--- /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.sXfwgWHE/b1/r-bioc-genomicfeatures_1.56.0+dfsg-1_arm64.changes +++ /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.sXfwgWHE/b2/r-bioc-genomicfeatures_1.56.0+dfsg-1_arm64.changes ├── Files │ @@ -1,2 +1,2 @@ │ │ - 8f6e2404c6b4258ad8a6079a6da7a702 926380 gnu-r optional r-bioc-genomicfeatures_1.56.0+dfsg-1_all.deb │ + 88d1f9a878157ce89f8201b609af0dbe 926220 gnu-r optional r-bioc-genomicfeatures_1.56.0+dfsg-1_all.deb ├── r-bioc-genomicfeatures_1.56.0+dfsg-1_all.deb │ ├── file list │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2024-08-18 10:06:12.000000 debian-binary │ │ --rw-r--r-- 0 0 0 2416 2024-08-18 10:06:12.000000 control.tar.xz │ │ --rw-r--r-- 0 0 0 923772 2024-08-18 10:06:12.000000 data.tar.xz │ │ +-rw-r--r-- 0 0 0 2412 2024-08-18 10:06:12.000000 control.tar.xz │ │ +-rw-r--r-- 0 0 0 923616 2024-08-18 10:06:12.000000 data.tar.xz │ ├── control.tar.xz │ │ ├── control.tar │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │ │┄ Files differ │ ├── data.tar.xz │ │ ├── data.tar │ │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/doc/GenomicFeatures.html │ │ │ │ @@ -142,15 +142,15 @@ │ │ │ │
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Obtaining and Utilizing TxDb Objects

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list(name = “Marc Carlson”) │ │ │ │ list(name = “Patrick Aboyoun”) │ │ │ │ list(name = “Herv<U+00E9> Pag<U+00E8>s”) │ │ │ │ list(name = “Seth Falcon”) │ │ │ │ list(name = “Martin Morgan”)

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Tuesday, November 05, 2024

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Tuesday, December 09, 2025

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Introduction

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The GenomicFeatures package implements the TxDb container for │ │ │ │ storing transcript metadata for a given organism. A TxDb object │ │ │ │ stores the genomic positions of the 5’ and 3’ untranslated regions │ │ │ │ (UTRs), protein coding sequences (CDSs), and exons for a set of mRNA │ │ │ │ @@ -563,15 +563,15 @@ │ │ │ │ ## Matrix products: default │ │ │ │ ## BLAS: /usr/lib/aarch64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.12.0 │ │ │ │ ## LAPACK: /usr/lib/aarch64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.12.0 │ │ │ │ ## │ │ │ │ ## locale: │ │ │ │ ## [1] C │ │ │ │ ## │ │ │ │ -## time zone: /usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12 │ │ │ │ +## time zone: /usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14 │ │ │ │ ## tzcode source: system (glibc) │ │ │ │ ## │ │ │ │ ## attached base packages: │ │ │ │ ## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base │ │ │ │ ## │ │ │ │ ## other attached packages: │ │ │ │ ## [1] markdown_1.12 knitr_1.48 │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -1,12 +1,12 @@ │ │ │ │ │ ************ OObbttaaiinniinngg aanndd UUttiilliizziinngg TTxxDDbb OObbjjeeccttss ************ │ │ │ │ │ ********** lliisstt((nnaammee == ?“MMaarrcc CCaarrllssoonn?”)) lliisstt((nnaammee == ?“PPaattrriicckk AAbbooyyoouunn?”)) lliisstt((nnaammee == │ │ │ │ │ ?“HHeerrvv<> PPaagg<>ss?”)) lliisstt((nnaammee == ?“SSeetthh FFaallccoonn?”)) lliisstt((nnaammee == ?“MMaarrttiinn │ │ │ │ │ MMoorrggaann?”)) ********** │ │ │ │ │ -******** TTuueessddaayy,, NNoovveemmbbeerr 0055,, 22002244 ******** │ │ │ │ │ +******** TTuueessddaayy,, DDeecceemmbbeerr 0099,, 22002255 ******** │ │ │ │ │ ************ IInnttrroodduuccttiioonn ************ │ │ │ │ │ The GenomicFeatures package implements the TxDb container for storing │ │ │ │ │ transcript metadata for a given organism. A TxDb object stores the genomic │ │ │ │ │ positions of the 5’ and 3’ untranslated regions (UTRs), protein coding │ │ │ │ │ sequences (CDSs), and exons for a set of mRNA transcripts. The genomic │ │ │ │ │ positions are stored and reported with respect to a given genome assembly. TxDb │ │ │ │ │ objects have numerous accessors functions to allow such features to be │ │ │ │ │ @@ -290,15 +290,15 @@ │ │ │ │ │ ## Matrix products: default │ │ │ │ │ ## BLAS: /usr/lib/aarch64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.12.0 │ │ │ │ │ ## LAPACK: /usr/lib/aarch64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.12.0 │ │ │ │ │ ## │ │ │ │ │ ## locale: │ │ │ │ │ ## [1] C │ │ │ │ │ ## │ │ │ │ │ -## time zone: /usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12 │ │ │ │ │ +## time zone: /usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14 │ │ │ │ │ ## tzcode source: system (glibc) │ │ │ │ │ ## │ │ │ │ │ ## attached base packages: │ │ │ │ │ ## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base │ │ │ │ │ ## │ │ │ │ │ ## other attached packages: │ │ │ │ │ ## [1] markdown_1.12 knitr_1.48 │ │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/doc/GenomicFeatures.md │ │ │ │ @@ -2,15 +2,15 @@ │ │ │ │ title: "Obtaining and Utilizing TxDb Objects" │ │ │ │ author: │ │ │ │ - name: Marc Carlson │ │ │ │ - name: Patrick Aboyoun │ │ │ │ - name: Hervé Pagès │ │ │ │ - name: Seth Falcon │ │ │ │ - name: Martin Morgan │ │ │ │ -date: "Tuesday, November 05, 2024" │ │ │ │ +date: "Tuesday, December 09, 2025" │ │ │ │ package: GenomicFeatures │ │ │ │ vignette: | │ │ │ │ %\VignetteIndexEntry{Obtaining and Utilizing TxDb Objects} │ │ │ │ %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown} │ │ │ │ %\VignetteEncoding{UTF-8} │ │ │ │ %\VignetteDepends{GenomicFeatures,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19} │ │ │ │ %\VignetteKeywords{annotation, database} │ │ │ │ @@ -732,15 +732,15 @@ │ │ │ │ ## Matrix products: default │ │ │ │ ## BLAS: /usr/lib/aarch64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.12.0 │ │ │ │ ## LAPACK: /usr/lib/aarch64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.12.0 │ │ │ │ ## │ │ │ │ ## locale: │ │ │ │ ## [1] C │ │ │ │ ## │ │ │ │ -## time zone: /usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12 │ │ │ │ +## time zone: /usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14 │ │ │ │ ## tzcode source: system (glibc) │ │ │ │ ## │ │ │ │ ## attached base packages: │ │ │ │ ## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base │ │ │ │ ## │ │ │ │ ## other attached packages: │ │ │ │ ## [1] markdown_1.12 knitr_1.48