Diff of the two buildlogs: -- --- b1/build.log 2025-03-14 14:28:43.338431318 +0000 +++ b2/build.log 2025-03-14 16:27:50.483377653 +0000 @@ -1,6 +1,6 @@ I: pbuilder: network access will be disabled during build -I: Current time: Thu Apr 16 08:35:18 -12 2026 -I: pbuilder-time-stamp: 1776371718 +I: Current time: Sat Mar 15 04:28:50 +14 2025 +I: pbuilder-time-stamp: 1741962530 I: Building the build Environment I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/trixie-reproducible-base.tgz] I: copying local configuration @@ -28,52 +28,84 @@ dpkg-source: info: applying SyntaxWarning.patch I: Not using root during the build. I: Installing the build-deps -I: user script /srv/workspace/pbuilder/4079342/tmp/hooks/D02_print_environment starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2793062/tmp/hooks/D01_modify_environment starting +debug: Running on ionos11-amd64. +I: Changing host+domainname to test build reproducibility +I: Adding a custom variable just for the fun of it... +I: Changing /bin/sh to bash +'/bin/sh' -> '/bin/bash' +lrwxrwxrwx 1 root root 9 Mar 14 14:29 /bin/sh -> /bin/bash +I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash +I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2793062/tmp/hooks/D01_modify_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2793062/tmp/hooks/D02_print_environment starting I: set - BUILDDIR='/build/reproducible-path' - BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other' - BUILDUSERNAME='pbuilder1' - BUILD_ARCH='amd64' - DEBIAN_FRONTEND='noninteractive' - DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all parallel=42 ' - DISTRIBUTION='trixie' - HOME='/root' - HOST_ARCH='amd64' + BASH=/bin/sh + BASHOPTS=checkwinsize:cmdhist:complete_fullquote:extquote:force_fignore:globasciiranges:globskipdots:hostcomplete:interactive_comments:patsub_replacement:progcomp:promptvars:sourcepath + BASH_ALIASES=() + BASH_ARGC=() + BASH_ARGV=() + BASH_CMDS=() + BASH_LINENO=([0]="12" [1]="0") + BASH_LOADABLES_PATH=/usr/local/lib/bash:/usr/lib/bash:/opt/local/lib/bash:/usr/pkg/lib/bash:/opt/pkg/lib/bash:. + BASH_SOURCE=([0]="/tmp/hooks/D02_print_environment" [1]="/tmp/hooks/D02_print_environment") + BASH_VERSINFO=([0]="5" [1]="2" [2]="37" [3]="1" [4]="release" [5]="x86_64-pc-linux-gnu") + BASH_VERSION='5.2.37(1)-release' + BUILDDIR=/build/reproducible-path + BUILDUSERGECOS='second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other' + BUILDUSERNAME=pbuilder2 + BUILD_ARCH=amd64 + DEBIAN_FRONTEND=noninteractive + DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all parallel=20 ' + DIRSTACK=() + DISTRIBUTION=trixie + EUID=0 + FUNCNAME=([0]="Echo" [1]="main") + GROUPS=() + HOME=/root + HOSTNAME=i-capture-the-hostname + HOSTTYPE=x86_64 + HOST_ARCH=amd64 IFS=' ' - INVOCATION_ID='3ef4622378b14730b9ec78d18a82650c' - LANG='C' - LANGUAGE='en_US:en' - LC_ALL='C' - MAIL='/var/mail/root' - OPTIND='1' - PATH='/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games' - PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION='build' - PBUILDER_OPERATION='build' - PBUILDER_PKGDATADIR='/usr/share/pbuilder' - PBUILDER_PKGLIBDIR='/usr/lib/pbuilder' - PBUILDER_SYSCONFDIR='/etc' - PPID='4079342' - PS1='# ' - PS2='> ' + INVOCATION_ID=b02539449b6e47e7823f42a22513663d + LANG=C + LANGUAGE=et_EE:et + LC_ALL=C + MACHTYPE=x86_64-pc-linux-gnu + MAIL=/var/mail/root + OPTERR=1 + OPTIND=1 + OSTYPE=linux-gnu + PATH=/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path + PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION=build + PBUILDER_OPERATION=build + PBUILDER_PKGDATADIR=/usr/share/pbuilder + PBUILDER_PKGLIBDIR=/usr/lib/pbuilder + PBUILDER_SYSCONFDIR=/etc + PIPESTATUS=([0]="0") + POSIXLY_CORRECT=y + PPID=2793062 PS4='+ ' - PWD='/' - SHELL='/bin/bash' - SHLVL='2' - SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 18.1h 18h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.iyVzZWX7/pbuilderrc_JSaU --distribution trixie --hookdir /etc/pbuilder/first-build-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/trixie-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.iyVzZWX7/b1 --logfile b1/build.log coot_1.1.09+dfsg-4.dsc' - SUDO_GID='111' - SUDO_UID='106' - SUDO_USER='jenkins' - TERM='unknown' - TZ='/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12' - USER='root' - _='/usr/bin/systemd-run' - http_proxy='http://213.165.73.152:3128' + PWD=/ + SHELL=/bin/bash + SHELLOPTS=braceexpand:errexit:hashall:interactive-comments:posix + SHLVL=3 + SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 24.1h 24h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice -n 11 /usr/bin/unshare --uts -- /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.iyVzZWX7/pbuilderrc_jgJC --distribution trixie --hookdir /etc/pbuilder/rebuild-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/trixie-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.iyVzZWX7/b2 --logfile b2/build.log coot_1.1.09+dfsg-4.dsc' + SUDO_GID=111 + SUDO_UID=106 + SUDO_USER=jenkins + TERM=unknown + TZ=/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14 + UID=0 + USER=root + _='I: set' + http_proxy=http://46.16.76.132:3128 I: uname -a - Linux ionos15-amd64 6.12.12+bpo-amd64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Debian 6.12.12-1~bpo12+1 (2025-02-23) x86_64 GNU/Linux + Linux i-capture-the-hostname 6.1.0-31-amd64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Debian 6.1.128-1 (2025-02-07) x86_64 GNU/Linux I: ls -l /bin - lrwxrwxrwx 1 root root 7 Mar 4 2025 /bin -> usr/bin -I: user script /srv/workspace/pbuilder/4079342/tmp/hooks/D02_print_environment finished + lrwxrwxrwx 1 root root 7 Mar 4 11:20 /bin -> usr/bin +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2793062/tmp/hooks/D02_print_environment finished -> Attempting to satisfy build-dependencies -> Creating pbuilder-satisfydepends-dummy package Package: pbuilder-satisfydepends-dummy @@ -698,7 +730,7 @@ Get: 503 http://deb.debian.org/debian trixie/main amd64 python3-requests all 2.32.3+dfsg-4 [72.1 kB] Get: 504 http://deb.debian.org/debian trixie/main amd64 sharutils amd64 1:4.15.2-11 [268 kB] Get: 505 http://deb.debian.org/debian trixie/main amd64 swig amd64 4.3.0-1 [1503 kB] -Fetched 320 MB in 6s (55.8 MB/s) +Fetched 320 MB in 24s (13.6 MB/s) Preconfiguring packages ... Selecting previously unselected package libsystemd-shared:amd64. (Reading database ... (Reading database ... 5% (Reading database ... 10% (Reading database ... 15% (Reading database ... 20% (Reading database ... 25% (Reading database ... 30% (Reading database ... 35% (Reading database ... 40% (Reading database ... 45% (Reading database ... 50% (Reading database ... 55% (Reading database ... 60% (Reading database ... 65% (Reading database ... 70% (Reading database ... 75% (Reading database ... 80% (Reading database ... 85% (Reading database ... 90% (Reading database ... 95% (Reading database ... 100% (Reading database ... 19802 files and directories currently installed.) @@ -2321,8 +2353,8 @@ Setting up tzdata (2025a-2) ... Current default time zone: 'Etc/UTC' -Local time is now: Thu Apr 16 20:36:33 UTC 2026. -Universal Time is now: Thu Apr 16 20:36:33 UTC 2026. +Local time is now: Fri Mar 14 14:38:22 UTC 2025. +Universal Time is now: Fri Mar 14 14:38:22 UTC 2025. Run 'dpkg-reconfigure tzdata' if you wish to change it. Setting up libboost-atomic1.83.0:amd64 (1.83.0-4.1+b1) ... @@ -2808,7 +2840,11 @@ Building tag database... -> Finished parsing the build-deps I: Building the package -I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-genchanges -S > ../coot_1.1.09+dfsg-4_source.changes +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2793062/tmp/hooks/A99_set_merged_usr starting +Not re-configuring usrmerge for trixie +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2793062/tmp/hooks/A99_set_merged_usr finished +hostname: Name or service not known +I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-genchanges -S > ../coot_1.1.09+dfsg-4_source.changes dpkg-buildpackage: info: source package coot dpkg-buildpackage: info: source version 1.1.09+dfsg-4 dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable @@ -3127,8 +3163,8 @@ -- Found Boost: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/cmake/Boost-1.83.0/BoostConfig.cmake (found version "1.83.0") found components: iostreams system python regex thread serialization -- Found Python: /usr/bin/python3 (found suitable version "3.13.2", minimum required is "3.10") found components: Interpreter Development.Module Development.SABIModule -- Note: MAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS was not enabled --- Configuring done (2.2s) --- Generating done (0.1s) +-- Configuring done (18.1s) +-- Generating done (0.4s) CMake Warning: Manually-specified variables were not used by the project: @@ -3143,7 +3179,7 @@ -- Build files have been written to: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu make[1]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg' dh_auto_build - make -j42 + make -j20 make[1]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg' Making all in auxil make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/auxil' @@ -3189,11 +3225,11 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/macros' Making all in compat make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt1.cc -fPIC -DPIC -o .libs/getopt1.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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-D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt.cc -fPIC -DPIC -o .libs/getopt.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-compat.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu getopt.lo getopt1.lo +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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'/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DBACKWARD_HAS_DW=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DXDATADIR='"/usr/share"' -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong 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-Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs 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+3396,177 @@ Making all in coot-utils make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit 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mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-coord-extras.o .libs/coot-coord-lsq.o .libs/coot-tree-extras.o .libs/water-coordination.o .libs/lsq-improve.o .libs/coot-coord-utils-glyco.o .libs/jed-flip.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-coord-extras.so.0 -o .libs/libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-utils.o .libs/peak-search.o .libs/peak-search-from-list.o .libs/trim.o .libs/xmap-stats.o .libs/maps-spherical.o .libs/pepflip-using-difference-map.o .libs/exp-fit.o .libs/blob-line.o .libs/slurp-map.o .libs/find-water-baddies.o .libs/diff-diff-map-peaks.o .libs/mini-texture.o .libs/positron.o .libs/texture-as-floats.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -lz -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-utils.so.0 -o .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.so.0" && ln -s "libcoot-coord-extras.so.0.0.0" "libcoot-coord-extras.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.so" && ln -s "libcoot-coord-extras.so.0.0.0" "libcoot-coord-extras.so") +libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.la" && ln -s "../libcoot-coord-extras.la" "libcoot-coord-extras.la" ) libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.so.0" && ln -s "libcoot-map-utils.so.0.0.0" "libcoot-map-utils.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.so" && ln -s "libcoot-map-utils.so.0.0.0" "libcoot-map-utils.so") -libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.la" && ln -s "../libcoot-coord-extras.la" "libcoot-coord-extras.la" ) libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.la" && ln -s "../libcoot-map-utils.la" "libcoot-map-utils.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-mmrrcc mmrrcc.o ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.so.0" && ln -s "libcoot-map-heavy.so.0.0.0" "libcoot-map-heavy.so.0") @@ -3539,13 +3575,13 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils' Making all in angles make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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"libcoot-AngleInfo.so.0" && ln -s "libcoot-AngleInfo.so.0.0.0" "libcoot-AngleInfo.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-AngleInfo.so" && ln -s "libcoot-AngleInfo.so.0.0.0" "libcoot-AngleInfo.so") @@ -3553,19 +3589,19 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles' Making all in ccp4mg-utils make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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/usr/lib/x86_64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/bfkurt.o .libs/mogul.o .libs/kolmogorov.o .libs/stats.o .libs/cablam.o .libs/typed-distances.o .libs/b-factor-histogram.o .libs/daca.o .libs/rna-backbone.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-analysis.so.0 -o .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-analysis.so.0" && ln -s "libcoot-analysis.so.0.0.0" "libcoot-analysis.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-analysis.so" && ln -s "libcoot-analysis.so.0.0.0" "libcoot-analysis.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-analysis.la" && ln -s "../libcoot-analysis.la" "libcoot-analysis.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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cootaneer-sequence.lo cootaneer-sequence.cpp libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c buccaneer-lib.cpp -fPIC 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o ng.lo ng.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 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coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::operator=(coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t&&)' at new-residue-by-3-phi-psi.hh:54:13, - inlined from 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const' at new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80: -/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:938:9: warning: '.coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::upstream_C.std::pair::second' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] - 938 | second = std::forward(__p.second); - | ^~~~~~ -new-residue-by-3-phi-psi.cc: In member function 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const': -new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80: note: '' declared here - 127 | atoms_in_residue = connecting_atoms_t(N_at_pos, CA_at_pos, C_at_pos); - | ^ -In member function 'std::pair<_T1, _T2>& std::pair<_T1, _T2>::operator=(std::__conditional_t<((bool)std::__and_, std::is_move_assignable<_T2> >::value), std::pair<_T1, _T2>&&, std::__nonesuch&&>) [with _T1 = bool; _T2 = clipper::Coord_orth]', - inlined from 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t& coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::operator=(coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t&&)' at new-residue-by-3-phi-psi.hh:54:13, - inlined from 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const' at new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80: -/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:938:9: warning: '.coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::downstream_N.std::pair::second' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] - 938 | second = std::forward(__p.second); - | ^~~~~~ -new-residue-by-3-phi-psi.cc: In member function 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const': -new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80: note: '' declared here - 127 | atoms_in_residue = connecting_atoms_t(N_at_pos, CA_at_pos, C_at_pos); - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" 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/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64, + from /usr/include/c++/14/string:51, + from /usr/include/c++/14/stdexcept:39, + from ../coot-utils/coot-coord-utils.hh:26, + from new-residue-by-3-phi-psi.cc:28: +In member function 'std::pair<_T1, _T2>& std::pair<_T1, _T2>::operator=(std::__conditional_t<((bool)std::__and_, std::is_move_assignable<_T2> >::value), std::pair<_T1, _T2>&&, std::__nonesuch&&>) [with _T1 = bool; _T2 = clipper::Coord_orth]', + inlined from 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t& coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::operator=(coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t&&)' at new-residue-by-3-phi-psi.hh:54:13, + inlined from 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const' at new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80: +/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:938:9: warning: '.coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::upstream_C.std::pair::second' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] + 938 | second = std::forward(__p.second); + | ^~~~~~ +new-residue-by-3-phi-psi.cc: In member function 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const': +new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80: note: '' declared here + 127 | atoms_in_residue = connecting_atoms_t(N_at_pos, CA_at_pos, C_at_pos); + | ^ +In member function 'std::pair<_T1, _T2>& std::pair<_T1, _T2>::operator=(std::__conditional_t<((bool)std::__and_, std::is_move_assignable<_T2> >::value), std::pair<_T1, _T2>&&, std::__nonesuch&&>) [with _T1 = bool; _T2 = clipper::Coord_orth]', + inlined from 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t& coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::operator=(coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t&&)' at new-residue-by-3-phi-psi.hh:54:13, + inlined from 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const' at new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80: +/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:938:9: warning: '.coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::downstream_N.std::pair::second' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] + 938 | second = std::forward(__p.second); + | ^~~~~~ +new-residue-by-3-phi-psi.cc: In member function 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const': +new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80: note: '' declared here + 127 | atoms_in_residue = connecting_atoms_t(N_at_pos, CA_at_pos, C_at_pos); + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused 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'/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand' Making all in coords make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time 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-s "libcoot-coords.so.0.0.0" "libcoot-coords.so") @@ -4016,16 +4052,16 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords' Making all in density-contour make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time 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/usr/lib/x86_64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/Vectors.o .libs/CIsoSurface.o .libs/density-contour-triangles.o .libs/occlusion.o .libs/gaussian-surface.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs ../coords/.libs/libcoot-coords.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname 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-Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-high-res.so.0 -o .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-high-res.so.0" && ln -s "libcoot-high-res.so.0.0.0" "libcoot-high-res.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-high-res.so" && ln -s "libcoot-high-res.so.0.0.0" "libcoot-high-res.so") @@ -4086,9 +4122,9 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res' Making all in build make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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'/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles' Making all in CXXSurface make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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CXXNewHood.lo CXXNewHood.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXSphereElement.lo CXXSphereElement.cpp 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-Wno-unused -std=c++17 -c CXXCreator.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXCreator.o -CXXBall.cpp:87:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] - 87 | #warning Compiling for OMP - | ^~~~~~~ -CXXBall.cpp:157:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] - 157 | #warning Compiling for OMP - | ^~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp:431:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] - 431 | #warning Compiling for OMP - | ^~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp:569:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] - 569 | #warning Compiling for OMP - | ^~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXSurfaceVertex.cpp:25: + from CXXNewHood.cpp:27: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -4215,7 +4232,7 @@ | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXTorusElement.cpp:26: + from CXXQADSurfaceStaticData.cpp:24: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -4233,7 +4250,7 @@ | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXSphereElement.cpp:26: + from CXXSurfaceVertex.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -4250,22 +4267,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -CXXFortranFile.cpp: In member function 'size_t CXXFortranFile::getFortranData(char*, size_t, size_t, int)': -CXXFortranFile.cpp:192:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 192 | for (int i=0; i() { | ^ @@ -4282,8 +4285,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXSphereTriangle.h:28, - from CXXSphereTriangle.cpp:25: +In file included from CXXTorusNode.h:27, + from CXXTorusNode.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -4301,7 +4304,7 @@ | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXBall.cpp:25: + from CXXSphereElement.cpp:26: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -4319,7 +4322,7 @@ | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXNewHood.cpp:27: + from CXXCircleNode.cpp:24: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -4336,8 +4339,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXQADSurface.cpp:24: +In file included from CXXSphereTriangleEdge.h:29, + from CXXSphereTriangleEdge.cpp:26: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -4354,8 +4357,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXSphereTriangleEdge.h:29, - from CXXSphereTriangleEdge.cpp:26: +In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, + from CXXQADSurface.cpp:24: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -4372,8 +4375,23 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXQADSurfaceStaticData.cpp:24: +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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39 | CXXCoord() { | ^ @@ -4408,8 +4426,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXSphereNode.h:30, - from CXXSphereNode.cpp:25: +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXUtils.lo CXXUtils.cpp +In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, + from CXXCircle.cpp:26: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -4444,6 +4463,52 @@ CXXFFTSolventMap.cpp:743:21: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] 743 | if (SliceNr > dim[0] | SliceNr < 1) { | ~~~~~~~~^~~~~~~~ +CXXCircleNode.cpp: In static member function 'static int CXXCircleNode::probeContacts(std::vector&, double, std::map >&)': +CXXCircleNode.cpp:176:59: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<__gnu_cxx::__normal_iterator > >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 176 | for (int iCentralProbe = 0; iCentralProbe < centralBin.size(); iCentralProbe++){ + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from CXXSphereNode.h:30, + from CXXSphereNode.cpp:25: +CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXException.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXException.o +In file included from CXXCreator.h:41, + from CXXCreator.cpp:25: +CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXUtils.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXUtils.o +CXXSphereElement.cpp: In copy constructor 'CXXSphereElement::CXXSphereElement(const CXXSphereElement&)': +CXXSphereElement.cpp:279:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 279 | for (int i=0; i&)': +CXXSphereElement.cpp:673:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 673 | for (int i=0; i() { - | ^ -CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXTriangle.h:27, - from CXXTriangle.cpp:25: -CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -CXXSphereElement.cpp: In copy constructor 'CXXSphereElement::CXXSphereElement(const CXXSphereElement&)': -CXXSphereElement.cpp:279:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 279 | for (int i=0; i() { - | ^ -CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -CXXSphereElement.cpp: In member function 'int CXXSphereElement::translateBy(const CXXCoord&)': -CXXSphereElement.cpp:673:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 673 | for (int i=0; i&, std::vector&, double, CXXSurfaceMaker*, int)': -CXXBall.cpp:88:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 88 | for (int i=0; i< nBalls; i++){ - | ~^~~~~~~~ -CXXBall.cpp:93:26: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 93 | if (!(i%100) || i==nBalls-1) { - | ~^~~~~~~~~~ -CXXBall.cpp:129:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 129 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 160 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 193 | for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++) - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp:196:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] - 196 | delete static_cast(vdwBallPntrs[i]); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp:198:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 198 | for (int i = 0; i < contextBallPntrs.size(); i++) - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp:204:17: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] - 204 | delete static_cast(contextBallPntrs[i]); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'int CXXSurfaceMaker::calculateAccessibleFromAtoms(mmdb::Manager*, int, int, double, double, double, bool)': -CXXSurfaceMaker.cpp:255:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 255 | for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++) - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp:258:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] - 258 | delete static_cast(vdwBallPntrs[i]); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp:260:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 260 | for (int i = 0; i < contextBallPntrs.size(); i++) - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp:266:17: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] - 266 | delete static_cast(contextBallPntrs[i]); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::ballContacts(std::vector&, std::vector&, std::map >&)': -CXXBall.cpp:295:28: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 295 | for (int iBall=0; iBall< balls.size(); iBall++){ - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'int CXXSurfaceMaker::calculateFromAtoms(mmdb::Manager*, int, int, double, double, double, bool)': -CXXSurfaceMaker.cpp:509:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 509 | for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++) - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp:512:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] - 512 | delete static_cast(vdwBallPntrs[i]); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp:514:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 514 | for (int i = 0; i < contextBallPntrs.size(); i++) - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp:517:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] - 517 | delete static_cast(contextBallPntrs[i]); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp:520:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 520 | for (int i = 0; i < reentrantProbes.size(); i++) - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp:522:9: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXReentrantProbeBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] - 522 | delete static_cast(reentrantProbes[i]); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'SurfaceParameters CXXSurfaceMaker::measuredProperties()': -CXXSurfaceMaker.cpp:571:47: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 571 | for (int iChildSurface = 0; iChildSurface < childSurfaces.size(); iChildSurface++) - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from CXXCreator.h:41, - from CXXCreator.cpp:25: -CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, from CXXTriangle.h:27, from CXXSurface.h:39, @@ -4738,14 +4660,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -CXXQADSurface.cpp: In member function 'int CXXQADSurface::contourMap(double)': -CXXQADSurface.cpp:599:75: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 599 | iCompare >=compareStart && !iEquivalent; - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ -CXXCircleNode.cpp: In static member function 'static int CXXCircleNode::probeContacts(std::vector&, double, std::map >&)': -CXXCircleNode.cpp:176:59: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<__gnu_cxx::__normal_iterator > >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 176 | for (int iCentralProbe = 0; iCentralProbe < centralBin.size(); iCentralProbe++){ - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXBall.lo CXXBall.cpp CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::readGraspFile(std::string)': CXXSurface.cpp:155:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 155 | for (int i=0; i=compareStart && !iEquivalent; + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ +CXXBall.cpp:87:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] + 87 | #warning Compiling for OMP + | ^~~~~~~ +CXXBall.cpp:157:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] + 157 | #warning Compiling for OMP + | ^~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSurfaceMaker.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSurfaceMaker.o +CXXSurfaceMaker.cpp:431:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] + 431 | #warning Compiling for OMP + | ^~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp:569:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] + 569 | #warning Compiling for OMP + | ^~~~~~~ +In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, + from CXXBall.cpp:25: +CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, + from CXXSurfaceMaker.cpp:31: +CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::triangulateBalls(std::vector&, std::vector&, double, CXXSurfaceMaker*, int)': +CXXBall.cpp:88:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 88 | for (int i=0; i< nBalls; i++){ + | ~^~~~~~~~ +CXXBall.cpp:93:26: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 93 | if (!(i%100) || i==nBalls-1) { + | ~^~~~~~~~~~ +CXXBall.cpp:129:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 129 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 160 | for (int i=0; i&, std::vector&, std::map >&)': +CXXBall.cpp:295:28: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 295 | for (int iBall=0; iBall< balls.size(); iBall++){ + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'int CXXSurfaceMaker::calculateVDWFromAtoms(mmdb::Manager*, int, int, double, double, double, bool)': +CXXSurfaceMaker.cpp:193:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 193 | for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++) + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp:196:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] + 196 | delete static_cast(vdwBallPntrs[i]); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp:198:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 198 | for (int i = 0; i < contextBallPntrs.size(); i++) + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp:204:17: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] + 204 | delete static_cast(contextBallPntrs[i]); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'int CXXSurfaceMaker::calculateAccessibleFromAtoms(mmdb::Manager*, int, int, double, double, double, bool)': +CXXSurfaceMaker.cpp:255:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 255 | for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++) + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp:258:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] + 258 | delete static_cast(vdwBallPntrs[i]); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp:260:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 260 | for (int i = 0; i < contextBallPntrs.size(); i++) + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp:266:17: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] + 266 | delete static_cast(contextBallPntrs[i]); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'int CXXSurfaceMaker::calculateFromAtoms(mmdb::Manager*, int, int, double, double, double, bool)': +CXXSurfaceMaker.cpp:509:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 509 | for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++) + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp:512:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] + 512 | delete static_cast(vdwBallPntrs[i]); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp:514:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 514 | for (int i = 0; i < contextBallPntrs.size(); i++) + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp:517:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] + 517 | delete static_cast(contextBallPntrs[i]); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp:520:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 520 | for (int i = 0; i < reentrantProbes.size(); i++) + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp:522:9: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXReentrantProbeBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] + 522 | delete static_cast(reentrantProbes[i]); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'SurfaceParameters CXXSurfaceMaker::measuredProperties()': +CXXSurfaceMaker.cpp:571:47: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 571 | for (int iChildSurface = 0; iChildSurface < childSurfaces.size(); iChildSurface++) + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CXXCircle.lo CXXCircleNode.lo CXXCoord.lo CXXFortranFile.lo CXXNewHood.lo CXXSphereElement.lo CXXSphereNode.lo CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSurface.lo CXXSurfaceVertex.lo CXXTorusElement.lo CXXTorusNode.lo CXXTriangle.lo CXXQADSurface.lo CXXQADSurfaceStaticData.lo CXXCreator.lo CXXSpace.lo CXXFFTSolventMap.lo CXXChargeTable.lo CXXException.lo CXXUtils.lo CXXBall.lo CXXSurfaceMaker.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/CXXCircle.o .libs/CXXCircleNode.o .libs/CXXCoord.o .libs/CXXFortranFile.o .libs/CXXNewHood.o .libs/CXXSphereElement.o .libs/CXXSphereNode.o .libs/CXXSphereTriangle.o .libs/CXXSphereTriangleEdge.o .libs/CXXSurface.o .libs/CXXSurfaceVertex.o .libs/CXXTorusElement.o .libs/CXXTorusNode.o .libs/CXXTriangle.o .libs/CXXQADSurface.o .libs/CXXQADSurfaceStaticData.o .libs/CXXCreator.o .libs/CXXSpace.o .libs/CXXFFTSolventMap.o .libs/CXXChargeTable.o .libs/CXXException.o .libs/CXXUtils.o .libs/CXXBall.o .libs/CXXSurfaceMaker.o -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so") @@ -4863,122 +4899,74 @@ make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' Making all in CXXClasses make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo `test -f 'AtomPropertyRampColorRule.cpp' || echo './'`AtomPropertyRampColorRule.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo `test -f 'DirectedPositionedEntity.cpp' || echo './'`DirectedPositionedEntity.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" 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../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo `test -f 'RepresentationInstance.cpp' || echo './'`RepresentationInstance.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo `test -f 'BondsPrimitive.cpp' || echo './'`BondsPrimitive.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.lo `test -f 'DisplayPrimitive.cpp' || echo './'`DisplayPrimitive.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 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-fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c DishyBase.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SpherePrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.o In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from Light.h:29, - from Light.cpp:25: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -In file included from PositionedEntity.h:28, - from PositionedEntity.cpp:25: + from RotatedTranslatedScaledEntity.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 44 | #pragma omp simd +In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from RepresentationInstance.h:32, + from RepresentationInstance.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 44 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd -In file included from MyMolecule.h:28, - from MolecularRepresentation.h:32, - from MolecularRepresentation.cpp:27: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 57 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from ColorRule.h:29, - from ColorScheme.h:32, - from SecondaryColorScheme.h:29, - from SecondaryColorScheme.cpp:25: +In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from Light.h:29, + from Light.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5003,9 +4991,7 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from FlatFanPrimitive.h:29, - from FlatFanPrimitive.cpp:25: + from DisplayPrimitive.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5016,9 +5002,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from PositionedEntity.h:28, - from DirectedPositionedEntity.h:28, - from DirectedPositionedEntity.cpp:25: +In file included from ColorRule.h:29, + from SolidColorRule.h:27, + from SolidColorRule.cpp:26: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5029,8 +5015,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from RotatedTranslatedScaledEntity.cpp:25: +In file included from PositionedEntity.h:28, + from DirectedPositionedEntity.h:28, + from DirectedPositionedEntity.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5041,8 +5028,8 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from Renderer.h:28, - from Renderer.cpp:25: +In file included from NRStuff.h:31, + from NRStuff.cpp:29: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5053,8 +5040,8 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from CXXMatrix.h:28, - from CXXMatrix.cpp:24: +In file included from ColorRule.h:29, + from ColorRule.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5078,9 +5065,10 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from RepresentationInstance.h:32, - from RepresentationInstance.cpp:25: +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from BallsPrimitive.h:33, + from BallsPrimitive.cpp:28: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5091,18 +5079,11 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from CylinderPoint.h:29, - from CylinderPoint.cpp:28: +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from Representation.h:36, + from Representation.cpp:33: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd In file included from NRStuff.h:31, from DiscreteSegment.h:26, from DiscreteSegment.cpp:26: @@ -5116,10 +5097,6 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from NRStuff.h:31, - from NRStuff.cpp:29: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 44 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5128,33 +5105,8 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from ColorRule.h:29, - from ColorRule.cpp:25: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd -In file included from MyMolecule.h:28, - from MyMolecule.cpp:27: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd -In file included from ColorRule.h:29, - from SolidColorRule.h:27, - from SolidColorRule.cpp:26: +In file included from CXXMatrix.h:28, + from CXXMatrix.cpp:24: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5172,59 +5124,6 @@ from BoxSectionPrimitive.cpp:32: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from Representation.h:36, - from Representation.cpp:33: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from BallsPrimitive.h:33, - from BallsPrimitive.cpp:28: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from DisplayPrimitive.cpp:25: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from SticksPrimitive.h:31, - from SticksPrimitive.cpp:28: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 44 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5233,10 +5132,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from CylindersPrimitive.h:29, - from CylindersPrimitive.cpp:25: +In file included from MyMolecule.h:28, + from MolecularRepresentation.h:32, + from MolecularRepresentation.cpp:27: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5260,32 +5158,6 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from DishyBase.h:31, - from DishyBase.cpp:23: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -In file included from MyMolecule.h:28, - from MolecularRepresentation.h:32, - from MolecularRepresentationInstance.h:30, - from MolecularRepresentationInstance.cpp:25: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd In file included from ColorRule.h:29, from ColorScheme.h:32, from ColorScheme.cpp:25: @@ -5293,42 +5165,20 @@ 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 44 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from SurfacePrimitive.h:28, - from SurfacePrimitive.cpp:25: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 57 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from Polyhedron.h:32, - from oglPolyhedron.h:29, - from oglPolyhedron.cpp:25: +In file included from MyMolecule.h:28, + from MyMolecule.cpp:27: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from VertexColorNormalPrimitive.cpp:25: +In file included from ColorRule.h:29, + from ColorScheme.h:32, + from SecondaryColorScheme.h:29, + from SecondaryColorScheme.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5339,11 +5189,6 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from MyMolecule.h:28, - from CompoundSelection.h:35, - from CompoundSelection.cpp:25: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 44 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5400,6 +5245,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.lo `test -f 'Polyhedron.cpp' || echo './'`Polyhedron.cpp +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Polyhedron.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo `test -f 'CompoundSelection.cpp' || echo './'`CompoundSelection.cpp +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo `test -f 'PositionedEntity.cpp' || echo './'`PositionedEntity.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5448,6 +5298,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SticksPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.o ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5480,44 +5331,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -ColorScheme.h:95:23: warning: 'virtual FCXXCoord ColorScheme::colorForAtom(const mmdb::Atom*, std::map, int>&)' was hidden [-Woverloaded-virtual=] - 95 | virtual FCXXCoord colorForAtom(const mmdb::Atom* atom, std::map, int> &handles){ - | ^~~~~~~~~~~~ -SecondaryColorScheme.h:52:23: note: by 'virtual FCXXCoord SecondaryColorScheme::colorForAtom(mmdb::Atom*)' - 52 | virtual FCXXCoord colorForAtom(mmdb::Atom* atom){ - | ^~~~~~~~~~~~ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CompoundSelection.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.o +BoxSectionPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BoxSectionPrimitive::generateArrays()': +BoxSectionPrimitive.cpp:72:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 72 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~ +BoxSectionPrimitive.cpp:105:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 105 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5534,6 +5355,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c PositionedEntity.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5582,6 +5404,20 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from SticksPrimitive.h:31, + from SticksPrimitive.cpp:28: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5601,11 +5437,6 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ -In file included from MolecularRepresentation.cpp:28: -DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector >&)': -DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 41 | for (int i=0; i' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -5619,9 +5450,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -DishyBase.h:46:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 46 | for (int i=0; i() { | ^ @@ -5638,13 +5466,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from oglPolyhedron.h:29, - from SpherePrimitive.h:30, - from MolecularRepresentation.cpp:29: -Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateNormals()': DiscreteSegment.cpp:44:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 44 | for (int i=1; i<(calphas.size()-1); i++){ @@ -5663,6 +5484,26 @@ DiscreteSegment.cpp:135:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 135 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +In file included from MyMolecule.h:28, + from CompoundSelection.h:35, + from CompoundSelection.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo `test -f 'SurfacePrimitive.cpp' || echo './'`SurfacePrimitive.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5679,6 +5520,18 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from PositionedEntity.h:28, + from PositionedEntity.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5695,13 +5548,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -BoxSectionPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BoxSectionPrimitive::generateArrays()': -BoxSectionPrimitive.cpp:72:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 72 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~ -BoxSectionPrimitive.cpp:105:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 105 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo `test -f 'CylinderPoint.cpp' || echo './'`CylinderPoint.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5734,13 +5581,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector >&)': -DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 41 | for (int i=0; i() { | ^ @@ -5757,6 +5597,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from oglPolyhedron.h:29, + from SpherePrimitive.h:30, + from Representation.cpp:36: +Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': +Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5773,9 +5620,102 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo `test -f 'Renderer.cpp' || echo './'`Renderer.cpp +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SurfacePrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o +In file included from oglPolyhedron.h:29, + from BallsPrimitive.cpp:30: +Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': +Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylinderPoint.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.o +In file included from MyMolecule.cpp:36: +DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector >&)': +DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 41 | for (int i=0; i ColorScheme::colorRampChainsScheme()': +ColorScheme.cpp:61:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::__cxx11::basic_string::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 61 | for (int i=0; inVertices(); iVertex++){ + | ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +BallsPrimitive.cpp:110:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] + 110 | for (int iFace = 0; iFace < ((Polyhedron *)poly)->nFaces(); iFace++){ + | ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from SurfacePrimitive.h:28, + from SurfacePrimitive.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd +ColorScheme.h:95:23: warning: 'virtual FCXXCoord ColorScheme::colorForAtom(const mmdb::Atom*, std::map, int>&)' was hidden [-Woverloaded-virtual=] + 95 | virtual FCXXCoord colorForAtom(const mmdb::Atom* atom, std::map, int> &handles){ + | ^~~~~~~~~~~~ +SecondaryColorScheme.h:52:23: note: by 'virtual FCXXCoord SecondaryColorScheme::colorForAtom(mmdb::Atom*)' + 52 | virtual FCXXCoord colorForAtom(mmdb::Atom* atom){ + | ^~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Renderer.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.o +In file included from CylinderPoint.h:29, + from CylinderPoint.cpp:28: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd +In file included from MolecularRepresentation.cpp:28: +DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector >&)': +DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 41 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo `test -f 'oglPolyhedron.cpp' || echo './'`oglPolyhedron.cpp +In file included from Renderer.h:28, + from Renderer.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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-DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo `test -f 'Quaternion.cpp' || echo './'`Quaternion.cpp +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c VertexColorNormalPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylindersPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c oglPolyhedron.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5784,11 +5724,19 @@ 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MolecularRepresentationInstance.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ @@ -5796,15 +5744,15 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawRibbon()': +MolecularRepresentation.cpp:542:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 542 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5821,6 +5769,59 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawCalphas()': +MolecularRepresentation.cpp:740:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 740 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from VertexColorNormalPrimitive.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Quaternion.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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from CylindersPrimitive.h:29, + from CylindersPrimitive.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo `test -f 'Vector3.cpp' || echo './'`Vector3.cpp +In file included from Polyhedron.h:32, + from oglPolyhedron.h:29, + from oglPolyhedron.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd +In file included from MyMolecule.h:28, + from MolecularRepresentation.h:32, + from MolecularRepresentationInstance.h:30, + from MolecularRepresentationInstance.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5837,23 +5838,34 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -CylindersPrimitive.cpp: In member function 'virtual void CylindersPrimitive::generateArrays()': -CylindersPrimitive.cpp:85:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 85 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~ -CylindersPrimitive.cpp:113:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 113 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -In file included from oglPolyhedron.h:29, - from SpherePrimitive.h:30: -Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd +/bin/sh ../../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo `test -f 'lfit.c' || echo './'`lfit.c +CompoundSelection.cpp: In destructor 'CompoundSelection::~CompoundSelection()': +CompoundSelection.cpp:36:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CompoundSelection' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] + 36 | delete p; + | ^~~~~~~~ +CompoundSelection.cpp:39:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBStringPrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] + 39 | delete p; + | ^~~~~~~~ +CompoundSelection.cpp:42:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSecondaryTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] + 42 | delete p; + | ^~~~~~~~ +CompoundSelection.cpp:45:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSubsetTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] + 45 | delete p; + | ^~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.lo `test -f 'DishyBase.cpp' || echo './'`DishyBase.cpp +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Vector2.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Vector3.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.o +libtool: compile: gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c lfit.c -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c DishyBase.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.lo `test -f 'FlatFanPrimitive.cpp' || echo './'`FlatFanPrimitive.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5870,6 +5882,19 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from DishyBase.h:31, + from DishyBase.cpp:23: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 85 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~ +CylindersPrimitive.cpp:113:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 113 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5918,6 +5950,10 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': +Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5934,39 +5970,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from oglPolyhedron.h:29, - from SpherePrimitive.h:30, - from Representation.cpp:36: -Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -In file included from oglPolyhedron.h:29, - from BallsPrimitive.cpp:30: -Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -BallsPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BallsPrimitive::generateArrays()': -BallsPrimitive.cpp:96:39: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] - 96 | for (int iVertex = 0; iVertex < ((Polyhedron *)poly)->nVertices(); iVertex++){ - | ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -BallsPrimitive.cpp:110:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] - 110 | for (int iFace = 0; iFace < ((Polyhedron *)poly)->nFaces(); iFace++){ - | ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CompoundSelection.cpp: In destructor 'CompoundSelection::~CompoundSelection()': -CompoundSelection.cpp:36:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CompoundSelection' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] - 36 | delete p; - | ^~~~~~~~ -CompoundSelection.cpp:39:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBStringPrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] - 39 | delete p; - | ^~~~~~~~ -CompoundSelection.cpp:42:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSecondaryTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] - 42 | delete p; - | ^~~~~~~~ -CompoundSelection.cpp:45:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSubsetTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] - 45 | delete p; - | ^~~~~~~~ +DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector >&)': +DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 41 | for (int i=0; i >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 48 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 542 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawCalphas()': -MolecularRepresentation.cpp:740:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 740 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -ColorScheme.cpp: In static member function 'static std::shared_ptr ColorScheme::colorRampChainsScheme()': -ColorScheme.cpp:61:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::__cxx11::basic_string::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 61 | for (int i=0; i >&)': -DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 41 | for (int i=0; i() { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from FlatFanPrimitive.h:29, + from FlatFanPrimitive.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' MyMolecule.cpp: In member function 'int MyMolecule::loadCoords(char*, int)': MyMolecule.cpp:92:25: warning: 'char* __builtin_strncpy(char*, const char*, long unsigned int)' output may be truncated copying 8 bytes from a string of length 225 [-Wstringop-truncation] 92 | strncpy (field, tokenBuffer+30, 8); @@ -6027,7 +6063,7 @@ MyMolecule.cpp:101:25: warning: 'char* __builtin_strncpy(char*, const char*, long unsigned int)' output may be truncated copying 6 bytes from a string of length 195 [-Wstringop-truncation] 101 | strncpy (field, tokenBuffer+60, 6); | ^ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo 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libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.lo 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"libcoot-pli.so" && ln -s "libcoot-pli.so.0.0.0" "libcoot-pli.so") @@ -6063,19 +6099,19 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/python-tests' Making all in cootilus make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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-O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so.0" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.la" && ln -s "../libcoot_py_restraints.la" "libcoot_py_restraints.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs ./.libs/libcoot_py_restraints.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so.0" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.la" && ln -s "../pyrogen_boost.la" "pyrogen_boost.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot_py_restraints.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_pyrogen_swig.so.0" && ln -s "_pyrogen_swig.so.0.0.0" "_pyrogen_swig.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_pyrogen_swig.so" && ln -s "_pyrogen_swig.so.0.0.0" "_pyrogen_swig.so") @@ -6173,75 +6209,52 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/sounds' Making all in api make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule.lo coot-molecule.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-colour.lo coot-colour.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o add-terminal-residue.lo add-terminal-residue.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-blender.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecules-container-blender.o -molecules-container.hh:953: Warning 325: Nested class not currently supported (auto_read_mtz_info_t ignored) -molecules-container.hh:1042: Warning 325: Nested class not currently supported (r_factor_stats ignored) -molecules-container.hh:1709: Warning 325: Nested class not currently supported (fit_ligand_info_t ignored) -molecules-container.hh:1824: Warning 325: Nested class not currently supported (ltj_stats_t ignored) +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/.libs ./.libs/libcoot-api.so -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot_headless_api.so.0 -o .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot_headless_api.so.0" && ln -s "_coot_headless_api.so.0.0.0" "_coot_headless_api.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot_headless_api.so" && ln -s "_coot_headless_api.so.0.0.0" "_coot_headless_api.so") @@ -6287,36 +6323,32 @@ Making all in layla make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o main.o main.cpp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o layla_embedded.lo layla_embedded.cpp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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-I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o signals.lo signals.cpp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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.libs/ligand_editor_canvas.o -ligand_editor_canvas/core.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::WidgetCoreData::undo_edition()': -ligand_editor_canvas/core.cpp:74:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector >::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 74 | if(this->state_stack->size() > this->state_stack_pos + 1) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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coot::ligand_editor_canvas::impl::WidgetCoreData::undo_edition()': +ligand_editor_canvas/core.cpp:74:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector >::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 74 | if(this->state_stack->size() > this->state_stack_pos + 1) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ state.cpp: In member function 'void coot::layla::LaylaState::load_from_smiles()': state.cpp:147:39: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 147 | auto* load_dialog = gtk_dialog_new(); @@ -6810,25 +6846,25 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkmessagedialog.h:81:12: note: declared here 81 | GtkWidget* gtk_message_dialog_new (GtkWindow *parent, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 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coot_validation_graph_snapshot(GtkWidget*, GtkSnapshot*)': validation-graph-widget.cc:229:66: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] @@ -6850,7 +6886,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:112:6: note: declared here 112 | void gtk_style_context_get_color (GtkStyleContext *context, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la 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-lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/residue-validation-information.o .libs/validation-graph-widget.o .libs/validation-graphs.o .libs/validation-information.o .libs/sequence-view-widget.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath 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/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-validation-graphs.so.0 -o .libs/libcoot-validation-graphs.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-validation-graphs.so.0" && ln -s "libcoot-validation-graphs.so.0.0.0" "libcoot-validation-graphs.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-validation-graphs.so" && ln -s "libcoot-validation-graphs.so.0.0.0" "libcoot-validation-graphs.so") @@ -6858,107 +6894,61 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs' Making all in src make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-nucleotides.cc:39: + from c-interface-kk.cc:34: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7021,7 +7011,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-mmdb.cc:40: + from c-interface-gui.cc:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7042,7 +7032,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-mogul.cc:33: + from c-interface-maps.cc:52: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7063,7 +7053,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-preferences.cc:64: + from c-interface-build.cc:66: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7071,45 +7061,16 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from simple-refmac.cc:35: + from c-interface-curlew.cc:70: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-python.cc:40: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ @@ -7118,23 +7079,6 @@ 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-gui.cc:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { | ^ @@ -7143,24 +7087,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-kk.cc:34: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ @@ -7169,49 +7095,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-pisa.cc:34: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from atom-overlaps.cc:40: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-superpose.cc:38: + from c-interface-ligands-gui.cc:54: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7232,7 +7116,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-build-side-chain.cc:66: + from c-interface-build-morph.cc:65: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7253,32 +7137,11 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-build-symmetry.cc:64: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-refine.cc:41: + from init_coot_as_python_module.cc:37: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ @@ -7295,16 +7158,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-analysis.cc:36: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-sequence.cc:34: + from c-interface-build-main-chain.cc:63: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7313,14 +7167,6 @@ 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { | ^ @@ -7329,15 +7175,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-residues.cc:40: + from c-interface-ligands.cc:51: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7358,7 +7200,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-network.cc:52: + from atom-overlaps.cc:40: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7379,7 +7221,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-sharpen.cc:29: + from c-interface-gtk2.cc:59: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7400,7 +7242,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-build-morph.cc:65: + from c-interface-build-symmetry.cc:64: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7421,7 +7263,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-ncs.cc:51: + from c-interface-mmdb.cc:40: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7442,7 +7284,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-build-main-chain.cc:63: + from c-interface-bonds.cc:49: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7501,33 +7343,348 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-waters-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-waters-gui.o -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-refmac.cc:33: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from c-interface-curlew.cc:63: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from atom-overlaps.cc:39: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from gtk-utils.hh:26, + from curl-utils.hh:36, + from c-interface-gui.cc:70: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void open_cif_dictionary_file_selector_dialog()': +c-interface-gui.cc:156:65: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 156 | GtkWidget *aa_hbutton_box = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(filechooser)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkappchooserdialog.h:31, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:43: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here + 172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void fill_remarks_browswer_chooser(GtkWidget*)': +c-interface-gui.cc:267:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 267 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void add_coot_references_button(GtkWidget*)': +c-interface-gui.cc:823:47: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_header_bar(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 823 | GtkWidget *hbox = gtk_dialog_get_header_bar(GTK_DIALOG(widget)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:174:13: note: declared here + 174 | GtkWidget * gtk_dialog_get_header_bar (GtkDialog *dialog); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void add_recentre_on_read_pdb_combobox(GtkWidget*)': +c-interface-gui.cc:1194:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1194 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:1196:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1196 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void store_window_size(int, GtkWidget*)': +c-interface-gui.cc:1317:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1317 | gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_filter_button(GtkWidget*, short int)': +c-interface-gui.cc:1649:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 1649 | gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1650 | GTK_FILE_FILTER (filterall)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here + 136 | void gtk_file_chooser_add_filter (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:1651:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 1651 | gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1652 | GTK_FILE_FILTER (filterselect)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here + 136 | void gtk_file_chooser_add_filter (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:1656:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 1656 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1657 | GTK_FILE_FILTER (filterselect)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here + 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:1660:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 1660 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1661 | GTK_FILE_FILTER (filterall)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here + 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_extra_filter_button(GtkWidget*, const gchar*, const gchar*)': +c-interface-gui.cc:1676:31: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 1676 | gtk_file_chooser_add_filter (GTK_FILE_CHOOSER (fileselection), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1677 | GTK_FILE_FILTER (filter)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here + 136 | void gtk_file_chooser_add_filter (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void set_refine_params_comboboxes()': +c-interface-gui.cc:2115:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2115 | if (cb1) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb1), g.refine_params_dialog_geman_mcclure_alpha_combobox_position); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:2116:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2116 | if (cb2) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb2), g.refine_params_dialog_rama_restraints_weight_combobox_position); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:2117:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2117 | if (cb3) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb3), g.refine_params_dialog_lennard_jones_epsilon_combobox_position); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:2118:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2118 | if (cb4) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb4), g.refine_params_dialog_torsions_weight_combox_position); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void fill_chiral_volume_molecule_combobox(GtkWidget*)': +c-interface-gui.cc:2180:50: warning: 'GtkWidget* gtk_combo_box_new()' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2180 | GtkWidget *combobox_new = gtk_combo_box_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:74:15: note: declared here + 74 | GtkWidget *gtk_combo_box_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void pepflips_by_difference_map_dialog()': +c-interface-gui.cc:2205:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 2205 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(model_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:2206:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 2206 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(map_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from init_coot_as_python_module.cc:34: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In lambda function: +c-interface-gui.cc:3359:40: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 3359 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here + 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_show_symmetry_window()': +c-interface-gui.cc:3368:68: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 3368 | GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&rgba); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here + 53 | GtkWidget * gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA *rgba); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void save_coordinates_using_widget(GtkWidget*)': +c-interface-gui.cc:3746:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 3746 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void save_symmetry_coords_from_filechooser(GtkWidget*)': +c-interface-gui.cc:3773:43: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 3773 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(filechooser)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_residue_editor_select_monomer_type_dialog()': +c-interface-gui.cc:4475:36: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4475 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here + 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:4484:38: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4484 | gtk_combo_box_text_append_text (GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box), s.c_str()); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here + 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:4485:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4485 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combo_box), i); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-build.cc:66: + from c-interface-image.cc:47: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7544,11 +7701,250 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc: In function 'void fill_move_molecule_here_dialog(GtkWidget*)': +c-interface-build-gui.cc:248:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 248 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc: In function 'bool renumber_residues_from_widget(GtkWidget*)': +c-interface-build-gui.cc:420:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 420 | std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_id_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc: In function 'void mutate_sequence_chain_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': +c-interface-build-gui.cc:914:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 914 | char *atc = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_fast_ss_search_dialog()': +c-interface-build-gui.cc:1617:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1617 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_temp_combobox), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1618:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1618 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_noaa_combobox), 1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1619:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1619 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_temp_combobox), 1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1620:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1620 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_noaa_combobox), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1621:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1621 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(radius_combobox),1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from c-interface.h:82, + from c-interface-gtk2.cc:56: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_sort_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)': +c-interface-gtk2.cc:101:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 101 | gtk_tree_model_get (model, iter, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ + 102 | 0, &file_name, + | ~~~~~~~~~~~~~~ + 103 | -1); + | ~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here + 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gtk2.cc:104:43: warning: 'char* gtk_tree_path_to_string(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 104 | tree_path_str = gtk_tree_path_to_string(path); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:209:14: note: declared here + 209 | char *gtk_tree_path_to_string (GtkTreePath *path); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_filter_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)': +c-interface-gtk2.cc:143:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 143 | gtk_tree_model_get (model, iter, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ + 144 | 0, &file_name, + | ~~~~~~~~~~~~~~ + 145 | -1); + | ~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here + 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gtk2.cc:151:34: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 151 | if (gtk_tree_model_get_iter(model, iter, path)) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:316:19: note: declared here + 316 | gboolean gtk_tree_model_get_iter (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gtk2.cc:154:31: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 154 | gtk_list_store_remove(GTK_LIST_STORE(model), iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here + 95 | gboolean gtk_list_store_remove (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-image.cc: In function 'GtkWidget* get_image_widget_for_comp_id(const std::string&, int)': +c-interface-image.cc:132:45: warning: 'GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf(GdkPixbuf*)' is deprecated: Use 'gtk_image_new_from_paintable' instead [-Wdeprecated-declarations] + 132 | r = gtk_image_new_from_pixbuf(pixbuf); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:40, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkimage.h:78:12: note: declared here + 78 | GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf (GdkPixbuf *pixbuf); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mogul.lo c-interface-mogul.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mogul.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mogul.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mogul-scripting.lo c-interface-mogul-scripting.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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-Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-refine.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-refine.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from init_coot_as_python_module.cc:37: + from c-interface-ncs.cc:51: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7569,7 +7965,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-ligands.cc:51: + from c-interface-nucleotides.cc:39: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7590,7 +7986,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-maps.cc:52: + from c-interface-mogul.cc:33: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7632,70 +8028,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-bonds.cc:49: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-gtk2.cc:59: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-validate.cc:52: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-curlew.cc:70: + from c-interface-network.cc:52: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7712,11 +8045,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-residues.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-residues.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-view.cc:34: + from c-interface-pisa-gui.cc:32: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7737,7 +8072,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-ligands-gui.cc:54: + from c-interface-python.cc:40: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7758,7 +8093,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-widgets.cc:36: + from c-interface-pisa.cc:34: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7779,7 +8114,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-waters.cc:51: + from c-interface-preferences.cc:64: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7809,6 +8144,8 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-refmac.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-refmac.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7817,155 +8154,12 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-utils.hh:26, - from curl-utils.hh:36, - from c-interface-gui.cc:70: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from c-interface-mutate.cc:44: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c simple-refmac.cc -fPIC -DPIC -o .libs/simple-refmac.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7997,25 +8191,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-mogul.cc:220:34: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_title(GtkTreeViewColumn*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] 220 | gtk_tree_view_column_set_title(column, column_title.c_str()); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:165:25: note: declared here 165 | void gtk_tree_view_column_set_title (GtkTreeViewColumn *tree_column, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-mogul.cc:221:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] 221 | gtk_tree_view_append_column(tree_view, column); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -8100,23 +8281,10 @@ c-interface-mogul.cc:362:48: warning: 'gboolean gtk_tree_selection_get_selected(GtkTreeSelection*, GtkTreeModel**, GtkTreeIter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 362 | gboolean r = gtk_tree_selection_get_selected(treeselection, &model, &iter); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:290: /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeselection.h:96:18: note: declared here 96 | gboolean gtk_tree_selection_get_selected (GtkTreeSelection *selection, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30, - from c-interface-residues.cc:39: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-mogul.cc:368:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 368 | gtk_tree_model_get(model, &iter, | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ @@ -8141,18 +8309,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-pisa-gui.cc:30: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-mogul.cc: In function 'void coot::fill_mogul_angles_tab(GtkTreeView*, GtkWidget*, const mogul&, mmdb::Residue*)': c-interface-mogul.cc:427:56: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 427 | GtkTreeStore *tree_store_angles = gtk_tree_store_new(9, @@ -8206,24 +8362,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:81:15: note: declared here 81 | void gtk_tree_store_set (GtkTreeStore *tree_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-mogul.cc:492:62: warning: 'GtkTreeSelection* gtk_tree_view_get_selection(GtkTreeView*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] 492 | GtkTreeSelection *sel_angles = gtk_tree_view_get_selection(GTK_TREE_VIEW(mogul_angles_treeview)); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:204:24: note: declared here 204 | GtkTreeSelection *gtk_tree_view_get_selection (GtkTreeView *tree_view); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-network.cc:35: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-mogul.cc: In function 'void coot::on_mogul_angles_selection_changed(GtkTreeSelection*, gpointer)': c-interface-mogul.cc:507:48: warning: 'gboolean gtk_tree_selection_get_selected(GtkTreeSelection*, GtkTreeModel**, GtkTreeIter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 507 | gboolean r = gtk_tree_selection_get_selected(treeselection, &model, &iter); @@ -8357,6 +8501,8 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 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-pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-scm.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-scm.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8365,45 +8511,7 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-pisa.cc:32: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-sequence.cc:28: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from c-interface-pisa-gui.cc:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -8415,45 +8523,10 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from c-interface-network.cc:35: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void open_cif_dictionary_file_selector_dialog()': -c-interface-gui.cc:156:65: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 156 | GtkWidget *aa_hbutton_box = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(filechooser)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkappchooserdialog.h:31, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:43: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here - 172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void fill_remarks_browswer_chooser(GtkWidget*)': -c-interface-gui.cc:267:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 267 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -simple-refmac.cc: In function 'void wrapped_create_simple_refmac_dialog()': -simple-refmac.cc:63:37: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 63 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox_file), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 64 | g.mtz_file_for_refmac.c_str()); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here - 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -simple-refmac.cc:65:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 65 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox_file), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-network.cc: In function 'PyObject* curl_progress_info_py(const char*)': c-interface-network.cc:427:13: warning: 'CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations] 427 | info = CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD; @@ -8468,91 +8541,27 @@ /usr/include/x86_64-linux-gnu/curl/curl.h:2880:3: note: declared here 2880 | CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void add_coot_references_button(GtkWidget*)': -c-interface-gui.cc:823:47: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_header_bar(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 823 | GtkWidget *hbox = gtk_dialog_get_header_bar(GTK_DIALOG(widget)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:174:13: note: declared here - 174 | GtkWidget * gtk_dialog_get_header_bar (GtkDialog *dialog); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void add_recentre_on_read_pdb_combobox(GtkWidget*)': -c-interface-gui.cc:1194:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1194 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:1196:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1196 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-preferences.cc: In function 'void show_preferences()': -c-interface-preferences.cc:102:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 102 | gtk_combo_box_text_append_text(combobox, s.c_str()); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here - 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void store_window_size(int, GtkWidget*)': -c-interface-gui.cc:1317:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1317 | gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-preferences.cc:118:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 118 | gtk_combo_box_text_append_text(combobox, fonts[j].c_str()); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here - 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_filter_button(GtkWidget*, short int)': -c-interface-gui.cc:1649:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 1649 | gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1650 | GTK_FILE_FILTER (filterall)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here - 136 | void gtk_file_chooser_add_filter (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:1651:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 1651 | gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1652 | GTK_FILE_FILTER (filterselect)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here - 136 | void gtk_file_chooser_add_filter (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:1656:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 1656 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1657 | GTK_FILE_FILTER (filterselect)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here - 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:1660:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 1660 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1661 | GTK_FILE_FILTER (filterall)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here - 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_extra_filter_button(GtkWidget*, const gchar*, const gchar*)': -c-interface-gui.cc:1676:31: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 1676 | gtk_file_chooser_add_filter (GTK_FILE_CHOOSER (fileselection), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1677 | GTK_FILE_FILTER (filter)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here - 136 | void gtk_file_chooser_add_filter (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-refine.cc:41: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' c-interface-pisa-gui.cc: In function 'void coot::pisa_interfaces_gui(const std::vector&)': c-interface-pisa-gui.cc:53:29: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 53 | gtk_tree_store_new (12, G_TYPE_INT, G_TYPE_INT, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, @@ -8573,17 +8582,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:201:24: note: declared here 201 | void gtk_tree_view_set_model (GtkTreeView *tree_view, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()': -c-interface-preferences.cc:291:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 291 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(w), ivalue); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-pisa-gui.cc:60:31: warning: 'void gtk_tree_store_append(GtkTreeStore*, GtkTreeIter*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 60 | gtk_tree_store_append(tree_store_interfaces, &toplevel, NULL); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:131:15: note: declared here 131 | void gtk_tree_store_append (GtkTreeStore *tree_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -8625,55 +8626,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:204:24: note: declared here 204 | GtkTreeSelection *gtk_tree_view_get_selection (GtkTreeView *tree_view); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from atom-overlaps.cc:39: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void set_refine_params_comboboxes()': -c-interface-gui.cc:2115:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2115 | if (cb1) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb1), g.refine_params_dialog_geman_mcclure_alpha_combobox_position); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:2116:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2116 | if (cb2) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb2), g.refine_params_dialog_rama_restraints_weight_combobox_position); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-pisa-gui.cc: In function 'void coot::add_pisa_interfaces_cell_renderer(GtkTreeView*, const std::string&, int)': c-interface-pisa-gui.cc:107:63: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_text_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 107 | GtkCellRenderer *cell_renderer = gtk_cell_renderer_text_new(); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -c-interface-gui.cc:2117:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2117 | if (cb3) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb3), g.refine_params_dialog_lennard_jones_epsilon_combobox_position); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendereraccel.h:24, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:70: /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertext.h:62:18: note: declared here 62 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_text_new (void); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-pisa-gui.cc:108:56: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] 108 | GtkTreeViewColumn *column = gtk_tree_view_column_new(); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -c-interface-gui.cc:2118:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2118 | if (cb4) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb4), g.refine_params_dialog_torsions_weight_combox_position); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:26: /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); @@ -8708,21 +8672,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:201:25: note: declared here 201 | void gtk_tree_view_column_set_sort_column_id (GtkTreeViewColumn *tree_column, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-preferences.cc: In lambda function: -c-interface-preferences.cc:473:49: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 473 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void fill_chiral_volume_molecule_combobox(GtkWidget*)': -c-interface-gui.cc:2180:50: warning: 'GtkWidget* gtk_combo_box_new()' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2180 | GtkWidget *combobox_new = gtk_combo_box_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:74:15: note: declared here - 74 | GtkWidget *gtk_combo_box_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here - 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-pisa-gui.cc: In function 'void coot::on_pisa_interfaces_seletion_changed(GtkTreeSelection*, gpointer)': c-interface-pisa-gui.cc:135:48: warning: 'gboolean gtk_tree_selection_get_selected(GtkTreeSelection*, GtkTreeModel**, GtkTreeIter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 135 | gboolean r = gtk_tree_selection_get_selected(treeselection, &model, &iter); @@ -8731,14 +8680,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeselection.h:96:18: note: declared here 96 | gboolean gtk_tree_selection_get_selected (GtkTreeSelection *selection, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()': -c-interface-preferences.cc:484:77: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 484 | GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&bg_colour); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here - 53 | GtkWidget * gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA *rgba); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-pisa-gui.cc:142:26: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 142 | gtk_tree_model_get (model, &iter, | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ @@ -8757,45 +8698,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void pepflips_by_difference_map_dialog()': -c-interface-gui.cc:2205:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 2205 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(model_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:2206:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 2206 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(map_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8804,11 +8706,35 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from c-interface-pisa.cc:32: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON 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-DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-sfs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-sfs.o +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-residues.cc:40: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8822,213 +8748,72 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In lambda function: -c-interface-gui.cc:3359:40: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 3359 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here - 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_show_symmetry_window()': -c-interface-gui.cc:3368:68: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 3368 | GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&rgba); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here - 53 | GtkWidget * gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA *rgba); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void save_coordinates_using_widget(GtkWidget*)': -c-interface-gui.cc:3746:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 3746 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void save_symmetry_coords_from_filechooser(GtkWidget*)': -c-interface-gui.cc:3773:43: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 3773 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(filechooser)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-mutate.cc:44: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_residue_editor_select_monomer_type_dialog()': -c-interface-gui.cc:4475:36: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4475 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-preferences.cc: In function 'void show_preferences()': +c-interface-preferences.cc:102:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 102 | gtk_combo_box_text_append_text(combobox, s.c_str()); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here - 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:4484:38: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4484 | gtk_combo_box_text_append_text (GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box), s.c_str()); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:4485:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4485 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combo_box), i); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc: In function 'void fill_move_molecule_here_dialog(GtkWidget*)': -c-interface-build-gui.cc:248:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 248 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc: In function 'bool renumber_residues_from_widget(GtkWidget*)': -c-interface-build-gui.cc:420:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 420 | std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_id_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc: In function 'void mutate_sequence_chain_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': -c-interface-build-gui.cc:914:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 914 | char *atc = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30, - from c-interface-refmac.cc:32: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_fast_ss_search_dialog()': -c-interface-build-gui.cc:1617:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1617 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_temp_combobox), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-preferences.cc:118:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 118 | gtk_combo_box_text_append_text(combobox, fonts[j].c_str()); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here + 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()': +c-interface-preferences.cc:291:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 291 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(w), ivalue); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1618:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1618 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_noaa_combobox), 1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1619:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1619 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_temp_combobox), 1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1620:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1620 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_noaa_combobox), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1621:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1621 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(radius_combobox),1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface.h:82, - from c-interface-gtk2.cc:56: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from init_coot_as_python_module.cc:34: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_sort_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)': -c-interface-gtk2.cc:101:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 101 | gtk_tree_model_get (model, iter, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ - 102 | 0, &file_name, - | ~~~~~~~~~~~~~~ - 103 | -1); - | ~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here - 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gtk2.cc:104:43: warning: 'char* gtk_tree_path_to_string(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 104 | tree_path_str = gtk_tree_path_to_string(path); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:209:14: note: declared here - 209 | char *gtk_tree_path_to_string (GtkTreePath *path); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_filter_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)': -c-interface-gtk2.cc:143:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 143 | gtk_tree_model_get (model, iter, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ - 144 | 0, &file_name, - | ~~~~~~~~~~~~~~ - 145 | -1); - | ~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here - 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gtk2.cc:151:34: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 151 | if (gtk_tree_model_get_iter(model, iter, path)) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:316:19: note: declared here - 316 | gboolean gtk_tree_model_get_iter (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gtk2.cc:154:31: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 154 | gtk_list_store_remove(GTK_LIST_STORE(model), iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here - 95 | gboolean gtk_list_store_remove (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-preferences.cc: In lambda function: +c-interface-preferences.cc:473:49: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 473 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here + 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()': +c-interface-preferences.cc:484:77: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 484 | GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&bg_colour); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here + 53 | GtkWidget * gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA *rgba); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-sharpen.lo c-interface-sharpen.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-image.cc:47: + from simple-refmac.cc:35: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-sharpen.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-sharpen.o +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-refmac.cc:33: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9058,41 +8843,37 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-validate.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_check_waters_dialog()': -c-interface-validate.cc:136:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 136 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(check_waters_action_combobox), 0); // "Check" - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-validate.cc:143:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 143 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox_molecule)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-validate.cc: In function 'void do_check_waters_by_widget(GtkWidget*)': -c-interface-validate.cc:294:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 294 | gchar *at = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(action_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-curlew.cc:63: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" 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c-interface-superpose.lo c-interface-superpose.cc +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-scm.cc:35: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9102,10 +8883,37 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, from cc-interface.hh:30, - from c-interface-view.cc:33: + from c-interface-residues.cc:39: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9127,15 +8935,77 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-widgets.cc:34: + from cc-interface.hh:30, + from c-interface-refmac.cc:32: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +simple-refmac.cc: In function 'void wrapped_create_simple_refmac_dialog()': +simple-refmac.cc:63:37: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 63 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox_file), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 64 | g.mtz_file_for_refmac.c_str()); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here + 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +simple-refmac.cc:65:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 65 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox_file), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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../validation-graphs/../geometry/residue-and-atom-specs.hh:26, + from ../validation-graphs/residue-validation-information.hh:30, + from ../validation-graphs/validation-information.hh:30, + from graphics-info.h:32: +In member function 'std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::__ostream_type& std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::operator<<(const void*) [with _CharT = char; _Traits = std::char_traits]', + inlined from 'void update_preference_gui()' at c-interface-preferences.cc:452:86: +/usr/include/c++/14/ostream:302:25: warning: 'colour_button' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] + 302 | { return _M_insert(__p); } + | ~~~~~~~~~^~~~~ +c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()': +c-interface-preferences.cc:225:14: note: 'colour_button' was declared here + 225 | GtkWidget *colour_button; + | ^~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-molecular-representation.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-molecular-representation.o +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-superpose.cc:38: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9152,59 +9022,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -c-interface-widgets.cc: In function 'void remarks_dialog(int)': -c-interface-widgets.cc:164:42: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 164 | GtkWidget *d = gtk_dialog_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkappchooserdialog.h:31, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:43: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:130:12: note: declared here - 130 | GtkWidget* gtk_dialog_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-widgets.cc:169:58: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 169 | GtkWidget *vbox = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(d)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here - 172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-widgets.cc:250:37: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_add_button(GtkDialog*, const char*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 250 | gtk_dialog_add_button(GTK_DIALOG(d), "Close", GTK_RESPONSE_CLOSE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here - 144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button (GtkDialog *dialog, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-widgets.cc: In function 'void simple_text_dialog(const std::string&, const std::string&, int, int)': -c-interface-widgets.cc:608:36: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 608 | GtkWidget *d = gtk_dialog_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:130:12: note: declared here - 130 | GtkWidget* gtk_dialog_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-widgets.cc:612:52: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 612 | GtkWidget *vbox = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(d)); // new method to get vbox fromm dialog - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here - 172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-widgets.cc:634:54: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_add_button(GtkDialog*, const char*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 634 | GtkWidget *close_button = gtk_dialog_add_button(GTK_DIALOG(d), "Close", 2); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here - 144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button (GtkDialog *dialog, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9218,35 +9035,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-image.cc: In function 'GtkWidget* get_image_widget_for_comp_id(const std::string&, int)': -c-interface-image.cc:132:45: warning: 'GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf(GdkPixbuf*)' is deprecated: Use 'gtk_image_new_from_paintable' instead [-Wdeprecated-declarations] - 132 | r = gtk_image_new_from_pixbuf(pixbuf); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:40, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkimage.h:78:12: note: declared here - 78 | GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf (GdkPixbuf *pixbuf); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from c-interface-sequence.cc:28: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" 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note: 'colour_button' was declared here - 225 | GtkWidget *colour_button; - | ^~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9383,12 +9110,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from cc-interface-merge.cc:38: + from c-interface-view.cc:34: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9405,15 +9132,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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CXXCoord() { | ^ @@ -9430,12 +9153,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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[-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-map-utils.lo cc-interface-map-utils.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from cc-interface-map-utils.cc:30: + from cc-interface-alignment.cc:41: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9473,12 +9212,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. 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-std=c++17 -c -o fit-loop-gui.lo fit-loop-gui.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-png.lo cc-interface-png.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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-DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-png.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-png.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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cc-interface-user-defined-atom-colours.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-user-defined-atom-colours.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from cc-interface-png.cc:55: + from cc-interface-molecular-representation.cc:37: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9516,12 +9272,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c fit-loop-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/fit-loop-gui.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:29: + from cc-interface-graphics.cc:31: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9538,8 +9293,112 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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-DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c flev.cc -fPIC -DPIC -o .libs/flev.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cfc.lo cfc.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cfc.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cfc.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from c-interface-widgets.cc:34: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from cc-interface.hh:30, + from c-interface-view.cc:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-widgets.cc: In function 'void remarks_dialog(int)': +c-interface-widgets.cc:164:42: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 164 | GtkWidget *d = gtk_dialog_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkappchooserdialog.h:31, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:43: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:130:12: note: declared here + 130 | GtkWidget* gtk_dialog_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-widgets.cc:169:58: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 169 | GtkWidget *vbox = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(d)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here + 172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-widgets.cc:250:37: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_add_button(GtkDialog*, const char*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 250 | gtk_dialog_add_button(GTK_DIALOG(d), "Close", GTK_RESPONSE_CLOSE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here + 144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button (GtkDialog *dialog, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-widgets.cc: In function 'void simple_text_dialog(const std::string&, const std::string&, int, int)': +c-interface-widgets.cc:608:36: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 608 | GtkWidget *d = gtk_dialog_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:130:12: note: declared here + 130 | GtkWidget* gtk_dialog_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-widgets.cc:612:52: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 612 | GtkWidget *vbox = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(d)); // new method to get vbox fromm dialog + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here + 172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-widgets.cc:634:54: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_add_button(GtkDialog*, const char*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 634 | GtkWidget *close_button = gtk_dialog_add_button(GTK_DIALOG(d), "Close", 2); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here + 144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button (GtkDialog *dialog, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9566,7 +9425,29 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:477:23: note: declared here 477 | int gtk_widget_get_allocated_height (GtkWidget *widget); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o framebuffer.lo framebuffer.cc +c-interface-validate.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_check_waters_dialog()': +c-interface-validate.cc:136:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 136 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(check_waters_action_combobox), 0); // "Check" + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-validate.cc:143:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 143 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox_molecule)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-validate.cc: In function 'void do_check_waters_by_widget(GtkWidget*)': +c-interface-validate.cc:294:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 294 | gchar *at = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(action_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface.cc: In function 'void make_image_povray(const char*)': c-interface.cc:4500:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 4500 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); @@ -9581,26 +9462,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c framebuffer.cc -fPIC -DPIC -o .libs/framebuffer.o -c-interface.cc: In function 'void sequence_view(int)': -c-interface.cc:7653:57: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 7653 | GtkStyleContext *sc = gtk_widget_get_style_context(button); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:713:19: note: declared here - 713 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface.cc:7654:34: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 7654 | gtk_style_context_add_class(sc, "circular"); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here - 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from cmtz-interface.cc:58: + from c-interface-test.cc:102: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9617,15 +9483,40 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o old-generic-display-object.lo old-generic-display-object.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gaussian-surface.lo gaussian-surface.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" 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'void sequence_view(int)': +c-interface.cc:7653:57: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 7653 | GtkStyleContext *sc = gtk_widget_get_style_context(button); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:713:19: note: declared here + 713 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface.cc:7654:34: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 7654 | gtk_style_context_add_class(sc, "circular"); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here + 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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-pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o change-dir.lo change-dir.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c change-dir.cc -fPIC -DPIC -o .libs/change-dir.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from command-line.cc:61: + from cc-interface-molecular-symmetry.cc:37: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9642,11 +9533,24 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from coot-application.cc:28: + from cc-interface-map-utils.cc:30: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9663,11 +9567,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cmtz-interface.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cmtz-interface.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from command-line-extern.cc:41: + from cc-interface-scripting.cc:43: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9684,6 +9591,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c command-line.cc -fPIC -DPIC -o .libs/command-line.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9692,8 +9600,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30, - from cc-interface-graphics.cc:27: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -9705,14 +9613,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from cc-interface.hh:30, + from cc-interface-graphics.cc:27: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c generic-objects.cc -fPIC -DPIC -o .libs/generic-objects.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9726,34 +9631,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" 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geometry-graphs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/geometry-graphs.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o get-residue.lo get-residue.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from coot_pythonmodule.cc:123: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from coot-setup-python.cc:41: + from cc-interface-png.cc:55: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9770,12 +9652,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c get-residue.cc -fPIC -DPIC -o .libs/get-residue.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-test.cc:102: + from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:29: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9792,6 +9673,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o command-line-extern.lo command-line-extern.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9805,6 +9687,21 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c command-line-extern.cc -fPIC -DPIC -o .libs/command-line-extern.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-application.lo coot-application.cc +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from cc-interface.hh:30, + from cc-interface-molecular-symmetry.cc:34: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9818,32 +9715,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from curlew-gtk4.cc:32: + from cmtz-interface.cc:58: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9860,19 +9743,22 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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-DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-phi-psi.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-phi-psi.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 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GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9886,12 +9772,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-tick-function.cc:43: + from cfc.cc:45: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9912,7 +9798,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from draw-generic-display-objects.cc:38: + from command-line.cc:61: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -9929,6 +9815,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-setup-python.lo coot-setup-python.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-setup-python.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-setup-python.o +swig -o coot_wrap_guile_pre.cc -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DCOOT_USE_GTK2_INTERFACE -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_LIBCURL -I../src -I.. -guile -c++ ../src/coot.i graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9937,19 +9826,20 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30, - from cc-interface-molecular-symmetry.cc:34: + from c-interface.h:82, + from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:26: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface.h:82, - from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:26: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX 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-DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c drag-and-drop.cc -fPIC -DPIC -o .libs/drag-and-drop.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from dynamic-validation.cc:27: + from coot-application.cc:28: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -10005,7 +9881,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10069,27 +9944,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from event-controller-callbacks.cc:31: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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-DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o draw-generic-display-objects.lo draw-generic-display-objects.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10098,11 +9953,12 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from cfc-widgets.hh:28, + from cfc.cc:40: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c draw-generic-display-objects.cc -fPIC -DPIC -o .libs/draw-generic-display-objects.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10119,7 +9975,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from fit-loop-gui.cc:34: + from coot_pythonmodule.cc:123: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -10136,102 +9992,15 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-defines.lo graphics-info-defines.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-defines-gtk4.lo graphics-info-defines-gtk4.cc -coot-application.cc: In function 'int start_using_application(int, char**)': -coot-application.cc:103:69: warning: 'G_APPLICATION_FLAGS_NONE' is deprecated: Use 'G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS' instead [-Wdeprecated-declarations] - 103 | GtkApplication *app = gtk_application_new ("org.emsley.coot", G_APPLICATION_FLAGS_NONE); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/glib-2.0/gio/giotypes.h:30, - from /usr/include/glib-2.0/gio/gio.h:28, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcsssection.h:24, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:36, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29: -/usr/include/glib-2.0/gio/gioenums.h:1556:3: note: declared here - 1556 | G_APPLICATION_FLAGS_NONE GIO_DEPRECATED_ENUMERATOR_IN_2_74_FOR(G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS), - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-defines.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-defines.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-defines-gtk4.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-defines-gtk4.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-draw.lo graphics-info-draw.cc -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from coot_pythonmodule.cc:27: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from coot-setup-python.cc:30: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -coot-setup-python.cc: In function 'void setup_python_basic(int, char**)': -coot-setup-python.cc:71:17: warning: 'void PySys_SetArgv(int, wchar_t**)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 71 | PySys_SetArgv(argc, _argv); - | ~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/python3.13/Python.h:125, - from coot-setup-python.cc:24: -/usr/include/python3.13/sysmodule.h:10:38: note: declared here - 10 | Py_DEPRECATED(3.11) PyAPI_FUNC(void) PySys_SetArgv(int, wchar_t **); - | ^~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw.o -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cfc-widgets.hh:28, - from cfc.cc:40: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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-Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-draw-models.lo graphics-info-draw-models.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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fit-loop-gui.lo fit-loop-gui.cc +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from graphics-info-tick-function.cc:43: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10263,8 +10055,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10278,32 +10071,24 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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[-Wdeprecated-declarations] - 213 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-tick-function.cc:38: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +coot-application.cc: In function 'int start_using_application(int, char**)': +coot-application.cc:103:69: warning: 'G_APPLICATION_FLAGS_NONE' is deprecated: Use 'G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS' instead [-Wdeprecated-declarations] + 103 | GtkApplication *app = gtk_application_new ("org.emsley.coot", G_APPLICATION_FLAGS_NONE); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/glib-2.0/gio/giotypes.h:30, + from /usr/include/glib-2.0/gio/gio.h:28, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcsssection.h:24, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:36, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29: +/usr/include/glib-2.0/gio/gioenums.h:1556:3: note: declared here + 1556 | G_APPLICATION_FLAGS_NONE GIO_DEPRECATED_ENUMERATOR_IN_2_74_FOR(G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS), + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c framebuffer.cc -fPIC -DPIC -o .libs/framebuffer.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from gaussian-surface.cc:29: + from curlew-gtk4.cc:32: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -10320,6 +10105,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o old-generic-display-object.lo old-generic-display-object.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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&allocation); @@ -10328,19 +10118,16 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from curlew-gtk4.hh:29, - from curlew-gtk4.cc:29: + from coot_pythonmodule.cc:27: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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[-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -10349,7 +10136,6 @@ 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include 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C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -10387,66 +10173,18 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from event-controller-callbacks.hh:29, - from event-controller-callbacks.cc:30: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-test.cc: In function 'PyObject* test_function_py(PyObject*, PyObject*)': -c-interface-test.cc:1569:31: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1569 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -event-controller-callbacks.cc: In lambda function: -event-controller-callbacks.cc:168:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 168 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -event-controller-callbacks.cc: In member function 'void graphics_info_t::do_drag_pan_gtk4(GtkWidget*, double, double)': -event-controller-callbacks.cc:487:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 487 | gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -event-controller-callbacks.cc: In member function 'void graphics_info_t::do_drag_pan_gtk3(GtkWidget*, double, double)': -event-controller-callbacks.cc:561:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 561 | gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 812 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + from graphics-info-tick-function.cc:38: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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-DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gl-rama-plot.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gl-rama-plot.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10455,49 +10193,24 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from widget-from-builder.hh:31, - from fit-loop-gui.cc:30: + from coot-setup-python.cc:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +coot-setup-python.cc: In function 'void setup_python_basic(int, char**)': +coot-setup-python.cc:71:17: warning: 'void PySys_SetArgv(int, wchar_t**)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 71 | PySys_SetArgv(argc, _argv); + | ~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/python3.13/Python.h:125, + from coot-setup-python.cc:24: +/usr/include/python3.13/sysmodule.h:10:38: note: declared here + 10 | Py_DEPRECATED(3.11) PyAPI_FUNC(void) PySys_SetArgv(int, wchar_t **); + | ^~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from flev.cc:41: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -fit-loop-gui.cc: In function 'void fit_loop_using_dialog()': -fit-loop-gui.cc:184:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 184 | std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_combobox_text)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-mutate.o -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from get-monomer.cc:29: + from dynamic-validation.cc:27: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -10514,12 +10227,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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-I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-lsq.lo graphics-info-lsq.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from globularize.cc:31: + from fit-loop-gui.cc:34: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -10536,16 +10248,27 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-opengl.lo graphics-info-opengl.cc +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info.cc:72: + from event-controller-callbacks.cc:31: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from curlew-gtk4.hh:29, + from curlew-gtk4.cc:29: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -10559,7 +10282,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o globjects.lo globjects.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10573,8 +10296,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10583,8 +10309,15 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30, - from gaussian-surface.cc:28: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +draw-generic-display-objects.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_generic_objects(unsigned int)': +draw-generic-display-objects.cc:213:47: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 213 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -10592,7 +10325,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-defines.cc:36: + from gaussian-surface.cc:29: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -10609,12 +10342,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" 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-DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 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graphics-info.h:72, - from graphics-info-draw.cc:48: + from old-generic-display-object.cc:33: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -10686,68 +10399,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from generic-objects.cc:40: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-scripting.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-scripting.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-draw-models.cc:27: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from graphics-info-init.cc:32: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from graphics-info-graphs.cc:60: + from flev.cc:41: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -10768,7 +10424,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-intermediate.cc:33: + from get-monomer.cc:29: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -10789,7 +10445,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-gui.cc:71: + from get-residue.cc:34: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -10806,8 +10462,74 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-state.lo graphics-info-state.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-state.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-state.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from widget-from-builder.hh:31, + from fit-loop-gui.cc:30: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-defines-gtk4.lo graphics-info-defines-gtk4.cc +fit-loop-gui.cc: In function 'void fit_loop_using_dialog()': +fit-loop-gui.cc:184:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 184 | std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_combobox_text)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-defines-gtk4.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-defines-gtk4.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from event-controller-callbacks.hh:29, + from event-controller-callbacks.cc:30: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +event-controller-callbacks.cc: In lambda function: +event-controller-callbacks.cc:168:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 168 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +event-controller-callbacks.cc: In member function 'void graphics_info_t::do_drag_pan_gtk4(GtkWidget*, double, double)': +event-controller-callbacks.cc:487:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 487 | gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +event-controller-callbacks.cc: In member function 'void graphics_info_t::do_drag_pan_gtk3(GtkWidget*, double, double)': +event-controller-callbacks.cc:561:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 561 | gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +event-controller-callbacks.cc: In member function 'void graphics_info_t::on_glarea_motion(GtkEventControllerMotion*, gdouble, gdouble, gpointer)': +event-controller-callbacks.cc:812:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 812 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-draw.lo graphics-info-draw.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-draw-models.lo graphics-info-draw-models.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 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-pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw-models.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw-models.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10829,11 +10551,37 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from cc-interface.hh:30, + from gaussian-surface.cc:28: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from generic-objects.cc:40: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES 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gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10842,15 +10590,18 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info.cc:43: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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graphics-info-gui.lo graphics-info-gui.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-preferences.cc:35: + from graphics-info-defines.cc:36: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -10867,12 +10618,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-navigation.cc:61: + from graphics-info.cc:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -10889,11 +10639,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-modelling.cc:80: + from globularize.cc:31: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -10910,13 +10661,26 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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.libs/graphics-info-statics.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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- 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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graphics-info-draw-models.cc:27: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -11002,12 +10768,10 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from graphics-info.cc:43: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11016,145 +10780,18 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-draw.cc:43: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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-graphics-info-draw.cc:632:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 632 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float)': -graphics-info-draw.cc:722:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 722 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gl-matrix.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gl-matrix.o -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_intermediate_atoms(unsigned int)': -graphics-info-draw.cc:1041:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1041 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_refinement_dialog_arrow_tab()': -graphics-info-draw.cc:1678:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1678 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_colour_bar()': -graphics-info-draw.cc:1712:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1712 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gtkglarea-rama-plot.lo gtkglarea-rama-plot.cc -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_meshed_generic_display_object_meshes(unsigned int)': -graphics-info-draw.cc:2222:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2222 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_other_meshes(unsigned int)': -graphics-info-draw.cc:2380:47: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2380 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In member function 'void graphics_info_t::setup_hud_geometry_bars()': -graphics-info-draw.cc:3020:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3020 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_buttons()': -graphics-info-draw.cc:3240:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3240 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_ramachandran_plot()': -graphics-info-draw.cc:3304:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3304 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In lambda function: -graphics-info-draw.cc:3345:67: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3345 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In member function 'void graphics_info_t::show_accept_reject_hud_buttons()': -graphics-info-draw.cc:3517:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3517 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In member function 'void graphics_info_t::reset_hud_buttons_size_and_position()': -graphics-info-draw.cc:3629:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3629 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static float graphics_info_t::get_x_base_for_hud_geometry_bars()': -graphics-info-draw.cc:3645:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3645 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_geometry_bars()': -graphics-info-draw.cc:3670:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3670 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::check_if_hud_bar_moused_over_or_act_on_hud_bar_clicked(double, double, bool)': -graphics-info-draw.cc:4008:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4008 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In member function 'bool graphics_info_t::check_if_hud_button_moused_over_or_act_on_hit(double, double, bool, bool)': -graphics-info-draw.cc:4339:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4339 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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graphics_info_t::draw_hud_geometry_tooltip()': -graphics-info-draw.cc:4420:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4420 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-preferences.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-preferences.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-lsq.cc:51: + from graphics-info-gui.cc:71: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -11171,39 +10808,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info-draw.cc: In lambda function: -graphics-info-draw.cc:4612:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4612 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_bad_nbc_atom_pair_markers(unsigned int)': -graphics-info-draw.cc:5481:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 5481 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_chiral_volume_outlier_markers(unsigned int)': -graphics-info-draw.cc:5531:48: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 5531 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_ligand_view()': -graphics-info-draw.cc:5724:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 5724 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-opengl.cc:38: + from graphics-info-graphs.cc:60: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -11220,144 +10829,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_extra_distance_restraints(int)': -graphics-info-draw.cc:6164:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6164 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info-graphs.cc:24: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_models_for_ssao()': -graphics-info-draw-models.cc:37:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 37 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_for_ssao()': -graphics-info-draw-models.cc:58:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 58 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-graphs.cc: In lambda function: -graphics-info-graphs.cc:97:60: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 97 | return ! gtk_list_store_remove(list,iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here - 95 | gboolean gtk_list_store_remove (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-graphs.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::refresh_validation_graph_model_list()': -graphics-info-graphs.cc:93:26: warning: 'void gtk_tree_model_foreach(GtkTreeModel*, GtkTreeModelForeachFunc, gpointer)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 93 | gtk_tree_model_foreach( - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^ - 94 | GTK_TREE_MODEL(validation_graph_model_list), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 95 | +[](GtkTreeModel* model, GtkTreePath* path, GtkTreeIter* iter, gpointer data) -> gboolean { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 96 | GtkListStore* list = GTK_LIST_STORE(model); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 97 | return ! gtk_list_store_remove(list,iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 98 | }, - | ~~ - 99 | NULL - | ~~~~ - 100 | ); - | ~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:379:19: note: declared here - 379 | void gtk_tree_model_foreach (GtkTreeModel *model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-graphs.cc:107:31: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 107 | gtk_list_store_append(validation_graph_model_list, &iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here - 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-graphs.cc:108:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 108 | gtk_list_store_set(validation_graph_model_list, &iter, 0, label.c_str(), 1, i, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-graphs.cc: In lambda function: -graphics-info-graphs.cc:169:45: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 169 | return gboolean(!gtk_list_store_remove(list,iter)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here - 95 | gboolean gtk_list_store_remove (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-graphs.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::refresh_ramachandran_plot_model_list()': -graphics-info-graphs.cc:172:26: warning: 'void gtk_tree_model_foreach(GtkTreeModel*, GtkTreeModelForeachFunc, gpointer)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 172 | gtk_tree_model_foreach(GTK_TREE_MODEL(ramachandran_plot_model_list), fn, NULL); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:379:19: note: declared here - 379 | void gtk_tree_model_foreach (GtkTreeModel *model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-graphs.cc:179:31: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 179 | gtk_list_store_append(ramachandran_plot_model_list, &iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here - 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-graphs.cc:180:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 180 | gtk_list_store_set(ramachandran_plot_model_list, &iter, 0, label.c_str(), 1, i, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-network.lo graphics-info-network.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-pick.cc:42: + from graphics-info-init.cc:32: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -11374,6 +10851,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-network.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-network.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11387,28 +10865,10 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-init.cc: In member function 'void graphics_info_t::init()': -graphics-info-init.cc:485:55: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 485 | validation_graph_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here - 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-init.cc:488:56: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 488 | ramachandran_plot_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here - 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, @@ -11417,7 +10877,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gtk-manual.lo gtk-manual.cc graphics-info-gui.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::show_refinement_and_regularization_parameters_frame()': graphics-info-gui.cc:136:33: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 136 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(overall_weight_combobox)); @@ -11447,6 +10906,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstatusbar.h:50:12: note: declared here 50 | guint gtk_statusbar_push (GtkStatusbar *statusbar, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-gui.cc: In member function 'void graphics_info_t::save_directory_from_filechooser(const GtkWidget*)': graphics-info-gui.cc:357:49: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 357 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(filechooser)); @@ -11496,7 +10968,21 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here 144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button (GtkDialog *dialog, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtk-manual.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-manual.o +graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_models_for_ssao()': +graphics-info-draw-models.cc:37:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 37 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_for_ssao()': +graphics-info-draw-models.cc:58:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 58 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-mutate.lo graphics-info-mutate.cc graphics-info-gui.cc: In member function 'void graphics_info_t::new_fill_combobox_with_coordinates_options(GtkWidget*, GCallback, int)': graphics-info-gui.cc:1778:51: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 1778 | GtkTreeModel *model_1 = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox_molecule)); @@ -11571,6 +11057,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-draw.cc:43: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-gui.cc: In member function 'void graphics_info_t::fill_combobox_with_molecule_options(GtkWidget*, GCallback, int, const std::vector&)': graphics-info-gui.cc:1835:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 1835 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); @@ -11682,28 +11180,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from graphics-info-render.cc:38: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gtk-widget-conversion-utils.lo gtk-widget-conversion-utils.cc -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-mutate.o graphics-info-gui.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::fill_bond_parameters_internals(GtkWidget*, int)': graphics-info-gui.cc:3652:33: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 3652 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(bond_width_combobox)); @@ -11730,7 +11207,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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-DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gtk-utils.lo gtk-utils.cc graphics-info-gui.cc: In member function 'std::string graphics_info_t::get_active_label_in_comboboxtext(GtkComboBoxText*)': graphics-info-gui.cc:3956:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 3956 | gchar *at = gtk_combo_box_text_get_active_text(combobox); @@ -11778,6 +11254,27 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static glm::mat4 graphics_info_t::get_molecule_mvp(bool)': +graphics-info-draw.cc:632:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 632 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float)': +graphics-info-draw.cc:722:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 722 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_intermediate_atoms(unsigned int)': +graphics-info-draw.cc:1041:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1041 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const': graphics-info-gui.cc:4516:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 4516 | gtk_widget_get_allocation(glarea, &allocation); @@ -11785,11 +11282,258 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_refinement_dialog_arrow_tab()': +graphics-info-draw.cc:1678:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1678 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_colour_bar()': +graphics-info-draw.cc:1712:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1712 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_meshed_generic_display_object_meshes(unsigned int)': +graphics-info-draw.cc:2222:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2222 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_other_meshes(unsigned int)': +graphics-info-draw.cc:2380:47: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2380 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In member function 'void graphics_info_t::setup_hud_geometry_bars()': +graphics-info-draw.cc:3020:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3020 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_buttons()': +graphics-info-draw.cc:3240:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3240 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_ramachandran_plot()': +graphics-info-draw.cc:3304:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3304 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In lambda function: +graphics-info-draw.cc:3345:67: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3345 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In member function 'void graphics_info_t::show_accept_reject_hud_buttons()': +graphics-info-draw.cc:3517:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3517 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In member function 'void graphics_info_t::reset_hud_buttons_size_and_position()': +graphics-info-draw.cc:3629:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3629 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static float graphics_info_t::get_x_base_for_hud_geometry_bars()': +graphics-info-draw.cc:3645:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3645 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_geometry_bars()': +graphics-info-draw.cc:3670:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3670 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info-graphs.cc:24: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::check_if_hud_bar_moused_over_or_act_on_hud_bar_clicked(double, double, bool)': +graphics-info-draw.cc:4008:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4008 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In member function 'bool graphics_info_t::check_if_hud_button_moused_over_or_act_on_hit(double, double, bool, bool)': +graphics-info-draw.cc:4339:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4339 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_geometry_tooltip()': +graphics-info-draw.cc:4420:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4420 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In lambda function: +graphics-info-draw.cc:4612:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4612 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_bad_nbc_atom_pair_markers(unsigned int)': +graphics-info-draw.cc:5481:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 5481 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_chiral_volume_outlier_markers(unsigned int)': +graphics-info-draw.cc:5531:48: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 5531 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_ligand_view()': +graphics-info-draw.cc:5724:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 5724 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_extra_distance_restraints(int)': +graphics-info-draw.cc:6164:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6164 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-render-scene.cc:40: + from graphics-info-modelling.cc:80: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info-graphs.cc: In lambda function: +graphics-info-graphs.cc:97:60: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 97 | return ! gtk_list_store_remove(list,iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here + 95 | gboolean gtk_list_store_remove (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-graphs.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::refresh_validation_graph_model_list()': +graphics-info-graphs.cc:93:26: warning: 'void gtk_tree_model_foreach(GtkTreeModel*, GtkTreeModelForeachFunc, gpointer)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 93 | gtk_tree_model_foreach( + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^ + 94 | GTK_TREE_MODEL(validation_graph_model_list), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 95 | +[](GtkTreeModel* model, GtkTreePath* path, GtkTreeIter* iter, gpointer data) -> gboolean { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 96 | GtkListStore* list = GTK_LIST_STORE(model); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 97 | return ! gtk_list_store_remove(list,iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 98 | }, + | ~~ + 99 | NULL + | ~~~~ + 100 | ); + | ~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:379:19: note: declared here + 379 | void gtk_tree_model_foreach (GtkTreeModel *model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-graphs.cc:107:31: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 107 | gtk_list_store_append(validation_graph_model_list, &iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here + 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-graphs.cc:108:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 108 | gtk_list_store_set(validation_graph_model_list, &iter, 0, label.c_str(), 1, i, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-graphs.cc: In lambda function: +graphics-info-graphs.cc:169:45: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 169 | return gboolean(!gtk_list_store_remove(list,iter)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here + 95 | gboolean gtk_list_store_remove (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-graphs.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::refresh_ramachandran_plot_model_list()': +graphics-info-graphs.cc:172:26: warning: 'void gtk_tree_model_foreach(GtkTreeModel*, GtkTreeModelForeachFunc, gpointer)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 172 | gtk_tree_model_foreach(GTK_TREE_MODEL(ramachandran_plot_model_list), fn, NULL); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:379:19: note: declared here + 379 | void gtk_tree_model_foreach (GtkTreeModel *model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-graphs.cc:179:31: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 179 | gtk_list_store_append(ramachandran_plot_model_list, &iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here + 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-graphs.cc:180:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 180 | gtk_list_store_set(ramachandran_plot_model_list, &iter, 0, label.c_str(), 1, i, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from graphics-info-intermediate.cc:33: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -11810,7 +11554,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-residues.cc:33: + from graphics-info-navigation.cc:61: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -11827,13 +11571,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtk-widget-conversion-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-widget-conversion-utils.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtk-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-utils.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-refmac.cc:79: + from graphics-info-navigation-gtk2.cc:42: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -11850,11 +11592,26 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-lsq.lo graphics-info-lsq.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-lsq.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-lsq.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-refine.cc:31: + from graphics-info-preferences.cc:35: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -11871,11 +11628,33 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info-init.cc: In member function 'void graphics_info_t::init()': +graphics-info-init.cc:485:55: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 485 | validation_graph_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here + 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-init.cc:488:56: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 488 | ramachandran_plot_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here + 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-modelling.cc:48: + from graphics-info-navigation.cc:48: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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-DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-refmac.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-refmac.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11912,7 +11695,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-preferences.cc:33: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -11924,174 +11708,134 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-navigation.cc:48: + from graphics-info-modelling.cc:48: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::preferences_toolbar_icon_toggled(GtkCellRendererToggle*, gchar*, gpointer, int)': -graphics-info-preferences.cc:712:53: warning: 'GtkTreePath* gtk_tree_path_new_from_string(const char*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 712 | GtkTreePath *path = gtk_tree_path_new_from_string (path_string); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_new_mol()': +graphics-info-navigation.cc:825:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 825 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_other_molecule_chosen(int)': +graphics-info-navigation.cc:874:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 874 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-navigation.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::go_to_atom_mol_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': +graphics-info-navigation.cc:949:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 949 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here + 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-navigation.cc:951:52: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 951 | GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here + 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-navigation.cc:953:31: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 953 | gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:201:14: note: declared here - 201 | GtkTreePath *gtk_tree_path_new_from_string (const char *path); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:716:26: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 716 | gtk_tree_model_get_iter(model, &iter, path); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:316:19: note: declared here - 316 | gboolean gtk_tree_model_get_iter (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:717:21: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 717 | gtk_tree_model_get(model, &iter, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ - 718 | 0, &value, - | ~~~~~~~~~~ - 719 | 3, &icon_pos, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here - 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:722:22: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 722 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, value, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:730:22: warning: 'void gtk_tree_path_free(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 730 | gtk_tree_path_free (path); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:228:14: note: declared here - 228 | void gtk_tree_path_free (GtkTreePath *path); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc: In member function 'void graphics_info_t::fill_preferences_toolbar_icons(GtkWidget*, GtkWidget*, int)': -graphics-info-preferences.cc:775:45: warning: 'GtkWidget* gtk_tree_view_new()' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 775 | GtkWidget *icons_tree = gtk_tree_view_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:193:24: note: declared here - 193 | GtkWidget *gtk_tree_view_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:776:37: warning: 'void gtk_tree_view_set_headers_visible(GtkTreeView*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 776 | gtk_tree_view_set_headers_visible(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), FALSE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:209:24: note: declared here - 209 | void gtk_tree_view_set_headers_visible (GtkTreeView *tree_view, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:26, - from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31, - from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcssenumtypes.h:11, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:33, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29: -graphics-info-preferences.cc:790:59: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 790 | GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/glib-2.0/gobject/gtype.h:2662:57: note: in definition of macro '_G_TYPE_CIC' - 2662 | # define _G_TYPE_CIC(ip, gt, ct) ((ct*) (void *) ip) - | ^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:30:41: note: in expansion of macro 'G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST' - 30 | #define GTK_TREE_MODEL(obj) (G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST ((obj), GTK_TYPE_TREE_MODEL, GtkTreeModel)) - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:790:26: note: in expansion of macro 'GTK_TREE_MODEL' - 790 | GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT)); - | ^~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here - 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:800:27: warning: 'void gtk_tree_view_set_model(GtkTreeView*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 800 | gtk_tree_view_set_model(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), model); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:201:24: note: declared here - 201 | void gtk_tree_view_set_model (GtkTreeView *tree_view, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:802:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 802 | button_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:26: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:803:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 803 | icon_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:804:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 804 | text_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:809:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 809 | gtk_list_store_append(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here - 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:857:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 857 | gtk_list_store_set(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 858 | BUTTON_COL, "", - | ~~~~~~~~~~~~~~~ - 859 | ICON_COL, icon, - | ~~~~~~~~~~~~~~~ - 860 | TEXT_COL, item.icon_text.c_str(), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 861 | INDEX_COL, item.icon_pos, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 862 | -1); - | ~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:866:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 866 | button_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:867:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 867 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), button_col); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here - 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:868:50: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_toggle_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 868 | button_renderer = gtk_cell_renderer_toggle_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:77: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertoggle.h:40:18: note: declared here - 40 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_toggle_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:869:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 869 | gtk_tree_view_column_pack_start(button_col, GTK_CELL_RENDERER(button_renderer), TRUE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here - 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:871:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 871 | gtk_tree_view_column_set_attributes(button_col, button_renderer, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 872 | "active", BUTTON_COL, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 873 | NULL); - | ~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here - 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:885:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 885 | icon_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here + 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-navigation.cc: In member function 'int graphics_info_t::combobox_get_imol(GtkComboBox*) const': +graphics-info-navigation.cc:982:53: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 982 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here + 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-navigation.cc:984:55: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 984 | GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here + 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-navigation.cc:989:37: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 989 | gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here + 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-render-scene.lo graphics-info-render-scene.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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+graphics-info-modelling.cc:5576:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 5576 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here + 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-modelling.cc:5578:52: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 5578 | GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here + 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-modelling.cc:5580:31: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 5580 | gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here + 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-render-scene.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-render-scene.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-residues.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-residues.o +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from graphics-info-mutate.cc:61: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from graphics-info-lsq.cc:51: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12104,106 +11848,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:886:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 886 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), icon_col); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here - 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:887:48: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_pixbuf_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 887 | icon_renderer = gtk_cell_renderer_pixbuf_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:72: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendererpixbuf.h:39:18: note: declared here - 39 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_pixbuf_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:888:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 888 | gtk_tree_view_column_pack_start(icon_col, icon_renderer, TRUE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here - 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:889:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 889 | gtk_tree_view_column_set_attributes(icon_col, icon_renderer, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 890 | "pixbuf", ICON_COL, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 891 | NULL); - | ~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here - 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:894:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 894 | text_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:895:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 895 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), text_col); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here - 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:896:46: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_text_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 896 | text_renderer = gtk_cell_renderer_text_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendereraccel.h:24, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:70: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertext.h:62:18: note: declared here - 62 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_text_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:897:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 897 | gtk_tree_view_column_pack_start(text_col, text_renderer, TRUE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here - 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:898:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 898 | gtk_tree_view_column_set_attributes(text_col, text_renderer, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 899 | "text", TEXT_COL, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 900 | NULL); - | ~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here - 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::update_toolbar_icons(GtkTreeModel*, int)': -graphics-info-preferences.cc:987:36: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter_first(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 987 | if (gtk_tree_model_get_iter_first(model, &iter)) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:327:19: note: declared here - 327 | gboolean gtk_tree_model_get_iter_first (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:989:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 989 | gtk_tree_model_get(model, &iter, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ - 990 | 0, &button_value, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 991 | 3, &col_index, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here - 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:997:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 997 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 1, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:1000:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1000 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 0, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:1003:38: warning: 'gboolean gtk_tree_model_iter_next(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1003 | } while (gtk_tree_model_iter_next(model, &iter)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:341:19: note: declared here - 341 | gboolean gtk_tree_model_iter_next (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:26, from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31, from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24, @@ -12580,86 +12224,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-modelling.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::move_molecule_here_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': -graphics-info-modelling.cc:5576:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 5576 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here - 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-modelling.cc:5578:52: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 5578 | GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here - 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-modelling.cc:5580:31: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 5580 | gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here - 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_new_mol()': -graphics-info-navigation.cc:825:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 825 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_other_molecule_chosen(int)': -graphics-info-navigation.cc:874:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 874 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-navigation.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::go_to_atom_mol_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': -graphics-info-navigation.cc:949:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 949 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here - 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-navigation.cc:951:52: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 951 | GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here - 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-navigation.cc:953:31: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 953 | gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here - 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-navigation.cc: In member function 'int graphics_info_t::combobox_get_imol(GtkComboBox*) const': -graphics-info-navigation.cc:982:53: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 982 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here - 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-navigation.cc:984:55: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 984 | GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here - 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-navigation.cc:989:37: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 989 | gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here - 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o HUDMesh.lo HUDMesh.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c HUDMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/HUDMesh.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12668,11 +12232,274 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from graphics-info-preferences.cc:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::preferences_toolbar_icon_toggled(GtkCellRendererToggle*, gchar*, gpointer, int)': +graphics-info-preferences.cc:712:53: warning: 'GtkTreePath* gtk_tree_path_new_from_string(const char*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 712 | GtkTreePath *path = gtk_tree_path_new_from_string (path_string); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:201:14: note: declared here + 201 | GtkTreePath *gtk_tree_path_new_from_string (const char *path); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:716:26: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 716 | gtk_tree_model_get_iter(model, &iter, path); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:316:19: note: declared here + 316 | gboolean gtk_tree_model_get_iter (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:717:21: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 717 | gtk_tree_model_get(model, &iter, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ + 718 | 0, &value, + | ~~~~~~~~~~ + 719 | 3, &icon_pos, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here + 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:722:22: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 722 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, value, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:730:22: warning: 'void gtk_tree_path_free(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 730 | gtk_tree_path_free (path); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:228:14: note: declared here + 228 | void gtk_tree_path_free (GtkTreePath *path); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc: In member function 'void graphics_info_t::fill_preferences_toolbar_icons(GtkWidget*, GtkWidget*, int)': +graphics-info-preferences.cc:775:45: warning: 'GtkWidget* gtk_tree_view_new()' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 775 | GtkWidget *icons_tree = gtk_tree_view_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:193:24: note: declared here + 193 | GtkWidget *gtk_tree_view_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:776:37: warning: 'void gtk_tree_view_set_headers_visible(GtkTreeView*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 776 | gtk_tree_view_set_headers_visible(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), FALSE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:209:24: note: declared here + 209 | void gtk_tree_view_set_headers_visible (GtkTreeView *tree_view, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:26, + from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31, + from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcssenumtypes.h:11, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:33, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29: +graphics-info-preferences.cc:790:59: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 790 | GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/glib-2.0/gobject/gtype.h:2662:57: note: in definition of macro '_G_TYPE_CIC' + 2662 | # define _G_TYPE_CIC(ip, gt, ct) ((ct*) (void *) ip) + | ^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:30:41: note: in expansion of macro 'G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST' + 30 | #define GTK_TREE_MODEL(obj) (G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST ((obj), GTK_TYPE_TREE_MODEL, GtkTreeModel)) + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:790:26: note: in expansion of macro 'GTK_TREE_MODEL' + 790 | GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT)); + | ^~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here + 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:800:27: warning: 'void gtk_tree_view_set_model(GtkTreeView*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 800 | gtk_tree_view_set_model(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), model); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:201:24: note: declared here + 201 | void gtk_tree_view_set_model (GtkTreeView *tree_view, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:802:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 802 | button_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:26: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:803:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 803 | icon_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:804:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 804 | text_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:809:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 809 | gtk_list_store_append(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here + 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:857:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 857 | gtk_list_store_set(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 858 | BUTTON_COL, "", + | ~~~~~~~~~~~~~~~ + 859 | ICON_COL, icon, + | ~~~~~~~~~~~~~~~ + 860 | TEXT_COL, item.icon_text.c_str(), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 861 | INDEX_COL, item.icon_pos, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 862 | -1); + | ~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:866:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 866 | button_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:867:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 867 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), button_col); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here + 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:868:50: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_toggle_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 868 | button_renderer = gtk_cell_renderer_toggle_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:77: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertoggle.h:40:18: note: declared here + 40 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_toggle_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:869:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 869 | gtk_tree_view_column_pack_start(button_col, GTK_CELL_RENDERER(button_renderer), TRUE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here + 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:871:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 871 | gtk_tree_view_column_set_attributes(button_col, button_renderer, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 872 | "active", BUTTON_COL, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 873 | NULL); + | ~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here + 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:885:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 885 | icon_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:886:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 886 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), icon_col); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here + 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:887:48: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_pixbuf_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 887 | icon_renderer = gtk_cell_renderer_pixbuf_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:72: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendererpixbuf.h:39:18: note: declared here + 39 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_pixbuf_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:888:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 888 | gtk_tree_view_column_pack_start(icon_col, icon_renderer, TRUE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here + 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:889:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 889 | gtk_tree_view_column_set_attributes(icon_col, icon_renderer, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 890 | "pixbuf", ICON_COL, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 891 | NULL); + | ~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here + 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:894:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 894 | text_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:895:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 895 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), text_col); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here + 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:896:46: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_text_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 896 | text_renderer = gtk_cell_renderer_text_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendereraccel.h:24, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:70: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertext.h:62:18: note: declared here + 62 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_text_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:897:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 897 | gtk_tree_view_column_pack_start(text_col, text_renderer, TRUE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here + 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:898:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 898 | gtk_tree_view_column_set_attributes(text_col, text_renderer, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 899 | "text", TEXT_COL, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 900 | NULL); + | ~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here + 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::update_toolbar_icons(GtkTreeModel*, int)': +graphics-info-preferences.cc:987:36: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter_first(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 987 | if (gtk_tree_model_get_iter_first(model, &iter)) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:327:19: note: declared here + 327 | gboolean gtk_tree_model_get_iter_first (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:989:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 989 | gtk_tree_model_get(model, &iter, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ + 990 | 0, &button_value, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 991 | 3, &col_index, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here + 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:997:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 997 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 1, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:1000:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1000 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 0, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:1003:38: warning: 'gboolean gtk_tree_model_iter_next(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1003 | } while (gtk_tree_model_iter_next(model, &iter)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:341:19: note: declared here + 341 | gboolean gtk_tree_model_iter_next (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12681,10 +12508,32 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-mutate.cc:58: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from graphics-info-opengl.cc:38: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12697,12 +12546,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o HUDTextureMesh.lo HUDTextureMesh.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-state.cc:38: + from graphics-info-pick.cc:42: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -12719,7 +12567,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c HUDTextureMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/HUDTextureMesh.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12728,15 +12575,7 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-opengl.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float, float, float)': -graphics-info-opengl.cc:350:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 350 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + from graphics-info-mutate.cc:58: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -12744,7 +12583,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-statics.cc:32: + from graphics-info-refmac.cc:79: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -12761,24 +12600,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-superpose.cc:33: + from graphics-info-render.cc:38: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -12795,13 +12621,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o Instanced-Markup-Mesh.lo Instanced-Markup-Mesh.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Instanced-Markup-Mesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/Instanced-Markup-Mesh.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from graphics-info-trackball.cc:57: + from graphics-info-residues.cc:33: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -12818,7 +12642,31 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o init-from-gtkbuilder.lo init-from-gtkbuilder.cc +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from graphics-info-render-scene.cc:40: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-refine.lo graphics-info-refine.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-superpose.lo graphics-info-superpose.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-superpose.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-superpose.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12866,19 +12719,20 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-render-scene.cc:36: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-render-scene.cc: In lambda function: -graphics-info-render-scene.cc:731:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 731 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-opengl.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float, float, float)': +graphics-info-opengl.cc:350:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 350 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 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-pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c key-bindings.cc -fPIC -DPIC -o .libs/key-bindings.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-trackball.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-trackball.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12892,11 +12746,36 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-render-scene.cc:36: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-ligand-view.lo graphics-ligand-view.cc +graphics-info-render-scene.cc: In lambda function: +graphics-info-render-scene.cc:731:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 731 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-ligand-mesh-molecule.lo graphics-ligand-mesh-molecule.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-ligand-view.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-ligand-view.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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-DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-ligand-mesh-molecule.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-ligand-mesh-molecule.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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-DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gl-matrix.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gl-matrix.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from gtkglarea-rama-plot.cc:23: + from graphics-info-refine.cc:31: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -12913,32 +12792,15 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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+ | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from 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-fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c HUDMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/HUDMesh.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o make-a-dodec.lo make-a-dodec.cc ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ @@ -12978,6 +12943,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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.libs/Mesh-from-glTF.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13045,11 +13004,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o key-bindings.lo key-bindings.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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*widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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.libs/molecule-class-info-maps.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13127,9 +13116,9 @@ | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from init-from-gtkbuilder.cc:27: + from ../src/molecule-class-info.h:85, + from ../src/graphics-info.h:72, + from gtk-utils.cc:26: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13146,7 +13135,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13159,20 +13152,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -../src/graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -../src/graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../src/gtk-utils.hh:26, - from gtk-utils.cc:24: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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*combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX 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-I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-analysis.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-analysis.o +../src/graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +../src/graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../src/gtk-utils.hh:26, + from gtk-utils.cc:24: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecular-mesh-generator.hh:44, - from Model.hh:39, - from Model.cc:37: + from Mesh-from-graphical-bonds.cc:703: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13321,13 +13344,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-bonds.cc:22: + from molecule-class-info-alignment.cc:27: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13372,6 +13389,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-maps.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-maps.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-maps-2.cc:26: + from graphics-info.h:72, + from model-molecule-meshes.cc:34: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13418,6 +13432,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-maps-2.lo molecule-class-info-maps-2.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13431,11 +13446,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-patterson.lo molecule-class-info-patterson.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-build.cc:36: + from graphics-info.h:72, + from meshed-generic-display-object.cc:37: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13452,11 +13467,30 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-kdc.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-kdc.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13476,8 +13510,7 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from lbg-interface.cc:28: + from molecule-class-info-build.cc:36: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13494,13 +13527,16 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" 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"-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-ncs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-ncs.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-molecular-symmetry.cc:22: + from molecule-class-info-maps.cc:56: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13538,11 +13573,23 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-mol-tris.lo molecule-class-info-mol-tris.cc +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-maps.cc:56: + from molecule-class-info-molecular-symmetry.cc:22: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13559,15 +13606,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c obj_loader.cc -fPIC -DPIC -o .libs/obj_loader.o -In file included from molecular-mesh-generator-mol-tris.cc:35: -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] - 63 | #pragma mark - -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] - 64 | #pragma mark Debug routine -In file included from molecular-mesh-generator.cc:43: -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] - 63 | #pragma mark - -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] - 64 | #pragma mark Debug routine +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-residues.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-residues.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-refine.lo molecule-class-info-refine.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-refine.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-refine.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from molecule-class-info-dots.cc:28: + from molecule-class-info-kdc.cc:32: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13621,11 +13664,24 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from gtk-manual.hh:29, + from molecule-class-info.cc:80: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from molecule-class-info.cc:90: + from molecule-class-info-dots.cc:28: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13642,11 +13698,27 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' 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void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-refine.cc:40: + from graphics-info.h:72, + from molecule-class-info-mutate.cc:52: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13663,10 +13735,16 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c pick.cc -fPIC -DPIC -o .libs/pick.o -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28: +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from molecule-class-info-refine.cc:40: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13702,6 +13781,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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-Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-patterson.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-patterson.o +In file included from molecule-class-info-maps.cc:79: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13710,36 +13791,18 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from gtk-manual.h:26, + from molecule-class-info.h:102: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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| CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-ncs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-ncs.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from molecule-class-info-mutate.cc:52: + from molecule-class-info-other.cc:67: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13756,7 +13819,36 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o probe-clash-score.lo probe-clash-score.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-mol-tris.lo molecule-class-info-mol-tris.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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-DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-mol-tris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-mol-tris.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-widget-work.lo molecule-class-info-widget-work.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-widget-work.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-widget-work.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13780,8 +13872,7 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from molecule-class-info-residues.cc:45: + from molecule-class-info-string.cc:32: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13798,6 +13889,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-geometry.lo molecule-class-info-geometry.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-geometry.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-geometry.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13811,29 +13904,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c probe-clash-score.cc -fPIC -DPIC -o .libs/probe-clash-score.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o protein_db-interface.lo protein_db-interface.cc -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o pumpkin.lo pumpkin.cc -libtool: compile: g++ 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molecule-class-info-geometry.cc:29: + from graphics-info.h:72, + from molecule-class-info-surface.cc:39: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13850,8 +13925,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecular-mesh-generator.cc:43: +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] + 63 | #pragma mark - +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] + 64 | #pragma mark Debug routine +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-patterson.cc:45: + from molecule-class-info-widget-work.cc:27: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13885,10 +13966,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-widget-work.cc:27: +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13905,6 +13984,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" 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molecule-class-info.h:85, + from molecule-class-info-patterson.cc:45: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -13920,16 +14008,54 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecular-mesh-generator-mol-tris.cc:35: +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] + 63 | #pragma mark - +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] + 64 | #pragma mark Debug routine +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o pick.lo pick.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from molecule-class-info-surface.cc:39: + from molecule-class-info-geometry.cc:29: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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-DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c pick.cc -fPIC -DPIC -o .libs/pick.o +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13946,20 +14072,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info-maps.cc:79: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-manual.h:26, - from molecule-class-info.h:102: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13968,17 +14080,16 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-manual.hh:29, - from molecule-class-info.cc:80: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o Particle.lo Particle.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from molecule-class-info-other.cc:67: + from molecule-class-info-mol-tris.cc:31: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -13995,14 +14106,31 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" 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+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from gtk-manual.h:26, + from molecule-class-info.h:102: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from molecule-class-info-mol-tris.cc:31: + from pick.cc:43: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -14019,6 +14147,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info-widget-work.cc:530: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14027,19 +14156,15 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from gtk-manual.h:26, + from molecule-class-info.h:102: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14066,48 +14207,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c tomo-tools.cc -fPIC -DPIC -o .libs/tomo-tools.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from pick.cc:43: + from restraints-editor.cc:49: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -14181,49 +14304,29 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 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gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-manual.h:26, - from molecule-class-info.h:102: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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[-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' trackball.c:262:17: warning: argument 1 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=] 262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4]) | ~~~~~~^~~~~ @@ -14243,51 +14346,14 @@ trackball.h:82:40: note: previously declared as 'float *' 82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest); | ~~~~~~~^~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-manual.h:26, - from molecule-class-info.h:102: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c widget-from-builder.cc -fPIC -DPIC -o .libs/widget-from-builder.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot_wrap_guile.lo coot_wrap_guile.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -14309,27 +14375,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from rsr-functions.cc:27: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -14355,7 +14402,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from restraints-editor.cc:49: + from sound.cc:45: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -14376,7 +14423,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from sound.cc:45: + from sdf-interface.cc:43: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -14393,11 +14440,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o validation.lo validation.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from sdf-interface.cc:43: + from tomo-tools.cc:36: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -14414,6 +14462,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c validation.cc -fPIC -DPIC -o .libs/validation.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14431,27 +14480,6 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from tomo-tools.cc:36: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, from TextureMesh.cc:48: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -14469,18 +14497,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from text-rendering-utils.cc:35: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o view.lo view.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c view.cc -fPIC -DPIC -o .libs/view.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14493,27 +14511,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from widget-from-builder.cc:28: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' restraints-editor.cc: In member function 'void coot::restraints_editor::fill_atom_tree_data(GtkWidget*, const coot::dictionary_residue_restraints_t&)': restraints-editor.cc:126:56: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 126 | GtkTreeStore *tree_store_atoms = gtk_tree_store_new (4, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, @@ -14703,33 +14700,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:201:24: note: declared here 201 | void gtk_tree_view_set_model (GtkTreeView *tree_view, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from spherical-density.cc:30: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' restraints-editor.cc:402:25: warning: 'void gtk_tree_store_append(GtkTreeStore*, GtkTreeIter*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 402 | gtk_tree_store_append(tree_store_info, &toplevel, NULL); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:131:15: note: declared here 131 | void gtk_tree_store_append (GtkTreeStore *tree_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' restraints-editor.cc:403:22: warning: 'void gtk_tree_store_set(GtkTreeStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 403 | gtk_tree_store_set(tree_store_info, &toplevel, | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -15533,11 +15509,48 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from text-rendering-utils.cc:35: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from spherical-density.cc:30: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o widget-from-builder.lo widget-from-builder.cc +/bin/sh ../src/post-process-coot-wrap-guile.sh coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc +adding gtk2 and guile ifdefs from coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot_wrap_guile.lo coot_wrap_guile.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15551,11 +15564,26 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c widget-from-builder.cc -fPIC -DPIC -o .libs/widget-from-builder.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_guile.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_guile.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from single-map-properties-dialog.cc:32: + from testing.cc:64: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -15572,11 +15600,24 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from validation.cc:28: + from view.cc:27: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -15597,7 +15638,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from view.cc:27: + from single-map-properties-dialog.cc:32: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -15618,7 +15659,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from testing.cc:64: + from validation.cc:28: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -15669,24 +15710,32 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from widget-from-builder.hh:31, - from widget-from-builder.cc:27: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from widget-from-builder.cc:28: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15695,8 +15744,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from single-map-properties-dialog.hh:32, + from single-map-properties-dialog.cc:31: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -15708,8 +15757,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from single-map-properties-dialog.hh:32, - from single-map-properties-dialog.cc:31: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -15743,25 +15792,12 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from widget-from-builder.hh:31, + from widget-from-builder.cc:27: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcootsumo.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu init_coot_as_python_module.lo boids.lo boot-python.lo atom-overlaps.lo git-revision-count.lo scm-boot-guile.lo c-interface-analysis.lo c-interface-bonds.lo c-interface-build.lo c-interface-build-morph.lo c-interface-build-main-chain.lo 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-c++ ../src/coot.i libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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-I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot.o glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_size_others_radiobutton_toggled(GtkToggleButton*, gpointer)': @@ -15818,7 +15854,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o libcootsumo.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coords/libcoot-coords.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../compat/libcoot-compat.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField 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| ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o libcootsumo.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coords/libcoot-coords.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../compat/libcoot-compat.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from create-menu-item-actions.cc:31: + from glade-callbacks.cc:53: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -15865,7 +15901,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from glade-callbacks-main-window.cc:57: + from create-menu-item-actions.cc:31: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -15886,7 +15922,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from glade-callbacks.cc:53: + from glade-callbacks-main-window.cc:57: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -15924,7 +15960,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o ./.libs/libcootsumo.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -15946,8 +15981,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../src/post-process-coot-wrap-python.sh gtk2 coot_wrap_python_pre.cc coot_wrap_python.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot_wrap_python.lo coot_wrap_python.cc +libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o ./.libs/libcootsumo.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer 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-Wno-unused -std=c++17 -c -o coot_wrap_python.lo coot_wrap_python.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_python.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_python.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -15961,42 +15997,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from main.cc:23: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from create-menu-item-actions.cc:28: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from glade-callbacks-main-window.cc:28: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ setup-gui-components.cc: In function 'void setup_validation_graph_dialog()': setup-gui-components.cc:162:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 162 | gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::validation_graph_model_list)); @@ -16086,18 +16086,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:160:21: note: declared here 160 | void gtk_entry_set_completion (GtkEntry *entry, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from glade-callbacks.cc:28: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ setup-gui-components.cc:286:44: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] 286 | GtkListStore *store = gtk_list_store_new(1, G_TYPE_STRING); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -16123,6 +16111,76 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:74:21: note: declared here 74 | void gtk_entry_completion_set_model (GtkEntryCompletion *completion, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from glade-callbacks-main-window.cc:28: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from main.cc:23: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_save_coordinates_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks-main-window.cc:403:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 403 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_dataset_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks-main-window.cc:432:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 432 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_map_name_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks-main-window.cc:463:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 463 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from glade-callbacks.cc:28: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from create-menu-item-actions.cc:28: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, int)': glade-callbacks.cc:868:48: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 868 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); @@ -16153,28 +16211,175 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_save_coordinates_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks-main-window.cc:403:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 403 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: +glade-callbacks.cc: In function 'void on_phs_coordinates_filechooserdialog1_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks.cc:5193:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 5193 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(phs_filechooser)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_dataset_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks-main-window.cc:432:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 432 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); +glade-callbacks.cc: In function 'void on_screendump_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks.cc:5301:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 5301 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_residue_editor_select_monomer_type_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:5473:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 5473 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_export_map_file_chooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6044:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 6044 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_map_name_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks-main-window.cc:463:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 463 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); +glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_geman_mcclure_alpha_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6231:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6231 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_lennard_jones_epsilon_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6247:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6247 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6248:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6248 | int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); // save it for set active item next time + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here + 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_rama_restraints_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6258:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6258 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6259:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6259 | int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here + 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_torsion_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6270:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6270 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6271:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6271 | int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here + 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_overall_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6282:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6282 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_simple_refmac_mtz_file_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6480:31: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 6480 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER(w), filterselect); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here + 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_simple_refmac_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6494:43: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 6494 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6514:42: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6514 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here + 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6515:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6515 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox), file_name); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here + 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6516:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6516 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(file_combobox), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_cif_dictionary_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6585:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 6585 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_validation_graph_model_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6607:37: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6607 | if (gtk_combo_box_get_active_iter(self, &iter)) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here + 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6609:49: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6609 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(self),&iter,1,&new_active_model,-1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here + 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6609:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6609 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(self),&iter,1,&new_active_model,-1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here + 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_validation_graph_chain_id_combobox_changed(GtkComboBoxText*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6619:66: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6619 | auto chain_id = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(self)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_ramachandran_plot_molecule_chooser_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6698:37: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6698 | if (gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter)) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here + 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6700:49: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6700 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)),&iter,1,&imol_active,-1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here + 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6700:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6700 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)),&iter,1,&imol_active,-1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here + 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_coords_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': create-menu-item-actions.cc:58:50: warning: 'const char* gtk_file_chooser_get_choice(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 58 | const char *r = gtk_file_chooser_get_choice(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), "recentering"); @@ -16333,13 +16538,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:182:22: note: declared here 182 | const char * gtk_file_chooser_get_choice (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_phs_coordinates_filechooserdialog1_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks.cc:5193:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 5193 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(phs_filechooser)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void import_cif_dictionary_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': create-menu-item-actions.cc:375:51: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 375 | GtkWidget *dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Open File", parent_window, action, @@ -16365,28 +16563,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_screendump_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks.cc:5301:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 5301 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_residue_editor_select_monomer_type_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:5473:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 5473 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_export_map_file_chooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6044:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 6044 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_save_state_dialog_response(GtkDialog*, int)': create-menu-item-actions.cc:579:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 579 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); @@ -16428,13 +16604,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_geman_mcclure_alpha_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6231:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6231 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_save_views_clicked(GtkButton*, gpointer)': create-menu-item-actions.cc:636:51: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 636 | GtkWidget *dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Save Views", @@ -16462,85 +16631,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_lennard_jones_epsilon_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6247:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6247 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6248:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6248 | int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); // save it for set active item next time - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here - 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_rama_restraints_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6258:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6258 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6259:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6259 | int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here - 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_torsion_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6270:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6270 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6271:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6271 | int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here - 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_overall_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6282:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6282 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_simple_refmac_mtz_file_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6480:31: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 6480 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER(w), filterselect); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here - 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_simple_refmac_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6494:43: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 6494 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6514:42: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6514 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here - 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6515:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6515 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox), file_name); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here - 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6516:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6516 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(file_combobox), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_run_script_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': create-menu-item-actions.cc:1108:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 1108 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); @@ -16569,60 +16659,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_cif_dictionary_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6585:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 6585 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_validation_graph_model_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6607:37: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6607 | if (gtk_combo_box_get_active_iter(self, &iter)) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here - 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6609:49: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6609 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(self),&iter,1,&new_active_model,-1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here - 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6609:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6609 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(self),&iter,1,&new_active_model,-1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here - 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_validation_graph_chain_id_combobox_changed(GtkComboBoxText*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6619:66: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6619 | auto chain_id = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(self)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_ramachandran_plot_molecule_chooser_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6698:37: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6698 | if (gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter)) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here - 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6700:49: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6700 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)),&iter,1,&imol_active,-1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here - 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6700:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6700 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)),&iter,1,&imol_active,-1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here - 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void screenshot_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': create-menu-item-actions.cc:2240:38: warning: 'void gtk_file_chooser_set_current_name(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 2240 | gtk_file_chooser_set_current_name(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser), "coot-screendump.tga"); @@ -16664,9 +16700,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o ./.libs/libcootsumo.so ../density-contour/.libs/libcoot-isosurface.so ../layla/.libs/libcoot-layla.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -fopenmp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot.o .libs/coot_wrap_python.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcootsumo.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot.so.0 -o .libs/_coot.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so.0" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so") @@ -16684,7 +16720,7 @@ debian/rules execute_after_dh_auto_build make[1]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg' dh_auto_build --buildsystem cmake - cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j42 "INSTALL=install --strip-program=true" VERBOSE=1 + cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j20 "INSTALL=install --strip-program=true" VERBOSE=1 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' /usr/bin/cmake -S/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -B/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu --check-build-system CMakeFiles/Makefile.cmake 0 /usr/bin/cmake -E cmake_progress_start /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu//CMakeFiles/progress.marks @@ -16699,110 +16735,110 @@ make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/nanobind-static.dir/build.make CMakeFiles/nanobind-static.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -make -f CMakeFiles/cootapi.dir/build.make CMakeFiles/cootapi.dir/build -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o [ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o [ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o -[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp -[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp -[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o +[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' +make -f CMakeFiles/cootapi.dir/build.make CMakeFiles/cootapi.dir/build +[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp -[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/common.cpp +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o +[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/cod-atom-types.cc +[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/error.cpp -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/implicit.cpp +[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o [ 3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/implicit.cpp [ 3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/svg-molecule.cc +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/cod-types.cc [ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o -[ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -[ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o -[ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o -[ 4%] Building CXX 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6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o +[ 6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/pi-stacking.cc /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXNewHood.cpp.o +[ 6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o +[ 7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 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-DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp +[ 7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp -[ 9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o -[ 9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o -[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o -[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp.o -[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp.o -[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFFTSolventMap.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp +[ 7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXException.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXException.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXException.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXException.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXException.cpp -[ 11%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp.o +[ 8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp +[ 8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFFTSolventMap.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFFTSolventMap.cpp +[ 8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFortranFile.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFortranFile.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFortranFile.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFortranFile.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFortranFile.cpp +[ 9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXNewHood.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg 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-DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurface.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurface.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurface.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurface.cpp +[ 9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp +[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o +[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong 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-DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp +[ 11%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSurface.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BallsPrimitive.cpp +[ 14%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp [ 14%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp [ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp +[ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DishyBase.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp -[ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT 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"CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o" +/usr/bin/ranlib libnanobind-static.a +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' +[ 17%] Built target nanobind-static [ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/LinesPrimitive.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MyMolecule.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MyMolecule.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MyMolecule.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MyMolecule.cpp [ 19%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/NRStuff.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentationInstance.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentationInstance.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentationInstance.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentationInstance.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentationInstance.cpp [ 19%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/oglPolyhedron.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg 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-DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/PositionedEntity.cpp.o -MF 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp +[ 20%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.cpp [ 21%] Building CXX object 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/RepresentationInstance.cpp [ 21%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.cpp -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg 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-DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/SecondaryColorScheme.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/SecondaryColorScheme.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/SecondaryColorScheme.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/SecondaryColorScheme.cpp [ 22%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/SolidColorRule.cpp.o @@ -16871,22 +16914,22 @@ [ 23%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Vector2.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Vector2.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Vector2.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Vector2.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Vector2.cpp [ 23%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Vector3.cpp.o -[ 23%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/VertexColorNormalPrimitive.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Vector3.cpp.o -MF 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/VertexColorNormalPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/VertexColorNormalPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/VertexColorNormalPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/VertexColorNormalPrimitive.cpp [ 24%] Building C object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/lfit.c.o /usr/bin/cc -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/lfit.c -[ 24%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/blender-mesh.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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-DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/add-terminal-residue.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/add-terminal-residue.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/add-terminal-residue.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/add-terminal-residue.cc [ 25%] Building CXX object 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CMakeFiles/cootapi.dir/api/interfaces.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/interfaces.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/interfaces.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/interfaces.cc +[ 25%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/colour-functions.cc.o [ 25%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/colour-functions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/colour-functions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/colour-functions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/colour-functions.cc [ 26%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-colour.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat/getopt1.cc [ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/gl-matrix.cc.o @@ -17414,12 +17450,12 @@ make -f CMakeFiles/chapi.dir/build.make CMakeFiles/chapi.dir/depend make -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/depend make -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/depend -make -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/depend -make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/depend make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/chapi.dir/DependInfo.cmake "--color=" +make -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/depend make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/findligand.dir/DependInfo.cmake "--color=" +make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/depend make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/findwaters.dir/DependInfo.cmake "--color=" make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' @@ -17427,34 +17463,34 @@ make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/test-molecules-container.dir/DependInfo.cmake "--color=" make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/chapi.dir/build.make CMakeFiles/chapi.dir/build -make -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/build make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build -make -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/build -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' +make -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' [ 96%] Building CXX object CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dchapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -MD -MT CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -MF CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o.d -o CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc -[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils 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'/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' +make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' +[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o +[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -MF 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro -Wl,--dependency-file=CMakeFiles/findwaters.dir/link.d "CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o" -o findwaters -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu libcootapi.so.1.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmmdb2.so @@ -17578,7 +17614,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-compat.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-compat.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0 || { rm -f libcoot-compat.so.0 && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so || { rm -f libcoot-compat.so && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so; }; }) @@ -17592,7 +17628,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0 || { rm -f libcoot-utils.so.0 && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so || { rm -f libcoot-utils.so && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so; }; }) @@ -17606,7 +17642,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/protein_db' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/protein_db' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-protein-db.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-protein-db.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0 || { rm -f libcoot-protein-db.so.0 && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so || { rm -f libcoot-protein-db.so && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so; }; }) @@ -17622,9 +17658,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-mini-mol.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libcoot-mini-mol.so.0; }; }) @@ -17639,9 +17675,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-geometry.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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"/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/cif-parse.o .libs/protein-geometry.o .libs/protein-geometry-mmdb.o .libs/read-sbase.o .libs/energy-lib.o .libs/mol-utils.o .libs/dictionary-residue.o .libs/link.o .libs/glyco-tools.o .libs/dict-utils.o .libs/chem_mods.o .libs/srs-interface.o .libs/protein-donor-acceptors.o .libs/lbg-graph.o .libs/dreiding.o .libs/main-chain.o .libs/residue-and-atom-specs.o .libs/intercept-3GP.o .libs/mol-utils-2.o .libs/hydrophobic.o .libs/cif-parse-link.o .libs/cif-parse-mon-lib.o .libs/read-metals-json.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lcoot-compat -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif 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libcoot-geometry.so.0.0.0 libcoot-geometry.so.0 || { rm -f libcoot-geometry.so.0 && ln -s libcoot-geometry.so.0.0.0 libcoot-geometry.so.0; }; }) @@ -17656,9 +17692,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-lidia-core.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so || { rm -f libcoot-coord-utils.so && ln -s libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-utils.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coord-utils.la libtool: warning: relinking 'libcoot-coord-extras.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo 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lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-coord-extras.o .libs/coot-coord-lsq.o .libs/coot-tree-extras.o .libs/water-coordination.o .libs/lsq-improve.o .libs/coot-coord-utils-glyco.o .libs/jed-flip.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-coord-extras.so.0 -o .libs/libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-extras.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so.0 || { rm -f libcoot-coord-extras.so.0 && ln -s libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so || { rm -f libcoot-coord-extras.so && ln -s libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-extras.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coord-extras.la libtool: warning: relinking 'libcoot-map-utils.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-utils.o .libs/peak-search.o .libs/peak-search-from-list.o .libs/trim.o .libs/xmap-stats.o .libs/maps-spherical.o .libs/pepflip-using-difference-map.o .libs/exp-fit.o .libs/blob-line.o .libs/slurp-map.o .libs/find-water-baddies.o .libs/diff-diff-map-peaks.o .libs/mini-texture.o .libs/positron.o .libs/texture-as-floats.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -lz -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-utils.so.0 -o .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so.0 || { rm -f libcoot-map-utils.so.0 && ln -s libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so || { rm -f libcoot-map-utils.so && ln -s libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-utils.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-utils.la libtool: warning: relinking 'libcoot-map-heavy.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0 || { rm -f libcoot-map-heavy.so.0 && ln -s libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0; }; }) @@ -17704,7 +17740,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: './libcoot-map-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: './libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' @@ -17721,7 +17757,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0 || { rm -f libcoot-AngleInfo.so.0 && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so || { rm -f libcoot-AngleInfo.so && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so; }; }) @@ -17735,7 +17771,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libccp4mg-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libccp4mg-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0 || { rm -f libccp4mg-utils.so.0 && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so || { rm -f libccp4mg-utils.so && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so; }; }) @@ -17749,9 +17785,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-db-main.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/db-main.o .libs/db-strands.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-db-main.so.0 -o .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-db-main.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0 || { rm -f libcoot-db-main.so.0 && ln -s libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0; }; }) @@ -17766,9 +17802,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-analysis.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/bfkurt.o .libs/mogul.o .libs/kolmogorov.o .libs/stats.o .libs/cablam.o .libs/typed-distances.o .libs/b-factor-histogram.o .libs/daca.o .libs/rna-backbone.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-analysis.so.0 -o .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-analysis.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0 || { rm -f libcoot-analysis.so.0 && ln -s libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0; }; }) @@ -17776,7 +17812,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-analysis.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: 'libcoot-analysis.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../lidia-core/libcoot-lidia-core.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' @@ -17792,7 +17828,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootaneer.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcootaneer.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0 || { rm -f libcootaneer.so.0 && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so || { rm -f libcootaneer.so && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so; }; }) @@ -17806,9 +17842,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-ideal.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/simple-restraint.o .libs/make-restraints.o .libs/ng.o .libs/chi-squareds.o .libs/mods.o .libs/distortion.o .libs/chirals.o .libs/flanking.o .libs/gradients.o .libs/extra-restraints.o .libs/pepflip.o .libs/regularize-minimol.o .libs/lograma.o .libs/process-dfs-in-range.o .libs/extra-restraints-kk.o .libs/simple-restraint-kk.o .libs/torsion-bonds.o .libs/coot-compare-residues.o .libs/link-restraints.o .libs/parallel-planes.o .libs/pull-restraint.o .libs/trans-peptide.o .libs/model-bond-deltas.o .libs/write-png.o .libs/zo-rama.o .libs/crankshaft.o .libs/phi-psi.o .libs/neutron.o -lpthread -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-map-heavy -lcoot-map-utils -lcoot-geometry -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpng16 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-ideal.so.0 -o .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-ideal.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0 || { rm -f libcoot-ideal.so.0 && ln -s libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0; }; }) @@ -17818,7 +17854,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot-mini-rsr coot-ligand-validation '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: './libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' @@ -17849,16 +17885,16 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-ligand.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/ligand.o .libs/ligand-extras.o .libs/residue_by_phi_psi.o .libs/wiggly-ligand.o .libs/monomer-utils.o .libs/dunbrack.o .libs/chi-angles-autogen.o .libs/chi-angles.o .libs/helix-placement.o .libs/fast-ss-search.o .libs/rigid-body.o .libs/ideal-rna.o .libs/richardson-rotamers.o .libs/richardson-rotamer.o .libs/rotamer.o .libs/torsion-general.o .libs/rotamer-tables.o .libs/primitive-chi-angles.o .libs/dipole.o .libs/base-pairing.o .libs/backrub-rotamer.o .libs/trace.o .libs/trace-2.o .libs/multi-peptide.o .libs/ligands-db.o .libs/joining-residues.o .libs/ligand-score-card.o .libs/side-chain-densities.o .libs/tube-finder.o .libs/smith-waterman.o .libs/side-chain.o .libs/refine-isolated-chain.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-ideal -lcoot-map-heavy -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-analysis -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-ligand.so.0 -o .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-ligand.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0 || { rm -f libcoot-ligand.so.0 && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so || { rm -f libcoot-ligand.so && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-ligand.la libtool: warning: relinking 'libcoot-res-tracer.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/libres-tracer.o .libs/rama-rsr-extend-fragments.o .libs/new-residue-by-3-phi-psi.o .libs/dSFMT.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-ideal -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-res-tracer.so.0 -o .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0 || { rm -f libcoot-res-tracer.so.0 && ln -s libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0; }; }) @@ -17868,7 +17904,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot-findwaters coot-findligand coot-identify-protein '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-findligand-bin coot-findwaters-bin coot-make-ligands-db coot-identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-findligand-bin coot-findwaters-bin coot-make-ligands-db coot-identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: './libcoot-ligand.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../ideal/libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' @@ -17938,9 +17974,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-coords.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/Bond_lines.o .libs/Cartesian.o .libs/cos-sin.o .libs/phenix-geo-bonds.o .libs/mmdb-extras.o .libs/utils.o .libs/mmdb.o .libs/mmdb-crystal.o .libs/Bond_lines_ext.o .libs/coot-close.o .libs/phenix-geo.o .libs/rotamer-markup.o .libs/loop-path.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/ramachandran-validation.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-coord-utils -lcoot-coord-extras -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcootaneer -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-coords.so.0 -o .libs/libcoot-coords.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coords.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coords.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0 || { rm -f libcoot-coords.so.0 && ln -s libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0; }; }) @@ -17955,9 +17991,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-isosurface.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/Vectors.o .libs/CIsoSurface.o .libs/density-contour-triangles.o .libs/occlusion.o .libs/gaussian-surface.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-isosurface.so.0 -o .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0 || { rm -f libcoot-isosurface.so.0 && ln -s libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0; }; }) @@ -17972,9 +18008,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-skeleton.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/dm-utils.o .libs/graphical_skel.o .libs/BuildCas.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lcoot-ideal -lcoot-geometry -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-skeleton.so.0 -o .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-skeleton.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0 || { rm -f libcoot-skeleton.so.0 && ln -s libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0; }; }) @@ -17989,9 +18025,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-high-res.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/high-res.o .libs/coot-atom-graph.o .libs/residue-distortions.o .libs/sequence-assignment.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-coords -lcoot-ligand -lcoot-map-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-high-res.so.0 -o .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0 || { rm -f libcoot-high-res.so.0 && ln -s libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0; }; }) @@ -18006,9 +18042,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 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-Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/CalphaBuild.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu 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'/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' make[5]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 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'/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo 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libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0; }; }) @@ -18066,9 +18102,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-pli.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-pli.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-pli.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX 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/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/protein-ligand-interactions.o .libs/flev-annotations.o .libs/pi-stacking.o .libs/sdf-interface.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-pli.so.0 -o .libs/libcoot-pli.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-pli.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-pli.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-pli.so.0.0.0 libcoot-pli.so.0 || { rm -f libcoot-pli.so.0 && ln -s libcoot-pli.so.0.0.0 libcoot-pli.so.0; }; }) @@ -18097,7 +18133,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootilus.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootilus.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootilus.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcootilus.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so.0 || { rm -f libcootilus.so.0 && ln -s libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so || { rm -f libcootilus.so && ln -s libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so; }; }) @@ -18113,9 +18149,9 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c pyrogen '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0 || { rm -f libcoot_py_restraints.so.0 && ln -s libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0; }; }) @@ -18123,16 +18159,16 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot_py_restraints.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0 || { rm -f _pyrogen_swig.so.0 && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so || { rm -f _pyrogen_swig.so && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-coords -lcoot-lidia-core -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f pyrogen_boost.so.0.0.0 pyrogen_boost.so.0 || { rm -f pyrogen_boost.so.0 && ln -s pyrogen_boost.so.0.0.0 pyrogen_boost.so.0; }; }) @@ -18289,9 +18325,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-api.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lssm -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la 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molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-molecule.o .libs/coot-colour.o .libs/add-terminal-residue.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/colour-functions.o .libs/coot-molecule-maps.o .libs/coot-molecule-merge-molecules.o .libs/coot-molecule-bonds.o .libs/coot-molecule-validation.o .libs/molecules-container-modelling.o .libs/molecules-container.o .libs/make-a-dodec.o .libs/molecules-container-ligand-fitting.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/coot-molecule-moltris.o .libs/coot-molecule-replace-fragment.o .libs/coot-molecule-backup.o 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/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-api.so.0 -o .libs/libcoot-api.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-api.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0 || { rm -f libcoot-api.so.0 && ln -s libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0; }; }) @@ -18299,9 +18335,9 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-api.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot_headless_api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot_headless_api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_coot_headless_api.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _coot_headless_api.so.0.0.0 _coot_headless_api.so.0 || { rm -f _coot_headless_api.so.0 && ln -s _coot_headless_api.so.0.0.0 _coot_headless_api.so.0; }; }) @@ -18324,9 +18360,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-layla.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/layla_embedded.o .libs/generators.o .libs/notifier.o .libs/signals.o .libs/state.o .libs/ui.o .libs/utils.o ligand_editor_canvas/.libs/core.o .libs/ligand_editor_canvas.o ligand_editor_canvas/.libs/model.o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o ligand_editor_canvas/.libs/render.o .libs/python_utils.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu 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-L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-layla.so.0 -o .libs/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0 || { rm -f libcoot-layla.so.0 && ln -s libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0; }; }) @@ -18334,7 +18370,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-layla.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c layla '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c layla '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: 'libcoot-layla.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../utils/libcoot-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/layla /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin/layla @@ -18348,9 +18384,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-validation-graphs.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-validation-graphs.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-validation-graphs.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu 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libtool: warning: relinking 'libcootsumo.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcootsumo.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu init_coot_as_python_module.lo boids.lo 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.libs/libcootsumo.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcootsumo.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootsumo.so.0.0.0 libcootsumo.so.0 || { rm -f libcootsumo.so.0 && ln -s libcootsumo.so.0.0.0 libcootsumo.so.0; }; }) @@ -18379,7 +18415,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot coot-density-score-by-residue '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c Coot coot-density-score-by-residue-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c Coot coot-density-score-by-residue-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: 'libcootsumo.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../density-contour/libcoot-isosurface.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../layla/libcoot-layla.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' @@ -18409,9 +18445,9 @@ libtool: warning: '../compat/libcoot-compat.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/coot-density-score-by-residue-bin /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec/coot-density-score-by-residue-bin /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_coot.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot.o .libs/coot_wrap_python.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcootsumo -lcoot-coord-utils -lcoot-coords -lcoot-geometry -lcoot-pli -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot.so.0 -o .libs/_coot.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_coot.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_coot.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _coot.so.0.0.0 _coot.so.0 || { rm -f _coot.so.0 && ln -s _coot.so.0.0.0 _coot.so.0; }; }) @@ -18463,7 +18499,7 @@ make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg' make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg' dh_auto_install --buildsystem cmake - cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" + cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' /usr/bin/cmake -S/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -B/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu --check-build-system CMakeFiles/Makefile.cmake 0 make -f CMakeFiles/Makefile2 preinstall @@ -18478,77 +18514,77 @@ -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/standard-residues.pdb -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/syminfo.lib -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/ASN-NAG-via-NAG-ASN.pdb -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-2.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-2.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-NAG-ASN.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/FUC-decorations.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-XYP-BMA.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/GAL-decorations.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-3.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/NAG-decorations.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.in +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-6.tab -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-3.pdb --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/GLC-decorations.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/XYP-decorations.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/BMA-decorations.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-NAG-core-NAG-SER.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-4.tab -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-3.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-6.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.am --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-2.pdb --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-2.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-XYP-BMA.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-6.pdb +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-NAG-core-NAG-SER.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/FUL-decorations.tab -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-6.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-3.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/GLC-decorations.tab -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA2-3.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-6.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/GAL-decorations.tab -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/SIA-pyranose-via-ALPHA2-3.pdb --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/NAG-decorations.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-2.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/FUC-decorations.tab -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/MAN-decorations.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-6.pdb --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/FUL-decorations.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-3.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.in -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/theor-helix-70.pdb +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-4.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-NAG-ASN.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/XYP-decorations.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/BMA-decorations.tab -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-BETA1-4.pdb --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/ASN-NAG-via-NAG-ASN.pdb --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-3.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.am +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-2.pdb +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-6.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-2.tab -- Up-to-date: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-trp.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-glu.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-leu.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-gly-sym.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-gln.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-lys.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-general.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile.am --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-asp.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-ser.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-val.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-prepro.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-asn.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-cys.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-phetyr.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-ile.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-pro.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-his.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-lys.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-gly-sym.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-arg.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-his.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-pro.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile.in --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-met.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-thr.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-pro.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-prepro.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-general.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-gln.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-leu.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-glu.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-ser.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-asp.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-trp.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-ile.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-val.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile.am +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-met.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-pro.data -- Up-to-date: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-N-distance.table --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile.am +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile.in -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-N-distance.table -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-S-distance.table -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-O-distance.table --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile.in +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile.am -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/chapi.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so -- Set non-toolchain portion of runtime path of "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/chapi.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so" to "" -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/libcootapi.so.1.1 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/libcootapi.so make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' dh_auto_install --sourcedirectory data - cd data && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" + cd data && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/data' Making install in rama-coeffs make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/data/rama-coeffs' @@ -18596,7 +18632,7 @@ make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/data' make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/data' dh_auto_install --sourcedirectory rama-data - cd rama-data && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" + cd rama-data && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/rama-data' make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/rama-data' make[3]: Nothing to be done for 'install-exec-am'. @@ -18606,7 +18642,7 @@ make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/rama-data' make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/rama-data' dh_auto_install --sourcedirectory python - cd python && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" + cd python && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/python' make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/python' make[3]: Nothing to be done for 'install-exec-am'. @@ -18624,26 +18660,27 @@ make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/python' make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/python' dh_auto_install --sourcedirectory pyrogen - cd pyrogen && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" + cd pyrogen && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen' make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install install --strip-program=true libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot' - /bin/bash ../libtool --mode=install install --strip-program=true libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' install --strip-program=true pyrogen '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified install --strip-program=true -m 644 pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot' install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified -libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) Byte-compiling python modules... -pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py +pyrogen.py libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la' +atom_types.py libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py Byte-compiling python modules (optimized versions) ... pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py -libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 Byte-compiling python modules (more optimized versions) ... -pyrogen.py atom_types.py libtool: install: install --strip-program=true .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 +pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py +libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 +libtool: install: install --strip-program=true .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0 || { rm -f libcoot_py_restraints.so.0 && ln -s libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so || { rm -f libcoot_py_restraints.so && ln -s libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so; }; }) @@ -18651,10 +18688,9 @@ install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install install --strip-program=true _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' -jay_util.py tautomer.py libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) -pyrogen_swig.py coot_git.py + /bin/sh ../libtool --mode=install install --strip-program=true _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' +libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la' +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified @@ -18663,7 +18699,7 @@ libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-coords -lcoot-lidia-core -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: install: install --strip-program=true .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.so.0.0.0 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified @@ -18747,24 +18783,24 @@ diversion by libc6 from: /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 dpkg-shlibdeps: warning: diversions involved - output may be incorrect diversion by libc6 to: /lib64/ld-linux-x86-64.so.2.usr-is-merged +dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyFloat_FromDouble: it's probably a plugin +dpkg-shlibdeps: warning: 8 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) dpkg-shlibdeps: warning: diversions involved - output may be incorrect diversion by libc6 from: /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 dpkg-shlibdeps: warning: diversions involved - output may be incorrect diversion by libc6 to: /lib64/ld-linux-x86-64.so.2.usr-is-merged -dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyTuple_SetItem: it's probably a plugin -dpkg-shlibdeps: warning: 93 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) -dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyBool_Type: it's probably a plugin -dpkg-shlibdeps: warning: 8 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13int_to_stringB5cxx11Ei used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util7extentsEPN4mmdb7ManagerEi used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16sharpen_blur_mapEPN7clipper4XmapIfEEf used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16density_at_pointERKN7clipper4XmapIfEERKNS1_10Coord_orthE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13calc_atom_mapEPN4mmdb7ManagerEiRKN7clipper4CellERKNS4_10SpacegroupERKNS4_13Grid_samplingE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_get_reference_count used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_destroy used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_get_reference_count used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13int_to_stringB5cxx11Ei used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyList_SetItem: it's probably a plugin +dpkg-shlibdeps: warning: 93 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13calc_atom_mapEPN4mmdb7ManagerEiRKN7clipper4CellERKNS4_10SpacegroupERKNS4_13Grid_samplingE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16density_at_pointERKN7clipper4XmapIfEERKNS1_10Coord_orthE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16sharpen_blur_mapEPN7clipper4XmapIfEEf used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util7extentsEPN4mmdb7ManagerEi used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 was not linked against libblas.so.3 (it uses none of the library's symbols) make[1]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg' dh_installdeb @@ -18772,13 +18808,13 @@ dpkg-gencontrol: warning: Depends field of package libcootapi-dev: substitution variable ${shlibs:Depends} used, but is not defined dh_md5sums dh_builddeb +dpkg-deb: building package 'coot-doc' in '../coot-doc_1.1.09+dfsg-4_all.deb'. dpkg-deb: building package 'coot-dbgsym' in '../coot-dbgsym_1.1.09+dfsg-4_amd64.deb'. -dpkg-deb: building package 'coot' in '../coot_1.1.09+dfsg-4_amd64.deb'. dpkg-deb: building package 'coot-data' in '../coot-data_1.1.09+dfsg-4_all.deb'. -dpkg-deb: building package 'coot-doc' in '../coot-doc_1.1.09+dfsg-4_all.deb'. -dpkg-deb: building package 'libcootapi-dev' in '../libcootapi-dev_1.1.09+dfsg-4_amd64.deb'. -dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1' in '../libcootapi1.1_1.1.09+dfsg-4_amd64.deb'. dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1-dbgsym' in '../libcootapi1.1-dbgsym_1.1.09+dfsg-4_amd64.deb'. +dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1' in '../libcootapi1.1_1.1.09+dfsg-4_amd64.deb'. +dpkg-deb: building package 'libcootapi-dev' in '../libcootapi-dev_1.1.09+dfsg-4_amd64.deb'. +dpkg-deb: building package 'coot' in '../coot_1.1.09+dfsg-4_amd64.deb'. dpkg-genbuildinfo --build=binary -O../coot_1.1.09+dfsg-4_amd64.buildinfo dpkg-genchanges --build=binary -O../coot_1.1.09+dfsg-4_amd64.changes dpkg-genchanges: info: binary-only upload (no source code included) @@ -18786,12 +18822,14 @@ dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included) dpkg-genchanges: info: not including original source code in upload I: copying local configuration +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2793062/tmp/hooks/B01_cleanup starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2793062/tmp/hooks/B01_cleanup finished I: unmounting dev/ptmx filesystem I: unmounting dev/pts filesystem I: unmounting dev/shm filesystem I: unmounting proc filesystem I: unmounting sys filesystem I: cleaning the build env -I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/4079342 and its subdirectories -I: Current time: Thu Apr 16 08:51:42 -12 2026 -I: pbuilder-time-stamp: 1776372702 +I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/2793062 and its subdirectories +I: Current time: Sat Mar 15 06:27:49 +14 2025 +I: pbuilder-time-stamp: 1741969669