Diff of the two buildlogs: -- --- b1/build.log 2025-03-21 13:52:12.381153406 +0000 +++ b2/build.log 2025-03-21 14:09:55.989425335 +0000 @@ -1,6 +1,6 @@ I: pbuilder: network access will be disabled during build -I: Current time: Thu Mar 20 23:58:59 -12 2025 -I: pbuilder-time-stamp: 1742558339 +I: Current time: Fri Apr 24 10:15:20 +14 2026 +I: pbuilder-time-stamp: 1776975320 I: Building the build Environment I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/trixie-reproducible-base.tgz] I: copying local configuration @@ -27,52 +27,84 @@ dpkg-source: info: applying SyntaxWarning.patch I: Not using root during the build. I: Installing the build-deps -I: user script /srv/workspace/pbuilder/3879863/tmp/hooks/D02_print_environment starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2894858/tmp/hooks/D01_modify_environment starting +debug: Running on ionos15-amd64. +I: Changing host+domainname to test build reproducibility +I: Adding a custom variable just for the fun of it... +I: Changing /bin/sh to bash +'/bin/sh' -> '/bin/bash' +lrwxrwxrwx 1 root root 9 Apr 23 20:15 /bin/sh -> /bin/bash +I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash +I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2894858/tmp/hooks/D01_modify_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2894858/tmp/hooks/D02_print_environment starting I: set - BUILDDIR='/build/reproducible-path' - BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other' - BUILDUSERNAME='pbuilder1' - BUILD_ARCH='amd64' - DEBIAN_FRONTEND='noninteractive' - DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all parallel=20 ' - DISTRIBUTION='trixie' - HOME='/root' - HOST_ARCH='amd64' + BASH=/bin/sh + BASHOPTS=checkwinsize:cmdhist:complete_fullquote:extquote:force_fignore:globasciiranges:globskipdots:hostcomplete:interactive_comments:patsub_replacement:progcomp:promptvars:sourcepath + BASH_ALIASES=() + BASH_ARGC=() + BASH_ARGV=() + BASH_CMDS=() + BASH_LINENO=([0]="12" [1]="0") + BASH_LOADABLES_PATH=/usr/local/lib/bash:/usr/lib/bash:/opt/local/lib/bash:/usr/pkg/lib/bash:/opt/pkg/lib/bash:. + BASH_SOURCE=([0]="/tmp/hooks/D02_print_environment" [1]="/tmp/hooks/D02_print_environment") + BASH_VERSINFO=([0]="5" [1]="2" [2]="37" [3]="1" [4]="release" [5]="x86_64-pc-linux-gnu") + BASH_VERSION='5.2.37(1)-release' + BUILDDIR=/build/reproducible-path + BUILDUSERGECOS='second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other' + BUILDUSERNAME=pbuilder2 + BUILD_ARCH=amd64 + DEBIAN_FRONTEND=noninteractive + DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all parallel=42 ' + DIRSTACK=() + DISTRIBUTION=trixie + EUID=0 + FUNCNAME=([0]="Echo" [1]="main") + GROUPS=() + HOME=/root + HOSTNAME=i-capture-the-hostname + HOSTTYPE=x86_64 + HOST_ARCH=amd64 IFS=' ' - INVOCATION_ID='6d119fd912ff49a2aa00e4d27950aab1' - LANG='C' - LANGUAGE='en_US:en' - LC_ALL='C' - MAIL='/var/mail/root' - OPTIND='1' - PATH='/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games' - PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION='build' - PBUILDER_OPERATION='build' - PBUILDER_PKGDATADIR='/usr/share/pbuilder' - PBUILDER_PKGLIBDIR='/usr/lib/pbuilder' - PBUILDER_SYSCONFDIR='/etc' - PPID='3879863' - PS1='# ' - PS2='> ' + INVOCATION_ID=8f4815d3057a402ca93cbb6084337f1e + LANG=C + LANGUAGE=et_EE:et + LC_ALL=C + MACHTYPE=x86_64-pc-linux-gnu + MAIL=/var/mail/root + OPTERR=1 + OPTIND=1 + OSTYPE=linux-gnu + PATH=/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path + PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION=build + PBUILDER_OPERATION=build + PBUILDER_PKGDATADIR=/usr/share/pbuilder + PBUILDER_PKGLIBDIR=/usr/lib/pbuilder + PBUILDER_SYSCONFDIR=/etc + PIPESTATUS=([0]="0") + POSIXLY_CORRECT=y + PPID=2894858 PS4='+ ' - PWD='/' - SHELL='/bin/bash' - SHLVL='2' - SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 18.1h 18h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.2Prx6l9r/pbuilderrc_EOAE --distribution trixie --hookdir /etc/pbuilder/first-build-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/trixie-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.2Prx6l9r/b1 --logfile b1/build.log coot_1.1.14+dfsg-1.dsc' - SUDO_GID='110' - SUDO_UID='105' - SUDO_USER='jenkins' - TERM='unknown' - TZ='/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12' - USER='root' - _='/usr/bin/systemd-run' - http_proxy='http://46.16.76.132:3128' + PWD=/ + SHELL=/bin/bash + SHELLOPTS=braceexpand:errexit:hashall:interactive-comments:posix + SHLVL=3 + SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 24.1h 24h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice -n 11 /usr/bin/unshare --uts -- /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.2Prx6l9r/pbuilderrc_QjQa --distribution trixie --hookdir /etc/pbuilder/rebuild-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/trixie-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.2Prx6l9r/b2 --logfile b2/build.log coot_1.1.14+dfsg-1.dsc' + SUDO_GID=111 + SUDO_UID=106 + SUDO_USER=jenkins + TERM=unknown + TZ=/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14 + UID=0 + USER=root + _='I: set' + http_proxy=http://213.165.73.152:3128 I: uname -a - Linux ionos1-amd64 6.1.0-32-amd64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Debian 6.1.129-1 (2025-03-06) x86_64 GNU/Linux + Linux i-capture-the-hostname 6.12.12+bpo-amd64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Debian 6.12.12-1~bpo12+1 (2025-02-23) x86_64 GNU/Linux I: ls -l /bin - lrwxrwxrwx 1 root root 7 Mar 4 11:20 /bin -> usr/bin -I: user script /srv/workspace/pbuilder/3879863/tmp/hooks/D02_print_environment finished + lrwxrwxrwx 1 root root 7 Mar 4 2025 /bin -> usr/bin +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2894858/tmp/hooks/D02_print_environment finished -> Attempting to satisfy build-dependencies -> Creating pbuilder-satisfydepends-dummy package Package: pbuilder-satisfydepends-dummy @@ -704,7 +736,7 @@ Get: 506 http://deb.debian.org/debian trixie/main amd64 python3-requests all 2.32.3+dfsg-4 [72.1 kB] Get: 507 http://deb.debian.org/debian trixie/main amd64 sharutils amd64 1:4.15.2-11 [268 kB] Get: 508 http://deb.debian.org/debian trixie/main amd64 swig amd64 4.3.0-1 [1503 kB] -Fetched 331 MB in 12s (27.7 MB/s) +Fetched 331 MB in 9s (36.5 MB/s) Preconfiguring packages ... Selecting previously unselected package libsystemd-shared:amd64. (Reading database ... (Reading database ... 5% (Reading database ... 10% (Reading database ... 15% (Reading database ... 20% (Reading database ... 25% (Reading database ... 30% (Reading database ... 35% (Reading database ... 40% (Reading database ... 45% (Reading database ... 50% (Reading database ... 55% (Reading database ... 60% (Reading database ... 65% (Reading database ... 70% (Reading database ... 75% (Reading database ... 80% (Reading database ... 85% (Reading database ... 90% (Reading database ... 95% (Reading database ... 100% (Reading database ... 19785 files and directories currently installed.) @@ -2336,8 +2368,8 @@ Setting up tzdata (2025a-2) ... Current default time zone: 'Etc/UTC' -Local time is now: Fri Mar 21 12:05:51 UTC 2025. -Universal Time is now: Fri Mar 21 12:05:51 UTC 2025. +Local time is now: Thu Apr 23 20:17:31 UTC 2026. +Universal Time is now: Thu Apr 23 20:17:31 UTC 2026. Run 'dpkg-reconfigure tzdata' if you wish to change it. Setting up libboost-atomic1.83.0:amd64 (1.83.0-4.1+b2) ... @@ -2826,7 +2858,11 @@ Building tag database... -> Finished parsing the build-deps I: Building the package -I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-genchanges -S > ../coot_1.1.14+dfsg-1_source.changes +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2894858/tmp/hooks/A99_set_merged_usr starting +Not re-configuring usrmerge for trixie +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2894858/tmp/hooks/A99_set_merged_usr finished +hostname: Name or service not known +I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-genchanges -S > ../coot_1.1.14+dfsg-1_source.changes dpkg-buildpackage: info: source package coot dpkg-buildpackage: info: source version 1.1.14+dfsg-1 dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable @@ -3157,8 +3193,8 @@ This warning is for project developers. Use -Wno-dev to suppress it. -- Found Boost: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/cmake/Boost-1.83.0/BoostConfig.cmake (found suitable version "1.83.0", minimum required is "1.83.0") found components: headers system iostreams serialization --- Configuring done (15.9s) --- Generating done (0.8s) +-- Configuring done (2.4s) +-- Generating done (0.1s) CMake Warning: Manually-specified variables were not used by the project: @@ -3173,7 +3209,7 @@ -- Build files have been written to: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu make[1]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg' dh_auto_build - make -j20 + make -j42 make[1]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg' Making all in auxil make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/auxil' @@ -3219,11 +3255,11 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/macros' Making all in compat make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/compat' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt.lo getopt.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt.cc -fPIC -DPIC -o .libs/getopt.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt.lo getopt.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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+libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt.cc -fPIC -DPIC -o .libs/getopt.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 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-Wl,libcoot-mini-mol.so.0 -o .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-mini-mol.so.0" && ln -s "libcoot-mini-mol.so.0.0.0" "libcoot-mini-mol.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-mini-mol.so" && ln -s "libcoot-mini-mol.so.0.0.0" "libcoot-mini-mol.so") @@ -3301,53 +3337,53 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/mini-mol' Making all in geometry make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/geometry' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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"libcoot-lidia-core.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-lidia-core.so" && ln -s "libcoot-lidia-core.so.0.0.0" "libcoot-lidia-core.so") @@ -3390,175 +3426,175 @@ Making all in coot-utils make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o mmrrcc.o mmrrcc.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-coord-extras.o .libs/coot-coord-lsq.o .libs/coot-tree-extras.o .libs/water-coordination.o .libs/lsq-improve.o .libs/coot-coord-utils-glyco.o .libs/jed-flip.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-coord-extras.so.0 -o .libs/libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-utils.o .libs/peak-search.o .libs/peak-search-from-list.o .libs/trim.o .libs/xmap-stats.o .libs/maps-spherical.o .libs/pepflip-using-difference-map.o .libs/exp-fit.o .libs/blob-line.o .libs/slurp-map.o .libs/find-water-baddies.o .libs/diff-diff-map-peaks.o .libs/mini-texture.o .libs/positron.o .libs/texture-as-floats.o .libs/merge-C-and-N-terminii.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/protein_db/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../protein_db/.libs/libcoot-protein-db.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -lz -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-utils.so.0 -o .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.so.0" && ln -s "libcoot-coord-extras.so.0.0.0" "libcoot-coord-extras.so.0") @@ -3567,8 +3603,8 @@ libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.so.0" && ln -s "libcoot-map-utils.so.0.0.0" "libcoot-map-utils.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.so" && ln -s "libcoot-map-utils.so.0.0.0" "libcoot-map-utils.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.la" && ln -s "../libcoot-map-utils.la" "libcoot-map-utils.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la 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../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-mmrrcc mmrrcc.o ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.so.0" && ln -s "libcoot-map-heavy.so.0.0.0" "libcoot-map-heavy.so.0") @@ -3577,13 +3613,13 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils' Making all in angles make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/angles' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo.lo `test -f 'AngleInfo.cc' || echo './'`AngleInfo.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. 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directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/db-main' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong 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+3707,151 @@ Making all in ideal make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ideal' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 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/usr/include/clipper/core/fftmap.h:49, @@ -3942,20 +3978,20 @@ trace.cc:223:29: note: 'rtop_best.clipper::RTop_orth::.clipper::RTop::trn_.clipper::Vec3::vec[2]' was declared here 223 | clipper::RTop_orth rtop_best; | ^~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo 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/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-ligand.so.0 -o .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.so.0" && ln -s "libcoot-ligand.so.0.0.0" "libcoot-ligand.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.so" && ln -s "libcoot-ligand.so.0.0.0" "libcoot-ligand.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.la" && ln -s "../libcoot-ligand.la" "libcoot-ligand.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused 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directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/skeleton' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall 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-std=c++17 -c -o BuildCas.lo BuildCas.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphical_skel.cc -fPIC 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'/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/skeleton' Making all in high-res make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/high-res' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. 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.libs/high-res.o .libs/coot-atom-graph.o .libs/residue-distortions.o .libs/sequence-assignment.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ligand/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils/.libs ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-high-res.so.0 -o .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-high-res.so.0" && ln -s "libcoot-high-res.so.0.0.0" "libcoot-high-res.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-high-res.so" && ln -s "libcoot-high-res.so.0.0.0" "libcoot-high-res.so") @@ -4051,9 +4087,9 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/high-res' Making all in build make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/build' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CalphaBuild.lo CalphaBuild.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CalphaBuild.lo CalphaBuild.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CalphaBuild.cc -fPIC -DPIC -o .libs/CalphaBuild.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/CalphaBuild.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/angles/.libs ../angles/.libs/libcoot-AngleInfo.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-cabuild.so.0 -o .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-cabuild.so.0" && ln -s "libcoot-cabuild.so.0.0.0" "libcoot-cabuild.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-cabuild.so" && ln -s "libcoot-cabuild.so.0.0.0" "libcoot-cabuild.so") @@ -4063,49 +4099,69 @@ make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles' Making all in CXXSurface make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-Wno-unused -std=c++17 -c CXXSurfaceMaker.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSurfaceMaker.o +CXXBall.cpp:87:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] + 87 | #warning Compiling for OMP + | ^~~~~~~ +CXXBall.cpp:157:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] + 157 | #warning Compiling for OMP + | ^~~~~~~ CXXCreator.cpp:803:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] 803 | #warning Compiling for OMP | ^~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp:431:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] + 431 | #warning Compiling for OMP + | ^~~~~~~ +CXXSurfaceMaker.cpp:569:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] + 569 | #warning Compiling for OMP + | ^~~~~~~ CXXFortranFile.cpp: In member function 'size_t CXXFortranFile::getFortranData(char*, size_t, size_t, int)': CXXFortranFile.cpp:192:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare] 192 | for (int i=0; i dim[0] | SliceNr < 1) { | ~~~~~~~~^~~~~~~~ -CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::distributeAtomCharge(CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, int)': -CXXCreator.cpp:261:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 261 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:261:78: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 261 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:289:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 289 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { - | ~~~~~^~~~ -CXXCreator.cpp:289:38: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 289 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { - | ~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:311:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 311 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:311:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 311 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp: In member function 'double CXXCreator::getGridVolumeOfAtom(CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, int)': -CXXCreator.cpp:389:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 389 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:389:78: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 389 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:414:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 414 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { - | ~~~~~^~~~ -CXXCreator.cpp:414:38: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 414 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { - | ~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:433:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 433 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:433:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 433 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::evolve(int, double)': -CXXCreator.cpp:789:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 789 | for (size_t i = 0; i < space->getDimI(); i++) { - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:793:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 793 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestChangeOfRow[j]=-1e30; - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:796:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 796 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestPotentialOfRow[j]=-1e30; - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:804:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 804 | for (size_t j = 0; j < passableSpace->getDimJ(); j++) { - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:809:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 809 | for (size_t k = 0; k < passableSpace->getDimK(); k++) { - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:812:41: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 812 | if (((i+j+k)%2) == (n%2)) { - | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:851:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 851 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestChange = max(largestChange,largestChangeOfRow[j]); - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:852:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 852 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestPotential = max(largestPotential,largestPotentialOfRow[j]); - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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[-Wsign-compare] + 88 | for (int i=0; i< nBalls; i++){ + | ~^~~~~~~~ +CXXBall.cpp:93:26: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 93 | if (!(i%100) || i==nBalls-1) { + | ~^~~~~~~~~~ +CXXBall.cpp:129:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 129 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 160 | for (int i=0; i&, std::vector&, std::map >&)': +CXXBall.cpp:295:28: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 295 | for (int iBall=0; iBall< balls.size(); iBall++){ + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ CXXSpace.cpp: In constructor 'CXXSpace::CXXSpace(float, float, float, float, float, float, float, float)': CXXSpace.cpp:51:67: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] 51 | if (chargeGrid == 0 | potentialGrid == 0 | dielGrid == 0) { @@ -4210,10 +4218,6 @@ CXXSpace.cpp:51:104: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] 51 | if (chargeGrid == 0 | potentialGrid == 0 | dielGrid == 0) { | ~~~~~~~~~^~~~ -CXXSphereElement.cpp: In copy constructor 'CXXSphereElement::CXXSphereElement(const CXXSphereElement&)': -CXXSphereElement.cpp:279:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 279 | for (int i=0; i&)': -CXXSphereElement.cpp:673:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 673 | for (int i=0; i 2 | dimension < 0) { @@ -4320,6 +4320,10 @@ CXXSpace.cpp:581:65: note: ...this statement, but the latter is misleadingly indented as if it were guarded by the 'if' 581 | break; | ^~~~~ +CXXSphereElement.cpp: In copy constructor 'CXXSphereElement::CXXSphereElement(const CXXSphereElement&)': +CXXSphereElement.cpp:279:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 279 | for (int i=0; i&, mmdb::Manager*, int)': -CXXSurface.cpp:497:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 497 | for (int i=0; i< nVerts; i++){ - | ~^~~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp:431:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] - 431 | #warning Compiling for OMP - | ^~~~~~~ -CXXSurfaceMaker.cpp:569:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] - 569 | #warning Compiling for OMP - | ^~~~~~~ -CXXSurface.cpp: In member function 'size_t CXXSurface::updateWithVectorData(size_t, std::string, size_t, double*)': -CXXSurface.cpp:585:30: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 585 | if (int(vertices.size()) < start + count){ - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurface.cpp: In member function 'size_t CXXSurface::updateWithPointerData(size_t, std::string, size_t, void**)': -CXXSurface.cpp:599:30: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 599 | if (int(vertices.size()) < start + count){ - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurface.cpp: In member function 'size_t CXXSurface::setCoord(const std::string&, size_t, const CXXCoord&)': -CXXSurface.cpp:817:30: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 817 | if (int(vertices.size()) <= iVertex){ - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ -CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::getCoord(size_t, size_t, double*)': -CXXSurface.cpp:950:14: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 950 | if (type <= int(vectors.size())){ - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCircleNode.cpp: In static member function 'static int CXXCircleNode::probeContacts(std::vector&, double, std::map >&)': -CXXCircleNode.cpp:176:59: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<__gnu_cxx::__normal_iterator > >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 176 | for (int iCentralProbe = 0; iCentralProbe < centralBin.size(); iCentralProbe++){ - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXSurface.cpp: In member function 'void CXXSurface::compress(double)': -CXXSurface.cpp:1013:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 1013 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 1015 | for (int j=0; j::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 1031 | for (int i=0; i&)': +CXXSphereElement.cpp:673:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 673 | for (int i=0; i, CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, int)': +CXXCreator.cpp:261:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 261 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:261:78: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 261 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:289:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 289 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { + | ~~~~~^~~~ +CXXCreator.cpp:289:38: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 289 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { + | ~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:311:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 311 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:311:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 311 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp: In member function 'double CXXCreator::getGridVolumeOfAtom(CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, int)': +CXXCreator.cpp:389:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 389 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:389:78: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 389 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:414:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 414 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { + | ~~~~~^~~~ +CXXCreator.cpp:414:38: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 414 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { + | ~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:433:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 433 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:433:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 433 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::evolve(int, double)': +CXXCreator.cpp:789:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 789 | for (size_t i = 0; i < space->getDimI(); i++) { + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:793:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 793 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestChangeOfRow[j]=-1e30; + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:796:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 796 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestPotentialOfRow[j]=-1e30; + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:804:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 804 | for (size_t j = 0; j < passableSpace->getDimJ(); j++) { + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:809:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 809 | for (size_t k = 0; k < passableSpace->getDimK(); k++) { + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:812:41: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 812 | if (((i+j+k)%2) == (n%2)) { + | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:851:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 851 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestChange = max(largestChange,largestChangeOfRow[j]); + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:852:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 852 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestPotential = max(largestPotential,largestPotentialOfRow[j]); + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ CXXQADSurface.cpp: In member function 'int CXXQADSurface::contourMap(double)': CXXQADSurface.cpp:599:75: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] 599 | iCompare >=compareStart && !iEquivalent; | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ -CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::triangulateBalls(std::vector&, std::vector&, double, CXXSurfaceMaker*, int)': -CXXBall.cpp:88:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 88 | for (int i=0; i< nBalls; i++){ - | ~^~~~~~~~ -CXXBall.cpp:93:26: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 93 | if (!(i%100) || i==nBalls-1) { - | ~^~~~~~~~~~ -CXXBall.cpp:129:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 129 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 160 | for (int i=0; i&, std::vector&, std::map >&)': -CXXBall.cpp:295:28: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 295 | for (int iBall=0; iBall< balls.size(); iBall++){ - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ +CXXCircleNode.cpp: In static member function 'static int CXXCircleNode::probeContacts(std::vector&, double, std::map >&)': +CXXCircleNode.cpp:176:59: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<__gnu_cxx::__normal_iterator > >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 176 | for (int iCentralProbe = 0; iCentralProbe < centralBin.size(); iCentralProbe++){ + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'int CXXSurfaceMaker::calculateVDWFromAtoms(mmdb::Manager*, int, int, double, double, double, bool)': CXXSurfaceMaker.cpp:193:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 193 | for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++) @@ -4482,7 +4466,59 @@ CXXSurfaceMaker.cpp:571:47: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 571 | for (int iChildSurface = 0; iChildSurface < childSurfaces.size(); iChildSurface++) | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CXXCircle.lo CXXCircleNode.lo CXXCoord.lo CXXFortranFile.lo CXXNewHood.lo CXXSphereElement.lo CXXSphereNode.lo CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSurface.lo CXXSurfaceVertex.lo CXXTorusElement.lo CXXTorusNode.lo CXXTriangle.lo CXXQADSurface.lo CXXQADSurfaceStaticData.lo CXXCreator.lo CXXSpace.lo CXXFFTSolventMap.lo CXXChargeTable.lo CXXException.lo CXXUtils.lo CXXBall.lo CXXSurfaceMaker.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2 +CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::readGraspFile(std::string)': +CXXSurface.cpp:155:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 155 | for (int i=0; i&, mmdb::Manager*, int)': +CXXSurface.cpp:497:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 497 | for (int i=0; i< nVerts; i++){ + | ~^~~~~~~~ +CXXSurface.cpp: In member function 'size_t CXXSurface::updateWithVectorData(size_t, std::string, size_t, double*)': +CXXSurface.cpp:585:30: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 585 | if (int(vertices.size()) < start + count){ + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurface.cpp: In member function 'size_t CXXSurface::updateWithPointerData(size_t, std::string, size_t, void**)': +CXXSurface.cpp:599:30: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 599 | if (int(vertices.size()) < start + count){ + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurface.cpp: In member function 'size_t CXXSurface::setCoord(const std::string&, size_t, const CXXCoord&)': +CXXSurface.cpp:817:30: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 817 | if (int(vertices.size()) <= iVertex){ + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ +CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::getCoord(size_t, size_t, double*)': +CXXSurface.cpp:950:14: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 950 | if (type <= int(vectors.size())){ + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXSurface.cpp: In member function 'void CXXSurface::compress(double)': +CXXSurface.cpp:1013:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 1013 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 1015 | for (int j=0; j::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 1031 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 44 | for (int i=1; i<(calphas.size()-1); i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::smoothBetas()': -DiscreteSegment.cpp:83:32: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 83 | for (int iCalpha=0; iCalpha::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 88 | && iCalpha+nInStrand < calphas.size()){ - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ -DiscreteSegment.cpp:98:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 98 | if (iCalpha+nInStrand < calphas.size()){ - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ -DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateSplines()': -DiscreteSegment.cpp:135:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 135 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 72 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~ -BoxSectionPrimitive.cpp:105:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 105 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c PositionedEntity.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o In file included from DisplayPrimitive.h:32, from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from SticksPrimitive.h:31, - from SticksPrimitive.cpp:28: + from CylindersPrimitive.h:29, + from BoxSectionPrimitive.h:31, + from BoxSectionPrimitive.cpp:32: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -4837,18 +4857,10 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -BallsPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BallsPrimitive::generateArrays()': -BallsPrimitive.cpp:96:39: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] - 96 | for (int iVertex = 0; iVertex < ((Polyhedron *)poly)->nVertices(); iVertex++){ - | ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -BallsPrimitive.cpp:110:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] - 110 | for (int iFace = 0; iFace < ((Polyhedron *)poly)->nFaces(); iFace++){ - | ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SurfacePrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylinderPoint.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo `test -f 'Renderer.cpp' || echo './'`Renderer.cpp -In file included from PositionedEntity.h:28, - from PositionedEntity.cpp:25: +In file included from ColorRule.h:29, + from ColorScheme.h:32, + from SecondaryColorScheme.h:29, + from SecondaryColorScheme.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -4859,31 +4871,23 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -ColorScheme.h:95:23: warning: 'virtual FCXXCoord ColorScheme::colorForAtom(const mmdb::Atom*, std::map, int>&)' was hidden [-Woverloaded-virtual=] - 95 | virtual FCXXCoord colorForAtom(const mmdb::Atom* atom, std::map, int> &handles){ - | ^~~~~~~~~~~~ -SecondaryColorScheme.h:52:23: note: by 'virtual FCXXCoord SecondaryColorScheme::colorForAtom(mmdb::Atom*)' - 52 | virtual FCXXCoord colorForAtom(mmdb::Atom* atom){ - | ^~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 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BondsPrimitive.h:28, + from BondsPrimitive.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 44 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 57 | #pragma omp simd +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from DisplayPrimitive.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.lo `test -f 'CylindersPrimitive.cpp' || echo './'`CylindersPrimitive.cpp -In file included from CylinderPoint.h:29, - from CylinderPoint.cpp:28: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 44 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -4892,12 +4896,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -4908,9 +4909,8 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c VertexColorNormalPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.o -In file included from Renderer.h:28, - from Renderer.cpp:25: +In file included from DishyBase.h:31, + from DishyBase.cpp:23: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -4921,13 +4921,10 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylindersPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c oglPolyhedron.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.lo `test -f 'MolecularRepresentationInstance.cpp' || echo './'`MolecularRepresentationInstance.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo `test -f 'Quaternion.cpp' || echo './'`Quaternion.cpp -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from VertexColorNormalPrimitive.cpp:25: +In file included from MyMolecule.h:28, + from MolecularRepresentation.h:32, + from MolecularRepresentationInstance.h:30, + from MolecularRepresentationInstance.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -4938,9 +4935,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from Polyhedron.h:32, - from oglPolyhedron.h:29, - from oglPolyhedron.cpp:25: +In file included from MyMolecule.h:28, + from CompoundSelection.h:35, + from CompoundSelection.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -4951,7 +4948,6 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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--tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo `test -f 'Vector3.cpp' || echo './'`Vector3.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo `test -f 'lfit.c' || echo './'`lfit.c -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Quaternion.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MolecularRepresentationInstance.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.lo `test -f 'DishyBase.cpp' || echo './'`DishyBase.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Vector3.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Vector2.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o -libtool: compile: gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c lfit.c -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.lo `test -f 'FlatFanPrimitive.cpp' || echo './'`FlatFanPrimitive.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c FlatFanPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c tubes.cc -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-tubes.o -In file included from DishyBase.h:31, - from DishyBase.cpp:23: +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from SurfacePrimitive.h:28, + from SurfacePrimitive.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5005,12 +4989,25 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd +In file included from Polyhedron.h:32, + from oglPolyhedron.h:29, + from oglPolyhedron.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd In file included from DisplayPrimitive.h:32, from VertexColorNormalPrimitive.h:27, from FlatFanPrimitive.h:29, from FlatFanPrimitive.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 44 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5019,8 +5016,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from ../../MoleculesToTriangles/CXXClasses/NRStuff.h:31, - from tubes.cc:4: +In file included from MyMolecule.h:28, + from MolecularRepresentation.h:32, + from MolecularRepresentation.cpp:27: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -5031,6 +5029,31 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd +DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateNormals()': +DiscreteSegment.cpp:44:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 44 | for (int i=1; i<(calphas.size()-1); i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::smoothBetas()': +DiscreteSegment.cpp:83:32: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 83 | for (int iCalpha=0; iCalpha::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 88 | && iCalpha+nInStrand < calphas.size()){ + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ +DiscreteSegment.cpp:98:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 98 | if (iCalpha+nInStrand < calphas.size()){ + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ +DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateSplines()': +DiscreteSegment.cpp:135:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 135 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 72 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~ +BoxSectionPrimitive.cpp:105:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 105 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ CompoundSelection.cpp: In destructor 'CompoundSelection::~CompoundSelection()': CompoundSelection.cpp:36:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CompoundSelection' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] 36 | delete p; @@ -5044,6 +5067,13 @@ CompoundSelection.cpp:45:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSubsetTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] 45 | delete p; | ^~~~~~~~ +BallsPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BallsPrimitive::generateArrays()': +BallsPrimitive.cpp:96:39: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] + 96 | for (int iVertex = 0; iVertex < ((Polyhedron *)poly)->nVertices(); iVertex++){ + | ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +BallsPrimitive.cpp:110:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] + 110 | for (int iFace = 0; iFace < ((Polyhedron *)poly)->nFaces(); iFace++){ + | ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CylindersPrimitive.cpp: In member function 'virtual void CylindersPrimitive::generateArrays()': CylindersPrimitive.cpp:85:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 85 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ @@ -5051,6 +5081,12 @@ CylindersPrimitive.cpp:113:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 113 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +ColorScheme.h:95:23: warning: 'virtual FCXXCoord ColorScheme::colorForAtom(const mmdb::Atom*, std::map, int>&)' was hidden [-Woverloaded-virtual=] + 95 | virtual FCXXCoord colorForAtom(const mmdb::Atom* atom, std::map, int> &handles){ + | ^~~~~~~~~~~~ +SecondaryColorScheme.h:52:23: note: by 'virtual FCXXCoord SecondaryColorScheme::colorForAtom(mmdb::Atom*)' + 52 | virtual FCXXCoord colorForAtom(mmdb::Atom* atom){ + | ^~~~~~~~~~~~ MyMolecule.cpp: In member function 'int MyMolecule::loadCoords(char*, int, int)': MyMolecule.cpp:92:25: warning: 'char* __builtin_strncpy(char*, const char*, long unsigned int)' output may be truncated copying 8 bytes from a string of length 225 [-Wstringop-truncation] 92 | strncpy (field, tokenBuffer+30, 8); @@ -5067,7 +5103,7 @@ MyMolecule.cpp:101:25: warning: 'char* __builtin_strncpy(char*, const char*, long unsigned int)' output may be truncated copying 6 bytes from a string of length 195 [-Wstringop-truncation] 101 | strncpy (field, tokenBuffer+60, 6); | ^ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo 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-lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.lo 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/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-tubes.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/.libs -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/.libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so") @@ -5079,25 +5115,25 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles' Making all in pli make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pli' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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"libcoot-pli.so" && ln -s "libcoot-pli.so.0.0.0" "libcoot-pli.so") @@ -5113,19 +5149,19 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/python-tests' Making all in cootilus make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/cootilus' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures 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libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so.0" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.la" && ln -s "../libcoot_py_restraints.la" "libcoot_py_restraints.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la 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-lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/lidia-core/.libs ./.libs/libcoot_py_restraints.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so.0" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.la" && ln -s "../pyrogen_boost.la" "pyrogen_boost.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot_py_restraints.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_pyrogen_swig.so.0" && ln -s "_pyrogen_swig.so.0.0.0" "_pyrogen_swig.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_pyrogen_swig.so" && ln -s "_pyrogen_swig.so.0.0.0" "_pyrogen_swig.so") @@ -5223,53 +5259,83 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/sounds' Making all in api make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/api' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule.lo coot-molecule.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-colour.lo coot-colour.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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rama-plot-phi-psi.lo rama-plot-phi-psi.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 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+molecules-container.hh:3401: Warning 325: Nested class not currently supported (ltj_stats_t ignored) In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from coot-molecule-moltris.cc:31: @@ -5283,44 +5349,14 @@ 65 | #pragma omp simd ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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'./'`molecules-container-swig.cc -molecules-container.hh:1569: Warning 325: Nested class not currently supported (auto_read_mtz_info_t ignored) -molecules-container.hh:1779: Warning 325: Nested class not currently supported (r_factor_stats ignored) -molecules-container.hh:3197: Warning 325: Nested class not currently supported (fit_ligand_info_t ignored) -molecules-container.hh:3401: Warning 325: Nested class not currently supported (ltj_stats_t ignored) -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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.libs/make-a-dodec.o .libs/molecules-container-ligand-fitting.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/coot-molecule-moltris.o .libs/coot-molecule-replace-fragment.o .libs/coot-molecule-backup.o .libs/coot-molecule-bonds-instanced.o .libs/molecules-container-mmrrcc.o .libs/molecules-container-gltf.o .libs/mmcif-tests.o .libs/ncs-ghosts.o .libs/coot-molecule-refine.o .libs/molecules-container-superpose.o .libs/rigid-body-fit.o .libs/moorhen-h-bonds.o .libs/molecules-container-bucca-ml-growing.o .libs/instancing.o .libs/molecules-container-maps.o .libs/coot-molecule-change-chain-id.o .libs/coot-molecule-modelling.o .libs/blender-mesh.o .libs/coot-molecule-blender.o .libs/molecules-container-blender.o .libs/ghost-molecule-display.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ligand/.libs -Wl,-rpath 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"-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/model.cpp -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/model.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/tools.cpp -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c state.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/state.o signals.cpp: In lambda function: signals.cpp:68:36: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 68 | if(gtk_combo_box_get_active(cb) == -1) { @@ -5438,6 +5474,56 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:30, + from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31, + from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcssenumtypes.h:11, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:33, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29, + from ui.hpp:24, + from ui.cpp:22: +ui.cpp: In lambda function: +ui.cpp:217:72: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 217 | GtkStyleContext *context = gtk_widget_get_style_context(GTK_WIDGET(smiles_label)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/glib-2.0/gobject/gsignal.h:524:60: note: in definition of macro 'g_signal_connect' + 524 | g_signal_connect_data ((instance), (detailed_signal), (c_handler), (data), NULL, (GConnectFlags) 0) + | ^~~~~~~~~ +ui.cpp:150:48: note: in expansion of macro 'G_CALLBACK' + 150 | g_signal_connect(canvas, "smiles-changed", G_CALLBACK(+[](CootLigandEditorCanvas* self, gpointer user_data){ + | ^~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:713:19: note: declared here + 713 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ui.cpp:218:48: warning: 'void gtk_style_context_add_provider(GtkStyleContext*, GtkStyleProvider*, guint)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 218 | gtk_style_context_add_provider (context, GTK_STYLE_PROVIDER (provider), GTK_STYLE_PROVIDER_PRIORITY_APPLICATION); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/glib-2.0/gobject/gsignal.h:524:60: note: in definition of macro 'g_signal_connect' + 524 | g_signal_connect_data ((instance), (detailed_signal), (c_handler), (data), NULL, (GConnectFlags) 0) + | ^~~~~~~~~ +ui.cpp:150:48: note: in expansion of macro 'G_CALLBACK' + 150 | g_signal_connect(canvas, "smiles-changed", G_CALLBACK(+[](CootLigandEditorCanvas* self, gpointer user_data){ + | ^~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:64:6: note: declared here + 64 | void gtk_style_context_add_provider (GtkStyleContext *context, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ui.cpp:219:45: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 219 | gtk_style_context_add_class (context, "smiles_label"); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/glib-2.0/gobject/gsignal.h:524:60: note: in definition of macro 'g_signal_connect' + 524 | g_signal_connect_data ((instance), (detailed_signal), (c_handler), (data), NULL, (GConnectFlags) 0) + | ^~~~~~~~~ +ui.cpp:150:48: note: in expansion of macro 'G_CALLBACK' + 150 | g_signal_connect(canvas, "smiles-changed", G_CALLBACK(+[](CootLigandEditorCanvas* self, gpointer user_data){ + | ^~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here + 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ state.cpp: In member function 'void coot::layla::LaylaState::load_from_smiles()': state.cpp:143:39: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 143 | auto* load_dialog = gtk_dialog_new(); @@ -5740,75 +5826,25 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkmessagedialog.h:81:12: note: declared here 81 | GtkWidget* gtk_message_dialog_new (GtkWindow *parent, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:30, - from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31, - from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcssenumtypes.h:11, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:33, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29, - from ui.hpp:24, - from ui.cpp:22: -ui.cpp: In lambda function: -ui.cpp:217:72: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 217 | GtkStyleContext *context = gtk_widget_get_style_context(GTK_WIDGET(smiles_label)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/glib-2.0/gobject/gsignal.h:524:60: note: in definition of macro 'g_signal_connect' - 524 | g_signal_connect_data ((instance), (detailed_signal), (c_handler), (data), NULL, (GConnectFlags) 0) - | ^~~~~~~~~ -ui.cpp:150:48: note: in expansion of macro 'G_CALLBACK' - 150 | g_signal_connect(canvas, "smiles-changed", G_CALLBACK(+[](CootLigandEditorCanvas* self, gpointer user_data){ - | ^~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:713:19: note: declared here - 713 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ui.cpp:218:48: warning: 'void gtk_style_context_add_provider(GtkStyleContext*, GtkStyleProvider*, guint)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 218 | gtk_style_context_add_provider (context, GTK_STYLE_PROVIDER (provider), GTK_STYLE_PROVIDER_PRIORITY_APPLICATION); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/glib-2.0/gobject/gsignal.h:524:60: note: in definition of macro 'g_signal_connect' - 524 | g_signal_connect_data ((instance), (detailed_signal), (c_handler), (data), NULL, (GConnectFlags) 0) - | ^~~~~~~~~ -ui.cpp:150:48: note: in expansion of macro 'G_CALLBACK' - 150 | g_signal_connect(canvas, "smiles-changed", G_CALLBACK(+[](CootLigandEditorCanvas* self, gpointer user_data){ - | ^~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:64:6: note: declared here - 64 | void gtk_style_context_add_provider (GtkStyleContext *context, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ui.cpp:219:45: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 219 | gtk_style_context_add_class (context, "smiles_label"); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/glib-2.0/gobject/gsignal.h:524:60: note: in definition of macro 'g_signal_connect' - 524 | g_signal_connect_data ((instance), (detailed_signal), (c_handler), (data), NULL, (GConnectFlags) 0) - | ^~~~~~~~~ -ui.cpp:150:48: note: in expansion of macro 'G_CALLBACK' - 150 | g_signal_connect(canvas, "smiles-changed", G_CALLBACK(+[](CootLigandEditorCanvas* self, gpointer user_data){ - | ^~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here - 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo qed.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo 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../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo qed.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch 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-lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-layla.so.0 -o .libs/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.so.0" && ln -s "libcoot-layla.so.0.0.0" "libcoot-layla.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.so" && ln -s "libcoot-layla.so.0.0.0" "libcoot-layla.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.la" && ln -s "../libcoot-layla.la" "libcoot-layla.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o layla main.o libcoot-layla.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o layla main.o libcoot-layla.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/layla main.o ./.libs/libcoot-layla.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/layla' Making all in validation-graphs make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/validation-graphs' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o residue-validation-information.lo residue-validation-information.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from init_coot_as_python_module.cc:34: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-bonds.cc:49: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-info.cc:72: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-sfs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-sfs.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-waters-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-waters-gui.o +In file included from c-interface-build-side-chain.cc:66: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -5943,7 +6000,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-build-symmetry.cc:64: +In file included from c-interface-superpose.cc:38: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -5971,103 +6028,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc: In function 'void fill_move_molecule_here_dialog(GtkWidget*)': -c-interface-build-gui.cc:246:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 246 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc: In function 'bool renumber_residues_from_widget(GtkWidget*)': -c-interface-build-gui.cc:418:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 418 | std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_id_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc: In function 'void mutate_sequence_chain_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': -c-interface-build-gui.cc:912:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 912 | char *atc = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_fast_ss_search_dialog()': -c-interface-build-gui.cc:1615:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1615 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_temp_combobox), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1616:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1616 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_noaa_combobox), 1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1617:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1617 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_temp_combobox), 1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1618:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1618 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_noaa_combobox), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1619:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1619 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(radius_combobox),1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-maps.cc:52: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from atom-overlaps.cc:40: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from atom-overlaps.cc:39: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-kk.cc:34: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-gtk2.cc:59: +In file included from c-interface-pisa.cc:34: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -6076,59 +6037,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface.h:82, - from c-interface-gtk2.cc:56: + from c-interface-pisa.cc:32: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_sort_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)': -c-interface-gtk2.cc:101:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 101 | gtk_tree_model_get (model, iter, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ - 102 | 0, &file_name, - | ~~~~~~~~~~~~~~ - 103 | -1); - | ~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here - 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gtk2.cc:104:43: warning: 'char* gtk_tree_path_to_string(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 104 | tree_path_str = gtk_tree_path_to_string(path); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:209:14: note: declared here - 209 | char *gtk_tree_path_to_string (GtkTreePath *path); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_filter_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)': -c-interface-gtk2.cc:143:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 143 | gtk_tree_model_get (model, iter, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ - 144 | 0, &file_name, - | ~~~~~~~~~~~~~~ - 145 | -1); - | ~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here - 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gtk2.cc:151:34: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 151 | if (gtk_tree_model_get_iter(model, iter, path)) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:316:19: note: declared here - 316 | gboolean gtk_tree_model_get_iter (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gtk2.cc:154:31: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 154 | gtk_list_store_remove(GTK_LIST_STORE(model), iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here - 95 | gboolean gtk_list_store_remove (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-build-main-chain.cc:63: +In file included from c-interface-refine.cc:41: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -6142,21 +6055,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-analysis.cc:36: +In file included from c-interface-preferences.cc:64: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-build-side-chain.cc:66: +In file included from c-interface-mogul.cc:33: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -6170,26 +6074,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-gui.cc:72: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-utils.hh:26, - from curl-utils.hh:36, - from c-interface-gui.cc:70: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-build.cc:66: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, @@ -6199,7 +6083,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-ligands.cc:51: +In file included from init_coot_as_python_module.cc:37: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -6208,12 +6092,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from init_coot_as_python_module.cc:34: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-mmdb.cc:40: +In file included from c-interface-kk.cc:34: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -6227,225 +6110,28 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void open_cif_dictionary_file_selector_dialog()': -c-interface-gui.cc:169:65: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 169 | GtkWidget *aa_hbutton_box = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(filechooser)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkappchooserdialog.h:31, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:43: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here - 172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void fill_remarks_browswer_chooser(GtkWidget*)': -c-interface-gui.cc:280:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 280 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void add_coot_references_button(GtkWidget*)': -c-interface-gui.cc:836:47: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_header_bar(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 836 | GtkWidget *hbox = gtk_dialog_get_header_bar(GTK_DIALOG(widget)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:174:13: note: declared here - 174 | GtkWidget * gtk_dialog_get_header_bar (GtkDialog *dialog); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void add_recentre_on_read_pdb_combobox(GtkWidget*)': -c-interface-gui.cc:1217:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1217 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:1219:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1219 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void store_window_size(int, GtkWidget*)': -c-interface-gui.cc:1340:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1340 | gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_filter_button(GtkWidget*, short int)': -c-interface-gui.cc:1676:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 1676 | gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1677 | GTK_FILE_FILTER (filterall)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here - 136 | void gtk_file_chooser_add_filter (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:1678:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 1678 | gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1679 | GTK_FILE_FILTER (filterselect)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here - 136 | void gtk_file_chooser_add_filter (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:1683:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 1683 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1684 | GTK_FILE_FILTER (filterselect)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here - 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:1687:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 1687 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1688 | GTK_FILE_FILTER (filterall)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here - 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_extra_filter_button(GtkWidget*, const gchar*, const gchar*)': -c-interface-gui.cc:1703:31: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 1703 | gtk_file_chooser_add_filter (GTK_FILE_CHOOSER (fileselection), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1704 | GTK_FILE_FILTER (filter)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here - 136 | void gtk_file_chooser_add_filter (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void set_refine_params_comboboxes()': -c-interface-gui.cc:2269:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2269 | if (cb1) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb1), g.refine_params_dialog_geman_mcclure_alpha_combobox_position); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:2270:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2270 | if (cb2) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb2), g.refine_params_dialog_rama_restraints_weight_combobox_position); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:2271:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2271 | if (cb3) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb3), g.refine_params_dialog_lennard_jones_epsilon_combobox_position); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:2272:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2272 | if (cb4) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb4), g.refine_params_dialog_torsions_weight_combox_position); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void fill_chiral_volume_molecule_combobox(GtkWidget*)': -c-interface-gui.cc:2334:50: warning: 'GtkWidget* gtk_combo_box_new()' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2334 | GtkWidget *combobox_new = gtk_combo_box_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:74:15: note: declared here - 74 | GtkWidget *gtk_combo_box_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void pepflips_by_difference_map_dialog()': -c-interface-gui.cc:2359:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 2359 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(model_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:2360:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 2360 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(map_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In lambda function: -c-interface-gui.cc:3509:40: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 3509 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here - 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_show_symmetry_window()': -c-interface-gui.cc:3519:68: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 3519 | GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&rgba); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here - 53 | GtkWidget * gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA *rgba); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void save_coordinates_using_widget(GtkWidget*)': -c-interface-gui.cc:3900:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 3900 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'void save_symmetry_coords_from_filechooser(GtkWidget*)': -c-interface-gui.cc:3927:43: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 3927 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(filechooser)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_residue_editor_select_monomer_type_dialog()': -c-interface-gui.cc:4629:36: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4629 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-superpose.cc: In function 'void fill_lsq_chain_combobox_with_chain_options(GtkWidget*, int)': +c-interface-superpose.cc:880:39: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 880 | gtk_combo_box_text_remove_all(cbt); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:4638:38: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4638 | gtk_combo_box_text_append_text (GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box), s.c_str()); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-superpose.cc:882:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 882 | gtk_combo_box_text_append_text(cbt, chain_id.c_str()); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-gui.cc:4639:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4639 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combo_box), i); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-superpose.cc:883:34: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 883 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(chain_combobox), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-curlew.cc:70: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-curlew.cc:63: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-ligands-gui.cc:54: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mogul.lo c-interface-mogul.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mogul-scripting.lo c-interface-mogul-scripting.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mogul.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mogul.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mutate.lo c-interface-mutate.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -6459,32 +6145,15 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-image.cc: In function 'GtkWidget* get_image_widget_for_comp_id(const std::string&, int)': -c-interface-image.cc:132:45: warning: 'GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf(GdkPixbuf*)' is deprecated: Use 'gtk_image_new_from_paintable' instead [-Wdeprecated-declarations] - 132 | r = gtk_image_new_from_pixbuf(pixbuf); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:40, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkimage.h:78:12: note: declared here - 78 | GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf (GdkPixbuf *pixbuf); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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c-interface-refine.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-build-symmetry.cc:64: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -6498,22 +6167,15 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-mutate.cc:44: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-mogul.cc:33: +c-interface-build-gui.cc: In function 'bool renumber_residues_from_widget(GtkWidget*)': +c-interface-build-gui.cc:418:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 418 | std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_id_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-python.cc:40: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -6527,6 +6189,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc: In function 'void mutate_sequence_chain_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': +c-interface-build-gui.cc:912:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 912 | char *atc = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-mogul.cc: In function 'GtkCellRenderer* coot::mogul_results_add_cell_renderer(GtkTreeView*, GtkTreeStore*, const std::string&, int, int)': c-interface-mogul.cc:218:63: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_text_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 218 | GtkCellRenderer *cell_renderer = gtk_cell_renderer_text_new(); @@ -6601,6 +6270,10 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:131:15: note: declared here 131 | void gtk_tree_store_append (GtkTreeStore *tree_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_fast_ss_search_dialog()': +c-interface-build-gui.cc:1615:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1615 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_temp_combobox), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-mogul.cc:321:34: warning: 'void gtk_tree_store_set(GtkTreeStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 321 | gtk_tree_store_set(tree_store_bonds, &toplevel, | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -6625,12 +6298,40 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:81:15: note: declared here 81 | void gtk_tree_store_set (GtkTreeStore *tree_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1616:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1616 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_noaa_combobox), 1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1617:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1617 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_temp_combobox), 1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1618:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1618 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_noaa_combobox), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-mogul.cc:346:61: warning: 'GtkTreeSelection* gtk_tree_view_get_selection(GtkTreeView*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] 346 | GtkTreeSelection *sel_bonds = gtk_tree_view_get_selection(GTK_TREE_VIEW(mogul_bonds_treeview)); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:204:24: note: declared here 204 | GtkTreeSelection *gtk_tree_view_get_selection (GtkTreeView *tree_view); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1619:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1619 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(radius_combobox),1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-mogul.cc: In function 'void coot::on_mogul_bonds_selection_changed(GtkTreeSelection*, gpointer)': c-interface-mogul.cc:362:48: warning: 'gboolean gtk_tree_selection_get_selected(GtkTreeSelection*, GtkTreeModel**, GtkTreeIter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 362 | gboolean r = gtk_tree_selection_get_selected(treeselection, &model, &iter); @@ -6753,6 +6454,36 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from simple-refmac.cc:35: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-preferences.cc: In lambda function: +c-interface-preferences.cc:469:50: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 469 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here + 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()': +c-interface-preferences.cc:480:78: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 480 | GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&bg_colour); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here + 53 | GtkWidget * gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA *rgba); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-mogul.cc: In function 'void coot::fill_mogul_torsions_tab(GtkTreeView*, GtkWidget*, const mogul&, mmdb::Residue*)': c-interface-mogul.cc:591:58: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 591 | GtkTreeStore *tree_store_torsions = gtk_tree_store_new(6, @@ -6829,7 +6560,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-pisa.cc:34: +In file included from c-interface-info.cc:72: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -6838,15 +6569,123 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-pisa.cc:32: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-residues.cc:40: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from cc-interface.hh:30, + from c-interface-residues.cc:39: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-sequence.cc:33: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from c-interface-sequence.cc:28: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-build.cc:66: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from atom-overlaps.cc:40: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from atom-overlaps.cc:39: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +simple-refmac.cc: In function 'void wrapped_create_simple_refmac_dialog()': +simple-refmac.cc:63:37: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 63 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox_file), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 64 | g.mtz_file_for_refmac.c_str()); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here + 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +simple-refmac.cc:65:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 65 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox_file), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-maps.cc:52: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-mutate.cc:49: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from c-interface-mutate.cc:44: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-validate.cc:52: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-refmac.lo c-interface-refmac.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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-I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o simple-refmac.lo simple-refmac.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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-pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-refmac.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-refmac.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c simple-refmac.cc -fPIC -DPIC -o .libs/simple-refmac.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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-DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-scm.lo c-interface-scm.cc In file included from c-interface-network.cc:52: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -6860,6 +6699,35 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-build-main-chain.cc:63: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-gui.cc:72: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from gtk-utils.hh:26, + from curl-utils.hh:36, + from c-interface-gui.cc:70: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-network.cc: In function 'PyObject* curl_progress_info_py(const char*)': c-interface-network.cc:458:13: warning: 'CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations] 458 | info = CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD; @@ -6874,7 +6742,20 @@ /usr/include/x86_64-linux-gnu/curl/curl.h:2902:3: note: declared here 2902 | CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-scm.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-scm.o +In file included from c-interface-mmdb.cc:40: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from c-interface-pisa-gui.cc:32: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -6888,11 +6769,138 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-analysis.cc:36: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-scm.cc:35: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-validate.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_check_waters_dialog()': +c-interface-validate.cc:136:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 136 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(check_waters_action_combobox), 0); // "Check" + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-validate.cc:143:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 143 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox_molecule)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-validate.cc: In function 'void do_check_waters_by_widget(GtkWidget*)': +c-interface-validate.cc:294:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 294 | gchar *at = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(action_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void open_cif_dictionary_file_selector_dialog()': +c-interface-gui.cc:169:65: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 169 | GtkWidget *aa_hbutton_box = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(filechooser)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkappchooserdialog.h:31, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:43: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here + 172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void fill_remarks_browswer_chooser(GtkWidget*)': +c-interface-gui.cc:280:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 280 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void add_coot_references_button(GtkWidget*)': +c-interface-gui.cc:836:47: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_header_bar(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 836 | GtkWidget *hbox = gtk_dialog_get_header_bar(GTK_DIALOG(widget)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:174:13: note: declared here + 174 | GtkWidget * gtk_dialog_get_header_bar (GtkDialog *dialog); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void add_recentre_on_read_pdb_combobox(GtkWidget*)': +c-interface-gui.cc:1217:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1217 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:1219:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1219 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void store_window_size(int, GtkWidget*)': +c-interface-gui.cc:1340:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1340 | gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_filter_button(GtkWidget*, short int)': +c-interface-gui.cc:1676:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 1676 | gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1677 | GTK_FILE_FILTER (filterall)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here + 136 | void gtk_file_chooser_add_filter (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:1678:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 1678 | gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1679 | GTK_FILE_FILTER (filterselect)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here + 136 | void gtk_file_chooser_add_filter (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from c-interface-ncs.cc:51: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:1683:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 1683 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1684 | GTK_FILE_FILTER (filterselect)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here + 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:1687:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 1687 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1688 | GTK_FILE_FILTER (filterall)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, @@ -6902,6 +6910,63 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here + 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_extra_filter_button(GtkWidget*, const gchar*, const gchar*)': +c-interface-gui.cc:1703:31: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 1703 | gtk_file_chooser_add_filter (GTK_FILE_CHOOSER (fileselection), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1704 | GTK_FILE_FILTER (filter)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here + 136 | void gtk_file_chooser_add_filter (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void set_refine_params_comboboxes()': +c-interface-gui.cc:2269:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2269 | if (cb1) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb1), g.refine_params_dialog_geman_mcclure_alpha_combobox_position); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:2270:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2270 | if (cb2) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb2), g.refine_params_dialog_rama_restraints_weight_combobox_position); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:2271:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2271 | if (cb3) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb3), g.refine_params_dialog_lennard_jones_epsilon_combobox_position); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:2272:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2272 | if (cb4) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb4), g.refine_params_dialog_torsions_weight_combox_position); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void fill_chiral_volume_molecule_combobox(GtkWidget*)': +c-interface-gui.cc:2334:50: warning: 'GtkWidget* gtk_combo_box_new()' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2334 | GtkWidget *combobox_new = gtk_combo_box_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:74:15: note: declared here + 74 | GtkWidget *gtk_combo_box_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void pepflips_by_difference_map_dialog()': +c-interface-gui.cc:2359:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 2359 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(model_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:2360:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 2360 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(map_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-pisa-gui.cc: In function 'void coot::pisa_interfaces_gui(const std::vector&)': c-interface-pisa-gui.cc:53:29: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 53 | gtk_tree_store_new (12, G_TYPE_INT, G_TYPE_INT, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, @@ -6914,14 +6979,30 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:63:15: note: declared here 63 | GtkTreeStore *gtk_tree_store_new (int n_columns, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In lambda function: +c-interface-gui.cc:3509:40: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 3509 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-pisa-gui.cc:58:30: warning: 'void gtk_tree_view_set_model(GtkTreeView*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] 58 | gtk_tree_view_set_model(tv_interfaces, GTK_TREE_MODEL(tree_store_interfaces)); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here + 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:201:24: note: declared here 201 | void gtk_tree_view_set_model (GtkTreeView *tree_view, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_show_symmetry_window()': +c-interface-gui.cc:3519:68: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 3519 | GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&rgba); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here + 53 | GtkWidget * gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA *rgba); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-pisa-gui.cc:60:31: warning: 'void gtk_tree_store_append(GtkTreeStore*, GtkTreeIter*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 60 | gtk_tree_store_append(tree_store_interfaces, &toplevel, NULL); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -6966,6 +7047,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:204:24: note: declared here 204 | GtkTreeSelection *gtk_tree_view_get_selection (GtkTreeView *tree_view); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void save_coordinates_using_widget(GtkWidget*)': +c-interface-gui.cc:3900:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 3900 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-pisa-gui.cc: In function 'void coot::add_pisa_interfaces_cell_renderer(GtkTreeView*, const std::string&, int)': c-interface-pisa-gui.cc:107:63: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_text_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 107 | GtkCellRenderer *cell_renderer = gtk_cell_renderer_text_new(); @@ -6975,6 +7063,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertext.h:62:18: note: declared here 62 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_text_new (void); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc: In function 'void save_symmetry_coords_from_filechooser(GtkWidget*)': +c-interface-gui.cc:3927:43: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 3927 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(filechooser)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-pisa-gui.cc:108:56: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] 108 | GtkTreeViewColumn *column = gtk_tree_view_column_new(); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ @@ -7038,55 +7133,27 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-preferences.cc:64: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-sequence.lo c-interface-sequence.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-sfs.lo c-interface-sfs.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-sequence.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-sequence.o -In file included from c-interface-python.cc:40: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-sfs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-sfs.o -c-interface-preferences.cc: In lambda function: -c-interface-preferences.cc:469:50: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 469 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here - 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()': -c-interface-preferences.cc:480:78: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 480 | GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&bg_colour); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here - 53 | GtkWidget * gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA *rgba); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-refine.cc:41: +c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_residue_editor_select_monomer_type_dialog()': +c-interface-gui.cc:4629:36: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4629 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here + 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:4638:38: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4638 | gtk_combo_box_text_append_text (GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box), s.c_str()); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here + 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gui.cc:4639:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4639 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combo_box), i); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-gtk2.cc:59: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7095,28 +7162,59 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from c-interface.h:82, + from c-interface-gtk2.cc:56: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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gtk_tree_model_get (model, iter, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ + 102 | 0, &file_name, + | ~~~~~~~~~~~~~~ + 103 | -1); + | ~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here + 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gtk2.cc:104:43: warning: 'char* gtk_tree_path_to_string(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 104 | tree_path_str = gtk_tree_path_to_string(path); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:209:14: note: declared here + 209 | char *gtk_tree_path_to_string (GtkTreePath *path); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_filter_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)': +c-interface-gtk2.cc:143:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 143 | gtk_tree_model_get (model, iter, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ + 144 | 0, &file_name, + | ~~~~~~~~~~~~~~ + 145 | -1); + | ~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here + 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gtk2.cc:151:34: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 151 | if (gtk_tree_model_get_iter(model, iter, path)) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:316:19: note: declared here + 316 | gboolean gtk_tree_model_get_iter (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-gtk2.cc:154:31: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 154 | gtk_list_store_remove(GTK_LIST_STORE(model), iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here + 95 | gboolean gtk_list_store_remove (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-refmac.cc:33: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7126,11 +7224,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, from cc-interface.hh:30, - from c-interface-residues.cc:39: + from c-interface-refmac.cc:32: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-scm.cc:35: +In file included from c-interface-ligands.cc:51: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7144,7 +7242,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from simple-refmac.cc:35: +In file included from c-interface-bonds.cc:49: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7158,32 +7256,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -simple-refmac.cc: In function 'void wrapped_create_simple_refmac_dialog()': -simple-refmac.cc:63:37: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 63 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox_file), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 64 | g.mtz_file_for_refmac.c_str()); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here - 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -simple-refmac.cc:65:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 65 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox_file), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7193,63 +7266,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, from cc-interface.hh:30, - from c-interface-refmac.cc:32: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-sequence.cc:33: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-sequence.cc:28: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from c-interface-view.cc:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. 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gtk_combo_box_text_remove_all(cbt); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here - 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-superpose.cc:882:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 882 | gtk_combo_box_text_append_text(cbt, chain_id.c_str()); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here - 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-superpose.cc:883:34: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 883 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(chain_combobox), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-sharpen.cc:29: +In file included from c-interface-curlew.cc:70: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7258,12 +7279,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from c-interface-curlew.cc:63: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-validate.cc:52: +In file included from c-interface-ligands-gui.cc:54: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7291,50 +7311,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-scripting.lo cc-interface-scripting.cc -c-interface-validate.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_check_waters_dialog()': -c-interface-validate.cc:136:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 136 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(check_waters_action_combobox), 0); // "Check" - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-validate.cc:143:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 143 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox_molecule)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-validate.cc: In function 'void do_check_waters_by_widget(GtkWidget*)': -c-interface-validate.cc:294:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 294 | gchar *at = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(action_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-scripting.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-scripting.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-subprocess.lo cc-interface-subprocess.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-map-utils.lo cc-interface-map-utils.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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"-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-map-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-map-utils.o -In file included from c-interface-view.cc:34: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30, - from c-interface-view.cc:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-waters-gui.cc:50: +In file included from c-interface-image.cc:47: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7361,6 +7338,17 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-image.cc: In function 'GtkWidget* get_image_widget_for_comp_id(const std::string&, int)': +c-interface-image.cc:132:45: warning: 'GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf(GdkPixbuf*)' is deprecated: Use 'gtk_image_new_from_paintable' instead [-Wdeprecated-declarations] + 132 | r = gtk_image_new_from_pixbuf(pixbuf); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:40, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkimage.h:78:12: note: declared here + 78 | GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf (GdkPixbuf *pixbuf); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-widgets.cc: In function 'void remarks_dialog(int)': c-interface-widgets.cc:164:42: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 164 | GtkWidget *d = gtk_dialog_new(); @@ -7382,6 +7370,20 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here 144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button (GtkDialog *dialog, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-sharpen.cc:29: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-widgets.cc: In function 'void simple_text_dialog(const std::string&, const std::string&, int, int)': c-interface-widgets.cc:608:36: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 608 | GtkWidget *d = gtk_dialog_new(); @@ -7401,11 +7403,8 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here 144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button (GtkDialog *dialog, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-png.lo cc-interface-png.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-validation.lo cc-interface-validation.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-png.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-png.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-validation.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-validation.o -In file included from c-interface.cc:103: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface.lo c-interface.cc +In file included from c-interface-waters-gui.cc:50: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7419,6 +7418,86 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp 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mono_mode()': -c-interface.cc:1184:53: warning: 'int gtk_widget_get_allocated_width(GtkWidget*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_get_width' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1184 | int x_size = gtk_widget_get_allocated_width(gl_widget); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:475:23: note: declared here - 475 | int gtk_widget_get_allocated_width (GtkWidget *widget); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface.cc:1185:54: warning: 'int gtk_widget_get_allocated_height(GtkWidget*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_get_height' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1185 | int y_size = gtk_widget_get_allocated_height(gl_widget); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:477:23: note: declared here - 477 | int gtk_widget_get_allocated_height (GtkWidget *widget); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface.cc: In function 'void make_image_povray(const char*)': -c-interface.cc:4552:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4552 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface.cc: In function 'void make_image_povray_py(const char*)': -c-interface.cc:4576:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4576 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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[-Wdeprecated-declarations] - 7696 | gtk_style_context_add_class(sc, "circular"); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here - 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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-/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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cc-interface-molecular-representation.cc:37: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -7523,8 +7556,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7533,18 +7565,12 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30, - from cc-interface-molecular-symmetry.cc:34: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" 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-std=c++17 -c -o command-line.lo command-line.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7553,15 +7579,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from cc-interface.hh:30, + from cc-interface-subprocess.cc:3: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -7576,8 +7598,8 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.13 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o coot-glue-gtk2.lo coot-glue-gtk2.c -In file included from cc-interface-subprocess.cc:4: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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[-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7587,42 +7609,53 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, from cc-interface.hh:30, - from cc-interface-subprocess.cc:3: + from cc-interface-molecular-symmetry.cc:34: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-hydrogens.lo coot-hydrogens.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-phi-psi.lo coot-phi-psi.cc -In file included from cc-interface-map-utils.cc:30: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: +c-interface.cc: In function 'void mono_mode()': +c-interface.cc:1184:53: warning: 'int gtk_widget_get_allocated_width(GtkWidget*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_get_width' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1184 | int x_size = gtk_widget_get_allocated_width(gl_widget); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:475:23: note: declared here + 475 | int gtk_widget_get_allocated_width (GtkWidget *widget); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface.cc:1185:54: warning: 'int gtk_widget_get_allocated_height(GtkWidget*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_get_height' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1185 | int y_size = gtk_widget_get_allocated_height(gl_widget); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:477:23: note: declared here + 477 | int gtk_widget_get_allocated_height (GtkWidget *widget); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface.cc: In function 'void make_image_povray(const char*)': +c-interface.cc:4552:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4552 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" 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-fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_pythonmodule.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot_pythonmodule.o -c-interface-test.cc: In function 'PyObject* test_function_py(PyObject*, PyObject*)': -c-interface-test.cc:1567:31: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1567 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface.cc: In function 'void make_image_povray_py(const char*)': +c-interface.cc:4576:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4576 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 7695 | GtkStyleContext *sc = gtk_widget_get_style_context(button); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:713:19: note: declared here + 713 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface.cc:7696:34: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 7696 | gtk_style_context_add_class(sc, "circular"); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here + 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" 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graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface.h:82, - from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:26: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o drag-and-drop.lo drag-and-drop.cc -In file included from cfc.cc:45: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cfc-widgets.hh:28, - from cfc.cc:40: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c drag-and-drop.cc -fPIC -DPIC -o .libs/drag-and-drop.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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-DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o draw-generic-display-objects.lo draw-generic-display-objects.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-line.cc:61: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from coot-application.cc:28: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info.lo graphics-info.cc +In file included from c-interface-test.cc:102: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-line-extern.cc:41: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ 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graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from command-line.cc:56: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-defines-gtk4.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-defines-gtk4.o +In file included from draw.cc:34: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7781,24 +7832,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -coot-application.cc: In function 'int start_using_application(int, char**)': -coot-application.cc:103:69: warning: 'G_APPLICATION_FLAGS_NONE' is deprecated: Use 'G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS' instead [-Wdeprecated-declarations] - 103 | GtkApplication *app = gtk_application_new ("org.emsley.coot", G_APPLICATION_FLAGS_NONE); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/glib-2.0/gio/giotypes.h:30, - from /usr/include/glib-2.0/gio/gio.h:28, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcsssection.h:24, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:36, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29: -/usr/include/glib-2.0/gio/gioenums.h:1556:3: note: declared here - 1556 | G_APPLICATION_FLAGS_NONE GIO_DEPRECATED_ENUMERATOR_IN_2_74_FOR(G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS), - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o dynamic-validation.lo dynamic-validation.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 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-pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c dynamic-validation.cc -fPIC -DPIC -o .libs/dynamic-validation.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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+7861,25 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from curlew-gtk4.hh:29, - from curlew-gtk4.cc:29: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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-std=c++17 -c gaussian-surface.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gaussian-surface.o +coot-application.cc: In function 'int start_using_application(int, char**)': +coot-application.cc:103:69: warning: 'G_APPLICATION_FLAGS_NONE' is deprecated: Use 'G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS' instead [-Wdeprecated-declarations] + 103 | GtkApplication *app = gtk_application_new ("org.emsley.coot", G_APPLICATION_FLAGS_NONE); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/glib-2.0/gio/giotypes.h:30, + from /usr/include/glib-2.0/gio/gio.h:28, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcsssection.h:24, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:36, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29: +/usr/include/glib-2.0/gio/gioenums.h:1556:3: note: declared here + 1556 | G_APPLICATION_FLAGS_NONE GIO_DEPRECATED_ENUMERATOR_IN_2_74_FOR(G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS), + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-init.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-init.o +In file included from graphics-info-tick-function.cc:43: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-tick-function.cc:38: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from dynamic-validation.cc:27: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7878,17 +7930,8 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-std=c++17 -c -o graphics-info-intermediate.lo graphics-info-intermediate.cc +In file included from cfc.cc:45: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -7897,11 +7940,26 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-tick-function.cc:38: + from cfc-widgets.hh:28, + from cfc.cc:40: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-modelling.lo graphics-info-modelling.cc +In file included from curlew-gtk4.cc:32: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from curlew-gtk4.hh:29, + from curlew-gtk4.cc:29: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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"-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-defines.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-defines.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-intermediate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-intermediate.o draw-generic-display-objects.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_generic_objects(unsigned int)': draw-generic-display-objects.cc:213:47: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 213 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); @@ -7924,12 +7982,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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.libs/graphics-info-navigation.o In file included from event-controller-callbacks.cc:31: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -7944,20 +7999,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from dynamic-validation.cc:27: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ event-controller-callbacks.cc: In lambda function: event-controller-callbacks.cc:84:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 84 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); @@ -7993,20 +8034,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from flev.cc:41: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation-gtk2.lo graphics-info-navigation-gtk2.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-preferences.lo graphics-info-preferences.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-network.lo graphics-info-network.cc In file included from fit-loop-gui.cc:34: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -8021,6 +8060,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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-D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-network.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-network.o fit-loop-gui.cc: In function 'void fit_loop_using_dialog()': fit-loop-gui.cc:184:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 184 | std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_combobox_text)); @@ -8029,7 +8069,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from get-monomer.cc:29: +In file included from gaussian-surface.cc:29: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8038,8 +8078,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from cc-interface.hh:30, + from gaussian-surface.cc:28: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -8057,20 +8097,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from generic-objects.cc:50: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from generic-objects.cc:40: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-info.cc:72: +In file included from flev.cc:41: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8079,11 +8106,18 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info.cc:43: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from gaussian-surface.cc:29: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -8111,16 +8150,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 37 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_for_ssao()': -graphics-info-draw-models.cc:58:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 58 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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@@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-draw.cc:44: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static glm::mat4 graphics_info_t::get_molecule_mvp(bool)': -graphics-info-draw.cc:641:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 641 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float)': -graphics-info-draw.cc:741:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 741 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_intermediate_atoms(unsigned int)': -graphics-info-draw.cc:1062:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1062 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_refinement_dialog_arrow_tab()': -graphics-info-draw.cc:1699:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1699 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_colour_bar()': -graphics-info-draw.cc:1733:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1733 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_meshed_generic_display_object_meshes(unsigned int)': -graphics-info-draw.cc:2243:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2243 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_other_meshes(unsigned int)': -graphics-info-draw.cc:2401:47: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2401 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In member function 'void graphics_info_t::setup_hud_geometry_bars()': -graphics-info-draw.cc:2838:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2838 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_buttons()': -graphics-info-draw.cc:3059:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3059 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_ramachandran_plot()': -graphics-info-draw.cc:3126:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3126 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In lambda function: -graphics-info-draw.cc:3168:67: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3168 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In member function 'void graphics_info_t::show_accept_reject_hud_buttons()': -graphics-info-draw.cc:3343:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3343 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In member function 'void graphics_info_t::reset_hud_buttons_size_and_position()': -graphics-info-draw.cc:3456:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3456 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static float graphics_info_t::get_x_base_for_hud_geometry_bars()': -graphics-info-draw.cc:3472:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3472 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_geometry_bars()': -graphics-info-draw.cc:3497:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3497 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); +graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_models_for_ssao()': +graphics-info-draw-models.cc:37:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 37 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::check_if_hud_bar_moused_over_or_act_on_hud_bar_clicked(double, double, bool)': -graphics-info-draw.cc:3835:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3835 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); +graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_for_ssao()': +graphics-info-draw-models.cc:58:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 58 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In member function 'bool graphics_info_t::check_if_hud_button_moused_over_or_act_on_hit(double, double, bool, bool)': -graphics-info-draw.cc:4186:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4186 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_geometry_tooltip()': -graphics-info-draw.cc:4271:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4271 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In member function 'bool graphics_info_t::check_if_hud_rama_plot_clicked(double, double)': -graphics-info-draw.cc:4355:41: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4355 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In lambda function: -graphics-info-draw.cc:4531:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 4531 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_bad_nbc_atom_pair_markers(unsigned int)': -graphics-info-draw.cc:5413:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 5413 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_chiral_volume_outlier_markers(unsigned int)': -graphics-info-draw.cc:5463:48: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 5463 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_ligand_view()': -graphics-info-draw.cc:5656:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 5656 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_extra_distance_restraints(int)': -graphics-info-draw.cc:6096:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6096 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" 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-graphics-info-graphs.cc: In lambda function: -graphics-info-graphs.cc:93:60: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 93 | return ! gtk_list_store_remove(list,iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here - 95 | gboolean gtk_list_store_remove (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-graphs.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::refresh_validation_graph_model_list()': -graphics-info-graphs.cc:89:26: warning: 'void gtk_tree_model_foreach(GtkTreeModel*, GtkTreeModelForeachFunc, gpointer)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 89 | gtk_tree_model_foreach( - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^ - 90 | GTK_TREE_MODEL(validation_graph_model_list), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 91 | +[](GtkTreeModel* model, GtkTreePath* path, GtkTreeIter* iter, gpointer data) -> gboolean { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 92 | GtkListStore* list = GTK_LIST_STORE(model); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 93 | return ! gtk_list_store_remove(list,iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 94 | }, - | ~~ - 95 | NULL - | ~~~~ - 96 | ); - | ~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:379:19: note: declared here - 379 | void gtk_tree_model_foreach (GtkTreeModel *model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-graphs.cc:103:31: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 103 | gtk_list_store_append(validation_graph_model_list, &iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here - 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-graphs.cc:104:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 104 | gtk_list_store_set(validation_graph_model_list, &iter, 0, label.c_str(), 1, i, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-graphs.cc: In lambda function: -graphics-info-graphs.cc:165:45: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 165 | return gboolean(!gtk_list_store_remove(list,iter)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here - 95 | gboolean gtk_list_store_remove (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-graphs.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::refresh_ramachandran_plot_model_list()': -graphics-info-graphs.cc:168:26: warning: 'void gtk_tree_model_foreach(GtkTreeModel*, GtkTreeModelForeachFunc, gpointer)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 168 | gtk_tree_model_foreach(GTK_TREE_MODEL(ramachandran_plot_model_list), fn, NULL); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:379:19: note: declared here - 379 | void gtk_tree_model_foreach (GtkTreeModel *model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-graphs.cc:175:31: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 175 | gtk_list_store_append(ramachandran_plot_model_list, &iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here - 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-graphs.cc:176:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 176 | gtk_list_store_set(ramachandran_plot_model_list, &iter, 0, label.c_str(), 1, i, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-info-gui.cc:71: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -8492,7 +8278,20 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-info-intermediate.cc:33: +In file included from graphics-info-draw.cc:49: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-draw.cc:44: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-info-graphs.cc:60: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8502,7 +8301,7 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from graphics-info-graphs.cc:24: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -8547,7 +8346,6 @@ graphics-info-gui.cc:375:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 375 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(filechooser)); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-render-scene.lo graphics-info-render-scene.cc /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -8585,6 +8383,41 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here 144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button (GtkDialog *dialog, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static glm::mat4 graphics_info_t::get_molecule_mvp(bool)': +graphics-info-draw.cc:641:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 641 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float)': +graphics-info-draw.cc:741:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 741 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_intermediate_atoms(unsigned int)': +graphics-info-draw.cc:1062:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1062 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_refinement_dialog_arrow_tab()': +graphics-info-draw.cc:1699:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1699 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_colour_bar()': +graphics-info-draw.cc:1733:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1733 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-gui.cc: In member function 'void graphics_info_t::new_fill_combobox_with_coordinates_options(GtkWidget*, GCallback, int)': graphics-info-gui.cc:1784:51: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 1784 | GtkTreeModel *model_1 = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox_molecule)); @@ -8659,6 +8492,41 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-graphs.cc: In lambda function: +graphics-info-graphs.cc:93:60: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 93 | return ! gtk_list_store_remove(list,iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here + 95 | gboolean gtk_list_store_remove (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-graphs.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::refresh_validation_graph_model_list()': +graphics-info-graphs.cc:89:26: warning: 'void gtk_tree_model_foreach(GtkTreeModel*, GtkTreeModelForeachFunc, gpointer)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 89 | gtk_tree_model_foreach( + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^ + 90 | GTK_TREE_MODEL(validation_graph_model_list), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 91 | +[](GtkTreeModel* model, GtkTreePath* path, GtkTreeIter* iter, gpointer data) -> gboolean { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 92 | GtkListStore* list = GTK_LIST_STORE(model); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 93 | return ! gtk_list_store_remove(list,iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 94 | }, + | ~~ + 95 | NULL + | ~~~~ + 96 | ); + | ~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:379:19: note: declared here + 379 | void gtk_tree_model_foreach (GtkTreeModel *model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-gui.cc: In member function 'void graphics_info_t::fill_combobox_with_molecule_options(GtkWidget*, GCallback, int, const std::vector&)': graphics-info-gui.cc:1841:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 1841 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); @@ -8666,12 +8534,24 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-graphs.cc:103:31: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 103 | gtk_list_store_append(validation_graph_model_list, &iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here + 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-gui.cc:1843:44: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] 1843 | GtkListStore *store = gtk_list_store_new(2, G_TYPE_INT, G_TYPE_STRING); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-graphs.cc:104:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 104 | gtk_list_store_set(validation_graph_model_list, &iter, 0, label.c_str(), 1, i, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-gui.cc:1863:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] 1863 | gtk_list_store_append(store, &iter); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ @@ -8770,7 +8650,53 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-render-scene.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-render-scene.o +graphics-info-graphs.cc: In lambda function: +graphics-info-graphs.cc:165:45: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 165 | return gboolean(!gtk_list_store_remove(list,iter)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here + 95 | gboolean gtk_list_store_remove (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-graphs.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::refresh_ramachandran_plot_model_list()': +graphics-info-graphs.cc:168:26: warning: 'void gtk_tree_model_foreach(GtkTreeModel*, GtkTreeModelForeachFunc, gpointer)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 168 | gtk_tree_model_foreach(GTK_TREE_MODEL(ramachandran_plot_model_list), fn, NULL); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:379:19: note: declared here + 379 | void gtk_tree_model_foreach (GtkTreeModel *model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-graphs.cc:175:31: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 175 | gtk_list_store_append(ramachandran_plot_model_list, &iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here + 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-graphs.cc:176:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 176 | gtk_list_store_set(ramachandran_plot_model_list, &iter, 0, label.c_str(), 1, i, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_meshed_generic_display_object_meshes(unsigned int)': +graphics-info-draw.cc:2243:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2243 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_other_meshes(unsigned int)': +graphics-info-draw.cc:2401:47: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2401 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-gui.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::fill_bond_parameters_internals(GtkWidget*, int)': +graphics-info-gui.cc:3658:33: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3658 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(bond_width_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here + 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-info-init.cc:32: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -8785,13 +8711,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-gui.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::fill_bond_parameters_internals(GtkWidget*, int)': -graphics-info-gui.cc:3658:33: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3658 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(bond_width_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here - 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-gui.cc:3674:32: warning: 'void gtk_combo_box_text_append(GtkComboBoxText*, const char*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 3674 | gtk_combo_box_text_append(GTK_COMBO_BOX_TEXT(bond_width_combobox), nullptr, s.c_str()); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -8811,6 +8730,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In member function 'void graphics_info_t::setup_hud_geometry_bars()': +graphics-info-draw.cc:2838:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2838 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-gui.cc: In member function 'std::string graphics_info_t::get_active_label_in_comboboxtext(GtkComboBoxText*)': graphics-info-gui.cc:3962:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 3962 | gchar *at = gtk_combo_box_text_get_active_text(combobox); @@ -8865,6 +8791,27 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_buttons()': +graphics-info-draw.cc:3059:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3059 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_ramachandran_plot()': +graphics-info-draw.cc:3126:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3126 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In lambda function: +graphics-info-draw.cc:3168:67: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3168 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const': graphics-info-gui.cc:4529:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 4529 | gtk_widget_get_allocation(glarea, &allocation); @@ -8872,6 +8819,34 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In member function 'void graphics_info_t::show_accept_reject_hud_buttons()': +graphics-info-draw.cc:3343:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3343 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In member function 'void graphics_info_t::reset_hud_buttons_size_and_position()': +graphics-info-draw.cc:3456:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3456 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static float graphics_info_t::get_x_base_for_hud_geometry_bars()': +graphics-info-draw.cc:3472:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3472 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_geometry_bars()': +graphics-info-draw.cc:3497:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3497 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-init.cc: In member function 'void graphics_info_t::init()': graphics-info-init.cc:486:55: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] 486 | validation_graph_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT); @@ -8890,8 +8865,89 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-residues.lo graphics-info-residues.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-residues.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-residues.o +graphics-info-draw.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::check_if_hud_bar_moused_over_or_act_on_hud_bar_clicked(double, double, bool)': +graphics-info-draw.cc:3835:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3835 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-ligand-mesh-molecule.lo graphics-ligand-mesh-molecule.cc +graphics-info-draw.cc: In member function 'bool graphics_info_t::check_if_hud_button_moused_over_or_act_on_hit(double, double, bool, bool)': +graphics-info-draw.cc:4186:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4186 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_geometry_tooltip()': +graphics-info-draw.cc:4271:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4271 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In member function 'bool graphics_info_t::check_if_hud_rama_plot_clicked(double, double)': +graphics-info-draw.cc:4355:41: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4355 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In lambda function: +graphics-info-draw.cc:4531:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 4531 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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graphics_info_t::draw_bad_nbc_atom_pair_markers(unsigned int)': +graphics-info-draw.cc:5413:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 5413 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_chiral_volume_outlier_markers(unsigned int)': +graphics-info-draw.cc:5463:48: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 5463 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_ligand_view()': +graphics-info-draw.cc:5656:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 5656 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_extra_distance_restraints(int)': +graphics-info-draw.cc:6096:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6096 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtkglarea-rama-plot.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gtkglarea-rama-plot.o +In file included from graphics-info-intermediate.cc:33: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gtk-manual.lo gtk-manual.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtk-manual.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-manual.o In file included from graphics-info-navigation.cc:61: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -8905,6 +8961,20 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-info-modelling.cc:80: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-modelling.cc:48: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gtk-widget-conversion-utils.lo gtk-widget-conversion-utils.cc graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_new_mol()': graphics-info-navigation.cc:826:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 826 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); @@ -8961,20 +9031,8 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-info-modelling.cc:80: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-modelling.cc:48: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-info-navigation-gtk2.cc:42: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtk-widget-conversion-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-widget-conversion-utils.o +In file included from graphics-info-preferences.cc:35: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8983,10 +9041,275 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-navigation-gtk2.cc:28: + from graphics-info-preferences.cc:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::preferences_toolbar_icon_toggled(GtkCellRendererToggle*, gchar*, gpointer, int)': +graphics-info-preferences.cc:669:53: warning: 'GtkTreePath* gtk_tree_path_new_from_string(const char*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 669 | GtkTreePath *path = gtk_tree_path_new_from_string (path_string); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:201:14: note: declared here + 201 | GtkTreePath *gtk_tree_path_new_from_string (const char *path); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:673:26: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 673 | gtk_tree_model_get_iter(model, &iter, path); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:316:19: note: declared here + 316 | gboolean gtk_tree_model_get_iter (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:674:21: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 674 | gtk_tree_model_get(model, &iter, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ + 675 | 0, &value, + | ~~~~~~~~~~ + 676 | 3, &icon_pos, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here + 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:679:22: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 679 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, value, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:687:22: warning: 'void gtk_tree_path_free(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 687 | gtk_tree_path_free (path); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:228:14: note: declared here + 228 | void gtk_tree_path_free (GtkTreePath *path); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc: In member function 'void graphics_info_t::fill_preferences_toolbar_icons(GtkWidget*, GtkWidget*, int)': +graphics-info-preferences.cc:732:45: warning: 'GtkWidget* gtk_tree_view_new()' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 732 | GtkWidget *icons_tree = gtk_tree_view_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:193:24: note: declared here + 193 | GtkWidget *gtk_tree_view_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:733:37: warning: 'void gtk_tree_view_set_headers_visible(GtkTreeView*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 733 | gtk_tree_view_set_headers_visible(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), FALSE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:209:24: note: declared here + 209 | void gtk_tree_view_set_headers_visible (GtkTreeView *tree_view, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:26, + from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31, + from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcssenumtypes.h:11, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:33, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29: +graphics-info-preferences.cc:747:59: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 747 | GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/glib-2.0/gobject/gtype.h:2662:57: note: in definition of macro '_G_TYPE_CIC' + 2662 | # define _G_TYPE_CIC(ip, gt, ct) ((ct*) (void *) ip) + | ^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:30:41: note: in expansion of macro 'G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST' + 30 | #define GTK_TREE_MODEL(obj) (G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST ((obj), GTK_TYPE_TREE_MODEL, GtkTreeModel)) + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:747:26: note: in expansion of macro 'GTK_TREE_MODEL' + 747 | GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT)); + | ^~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here + 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:757:27: warning: 'void gtk_tree_view_set_model(GtkTreeView*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 757 | gtk_tree_view_set_model(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), model); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:201:24: note: declared here + 201 | void gtk_tree_view_set_model (GtkTreeView *tree_view, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:759:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 759 | button_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:26: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:760:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 760 | icon_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:761:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 761 | text_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:766:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 766 | gtk_list_store_append(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here + 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:814:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 814 | gtk_list_store_set(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 815 | BUTTON_COL, "", + | ~~~~~~~~~~~~~~~ + 816 | ICON_COL, icon, + | ~~~~~~~~~~~~~~~ + 817 | TEXT_COL, item.icon_text.c_str(), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 818 | INDEX_COL, item.icon_pos, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 819 | -1); + | ~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:823:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 823 | button_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:824:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 824 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), button_col); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here + 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:825:50: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_toggle_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 825 | button_renderer = gtk_cell_renderer_toggle_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:77: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertoggle.h:40:18: note: declared here + 40 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_toggle_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:826:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 826 | gtk_tree_view_column_pack_start(button_col, GTK_CELL_RENDERER(button_renderer), TRUE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here + 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:828:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 828 | gtk_tree_view_column_set_attributes(button_col, button_renderer, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 829 | "active", BUTTON_COL, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 830 | NULL); + | ~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here + 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:842:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 842 | icon_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:843:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 843 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), icon_col); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here + 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:844:48: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_pixbuf_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 844 | icon_renderer = gtk_cell_renderer_pixbuf_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:72: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendererpixbuf.h:39:18: note: declared here + 39 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_pixbuf_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:845:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 845 | gtk_tree_view_column_pack_start(icon_col, icon_renderer, TRUE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here + 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:846:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 846 | gtk_tree_view_column_set_attributes(icon_col, icon_renderer, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 847 | "pixbuf", ICON_COL, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 848 | NULL); + | ~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here + 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:851:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 851 | text_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:852:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 852 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), text_col); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here + 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:853:46: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_text_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 853 | text_renderer = gtk_cell_renderer_text_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendereraccel.h:24, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:70: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertext.h:62:18: note: declared here + 62 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_text_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:854:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 854 | gtk_tree_view_column_pack_start(text_col, text_renderer, TRUE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here + 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:855:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 855 | gtk_tree_view_column_set_attributes(text_col, text_renderer, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 856 | "text", TEXT_COL, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 857 | NULL); + | ~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here + 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::update_toolbar_icons(GtkTreeModel*, int)': +graphics-info-preferences.cc:943:36: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter_first(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 943 | if (gtk_tree_model_get_iter_first(model, &iter)) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:327:19: note: declared here + 327 | gboolean gtk_tree_model_get_iter_first (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:945:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 945 | gtk_tree_model_get(model, &iter, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ + 946 | 0, &button_value, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 947 | 3, &col_index, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here + 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:953:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 953 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 1, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:956:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 956 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 0, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:959:38: warning: 'gboolean gtk_tree_model_iter_next(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 959 | } while (gtk_tree_model_iter_next(model, &iter)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:341:19: note: declared here + 341 | gboolean gtk_tree_model_iter_next (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gtk-utils.lo gtk-utils.cc graphics-info-modelling.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::move_molecule_here_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': graphics-info-modelling.cc:5616:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 5616 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); @@ -9009,6 +9332,34 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtk-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-utils.o +In file included from graphics-info-network.cc:33: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-info-navigation-gtk2.cc:42: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-navigation-gtk2.cc:28: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:26, from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31, from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24, @@ -9078,6 +9429,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:142:15: note: declared here 142 | void gtk_tree_store_clear (GtkTreeStore *tree_store); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o HUDMesh.lo HUDMesh.cc graphics-info-navigation-gtk2.cc:254:50: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 254 | GtkTreeStore *tree_store = gtk_tree_store_new (2, G_TYPE_STRING, G_TYPE_POINTER); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -9385,8 +9737,8 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-refine.lo graphics-info-refine.cc -In file included from graphics-info-preferences.cc:35: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c HUDMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/HUDMesh.o +In file included from graphics-info-mutate.cc:61: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9395,276 +9747,12 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-preferences.cc:33: + from graphics-info-mutate.cc:58: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-refine.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-refine.o -graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::preferences_toolbar_icon_toggled(GtkCellRendererToggle*, gchar*, gpointer, int)': -graphics-info-preferences.cc:669:53: warning: 'GtkTreePath* gtk_tree_path_new_from_string(const char*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 669 | GtkTreePath *path = gtk_tree_path_new_from_string (path_string); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:201:14: note: declared here - 201 | GtkTreePath *gtk_tree_path_new_from_string (const char *path); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:673:26: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 673 | gtk_tree_model_get_iter(model, &iter, path); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:316:19: note: declared here - 316 | gboolean gtk_tree_model_get_iter (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:674:21: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 674 | gtk_tree_model_get(model, &iter, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ - 675 | 0, &value, - | ~~~~~~~~~~ - 676 | 3, &icon_pos, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here - 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:679:22: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 679 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, value, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:687:22: warning: 'void gtk_tree_path_free(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 687 | gtk_tree_path_free (path); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:228:14: note: declared here - 228 | void gtk_tree_path_free (GtkTreePath *path); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc: In member function 'void graphics_info_t::fill_preferences_toolbar_icons(GtkWidget*, GtkWidget*, int)': -graphics-info-preferences.cc:732:45: warning: 'GtkWidget* gtk_tree_view_new()' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 732 | GtkWidget *icons_tree = gtk_tree_view_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:193:24: note: declared here - 193 | GtkWidget *gtk_tree_view_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:733:37: warning: 'void gtk_tree_view_set_headers_visible(GtkTreeView*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 733 | gtk_tree_view_set_headers_visible(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), FALSE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:209:24: note: declared here - 209 | void gtk_tree_view_set_headers_visible (GtkTreeView *tree_view, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:26, - from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31, - from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcssenumtypes.h:11, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:33, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29: -graphics-info-preferences.cc:747:59: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 747 | GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/glib-2.0/gobject/gtype.h:2662:57: note: in definition of macro '_G_TYPE_CIC' - 2662 | # define _G_TYPE_CIC(ip, gt, ct) ((ct*) (void *) ip) - | ^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:30:41: note: in expansion of macro 'G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST' - 30 | #define GTK_TREE_MODEL(obj) (G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST ((obj), GTK_TYPE_TREE_MODEL, GtkTreeModel)) - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:747:26: note: in expansion of macro 'GTK_TREE_MODEL' - 747 | GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT)); - | ^~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here - 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:757:27: warning: 'void gtk_tree_view_set_model(GtkTreeView*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 757 | gtk_tree_view_set_model(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), model); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:201:24: note: declared here - 201 | void gtk_tree_view_set_model (GtkTreeView *tree_view, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:759:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 759 | button_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:26: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:760:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 760 | icon_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:761:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 761 | text_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:766:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 766 | gtk_list_store_append(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here - 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:814:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 814 | gtk_list_store_set(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 815 | BUTTON_COL, "", - | ~~~~~~~~~~~~~~~ - 816 | ICON_COL, icon, - | ~~~~~~~~~~~~~~~ - 817 | TEXT_COL, item.icon_text.c_str(), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 818 | INDEX_COL, item.icon_pos, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 819 | -1); - | ~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:823:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 823 | button_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:824:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 824 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), button_col); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here - 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:825:50: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_toggle_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 825 | button_renderer = gtk_cell_renderer_toggle_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:77: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertoggle.h:40:18: note: declared here - 40 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_toggle_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:826:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 826 | gtk_tree_view_column_pack_start(button_col, GTK_CELL_RENDERER(button_renderer), TRUE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here - 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:828:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 828 | gtk_tree_view_column_set_attributes(button_col, button_renderer, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 829 | "active", BUTTON_COL, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 830 | NULL); - | ~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here - 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:842:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 842 | icon_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:843:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 843 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), icon_col); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here - 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:844:48: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_pixbuf_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 844 | icon_renderer = gtk_cell_renderer_pixbuf_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:72: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendererpixbuf.h:39:18: note: declared here - 39 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_pixbuf_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:845:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 845 | gtk_tree_view_column_pack_start(icon_col, icon_renderer, TRUE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here - 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:846:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 846 | gtk_tree_view_column_set_attributes(icon_col, icon_renderer, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 847 | "pixbuf", ICON_COL, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 848 | NULL); - | ~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here - 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:851:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 851 | text_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:852:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 852 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), text_col); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here - 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:853:46: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_text_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 853 | text_renderer = gtk_cell_renderer_text_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendereraccel.h:24, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:70: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertext.h:62:18: note: declared here - 62 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_text_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:854:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 854 | gtk_tree_view_column_pack_start(text_col, text_renderer, TRUE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here - 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:855:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 855 | gtk_tree_view_column_set_attributes(text_col, text_renderer, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 856 | "text", TEXT_COL, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 857 | NULL); - | ~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here - 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::update_toolbar_icons(GtkTreeModel*, int)': -graphics-info-preferences.cc:943:36: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter_first(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 943 | if (gtk_tree_model_get_iter_first(model, &iter)) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:327:19: note: declared here - 327 | gboolean gtk_tree_model_get_iter_first (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:945:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 945 | gtk_tree_model_get(model, &iter, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ - 946 | 0, &button_value, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 947 | 3, &col_index, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here - 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:953:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 953 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 1, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:956:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 956 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 0, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:959:38: warning: 'gboolean gtk_tree_model_iter_next(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 959 | } while (gtk_tree_model_iter_next(model, &iter)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:341:19: note: declared here - 341 | gboolean gtk_tree_model_iter_next (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-info-network.cc:33: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o HUDTextureMesh.lo HUDTextureMesh.cc +In file included from graphics-info-opengl.cc:39: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9678,20 +9766,17 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-info-lsq.cc:51: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-lsq.cc:39: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o Instanced-Markup-Mesh.lo Instanced-Markup-Mesh.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c HUDTextureMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/HUDTextureMesh.o +graphics-info-opengl.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float, float, float)': +graphics-info-opengl.cc:307:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 307 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-info-refmac.cc:79: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Instanced-Markup-Mesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/Instanced-Markup-Mesh.o +In file included from graphics-info-lsq.cc:51: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9700,11 +9785,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-refmac.cc:50: + from graphics-info-lsq.cc:39: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-info-opengl.cc:39: +In file included from graphics-info-pick.cc:43: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9718,27 +9803,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-opengl.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float, float, float)': -graphics-info-opengl.cc:307:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 307 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-info-mutate.cc:61: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-mutate.cc:58: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-info-pick.cc:43: +In file included from graphics-info-render.cc:38: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9752,11 +9817,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include 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graphics-info-scripting.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9765,15 +9828,16 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from graphics-info-refmac.cc:50: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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[-Wdeprecated-declarations] @@ -9794,7 +9858,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-info-residues.cc:33: +In file included from graphics-info-refine.cc:31: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9808,17 +9872,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" 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graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -9874,9 +9919,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9890,15 +9939,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9907,15 +9954,14 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-state.cc:34: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info.o In file included from gtkglarea-rama-plot.cc:23: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -9950,6 +9995,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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molecule-class-info-alignment.lo molecule-class-info-alignment.cc gtkglarea-rama-plot.cc: In function 'void gtkgl_rama_on_glarea_render(GtkWidget*)': gtkglarea-rama-plot.cc:109:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 109 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gtk_gl_area), &allocation); @@ -9971,25 +10017,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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gtk-utils.cc:24: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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(GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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"-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" 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[-Wdeprecated-declarations] @@ -10121,8 +10153,42 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info.lo molecule-class-info.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-maps.lo molecule-class-info-maps.cc +In file included from gtk-utils.cc:26: +../src/graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +../src/graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../src/gtk-utils.hh:26, + from gtk-utils.cc:24: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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.libs/molecule-class-info-kk.o In file included from init-from-gtkbuilder.cc:27: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -10137,7 +10203,24 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -10152,17 +10235,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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-std=c++17 -c -o obj_loader.lo obj_loader.cc +In file included from molecular-mesh-generator.cc:43: +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] + 63 | #pragma mark - +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] + 64 | #pragma mark Debug routine +In file included from molecular-mesh-generator-mol-tris.cc:33: +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] + 63 | #pragma mark - +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] + 64 | #pragma mark Debug routine +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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.libs/obj_loader.o +In file included from meshed-generic-display-object.cc:37: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10176,20 +10261,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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model-molecule-meshes.cc:34: +In file included from lbg-interface.cc:28: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10203,7 +10275,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from meshed-generic-display-object.cc:37: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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molecule-class-info-bonds.cc:25: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10228,18 +10308,13 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-manual.hh:29, - from molecule-class-info.cc:79: + from gtk-manual.h:26, + from molecule-class-info.h:102, + from molecule-class-info-bonds.cc:23: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" 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function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10248,14 +10323,12 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-manual.h:26, - from molecule-class-info.h:102, - from molecule-class-info-bonds.cc:23: + from gtk-manual.hh:29, + from molecule-class-info.cc:79: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -10271,10 +10344,15 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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+In file included from molecule-class-info-dots.cc:28: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10288,11 +10366,22 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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[-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10306,16 +10395,10 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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molecular-mesh-generator.cc:43: -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] - 63 | #pragma mark - -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] - 64 | #pragma mark Debug routine +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON 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declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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graphics-info.h:33: + from gtk-manual.h:26, + from molecule-class-info.h:102, + from molecule-class-info-ncs.cc:47: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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[-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -10466,26 +10523,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o view.lo view.cc In file included from restraints-editor.cc:49: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -10527,7 +10570,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c view.cc -fPIC -DPIC -o .libs/view.o restraints-editor.cc: In member function 'void coot::restraints_editor::fill_atom_tree_data(GtkWidget*, const coot::dictionary_residue_restraints_t&)': restraints-editor.cc:126:56: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 126 | GtkTreeStore *tree_store_atoms = gtk_tree_store_new (4, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, @@ -11074,7 +11116,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:63:15: note: declared here 63 | GtkTreeStore *gtk_tree_store_new (int n_columns, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o widget-from-builder.lo widget-from-builder.cc restraints-editor.cc:715:29: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 715 | gtk_tree_store_new (natoms+2, G_TYPE_STRING, | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -11416,23 +11457,9 @@ restraints-editor.cc:1189:31: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 1189 | gtk_tree_model_get(GTK_TREE_MODEL(view_and_store_atoms.store), &iter, col_no, &place_string_here, -1); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from sound.cc:45: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ restraints-editor.cc:1202:31: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 1202 | gtk_tree_model_get(GTK_TREE_MODEL(view_and_store_atoms.store), &iter, col_no, &i, -1); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -11520,7 +11547,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:131:15: note: declared here 131 | void gtk_tree_store_append (GtkTreeStore *tree_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c widget-from-builder.cc -fPIC -DPIC -o .libs/widget-from-builder.o In file included from text-rendering-utils.cc:51: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -11534,11 +11560,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../src/post-process-coot-wrap-guile.sh coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc -adding gtk2 and guile ifdefs from coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot_wrap_guile.lo coot_wrap_guile.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_guile.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_guile.o -In file included from sdf-interface.cc:43: +In file included from rsr-functions.cc:27: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11552,7 +11574,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from TextureMesh.cc:48: +In file included from sdf-interface.cc:43: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11566,7 +11588,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from tomo-tools.cc:36: +In file included from TextureMesh.cc:48: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11580,7 +11602,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from testing.cc:64: +In file included from tomo-tools.cc:36: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11608,7 +11630,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from single-map-properties-dialog.cc:32: +In file included from testing.cc:64: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11617,33 +11639,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from single-map-properties-dialog.hh:32, - from single-map-properties-dialog.cc:31: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -single-map-properties-dialog.cc: In function 'void on_colour_chooser_dialog_response(GtkDialog*, int)': -single-map-properties-dialog.cc:364:33: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 364 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(dialog), &color); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here - 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -single-map-properties-dialog.cc: In function 'void show_map_colour_selector_with_parent(int, GtkWidget*)': -single-map-properties-dialog.cc:385:70: warning: 'GtkWidget* gtk_color_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 385 | GtkWidget *colour_chooser_dialog = gtk_color_chooser_dialog_new("Test", GTK_WINDOW(parent_window)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:84: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooserdialog.h:38:13: note: declared here - 38 | GtkWidget * gtk_color_chooser_dialog_new (const char *title, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -single-map-properties-dialog.cc:392:33: warning: 'void gtk_color_chooser_set_rgba(GtkColorChooser*, const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 392 | gtk_color_chooser_set_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(colour_chooser_dialog), map_colour_p); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:69:10: note: declared here - 69 | void gtk_color_chooser_set_rgba (GtkColorChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from validation.cc:28: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -11686,7 +11686,43 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from single-map-properties-dialog.hh:32, + from single-map-properties-dialog.cc:31: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +single-map-properties-dialog.cc: In function 'void on_colour_chooser_dialog_response(GtkDialog*, int)': +single-map-properties-dialog.cc:364:33: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 364 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(dialog), &color); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here + 66 | void 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-DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_python.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_python.o +In file included from main.cc:81: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from main.cc:23: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from setup-gui-components.cc:28: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -11833,9 +11886,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:74:21: note: declared here 74 | void gtk_entry_completion_set_model (GtkEntryCompletion *completion, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o ./.libs/libcootsumo.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp -/bin/bash ../src/post-process-coot-wrap-python.sh gtk2 coot_wrap_python_pre.cc coot_wrap_python.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.14\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot_wrap_python.lo coot_wrap_python.cc In file included from create-menu-item-actions.cc:31: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -11849,15 +11899,62 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.14\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.14\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_python.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_python.o +In file included from glade-callbacks-main-window.cc:57: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from glade-callbacks-main-window.cc:28: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from glade-callbacks.cc:53: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from glade-callbacks.cc:28: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_save_coordinates_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks-main-window.cc:402:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 402 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_coords_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': create-menu-item-actions.cc:65:50: warning: 'const char* gtk_file_chooser_get_choice(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 65 | const char *r = gtk_file_chooser_get_choice(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), "recentering"); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_dataset_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks-main-window.cc:431:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 431 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:182:22: note: declared here 182 | const char * gtk_file_chooser_get_choice (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_map_name_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks-main-window.cc:462:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 462 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc:75:50: warning: 'GListModel* gtk_file_chooser_get_files(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 75 | GListModel *lm = gtk_file_chooser_get_files(chooser); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ @@ -12020,6 +12117,36 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, int)': +glade-callbacks.cc:861:48: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 861 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_save_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:907:67: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 907 | GtkWidget *file_chooser_dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Save Coordinates", + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 908 | parent_window, + | ~~~~~~~~~~~~~~ + 909 | action, + | ~~~~~~~ + 910 | ("_Cancel"), + | ~~~~~~~~~~~~ + 911 | GTK_RESPONSE_CANCEL, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 912 | ("_Save"), + | ~~~~~~~~~~ + 913 | GTK_RESPONSE_YES, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 914 | NULL); + | ~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:131: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here + 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_save_state_dialog_response(GtkDialog*, int)': create-menu-item-actions.cc:605:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 605 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); @@ -12088,6 +12215,20 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void fill_comboboxtext_with_atom_of_residue_type(const char*, GtkWidget*)': +glade-callbacks-main-window.cc:865:39: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 865 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(comboboxtext)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here + 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc:871:41: warning: 'void gtk_combo_box_text_append(GtkComboBoxText*, const char*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 871 | gtk_combo_box_text_append(GTK_COMBO_BOX_TEXT(comboboxtext), atom.atom_id.c_str(), atom.atom_id.c_str()); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:65:15: note: declared here + 65 | void gtk_combo_box_text_append (GtkComboBoxText *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_run_script_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': create-menu-item-actions.cc:1134:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 1134 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); @@ -12124,96 +12265,85 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void screenshot_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': -create-menu-item-actions.cc:3370:38: warning: 'void gtk_file_chooser_set_current_name(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 3370 | gtk_file_chooser_set_current_name(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser), "coot-screendump.tga"); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:111:22: note: declared here - 111 | void gtk_file_chooser_set_current_name (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void show_validation_graphs_dialog(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': -create-menu-item-actions.cc:3559:28: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3559 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), imol); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void ramachandran_plot_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': -create-menu-item-actions.cc:3574:28: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 3574 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), imol_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from glade-callbacks-preferences.cc:52: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from glade-callbacks-preferences.cc:28: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from glade-callbacks.cc:53: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from glade-callbacks.cc:28: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from main.cc:81: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from main.cc:23: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, int)': -glade-callbacks.cc:861:48: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 861 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_save_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:907:67: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 907 | GtkWidget *file_chooser_dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Save Coordinates", - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 908 | parent_window, - | ~~~~~~~~~~~~~~ - 909 | action, - | ~~~~~~~ - 910 | ("_Cancel"), - | ~~~~~~~~~~~~ - 911 | GTK_RESPONSE_CANCEL, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 912 | ("_Save"), - | ~~~~~~~~~~ - 913 | GTK_RESPONSE_YES, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 914 | NULL); - | ~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:131: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here - 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_acedrg_link_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': +glade-callbacks-main-window.cc:1205:69: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1205 | char *bond_order = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(bond_order_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc:1208:78: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1208 | char *atom_name_first = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(atom_name_combobox_first)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc:1210:78: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1210 | char *atom_name_second = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(atom_name_combobox_second)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc:1236:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1236 | char *da_first = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(delete_atom_combobox_first)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc:1237:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1237 | char *da_second = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(delete_atom_combobox_second)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc:1238:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1238 | char *cbo_first = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(change_bond_order_combobox_first)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc:1239:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1239 | char *cbo_second = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(change_bond_order_combobox_second)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc:1248:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1248 | const char *change_bond_order_first_atom_1 = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbof1)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc:1249:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1249 | const char *change_bond_order_first_atom_2 = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbof2)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc:1250:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1250 | const char *change_bond_order_second_atom_1 = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbos1)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc:1251:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1251 | const char *change_bond_order_second_atom_2 = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbos2)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc:1252:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1252 | const char *cc_first_atom = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cc_combobox_first)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc:1253:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1253 | const char *cc_second_atom = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cc_combobox_second)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ glade-callbacks.cc: In function 'void on_phs_coordinates_filechooserdialog1_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': glade-callbacks.cc:5240:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 5240 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(phs_filechooser)); @@ -12236,6 +12366,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_make_smooth_map_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': +glade-callbacks-main-window.cc:1515:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1515 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox_factor)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ glade-callbacks.cc: In function 'void on_export_map_file_chooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': glade-callbacks.cc:6112:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 6112 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); @@ -12257,6 +12394,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc: In function 'void screenshot_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': +create-menu-item-actions.cc:3370:38: warning: 'void gtk_file_chooser_set_current_name(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 3370 | gtk_file_chooser_set_current_name(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser), "coot-screendump.tga"); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:111:22: note: declared here + 111 | void gtk_file_chooser_set_current_name (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ glade-callbacks.cc:6316:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 6316 | int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); // save it for set active item next time | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ @@ -12264,14 +12408,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_size_others_radiobutton_toggled(GtkToggleButton*, gpointer)': -glade-callbacks-preferences.cc:1062:43: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1062 | gint ival = gtk_combo_box_get_active(GTK_COMBO_BOX(w)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here - 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_rama_restraints_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': glade-callbacks.cc:6326:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 6326 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); @@ -12305,12 +12441,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_size_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -glade-callbacks-preferences.cc:1077:39: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1077 | gint ival = gtk_combo_box_get_active(combobox); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here - 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); +create-menu-item-actions.cc: In function 'void show_validation_graphs_dialog(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': +create-menu-item-actions.cc:3559:28: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3559 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), imol); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc: In function 'void ramachandran_plot_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': +create-menu-item-actions.cc:3574:28: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 3574 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), imol_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ glade-callbacks.cc: In function 'void on_simple_refmac_mtz_file_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': glade-callbacks.cc:6548:31: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] @@ -12326,14 +12469,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_colour_own_radiobutton_toggled(GtkCheckButton*, gpointer)': -glade-callbacks-preferences.cc:1116:36: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 1116 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(colorbutton), &col); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here - 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ glade-callbacks.cc:6582:42: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 6582 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox)); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -12349,27 +12484,13 @@ glade-callbacks.cc:6584:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 6584 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(file_combobox), 0); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_colorbutton_color_set(GtkColorButton*, gpointer)': -glade-callbacks-preferences.cc:1132:30: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 1132 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(colorbutton), &col); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here - 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_bond_width_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -glade-callbacks-preferences.cc:1193:33: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1193 | val = gtk_combo_box_get_active(combobox); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ glade-callbacks.cc: In function 'void on_cif_dictionary_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': glade-callbacks.cc:6653:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 6653 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here - 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -12420,7 +12541,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from glade-callbacks-main-window.cc:57: +In file included from glade-callbacks-preferences.cc:52: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1110 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12429,132 +12550,47 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from glade-callbacks-main-window.cc:28: + from glade-callbacks-preferences.cc:28: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_save_coordinates_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks-main-window.cc:402:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 402 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_dataset_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks-main-window.cc:431:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 431 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_map_name_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks-main-window.cc:462:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 462 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void fill_comboboxtext_with_atom_of_residue_type(const char*, GtkWidget*)': -glade-callbacks-main-window.cc:865:39: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 865 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(comboboxtext)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here - 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc:871:41: warning: 'void gtk_combo_box_text_append(GtkComboBoxText*, const char*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 871 | gtk_combo_box_text_append(GTK_COMBO_BOX_TEXT(comboboxtext), atom.atom_id.c_str(), atom.atom_id.c_str()); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:65:15: note: declared here - 65 | void gtk_combo_box_text_append (GtkComboBoxText *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_acedrg_link_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': -glade-callbacks-main-window.cc:1205:69: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1205 | char *bond_order = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(bond_order_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc:1208:78: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1208 | char *atom_name_first = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(atom_name_combobox_first)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc:1210:78: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1210 | char *atom_name_second = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(atom_name_combobox_second)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc:1236:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1236 | char *da_first = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(delete_atom_combobox_first)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc:1237:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1237 | char *da_second = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(delete_atom_combobox_second)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc:1238:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1238 | char *cbo_first = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(change_bond_order_combobox_first)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc:1239:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1239 | char *cbo_second = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(change_bond_order_combobox_second)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc:1248:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1248 | const char *change_bond_order_first_atom_1 = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbof1)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc:1249:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1249 | const char *change_bond_order_first_atom_2 = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbof2)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc:1250:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1250 | const char *change_bond_order_second_atom_1 = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbos1)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc:1251:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1251 | const char *change_bond_order_second_atom_2 = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbos2)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc:1252:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1252 | const char *cc_first_atom = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cc_combobox_first)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc:1253:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1253 | const char *cc_second_atom = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cc_combobox_second)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_make_smooth_map_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': -glade-callbacks-main-window.cc:1515:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1515 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox_factor)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_size_others_radiobutton_toggled(GtkToggleButton*, gpointer)': +glade-callbacks-preferences.cc:1062:43: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1062 | gint ival = gtk_combo_box_get_active(GTK_COMBO_BOX(w)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here + 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_size_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +glade-callbacks-preferences.cc:1077:39: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1077 | gint ival = gtk_combo_box_get_active(combobox); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here + 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_colour_own_radiobutton_toggled(GtkCheckButton*, gpointer)': +glade-callbacks-preferences.cc:1116:36: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 1116 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(colorbutton), &col); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here + 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_colorbutton_color_set(GtkColorButton*, gpointer)': +glade-callbacks-preferences.cc:1132:30: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 1132 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(colorbutton), &col); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here + 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_bond_width_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +glade-callbacks-preferences.cc:1193:33: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1193 | val = gtk_combo_box_get_active(combobox); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here + 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from new-startup.cc:37: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -12575,9 +12611,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o coot-1 main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../pli/libcoot-pli.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o coot-1 main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../pli/libcoot-pli.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-1 main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o ./.libs/libcootsumo.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../density-contour/.libs/libcoot-isosurface.so ../layla/.libs/libcoot-layla.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -fopenmp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot.o .libs/coot_wrap_python.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/src/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcootsumo.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot.so.0 -o .libs/_coot.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so.0" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so") @@ -12595,7 +12631,7 @@ debian/rules execute_after_dh_auto_build make[1]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg' dh_auto_build --buildsystem cmake - cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j20 "INSTALL=install --strip-program=true" VERBOSE=1 + cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j42 "INSTALL=install --strip-program=true" VERBOSE=1 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' /usr/bin/cmake -S/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -B/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu --check-build-system CMakeFiles/Makefile.cmake 0 /usr/bin/cmake -E cmake_progress_start /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu//CMakeFiles/progress.marks @@ -12611,107 +12647,95 @@ make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/cootapi.dir/DependInfo.cmake "--color=" make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' +make -f CMakeFiles/mmcif-tests.dir/build.make CMakeFiles/mmcif-tests.dir/build +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/nanobind-static.dir/build.make CMakeFiles/nanobind-static.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -make -f CMakeFiles/mmcif-tests.dir/build.make CMakeFiles/mmcif-tests.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/cootapi.dir/build.make CMakeFiles/cootapi.dir/build -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -[ 0%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -[ 0%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o [ 0%] Building CXX object CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o -[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp -[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o +[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests.cc.o +[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o -MF CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o.d -o CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/api/mmcif-tests-main.cc -[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests.cc.o -MF CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/api/mmcif-tests.cc -[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -MF 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-DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/lidia-core/svg-molecule.cc -[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' +[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o +[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp +[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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-o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/error.cpp +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/implicit.cpp +[ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o [ 4%] Building CXX object 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/lidia-core/cod-types.cc /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST 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/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/src/cfc.cc -[ 6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o +[ 9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXNewHood.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp -[ 6%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/error.cpp -[ 6%] Linking CXX executable mmcif-tests -/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/mmcif-tests.dir/link.txt --verbose=1 -/usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro -Wl,--dependency-file=CMakeFiles/mmcif-tests.dir/link.d "CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o" "CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests.cc.o" -o mmcif-tests /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmmdb2.so -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -[ 6%] Built target mmcif-tests -[ 6%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp -[ 7%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/implicit.cpp -[ 7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o +[ 9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp -[ 8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp.o +[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurface.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp -[ 8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp.o +[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp -[ 8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp -[ 8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp -[ 9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXException.cpp.o +[ 11%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp.o +[ 11%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp [ 14%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp +[ 14%] Linking CXX executable mmcif-tests +/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/mmcif-tests.dir/link.txt --verbose=1 [ 15%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorRule.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorRule.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorRule.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorRule.cpp +/usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro -Wl,--dependency-file=CMakeFiles/mmcif-tests.dir/link.d "CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o" "CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests.cc.o" -o mmcif-tests /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmmdb2.so +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' +[ 15%] Built target mmcif-tests [ 15%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorScheme.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorScheme.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorScheme.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorScheme.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorScheme.cpp [ 15%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CompoundSelection.cpp.o @@ -12747,10 +12776,10 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CXXMatrix.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CXXMatrix.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CXXMatrix.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CXXMatrix.cpp [ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylinderPoint.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylinderPoint.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylinderPoint.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylinderPoint.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylinderPoint.cpp -[ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp [ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o +[ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp [ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp [ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DishyBase.cpp.o @@ -12783,13 +12812,13 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp [ 20%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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-DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/SurfacePrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/SurfacePrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/SurfacePrimitive.cpp -[ 22%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Vector2.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION 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40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils 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48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc [ 86%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o -[ 86%] Building CXX object 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc +[ 86%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/angles/AngleInfo.cc [ 87%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dipole.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dipole.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dipole.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dipole.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ligand/dipole.cc @@ -13384,15 +13420,15 @@ make -f CMakeFiles/coot_headless_api.dir/build.make CMakeFiles/coot_headless_api.dir/depend make -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/depend make -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/depend -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/depend +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/coot_headless_api.dir/DependInfo.cmake "--color=" make -f CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/build.make CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/depend make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/findligand.dir/DependInfo.cmake "--color=" +make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/depend make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/findwaters.dir/DependInfo.cmake "--color=" -make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/depend make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/DependInfo.cmake "--color=" make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' @@ -13403,38 +13439,38 @@ make -f CMakeFiles/coot_headless_api.dir/build.make CMakeFiles/coot_headless_api.dir/build make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/build -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/build make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -make -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build -[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o make -f CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/build.make CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcoot_headless_api_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/rdkit -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -MD -MT CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -MF CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o.d -o CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' -[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' +make -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' +[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o +[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o +[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o +[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o [ 97%] Building CXX object CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind-functions.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o -MF CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o.d -o CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ligand/res-tracer.cc /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -MF CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o.d -o CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ligand/find-waters.cc /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcoot_headless_api_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/rdkit -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -MD -MT CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind-functions.cc.o -MF CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind-functions.cc.o.d -o CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind-functions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/api/molecules-container-nanobind-functions.cc -[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -MF CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ligand/find-ligand.cc -[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o [ 98%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/api/test-molecules-container.cc -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -MF CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o.d -o CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ideal/mini-rsr.cc -[ 98%] Building CXX object CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o -MF CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o.d -o CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ligand/res-tracer.cc [ 98%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcoot_headless_api_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/rdkit -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -MD -MT CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -MF 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-DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -c 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/api/filo-tests.cc +[ 98%] Building CXX object CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/api/lucrezia-tests.cc +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.14\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -MF CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o.d -o CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ideal/mini-rsr.cc [ 98%] Linking CXX executable findwaters /usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/findwaters.dir/link.txt --verbose=1 /usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro -Wl,--dependency-file=CMakeFiles/findwaters.dir/link.d "CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o" -o findwaters -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu libcootapi.so.1.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmmdb2.so @@ -13573,7 +13609,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/compat' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/compat' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-compat.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-compat.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0 || { rm -f libcoot-compat.so.0 && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so || { rm -f libcoot-compat.so && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so; }; }) @@ -13587,7 +13623,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/utils' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0 || { rm -f libcoot-utils.so.0 && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so || { rm -f libcoot-utils.so && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so; }; }) @@ -13601,7 +13637,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/protein_db' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/protein_db' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-protein-db.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-protein-db.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0 || { rm -f libcoot-protein-db.so.0 && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so || { rm -f libcoot-protein-db.so && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so; }; }) @@ -13617,9 +13653,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/mini-mol' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/mini-mol' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-mini-mol.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/mini-mol; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/mini-mol; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mini-mol.o .libs/mini-mol-utils.o .libs/atom-quads.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-mini-mol.so.0 -o .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libcoot-mini-mol.so.0 || { rm -f libcoot-mini-mol.so.0 && ln -s libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libcoot-mini-mol.so.0; }; }) @@ -13634,9 +13670,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/geometry' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/geometry' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-geometry.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/geometry; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo 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dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/cif-parse.o .libs/protein-geometry.o .libs/protein-geometry-mmdb.o .libs/read-sbase.o .libs/energy-lib.o .libs/mol-utils.o .libs/dictionary-residue.o .libs/link.o .libs/glyco-tools.o .libs/dict-utils.o .libs/chem_mods.o .libs/srs-interface.o .libs/protein-donor-acceptors.o .libs/lbg-graph.o .libs/dreiding.o .libs/main-chain.o .libs/residue-and-atom-specs.o .libs/intercept-3GP.o .libs/mol-utils-2.o .libs/hydrophobic.o .libs/cif-parse-link.o .libs/cif-parse-mon-lib.o .libs/read-metals-json.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lcoot-compat -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 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libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-lidia-core.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/lidia-core; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo 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.libs/cod-atom-type-t.o .libs/cod-atom-types.o .libs/bond-table-record-t.o .libs/chemical-feature-clusters.o .libs/get-residue.o .libs/svg-molecule.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-utils -lcoot-mini-mol -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs 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libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libcoot-lidia-core.so.0 || { rm -f libcoot-lidia-core.so.0 && ln -s libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libcoot-lidia-core.so.0; }; }) @@ -13668,30 +13704,30 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coord-utils.la libcoot-coord-extras.la libcoot-map-utils.la libcoot-map-heavy.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coord-utils.la libcoot-coord-extras.la libcoot-map-utils.la libcoot-map-heavy.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-coord-utils.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-utils.lo coot-coord-utils-nucleotides.lo coot-rama.lo coot-h-bonds.lo hole.lo read-sm-cif.lo bonded-pairs.lo helix-analysis.lo elastic.lo glyco-torsions.lo coot-least-squares.lo atom-overlaps.lo reduce.lo atom-selection-container.lo contact-info.lo coot-shelx-ins.lo secondary-structure-headers.lo plane-utils.lo c-beta-deviations.lo lidia-core-functions.lo atom-tools.lo bonded-atoms.lo bricks.lo helix-like.lo merge-atom-selections.lo contacts-by-bricks.lo stack-and-pair.lo fast-eigens.lo strand-fragments.lo sfcalc-genmap.lo 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-Wl,libcoot-coord-utils.so.0 -o .libs/libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-utils.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so.0 || { rm -f libcoot-coord-utils.so.0 && ln -s libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so || { rm -f libcoot-coord-utils.so && ln -s libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-utils.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coord-utils.la libtool: warning: relinking 'libcoot-coord-extras.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-coord-extras.o .libs/coot-coord-lsq.o .libs/coot-tree-extras.o .libs/water-coordination.o .libs/lsq-improve.o .libs/coot-coord-utils-glyco.o .libs/jed-flip.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-coord-extras.so.0 -o .libs/libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-extras.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so.0 || { rm -f libcoot-coord-extras.so.0 && ln -s libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so || { rm -f libcoot-coord-extras.so && ln -s libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-extras.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coord-extras.la libtool: warning: relinking 'libcoot-map-utils.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo merge-C-and-N-terminii.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../protein_db/libcoot-protein-db.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo merge-C-and-N-terminii.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../protein_db/libcoot-protein-db.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-utils.o .libs/peak-search.o .libs/peak-search-from-list.o .libs/trim.o .libs/xmap-stats.o .libs/maps-spherical.o .libs/pepflip-using-difference-map.o .libs/exp-fit.o .libs/blob-line.o .libs/slurp-map.o .libs/find-water-baddies.o .libs/diff-diff-map-peaks.o .libs/mini-texture.o .libs/positron.o .libs/texture-as-floats.o .libs/merge-C-and-N-terminii.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-protein-db -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -lz -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-utils.so.0 -o .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so.0 || { rm -f libcoot-map-utils.so.0 && ln -s libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so || { rm -f libcoot-map-utils.so && ln -s libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-utils.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-utils.la libtool: warning: relinking 'libcoot-map-heavy.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0 || { rm -f libcoot-map-heavy.so.0 && ln -s libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0; }; }) @@ -13699,7 +13735,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: './libcoot-map-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: './libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' @@ -13716,7 +13752,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/angles' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/angles' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0 || { rm -f libcoot-AngleInfo.so.0 && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so || { rm -f libcoot-AngleInfo.so && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so; }; }) @@ -13730,7 +13766,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ccp4mg-utils' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libccp4mg-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libccp4mg-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0 || { rm -f libccp4mg-utils.so.0 && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so || { rm -f libccp4mg-utils.so && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so; }; }) @@ -13744,9 +13780,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/db-main' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/db-main' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-db-main.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/db-main; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/db-main; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/db-main.o .libs/db-strands.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-db-main.so.0 -o .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-db-main.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0 || { rm -f libcoot-db-main.so.0 && ln -s libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0; }; }) @@ -13761,9 +13797,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/analysis' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/analysis' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-analysis.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/analysis; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo chi-squared.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/analysis; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo chi-squared.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/bfkurt.o .libs/mogul.o .libs/kolmogorov.o .libs/stats.o .libs/cablam.o .libs/typed-distances.o .libs/b-factor-histogram.o .libs/daca.o .libs/rna-backbone.o .libs/chi-squared.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-analysis.so.0 -o .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-analysis.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0 || { rm -f libcoot-analysis.so.0 && ln -s libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0; }; }) @@ -13771,7 +13807,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-analysis.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: 'libcoot-analysis.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../lidia-core/libcoot-lidia-core.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' @@ -13787,7 +13823,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/cootaneer' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/cootaneer' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootaneer.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcootaneer.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0 || { rm -f libcootaneer.so.0 && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so || { rm -f libcootaneer.so && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so; }; }) @@ -13801,9 +13837,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ideal' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ideal' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-ideal.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ideal; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ideal; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/simple-restraint.o .libs/make-restraints.o .libs/ng.o .libs/chi-squareds.o .libs/mods.o .libs/distortion.o .libs/chirals.o .libs/flanking.o .libs/gradients.o .libs/extra-restraints.o .libs/pepflip.o .libs/regularize-minimol.o .libs/lograma.o .libs/process-dfs-in-range.o .libs/extra-restraints-kk.o .libs/simple-restraint-kk.o .libs/torsion-bonds.o .libs/coot-compare-residues.o .libs/link-restraints.o .libs/parallel-planes.o .libs/pull-restraint.o .libs/trans-peptide.o .libs/model-bond-deltas.o .libs/write-png.o .libs/zo-rama.o .libs/crankshaft.o .libs/phi-psi.o .libs/neutron.o -lpthread -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-map-heavy -lcoot-map-utils -lcoot-geometry -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpng16 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-ideal.so.0 -o .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-ideal.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0 || { rm -f libcoot-ideal.so.0 && ln -s libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0; }; }) @@ -13813,7 +13849,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot-mini-rsr coot-ligand-validation '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: './libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' @@ -13844,16 +13880,16 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ligand' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ligand' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-ligand.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la 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-lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/ligand.o .libs/ligand-extras.o .libs/residue_by_phi_psi.o .libs/wiggly-ligand.o .libs/monomer-utils.o .libs/dunbrack.o .libs/chi-angles-autogen.o .libs/chi-angles.o .libs/helix-placement.o .libs/fast-ss-search.o .libs/rigid-body.o .libs/ideal-rna.o .libs/richardson-rotamers.o .libs/richardson-rotamer.o .libs/rotamer.o .libs/torsion-general.o .libs/rotamer-tables.o .libs/primitive-chi-angles.o .libs/dipole.o .libs/base-pairing.o .libs/backrub-rotamer.o .libs/trace.o .libs/trace-2.o .libs/multi-peptide.o .libs/ligands-db.o .libs/joining-residues.o .libs/ligand-score-card.o .libs/side-chain-densities.o .libs/tube-finder.o .libs/smith-waterman.o .libs/side-chain.o .libs/refine-isolated-chain.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-ideal -lcoot-map-heavy -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-analysis -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-ligand.so.0 -o .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-ligand.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0 || { rm -f libcoot-ligand.so.0 && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so || { rm -f libcoot-ligand.so && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-ligand.la libtool: warning: relinking 'libcoot-res-tracer.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/libres-tracer.o .libs/rama-rsr-extend-fragments.o .libs/new-residue-by-3-phi-psi.o .libs/dSFMT.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-ideal -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-res-tracer.so.0 -o .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0 || { rm -f libcoot-res-tracer.so.0 && ln -s libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0; }; }) @@ -13863,7 +13899,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot-findwaters coot-findligand coot-identify-protein '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-findligand-bin coot-findwaters-bin coot-make-ligands-db coot-identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-findligand-bin coot-findwaters-bin coot-make-ligands-db coot-identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: './libcoot-ligand.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../ideal/libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' @@ -13933,9 +13969,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-coords.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/coords; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/Bond_lines.o .libs/Cartesian.o .libs/cos-sin.o .libs/phenix-geo-bonds.o .libs/mmdb-extras.o .libs/utils.o .libs/mmdb.o .libs/mmdb-crystal.o .libs/Bond_lines_ext.o .libs/coot-close.o .libs/phenix-geo.o .libs/rotamer-markup.o .libs/loop-path.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/ramachandran-validation.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-coord-utils -lcoot-coord-extras -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcootaneer -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-coords.so.0 -o .libs/libcoot-coords.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coords.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coords.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0 || { rm -f libcoot-coords.so.0 && ln -s libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0; }; }) @@ -13950,9 +13986,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/density-contour' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/density-contour' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-isosurface.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/density-contour; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/density-contour; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/Vectors.o .libs/CIsoSurface.o .libs/density-contour-triangles.o .libs/occlusion.o .libs/gaussian-surface.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-isosurface.so.0 -o .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0 || { rm -f libcoot-isosurface.so.0 && ln -s libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0; }; }) @@ -13967,9 +14003,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/skeleton' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/skeleton' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-skeleton.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/skeleton; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/skeleton; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/dm-utils.o .libs/graphical_skel.o .libs/BuildCas.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lcoot-ideal -lcoot-geometry -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-skeleton.so.0 -o .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-skeleton.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0 || { rm -f libcoot-skeleton.so.0 && ln -s libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0; }; }) @@ -13984,9 +14020,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/high-res' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/high-res' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-high-res.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/high-res; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/high-res; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/high-res.o .libs/coot-atom-graph.o .libs/residue-distortions.o .libs/sequence-assignment.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-coords -lcoot-ligand -lcoot-map-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-high-res.so.0 -o .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0 || { rm -f libcoot-high-res.so.0 && ln -s libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0; }; }) @@ -14001,9 +14037,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/build' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/build' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-cabuild.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/build; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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-lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/CalphaBuild.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-cabuild.so.0 -o .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-cabuild.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-cabuild.so.0.0.0 libcoot-cabuild.so.0 || { rm -f libcoot-cabuild.so.0 && ln -s libcoot-cabuild.so.0.0.0 libcoot-cabuild.so.0; }; }) @@ -14020,7 +14056,7 @@ make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' make[5]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so; }; }) @@ -14034,9 +14070,9 @@ make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses' make[5]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.lo 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/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo 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-nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-tubes.o -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lMoleculesToTrianglesCXXSurface -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0; }; }) @@ -14061,9 +14097,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pli' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pli' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-pli.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-pli.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-pli.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pli; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-pli.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu protein-ligand-interactions.lo flev-annotations.lo pi-stacking.lo sdf-interface.lo residue-circles.lo optimise-residue-circles.lo flev.lo flev-attached-hydrogens.lo dots-representation-info.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pli; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-pli.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu protein-ligand-interactions.lo flev-annotations.lo pi-stacking.lo sdf-interface.lo residue-circles.lo optimise-residue-circles.lo flev.lo flev-attached-hydrogens.lo dots-representation-info.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/protein-ligand-interactions.o .libs/flev-annotations.o .libs/pi-stacking.o .libs/sdf-interface.o .libs/residue-circles.o .libs/optimise-residue-circles.o .libs/flev.o .libs/flev-attached-hydrogens.o .libs/dots-representation-info.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-coord-extras -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-pli.so.0 -o .libs/libcoot-pli.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-pli.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-pli.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-pli.so.0.0.0 libcoot-pli.so.0 || { rm -f libcoot-pli.so.0 && ln -s libcoot-pli.so.0.0.0 libcoot-pli.so.0; }; }) @@ -14092,7 +14128,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/cootilus' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/cootilus' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootilus.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootilus.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootilus.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcootilus.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so.0 || { rm -f libcootilus.so.0 && ln -s libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so || { rm -f libcootilus.so && ln -s libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so; }; }) @@ -14108,9 +14144,9 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c pyrogen '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0 || { rm -f libcoot_py_restraints.so.0 && ln -s libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0; }; }) @@ -14118,16 +14154,16 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot_py_restraints.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0 || { rm -f _pyrogen_swig.so.0 && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so || { rm -f _pyrogen_swig.so && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-coords -lcoot-lidia-core -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f pyrogen_boost.so.0.0.0 pyrogen_boost.so.0 || { rm -f pyrogen_boost.so.0 && ln -s pyrogen_boost.so.0.0.0 pyrogen_boost.so.0; }; }) @@ -14286,9 +14322,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/api' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/api' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-api.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/api; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lssm -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo mmcif-tests.lo ncs-ghosts.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo coot-molecule-modelling.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo ghost-molecule-display.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/api; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lssm -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo mmcif-tests.lo ncs-ghosts.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo coot-molecule-modelling.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo ghost-molecule-display.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-molecule.o .libs/coot-colour.o .libs/add-terminal-residue.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/colour-functions.o .libs/coot-molecule-maps.o .libs/coot-molecule-merge-molecules.o .libs/coot-molecule-bonds.o .libs/coot-molecule-validation.o .libs/molecules-container-modelling.o .libs/molecules-container.o .libs/make-a-dodec.o .libs/molecules-container-ligand-fitting.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/coot-molecule-moltris.o .libs/coot-molecule-replace-fragment.o .libs/coot-molecule-backup.o .libs/coot-molecule-bonds-instanced.o .libs/molecules-container-mmrrcc.o .libs/molecules-container-gltf.o .libs/mmcif-tests.o .libs/ncs-ghosts.o .libs/coot-molecule-refine.o .libs/molecules-container-superpose.o .libs/rigid-body-fit.o .libs/moorhen-h-bonds.o .libs/molecules-container-bucca-ml-growing.o .libs/instancing.o .libs/molecules-container-maps.o .libs/coot-molecule-change-chain-id.o .libs/coot-molecule-modelling.o .libs/blender-mesh.o .libs/coot-molecule-blender.o .libs/molecules-container-blender.o .libs/ghost-molecule-display.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lMoleculesToTrianglesCXXClasses -lMoleculesToTrianglesCXXSurface -lcoot-ligand -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-analysis -lcoot-isosurface -lcoot-map-heavy -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coords -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lssm -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-api.so.0 -o .libs/libcoot-api.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-api.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0 || { rm -f libcoot-api.so.0 && ln -s libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0; }; }) @@ -14296,9 +14332,9 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-api.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot_headless_api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot_headless_api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_coot_headless_api.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/api; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/api; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-api -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot_headless_api.so.0 -o .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _coot_headless_api.so.0.0.0 _coot_headless_api.so.0 || { rm -f _coot_headless_api.so.0 && ln -s _coot_headless_api.so.0.0.0 _coot_headless_api.so.0; }; }) @@ -14325,9 +14361,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/layla' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/layla' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-layla.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/layla; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo qed.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/layla; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo qed.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/layla_embedded.o .libs/generators.o .libs/notifier.o .libs/signals.o .libs/state.o .libs/ui.o .libs/utils.o .libs/qed.o ligand_editor_canvas/.libs/core.o .libs/ligand_editor_canvas.o ligand_editor_canvas/.libs/model.o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o ligand_editor_canvas/.libs/render.o .libs/python_utils.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer 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-Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-layla.so.0 -o .libs/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0 || { rm -f libcoot-layla.so.0 && ln -s libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0; }; }) @@ -14335,7 +14371,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-layla.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c layla '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c layla '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: 'libcoot-layla.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../utils/libcoot-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/layla /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin/layla @@ -14349,9 +14385,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/validation-graphs' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/validation-graphs' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-validation-graphs.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-validation-graphs.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-validation-graphs.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/validation-graphs; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/validation-graphs; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/residue-validation-information.o .libs/validation-graph-widget.o .libs/validation-graphs.o .libs/validation-information.o .libs/sequence-view-widget.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-ideal -lcoot-map-heavy -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-analysis -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol 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&& ln -s libcootsumo.so.0.0.0 libcootsumo.so.0; }; }) @@ -14380,7 +14416,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot coot-density-score-by-residue '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-1 coot-density-score-by-residue-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-1 coot-density-score-by-residue-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: 'libcootsumo.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../pli/libcoot-pli.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: warning: '../density-contour/libcoot-isosurface.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' @@ -14411,9 +14447,9 @@ libtool: warning: '../compat/libcoot-compat.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/coot-density-score-by-residue-bin /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/libexec/coot-density-score-by-residue-bin /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_coot.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/src; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs 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/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _coot.so.0.0.0 _coot.so.0 || { rm -f _coot.so.0 && ln -s _coot.so.0.0.0 _coot.so.0; }; }) @@ -14465,7 +14501,7 @@ make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg' make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg' dh_auto_install --buildsystem cmake - cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.14\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" + cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.14\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' /usr/bin/cmake -S/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg -B/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu --check-build-system CMakeFiles/Makefile.cmake 0 make -f CMakeFiles/Makefile2 preinstall @@ -14480,77 +14516,77 @@ -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/standard-residues.pdb -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/syminfo.lib -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.am +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-2.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-2.tab -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-NAG-ASN.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-6.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-XYP-BMA.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/FUC-decorations.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-3.pdb -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/GLC-decorations.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-2.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/ASN-NAG-via-NAG-ASN.pdb --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.in --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-2.pdb --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-4.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/FUL-decorations.tab -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/XYP-decorations.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-3.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/BMA-decorations.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-NAG-core-NAG-SER.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-4.tab -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-3.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/NAG-decorations.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/FUC-decorations.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-3.pdb +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-6.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.am +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-2.pdb +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-2.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-XYP-BMA.tab -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-6.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-3.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/GAL-decorations.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA2-3.tab -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-6.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/theor-helix-70.pdb --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/MAN-decorations.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/GAL-decorations.tab -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/SIA-pyranose-via-ALPHA2-3.pdb --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-2.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/BMA-decorations.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-2.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA2-3.tab --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-BETA1-4.pdb --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-NAG-core-NAG-SER.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/NAG-decorations.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/MAN-decorations.tab -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-6.pdb +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/FUL-decorations.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-3.tab +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.in +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/theor-helix-70.pdb +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-BETA1-4.pdb +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/ASN-NAG-via-NAG-ASN.pdb +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-3.tab -- Up-to-date: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-trp.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-glu.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-leu.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-gly-sym.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-gln.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-lys.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-general.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile.am --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile.in --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-pro.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-asp.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-ser.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-trp.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-gly-sym.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-glu.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-val.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-prepro.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-lys.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-met.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-pro.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-asn.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-cys.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-phetyr.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-ile.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-general.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-leu.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-ser.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-pro.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-his.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-asn.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-phetyr.data --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-asp.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-arg.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile.in +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-met.data -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-thr.data +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-pro.data -- Up-to-date: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile.am -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-N-distance.table --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-O-distance.table --- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile.in +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile.am -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-S-distance.table +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-O-distance.table +-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile.in -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so -- Set non-toolchain portion of runtime path of "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so" to "" -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so -- Set non-toolchain portion of runtime path of "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so" to "" make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu' dh_auto_install --sourcedirectory data - cd data && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.14\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" + cd data && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.14\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/data' Making install in rama-coeffs make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/data/rama-coeffs' @@ -14598,7 +14634,7 @@ make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/data' make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/data' dh_auto_install --sourcedirectory rama-data - cd rama-data && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.14\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" + cd rama-data && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.14\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/rama-data' make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/rama-data' make[3]: Nothing to be done for 'install-exec-am'. @@ -14608,7 +14644,7 @@ make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/rama-data' make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/rama-data' dh_auto_install --sourcedirectory python - cd python && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.14\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" + cd python && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.14\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/python' make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/python' make[3]: Nothing to be done for 'install-exec-am'. @@ -14626,26 +14662,26 @@ make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/python' make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/python' dh_auto_install --sourcedirectory pyrogen - cd pyrogen && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.14\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" + cd pyrogen && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.14\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true" make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen' make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install install --strip-program=true libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot' + /bin/sh ../libtool --mode=install install --strip-program=true libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu' install --strip-program=true pyrogen '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/bin' install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified install --strip-program=true -m 644 pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot' install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la' +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) Byte-compiling python modules... -pyrogen.py libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) -atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py +pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py Byte-compiling python modules (optimized versions) ... pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py +libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 Byte-compiling python modules (more optimized versions) ... -pyrogen.py libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 -atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py +pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py libtool: install: install --strip-program=true .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0 || { rm -f libcoot_py_restraints.so.0 && ln -s libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0; }; }) @@ -14654,9 +14690,9 @@ install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install install --strip-program=true _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install install --strip-program=true _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified @@ -14665,7 +14701,7 @@ libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-coords -lcoot-lidia-core -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: install: install --strip-program=true .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.so.0.0.0 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified @@ -14755,34 +14791,34 @@ diversion by libc6 from: /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 dpkg-shlibdeps: warning: diversions involved - output may be incorrect diversion by libc6 to: /lib64/ld-linux-x86-64.so.2.usr-is-merged -dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_multimin_fdfminimizer_conjugate_pr used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util22split_string_no_blanksERKNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEEES8_ used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_vector_get used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_vector_set used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13int_to_stringB5cxx11Ei used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_multimin_fdfminimizer_set used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_vector_alloc used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_multimin_test_gradient used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_multimin_fdfminimizer_free used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_multimin_fdfminimizer_alloc used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: 4 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) dpkg-shlibdeps: warning: diversions involved - output may be incorrect diversion by libc6 from: /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 dpkg-shlibdeps: warning: diversions involved - output may be incorrect diversion by libc6 to: /lib64/ld-linux-x86-64.so.2.usr-is-merged -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyCapsule_GetPointer: it's probably a plugin -dpkg-shlibdeps: warning: 93 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) -dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyUnicode_Type: it's probably a plugin -dpkg-shlibdeps: warning: 8 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) +dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_multimin_fdfminimizer_free used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_multimin_fdfminimizer_iterate used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_multimin_fdfminimizer_set used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util8downcaseERKNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEEE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_vector_free used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_multimin_fdfminimizer_conjugate_pr used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_multimin_fdfminimizer_alloc used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_vector_get used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_vector_alloc used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_vector_set used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: 4 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_get_reference_count used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_destroy used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13calc_atom_mapEPN4mmdb7ManagerEiRKN7clipper4CellERKNS4_10SpacegroupERKNS4_13Grid_samplingE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyArg_UnpackTuple: it's probably a plugin +dpkg-shlibdeps: warning: 93 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util7extentsEPN4mmdb7ManagerEi used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16sharpen_blur_mapEPN7clipper4XmapIfEEf used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16density_at_pointERKN7clipper4XmapIfEERKNS1_10Coord_orthE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13calc_atom_mapEPN4mmdb7ManagerEiRKN7clipper4CellERKNS4_10SpacegroupERKNS4_13Grid_samplingE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyBool_Type: it's probably a plugin +dpkg-shlibdeps: warning: 8 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 was not linked against libblas.so.3 (it uses none of the library's symbols) make[1]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.14+dfsg' dh_installdeb @@ -14790,13 +14826,13 @@ dpkg-gencontrol: warning: Depends field of package libcootapi-dev: substitution variable ${shlibs:Depends} used, but is not defined dh_md5sums dh_builddeb -dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1' in '../libcootapi1.1_1.1.14+dfsg-1_amd64.deb'. +dpkg-deb: building package 'coot-dbgsym' in '../coot-dbgsym_1.1.14+dfsg-1_amd64.deb'. +dpkg-deb: building package 'coot' in '../coot_1.1.14+dfsg-1_amd64.deb'. +dpkg-deb: building package 'coot-data' in '../coot-data_1.1.14+dfsg-1_all.deb'. dpkg-deb: building package 'coot-doc' in '../coot-doc_1.1.14+dfsg-1_all.deb'. dpkg-deb: building package 'libcootapi-dev' in '../libcootapi-dev_1.1.14+dfsg-1_amd64.deb'. +dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1' in '../libcootapi1.1_1.1.14+dfsg-1_amd64.deb'. dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1-dbgsym' in '../libcootapi1.1-dbgsym_1.1.14+dfsg-1_amd64.deb'. -dpkg-deb: building package 'coot-data' in '../coot-data_1.1.14+dfsg-1_all.deb'. -dpkg-deb: building package 'coot' in '../coot_1.1.14+dfsg-1_amd64.deb'. -dpkg-deb: building package 'coot-dbgsym' in '../coot-dbgsym_1.1.14+dfsg-1_amd64.deb'. dpkg-genbuildinfo --build=binary -O../coot_1.1.14+dfsg-1_amd64.buildinfo dpkg-genchanges --build=binary -O../coot_1.1.14+dfsg-1_amd64.changes dpkg-genchanges: info: binary-only upload (no source code included) @@ -14804,12 +14840,14 @@ dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included) dpkg-genchanges: info: including full source code in upload I: copying local configuration +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2894858/tmp/hooks/B01_cleanup starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2894858/tmp/hooks/B01_cleanup finished I: unmounting dev/ptmx filesystem I: unmounting dev/pts filesystem I: unmounting dev/shm filesystem I: unmounting proc filesystem I: unmounting sys filesystem I: cleaning the build env -I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/3879863 and its subdirectories -I: Current time: Fri Mar 21 01:52:11 -12 2025 -I: pbuilder-time-stamp: 1742565131 +I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/2894858 and its subdirectories +I: Current time: Fri Apr 24 10:32:55 +14 2026 +I: 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