParticleChargeTwoState │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + testParticleTypeValueOneState │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + testParticleTypeValueTwoState │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkParticleValue │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkParticleMiscInfo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkParticle │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ atomsbuilder.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ block.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ init_block │ │ │ │ │ │ @@ -105911,14 +104669,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_blocka │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_listoflists │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + exclusionblocks.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + exclusionblocks.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ forcefieldparameters.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_cmap │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_ffparams │ │ │ │ │ │ @@ -106136,95 +104900,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mtop_bondeds_free_energy │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sort_ilist_fe │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - index.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - t_gmx_help_make_index_group │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_ask_yesno │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - write_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - grp_cmp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - printMoleculeCategoryResidueCounts │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mk_aid │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - analyse_other │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - analyse_prot │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - analyse │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - check_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - minstring │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - indexGroupName │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - indexGroupName │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - findGroupTemplated │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - find_group │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - find_group │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - qgroup │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rd_groups │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rd_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rd_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - get_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cluster_index │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - index.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ invblock.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ make_invblock │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -106361,113 +105044,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ namedResidueHasType │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ typeOfNamedDatabaseResidue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - atoms.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - enumValueToString │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_atom │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - done_atom │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - done_and_delete_atoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - add_t_atoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - init_t_atoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_pdbinfo_init_default │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - copy_t_atoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - t_atoms_set_resinfo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_atom │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_strings2 │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_resinfo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pr_atoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - compareAtom │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - compareResinfo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - comparePdbinfo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - compareAtoms │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - atomsSetMassesBasedOnNames │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - atoms.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - SimulationParticleTestParameters │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - testParticleMassOneState │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - testParticleMassTwoState │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - testParticleChargeOneState │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - testParticleChargeTwoState │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - testParticleTypeValueOneState │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - testParticleTypeValueTwoState │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkParticleValue │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkParticleMiscInfo │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - checkParticle │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - exclusionblocks.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - exclusionblocks.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - mtop.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ symtab.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ c_trimSize │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ c_maxBufSize │ │ │ │ │ │ @@ -106511,14 +105095,98 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_symtab │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ symtab.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + index.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + t_gmx_help_make_index_group │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_ask_yesno │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + grp_cmp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + printMoleculeCategoryResidueCounts │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mk_aid │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + analyse_other │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + analyse_prot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + analyse │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + minstring │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + indexGroupName │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + indexGroupName │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + findGroupTemplated │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + find_group │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + find_group │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + qgroup │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rd_groups │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rd_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rd_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cluster_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + index.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mtop.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topsort.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topsort.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ip_pert │ │ │ │ │ │ @@ -106655,170 +105323,203 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ modules.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ modules.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + angle.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convert_trj.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + distance.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dssp.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + extract_cluster.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + freevolume.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gyrate.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + hbond.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + isotope.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + isotope.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + msd.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pairdist.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rdf.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sasa.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scattering-debye-sans.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scattering-debye-sans.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scattering-debye-saxs.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scattering-debye-saxs.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scattering-debye.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scattering-debye.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scattering.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scatteringfactors.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + scatteringfactors.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + select.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + surfacearea.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + FLAG_DOTS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + FLAG_VOLUME │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + FLAG_ATOM_AREA │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trajectory.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + unionfind.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + runnercommon.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + runnercommon.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ angle.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ angle.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - angle.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + clustsize.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinerunner.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cmdlinerunner.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert_trj.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert_trj.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - convert_trj.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ distance.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ distance.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - distance.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dssp.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dssp.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - dssp.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ extract_cluster.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ extract_cluster.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - extract_cluster.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ freevolume.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ freevolume.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - freevolume.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gyrate.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gyrate.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gyrate.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hbond.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hbond.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - hbond.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - isotope.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - isotope.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ msd.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ msd.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - msd.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pairdist.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pairdist.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - pairdist.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rdf.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rdf.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - rdf.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sasa.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sasa.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - sasa.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scattering-debye-sans.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scattering-debye-sans.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scattering-debye-saxs.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scattering-debye-saxs.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scattering-debye.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scattering-debye.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scattering.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scattering.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scattering.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scatteringfactors.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - scatteringfactors.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ select.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ select.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - select.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ surfacearea.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ UNSP_ICO_DOD │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ UNSP_ICO_ARC │ │ │ │ │ │ @@ -106856,79 +105557,70 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nsc_dclm_pbc │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ surfacearea.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - surfacearea.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - FLAG_DOTS │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - FLAG_VOLUME │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - FLAG_ATOM_AREA │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + test_selection.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + main │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + topologyinformation.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + topologyinformation.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trajectory.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trajectory.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - trajectory.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - unionfind.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - runnercommon.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - runnercommon.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - clustsize.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinerunner.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - cmdlinerunner.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - moduletest.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - moduletest.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - moduletest.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - moduletest.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - test_selection.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - main │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ unionfind.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - topologyinformation.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utility.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + isDlbOn │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + isDlbDisabled │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dim2char │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + make_tric_corr_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_screw_box │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ddGetAtomInfo │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dd_load_count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dd_resize_atominfo_and_state │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + atomToAtomIntoDomainToDomainCutoff │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + domainToDomainIntoAtomToDomainCutoff │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - topologyinformation.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + utility.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -106988,20 +105680,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmxSourceDoiString │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ binaryinformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - booltype.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - booltype.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compare.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_int │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_int64 │ │ │ │ │ │ @@ -107288,14 +105974,74 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_abort │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ binaryinformation.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_bitmask_t │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_clear │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_set_bit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_init_bit │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_init_low_bits │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_set │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_disjoint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_equal │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_is_zero │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask_union │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + to_hex_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + to_hex_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + to_hex_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bitmask.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_CLASSNAME_ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_CLASSNAME │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_TEST_P_ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + BITMASK_TEST_P │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ booltype.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compare.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ equal_real │ │ │ │ │ │ @@ -107750,26 +106496,53 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ keyvaluetree.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ keyvaluetreemdpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + keyvaluetreeserializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + SERIALIZER │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + keyvaluetreeserializer.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + keyvaluetreetransform.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + keyvaluetreetransform.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ loggerbuilder.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + message_string_collector.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + message_string_collector.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mpiinfo.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ niceheader.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nodelete.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + path.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + path.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pleasecite.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NSTR │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sc_lineWidth │ │ │ │ │ │ @@ -107873,74 +106646,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ alignedallocator_impl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ arrayref.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - gmx_bitmask_t │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_clear │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_set_bit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_init_bit │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_init_low_bits │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_set │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_disjoint │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_equal │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_is_zero │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask_union │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - to_hex_string │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - to_hex_string │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - to_hex_string │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - bitmask.h │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_CLASSNAME_ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_CLASSNAME │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_TEST_P_ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - BITMASK_TEST_P │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bitmask128.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -107951,14 +106664,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bitmask64.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + booltype.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + booltype.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cstringutil.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ COMMENTSIGN │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_string_hash_init │ │ │ │ │ │ @@ -108029,50 +106748,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enumerationhelpers.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fixedcapacityvector.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - keyvaluetreeserializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - SERIALIZER │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - keyvaluetreeserializer.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - keyvaluetreetransform.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - keyvaluetreetransform.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ listoflists.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ logger.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ logger.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - message_string_collector.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - message_string_collector.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - path.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - path.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ physicalnodecommunicator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ physicalnodecommunicator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -108185,17 +106877,497 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mdrun.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mdrun_main.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nonbonded_bench.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nonbonded_bench.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nonbonded_bench.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + boxdeformation.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + boxdeformation.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkpoint.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + CPT_MAGIC1 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + CPT_MAGIC2 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + StateKineticEntry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + EkinNumber │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + EkinHalfStep │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + DEkinDLambda │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Mvcos │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + EkinFullStep │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + EkinHalfStepOld │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + EkinNoseHooverScaleFullStep │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + EkinNoseHooverScaleHalfStep │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + VelocityScale │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + EkinTotal │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + StateEnergyEntry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + N │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Aver │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Sum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NumSum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + SumSim │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NumSumSim │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NumSteps │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NumStepsSim │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + DeltaHNN │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + DeltaHList │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + DeltaHStartTime │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + DeltaHStartLambda │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + StatePullEntry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NumCoordinates │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NumGroups │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NumValuesInXSum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NumValuesInFSum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + StatePullCoordEntry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ValueReferenceSum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ValueSum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + DR01Sum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + DR23Sum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + DR45Sum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + FScalarSum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + DynaxSum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + StatePullGroupEntry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + XSum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + StateFepEntry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + IsEquilibrated │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NumAtLambdaStats │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NumAtLambdaEquil │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + WangLandauHistogram │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + WangLandauDelta │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + SumWeights │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + SumDG │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + SumMinVar │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + SumVar │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Accump │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Accumm │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Accump2 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Accumm2 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Tij │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + TijEmp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + StateAwhEntry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + InInitial │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + EquilibrateHistogram │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + HistogramSize │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NumPoints │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + CoordPoint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + UmbrellaGridPoint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + UpdateList │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + LogScaledSampleWeight │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NumUpdates │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ForceCorrelationGrid │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + StatePullCommunicationEntry │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + PreviousStepCom │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + CptElementType │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + integer │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + realnum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + real3 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + matrix3x3 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cpt_version │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enumValueToString │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enumValueToString │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enumValueToString │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enumValueToString │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enumValueToString │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enumValueToString │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enumValueToString │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enumValueToString │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cp_warning │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cp_error │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_string_err │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_int │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_u_chars │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_enum_as_int │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_n_enum_as_int │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_int_err │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_bool_err │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_step_err │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_double_err │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_real_err │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_n_rvecs_err │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sizeOfXdrType │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + xdrProc │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + listXdrVector │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convertArrayRealPrecision │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convertArrayRealPrecision │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convertArrayRealPrecision │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + doVectorLow │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + doVector │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + doRealArrayRef │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + realArrayRefFromRVecArrayRef │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + doRvecVector │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpte_reals │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpte_real │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpte_ints │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpte_int │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpte_bool │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpte_doubles │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpte_double │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpte_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpte_nmatrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpte_matrices │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_header │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_footer │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_state │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_ekinstate │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_swapstate │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_enerhist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + doCptPullCoordHist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + doCptPullGroupHist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + doCptPullHist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_df_hist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_EDstate │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_correlation_grid │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_awh_bias │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_awh │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_mdmodules │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_cpt_files │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_checkpoint_data │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_int │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_match │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_checkpoint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + load_checkpoint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_checkpoint_part_and_step │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_checkpoint_data │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_checkpoint_trxframe │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + list_checkpoint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_checkpoint_simulation_part_and_filenames │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkpoint.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkpoint.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ comparison_helpers.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compressed_x_output.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -108227,44 +107399,299 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ exactcontinuation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ expandedensemble.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + freeenergy.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + freeenergy.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ freezegroups.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + grompp.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rm_interactions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_atom_names │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_bonds_timestep │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_vel │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_shells_inputrec │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nint_ftype │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + renumber_moltypes │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + molinfo2mtop │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + new_status │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + copy_state │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + cont_status │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + read_posres │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sumComForRestraints │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + subComFromRestraints │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calcPosresCom │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gen_posres │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + set_wall_atomtype │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + nrdf_internal │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + spline1d │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + interpolate1d │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + setup_cmap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_cmap_grid │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + count_constraints │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_temp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_max_reference_temp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkForUnboundAtoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkForUnboundAtoms │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + haveDecoupledModeInMol │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkDecoupledModeAccuracy │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + set_verlet_buffer │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + maxNonPerturbedExclusionDistance │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + checkExclusionDistances │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + deformInitFlow │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_grompp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + grompp.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + helpwriting.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + helpwriting.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ initialconstraints.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ interactiveMD.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mdruncomparison.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mimic.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + mimic.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + minimize.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + em_state_t │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + print_em_start │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + em_time_end │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sp_header │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + warn_step │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + print_converged │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_f_norm_max │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_state_f_norm_max │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_em │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + finish_em │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + swap_em_state │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + write_em_traj │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_em_step │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + em_dd_partition_system │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + reorder_partsum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pr_beta │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + minimize.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + moduletest.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + moduletest.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + moduletest.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + moduletest.h │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multiple_time_stepping.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + multisim.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + buildMultiSimulation │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_sumd_sim │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_sumf_sim │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_sumi_sim │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gmx_sumli_sim │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gatherIntFromMultiSimulation │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_multi_int │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_multi_int64 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + findIsSimulationMainRank │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + isMainSim │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + isMainSimMainRank │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + multisim_int_all_are_equal │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + logInitialMultisimStatus │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + multisim.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multisimtest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multisimtest.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nonbonded_bench.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - nonbonded_bench.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ normalmodes.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + orires.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + extendStateWithOriresHistory │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + diagonalize_orires_tensors │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + print_orires_log │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_orires_dev │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + orires │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + orires.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ outputfiles.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ periodicactions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -108278,29 +107705,593 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ periodicactions_coupling.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pmetest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Lock │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sc_isAngleType │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + registrationMutex │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + groupPbcFromParams │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_coordinate_is_directional │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_coordinate_units │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_conversion_factor_userinput2internal │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_conversion_factor_internal2userinput │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + apply_forces_grp_part │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + apply_forces_grp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + apply_forces_cyl_grp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + apply_forces_vec_torque │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + apply_forces_coord │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + max_pull_distance2 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + low_get_pull_coord_dr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_pull_coord_dr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + make_periodic_2pi │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sanitizePullCoordReferenceValue │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + updatePullCoordReferenceValue │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_dihedral_angle_coord │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_pull_coord_distance │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_pull_coord_deviation │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_pull_coord_value │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_pull_coord_value │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + clear_pull_forces │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_constraint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_virial_coord_dr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_virial_coord │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_pull_coord_scalar_force_and_potential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calculateVectorForces │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + register_external_pull_potential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_external_potential_registration │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + apply_external_pull_coord_force │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_pull_pot_coord │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_potential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_apply_forces │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_constraint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + dd_make_local_pull_groups │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_pull_group_index │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_pull │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + destroy_pull │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + preparePrevStepPullComNewSimulation │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + preparePrevStepPullCom │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + finish_pull │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_have_potential │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_have_constraint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_have_constraint │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_rotation.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + WEIGHT_MIN │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + PRINT_FORCE_J │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + PRINT_POT_TAU │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ISFLEX │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ISCOLL │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + GAUSS_NORM │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + SLAB_MIN_ATOMS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + RotStr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + HaveFlexibleGroups │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + HavePotFitGroups │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + allocate_square_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + free_square_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_fitangle │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bPotAngle │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bSlabTau │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + reduce_output │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_rot_forces │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_beta_max │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_beta │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + gaussian_weight │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_slab_weight │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_slab_centers │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_rotmat │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + torque │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + print_aligned │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + print_aligned_short │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + open_output_file │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + open_slab_out │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_to_string │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_to_string_aligned │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + open_rot_out │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + open_angles_out │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + open_torque_out │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + swap_val │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + swap_col │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + diagonalize_symmetric │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + align_with_z │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_correl_matrix │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + weigh_coords │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + opt_angle_analytic │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + flex_fit_angle │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + flex_fit_angle_perslab │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + shift_single_coord │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_homeslab │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_single_atom_gaussians │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + flex2_precalc_inner_sum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + flex_precalc_inner_sum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_flex2_lowlevel │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_flex_lowlevel │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sort_collective_coordinates │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_firstlast_atom_per_slab │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_first_slab │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_last_slab │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_firstlast_slab_check │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_flexible │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + angle │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + project_onto_plane │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_fixed │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_radial_motion │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_radial_motion_pf │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + radial_motion2_precalc_inner_sum │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_radial_motion2 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_firstlast_atom_ref │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + allocate_slabs │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_firstlast_slab_ref │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + copy_correct_pbc_image │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_rot_group │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + calc_mpi_bufsize │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_rot │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rotate_local_reference │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + choose_pbc_image │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_rotation │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + pull_rotation.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + replicaexchange.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + MSRANK │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ReplicaExchangeType │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Temperature │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Lambda │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + EndSingle │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + TemperatureLambda │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + c_probabilityCutoff │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + enumValueToString │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + replicaexchange.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ replicaexchange_equivalence.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rerun.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + prepareRerunState │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + rerun.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simple_mdrun.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simulator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simulatorcomparison.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simulatorcomparison.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + swapcoords.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ChannelHistory │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + None │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Ch0 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Ch1 │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Domain │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Notset │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + A │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + B │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + t_compartment │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + t_swapgrp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + SwS │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + SwSEmpty │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + CompStr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + SwapStr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + DimStr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + ChannelString │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + DomainString │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + is_in_channel │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + print_ionlist │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_molecule_center │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + compartment_contains_atom │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + update_time_window │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + add_to_list │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_compartment_boundaries │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + detect_flux_per_channel │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + sortMoleculesIntoCompartments │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_initial_ioncounts │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_initial_ioncounts_from_cpt │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bc_initial_concentrations │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + check_swap_groups │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_group_apm_check │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + print_ionlist_legend │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + detect_flux_per_channel_init │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + outputStartStructureIfWanted │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_swapstate │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + getRequestedChargeImbalance │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + copyIndicesToGroup │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + convertOldToNewGroupFormat │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + bConvertFromOldTpr │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + init_swapcoords │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + finish_swapcoords │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + need_swap │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + get_index_of_distant_atom │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + translate_positions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + apply_modified_positions │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_swapcoords │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + swapcoords.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tabulated_bonded_interactions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ termination.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -108308,14 +108299,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ terminationhelper.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tpitest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trajectory_writing.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + do_md_trajectory_writing │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + trajectory_writing.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trajectorycomparison.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trajectorycomparison.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -108473,14 +108473,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trajectoryreader.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ xvgtest.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + interactivetest.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + interactivetest.cpp │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ loggertest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mpi_printer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -108530,20 +108536,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testmatchers.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testoptions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - interactivetest.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ - interactivetest.cpp │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mpitest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mpitest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/todo.xml.gz │ │ │ │ ├── todo.xml │ │ │ │ │ ├── todo.xml │ │ │ │ │ │ @@ -2663,15 +2663,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Change this to class │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ │ - gmx_pme_init │ │ │ │ │ │ + gmx_pme_init │ │ │ │ │ │ (const │ │ │ │ │ │ t_commrec │ │ │ │ │ │ *cr, const │ │ │ │ │ │ NumPmeDomains │ │ │ │ │ │ &numPmeDomains, const │ │ │ │ │ │ t_inputrec │ │ │ │ │ │ *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, │ │ │ │ │ │ @@ -3202,15 +3202,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ renaming coefficients to charges (?) │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ │ - pme_run_mode │ │ │ │ │ │ + pme_run_mode │ │ │ │ │ │ (const gmx_pme_t *pme) │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ This is a rather static data that should be managed by the higher level task scheduler. │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/manual-2025.1-Debian_2025.1_1.pdf │ │ │ │ ├── pdftotext {} - │ │ │ │ │ @@ -17658,15 +17658,15 @@ │ │ │ │ │ Lindahl, Erik Marklund, Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Sander Pronk, Alfons Sijbers, Balint Soproni, David │ │ │ │ │ van der Spoel, Peter Tieleman, Carsten Uphoff, Jon Vincent, Teemu Virolainen, Christian Wennberg, Maarten │ │ │ │ │ Wolf, Artem Zhmurov │ │ │ │ │ Project leaders: Berk Hess, Erik Lindahl │ │ │ │ │ © 1991 – 2000: │ │ │ │ │ Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, │ │ │ │ │ The Netherlands. │ │ │ │ │ -© 2001 – 2026: │ │ │ │ │ +© 2001 – 2025: │ │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University, │ │ │ │ │ Sweden. │ │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so, due to lack of time of the contributors – our first │ │ │ │ │ priority is to improve the software. It is worked on continuously, which in some cases might mean the information │ │ │ │ │ is not entirely correct. │ │ │ │ │ Comments on form and content are welcome, please send them to the user discussion forum or the developer │ │ │ │ │ discussion forum (see our webpage or this section on how to contribute (page 596)), or open an issue on our issue │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/reference-manual/preface.html │ │ │ │ @@ -4457,15 +4457,15 @@ │ │ │ │ 00011680: 6973 7472 792c 2055 6e69 7665 7273 6974 istry, Universit │ │ │ │ 00011690: 7920 6f66 2047 726f 6e69 6e67 656e 2e0a y of Groningen.. │ │ │ │ 000116a0: 4e69 6a65 6e62 6f72 6768 2034 2c20 3937 Nijenborgh 4, 97 │ │ │ │ 000116b0: 3437 2041 4720 4772 6f6e 696e 6765 6e2c 47 AG Groningen, │ │ │ │ 000116c0: 2054 6865 204e 6574 6865 726c 616e 6473 The Netherlands │ │ │ │ 000116d0: 2e3c 2f70 3e0a 3c2f 6469 763e 3c2f 626c .

.
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.. │ │ │ │ -000116f0: 3230 3031 20e2 8093 2032 3032 363a 3c2f 2001 ... 2026:.

. │ │ │ │ 00011710: 3c64 6976 3e3c 703e 5468 6520 4752 4f4d

The GROM │ │ │ │ 00011720: 4143 5320 6465 7665 6c6f 706d 656e 7420 ACS development │ │ │ │ 00011730: 7465 616d 7320 6174 2074 6865 2052 6f79 teams at the Roy │ │ │ │ 00011740: 616c 2049 6e73 7469 7475 7465 206f 6620 al Institute of │ │ │ │ 00011750: 5465 6368 6e6f 6c6f 6779 2061 6e64 0a55 Technology and.U │ │ │ │ 00011760: 7070 7361 6c61 2055 6e69 7665 7273 6974 ppsala Universit │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -457,15 +457,15 @@ │ │ │ │ │ Lindahl, Erik Marklund, Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Sander Pronk, Alfons │ │ │ │ │ Sijbers, Balint Soproni, David van der Spoel, Peter Tieleman, Carsten Uphoff, │ │ │ │ │ Jon Vincent, Teemu Virolainen, Christian Wennberg, Maarten Wolf, Artem Zhmurov │ │ │ │ │ Project leaders: Berk Hess, Erik Lindahl │ │ │ │ │ © 1991 – 2000: │ │ │ │ │ Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. │ │ │ │ │ Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands. │ │ │ │ │ -© 2001 – 2026: │ │ │ │ │ +© 2001 – 2025: │ │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology │ │ │ │ │ and Uppsala University, Sweden. │ │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so, due to lack of time │ │ │ │ │ of the contributors – our first priority is to improve the software. It is │ │ │ │ │ worked on continuously, which in some cases might mean the information is not │ │ │ │ │ entirely correct. │ │ │ │ │ Comments on form and content are welcome, please send them to the _u_s_e_r │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/searchindex.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -11088,15 +11088,15 @@ │ │ │ │ │ "2019": [30, 38, 193, 204, 239, 240, 241, 242, 259, 265, 266, 267, 268, 269, 282, 294, 371], │ │ │ │ │ "2020": [4, 11, 15, 17, 28, 38, 180, 193, 255, 275, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 311, 337, 348, 371], │ │ │ │ │ "2021": [38, 193, 266, 269, 270, 291, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 311, 326, 371], │ │ │ │ │ "2022": [0, 17, 27, 28, 38, 271, 285, 286, 307, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 327, 371], │ │ │ │ │ "2023": [38, 122, 193, 287, 301, 302, 323, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 371], │ │ │ │ │ "2024": [37, 38, 80, 83, 122, 195, 242, 315, 316, 317, 318, 339, 345, 352, 353, 366], │ │ │ │ │ "2025": [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 342, 343, 344, 346, 347, 349, 350, 351, 352, 353, 354, 355, 357, 358, 359, 360, 361, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375], │ │ │ │ │ - "2026": [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 342, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 349, 350, 351, 352, 353, 354, 355, 356, 357, 358, 359, 360, 361, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375], │ │ │ │ │ + "2026": [249, 356], │ │ │ │ │ "2027": 249, │ │ │ │ │ "2028": 249, │ │ │ │ │ "2029": 223, │ │ │ │ │ "2031": 242, │ │ │ │ │ "2032": [49, 193, 242], │ │ │ │ │ "2033": 223, │ │ │ │ │ "2037": [223, 239, 250],