Diff of the two buildlogs: -- --- b1/build.log 2025-03-15 03:00:02.700098703 +0000 +++ b2/build.log 2025-03-15 03:49:53.253737536 +0000 @@ -1,6 +1,6 @@ I: pbuilder: network access will be disabled during build -I: Current time: Fri Mar 14 14:36:38 -12 2025 -I: pbuilder-time-stamp: 1742006198 +I: Current time: Fri Apr 17 23:23:14 +14 2026 +I: pbuilder-time-stamp: 1776417794 I: Building the build Environment I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/trixie-reproducible-base.tgz] I: copying local configuration @@ -28,52 +28,84 @@ dpkg-source: info: applying SyntaxWarning.patch I: Not using root during the build. I: Installing the build-deps -I: user script /srv/workspace/pbuilder/3737815/tmp/hooks/D02_print_environment starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/1762117/tmp/hooks/D01_modify_environment starting +debug: Running on codethink03-arm64. +I: Changing host+domainname to test build reproducibility +I: Adding a custom variable just for the fun of it... +I: Changing /bin/sh to bash +'/bin/sh' -> '/bin/bash' +lrwxrwxrwx 1 root root 9 Apr 17 09:23 /bin/sh -> /bin/bash +I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash +I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other +I: user script /srv/workspace/pbuilder/1762117/tmp/hooks/D01_modify_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/1762117/tmp/hooks/D02_print_environment starting I: set - BUILDDIR='/build/reproducible-path' - BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other' - BUILDUSERNAME='pbuilder1' - BUILD_ARCH='arm64' - DEBIAN_FRONTEND='noninteractive' + BASH=/bin/sh + BASHOPTS=checkwinsize:cmdhist:complete_fullquote:extquote:force_fignore:globasciiranges:globskipdots:hostcomplete:interactive_comments:patsub_replacement:progcomp:promptvars:sourcepath + BASH_ALIASES=() + BASH_ARGC=() + BASH_ARGV=() + BASH_CMDS=() + BASH_LINENO=([0]="12" [1]="0") + BASH_LOADABLES_PATH=/usr/local/lib/bash:/usr/lib/bash:/opt/local/lib/bash:/usr/pkg/lib/bash:/opt/pkg/lib/bash:. + BASH_SOURCE=([0]="/tmp/hooks/D02_print_environment" [1]="/tmp/hooks/D02_print_environment") + BASH_VERSINFO=([0]="5" [1]="2" [2]="37" [3]="1" [4]="release" [5]="aarch64-unknown-linux-gnu") + BASH_VERSION='5.2.37(1)-release' + BUILDDIR=/build/reproducible-path + BUILDUSERGECOS='second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other' + BUILDUSERNAME=pbuilder2 + BUILD_ARCH=arm64 + DEBIAN_FRONTEND=noninteractive DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all parallel=12 ' - DISTRIBUTION='trixie' - HOME='/root' - HOST_ARCH='arm64' + DIRSTACK=() + DISTRIBUTION=trixie + EUID=0 + FUNCNAME=([0]="Echo" [1]="main") + GROUPS=() + HOME=/root + HOSTNAME=i-capture-the-hostname + HOSTTYPE=aarch64 + HOST_ARCH=arm64 IFS=' ' - INVOCATION_ID='8f6aa288d48447ecb01d2d9f7a3bef98' - LANG='C' - LANGUAGE='en_US:en' - LC_ALL='C' - MAIL='/var/mail/root' - OPTIND='1' - PATH='/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games' - PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION='build' - PBUILDER_OPERATION='build' - PBUILDER_PKGDATADIR='/usr/share/pbuilder' - PBUILDER_PKGLIBDIR='/usr/lib/pbuilder' - PBUILDER_SYSCONFDIR='/etc' - PPID='3737815' - PS1='# ' - PS2='> ' + INVOCATION_ID=ffb979304c724ef48c86621a70bb0ea7 + LANG=C + LANGUAGE=nl_BE:nl + LC_ALL=C + MACHTYPE=aarch64-unknown-linux-gnu + MAIL=/var/mail/root + OPTERR=1 + OPTIND=1 + OSTYPE=linux-gnu + PATH=/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path + PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION=build + PBUILDER_OPERATION=build + PBUILDER_PKGDATADIR=/usr/share/pbuilder + PBUILDER_PKGLIBDIR=/usr/lib/pbuilder + PBUILDER_SYSCONFDIR=/etc + PIPESTATUS=([0]="0") + POSIXLY_CORRECT=y + PPID=1762117 PS4='+ ' - PWD='/' - SHELL='/bin/bash' - SHLVL='2' - SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 18.1h 18h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.K74Emut5/pbuilderrc_G7zY --distribution trixie --hookdir /etc/pbuilder/first-build-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/trixie-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.K74Emut5/b1 --logfile b1/build.log coot_1.1.09+dfsg-4.dsc' - SUDO_GID='109' - SUDO_UID='104' - SUDO_USER='jenkins' - TERM='unknown' - TZ='/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12' - USER='root' - _='/usr/bin/systemd-run' - http_proxy='http://192.168.101.4:3128' + PWD=/ + SHELL=/bin/bash + SHELLOPTS=braceexpand:errexit:hashall:interactive-comments:posix + SHLVL=3 + SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 24.1h 24h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice -n 11 /usr/bin/unshare --uts -- /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.K74Emut5/pbuilderrc_n9Oa --distribution trixie --hookdir /etc/pbuilder/rebuild-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/trixie-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.K74Emut5/b2 --logfile b2/build.log coot_1.1.09+dfsg-4.dsc' + SUDO_GID=109 + SUDO_UID=104 + SUDO_USER=jenkins + TERM=unknown + TZ=/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14 + UID=0 + USER=root + _='I: set' + http_proxy=http://192.168.101.4:3128 I: uname -a - Linux codethink04-arm64 6.1.0-31-cloud-arm64 #1 SMP Debian 6.1.128-1 (2025-02-07) aarch64 GNU/Linux + Linux i-capture-the-hostname 6.1.0-31-cloud-arm64 #1 SMP Debian 6.1.128-1 (2025-02-07) aarch64 GNU/Linux I: ls -l /bin - lrwxrwxrwx 1 root root 7 Mar 4 11:20 /bin -> usr/bin -I: user script /srv/workspace/pbuilder/3737815/tmp/hooks/D02_print_environment finished + lrwxrwxrwx 1 root root 7 Mar 4 2025 /bin -> usr/bin +I: user script /srv/workspace/pbuilder/1762117/tmp/hooks/D02_print_environment finished -> Attempting to satisfy build-dependencies -> Creating pbuilder-satisfydepends-dummy package Package: pbuilder-satisfydepends-dummy @@ -695,7 +727,7 @@ Get: 500 http://deb.debian.org/debian trixie/main arm64 python3-requests all 2.32.3+dfsg-4 [72.1 kB] Get: 501 http://deb.debian.org/debian trixie/main arm64 sharutils arm64 1:4.15.2-11 [261 kB] Get: 502 http://deb.debian.org/debian trixie/main arm64 swig arm64 4.3.0-1 [1406 kB] -Fetched 298 MB in 3s (86.7 MB/s) +Fetched 298 MB in 2s (162 MB/s) Preconfiguring packages ... Selecting previously unselected package libsystemd-shared:arm64. (Reading database ... (Reading database ... 5% (Reading database ... 10% (Reading database ... 15% (Reading database ... 20% (Reading database ... 25% (Reading database ... 30% (Reading database ... 35% (Reading database ... 40% (Reading database ... 45% (Reading database ... 50% (Reading database ... 55% (Reading database ... 60% (Reading database ... 65% (Reading database ... 70% (Reading database ... 75% (Reading database ... 80% (Reading database ... 85% (Reading database ... 90% (Reading database ... 95% (Reading database ... 100% (Reading database ... 19916 files and directories currently installed.) @@ -2309,8 +2341,8 @@ Setting up tzdata (2025a-2) ... Current default time zone: 'Etc/UTC' -Local time is now: Sat Mar 15 02:37:48 UTC 2025. -Universal Time is now: Sat Mar 15 02:37:48 UTC 2025. +Local time is now: Fri Apr 17 09:25:59 UTC 2026. +Universal Time is now: Fri Apr 17 09:25:59 UTC 2026. Run 'dpkg-reconfigure tzdata' if you wish to change it. Setting up libboost-atomic1.83.0:arm64 (1.83.0-4.1+b1) ... @@ -2792,7 +2824,11 @@ Building tag database... -> Finished parsing the build-deps I: Building the package -I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-genchanges -S > ../coot_1.1.09+dfsg-4_source.changes +I: user script /srv/workspace/pbuilder/1762117/tmp/hooks/A99_set_merged_usr starting +Not re-configuring usrmerge for trixie +I: user script /srv/workspace/pbuilder/1762117/tmp/hooks/A99_set_merged_usr finished +hostname: Name or service not known +I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-genchanges -S > ../coot_1.1.09+dfsg-4_source.changes dpkg-buildpackage: info: source package coot dpkg-buildpackage: info: source version 1.1.09+dfsg-4 dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable @@ -3111,7 +3147,7 @@ -- Found Boost: /usr/lib/aarch64-linux-gnu/cmake/Boost-1.83.0/BoostConfig.cmake (found version "1.83.0") found components: iostreams system python regex thread serialization -- Found Python: /usr/bin/python3 (found suitable version "3.13.2", minimum required is "3.10") found components: Interpreter Development.Module Development.SABIModule -- Note: MAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS was not enabled --- Configuring done (3.9s) +-- Configuring done (5.3s) -- Generating done (0.1s) CMake Warning: Manually-specified variables were not used by the project: @@ -3173,11 +3209,11 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/macros' Making all in compat make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt.lo getopt.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt.lo getopt.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt.cc -fPIC -DPIC -o .libs/getopt.o libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt1.cc -fPIC -DPIC -o .libs/getopt1.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-compat.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu getopt.lo getopt1.lo +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-compat.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu getopt.lo getopt1.lo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/getopt.o .libs/getopt1.o -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-compat.so.0 -o .libs/libcoot-compat.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-compat.so.0" && ln -s "libcoot-compat.so.0.0.0" "libcoot-compat.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-compat.so" && ln -s "libcoot-compat.so.0.0.0" "libcoot-compat.so") @@ -3185,81 +3221,81 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat' Making all in utils make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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-In file included from atomic-numbers.cc:22: +In file included from gdk-keysyms.cc:23: coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from pir-alignment.cc:28: +In file included from setup-syminfo.cc:27: coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from coot-fasta.cc:25: +In file included from hsv-rgb.cc:29: coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DBACKWARD_HAS_DW=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DBACKWARD_HAS_DW=1 -Wdate-time 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c protein_db.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/protein_db.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-protein-db.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu protein_db.lo protein_db_utils.lo rna_db.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/protein_db.o .libs/protein_db_utils.o .libs/rna_db.o -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-protein-db.so.0 -o .libs/libcoot-protein-db.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-protein-db.so.0" && ln -s "libcoot-protein-db.so.0.0.0" "libcoot-protein-db.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-protein-db.so" && ln -s "libcoot-protein-db.so.0.0.0" "libcoot-protein-db.so") @@ -3281,9 +3317,9 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/protein_db' Making all in mini-mol make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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-lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mini-mol.o .libs/mini-mol-utils.o .libs/atom-quads.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-mini-mol.so.0 -o .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-mini-mol.so.0" && ln -s "libcoot-mini-mol.so.0.0.0" "libcoot-mini-mol.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-mini-mol.so" && ln -s "libcoot-mini-mol.so.0.0.0" "libcoot-mini-mol.so") @@ -3312,123 +3348,123 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol' Making all in geometry make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from srs-interface.cc:31: +In file included from read-sbase.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DXDATADIR='"/usr/share"' -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from cif-parse.cc:33: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DXDATADIR=\"/usr/share\" 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'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time 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'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from read-metals-json.cc:28: +In file included from cif-parse-link.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DXDATADIR='"/usr/share"' -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DXDATADIR='"/usr/share"' -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/cif-parse.o .libs/protein-geometry.o .libs/protein-geometry-mmdb.o .libs/read-sbase.o .libs/energy-lib.o .libs/mol-utils.o 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-L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-geometry.so.0 -o .libs/libcoot-geometry.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-geometry.so.0" && ln -s "libcoot-geometry.so.0.0.0" "libcoot-geometry.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-geometry.so" && ln -s "libcoot-geometry.so.0.0.0" "libcoot-geometry.so") @@ -3436,31 +3472,31 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry' Making all in lidia-core make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX 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lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -3473,12 +3509,12 @@ lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from rdkit-interface.cc:26: +In file included from atom-types.cc:29: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from atom-types.cc:29: +In file included from rdkit-interface.cc:26: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -3508,52 +3544,52 @@ | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from cod-types.cc:27: + from atom-types.cc:30: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from cod-atom-type-t.cc:28: + from cod-atom-types.cc:28: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from atom-types.cc:30: + from cod-atom-type-t.cc:28: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from chemical-feature-clusters.cc:33: + from bond-record-container-t.cc:28: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from cod-atom-types.cc:28: + from cod-types.cc:27: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from bond-record-container-t.cc:28: + from chemical-feature-clusters.cc:33: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from cod-atom-type-t.cc:33: +In file included from cod-atom-types.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from cod-atom-types.cc:33: +In file included from cod-atom-type-t.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -3563,7 +3599,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lsqlite3 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lsqlite3 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/lbg-shared.o .libs/lbg-molfile.o .libs/lig-build.o .libs/rdkit-interface.o .libs/cod-types.o .libs/atom-types.o .libs/bond-record-container-t.o .libs/cod-atom-type-t.o .libs/cod-atom-types.o .libs/bond-table-record-t.o .libs/chemical-feature-clusters.o .libs/get-residue.o .libs/svg-molecule.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lsqlite3 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-lidia-core.so.0 -o .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-lidia-core.so.0" && ln -s "libcoot-lidia-core.so.0.0.0" "libcoot-lidia-core.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-lidia-core.so" && ln -s "libcoot-lidia-core.so.0.0.0" "libcoot-lidia-core.so") @@ -3572,39 +3608,43 @@ Making all in coot-utils make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 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../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from coot-map-utils.cc:39: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit 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function 'std::pair coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap&)': coot-map-utils.cc:973:63: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 973 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ +In file included from positron.cc:32: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /usr/include/clipper/core/hkl_datatypes.h:49, from /usr/include/clipper/core/hkl_compute.h:48, from coot-map-utils.cc:32: @@ -3667,6 +3707,12 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 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-Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-rama.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-rama.o In file included from coot-map-utils.hh:33, from texture-as-floats.cc:27: coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from positron.cc:32: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" 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idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o bonded-pairs.lo bonded-pairs.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c hole.cc -fPIC -DPIC -o .libs/hole.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } | ^~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c helix-analysis.cc -fPIC -DPIC -o .libs/helix-analysis.o coot-map-utils.cc: In function 'std::pair coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap&)': coot-map-utils.cc:973:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 973 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-h-bonds.lo coot-h-bonds.cc coot-map-utils.cc: In lambda function: coot-map-utils.cc:4656:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4656 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); @@ -3738,26 +3788,12 @@ coot-map-utils.cc:4713:55: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4713 | std::pair mv = mean_and_variance(xmap); | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o read-sm-cif.lo read-sm-cif.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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elastic.cc In file included from hole.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o glyco-torsions.lo glyco-torsions.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o glyco-torsions.lo glyco-torsions.cc +hole.cc: In member function 'std::pair coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth&, int)': +hole.cc:253:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 253 | coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth &pt, int selhnd) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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"-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c glyco-torsions.cc -fPIC -DPIC -o .libs/glyco-torsions.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -hole.cc: In member function 'std::pair coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth&, int)': -hole.cc:253:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 253 | coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth &pt, int selhnd) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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-mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o atom-overlaps.lo atom-overlaps.cc -coot-map-utils.cc: In lambda function: -coot-map-utils.cc:4656:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4656 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c atom-overlaps.cc -fPIC -DPIC -o .libs/atom-overlaps.o -coot-map-utils.cc: In lambda function: -coot-map-utils.cc:4501:87: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4501 | (*f_data_hkl_accum_p)[chkl][imap] = std::make_pair(fphis[hri].f(), fphis[hri].phi()); - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from glyco-torsions.cc:43: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o reduce.lo reduce.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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atom-selection-container.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o contact-info.lo contact-info.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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function: +coot-map-utils.cc:4656:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4656 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4501 | (*f_data_hkl_accum_p)[chkl][imap] = std::make_pair(fphis[hri].f(), fphis[hri].phi()); + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo 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-mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c shiftfield.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/shiftfield.o -coot-map-utils.cc: In function 'bool coot::util::map_fill_from_mtz(clipper::Xmap*, std::string, std::string, std::string, std::string, short int, float, short int, float)': -coot-map-utils.cc:59:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 59 | coot::util::map_fill_from_mtz(clipper::Xmap *xmap, - | ^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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/usr/include/clipper/clipper.h:7, - from shiftfield.h:31, - from shiftfield.cpp:27: -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const C&) [with S = clipper::datatypes::F_phi; C = clipper::datatypes::Compute_scale_u_aniso >; T = clipper::datatypes::F_phi]': -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:308:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 308 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src[ih] ); } - | ^~~~ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data >&, const clipper::HKL_data&, mmdb::Manager*, int)': coot_shiftfield.cpp:153:67: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -3947,76 +3971,88 @@ | ^~~~~~~~~~~ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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--mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o merge-molecules.lo merge-molecules.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o fragment-container.lo fragment-container.cc +In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, + from /usr/include/clipper/clipper.h:7, + from shiftfield.h:31, + from shiftfield.cpp:27: +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const C&) [with S = clipper::datatypes::F_phi; C = clipper::datatypes::Compute_scale_u_aniso >; T = clipper::datatypes::F_phi]': +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:308:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 308 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src[ih] ); } + | ^~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | fphi[ih] = fc[ih.hkl()]; | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit 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file included from mutate.cc:644: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ 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../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 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match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit 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.libs/libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-utils.so.0" && ln -s "libcoot-coord-utils.so.0.0.0" "libcoot-coord-utils.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-utils.so" && ln -s "libcoot-coord-utils.so.0.0.0" "libcoot-coord-utils.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-utils.la" && ln -s "../libcoot-coord-utils.la" "libcoot-coord-utils.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-coord-extras.o .libs/coot-coord-lsq.o .libs/coot-tree-extras.o .libs/water-coordination.o .libs/lsq-improve.o .libs/coot-coord-utils-glyco.o .libs/jed-flip.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-coord-extras.so.0 -o .libs/libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-utils.o .libs/peak-search.o .libs/peak-search-from-list.o .libs/trim.o .libs/xmap-stats.o .libs/maps-spherical.o .libs/pepflip-using-difference-map.o .libs/exp-fit.o .libs/blob-line.o .libs/slurp-map.o .libs/find-water-baddies.o .libs/diff-diff-map-peaks.o .libs/mini-texture.o .libs/positron.o .libs/texture-as-floats.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -lz -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-utils.so.0 -o .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.so.0" && ln -s "libcoot-coord-extras.so.0.0.0" "libcoot-coord-extras.so.0") @@ -4088,23 +4124,23 @@ libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.so" && ln -s "libcoot-map-utils.so.0.0.0" "libcoot-map-utils.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.la" && ln -s "../libcoot-coord-extras.la" "libcoot-coord-extras.la" ) libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.la" && ln -s "../libcoot-map-utils.la" "libcoot-map-utils.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 -libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-mmrrcc mmrrcc.o ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.so.0" && ln -s "libcoot-map-heavy.so.0.0.0" "libcoot-map-heavy.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.so" && ln -s "libcoot-map-heavy.so.0.0.0" "libcoot-map-heavy.so") +libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-mmrrcc mmrrcc.o ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.la" && ln -s "../libcoot-map-heavy.la" "libcoot-map-heavy.la" ) make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils' Making all in angles make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g 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"libcoot-AngleInfo.so" && ln -s "libcoot-AngleInfo.so.0.0.0" "libcoot-AngleInfo.so") @@ -4112,19 +4148,19 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles' Making all in ccp4mg-utils make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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.libs/db-main.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o db-main.lo db-main.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o db-strands.lo db-strands.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 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-DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c db-main.cc -fPIC -DPIC -o .libs/db-main.o In file included from db-main.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -4146,7 +4182,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/db-main.o .libs/db-strands.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-db-main.so.0 -o .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-db-main.so.0" && ln -s "libcoot-db-main.so.0.0.0" "libcoot-db-main.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-db-main.so" && ln -s "libcoot-db-main.so.0.0.0" "libcoot-db-main.so") @@ -4155,34 +4191,29 @@ Making all in analysis make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time 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when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ In file included from mogul.cc:29: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -4193,41 +4224,46 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from b-factor-histogram.cc:288: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from mogul.cc:30: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from kolmogorov.cc:25: +stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ +In file included from b-factor-histogram.cc:288: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from rna-backbone.cc:31: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la 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"libcootaneer.so.0.0.0" "libcootaneer.so") @@ -4236,27 +4272,27 @@ Making all in ideal make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 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-pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c pepflip.cc -fPIC -DPIC -o .libs/pepflip.o In file included from mini-rsr.cc:56: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -4277,46 +4313,64 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o regularize-minimol.lo regularize-minimol.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o regularize-minimol.lo regularize-minimol.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c regularize-minimol.cc -fPIC -DPIC -o .libs/regularize-minimol.o In file included from simple-restraint.hh:162, - from ng.cc:31: + from flanking.cc:32: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from make-restraints.cc:43: + from distortion.cc:36: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from simple-restraint.hh:174, + from mini-rsr.cc:60: +zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': +zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { + | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from flanking.cc:32: + from simple-restraint.cc:50: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from chi-squareds.cc:41: + from gradients.cc:39: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from gradients.cc:39: + from mods.cc:30: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from mini-rsr.cc:66: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from simple-restraint.hh:162, + from make-restraints.cc:43: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c regularize-minimol.cc -fPIC -DPIC -o .libs/regularize-minimol.o In file included from simple-restraint.hh:162, from extra-restraints.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -4324,7 +4378,7 @@ 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from simple-restraint.cc:50: + from ng.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4333,18 +4387,13 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from simple-restraint.hh:174, - from mini-rsr.cc:60: -zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': -zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { - | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from mods.cc:30: + from chi-squareds.cc:41: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from chirals.cc:35: simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4365,19 +4414,6 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from mini-rsr.cc:66: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from simple-restraint.hh:162, - from distortion.cc:36: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from chirals.cc:35: simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4386,18 +4422,14 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -simple-restraint.cc: In member function 'std::pair coot::simple_restraint::distortion(mmdb::Atom**, const double&) const': -simple-restraint.cc:4068:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4068 | coot::simple_restraint::distortion(mmdb::PAtom *atoms, const double &lj_epsilon) const { - | ^~~~~ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -ng.cc: In member function 'void coot::restraints_container_t::analyze_for_bad_restraints(coot::restraint_type_t, double)': -ng.cc:2354:97: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2354 | std::pair distortion_pair = rest.distortion(atom, lennard_jones_epsilon); // 2nd arg is not used for bonds - | ^ +simple-restraint.cc: In member function 'std::pair coot::simple_restraint::distortion(mmdb::Atom**, const double&) const': +simple-restraint.cc:4068:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4068 | coot::simple_restraint::distortion(mmdb::PAtom *atoms, const double &lj_epsilon) const { + | ^~~~~ simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -4420,44 +4452,48 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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-mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o lograma.lo lograma.cpp +ng.cc: In member function 'void coot::restraints_container_t::analyze_for_bad_restraints(coot::restraint_type_t, double)': +ng.cc:2354:97: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2354 | std::pair distortion_pair = rest.distortion(atom, lennard_jones_epsilon); // 2nd arg is not used for bonds + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from process-dfs-in-range.cc:37: + from simple-restraint-kk.cc:23: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from torsion-bonds.cc:25: + from extra-restraints-kk.cc:24: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from simple-restraint-kk.cc:23: + from torsion-bonds.cc:25: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4466,12 +4502,6 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4482,64 +4512,61 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from parallel-planes.cc:22: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit 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&phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from zo-rama.hh:42, - from zo-rama.cc:29: + from write-png.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4548,26 +4575,30 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from lv.cc:28: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o neutron.lo neutron.cc +In file included from zo-rama.hh:42, + from zo-rama.cc:29: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from zo-rama.hh:42, - from crankshaft.hh:37, - from crankshaft.cc:30: +g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from trans-peptide.cc:24: + from model-bond-deltas.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from simple-restraint.hh:162, - from model-bond-deltas.cc:27: +In file included from zo-rama.hh:42, + from crankshaft.hh:37, + from crankshaft.cc:30: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4576,6 +4607,11 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from lv.cc:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4631,66 +4667,52 @@ crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, | ^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/simple-restraint.o .libs/make-restraints.o .libs/ng.o .libs/chi-squareds.o .libs/mods.o .libs/distortion.o .libs/chirals.o .libs/flanking.o .libs/gradients.o .libs/extra-restraints.o .libs/pepflip.o .libs/regularize-minimol.o .libs/lograma.o .libs/process-dfs-in-range.o .libs/extra-restraints-kk.o .libs/simple-restraint-kk.o .libs/torsion-bonds.o .libs/coot-compare-residues.o .libs/link-restraints.o .libs/parallel-planes.o .libs/pull-restraint.o .libs/trans-peptide.o .libs/model-bond-deltas.o .libs/write-png.o .libs/zo-rama.o .libs/crankshaft.o .libs/phi-psi.o .libs/neutron.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ligand-extras.cc:36: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from dunbrack.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ligand.hh:32, - from ligand.cc:60: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, - from chi-angles.cc:23: +In file included from ligand-extras.cc:36: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4709,14 +4731,16 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -ligand-extras.cc: In member function 'std::pair coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager*) const': -ligand-extras.cc:176:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 176 | coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager *mol) const { - | ^~~~~ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ligand.hh:32, - from residue_by_phi_psi.hh:37, - from residue_by_phi_psi.cc:27: + from ligand.cc:60: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, + from chi-angles.cc:23: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4728,6 +4752,10 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +ligand-extras.cc: In member function 'std::pair coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager*) const': +ligand-extras.cc:176:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 176 | coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager *mol) const { + | ^~~~~ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from ligand.cc:72: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -4737,6 +4765,14 @@ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ligand.hh:32, from residue_by_phi_psi.hh:37, + from residue_by_phi_psi.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ligand.hh:32, + from residue_by_phi_psi.hh:37, from helix-placement.cc:43: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -4749,13 +4785,14 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o ideal-rna.lo ideal-rna.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit 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/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } | ^~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. 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+../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit 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'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread 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../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit 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residue_by_phi_psi.hh:37, + from joining-residues.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. 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-std=c++17 -c tube-finder.cc -fPIC -DPIC -o .libs/tube-finder.o -trace.cc: In constructor 'coot::trace::trace(const clipper::Xmap&)': -trace.cc:53:61: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 53 | std::pair mv = util::mean_and_variance(xmap); - | ^ -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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ligand-score-card.cc:26: @@ -4890,50 +4920,62 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread 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--tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong 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double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from multi-peptide.cc:32: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from tube-finder.cc:30: -../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o side-chain.lo side-chain.cc -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ligand.hh:32, - from residue_by_phi_psi.hh:37, - from joining-residues.cc:27: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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util::mean_and_variance(xmap); + | ^ tube-finder.cc: In constructor 'coot::tube_finder_t::tube_finder_t(const clipper::Xmap&)': tube-finder.cc:45:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 45 | std::pair mv = util::mean_and_variance(blurred_xmap); | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o refine-isolated-chain.lo refine-isolated-chain.cc In file included from smith-waterman.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from side-chain.cc:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from side-chain-densities.cc:38: ../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': ../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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int, const protein_geometry&, const clipper::Xmap&, std::pair, bool)': multi-peptide.cc:701:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 701 | coot::multi_build_N_terminal_ALA(mmdb::Residue *res_p, | ^~~~ -In file included from side-chain.cc:28: +In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, + from refine-isolated-chain.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4950,6 +4992,17 @@ side-chain-densities.cc:1293:42: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { | ^~~~~ +g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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-mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o identify-protein.o identify-protein.cc +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 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const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include 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^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong 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-g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c dSFMT.c -fPIC -DPIC -o .libs/dSFMT.o -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from rama-rsr-extend-fragments.cc:28: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from libres-tracer.cc:37: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -5116,6 +5146,12 @@ 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from rama-rsr-extend-fragments.cc:28: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from new-residue-by-3-phi-psi.cc:29: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -5176,24 +5212,24 @@ side-chain-densities.cc:2302:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2302 | coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string &rot_dir, int n_steps, | ^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo 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.libs/ideal-rna.o .libs/richardson-rotamers.o .libs/richardson-rotamer.o .libs/rotamer.o .libs/torsion-general.o .libs/rotamer-tables.o .libs/primitive-chi-angles.o .libs/dipole.o .libs/base-pairing.o .libs/backrub-rotamer.o .libs/trace.o .libs/trace-2.o .libs/multi-peptide.o .libs/ligands-db.o .libs/joining-residues.o .libs/ligand-score-card.o .libs/side-chain-densities.o .libs/tube-finder.o .libs/smith-waterman.o .libs/side-chain.o .libs/refine-isolated-chain.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath 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std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 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lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from mmdb.hh:27, - from phenix-geo-bonds.cc:25: + from mmdb-extras.cc:35: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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+../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from mmdb.hh:27, - from mmdb-crystal.cc:48: + from Bond_lines.cc:36: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from mmdb-crystal.cc:50: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from CIsoSurface.cpp:1244: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from gaussian-surface.cc:36: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -5350,7 +5386,7 @@ CIsoSurface.cpp:785:24: note: 'grid_max' declared here 785 | clipper::Coord_grid grid_max; | ^~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/Vectors.o .libs/CIsoSurface.o .libs/density-contour-triangles.o .libs/occlusion.o .libs/gaussian-surface.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs ../coords/.libs/libcoot-coords.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-isosurface.so.0 -o .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-isosurface.so.0" && ln -s "libcoot-isosurface.so.0.0.0" "libcoot-isosurface.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-isosurface.so" && ln -s "libcoot-isosurface.so.0.0.0" "libcoot-isosurface.so") @@ -5358,13 +5394,13 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour' Making all in skeleton make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/dm-utils.o .libs/graphical_skel.o .libs/BuildCas.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs ../angles/.libs/libcoot-AngleInfo.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs 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directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton' Making all in high-res make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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| ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from high-res.cc:24: @@ -5401,11 +5442,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from sequence-assignment.cc:30: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from coot-atom-graph.hh:27, from high-res.cc:27: @@ -5413,7 +5449,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/high-res.o .libs/coot-atom-graph.o .libs/residue-distortions.o .libs/sequence-assignment.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs 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-lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-high-res.so.0 -o .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-high-res.so.0" && ln -s "libcoot-high-res.so.0.0.0" "libcoot-high-res.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-high-res.so" && ln -s "libcoot-high-res.so.0.0.0" "libcoot-high-res.so") @@ -5421,9 +5457,9 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res' Making all in build make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/CalphaBuild.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles/.libs ../angles/.libs/libcoot-AngleInfo.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-cabuild.so.0 -o .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-cabuild.so.0" && ln -s "libcoot-cabuild.so.0.0.0" "libcoot-cabuild.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-cabuild.so" && ln -s "libcoot-cabuild.so.0.0.0" "libcoot-cabuild.so") @@ -5433,29 +5469,29 @@ make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles' Making all in CXXSurface make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSurfaceVertex.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSurfaceVertex.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSphereTriangle.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSphereTriangle.o libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXTorusElement.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXTorusElement.o In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, from CXXCircleNode.cpp:24: @@ -5474,8 +5510,9 @@ CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ +CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXSurfaceVertex.cpp:25: + from CXXCircle.cpp:26: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5492,6 +5529,22 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from CXXCoord.cpp:25: +CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, from CXXNewHood.cpp:27: @@ -5511,7 +5564,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXCoord.cpp:25: +In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, + from CXXSurfaceVertex.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5528,20 +5582,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -CXXFortranFile.cpp: In member function 'size_t CXXFortranFile::getFortranData(char*, size_t, size_t, int)': -CXXFortranFile.cpp:192:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 192 | for (int i=0; i(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXSphereTriangle.h:28, - from CXXSphereTriangle.cpp:25: +In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, + from CXXSphereElement.cpp:26: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5596,9 +5636,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXTorusNode.lo CXXTorusNode.cpp In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXCircle.cpp:26: + from CXXTorusElement.cpp:26: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5615,8 +5654,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXSphereElement.cpp:26: +In file included from CXXSphereTriangle.h:28, + from CXXSphereTriangle.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5633,6 +5672,26 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +CXXFortranFile.cpp: In member function 'size_t CXXFortranFile::getFortranData(char*, size_t, size_t, int)': +CXXFortranFile.cpp:192:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 192 | for (int i=0; i&, double, std::map >&)': +CXXCircleNode.cpp:176:59: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<__gnu_cxx::__normal_iterator > >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 176 | for (int iCentralProbe = 0; iCentralProbe < centralBin.size(); iCentralProbe++){ + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXTriangle.lo CXXTriangle.cpp In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, from CXXTriangle.h:27, from CXXSurface.h:39, @@ -5653,13 +5712,16 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +CXXSphereElement.cpp: In copy constructor 'CXXSphereElement::CXXSphereElement(const CXXSphereElement&)': +CXXSphereElement.cpp:279:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 279 | for (int i=0; i&)': +CXXSphereElement.cpp:673:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 673 | for (int i=0; i&, double, std::map >&)': -CXXCircleNode.cpp:176:59: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<__gnu_cxx::__normal_iterator > >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 176 | for (int iCentralProbe = 0; iCentralProbe < centralBin.size(); iCentralProbe++){ - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXTriangle.lo CXXTriangle.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXQADSurface.lo CXXQADSurface.cpp CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::readGraspFile(std::string)': CXXSurface.cpp:155:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 155 | for (int i=0; i() { - | ^ -CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::writeAsGrasp(std::string)': CXXSurface.cpp:409:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 409 | for (i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 1031 | for (int i=0; i&)': -CXXSphereElement.cpp:673:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 673 | for (int i=0; i(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXQADSurfaceStaticData.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXQADSurfaceStaticData.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSpace.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSpace.o CXXCreator.cpp:803:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] 803 | #warning Compiling for OMP | ^~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXFFTSolventMap.lo CXXFFTSolventMap.cpp In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, from CXXTriangle.h:27, from CXXTriangle.cpp:25: @@ -5788,7 +5822,7 @@ | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXQADSurface.cpp:24: + from CXXQADSurfaceStaticData.cpp:24: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5805,10 +5839,10 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXFFTSolventMap.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXFFTSolventMap.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXChargeTable.lo CXXChargeTable.cpp -In file included from CXXSpace.h:25, - from CXXSpace.cpp:25: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSpace.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSpace.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXFFTSolventMap.lo CXXFFTSolventMap.cpp +In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, + from CXXQADSurface.cpp:24: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5825,6 +5859,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXChargeTable.lo CXXChargeTable.cpp +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXException.lo CXXException.cpp +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXChargeTable.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXChargeTable.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXFFTSolventMap.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXFFTSolventMap.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXException.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXException.o In file included from CXXCreator.h:41, from CXXCreator.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] @@ -5843,8 +5882,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXQADSurfaceStaticData.cpp:24: +CXXQADSurface.cpp: In member function 'int CXXQADSurface::contourMap(double)': +CXXQADSurface.cpp:599:75: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 599 | iCompare >=compareStart && !iEquivalent; + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXUtils.lo CXXUtils.cpp +In file included from CXXSpace.h:25, + from CXXSpace.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5861,6 +5905,83 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXBall.lo CXXBall.cpp +CXXFFTSolventMap.cpp: In constructor 'SolventMap::SolventMap(fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real)': +CXXFFTSolventMap.cpp:32:25: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 32 | if (probeRadius < 0 | gridSpacing < 0) { + | ~~~~~~~~~~~~^~~ +CXXFFTSolventMap.cpp: In member function 'int SolventMap::convoluteSolidProbe(fftw_real, int, int, float)': +CXXFFTSolventMap.cpp:361:22: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { + | ~~~~~~~~~^~~~ +CXXFFTSolventMap.cpp:361:59: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~ +CXXFFTSolventMap.cpp:361:72: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { + | ~~~~~~^~~~ +CXXFFTSolventMap.cpp: In member function 'int SolventMap::dumpXSlice(int, int, int)': +CXXFFTSolventMap.cpp:743:21: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 743 | if (SliceNr > dim[0] | SliceNr < 1) { + | ~~~~~~~~^~~~~~~~ +CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::distributeAtomCharge(CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, int)': +CXXCreator.cpp:261:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 261 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:261:78: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 261 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:289:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 289 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { + | ~~~~~^~~~ +CXXCreator.cpp:289:38: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 289 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { + | ~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:311:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 311 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:311:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 311 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp: In member function 'double CXXCreator::getGridVolumeOfAtom(CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, int)': +CXXCreator.cpp:389:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 389 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:389:78: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 389 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXSurfaceMaker.lo CXXSurfaceMaker.cpp +CXXCreator.cpp:414:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 414 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { + | ~~~~~^~~~ +CXXCreator.cpp:414:38: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 414 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { + | ~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:433:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 433 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:433:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 433 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::evolve(int, double)': +CXXCreator.cpp:789:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 789 | for (size_t i = 0; i < space->getDimI(); i++) { + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:793:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 793 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestChangeOfRow[j]=-1e30; + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:796:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 796 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestPotentialOfRow[j]=-1e30; + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:804:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 804 | for (size_t j = 0; j < passableSpace->getDimJ(); j++) { + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:809:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 809 | for (size_t k = 0; k < passableSpace->getDimK(); k++) { + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:812:41: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 812 | if (((i+j+k)%2) == (n%2)) { + | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ CXXSpace.cpp: In constructor 'CXXSpace::CXXSpace(float, float, float, float, float, float, float, float)': CXXSpace.cpp:51:67: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] 51 | if (chargeGrid == 0 | potentialGrid == 0 | dielGrid == 0) { @@ -5982,114 +6103,29 @@ CXXSpace.cpp:623:65: note: ...this statement, but the latter is misleadingly indented as if it were guarded by the 'if' 623 | break; | ^~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXUtils.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXUtils.o CXXSpace.cpp:628:57: warning: this 'if' clause does not guard... [-Wmisleading-indentation] 628 | if (i == (dim[0]-1)) | ^~ CXXSpace.cpp:631:65: note: ...this statement, but the latter is misleadingly indented as if it were guarded by the 'if' 631 | break; | ^~~~~ -CXXQADSurface.cpp: In member function 'int CXXQADSurface::contourMap(double)': -CXXQADSurface.cpp:599:75: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 599 | iCompare >=compareStart && !iEquivalent; - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXChargeTable.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXChargeTable.o -CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::distributeAtomCharge(CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, int)': -CXXCreator.cpp:261:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 261 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:261:78: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 261 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:289:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 289 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { - | ~~~~~^~~~ -CXXCreator.cpp:289:38: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 289 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { - | ~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:311:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 311 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:311:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 311 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp: In member function 'double CXXCreator::getGridVolumeOfAtom(CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, int)': -CXXCreator.cpp:389:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 389 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:389:78: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 389 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:414:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 414 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { - | ~~~~~^~~~ -CXXCreator.cpp:414:38: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 414 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { - | ~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:433:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 433 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:433:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 433 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::evolve(int, double)': -CXXCreator.cpp:789:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 789 | for (size_t i = 0; i < space->getDimI(); i++) { - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:793:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 793 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestChangeOfRow[j]=-1e30; - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:796:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 796 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestPotentialOfRow[j]=-1e30; - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:804:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 804 | for (size_t j = 0; j < passableSpace->getDimJ(); j++) { - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:809:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 809 | for (size_t k = 0; k < passableSpace->getDimK(); k++) { - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:812:41: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 812 | if (((i+j+k)%2) == (n%2)) { - | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ -CXXFFTSolventMap.cpp: In constructor 'SolventMap::SolventMap(fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real)': -CXXFFTSolventMap.cpp:32:25: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 32 | if (probeRadius < 0 | gridSpacing < 0) { - | ~~~~~~~~~~~~^~~ -CXXFFTSolventMap.cpp: In member function 'int SolventMap::convoluteSolidProbe(fftw_real, int, int, float)': -CXXFFTSolventMap.cpp:361:22: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { - | ~~~~~~~~~^~~~ -CXXFFTSolventMap.cpp:361:59: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~ -CXXFFTSolventMap.cpp:361:72: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { - | ~~~~~~^~~~ -CXXFFTSolventMap.cpp: In member function 'int SolventMap::dumpXSlice(int, int, int)': -CXXFFTSolventMap.cpp:743:21: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 743 | if (SliceNr > dim[0] | SliceNr < 1) { - | ~~~~~~~~^~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXException.lo CXXException.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXUtils.lo CXXUtils.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXBall.lo CXXBall.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXUtils.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXUtils.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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-DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXBall.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXBall.o -CXXBall.cpp:87:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] - 87 | #warning Compiling for OMP - | ^~~~~~~ -CXXBall.cpp:157:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] - 157 | #warning Compiling for OMP - | ^~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSurfaceMaker.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSurfaceMaker.o CXXSurfaceMaker.cpp:431:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] 431 | #warning Compiling for OMP | ^~~~~~~ CXXSurfaceMaker.cpp:569:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] 569 | #warning Compiling for OMP | ^~~~~~~ +CXXBall.cpp:87:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] + 87 | #warning Compiling for OMP + | ^~~~~~~ +CXXBall.cpp:157:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] + 157 | #warning Compiling for OMP + | ^~~~~~~ In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXBall.cpp:25: + from CXXSurfaceMaker.cpp:31: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6107,7 +6143,7 @@ | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXSurfaceMaker.cpp:31: + from CXXBall.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6124,19 +6160,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::triangulateBalls(std::vector&, std::vector&, double, CXXSurfaceMaker*, int)': -CXXBall.cpp:88:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 88 | for (int i=0; i< nBalls; i++){ - | ~^~~~~~~~ -CXXBall.cpp:93:26: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 93 | if (!(i%100) || i==nBalls-1) { - | ~^~~~~~~~~~ -CXXBall.cpp:129:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 129 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 160 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 193 | for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++) @@ -6163,10 +6186,6 @@ CXXSurfaceMaker.cpp:266:17: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] 266 | delete static_cast(contextBallPntrs[i]); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::ballContacts(std::vector&, std::vector&, std::map >&)': -CXXBall.cpp:295:28: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 295 | for (int iBall=0; iBall< balls.size(); iBall++){ - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'int CXXSurfaceMaker::calculateFromAtoms(mmdb::Manager*, int, int, double, double, double, bool)': CXXSurfaceMaker.cpp:509:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 509 | for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++) @@ -6190,7 +6209,24 @@ CXXSurfaceMaker.cpp:571:47: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 571 | for (int iChildSurface = 0; iChildSurface < childSurfaces.size(); iChildSurface++) | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CXXCircle.lo CXXCircleNode.lo CXXCoord.lo CXXFortranFile.lo CXXNewHood.lo CXXSphereElement.lo CXXSphereNode.lo CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSurface.lo CXXSurfaceVertex.lo CXXTorusElement.lo CXXTorusNode.lo CXXTriangle.lo CXXQADSurface.lo CXXQADSurfaceStaticData.lo CXXCreator.lo CXXSpace.lo CXXFFTSolventMap.lo CXXChargeTable.lo CXXException.lo CXXUtils.lo CXXBall.lo CXXSurfaceMaker.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2 +CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::triangulateBalls(std::vector&, std::vector&, double, CXXSurfaceMaker*, int)': +CXXBall.cpp:88:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 88 | for (int i=0; i< nBalls; i++){ + | ~^~~~~~~~ +CXXBall.cpp:93:26: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 93 | if (!(i%100) || i==nBalls-1) { + | ~^~~~~~~~~~ +CXXBall.cpp:129:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 129 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 160 | for (int i=0; i&, std::vector&, std::map >&)': +CXXBall.cpp:295:28: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 295 | for (int iBall=0; iBall< balls.size(); iBall++){ + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CXXCircle.lo CXXCircleNode.lo CXXCoord.lo CXXFortranFile.lo CXXNewHood.lo CXXSphereElement.lo CXXSphereNode.lo CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSurface.lo CXXSurfaceVertex.lo CXXTorusElement.lo CXXTorusNode.lo CXXTriangle.lo CXXQADSurface.lo CXXQADSurfaceStaticData.lo CXXCreator.lo CXXSpace.lo CXXFFTSolventMap.lo CXXChargeTable.lo CXXException.lo CXXUtils.lo CXXBall.lo CXXSurfaceMaker.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/CXXCircle.o .libs/CXXCircleNode.o .libs/CXXCoord.o .libs/CXXFortranFile.o .libs/CXXNewHood.o .libs/CXXSphereElement.o .libs/CXXSphereNode.o .libs/CXXSphereTriangle.o .libs/CXXSphereTriangleEdge.o .libs/CXXSurface.o .libs/CXXSurfaceVertex.o .libs/CXXTorusElement.o .libs/CXXTorusNode.o .libs/CXXTriangle.o .libs/CXXQADSurface.o .libs/CXXQADSurfaceStaticData.o .libs/CXXCreator.o .libs/CXXSpace.o .libs/CXXFFTSolventMap.o .libs/CXXChargeTable.o .libs/CXXException.o .libs/CXXUtils.o .libs/CXXBall.o .libs/CXXSurfaceMaker.o -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so") @@ -6198,29 +6234,30 @@ make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' Making all in CXXClasses make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo `test -f 'AtomPropertyRampColorRule.cpp' || echo './'`AtomPropertyRampColorRule.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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'./'`DiscreteSegment.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o 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-DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Light.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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-DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXMatrix.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.o In file included from ColorRule.h:29, from AtomPropertyRampColorRule.h:27, from AtomPropertyRampColorRule.cpp:25: @@ -6234,9 +6271,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from RepresentationInstance.h:32, - from RepresentationInstance.cpp:25: +In file included from PositionedEntity.h:28, + from DirectedPositionedEntity.h:28, + from DirectedPositionedEntity.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6247,10 +6284,10 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c RotatedTranslatedScaledEntity.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.o -In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from Light.h:29, - from Light.cpp:25: +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from BallsPrimitive.h:33, + from BallsPrimitive.cpp:28: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6261,10 +6298,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from BallsPrimitive.h:33, - from BallsPrimitive.cpp:28: +In file included from NRStuff.h:31, + from DiscreteSegment.h:26, + from DiscreteSegment.cpp:26: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6275,8 +6311,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from CXXMatrix.h:28, - from CXXMatrix.cpp:24: +In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from RepresentationInstance.h:32, + from RepresentationInstance.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6287,9 +6324,8 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from BondsPrimitive.h:28, - from BondsPrimitive.cpp:25: +In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from RotatedTranslatedScaledEntity.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6300,9 +6336,8 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from NRStuff.h:31, - from DiscreteSegment.h:26, - from DiscreteSegment.cpp:26: +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from DisplayPrimitive.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6313,18 +6348,13 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from Representation.h:36, - from Representation.cpp:33: +In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from Light.h:29, + from Light.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from CylindersPrimitive.h:29, - from BoxSectionPrimitive.h:31, - from BoxSectionPrimitive.cpp:32: +In file included from CXXMatrix.h:28, + from CXXMatrix.cpp:24: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6335,15 +6365,17 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 57 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from PositionedEntity.h:28, - from DirectedPositionedEntity.h:28, - from DirectedPositionedEntity.cpp:25: +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from Representation.h:36, + from Representation.cpp:33: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6354,8 +6386,11 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from RotatedTranslatedScaledEntity.cpp:25: +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from CylindersPrimitive.h:29, + from BoxSectionPrimitive.h:31, + from BoxSectionPrimitive.cpp:32: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6367,7 +6402,8 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from DisplayPrimitive.cpp:25: + from BondsPrimitive.h:28, + from BondsPrimitive.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6495,6 +6531,9 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -6508,9 +6547,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -6524,6 +6560,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo `test -f 'MolecularRepresentation.cpp' || echo './'`MolecularRepresentation.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6540,6 +6577,19 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from oglPolyhedron.h:29, + from BallsPrimitive.cpp:30: +Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': +Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +BallsPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BallsPrimitive::generateArrays()': +BallsPrimitive.cpp:96:39: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] + 96 | for (int iVertex = 0; iVertex < ((Polyhedron *)poly)->nVertices(); iVertex++){ + | ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +BallsPrimitive.cpp:110:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] + 110 | for (int iFace = 0; iFace < ((Polyhedron *)poly)->nFaces(); iFace++){ + | ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6556,8 +6606,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo `test -f 'MolecularRepresentation.cpp' || echo './'`MolecularRepresentation.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo `test -f 'SecondaryColorScheme.cpp' || echo './'`SecondaryColorScheme.cpp +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo `test -f 'SecondaryColorScheme.cpp' || echo './'`SecondaryColorScheme.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6574,12 +6623,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from oglPolyhedron.h:29, - from BallsPrimitive.cpp:30: -Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ BoxSectionPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BoxSectionPrimitive::generateArrays()': BoxSectionPrimitive.cpp:72:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 72 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ @@ -6587,26 +6630,12 @@ BoxSectionPrimitive.cpp:105:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 105 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -BallsPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BallsPrimitive::generateArrays()': -BallsPrimitive.cpp:96:39: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] - 96 | for (int iVertex = 0; iVertex < ((Polyhedron *)poly)->nVertices(); iVertex++){ - | ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -BallsPrimitive.cpp:110:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] - 110 | for (int iFace = 0; iFace < ((Polyhedron *)poly)->nFaces(); iFace++){ - | ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from oglPolyhedron.h:29, - from SpherePrimitive.h:30, - from Representation.cpp:36: -Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo `test -f 'MyMolecule.cpp' || echo './'`MyMolecule.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MyMolecule.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.lo `test -f 'SolidColorRule.cpp' || echo './'`SolidColorRule.cpp +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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@@ -6620,10 +6649,19 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from oglPolyhedron.h:29, + from SpherePrimitive.h:30, + from Representation.cpp:36: +Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': +Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6634,12 +6672,14 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.lo `test -f 'ColorRule.cpp' || echo './'`ColorRule.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6650,10 +6690,11 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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-DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ColorRule.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.o In file included from ColorRule.h:29, - from ColorScheme.h:32, - from SecondaryColorScheme.h:29, - from SecondaryColorScheme.cpp:25: + from SolidColorRule.h:27, + from SolidColorRule.cpp:26: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6664,12 +6705,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.lo `test -f 'SpherePrimitive.cpp' || echo './'`SpherePrimitive.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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-g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.lo `test -f 'Polyhedron.cpp' || echo './'`Polyhedron.cpp -In file included from ColorRule.h:29, - from SolidColorRule.h:27, - from SolidColorRule.cpp:26: +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ColorRule.cpp -fPIC -DPIC -o 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-std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.lo `test -f 'SticksPrimitive.cpp' || echo './'`SticksPrimitive.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SpherePrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo `test -f 'CompoundSelection.cpp' || echo './'`CompoundSelection.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ColorScheme.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c NRStuff.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo `test -f 'CompoundSelection.cpp' || echo './'`CompoundSelection.cpp In file included from ColorRule.h:29, from ColorRule.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6698,7 +6731,38 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c NRStuff.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ColorScheme.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.o libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Polyhedron.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o +In file included from NRStuff.h:31, + from NRStuff.cpp:29: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd In file included from DisplayPrimitive.h:32, from SpherePrimitive.h:29, from SpherePrimitive.cpp:25: @@ -6712,8 +6776,8 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo `test -f 'PositionedEntity.cpp' || echo './'`PositionedEntity.cpp libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SticksPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo `test -f 'PositionedEntity.cpp' || echo './'`PositionedEntity.cpp In file included from ColorRule.h:29, from ColorScheme.h:32, from ColorScheme.cpp:25: @@ -6727,10 +6791,26 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo `test -f 'SurfacePrimitive.cpp' || echo './'`SurfacePrimitive.cpp +In file included from MolecularRepresentation.cpp:28: +DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector >&)': +DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 41 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from SticksPrimitive.h:31, + from SticksPrimitive.cpp:28: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6744,6 +6824,23 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo `test -f 'SurfacePrimitive.cpp' || echo './'`SurfacePrimitive.cpp +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -6757,20 +6854,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from SticksPrimitive.h:31, - from SticksPrimitive.cpp:28: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd In file included from MyMolecule.h:28, from CompoundSelection.h:35, from CompoundSelection.cpp:25: @@ -6784,7 +6867,6 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c PositionedEntity.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6817,6 +6899,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c PositionedEntity.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6849,6 +6932,21 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawRibbon()': +MolecularRepresentation.cpp:542:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 542 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from oglPolyhedron.h:29, + from SpherePrimitive.h:30: +Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': +Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo `test -f 'CylinderPoint.cpp' || echo './'`CylinderPoint.cpp +MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawCalphas()': +MolecularRepresentation.cpp:740:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 740 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from PositionedEntity.h:28, from PositionedEntity.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6861,20 +6959,27 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from MyMolecule.cpp:36: -DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector >&)': -DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 41 | for (int i=0; i, int>&)' was hidden [-Woverloaded-virtual=] 95 | virtual FCXXCoord colorForAtom(const mmdb::Atom* atom, std::map, int> &handles){ | ^~~~~~~~~~~~ SecondaryColorScheme.h:52:23: note: by 'virtual FCXXCoord SecondaryColorScheme::colorForAtom(mmdb::Atom*)' 52 | virtual FCXXCoord colorForAtom(mmdb::Atom* atom){ | ^~~~~~~~~~~~ +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from SurfacePrimitive.h:28, + from SurfacePrimitive.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6907,13 +7012,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from oglPolyhedron.h:29, - from SpherePrimitive.h:30: -Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SurfacePrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo `test -f 'Renderer.cpp' || echo './'`Renderer.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6930,7 +7029,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from MolecularRepresentation.cpp:28: +ColorScheme.cpp: In static member function 'static std::shared_ptr ColorScheme::colorRampChainsScheme()': +ColorScheme.cpp:61:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::__cxx11::basic_string::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 61 | for (int i=0; i >&)': DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 41 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6961,26 +7057,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -ColorScheme.cpp: In static member function 'static std::shared_ptr ColorScheme::colorRampChainsScheme()': -ColorScheme.cpp:61:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::__cxx11::basic_string::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 61 | for (int i=0; i() { | ^ @@ -7010,49 +7101,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from SurfacePrimitive.h:28, - from SurfacePrimitive.cpp:25: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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-DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo `test -f 'Renderer.cpp' || echo './'`Renderer.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.lo `test -f 'VertexColorNormalPrimitive.cpp' || echo './'`VertexColorNormalPrimitive.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.lo `test -f 'CylindersPrimitive.cpp' || echo './'`CylindersPrimitive.cpp -MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawRibbon()': -MolecularRepresentation.cpp:542:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 542 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawCalphas()': -MolecularRepresentation.cpp:740:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 740 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylinderPoint.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo `test -f 'oglPolyhedron.cpp' || echo './'`oglPolyhedron.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylindersPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Renderer.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.o -In file included from CylinderPoint.h:29, - from CylinderPoint.cpp:28: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c VertexColorNormalPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo `test -f 'oglPolyhedron.cpp' || echo './'`oglPolyhedron.cpp In file included from Renderer.h:28, from Renderer.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -7065,10 +7115,27 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c VertexColorNormalPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylindersPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from DisplayPrimitive.h:32, from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from CylindersPrimitive.h:29, - from CylindersPrimitive.cpp:25: + from VertexColorNormalPrimitive.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -7079,9 +7146,21 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd +SurfacePrimitive.cpp: In member function 'virtual void SurfacePrimitive::generateArrays()': +SurfacePrimitive.cpp:100:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 100 | for (int i=0; i< childSurface.numberOfTriangles(); i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +SurfacePrimitive.cpp: In constructor 'SurfacePrimitive::SurfacePrimitive(mmdb::Manager*, int, int, std::shared_ptr, SurfaceType, float, float)': +SurfacePrimitive.cpp:145:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 145 | for (int iVertex = 0; iVertex() { | ^ @@ -7109,6 +7189,21 @@ | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c oglPolyhedron.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o +In file included from Polyhedron.h:32, + from oglPolyhedron.h:29, + from oglPolyhedron.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo `test -f 'Quaternion.cpp' || echo './'`Quaternion.cpp +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MolecularRepresentationInstance.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7141,36 +7236,10 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -SurfacePrimitive.cpp: In member function 'virtual void SurfacePrimitive::generateArrays()': -SurfacePrimitive.cpp:100:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 100 | for (int i=0; i< childSurface.numberOfTriangles(); i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -SurfacePrimitive.cpp: In constructor 'SurfacePrimitive::SurfacePrimitive(mmdb::Manager*, int, int, std::shared_ptr, SurfaceType, float, float)': -SurfacePrimitive.cpp:145:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 145 | for (int iVertex = 0; iVertex() { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from Polyhedron.h:32, - from oglPolyhedron.h:29, - from oglPolyhedron.cpp:25: +In file included from MyMolecule.h:28, + from MolecularRepresentation.h:32, + from MolecularRepresentationInstance.h:30, + from MolecularRepresentationInstance.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -7181,23 +7250,6 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.lo `test -f 'MolecularRepresentationInstance.cpp' || echo './'`MolecularRepresentationInstance.cpp -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' CylindersPrimitive.cpp: In member function 'virtual void CylindersPrimitive::generateArrays()': CylindersPrimitive.cpp:85:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 85 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ @@ -7205,10 +7257,7 @@ CylindersPrimitive.cpp:113:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 113 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo `test -f 'Quaternion.cpp' || echo './'`Quaternion.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Quaternion.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo `test -f 'Vector2.cpp' || echo './'`Vector2.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MolecularRepresentationInstance.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo `test -f 'Vector2.cpp' || echo './'`Vector2.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7229,7 +7278,8 @@ Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo `test -f 'Vector3.cpp' || echo './'`Vector3.cpp +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Quaternion.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo `test -f 'Vector3.cpp' || echo './'`Vector3.cpp oglPolyhedron.cpp: In member function 'virtual void oglPolyhedron::generateArrays()': oglPolyhedron.cpp:48:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 48 | for (int i=0; i() { | ^ @@ -7277,10 +7311,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c FlatFanPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o In file included from DishyBase.h:31, from DishyBase.cpp:23: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -7362,7 +7398,7 @@ MyMolecule.cpp:101:25: warning: 'char* __builtin_strncpy(char*, const char*, long unsigned int)' output may be truncated copying 6 bytes from a string of length 195 [-Wstringop-truncation] 101 | strncpy (field, tokenBuffer+60, 6); | ^ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu 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.libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/.libs -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/.libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu 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'/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles' Making all in pli make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/rdkit 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-lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-pli.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu protein-ligand-interactions.lo flev-annotations.lo pi-stacking.lo sdf-interface.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor 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-L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-pli.so.0 -o .libs/libcoot-pli.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-pli.so.0" && ln -s "libcoot-pli.so.0.0.0" "libcoot-pli.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-pli.so" && ln -s "libcoot-pli.so.0.0.0" "libcoot-pli.so") @@ -7435,19 +7471,19 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/python-tests' Making all in cootilus make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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operator[] ignored (consider using %extend) +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 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-I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c pyrogen-swig.cc -fPIC -DPIC -o .libs/pyrogen-swig.o In file included from cairo-molecule.hh:34, from cairo-molecule.cc:27: @@ -7517,31 +7553,36 @@ from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from restraints-private.hh:33, from restraints.hh:39, - from py-restraints.cc:30: + from restraints.cc:26: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from restraints.cc:29: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from restraints-private.hh:33, from restraints.hh:39, - from restraints.cc:26: + from py-restraints.cc:30: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from restraints.cc:29: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, from restraints-boost.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from restraints.cc:34: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -7553,22 +7594,17 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from restraints.cc:34: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers 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mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers 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-Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so.0" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.la" && ln -s "../libcoot_py_restraints.la" "libcoot_py_restraints.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors 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.libs/restraints-boost.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs ./.libs/libcoot_py_restraints.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so.0" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.la" && ln -s "../pyrogen_boost.la" "pyrogen_boost.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot_py_restraints.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_pyrogen_swig.so.0" && ln -s "_pyrogen_swig.so.0.0.0" "_pyrogen_swig.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_pyrogen_swig.so" && ln -s "_pyrogen_swig.so.0.0.0" "_pyrogen_swig.so") @@ -7632,37 +7668,36 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/sounds' Making all in api make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule.lo coot-molecule.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-replace-fragment.cc In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../ligand/ligand.hh:32, from ../ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, @@ -7672,18 +7707,19 @@ 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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coot-molecule-replace-fragment.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-replace-fragment.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule-backup.lo coot-molecule-backup.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-molecule-backup.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-backup.o +In file included from coot-molecule.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from coot-molecule.cc:35: +In file included from coot-molecule-maps.cc:32: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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-std=c++17 -c coot-molecule-backup.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-backup.o In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from coot-molecule.cc:37: @@ -7694,16 +7730,7 @@ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-modelling.cc:4: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-validation.cc:35: + from coot-molecule-merge-molecules.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -7711,7 +7738,8 @@ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-merge-molecules.cc:28: + from molecules-container.hh:19, + from molecules-container-modelling.cc:4: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -7719,11 +7747,25 @@ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-bonds.cc:39: + from molecules-container.hh:19, + from molecules-container.cc:32: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from coot-molecule-moltris.cc:31: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../ligand/ligand.hh:32, from ../ligand/wligand.hh:25, @@ -7735,8 +7777,7 @@ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from molecules-container.hh:19, - from molecules-container.cc:32: + from coot-molecule-validation.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -7746,26 +7787,33 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47, - from coot-molecule-maps.cc:36: +In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from coot-molecule-moltris.cc:31: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd -In file included from coot-molecule.hh:47: +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from coot-molecule-bonds.cc:39: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from coot-molecule-backup.cc:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:174, + from coot-molecule.hh:47, + from coot-molecule.cc:38: +../ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': +../ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { + | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47, + from coot-molecule-maps.cc:36: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -7775,7 +7823,6 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -7785,18 +7832,7 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:174, - from coot-molecule.hh:47, - from coot-molecule.cc:38: -../ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': -../ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { - | ^ -In file included from coot-molecule-backup.cc:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -7808,6 +7844,7 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule-bonds-instanced.lo coot-molecule-bonds-instanced.cc In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, @@ -7824,7 +7861,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule-bonds-instanced.lo coot-molecule-bonds-instanced.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47, + from coot-molecule-backup.cc:29: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -7846,7 +7918,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-molecule-bonds-instanced.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-bonds-instanced.o In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -7854,22 +7925,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -7882,13 +7937,6 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -7908,12 +7956,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47, - from coot-molecule-backup.cc:29: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -7933,12 +7975,6 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -7966,6 +8002,18 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -7983,18 +8031,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, @@ -8025,11 +8061,11 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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&psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit 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file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from rigid-body-fit.hh:7, from rigid-body-fit.cc:2: @@ -8078,15 +8132,11 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 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argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from molecules-container.hh:19, + from molecules-container-superpose.cc:4: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -8107,9 +8160,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g 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-Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-molecule-change-chain-id.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-change-chain-id.o -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-superpose.cc:4: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -8146,6 +8178,13 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c blender-mesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/blender-mesh.o +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-molecule-blender.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-blender.o In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, @@ -8171,24 +8211,27 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecules-container-blender.lo molecules-container-blender.cc In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-maps.cc:27: + from coot-molecule-change-chain-id.cc:26: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -8196,17 +8239,13 @@ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-change-chain-id.cc:26: + from molecules-container.hh:19, + from molecules-container-maps.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule-blender.lo coot-molecule-blender.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-blender.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecules-container-blender.o In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -8217,7 +8256,6 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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@@ -8231,8 +8269,14 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecules-container-blender.lo molecules-container-blender.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-blender.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecules-container-blender.o +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from coot-molecule-blender.cc:26: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -8247,6 +8291,15 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +molecules-container.hh:953: Warning 325: Nested class not currently supported (auto_read_mtz_info_t ignored) +molecules-container.hh:1042: Warning 325: Nested class not currently supported (r_factor_stats ignored) +molecules-container.hh:1709: Warning 325: Nested class not currently supported (fit_ligand_info_t ignored) +molecules-container.hh:1824: Warning 325: Nested class not currently supported (ltj_stats_t ignored) +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -8254,16 +8307,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -molecules-container.hh:953: Warning 325: Nested class not currently supported (auto_read_mtz_info_t ignored) -molecules-container.hh:1042: Warning 325: Nested class not currently supported (r_factor_stats ignored) -molecules-container.hh:1709: Warning 325: Nested class not currently supported (fit_ligand_info_t ignored) -molecules-container.hh:1824: Warning 325: Nested class not currently supported (ltj_stats_t ignored) In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -8277,23 +8320,14 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo `test -f 'molecules-container-swig.cc' || echo './'`molecules-container-swig.cc -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-blender.cc:26: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-swig.cc -fPIC -DPIC -o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include 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'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, @@ -8303,6 +8337,8 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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'wrap-coot-api.cc' || echo './'`wrap-coot-api.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c wrap-coot-api.cc -fPIC -DPIC -o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -8315,26 +8351,12 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-swig.cc:6: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -8352,6 +8374,15 @@ from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, from molecules-container.hh:19, + from molecules-container-swig.cc:6: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from molecules-container.hh:19, from wrap-coot-api.cc:3435: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -8362,6 +8393,11 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -8388,12 +8424,12 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la 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-L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-api.so.0 -o .libs/libcoot-api.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-api.so.0" && ln -s "libcoot-api.so.0.0.0" "libcoot-api.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-api.so" && ln -s "libcoot-api.so.0.0.0" "libcoot-api.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-api.la" && ln -s "../libcoot-api.la" "libcoot-api.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/.libs ./.libs/libcoot-api.so -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot_headless_api.so.0 -o .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot_headless_api.so.0" && ln -s "_coot_headless_api.so.0.0.0" "_coot_headless_api.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot_headless_api.so" && ln -s "_coot_headless_api.so.0.0.0" "_coot_headless_api.so") @@ -8402,46 +8438,42 @@ Making all in layla make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o main.o main.cpp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/tools.cpp +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/tools.cpp -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o In file included from python_utils.cpp:26: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/tools.cpp -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o ligand_editor_canvas/render.lo ligand_editor_canvas/render.cpp +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o ligand_editor_canvas/render.lo ligand_editor_canvas/render.cpp libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/render.cpp -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/render.o In file included from main.cpp:25: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -ligand_editor_canvas/core.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::WidgetCoreData::undo_edition()': -ligand_editor_canvas/core.cpp:74:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector >::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 74 | if(this->state_stack->size() > this->state_stack_pos + 1) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ ligand_editor_canvas/model.cpp: In member function 'std::pair coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::get_on_screen_coords(float, float) const': ligand_editor_canvas/model.cpp:144:85: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 144 | std::pair CanvasMolecule::get_on_screen_coords(float x, float y) const noexcept { @@ -8467,6 +8499,164 @@ ligand_editor_canvas/model.cpp:872:68: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] 872 | unsigned int the_other_atom_idx = bond->first_atom_idx == atom_idx ? bond->second_atom_idx : bond->first_atom_idx; | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/core.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::WidgetCoreData::undo_edition()': +ligand_editor_canvas/core.cpp:74:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector >::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 74 | if(this->state_stack->size() > this->state_stack_pos + 1) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ui.cpp:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings():: [with auto:30 = std::shared_ptr]': +/usr/include/c++/14/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' + 318 | { return bool(_M_pred(*__it)); } + | ~~~~~~~^~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2107:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' + 2107 | if (__pred(__first)) + | ~~~~~~^~~~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2152:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' + 2152 | return __find_if(__first, __last, __pred, + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 2153 | std::__iterator_category(__first)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algo.h:3876:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' + 3876 | return std::__find_if(__first, __last, + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ + 3877 | __gnu_cxx::__ops::__pred_iter(__pred)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:572:37: required from here + 572 | auto bond = std::find_if(bonds_of_atom_one->second.begin(),bonds_of_atom_one->second.end(),[=](const auto bond){ + | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 575 | }); + | ~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:573:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:573:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:574:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:574:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int):: [with auto:35 = std::shared_ptr]': +/usr/include/c++/14/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' + 318 | { return bool(_M_pred(*__it)); } + | ~~~~~~~^~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2107:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' + 2107 | if (__pred(__first)) + | ~~~~~~^~~~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2152:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' + 2152 | return __find_if(__first, __last, __pred, + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 2153 | std::__iterator_category(__first)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algo.h:3876:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' + 3876 | return std::__find_if(__first, __last, + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ + 3877 | __gnu_cxx::__ops::__pred_iter(__pred)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:928:31: required from here + 928 | auto target = std::find_if(bonds_for_atom_a->second.begin(),bonds_for_atom_a->second.end(),[=](const auto& bond){ + | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 930 | }); + | ~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:929:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:929:72: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +signals.cpp: In lambda function: +signals.cpp:68:36: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 68 | if(gtk_combo_box_get_active(cb) == -1) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94, + from signals.cpp:22: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here + 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp:69:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 69 | gtk_combo_box_set_active(cb,0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp: In function 'void layla_on_apply(GtkButton*, gpointer)': +signals.cpp:73:34: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 73 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here + 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp:83:39: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 83 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox), smiles.c_str()); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here + 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_monomer_id_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +signals.cpp:96:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 96 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"Custom") != 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here + 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_program_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +signals.cpp:108:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 108 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"acedrg") == 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here + 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_input_format_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +signals.cpp:121:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 121 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"molfile") == 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here + 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp: In function 'void layla_on_apply_dialog_accepted(GtkButton*, gpointer)': +signals.cpp:159:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 159 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(GTK_COMBO_BOX(monomer_id_combobox)),"Custom") != 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here + 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp:160:73: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 160 | auto monomer_id = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(monomer_id_combobox))); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp:169:71: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 169 | auto program_name = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(program_combobox))); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp:172:76: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 172 | auto input_format_name = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(input_format_combobox))); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp:175:74: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 175 | const auto* molecule_smiles_cstr = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from state.cpp:38: @@ -8797,168 +8987,14 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkmessagedialog.h:81:12: note: declared here 81 | GtkWidget* gtk_message_dialog_new (GtkWindow *parent, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings():: [with auto:30 = std::shared_ptr]': -/usr/include/c++/14/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' - 318 | { return bool(_M_pred(*__it)); } - | ~~~~~~~^~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2107:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' - 2107 | if (__pred(__first)) - | ~~~~~~^~~~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2152:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' - 2152 | return __find_if(__first, __last, __pred, - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 2153 | std::__iterator_category(__first)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algo.h:3876:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' - 3876 | return std::__find_if(__first, __last, - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ - 3877 | __gnu_cxx::__ops::__pred_iter(__pred)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:572:37: required from here - 572 | auto bond = std::find_if(bonds_of_atom_one->second.begin(),bonds_of_atom_one->second.end(),[=](const auto bond){ - | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 575 | }); - | ~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:573:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:573:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:574:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:574:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int):: [with auto:35 = std::shared_ptr]': -/usr/include/c++/14/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' - 318 | { return bool(_M_pred(*__it)); } - | ~~~~~~~^~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2107:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' - 2107 | if (__pred(__first)) - | ~~~~~~^~~~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2152:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' - 2152 | return __find_if(__first, __last, __pred, - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 2153 | std::__iterator_category(__first)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algo.h:3876:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' - 3876 | return std::__find_if(__first, __last, - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ - 3877 | __gnu_cxx::__ops::__pred_iter(__pred)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:928:31: required from here - 928 | auto target = std::find_if(bonds_for_atom_a->second.begin(),bonds_for_atom_a->second.end(),[=](const auto& bond){ - | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 930 | }); - | ~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:929:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:929:72: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ -signals.cpp: In lambda function: -signals.cpp:68:36: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 68 | if(gtk_combo_box_get_active(cb) == -1) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94, - from signals.cpp:22: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here - 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp:69:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 69 | gtk_combo_box_set_active(cb,0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp: In function 'void layla_on_apply(GtkButton*, gpointer)': -signals.cpp:73:34: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 73 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here - 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp:83:39: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 83 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox), smiles.c_str()); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here - 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_monomer_id_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -signals.cpp:96:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 96 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"Custom") != 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here - 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_program_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -signals.cpp:108:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 108 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"acedrg") == 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here - 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_input_format_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -signals.cpp:121:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 121 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"molfile") == 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here - 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp: In function 'void layla_on_apply_dialog_accepted(GtkButton*, gpointer)': -signals.cpp:159:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 159 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(GTK_COMBO_BOX(monomer_id_combobox)),"Custom") != 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here - 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp:160:73: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 160 | auto monomer_id = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(monomer_id_combobox))); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp:169:71: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 169 | auto program_name = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(program_combobox))); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp:172:76: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 172 | auto input_format_name = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(input_format_combobox))); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp:175:74: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 175 | const auto* molecule_smiles_cstr = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas.cpp: In function 'void on_hover(GtkEventControllerMotion*, gdouble, gdouble, gpointer)': -ligand_editor_canvas.cpp:260:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 260 | auto coords = target.get_on_screen_coords(atom.x, atom.y); - | ^ ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t> coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::cropped_bond_coords(const graphene_point_t&, unsigned int, const graphene_point_t&, unsigned int)': ligand_editor_canvas/render.cpp:756:219: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 756 | std::pair MoleculeRenderContext::cropped_bond_coords(const graphene_point_t& first_atom, unsigned int first_atom_idx, const graphene_point_t& second_atom, unsigned int second_atom_idx) { | ^ -In file included from ui.cpp:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +ligand_editor_canvas.cpp: In function 'void on_hover(GtkEventControllerMotion*, gdouble, gdouble, gpointer)': +ligand_editor_canvas.cpp:260:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 260 | auto coords = target.get_on_screen_coords(atom.x, atom.y); + | ^ ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_straight_wedge(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool)': ligand_editor_canvas/render.cpp:869:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 869 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); @@ -9053,26 +9089,26 @@ ligand_editor_canvas/render.cpp:1185:46: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1185 | auto [first,second] = cropped_bond_coords(first_atom,bond.first_atom_idx,second_atom,bond.second_atom_idx); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/layla_embedded.o .libs/generators.o .libs/notifier.o .libs/signals.o .libs/state.o .libs/ui.o .libs/utils.o ligand_editor_canvas/.libs/core.o .libs/ligand_editor_canvas.o ligand_editor_canvas/.libs/model.o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o ligand_editor_canvas/.libs/render.o .libs/python_utils.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-layla.so.0 -o .libs/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.so.0" && ln -s "libcoot-layla.so.0.0.0" "libcoot-layla.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.so" && ln -s "libcoot-layla.so.0.0.0" "libcoot-layla.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.la" && ln -s "../libcoot-layla.la" "libcoot-layla.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o layla main.o libcoot-layla.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o layla main.o libcoot-layla.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/layla main.o -lcurl ./.libs/libcoot-layla.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla' Making all in validation-graphs make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o residue-validation-information.lo residue-validation-information.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o validation-graph-widget.lo validation-graph-widget.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o validation-graphs.lo validation-graphs.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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"-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c residue-validation-information.cc -fPIC -DPIC -o .libs/residue-validation-information.o validation-graph-widget.cc: In function 'void coot_validation_graph_snapshot(GtkWidget*, GtkSnapshot*)': validation-graph-widget.cc:229:66: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 229 | GtkStyleContext* style_context = gtk_widget_get_style_context(widget); @@ -9093,7 +9129,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:112:6: note: declared here 112 | void gtk_style_context_get_color (GtkStyleContext *context, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la 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-lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/residue-validation-information.o .libs/validation-graph-widget.o .libs/validation-graphs.o .libs/validation-information.o .libs/sequence-view-widget.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/.libs -Wl,-rpath 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-lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-validation-graphs.so.0 -o .libs/libcoot-validation-graphs.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-validation-graphs.so.0" && ln -s "libcoot-validation-graphs.so.0.0.0" "libcoot-validation-graphs.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-validation-graphs.so" && ln -s "libcoot-validation-graphs.so.0.0.0" "libcoot-validation-graphs.so") @@ -9101,65 +9137,72 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs' Making all in src make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-build-main-chain.cc:53: + from c-interface-build-side-chain.cc:56: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-build.cc:56: + from c-interface-build-gui.cc:53: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from init_coot_as_python_module.cc:37: + from c-interface-bonds.cc:49: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9216,18 +9259,30 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-build-gui.cc:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from cc-interface.hh:37, + from c-interface-curlew.cc:66: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-build.cc:66: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from atom-overlaps.cc:40: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-analysis.cc:36: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -9245,26 +9300,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from cc-interface.hh:37, - from c-interface-curlew.cc:66: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-bonds.cc:49: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from atom-overlaps.cc:40: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -9288,7 +9323,7 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-morph.cc:65: + from init_coot_as_python_module.cc:37: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9317,7 +9352,8 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from c-interface-analysis.cc:36: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -9337,7 +9373,7 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-main-chain.cc:63: + from c-interface-build-symmetry.cc:64: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9365,7 +9401,7 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-side-chain.cc:66: + from c-interface-build-morph.cc:65: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9393,7 +9429,7 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-symmetry.cc:64: + from c-interface-build-side-chain.cc:66: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9419,14 +9455,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-gui.cc:59: + from c-interface-build-main-chain.cc:63: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9454,7 +9485,7 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build.cc:66: + from c-interface-build-gui.cc:59: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9485,6 +9516,60 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-curlew.cc:70: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-gui.cc:72: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -9503,8 +9588,7 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-curlew.cc:70: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -9546,22 +9630,18 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from cc-interface.hh:39, from c-interface-bonds.cc:55: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9570,7 +9650,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from init_coot_as_python_module.cc:34: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -9580,6 +9661,26 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from ../ligand/helix-placement.hh:24, + from c-interface-build-symmetry.cc:70: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -9598,52 +9699,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-main-chain.cc:69: + from c-interface-build.cc:74: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-gui.cc:72: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9665,12 +9727,21 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from atom-overlaps.cc:39: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from atom-overlaps.cc:42: +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from ../ligand/helix-placement.hh:24, + from c-interface-build-morph.cc:71: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from ../ligand/helix-placement.hh:24, + from c-interface-build-side-chain.cc:72: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { @@ -9683,14 +9754,12 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from atom-overlaps.cc:39: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-morph.cc:71: +In file included from cc-interface.hh:39, + from atom-overlaps.cc:42: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { @@ -9703,8 +9772,7 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from init_coot_as_python_module.cc:34: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -9723,23 +9791,31 @@ | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-side-chain.cc:72: + from c-interface-build-gui.cc:65: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-gui.cc:65: + from c-interface-build-main-chain.cc:69: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ c-interface-build-gui.cc: In function 'void fill_move_molecule_here_dialog(GtkWidget*)': c-interface-build-gui.cc:248:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 248 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); @@ -9800,52 +9876,6 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-symmetry.cc:70: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build.cc:74: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -9864,6 +9894,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10067,18 +10103,23 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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c-interface-gtk2.cc:54: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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c-interface-gtk2.cc:59: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -10119,12 +10164,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -10142,7 +10186,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-ligands-gui.cc:51: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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c-interface-mmdb.cc +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from c-interface-maps.cc:38: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -10181,37 +10223,91 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-ligands.cc:46: + from c-interface-ligands-gui.cc:51: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mmdb.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mmdb.o +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-ligands.cc:51: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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| const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mogul.lo c-interface-mogul.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mogul-scripting.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mogul-scripting.o -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from c-interface-maps.cc:38: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from c-interface-image.cc:38: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mogul.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mogul.o +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-maps.cc:52: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from c-interface-image.cc:44: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -10231,18 +10327,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from c-interface-image.cc:38: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from c-interface-image.cc:44: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10303,18 +10387,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here 95 | gboolean gtk_list_store_remove (GtkListStore *list_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-mogul-scripting.cc:26: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-ligands.cc:51: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-ligands-gui.cc:54: @@ -10343,38 +10420,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from c-interface-mogul.cc:30: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mogul-scripting.lo c-interface-mogul-scripting.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10388,29 +10440,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-maps.cc:52: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 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-I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mogul-scripting.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mogul-scripting.o +In file included from c-interface-mogul.cc:30: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -10420,6 +10455,11 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -10438,12 +10478,11 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mutate.o +In file included from c-interface-mogul-scripting.cc:26: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10457,17 +10496,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-ligands-gui.cc:57: + from c-interface-ligands.cc:55: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10488,11 +10528,12 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -10515,12 +10556,32 @@ | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-ligands.cc:55: + from c-interface-ligands-gui.cc:57: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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-DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-ncs.lo c-interface-ncs.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mutate.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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-DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-ncs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-ncs.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -10543,18 +10604,17 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit 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-I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-ncs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-ncs.o c-interface-info.cc: In function 'PyObject* get_pointer_position_frac_py()': c-interface-info.cc:2631:66: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2631 | std::pair xy = g.get_pointer_position_frac(); | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-network.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-network.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10579,58 +10639,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkimage.h:78:12: note: declared here 78 | GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf (GdkPixbuf *pixbuf); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-network.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-network.o -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-maps.cc:60: -../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-mutate.cc:49: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -10642,13 +10650,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-ncs.cc:48: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10662,26 +10663,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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-DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-nucleotides.lo c-interface-nucleotides.cc -In file included from cc-interface.hh:37, - from c-interface-network.cc:46: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-ncs.cc:48: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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-Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-nucleotides.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-nucleotides.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-pisa.lo c-interface-pisa.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10831,6 +10825,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-nucleotides.lo c-interface-nucleotides.cc c-interface-mogul.cc: In function 'void coot::fill_mogul_angles_tab(GtkTreeView*, GtkWidget*, const mogul&, mmdb::Residue*)': c-interface-mogul.cc:427:56: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 427 | GtkTreeStore *tree_store_angles = gtk_tree_store_new(9, @@ -10997,12 +10992,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-pisa.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-pisa.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-nucleotides.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-nucleotides.o +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-mutate.cc:49: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-network.cc:52: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -11020,30 +11021,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-mutate.cc:44: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-mutate.cc:58: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +In file included from cc-interface.hh:37, + from c-interface-network.cc:46: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-pisa.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-pisa.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-ncs.cc:51: @@ -11077,12 +11062,41 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-network.cc:52: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-pisa-gui.lo c-interface-pisa-gui.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-pisa-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-pisa-gui.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11091,31 +11105,40 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-network.cc:35: + from c-interface-mutate.cc:44: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-network.cc: In function 'PyObject* curl_progress_info_py(const char*)': -c-interface-network.cc:427:13: warning: 'CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations] - 427 | info = CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD; - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-info.h:138: -/usr/include/aarch64-linux-gnu/curl/curl.h:2897:3: note: declared here - 2897 | CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-network.cc:435:13: warning: 'CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations] - 435 | info = CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD; - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/aarch64-linux-gnu/curl/curl.h:2880:3: note: declared here - 2880 | CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-mutate.cc:58: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-ncs.cc:55: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-nucleotides.cc:39: @@ -11123,6 +11146,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-preferences.lo c-interface-preferences.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -11144,26 +11168,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-preferences.lo c-interface-preferences.cc -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-ncs.cc:55: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-pisa.cc:34: @@ -11171,6 +11175,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-preferences.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-preferences.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -11192,24 +11197,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB 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function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11218,22 +11211,46 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from c-interface-network.cc:35: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-nucleotides.cc:59: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-python.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-python.o +c-interface-network.cc: In function 'PyObject* curl_progress_info_py(const char*)': +c-interface-network.cc:427:13: warning: 'CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations] + 427 | info = CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD; + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-info.h:138: +/usr/include/aarch64-linux-gnu/curl/curl.h:2897:3: note: declared here + 2897 | CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-network.cc:435:13: warning: 'CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations] + 435 | info = CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD; + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/aarch64-linux-gnu/curl/curl.h:2880:3: note: declared here + 2880 | CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ c-interface-ncs.cc: In function 'std::vector make_ncs_maps(int, int)': c-interface-ncs.cc:954:115: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 954 | graphics_info_t::molecules[imol_model].chain_centre_and_radius(ncs_ghosts[ighst].target_chain_id); | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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-DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-python.lo c-interface-python.cc +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-python.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-python.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-pisa-gui.cc:32: @@ -11268,7 +11285,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-refine.lo c-interface-refine.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11281,21 +11297,45 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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-DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-residues.lo c-interface-residues.cc +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-nucleotides.cc:59: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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c-interface-python.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-preferences.cc:64: @@ -11303,11 +11343,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -11329,37 +11364,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o simple-refmac.lo simple-refmac.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c simple-refmac.cc -fPIC -DPIC -o .libs/simple-refmac.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-python.cc:40: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-refmac.lo c-interface-refmac.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11378,6 +11389,7 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-refmac.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-refmac.o c-interface-pisa-gui.cc: In function 'void coot::pisa_interfaces_gui(const std::vector&)': c-interface-pisa-gui.cc:53:29: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 53 | gtk_tree_store_new (12, G_TYPE_INT, G_TYPE_INT, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, @@ -11488,6 +11500,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:201:25: note: declared here 201 | void gtk_tree_view_column_set_sort_column_id (GtkTreeViewColumn *tree_column, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o simple-refmac.lo simple-refmac.cc c-interface-pisa-gui.cc: In function 'void coot::on_pisa_interfaces_seletion_changed(GtkTreeSelection*, gpointer)': c-interface-pisa-gui.cc:135:48: warning: 'gboolean gtk_tree_selection_get_selected(GtkTreeSelection*, GtkTreeModel**, GtkTreeIter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 135 | gboolean r = gtk_tree_selection_get_selected(treeselection, &model, &iter); @@ -11514,6 +11527,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -11527,33 +11541,35 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from c-interface-refmac.cc:32: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-sfs.lo c-interface-sfs.cc -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-python.cc:40: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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-Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-scm.lo c-interface-scm.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11567,12 +11583,41 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-refine.cc:41: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-scm.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-scm.o In file included from cc-interface.hh:39, from c-interface-preferences.cc:70: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' c-interface-preferences.cc: In function 'void show_preferences()': c-interface-preferences.cc:102:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 102 | gtk_combo_box_text_append_text(combobox, s.c_str()); @@ -11587,7 +11632,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-sequence.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-sequence.o c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()': c-interface-preferences.cc:291:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 291 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(w), ivalue); @@ -11612,25 +11656,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here 53 | GtkWidget * gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA *rgba); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-sfs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-sfs.o -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-refmac.cc:33: + from c-interface-residues.cc:40: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -11648,13 +11678,68 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-sequence.lo c-interface-sequence.cc +In file included from cc-interface.hh:37, + from c-interface-refmac.cc:32: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" 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note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-refine.cc:41: + from simple-refmac.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-validate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-validate.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -11680,36 +11765,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-residues.cc:40: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-sharpen.lo c-interface-sharpen.cc -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from simple-refmac.cc:35: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from c-interface-refmac.cc:33: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -11727,46 +11783,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from c-interface-scm.cc:32: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from c-interface-sfs.cc:36: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-superpose.lo c-interface-superpose.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-superpose.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-superpose.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-validate.lo c-interface-validate.cc -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -11781,7 +11797,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30: + from cc-interface.hh:30, + from c-interface-residues.cc:39: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -11791,6 +11808,21 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from c-interface-sfs.cc:36: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11804,13 +11836,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-validate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-validate.o In file included from cc-interface.hh:39, from c-interface-refine.cc:55: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11819,8 +11856,7 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30, - from c-interface-residues.cc:39: + from cc-interface.hh:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -11830,6 +11866,42 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-scm.cc:35: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-validate.cc:49: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-sequence.cc:34: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11843,13 +11915,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-sequence.cc:34: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -11894,32 +11959,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-view.lo c-interface-view.cc -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-scm.cc:35: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-widgets.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-widgets.o In file included from /usr/include/c++/14/istream:41, from /usr/include/c++/14/sstream:40, from ../validation-graphs/../geometry/residue-and-atom-specs.hh:26, @@ -11935,14 +11974,9 @@ c-interface-preferences.cc:225:14: note: 'colour_button' was declared here 225 | GtkWidget *colour_button; | ^~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-sharpen.cc:29: + from c-interface-superpose.cc:38: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -11968,43 +12002,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-validate.cc:49: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-superpose.cc:38: + from c-interface-sharpen.cc:29: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-sequence.cc:28: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-view.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-view.o In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from c-interface-view.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-validate.cc:52: @@ -12050,13 +12044,12 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-widgets.cc:35: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-widgets.lo c-interface-widgets.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12078,18 +12071,25 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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-D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-widgets.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-widgets.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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-../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-waters.lo c-interface-waters.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12098,8 +12098,7 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from c-interface-sequence.cc:28: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -12116,73 +12115,29 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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cc-interface.hh:37, + from c-interface-view.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-view.cc:34: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12196,23 +12151,31 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from cc-interface.hh:39, from c-interface-superpose.cc:46: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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-DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-test.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-test.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12232,6 +12195,14 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-waters-gui.lo c-interface-waters-gui.cc +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-widgets.cc:35: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ c-interface-validate.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_check_waters_dialog()': c-interface-validate.cc:136:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 136 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(check_waters_action_combobox), 0); // "Check" @@ -12255,7 +12226,39 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-alignment.lo cc-interface-alignment.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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c-interface-widgets.cc:36: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from c-interface-waters.cc:47: @@ -12263,14 +12266,102 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-waters.cc:51: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from c-interface.cc:96: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from cc-interface.hh:37, + from cc-interface-graphics.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-merge.lo cc-interface-merge.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-waters-gui.cc:46: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-alignment.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-alignment.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-graphics.lo cc-interface-graphics.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12283,25 +12374,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-waters-gui.cc:46: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ c-interface-widgets.cc: In function 'void remarks_dialog(int)': c-interface-widgets.cc:164:42: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 164 | GtkWidget *d = gtk_dialog_new(); @@ -12342,38 +12414,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here 144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button (GtkDialog *dialog, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface.cc:91: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-widgets.cc:741: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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-../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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-../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from c-interface.cc:102: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -12391,9 +12436,16 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-widgets.cc:741: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -12401,7 +12453,8 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from cc-interface-graphics.cc:31: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -12419,11 +12472,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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.libs/cc-interface-molecular-representation.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface.cc:102: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -12441,15 +12494,51 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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cc-interface-molecular-representation.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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-I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-molecular-representation.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-molecular-representation.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-waters.cc:66: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from cc-interface-graphics.cc:27: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from cc-interface.hh:30: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-waters-gui.cc:50: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -12459,11 +12548,6 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from c-interface-test.cc:89: @@ -12471,33 +12555,35 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from c-interface-test.cc:94: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-waters.cc:66: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from cc-interface-alignment.cc:41: + from cc-interface-merge.cc:38: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -12523,6 +12609,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12536,19 +12627,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ c-interface.cc: In function 'void mono_mode()': c-interface.cc:1174:53: warning: 'int gtk_widget_get_allocated_width(GtkWidget*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_get_width' instead [-Wdeprecated-declarations] 1174 | int x_size = gtk_widget_get_allocated_width(gl_widget); @@ -12562,28 +12646,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:477:23: note: declared here 477 | int gtk_widget_get_allocated_height (GtkWidget *widget); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from cc-interface-graphics.cc:31: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' c-interface.cc: In function 'void make_image_povray(const char*)': c-interface.cc:4500:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 4500 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); @@ -12612,38 +12674,29 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from cc-interface-merge.cc:38: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-molecular-symmetry.lo cc-interface-molecular-symmetry.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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"-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" 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+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from cc-interface.hh:30: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12671,6 +12724,32 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-molecular-symmetry.lo cc-interface-molecular-symmetry.cc +In file included from cc-interface.hh:39, + from cc-interface-alignment.cc:43: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-molecular-symmetry.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-molecular-symmetry.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from cc-interface-molecular-representation.cc:37: @@ -12678,11 +12757,19 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12704,23 +12791,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-map-utils.lo cc-interface-map-utils.cc -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12735,60 +12811,21 @@ 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from cc-interface.hh:39, - from cc-interface-alignment.cc:43: + from cc-interface-merge.cc:42: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-scripting.lo cc-interface-scripting.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-map-utils.lo cc-interface-map-utils.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-scripting.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-scripting.o libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-map-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-map-utils.o -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from cc-interface-molecular-symmetry.cc:34: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12802,23 +12839,28 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from cc-interface-merge.cc:42: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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from c-interface-test.cc:438: ../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': ../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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--mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-png.lo cc-interface-png.cc +In file included from cc-interface-png.cc:49: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12861,6 +12907,35 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-Wno-unused -std=c++17 -c change-dir.cc -fPIC -DPIC -o .libs/change-dir.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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cc-interface.hh:37, + from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-DPIC -o .libs/command-line.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from change-dir.cc:39: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12979,45 +13010,40 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o command-line-extern.lo command-line-extern.cc -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o command-line-extern.lo command-line-extern.cc +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from cc-interface-png.cc:55: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:27: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-application.lo coot-application.cc -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:29: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -13035,6 +13061,19 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-application.lo coot-application.cc +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-application.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-application.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13048,13 +13087,55 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cmtz-interface.cc:53: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from cc-interface.hh:39, from cc-interface-map-utils.cc:31: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from cmtz-interface.cc:53: +In file included from cc-interface.hh:37, + from cfc.cc:44: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from command-line.cc:61: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -13062,8 +13143,7 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:29: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -13081,12 +13161,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-colour.lo coot-colour.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13109,22 +13183,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from command-line.cc:61: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from cfc.cc:45: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -13142,14 +13206,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-align.lo coot-align.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-colour.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-colour.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13163,41 +13226,17 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from command-line-extern.cc:41: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-align.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-align.o -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13211,39 +13250,55 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-nomenclature.lo coot-nomenclature.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.13 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o coot-glue-gtk2.lo coot-glue-gtk2.c +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-align.lo coot-align.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from cfc.cc:44: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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-DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-nomenclature.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-nomenclature.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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{ | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-nomenclature.lo coot-nomenclature.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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-DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-align.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-align.o +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-nomenclature.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-nomenclature.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from command-line.cc:56: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from coot-application.cc:28: + from command-line-extern.cc:41: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from cfc.cc:45: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -13261,13 +13316,19 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from coot-align.cc:35: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from command-line.cc:68: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from coot-application.cc:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13289,25 +13350,22 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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-DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu 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gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13380,28 +13439,36 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from command-line.cc:56: + from cfc-widgets.hh:28, + from cfc.cc:40: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-phi-psi.lo coot-phi-psi.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, + from coot-nomenclature.cc:26: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -13419,7 +13486,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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-DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-phi-psi.lo coot-phi-psi.cc In file included from cc-interface.hh:39, from command-line-extern.cc:49: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -13432,32 +13498,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-phi-psi.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-phi-psi.o -In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, - from coot-nomenclature.cc:26: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cfc-widgets.hh:28, - from cfc.cc:40: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13471,6 +13511,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot_pythonmodule.lo coot_pythonmodule.cc coot-application.cc: In function 'int start_using_application(int, char**)': coot-application.cc:103:69: warning: 'G_APPLICATION_FLAGS_NONE' is deprecated: Use 'G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS' instead [-Wdeprecated-declarations] 103 | GtkApplication *app = gtk_application_new ("org.emsley.coot", G_APPLICATION_FLAGS_NONE); @@ -13483,21 +13524,22 @@ /usr/include/glib-2.0/gio/gioenums.h:1556:3: note: declared here 1556 | G_APPLICATION_FLAGS_NONE GIO_DEPRECATED_ENUMERATOR_IN_2_74_FOR(G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS), | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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-DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-setup-python.lo coot-setup-python.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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-DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-setup-python.lo coot-setup-python.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c eyes.cc -fPIC -DPIC -o .libs/eyes.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13548,15 +13600,33 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from curlew-gtk4.cc:31: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o fit-loop-gui.lo fit-loop-gui.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c event-controller-callbacks.cc -fPIC -DPIC -o .libs/event-controller-callbacks.o +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from coot-setup-python.cc:41: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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-Wno-unused -std=c++17 -c -o fit-loop-gui.lo fit-loop-gui.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from draw.cc:35: + from graphics-info-tick-function.cc:43: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -13564,7 +13634,8 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from curlew-gtk4.cc:32: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -13582,19 +13653,10 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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-DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c fit-loop-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/fit-loop-gui.o -In file included from cc-interface.hh:37, - from drag-and-drop.cc:36: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from coot-setup-python.cc:41: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -13612,19 +13674,15 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from draw-generic-display-objects.cc:36: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-tick-function.cc:43: + from coot_pythonmodule.cc:123: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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fit-loop-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/fit-loop-gui.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o flev.lo flev.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13646,22 +13704,25 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 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changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from dynamic-validation.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c framebuffer.cc -fPIC -DPIC -o .libs/framebuffer.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from curlew-gtk4.cc:32: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -13684,6 +13745,11 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -13695,6 +13761,39 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from draw-generic-display-objects.cc:38: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13703,17 +13802,51 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from coot_pythonmodule.cc:27: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o old-generic-display-object.lo old-generic-display-object.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c old-generic-display-object.cc -fPIC -DPIC -o .libs/old-generic-display-object.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from coot-setup-python.cc:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +coot-setup-python.cc: In function 'void setup_python_basic(int, char**)': +coot-setup-python.cc:71:17: warning: 'void PySys_SetArgv(int, wchar_t**)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 71 | PySys_SetArgv(argc, _argv); + | ~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/python3.13/Python.h:125, + from coot-setup-python.cc:24: +/usr/include/python3.13/sysmodule.h:10:38: note: declared here + 10 | Py_DEPRECATED(3.11) PyAPI_FUNC(void) PySys_SetArgv(int, wchar_t **); + | ^~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o framebuffer.lo framebuffer.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13722,8 +13855,7 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from graphics-info-tick-function.cc:38: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -13733,33 +13865,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from draw-generic-display-objects.cc:38: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13768,7 +13873,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from coot-setup-python.cc:30: + from curlew-gtk4.hh:29, + from curlew-gtk4.cc:29: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -13778,44 +13884,7 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -coot-setup-python.cc: In function 'void setup_python_basic(int, char**)': -coot-setup-python.cc:71:17: warning: 'void PySys_SetArgv(int, wchar_t**)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 71 | PySys_SetArgv(argc, _argv); - | ~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/python3.13/Python.h:125, - from coot-setup-python.cc:24: -/usr/include/python3.13/sysmodule.h:10:38: note: declared here - 10 | Py_DEPRECATED(3.11) PyAPI_FUNC(void) PySys_SetArgv(int, wchar_t **); - | ^~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from dynamic-validation.cc:27: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c framebuffer.cc -fPIC -DPIC -o .libs/framebuffer.o -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gaussian-surface.lo gaussian-surface.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13824,13 +13893,32 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-tick-function.cc:38: + from coot_pythonmodule.cc:27: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gaussian-surface.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gaussian-surface.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from event-controller-callbacks.cc:31: + from fit-loop-gui.cc:34: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -13856,19 +13944,21 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from probe-clash-score.hh:32, + from ligand-check.hh:30, + from c-interface-ligands.hh:34, + from flev.cc:37: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from fit-loop-gui.cc:34: + from event-controller-callbacks.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13890,67 +13980,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from curlew-gtk4.hh:29, - from curlew-gtk4.cc:29: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from probe-clash-score.hh:32, - from ligand-check.hh:30, - from c-interface-ligands.hh:34, - from flev.cc:37: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from flev.cc:39: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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-Wno-unused -std=c++17 -c -o gaussian-surface.lo gaussian-surface.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13971,42 +14006,50 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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-DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c generic-objects.cc -fPIC -DPIC -o .libs/generic-objects.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:37, + from gaussian-surface.cc:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o geometry-graphs.lo geometry-graphs.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c generic-objects.cc -fPIC -DPIC -o .libs/generic-objects.o -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from old-generic-display-object.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o geometry-graphs.lo geometry-graphs.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14028,10 +14071,74 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o get-residue.lo get-residue.cc +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from flev.cc:41: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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[-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, @@ -14041,6 +14148,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' event-controller-callbacks.cc: In lambda function: event-controller-callbacks.cc:168:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 168 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); @@ -14069,37 +14188,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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+../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from cc-interface.hh:37, - from gaussian-surface.cc:28: + from generic-objects.cc:44: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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-DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gl-rama-plot.lo gl-rama-plot.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14113,20 +14213,41 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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-Wno-unused -std=c++17 -c get-monomer.cc -fPIC -DPIC -o .libs/get-monomer.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gl-rama-plot.lo gl-rama-plot.cc -In file included from cc-interface.hh:37, - from generic-objects.cc:44: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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-DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gl-rama-plot.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gl-rama-plot.o +In file included from get-monomer.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from gaussian-surface.cc:29: + from generic-objects.cc:50: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -14144,44 +14265,56 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from old-generic-display-object.cc:33: +In file included from gl-rama-plot.cc:329: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gl-rama-plot.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gl-rama-plot.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o globjects.lo globjects.cc +gl-rama-plot.cc: In member function 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> > gl_rama_plot_t::get_munged_offset_and_scale(screen_position_origins_t, const glm::vec2&, float, float, int, int) const': +gl-rama-plot.cc:418:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 418 | int glarea_width, int glarea_height) const { + | ^~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from cc-interface.hh:30: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c globjects.cc -fPIC -DPIC -o .libs/globjects.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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-o graphics-info.lo graphics-info.cc In file included from cc-interface.hh:39, from flev.cc:57: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from get-residue.cc:34: @@ -14192,7 +14325,8 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from get-monomer.cc:29: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -14210,16 +14344,22 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from get-monomer.cc:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from generic-objects.cc:40: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from generic-objects.cc:50: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -14237,35 +14377,15 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from gl-rama-plot.cc:329: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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passing for argument of type 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 418 | int glarea_width, int glarea_height) const { - | ^~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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-../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -14277,6 +14397,7 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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-DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-draw.lo graphics-info-draw.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14285,15 +14406,31 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from get-monomer.cc:34: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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-DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw.o +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info.cc:64: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14307,25 +14444,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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-../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from globularize.cc:31: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-draw-models.lo graphics-info-draw-models.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from get-monomer.cc:29: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -14343,35 +14473,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from generic-objects.cc:40: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-defines-gtk4.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-defines-gtk4.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw-models.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw-models.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ 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&phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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graphics-info-defines.cc:36: @@ -14419,12 +14513,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -14446,7 +14534,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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[-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-gui.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-defines-gtk4.cc:27: + from graphics-info-draw.cc:48: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -14531,37 +14600,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-init.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-init.o -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -14581,60 +14624,14 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info.cc:43: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info.cc:97: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-draw.cc:48: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-gui.cc:63: + from graphics-info-graphs.cc:51: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -14645,6 +14642,13 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-init.lo graphics-info-init.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-draw-models.cc:27: @@ -14673,7 +14677,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-init.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-init.o +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-gui.cc:63: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14687,14 +14698,42 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-graphs.cc:51: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-intermediate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-intermediate.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info.cc:43: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from graphics-info.cc:97: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -14707,6 +14746,13 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-graphs.cc:60: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -14716,25 +14762,6 @@ 39 | CXXCoord() { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-graphs.cc:60: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -14748,6 +14775,14 @@ 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { | ^ @@ -14755,19 +14790,18 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-modelling.lo graphics-info-modelling.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-intermediate.lo graphics-info-intermediate.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14780,6 +14814,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info-draw.cc: In static member function 'static glm::mat4 graphics_info_t::get_molecule_mvp(bool)': graphics-info-draw.cc:632:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 632 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); @@ -14787,13 +14827,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-init.cc:32: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ graphics-info-draw.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float)': graphics-info-draw.cc:722:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 722 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); @@ -14808,7 +14841,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-modelling.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-modelling.o graphics-info-draw.cc: In lambda function: graphics-info-draw.cc:1665:107: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1665 | return std::pair(offset_rel, scales_new); @@ -14848,27 +14880,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_buttons()': graphics-info-draw.cc:3240:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 3240 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); @@ -14918,6 +14929,8 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-intermediate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-intermediate.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-modelling.lo graphics-info-modelling.cc graphics-info-draw.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::check_if_hud_bar_moused_over_or_act_on_hud_bar_clicked(double, double, bool)': graphics-info-draw.cc:4008:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 4008 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); @@ -14944,11 +14957,6 @@ ../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info-draw.cc: In lambda function: graphics-info-draw.cc:4612:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 4612 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); @@ -14956,6 +14964,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_bad_nbc_atom_pair_markers(unsigned int)': graphics-info-draw.cc:5481:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 5481 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); @@ -14977,37 +14998,14 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_extra_distance_restraints(int)': -graphics-info-draw.cc:6164:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6164 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation.lo graphics-info-navigation.cc -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_models_for_ssao()': graphics-info-draw-models.cc:37:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 37 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_extra_distance_restraints(int)': +graphics-info-draw.cc:6164:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6164 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -15018,13 +15016,52 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-modelling.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-modelling.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation.lo graphics-info-navigation.cc +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-init.cc:32: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES 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gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15038,6 +15075,7 @@ 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 136 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(overall_weight_combobox)); @@ -15331,11 +15369,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info-gui.cc: In member function 'std::string graphics_info_t::get_active_label_in_comboboxtext(GtkComboBoxText*)': graphics-info-gui.cc:3956:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 3956 | gchar *at = gtk_combo_box_text_get_active_text(combobox); @@ -15393,7 +15426,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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-15486,13 +15518,67 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-modelling.cc:65: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-mutate.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-intermediate.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-navigation.cc:54: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15524,33 +15610,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-network.lo graphics-info-network.cc -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-modelling.cc:65: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-network.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-network.o -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-navigation.cc:54: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_refinement_dialog_arrow_tab()': -graphics-info-draw.cc:1686:105: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1686 | auto p_s = get_munged_offset_and_scale(HUDTextureMesh::TOP_RIGHT, position_natural, 1.0, 1.0, w, h); - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-intermediate.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-modelling.cc:80: @@ -15579,6 +15638,18 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-navigation.cc:61: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -15600,14 +15671,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-mutate.lo graphics-info-mutate.cc -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-navigation.cc:61: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair, std::pair > graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms()': graphics-info-gui.cc:3101:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { @@ -15616,28 +15679,6 @@ graphics-info-gui.cc:4509:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4509 | graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const { | ^~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-mutate.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-navigation-gtk2.cc:42: @@ -15645,6 +15686,19 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-preferences.cc:35: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -15666,18 +15720,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-preferences.cc:35: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -15712,10 +15754,18 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-modelling.cc:48: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-mutate.cc:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -15733,6 +15783,10 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -15754,40 +15808,20 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info-modelling.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::move_molecule_here_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': -graphics-info-modelling.cc:5576:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 5576 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here - 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-modelling.cc:5578:52: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 5578 | GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here - 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-modelling.cc:5580:31: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 5580 | gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here - 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-mutate.cc:53: +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-modelling.cc:48: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15862,12 +15896,358 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-preferences.cc:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-mutate.cc:61: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from cc-interface.hh:39, + from graphics-info-preferences.cc:38: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +graphics-info-modelling.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::move_molecule_here_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': +graphics-info-modelling.cc:5576:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 5576 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here + 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-modelling.cc:5578:52: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 5578 | GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here + 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-modelling.cc:5580:31: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 5580 | gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here + 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::preferences_toolbar_icon_toggled(GtkCellRendererToggle*, gchar*, gpointer, int)': +graphics-info-preferences.cc:712:53: warning: 'GtkTreePath* gtk_tree_path_new_from_string(const char*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 712 | GtkTreePath *path = gtk_tree_path_new_from_string (path_string); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:201:14: note: declared here + 201 | GtkTreePath *gtk_tree_path_new_from_string (const char *path); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:716:26: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 716 | gtk_tree_model_get_iter(model, &iter, path); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:316:19: note: declared here + 316 | gboolean gtk_tree_model_get_iter (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:717:21: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 717 | gtk_tree_model_get(model, &iter, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ + 718 | 0, &value, + | ~~~~~~~~~~ + 719 | 3, &icon_pos, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here + 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:722:22: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 722 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, value, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:730:22: warning: 'void gtk_tree_path_free(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 730 | gtk_tree_path_free (path); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:228:14: note: declared here + 228 | void gtk_tree_path_free (GtkTreePath *path); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc: In member function 'void graphics_info_t::fill_preferences_toolbar_icons(GtkWidget*, GtkWidget*, int)': +graphics-info-preferences.cc:775:45: warning: 'GtkWidget* gtk_tree_view_new()' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 775 | GtkWidget *icons_tree = gtk_tree_view_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:193:24: note: declared here + 193 | GtkWidget *gtk_tree_view_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:776:37: warning: 'void gtk_tree_view_set_headers_visible(GtkTreeView*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 776 | gtk_tree_view_set_headers_visible(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), FALSE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:209:24: note: declared here + 209 | void gtk_tree_view_set_headers_visible (GtkTreeView *tree_view, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:26, + from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31, + from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcssenumtypes.h:11, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:33, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29: +graphics-info-preferences.cc:790:59: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 790 | GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/glib-2.0/gobject/gtype.h:2662:57: note: in definition of macro '_G_TYPE_CIC' + 2662 | # define _G_TYPE_CIC(ip, gt, ct) ((ct*) (void *) ip) + | ^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:30:41: note: in expansion of macro 'G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST' + 30 | #define GTK_TREE_MODEL(obj) (G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST ((obj), GTK_TYPE_TREE_MODEL, GtkTreeModel)) + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:790:26: note: in expansion of macro 'GTK_TREE_MODEL' + 790 | GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT)); + | ^~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here + 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:800:27: warning: 'void gtk_tree_view_set_model(GtkTreeView*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 800 | gtk_tree_view_set_model(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), model); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:201:24: note: declared here + 201 | void gtk_tree_view_set_model (GtkTreeView *tree_view, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:802:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 802 | button_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:26: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:803:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 803 | icon_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:804:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 804 | text_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:809:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 809 | gtk_list_store_append(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here + 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:857:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 857 | gtk_list_store_set(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 858 | BUTTON_COL, "", + | ~~~~~~~~~~~~~~~ + 859 | ICON_COL, icon, + | ~~~~~~~~~~~~~~~ + 860 | TEXT_COL, item.icon_text.c_str(), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 861 | INDEX_COL, item.icon_pos, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 862 | -1); + | ~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:866:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 866 | button_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:867:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 867 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), button_col); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here + 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:868:50: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_toggle_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 868 | button_renderer = gtk_cell_renderer_toggle_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:77: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertoggle.h:40:18: note: declared here + 40 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_toggle_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:869:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 869 | gtk_tree_view_column_pack_start(button_col, GTK_CELL_RENDERER(button_renderer), TRUE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here + 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:871:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 871 | gtk_tree_view_column_set_attributes(button_col, button_renderer, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 872 | "active", BUTTON_COL, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 873 | NULL); + | ~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here + 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:885:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 885 | icon_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:886:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 886 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), icon_col); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here + 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:887:48: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_pixbuf_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 887 | icon_renderer = gtk_cell_renderer_pixbuf_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:72: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendererpixbuf.h:39:18: note: declared here + 39 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_pixbuf_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:888:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 888 | gtk_tree_view_column_pack_start(icon_col, icon_renderer, TRUE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here + 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:889:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 889 | gtk_tree_view_column_set_attributes(icon_col, icon_renderer, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 890 | "pixbuf", ICON_COL, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 891 | NULL); + | ~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here + 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:894:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 894 | text_col = gtk_tree_view_column_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here + 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:895:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] + 895 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), text_col); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here + 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:896:46: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_text_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 896 | text_renderer = gtk_cell_renderer_text_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendereraccel.h:24, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:70: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertext.h:62:18: note: declared here + 62 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_text_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:897:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 897 | gtk_tree_view_column_pack_start(text_col, text_renderer, TRUE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here + 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:898:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] + 898 | gtk_tree_view_column_set_attributes(text_col, text_renderer, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 899 | "text", TEXT_COL, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 900 | NULL); + | ~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here + 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::update_toolbar_icons(GtkTreeModel*, int)': +graphics-info-preferences.cc:987:36: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter_first(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 987 | if (gtk_tree_model_get_iter_first(model, &iter)) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:327:19: note: declared here + 327 | gboolean gtk_tree_model_get_iter_first (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:989:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 989 | gtk_tree_model_get(model, &iter, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ + 990 | 0, &button_value, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 991 | 3, &col_index, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here + 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:997:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 997 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 1, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:1000:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1000 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 0, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:1003:38: warning: 'gboolean gtk_tree_model_iter_next(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1003 | } while (gtk_tree_model_iter_next(model, &iter)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:341:19: note: declared here + 341 | gboolean gtk_tree_model_iter_next (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair, std::pair > graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms()': +graphics-info-gui.cc:3101:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { + | ^~~~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16012,10 +16392,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:87:25: note: declared here 87 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new_with_attributes (const char *title, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair, std::pair > graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms()': -graphics-info-gui.cc:3101:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { - | ^~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-navigation-gtk2.cc:293:34: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] 293 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW (tv), GTK_TREE_VIEW_COLUMN (column)); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -16241,6 +16617,10 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const': +graphics-info-gui.cc:4509:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4509 | graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const { + | ^~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-navigation-gtk2.cc: In static member function 'static gboolean graphics_info_t::atom_tree_selection_func(GtkTreeSelection*, GtkTreeModel*, GtkTreePath*, gboolean, gpointer)': graphics-info-navigation-gtk2.cc:688:31: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 688 | if (gtk_tree_model_get_iter(model, &iter, path)) { @@ -16260,350 +16640,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const': -graphics-info-gui.cc:4509:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4509 | graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const { - | ^~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-preferences.cc:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-mutate.cc:61: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info-preferences.cc:38: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::preferences_toolbar_icon_toggled(GtkCellRendererToggle*, gchar*, gpointer, int)': -graphics-info-preferences.cc:712:53: warning: 'GtkTreePath* gtk_tree_path_new_from_string(const char*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 712 | GtkTreePath *path = gtk_tree_path_new_from_string (path_string); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:201:14: note: declared here - 201 | GtkTreePath *gtk_tree_path_new_from_string (const char *path); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:716:26: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 716 | gtk_tree_model_get_iter(model, &iter, path); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:316:19: note: declared here - 316 | gboolean gtk_tree_model_get_iter (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:717:21: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 717 | gtk_tree_model_get(model, &iter, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ - 718 | 0, &value, - | ~~~~~~~~~~ - 719 | 3, &icon_pos, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here - 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:722:22: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 722 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, value, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:730:22: warning: 'void gtk_tree_path_free(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 730 | gtk_tree_path_free (path); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:228:14: note: declared here - 228 | void gtk_tree_path_free (GtkTreePath *path); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc: In member function 'void graphics_info_t::fill_preferences_toolbar_icons(GtkWidget*, GtkWidget*, int)': -graphics-info-preferences.cc:775:45: warning: 'GtkWidget* gtk_tree_view_new()' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 775 | GtkWidget *icons_tree = gtk_tree_view_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:193:24: note: declared here - 193 | GtkWidget *gtk_tree_view_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:776:37: warning: 'void gtk_tree_view_set_headers_visible(GtkTreeView*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 776 | gtk_tree_view_set_headers_visible(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), FALSE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:209:24: note: declared here - 209 | void gtk_tree_view_set_headers_visible (GtkTreeView *tree_view, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:26, - from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31, - from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcssenumtypes.h:11, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:33, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29: -graphics-info-preferences.cc:790:59: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 790 | GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/glib-2.0/gobject/gtype.h:2662:57: note: in definition of macro '_G_TYPE_CIC' - 2662 | # define _G_TYPE_CIC(ip, gt, ct) ((ct*) (void *) ip) - | ^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:30:41: note: in expansion of macro 'G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST' - 30 | #define GTK_TREE_MODEL(obj) (G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST ((obj), GTK_TYPE_TREE_MODEL, GtkTreeModel)) - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:790:26: note: in expansion of macro 'GTK_TREE_MODEL' - 790 | GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT)); - | ^~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here - 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:800:27: warning: 'void gtk_tree_view_set_model(GtkTreeView*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 800 | gtk_tree_view_set_model(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), model); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:201:24: note: declared here - 201 | void gtk_tree_view_set_model (GtkTreeView *tree_view, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:802:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 802 | button_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:26: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:803:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 803 | icon_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:804:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 804 | text_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:809:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 809 | gtk_list_store_append(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here - 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:857:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 857 | gtk_list_store_set(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 858 | BUTTON_COL, "", - | ~~~~~~~~~~~~~~~ - 859 | ICON_COL, icon, - | ~~~~~~~~~~~~~~~ - 860 | TEXT_COL, item.icon_text.c_str(), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 861 | INDEX_COL, item.icon_pos, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 862 | -1); - | ~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:866:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 866 | button_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:867:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 867 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), button_col); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here - 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:868:50: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_toggle_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 868 | button_renderer = gtk_cell_renderer_toggle_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:77: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertoggle.h:40:18: note: declared here - 40 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_toggle_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:869:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 869 | gtk_tree_view_column_pack_start(button_col, GTK_CELL_RENDERER(button_renderer), TRUE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here - 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:871:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 871 | gtk_tree_view_column_set_attributes(button_col, button_renderer, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 872 | "active", BUTTON_COL, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 873 | NULL); - | ~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here - 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:885:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 885 | icon_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:886:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 886 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), icon_col); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here - 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:887:48: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_pixbuf_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 887 | icon_renderer = gtk_cell_renderer_pixbuf_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:72: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendererpixbuf.h:39:18: note: declared here - 39 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_pixbuf_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:888:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 888 | gtk_tree_view_column_pack_start(icon_col, icon_renderer, TRUE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here - 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:889:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 889 | gtk_tree_view_column_set_attributes(icon_col, icon_renderer, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 890 | "pixbuf", ICON_COL, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 891 | NULL); - | ~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here - 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:894:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 894 | text_col = gtk_tree_view_column_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here - 83 | GtkTreeViewColumn *gtk_tree_view_column_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:895:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] - 895 | gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), text_col); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here - 226 | int gtk_tree_view_append_column (GtkTreeView *tree_view, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:896:46: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_text_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 896 | text_renderer = gtk_cell_renderer_text_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendereraccel.h:24, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:70: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertext.h:62:18: note: declared here - 62 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_text_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:897:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 897 | gtk_tree_view_column_pack_start(text_col, text_renderer, TRUE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here - 91 | void gtk_tree_view_column_pack_start (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:898:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations] - 898 | gtk_tree_view_column_set_attributes(text_col, text_renderer, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 899 | "text", TEXT_COL, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 900 | NULL); - | ~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here - 106 | void gtk_tree_view_column_set_attributes (GtkTreeViewColumn *tree_column, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::update_toolbar_icons(GtkTreeModel*, int)': -graphics-info-preferences.cc:987:36: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter_first(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 987 | if (gtk_tree_model_get_iter_first(model, &iter)) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:327:19: note: declared here - 327 | gboolean gtk_tree_model_get_iter_first (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:989:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 989 | gtk_tree_model_get(model, &iter, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ - 990 | 0, &button_value, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 991 | 3, &col_index, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here - 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:997:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 997 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 1, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:1000:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1000 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 0, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:1003:38: warning: 'gboolean gtk_tree_model_iter_next(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1003 | } while (gtk_tree_model_iter_next(model, &iter)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:341:19: note: declared here - 341 | gboolean gtk_tree_model_iter_next (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -16618,16 +16659,10 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from graphics-info-mutate.cc:58: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16636,20 +16671,27 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-mutate.cc:58: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-lsq.lo graphics-info-lsq.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-lsq.lo graphics-info-lsq.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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graphics-info-residues.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-residues.o In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from graphics-info-pick.cc:37: @@ -16675,6 +16713,11 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from graphics-info-render-scene.cc:27: +../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -16696,9 +16739,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, 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for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -16724,7 +16769,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON 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passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-pick.cc:42: + from graphics-info-render.cc:38: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -16768,14 +16804,16 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-refmac.cc:79: + from graphics-info-opengl.cc:38: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-refine.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -16801,14 +16839,63 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-residues.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-render.cc:38: + from graphics-info-refmac.cc:79: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -16834,6 +16921,17 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-state.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-state.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-state.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-state.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16872,13 +16986,12 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -graphics-info-opengl.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float, float, float)': -graphics-info-opengl.cc:350:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 350 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from graphics-info-render.cc:1203: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -16901,45 +17014,41 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-refmac.cc:50: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-residues.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-statics.lo graphics-info-statics.cc +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-lsq.cc:39: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16953,18 +17062,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info-pick.cc:56: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-statics.lo graphics-info-statics.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16973,25 +17077,18 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-refmac.cc:50: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-refine.cc:31: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-statics.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-statics.o -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-scripting.cc:34: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17005,6 +17102,31 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-opengl.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float, float, float)': +graphics-info-opengl.cc:350:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 350 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-state.cc:38: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -17026,11 +17148,32 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-render-scene.cc:36: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-scripting.cc:34: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +graphics-info-render-scene.cc: In lambda function: +graphics-info-render-scene.cc:731:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 731 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -17052,12 +17195,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info-render.cc:1203: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -17069,6 +17206,14 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-superpose.lo graphics-info-superpose.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-superpose.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-superpose.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-trackball.lo graphics-info-trackball.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17077,33 +17222,26 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-render-scene.cc:36: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-render-scene.cc: In lambda function: -graphics-info-render-scene.cc:731:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 731 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + from graphics-info-state.cc:34: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from graphics-info-state.cc:40: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-trackball.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-trackball.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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-DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-ligand-view.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-ligand-view.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17117,20 +17255,20 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-ligand-mesh-molecule.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-ligand-mesh-molecule.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-state.cc:38: + from graphics-info-statics.cc:32: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -17152,59 +17290,34 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-superpose.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-superpose.o -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: +In file included from graphics-ligand-view.hh:21, + from graphics-ligand-view.cc:30: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info-scripting.cc:35: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-trackball.lo graphics-info-trackball.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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-DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gl-matrix.lo gl-matrix.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" 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-pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gl-matrix.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gl-matrix.o +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-superpose.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-ligand-view.lo graphics-ligand-view.cc -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-statics.cc:32: +In file included from meshed-generic-display-object.hh:30, + from coot-render.hh:40, + from graphics-ligand-view.hh:24: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -17226,40 +17339,20 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtk-widget-conversion-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-widget-conversion-utils.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-state.cc:34: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info-state.cc:40: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-superpose.cc:33: + from graphics-info-trackball.cc:57: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -17285,19 +17378,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-view.hh:21, - from graphics-ligand-view.cc:30: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-ligand-mesh-molecule.lo graphics-ligand-mesh-molecule.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17324,31 +17404,25 @@ /usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:1132:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1132 | make_pair(_T1&& __x, _T2&& __y) | ^~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gl-matrix.lo gl-matrix.cc -In file included from meshed-generic-display-object.hh:30, - from coot-render.hh:40, - from graphics-ligand-view.hh:24: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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.libs/gtkglarea-rama-plot.o In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-trackball.cc:57: + from graphics-ligand-mesh-molecule.cc:36: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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+../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o HUDTextureMesh.lo HUDTextureMesh.cc -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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gtk-manual.cc:38: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -17415,6 +17482,11 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17428,17 +17500,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from gtk-widget-conversion-utils.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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'void graphics_ligand_bond::gl_bond_double_aromatic_bond(const lig_build::pos_t&, const lig_build::pos_t&, bool, bool)': -graphics-ligand-view.cc:278:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 278 | make_double_aromatic_short_stick(pos_1, pos_2, shorten_first, shorten_second); - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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-DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o init-from-gtkbuilder.lo init-from-gtkbuilder.cc +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from gtkglarea-rama-plot.cc:23: @@ -17446,6 +17513,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o HUDTextureMesh.lo HUDTextureMesh.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -17467,9 +17535,21 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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-DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include 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+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o Instanced-Markup-Mesh.lo Instanced-Markup-Mesh.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -17492,40 +17572,23 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-ligand-mesh-molecule.cc:36: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from Instanced-Markup-Mesh.cc:242: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -17538,7 +17601,13 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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+../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c LinesMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/LinesMesh.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -17585,76 +17646,6 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -gtkglarea-rama-plot.cc: In function 'void gtkgl_rama_on_glarea_render(GtkWidget*)': -gtkglarea-rama-plot.cc:94:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 94 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gtk_gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -gtkglarea-rama-plot.cc: In lambda function: -gtkglarea-rama-plot.cc:130:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 130 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -gtkglarea-rama-plot.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_rama_plots()': -gtkglarea-rama-plot.cc:354:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 354 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o LigandViewMesh.lo LigandViewMesh.cc -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c LigandViewMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/LigandViewMesh.o -In file included from ../src/molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o lbg-interface.lo lbg-interface.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c lbg-interface.cc -fPIC -DPIC -o .libs/lbg-interface.o -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, from gtk-manual.cc:35: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, @@ -17761,6 +17752,74 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o LigandViewMesh.lo LigandViewMesh.cc +gtkglarea-rama-plot.cc: In function 'void gtkgl_rama_on_glarea_render(GtkWidget*)': +gtkglarea-rama-plot.cc:94:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 94 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gtk_gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +gtkglarea-rama-plot.cc: In lambda function: +gtkglarea-rama-plot.cc:130:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 130 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +gtkglarea-rama-plot.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_rama_plots()': +gtkglarea-rama-plot.cc:354:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 354 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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.libs/Model.o +../src/graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +../src/graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../src/gtk-utils.hh:26, + from gtk-utils.cc:24: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c make-a-dodec.cc -fPIC -DPIC -o .libs/make-a-dodec.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from init-from-gtkbuilder.cc:27: @@ -17768,7 +17827,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../src/graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from ../src/graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../src/gtk-utils.hh:26, - from gtk-utils.cc:24: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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.libs/meshed-generic-display-object.o +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecular-mesh-generator.hh:44, + from Model.hh:39, + from Model.cc:37: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17844,18 +17910,20 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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.libs/model-molecule-meshes.o +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from lbg-interface.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecular-mesh-generator.hh:44, - from Model.hh:39, - from Model.cc:37: + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -17872,10 +17940,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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molecule-class-info-bonds.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -17927,24 +18008,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17958,10 +18023,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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molecule-class-info-analysis.cc:28: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -17978,11 +18044,23 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-maps.lo molecule-class-info-maps.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from model-molecule-meshes.cc:34: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-analysis.cc:28: + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -17999,26 +18077,10 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-maps.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-maps.o -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from molecule-class-info.cc:77: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from meshed-generic-display-object.cc:37: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: + from molecule-class-info-alignment.cc:27: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -18035,18 +18097,31 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from model-molecule-meshes.cc:34: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-maps-2.lo molecule-class-info-maps-2.cc +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-maps-2.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-maps-2.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: + from molecule-class-info-bonds.cc:22: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -18075,10 +18150,22 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from molecule-class-info.cc:77: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-bonds.cc:22: + from molecule-class-info-build.cc:36: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -18095,14 +18182,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from molecule-class-info.cc:90: +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -18110,8 +18197,7 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: + from molecule-class-info-maps-2.cc:26: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -18136,7 +18222,7 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-build.cc:36: + from molecule-class-info-maps.cc:56: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -18153,12 +18239,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -18170,34 +18250,29 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from molecule-class-info.h:104: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from molecule-class-info.cc:90: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-maps.cc:56: + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -18214,29 +18289,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-maps-2.lo molecule-class-info-maps-2.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: + from graphics-info.h:151, + from molecule-class-info-bonds.cc:24: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -18258,13 +18317,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-manual.hh:29, - from molecule-class-info.cc:80: + from gtk-manual.h:26, + from molecule-class-info.h:102: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-molecular-symmetry.lo molecule-class-info-molecular-symmetry.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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-DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-maps-2.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-maps-2.o In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from molecule-class-info.h:104: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -18276,15 +18333,19 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 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-/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -18303,16 +18364,22 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../api/coot-molecule.hh:75, - from molecule-class-info.cc:120: + from molecule-class-info-maps-2.cc:209: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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+../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-dots-internal.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-dots-internal.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -18335,34 +18409,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" 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'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-mutate.lo molecule-class-info-mutate.cc -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-maps-2.cc:26: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, @@ -18384,7 +18436,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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| CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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-../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from molecule-class-info-dots.cc:28: @@ -18476,34 +18509,78 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from molecule-class-info-other.cc:64: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from molecule-class-info-mutate.cc:52: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/clipper/core/hkl_datatypes.h:49, + from /usr/include/clipper/contrib/function_object_bases.h:50, + from /usr/include/clipper/contrib/skeleton.h:50, + from ../build/CalphaBuild.hh:28, + from molecule-class-info.h:105: +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } + | ^~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from molecule-class-info-refine.cc:40: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -18521,37 +18598,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from /usr/include/clipper/core/hkl_datatypes.h:49, - from /usr/include/clipper/contrib/function_object_bases.h:50, - from /usr/include/clipper/contrib/skeleton.h:50, - from ../build/CalphaBuild.hh:28, - from molecule-class-info.h:105: -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } - | ^~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from molecule-class-info-other.cc:67: + from molecule-class-info-residues.cc:45: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18573,63 +18626,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-surface.lo molecule-class-info-surface.cc -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from molecule-class-info-residues.cc:45: + from molecule-class-info-mutate.cc:52: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from molecule-class-info-mutate.cc:58: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18651,8 +18654,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-string.lo molecule-class-info-string.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-surface.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-surface.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18673,36 +18674,17 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-string.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-string.o -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from molecule-class-info-refine.cc:36: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from molecule-class-info-other.cc:84: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from molecule-class-info-other.cc:67: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-refine.cc:40: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -18720,6 +18702,36 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from molecule-class-info-string.cc:32: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from molecule-class-info.h:104: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -18731,17 +18743,14 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-patterson.lo molecule-class-info-patterson.cc -molecule-class-info-mutate.cc: In member function 'void molecule_class_info_t::spin_search(clipper::Xmap&, const std::string&, int, const std::string&, const std::pair, std::__cxx11::basic_string >&, const std::vector >&)': -molecule-class-info-mutate.cc:1349:47: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1349 | float angle = coot::util::spin_search(xmap, res, tors).first; - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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-D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-patterson.lo molecule-class-info-patterson.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-ncs.lo molecule-class-info-ncs.cc In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from molecule-class-info-surface.cc:36: @@ -18749,13 +18758,44 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from molecule-class-info-mutate.cc:58: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-patterson.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-patterson.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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.libs/molecule-class-info-patterson.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-ncs.lo molecule-class-info-ncs.cc +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -18769,37 +18809,30 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-string.cc:32: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-ncs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-ncs.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from molecule-class-info-other.cc:84: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule&) const': -molecule-class-info-other.cc:3894:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3894 | molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule &a_rotamer) const { - | ^~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-mol-tris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-mol-tris.o -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +molecule-class-info-mutate.cc: In member function 'void molecule_class_info_t::spin_search(clipper::Xmap&, const std::string&, int, const std::string&, const std::pair, std::__cxx11::basic_string >&, const std::vector >&)': +molecule-class-info-mutate.cc:1349:47: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1349 | float angle = coot::util::spin_search(xmap, res, tors).first; + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule&) const': +molecule-class-info-other.cc:3894:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3894 | molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule &a_rotamer) const { + | ^~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18855,11 +18896,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from molecule-class-info-ncs.cc:45: @@ -18872,26 +18908,6 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-widget-work.lo molecule-class-info-widget-work.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18913,50 +18929,40 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-widget-work.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-widget-work.o +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_phi_psi(int) const': -molecule-class-info-other.cc:3628:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3628 | molecule_class_info_t::get_phi_psi(int atom_index) const { - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair > molecule_class_info_t::get_clash_score(const coot::minimol::molecule&, bool, int) const': -molecule-class-info-other.cc:3805:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3805 | std::pair rotamer_info = get_minimol_pos(a_rotamer); - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from molecule-class-info-mol-tris.cc:31: +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-widget-work.lo molecule-class-info-widget-work.cc +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from molecule-class-info-mol-tris.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -18980,15 +18986,11 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::I_sigI' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-widget-work.cc:27: + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -19005,60 +19007,47 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 111 | clipper::data32::F_sigF f = fsig[ih.hkl()]; | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-geometry.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-geometry.o molecule-class-info-patterson.cc: In member function 'bool molecule_class_info_t::make_patterson_using_intensities(std::string, std::string, std::string, float)': molecule-class-info-patterson.cc:196:31: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::I_sigI' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 196 | if (!isig[ih.hkl()].missing()) { | ~~~~~~~~~~~~~^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecular-mesh-generator.cc:43: -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] - 63 | #pragma mark - -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] - 64 | #pragma mark Debug routine -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecular-mesh-generator-mol-tris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecular-mesh-generator-mol-tris.o -In file included from molecular-mesh-generator-mol-tris.cc:35: -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] - 63 | #pragma mark - -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] - 64 | #pragma mark Debug routine +molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_phi_psi(int) const': +molecule-class-info-other.cc:3628:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3628 | molecule_class_info_t::get_phi_psi(int atom_index) const { + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair > molecule_class_info_t::get_clash_score(const coot::minimol::molecule&, bool, int) const': +molecule-class-info-other.cc:3805:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3805 | std::pair rotamer_info = get_minimol_pos(a_rotamer); + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from molecule-class-info-ncs.cc:49: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from molecule-class-info-ncs.cc:51: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -19073,14 +19062,32 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28: +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from molecule-class-info-geometry.cc:29: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecular-mesh-generator.lo molecular-mesh-generator.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecular-mesh-generator.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecular-mesh-generator.o +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from molecule-class-info-widget-work.cc:27: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -19101,6 +19108,25 @@ molecule-class-info-ncs.cc:2623:77: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2623 | molecule_class_info_t::chain_centre_and_radius(const std::string &chain_id) const { | ^~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecular-mesh-generator.cc:43: +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] + 63 | #pragma mark - +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] + 64 | #pragma mark Debug routine +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecular-mesh-generator-mol-tris.lo molecular-mesh-generator-mol-tris.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] @@ -19119,16 +19145,20 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o obj_loader.lo obj_loader.cc -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-geometry.cc:29: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecular-mesh-generator-mol-tris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecular-mesh-generator-mol-tris.o +In file included from molecular-mesh-generator-mol-tris.cc:35: +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] + 63 | #pragma mark - +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] + 64 | #pragma mark Debug routine +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -19145,7 +19175,26 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o obj_loader.lo obj_loader.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" 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+../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151, from molecule-class-info-widget-work.cc:530: @@ -19153,6 +19202,7 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -19166,6 +19216,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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probe-clash-score.cc -fPIC -DPIC -o .libs/probe-clash-score.o molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_phi_psi(int) const': molecule-class-info-other.cc:3628:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 3628 | molecule_class_info_t::get_phi_psi(int atom_index) const { @@ -19174,40 +19227,12 @@ molecule-class-info-other.cc:3894:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 3894 | molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule &a_rotamer) const { | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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cc-interface.hh:37, from positron-plot.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../mini-mol/mini-mol-utils.hh:22, - from protein_db-interface.cc:27: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" 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.libs/pumpkin.o In file included from probe-clash-score.cc:37: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -19220,25 +19245,39 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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-o .libs/Particle.o +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../mini-mol/mini-mol-utils.hh:22, + from protein_db-interface.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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get_sane_min_v_max_v(mdc.metadata); | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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-o rama_mousey.lo rama_mousey.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from pick.cc:43: @@ -19246,6 +19285,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON 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weight_abscissa(int idx) { + | ^ seq-view-interface.c: In function 'seq_lookup_widget': seq-view-interface.c:56:14: warning: unused variable 'parent' [-Wunused-variable] 56 | GtkWidget *parent = NULL, *found_widget = NULL; @@ -19355,14 +19396,10 @@ seq-view-interface.c:157:15: warning: unused variable 'window' [-Wunused-variable] 157 | GtkWidget *window = seq_lookup_widget(GTK_WIDGET(button), "sequence_view_dialog"); | ^~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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mean_and_variance() const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -19421,35 +19460,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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[-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -19472,15 +19490,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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-I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o TextureMesh.lo TextureMesh.cc -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from screendump-tga.cc:36: +In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, + from testing-2.cc:24: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Texture.cc -fPIC -DPIC -o .libs/Texture.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -19502,18 +19517,18 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c TextureMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/TextureMesh.o -In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, - from testing-2.cc:24: +In file included from Texture.cc:37: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from screendump-tga.cc:36: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -19535,6 +19550,27 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, from sound.cc:45: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: @@ -19554,28 +19590,31 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from Texture.cc:37: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from sdf-interface.cc:43: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o tomo-tools.lo tomo-tools.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c tomo-tools.cc -fPIC -DPIC -o .libs/tomo-tools.o +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from sdf-interface.cc:43: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -19597,19 +19636,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o tomo-tools.lo tomo-tools.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c tomo-tools.cc -fPIC -DPIC -o .libs/tomo-tools.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -19618,39 +19649,15 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from text-rendering-utils.cc:35: + from restraints-editor.cc:37: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from restraints-editor.cc:37: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ restraints-editor.cc: In member function 'void coot::restraints_editor::fill_atom_tree_data(GtkWidget*, const coot::dictionary_residue_restraints_t&)': restraints-editor.cc:126:56: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 126 | GtkTreeStore *tree_store_atoms = gtk_tree_store_new (4, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, @@ -20628,6 +20635,37 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:131:15: note: declared here 131 | void gtk_tree_store_append (GtkTreeStore *tree_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from testing.hh:26, + from testing.cc:33: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, + from testing.hh:29: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -20647,11 +20685,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from tomo-tools.cc:31: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -20671,17 +20709,16 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from testing.hh:26, - from testing.cc:33: +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, - from testing.hh:29: +/bin/sh ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.13 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o trackball.lo trackball.c +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from TextureMesh.cc:48: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -20699,25 +20736,46 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from tomo-tools.cc:31: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from text-rendering-utils.cc:35: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.13 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o trackball.lo trackball.c -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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trackball.h:82:40: note: previously declared as 'float *' 82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest); | ~~~~~~~^~~~ +In file included from testing.cc:50: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from testing.cc:60: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o user-mods.lo user-mods.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -20757,11 +20821,9 @@ 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o xmap-utils.lo xmap-utils.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c xmap-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/xmap-utils.o -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from TextureMesh.cc:48: +In file included from user-mods.cc:37: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -20769,27 +20831,6 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, from testing.cc:64: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: @@ -20809,12 +20850,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from user-mods.cc:37: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' 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2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -20837,29 +20877,16 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o rama-plot-phi-psi.lo rama-plot-phi-psi.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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- | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c spherical-density.cc -fPIC -DPIC -o .libs/spherical-density.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -20873,6 +20900,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o single-map-properties-dialog.lo single-map-properties-dialog.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -20886,13 +20919,17 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o view.lo view.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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-I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../src/post-process-coot-wrap-guile.sh coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc +adding gtk2 and guile ifdefs from coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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--mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. 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"-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_guile.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_guile.o -In file included from /usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64, - from /usr/include/c++/14/bits/specfun.h:43, - from /usr/include/c++/14/cmath:3906, - from /usr/include/c++/14/math.h:36, - from /usr/include/python3.13/Python.h:22, - from sdf-interface.cc:23: -In constructor 'constexpr std::pair<_T1, _T2>::pair(_U1&&, _U2&&) [with _U1 = bool; _U2 = clipper::Coord_orth&; typename std::enable_if<(std::_PCC::_MoveConstructiblePair<_U1, _U2>() && std::_PCC::_ImplicitlyMoveConvertiblePair<_U1, _U2>()), bool>::type = true; _T1 = bool; _T2 = clipper::Coord_orth]', - inlined from 'std::pair chemical_features::get_normal_info(RDKit::MolChemicalFeature*, const RDKit::ROMol&, const RDKit::Conformer&)' at sdf-interface.cc:413:56: -/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:882:42: warning: 'v' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] - 882 | : first(std::forward<_U1>(__x)), second(std::forward<_U2>(__y)) - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -sdf-interface.cc: In function 'std::pair chemical_features::get_normal_info(RDKit::MolChemicalFeature*, const RDKit::ROMol&, const RDKit::Conformer&)': -sdf-interface.cc:403:24: note: 'v' declared here - 403 | clipper::Coord_orth v; - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from spherical-density.cc:30: @@ -20945,6 +20961,11 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from single-map-properties-dialog.cc:30: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -20966,6 +20987,41 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from /usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64, + from /usr/include/c++/14/bits/specfun.h:43, + from /usr/include/c++/14/cmath:3906, + from /usr/include/c++/14/math.h:36, + from /usr/include/python3.13/Python.h:22, + from sdf-interface.cc:23: +In constructor 'constexpr std::pair<_T1, _T2>::pair(_U1&&, _U2&&) [with _U1 = bool; _U2 = clipper::Coord_orth&; typename std::enable_if<(std::_PCC::_MoveConstructiblePair<_U1, _U2>() && std::_PCC::_ImplicitlyMoveConvertiblePair<_U1, _U2>()), bool>::type = true; _T1 = bool; _T2 = clipper::Coord_orth]', + inlined from 'std::pair chemical_features::get_normal_info(RDKit::MolChemicalFeature*, const RDKit::ROMol&, const RDKit::Conformer&)' at sdf-interface.cc:413:56: +/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:882:42: warning: 'v' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] + 882 | : first(std::forward<_U1>(__x)), second(std::forward<_U2>(__y)) + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +sdf-interface.cc: In function 'std::pair chemical_features::get_normal_info(RDKit::MolChemicalFeature*, const RDKit::ROMol&, const RDKit::Conformer&)': +sdf-interface.cc:403:24: note: 'v' declared here + 403 | clipper::Coord_orth v; + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +testing.cc: In function 'int test_ligand_conformer_torsion_angles()': +testing.cc:1631:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1631 | std::pair p = conformer_info[i].get_set_and_real_torsions(itor); + | ^ +testing.cc: In function 'int test_lsq_plane()': +testing.cc:2629:65: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2629 | std::pair d = coot::lsq_plane_deviation(v, pt); + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from validation.cc:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -20987,14 +21043,14 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from validation.cc:28: + from view.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -21011,31 +21067,6 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -testing.cc: In function 'int test_ligand_conformer_torsion_angles()': -testing.cc:1631:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1631 | std::pair p = conformer_info[i].get_set_and_real_torsions(itor); - | ^ -testing.cc: In function 'int test_lsq_plane()': -testing.cc:2629:65: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2629 | std::pair d = coot::lsq_plane_deviation(v, pt); - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from view.cc:27: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -21045,10 +21076,15 @@ 39 | CXXCoord() { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { | ^ @@ -21057,22 +21093,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from widget-from-builder.cc:28: @@ -21101,6 +21121,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -21120,6 +21146,26 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -21140,38 +21186,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from single-map-properties-dialog.hh:32, - from single-map-properties-dialog.cc:31: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -single-map-properties-dialog.cc: In function 'void on_colour_chooser_dialog_response(GtkDialog*, int)': -single-map-properties-dialog.cc:364:33: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 364 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(dialog), &color); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here - 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -single-map-properties-dialog.cc: In function 'void show_map_colour_selector_with_parent(int, GtkWidget*)': -single-map-properties-dialog.cc:385:70: warning: 'GtkWidget* gtk_color_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 385 | GtkWidget *colour_chooser_dialog = gtk_color_chooser_dialog_new("Test", GTK_WINDOW(parent_window)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:84: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooserdialog.h:38:13: note: declared here - 38 | GtkWidget * gtk_color_chooser_dialog_new (const char *title, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -single-map-properties-dialog.cc:392:33: warning: 'void gtk_color_chooser_set_rgba(GtkColorChooser*, const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 392 | gtk_color_chooser_set_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(colour_chooser_dialog), map_colour_p); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:69:10: note: declared here - 69 | void gtk_color_chooser_set_rgba (GtkColorChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -21185,17 +21204,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from cc-interface.hh:39, from validation.cc:30: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -21210,17 +21230,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from widget-from-builder.hh:31, + from widget-from-builder.cc:27: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -21229,11 +21243,33 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from widget-from-builder.hh:31, - from widget-from-builder.cc:27: + from single-map-properties-dialog.hh:32, + from single-map-properties-dialog.cc:31: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +single-map-properties-dialog.cc: In function 'void on_colour_chooser_dialog_response(GtkDialog*, int)': +single-map-properties-dialog.cc:364:33: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 364 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(dialog), &color); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here + 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +single-map-properties-dialog.cc: In function 'void show_map_colour_selector_with_parent(int, GtkWidget*)': +single-map-properties-dialog.cc:385:70: warning: 'GtkWidget* gtk_color_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 385 | GtkWidget *colour_chooser_dialog = gtk_color_chooser_dialog_new("Test", GTK_WINDOW(parent_window)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:84: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooserdialog.h:38:13: note: declared here + 38 | GtkWidget * gtk_color_chooser_dialog_new (const char *title, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +single-map-properties-dialog.cc:392:33: warning: 'void gtk_color_chooser_set_rgba(GtkColorChooser*, const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 392 | gtk_color_chooser_set_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(colour_chooser_dialog), map_colour_p); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:69:10: note: declared here + 69 | void gtk_color_chooser_set_rgba (GtkColorChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ testing.cc: In function 'int test_ligand_conformer_torsion_angles()': testing.cc:1596:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1596 | int test_ligand_conformer_torsion_angles() { @@ -21242,7 +21278,7 @@ testing.cc:2615:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2615 | int test_lsq_plane() { | ^~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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from cc-interface.hh:37, + from glade-callbacks.cc:50: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from glade-callbacks-main-window.cc:56: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from glade-callbacks.cc:50: +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from create-menu-item-actions.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -21342,13 +21385,11 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from main.cc:81: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o libcootsumo.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coords/libcoot-coords.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la ../cootaneer/libcootaneer.la 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template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -21362,16 +21403,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../src/post-process-coot-wrap-python.sh gtk2 coot_wrap_python_pre.cc coot_wrap_python.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_python.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_python.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -21393,11 +21431,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../src/post-process-coot-wrap-python.sh gtk2 coot_wrap_python_pre.cc coot_wrap_python.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot_wrap_python.lo coot_wrap_python.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from glade-callbacks-main-window.cc:57: + from glade-callbacks.cc:53: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -21415,18 +21455,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from setup-gui-components.cc:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_python.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_python.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o libcootsumo.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coords/libcoot-coords.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../compat/libcoot-compat.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from glade-callbacks.cc:53: + from main.cc:81: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -21447,7 +21482,8 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from glade-callbacks-main-window.cc:57: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -21503,29 +21539,6 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from main.cc:23: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -21541,18 +21554,17 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from main.cc:96: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -21567,17 +21579,221 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from glade-callbacks-main-window.cc:28: + from main.cc:23: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from probe-clash-score.hh:32, - from c-interface-ligands-swig.hh:35, - from coot_wrap_python.cc:3466: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from glade-callbacks.cc:28: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, int)': +glade-callbacks.cc:868:48: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 868 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_dialog_save_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:915:67: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 915 | GtkWidget *file_chooser_dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Save Coordinates", + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 916 | parent_window, + | ~~~~~~~~~~~~~~ + 917 | action, + | ~~~~~~~ + 918 | ("_Cancel"), + | ~~~~~~~~~~~~ + 919 | GTK_RESPONSE_CANCEL, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 920 | ("_Save"), + | ~~~~~~~~~~ + 921 | GTK_RESPONSE_YES, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 922 | NULL); + | ~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:131: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here + 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_phs_coordinates_filechooserdialog1_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks.cc:5193:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 5193 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(phs_filechooser)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_screendump_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks.cc:5301:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 5301 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_residue_editor_select_monomer_type_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:5473:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 5473 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_export_map_file_chooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6044:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 6044 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_geman_mcclure_alpha_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6231:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6231 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_lennard_jones_epsilon_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6247:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6247 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6248:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6248 | int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); // save it for set active item next time + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here + 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_rama_restraints_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6258:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6258 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6259:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6259 | int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here + 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_torsion_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6270:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6270 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6271:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6271 | int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here + 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_overall_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6282:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6282 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_simple_refmac_mtz_file_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6480:31: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 6480 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER(w), filterselect); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here + 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_simple_refmac_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6494:43: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 6494 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6514:42: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6514 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here + 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6515:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6515 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox), file_name); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here + 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6516:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6516 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(file_combobox), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_cif_dictionary_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6585:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 6585 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_validation_graph_model_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6607:37: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6607 | if (gtk_combo_box_get_active_iter(self, &iter)) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here + 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6609:49: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6609 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(self),&iter,1,&new_active_model,-1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here + 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6609:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6609 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(self),&iter,1,&new_active_model,-1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here + 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_validation_graph_chain_id_combobox_changed(GtkComboBoxText*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6619:66: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6619 | auto chain_id = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(self)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_ramachandran_plot_molecule_chooser_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:6698:37: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6698 | if (gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter)) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here + 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6700:49: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6700 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)),&iter,1,&imol_active,-1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here + 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc:6700:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6700 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)),&iter,1,&imol_active,-1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here + 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -21585,7 +21801,7 @@ 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from cc-interface.hh:39, - from glade-callbacks-main-window.cc:59: + from main.cc:96: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { @@ -21596,28 +21812,12 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_save_coordinates_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks-main-window.cc:403:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 403 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_dataset_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks-main-window.cc:432:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 432 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_map_name_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks-main-window.cc:463:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 463 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -21630,18 +21830,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from create-menu-item-actions.cc:38: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -21662,7 +21850,7 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from glade-callbacks.cc:28: + from glade-callbacks-main-window.cc:28: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -21674,20 +21862,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here 97 | void gtk_combo_box_set_model (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_coords_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': -create-menu-item-actions.cc:58:50: warning: 'const char* gtk_file_chooser_get_choice(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 58 | const char *r = gtk_file_chooser_get_choice(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), "recentering"); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ setup-gui-components.cc:163:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 163 | gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here 142 | void gtk_combo_box_set_id_column (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:182:22: note: declared here - 182 | const char * gtk_file_chooser_get_choice (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ setup-gui-components.cc: In function 'void setup_ramachandran_plot_chooser_dialog()': setup-gui-components.cc:170:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 170 | gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::ramachandran_plot_model_list)); @@ -21701,16 +21881,10 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here 142 | void gtk_combo_box_set_id_column (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc:68:50: warning: 'GListModel* gtk_file_chooser_get_files(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 68 | GListModel *lm = gtk_file_chooser_get_files(chooser); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ setup-gui-components.cc: In function 'void attach_css_style_class_to_overlays()': setup-gui-components.cc:188:36: warning: 'void gtk_css_provider_load_from_data(GtkCssProvider*, const char*, gssize)' is deprecated: Use 'gtk_css_provider_load_from_string' instead [-Wdeprecated-declarations] 188 | gtk_css_provider_load_from_data (provider, ".mainWindowOverlayChild { background: rgba(0,0,0,0.7); }", -1); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:125:22: note: declared here - 125 | GListModel * gtk_file_chooser_get_files (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:99: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkcssprovider.h:49:18: note: declared here 49 | void gtk_css_provider_load_from_data (GtkCssProvider *css_provider, @@ -21725,46 +21899,26 @@ setup-gui-components.cc:192:38: warning: 'void gtk_style_context_add_provider(GtkStyleContext*, GtkStyleProvider*, guint)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 192 | gtk_style_context_add_provider (context, GTK_STYLE_PROVIDER (provider), GTK_STYLE_PROVIDER_PRIORITY_APPLICATION); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_dataset_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': -create-menu-item-actions.cc:98:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 98 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267: /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:64:6: note: declared here 64 | void gtk_style_context_add_provider (GtkStyleContext *context, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ setup-gui-components.cc:193:35: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 193 | gtk_style_context_add_class (context, "mainWindowOverlayChild"); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_map_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': -create-menu-item-actions.cc:128:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 128 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ setup-gui-components.cc: In function 'void add_python_scripting_entry_completion(GtkWidget*)': setup-gui-components.cc:215:61: warning: 'GtkEntryCompletion* gtk_entry_completion_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 215 | GtkEntryCompletion *completion = gtk_entry_completion_new(); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -create-menu-item-actions.cc:131:65: warning: 'const char* gtk_file_chooser_get_choice(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 131 | const char *response_id_cstr = gtk_file_chooser_get_choice(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), "is-diff-map"); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26: /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:66:21: note: declared here 66 | GtkEntryCompletion *gtk_entry_completion_new (void); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:182:22: note: declared here - 182 | const char * gtk_file_chooser_get_choice (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ setup-gui-components.cc:216:45: warning: 'void gtk_entry_completion_set_popup_completion(GtkEntryCompletion*, gboolean)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 216 | gtk_entry_completion_set_popup_completion(completion, TRUE); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -21786,6 +21940,109 @@ setup-gui-components.cc:219:28: warning: 'void gtk_entry_set_completion(GtkEntry*, GtkEntryCompletion*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 219 | gtk_entry_set_completion(GTK_ENTRY(entry), completion); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:160:21: note: declared here + 160 | void gtk_entry_set_completion (GtkEntry *entry, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:286:44: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 286 | GtkListStore *store = gtk_list_store_new(1, G_TYPE_STRING); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here + 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:290:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 290 | gtk_list_store_append( store, &iter ); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here + 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:293:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 293 | gtk_list_store_set( store, &iter, 0, c.c_str(), -1 ); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:296:34: warning: 'void gtk_entry_completion_set_model(GtkEntryCompletion*, GtkTreeModel*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 296 | gtk_entry_completion_set_model(completion, GTK_TREE_MODEL(store)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:74:21: note: declared here + 74 | void gtk_entry_completion_set_model (GtkEntryCompletion *completion, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from glade-callbacks-main-window.cc:59: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from create-menu-item-actions.cc:38: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_save_coordinates_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks-main-window.cc:403:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 403 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_dataset_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks-main-window.cc:432:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 432 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_map_name_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks-main-window.cc:463:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 463 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o ./.libs/libcootsumo.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp +create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_coords_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': +create-menu-item-actions.cc:58:50: warning: 'const char* gtk_file_chooser_get_choice(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 58 | const char *r = gtk_file_chooser_get_choice(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), "recentering"); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:182:22: note: declared here + 182 | const char * gtk_file_chooser_get_choice (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc:68:50: warning: 'GListModel* gtk_file_chooser_get_files(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 68 | GListModel *lm = gtk_file_chooser_get_files(chooser); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:125:22: note: declared here + 125 | GListModel * gtk_file_chooser_get_files (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_dataset_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': +create-menu-item-actions.cc:98:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 98 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_map_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': +create-menu-item-actions.cc:128:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 128 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc:131:65: warning: 'const char* gtk_file_chooser_get_choice(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 131 | const char *response_id_cstr = gtk_file_chooser_get_choice(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), "is-diff-map"); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:182:22: note: declared here + 182 | const char * gtk_file_chooser_get_choice (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void open_coordinates_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': create-menu-item-actions.cc:148:51: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 148 | GtkWidget *dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Open File", @@ -21804,9 +22061,6 @@ | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 155 | NULL); | ~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:160:21: note: declared here - 160 | void gtk_entry_set_completion (GtkEntry *entry, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:131: /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, @@ -21836,25 +22090,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:286:44: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 286 | GtkListStore *store = gtk_list_store_new(1, G_TYPE_STRING); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here - 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc:207:31: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 207 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), filterselect); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:290:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 290 | gtk_list_store_append( store, &iter ); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here - 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void auto_open_mtz_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': create-menu-item-actions.cc:234:51: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 234 | GtkWidget *dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Open File", parent_window, action, @@ -21868,21 +22109,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:293:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 293 | gtk_list_store_set( store, &iter, 0, c.c_str(), -1 ); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc:243:42: warning: 'gboolean gtk_file_chooser_set_current_folder(GtkFileChooser*, GFile*, GError**)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 243 | gtk_file_chooser_set_current_folder(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), f_dir, &error); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:296:34: warning: 'void gtk_entry_completion_set_model(GtkEntryCompletion*, GtkTreeModel*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 296 | gtk_entry_completion_set_model(completion, GTK_TREE_MODEL(store)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:74:21: note: declared here - 74 | void gtk_entry_completion_set_model (GtkEntryCompletion *completion, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:127:22: note: declared here 127 | gboolean gtk_file_chooser_set_current_folder (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -21963,18 +22192,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from new-startup.cc:29: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here - 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_save_state_dialog_response(GtkDialog*, int)': create-menu-item-actions.cc:579:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 579 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); @@ -22016,14 +22233,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, int)': -glade-callbacks.cc:868:48: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 868 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_save_views_clicked(GtkButton*, gpointer)': create-menu-item-actions.cc:636:51: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 636 | GtkWidget *dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Save Views", @@ -22048,31 +22257,9 @@ create-menu-item-actions.cc:647:31: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 647 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), filterselect); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_dialog_save_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:915:67: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 915 | GtkWidget *file_chooser_dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Save Coordinates", - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 916 | parent_window, - | ~~~~~~~~~~~~~~ - 917 | action, - | ~~~~~~~ - 918 | ("_Cancel"), - | ~~~~~~~~~~~~ - 919 | GTK_RESPONSE_CANCEL, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 920 | ("_Save"), - | ~~~~~~~~~~ - 921 | GTK_RESPONSE_YES, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 922 | NULL); - | ~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:131: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here - 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_run_script_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': create-menu-item-actions.cc:1108:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 1108 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); @@ -22123,176 +22310,25 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_phs_coordinates_filechooserdialog1_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks.cc:5193:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 5193 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(phs_filechooser)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_screendump_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks.cc:5301:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 5301 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_residue_editor_select_monomer_type_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:5473:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 5473 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_export_map_file_chooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6044:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 6044 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_geman_mcclure_alpha_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6231:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6231 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_lennard_jones_epsilon_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6247:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6247 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6248:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6248 | int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); // save it for set active item next time - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here - 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_rama_restraints_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6258:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6258 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6259:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6259 | int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here - 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_torsion_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6270:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6270 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6271:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6271 | int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here - 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_overall_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6282:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6282 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_simple_refmac_mtz_file_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6480:31: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 6480 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER(w), filterselect); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here - 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_simple_refmac_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6494:43: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 6494 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6514:42: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6514 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here - 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6515:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6515 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox), file_name); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here - 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6516:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6516 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(file_combobox), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_cif_dictionary_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6585:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 6585 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_validation_graph_model_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6607:37: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6607 | if (gtk_combo_box_get_active_iter(self, &iter)) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here - 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6609:49: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6609 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(self),&iter,1,&new_active_model,-1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here - 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6609:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6609 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(self),&iter,1,&new_active_model,-1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here - 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_validation_graph_chain_id_combobox_changed(GtkComboBoxText*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6619:66: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6619 | auto chain_id = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(self)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_ramachandran_plot_molecule_chooser_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:6698:37: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6698 | if (gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter)) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here - 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6700:49: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6700 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)),&iter,1,&imol_active,-1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here - 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc:6700:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6700 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)),&iter,1,&imol_active,-1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here - 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o ./.libs/libcootsumo.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp +In file included from probe-clash-score.hh:32, + from c-interface-ligands-swig.hh:35, + from coot_wrap_python.cc:3466: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from new-startup.cc:29: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here + 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ new-startup.cc: In function 'void init_framebuffers(GtkWidget*)': new-startup.cc:60:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 60 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glarea), &allocation); @@ -22300,9 +22336,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here 482 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o ./.libs/libcootsumo.so ../density-contour/.libs/libcoot-isosurface.so ../layla/.libs/libcoot-layla.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -fopenmp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot.o .libs/coot_wrap_python.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcootsumo.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot.so.0 -o .libs/_coot.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so.0" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so") @@ -22329,63 +22365,63 @@ make -f CMakeFiles/cootapi.dir/build.make CMakeFiles/cootapi.dir/depend make -f CMakeFiles/nanobind-static.dir/build.make CMakeFiles/nanobind-static.dir/depend make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/nanobind-static.dir/DependInfo.cmake "--color=" -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/cootapi.dir/DependInfo.cmake "--color=" +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/nanobind-static.dir/DependInfo.cmake "--color=" make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +make -f CMakeFiles/cootapi.dir/build.make CMakeFiles/cootapi.dir/build make -f CMakeFiles/nanobind-static.dir/build.make CMakeFiles/nanobind-static.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' [ 0%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o +[ 0%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/svg-molecule.cc /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp -[ 0%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o +[ 0%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o [ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -make -f CMakeFiles/cootapi.dir/build.make CMakeFiles/cootapi.dir/build -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp -[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/svg-molecule.cc -[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 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-DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp +[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o [ 2%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/bond-record-container-t.cc -[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o [ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/atom-types.cc [ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o -[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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-mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/error.cpp +[ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/cod-atom-type-t.cc -[ 5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o -[ 5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o +[ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/rdkit-interface.cc +[ 5%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o.d -o 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/bond-table-record-t.cc [ 5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o -[ 6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-hydrogens.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/pi-stacking.cc +[ 6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-hydrogens.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD 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CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/implicit.cpp [ 6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/cfc.cc [ 6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp -[ 6%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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-D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/implicit.cpp [ 6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp [ 7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp.o @@ -22408,17 +22444,17 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurface.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurface.cpp [ 9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 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libnanobind-static.a +[ 9%] Linking CXX static library libnanobind-static.a /usr/bin/cmake -P CMakeFiles/nanobind-static.dir/cmake_clean_target.cmake /usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/nanobind-static.dir/link.txt --verbose=1 -[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp /usr/bin/ar qc libnanobind-static.a "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o" /usr/bin/ranlib libnanobind-static.a make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -[ 10%] Built target nanobind-static +[ 9%] Built target nanobind-static +[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp +[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp [ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg 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CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp [ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DishyBase.cpp.o -[ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg 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-DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp [ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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-DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp -[ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/LinesPrimitive.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.cpp +[ 18%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/LinesPrimitive.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/LinesPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/LinesPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/LinesPrimitive.cpp [ 18%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentation.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentation.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentation.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentation.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentation.cpp [ 18%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentationInstance.cpp.o @@ -22490,8 +22526,8 @@ [ 19%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Polyhedron.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK 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-DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp.o.d -o 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.cpp @@ -22529,9 +22565,6 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg 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-DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/instancing.cc -[ 25%] Building CXX object 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CMakeFiles/cootapi.dir/api/colour-functions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/colour-functions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/colour-functions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/colour-functions.cc -[ 26%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-colour.cc.o In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/rigid-body-fit.hh:7, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/rigid-body-fit.cc:2: @@ -22539,6 +22572,9 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 25%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/colour-functions.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/colour-functions.cc +[ 26%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-colour.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -22566,12 +22608,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-change-chain-id.cc:26: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:29: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:174, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.cc:38: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { + | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-merge-molecules.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-change-chain-id.cc:26: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-moltris.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:32: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-bonds.cc:39: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-refine.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:174, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.cc:38: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-moltris.cc:28: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-bonds.cc:39: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc:33: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -22674,6 +22688,19 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-merge-molecules.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-maps.cc:36: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': @@ -22691,6 +22718,24 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:32: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -22703,11 +22748,8 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-refine.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, @@ -22724,6 +22766,19 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-refine.cc:28: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -22741,65 +22796,60 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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-/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -[ 29%] Building CXX object 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-/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-blender.cc:26: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.cc:32: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -22815,15 +22865,17 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-blender.cc:3: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -22835,29 +22887,38 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ [ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-gltf.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-gltf.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-gltf.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-gltf.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-gltf.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.cc:40: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ [ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc [ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-maps.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-maps.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-maps.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-maps.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-maps.cc +[ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-mmrrcc.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-mmrrcc.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-mmrrcc.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-mmrrcc.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-mmrrcc.cc +[ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-superpose.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-superpose.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-superpose.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-superpose.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-superpose.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.cc:32: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-gltf.cc:4: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-mmrrcc.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-mmrrcc.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-mmrrcc.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-mmrrcc.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-mmrrcc.cc -[ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-superpose.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 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-DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-modelling.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-modelling.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-modelling.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-modelling.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, @@ -22867,22 +22928,26 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-modelling.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-modelling.cc +[ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-ligand-fitting.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-ligand-fitting.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-ligand-fitting.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-ligand-fitting.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-gltf.cc:4: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-maps.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/phi-psi-prob.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/phi-psi-prob.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/phi-psi-prob.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/phi-psi-prob.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/phi-psi-prob.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-ligand-fitting.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.cc:40: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -[ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/phi-psi-prob.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-maps.cc:27: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-modelling.cc:4: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/moorhen-h-bonds.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, @@ -22949,24 +22987,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/wligand.hh:25, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:4: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, @@ -22976,18 +22996,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -23004,122 +23012,150 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/wligand.hh:25, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:4: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +[ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:6: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/moorhen-h-bonds.cc:2: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-modelling.cc:4: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/rama-plot-phi-psi.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +[ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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+/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:6: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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-DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/daca.cc -[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/kolmogorov.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/daca.cc:28: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/moorhen-h-bonds.cc:2: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/kolmogorov.cc:25: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ [ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc: In member function 'float molecules_container_t::fit_to_map_by_random_jiggle_with_blur_using_cid(int, int, const std::string&, float, int, float)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:414:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 414 | auto p = coot::util::mean_and_variance(xmap); - | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ [ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/bfkurt.cc -[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/mogul.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/kolmogorov.cc:25: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ +[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/mogul.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/b-factor-histogram.cc +[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/b-factor-histogram.cc +[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/typed-distances.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/b-factor-histogram.cc:288: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour/density-contour-triangles.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc: In member function 'float molecules_container_t::fit_to_map_by_random_jiggle_with_blur_using_cid(int, int, const std::string&, float, int, float)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:414:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 414 | auto p = coot::util::mean_and_variance(xmap); + | ^ +[ 35%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour/Vectors.cpp +[ 35%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/CIsoSurface.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS 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CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/occlusion.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour/occlusion.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour/density-contour-triangles.cc:155: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 35%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST 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35%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/CIsoSurface.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 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CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/quat.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/quat.cc -[ 36%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/mgtree.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/quat.cc +[ 36%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/mgtree.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/ng.cc -[ 39%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/torsion-bonds.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/torsion-bonds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/torsion-bonds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/torsion-bonds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/torsion-bonds.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/parallel-planes.cc:22: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 39%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/torsion-bonds.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/torsion-bonds.cc [ 40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chi-squareds.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chi-squareds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chi-squareds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chi-squareds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chi-squareds.cc [ 40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/trans-peptide.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/trans-peptide.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/trans-peptide.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/trans-peptide.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/trans-peptide.cc +[ 40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 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+/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.cc:50: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o +[ 40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/make-restraints.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/model-bond-deltas.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/torsion-bonds.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -23181,12 +23224,12 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/make-restraints.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.cc: In member function 'std::pair coot::simple_restraint::distortion(mmdb::Atom**, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.cc:4068:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4068 | coot::simple_restraint::distortion(mmdb::PAtom *atoms, const double &lj_epsilon) const { | ^~~~~ +[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/pull-restraint.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -23196,7 +23239,7 @@ 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chi-squareds.cc:41: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/model-bond-deltas.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23211,23 +23254,25 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/model-bond-deltas.cc:29: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/make-restraints.cc:43: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/neutron.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/parallel-planes.cc:23: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/pull-restraint.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/ng.cc: In member function 'void coot::restraints_container_t::analyze_for_bad_restraints(coot::restraint_type_t, double)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/ng.cc:2354:97: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2354 | std::pair distortion_pair = rest.distortion(atom, lennard_jones_epsilon); // 2nd arg is not used for bonds - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/make-restraints.cc:43: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chi-squareds.cc:41: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23236,8 +23281,16 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/ng.cc: In member function 'void coot::restraints_container_t::analyze_for_bad_restraints(coot::restraint_type_t, double)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/ng.cc:2354:97: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2354 | std::pair distortion_pair = rest.distortion(atom, lennard_jones_epsilon); // 2nd arg is not used for bonds + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/model-bond-deltas.cc:27: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/pull-restraint.cc:30: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23246,15 +23299,8 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/model-bond-deltas.cc:29: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ -[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/neutron.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/pull-restraint.cc:30: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/neutron.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23267,8 +23313,12 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +[ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mods.cc +[ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/extra-restraints-kk.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/neutron.cc:27: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/coot-compare-residues.cc:24: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23277,24 +23327,24 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mods.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/link-restraints.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/extra-restraints-kk.cc +[ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chirals.cc +[ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/gradients.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/coot-compare-residues.cc:24: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mods.cc:30: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 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argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong 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+ from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/extra-restraints.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/gradients.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/regularize-minimol.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong 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-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/flanking.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/flanking.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/flanking.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/flanking.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/extra-restraints.cc:28: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/gradients.cc:39: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/regularize-minimol.hh:25, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/regularize-minimol.cc:22: @@ -23356,42 +23406,43 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); + | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +[ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/distortion.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/distortion.cc -[ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint-kk.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/gradients.cc:39: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/flanking.cc:32: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint-kk.cc [ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc +[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/phi-psi.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/flanking.cc:32: +[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/lograma.cpp +[ 45%] Building CXX object 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CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/process-dfs-in-range.cc +[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:42, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/phi-psi.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.hh:37, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:30: @@ -23399,119 +23450,101 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); - | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/lograma.cpp -[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/process-dfs-in-range.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint-kk.cc:23: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/distortion.cc:36: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:36: +[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/align-utils.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:37: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.cc:29: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint-kk.cc:23: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1393:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1393 | const zo::rama_table_set &zorts) const { - | ^~~~~ -[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK 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CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/align-utils.cc [ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/atomic-numbers.cc -[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/backward.cpp In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/atomic-numbers.cc:22: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/backward.cpp [ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/colour-holder.cc -[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-fasta.cc -[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/process-dfs-in-range.cc:37: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-fasta.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:36: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:37: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.cc [ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/dodec.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +[ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/radix.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1393:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1393 | const zo::rama_table_set &zorts) const { + | ^~~~~ +[ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/gdk-keysyms.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-fasta.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.cc:59: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/radix.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:871:71: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 871 | std::pair grads = zorts.df(pp, rt); - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, - | ^~~~ -[ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/gdk-keysyms.cc -[ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/hsv-rgb.cc -[ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/pir-alignment.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/gdk-keysyms.cc:23: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o -MF 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/pir-alignment.cc [ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/setup-syminfo.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/pir-alignment.cc:28: +[ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/split-indices.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); + | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/hsv-rgb.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23521,16 +23554,19 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/hsv-rgb.cc:29: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:871:71: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 871 | std::pair grads = zorts.df(pp, rt); + | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, + | ^~~~ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/pir-alignment.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); - | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -[ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/split-indices.cc [ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/logging.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/win-compat.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/win-compat.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/win-compat.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/win-compat.cc [ 50%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-strands.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-strands.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-strands.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-strands.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/db-strands.cc -[ 50%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/residue-distortions.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB 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CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/residue-distortions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/residue-distortions.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/threads.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 50%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/residue-distortions.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 51%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/high-res.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g 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CMakeFiles/cootapi.dir/pli/flev-annotations.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/high-res.cc:24: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/sequence-assignment.cc:30: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -23580,66 +23623,59 @@ | ^ [ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong 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std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/sdf-interface.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/coot-atom-graph.hh:27, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/high-res.cc:27: +[ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/merge-atom-selections.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:833:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 833 | coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector *v, + | ^~~~ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, + | ^~~~ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/merge-atom-selections.cc:34: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-least-squares.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/merge-atom-selections.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/sdf-interface.cc:147: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-least-squares.cc [ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/merge-atom-selections.cc:34: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:833:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 833 | coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector *v, - | ^~~~ [ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, - | ^~~~ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/gltf-export.cc +[ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/shiftfield.cpp In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -[ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/shiftfield.cpp [ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/stack-and-pair.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/stack-and-pair.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/stack-and-pair.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/stack-and-pair.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/stack-and-pair.cc In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, @@ -23656,36 +23692,46 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search-from-list.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search-from-list.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search-from-list.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/peak-search-from-list.cc [ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-analysis.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-analysis.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-analysis.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-analysis.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/helix-analysis.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc:915: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ [ 56%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/segmap.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/segmap.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/segmap.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/segmap.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/segmap.cc [ 56%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cablam-markup.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cablam-markup.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cablam-markup.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cablam-markup.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/cablam-markup.cc [ 56%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fib-sphere.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/fib-sphere.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc:915: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ [ 56%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/find-water-baddies.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/find-water-baddies.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/find-water-baddies.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/find-water-baddies.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/find-water-baddies.cc -[ 57%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/blob-line.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/cablam-markup.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 57%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/blob-line.cc [ 57%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-glyco.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-glyco.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-glyco.cc [ 57%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-glyco.cc:26: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/blob-line.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils.cc:34: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/find-water-baddies.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -23694,28 +23740,17 @@ | ^ [ 58%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-molecules.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-molecules.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-molecules.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-molecules.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/merge-molecules.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils.cc:34: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-glyco.cc:26: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 58%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/texture-as-floats.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/texture-as-floats.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/texture-as-floats.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/texture-as-floats.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/texture-as-floats.cc [ 58%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-extras.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-extras.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.cc [ 58%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/water-coordination.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/texture-as-floats.cc:27: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.cc:32: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-pairs.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-pairs.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-pairs.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-pairs.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/bonded-pairs.cc [ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o @@ -23724,18 +23759,19 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tools.cc [ 60%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-rama.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.cc:32: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/texture-as-floats.cc:27: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-rama.cc:24: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ [ 60%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/secondary-structure-headers.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-rama.cc:24: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 60%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-like.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-like.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-like.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-like.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/helix-like.cc [ 60%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/polar-atoms.cc.o @@ -23746,12 +23782,12 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pae.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pae.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pae.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/pae.cc [ 61%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-tree-extras.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-tree-extras.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-tree-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-tree-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-tree-extras.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/pae.cc:4: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-tree-extras.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-tree-extras.cc:28: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/pae.cc:4: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23760,13 +23796,13 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-heavy.cc [ 62%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/jed-flip.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI 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-DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-heavy.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 62%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc [ 62%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-overlaps.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 63%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/bricks.cc [ 63%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/mutate.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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-DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/elastic.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/elastic.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/elastic.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/elastic.cc +[ 63%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-utils.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/elastic.cc:30: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 64%] Building CXX object 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CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-h-bonds.cc +[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/mutate.cc:644: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 63%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-utils.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc -[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-h-bonds.cc -[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:39: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/glyco-torsions.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In function 'std::pair coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap&)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:973:63: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 973 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { - | ^ -[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/fast-eigens.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In function 'std::pair coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap&)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:973:63: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 973 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { + | ^ +[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/glyco-torsions.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:3842: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -23871,13 +23905,8 @@ /usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:1132:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1132 | make_pair(_T1&& __x, _T2&& __y) | ^~~~~~~~~ -[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-shelx-ins.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-shelx-ins.cc:31: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/fast-eigens.cc /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } @@ -23886,6 +23915,8 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:973:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 973 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^~~~ +[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-shelx-ins.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In lambda function: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4656:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4656 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); @@ -23894,6 +23925,11 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4713:55: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4713 | std::pair mv = mean_and_variance(xmap); | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-shelx-ins.cc:31: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/contacts-by-bricks.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/contacts-by-bricks.cc:31: @@ -23905,24 +23941,24 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/lsq-improve.cc [ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/trim.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In lambda function: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4656:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4656 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In lambda function: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4501:87: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4501 | (*f_data_hkl_accum_p)[chkl][imap] = std::make_pair(fphis[hri].f(), fphis[hri].phi()); + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/trim.cc:21: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In lambda function: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4656:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4656 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ [ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp [ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In lambda function: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4501:87: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4501 | (*f_data_hkl_accum_p)[chkl][imap] = std::make_pair(fphis[hri].f(), fphis[hri].phi()); - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ [ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-lsq.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-lsq.cc:23: @@ -23930,13 +23966,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-heavy.hh:28, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc:33: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/clipper.h:7, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.h:31, @@ -23955,8 +23984,6 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ -[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/strand-fragments.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp: In function 'void coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data >&, const clipper::HKL_data&, mmdb::Manager*, int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:153:67: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 153 | for ( HRI ih = fo.first(); !ih.last(); ih.next() ) fo_all[ih] = fo0[ih.hkl()]; @@ -23968,16 +23995,25 @@ | ^~~~~~~~~~~ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc: In constructor 'coot::util::fffear_search::fffear_search(mmdb::Manager*, int, const clipper::Xmap&, float, bool)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc:159:70: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 159 | std::pair mv = coot::util::mean_and_variance(xmap); - | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-heavy.hh:28, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc:33: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/strand-fragments.cc /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_sigF]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 [ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/bonded-atoms.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc: In constructor 'coot::util::fffear_search::fffear_search(mmdb::Manager*, int, const clipper::Xmap&, float, bool)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc:159:70: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 159 | std::pair mv = coot::util::mean_and_variance(xmap); + | ^ [ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/fragment-container.cc [ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o @@ -23993,9 +24029,14 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:209:29: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | fphi[ih] = fc[ih.hkl()]; | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/positron.cc:32: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/peak-search.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/positron.cc:32: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/maps-spherical.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -24008,20 +24049,13 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/reduce.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/reduce.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/reduce.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/reduce.cc [ 69%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contact-info.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contact-info.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contact-info.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contact-info.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/contact-info.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/maps-spherical.cc:28: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +[ 69%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/reduce.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 69%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc -[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/slurp-map.cc In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/clipper.h:7, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/sfcalc-genmap.cc:30: @@ -24029,16 +24063,13 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:308:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::ABCD' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 308 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src[ih] ); } | ^~~~ +[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/slurp-map.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/slurp-map.cc:26: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc: In member function 'std::pair coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth&, int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc:253:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 253 | coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth &pt, int selhnd) { @@ -24047,15 +24078,20 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/read-sm-cif.cc [ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/exp-fit.cc -[ 71%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/cylinder.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/slurp-map.cc:26: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/read-sm-cif.cc:43: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 71%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/prideout-octasphere.cc.o +[ 71%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/cylinder.cc [ 71%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder-with-rotation-translation.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder-with-rotation-translation.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder-with-rotation-translation.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder-with-rotation-translation.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/cylinder-with-rotation-translation.cc In file included from /usr/include/clipper/core/clipper_instance.h:49, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/read-sm-cif.cc:32: /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In instantiation of 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_sigF]': @@ -24065,22 +24101,24 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ +[ 71%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/prideout-octasphere.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/prideout-octasphere.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/prideout-octasphere.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/prideout-octasphere.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/prideout-octasphere.cc -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder-with-rotation-translation.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder-with-rotation-translation.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder-with-rotation-translation.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/cylinder-with-rotation-translation.cc [ 71%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/oct.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/oct.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/oct.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/oct.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/oct.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In function 'bool coot::util::map_fill_from_mtz(clipper::Xmap*, std::string, std::string, std::string, std::string, short int, float, short int, float)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:59:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 59 | coot::util::map_fill_from_mtz(clipper::Xmap *xmap, - | ^~~~ [ 72%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shapes.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shapes.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shapes.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shapes.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/shapes.cc [ 72%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/simple-mesh.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/simple-mesh.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/simple-mesh.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/simple-mesh.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/simple-mesh.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In function 'bool coot::util::map_fill_from_mtz(clipper::Xmap*, std::string, std::string, std::string, std::string, short int, float, short int, float)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:59:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 59 | coot::util::map_fill_from_mtz(clipper::Xmap *xmap, + | ^~~~ [ 72%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/phenix-geo-bonds.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB 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CMakeFiles/cootapi.dir/coords/phenix-geo-bonds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/phenix-geo-bonds.cc [ 72%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines_ext.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong 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passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -[ 73%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-extras.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/rotamer-markup.cc:29: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 76%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/main-chain.cc.o -MF 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-mon-lib.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-mon-lib.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-mon-lib.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse-mon-lib.cc [ 77%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/protein-geometry.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-extras.cc:35: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ [ 77%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dictionary-residue.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dictionary-residue.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dictionary-residue.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dictionary-residue.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/dictionary-residue.cc [ 77%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/dict-utils.cc [ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/read-sbase.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse.cc:33: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/Bond_lines.cc:36: @@ -24167,9 +24215,7 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -[ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/hydrophobic.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse.cc:33: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse-mon-lib.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -24179,19 +24225,14 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse-mon-lib.cc:25: +[ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/hydrophobic.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse-link.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-extras.cc:35: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse-link.cc:33: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/dict-utils.cc:26: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -24201,8 +24242,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/energy-lib.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/protein-geometry.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -24213,34 +24252,31 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/dict-utils.cc:26: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +[ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/energy-lib.cc +[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/srs-interface.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/energy-lib.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/srs-interface.cc -[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/residue-and-atom-specs.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/srs-interface.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/residue-and-atom-specs.cc +[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/mol-utils.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/residue-and-atom-specs.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD 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CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/mol-utils.cc [ 80%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dreiding.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dreiding.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dreiding.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dreiding.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/dreiding.cc [ 80%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/chem_mods.cc.o @@ -24254,17 +24290,17 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/link.cc:35: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 81%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/glyco-tools.cc [ 81%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils-2.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils-2.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils-2.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils-2.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/mol-utils-2.cc [ 81%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-donor-acceptors.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-donor-acceptors.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/protein-donor-acceptors.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/link.cc:35: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 82%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/intercept-3GP.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI 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-DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol.cc.o -MF 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/atom-quads.cc -[ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus/cootilus-build.cpp In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.cc:26: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus/cootilus-build.cpp [ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-join.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS 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CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-ss-find.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus/nautilus-ss-find.cpp /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.cc: In member function 'std::pair coot::minimol::molecule::get_pos() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.cc:1654:36: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1654 | coot::minimol::molecule::get_pos() const { | ^~~~~ +[ 84%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-ss-find.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-ss-find.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-ss-find.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-ss-find.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus/nautilus-ss-find.cpp [ 84%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-target.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lig-build.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lig-build.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lig-build.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.cc:25: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ [ 85%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/get-residue.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/get-residue.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/get-residue.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/get-residue.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/get-residue.cc +[ 86%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -[ 85%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.cc:25: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +[ 86%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc [ 86%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 87%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-score-card.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 88%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/helix-placement.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/dunbrack.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/chi-angles.cc:23: @@ -24367,10 +24407,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/backrub-rotamer.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/dunbrack.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.cc:60: @@ -24378,18 +24414,31 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/primitive-chi-angles.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/dunbrack.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.cc:69: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.cc:72: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +[ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/primitive-chi-angles.cc [ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK 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CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rotamer-tables.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, @@ -24402,21 +24451,6 @@ | ^ [ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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-/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -[ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc: In function 'std::pair > coot::get_clash_score(const minimol::molecule&, atom_selection_container_t, int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc:596:76: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 596 | std::pair rotamer_info = a_rotamer.get_pos(); @@ -24426,19 +24460,8 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligands-db.cc -[ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc:36: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc: In member function 'std::pair coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager*) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc:176:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 176 | coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager *mol) const { - | ^~~~~ +[ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/richardson-rotamers.cc In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_types.h:49, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_io.h:49, @@ -24447,17 +24470,30 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } | ^~~~ -[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligands-db.cc +[ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:38: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/base-pairing.cc -[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 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'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc: In member function 'std::pair coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager*) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc:176:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 176 | coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager *mol) const { + | ^~~~~ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:1293:42: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { + | ^~~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, @@ -24466,12 +24502,16 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/base-pairing.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:2408:64: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2408 | std::pair mi = s.median_and_iqr(); + | ^ +[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ideal-rna.cc [ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/wiggly-ligand.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:1293:42: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { - | ^~~~~ [ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 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-DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamer.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamer.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamer.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/richardson-rotamer.cc [ 93%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rigid-body.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rigid-body.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rigid-body.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rigid-body.cc +[ 93%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/smith-waterman.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/regularize-minimol.hh:25, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/wiggly-ligand.cc:26: @@ -24487,23 +24531,15 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:2408:64: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2408 | std::pair mi = s.median_and_iqr(); - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain.cc:28: +[ 93%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/tube-finder.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rigid-body.hh:25, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rigid-body.cc:23: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 93%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rigid-body.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rigid-body.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rigid-body.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rigid-body.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rigid-body.cc -[ 93%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/smith-waterman.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, @@ -24512,29 +24548,31 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 93%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg 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included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rigid-body.hh:25, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rigid-body.cc:23: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/tube-finder.cc:30: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ +[ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/fast-ss-search.cc [ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils 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C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/smith-waterman.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/tube-finder.cc:30: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ +[ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/coot-nomenclature.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol-utils.hh:22, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/fast-ss-search.cc:43: @@ -24542,42 +24580,44 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/db-main.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/tube-finder.cc: In constructor 'coot::tube_finder_t::tube_finder_t(const clipper::Xmap&)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/tube-finder.cc:45:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 45 | std::pair mv = util::mean_and_variance(blurred_xmap); | ^ -[ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/coot-nomenclature.cc -[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat/getopt.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rotamer.cc:33: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/db-main.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/db-main.cc:35: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rotamer.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:2302:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2302 | coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string &rot_dir, int n_steps, + | ^~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/coot-nomenclature.cc:26: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -24588,10 +24628,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:2302:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2302 | coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string &rot_dir, int n_steps, - | ^~~~ [ 96%] Linking CXX shared library libcootapi.so /usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/cootapi.dir/link.txt --verbose=1 /usr/bin/c++ -fPIC -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,--dependency-file=CMakeFiles/cootapi.dir/link.d -Wl,-z,relro -shared -Wl,-soname,libcootapi.so.1.1 -o libcootapi.so.1.1 "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o" 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"CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-like.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/polar-atoms.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/plane-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pae.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-tree-extras.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/jed-flip.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/mutate.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/elastic.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/xmap-stats.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/sfcalc-genmap.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/reduce.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contact-info.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder-with-rotation-translation.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/prideout-octasphere.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/oct.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shapes.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/simple-mesh.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/phenix-geo-bonds.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines_ext.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/coords/utils.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/phenix-geo.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/loop-path.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/coot-close.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/cos-sin.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/rotamer-markup.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-extras.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-link.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/main-chain.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-mon-lib.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dictionary-residue.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dreiding.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/chem_mods.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/link.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/lbg-graph.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils-2.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-donor-acceptors.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/intercept-3GP.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/build/CalphaBuild.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-join.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-ss-find.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-target.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-tools.cpp.o" CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nucleicacid_db.cpp.o "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lbg-shared.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lbg-molfile.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lig-build.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/get-residue.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dipole.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/monomer-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-score-card.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles-autogen.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/helix-placement.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/backrub-rotamer.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/joining-residues.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamer.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rigid-body.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/smith-waterman.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/src/gl-matrix.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/write-png.cc.o" /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libssm.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-minimol.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-mmdb.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-cif.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-contrib.so /usr/lib/libsfftw.so /usr/lib/libsrfftw.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libz.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libgsl.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libgslcblas.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libgslcblas.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libpng.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libboost_iostreams.so.1.83.0 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libboost_system.so.1.83.0 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libgemmi_cpp.a /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libdw.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libelf.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libz.so @@ -24611,37 +24647,37 @@ make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/depend cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/DependInfo.cmake "--color=" +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +make -f CMakeFiles/chapi.dir/build.make CMakeFiles/chapi.dir/build cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/test-molecules-container.dir/DependInfo.cmake "--color=" make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -make -f CMakeFiles/chapi.dir/build.make CMakeFiles/chapi.dir/build make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -make -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/build +make -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/build make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -make -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/build +make -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/build +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +make -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' [ 96%] Building CXX object CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dchapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -MD -MT CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -MF CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o.d -o CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -make -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build -[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -MF CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o.d -o CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/find-waters.cc [ 96%] Building CXX object CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -MF CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/find-ligand.cc +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -MF CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o.d -o CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/find-waters.cc [ 97%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/test-molecules-container.cc [ 97%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/test-molecules-container.cc [ 97%] Building CXX object CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/filo-tests.hh:23, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/filo-tests.cc:22: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:174, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc:60: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc:9: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/lucrezia-tests.hh:5, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/lucrezia-tests.cc:2: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc:66: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/test-molecules-container.cc:7: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc:9: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -24703,34 +24762,11 @@ from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/filo-tests.hh:23, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/filo-tests.cc:22: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/test-molecules-container.cc:7: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:174, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc:60: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc:66: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -24741,8 +24777,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 97%] Linking CXX executable findwaters -/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/findwaters.dir/link.txt --verbose=1 In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -24754,29 +24788,31 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, + from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_types.h:49, + from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_io.h:49, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc:41: +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } + | ^~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro -Wl,--dependency-file=CMakeFiles/findwaters.dir/link.d "CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o" -o findwaters -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu libcootapi.so.1.1 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -[ 97%] Built target findwaters In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, - from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_types.h:49, - from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_io.h:49, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc:41: -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } - | ^~~~ +[ 97%] Linking CXX executable findwaters +/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/findwaters.dir/link.txt --verbose=1 +/usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro -Wl,--dependency-file=CMakeFiles/findwaters.dir/link.d "CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o" -o findwaters -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu libcootapi.so.1.1 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +[ 97%] Built target findwaters [ 98%] Linking CXX executable findligand /usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/findligand.dir/link.txt --verbose=1 /usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro -Wl,--dependency-file=CMakeFiles/findligand.dir/link.d "CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o" -o findligand -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu libcootapi.so.1.1 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so @@ -24895,7 +24931,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-compat.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-compat.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0 || { rm -f libcoot-compat.so.0 && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so || { rm -f libcoot-compat.so && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so; }; }) @@ -24909,7 +24945,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0 || { rm -f libcoot-utils.so.0 && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so || { rm -f libcoot-utils.so && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so; }; }) @@ -24923,7 +24959,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/protein_db' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/protein_db' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-protein-db.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-protein-db.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0 || { rm -f libcoot-protein-db.so.0 && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so || { rm -f libcoot-protein-db.so && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so; }; }) @@ -24939,9 +24975,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-mini-mol.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mini-mol.o .libs/mini-mol-utils.o .libs/atom-quads.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-mini-mol.so.0 -o .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libcoot-mini-mol.so.0 || { rm -f libcoot-mini-mol.so.0 && ln -s libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libcoot-mini-mol.so.0; }; }) @@ -24956,9 +24992,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-geometry.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/cif-parse.o .libs/protein-geometry.o .libs/protein-geometry-mmdb.o .libs/read-sbase.o .libs/energy-lib.o .libs/mol-utils.o .libs/dictionary-residue.o .libs/link.o .libs/glyco-tools.o .libs/dict-utils.o .libs/chem_mods.o .libs/srs-interface.o .libs/protein-donor-acceptors.o .libs/lbg-graph.o .libs/dreiding.o .libs/main-chain.o .libs/residue-and-atom-specs.o .libs/intercept-3GP.o .libs/mol-utils-2.o .libs/hydrophobic.o .libs/cif-parse-link.o .libs/cif-parse-mon-lib.o .libs/read-metals-json.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lcoot-compat -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-geometry.so.0 -o .libs/libcoot-geometry.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-geometry.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-geometry.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-geometry.so.0.0.0 libcoot-geometry.so.0 || { rm -f libcoot-geometry.so.0 && ln -s libcoot-geometry.so.0.0.0 libcoot-geometry.so.0; }; }) @@ -24973,9 +25009,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-lidia-core.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-utils.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-coord-utils.lo coot-coord-utils-nucleotides.lo coot-rama.lo coot-h-bonds.lo hole.lo read-sm-cif.lo bonded-pairs.lo helix-analysis.lo elastic.lo glyco-torsions.lo coot-least-squares.lo atom-overlaps.lo reduce.lo atom-selection-container.lo contact-info.lo coot-shelx-ins.lo secondary-structure-headers.lo plane-utils.lo c-beta-deviations.lo lidia-core-functions.lo atom-tools.lo bonded-atoms.lo bricks.lo helix-like.lo merge-atom-selections.lo 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install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-extras.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so.0 || { rm -f libcoot-coord-extras.so.0 && ln -s libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so || { rm -f libcoot-coord-extras.so && ln -s libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-extras.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-coord-extras.la libtool: warning: relinking 'libcoot-map-utils.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-utils.o .libs/peak-search.o .libs/peak-search-from-list.o .libs/trim.o .libs/xmap-stats.o .libs/maps-spherical.o .libs/pepflip-using-difference-map.o .libs/exp-fit.o .libs/blob-line.o .libs/slurp-map.o .libs/find-water-baddies.o .libs/diff-diff-map-peaks.o .libs/mini-texture.o .libs/positron.o .libs/texture-as-floats.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -lz -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-utils.so.0 -o .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-map-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so.0 || { rm -f libcoot-map-utils.so.0 && ln -s libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so || { rm -f libcoot-map-utils.so && ln -s libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-utils.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-map-utils.la libtool: warning: relinking 'libcoot-map-heavy.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0 || { rm -f libcoot-map-heavy.so.0 && ln -s libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0; }; }) @@ -25021,7 +25057,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: './libcoot-map-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: './libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -25038,7 +25074,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0 || { rm -f libcoot-AngleInfo.so.0 && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so || { rm -f libcoot-AngleInfo.so && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so; }; }) @@ -25052,7 +25088,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libccp4mg-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libccp4mg-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0 || { rm -f libccp4mg-utils.so.0 && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so || { rm -f libccp4mg-utils.so && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so; }; }) @@ -25066,9 +25102,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-db-main.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/db-main.o .libs/db-strands.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-db-main.so.0 -o .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-db-main.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0 || { rm -f libcoot-db-main.so.0 && ln -s libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0; }; }) @@ -25083,9 +25119,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-analysis.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/bfkurt.o .libs/mogul.o .libs/kolmogorov.o .libs/stats.o .libs/cablam.o .libs/typed-distances.o .libs/b-factor-histogram.o .libs/daca.o .libs/rna-backbone.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-analysis.so.0 -o .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-analysis.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0 || { rm -f libcoot-analysis.so.0 && ln -s libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0; }; }) @@ -25093,7 +25129,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-analysis.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: 'libcoot-analysis.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../lidia-core/libcoot-lidia-core.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -25109,7 +25145,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootaneer.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcootaneer.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0 || { rm -f libcootaneer.so.0 && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so || { rm -f libcootaneer.so && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so; }; }) @@ -25123,9 +25159,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-ideal.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/simple-restraint.o .libs/make-restraints.o .libs/ng.o .libs/chi-squareds.o .libs/mods.o .libs/distortion.o .libs/chirals.o .libs/flanking.o .libs/gradients.o .libs/extra-restraints.o .libs/pepflip.o .libs/regularize-minimol.o .libs/lograma.o .libs/process-dfs-in-range.o .libs/extra-restraints-kk.o .libs/simple-restraint-kk.o .libs/torsion-bonds.o .libs/coot-compare-residues.o .libs/link-restraints.o .libs/parallel-planes.o .libs/pull-restraint.o .libs/trans-peptide.o .libs/model-bond-deltas.o .libs/write-png.o .libs/zo-rama.o .libs/crankshaft.o .libs/phi-psi.o .libs/neutron.o -lpthread -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-map-heavy -lcoot-map-utils -lcoot-geometry -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpng16 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-ideal.so.0 -o .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-ideal.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0 || { rm -f libcoot-ideal.so.0 && ln -s libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0; }; }) @@ -25135,7 +25171,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot-mini-rsr coot-ligand-validation '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: './libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -25166,16 +25202,16 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-ligand.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/ligand.o .libs/ligand-extras.o .libs/residue_by_phi_psi.o .libs/wiggly-ligand.o .libs/monomer-utils.o .libs/dunbrack.o .libs/chi-angles-autogen.o .libs/chi-angles.o .libs/helix-placement.o .libs/fast-ss-search.o .libs/rigid-body.o .libs/ideal-rna.o .libs/richardson-rotamers.o .libs/richardson-rotamer.o .libs/rotamer.o .libs/torsion-general.o .libs/rotamer-tables.o .libs/primitive-chi-angles.o .libs/dipole.o .libs/base-pairing.o .libs/backrub-rotamer.o .libs/trace.o .libs/trace-2.o .libs/multi-peptide.o .libs/ligands-db.o .libs/joining-residues.o .libs/ligand-score-card.o .libs/side-chain-densities.o .libs/tube-finder.o .libs/smith-waterman.o .libs/side-chain.o .libs/refine-isolated-chain.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-ideal -lcoot-map-heavy -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-analysis -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-ligand.so.0 -o .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-ligand.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0 || { rm -f libcoot-ligand.so.0 && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so || { rm -f libcoot-ligand.so && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-ligand.la libtool: warning: relinking 'libcoot-res-tracer.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/libres-tracer.o .libs/rama-rsr-extend-fragments.o .libs/new-residue-by-3-phi-psi.o .libs/dSFMT.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-ideal -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-res-tracer.so.0 -o .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0 || { rm -f libcoot-res-tracer.so.0 && ln -s libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0; }; }) @@ -25185,7 +25221,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot-findwaters coot-findligand coot-identify-protein '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-findligand-bin coot-findwaters-bin coot-make-ligands-db coot-identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-findligand-bin coot-findwaters-bin coot-make-ligands-db coot-identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: './libcoot-ligand.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../ideal/libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -25255,9 +25291,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-coords.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/Bond_lines.o .libs/Cartesian.o .libs/cos-sin.o .libs/phenix-geo-bonds.o .libs/mmdb-extras.o .libs/utils.o .libs/mmdb.o .libs/mmdb-crystal.o .libs/Bond_lines_ext.o .libs/coot-close.o .libs/phenix-geo.o .libs/rotamer-markup.o .libs/loop-path.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/ramachandran-validation.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-coord-utils -lcoot-coord-extras -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcootaneer -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-coords.so.0 -o .libs/libcoot-coords.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coords.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-coords.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0 || { rm -f libcoot-coords.so.0 && ln -s libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0; }; }) @@ -25272,9 +25308,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-isosurface.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/Vectors.o .libs/CIsoSurface.o .libs/density-contour-triangles.o .libs/occlusion.o .libs/gaussian-surface.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-isosurface.so.0 -o .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0 || { rm -f libcoot-isosurface.so.0 && ln -s libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0; }; }) @@ -25289,9 +25325,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-skeleton.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/dm-utils.o .libs/graphical_skel.o .libs/BuildCas.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lcoot-ideal -lcoot-geometry -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-skeleton.so.0 -o .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-skeleton.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0 || { rm -f libcoot-skeleton.so.0 && ln -s libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0; }; }) @@ -25306,9 +25342,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-high-res.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/high-res.o .libs/coot-atom-graph.o .libs/residue-distortions.o .libs/sequence-assignment.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-coords -lcoot-ligand -lcoot-map-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-high-res.so.0 -o .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0 || { rm -f libcoot-high-res.so.0 && ln -s libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0; }; }) @@ -25323,9 +25359,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-cabuild.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/CalphaBuild.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-cabuild.so.0 -o .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-cabuild.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-cabuild.so.0.0.0 libcoot-cabuild.so.0 || { rm -f libcoot-cabuild.so.0 && ln -s libcoot-cabuild.so.0.0.0 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/bin/bash ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo 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.libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lMoleculesToTrianglesCXXSurface -lclipper-fortran 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0; }; }) @@ -25383,9 +25419,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-pli.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-pli.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-pli.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-pli.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu protein-ligand-interactions.lo flev-annotations.lo pi-stacking.lo sdf-interface.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors 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-lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/protein-ligand-interactions.o .libs/flev-annotations.o .libs/pi-stacking.o .libs/sdf-interface.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry 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-Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-pli.so.0 -o .libs/libcoot-pli.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-pli.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-pli.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-pli.so.0.0.0 libcoot-pli.so.0 || { rm -f libcoot-pli.so.0 && ln -s libcoot-pli.so.0.0.0 libcoot-pli.so.0; }; }) @@ -25414,7 +25450,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootilus.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootilus.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootilus.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcootilus.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so.0 || { rm -f libcootilus.so.0 && ln -s libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so || { rm -f libcootilus.so && ln -s libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so; }; }) @@ -25430,9 +25466,9 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c pyrogen '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0 || { rm -f libcoot_py_restraints.so.0 && ln -s libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0; }; }) @@ -25440,16 +25476,16 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot_py_restraints.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0 || { rm -f _pyrogen_swig.so.0 && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so || { rm -f _pyrogen_swig.so && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor 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-lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 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-Wl,libcoot-api.so.0 -o .libs/libcoot-api.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-api.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0 || { rm -f libcoot-api.so.0 && ln -s libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0; }; }) @@ -25616,9 +25652,9 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-api.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot_headless_api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool 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-s _coot_headless_api.so.0.0.0 _coot_headless_api.so.0; }; }) @@ -25641,9 +25677,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-layla.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 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/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-layla.so.0 -o .libs/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0 || { rm -f libcoot-layla.so.0 && ln -s libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0; }; }) @@ -25651,7 +25687,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-layla.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p 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-lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-analysis -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 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-c .libs/libcootsumo.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcootsumo.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcootsumo.so.0.0.0 libcootsumo.so.0 || { rm -f libcootsumo.so.0 && ln -s libcootsumo.so.0.0.0 libcootsumo.so.0; }; }) @@ -25696,7 +25732,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot coot-density-score-by-residue '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c Coot coot-density-score-by-residue-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c Coot coot-density-score-by-residue-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: 'libcootsumo.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../density-contour/libcoot-isosurface.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../layla/libcoot-layla.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -25726,9 +25762,9 @@ libtool: warning: '../compat/libcoot-compat.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/coot-density-score-by-residue-bin /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec/coot-density-score-by-residue-bin /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_coot.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot.o .libs/coot_wrap_python.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcootsumo -lcoot-coord-utils -lcoot-coords -lcoot-geometry -lcoot-pli -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot.so.0 -o .libs/_coot.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_coot.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_coot.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _coot.so.0.0.0 _coot.so.0 || { rm -f _coot.so.0 && ln -s _coot.so.0.0.0 _coot.so.0; }; }) @@ -25946,7 +25982,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install install --strip-program=true libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install install --strip-program=true libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot' install --strip-program=true pyrogen '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified @@ -25955,7 +25991,7 @@ Byte-compiling python modules... pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) Byte-compiling python modules (optimized versions) ... pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py Byte-compiling python modules (more optimized versions) ... @@ -25969,9 +26005,9 @@ install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install install --strip-program=true _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install install --strip-program=true _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified @@ -25980,7 +26016,7 @@ libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-coords -lcoot-lidia-core -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: install: install --strip-program=true .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.so.0.0.0 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified @@ -26068,20 +26104,20 @@ diversion by libc6 from: /lib/ld-linux-aarch64.so.1 dpkg-shlibdeps: warning: diversions involved - output may be incorrect diversion by libc6 to: /lib/ld-linux-aarch64.so.1.usr-is-merged -dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_destroy used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_get_reference_count used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyFloat_Type: it's probably a plugin +dpkg-shlibdeps: warning: 8 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyErr_WriteUnraisable: it's probably a plugin -dpkg-shlibdeps: warning: 93 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) -dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyUnicode_FromStringAndSize: it's probably a plugin -dpkg-shlibdeps: warning: 8 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13int_to_stringB5cxx11Ei used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util7extentsEPN4mmdb7ManagerEi used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13calc_atom_mapEPN4mmdb7ManagerEiRKN7clipper4CellERKNS4_10SpacegroupERKNS4_13Grid_samplingE used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16sharpen_blur_mapEPN7clipper4XmapIfEEf used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16density_at_pointERKN7clipper4XmapIfEERKNS1_10Coord_orthE used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13calc_atom_mapEPN4mmdb7ManagerEiRKN7clipper4CellERKNS4_10SpacegroupERKNS4_13Grid_samplingE used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util7extentsEPN4mmdb7ManagerEi used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyExc_MemoryError: it's probably a plugin +dpkg-shlibdeps: warning: 93 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13int_to_stringB5cxx11Ei used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_get_reference_count used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_destroy used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 was not linked against libblas.so.3 (it uses none of the library's symbols) make[1]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg' dh_installdeb @@ -26089,13 +26125,13 @@ dpkg-gencontrol: warning: Depends field of package libcootapi-dev: substitution variable ${shlibs:Depends} used, but is not defined dh_md5sums dh_builddeb -dpkg-deb: building package 'coot-doc' in '../coot-doc_1.1.09+dfsg-4_all.deb'. -dpkg-deb: building package 'coot-data' in '../coot-data_1.1.09+dfsg-4_all.deb'. +dpkg-deb: building package 'coot' in '../coot_1.1.09+dfsg-4_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'libcootapi-dev' in '../libcootapi-dev_1.1.09+dfsg-4_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1' in '../libcootapi1.1_1.1.09+dfsg-4_arm64.deb'. -dpkg-deb: building package 'coot' in '../coot_1.1.09+dfsg-4_arm64.deb'. +dpkg-deb: building package 'coot-doc' in '../coot-doc_1.1.09+dfsg-4_all.deb'. dpkg-deb: building package 'coot-dbgsym' in '../coot-dbgsym_1.1.09+dfsg-4_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1-dbgsym' in '../libcootapi1.1-dbgsym_1.1.09+dfsg-4_arm64.deb'. +dpkg-deb: building package 'coot-data' in '../coot-data_1.1.09+dfsg-4_all.deb'. dpkg-genbuildinfo --build=binary -O../coot_1.1.09+dfsg-4_arm64.buildinfo dpkg-genchanges --build=binary -O../coot_1.1.09+dfsg-4_arm64.changes dpkg-genchanges: info: binary-only upload (no source code included) @@ -26103,12 +26139,14 @@ dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included) dpkg-genchanges: info: not including original source code in upload I: copying local configuration +I: user script /srv/workspace/pbuilder/1762117/tmp/hooks/B01_cleanup starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/1762117/tmp/hooks/B01_cleanup finished I: unmounting dev/ptmx filesystem I: unmounting dev/pts filesystem I: unmounting dev/shm filesystem I: unmounting proc filesystem I: unmounting sys filesystem I: cleaning the build env -I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/3737815 and its subdirectories -I: Current time: Fri Mar 14 15:00:01 -12 2025 -I: pbuilder-time-stamp: 1742007601 +I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/1762117 and its subdirectories +I: Current time: Sat Apr 18 00:12:51 +14 2026 +I: pbuilder-time-stamp: 1776420771