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DataStoreSqlite — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + DataStoreSqlite — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/api/genetic_code/classes/cogent3.core.genetic_code.GeneticCode.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - GeneticCode — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + GeneticCode — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/api/genetic_code/genetic_code.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - genetic_code — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + genetic_code — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - 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moltype — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + moltype — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/api/sequence/classes/cogent3.core.sequence.DnaSequence.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - DnaSequence — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + DnaSequence — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/api/sequence/classes/cogent3.core.sequence.ProteinSequence.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - ProteinSequence — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + ProteinSequence — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - 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FilteringParser — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + FilteringParser — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/api/table/classes/cogent3.util.table.Columns.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Columns — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Columns — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/api/table/classes/cogent3.util.table.Table.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Table — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Table — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/api/table/table.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - table — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + table — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/api/tree/classes/cogent3.core.tree.PhyloNode.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - PhyloNode — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + PhyloNode — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/api/tree/tree.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - tree — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + tree — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/api/util/deserialise/classes/cogent3.util.deserialise.register_deserialiser.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - register_deserialiser — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + register_deserialiser — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/api/util/deserialise/deserialise_object.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - deserialise_object — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + deserialise_object — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - 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Using a protein model — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Using a protein model — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/index-align.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Sequence Alignment — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Sequence Alignment — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/index-loaders.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Loading data — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Loading data — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - 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│ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/load-unaligned.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Loading unaligned sequence data — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Loading unaligned sequence data — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/sample-concat.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Concatenating alignments — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Concatenating alignments — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/sample-fixed-len.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Sample an alignment to a fixed length — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Sample an alignment to a fixed length — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/sample-min-len.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Filter sequence collections and alignments by length — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Filter sequence collections and alignments by length — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/sample-omit-bad.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Remove problem sequences from an alignment — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Remove problem sequences from an alignment — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/sample-omit-degen.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Removing degenerate characters — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Removing degenerate characters — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/sample-omit-duplicated.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Remove duplicated sequences from an alignment — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Remove duplicated sequences from an alignment — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/sample-omit-gap.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Removing highly gapped positions — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Removing highly gapped positions — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/sample-take-n-seqs.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Select n sequences from a collection — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Select n sequences from a collection — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/sample-take-pos.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Sample nucleotides from a given codon position — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Sample nucleotides from a given codon position — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/sample-take-seqs.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Select named sequences from a collection — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Select named sequences from a collection — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/sample-trim-stops.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Remove trailing stop codons from sequences in an alignment — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Remove trailing stop codons from sequences in an alignment — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/write-db.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Writing a database to file — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Writing a database to file — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/write-json.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Writing JSON Serialised Objects — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Writing JSON Serialised Objects — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/write-seqs.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Writing sequences and sequence alignments — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Writing sequences and sequence alignments — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_cookbook/write-tabular.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Writing tabular data — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Writing tabular data — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_overview/app-get.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Getting an app — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Getting an app — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_overview/app-help.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Getting help on an app — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Getting help on an app — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_overview/app-overview.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Overview of using apps — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Overview of using apps — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_overview/available-apps.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Displaying installed apps — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Displaying installed apps — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_overview/dstore.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Data stores – collections of data records — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Data stores – collections of data records — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_overview/not-completed.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Tracking records that could not be processed — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Tracking records that could not be processed — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/evo-ancestral-states.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Reconstructing ancestral states — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Reconstructing ancestral states — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/evo-dt-nuc-model.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Applying a discrete-time, non-stationary nucleotide model — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Applying a discrete-time, non-stationary nucleotide model — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/evo-extract-model-stats.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Extracting maximum likelihood estimates from a model_result — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Extracting maximum likelihood estimates from a model_result — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/evo-hypothesis.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Testing a hypothesis – non-stationary or time-reversible — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Testing a hypothesis – non-stationary or time-reversible — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/evo-model-timehet.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Specifying a non-stationary model with time-heterogeneous parameters — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Specifying a non-stationary model with time-heterogeneous parameters — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/evo-model-with-tree.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Apply a non-stationary nucleotide model to an alignment with a tree — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Apply a non-stationary nucleotide model to an alignment with a tree — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/evo-model.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Apply a non-stationary nucleotide model to an alignment with 3 sequences — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Apply a non-stationary nucleotide model to an alignment with 3 sequences — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/evo-natsel_neutral.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - natsel_neutral – a test for selective neutrality — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + natsel_neutral – a test for selective neutrality — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/evo-natsel_sitehet.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - natsel_sitehet – a test of site heterogeneity — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + natsel_sitehet – a test of site heterogeneity — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/evo-natsel_timehet.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - natsel_timehet – a test of branch heterogeneity — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + natsel_timehet – a test of branch heterogeneity — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/evo-natsel_zhang.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - natsel_zhang – a branch-site test — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + natsel_zhang – a branch-site test — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/evo-nstat-codon-model.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Applying GNC, a non-stationary codon model — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Applying GNC, a non-stationary codon model — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/evo-tr-codon-model.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Applying a time-reversible codon model — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Applying a time-reversible codon model — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/evo-tr-nuc-model.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Applying a time-reversible nucleotide model — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Applying a time-reversible nucleotide model — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/index-evo-hypothesis.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Testing hypotheses about sequence evolution — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Testing hypotheses about sequence evolution — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/index-evo-model.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Modelling sequence evolution — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Modelling sequence evolution — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/app_tutorials/index-evo-natsel.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Testing for natural selection — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Testing for natural selection — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/index-app.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Overview of apps — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Overview of apps — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/index-cookbook.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - App Cookbook — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + App Cookbook — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/index-custom.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Custom Apps — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Custom Apps — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/index-help.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - <no title> — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + <no title> — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/index-tutorials.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Tutorials — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Tutorials — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/index.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - apps — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + apps — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/app/user_function.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Turn your functions into composable apps — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Turn your functions into composable apps — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/community.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Community — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Community — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/DNA_and_RNA_sequences.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Sequences — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Sequences — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/alignments.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Sequence Collections and Alignments — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Sequence Collections and Alignments — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/alphabet.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Alphabets — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Alphabets — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/annotation_db.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Annotation Databases — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Annotation Databases — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/building_alignments.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Building alignments — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Building alignments — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/building_phylogenies.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Building phylogenies — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Building phylogenies — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/calc_genetic_distance.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Genetic distance calculation — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Genetic distance calculation — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/evo_modelling.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Evolutionary Analysis Using Likelihood — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Evolutionary Analysis Using Likelihood — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/features.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Features — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Features — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/genetic_code.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Using genetic codes — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Using genetic codes — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/index.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Cookbook — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Cookbook — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/loading_sequences.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Loading a sequence from a file — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Loading a sequence from a file — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/loading_tabular.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Loading a csv file — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Loading a csv file — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/manipulating_biological_data.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Manipulating biological data — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Manipulating biological data — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/moltypes.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Molecular types — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Molecular types — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/protein_sequences.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Protein sequences — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Protein sequences — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/simple_trees.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Trees — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Trees — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/tables.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Tabular data — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Tabular data — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/union_dict.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - UnionDict – a dict with set like operations and keys as attributes — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + UnionDict – a dict with set like operations and keys as attributes — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/useful_utilities.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Useful Utilities — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Useful Utilities — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/cookbook/what_codes.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Available genetic codes — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Available genetic codes — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/data_file_links.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Data Files Used in the Documentation — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Data Files Used in the Documentation — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/draw/aln/plot_aln-coevolution.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Coevolution analysis — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Coevolution analysis — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/draw/aln/plot_aln-dotplot-1.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Dotplot basics — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Dotplot basics — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/draw/aln/plot_aln-dotplot-2.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Dotplot with annotated sequences — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Dotplot with annotated sequences — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/draw/aln/plot_aln-dotplot-3.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Assess alignment quality via dotplots — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Assess alignment quality via dotplots — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/draw/aln/plot_aln-gaps-per-seq.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Counting gaps per sequence — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Counting gaps per sequence — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/draw/aln/plot_aln-info-plot.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Information analysis of an alignment — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Information analysis of an alignment — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/draw/aln/plot_aln-seqlogo.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Sequence logos — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Sequence logos — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/draw/aln/plot_seq-features.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Sequence Features — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Sequence Features — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/draw/index.html │ │ │ │ @@ -4,27 +4,27 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Image Gallery — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Image Gallery — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/draw/tree/plot_tree-angular.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Angular Dendrogram Style — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Angular Dendrogram Style — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/draw/tree/plot_tree-circular.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Circular Dendrogram Style — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Circular Dendrogram Style — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/draw/tree/plot_tree-radial.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Radial Dendrogram Style — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Radial Dendrogram Style — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/draw/tree/plot_tree-square.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Square Dendrogram Style — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Square Dendrogram Style — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/draw/tree/plot_tree-support.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Showing Bootstrap Support — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Showing Bootstrap Support — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/align_codons_to_protein.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Map protein alignment gaps to DNA alignment gaps — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Map protein alignment gaps to DNA alignment gaps — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/calculate_UPGMA_cluster.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Make a UPGMA cluster — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Make a UPGMA cluster — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/calculate_neigbourjoining_tree.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Make a neighbor joining tree — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Make a neighbor joining tree — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/calculate_pairwise_distances.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Calculate pairwise distances between sequences — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Calculate pairwise distances between sequences — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/codon_models.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Using codon models — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Using codon models — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/coevolution.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Perform a coevolutionary analysis on biological sequence alignments — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Perform a coevolutionary analysis on biological sequence alignments — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/empirical_protein_models.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Use an empirical protein substitution model — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Use an empirical protein substitution model — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/hmm_par_heterogeneity.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Evaluate process heterogeneity using a Hidden Markov Model — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Evaluate process heterogeneity using a Hidden Markov Model — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/index.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Tutorials — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Tutorials — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/manipulating_tree_nodes.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Manipulation of Tree Node Objects — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Manipulation of Tree Node Objects — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/neutral_test.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - A test of the neutral theory — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + A test of the neutral theory — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/parallel.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Parallel computations — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Parallel computations — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/parametric_bootstrap.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Performing a parametric bootstrap — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Performing a parametric bootstrap — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/period_estimation.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Estimating periodic signals — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Estimating periodic signals — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/phylo_by_ls.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Phylogenetic reconstruction by least squares — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Phylogenetic reconstruction by least squares — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/rate_heterogeneity.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Analysis of rate heterogeneity — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Analysis of rate heterogeneity — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/relative_rate.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Performing a relative rate test — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Performing a relative rate test — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/scope_model_params_on_trees.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Allowing substitution model parameters to differ between branches — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Allowing substitution model parameters to differ between branches — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/simple.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - The simplest script — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + The simplest script — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/simulate_alignment.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Simulate an alignment — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Simulate an alignment — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/examples/testing_multi_loci.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Likelihood analysis of multiple loci — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Likelihood analysis of multiple loci — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/genindex.html │ │ │ │ @@ -3,26 +3,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Index — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Index — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/index.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - User Guides — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + User Guides — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/install.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Installation — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Installation — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/licenses.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - License — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + License — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/pycogent.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - How does cogent3 relate to PyCogent? — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + How does cogent3 relate to PyCogent? — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/search.html │ │ │ │ @@ -2,26 +2,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - Search - cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + Search - cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/python-cogent-doc/html/templates/class.html │ │ │ │ @@ -4,26 +4,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - <no title> — cogent3 2024.11.11 documentation │ │ │ │ + <no title> — cogent3 2025.12.16 documentation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │