Diff of the two buildlogs:

--
--- b1/build.log	2025-04-03 00:41:47.567753994 +0000
+++ b2/build.log	2025-04-03 02:46:03.435191014 +0000
@@ -1,6 +1,6 @@
 I: pbuilder: network access will be disabled during build
-I: Current time: Tue May  5 18:48:40 -12 2026
-I: pbuilder-time-stamp: 1778050120
+I: Current time: Thu Apr  3 14:41:55 +14 2025
+I: pbuilder-time-stamp: 1743640915
 I: Building the build Environment
 I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz]
 I: copying local configuration
@@ -27,52 +27,84 @@
 dpkg-source: info: applying SyntaxWarning.patch
 I: Not using root during the build.
 I: Installing the build-deps
-I: user script /srv/workspace/pbuilder/2007353/tmp/hooks/D02_print_environment starting
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/896256/tmp/hooks/D01_modify_environment starting
+debug: Running on ionos11-amd64.
+I: Changing host+domainname to test build reproducibility
+I: Adding a custom variable just for the fun of it...
+I: Changing /bin/sh to bash
+'/bin/sh' -> '/bin/bash'
+lrwxrwxrwx 1 root root 9 Apr  3 00:42 /bin/sh -> /bin/bash
+I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash
+I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/896256/tmp/hooks/D01_modify_environment finished
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/896256/tmp/hooks/D02_print_environment starting
 I: set
-  BUILDDIR='/build/reproducible-path'
-  BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other'
-  BUILDUSERNAME='pbuilder1'
-  BUILD_ARCH='amd64'
-  DEBIAN_FRONTEND='noninteractive'
-  DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all parallel=42 '
-  DISTRIBUTION='unstable'
-  HOME='/root'
-  HOST_ARCH='amd64'
+  BASH=/bin/sh
+  BASHOPTS=checkwinsize:cmdhist:complete_fullquote:extquote:force_fignore:globasciiranges:globskipdots:hostcomplete:interactive_comments:patsub_replacement:progcomp:promptvars:sourcepath
+  BASH_ALIASES=()
+  BASH_ARGC=()
+  BASH_ARGV=()
+  BASH_CMDS=()
+  BASH_LINENO=([0]="12" [1]="0")
+  BASH_LOADABLES_PATH=/usr/local/lib/bash:/usr/lib/bash:/opt/local/lib/bash:/usr/pkg/lib/bash:/opt/pkg/lib/bash:.
+  BASH_SOURCE=([0]="/tmp/hooks/D02_print_environment" [1]="/tmp/hooks/D02_print_environment")
+  BASH_VERSINFO=([0]="5" [1]="2" [2]="37" [3]="1" [4]="release" [5]="x86_64-pc-linux-gnu")
+  BASH_VERSION='5.2.37(1)-release'
+  BUILDDIR=/build/reproducible-path
+  BUILDUSERGECOS='second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other'
+  BUILDUSERNAME=pbuilder2
+  BUILD_ARCH=amd64
+  DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
+  DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all parallel=20 '
+  DIRSTACK=()
+  DISTRIBUTION=unstable
+  EUID=0
+  FUNCNAME=([0]="Echo" [1]="main")
+  GROUPS=()
+  HOME=/root
+  HOSTNAME=i-capture-the-hostname
+  HOSTTYPE=x86_64
+  HOST_ARCH=amd64
   IFS=' 	
   '
-  INVOCATION_ID='45ec4658c635455fa6b001b78bd297ff'
-  LANG='C'
-  LANGUAGE='en_US:en'
-  LC_ALL='C'
-  MAIL='/var/mail/root'
-  OPTIND='1'
-  PATH='/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games'
-  PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION='build'
-  PBUILDER_OPERATION='build'
-  PBUILDER_PKGDATADIR='/usr/share/pbuilder'
-  PBUILDER_PKGLIBDIR='/usr/lib/pbuilder'
-  PBUILDER_SYSCONFDIR='/etc'
-  PPID='2007353'
-  PS1='# '
-  PS2='> '
+  INVOCATION_ID=844f4e9a58a4411fb8570ad7b282d20a
+  LANG=C
+  LANGUAGE=et_EE:et
+  LC_ALL=C
+  MACHTYPE=x86_64-pc-linux-gnu
+  MAIL=/var/mail/root
+  OPTERR=1
+  OPTIND=1
+  OSTYPE=linux-gnu
+  PATH=/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path
+  PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION=build
+  PBUILDER_OPERATION=build
+  PBUILDER_PKGDATADIR=/usr/share/pbuilder
+  PBUILDER_PKGLIBDIR=/usr/lib/pbuilder
+  PBUILDER_SYSCONFDIR=/etc
+  PIPESTATUS=([0]="0")
+  POSIXLY_CORRECT=y
+  PPID=896256
   PS4='+ '
-  PWD='/'
-  SHELL='/bin/bash'
-  SHLVL='2'
-  SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 18.1h 18h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.tvVDFtVT/pbuilderrc_gyth --distribution unstable --hookdir /etc/pbuilder/first-build-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.tvVDFtVT/b1 --logfile b1/build.log coot_1.1.15+dfsg-1.dsc'
-  SUDO_GID='110'
-  SUDO_UID='105'
-  SUDO_USER='jenkins'
-  TERM='unknown'
-  TZ='/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12'
-  USER='root'
-  _='/usr/bin/systemd-run'
-  http_proxy='http://213.165.73.152:3128'
+  PWD=/
+  SHELL=/bin/bash
+  SHELLOPTS=braceexpand:errexit:hashall:interactive-comments:posix
+  SHLVL=3
+  SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 24.1h 24h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice -n 11 /usr/bin/unshare --uts -- /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.tvVDFtVT/pbuilderrc_YLPA --distribution unstable --hookdir /etc/pbuilder/rebuild-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.tvVDFtVT/b2 --logfile b2/build.log coot_1.1.15+dfsg-1.dsc'
+  SUDO_GID=111
+  SUDO_UID=106
+  SUDO_USER=jenkins
+  TERM=unknown
+  TZ=/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14
+  UID=0
+  USER=root
+  _='I: set'
+  http_proxy=http://46.16.76.132:3128
 I: uname -a
-  Linux ionos5-amd64 6.12.12+bpo-amd64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Debian 6.12.12-1~bpo12+1 (2025-02-23) x86_64 GNU/Linux
+  Linux i-capture-the-hostname 6.1.0-32-amd64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Debian 6.1.129-1 (2025-03-06) x86_64 GNU/Linux
 I: ls -l /bin
-  lrwxrwxrwx 1 root root 7 Mar  4  2025 /bin -> usr/bin
-I: user script /srv/workspace/pbuilder/2007353/tmp/hooks/D02_print_environment finished
+  lrwxrwxrwx 1 root root 7 Mar  4 11:20 /bin -> usr/bin
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/896256/tmp/hooks/D02_print_environment finished
  -> Attempting to satisfy build-dependencies
  -> Creating pbuilder-satisfydepends-dummy package
 Package: pbuilder-satisfydepends-dummy
@@ -701,7 +733,7 @@
 Get: 503 http://deb.debian.org/debian unstable/main amd64 python3-requests all 2.32.3+dfsg-5 [72.2 kB]
 Get: 504 http://deb.debian.org/debian unstable/main amd64 sharutils amd64 1:4.15.2-11 [268 kB]
 Get: 505 http://deb.debian.org/debian unstable/main amd64 swig amd64 4.3.0-1 [1503 kB]
-Fetched 321 MB in 6s (52.7 MB/s)
+Fetched 321 MB in 14s (22.8 MB/s)
 Preconfiguring packages ...
 Selecting previously unselected package libsystemd-shared:amd64.
 (Reading database ... 
(Reading database ... 5%
(Reading database ... 10%
(Reading database ... 15%
(Reading database ... 20%
(Reading database ... 25%
(Reading database ... 30%
(Reading database ... 35%
(Reading database ... 40%
(Reading database ... 45%
(Reading database ... 50%
(Reading database ... 55%
(Reading database ... 60%
(Reading database ... 65%
(Reading database ... 70%
(Reading database ... 75%
(Reading database ... 80%
(Reading database ... 85%
(Reading database ... 90%
(Reading database ... 95%
(Reading database ... 100%
(Reading database ... 19804 files and directories currently installed.)
@@ -2323,8 +2355,8 @@
 Setting up tzdata (2025b-1) ...
 
 Current default time zone: 'Etc/UTC'
-Local time is now:      Wed May  6 06:49:56 UTC 2026.
-Universal Time is now:  Wed May  6 06:49:56 UTC 2026.
+Local time is now:      Thu Apr  3 00:49:51 UTC 2025.
+Universal Time is now:  Thu Apr  3 00:49:51 UTC 2025.
 Run 'dpkg-reconfigure tzdata' if you wish to change it.
 
 Setting up libboost-atomic1.83.0:amd64 (1.83.0-4.2) ...
@@ -2810,7 +2842,11 @@
 Building tag database...
  -> Finished parsing the build-deps
 I: Building the package
-I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-genchanges -S  > ../coot_1.1.15+dfsg-1_source.changes
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/896256/tmp/hooks/A99_set_merged_usr starting
+Not re-configuring usrmerge for unstable
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/896256/tmp/hooks/A99_set_merged_usr finished
+hostname: Name or service not known
+I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-genchanges -S  > ../coot_1.1.15+dfsg-1_source.changes
 dpkg-buildpackage: info: source package coot
 dpkg-buildpackage: info: source version 1.1.15+dfsg-1
 dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable
@@ -3141,8 +3177,8 @@
 This warning is for project developers.  Use -Wno-dev to suppress it.
 
 -- Found Boost: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/cmake/Boost-1.83.0/BoostConfig.cmake (found suitable version "1.83.0", minimum required is "1.83.0") found components: headers system iostreams serialization
--- Configuring done (2.3s)
--- Generating done (0.1s)
+-- Configuring done (16.2s)
+-- Generating done (1.0s)
 CMake Warning:
   Manually-specified variables were not used by the project:
 
@@ -3157,7 +3193,7 @@
 -- Build files have been written to: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu
 make[1]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg'
    dh_auto_build
-	make -j42
+	make -j20
 make[1]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg'
 Making all in auxil
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/auxil'
@@ -3203,11 +3239,11 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/macros'
 Making all in compat
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/compat'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o getopt.lo getopt.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt1.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/getopt1.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o getopt.lo getopt.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/getopt.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-compat.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu getopt.lo getopt1.lo  
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt1.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/getopt1.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-compat.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu getopt.lo getopt1.lo  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/getopt.o .libs/getopt1.o   -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-compat.so.0 -o .libs/libcoot-compat.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-compat.so.0" && ln -s "libcoot-compat.so.0.0.0" "libcoot-compat.so.0")
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@@ -3215,41 +3251,41 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/compat'
 Making all in utils
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils'
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DBACKWARD_HAS_DW=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gdk-keysyms.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gdk-keysyms.o
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-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-utils.lo coot-fasta.lo atomic-numbers.lo setup-syminfo.lo gdk-keysyms.lo hsv-rgb.lo dodec.lo win-compat.lo threads.lo align-utils.lo base64-encode-decode.lo pir-alignment.lo split-indices.lo radix.lo logging.lo insertion-sort.lo colour-holder.lo  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2   -ldw -lelf  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-utils.lo coot-fasta.lo atomic-numbers.lo setup-syminfo.lo gdk-keysyms.lo hsv-rgb.lo dodec.lo win-compat.lo threads.lo align-utils.lo base64-encode-decode.lo pir-alignment.lo split-indices.lo radix.lo logging.lo insertion-sort.lo colour-holder.lo  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2   -ldw -lelf  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-utils.o .libs/coot-fasta.o .libs/atomic-numbers.o .libs/setup-syminfo.o .libs/gdk-keysyms.o .libs/hsv-rgb.o .libs/dodec.o .libs/win-compat.o .libs/threads.o .libs/align-utils.o .libs/base64-encode-decode.o .libs/pir-alignment.o .libs/split-indices.o .libs/radix.o .libs/logging.o .libs/insertion-sort.o .libs/colour-holder.o   -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -ldw -lelf -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-utils.so.0 -o .libs/libcoot-utils.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-utils.so.0" && ln -s "libcoot-utils.so.0.0.0" "libcoot-utils.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-utils.so" && ln -s "libcoot-utils.so.0.0.0" "libcoot-utils.so")
@@ -3257,13 +3293,13 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils'
 Making all in protein_db
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/protein_db'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o protein_db.lo protein_db.cpp
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o protein_db_utils.lo protein_db_utils.cpp
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o rna_db.lo rna_db.cpp
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c protein_db.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/protein_db.o
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o protein_db_utils.lo protein_db_utils.cpp
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o rna_db.lo rna_db.cpp
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c protein_db_utils.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/protein_db_utils.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c protein_db.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/protein_db.o
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-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-protein-db.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu protein_db.lo protein_db_utils.lo rna_db.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  
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 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/protein_db.o .libs/protein_db_utils.o .libs/rna_db.o   -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-protein-db.so.0 -o .libs/libcoot-protein-db.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-protein-db.so.0" && ln -s "libcoot-protein-db.so.0.0.0" "libcoot-protein-db.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-protein-db.so" && ln -s "libcoot-protein-db.so.0.0.0" "libcoot-protein-db.so")
@@ -3271,13 +3307,13 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/protein_db'
 Making all in mini-mol
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol'
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/mini-mol.o .libs/mini-mol-utils.o .libs/atom-quads.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-mini-mol.so.0 -o .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-mini-mol.so.0" && ln -s "libcoot-mini-mol.so.0.0.0" "libcoot-mini-mol.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-mini-mol.so" && ln -s "libcoot-mini-mol.so.0.0.0" "libcoot-mini-mol.so")
@@ -3285,53 +3321,53 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol'
 Making all in geometry
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry'
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DXDATADIR='"/usr/share"' -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"'  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2   -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/cif-parse.o .libs/protein-geometry.o .libs/protein-geometry-mmdb.o .libs/read-sbase.o .libs/energy-lib.o .libs/mol-utils.o .libs/dictionary-residue.o .libs/link.o .libs/glyco-tools.o .libs/dict-utils.o .libs/chem_mods.o .libs/srs-interface.o .libs/protein-donor-acceptors.o .libs/lbg-graph.o .libs/dreiding.o .libs/main-chain.o .libs/residue-and-atom-specs.o .libs/intercept-3GP.o .libs/mol-utils-2.o .libs/hydrophobic.o .libs/cif-parse-link.o .libs/cif-parse-mon-lib.o .libs/read-metals-json.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/compat/.libs ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-geometry.so.0 -o .libs/libcoot-geometry.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-geometry.so.0" && ln -s "libcoot-geometry.so.0.0.0" "libcoot-geometry.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-geometry.so" && ln -s "libcoot-geometry.so.0.0.0" "libcoot-geometry.so")
@@ -3339,33 +3375,33 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry'
 Making all in lidia-core
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o lbg-shared.lo lbg-shared.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o lbg-molfile.lo lbg-molfile.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o lig-build.lo lig-build.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o rdkit-interface.lo rdkit-interface.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cod-types.lo cod-types.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o atom-types.lo atom-types.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o bond-record-container-t.lo bond-record-container-t.cc
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-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o bond-table-record-t.lo bond-table-record-t.cc
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c lbg-shared.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/lbg-shared.o
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cod-types.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cod-types.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lsqlite3  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/lbg-shared.o .libs/lbg-molfile.o .libs/lig-build.o .libs/rdkit-interface.o .libs/cod-types.o .libs/atom-types.o .libs/bond-record-container-t.o .libs/cod-atom-type-t.o .libs/cod-atom-types.o .libs/bond-table-record-t.o .libs/chemical-feature-clusters.o .libs/get-residue.o .libs/svg-molecule.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lsqlite3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-lidia-core.so.0 -o .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-lidia-core.so.0" && ln -s "libcoot-lidia-core.so.0.0.0" "libcoot-lidia-core.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-lidia-core.so" && ln -s "libcoot-lidia-core.so.0.0.0" "libcoot-lidia-core.so")
@@ -3374,200 +3410,200 @@
 Making all in coot-utils
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils'
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 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-utils.so" && ln -s "libcoot-coord-utils.so.0.0.0" "libcoot-coord-utils.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-utils.la" && ln -s "../libcoot-coord-utils.la" "libcoot-coord-utils.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo merge-C-and-N-terminii.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../protein_db/libcoot-protein-db.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -lpthread -lz 
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo merge-C-and-N-terminii.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../protein_db/libcoot-protein-db.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -lpthread -lz 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-coord-extras.o .libs/coot-coord-lsq.o .libs/coot-tree-extras.o .libs/water-coordination.o .libs/lsq-improve.o .libs/coot-coord-utils-glyco.o .libs/jed-flip.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-coord-extras.so.0 -o .libs/libcoot-coord-extras.so.0.0.0
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-map-utils.o .libs/peak-search.o .libs/peak-search-from-list.o .libs/trim.o .libs/xmap-stats.o .libs/maps-spherical.o .libs/pepflip-using-difference-map.o .libs/exp-fit.o .libs/blob-line.o .libs/slurp-map.o .libs/find-water-baddies.o .libs/diff-diff-map-peaks.o .libs/mini-texture.o .libs/positron.o .libs/texture-as-floats.o .libs/merge-C-and-N-terminii.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/protein_db/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../protein_db/.libs/libcoot-protein-db.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -lz -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-utils.so.0 -o .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0
-libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.so.0" && ln -s "libcoot-coord-extras.so.0.0.0" "libcoot-coord-extras.so.0")
-libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.so" && ln -s "libcoot-coord-extras.so.0.0.0" "libcoot-coord-extras.so")
-libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.la" && ln -s "../libcoot-coord-extras.la" "libcoot-coord-extras.la" )
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.so.0" && ln -s "libcoot-map-utils.so.0.0.0" "libcoot-map-utils.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.so" && ln -s "libcoot-map-utils.so.0.0.0" "libcoot-map-utils.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.la" && ln -s "../libcoot-map-utils.la" "libcoot-map-utils.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -lpthread 
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o coot-mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o coot-mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -lpthread 
+libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.so.0" && ln -s "libcoot-coord-extras.so.0.0.0" "libcoot-coord-extras.so.0")
+libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.so" && ln -s "libcoot-coord-extras.so.0.0.0" "libcoot-coord-extras.so")
+libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.la" && ln -s "../libcoot-coord-extras.la" "libcoot-coord-extras.la" )
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0
-libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-mmrrcc mmrrcc.o  ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.so.0" && ln -s "libcoot-map-heavy.so.0.0.0" "libcoot-map-heavy.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.so" && ln -s "libcoot-map-heavy.so.0.0.0" "libcoot-map-heavy.so")
+libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-mmrrcc mmrrcc.o  ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.la" && ln -s "../libcoot-map-heavy.la" "libcoot-map-heavy.la" )
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils'
 Making all in angles
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/angles'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo.lo `test -f 'AngleInfo.cc' || echo './'`AngleInfo.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-angle-torsions-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-theta_2-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-theta_2-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-theta_2-autogen.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c AngleInfo-theta_2-autogen.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-theta_2-autogen.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c AngleInfo.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo.o
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-angle-torsions-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-theta_2-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-theta_2-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-theta_2-autogen.cc
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-angle-torsions-autogen.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-AngleInfo.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo.lo libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-angle-torsions-autogen.lo libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-theta_2-autogen.lo  
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c AngleInfo-theta_2-autogen.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-theta_2-autogen.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-AngleInfo.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo.lo libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-angle-torsions-autogen.lo libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-theta_2-autogen.lo  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo.o .libs/libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-angle-torsions-autogen.o .libs/libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-theta_2-autogen.o   -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-AngleInfo.so.0 -o .libs/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-AngleInfo.so.0" && ln -s "libcoot-AngleInfo.so.0.0.0" "libcoot-AngleInfo.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-AngleInfo.so" && ln -s "libcoot-AngleInfo.so.0.0.0" "libcoot-AngleInfo.so")
@@ -3575,19 +3611,19 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/angles'
 Making all in ccp4mg-utils
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o geomutil.lo geomutil.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o mgtree.lo mgtree.cc
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ppmutil.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/ppmutil.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cartesian.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cartesian.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c mgtree.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/mgtree.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libccp4mg-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu geomutil.lo mgtree.lo cartesian.lo matrix.lo quat.lo ppmutil.lo -lpng16  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/geomutil.o .libs/mgtree.o .libs/cartesian.o .libs/matrix.o .libs/quat.o .libs/ppmutil.o   -lpng16 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libccp4mg-utils.so.0 -o .libs/libccp4mg-utils.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libccp4mg-utils.so.0" && ln -s "libccp4mg-utils.so.0.0.0" "libccp4mg-utils.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libccp4mg-utils.so" && ln -s "libccp4mg-utils.so.0.0.0" "libccp4mg-utils.so")
@@ -3595,11 +3631,11 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils'
 Making all in db-main
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/db-main'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o db-main.lo db-main.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o db-strands.lo db-strands.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o db-main.lo db-main.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o db-strands.lo db-strands.cc
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c db-main.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/db-main.o
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c db-strands.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/db-strands.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/db-main.o .libs/db-strands.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-db-main.so.0 -o .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-db-main.so.0" && ln -s "libcoot-db-main.so.0.0.0" "libcoot-db-main.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-db-main.so" && ln -s "libcoot-db-main.so.0.0.0" "libcoot-db-main.so")
@@ -3608,45 +3644,45 @@
 Making all in analysis
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/analysis'
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c typed-distances.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/typed-distances.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c stats.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/stats.o
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c chi-squared.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/chi-squared.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c daca.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/daca.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo chi-squared.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo chi-squared.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams 
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/bfkurt.o .libs/mogul.o .libs/kolmogorov.o .libs/stats.o .libs/cablam.o .libs/typed-distances.o .libs/b-factor-histogram.o .libs/daca.o .libs/rna-backbone.o .libs/chi-squared.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-analysis.so.0 -o .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-analysis.so.0" && ln -s "libcoot-analysis.so.0.0.0" "libcoot-analysis.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-analysis.so" && ln -s "libcoot-analysis.so.0.0.0" "libcoot-analysis.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-analysis.la" && ln -s "../libcoot-analysis.la" "libcoot-analysis.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o coot-bfactan bfactan.o libcoot-analysis.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o coot-bfactan bfactan.o libcoot-analysis.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  
 libtool: link: g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-bfactan bfactan.o  ./.libs/libcoot-analysis.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/analysis'
 Making all in cootaneer
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/cootaneer'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o buccaneer-lib.lo buccaneer-lib.cpp
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o buccaneer-prot.lo buccaneer-prot.cpp
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o buccaneer-sequence.lo buccaneer-sequence.cpp
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cootaneer-sequence.lo cootaneer-sequence.cpp
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cootaneer-sequence.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/cootaneer-sequence.o
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c buccaneer-sequence.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/buccaneer-sequence.o
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cootaneer-sequence.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/cootaneer-sequence.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcootaneer.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu buccaneer-lib.lo buccaneer-prot.lo buccaneer-sequence.lo cootaneer-sequence.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/buccaneer-lib.o .libs/buccaneer-prot.o .libs/buccaneer-sequence.o .libs/cootaneer-sequence.o   -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcootaneer.so.0 -o .libs/libcootaneer.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcootaneer.so.0" && ln -s "libcootaneer.so.0.0.0" "libcootaneer.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcootaneer.so" && ln -s "libcootaneer.so.0.0.0" "libcootaneer.so")
@@ -3655,151 +3691,151 @@
 Making all in ideal
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ideal'
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+g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o lv.o lv.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -lpng16  -lm 
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/simple-restraint.o .libs/make-restraints.o .libs/ng.o .libs/chi-squareds.o .libs/mods.o .libs/distortion.o .libs/chirals.o .libs/flanking.o .libs/gradients.o .libs/extra-restraints.o .libs/pepflip.o .libs/regularize-minimol.o .libs/lograma.o .libs/process-dfs-in-range.o .libs/extra-restraints-kk.o .libs/simple-restraint-kk.o .libs/torsion-bonds.o .libs/coot-compare-residues.o .libs/link-restraints.o .libs/parallel-planes.o .libs/pull-restraint.o .libs/trans-peptide.o .libs/model-bond-deltas.o .libs/write-png.o .libs/zo-rama.o .libs/crankshaft.o .libs/phi-psi.o .libs/neutron.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs -lpthread ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpng16 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-ideal.so.0 -o .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ideal.so.0" && ln -s "libcoot-ideal.so.0.0.0" "libcoot-ideal.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ideal.so" && ln -s "libcoot-ideal.so.0.0.0" "libcoot-ideal.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-ideal.la" && ln -s "../libcoot-ideal.la" "libcoot-ideal.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -lmmdb2  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2   -Wl,-z,relro -o mini-rsr-bin mini-rsr.o ./libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../compat/libcoot-compat.la  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -lpthread 
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -lmmdb2  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2   -Wl,-z,relro -o coot-ligand-validation-bin lv.o ./libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lpthread 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -lmmdb2  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2   -Wl,-z,relro -o mini-rsr-bin mini-rsr.o ./libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../compat/libcoot-compat.la  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -lpthread 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -lmmdb2  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2   -Wl,-z,relro -o coot-ligand-validation-bin lv.o ./libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lpthread 
 libtool: link: g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-ligand-validation-bin lv.o  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 ./.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -lpthread
 libtool: link: g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/mini-rsr-bin mini-rsr.o  ./.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ideal'
 Making all in ligand
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand'
 g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I..  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3   -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o find-ligand.o find-ligand.cc
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I..  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3   -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o new-residue-by-3-phi-psi.lo new-residue-by-3-phi-psi.cc
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c rama-rsr-extend-fragments.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/rama-rsr-extend-fragments.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c new-residue-by-3-phi-psi.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/new-residue-by-3-phi-psi.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CC   --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I..  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused  -c -o dSFMT.lo dSFMT.c
+libtool: compile:  gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c dSFMT.c  -fPIC -DPIC -o .libs/dSFMT.o
 In file included from /usr/include/clipper/core/cell.h:50,
                  from /usr/include/clipper/core/coords.h:49,
                  from /usr/include/clipper/core/fftmap.h:49,
@@ -3926,20 +3962,20 @@
 trace.cc:223:29: note: 'rtop_best.clipper::RTop_orth::<unnamed>.clipper::RTop<double>::trn_.clipper::Vec3<double>::vec[2]' was declared here
   223 |          clipper::RTop_orth rtop_best;
       |                             ^~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3   -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lsqlite3  -lgsl -lgslcblas -lm  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3   -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lsqlite3  -lgsl -lgslcblas -lm  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread 
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/ligand.o .libs/ligand-extras.o .libs/residue_by_phi_psi.o .libs/wiggly-ligand.o .libs/monomer-utils.o .libs/dunbrack.o .libs/chi-angles-autogen.o .libs/chi-angles.o .libs/helix-placement.o .libs/fast-ss-search.o .libs/rigid-body.o .libs/ideal-rna.o .libs/richardson-rotamers.o .libs/richardson-rotamer.o .libs/rotamer.o .libs/torsion-general.o .libs/rotamer-tables.o .libs/primitive-chi-angles.o .libs/dipole.o .libs/base-pairing.o .libs/backrub-rotamer.o .libs/trace.o .libs/trace-2.o .libs/multi-peptide.o .libs/ligands-db.o .libs/joining-residues.o .libs/ligand-score-card.o .libs/side-chain-densities.o .libs/tube-finder.o .libs/smith-waterman.o .libs/side-chain.o .libs/refine-isolated-chain.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/cootaneer/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/db-main/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-ligand.so.0 -o .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.so.0" && ln -s "libcoot-ligand.so.0.0.0" "libcoot-ligand.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.so" && ln -s "libcoot-ligand.so.0.0.0" "libcoot-ligand.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.la" && ln -s "../libcoot-ligand.la" "libcoot-ligand.la" )
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3   -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/libres-tracer.o .libs/rama-rsr-extend-fragments.o .libs/new-residue-by-3-phi-psi.o .libs/dSFMT.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-res-tracer.so.0 -o .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-res-tracer.so.0" && ln -s "libcoot-res-tracer.so.0.0.0" "libcoot-res-tracer.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-res-tracer.so" && ln -s "libcoot-res-tracer.so.0.0.0" "libcoot-res-tracer.so")
@@ -3947,39 +3983,39 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand'
 Making all in coords
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"'  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o Bond_lines.lo Bond_lines.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"'  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o Cartesian.lo Cartesian.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"'  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cos-sin.lo cos-sin.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"'  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o phenix-geo-bonds.lo phenix-geo-bonds.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"'  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o mmdb-extras.lo mmdb-extras.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"'  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o utils.lo utils.cc
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-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"'  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o Bond_lines_ext.lo Bond_lines_ext.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"'  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot-close.lo coot-close.cc
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-close.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot-close.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Bond_lines_ext.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/Bond_lines_ext.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c phi-psi-prob.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/phi-psi-prob.o
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ramachandran-validation.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/ramachandran-validation.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"'  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lpthread 
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c loop-path.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/loop-path.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"'  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lpthread 
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/Bond_lines.o .libs/Cartesian.o .libs/cos-sin.o .libs/phenix-geo-bonds.o .libs/mmdb-extras.o .libs/utils.o .libs/mmdb.o .libs/mmdb-crystal.o .libs/Bond_lines_ext.o .libs/coot-close.o .libs/phenix-geo.o .libs/rotamer-markup.o .libs/loop-path.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/ramachandran-validation.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/cootaneer/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-coords.so.0 -o .libs/libcoot-coords.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coords.so.0" && ln -s "libcoot-coords.so.0.0.0" "libcoot-coords.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coords.so" && ln -s "libcoot-coords.so.0.0.0" "libcoot-coords.so")
@@ -3987,17 +4023,17 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords'
 Making all in density-contour
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/density-contour'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o Vectors.lo Vectors.cpp
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/Vectors.o .libs/CIsoSurface.o .libs/density-contour-triangles.o .libs/occlusion.o .libs/gaussian-surface.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords/.libs ../coords/.libs/libcoot-coords.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-isosurface.so.0 -o .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-isosurface.so.0" && ln -s "libcoot-isosurface.so.0.0.0" "libcoot-isosurface.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-isosurface.so" && ln -s "libcoot-isosurface.so.0.0.0" "libcoot-isosurface.so")
@@ -4005,13 +4041,13 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/density-contour'
 Making all in skeleton
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/skeleton'
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphical_skel.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphical_skel.o
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-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphical_skel.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphical_skel.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/dm-utils.o .libs/graphical_skel.o .libs/BuildCas.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/angles/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords/.libs ../angles/.libs/libcoot-AngleInfo.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-skeleton.so.0 -o .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-skeleton.so.0" && ln -s "libcoot-skeleton.so.0.0.0" "libcoot-skeleton.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-skeleton.so" && ln -s "libcoot-skeleton.so.0.0.0" "libcoot-skeleton.so")
@@ -4019,15 +4055,15 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/skeleton'
 Making all in high-res
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/high-res'
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 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-high-res.so.0" && ln -s "libcoot-high-res.so.0.0.0" "libcoot-high-res.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-high-res.so" && ln -s "libcoot-high-res.so.0.0.0" "libcoot-high-res.so")
@@ -4035,9 +4071,9 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/high-res'
 Making all in build
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/build'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CalphaBuild.lo CalphaBuild.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CalphaBuild.lo CalphaBuild.cc
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CalphaBuild.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/CalphaBuild.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/CalphaBuild.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/angles/.libs ../angles/.libs/libcoot-AngleInfo.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-cabuild.so.0 -o .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-cabuild.so.0" && ln -s "libcoot-cabuild.so.0.0.0" "libcoot-cabuild.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-cabuild.so" && ln -s "libcoot-cabuild.so.0.0.0" "libcoot-cabuild.so")
@@ -4047,69 +4083,53 @@
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles'
 Making all in CXXSurface
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface'
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXCircle.lo CXXCircle.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXCircleNode.lo CXXCircleNode.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXCoord.lo CXXCoord.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXFortranFile.lo CXXFortranFile.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXNewHood.lo CXXNewHood.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXSphereElement.lo CXXSphereElement.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXSphereNode.lo CXXSphereNode.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangle.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSphereTriangleEdge.cpp
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXNewHood.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXNewHood.o
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSurfaceMaker.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSurfaceMaker.o
-CXXBall.cpp:87:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
-   87 | #warning Compiling for OMP
-      |  ^~~~~~~
-CXXBall.cpp:157:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
-  157 | #warning Compiling for OMP
-      |  ^~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXFortranFile.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXFortranFile.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSphereTriangle.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSphereTriangle.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXQADSurfaceStaticData.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXQADSurfaceStaticData.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXChargeTable.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXChargeTable.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSphereTriangleEdge.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSphereTriangleEdge.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXCreator.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXCreator.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSpace.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSpace.o
 CXXCreator.cpp:803:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
   803 | #warning Compiling for OMP
       |  ^~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp:431:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
-  431 | #warning Compiling for OMP
-      |  ^~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp:569:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
-  569 | #warning Compiling for OMP
-      |  ^~~~~~~
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXException.lo CXXException.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXUtils.lo CXXUtils.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXBall.lo CXXBall.cpp
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXException.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXException.o
 CXXFFTSolventMap.cpp: In constructor 'SolventMap::SolventMap(fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real)':
 CXXFFTSolventMap.cpp:32:25: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
    32 |         if (probeRadius < 0 | gridSpacing < 0) {
@@ -4128,10 +4148,12 @@
 CXXFFTSolventMap.cpp:743:21: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
   743 |         if (SliceNr > dim[0] | SliceNr < 1) {
       |             ~~~~~~~~^~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXUtils.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXUtils.o
 CXXCircleNode.cpp: In static member function 'static int CXXCircleNode::probeContacts(std::vector<CXXCircleNode>&, double, std::map<CXXCircleNode*, std::vector<CXXCircleNode*> >&)':
 CXXCircleNode.cpp:176:59: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<__gnu_cxx::__normal_iterator<CXXCircleNode*, std::vector<CXXCircleNode> > >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   176 |                 for (int iCentralProbe = 0; iCentralProbe < centralBin.size(); iCentralProbe++){
       |                                             ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXBall.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXBall.o
 CXXFortranFile.cpp: In member function 'size_t CXXFortranFile::getFortranData(char*, size_t, size_t, int)':
 CXXFortranFile.cpp:192:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   192 |     for (int i=0; i<nItems; i++){
@@ -4146,23 +4168,74 @@
 CXXFortranFile.cpp:257:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   257 |     for (int i=0; i<nItems; i++){
       |                   ~^~~~~~~
-CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::triangulateBalls(std::vector<const CXXBall*>&, std::vector<const CXXBall*>&, double, CXXSurfaceMaker*, int)':
-CXXBall.cpp:88:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   88 |         for (int i=0; i< nBalls; i++){
-      |                       ~^~~~~~~~
-CXXBall.cpp:93:26: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   93 |         if (!(i%100) || i==nBalls-1) {
-      |                         ~^~~~~~~~~~
-CXXBall.cpp:129:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  129 |     for (int i=0; i<nBalls; i++){
-      |                   ~^~~~~~~
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXSurfaceMaker.lo CXXSurfaceMaker.cpp
 CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::readGraspFile(std::string)':
 CXXSurface.cpp:155:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   155 |         for (int i=0; i<nTriangles; i++){
       |                       ~^~~~~~~~~~~
-CXXBall.cpp:160:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  160 |     for (int i=0; i<trimmedBalls.size(); i++){
-      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::distributeAtomCharge(CXXCoord<double>, CXXCoord<double>, CXXCoord<double>, CXXCoord<double>, int)':
+CXXCreator.cpp:261:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  261 |     if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) {
+      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~
+CXXCreator.cpp:261:78: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  261 |     if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) {
+      |                                                           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~
+CXXCreator.cpp:289:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  289 |     if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) {
+      |         ~~~~~^~~~
+CXXCreator.cpp:289:38: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  289 |     if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) {
+      |                                 ~~~~~^~~
+CXXCreator.cpp:311:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  311 |     if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) {
+      |         ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXCreator.cpp:311:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  311 |     if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) {
+      |                                                               ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXCreator.cpp: In member function 'double CXXCreator::getGridVolumeOfAtom(CXXCoord<double>, CXXCoord<double>, CXXCoord<double>, CXXCoord<double>, int)':
+CXXCreator.cpp:389:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  389 |     if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) {
+      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~
+CXXCreator.cpp:389:78: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  389 |     if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) {
+      |                                                           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~
+CXXCreator.cpp:414:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  414 |     if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) {
+      |         ~~~~~^~~~
+CXXCreator.cpp:414:38: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  414 |     if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) {
+      |                                 ~~~~~^~~
+CXXCreator.cpp:433:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  433 |     if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) {
+      |         ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXCreator.cpp:433:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  433 |     if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) {
+      |                                                               ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::evolve(int, double)':
+CXXCreator.cpp:789:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
+  789 |             for (size_t i = 0; i < space->getDimI(); i++) {
+      |                                ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXCreator.cpp:793:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
+  793 |                 for (size_t j=0; j<space->getDimJ(); j++) largestChangeOfRow[j]=-1e30;
+      |                                  ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXCreator.cpp:796:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
+  796 |                 for (size_t j=0; j<space->getDimJ(); j++) largestPotentialOfRow[j]=-1e30;
+      |                                  ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXCreator.cpp:804:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
+  804 |                 for (size_t j = 0; j < passableSpace->getDimJ(); j++) {
+      |                                    ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXCreator.cpp:809:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
+  809 |                     for (size_t k = 0; k < passableSpace->getDimK(); k++) {
+      |                                        ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXCreator.cpp:812:41: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
+  812 |                         if (((i+j+k)%2) == (n%2)) {
+      |                             ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~
+CXXCreator.cpp:851:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
+  851 |                 for (size_t j=0; j<space->getDimJ(); j++) largestChange = max(largestChange,largestChangeOfRow[j]);
+      |                                  ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXCreator.cpp:852:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
+  852 |                 for (size_t j=0; j<space->getDimJ(); j++) largestPotential = max(largestPotential,largestPotentialOfRow[j]);
+      |                                  ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
 CXXSurface.cpp: In member function 'SurfaceParameters CXXSurface::measuredProperties()':
 CXXSurface.cpp:212:31: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   212 |         for (i=0, area = 0.; i<nTriangles; i++){
@@ -4185,10 +4258,6 @@
 CXXSurface.cpp:497:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   497 |     for (int i=0; i< nVerts; i++){
       |                   ~^~~~~~~~
-CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::ballContacts(std::vector<const CXXBall*>&, std::vector<const CXXBall*>&, std::map<const CXXBall*, std::vector<const CXXBall*> >&)':
-CXXBall.cpp:295:28: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  295 |     for (int iBall=0; iBall< balls.size(); iBall++){
-      |                       ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
 CXXSurface.cpp: In member function 'size_t CXXSurface::updateWithVectorData(size_t, std::string, size_t, double*)':
 CXXSurface.cpp:585:30: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   585 |     if (int(vertices.size()) < start + count){
@@ -4215,6 +4284,13 @@
 CXXSurface.cpp:1031:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CXXTriangle>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
  1031 |     for (int i=0; i<triangles.size(); i++){
       |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSurfaceMaker.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSurfaceMaker.o
+CXXBall.cpp:87:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
+   87 | #warning Compiling for OMP
+      |  ^~~~~~~
+CXXBall.cpp:157:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
+  157 | #warning Compiling for OMP
+      |  ^~~~~~~
 CXXSpace.cpp: In constructor 'CXXSpace::CXXSpace(float, float, float, float, float, float, float, float)':
 CXXSpace.cpp:51:67: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
    51 |                                                    if (chargeGrid == 0 | potentialGrid == 0 | dielGrid == 0) {
@@ -4222,44 +4298,6 @@
 CXXSpace.cpp:51:104: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
    51 |                                                    if (chargeGrid == 0 | potentialGrid == 0 | dielGrid == 0) {
       |                                                                                               ~~~~~~~~~^~~~
-CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::distributeAtomCharge(CXXCoord<double>, CXXCoord<double>, CXXCoord<double>, CXXCoord<double>, int)':
-CXXCreator.cpp:261:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  261 |     if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) {
-      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~
-CXXCreator.cpp:261:78: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  261 |     if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) {
-      |                                                           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~
-CXXCreator.cpp:289:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  289 |     if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) {
-      |         ~~~~~^~~~
-CXXCreator.cpp:289:38: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  289 |     if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) {
-      |                                 ~~~~~^~~
-CXXCreator.cpp:311:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  311 |     if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) {
-      |         ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXCreator.cpp:311:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  311 |     if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) {
-      |                                                               ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXCreator.cpp: In member function 'double CXXCreator::getGridVolumeOfAtom(CXXCoord<double>, CXXCoord<double>, CXXCoord<double>, CXXCoord<double>, int)':
-CXXCreator.cpp:389:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  389 |     if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) {
-      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~
-CXXCreator.cpp:389:78: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  389 |     if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) {
-      |                                                           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~
-CXXCreator.cpp:414:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  414 |     if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) {
-      |         ~~~~~^~~~
-CXXCreator.cpp:414:38: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  414 |     if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) {
-      |                                 ~~~~~^~~
-CXXCreator.cpp:433:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  433 |     if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) {
-      |         ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXCreator.cpp:433:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  433 |     if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) {
-      |                                                               ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 CXXSpace.cpp: In member function 'double CXXSpace::getGridCharge(int, int, int)':
 CXXSpace.cpp:184:15: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
   184 |         if (i < 0 | j < 0 | k < 0 | i == dim[0] | j == dim[1] | k == dim[2]) {
@@ -4324,13 +4362,6 @@
 CXXSpace.cpp:240:67: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
   240 |         if (i < 0 | j < 0 | k < 0 | i == dim[0] | j == dim[1] | k == dim[2]) {
       |                                                                 ~~^~~~~~~~~
-CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::evolve(int, double)':
-CXXCreator.cpp:789:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
-  789 |             for (size_t i = 0; i < space->getDimI(); i++) {
-      |                                ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXCreator.cpp:793:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
-  793 |                 for (size_t j=0; j<space->getDimJ(); j++) largestChangeOfRow[j]=-1e30;
-      |                                  ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
 CXXSpace.cpp: In member function 'double CXXSpace::getBoundaryMap(int, int, int)':
 CXXSpace.cpp:261:15: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
   261 |         if (i < 0 | j < 0 | k < 0 | i == dim[0] | j == dim[1] | k == dim[2]) {
@@ -4347,24 +4378,6 @@
 CXXSpace.cpp:261:67: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
   261 |         if (i < 0 | j < 0 | k < 0 | i == dim[0] | j == dim[1] | k == dim[2]) {
       |                                                                 ~~^~~~~~~~~
-CXXCreator.cpp:796:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
-  796 |                 for (size_t j=0; j<space->getDimJ(); j++) largestPotentialOfRow[j]=-1e30;
-      |                                  ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXCreator.cpp:804:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
-  804 |                 for (size_t j = 0; j < passableSpace->getDimJ(); j++) {
-      |                                    ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXCreator.cpp:809:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
-  809 |                     for (size_t k = 0; k < passableSpace->getDimK(); k++) {
-      |                                        ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXCreator.cpp:812:41: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
-  812 |                         if (((i+j+k)%2) == (n%2)) {
-      |                             ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~
-CXXCreator.cpp:851:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
-  851 |                 for (size_t j=0; j<space->getDimJ(); j++) largestChange = max(largestChange,largestChangeOfRow[j]);
-      |                                  ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXCreator.cpp:852:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
-  852 |                 for (size_t j=0; j<space->getDimJ(); j++) largestPotential = max(largestPotential,largestPotentialOfRow[j]);
-      |                                  ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
 CXXSpace.cpp: In member function 'int CXXSpace::dumpSpaceSlice(int, int, int)':
 CXXSpace.cpp:507:23: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
   507 |         if (dimension > 2 | dimension < 0) {
@@ -4405,10 +4418,6 @@
 CXXSpace.cpp:631:65: note: ...this statement, but the latter is misleadingly indented as if it were guarded by the 'if'
   631 |                                                                 break;
       |                                                                 ^~~~~
-CXXQADSurface.cpp: In member function 'int CXXQADSurface::contourMap(double)':
-CXXQADSurface.cpp:599:75: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
-  599 |                                                                  iCompare >=compareStart && !iEquivalent;
-      |                                                                  ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
 CXXSphereElement.cpp: In copy constructor 'CXXSphereElement::CXXSphereElement(const CXXSphereElement&)':
 CXXSphereElement.cpp:279:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   279 |         for (int i=0; i<oldOne.nEdges(); i++){
@@ -4417,6 +4426,29 @@
 CXXSphereElement.cpp:673:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   673 |         for (int i=0; i<nEdges(); i++){
       |                       ~^~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp:431:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
+  431 | #warning Compiling for OMP
+      |  ^~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp:569:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
+  569 | #warning Compiling for OMP
+      |  ^~~~~~~
+CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::triangulateBalls(std::vector<const CXXBall*>&, std::vector<const CXXBall*>&, double, CXXSurfaceMaker*, int)':
+CXXBall.cpp:88:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   88 |         for (int i=0; i< nBalls; i++){
+      |                       ~^~~~~~~~
+CXXBall.cpp:93:26: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   93 |         if (!(i%100) || i==nBalls-1) {
+      |                         ~^~~~~~~~~~
+CXXBall.cpp:129:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  129 |     for (int i=0; i<nBalls; i++){
+      |                   ~^~~~~~~
+CXXBall.cpp:160:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  160 |     for (int i=0; i<trimmedBalls.size(); i++){
+      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::ballContacts(std::vector<const CXXBall*>&, std::vector<const CXXBall*>&, std::map<const CXXBall*, std::vector<const CXXBall*> >&)':
+CXXBall.cpp:295:28: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  295 |     for (int iBall=0; iBall< balls.size(); iBall++){
+      |                       ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
 CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'int CXXSurfaceMaker::calculateVDWFromAtoms(mmdb::Manager*, int, int, double, double, double, bool)':
 CXXSurfaceMaker.cpp:193:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   193 |     for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++)
@@ -4466,7 +4498,11 @@
 CXXSurfaceMaker.cpp:571:47: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CXXSurface>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   571 |     for (int iChildSurface = 0; iChildSurface < childSurfaces.size(); iChildSurface++)
       |                                 ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CXXCircle.lo CXXCircleNode.lo CXXCoord.lo CXXFortranFile.lo CXXNewHood.lo CXXSphereElement.lo CXXSphereNode.lo CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSurface.lo CXXSurfaceVertex.lo CXXTorusElement.lo CXXTorusNode.lo CXXTriangle.lo CXXQADSurface.lo CXXQADSurfaceStaticData.lo CXXCreator.lo CXXSpace.lo CXXFFTSolventMap.lo CXXChargeTable.lo CXXException.lo CXXUtils.lo CXXBall.lo CXXSurfaceMaker.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2  
+CXXQADSurface.cpp: In member function 'int CXXQADSurface::contourMap(double)':
+CXXQADSurface.cpp:599:75: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
+  599 |                                                                  iCompare >=compareStart && !iEquivalent;
+      |                                                                  ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CXXCircle.lo CXXCircleNode.lo CXXCoord.lo CXXFortranFile.lo CXXNewHood.lo CXXSphereElement.lo CXXSphereNode.lo CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSurface.lo CXXSurfaceVertex.lo CXXTorusElement.lo CXXTorusNode.lo CXXTriangle.lo CXXQADSurface.lo CXXQADSurfaceStaticData.lo CXXCreator.lo CXXSpace.lo CXXFFTSolventMap.lo CXXChargeTable.lo CXXException.lo CXXUtils.lo CXXBall.lo CXXSurfaceMaker.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/CXXCircle.o .libs/CXXCircleNode.o .libs/CXXCoord.o .libs/CXXFortranFile.o .libs/CXXNewHood.o .libs/CXXSphereElement.o .libs/CXXSphereNode.o .libs/CXXSphereTriangle.o .libs/CXXSphereTriangleEdge.o .libs/CXXSurface.o .libs/CXXSurfaceVertex.o .libs/CXXTorusElement.o .libs/CXXTorusNode.o .libs/CXXTriangle.o .libs/CXXQADSurface.o .libs/CXXQADSurfaceStaticData.o .libs/CXXCreator.o .libs/CXXSpace.o .libs/CXXFFTSolventMap.o .libs/CXXChargeTable.o .libs/CXXException.o .libs/CXXUtils.o .libs/CXXBall.o .libs/CXXSurfaceMaker.o   -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so")
@@ -4474,84 +4510,50 @@
 make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface'
 Making all in CXXClasses
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses'
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo `test -f 'AtomPropertyRampColorRule.cpp' || echo './'`AtomPropertyRampColorRule.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo `test -f 'DirectedPositionedEntity.cpp' || echo './'`DirectedPositionedEntity.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo `test -f 'Representation.cpp' || echo './'`Representation.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo `test -f 'BallsPrimitive.cpp' || echo './'`BallsPrimitive.cpp
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-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.lo `test -f 'CXXMatrix.cpp' || echo './'`CXXMatrix.cpp
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-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.lo `test -f 'ColorRule.cpp' || echo './'`ColorRule.cpp
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-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo `test -f 'Renderer.cpp' || echo './'`Renderer.cpp
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-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo `test -f 'Quaternion.cpp' || echo './'`Quaternion.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo `test -f 'Vector2.cpp' || echo './'`Vector2.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo `test -f 'Vector3.cpp' || echo './'`Vector3.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused  -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo `test -f 'lfit.c' || echo './'`lfit.c
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-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.lo `test -f 'FlatFanPrimitive.cpp' || echo './'`FlatFanPrimitive.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-tubes.lo `test -f 'tubes.cc' || echo './'`tubes.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c AtomPropertyRampColorRule.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Representation.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c BondsPrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c DisplayPrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.o
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+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo `test -f 'DirectedPositionedEntity.cpp' || echo './'`DirectedPositionedEntity.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo `test -f 'Representation.cpp' || echo './'`Representation.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo `test -f 'BallsPrimitive.cpp' || echo './'`BallsPrimitive.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo `test -f 'DiscreteSegment.cpp' || echo './'`DiscreteSegment.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo `test -f 'RepresentationInstance.cpp' || echo './'`RepresentationInstance.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo `test -f 'BondsPrimitive.cpp' || echo './'`BondsPrimitive.cpp
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+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo `test -f 'MolecularRepresentation.cpp' || echo './'`MolecularRepresentation.cpp
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+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.lo `test -f 'SolidColorRule.cpp' || echo './'`SolidColorRule.cpp
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+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.lo `test -f 'NRStuff.cpp' || echo './'`NRStuff.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.lo `test -f 'SpherePrimitive.cpp' || echo './'`SpherePrimitive.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.lo `test -f 'ColorScheme.cpp' || echo './'`ColorScheme.cpp
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Vector2.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CompoundSelection.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Quaternion.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c tubes.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-tubes.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MolecularRepresentationInstance.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c oglPolyhedron.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o
-libtool: compile:  gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c lfit.c  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c DishyBase.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c FlatFanPrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Vector3.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.o
-In file included from ../../MoleculesToTriangles/CXXClasses/NRStuff.h:31,
-                 from tubes.cc:4:
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
+                 from BallsPrimitive.h:33,
+                 from BallsPrimitive.cpp:28:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4574,9 +4576,8 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from BondsPrimitive.h:28,
-                 from BondsPrimitive.cpp:25:
+In file included from CXXMatrix.h:28,
+                 from CXXMatrix.cpp:24:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4587,9 +4588,9 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from MyMolecule.h:28,
-                 from CompoundSelection.h:35,
-                 from CompoundSelection.cpp:25:
+In file included from NRStuff.h:31,
+                 from DiscreteSegment.h:26,
+                 from DiscreteSegment.cpp:26:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4600,9 +4601,9 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from PositionedEntity.h:28,
-                 from DirectedPositionedEntity.h:28,
-                 from DirectedPositionedEntity.cpp:25:
+In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from RepresentationInstance.h:32,
+                 from RepresentationInstance.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4613,8 +4614,9 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from RotatedTranslatedScaledEntity.cpp:25:
+In file included from PositionedEntity.h:28,
+                 from DirectedPositionedEntity.h:28,
+                 from DirectedPositionedEntity.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4625,8 +4627,9 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from CXXMatrix.h:28,
-                 from CXXMatrix.cpp:24:
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from SpherePrimitive.h:29,
+                 from SpherePrimitive.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4637,9 +4640,9 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from ColorRule.h:29,
-                 from AtomPropertyRampColorRule.h:27,
-                 from AtomPropertyRampColorRule.cpp:25:
+In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from Light.h:29,
+                 from Light.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4650,8 +4653,9 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from CylinderPoint.h:29,
-                 from CylinderPoint.cpp:28:
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from BondsPrimitive.h:28,
+                 from BondsPrimitive.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4660,12 +4664,13 @@
    57 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    65 | #pragma omp simd
-In file included from PositionedEntity.h:28,
-                 from PositionedEntity.cpp:25:
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
+In file included from MyMolecule.h:28,
+                 from MolecularRepresentation.h:32,
+                 from MolecularRepresentation.cpp:27:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    44 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4686,14 +4691,21 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from Renderer.h:28,
-                 from Renderer.cpp:25:
+In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from RotatedTranslatedScaledEntity.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    44 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   57 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   65 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   73 | #pragma omp simd
 In file included from ColorRule.h:29,
-                 from ColorRule.cpp:25:
+                 from SolidColorRule.h:27,
+                 from SolidColorRule.cpp:26:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4704,15 +4716,24 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
+In file included from ColorRule.h:29,
+                 from ColorScheme.h:32,
+                 from ColorScheme.cpp:25:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   40 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   44 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    57 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from NRStuff.h:31,
-                 from DiscreteSegment.h:26,
-                 from DiscreteSegment.cpp:26:
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
+                 from CylindersPrimitive.h:29,
+                 from BoxSectionPrimitive.h:31,
+                 from BoxSectionPrimitive.cpp:32:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4723,9 +4744,9 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from Light.h:29,
-                 from Light.cpp:25:
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from Representation.h:36,
+                 from Representation.cpp:33:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4744,28 +4765,26 @@
    44 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    57 | #pragma omp simd
-In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from RepresentationInstance.h:32,
-                 from RepresentationInstance.cpp:25:
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   40 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   44 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
+In file included from ColorRule.h:29,
+                 from ColorScheme.h:32,
+                 from SecondaryColorScheme.h:29,
+                 from SecondaryColorScheme.cpp:25:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   40 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   44 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    57 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
-                 from CylindersPrimitive.h:29,
-                 from BoxSectionPrimitive.h:31,
-                 from BoxSectionPrimitive.cpp:32:
+In file included from ColorRule.h:29,
+                 from ColorRule.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4776,9 +4795,9 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from Representation.h:36,
-                 from Representation.cpp:33:
+In file included from ColorRule.h:29,
+                 from AtomPropertyRampColorRule.h:27,
+                 from AtomPropertyRampColorRule.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4789,10 +4808,45 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
+DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateNormals()':
+DiscreteSegment.cpp:44:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   44 |     for (int i=1; i<(calphas.size()-1); i++){
+      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::smoothBetas()':
+DiscreteSegment.cpp:83:32: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   83 |     for (int iCalpha=0; iCalpha<calphas.size(); iCalpha++){
+      |                         ~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
+DiscreteSegment.cpp:88:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   88 |                 && iCalpha+nInStrand < calphas.size()){
+      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~
+DiscreteSegment.cpp:98:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   98 |             if (iCalpha+nInStrand < calphas.size()){
+      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~
+DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateSplines()':
+DiscreteSegment.cpp:135:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  135 |     for (int i=0; i<calphas.size(); i++){
+      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~
+BallsPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BallsPrimitive::generateArrays()':
+BallsPrimitive.cpp:96:39: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare]
+   96 |         for (int iVertex = 0; iVertex < ((Polyhedron *)poly)->nVertices(); iVertex++){
+      |                               ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+BallsPrimitive.cpp:110:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare]
+  110 |         for (int iFace = 0; iFace < ((Polyhedron *)poly)->nFaces(); iFace++){
+      |                             ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.lo `test -f 'Polyhedron.cpp' || echo './'`Polyhedron.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.lo `test -f 'SticksPrimitive.cpp' || echo './'`SticksPrimitive.cpp
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Polyhedron.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo `test -f 'CompoundSelection.cpp' || echo './'`CompoundSelection.cpp
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SticksPrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.o
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo `test -f 'PositionedEntity.cpp' || echo './'`PositionedEntity.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo `test -f 'SurfacePrimitive.cpp' || echo './'`SurfacePrimitive.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo `test -f 'CylinderPoint.cpp' || echo './'`CylinderPoint.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo `test -f 'Renderer.cpp' || echo './'`Renderer.cpp
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CompoundSelection.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.o
 In file included from DisplayPrimitive.h:32,
                  from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
-                 from BallsPrimitive.h:33,
-                 from BallsPrimitive.cpp:28:
+                 from SticksPrimitive.h:31,
+                 from SticksPrimitive.cpp:28:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4803,9 +4857,15 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.lo `test -f 'VertexColorNormalPrimitive.cpp' || echo './'`VertexColorNormalPrimitive.cpp
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SurfacePrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylinderPoint.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c PositionedEntity.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.lo `test -f 'CylindersPrimitive.cpp' || echo './'`CylindersPrimitive.cpp
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Renderer.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.o
 In file included from MyMolecule.h:28,
-                 from MolecularRepresentation.h:32,
-                 from MolecularRepresentation.cpp:27:
+                 from CompoundSelection.h:35,
+                 from CompoundSelection.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4816,10 +4876,10 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from ColorRule.h:29,
-                 from ColorScheme.h:32,
-                 from SecondaryColorScheme.h:29,
-                 from SecondaryColorScheme.cpp:25:
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
+                 from SurfacePrimitive.h:28,
+                 from SurfacePrimitive.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4830,9 +4890,8 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from SpherePrimitive.h:29,
-                 from SpherePrimitive.cpp:25:
+In file included from PositionedEntity.h:28,
+                 from PositionedEntity.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4843,34 +4902,30 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from DishyBase.h:31,
-                 from DishyBase.cpp:23:
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   40 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   44 | #pragma omp simd
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
-                 from VertexColorNormalPrimitive.cpp:25:
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo `test -f 'oglPolyhedron.cpp' || echo './'`oglPolyhedron.cpp
+In file included from CylinderPoint.h:29,
+                 from CylinderPoint.cpp:28:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    44 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    57 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   57 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   65 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   73 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from ColorRule.h:29,
-                 from SolidColorRule.h:27,
-                 from SolidColorRule.cpp:26:
+BoxSectionPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BoxSectionPrimitive::generateArrays()':
+BoxSectionPrimitive.cpp:72:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CylinderPoint>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   72 |     for (int i=0; i< points.size(); i++){
+      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~
+BoxSectionPrimitive.cpp:105:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CylinderPoint>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  105 |     for (int i=0; i< points.size()-1; i++){
+      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c VertexColorNormalPrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylindersPrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o
+In file included from Renderer.h:28,
+                 from Renderer.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4881,10 +4936,11 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c oglPolyhedron.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.lo `test -f 'MolecularRepresentationInstance.cpp' || echo './'`MolecularRepresentationInstance.cpp
 In file included from DisplayPrimitive.h:32,
                  from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
-                 from SticksPrimitive.h:31,
-                 from SticksPrimitive.cpp:28:
+                 from VertexColorNormalPrimitive.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4897,8 +4953,8 @@
    73 | #pragma omp simd
 In file included from DisplayPrimitive.h:32,
                  from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
-                 from SurfacePrimitive.h:28,
-                 from SurfacePrimitive.cpp:25:
+                 from CylindersPrimitive.h:29,
+                 from CylindersPrimitive.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4909,10 +4965,18 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
-                 from CylindersPrimitive.h:29,
-                 from CylindersPrimitive.cpp:25:
+ColorScheme.h:95:23: warning: 'virtual FCXXCoord ColorScheme::colorForAtom(const mmdb::Atom*, std::map<std::shared_ptr<ColorRule>, int>&)' was hidden [-Woverloaded-virtual=]
+   95 |     virtual FCXXCoord colorForAtom(const mmdb::Atom* atom, std::map<std::shared_ptr<ColorRule>, int> &handles){
+      |                       ^~~~~~~~~~~~
+SecondaryColorScheme.h:52:23: note:   by 'virtual FCXXCoord SecondaryColorScheme::colorForAtom(mmdb::Atom*)'
+   52 |     virtual FCXXCoord colorForAtom(mmdb::Atom* atom){
+      |                       ^~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MolecularRepresentationInstance.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo `test -f 'Quaternion.cpp' || echo './'`Quaternion.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo `test -f 'Vector2.cpp' || echo './'`Vector2.cpp
+In file included from Polyhedron.h:32,
+                 from oglPolyhedron.h:29,
+                 from oglPolyhedron.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4923,9 +4987,28 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from ColorRule.h:29,
-                 from ColorScheme.h:32,
-                 from ColorScheme.cpp:25:
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Quaternion.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Vector2.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo `test -f 'Vector3.cpp' || echo './'`Vector3.cpp
+CompoundSelection.cpp: In destructor 'CompoundSelection::~CompoundSelection()':
+CompoundSelection.cpp:36:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CompoundSelection' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
+   36 |             delete p;
+      |             ^~~~~~~~
+CompoundSelection.cpp:39:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBStringPrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
+   39 |             delete p;
+      |             ^~~~~~~~
+CompoundSelection.cpp:42:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSecondaryTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
+   42 |             delete p;
+      |             ^~~~~~~~
+CompoundSelection.cpp:45:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSubsetTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
+   45 |             delete p;
+      |             ^~~~~~~~
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused  -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo `test -f 'lfit.c' || echo './'`lfit.c
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.lo `test -f 'DishyBase.cpp' || echo './'`DishyBase.cpp
+In file included from MyMolecule.h:28,
+                 from MolecularRepresentation.h:32,
+                 from MolecularRepresentationInstance.h:30,
+                 from MolecularRepresentationInstance.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4936,9 +5019,24 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from Polyhedron.h:32,
-                 from oglPolyhedron.h:29,
-                 from oglPolyhedron.cpp:25:
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.lo `test -f 'FlatFanPrimitive.cpp' || echo './'`FlatFanPrimitive.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-tubes.lo `test -f 'tubes.cc' || echo './'`tubes.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Vector3.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.o
+libtool: compile:  gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c lfit.c  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c DishyBase.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.o
+CylindersPrimitive.cpp: In member function 'virtual void CylindersPrimitive::generateArrays()':
+CylindersPrimitive.cpp:85:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CylinderPoint>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   85 |     for (int i=0; i< points.size(); i++){
+      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~
+CylindersPrimitive.cpp:113:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CylinderPoint>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  113 |        for (int i=0; i< points.size()-1; i++){
+      |                      ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c FlatFanPrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c tubes.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-tubes.o
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
+                 from FlatFanPrimitive.h:29,
+                 from FlatFanPrimitive.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4949,10 +5047,8 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from MyMolecule.h:28,
-                 from MolecularRepresentation.h:32,
-                 from MolecularRepresentationInstance.h:30,
-                 from MolecularRepresentationInstance.cpp:25:
+In file included from DishyBase.h:31,
+                 from DishyBase.cpp:23:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4963,10 +5059,8 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
-                 from FlatFanPrimitive.h:29,
-                 from FlatFanPrimitive.cpp:25:
+In file included from ../../MoleculesToTriangles/CXXClasses/NRStuff.h:31,
+                 from tubes.cc:4:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4977,64 +5071,6 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-CompoundSelection.cpp: In destructor 'CompoundSelection::~CompoundSelection()':
-CompoundSelection.cpp:36:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CompoundSelection' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
-   36 |             delete p;
-      |             ^~~~~~~~
-CompoundSelection.cpp:39:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBStringPrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
-   39 |             delete p;
-      |             ^~~~~~~~
-CompoundSelection.cpp:42:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSecondaryTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
-   42 |             delete p;
-      |             ^~~~~~~~
-CompoundSelection.cpp:45:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSubsetTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
-   45 |             delete p;
-      |             ^~~~~~~~
-DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateNormals()':
-DiscreteSegment.cpp:44:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   44 |     for (int i=1; i<(calphas.size()-1); i++){
-      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::smoothBetas()':
-DiscreteSegment.cpp:83:32: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   83 |     for (int iCalpha=0; iCalpha<calphas.size(); iCalpha++){
-      |                         ~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
-DiscreteSegment.cpp:88:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   88 |                 && iCalpha+nInStrand < calphas.size()){
-      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~
-DiscreteSegment.cpp:98:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   98 |             if (iCalpha+nInStrand < calphas.size()){
-      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~
-DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateSplines()':
-DiscreteSegment.cpp:135:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  135 |     for (int i=0; i<calphas.size(); i++){
-      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~
-BoxSectionPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BoxSectionPrimitive::generateArrays()':
-BoxSectionPrimitive.cpp:72:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CylinderPoint>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   72 |     for (int i=0; i< points.size(); i++){
-      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~
-BoxSectionPrimitive.cpp:105:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CylinderPoint>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  105 |     for (int i=0; i< points.size()-1; i++){
-      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
-BallsPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BallsPrimitive::generateArrays()':
-BallsPrimitive.cpp:96:39: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare]
-   96 |         for (int iVertex = 0; iVertex < ((Polyhedron *)poly)->nVertices(); iVertex++){
-      |                               ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CylindersPrimitive.cpp: In member function 'virtual void CylindersPrimitive::generateArrays()':
-CylindersPrimitive.cpp:85:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CylinderPoint>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   85 |     for (int i=0; i< points.size(); i++){
-      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~
-BallsPrimitive.cpp:110:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare]
-  110 |         for (int iFace = 0; iFace < ((Polyhedron *)poly)->nFaces(); iFace++){
-      |                             ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CylindersPrimitive.cpp:113:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CylinderPoint>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  113 |        for (int i=0; i< points.size()-1; i++){
-      |                      ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
-ColorScheme.h:95:23: warning: 'virtual FCXXCoord ColorScheme::colorForAtom(const mmdb::Atom*, std::map<std::shared_ptr<ColorRule>, int>&)' was hidden [-Woverloaded-virtual=]
-   95 |     virtual FCXXCoord colorForAtom(const mmdb::Atom* atom, std::map<std::shared_ptr<ColorRule>, int> &handles){
-      |                       ^~~~~~~~~~~~
-SecondaryColorScheme.h:52:23: note:   by 'virtual FCXXCoord SecondaryColorScheme::colorForAtom(mmdb::Atom*)'
-   52 |     virtual FCXXCoord colorForAtom(mmdb::Atom* atom){
-      |                       ^~~~~~~~~~~~
 MyMolecule.cpp: In member function 'int MyMolecule::loadCoords(char*, int, int)':
 MyMolecule.cpp:92:25: warning: 'char* __builtin_strncpy(char*, const char*, long unsigned int)' output may be truncated copying 8 bytes from a string of length 225 [-Wstringop-truncation]
    92 |                 strncpy (field, tokenBuffer+30, 8);
@@ -5051,7 +5087,7 @@
 MyMolecule.cpp:101:25: warning: 'char* __builtin_strncpy(char*, const char*, long unsigned int)' output may be truncated copying 6 bytes from a string of length 195 [-Wstringop-truncation]
   101 |                 strncpy (field, tokenBuffer+60, 6);
       |                         ^
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu  -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-tubes.lo  ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2   
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 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so")
@@ -5063,25 +5099,25 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles'
 Making all in pli
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pli'
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 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-pli.so.0" && ln -s "libcoot-pli.so.0.0.0" "libcoot-pli.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-pli.so" && ln -s "libcoot-pli.so.0.0.0" "libcoot-pli.so")
@@ -5097,19 +5133,19 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/python-tests'
 Making all in cootilus
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/cootilus'
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o nautilus-tools.lo nautilus-tools.cpp
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o nautilus-join.lo nautilus-join.cpp
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cootilus-build.lo cootilus-build.cpp
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c nautilus-target.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/nautilus-target.o
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 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/nucleicacid_db.o .libs/nautilus-tools.o .libs/nautilus-ss-find.o .libs/nautilus-join.o .libs/nautilus-target.o .libs/cootilus-build.o   -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcootilus.so.0 -o .libs/libcootilus.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcootilus.so.0" && ln -s "libcootilus.so.0.0.0" "libcootilus.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcootilus.so" && ln -s "libcootilus.so.0.0.0" "libcootilus.so")
@@ -5117,33 +5153,33 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/cootilus'
 Making all in pyrogen
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o mmff-restraints.lo mmff-restraints.cc
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o restraints-boost.lo restraints-boost.cc
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c restraints.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/restraints.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cairo-molecule.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cairo-molecule.o
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c restraints-boost.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/restraints-boost.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c py-restraints.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/py-restraints.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c mmff-restraints.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/mmff-restraints.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c atom_types.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/atom_types.o
 ../pyrogen/restraints.hh:57: Warning 389: operator[] ignored (consider using %extend)
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o pyrogen-swig.lo pyrogen-swig.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o pyrogen-swig.lo pyrogen-swig.cc
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c pyrogen-swig.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/pyrogen-swig.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so.0" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.la" && ln -s "../libcoot_py_restraints.la" "libcoot_py_restraints.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/restraints-boost.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/.libs ./.libs/libcoot_py_restraints.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so.0" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.la" && ln -s "../pyrogen_boost.la" "pyrogen_boost.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot_py_restraints.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_pyrogen_swig.so.0" && ln -s "_pyrogen_swig.so.0.0.0" "_pyrogen_swig.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_pyrogen_swig.so" && ln -s "_pyrogen_swig.so.0.0.0" "_pyrogen_swig.so")
@@ -5207,83 +5243,55 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/sounds'
 Making all in api
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot-molecule.lo coot-molecule.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot-colour.lo coot-colour.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o add-terminal-residue.lo add-terminal-residue.cc
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-swig -o wrap-coot-api.cc -python -c++ coot-headless-api.i
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-molecules-container.hh:1569: Warning 325: Nested class not currently supported (auto_read_mtz_info_t ignored)
-molecules-container.hh:1779: Warning 325: Nested class not currently supported (r_factor_stats ignored)
-molecules-container.hh:3197: Warning 325: Nested class not currently supported (fit_ligand_info_t ignored)
-molecules-container.hh:3401: Warning 325: Nested class not currently supported (ltj_stats_t ignored)
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecules-container-superpose.lo molecules-container-superpose.cc
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from coot-molecule-moltris.cc:31:
@@ -5297,14 +5305,42 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo `test -f 'wrap-coot-api.cc' || echo './'`wrap-coot-api.cc
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o moorhen-h-bonds.lo moorhen-h-bonds.cc
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-molecule-blender.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-blender.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecules-container-blender.lo molecules-container-blender.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-blender.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecules-container-blender.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o ghost-molecule-display.lo ghost-molecule-display.cc
+swig -o wrap-coot-api.cc -python -c++ coot-headless-api.i
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ghost-molecule-display.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/ghost-molecule-display.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo `test -f 'molecules-container-swig.cc' || echo './'`molecules-container-swig.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-swig.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o
+molecules-container.hh:1569: Warning 325: Nested class not currently supported (auto_read_mtz_info_t ignored)
+molecules-container.hh:1779: Warning 325: Nested class not currently supported (r_factor_stats ignored)
+molecules-container.hh:3197: Warning 325: Nested class not currently supported (fit_ligand_info_t ignored)
+molecules-container.hh:3401: Warning 325: Nested class not currently supported (ltj_stats_t ignored)
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo `test -f 'wrap-coot-api.cc' || echo './'`wrap-coot-api.cc
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c wrap-coot-api.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lssm -lmmdb2  -lmmdb2  -lsqlite3  -lgsl -lgslcblas -lm  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo mmcif-tests.lo ncs-ghosts.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo coot-molecule-modelling.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo ghost-molecule-display.lo  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lssm -lmmdb2  -lmmdb2  -lsqlite3  -lgsl -lgslcblas -lm  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo mmcif-tests.lo ncs-ghosts.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo coot-molecule-modelling.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo ghost-molecule-display.lo  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-molecule.o .libs/coot-colour.o .libs/add-terminal-residue.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/colour-functions.o .libs/coot-molecule-maps.o .libs/coot-molecule-merge-molecules.o .libs/coot-molecule-bonds.o .libs/coot-molecule-validation.o .libs/molecules-container-modelling.o .libs/molecules-container.o .libs/make-a-dodec.o .libs/molecules-container-ligand-fitting.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/coot-molecule-moltris.o .libs/coot-molecule-replace-fragment.o .libs/coot-molecule-backup.o .libs/coot-molecule-bonds-instanced.o .libs/molecules-container-mmrrcc.o .libs/molecules-container-gltf.o .libs/mmcif-tests.o .libs/ncs-ghosts.o .libs/coot-molecule-refine.o .libs/molecules-container-superpose.o .libs/rigid-body-fit.o .libs/moorhen-h-bonds.o .libs/molecules-container-bucca-ml-growing.o .libs/instancing.o .libs/molecules-container-maps.o .libs/coot-molecule-change-chain-id.o .libs/coot-molecule-modelling.o .libs/blender-mesh.o .libs/coot-molecule-blender.o .libs/molecules-container-blender.o .libs/ghost-molecule-display.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/cootaneer/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/db-main/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/density-contour/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/.libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/.libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../density-contour/.libs/libcoot-isosurface.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lssm -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-api.so.0 -o .libs/libcoot-api.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-api.so.0" && ln -s "libcoot-api.so.0.0.0" "libcoot-api.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-api.so" && ln -s "libcoot-api.so.0.0.0" "libcoot-api.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-api.la" && ln -s "../libcoot-api.la" "libcoot-api.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la 
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api/.libs ./.libs/libcoot-api.so -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot_headless_api.so.0 -o .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot_headless_api.so.0" && ln -s "_coot_headless_api.so.0.0.0" "_coot_headless_api.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot_headless_api.so" && ln -s "_coot_headless_api.so.0.0.0" "_coot_headless_api.so")
@@ -5313,115 +5349,84 @@
 Making all in layla
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/layla'
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/core.cpp  -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/core.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/tools.cpp  -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c python_utils.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/python_utils.o
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/render.cpp  -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/render.o
-signals.cpp: In lambda function:
-signals.cpp:68:36: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   68 |         if(gtk_combo_box_get_active(cb) == -1) {
-      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94,
-                 from signals.cpp:22:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here
-   84 | int           gtk_combo_box_get_active       (GtkComboBox     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-signals.cpp:69:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   69 |             gtk_combo_box_set_active(cb,0);
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-signals.cpp: In function 'void layla_on_apply(GtkButton*, gpointer)':
-signals.cpp:73:34: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   73 |     gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox));
-      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here
-   55 | void          gtk_combo_box_text_remove_all      (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-signals.cpp:84:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   84 |             gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox), smiles.c_str());
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
-   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_monomer_id_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
-signals.cpp:98:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   98 |     if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"Custom") != 0) {
-      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here
-  145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id        (GtkComboBox *combo_box);
-      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_program_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
-signals.cpp:110:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  110 |     if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"acedrg") == 0) {
-      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here
-  145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id        (GtkComboBox *combo_box);
-      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_input_format_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
-signals.cpp:123:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  123 |     if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"molfile") == 0) {
-      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here
-  145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id        (GtkComboBox *combo_box);
-      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-signals.cpp: In function 'void layla_on_apply_dialog_accepted(GtkButton*, gpointer)':
-signals.cpp:161:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  161 |     if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(GTK_COMBO_BOX(monomer_id_combobox)),"Custom") != 0) {
-      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here
-  145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id        (GtkComboBox *combo_box);
-      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-signals.cpp:162:73: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  162 |         auto monomer_id = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(monomer_id_combobox)));
-      |                                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-signals.cpp:171:71: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  171 |     auto program_name = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(program_combobox)));
-      |                                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-signals.cpp:174:76: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  174 |     auto input_format_name = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(input_format_combobox)));
-      |                                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-signals.cpp:177:74: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  177 |     const auto* molecule_smiles_cstr = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox));
-      |                                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/tools.cpp  -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/core.cpp  -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/core.o
+In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:30,
+                 from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31,
+                 from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcssenumtypes.h:11,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:33,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29,
+                 from ui.hpp:24,
+                 from ui.cpp:22:
+ui.cpp: In lambda function:
+ui.cpp:217:72: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  217 |                 GtkStyleContext *context = gtk_widget_get_style_context(GTK_WIDGET(smiles_label));
+      |                                            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/glib-2.0/gobject/gsignal.h:524:60: note: in definition of macro 'g_signal_connect'
+  524 |     g_signal_connect_data ((instance), (detailed_signal), (c_handler), (data), NULL, (GConnectFlags) 0)
+      |                                                            ^~~~~~~~~
+ui.cpp:150:48: note: in expansion of macro 'G_CALLBACK'
+  150 |     g_signal_connect(canvas, "smiles-changed", G_CALLBACK(+[](CootLigandEditorCanvas* self, gpointer user_data){
+      |                                                ^~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:713:19: note: declared here
+  713 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget);
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+ui.cpp:218:48: warning: 'void gtk_style_context_add_provider(GtkStyleContext*, GtkStyleProvider*, guint)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  218 |                 gtk_style_context_add_provider (context, GTK_STYLE_PROVIDER (provider), GTK_STYLE_PROVIDER_PRIORITY_APPLICATION);
+      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/glib-2.0/gobject/gsignal.h:524:60: note: in definition of macro 'g_signal_connect'
+  524 |     g_signal_connect_data ((instance), (detailed_signal), (c_handler), (data), NULL, (GConnectFlags) 0)
+      |                                                            ^~~~~~~~~
+ui.cpp:150:48: note: in expansion of macro 'G_CALLBACK'
+  150 |     g_signal_connect(canvas, "smiles-changed", G_CALLBACK(+[](CootLigandEditorCanvas* self, gpointer user_data){
+      |                                                ^~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:64:6: note: declared here
+   64 | void gtk_style_context_add_provider    (GtkStyleContext  *context,
+      |      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+ui.cpp:219:45: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  219 |                 gtk_style_context_add_class (context, "smiles_label");
+      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/glib-2.0/gobject/gsignal.h:524:60: note: in definition of macro 'g_signal_connect'
+  524 |     g_signal_connect_data ((instance), (detailed_signal), (c_handler), (data), NULL, (GConnectFlags) 0)
+      |                                                            ^~~~~~~~~
+ui.cpp:150:48: note: in expansion of macro 'G_CALLBACK'
+  150 |     g_signal_connect(canvas, "smiles-changed", G_CALLBACK(+[](CootLigandEditorCanvas* self, gpointer user_data){
+      |                                                ^~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here
+   90 | void     gtk_style_context_add_class    (GtkStyleContext *context,
+      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 state.cpp: In member function 'void coot::layla::LaylaState::load_from_smiles()':
 state.cpp:143:39: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   143 |     auto* load_dialog = gtk_dialog_new();
@@ -5703,24 +5708,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkmessagedialog.h:81:12: note: declared here
    81 | GtkWidget* gtk_message_dialog_new      (GtkWindow      *parent,
       |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:30,
-                 from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31,
-                 from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcssenumtypes.h:11,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:33,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29,
-                 from ui.hpp:24,
-                 from ui.cpp:22:
-ui.cpp: In lambda function:
-ui.cpp:217:72: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  217 |                 GtkStyleContext *context = gtk_widget_get_style_context(GTK_WIDGET(smiles_label));
-      |                                            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/glib-2.0/gobject/gsignal.h:524:60: note: in definition of macro 'g_signal_connect'
-  524 |     g_signal_connect_data ((instance), (detailed_signal), (c_handler), (data), NULL, (GConnectFlags) 0)
-      |                                                            ^~~~~~~~~
-ui.cpp:150:48: note: in expansion of macro 'G_CALLBACK'
-  150 |     g_signal_connect(canvas, "smiles-changed", G_CALLBACK(+[](CootLigandEditorCanvas* self, gpointer user_data){
-      |                                                ^~~~~~~~~~
 state.cpp: In lambda function:
 state.cpp:615:55: warning: 'GtkWidget* gtk_message_dialog_new(GtkWindow*, GtkDialogFlags, GtkMessageType, GtkButtonsType, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   615 |                 auto* message = gtk_message_dialog_new(
@@ -5739,61 +5726,110 @@
       |                     ~~~~~~~~                           
   622 |                 );
       |                 ~                                      
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:713:19: note: declared here
-  713 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget);
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkmessagedialog.h:81:12: note: declared here
    81 | GtkWidget* gtk_message_dialog_new      (GtkWindow      *parent,
       |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-ui.cpp:218:48: warning: 'void gtk_style_context_add_provider(GtkStyleContext*, GtkStyleProvider*, guint)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  218 |                 gtk_style_context_add_provider (context, GTK_STYLE_PROVIDER (provider), GTK_STYLE_PROVIDER_PRIORITY_APPLICATION);
-      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/glib-2.0/gobject/gsignal.h:524:60: note: in definition of macro 'g_signal_connect'
-  524 |     g_signal_connect_data ((instance), (detailed_signal), (c_handler), (data), NULL, (GConnectFlags) 0)
-      |                                                            ^~~~~~~~~
-ui.cpp:150:48: note: in expansion of macro 'G_CALLBACK'
-  150 |     g_signal_connect(canvas, "smiles-changed", G_CALLBACK(+[](CootLigandEditorCanvas* self, gpointer user_data){
-      |                                                ^~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:64:6: note: declared here
-   64 | void gtk_style_context_add_provider    (GtkStyleContext  *context,
-      |      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-ui.cpp:219:45: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  219 |                 gtk_style_context_add_class (context, "smiles_label");
-      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/glib-2.0/gobject/gsignal.h:524:60: note: in definition of macro 'g_signal_connect'
-  524 |     g_signal_connect_data ((instance), (detailed_signal), (c_handler), (data), NULL, (GConnectFlags) 0)
-      |                                                            ^~~~~~~~~
-ui.cpp:150:48: note: in expansion of macro 'G_CALLBACK'
-  150 |     g_signal_connect(canvas, "smiles-changed", G_CALLBACK(+[](CootLigandEditorCanvas* self, gpointer user_data){
-      |                                                ^~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here
-   90 | void     gtk_style_context_add_class    (GtkStyleContext *context,
-      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3    -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo qed.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lglib-2.0  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread 
+signals.cpp: In lambda function:
+signals.cpp:68:36: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   68 |         if(gtk_combo_box_get_active(cb) == -1) {
+      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94,
+                 from signals.cpp:22:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here
+   84 | int           gtk_combo_box_get_active       (GtkComboBox     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+signals.cpp:69:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   69 |             gtk_combo_box_set_active(cb,0);
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+signals.cpp: In function 'void layla_on_apply(GtkButton*, gpointer)':
+signals.cpp:73:34: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   73 |     gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox));
+      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here
+   55 | void          gtk_combo_box_text_remove_all      (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+signals.cpp:84:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   84 |             gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox), smiles.c_str());
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
+   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_monomer_id_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
+signals.cpp:98:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   98 |     if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"Custom") != 0) {
+      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here
+  145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id        (GtkComboBox *combo_box);
+      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_program_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
+signals.cpp:110:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  110 |     if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"acedrg") == 0) {
+      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here
+  145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id        (GtkComboBox *combo_box);
+      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_input_format_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
+signals.cpp:123:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  123 |     if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"molfile") == 0) {
+      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here
+  145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id        (GtkComboBox *combo_box);
+      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+signals.cpp: In function 'void layla_on_apply_dialog_accepted(GtkButton*, gpointer)':
+signals.cpp:161:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  161 |     if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(GTK_COMBO_BOX(monomer_id_combobox)),"Custom") != 0) {
+      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here
+  145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id        (GtkComboBox *combo_box);
+      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+signals.cpp:162:73: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  162 |         auto monomer_id = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(monomer_id_combobox)));
+      |                                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+signals.cpp:171:71: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  171 |     auto program_name = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(program_combobox)));
+      |                                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+signals.cpp:174:76: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  174 |     auto input_format_name = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(input_format_combobox)));
+      |                                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+signals.cpp:177:74: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  177 |     const auto* molecule_smiles_cstr = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox));
+      |                                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3    -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo qed.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lglib-2.0  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread 
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/layla_embedded.o .libs/generators.o .libs/notifier.o .libs/signals.o .libs/state.o .libs/ui.o .libs/utils.o .libs/qed.o ligand_editor_canvas/.libs/core.o .libs/ligand_editor_canvas.o ligand_editor_canvas/.libs/model.o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o ligand_editor_canvas/.libs/render.o .libs/python_utils.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-layla.so.0 -o .libs/libcoot-layla.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.so.0" && ln -s "libcoot-layla.so.0.0.0" "libcoot-layla.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.so" && ln -s "libcoot-layla.so.0.0.0" "libcoot-layla.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.la" && ln -s "../libcoot-layla.la" "libcoot-layla.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3    -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o layla main.o libcoot-layla.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lglib-2.0  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3    -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o layla main.o libcoot-layla.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lglib-2.0  
 libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/layla main.o  ./.libs/libcoot-layla.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/layla'
 Making all in validation-graphs
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/validation-graphs'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o residue-validation-information.lo residue-validation-information.cc
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c residue-validation-information.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/residue-validation-information.o
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c validation-graph-widget.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/validation-graph-widget.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c sequence-view-widget.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/sequence-view-widget.o
 validation-graph-widget.cc: In function 'void coot_validation_graph_snapshot(GtkWidget*, GtkSnapshot*)':
 validation-graph-widget.cc:229:66: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   229 |     GtkStyleContext* style_context = gtk_widget_get_style_context(widget);
@@ -5814,7 +5850,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:112:6: note: declared here
   112 | void gtk_style_context_get_color            (GtkStyleContext *context,
       |      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lsqlite3   -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lpthread 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lsqlite3   -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lpthread 
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/residue-validation-information.o .libs/validation-graph-widget.o .libs/validation-graphs.o .libs/validation-information.o .libs/sequence-view-widget.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/cootaneer/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/db-main/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-validation-graphs.so.0 -o .libs/libcoot-validation-graphs.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-validation-graphs.so.0" && ln -s "libcoot-validation-graphs.so.0.0.0" "libcoot-validation-graphs.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-validation-graphs.so" && ln -s "libcoot-validation-graphs.so.0.0.0" "libcoot-validation-graphs.so")
@@ -5822,105 +5858,57 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/validation-graphs'
 Making all in src
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/src'
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-In file included from c-interface-scm.cc:35:
+In file included from c-interface-build-side-chain.cc:66:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -5934,7 +5922,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-build-symmetry.cc:64:
+In file included from c-interface-build-morph.cc:65:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -5948,7 +5936,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-build-main-chain.cc:63:
+In file included from atom-overlaps.cc:40:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -5957,12 +5945,11 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from atom-overlaps.cc:39:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-nucleotides.cc:39:
+In file included from c-interface-build-main-chain.cc:63:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -5990,7 +5977,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-analysis.cc:36:
+In file included from init_coot_as_python_module.cc:37:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -5999,12 +5986,11 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from init_coot_as_python_module.cc:34:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-maps.cc:52:
+In file included from c-interface-build-gui.cc:59:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6018,7 +6004,15 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-build-side-chain.cc:66:
+c-interface-build-gui.cc: In function 'void fill_move_molecule_here_dialog(GtkWidget*)':
+c-interface-build-gui.cc:246:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  246 |    gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:125:7: note: declared here
+  125 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
+      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from c-interface-ligands-gui.cc:54:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6032,7 +6026,54 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-mmdb.cc:40:
+c-interface-build-gui.cc: In function 'bool renumber_residues_from_widget(GtkWidget*)':
+c-interface-build-gui.cc:418:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  418 |       std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_id_combobox));
+      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-build-gui.cc: In function 'void mutate_sequence_chain_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)':
+c-interface-build-gui.cc:913:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  913 |    char *atc = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox));
+      |                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-build-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_fast_ss_search_dialog()':
+c-interface-build-gui.cc:1616:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1616 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_temp_combobox), 0);
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-build-gui.cc:1617:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1617 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_noaa_combobox), 1);
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-build-gui.cc:1618:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1618 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_temp_combobox), 1);
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-build-gui.cc:1619:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1619 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_noaa_combobox), 0);
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-build-gui.cc:1620:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1620 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(radius_combobox),1);
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from c-interface-curlew.cc:70:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6041,12 +6082,11 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from c-interface-curlew.cc:63:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-bonds.cc:49:
+In file included from c-interface-build-symmetry.cc:64:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6060,7 +6100,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-python.cc:40:
+In file included from c-interface-ligands.cc:51:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6074,7 +6114,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-preferences.cc:64:
+In file included from c-interface-info.cc:72:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6088,7 +6128,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-sequence.cc:33:
+In file included from c-interface-gtk2.cc:59:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6097,11 +6137,12 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from c-interface-sequence.cc:28:
+                 from c-interface.h:82,
+                 from c-interface-gtk2.cc:56:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-sharpen.cc:29:
+In file included from c-interface-bonds.cc:49:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6115,33 +6156,54 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-pisa-gui.cc:32:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from c-interface-pisa-gui.cc:30:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-mutate.cc:49:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from c-interface-mutate.cc:44:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-ncs.cc:51:
+c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_sort_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)':
+c-interface-gtk2.cc:101:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  101 |    gtk_tree_model_get (model, iter,
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
+  102 |                        0, &file_name,
+      |                        ~~~~~~~~~~~~~~
+  103 |                        -1);
+      |                        ~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:370:19: note: declared here
+  370 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gtk2.cc:104:43: warning: 'char* gtk_tree_path_to_string(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  104 |    tree_path_str = gtk_tree_path_to_string(path);
+      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:210:14: note: declared here
+  210 | char        *gtk_tree_path_to_string        (GtkTreePath       *path);
+      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_filter_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)':
+c-interface-gtk2.cc:143:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  143 |    gtk_tree_model_get (model, iter,
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
+  144 |                        0, &file_name,
+      |                        ~~~~~~~~~~~~~~
+  145 |                        -1);
+      |                        ~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:370:19: note: declared here
+  370 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gtk2.cc:151:34: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  151 |       if (gtk_tree_model_get_iter(model, iter, path)) {
+      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:317:19: note: declared here
+  317 | gboolean          gtk_tree_model_get_iter        (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gtk2.cc:154:31: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  154 |          gtk_list_store_remove(GTK_LIST_STORE(model), iter);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here
+   95 | gboolean      gtk_list_store_remove           (GtkListStore *list_store,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from c-interface-analysis.cc:36:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6155,7 +6217,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-mogul.cc:33:
+In file included from c-interface-build.cc:66:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6169,7 +6231,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-refine.cc:41:
+In file included from c-interface-gui.cc:72:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6178,26 +6240,108 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from gtk-utils.hh:26,
+                 from curl-utils.hh:36,
+                 from c-interface-gui.cc:70:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from simple-refmac.cc:35:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+c-interface-gui.cc: In function 'void open_cif_dictionary_file_selector_dialog()':
+c-interface-gui.cc:169:65: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  169 |          GtkWidget *aa_hbutton_box = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(filechooser));
+      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkappchooserdialog.h:31,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:43:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:176:13: note: declared here
+  176 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog);
+      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void fill_remarks_browswer_chooser(GtkWidget*)':
+c-interface-gui.cc:280:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  280 |       gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:125:7: note: declared here
+  125 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
+      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void add_coot_references_button(GtkWidget*)':
+c-interface-gui.cc:836:47: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_header_bar(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  836 |    GtkWidget *hbox = gtk_dialog_get_header_bar(GTK_DIALOG(widget));
+      |                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:178:13: note: declared here
+  178 | GtkWidget * gtk_dialog_get_header_bar   (GtkDialog *dialog);
+      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void add_recentre_on_read_pdb_combobox(GtkWidget*)':
+c-interface-gui.cc:1217:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1217 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 0);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:1219:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1219 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 1);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void store_window_size(int, GtkWidget*)':
+c-interface-gui.cc:1340:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1340 |       gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from init_coot_as_python_module.cc:37:
+c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_filter_button(GtkWidget*, short int)':
+c-interface-gui.cc:1676:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 1676 |   gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+ 1677 |                               GTK_FILE_FILTER (filterall));
+      |                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:140:22: note: declared here
+  140 | void                 gtk_file_chooser_add_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:1678:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 1678 |   gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+ 1679 |                               GTK_FILE_FILTER (filterselect));
+      |                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:140:22: note: declared here
+  140 | void                 gtk_file_chooser_add_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:1683:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 1683 |     gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
+      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+ 1684 |                                 GTK_FILE_FILTER (filterselect));
+      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:151:22: note: declared here
+  151 | void                 gtk_file_chooser_set_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:1687:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 1687 |     gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
+      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+ 1688 |                                 GTK_FILE_FILTER (filterall));
+      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:151:22: note: declared here
+  151 | void                 gtk_file_chooser_set_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_extra_filter_button(GtkWidget*, const gchar*, const gchar*)':
+c-interface-gui.cc:1703:31: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 1703 |   gtk_file_chooser_add_filter (GTK_FILE_CHOOSER (fileselection),
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+ 1704 |                                GTK_FILE_FILTER (filter));
+      |                                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:140:22: note: declared here
+  140 | void                 gtk_file_chooser_add_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void set_refine_params_comboboxes()':
+c-interface-gui.cc:2269:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 2269 |    if (cb1) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb1), g.refine_params_dialog_geman_mcclure_alpha_combobox_position);
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from c-interface-maps.cc:52:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6206,11 +6350,100 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from init_coot_as_python_module.cc:34:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from atom-overlaps.cc:40:
+c-interface-gui.cc:2270:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 2270 |    if (cb2) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb2), g.refine_params_dialog_rama_restraints_weight_combobox_position);
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:2271:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 2271 |    if (cb3) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb3), g.refine_params_dialog_lennard_jones_epsilon_combobox_position);
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:2272:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 2272 |    if (cb4) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb4), g.refine_params_dialog_torsions_weight_combox_position);
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void fill_chiral_volume_molecule_combobox(GtkWidget*)':
+c-interface-gui.cc:2334:50: warning: 'GtkWidget* gtk_combo_box_new()' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 2334 |       GtkWidget *combobox_new = gtk_combo_box_new();
+      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:74:15: note: declared here
+   74 | GtkWidget    *gtk_combo_box_new                      (void);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void pepflips_by_difference_map_dialog()':
+c-interface-gui.cc:2359:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 2359 |    gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(model_combobox));
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:125:7: note: declared here
+  125 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
+      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:2360:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 2360 |    gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(map_combobox));
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:125:7: note: declared here
+  125 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
+      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In lambda function:
+c-interface-gui.cc:3509:40: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 3509 |              gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba);
+      |              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here
+   66 | void     gtk_color_chooser_get_rgba       (GtkColorChooser *chooser,
+      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_show_symmetry_window()':
+c-interface-gui.cc:3519:68: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 3519 |           GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&rgba);
+      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here
+   53 | GtkWidget *  gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA  *rgba);
+      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void save_coordinates_using_widget(GtkWidget*)':
+c-interface-gui.cc:3900:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 3900 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
+      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
+  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void save_symmetry_coords_from_filechooser(GtkWidget*)':
+c-interface-gui.cc:3927:43: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 3927 |    GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(filechooser));
+      |                  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
+  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_residue_editor_select_monomer_type_dialog()':
+c-interface-gui.cc:4629:36: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 4629 |       gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box));
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here
+   55 | void          gtk_combo_box_text_remove_all      (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:4638:38: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 4638 |       gtk_combo_box_text_append_text (GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box), s.c_str());
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
+   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:4639:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 4639 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combo_box), i);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from c-interface-image.cc:47:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6219,11 +6452,23 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from atom-overlaps.cc:39:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-pisa.cc:34:
+c-interface-image.cc: In function 'GtkWidget* get_image_widget_for_comp_id(const std::string&, int)':
+c-interface-image.cc:132:45: warning: 'GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf(GdkPixbuf*)' is deprecated: Use 'gtk_image_new_from_paintable' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  132 |                r = gtk_image_new_from_pixbuf(pixbuf);
+      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:40,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkimage.h:78:12: note: declared here
+   78 | GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf    (GdkPixbuf       *pixbuf);
+      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from c-interface-mmdb.cc:40:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6232,11 +6477,38 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from c-interface-pisa.cc:32:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-network.cc:52:
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-mogul.lo c-interface-mogul.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mogul.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mogul.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-mogul-scripting.lo c-interface-mogul-scripting.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mogul-scripting.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mogul-scripting.o
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+In file included from c-interface-mutate.cc:49:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6245,11 +6517,13 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from c-interface-network.cc:35:
+                 from c-interface-mutate.cc:44:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-info.cc:72:
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o simple-refmac.lo simple-refmac.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c simple-refmac.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/simple-refmac.o
+In file included from c-interface-mogul.cc:33:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6331,20 +6605,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:211:24: note: declared here
   211 | void                   gtk_tree_view_set_model                     (GtkTreeView               *tree_view,
       |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-superpose.cc:38:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 c-interface-mogul.cc:320:37: warning: 'void gtk_tree_store_append(GtkTreeStore*, GtkTreeIter*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
   320 |                gtk_tree_store_append(tree_store_bonds, &toplevel, NULL);
       |                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -6434,20 +6694,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:211:24: note: declared here
   211 | void                   gtk_tree_view_set_model                     (GtkTreeView               *tree_view,
       |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-build-morph.cc:65:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 c-interface-mogul.cc:463:40: warning: 'void gtk_tree_store_append(GtkTreeStore*, GtkTreeIter*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
   463 |                   gtk_tree_store_append(tree_store_angles, &toplevel, NULL);
       |                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -6536,17 +6782,9 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:211:24: note: declared here
   211 | void                   gtk_tree_view_set_model                     (GtkTreeView               *tree_view,
       |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-preferences.cc: In lambda function:
-c-interface-preferences.cc:469:50: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  469 |                        gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba);
-      |                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 c-interface-mogul.cc:622:31: warning: 'void gtk_tree_store_append(GtkTreeStore*, GtkTreeIter*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
   622 |          gtk_tree_store_append(tree_store_torsions, &toplevel, NULL);
       |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here
-   66 | void     gtk_color_chooser_get_rgba       (GtkColorChooser *chooser,
-      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:131:15: note: declared here
   131 | void          gtk_tree_store_append           (GtkTreeStore *tree_store,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -6570,47 +6808,19 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:81:15: note: declared here
    81 | void          gtk_tree_store_set              (GtkTreeStore *tree_store,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()':
-c-interface-preferences.cc:480:78: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  480 |                     GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&bg_colour);
-      |                                                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here
-   53 | GtkWidget *  gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA  *rgba);
-      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 c-interface-mogul.cc:641:62: warning: 'GtkTreeSelection* gtk_tree_view_get_selection(GtkTreeView*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
   641 |    GtkTreeSelection *sel_angles = gtk_tree_view_get_selection(GTK_TREE_VIEW(mogul_torsions_treeview));
       |                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:214:24: note: declared here
   214 | GtkTreeSelection      *gtk_tree_view_get_selection                 (GtkTreeView               *tree_view);
       |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-pisa-gui.cc: In function 'void coot::pisa_interfaces_gui(const std::vector<pisa_interface_t>&)':
-c-interface-pisa-gui.cc:53:29: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   53 |          gtk_tree_store_new (12, G_TYPE_INT, G_TYPE_INT, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING,
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-   54 |                              G_TYPE_FLOAT, G_TYPE_FLOAT, G_TYPE_FLOAT, G_TYPE_INT, G_TYPE_INT, G_TYPE_INT,
-      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-   55 |                              G_TYPE_INT);
-      |                              ~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:292:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:63:15: note: declared here
-   63 | GtkTreeStore *gtk_tree_store_new              (int           n_columns,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
 c-interface-mogul.cc: In function 'void coot::on_mogul_torsions_selection_changed(GtkTreeSelection*, gpointer)':
 c-interface-mogul.cc:655:48: warning: 'gboolean gtk_tree_selection_get_selected(GtkTreeSelection*, GtkTreeModel**, GtkTreeIter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   655 |    gboolean r = gtk_tree_selection_get_selected(treeselection, &model, &iter);
       |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-pisa-gui.cc:58:30: warning: 'void gtk_tree_view_set_model(GtkTreeView*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   58 |       gtk_tree_view_set_model(tv_interfaces, GTK_TREE_MODEL(tree_store_interfaces));
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeselection.h:100:18: note: declared here
   100 | gboolean         gtk_tree_selection_get_selected        (GtkTreeSelection            *selection,
       |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:211:24: note: declared here
-  211 | void                   gtk_tree_view_set_model                     (GtkTreeView               *tree_view,
-      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 c-interface-mogul.cc:663:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
   663 |       gtk_tree_model_get(model, &iter,
       |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
@@ -6629,7 +6839,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:370:19: note: declared here
   370 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
       |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-build.cc:66:
+In file included from c-interface-nucleotides.cc:39:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6643,6 +6853,97 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from c-interface-ncs.cc:51:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from c-interface-network.cc:52:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from c-interface-network.cc:35:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-network.cc: In function 'PyObject* curl_progress_info_py(const char*)':
+c-interface-network.cc:458:13: warning: 'CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations]
+  458 |      info = CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD;
+      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from graphics-info.h:138:
+/usr/include/x86_64-linux-gnu/curl/curl.h:2932:3: note: declared here
+ 2932 |   CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD
+      |   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-network.cc:466:13: warning: 'CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations]
+  466 |      info = CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD;
+      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/x86_64-linux-gnu/curl/curl.h:2915:3: note: declared here
+ 2915 |   CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD
+      |   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-scm.lo c-interface-scm.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-scm.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-scm.o
+In file included from c-interface-pisa.cc:34:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from c-interface-pisa.cc:32:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-sequence.lo c-interface-sequence.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-sequence.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-sequence.o
+In file included from c-interface-pisa-gui.cc:32:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from c-interface-pisa-gui.cc:30:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-pisa-gui.cc: In function 'void coot::pisa_interfaces_gui(const std::vector<pisa_interface_t>&)':
+c-interface-pisa-gui.cc:53:29: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   53 |          gtk_tree_store_new (12, G_TYPE_INT, G_TYPE_INT, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING,
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+   54 |                              G_TYPE_FLOAT, G_TYPE_FLOAT, G_TYPE_FLOAT, G_TYPE_INT, G_TYPE_INT, G_TYPE_INT,
+      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+   55 |                              G_TYPE_INT);
+      |                              ~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:292:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:63:15: note: declared here
+   63 | GtkTreeStore *gtk_tree_store_new              (int           n_columns,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-pisa-gui.cc:58:30: warning: 'void gtk_tree_view_set_model(GtkTreeView*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   58 |       gtk_tree_view_set_model(tv_interfaces, GTK_TREE_MODEL(tree_store_interfaces));
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:211:24: note: declared here
+  211 | void                   gtk_tree_view_set_model                     (GtkTreeView               *tree_view,
+      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 c-interface-pisa-gui.cc:60:31: warning: 'void gtk_tree_store_append(GtkTreeStore*, GtkTreeIter*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
    60 |          gtk_tree_store_append(tree_store_interfaces, &toplevel, NULL);
       |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -6759,38 +7060,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:370:19: note: declared here
   370 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
       |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-network.cc: In function 'PyObject* curl_progress_info_py(const char*)':
-c-interface-network.cc:458:13: warning: 'CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations]
-  458 |      info = CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD;
-      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from graphics-info.h:138:
-/usr/include/x86_64-linux-gnu/curl/curl.h:2932:3: note: declared here
- 2932 |   CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD
-      |   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-network.cc:466:13: warning: 'CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations]
-  466 |      info = CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD;
-      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/x86_64-linux-gnu/curl/curl.h:2915:3: note: declared here
- 2915 |   CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD
-      |   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-simple-refmac.cc: In function 'void wrapped_create_simple_refmac_dialog()':
-simple-refmac.cc:63:37: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   63 |       gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox_file),
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-   64 |                                      g.mtz_file_for_refmac.c_str());
-      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
-   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-simple-refmac.cc:65:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   65 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox_file), 0);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-ligands.cc:51:
+In file included from c-interface-python.cc:40:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6804,7 +7074,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-gui.cc:72:
+In file included from c-interface-refine.cc:41:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6813,12 +7083,63 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from gtk-utils.hh:26,
-                 from curl-utils.hh:36,
-                 from c-interface-gui.cc:70:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from c-interface-preferences.cc:64:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-preferences.cc: In lambda function:
+c-interface-preferences.cc:469:50: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  469 |                        gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba);
+      |                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here
+   66 | void     gtk_color_chooser_get_rgba       (GtkColorChooser *chooser,
+      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()':
+c-interface-preferences.cc:480:78: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  480 |                     GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&bg_colour);
+      |                                                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here
+   53 | GtkWidget *  gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA  *rgba);
+      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-sfs.lo c-interface-sfs.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-sharpen.lo c-interface-sharpen.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-sfs.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-sfs.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-sharpen.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-sharpen.o
+In file included from c-interface-residues.cc:40:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from cc-interface.hh:30,
+                 from c-interface-residues.cc:39:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-superpose.lo c-interface-superpose.cc
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 In file included from c-interface-refmac.cc:33:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -6833,28 +7154,52 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-superpose.cc: In function 'void fill_lsq_chain_combobox_with_chain_options(GtkWidget*, int)':
-c-interface-superpose.cc:880:39: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  880 |          gtk_combo_box_text_remove_all(cbt);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-waters.lo c-interface-waters.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-waters.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-waters.o
+In file included from simple-refmac.cc:35:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+simple-refmac.cc: In function 'void wrapped_create_simple_refmac_dialog()':
+simple-refmac.cc:63:37: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   63 |       gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox_file),
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+   64 |                                      g.mtz_file_for_refmac.c_str());
+      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here
-   55 | void          gtk_combo_box_text_remove_all      (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-superpose.cc:882:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  882 |             gtk_combo_box_text_append_text(cbt, chain_id.c_str());
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
    42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-superpose.cc:883:34: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  883 |          gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(chain_combobox), 0);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+simple-refmac.cc:65:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   65 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox_file), 0);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
    86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-residues.cc:40:
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-alignment.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-alignment.o
+In file included from c-interface-sequence.cc:33:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -6863,145 +7208,34 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from cc-interface.hh:30,
-                 from c-interface-residues.cc:39:
+                 from c-interface-sequence.cc:28:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void open_cif_dictionary_file_selector_dialog()':
-c-interface-gui.cc:169:65: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  169 |          GtkWidget *aa_hbutton_box = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(filechooser));
-      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkappchooserdialog.h:31,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:43:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:176:13: note: declared here
-  176 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog);
-      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void fill_remarks_browswer_chooser(GtkWidget*)':
-c-interface-gui.cc:280:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  280 |       gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:125:7: note: declared here
-  125 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
-      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void add_coot_references_button(GtkWidget*)':
-c-interface-gui.cc:836:47: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_header_bar(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  836 |    GtkWidget *hbox = gtk_dialog_get_header_bar(GTK_DIALOG(widget));
-      |                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:178:13: note: declared here
-  178 | GtkWidget * gtk_dialog_get_header_bar   (GtkDialog *dialog);
-      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void add_recentre_on_read_pdb_combobox(GtkWidget*)':
-c-interface-gui.cc:1217:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1217 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 0);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:1219:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1219 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 1);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void store_window_size(int, GtkWidget*)':
-c-interface-gui.cc:1340:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1340 |       gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from c-interface-scm.cc:35:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_filter_button(GtkWidget*, short int)':
-c-interface-gui.cc:1676:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 1676 |   gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
- 1677 |                               GTK_FILE_FILTER (filterall));
-      |                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:140:22: note: declared here
-  140 | void                 gtk_file_chooser_add_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:1678:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 1678 |   gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
- 1679 |                               GTK_FILE_FILTER (filterselect));
-      |                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:140:22: note: declared here
-  140 | void                 gtk_file_chooser_add_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:1683:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 1683 |     gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
-      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
- 1684 |                                 GTK_FILE_FILTER (filterselect));
-      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:151:22: note: declared here
-  151 | void                 gtk_file_chooser_set_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:1687:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 1687 |     gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
-      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
- 1688 |                                 GTK_FILE_FILTER (filterall));
-      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:151:22: note: declared here
-  151 | void                 gtk_file_chooser_set_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_extra_filter_button(GtkWidget*, const gchar*, const gchar*)':
-c-interface-gui.cc:1703:31: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 1703 |   gtk_file_chooser_add_filter (GTK_FILE_CHOOSER (fileselection),
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
- 1704 |                                GTK_FILE_FILTER (filter));
-      |                                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:140:22: note: declared here
-  140 | void                 gtk_file_chooser_add_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void set_refine_params_comboboxes()':
-c-interface-gui.cc:2269:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 2269 |    if (cb1) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb1), g.refine_params_dialog_geman_mcclure_alpha_combobox_position);
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:2270:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 2270 |    if (cb2) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb2), g.refine_params_dialog_rama_restraints_weight_combobox_position);
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:2271:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 2271 |    if (cb3) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb3), g.refine_params_dialog_lennard_jones_epsilon_combobox_position);
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:2272:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 2272 |    if (cb4) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb4), g.refine_params_dialog_torsions_weight_combox_position);
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void fill_chiral_volume_molecule_combobox(GtkWidget*)':
-c-interface-gui.cc:2334:50: warning: 'GtkWidget* gtk_combo_box_new()' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 2334 |       GtkWidget *combobox_new = gtk_combo_box_new();
-      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:74:15: note: declared here
-   74 | GtkWidget    *gtk_combo_box_new                      (void);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void pepflips_by_difference_map_dialog()':
-c-interface-gui.cc:2359:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 2359 |    gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(model_combobox));
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:125:7: note: declared here
-  125 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
-      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:2360:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 2360 |    gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(map_combobox));
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:125:7: note: declared here
-  125 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
-      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-build-gui.cc:59:
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cc-interface-graphics.lo cc-interface-graphics.cc
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-molecular-symmetry.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-molecular-symmetry.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cc-interface-scripting.lo cc-interface-scripting.cc
+In file included from c-interface-waters.cc:51:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7015,57 +7249,9 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In lambda function:
-c-interface-gui.cc:3509:40: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 3509 |              gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba);
-      |              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here
-   66 | void     gtk_color_chooser_get_rgba       (GtkColorChooser *chooser,
-      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_show_symmetry_window()':
-c-interface-gui.cc:3519:68: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 3519 |           GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&rgba);
-      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here
-   53 | GtkWidget *  gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA  *rgba);
-      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void save_coordinates_using_widget(GtkWidget*)':
-c-interface-gui.cc:3900:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 3900 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
-      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
-  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void save_symmetry_coords_from_filechooser(GtkWidget*)':
-c-interface-gui.cc:3927:43: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 3927 |    GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(filechooser));
-      |                  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
-  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_residue_editor_select_monomer_type_dialog()':
-c-interface-gui.cc:4629:36: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 4629 |       gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box));
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here
-   55 | void          gtk_combo_box_text_remove_all      (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:4638:38: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 4638 |       gtk_combo_box_text_append_text (GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box), s.c_str());
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
-   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:4639:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 4639 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combo_box), i);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-validate.cc:52:
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cc-interface-subprocess.lo cc-interface-subprocess.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-scripting.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-scripting.o
+In file included from c-interface-sharpen.cc:29:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7079,7 +7265,8 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-gtk2.cc:59:
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-subprocess.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-subprocess.o
+In file included from c-interface-superpose.cc:38:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7088,12 +7275,12 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from c-interface.h:82,
-                 from c-interface-gtk2.cc:56:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-curlew.cc:70:
+In file included from c-interface-validate.cc:52:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7102,112 +7289,32 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from c-interface-curlew.cc:63:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc: In function 'void fill_move_molecule_here_dialog(GtkWidget*)':
-c-interface-build-gui.cc:246:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  246 |    gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:125:7: note: declared here
-  125 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
-      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc: In function 'bool renumber_residues_from_widget(GtkWidget*)':
-c-interface-build-gui.cc:418:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  418 |       std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_id_combobox));
-      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-superpose.cc: In function 'void fill_lsq_chain_combobox_with_chain_options(GtkWidget*, int)':
+c-interface-superpose.cc:880:39: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  880 |          gtk_combo_box_text_remove_all(cbt);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~
 In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_sort_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)':
-c-interface-gtk2.cc:101:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  101 |    gtk_tree_model_get (model, iter,
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
-  102 |                        0, &file_name,
-      |                        ~~~~~~~~~~~~~~
-  103 |                        -1);
-      |                        ~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:370:19: note: declared here
-  370 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gtk2.cc:104:43: warning: 'char* gtk_tree_path_to_string(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  104 |    tree_path_str = gtk_tree_path_to_string(path);
-      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:210:14: note: declared here
-  210 | char        *gtk_tree_path_to_string        (GtkTreePath       *path);
-      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_filter_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)':
-c-interface-gtk2.cc:143:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  143 |    gtk_tree_model_get (model, iter,
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
-  144 |                        0, &file_name,
-      |                        ~~~~~~~~~~~~~~
-  145 |                        -1);
-      |                        ~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:370:19: note: declared here
-  370 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gtk2.cc:151:34: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  151 |       if (gtk_tree_model_get_iter(model, iter, path)) {
-      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:317:19: note: declared here
-  317 | gboolean          gtk_tree_model_get_iter        (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gtk2.cc:154:31: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  154 |          gtk_list_store_remove(GTK_LIST_STORE(model), iter);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here
-   95 | gboolean      gtk_list_store_remove           (GtkListStore *list_store,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc: In function 'void mutate_sequence_chain_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)':
-c-interface-build-gui.cc:913:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  913 |    char *atc = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox));
-      |                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_fast_ss_search_dialog()':
-c-interface-build-gui.cc:1616:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1616 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_temp_combobox), 0);
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here
+   55 | void          gtk_combo_box_text_remove_all      (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-superpose.cc:882:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  882 |             gtk_combo_box_text_append_text(cbt, chain_id.c_str());
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
+   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-superpose.cc:883:34: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  883 |          gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(chain_combobox), 0);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
    86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc:1617:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1617 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_noaa_combobox), 1);
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc:1618:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1618 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_temp_combobox), 1);
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc:1619:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1619 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_noaa_combobox), 0);
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc:1620:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1620 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(radius_combobox),1);
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 c-interface-validate.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_check_waters_dialog()':
 c-interface-validate.cc:136:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
   136 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(check_waters_action_combobox), 0); // "Check"
@@ -7231,34 +7338,10 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
    57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-view.cc:34:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from cc-interface.hh:30,
-                 from c-interface-view.cc:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-ligands-gui.cc:54:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cc-interface-map-utils.lo cc-interface-map-utils.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-map-utils.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-map-utils.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cc-interface-png.lo cc-interface-png.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-png.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-png.o
 In file included from c-interface-widgets.cc:36:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -7272,6 +7355,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cc-interface-validation.lo cc-interface-validation.cc
 c-interface-widgets.cc: In function 'void remarks_dialog(int)':
 c-interface-widgets.cc:164:42: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   164 |             GtkWidget *d = gtk_dialog_new();
@@ -7281,6 +7365,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:134:12: note: declared here
   134 | GtkWidget* gtk_dialog_new      (void);
       |            ^~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-validation.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-validation.o
 c-interface-widgets.cc:169:58: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   169 |             GtkWidget *vbox = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(d));
       |                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
@@ -7312,32 +7397,9 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:148:12: note: declared here
   148 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button        (GtkDialog   *dialog,
       |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-image.cc:47:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-image.cc: In function 'GtkWidget* get_image_widget_for_comp_id(const std::string&, int)':
-c-interface-image.cc:132:45: warning: 'GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf(GdkPixbuf*)' is deprecated: Use 'gtk_image_new_from_paintable' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  132 |                r = gtk_image_new_from_pixbuf(pixbuf);
-      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:40,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkimage.h:78:12: note: declared here
-   78 | GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf    (GdkPixbuf       *pixbuf);
-      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-waters.cc:51:
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cc-interface-user-defined-atom-colours.lo cc-interface-user-defined-atom-colours.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-user-defined-atom-colours.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-user-defined-atom-colours.o
+In file included from c-interface-view.cc:34:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7346,31 +7408,11 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from cc-interface.hh:30,
+                 from c-interface-view.cc:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface.lo c-interface.cc
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 In file included from c-interface-waters-gui.cc:50:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -7385,62 +7427,9 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c flev.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/flev.o
-In file included from cc-interface-alignment.cc:41:
+In file included from cc-interface-graphics.cc:31:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7449,16 +7438,12 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from cc-interface.hh:30,
+                 from cc-interface-graphics.cc:27:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-In file included from cc-interface-scripting.cc:43:
+In file included from cc-interface-alignment.cc:41:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7472,7 +7457,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from cc-interface-merge.cc:38:
+In file included from cc-interface-molecular-representation.cc:37:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7486,9 +7471,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gaussian-surface.lo gaussian-surface.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gaussian-surface.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gaussian-surface.o
-In file included from cc-interface-molecular-representation.cc:37:
+In file included from cc-interface-merge.cc:38:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7502,20 +7485,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from cc-interface-graphics.cc:31:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from cc-interface.hh:30,
-                 from cc-interface-graphics.cc:27:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from c-interface.cc:103:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -7543,20 +7512,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:477:23: note: declared here
   477 | int                   gtk_widget_get_allocated_height   (GtkWidget     *widget);
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from cc-interface-molecular-symmetry.cc:37:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from cc-interface.hh:30,
-                 from cc-interface-molecular-symmetry.cc:34:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 c-interface.cc: In function 'void make_image_povray(const char*)':
 c-interface.cc:4552:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  4552 |       gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation);
@@ -7571,20 +7526,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from cc-interface-png.cc:55:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from cc-interface.hh:30,
-                 from cc-interface-png.cc:53:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 c-interface.cc: In function 'void sequence_view(int)':
 c-interface.cc:7695:57: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
  7695 |       GtkStyleContext *sc = gtk_widget_get_style_context(button);
@@ -7599,8 +7540,43 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here
    90 | void     gtk_style_context_add_class    (GtkStyleContext *context,
       |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o generic-objects.lo generic-objects.cc
-In file included from cc-interface-map-utils.cc:30:
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o change-dir.lo change-dir.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c change-dir.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/change-dir.o
+In file included from cc-interface-molecular-symmetry.cc:37:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from cc-interface.hh:30,
+                 from cc-interface-molecular-symmetry.cc:34:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cmtz-interface.lo cmtz-interface.cc
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cmtz-interface.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cmtz-interface.o
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o command-line-extern.lo command-line-extern.cc
+In file included from cc-interface-scripting.cc:43:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c command-line-extern.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/command-line-extern.o
+In file included from c-interface-test.cc:102:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7614,7 +7590,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o geometry-graphs.lo geometry-graphs.cc
 In file included from cc-interface-subprocess.cc:4:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -7629,13 +7604,9 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c generic-objects.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/generic-objects.o
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c geometry-graphs.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/geometry-graphs.o
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 In file included from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:29:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -7650,8 +7621,17 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-In file included from cc-interface-validation.cc:28:
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+In file included from cc-interface-map-utils.cc:30:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7660,12 +7640,15 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from cc-interface.hh:30,
-                 from cc-interface-validation.cc:27:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from command-line-extern.cc:41:
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot_pythonmodule.lo coot_pythonmodule.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-phi-psi.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot-phi-psi.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_pythonmodule.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot_pythonmodule.o
+In file included from cc-interface-png.cc:55:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7674,12 +7657,14 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from cc-interface.hh:30,
+                 from cc-interface-png.cc:53:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from command-line.cc:61:
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot-setup-python.lo coot-setup-python.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-setup-python.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot-setup-python.o
+In file included from cc-interface-validation.cc:28:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7688,12 +7673,30 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from command-line.cc:56:
+                 from cc-interface.hh:30,
+                 from cc-interface-validation.cc:27:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o globjects.lo globjects.cc
-In file included from cmtz-interface.cc:58:
+swig -o coot_wrap_guile_pre.cc -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DCOOT_USE_GTK2_INTERFACE -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0  -DUSE_LIBCURL -I../src -I.. -guile -c++  ../src/coot.i
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o curlew-gtk4.lo curlew-gtk4.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c curlew-gtk4.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/curlew-gtk4.o
+c-interface-test.cc: In function 'PyObject* test_function_py(PyObject*, PyObject*)':
+c-interface-test.cc:1567:31: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1567 |      gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation);
+      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o draw.lo draw.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-tick-function.lo graphics-info-tick-function.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c draw.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/draw.o
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o draw-generic-display-objects.lo draw-generic-display-objects.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c draw-generic-display-objects.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/draw-generic-display-objects.o
+In file included from command-line-extern.cc:41:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7702,11 +7705,12 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from cmtz-interface.cc:43:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from c-interface-test.cc:102:
+In file included from cmtz-interface.cc:58:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7715,13 +7719,10 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from cmtz-interface.cc:43:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c globjects.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/globjects.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o globularize.lo globularize.cc
 cmtz-interface.cc: In function 'void my_combo_box_text_add_items(GtkComboBox*, const std::vector<coot::mtz_type_label>&, int)':
 cmtz-interface.cc:541:44: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
   541 |    GtkListStore *store = gtk_list_store_new(1, G_TYPE_STRING);
@@ -7773,6 +7774,35 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
    86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from cfc.cc:45:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from cfc-widgets.hh:28,
+                 from cfc.cc:40:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from command-line.cc:61:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from command-line.cc:56:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o dynamic-validation.lo dynamic-validation.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c dynamic-validation.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/dynamic-validation.o
 In file included from coot-application.cc:28:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -7799,11 +7829,6 @@
 /usr/include/glib-2.0/gio/gioenums.h:1556:3: note: declared here
  1556 |   G_APPLICATION_FLAGS_NONE GIO_DEPRECATED_ENUMERATOR_IN_2_74_FOR(G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS),
       |   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from coot_pythonmodule.cc:123:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -7817,6 +7842,14 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from coot-setup-python.cc:41:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -7830,7 +7863,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-defines-gtk4.lo graphics-info-defines-gtk4.cc
 coot-setup-python.cc: In function 'void setup_python_basic(int, char**)':
 coot-setup-python.cc:76:17: warning: 'void PySys_SetArgv(int, wchar_t**)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
    76 |    PySys_SetArgv(argc, _argv);
@@ -7840,23 +7872,9 @@
 /usr/include/python3.13/sysmodule.h:10:38: note: declared here
    10 | Py_DEPRECATED(3.11) PyAPI_FUNC(void) PySys_SetArgv(int, wchar_t **);
       |                                      ^~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-defines-gtk4.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-defines-gtk4.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-draw.lo graphics-info-draw.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-draw-models.lo graphics-info-draw-models.cc
-In file included from draw.cc:34:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from curlew-gtk4.cc:32:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -7871,9 +7889,12 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw-models.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw-models.o
-In file included from graphics-info-tick-function.cc:43:
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+In file included from draw.cc:34:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7882,19 +7903,20 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-tick-function.cc:38:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gl-rama-plot.lo gl-rama-plot.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gl-rama-plot.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gl-rama-plot.o
+In file included from graphics-info-tick-function.cc:43:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -7903,8 +7925,7 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from cfc-widgets.hh:28,
-                 from cfc.cc:40:
+                 from graphics-info-tick-function.cc:38:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -7922,8 +7943,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-intermediate.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-intermediate.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-modelling.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-modelling.o
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 draw-generic-display-objects.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_generic_objects(unsigned int)':
 draw-generic-display-objects.cc:213:47: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
   213 |                      gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation);
@@ -7931,20 +7951,13 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from dynamic-validation.cc:27:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c globjects.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/globjects.o
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-defines.lo graphics-info-defines.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-defines.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-defines.o
 In file included from event-controller-callbacks.cc:31:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -7994,51 +8007,8 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation.lo graphics-info-navigation.cc
-c-interface-test.cc: In function 'PyObject* test_function_py(PyObject*, PyObject*)':
-c-interface-test.cc:1567:31: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1567 |      gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation);
-      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-navigation.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-navigation.o
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-In file included from fit-loop-gui.cc:34:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from widget-from-builder.hh:31,
-                 from fit-loop-gui.cc:30:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-fit-loop-gui.cc: In function 'void fit_loop_using_dialog()':
-fit-loop-gui.cc:184:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  184 |       std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_combobox_text));
-      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-In file included from old-generic-display-object.cc:33:
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+In file included from dynamic-validation.cc:27:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8052,7 +8022,9 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw.o
 In file included from gaussian-surface.cc:29:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -8067,25 +8039,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-refmac.lo graphics-info-refmac.cc
-In file included from flev.cc:41:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-refmac.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-refmac.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-render.lo graphics-info-render.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-render.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-render.o
-In file included from generic-objects.cc:50:
+In file included from fit-loop-gui.cc:34:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8094,11 +8048,22 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from generic-objects.cc:40:
+                 from widget-from-builder.hh:31,
+                 from fit-loop-gui.cc:30:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from get-residue.cc:34:
+fit-loop-gui.cc: In function 'void fit_loop_using_dialog()':
+fit-loop-gui.cc:184:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  184 |       std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_combobox_text));
+      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-draw-models.lo graphics-info-draw-models.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw-models.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw-models.o
+In file included from old-generic-display-object.cc:33:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8112,9 +8077,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-render-scene.lo graphics-info-render-scene.cc
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-In file included from get-monomer.cc:29:
+In file included from flev.cc:41:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8128,14 +8091,8 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-In file included from globularize.cc:31:
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+In file included from generic-objects.cc:50:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8144,16 +8101,14 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from generic-objects.cc:40:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-In file included from graphics-info-defines.cc:36:
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+In file included from get-residue.cc:34:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8167,25 +8122,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-superpose.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-superpose.o
-In file included from graphics-info.cc:72:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info.cc:43:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-trackball.lo graphics-info-trackball.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-ligand-view.lo graphics-ligand-view.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-trackball.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-trackball.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-ligand-view.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-ligand-view.o
-In file included from graphics-info-defines-gtk4.cc:27:
+In file included from get-monomer.cc:29:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8199,7 +8136,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from graphics-info-draw-models.cc:27:
+In file included from globularize.cc:31:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8213,6 +8150,14 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-navigation.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-navigation.o
 In file included from graphics-info-draw.cc:49:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -8226,20 +8171,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_models_for_ssao()':
-graphics-info-draw-models.cc:37:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   37 |    gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_for_ssao()':
-graphics-info-draw-models.cc:58:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   58 |    gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-draw.cc: In static member function 'static glm::mat4 graphics_info_t::get_molecule_mvp(bool)':
 graphics-info-draw.cc:641:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
   641 |       gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation);
@@ -8261,6 +8192,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation-gtk2.lo graphics-info-navigation-gtk2.cc
 graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_refinement_dialog_arrow_tab()':
 graphics-info-draw.cc:1699:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1699 |       gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation);
@@ -8296,6 +8228,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-navigation-gtk2.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-navigation-gtk2.o
 graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_buttons()':
 graphics-info-draw.cc:3104:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  3104 |    gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation);
@@ -8380,20 +8313,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from graphics-info-graphs.cc:60:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info-graphs.cc:24:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_bad_nbc_atom_pair_markers(unsigned int)':
 graphics-info-draw.cc:5458:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  5458 |             gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation);
@@ -8422,7 +8341,56 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from graphics-info-init.cc:32:
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+In file included from graphics-info-defines.cc:36:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from graphics-info-defines-gtk4.cc:27:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from graphics-info.cc:72:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from graphics-info.cc:43:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-mutate.lo graphics-info-mutate.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-mutate.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-mutate.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-lsq.lo graphics-info-lsq.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-lsq.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-lsq.o
+In file included from graphics-info-draw-models.cc:27:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8436,6 +8404,34 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_models_for_ssao()':
+graphics-info-draw-models.cc:37:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   37 |    gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_for_ssao()':
+graphics-info-draw-models.cc:58:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   58 |    gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from graphics-info-graphs.cc:60:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info-graphs.cc:24:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-graphs.cc: In lambda function:
 graphics-info-graphs.cc:93:60: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
    93 |                              return ! gtk_list_store_remove(list,iter);
@@ -8509,24 +8505,8 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here
    81 | void          gtk_list_store_set              (GtkListStore *list_store,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-init.cc: In member function 'void graphics_info_t::init()':
-graphics-info-init.cc:486:55: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  486 |       validation_graph_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT);
-      |                                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here
-   63 | GtkListStore *gtk_list_store_new              (int           n_columns,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-init.cc:489:56: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  489 |       ramachandran_plot_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT);
-      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here
-   63 | GtkListStore *gtk_list_store_new              (int           n_columns,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-opengl.lo graphics-info-opengl.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-opengl.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-opengl.o
 In file included from graphics-info-gui.cc:71:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -8612,40 +8592,12 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:176:13: note: declared here
   176 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog);
       |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from graphics-info-intermediate.cc:33:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-gui.cc:693:25: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_add_button(GtkDialog*, const char*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   693 |    gtk_dialog_add_button(GTK_DIALOG(dialog), close_button_label.c_str(), GTK_RESPONSE_CLOSE);
       |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:148:12: note: declared here
   148 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button        (GtkDialog   *dialog,
       |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-ligand-mesh-molecule.lo graphics-ligand-mesh-molecule.cc
-In file included from graphics-info-modelling.cc:80:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-modelling.cc:48:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-gui.cc: In member function 'void graphics_info_t::new_fill_combobox_with_coordinates_options(GtkWidget*, GCallback, int)':
 graphics-info-gui.cc:1784:51: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1784 |    GtkTreeModel *model_1 = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox_molecule));
@@ -8831,7 +8783,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:125:7: note: declared here
   125 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
       |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-ligand-mesh-molecule.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-ligand-mesh-molecule.o
 graphics-info-gui.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::fill_bond_parameters_internals(GtkWidget*, int)':
 graphics-info-gui.cc:3658:33: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
  3658 |    gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(bond_width_combobox));
@@ -8919,8 +8870,138 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gtkglarea-rama-plot.lo gtkglarea-rama-plot.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtkglarea-rama-plot.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gtkglarea-rama-plot.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-pick.lo graphics-info-pick.cc
+In file included from graphics-info-network.cc:33:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from graphics-info-init.cc:32:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-refmac.lo graphics-info-refmac.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-pick.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-pick.o
+graphics-info-init.cc: In member function 'void graphics_info_t::init()':
+graphics-info-init.cc:486:55: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  486 |       validation_graph_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT);
+      |                                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here
+   63 | GtkListStore *gtk_list_store_new              (int           n_columns,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-init.cc:489:56: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  489 |       ramachandran_plot_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT);
+      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here
+   63 | GtkListStore *gtk_list_store_new              (int           n_columns,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-refmac.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-refmac.o
+In file included from graphics-info-modelling.cc:80:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from graphics-info-modelling.cc:48:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from graphics-info-navigation.cc:61:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from graphics-info-navigation.cc:48:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_new_mol()':
+graphics-info-navigation.cc:826:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  826 |       gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:125:7: note: declared here
+  125 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
+      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_other_molecule_chosen(int)':
+graphics-info-navigation.cc:875:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  875 |       gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:125:7: note: declared here
+  125 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
+      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-navigation.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::go_to_atom_mol_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)':
+graphics-info-navigation.cc:950:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  950 |    gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter);
+      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here
+   89 | gboolean      gtk_combo_box_get_active_iter  (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-navigation.cc:952:52: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  952 |       GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox));
+      |                             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here
+  100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model        (GtkComboBox     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-navigation.cc:954:31: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  954 |       gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:334:19: note: declared here
+  334 | void              gtk_tree_model_get_value       (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-navigation.cc: In member function 'int graphics_info_t::combobox_get_imol(GtkComboBox*) const':
+graphics-info-navigation.cc:983:53: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  983 |       gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter);
+      |                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here
+   89 | gboolean      gtk_combo_box_get_active_iter  (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-navigation.cc:985:55: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  985 |          GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox));
+      |                                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here
+  100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model        (GtkComboBox     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-navigation.cc:990:37: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  990 |             gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value);
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:334:19: note: declared here
+  334 | void              gtk_tree_model_get_value       (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-modelling.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::move_molecule_here_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)':
 graphics-info-modelling.cc:5636:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
  5636 |    gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter);
@@ -8943,7 +9024,10 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:334:19: note: declared here
   334 | void              gtk_tree_model_get_value       (GtkTreeModel *tree_model,
       |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from graphics-info-navigation.cc:61:
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-render.lo graphics-info-render.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-render-scene.lo graphics-info-render-scene.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-render.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-render.o
+In file included from graphics-info-intermediate.cc:33:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8952,10 +9036,12 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-navigation.cc:48:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-render-scene.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-render-scene.o
 In file included from graphics-info-navigation-gtk2.cc:42:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -8993,14 +9079,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:203:24: note: declared here
   203 | GtkWidget             *gtk_tree_view_new                           (void);
       |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_new_mol()':
-graphics-info-navigation.cc:826:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  826 |       gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:125:7: note: declared here
-  125 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
-      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-navigation-gtk2.cc: In lambda function:
 graphics-info-navigation-gtk2.cc:195:56: warning: 'GtkWidget* gtk_tree_view_new()' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
   195 |             atom_list = GTK_TREE_VIEW(gtk_tree_view_new());
@@ -9017,13 +9095,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:203:24: note: declared here
   203 | GtkWidget             *gtk_tree_view_new                           (void);
       |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_other_molecule_chosen(int)':
-graphics-info-navigation.cc:875:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  875 |       gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:125:7: note: declared here
-  125 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
-      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-navigation-gtk2.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::fill_go_to_atom_window_residue_and_atom_lists_gtk4()':
 graphics-info-navigation-gtk2.cc:228:43: warning: 'GtkWidget* gtk_tree_view_new()' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
   228 |       tv = GTK_TREE_VIEW(gtk_tree_view_new());
@@ -9046,10 +9117,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:209:24: note: declared here
   209 | GtkTreeModel          *gtk_tree_view_get_model                     (GtkTreeView               *tree_view);
       |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::go_to_atom_mol_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)':
-graphics-info-navigation.cc:950:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  950 |    gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter);
-      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-navigation-gtk2.cc:234:27: warning: 'void gtk_tree_store_clear(GtkTreeStore*)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
   234 |       gtk_tree_store_clear(GTK_TREE_STORE(model));
       |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -9057,43 +9124,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:142:15: note: declared here
   142 | void          gtk_tree_store_clear            (GtkTreeStore *tree_store);
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here
-   89 | gboolean      gtk_combo_box_get_active_iter  (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc:952:52: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  952 |       GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox));
-      |                             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here
-  100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model        (GtkComboBox     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc:954:31: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  954 |       gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:334:19: note: declared here
-  334 | void              gtk_tree_model_get_value       (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc: In member function 'int graphics_info_t::combobox_get_imol(GtkComboBox*) const':
-graphics-info-navigation.cc:983:53: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  983 |       gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter);
-      |                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here
-   89 | gboolean      gtk_combo_box_get_active_iter  (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc:985:55: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  985 |          GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox));
-      |                                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here
-  100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model        (GtkComboBox     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc:990:37: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  990 |             gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value);
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:334:19: note: declared here
-  334 | void              gtk_tree_model_get_value       (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-navigation-gtk2.cc:254:50: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
   254 |    GtkTreeStore *tree_store = gtk_tree_store_new (2, G_TYPE_STRING, G_TYPE_POINTER);
       |                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -9401,8 +9431,8 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:370:19: note: declared here
   370 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
       |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gtk-manual.lo gtk-manual.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gtk-widget-conversion-utils.lo gtk-widget-conversion-utils.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-residues.lo graphics-info-residues.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-residues.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-residues.o
 In file included from graphics-info-preferences.cc:35:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -9416,9 +9446,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtk-manual.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-manual.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtk-widget-conversion-utils.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-widget-conversion-utils.o
-In file included from graphics-info-network.cc:33:
+In file included from graphics-info-mutate.cc:61:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9427,8 +9455,7 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from graphics-info-mutate.cc:58:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -9678,7 +9705,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:370:19: note: declared here
   370 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
       |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gtk-utils.lo gtk-utils.cc
 graphics-info-preferences.cc:953:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
   953 |         gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 1, -1);
       |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -9697,7 +9723,10 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:342:19: note: declared here
   342 | gboolean          gtk_tree_model_iter_next       (GtkTreeModel *tree_model,
       |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from graphics-info-mutate.cc:61:
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+In file included from graphics-info-refmac.cc:79:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9706,11 +9735,11 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-mutate.cc:58:
+                 from graphics-info-refmac.cc:50:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtk-utils.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-utils.o
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 In file included from graphics-info-lsq.cc:51:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -9738,7 +9767,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from graphics-info-pick.cc:43:
+In file included from graphics-info-render.cc:38:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9759,12 +9788,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-In file included from graphics-info-refmac.cc:79:
+In file included from graphics-info-render-scene.cc:40:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9773,14 +9797,22 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-refmac.cc:50:
+                 from graphics-info-render-scene.cc:36:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-In file included from graphics-info-render.cc:38:
+graphics-info-render-scene.cc: In lambda function:
+graphics-info-render-scene.cc:738:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  738 |       gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-state.lo graphics-info-state.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-state.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-state.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-statics.lo graphics-info-statics.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-superpose.lo graphics-info-superpose.cc
+In file included from graphics-info-pick.cc:43:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9794,9 +9826,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c init-from-gtkbuilder.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/init-from-gtkbuilder.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c key-bindings.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/key-bindings.o
-In file included from graphics-info-render-scene.cc:40:
+In file included from graphics-info-residues.cc:33:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9805,18 +9835,22 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-render-scene.cc:36:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-render-scene.cc: In lambda function:
-graphics-info-render-scene.cc:738:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  738 |       gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from graphics-info-residues.cc:33:
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-superpose.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-superpose.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-statics.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-statics.o
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+In file included from graphics-info-refine.cc:31:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9830,10 +9864,11 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-In file included from graphics-info-refine.cc:31:
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+In file included from graphics-info-scripting.cc:34:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9847,9 +9882,15 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o lbg-callbacks-outer.lo lbg-callbacks-outer.cc
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+In file included from graphics-info-trackball.cc:57:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9863,20 +9904,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c matrix-utils.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/matrix-utils.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Mesh.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/Mesh.o
-In file included from graphics-info-superpose.cc:33:
+In file included from graphics-info-state.cc:38:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9885,12 +9913,12 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from graphics-info-state.cc:34:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from graphics-info-state.cc:38:
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o init-from-gtkbuilder.lo init-from-gtkbuilder.cc
+In file included from graphics-info-superpose.cc:33:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9899,13 +9927,24 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-state.cc:34:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from graphics-info-statics.cc:32:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -9920,12 +9959,17 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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+In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.cc:36:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9939,20 +9983,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o Mesh-from-graphical-bonds-instanced.lo Mesh-from-graphical-bonds-instanced.cc
 In file included from gtkglarea-rama-plot.cc:23:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -9967,6 +9998,8 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Mesh-from-graphical-bonds-instanced.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/Mesh-from-graphical-bonds-instanced.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o Mesh-from-graphical-bonds.lo Mesh-from-graphical-bonds.cc
 gtkglarea-rama-plot.cc: In function 'void gtkgl_rama_on_glarea_render(GtkWidget*)':
 gtkglarea-rama-plot.cc:109:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
   109 |          gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gtk_gl_area), &allocation);
@@ -9988,12 +10021,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from gtk-manual.cc:46:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -10109,20 +10137,14 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
    86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.cc:36:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
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 In file included from gtk-utils.cc:26:
 ../src/graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 ../src/graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -10137,8 +10159,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-dots.lo molecule-class-info-dots.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-dots.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-dots.o
 In file included from init-from-gtkbuilder.cc:27:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -10153,21 +10173,14 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from M2T-interface.cc:3:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -10182,35 +10195,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-In file included from molecular-mesh-generator.cc:43:
-../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas]
-   63 | #pragma mark -
-../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas]
-   64 | #pragma mark Debug routine
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-In file included from molecular-mesh-generator-mol-tris.cc:33:
-../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas]
-   63 | #pragma mark -
-../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas]
-   64 | #pragma mark Debug routine
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o positron-plot.lo positron-plot.cc
 In file included from lbg-interface.cc:28:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -10225,7 +10209,18 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from model-molecule-meshes.cc:34:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -10240,9 +10235,8 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from meshed-generic-display-object.cc:37:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -10257,10 +10251,9 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-In file included from molecule-class-info-maps.cc:79:
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-residues.lo molecule-class-info-residues.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-residues.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-residues.o
+In file included from molecule-class-info.cc:88:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10269,14 +10262,13 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from gtk-manual.h:26,
-                 from molecule-class-info.h:102,
-                 from molecule-class-info-maps.cc:56:
+                 from gtk-manual.hh:29,
+                 from molecule-class-info.cc:79:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c pumpkin.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/pumpkin.o
-In file included from molecule-class-info-bonds.cc:25:
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-refine.lo molecule-class-info-refine.cc
+In file included from molecule-class-info-maps.cc:79:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10287,11 +10279,14 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
                  from gtk-manual.h:26,
                  from molecule-class-info.h:102,
-                 from molecule-class-info-bonds.cc:23:
+                 from molecule-class-info-maps.cc:56:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from molecule-class-info.cc:88:
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-kk.lo molecule-class-info-kk.cc
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+In file included from molecule-class-info-bonds.cc:25:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10300,35 +10295,21 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from gtk-manual.hh:29,
-                 from molecule-class-info.cc:79:
+                 from gtk-manual.h:26,
+                 from molecule-class-info.h:102,
+                 from molecule-class-info-bonds.cc:23:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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+In file included from molecule-class-info-other.cc:67:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10342,16 +10323,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-In file included from molecule-class-info-residues.cc:45:
+In file included from molecule-class-info-dots.cc:28:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10365,9 +10337,12 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-In file included from molecule-class-info-mutate.cc:52:
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-geometry.lo molecule-class-info-geometry.cc
+In file included from molecule-class-info-residues.cc:45:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10381,7 +10356,8 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from molecule-class-info-surface.cc:39:
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-geometry.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-geometry.o
+In file included from molecule-class-info-mutate.cc:52:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10395,8 +10371,25 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o TextureMesh.lo TextureMesh.cc
-In file included from molecule-class-info-other.cc:67:
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecular-mesh-generator.lo molecular-mesh-generator.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecular-mesh-generator.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecular-mesh-generator.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecular-mesh-generator-mol-tris.lo molecular-mesh-generator-mol-tris.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecular-mesh-generator-mol-tris.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecular-mesh-generator-mol-tris.o
+In file included from molecular-mesh-generator.cc:43:
+../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas]
+   63 | #pragma mark -
+../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas]
+   64 | #pragma mark Debug routine
+In file included from molecular-mesh-generator-mol-tris.cc:33:
+../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas]
+   63 | #pragma mark -
+../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas]
+   64 | #pragma mark Debug routine
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o obj_loader.lo obj_loader.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c obj_loader.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/obj_loader.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o pick.lo pick.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c pick.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/pick.o
+In file included from molecule-class-info-ncs.cc:51:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10405,13 +10398,13 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from gtk-manual.h:26,
+                 from molecule-class-info.h:102,
+                 from molecule-class-info-ncs.cc:47:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c TextureMesh.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/TextureMesh.o
-In file included from molecule-class-info-ncs.cc:51:
+In file included from molecule-class-info-surface.cc:39:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10420,13 +10413,21 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from gtk-manual.h:26,
-                 from molecule-class-info.h:102,
-                 from molecule-class-info-ncs.cc:47:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from molecule-class-info-mol-tris.cc:31:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -10441,8 +10442,12 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from molecule-class-info-widget-work.cc:520:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -10458,17 +10463,22 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from pick.cc:43:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -10483,14 +10493,30 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-/bin/bash ../src/post-process-coot-wrap-guile.sh coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc
-adding gtk2 and guile ifdefs from coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot_wrap_guile.lo coot_wrap_guile.cc
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 In file included from text-rendering-utils.cc:51:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -10504,20 +10530,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from screendump-tga.cc:36:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from rsr-functions.cc:27:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -10532,6 +10544,8 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o validation.lo validation.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c validation.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/validation.o
 In file included from restraints-editor.cc:49:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -10695,20 +10709,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:211:24: note: declared here
   211 | void                   gtk_tree_view_set_model                     (GtkTreeView               *tree_view,
       |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from sound.cc:45:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 restraints-editor.cc:356:28: warning: 'void gtk_tree_store_append(GtkTreeStore*, GtkTreeIter*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
   356 |       gtk_tree_store_append(tree_store_angles, &toplevel, NULL);
       |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -11536,7 +11536,8 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:131:15: note: declared here
   131 | void          gtk_tree_store_append           (GtkTreeStore *tree_store,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from TextureMesh.cc:48:
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o view.lo view.cc
+In file included from screendump-tga.cc:36:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -11550,6 +11551,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c view.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/view.o
 In file included from sdf-interface.cc:43:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -11564,7 +11566,12 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from validation.cc:28:
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o widget-from-builder.lo widget-from-builder.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c widget-from-builder.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/widget-from-builder.o
+/bin/sh ../src/post-process-coot-wrap-guile.sh coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc
+adding gtk2 and guile ifdefs from coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot_wrap_guile.lo coot_wrap_guile.cc
+In file included from sound.cc:45:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -11578,6 +11585,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_guile.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_guile.o
 In file included from tomo-tools.cc:36:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -11592,7 +11600,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from single-map-properties-dialog.cc:32:
+In file included from TextureMesh.cc:48:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -11601,12 +11609,12 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from single-map-properties-dialog.hh:32,
-                 from single-map-properties-dialog.cc:31:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from spherical-density.cc:30:
+In file included from single-map-properties-dialog.cc:32:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -11615,8 +11623,8 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from single-map-properties-dialog.hh:32,
+                 from single-map-properties-dialog.cc:31:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -11642,7 +11650,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:69:10: note: declared here
    69 | void     gtk_color_chooser_set_rgba       (GtkColorChooser *chooser,
       |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from view.cc:27:
+In file included from spherical-density.cc:30:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -11670,6 +11678,34 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from validation.cc:28:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from view.cc:27:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from widget-from-builder.cc:28:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -11684,7 +11720,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcootsumo.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu init_coot_as_python_module.lo boids.lo boot-python.lo atom-overlaps.lo git-revision-count.lo scm-boot-guile.lo c-interface-analysis.lo c-interface-bonds.lo c-interface-build.lo c-interface-build-morph.lo c-interface-build-main-chain.lo c-interface-build-side-chain.lo c-interface-build-symmetry.lo c-interface-build-gui.lo c-interface-curlew.lo c-interface-database.lo c-interface-gui.lo c-interface-gtk2.lo c-interface-info.lo c-interface-kk.lo c-interface-image.lo c-interface-ligands-gui.lo c-interface-ligands.lo c-interface-maps.lo c-interface-mmdb.lo c-interface-mogul.lo c-interface-mogul-scripting.lo c-interface-mutate.lo c-interface-ncs.lo c-interface-network.lo c-interface-nucleotides.lo c-interface-pisa.lo c-interface-pisa-gui.lo c-interface-preferences.lo c-interface-python.lo c-interface-refine.lo c-interface-residues.lo c-interface-refmac.lo simple-refmac.lo c-interface-scm.lo c-interface-sequence.lo c-interface-sfs.lo c-interface-sharpen.lo c-interface-superpose.lo c-interface-validate.lo c-interface-view.lo c-interface-widgets.lo c-interface-waters.lo c-interface-waters-gui.lo c-interface.lo c-interface-test.lo cc-interface-alignment.lo cc-interface-graphics.lo cc-interface-merge.lo cc-interface-molecular-representation.lo cc-interface-molecular-symmetry.lo cc-interface-scripting.lo cc-interface-subprocess.lo cc-interface-map-utils.lo cc-interface-png.lo cc-interface-validation.lo cc-interface-user-defined-atom-colours.lo cfc.lo change-dir.lo cmtz-interface.lo command-line.lo command-line-extern.lo coot-application.lo coot-colour.lo coot-nomenclature.lo coot-glue-gtk2.lo coot-glue-gtk2-python.lo coot-hydrogens.lo coot-phi-psi.lo coot_pythonmodule.lo coot-setup-python.lo coot_wrap_guile.lo curlew-gtk4.lo draw.lo graphics-info-tick-function.lo drag-and-drop.lo draw-generic-display-objects.lo dynamic-validation.lo eyes.lo event-controller-callbacks.lo fit-loop-gui.lo flev.lo framebuffer.lo old-generic-display-object.lo gaussian-surface.lo generic-objects.lo geometry-graphs.lo get-residue.lo get-monomer.lo gl-rama-plot.lo globjects.lo globularize.lo graphics-info.lo graphics-info-defines.lo graphics-info-defines-gtk4.lo graphics-info-draw.lo graphics-info-draw-models.lo graphics-info-graphs.lo graphics-info-gui.lo graphics-info-init.lo graphics-info-intermediate.lo graphics-info-modelling.lo graphics-info-navigation.lo graphics-info-navigation-gtk2.lo graphics-info-preferences.lo graphics-info-network.lo graphics-info-mutate.lo graphics-info-lsq.lo graphics-info-opengl.lo graphics-info-pick.lo graphics-info-refmac.lo graphics-info-render.lo graphics-info-render-scene.lo graphics-info-residues.lo graphics-info-refine.lo graphics-info-scripting.lo graphics-info-state.lo graphics-info-statics.lo graphics-info-superpose.lo graphics-info-trackball.lo graphics-ligand-view.lo graphics-ligand-mesh-molecule.lo gtkglarea-rama-plot.lo gtk-manual.lo gtk-widget-conversion-utils.lo gtk-utils.lo HUDMesh.lo HUDTextureMesh.lo Instanced-Markup-Mesh.lo init-from-gtkbuilder.lo key-bindings.lo LinesMesh.lo LigandViewMesh.lo lbg-callbacks-outer.lo lbg-interface.lo M2T-interface.lo Model.lo make-a-dodec.lo matrix-utils.lo 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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o libcootsumo.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coords/libcoot-coords.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../compat/libcoot-compat.la  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  
 libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o  ./.libs/libcootsumo.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp
-/bin/bash ../src/post-process-coot-wrap-python.sh gtk2 coot_wrap_python_pre.cc coot_wrap_python.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot_wrap_python.lo coot_wrap_python.cc
-In file included from glade-callbacks.cc:53:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from glade-callbacks.cc:28:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../src/post-process-coot-wrap-python.sh gtk2 coot_wrap_python_pre.cc coot_wrap_python.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.15\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot_wrap_python.lo coot_wrap_python.cc
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.15\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.15\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_python.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_python.o
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, int)':
-glade-callbacks.cc:864:48: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  864 |       GFile *file   = gtk_file_chooser_get_file(chooser);
-      |                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
-  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_save_button_clicked(GtkButton*, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:910:67: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  910 |       GtkWidget *file_chooser_dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Save Coordinates",
-      |                                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-  911 |                                                                    parent_window,
-      |                                                                    ~~~~~~~~~~~~~~
-  912 |                                                                    action,
-      |                                                                    ~~~~~~~
-  913 |                                                                    ("_Cancel"),
-      |                                                                    ~~~~~~~~~~~~
-  914 |                                                                    GTK_RESPONSE_CANCEL,
-      |                                                                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-  915 |                                                                    ("_Save"),
-      |                                                                    ~~~~~~~~~~
-  916 |                                                                    GTK_RESPONSE_YES,
-      |                                                                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~
-  917 |                                                                    NULL);
-      |                                                                    ~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:131:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here
-   39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new              (const char           *title,
-      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from create-menu-item-actions.cc:31:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -11764,176 +11757,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_phs_coordinates_filechooserdialog1_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:5250:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 5250 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(phs_filechooser));
-      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
-  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_screendump_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:5358:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 5358 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
-      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
-  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_residue_editor_select_monomer_type_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:5530:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 5530 |    const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box));
-      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_export_map_file_chooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:6122:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 6122 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
-      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
-  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_geman_mcclure_alpha_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:6309:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6309 |    const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox));
-      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_lennard_jones_epsilon_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:6325:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6325 |    const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox));
-      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc:6326:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6326 |    int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); // save it for set active item next time
-      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here
-   84 | int           gtk_combo_box_get_active       (GtkComboBox     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_rama_restraints_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:6336:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6336 |    const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox));
-      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc:6337:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6337 |    int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox);
-      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here
-   84 | int           gtk_combo_box_get_active       (GtkComboBox     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_torsion_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:6348:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6348 |    const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox));
-      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc:6349:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6349 |    int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox);
-      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here
-   84 | int           gtk_combo_box_get_active       (GtkComboBox     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_overall_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:6360:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6360 |    const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox));
-      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_simple_refmac_mtz_file_button_clicked(GtkButton*, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:6558:31: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 6558 |    gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER(w), filterselect);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:151:22: note: declared here
-  151 | void                 gtk_file_chooser_set_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_simple_refmac_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:6572:43: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 6572 |    GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
-      |                  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
-  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc:6592:42: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6592 |             gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox));
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here
-   55 | void          gtk_combo_box_text_remove_all      (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc:6593:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6593 |             gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox), file_name);
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
-   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc:6594:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6594 |             gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(file_combobox), 0);
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_cif_dictionary_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:6663:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 6663 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
-      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
-  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_validation_graph_model_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:6685:37: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6685 |    if (gtk_combo_box_get_active_iter(self, &iter)) {
-      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here
-   89 | gboolean      gtk_combo_box_get_active_iter  (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc:6687:49: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6687 |       gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(self),&iter,1,&new_active_model,-1);
-      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here
-  100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model        (GtkComboBox     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc:6687:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6687 |       gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(self),&iter,1,&new_active_model,-1);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:370:19: note: declared here
-  370 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_validation_graph_chain_id_combobox_changed(GtkComboBoxText*, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:6697:66: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6697 |    auto chain_id = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(self));
-      |                                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc: In function 'void on_ramachandran_plot_molecule_chooser_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)':
-glade-callbacks.cc:6776:37: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6776 |    if (gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter)) {
-      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here
-   89 | gboolean      gtk_combo_box_get_active_iter  (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc:6778:49: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6778 |       gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)),&iter,1,&imol_active,-1);
-      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here
-  100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model        (GtkComboBox     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks.cc:6778:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6778 |       gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)),&iter,1,&imol_active,-1);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:370:19: note: declared here
-  370 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from glade-callbacks-main-window.cc:57:
+In file included from glade-callbacks-preferences.cc:52:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -11942,7 +11766,7 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from glade-callbacks-main-window.cc:28:
+                 from glade-callbacks-preferences.cc:28:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -12248,7 +12072,65 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
    86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from setup-gui-components.cc:28:
+create-menu-item-actions.cc: In function 'void screenshot_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)':
+create-menu-item-actions.cc:3429:38: warning: 'void gtk_file_chooser_set_current_name(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 3429 |     gtk_file_chooser_set_current_name(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser), "coot-screendump.tga");
+      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:115:22: note: declared here
+  115 | void                 gtk_file_chooser_set_current_name    (GtkFileChooser       *chooser,
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+create-menu-item-actions.cc: In function 'void show_validation_graphs_dialog(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)':
+create-menu-item-actions.cc:3618:28: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 3618 |    gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), imol);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+create-menu-item-actions.cc: In function 'void ramachandran_plot_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)':
+create-menu-item-actions.cc:3633:28: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 3633 |    gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), imol_idx);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_size_others_radiobutton_toggled(GtkToggleButton*, gpointer)':
+glade-callbacks-preferences.cc:1062:43: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1062 |       gint ival = gtk_combo_box_get_active(GTK_COMBO_BOX(w));
+      |                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here
+   84 | int           gtk_combo_box_get_active       (GtkComboBox     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_size_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
+glade-callbacks-preferences.cc:1077:39: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1077 |   gint ival = gtk_combo_box_get_active(combobox);
+      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here
+   84 | int           gtk_combo_box_get_active       (GtkComboBox     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_colour_own_radiobutton_toggled(GtkCheckButton*, gpointer)':
+glade-callbacks-preferences.cc:1116:36: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 1116 |          gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(colorbutton), &col);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here
+   66 | void     gtk_color_chooser_get_rgba       (GtkColorChooser *chooser,
+      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_colorbutton_color_set(GtkColorButton*, gpointer)':
+glade-callbacks-preferences.cc:1132:30: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 1132 |    gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(colorbutton), &col);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here
+   66 | void     gtk_color_chooser_get_rgba       (GtkColorChooser *chooser,
+      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_bond_width_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
+glade-callbacks-preferences.cc:1193:33: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1193 |   val = gtk_combo_box_get_active(combobox);
+      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here
+   84 | int           gtk_combo_box_get_active       (GtkComboBox     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from main.cc:81:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -12257,10 +12139,235 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from setup-gui-components.cc:27:
+                 from main.cc:23:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from glade-callbacks.cc:53:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from glade-callbacks.cc:28:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from glade-callbacks-main-window.cc:57:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from glade-callbacks-main-window.cc:28:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, int)':
+glade-callbacks.cc:864:48: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  864 |       GFile *file   = gtk_file_chooser_get_file(chooser);
+      |                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
+  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_save_button_clicked(GtkButton*, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:910:67: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  910 |       GtkWidget *file_chooser_dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Save Coordinates",
+      |                                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+  911 |                                                                    parent_window,
+      |                                                                    ~~~~~~~~~~~~~~
+  912 |                                                                    action,
+      |                                                                    ~~~~~~~
+  913 |                                                                    ("_Cancel"),
+      |                                                                    ~~~~~~~~~~~~
+  914 |                                                                    GTK_RESPONSE_CANCEL,
+      |                                                                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+  915 |                                                                    ("_Save"),
+      |                                                                    ~~~~~~~~~~
+  916 |                                                                    GTK_RESPONSE_YES,
+      |                                                                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~
+  917 |                                                                    NULL);
+      |                                                                    ~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:131:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here
+   39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new              (const char           *title,
+      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_phs_coordinates_filechooserdialog1_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:5250:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 5250 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(phs_filechooser));
+      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
+  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_screendump_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:5358:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 5358 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
+      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
+  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_residue_editor_select_monomer_type_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:5530:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 5530 |    const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box));
+      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_export_map_file_chooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:6122:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 6122 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
+      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
+  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_geman_mcclure_alpha_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:6309:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6309 |    const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox));
+      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_lennard_jones_epsilon_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:6325:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6325 |    const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox));
+      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc:6326:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6326 |    int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); // save it for set active item next time
+      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here
+   84 | int           gtk_combo_box_get_active       (GtkComboBox     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_rama_restraints_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:6336:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6336 |    const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox));
+      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc:6337:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6337 |    int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox);
+      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here
+   84 | int           gtk_combo_box_get_active       (GtkComboBox     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_torsion_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:6348:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6348 |    const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox));
+      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc:6349:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6349 |    int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox);
+      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here
+   84 | int           gtk_combo_box_get_active       (GtkComboBox     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_overall_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:6360:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6360 |    const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox));
+      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_simple_refmac_mtz_file_button_clicked(GtkButton*, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:6558:31: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 6558 |    gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER(w), filterselect);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:151:22: note: declared here
+  151 | void                 gtk_file_chooser_set_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_simple_refmac_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:6572:43: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 6572 |    GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
+      |                  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
+  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc:6592:42: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6592 |             gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox));
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here
+   55 | void          gtk_combo_box_text_remove_all      (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc:6593:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6593 |             gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox), file_name);
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
+   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc:6594:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6594 |             gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(file_combobox), 0);
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_cif_dictionary_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:6663:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 6663 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
+      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
+  123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_validation_graph_model_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:6685:37: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6685 |    if (gtk_combo_box_get_active_iter(self, &iter)) {
+      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here
+   89 | gboolean      gtk_combo_box_get_active_iter  (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc:6687:49: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6687 |       gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(self),&iter,1,&new_active_model,-1);
+      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here
+  100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model        (GtkComboBox     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc:6687:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6687 |       gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(self),&iter,1,&new_active_model,-1);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:370:19: note: declared here
+  370 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_validation_graph_chain_id_combobox_changed(GtkComboBoxText*, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:6697:66: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6697 |    auto chain_id = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(self));
+      |                                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc: In function 'void on_ramachandran_plot_molecule_chooser_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)':
+glade-callbacks.cc:6776:37: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6776 |    if (gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter)) {
+      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here
+   89 | gboolean      gtk_combo_box_get_active_iter  (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc:6778:49: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6778 |       gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)),&iter,1,&imol_active,-1);
+      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here
+  100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model        (GtkComboBox     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks.cc:6778:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6778 |       gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)),&iter,1,&imol_active,-1);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:370:19: note: declared here
+  370 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
 glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_save_coordinates_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
 glade-callbacks-main-window.cc:402:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   402 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
@@ -12283,31 +12390,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:123:22: note: declared here
   123 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
       |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-create-menu-item-actions.cc: In function 'void screenshot_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)':
-create-menu-item-actions.cc:3429:38: warning: 'void gtk_file_chooser_set_current_name(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 3429 |     gtk_file_chooser_set_current_name(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser), "coot-screendump.tga");
-      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:115:22: note: declared here
-  115 | void                 gtk_file_chooser_set_current_name    (GtkFileChooser       *chooser,
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-create-menu-item-actions.cc: In function 'void show_validation_graphs_dialog(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)':
-create-menu-item-actions.cc:3618:28: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 3618 |    gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), imol);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-create-menu-item-actions.cc: In function 'void ramachandran_plot_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)':
-create-menu-item-actions.cc:3633:28: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 3633 |    gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), imol_idx);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc: In function 'void setup_validation_graph_dialog()':
-setup-gui-components.cc:162:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  162 |    gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::validation_graph_model_list));
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void fill_comboboxtext_with_atom_of_residue_type(const char*, GtkWidget*)':
 glade-callbacks-main-window.cc:864:39: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
   864 |          gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(comboboxtext));
@@ -12316,6 +12398,115 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here
    55 | void          gtk_combo_box_text_remove_all      (GtkComboBoxText     *combo_box);
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc:870:41: warning: 'void gtk_combo_box_text_append(GtkComboBoxText*, const char*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  870 |                gtk_combo_box_text_append(GTK_COMBO_BOX_TEXT(comboboxtext), atom.atom_id.c_str(), atom.atom_id.c_str());
+      |                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:65:15: note: declared here
+   65 | void          gtk_combo_box_text_append          (GtkComboBoxText     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from setup-gui-components.cc:28:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from setup-gui-components.cc:27:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_acedrg_link_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)':
+glade-callbacks-main-window.cc:1204:69: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1204 |                char *bond_order = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(bond_order_combobox));
+      |                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc:1207:78: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1207 |                   char *atom_name_first  = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(atom_name_combobox_first));
+      |                                            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc:1209:78: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1209 |                   char *atom_name_second = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(atom_name_combobox_second));
+      |                                            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc:1235:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1235 |                            char *da_first   = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(delete_atom_combobox_first));
+      |                                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc:1236:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1236 |                            char *da_second  = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(delete_atom_combobox_second));
+      |                                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc:1237:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1237 |                            char *cbo_first  = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(change_bond_order_combobox_first));
+      |                                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc:1238:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1238 |                            char *cbo_second = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(change_bond_order_combobox_second));
+      |                                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc:1247:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1247 |                                     const char *change_bond_order_first_atom_1  = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbof1));
+      |                                                                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc:1248:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1248 |                                     const char *change_bond_order_first_atom_2  = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbof2));
+      |                                                                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc:1249:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1249 |                                     const char *change_bond_order_second_atom_1 = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbos1));
+      |                                                                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc:1250:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1250 |                                     const char *change_bond_order_second_atom_2 = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbos2));
+      |                                                                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc:1251:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1251 |                                     const char *cc_first_atom                   = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cc_combobox_first));
+      |                                                                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc:1252:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1252 |                                     const char *cc_second_atom                  = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cc_combobox_second));
+      |                                                                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_make_smooth_map_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)':
+glade-callbacks-main-window.cc:1514:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1514 |    const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox_factor));
+      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc: In function 'void setup_validation_graph_dialog()':
+setup-gui-components.cc:162:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  162 |    gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::validation_graph_model_list));
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here
    97 | void          gtk_combo_box_set_model        (GtkComboBox     *combo_box,
@@ -12354,12 +12545,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:713:19: note: declared here
   713 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget);
       |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc:870:41: warning: 'void gtk_combo_box_text_append(GtkComboBoxText*, const char*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  870 |                gtk_combo_box_text_append(GTK_COMBO_BOX_TEXT(comboboxtext), atom.atom_id.c_str(), atom.atom_id.c_str());
-      |                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:65:15: note: declared here
-   65 | void          gtk_combo_box_text_append          (GtkComboBoxText     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 setup-gui-components.cc:192:38: warning: 'void gtk_style_context_add_provider(GtkStyleContext*, GtkStyleProvider*, guint)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   192 |       gtk_style_context_add_provider (context, GTK_STYLE_PROVIDER (provider), GTK_STYLE_PROVIDER_PRIORITY_APPLICATION);
       |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -12432,155 +12617,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:76:21: note: declared here
    76 | void                gtk_entry_completion_set_model              (GtkEntryCompletion          *completion,
       |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_acedrg_link_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)':
-glade-callbacks-main-window.cc:1204:69: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1204 |                char *bond_order = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(bond_order_combobox));
-      |                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc:1207:78: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1207 |                   char *atom_name_first  = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(atom_name_combobox_first));
-      |                                            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc:1209:78: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1209 |                   char *atom_name_second = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(atom_name_combobox_second));
-      |                                            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc:1235:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1235 |                            char *da_first   = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(delete_atom_combobox_first));
-      |                                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc:1236:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1236 |                            char *da_second  = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(delete_atom_combobox_second));
-      |                                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc:1237:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1237 |                            char *cbo_first  = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(change_bond_order_combobox_first));
-      |                                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc:1238:81: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1238 |                            char *cbo_second = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(change_bond_order_combobox_second));
-      |                                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc:1247:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1247 |                                     const char *change_bond_order_first_atom_1  = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbof1));
-      |                                                                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc:1248:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1248 |                                     const char *change_bond_order_first_atom_2  = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbof2));
-      |                                                                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc:1249:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1249 |                                     const char *change_bond_order_second_atom_1 = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbos1));
-      |                                                                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc:1250:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1250 |                                     const char *change_bond_order_second_atom_2 = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cbcbos2));
-      |                                                                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc:1251:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1251 |                                     const char *cc_first_atom                   = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cc_combobox_first));
-      |                                                                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc:1252:117: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1252 |                                     const char *cc_second_atom                  = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(cc_combobox_second));
-      |                                                                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_make_smooth_map_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)':
-glade-callbacks-main-window.cc:1514:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1514 |    const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox_factor));
-      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from glade-callbacks-preferences.cc:52:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from glade-callbacks-preferences.cc:28:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_size_others_radiobutton_toggled(GtkToggleButton*, gpointer)':
-glade-callbacks-preferences.cc:1062:43: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1062 |       gint ival = gtk_combo_box_get_active(GTK_COMBO_BOX(w));
-      |                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here
-   84 | int           gtk_combo_box_get_active       (GtkComboBox     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_size_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
-glade-callbacks-preferences.cc:1077:39: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1077 |   gint ival = gtk_combo_box_get_active(combobox);
-      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here
-   84 | int           gtk_combo_box_get_active       (GtkComboBox     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_colour_own_radiobutton_toggled(GtkCheckButton*, gpointer)':
-glade-callbacks-preferences.cc:1116:36: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 1116 |          gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(colorbutton), &col);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here
-   66 | void     gtk_color_chooser_get_rgba       (GtkColorChooser *chooser,
-      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_colorbutton_color_set(GtkColorButton*, gpointer)':
-glade-callbacks-preferences.cc:1132:30: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 1132 |    gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(colorbutton), &col);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here
-   66 | void     gtk_color_chooser_get_rgba       (GtkColorChooser *chooser,
-      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_bond_width_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)':
-glade-callbacks-preferences.cc:1193:33: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1193 |   val = gtk_combo_box_get_active(combobox);
-      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here
-   84 | int           gtk_combo_box_get_active       (GtkComboBox     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from main.cc:81:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1110 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from main.cc:23:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from new-startup.cc:37:
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1110:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
@@ -12601,9 +12637,9 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o coot-1 main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../pli/libcoot-pli.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lcurl  -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lepoxy  -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o coot-1 main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../pli/libcoot-pli.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lcurl  -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lepoxy  -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 
 libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-1 main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o  ./.libs/libcootsumo.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../density-contour/.libs/libcoot-isosurface.so ../layla/.libs/libcoot-layla.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -fopenmp
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la  -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'   -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la  -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot.o .libs/coot_wrap_python.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/src/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcootsumo.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot.so.0 -o .libs/_coot.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so.0" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so")
@@ -12621,7 +12657,7 @@
    debian/rules execute_after_dh_auto_build
 make[1]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg'
 dh_auto_build --buildsystem cmake
-	cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j42 "INSTALL=install --strip-program=true" VERBOSE=1
+	cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j20 "INSTALL=install --strip-program=true" VERBOSE=1
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 /usr/bin/cmake -S/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -B/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu --check-build-system CMakeFiles/Makefile.cmake 0
 /usr/bin/cmake -E cmake_progress_start /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu//CMakeFiles/progress.marks
@@ -12633,97 +12669,109 @@
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/nanobind-static.dir/DependInfo.cmake "--color="
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/mmcif-tests.dir/DependInfo.cmake "--color="
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/cootapi.dir/DependInfo.cmake "--color="
+cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/mmcif-tests.dir/DependInfo.cmake "--color="
 make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-make  -f CMakeFiles/mmcif-tests.dir/build.make CMakeFiles/mmcif-tests.dir/build
 make  -f CMakeFiles/nanobind-static.dir/build.make CMakeFiles/nanobind-static.dir/build
-make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
+make  -f CMakeFiles/mmcif-tests.dir/build.make CMakeFiles/mmcif-tests.dir/build
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
+make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 make  -f CMakeFiles/cootapi.dir/build.make CMakeFiles/cootapi.dir/build
-[  1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o
-[  2%] Building CXX object CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests.cc.o
-[  2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o
-[  2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o
-[  2%] Building CXX object CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o
-[  2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\"  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o -MF CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o.d -o CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api/mmcif-tests-main.cc
+make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
+[  0%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o
+[  0%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp
+[  0%] Building CXX object CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\"  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o -MF CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o.d -o CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api/mmcif-tests-main.cc
+[  1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o
+[  2%] Building CXX object CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\"  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests.cc.o -MF CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api/mmcif-tests.cc
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp
-[  2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o
-[  2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o
-[  3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o
-[  3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o
-[  3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/error.cpp
+[  2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o
+[  2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp
-make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-[  3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o
-[  4%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/common.cpp
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/implicit.cpp
-[  4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o
-[  4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o
-[  5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o
-[  5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o
+[  2%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o
+[  3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/svg-molecule.cc
-[  5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o
+[  3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o
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 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/cod-types.cc
+[  3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o
+[  3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/cod-atom-types.cc
+[  3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o
+[  4%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/bond-record-container-t.cc
-[  5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o
-[  6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o
-[  6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o
-[  6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o
-[  7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-hydrogens.cc.o
-[  7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o
-[  7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o
-[  7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o
-[  8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp.o
-[  8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/cod-atom-types.cc
-[  8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp.o
-[  8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp.o
+[  4%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o
+[  5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/error.cpp
+[  5%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/atom-types.cc
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/common.cpp
+[  5%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp
+[  6%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/implicit.cpp
+[  6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/cod-atom-type-t.cc
-[  9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXException.cpp.o
+[  6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/rdkit-interface.cc
+[  6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core/bond-table-record-t.cc
+[  7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-hydrogens.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-hydrogens.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-hydrogens.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-hydrogens.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/src/coot-hydrogens.cc
+[  7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/src/cfc.cc
-[  9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXNewHood.cpp.o
+[  7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp
+[  7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp
+[  7%] Linking CXX executable mmcif-tests
+/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/mmcif-tests.dir/link.txt --verbose=1
+[  8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp
+[  8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp
+/usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro -Wl,--dependency-file=CMakeFiles/mmcif-tests.dir/link.d "CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o" "CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests.cc.o" -o mmcif-tests  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmmdb2.so
+make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
+[  8%] Built target mmcif-tests
+[  8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp.o
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+[  8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp.o
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 [  9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFFTSolventMap.cpp.o
-[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurface.cpp.o
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-[ 11%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp.o
+[  9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFortranFile.cpp.o
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+[  9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXNewHood.cpp.o
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+[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurface.cpp.o
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-[ 11%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o
-[ 11%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o
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+[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o
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+[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp
+[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o
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+[ 11%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp
+[ 11%] Linking CXX static library libnanobind-static.a
+/usr/bin/cmake -P CMakeFiles/nanobind-static.dir/cmake_clean_target.cmake
+/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/nanobind-static.dir/link.txt --verbose=1
+/usr/bin/ar qc libnanobind-static.a "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o"
+/usr/bin/ranlib libnanobind-static.a
+make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
+[ 11%] Built target nanobind-static
 [ 11%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp
 [ 11%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp
@@ -12746,15 +12794,13 @@
 [ 13%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/AtomPropertyRampColorRule.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/AtomPropertyRampColorRule.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/AtomPropertyRampColorRule.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/AtomPropertyRampColorRule.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/AtomPropertyRampColorRule.cpp
 [ 14%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BallsPrimitive.cpp.o
-[ 14%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BallsPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BallsPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BallsPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BallsPrimitive.cpp
+[ 14%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp
 [ 14%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp
 [ 15%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorRule.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorRule.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorRule.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorRule.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorRule.cpp
-[ 15%] Linking CXX executable mmcif-tests
-/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/mmcif-tests.dir/link.txt --verbose=1
 [ 15%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorScheme.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorScheme.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorScheme.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorScheme.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorScheme.cpp
 [ 15%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CompoundSelection.cpp.o
@@ -12763,19 +12809,16 @@
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CXXMatrix.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CXXMatrix.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CXXMatrix.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CXXMatrix.cpp
 [ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylinderPoint.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylinderPoint.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylinderPoint.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylinderPoint.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylinderPoint.cpp
-/usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro -Wl,--dependency-file=CMakeFiles/mmcif-tests.dir/link.d "CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests-main.cc.o" "CMakeFiles/mmcif-tests.dir/api/mmcif-tests.cc.o" -o mmcif-tests  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmmdb2.so
-make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-[ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp
 [ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp
+[ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp
 [ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o
-[ 16%] Built target mmcif-tests
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-[ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp.o
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 [ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DishyBase.cpp.o
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+[ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp.o
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 [ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o
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 [ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp.o
@@ -12786,9 +12829,9 @@
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 [ 18%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentation.cpp.o
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-[ 19%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MyMolecule.cpp.o
-[ 19%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentationInstance.cpp.o
+[ 18%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentationInstance.cpp.o
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+[ 19%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MyMolecule.cpp.o
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 [ 19%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/NRStuff.cpp.o
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@@ -12802,10 +12845,10 @@
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-[ 21%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Representation.cpp.o
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 [ 21%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.cpp.o
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 [ 21%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/SecondaryColorScheme.cpp.o
@@ -12832,10 +12875,10 @@
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-[ 24%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/interfaces.cc.o
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 [ 24%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/add-terminal-residue.cc.o
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+[ 24%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/interfaces.cc.o
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 [ 25%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o
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 [ 25%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/colour-functions.cc.o
@@ -12844,16 +12887,9 @@
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 [ 26%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule.cc.o
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-[ 26%] Linking CXX static library libnanobind-static.a
-/usr/bin/cmake -P CMakeFiles/nanobind-static.dir/cmake_clean_target.cmake
-/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/nanobind-static.dir/link.txt --verbose=1
 [ 26%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-backup.cc.o
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-/usr/bin/ar qc libnanobind-static.a "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o"
-/usr/bin/ranlib libnanobind-static.a
-make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 [ 26%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o
-[ 26%] Built target nanobind-static
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api/coot-molecule-blender.cc
 [ 26%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds.cc.o
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@@ -12863,9 +12899,9 @@
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api/coot-molecule-maps.cc
 [ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-change-chain-id.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-change-chain-id.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-change-chain-id.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-change-chain-id.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api/coot-molecule-change-chain-id.cc
-[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o
 [ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-moltris.cc.o
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@@ -12907,14 +12943,14 @@
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 [ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o
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+[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o
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+[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o
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 [ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o
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-[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o
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 [ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o
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+[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o
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 [ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o
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 [ 76%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/cos-sin.cc.o
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 [ 76%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/rotamer-markup.cc.o
@@ -13371,9 +13407,9 @@
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-[ 93%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o
+[ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o
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@@ -13396,8 +13432,8 @@
 [ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o
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 [ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o
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 [ 96%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o
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 [ 96%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/write-png.cc.o
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@@ -13410,15 +13446,15 @@
 make  -f CMakeFiles/coot_headless_api.dir/build.make CMakeFiles/coot_headless_api.dir/depend
 make  -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/depend
 make  -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/depend
-make  -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/depend
-make  -f CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/build.make CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/depend
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/coot_headless_api.dir/DependInfo.cmake "--color="
+make  -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/depend
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/findligand.dir/DependInfo.cmake "--color="
-make  -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/depend
+make  -f CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/build.make CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/depend
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/findwaters.dir/DependInfo.cmake "--color="
+make  -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/depend
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/DependInfo.cmake "--color="
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
@@ -13427,39 +13463,39 @@
 cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/test-molecules-container.dir/DependInfo.cmake "--color="
 make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-make  -f CMakeFiles/coot_headless_api.dir/build.make CMakeFiles/coot_headless_api.dir/build
 make  -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/build
 make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-make  -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/build
-make  -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build
-make  -f CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/build.make CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/build
 make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-make  -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build
-make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
+make  -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/build
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
+make  -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build
+make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
+make  -f CMakeFiles/coot_headless_api.dir/build.make CMakeFiles/coot_headless_api.dir/build
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
+make  -f CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/build.make CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/build
+make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o
+make  -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build
 [ 96%] Building CXX object CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o
-[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind-functions.cc.o
-[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o
+make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -MF CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand/find-ligand.cc
-[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o
+[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -MF CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o.d -o CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand/find-waters.cc
+[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o
+[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcoot_headless_api_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/rdkit -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -MD -MT CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -MF CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o.d -o CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -MF CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o.d -o CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ideal/mini-rsr.cc
+[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o
+[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind-functions.cc.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o -MF CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o.d -o CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand/res-tracer.cc
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcoot_headless_api_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/rdkit -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -MD -MT CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind-functions.cc.o -MF CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind-functions.cc.o.d -o CMakeFiles/coot_headless_api.dir/api/molecules-container-nanobind-functions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api/molecules-container-nanobind-functions.cc
-[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o
-[ 98%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o
-[ 98%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o
 [ 98%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -MF CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o.d -o CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand/find-waters.cc
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -MF CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o.d -o CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ideal/mini-rsr.cc
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api/filo-tests.cc
+[ 98%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api/test-molecules-container.cc
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o -MF CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o.d -o CMakeFiles/res-tracer-libcootapi.dir/ligand/res-tracer.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand/res-tracer.cc
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api/filo-tests.cc
+[ 98%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SERIALIZATION_DYN_LINK -DBOOST_SERIALIZATION_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS=\"1\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.15\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DRDK_64BIT_BUILD -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT -DRDK_BUILD_THREADSAFE_SSS -DRDK_HAS_EIGEN3 -DRDK_TEST_MULTITHREADED -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION -DRDK_USE_STRICT_ROTOR_DEFINITION -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -isystem /usr/include/rdkit -isystem /usr/include/eigen3 -isystem /usr/include/freetype2 -isystem /usr/include/cairo -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api/lucrezia-tests.cc
 [ 98%] Linking CXX executable findwaters
 /usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/findwaters.dir/link.txt --verbose=1
@@ -13599,7 +13635,7 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/compat'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/compat'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-compat.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-compat.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0 || { rm -f libcoot-compat.so.0 && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so || { rm -f libcoot-compat.so && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so; }; })
@@ -13613,7 +13649,7 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/utils'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-utils.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0 || { rm -f libcoot-utils.so.0 && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so || { rm -f libcoot-utils.so && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so; }; })
@@ -13627,7 +13663,7 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/protein_db'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/protein_db'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-protein-db.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-protein-db.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0 || { rm -f libcoot-protein-db.so.0 && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so || { rm -f libcoot-protein-db.so && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so; }; })
@@ -13643,9 +13679,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-mini-mol.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/mini-mol; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/mini-mol.o .libs/mini-mol-utils.o .libs/atom-quads.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-mini-mol.so.0 -o .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-mini-mol.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libcoot-mini-mol.so.0 || { rm -f libcoot-mini-mol.so.0 && ln -s libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libcoot-mini-mol.so.0; }; })
@@ -13660,9 +13696,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-geometry.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/geometry; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/cif-parse.o .libs/protein-geometry.o .libs/protein-geometry-mmdb.o .libs/read-sbase.o .libs/energy-lib.o .libs/mol-utils.o .libs/dictionary-residue.o .libs/link.o .libs/glyco-tools.o .libs/dict-utils.o .libs/chem_mods.o .libs/srs-interface.o .libs/protein-donor-acceptors.o .libs/lbg-graph.o .libs/dreiding.o .libs/main-chain.o .libs/residue-and-atom-specs.o .libs/intercept-3GP.o .libs/mol-utils-2.o .libs/hydrophobic.o .libs/cif-parse-link.o .libs/cif-parse-mon-lib.o .libs/read-metals-json.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lcoot-compat -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-geometry.so.0 -o .libs/libcoot-geometry.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-geometry.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-geometry.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-geometry.so.0.0.0 libcoot-geometry.so.0 || { rm -f libcoot-geometry.so.0 && ln -s libcoot-geometry.so.0.0.0 libcoot-geometry.so.0; }; })
@@ -13677,9 +13713,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-lidia-core.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lsqlite3 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/lidia-core; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lsqlite3 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/lbg-shared.o .libs/lbg-molfile.o .libs/lig-build.o .libs/rdkit-interface.o .libs/cod-types.o .libs/atom-types.o .libs/bond-record-container-t.o .libs/cod-atom-type-t.o .libs/cod-atom-types.o .libs/bond-table-record-t.o .libs/chemical-feature-clusters.o .libs/get-residue.o .libs/svg-molecule.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-utils -lcoot-mini-mol -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lsqlite3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-lidia-core.so.0 -o .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-lidia-core.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libcoot-lidia-core.so.0 || { rm -f libcoot-lidia-core.so.0 && ln -s libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libcoot-lidia-core.so.0; }; })
@@ -13694,30 +13730,30 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-coord-utils.la libcoot-coord-extras.la libcoot-map-utils.la libcoot-map-heavy.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-coord-utils.la libcoot-coord-extras.la libcoot-map-utils.la libcoot-map-heavy.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-coord-utils.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-utils.lo coot-coord-utils-nucleotides.lo coot-rama.lo coot-h-bonds.lo hole.lo read-sm-cif.lo bonded-pairs.lo helix-analysis.lo elastic.lo glyco-torsions.lo coot-least-squares.lo atom-overlaps.lo reduce.lo atom-selection-container.lo contact-info.lo coot-shelx-ins.lo secondary-structure-headers.lo plane-utils.lo c-beta-deviations.lo lidia-core-functions.lo atom-tools.lo bonded-atoms.lo bricks.lo helix-like.lo merge-atom-selections.lo contacts-by-bricks.lo stack-and-pair.lo fast-eigens.lo strand-fragments.lo sfcalc-genmap.lo cablam-markup.lo coot_shiftfield.lo shiftfield.lo fib-sphere.lo polar-atoms.lo 3d-texture.lo merge-molecules.lo fragment-container.lo mutate.lo cylinder.lo cylinder-with-rotation-translation.lo oct.lo prideout-octasphere.lo simple-mesh.lo shapes.lo cmtz-interface.lo pugixml.lo parse-pisa.lo gltf-export.lo pae.lo gl-matrix.lo gl-matrix-eigensystem.lo coot-align.lo grid-balls.lo ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/lib -lgemmi_cpp -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcairo -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-utils.lo coot-coord-utils-nucleotides.lo coot-rama.lo coot-h-bonds.lo hole.lo read-sm-cif.lo bonded-pairs.lo helix-analysis.lo elastic.lo glyco-torsions.lo coot-least-squares.lo atom-overlaps.lo reduce.lo atom-selection-container.lo contact-info.lo coot-shelx-ins.lo secondary-structure-headers.lo plane-utils.lo c-beta-deviations.lo lidia-core-functions.lo atom-tools.lo bonded-atoms.lo bricks.lo helix-like.lo merge-atom-selections.lo contacts-by-bricks.lo stack-and-pair.lo fast-eigens.lo strand-fragments.lo sfcalc-genmap.lo cablam-markup.lo coot_shiftfield.lo shiftfield.lo fib-sphere.lo polar-atoms.lo 3d-texture.lo merge-molecules.lo fragment-container.lo mutate.lo cylinder.lo cylinder-with-rotation-translation.lo oct.lo prideout-octasphere.lo simple-mesh.lo shapes.lo cmtz-interface.lo pugixml.lo parse-pisa.lo gltf-export.lo pae.lo gl-matrix.lo gl-matrix-eigensystem.lo coot-align.lo grid-balls.lo ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/lib -lgemmi_cpp -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcairo -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-coord-utils.o .libs/coot-coord-utils-nucleotides.o .libs/coot-rama.o .libs/coot-h-bonds.o .libs/hole.o .libs/read-sm-cif.o .libs/bonded-pairs.o .libs/helix-analysis.o .libs/elastic.o .libs/glyco-torsions.o .libs/coot-least-squares.o .libs/atom-overlaps.o .libs/reduce.o .libs/atom-selection-container.o .libs/contact-info.o .libs/coot-shelx-ins.o .libs/secondary-structure-headers.o .libs/plane-utils.o .libs/c-beta-deviations.o .libs/lidia-core-functions.o .libs/atom-tools.o .libs/bonded-atoms.o .libs/bricks.o .libs/helix-like.o .libs/merge-atom-selections.o .libs/contacts-by-bricks.o .libs/stack-and-pair.o .libs/fast-eigens.o .libs/strand-fragments.o .libs/sfcalc-genmap.o .libs/cablam-markup.o .libs/coot_shiftfield.o .libs/shiftfield.o .libs/fib-sphere.o .libs/polar-atoms.o .libs/3d-texture.o .libs/merge-molecules.o .libs/fragment-container.o .libs/mutate.o .libs/cylinder.o .libs/cylinder-with-rotation-translation.o .libs/oct.o .libs/prideout-octasphere.o .libs/simple-mesh.o .libs/shapes.o .libs/cmtz-interface.o .libs/pugixml.o .libs/parse-pisa.o .libs/gltf-export.o .libs/pae.o .libs/gl-matrix.o .libs/gl-matrix-eigensystem.o .libs/coot-align.o .libs/grid-balls.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-utils -lcoot-mini-mol -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/lib -lgemmi_cpp -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcairo -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-coord-utils.so.0 -o .libs/libcoot-coord-utils.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-utils.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coord-utils.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so.0 || { rm -f libcoot-coord-utils.so.0 && ln -s libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so || { rm -f libcoot-coord-utils.so && ln -s libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so; }; })
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-utils.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coord-utils.la
 libtool: warning: relinking 'libcoot-coord-extras.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-coord-extras.o .libs/coot-coord-lsq.o .libs/coot-tree-extras.o .libs/water-coordination.o .libs/lsq-improve.o .libs/coot-coord-utils-glyco.o .libs/jed-flip.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-coord-extras.so.0 -o .libs/libcoot-coord-extras.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-extras.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coord-extras.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so.0 || { rm -f libcoot-coord-extras.so.0 && ln -s libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so || { rm -f libcoot-coord-extras.so && ln -s libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so; }; })
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-extras.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coord-extras.la
 libtool: warning: relinking 'libcoot-map-utils.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo merge-C-and-N-terminii.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../protein_db/libcoot-protein-db.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo merge-C-and-N-terminii.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../protein_db/libcoot-protein-db.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-map-utils.o .libs/peak-search.o .libs/peak-search-from-list.o .libs/trim.o .libs/xmap-stats.o .libs/maps-spherical.o .libs/pepflip-using-difference-map.o .libs/exp-fit.o .libs/blob-line.o .libs/slurp-map.o .libs/find-water-baddies.o .libs/diff-diff-map-peaks.o .libs/mini-texture.o .libs/positron.o .libs/texture-as-floats.o .libs/merge-C-and-N-terminii.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-protein-db -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -lz -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-utils.so.0 -o .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-utils.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so.0 || { rm -f libcoot-map-utils.so.0 && ln -s libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so || { rm -f libcoot-map-utils.so && ln -s libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so; }; })
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-utils.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-utils.la
 libtool: warning: relinking 'libcoot-map-heavy.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0 || { rm -f libcoot-map-heavy.so.0 && ln -s libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0; }; })
@@ -13725,7 +13761,7 @@
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.la
 libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
-  /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c coot-mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
+  /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c coot-mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
 libtool: warning: './libcoot-map-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: './libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
@@ -13742,7 +13778,7 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/angles'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/angles'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0 || { rm -f libcoot-AngleInfo.so.0 && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so || { rm -f libcoot-AngleInfo.so && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so; }; })
@@ -13756,7 +13792,7 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ccp4mg-utils'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libccp4mg-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libccp4mg-utils.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0 || { rm -f libccp4mg-utils.so.0 && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so || { rm -f libccp4mg-utils.so && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so; }; })
@@ -13770,9 +13806,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/db-main'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/db-main'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-db-main.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/db-main; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/db-main; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/db-main.o .libs/db-strands.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-db-main.so.0 -o .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-db-main.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0 || { rm -f libcoot-db-main.so.0 && ln -s libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0; }; })
@@ -13787,9 +13823,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/analysis'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/analysis'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-analysis.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/analysis; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo chi-squared.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/analysis; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo chi-squared.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/bfkurt.o .libs/mogul.o .libs/kolmogorov.o .libs/stats.o .libs/cablam.o .libs/typed-distances.o .libs/b-factor-histogram.o .libs/daca.o .libs/rna-backbone.o .libs/chi-squared.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-analysis.so.0 -o .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-analysis.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0 || { rm -f libcoot-analysis.so.0 && ln -s libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0; }; })
@@ -13797,7 +13833,7 @@
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-analysis.la
 libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
-  /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
+  /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
 libtool: warning: 'libcoot-analysis.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../lidia-core/libcoot-lidia-core.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
@@ -13813,7 +13849,7 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/cootaneer'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/cootaneer'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootaneer.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcootaneer.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0 || { rm -f libcootaneer.so.0 && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so || { rm -f libcootaneer.so && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so; }; })
@@ -13827,9 +13863,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ideal'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ideal'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-ideal.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ideal; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ideal; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/simple-restraint.o .libs/make-restraints.o .libs/ng.o .libs/chi-squareds.o .libs/mods.o .libs/distortion.o .libs/chirals.o .libs/flanking.o .libs/gradients.o .libs/extra-restraints.o .libs/pepflip.o .libs/regularize-minimol.o .libs/lograma.o .libs/process-dfs-in-range.o .libs/extra-restraints-kk.o .libs/simple-restraint-kk.o .libs/torsion-bonds.o .libs/coot-compare-residues.o .libs/link-restraints.o .libs/parallel-planes.o .libs/pull-restraint.o .libs/trans-peptide.o .libs/model-bond-deltas.o .libs/write-png.o .libs/zo-rama.o .libs/crankshaft.o .libs/phi-psi.o .libs/neutron.o   -lpthread -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-map-heavy -lcoot-map-utils -lcoot-geometry -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpng16 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-ideal.so.0 -o .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-ideal.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0 || { rm -f libcoot-ideal.so.0 && ln -s libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0; }; })
@@ -13839,7 +13875,7 @@
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/install -c coot-mini-rsr coot-ligand-validation '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
-  /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
+  /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
 libtool: warning: './libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
@@ -13870,16 +13906,16 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-ligand.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/ligand.o .libs/ligand-extras.o .libs/residue_by_phi_psi.o .libs/wiggly-ligand.o .libs/monomer-utils.o .libs/dunbrack.o .libs/chi-angles-autogen.o .libs/chi-angles.o .libs/helix-placement.o .libs/fast-ss-search.o .libs/rigid-body.o .libs/ideal-rna.o .libs/richardson-rotamers.o .libs/richardson-rotamer.o .libs/rotamer.o .libs/torsion-general.o .libs/rotamer-tables.o .libs/primitive-chi-angles.o .libs/dipole.o .libs/base-pairing.o .libs/backrub-rotamer.o .libs/trace.o .libs/trace-2.o .libs/multi-peptide.o .libs/ligands-db.o .libs/joining-residues.o .libs/ligand-score-card.o .libs/side-chain-densities.o .libs/tube-finder.o .libs/smith-waterman.o .libs/side-chain.o .libs/refine-isolated-chain.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-ideal -lcoot-map-heavy -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-analysis -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-ligand.so.0 -o .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-ligand.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0 || { rm -f libcoot-ligand.so.0 && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so || { rm -f libcoot-ligand.so && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so; }; })
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-ligand.la
 libtool: warning: relinking 'libcoot-res-tracer.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/libres-tracer.o .libs/rama-rsr-extend-fragments.o .libs/new-residue-by-3-phi-psi.o .libs/dSFMT.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-ideal -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-res-tracer.so.0 -o .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-res-tracer.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0 || { rm -f libcoot-res-tracer.so.0 && ln -s libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0; }; })
@@ -13889,7 +13925,7 @@
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/install -c coot-findwaters coot-findligand coot-identify-protein '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
-  /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c coot-findligand-bin coot-findwaters-bin coot-make-ligands-db coot-identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
+  /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c coot-findligand-bin coot-findwaters-bin coot-make-ligands-db coot-identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
 libtool: warning: './libcoot-ligand.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../ideal/libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
@@ -13959,9 +13995,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-coords.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/coords; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/Bond_lines.o .libs/Cartesian.o .libs/cos-sin.o .libs/phenix-geo-bonds.o .libs/mmdb-extras.o .libs/utils.o .libs/mmdb.o .libs/mmdb-crystal.o .libs/Bond_lines_ext.o .libs/coot-close.o .libs/phenix-geo.o .libs/rotamer-markup.o .libs/loop-path.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/ramachandran-validation.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-coord-utils -lcoot-coord-extras -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcootaneer -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-coords.so.0 -o .libs/libcoot-coords.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coords.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coords.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0 || { rm -f libcoot-coords.so.0 && ln -s libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0; }; })
@@ -13976,9 +14012,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/density-contour'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/density-contour'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-isosurface.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/density-contour; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/density-contour; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/Vectors.o .libs/CIsoSurface.o .libs/density-contour-triangles.o .libs/occlusion.o .libs/gaussian-surface.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-isosurface.so.0 -o .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-isosurface.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0 || { rm -f libcoot-isosurface.so.0 && ln -s libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0; }; })
@@ -13993,9 +14029,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/skeleton'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/skeleton'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-skeleton.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/skeleton; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/skeleton; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/dm-utils.o .libs/graphical_skel.o .libs/BuildCas.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lcoot-ideal -lcoot-geometry -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-skeleton.so.0 -o .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-skeleton.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0 || { rm -f libcoot-skeleton.so.0 && ln -s libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0; }; })
@@ -14010,9 +14046,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/high-res'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/high-res'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-high-res.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/high-res; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/high-res; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/high-res.o .libs/coot-atom-graph.o .libs/residue-distortions.o .libs/sequence-assignment.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-coords -lcoot-ligand -lcoot-map-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-high-res.so.0 -o .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-high-res.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0 || { rm -f libcoot-high-res.so.0 && ln -s libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0; }; })
@@ -14027,9 +14063,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/build'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/build'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-cabuild.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/build; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/build; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/CalphaBuild.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-cabuild.so.0 -o .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-cabuild.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-cabuild.so.0.0.0 libcoot-cabuild.so.0 || { rm -f libcoot-cabuild.so.0 && ln -s libcoot-cabuild.so.0.0.0 libcoot-cabuild.so.0; }; })
@@ -14046,7 +14082,7 @@
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface'
 make[5]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so; }; })
@@ -14060,9 +14096,9 @@
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses'
 make[5]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-tubes.lo ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-tubes.lo ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-tubes.o   -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lMoleculesToTrianglesCXXSurface -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0; }; })
@@ -14087,9 +14123,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pli'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pli'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-pli.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-pli.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-pli.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pli; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-pli.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu protein-ligand-interactions.lo flev-annotations.lo pi-stacking.lo sdf-interface.lo residue-circles.lo optimise-residue-circles.lo flev.lo flev-attached-hydrogens.lo dots-representation-info.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pli; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-pli.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu protein-ligand-interactions.lo flev-annotations.lo pi-stacking.lo sdf-interface.lo residue-circles.lo optimise-residue-circles.lo flev.lo flev-attached-hydrogens.lo dots-representation-info.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/protein-ligand-interactions.o .libs/flev-annotations.o .libs/pi-stacking.o .libs/sdf-interface.o .libs/residue-circles.o .libs/optimise-residue-circles.o .libs/flev.o .libs/flev-attached-hydrogens.o .libs/dots-representation-info.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-coord-extras -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-pli.so.0 -o .libs/libcoot-pli.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-pli.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-pli.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-pli.so.0.0.0 libcoot-pli.so.0 || { rm -f libcoot-pli.so.0 && ln -s libcoot-pli.so.0.0.0 libcoot-pli.so.0; }; })
@@ -14118,7 +14154,7 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/cootilus'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/cootilus'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcootilus.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcootilus.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootilus.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcootilus.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so.0 || { rm -f libcootilus.so.0 && ln -s libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so || { rm -f libcootilus.so && ln -s libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so; }; })
@@ -14134,9 +14170,9 @@
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/install -c pyrogen '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0 || { rm -f libcoot_py_restraints.so.0 && ln -s libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0; }; })
@@ -14144,16 +14180,16 @@
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot_py_restraints.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.la
 libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
 libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0 || { rm -f _pyrogen_swig.so.0 && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so || { rm -f _pyrogen_swig.so && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so; }; })
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la
 libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/restraints-boost.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-coords -lcoot-lidia-core -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f pyrogen_boost.so.0.0.0 pyrogen_boost.so.0 || { rm -f pyrogen_boost.so.0 && ln -s pyrogen_boost.so.0.0.0 pyrogen_boost.so.0; }; })
@@ -14312,9 +14348,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-api.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lssm -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo mmcif-tests.lo ncs-ghosts.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo coot-molecule-modelling.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo ghost-molecule-display.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lssm -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo mmcif-tests.lo ncs-ghosts.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo coot-molecule-modelling.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo ghost-molecule-display.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-molecule.o .libs/coot-colour.o .libs/add-terminal-residue.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/colour-functions.o .libs/coot-molecule-maps.o .libs/coot-molecule-merge-molecules.o .libs/coot-molecule-bonds.o .libs/coot-molecule-validation.o .libs/molecules-container-modelling.o .libs/molecules-container.o .libs/make-a-dodec.o .libs/molecules-container-ligand-fitting.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/coot-molecule-moltris.o .libs/coot-molecule-replace-fragment.o .libs/coot-molecule-backup.o .libs/coot-molecule-bonds-instanced.o .libs/molecules-container-mmrrcc.o .libs/molecules-container-gltf.o .libs/mmcif-tests.o .libs/ncs-ghosts.o .libs/coot-molecule-refine.o .libs/molecules-container-superpose.o .libs/rigid-body-fit.o .libs/moorhen-h-bonds.o .libs/molecules-container-bucca-ml-growing.o .libs/instancing.o .libs/molecules-container-maps.o .libs/coot-molecule-change-chain-id.o .libs/coot-molecule-modelling.o .libs/blender-mesh.o .libs/coot-molecule-blender.o .libs/molecules-container-blender.o .libs/ghost-molecule-display.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lMoleculesToTrianglesCXXClasses -lMoleculesToTrianglesCXXSurface -lcoot-ligand -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-analysis -lcoot-isosurface -lcoot-map-heavy -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coords -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lssm -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-api.so.0 -o .libs/libcoot-api.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-api.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0 || { rm -f libcoot-api.so.0 && ln -s libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0; }; })
@@ -14322,9 +14358,9 @@
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-api.la
 libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   _coot_headless_api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   _coot_headless_api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
 libtool: warning: relinking '_coot_headless_api.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/api; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-api -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot_headless_api.so.0 -o .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _coot_headless_api.so.0.0.0 _coot_headless_api.so.0 || { rm -f _coot_headless_api.so.0 && ln -s _coot_headless_api.so.0.0.0 _coot_headless_api.so.0; }; })
@@ -14351,9 +14387,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/layla'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/layla'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-layla.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/layla; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo qed.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/layla; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo qed.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/layla_embedded.o .libs/generators.o .libs/notifier.o .libs/signals.o .libs/state.o .libs/ui.o .libs/utils.o .libs/qed.o ligand_editor_canvas/.libs/core.o .libs/ligand_editor_canvas.o ligand_editor_canvas/.libs/model.o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o ligand_editor_canvas/.libs/render.o .libs/python_utils.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-layla.so.0 -o .libs/libcoot-layla.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-layla.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0 || { rm -f libcoot-layla.so.0 && ln -s libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0; }; })
@@ -14361,7 +14397,7 @@
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-layla.la
 libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
-  /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c layla '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
+  /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c layla '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
 libtool: warning: 'libcoot-layla.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../utils/libcoot-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/layla /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin/layla
@@ -14375,9 +14411,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/validation-graphs'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/validation-graphs'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-validation-graphs.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-validation-graphs.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-validation-graphs.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/validation-graphs; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/validation-graphs; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/residue-validation-information.o .libs/validation-graph-widget.o .libs/validation-graphs.o .libs/validation-information.o .libs/sequence-view-widget.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-ideal -lcoot-map-heavy -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-analysis -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-validation-graphs.so.0 -o .libs/libcoot-validation-graphs.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-validation-graphs.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-validation-graphs.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-validation-graphs.so.0.0.0 libcoot-validation-graphs.so.0 || { rm -f libcoot-validation-graphs.so.0 && ln -s libcoot-validation-graphs.so.0.0.0 libcoot-validation-graphs.so.0; }; })
@@ -14394,9 +14430,9 @@
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/src'
 make[5]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/src'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcootsumo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcootsumo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcootsumo.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/src; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcootsumo.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu init_coot_as_python_module.lo boids.lo boot-python.lo atom-overlaps.lo 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.libs/molecule-class-info-mol-tris.o .libs/molecule-class-info-widget-work.o .libs/molecule-class-info-geometry.o .libs/molecular-mesh-generator.o .libs/molecular-mesh-generator-mol-tris.o .libs/obj_loader.o .libs/pick.o .libs/positron-plot.o .libs/probe-clash-score.o .libs/protein_db-interface.o .libs/pumpkin.o .libs/python-classes.o .libs/Particle.o .libs/read-phs.o .libs/read-cif.o .libs/rama_mousey.o .libs/rama_plot_with_canvas.o .libs/text-rendering-utils.o .libs/restraints-editor.o .libs/rsr-functions.o .libs/screendump-tga.o .libs/sdf-interface.o .libs/Shader.o .libs/sound.o .libs/startup-utils.o .libs/testing.o .libs/testing-2.o .libs/Texture.o .libs/TextureMesh.o .libs/tomo-tools.o .libs/user-mods.o .libs/xmap-utils.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/spherical-density.o .libs/single-map-properties-dialog.o .libs/validation.o .libs/view.o .libs/widget-from-builder.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-api -lcoot-pli -lcoot-layla -lcoot-res-tracer -lcoot-ligand -lcoot-validation-graphs -lcoot-lidia-core -lcoot-isosurface -lcoot-cabuild -lcoot-skeleton -lcoot-AngleInfo -lcoot-db-main -lcoot-high-res -lcoot-ideal -lcoot-geometry -lcoot-coords -lccp4mg-utils -lcoot-map-heavy -lcoot-map-utils -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-analysis -lcoot-protein-db -lcootilus -lcootaneer -lMoleculesToTrianglesCXXClasses -lMoleculesToTrianglesCXXSurface -lcoot-compat -lvorbisfile -lasound -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lssm -lmmdb2 -lpython3.13 -lepoxy -lgsl -lgslcblas -lblas -lcurl -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -lfreetype -lsqlite3 -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcootsumo.so.0 -o .libs/libcootsumo.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootsumo.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcootsumo.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootsumo.so.0.0.0 libcootsumo.so.0 || { rm -f libcootsumo.so.0 && ln -s libcootsumo.so.0.0.0 libcootsumo.so.0; }; })
@@ -14406,7 +14442,7 @@
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/install -c coot coot-density-score-by-residue '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
-  /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c coot-1 coot-density-score-by-residue-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
+  /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c coot-1 coot-density-score-by-residue-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
 libtool: warning: 'libcootsumo.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../pli/libcoot-pli.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../density-contour/libcoot-isosurface.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
@@ -14437,9 +14473,9 @@
 libtool: warning: '../compat/libcoot-compat.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/coot-density-score-by-residue-bin /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/libexec/coot-density-score-by-residue-bin
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   _coot.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   _coot.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
 libtool: warning: relinking '_coot.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/src; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/src; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-DebianGNU/Linux-default-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot.o .libs/coot_wrap_python.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcootsumo -lcoot-coord-utils -lcoot-coords -lcoot-geometry -lcoot-pli -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot.so.0 -o .libs/_coot.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_coot.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_coot.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _coot.so.0.0.0 _coot.so.0 || { rm -f _coot.so.0 && ln -s _coot.so.0.0.0 _coot.so.0; }; })
@@ -14491,7 +14527,7 @@
 make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg'
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg'
 dh_auto_install --buildsystem cmake
-	cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.15\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
+	cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.15\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 /usr/bin/cmake -S/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg -B/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu --check-build-system CMakeFiles/Makefile.cmake 0
 make  -f CMakeFiles/Makefile2 preinstall
@@ -14506,77 +14542,77 @@
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/standard-residues.pdb
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/syminfo.lib
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-NAG-core-NAG-SER.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/ASN-NAG-via-NAG-ASN.pdb
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-2.tab
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-XYP-BMA.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/FUL-decorations.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-3.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA2-3.tab
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/GAL-decorations.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/MAN-decorations.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.in
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/NAG-decorations.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-3.pdb
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-3.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-BETA1-4.pdb
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/NAG-decorations.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.in
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-6.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-2.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-3.pdb
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-3.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-6.pdb
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-NAG-core-NAG-SER.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/FUL-decorations.tab
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-6.tab
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-2.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-2.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-NAG-ASN.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-6.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.am
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/theor-helix-70.pdb
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/XYP-decorations.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-3.tab
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/GLC-decorations.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA2-3.tab
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/SIA-pyranose-via-ALPHA2-3.pdb
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/ASN-NAG-via-NAG-ASN.pdb
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-2.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/FUC-decorations.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/MAN-decorations.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/theor-helix-70.pdb
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-4.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-2.pdb
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-3.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-NAG-ASN.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/XYP-decorations.tab
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/BMA-decorations.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/FUC-decorations.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-6.pdb
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-BETA1-4.pdb
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.am
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-2.pdb
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-6.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-2.tab
 -- Up-to-date: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-ile.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-gln.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-val.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-asn.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-cys.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-phetyr.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-lys.data
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-gly-sym.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile.in
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-asp.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-pro.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-arg.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-his.data
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-pro.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-phetyr.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-asn.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile.in
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-thr.data
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-prepro.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-general.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-gln.data
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-leu.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-glu.data
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-ser.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-met.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-asp.data
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-trp.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-ile.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-val.data
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile.am
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-general.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-thr.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-lys.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-his.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-arg.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-glu.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-cys.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-met.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-pro.data
 -- Up-to-date: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile.in
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-O-distance.table
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-N-distance.table
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-S-distance.table
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-O-distance.table
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile.am
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-N-distance.table
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so
 -- Set non-toolchain portion of runtime path of "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so" to ""
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so
 -- Set non-toolchain portion of runtime path of "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so" to ""
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 dh_auto_install --sourcedirectory data
-	cd data && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.15\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
+	cd data && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.15\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/data'
 Making install in rama-coeffs
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/data/rama-coeffs'
@@ -14624,7 +14660,7 @@
 make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/data'
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/data'
 dh_auto_install --sourcedirectory rama-data
-	cd rama-data && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.15\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
+	cd rama-data && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.15\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/rama-data'
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/rama-data'
 make[3]: Nothing to be done for 'install-exec-am'.
@@ -14634,7 +14670,7 @@
 make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/rama-data'
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/rama-data'
 dh_auto_install --sourcedirectory python
-	cd python && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.15\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
+	cd python && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.15\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/python'
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/python'
 make[3]: Nothing to be done for 'install-exec-am'.
@@ -14652,26 +14688,26 @@
 make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/python'
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/python'
 dh_auto_install --sourcedirectory pyrogen
-	cd pyrogen && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.15\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
+	cd pyrogen && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.15\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen'
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install install --strip-program=true   libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install install --strip-program=true   libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  install --strip-program=true pyrogen '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified
  install --strip-program=true -m 644 pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot'
 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified
 libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 Byte-compiling python modules...
 pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py 
 Byte-compiling python modules (optimized versions) ...
 pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py 
-libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0
 Byte-compiling python modules (more optimized versions) ...
 pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py 
+libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0
 libtool: install: install --strip-program=true .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.so.0.0.0
 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0 || { rm -f libcoot_py_restraints.so.0 && ln -s libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0; }; })
@@ -14680,9 +14716,9 @@
 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified
 libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install install --strip-program=true   _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install install --strip-program=true   _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
 libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0
 libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0
 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified
@@ -14691,7 +14727,7 @@
 libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la
 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified
 libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/restraints-boost.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-coords -lcoot-lidia-core -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python313 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0
 libtool: install: install --strip-program=true .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.so.0.0.0
 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified
@@ -14785,31 +14821,31 @@
  diversion by libc6 from: /lib64/ld-linux-x86-64.so.2
 dpkg-shlibdeps: warning: diversions involved - output may be incorrect
  diversion by libc6 to: /lib64/ld-linux-x86-64.so.2.usr-is-merged
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16density_at_pointERKN7clipper4XmapIfEERKNS1_10Coord_orthE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13calc_atom_mapEPN4mmdb7ManagerEiRKN7clipper4CellERKNS4_10SpacegroupERKNS4_13Grid_samplingE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16sharpen_blur_mapEPN7clipper4XmapIfEEf used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util7extentsEPN4mmdb7ManagerEi used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_get_reference_count used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot13simple_mesh_t11add_submeshERKS0_ used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 found in none of the libraries
 dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_destroy used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol _ZN4coot16protein_geometry31parse_metal_NOS_distance_tablesEv: it's probably a plugin
-dpkg-shlibdeps: warning: 93 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all)
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_multimin_fdfminimizer_set used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_multimin_fdfminimizer_conjugate_pr used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util22split_string_no_blanksERKNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEEES8_ used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_vector_set used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_get_reference_count used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries
 dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util8downcaseERKNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEEE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_vector_get used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util22split_string_no_blanksERKNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEEES8_ used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
 dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_multimin_test_gradient used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_vector_alloc used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util15string_to_floatERKNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEEE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_vector_get used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_multimin_fdfminimizer_conjugate_pr used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
 dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_multimin_fdfminimizer_iterate used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_vector_free used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
 dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13int_to_stringB5cxx11Ei used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol gsl_vector_alloc used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
 dpkg-shlibdeps: warning: 4 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all)
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot13simple_mesh_t11add_submeshERKS0_ used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyBool_Type: it's probably a plugin
+dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyFloat_Type: it's probably a plugin
 dpkg-shlibdeps: warning: 8 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all)
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries
 dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries
 dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util7extentsEPN4mmdb7ManagerEi used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16sharpen_blur_mapEPN7clipper4XmapIfEEf used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13calc_atom_mapEPN4mmdb7ManagerEiRKN7clipper4CellERKNS4_10SpacegroupERKNS4_13Grid_samplingE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16density_at_pointERKN7clipper4XmapIfEERKNS1_10Coord_orthE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyDict_SetItem: it's probably a plugin
+dpkg-shlibdeps: warning: 93 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all)
 dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 was not linked against libblas.so.3 (it uses none of the library's symbols)
 make[1]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.15+dfsg'
    dh_installdeb
@@ -14817,12 +14853,12 @@
 dpkg-gencontrol: warning: Depends field of package libcootapi-dev: substitution variable ${shlibs:Depends} used, but is not defined
    dh_md5sums
    dh_builddeb
-dpkg-deb: building package 'coot-dbgsym' in '../coot-dbgsym_1.1.15+dfsg-1_amd64.deb'.
-dpkg-deb: building package 'coot' in '../coot_1.1.15+dfsg-1_amd64.deb'.
 dpkg-deb: building package 'coot-data' in '../coot-data_1.1.15+dfsg-1_all.deb'.
-dpkg-deb: building package 'coot-doc' in '../coot-doc_1.1.15+dfsg-1_all.deb'.
 dpkg-deb: building package 'libcootapi-dev' in '../libcootapi-dev_1.1.15+dfsg-1_amd64.deb'.
 dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1' in '../libcootapi1.1_1.1.15+dfsg-1_amd64.deb'.
+dpkg-deb: building package 'coot-dbgsym' in '../coot-dbgsym_1.1.15+dfsg-1_amd64.deb'.
+dpkg-deb: building package 'coot-doc' in '../coot-doc_1.1.15+dfsg-1_all.deb'.
+dpkg-deb: building package 'coot' in '../coot_1.1.15+dfsg-1_amd64.deb'.
 dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1-dbgsym' in '../libcootapi1.1-dbgsym_1.1.15+dfsg-1_amd64.deb'.
  dpkg-genbuildinfo --build=binary -O../coot_1.1.15+dfsg-1_amd64.buildinfo
  dpkg-genchanges --build=binary -O../coot_1.1.15+dfsg-1_amd64.changes
@@ -14831,12 +14867,14 @@
 dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included)
 dpkg-genchanges: info: including full source code in upload
 I: copying local configuration
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/896256/tmp/hooks/B01_cleanup starting
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/896256/tmp/hooks/B01_cleanup finished
 I: unmounting dev/ptmx filesystem
 I: unmounting dev/pts filesystem
 I: unmounting dev/shm filesystem
 I: unmounting proc filesystem
 I: unmounting sys filesystem
 I: cleaning the build env 
-I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/2007353 and its subdirectories
-I: Current time: Tue May  5 19:04:46 -12 2026
-I: pbuilder-time-stamp: 1778051086
+I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/896256 and its subdirectories
+I: Current time: Thu Apr  3 16:46:02 +14 2025
+I: pbuilder-time-stamp: 1743648362